Vibracin molecular

Se llama vibracin molecular a aquella vibracin que afecta a varios

tomos en una molcula. Algunas vibraciones moleculares estn
localizadas en un grupo funcional, mientras que otras se extienden por
toda la molcula.
Pueden distinguirse dos tipos bsicos de vibraciones: de tensin de
!exin. "na vibracin de tensin supone un cambio continuo en la
distancia intertomica a lo largo del e#e del enlace entre dos tomos. $as
vibraciones de !exin se caracterizan por un cambio en el ngulo entre
dos enlaces son de cuatro tipos: de ti#ereteo, de balanceo, de aleteo
de torsin.
$as molculas diatmicas simples tienen solamente un enlace, el cual se
puede estirar. %olculas ms comple#as pueden tener muc&os enlaces,
las vibraciones pueden ser con#ugadas, llevando a absorciones en el
infrarro#o a frecuencias caracter'sticas que pueden relacionarse a grupos
qu'micos. $os tomos en un grupo ()
*
, encontrado com+nmente en
compuestos orgnicos pueden vibrar de seis formas distintas,
estiramientos simtricos asimtricos, !exiones simtricas
asimtricas en el plano ,scissoring o ti#ereteo rocking o balanceo,
respectivamente-, !exiones simtricas asimtricas fuera del plano
,wagging o aleteo twisting o torsin, respectivamente-. como se
muestra a continuacin:
/n una molcula que contiene ms de dos tomos, pueden darse todos
los tipos de vibraciones, adems puede producirse una interaccin o
acoplamiento de las vibraciones si estas implican enlaces a un mismo
tomo central, el resultado del acoplamiento es un cambio en las
caracter'sticas de las vibraciones.
Dinmica molecular
$a 0inmica %olecular ,0%- es una tcnica de simulacin por
computadora en la que se permite que tomos molculas interact+en
por un per'odo, permitiendo una visualizacin del movimiento de las
part'culas. 1riginalmente fue concebida dentro de la f'sica terica,
aunque &o en d'a se utiliza sobre todo en biof'sica ciencia de
materiales. Su campo de aplicacin va desde super2cies catal'ticas
&asta sistemas biolgicos como las prote'nas. Si bien los experimentos
de cristalograf'a de raos 3 permiten tomar 4fotograf'as estticas4 la
tcnica de 5%6 nos da indicios del movimiento molecular, ning+n
experimento es capaz de acceder a todas las escalas de tiempo
involucradas. 5esulta tentador, aunque no es enteramente correcto,
describir a la 0% como un 4microscopio virtual4 con alta resolucin
espacial temporal.
/n general, los sistemas moleculares son comple#os consisten de un
gran n+mero de part'culas, por lo cual ser'a imposible encontrar sus
propiedades de forma anal'tica. Para evitar este problema, la 0% utiliza
mtodos numricos. $a 0% representa un punto intermedio entre los
experimentos la teor'a. Puede ser entendida como un experimento en
la computadora.
Sabemos que la materia est constituida de part'culas en movimiento e
interaccin al menos desde la poca de 7oltzmann en el siglo 383. Pero
muc&os a+n se imaginan a las molculas como los modelos estticos de
un museo. 5ic&ard 9enman di#o en :;<= que 4todo lo que &acen los
seres vivos puede ser entendido a travs de los saltos contorsiones de
los tomos.4: "na de las contribuciones ms importantes de la dinmica
molecular es crear conciencia de que el 06A las prote'nas son
mquinas en movimiento. Se le utiliza para explorar la relacin entre
estructura, movimiento funcin.
$a dinmica molecular es un campo multidisciplinario. Sus lees
teor'as provienen de las %atemticas, 9'sica >u'mica. /mplea
algoritmos de las (iencias de la (omputacin ?eor'a de la informacin.
Permite entender a los materiales las molculas no cmo entidades
r'gidas, sino como cuerpos animados. ?ambin se le &a llamado
4estad'stica mecnica numrica4 o 4la visin de $aplace de la mecnica
6e@toniana4, en el sentido de predecir el futuro al animar las fuerzas de
la naturaleza.
Para utilizar esta tcnica de forma correcta, es importante entender las
aproximaciones utilizadas evitar caer en el error conceptual de que
estamos simulando el comportamiento real exacto de un sistema
molecular. $a integracin de las ecuaciones de movimiento estn mal
condicionadas, lo cual genera errores numricos acumulativos, que
pueden ser minimizados seleccionando apropiadamente los algoritmos,
pero no eliminados del todo. Por otro lado, las interacciones entre las
part'culas se modelan con un campo de fuerza aproximado, que puede o
no ser adecuado dependiendo del problema que queremos resolver. 0e
cualquier forma, la dinmica molecular nos permite explorar su
comportamiento representativo en el espacio f'sico.
