Universidad de Zaragoza

Curso de Master en
Física y Técnologías Físicas
Física de Materiales y Grandes Instalaciones

Absorción de rayos-X
(XAFS)
Estudio y aplicación de una técnica espectroscópica de Rayos-X a
la Física de la Materia Condensada para la caracterización
estructural de materiales

Maria Grazia Proietti Cecconi

 GUIÓN

!Introducción
!Principios básicos
!Formalismo general
!Los experimentos y el análisis de datos
!Ejemplos de aplicación

Objetivos: dar una visión general, a estudiantes de

tercer ciclo, del formalismo teórico y de los principio de
aplicación de una técnica espectroscópica de amplia
utilización en la estructura de la materia
 Introducción
• La historia de los rayos-x, desde su descubrimiento en 1895, ha
estado ilustrando el desarrollo de la ciencia del siglo XX. Trabajos
basados en la utilización de lo rayos-x han dado lugar hasta hoy a 16
premios Nobel.
• Los rayos-x son ondas electromagnéticas con una λ muy pequeña,
que pueden penetrar en cuerpos opacos a la luz visible, ser
difractadas por los átomos de un medio y absorbidas excitando
electrones de los niveles profundos de un átomo.
• Las dos técnicas espectroscópicas más utilizadas en la aplicación
científica de los rayos X son sin duda la difracción y la absorción.
• La difracción es una técnica que proporciona información
estructural de largo alcance. La absorción da información de corto
alcance sobre la estructura local y el estado electrónico de la
especie atómica involucrada en el proceso.
• Las aplicaciones de estas dos técnicas espectroscópicas se han visto
en los últimos decenios enormemente impulsadas por la
construcción de fuentes de radiación de sincrotrón de tercera
generación, aceleradores de partículas diseñados expresamente
para producir haces de luz especialmente intensos.
Características de la luz de sincrotrón:
- espectro muy amplio
- alto flujo
- polarización (lineal y circular)
- pulsos
- brillo

Sincrotrón europeo
de Grenoble ESRF
 ¿ Qué es el XAFS ?
(X-ray Absorption Fine Structure)
d

I0 I1
detector

muestra
− µd
I = I 0e µ ( E ) = Nσ ( E )
! El proceso físico básico consiste en la
excitación de electrones atómicos de
los niveles profundos por absorción de
un fotón.
! Se mide la optical density µd, donde µ GaAs
el coeficiente de absorción, en función As K-edge
de la energía del fotón incidente.
! µ tiene variaciones abruptas de

µd
intensidad (umbrales de absorción)
cuando la E del fotón es igual a la
energía necesaria para excitar un
electrón de core a estados excitados
discretos o continuos.
! Se observan oscilaciones de estructura
fina por encima del umbral
11.5 12 12.5 13 13.5
E(KeV)
 XANES: X-ray Absorption Near Edge Structure

EXAFS: Extended X-ray Absorption Fine Structure

2
XANES (region within ~ 50 eV of the absorption edge)

1.5 EXAFS (region well above the absorption edge,up to 1 keV)

Características del XAFS :

µ (E)

1
• sonda atómica local (short-range order)

0.5 • composición/coordinación atómica

Fe K-edge XAFS of Fe3O4 • estado químico/oxidación

0
• utilizable para cualquier elemento o
fase:gases, liquidos, cristales, amorfos
7000 7200 7400 7600 7800
E (eV) • requerimientos experimentales mínimos,
bajas o altas concentraciones,diferentes
entornos (T, P, H, vacío, “in situ”... )
 Interacción rayos X- materia
Decay mechanisms
X-ray
fluorescence Auger electrons
Photo-electric
EA Absorption
hνF Photo-electrons

E
hν
I1
I0

hν Scattering
hν′
Difusión Inelastica Difusión Elástica
(Compton scattering) (Thomson scattering)
 Atomic cross section (E < 1 MeV)

104
3
Photoelectric
10 absorption

102
µ/ρ = (NA/A)σa
µ/ρ (cm2/gr)

101 Thomson sc.

100

10-1
σa= σpe + σcoh + σincoh
10-2 Compton sc.

