MECNICA MOLECULAR (MM)

MTODO DE CLCULO DISEADO PARA

OBTENER ENERGAS Y ESTRUCTURAS DE LAS
MOLCULAS.
MTODO ESTNDAR EN QUMICA TERICA.
FUNDAMENTO Y APLICABILIDAD DIFERENTES A
MECNICA CUNTICA:
Conceptos de enlace, ngulo, diedro e interacciones no
enlazantes.
Fundamentos de espectroscopa vibracional.
Formulismo mecnico-clsico.
Eficiente para sistemas moleculares extensos.

El clculo de la energa potencial y la geometra de una

molcula se lleva a cabo utilizando los llamados
CAMPOS DE FUERZA: conjunto de ecuaciones
(formulismo mecnico-clsico) las cuales se derivan
empricamente.

APROXIMACION DE BORN-OPPENHEIMER

H = E

Ecuacin de Schrdinger

=( el )( nuc )

Aproximacin de las partculas

independientes

MECNICA CUNTICA a partir de una configuracin

nuclear fija se estudia el movimiento electrnico.

MECNICA MOLECULAR se estudia el movimiento de

los ncleos y los electrones no se tratan explcitamente. Se
asume que se distribuyen ptimamente alrededor de los
ncleos.
La energa de la molcula en el estado electrnico fundamental
es una funcin de las posiciones nucleares.

Superficie Born-Oppenheimer = superficie potencial de MM

Es la superficie multidimensional que describe la energa de

la molcula en trminos de las posiciones nucleares. En
mecnica molecular esto se llama superficie de energa
potencial.
Ej: confrmeros de n-butano
2

Debido a la ntima conexin entre la estructura y la energa,

los clculos de Mecnica Molecular siempre involucran a
ambas. Para encontrar la estructura, necesariamente se debe
examinar la energa para ubicar donde se encuentra el
mnimo de sta ltima.

1: El mnimo (absoluto) de la superficie de energa potencial

describe la estructura de una molcula.

2: Una molcula es una mezcla de estructuras en diferentes

mnimos de energa (mnimos locales) siguiendo una
distribucin de Boltzmann.

3: Los tomos estn sujetos a vibraciones, es decir, las

estructuras no son estticas.

4: la agitacin trmica permite a las molculas saltar barreras

de activacin y moverse entre mnimos energticos.

MM (Qumica Terica) vs EXPERIMENTO

La Mecnica Molecular est basada en datos experimentales
Los campos de fuerza han sido diseados para reproducir las
estructuras vibracionales promedio a temperatura ambiente
(obtenidas por ejemplo de experimentos de rayos X).

Por qu el inters en la Mecnica Molecular?

MOTIVOS PRCTICOS
imposibilidad o extrema dificultad en realizar el
experimento.
necesidad de muestras grandes.
Un clculo de MM lleva generalmente unos minutos
.pero....
Problema de confiabilidad de MM.
El uso indiscriminado del mtodo lleva a errores
importantes.
Causa: El mtodo de Mecnica Molecular es emprico, es decir
que se derivan las ecuaciones de potencial y los parmetros
mediante el ajuste a los datos experimentales: la transferencia
no es ilimitada an en las mejores situaciones.
4

Si usamos las ecuaciones y los parmetros en otras situaciones

donde estemos interpolando resultados, entonces podemos
confiar en los mismos. Si queremos extrapolar las ecuaciones a
reas ms all de donde fueron testeadasla confiabilidad es
dudosa.

Hablamos de la capacidad de transferir (transferability) la

forma funcional y los parmetros. Esta es una caracterstica
importante de los campos de fuerza.
La posibilidad de transferir los parmetros es evidentemente
importante si queremos usar el campo de fuerza para hacer
predicciones.
CLCULOS DE MECNICA
MECNICA MOLECULAR

CUNTICA

VS

MECNICA CUNTICA:
Ms apropiado para el clculo de propiedades moleculares.
No requiere (en general) de informacin experimental.
Aplicabilidad restringida: pequeas molculas (algo mayores
con Mtodos Semiempricos y Funcionales de la Densidad).
Apropiados para estudiar nuevas molculas (incluyendo
estructuras de transicin).
Clculos costosos computacionalmente (tiempo = $$$).
5

MECNICA MOLECULAR:
A menudo resultados menos confiables que los obtenidos por
mtodos de mecnica cuntica (poca exactitud).
Requiere
cuntica!!!).

informacin

experimental

(y/o

de

mecnica

Mucho mayor aplicabilidad: macromolculas (miles de tomos)

-Apropiados para estudiar molculas estables de clases ya
estudiadas
-Clculos baratos computacionalmente.