/n la 0%, &a que balancear el costo computacional la 2abilidad en los
resultados. /n la 0% clsica se utilizan las /cuaciones de 6e@ton, cuo
costo computacional es muc&o menor que el de las de la mecnica
cuntica. /s por ello que muc&as propiedades que pueden resultar de
inters, como la formacin o ruptura de enlaces no puedan ser
estudiadas mediante este mtodo a que no contempla estados
excitados o reactividad.
/xisten mtodos &'bridos denominados >%A%% ,>uantum
%ec&anicsA%olecular %ec&anics- en los que un centro reactivo es tratado
de modo cuntico mientras que el ambiente que lo rodea se trata de
modo clsico. /l desaf'o en este tipo de mtodos resulta en la de2nicin
de manera precisa de la interaccin entre los dos formas de describir el
sistema...
/l resultado de una simulacin de dinmica molecular son las posiciones
velocidades de cada tomo de la molcula, para cada instante en
el tiempo discretizado. A esto se le llama traectoria.
Principios fsicos
Colectividad microcannica (NVE)
La forma ms simple de dinmica molecular ocurre en el colectividad microcannica. En
l, el sistema est aislado: su volumen no se altera (V) y no intercambia masa (N) ni ener!a
(E) con el entorno. "ara un sistema de N part!culas con coordenadas y velocidades , se
puede plantear el siuiente par de ecuaciones diferenciales de primer orden
$a funcin de energ'a potencial son las atracciones repulsiones
que sienten los tomos entre s' debido a los enlaces qu'micos,
interacciones electrostticas, van der Baals, etc. de las molculas. A
tambin se le conoce como campo potencial de fuerza es una
funcin de las coordenadas de las part'culas . 6ormalmente proviene
de clculos de qu'mica cuntica Ao experimentos espectroscpicos. Sin
embargo, el campo de fuerza generalmente tiene una forma funcional
que lo &ace pertenecer a la mecnica clsica.
$a traectoria de las part'culas es discreta en el tiempo. 6ormalmente se
elige un paso de tiempo su2cientemente pequeCo ,p.e#. :
femtosegundo- para evitar errores numricos de discretizacin. Para
cada paso de tiempo, se integra la posicin velocidad con un
mtodo simplctico como la integracin de Derlet. 0adas las posiciones
iniciales ,p.e#. la estructura de raos 3 de una prote'na- las velocidades
iniciales ,p.e#. aleatorias Eaussianas-, es posible calcular todas las
posiciones velocidades en el futuro.
$a colectividad 6D/
es dif'cil de realizar experimentalmente. Por ello, generalmente se utiliza
la colectividad 6D? o 6P? en las simulaciones. Sin embargo, las
simulaciones 6D/ son importantes para veri2car que un campo de
fuerza combinado con un algoritmo de integracin conserva la energ'a
del sistema.
/nsamble cannico ,6D?-
/n el ensamble cannico, el volumen no se altera ,D- no se
intercambia masa ,6-. $a temperatura ,?- se mantiene alrededor de la
media deseada. $a temperatura instantnea del sistema no es
constante, sino slo su promedio. /n la colectividad 6D?, la energ'a de
los procesos endotrmicos exotrmicos ,transiciones conformacionales
entre estados con diferentes energ'as potenciales- es intercambiada con
un termostato.
/xiste una gran variedad de termostatos para aCadir o remover energ'a
para mantener la temperatura promedio constante. 8ncluen la
reescalacin de velocidades, dinmica $angevin, termostato 6osF
)oover el termostato 7erendsen. 6o es fcil obtener una distribucin
de microestados correspondiente a la colectividad cannica, a que ello
depende del tamaCo del sistema, seleccin del termostato, parmetros
del termostato, paso de tiempo e integrador utilizados.