10-3
-4
Fe (Z=26)
10
0 1 2 3
10 10 10 10
E (keV)
 Proceso de absorción de rayos-X
absorción
efecto fotoeléctrico
1 ≤ E ≤ 100 keV (rayos X duros)

El electrón es extraído de un
nivel de core del átomo que
queda en un estado excitado
con un hueco de core. El
photo-electron se propaga en
el continuum de estados
energéticos posibles

El estado excitado de core hole relaja hacia el estado fundamental a

través de dos mecanismos
Fluorescencia de rayos X más probable a altas energías y efecto
Auger más probable a bajas energías.
Fluorescencia de rayos-X Efecto Auger
(proceso radiativo) (proceso non radiativo)

un electrón L o M llena el hueco y un electrón de un nivel de más alta

un fotón es emitido con una energía llena el hueco, el exceso de
energía igual a la diferencia entre energía se manifiesta con la emisión de
los niveles involucrados un fotoelectrón procedente de otro
nivel de core.

Continuum Continuum
El mecanismo de absorción se manifiesta de la forma más directa en
el coeficiente de absorción µ
d
−µd
I = I 0e µ ( E ) = Nσ ( E ) I0 I

40
µ(E) ∝ Z4 / E3 + Umbrales de absorción 35
K

10
4
30 E ~ Z2
25

E (keV)
Ag
3
10
Fe 20
µ/ρ (cm /gr)

102
2

15
L
III
10
1 10

0 5
10 O

-1 10 20 30 40 50 60 70 80 90
10
1 10 100 Z
E (keV)
Selectividad química
 XAFS la estructura fina de µ : un modelo
intuitivo
Un átomo aislado

El átomo absorbe un fotón X con µ(E) muestra el umbral de absorción

energía E=hν y se crea un hueco para E=E0. No se observan
con energiá E0 y un fotoelectrón es extructuras por encima del umbral
emitido con una energía (E-E0).
 Una molécula diatomica

E=hν
Interferencia S

2
destructiva

E1 E
constructiva

El fotoelectrón emitido se El efecto de interferencia entr la

propaga, es difundido por el onda directa y difundida hacia
átomo vecino y vuelve hacia el atrás en el sitio del átomo central
átomo central (absorbedor) da lugar a la modulación de µ

µ(E)- µ0 (E) µ0(E) smooth “bare atom” background

Parte oscilatoria de µ χ(E) =
∆µ0(E0) edge step
∆ µ0 (E0)
 GaAs • Las oscilaciones EXAFS se deben a un
Ga K-edge µ − µ0 efecto de interferencia cuanto-
χ (k ) = mecánica entre la función de onda
µ0 saliente del fotoelectrón y la función
κ∗χ(κ)

de onda dispersada por los átomos

vecinos
• La transformada de Fourier de la señal
EXAFS muestra unos picos próximos a
las distancias interatómicas del medio.
5 10 -1 15 • El EXAFS es una técnica que
k(Å ) proporciona
k ( E ) = 2π / λ =
1
2 m ( E − E0 ) SELECTIVIDAD QUÍMICA,
h al seleccionar el umbral de absorción de
∆Φ ∝ κ∆r = 2kr j ϕ ∝ ∑ sin 2kr j una de las especies químicas de la
j muestra.
0.4

0.3
hν
rj 0.2
F.T.
0.1

0
0 1 2 3 4 5 6
R (Å)
 Formalismo general del EXAFS
La fórmula EXAFS (dispersión simple) (SS)