CAMPOS DE FUERZA
Mecnica Molecular es el mtodo de clculo de campos de
fuerza
Un punto importante que debemos tener en mente es que los
campos de fuerza son empricos, lo que implica que no hay una
forma correcta para un campo de fuerza.
Los campos de fuerza que se emplean en Mecnica Molecular,
fueron desarrollados originalmente en una forma fsicamente
ms rigurosa a partir del anlisis vibracional.

Formalismo de espectroscopa vibracional

n tomos
3n coordenadas xi
Vo:mnima energa potencial
x0: coordenadas de mnima energa
3n

3n

i =1

i, j =1

Vpot = Vo + ( V / xi ) xi + 1 / 2 ( V / xi xj ) xi xj
3n

+ 1 / 6 V / xi xj xk ) xi xj xk + .....
3

i , j ,k = 1

Como la molcula est en un mnimo energtico:

el primer trmino V0 se toma como cero.
La derivada primera de la energa tambin es cero.
la energa potencial depende del tercer trmino.
Dentro de la aproximacin armnica y sustituyendo las
derivadas segundas por sus smbolos caractersticos, fij, se
llega a:
3n

Vpot = 1 / 2 fijxixj
i , j =1

campo de fuerza armnico

7

La relacin anterior define un sistema de osciladores

armnicos acoplados.
MATRIZ DE CONSTANTES DE FUERZA:
i=j: elementos diagonales.
ij: elementos fuera de la diagonal (off-diagonal)

Matriz diagonal: Ley de Hooke (osciladores armnicos

desacoplados)
La ley de Newton provee con la relacin entre las constantes
de fuerza y las frecuencias de vibracin:

k
=
m

=
2

Coordenadas cartesianas
Coordenadas internas
Coordenadas normales: modos normales de vibracin
En espectroscopa vibracional, a partir de las frecuencias
del espectro, se calculan las constantes de fuerza, en
Mecnica Molecular se sigue el procedimiento inverso, se
tiene un campo de fuerza dado y se calculan a partir del
mismo las frecuencias vibracionales.
8

Cul es el problema para determinar el campo de

fuerza molecular a partir de las frecuencias en un
anlisis vibracional?
Hay muchas ms constantes de fuerza que frecuencias para
una molcula dada.
Soluciones
Anlisis de espectros de molculas sustituidas
isotpicamente, de manera de obtener ms frecuencias sin
introducir constantes de fuerza adicionales.
Despreciar las constantes de fuerza off-diagonal de la
matriz!

CAMPOS DE FUERZA ESPECTROSCPICOS

Campo de fuerza central

Definido en trminos de distancias interatmicas (sin
discriminar entre tomos enlazados o no).
Diagonal (se desprecian los trminos cruzados).
Carente de significado qumico.

Campo de fuerza de valencia

Definido en trminos de coordenadas internas: enlaces,
ngulos y diedros.
Diagonal.
Las fuerzas actan tanto paralela como perpendicularmente a
los enlaces entre tomos restaurando los valores de equilibrio
correspondientes:
2

V = 1 / 2 fr , i (ri roi ) +1 / 2 f , k (k ok ) +
i

1/ 2

f, l (l ol )

El inconveniente de los campos de fuerza diagonales es que sus

constantes de fuerzas no son TRANSFERIBLES.