Potenciales en dinmica molecular
Potencial Lennard Jones
/l potencial $ennard Gones es un potencial a
pares que se usa en simulaciones de dinmica molecular para
comprobar la teor'a algoritmos existentes en el rea.
rmula molecular
$a frmula molecular es una representacin convencional de los
elementos que forman una molcula o compuesto qu'mico, propuesta
por 7erzelius a principios del siglo 383. "na frmula molecular se
compone de s'mbolos sub'ndices numricos. los s'mbolos se
corresponden con los elementos que forman el compuesto qu'mico
representado los sub'ndices, con la cantidad de tomos presentes de
cada elemento en el compuesto. As', por e#emplo, una molcula de cido
sulf+rico, descrita por la frmula posee dos tomos de &idrgeno,
un tomo de azufre H tomos de ox'geno. /l trmino se usa para
diferenciar otras formas de representacin de estructuras qu'micas,
como la frmula desarrollada o la frmula esqueletal. $a frmula
molecular se utiliza para la representacin de los compuestos
inorgnicos en las ecuaciones qu'micas. ?ambin es +til en el clculo
de los pesos moleculares.
/n un sentido estricto, varios compuestos inicos, como el cloruro de
sodio o sal com+n, minerales carecen de entidades moleculares, pues
estn compuestos por redes de iones, por ello, slo es posible &ablar
de frmula emp'rica. /#emplo: 6a(l es la frmula del cloruro de sodio, e
indica que por cada ion sodio, existe un ion cloro.
Compuestos comunes
xidos bsicos
Frmula
molecular
Nombre
Na
#
$ %ido de sodio
&
#
$ %ido de potasio
'$
%ido de
manesio
Hidrxidos
Frmula
molecular
Nombre
Na$( )idr%ido de sodio
&$(
)idr%ido de
potasio
*a($()
#
)idr%ido de calcio
'($()
#
)idr%ido de
manesio
xidos cidos
Frmula
molecular
Nombre
N
#
$ %ido nitroso
N$
#
di%ido de
nitreno
+$
#
di%ido de a,ufre
+$
-
tri%ido de a,ufre
cidos
Frmula molecular Nombre
(*l cido clor)!drico
(
-
"$
.
cido fosfrico
(
#
+$
-
cido sulfuroso
(
#
+$
.
cido sulf/rico
Sales
Frmula molecular Nombre
Na*l cloruro de sodio
Na
-
"$
.
fosfato de sodio
Na
#
+$
-
sulfito de sodio
Na
#
+$
.
sulfato de sodio
E!emplos de ecuaciones
H
2
SO
4
+ Na
2
CrO
4
CrO
3
+ Na
2
SO
4
+ H
2
O
reaccin del cido sulf/rico con el cromato de sodio
SO
3
+ SCl
2
SOCl
2
+ SO
2
s!ntesis de cloruro de tionilo
Ca(OH)
2
(a) + Na
2
CO
3
(a) 2 NaOH (a) + CaCO
3
(s)
reaccin de doble sustitucin
"umica or#nica
0rt!culo principal: Isomera
/xisten una gran variedad de compuestos orgnicos que se componen
fundamentalmente de cadenas carbonadas de tomos de carbono ,(-
que sirven de esqueleto donde se unen o enlazan tomos de &idrgeno
,)-, aunque tambin pueden contener tomos de ox'geno ,1-
nitrgeno ,6-, en menor medida, de fsforo ,P-, &algenos ,9, (l, 7r 8-
azufre ,S-. 0ebido a la existencia de ismeros muc&os compuestos
orgnicos con diferentes estructuras qu'micas poseen la misma frmula
molecular, por e#emplo la frmula molecular C
$
%
&'
representa a =I
compuestos, aunque slo :J de ellos &an sido encontrados se conocen
algunas de sus propiedades:
nFnonano
*Fmetiloctano. =Fmetiloctano HFmetiloctano.
=Fetil&eptano HFetil&eptano.
*,*Fdimetil&eptano. *,=Fdimetil&eptano. *,HFdimetil&eptano. *,IF
dimetil&eptano. *,<Fdimetil&eptano.
=,=Fdimetil&eptano. =,HFdimetil&eptano. =,IFdimetil&eptano.
H,HFdimetil&eptano.
=FetilF*Fmetil&exano =FetilF=Fmetil&exano.
HFetilF*Fmetil&exano HFetilF=Fmetil&exano.
*,*,=Ftrimetil&exano. *,*,HFtrimetil&exano. *,*,IFtrimetil&exano.
*,=,=Ftrimetil&exano, *,=,HFtrimetil&exano *,=,IFtrimetil&exano.
*,H,HFtrimetil&exano =,=,HFtrimetil&exano.
=,=Fdietilpentano.
*,*,=,=Ftetrametilpentano, *,*,H,HFtetrametilpentano.
*,*,=,HFtetrametilpentano, *,=,=,HFtetrametilpentano.
=FetilF*,*Fdimetilpentano, =FetilF*,=Fdimetilpentano =FetilF*,HF
dimetilpentano.