µ−µ 3(εˆ ⋅ rˆj ) 2

=∑j
−2σ j 2 k 2 −2 r j / λ ( k )
χ (k ) = 0
f j (k , π ) sin(2krj + 2δ1 (k ) + φ j (k ))e e
µ 0
krj2

amplitud compleja de retrodifusión

k del fotoelectrón
f ( k , π ) = f ( k , π ) e iφ desorden térmico y estático
1
k= 2 m ( E − E0 ) (Debye-Waller)
h

desfase del átomo central pérdidas inelásticas

λ libre camino
medio del fotoelectrón

Ajustando esta expresión a la c experimental se

rj
pueden obtener informaciones estructurales
rj acerca del sistema estudiado, como distancias
interatómicas, números de coordinación,
factores de Debye-Waller estáticos y
dinámicos, ángulos de enlace, composición.....
 Esquema del formalismo teórico J.J. Boland et al J. Chem. Phys. 77,
(1982)

Interacción radiación-átomo Teoría de las perturbaciones dependientes

del tiempo
H(t) = H0 + V(t)
Hamiltoniano del sistema átomo + radiación
hν
e e Hat + Hrad +Hint
Regla de oro de Fermi
(aproximación dipolar y densidad
continua de estados finales)
µ = nσ ∝ W 1 2π r 2
W = = 2 ∑ f εˆ ⋅ r u ρ (ω f )
τ h f
Cálculo de los estados finales del Ecuación de Lipmann-Schwinger
fotoelectrón para un átomo no aislado
Desarrollo en serie del operador de dispersión
T = V + VG0±V + VG0±VG0±V + VG0±VG0±VG0±V + .
hν
caminos de dispersión &
dispersión por un V central
(método de los desfasajes)
f en el origen
CÁLCULO DE W
 Teoría de las perturbaciones dependientes del tiempo
Se calcula W en el caso de un sistema con unos estados finales con muchos niveles
posibles muy poco espaciados,como puede ser el caso para el efecto fotoeléctrico
donde , debido a la absorción de un fotón un electrón es emitido y tiene una
distribución continua de estados finales posibles

∂
Hˆ U (t , t 0 ) = ih U (t , t 0 ) Hˆ = Hˆ 0 + V (t )
∂t
∞
U (t , t 0 ) = U (t , t 0 ) + ∑ U n (t , t 0 )
0
operador de evolución temporal del sistema
n =1 t

0
{
U (t , t ' ) = exp − iHˆ 0 (t − t ' ) / h } V(τ)
f

∞ τ
= ∑ u U n (t , t 0 ) f
2 2
Wu→ f = u U (t , t 0 ) f
n =1
u

t0

u U f = − ∫ dτ {exp[(−iE f0 (t − τ ) h ]V fu (τ ) exp[(−iEu0 (τ − t0 ) h ]}
1 i t
h t0
 Hamiltoniano de interacción fotón-átomo

hν
e e

H = HE + HR + HI
 1 r 2  gse r r r 
H = ∑
j  2m
(
pˆ j − eA(rj , t  − ∑  )
 j  2m
s ⋅ B (r , t )  + Vcoul + H R

H de electrones no relativísticos interaccionando con un campo e.m.
pˆ 2j
1 r 1
Hˆ E = ∑ − e∑ φ (rj ) + Zeφ (0) H atómico
j 2m 2 j 2
1 1
H R = ∫ ( ε 0 ET + µ0 H )dV = ∑ hωk (aˆk aˆ + )
ˆ 2 +
H de la radiación
2 k 2

er r r H de interacción
H I = −∑ p j ⋅ A(r , t )
ˆ (despreciando el término de interacción
j m con B y el término en A2)
 Primer término perturbativo

21
∑ Regla de oro de Fermi
2
W= = 2 f H I u δ (ω u − ω f )
τ h f
rr
ik ⋅r
r rr e ≈1
ik ⋅r
f H I u = f p ⋅ ε̂ e u e
hν

r m r
f H I u = f p ⋅ ε̂ u = ω f f r ⋅ ε̂ u Aproximación de dipólo
i
En aproximación dipolar y para una
1 2 2π r distribución de estados finales
∑
2
W = = 2 f εˆ ⋅ r u ρ (ω f )
τ 1h continua y un solo electrón
f