Solucin:
Recuperar algunas constantes de fuerza. Se sabe que las
constantes off-diagonal no despreciables son aquellas que tienen
que ver con coordenadas que terminan en un mismo tomo o
en tomos contiguos.
Incorporar trminos adicionales al campo de fuerza (UreyBradley)

10

Campo de fuerza Urey-Bradley

V = 1 / 2 fr , i (ri roi ) +1 / 2 f , k (k ok ) +
2

1/ 2

f ( )
,l

ol

r, i

3n

3n

+ f rij + f rij +
i , j =1

i , j =1

( ri r 0i ) + f , k (k 0 k ) +
k

,l

(l 0l )

Este campo de fuerza tiene en cuenta interacciones no

enlazantes (1,3-no enlazantes) entre tomos unidos a un
tomo en comn.
Posee un carcter de transferencia mucho mayor a los
anteriores.

En Mecnica Molecular, tambin existen campos de fuerza

similares (de tipo valencia y de tipo Urey-Bradley).

11

CAMPO DE FUERZA TIPO DE MM

V =

k / 2 (l l
i

enlaces

k / 2 ( )
i

impropios
N

i ,0

) +

k / 2 (
i

ngulos

i ,0

) +

/ 2(1 + cos(n )) +

torsionales

qiqj
(4i ` j[(ij / rij ) (ij / rij ) ] +
)+

4orij
i =1 j =i +1
12

trminos especiales
Mecnica Molecular, en contraste con Mecnica Cuntica,
necesita informacin suplementaria a la ecuacin de clculo
de potencial:

concepto de tipos de tomos

12

BOND STRETCHING Y ANGLE BENDING

El modelo MM concibe a los tomos en las molculas como
pequeas bolas con determinada masa unidos entre s por
resortes, los cuales actan restaurando los valores naturales
de distancias y ngulos.
La aproximacin ms elemental es usar la ley de Hooke
(aproximacin armnica).

Venlaces =

ki / 2 (li li ,0)

enlaces

Vngulos =

ki / 2 (i i ,0)

ngulos

La aproximacin armnica es generalmente vlida aunque en

algunas situaciones es deseable representar efectos
anarmnicos que puedan deformar las coordenadas:
Funcin de Morse

13

V (l ) = De {1exp[a(l l 0)]}

De: profundidad del mnimo energtico

l0: valor de referencia del enlace.

La funcin de Morse no es muy utilizada porque es

costosa computacionalmente debido al trmino
exponencial y adems requiere de tres parmetros.
Inclusin de trmino cbico

V (l ) = 1 / 2 kl (l l 0) + kl (l l 0)
2

El trmino cbico es menos costoso de calcular.

Describe bastante bien la curva de potencial real de un
enlace.
A valores lejanos del de referencia se invierte!!!

14

En angle bending, no es tan comn utilizar otros tipos

funcionales que Hooke.
En caso de deformaciones grandes, es posible subsanarlo con
interacciones no enlazantes apropiadas o introduciendo un set
de parmetros distintos
DIEDROS PROPIOS (TORSIN)
Surgen por la incapacidad de reproducir barreras energticas en
el etano, slo con interacciones covalentes y no enlazantes
tpicas (van der Waals).
Los potenciales de torsin siempre se expresan como funciones
trigonomtricas del tipo:
N

V ( ) = Vn / 2[1 + cos(n )]
n =0

= ngulo de torsin
n = multiplicidad. Da el nmero de mnimos cuando el
enlace se rota 360.
Vn = es la altura de la barrera
En general, para una coordenada, se usa uno o dos trminos
de la sucesin.

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V () =V 3 / 2[1 + cos(3)]

etano

V () =V 2 / 2[1 cos(2)]

eteno

Para coordenadas involucrando diferentes sustituyentes y

especficamente heterotomos se utilizan combinaciones de
trminos con diferentes multiplicidades.
Ej: V1 y V2 en alcanos, V4 en alquenos
DIEDROS IMPROPIOS
Tambin conocidos como out of plane (fuera del plano)
En principio podran representarse de la misma forma que
los diedros propios (multiplicidad 2) pero en general se
prefiere representarlos aparte.
Se representan con un trmino tipo Hooke al igual que
angle bending y bond stretching. Esto introduce una fuerza
de restauracin que impide que el grupo se mueva fuera del
plano.
Ej: ciclobutanona, benceno, estructuras aromticas en
general