Regla de selección para transiciones dipolares:

el operador de dipólo tiene paridad impar f y u tienen que tener paridad
opuesta

s → p, p → d ,... ∆l = ± 1
El estado final del átomo no aislado

hν

Hay que calcular el estado final del fotoelectrón generado por absorción de
un fotón considerando que alrededor del átomo central están los átomos del
medio.
aproximación one-electron
Se desprecian todos los efectos a muchos cuerpos debidos a los demás
electrones tanto del core del átomo emisor como de los átomos vecinos. (Se
introduce un factor de corrección de amplitud debido a la relajación de los N-1
electrones no involucrados directamente.) 2 2
S0 = Ψ N −1 Ψ
i f
N −1 ≅ 0.7 ÷ 0.9
aproximación de muffin-tin
V se representa como una suma de potenciales esféricos de
alcance finito y no superpuestos, centrados en cada átomo del
sistema. El valor del potencial en la región intersticial es constante
y representa el cero de la energía del fotoelectrón.
hay que calcular las autofunciones de H i y f
3/ 2
1Z   Zr 
r i =   exp −  Estado inicial:
π  a0   a0  función de onda del átomo hidrogenoides

Estado final: determinado por el potencial del átomo

f central y de los átomos vecinos

(E − Hˆ ) f
0 ± = V f± la ecuación de Schrödinger se puede invertir
utilizando las funciones de Green

f ± = k + G0±V f ± = k + G0±T k Ecuación de Lipmann-Schwinger

r k autofunción normalizada de Ho , representa la asíntota de r f

G0± operador de Green de la partícula libre
T operador de difusión T k =V f
T se puede expresar como suma de los operadores tj que corresponden a la
difusión por cada centro j
T = ∑ t j + ∑ t j G0ti + ∑t G t G t
j 0 i 0 k + ...
j i≠ j i≠ j≠k

Sustituyendo en la ecuación de Lipmann Schwinger se obtienen una serie de

términos que corresponden a diferentes procesos de difusión

t +j G0+ ti+ G0+ tc+ G0+ t +j G0+ tc+ G0+ ti+ G0+
j i i i i
j j j
+ +
c + +
c c c 4
1 2 3

i 1 2 dispersión simple (2 átomos)

j j i
+ + 3 4 dispersión simple (2 átomos)
+... + interferencia (atomo centralx2)
c c
5 6 5 6... dispersión multiple
ti+ G0+ t +j G0+ t +j G0+ ti+ G0+ (3 átomos diferentes)
 dispersión simple
para deducir la fórmula EXAFS vamos a considerar los procesos de
dispersión simple 1 y 2, y también los procesos a 3 átomos 3 y 4, porque,
al ser el tercer átomo el mismo átomo central, corresponden al mismo
camino de dispersión, pero introduciendo en la amplitud de la onda
difundida el término de fase δ1 del átomo central.

+ +
Se introducen los términos t j G0 y tc+ G0+ t +j G0+ en el elemento de matriz
r r r r
f εˆ ⋅ r i = k εˆ ⋅ r i + ∑ k t +j G0+εˆ ⋅ r i + ∑ k t0+ G0+ t +j G0+εˆ ⋅ r i
j j

efecto fotoeléctrico
términos de interferencia
 Sustituyendo el operador de Green e integrando en r se obtiene
(2π ) 2 m 1
∑ j 0
r
k t G εˆ ⋅ r i = −∑
+ +
2
M (k , Z )(εˆ ⋅
r
r j ) k t +
j kj
j j h rj

(2π ) 2 m 1
∑ c
+ +
0 j
r
k t G t G εˆ ⋅ r i = ∑
+ +
0 2 2
M (k , Z )(εˆ ⋅ ˆ
r j ) k t +
c k '
k '
t +
j kj
j j h rj j j

r' dirección de propagación del fotón retrodispersado

k j = − krˆj

Hay que representar el problema centrado en el origen (el

átomo central)
t +j ⇒ t 0j

r r r
+ − i ( k j − k )⋅ r j
k t kj = e
j k t 0j k j

r r h2
f j (θ j )
Procesos de dispersión
elástica k = k' k t 0j k j =−
m4π 2
 Dispersión de una onda por un potencial esférico
dS

θ
rr
ψ in = e ik ⋅ r rr
f (θ ) ikr
ψ r →∞ = e ik ⋅ r
+ e
r
dσ
1 ∞
( )
2
= f (θ )
dω f (θ ) = ∑ (2l + 1)Pl (cosθ ) e 2iδ l − 1
2ik l =0

r r r  
i ( k j −k )⋅r j h2 ikr j 1−cosθ j 
k t +j k j = e k t 0j k j =− f (
θ )e  
m4π 2
j j

ikr j 1−cosθ j    r
r
k t j G0 εˆ ⋅ r i = ∑ M (k , Z )(εˆ ⋅ rj ) f j (θ j )e
r 1 r θ = ˆ ⋅ = ˆ ⋅
1 ∑
j
+ +

j rj
  cos j k k j k r j

k t G t G εˆ ⋅ r i = ∑ 2 M (k , Z )(εˆ ⋅ rˆj ) f j (π − θ j ) f j (π )e
r 1 i 2kr j
2 ∑
j
+
c
+ +
0 j
+
0
j rj
Finalmente para obtener la sección eficaz de absorción hay que calcular

r
σ (k ) ∝ W ∝ f ε ⋅ r i
ˆ
2
= M (k , Z ) εˆ ⋅ kˆ + [1] + [2] ( ) 2

válida para un determinado k̂ para obtener la sección eficaz promedio es

necesario integrar sobre todos los posibles valores de k
El cálculo se limita a los 4 términos de orden más bajo en rj

1 ∫ M (k , Z )
2
( )ˆ
ε ⋅k
ˆ
2 dΩ

4π
k 1
= M (k , Z )
3
2

dΩ k (εˆ ⋅ rˆ ) 2
 f j π  + f j  0  
∫ 2 Re M k , Z × [1] 4π = − M
2ikr j  
2 *
( ) 2
∑ j
Im e
 
j r j2

3 ∫ [1]
dΩ k (εˆ ⋅ rˆ ) 2
2 dΩ k
∑ ∫
2 2
=−M f θ
 
j
 
4π r j2 4π
j j
j

dΩ k (εˆ ⋅ rˆ ) 2

[( ) ]
∫ 2 Re M (k , Z )× [2] 4π = − M Im e 2δ1 − 1 f j π e j
2ikr
∑
* 2 j
4
2
j rj
 Para evaluar las integrales hay que:
rr
desarrollar la onda plana e ik ⋅r
y (εˆ ⋅ kˆ ) en armónicos esféricos
rr
desarrollar e −ik ⋅r j
y f (θ j ) en polinomios de Legendre

considerando que el término 3 se cancela con el segundo término del 2 en virtud del
teorema dΩ k 2
Im f (0) = ∫ f θ 



óptico 4π
j j

Se puede finalmente calcular el coeficiente de absorción

1 (εˆ ⋅ r ) 2

Im  f j π e
2ikr j +δ1 
∑
2 2
µ = nσ ∝ M − M j

3 j r j2  
cuya parte oscilatoria está definida como

µ − µ0 3(εˆ ⋅ r j ) 2
χ (k ) = =∑ f j (π ) sin [2kr j + 2δ 1 + φ (k )]
µ0 j kr j2

f j  k , π  = f j  k , π  eiφ

 Dispersión multiple

Los fenómenos de dispersión que involucran más de dos átomos no siempre son
despreciable en el EXAFS. En particular los procesos a tres átomos pueden ser
importantes para una determinación exacta de la distancias interatómicas.