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INTERACCIONES NO ENLAZANTES
No dependen de relaciones de enlace especficas. Son
interacciones a travs del espacio.
Inter o intra moleculares
Dos tipos bsicos:
Electrostticas.
Van der waals

INTERACCIONES ELECTROSTTICAS
Expansin de multipolo central (carga, dipolo, cuadrupolo, etc.)

q cos (3 cos2 1)
( r ) =1 / 40( +
+
+...)
2
3
r
r
2r
El primer trmino distinto de cero es el que domina el
potencial electrosttico (y la interaccin).
Ventajas:
eficiente, menos cantidad de clculos
Desventajas:
Poca aplicabilidad. Las molculas deben estar separadas
por distancias mayores a sus dimensiones moleculares.
No se puede aplicar a interacciones intramoleculares!
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Cargas puntuales atmicas

NA NB

qiqj
j =1 4 0 rij

V =
i =1

La interaccin electrosttica entre dos molculas (o entre

diferentes partes de la misma molcula) puede calcularse
como la suma de las interacciones entre pares de cargas
puntuales utilizando la Ley de Coulomb.
Ventaja: aplicabilidad general
Desventajas: mayor tiempo de clculo
necesidad de determinar cargas puntuales
Clculo de cargas puntuales
1) A partir de los momentos elctricos y la geometra
2) Reproduccin de propiedades termodinmicas calculadas
(MonteCarlo y Dinmica Molecular)
3) A partir de Mecnica Cuntica
Mtodo de Mulliken.
A partir del potencial electrosttico.
Mtodo de Bader.
4) Para molculas grandes, uso de valores derivados de
fragmentos ms pequeos.
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INTERACCIONES DE VAN DER WAALS

Surgen de la imposibilidad de explicar las desviaciones del
comportamiento de gases ideales slo con las interacciones
electrostticas.
La interaccin de van der Waals resulta de la contribucin de dos
componentes:
fuerzas de atraccin (dispersin de London)
fuerzas de repulsin

Fuerzas de atraccin: Modelo de Drude

Dos dipolos interaccionando entre s.
2
2

+1 / 2k z 2 = E
2m z 2

Ecuacin de Schrdinger para el oscilador armnico.

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La energa de interaccin entre los dipolos es:

V (r ) =

3 4
4(4 0) 2 r 6

Considerando todos los momentos elctricos:

V (r ) = C 6 / r 6 + C 8 / r 8 + C10 / r10 + ...

Fuerzas de repulsin: Fuerzas de intercambio

La componente repulsiva tambin tiene un origen mecnico

cuntico en trminos del principio de exclusin de Pauli.
El efecto del intercambio es reducir la repulsin electrosttica
entre pares de electrones prohibiendo que se encuentren en la
misma regin del espacio (la regin internuclear).
La reduccin de la densidad electrnica en la regin internuclear
provoca la repulsin entre los ncleos que ahora estn
parcialmente desblindados.

A distancias cortas, la repulsin vara segn 1/r pero a mayores

distancias decae exponencialmente segn exp(-2r/a 0), donde a0
es el radio de Bohr.
20

Modelo de Lennard-Jones:Potencial 12-6

V ( r ) = 4[(

12

) ]

= dimetro de colisin, es la separacin para la cual la

energa es cero.
= profundidad del pozo
Alternativamente:

rm 12
rm 6
V (r ) = {( ) 2( ) }
r
r
rm = distancia correspondiente al mnimo de la funcin
No existen argumentos tericos de peso para el exponente 12
en la parte repulsiva de la interaccin.
Ecuacin de Buckingham

6 ( r 1) rm 6
V (r ) = [
( )]
e rm
6
6 r
Parmetro adicional
Se invierte a distancias muy pequeas (fusin nuclear!)
21

SISTEMAS POLIATMICOS
Para sistemas con diferentes tipos de tomos, se van a necesitar
calcular interacciones de van der Waals entre diferentes tomos.
Los parmetros para las interacciones cruzadas se derivan de
las interacciones puras (entre tomos iguales):
Reglas de Lorentz-Berthelot

AB =1 / 2(AA +BB )
AB = AABB
rmAB = RAA + RBB
RAA = rmAA, RBB = rmBB

Aproximaciones en la evaluacin de las interacciones de van

der Waals
Distribucin esfrica de electrones alrededor del ncleo.
Fuerzas intermoleculares semejantes a fuerzas intramoleculares.
Potencial evaluado de a pares.

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TRMINOS ESPECIALES EN EL CAMPO DE FUERZA

Enlaces de H
Algunos campos de fuerza tratan explcitamente los enlaces de
hidrgeno en las molculas.
Es comn el uso de potenciales similares a Lennard-Jones:

V (r ) =

A
r

12

C
r10

Generalmente, los campos de fuerza no tratan explcitamente

este tipo de interaccin sino que ya son implcitamente tenidas
en cuenta en las interacciones no enlazantes.
Concepto de United atoms
El nmero de interacciones no enlazantes aumenta con el
cuadrado del nmero de sitios presentes.
La manera de reducir el nmero de interacciones es incluir
algunos de los tomos (usualmente los H) dentro de otros
tomos a los cuales estn enlazados.
Por ejemplo: un grupo metilo puede modelarse como un nico
united atom.

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Polarizabilidad
ind = E
= dipolo inducido, =polarizabilidad, E = campo elctrico
La energa de interaccin entre el dipolo y el campo es:
V(,E) = -1/2(E2)

La polarizacin es un efecto cooperativo.

MM puede incluir polarizacin a nivel atmico:

Induccin de dipolos en cada tomo a partir del campo
elctrico en cada tomo generado por el resto.

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Trminos cruzados
Reflejan el acoplamiento entre las coordenadas internas.
Ms importantes en campos de fuerza espectroscpicos.

Stretching-bending

Vstr / bend = 1 / 2kr (r ro)( 0)

Torsion-bending

Vtor / bend = kTB ( o)( 0)

Stretching-torsion

Vstr / tor = kST (l lo)(1 + cos(n ))

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PARAMETRIZACIN DE LOS CAMPOS DE FUERZA

Asignacin de valores a todos los parmetros utilizados en el
campo de fuerza: constantes de fuerza, coordenadas de mnima
energa, parmetros de van de Waals, etc.
Fuentes para parametrizacin

Experimentales (estructurales y energticas)

- Datos de Espectroscopa Vibracional (molculas simples
para bond stretching, angle bending y torsin)
-Scattering para van der Waals

Tericas (clculos de Qumica Cuntica ab initio)

-Bond stretching, angle bending y torsin
-Potencial electrosttico para cargas

Mtodos de optimizacin de parmetros:

Ensayo y error.

Mtodo de mnimos cuadrados (Lifson SCFF).

y ( x + x) = y ( x) + Z x + ....
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y = vector de diferencias entre los datos calculados y

observados.
x = vector de parmetros del Campo de Fuerza
Z= matriz de derivadas de cada propiedad con respecto a cada
parmetro.

El procedimiento es iterativo de manera de minimizar la suma

de los cuadrados de las diferencias y2.
1) Se asignan los valores a los parmetros.
2) Se calculan las propiedades con este set de parmetros y se
obtienen las diferencias con respecto a los valores
observados.
3) Se calculan las derivadas primeras de cada propiedad con
respecto a cada parmetro.
4) Se obtiene un nuevo set de parmetros y se vuelve al paso 2
del ciclo.

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En Mecnica Molecular es clave que los parmetros posean

un grado de transferencia muy alto.

Campos de fuerza de uso comn:

MM2/MM3: compuestos orgnicos en general.

AMBER: Assisted Model Building with Energy Refinement.
Parametrizado para polipptidos, protenas y cidos nucleicos.
OPLS: Optimized Potential for Liquid Simulation. Diseado
para modelar lquidos.
GROMOS: Gronigen Molecular Simulation. Se usa para
predecir el movimiento dinmico de las molculas y los lquidos.
Tambin se usa para modelado biomolecular.
CHARMM: Chemistry at Harvard Macromolecular Mechanics.
Diseado originalmente para protenas y cidos nucleicos. Ahora
se aplica a biomolculas, dinmica molecular, solvatacin, etc.

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