Hay que tomar en consideración términos sucesivos en el desarrollo en serie de

T,

j i j j i j i
i
c c c c

+ + +
t G t G + + + +
t G t G + tc+ G0+ t +j G0+ ti+ G0+ t +j G0+ ti+ G0+ t +j G0+
i 0 j 0 j 0 i 0

El cálculo es del mismo tipo que en el caso de dispersión simple aunque

más laborioso y añade términos ulteriores a la fórmula EXAFS
 µ − µ0 3(εˆ ⋅ rˆn )
2
χ (k ) = =∑ f 
π , k 
sin[2krn + 2δ 1 (k ) + φn (k )]
µ0 2  
n
n =i , j krn

6(εˆ ⋅ rˆi )(εˆ ⋅ rˆj ) 

+ f i  β , k  f j α , k  sin [k (ri + rj + rij ) + 2δ 1 (k ) + φ j (k ) + φi (k )]
kri rj rij
3(εˆ ⋅ rˆi )
[ ]
2
+ 2 2
f i π , k  f j α , k  sin 2k (ri + rij ) + 2δ 1 (k ) + 2φ j (k ) + φi (k )
kri rij

j
ri- rj
α
β
Los términos de dispersión múltiple pueden
i ser importantes dependiendo del ángulo de
rj bridging θ y de las amplitudes de dispersión
de las diferentes especies atómicas del
ri
medio.
θ

c
 EXAFS: INFORMACIÓN ESTRUCTURAL (aproximación de SS)
µ − µ0 3(εˆ ⋅ rˆj ) − 2σ j 2 k 2 − 2 r j / λ ( k )
χ (k ) = = ∑j f j (k , π ) sin(2kr j + 2δ 1 (k ) + φ j (k ))e e
µ0 kr j2

Si conocemos f (k) and δ (k) podemos tener información directa acerca de:

Frequencia Amplitud
Damping
distancias Numeros de coordinación
Factores de Debye-Waller
interatomicas N
σ2
Rj
(desorden térmico y estático)
EXAFS: Sensibilidad a la fase del sistema (amorfo-cristal)
Germanium
cristalino
Germanium
Amorfo 77 K

300 K

1 capa de coordinación

Varias capas de coordinación

Efecto Debye-Waller (T)
 Análisis de Fourier
Se puede pasar del espacio k al espacio R calculando la transformada de
Fourier de la señal experimental que nos proprciona una cantidad proporcional
a la función de distribución radial poniendo en evidncia la differemte capas
(shells) de coordinación.
0,15 0,4

Fe-O = 2.005 Å

Fourier Transform Magnitude (·k)

0,1
MnFe2O4 0,35
Fe K edge 0,3
Fe-Fe = 3.005 Å
EXAFS signal

0,05
0,25
Fe-Mn = 3.523 Å
0 0,2

0,15
-0,05
0,1
-0,1
0,05

-0,15 0
4 6 8 10 12 14 16 0 1 2 3 4 5 6
k (Å-1) R (Å)

(FT distances are shifted by ~ -0.5 Å)

 EXAFS: sensibilidad al tipo de átomo
La amplitud debackscattering f (k) y la fase δ (k) dependen del número atómico Z

Back-scattering Central-atom

[Calculated by Feff 6.01]

EXAFS: a short-range order probe
El camino libre medio λ (k) limita el alcance del fotoelectrón
• Inelastic scattering
• Core-hole finite life-time

−2 R j λ (k )
λ = λ(k) e Rmax~ 10 Å
λ < 25 Å
R 2j
Aplicaciones
" Catalysis
" Chemistry
" Material Science (High Tc, CMR, ...)
" Magnetic materials ← XMCD
" Amorphous and Liquid systems
" Thin films and surface science
" Biological materials
" Environmental science

Perspectivas
! Time-resolvedXAFS
! Micro- or Nano-XAFS
! DAFS (Diffraction anomalous Fine Structure)
 XANES
No simple formula to fit

Full MS approach

Easy qualitative finger-print analysis

#Coordination chemistry (octahedral,
tetrahedral, distortions)
#Molecular orbitals (p-d hibrydization)
#Valence state (edge shift)
#Oxidation state & phases

More complex ab-initio calculations

more and more quantitative and user
friendly
Different codes available (Feff8, FDMNES
MXAN)
Now XANES fitting possible (MXAN)
 Experimentos XAFS:
principales requerimientos experimentales

• Haz monocromatico con buena resolución en energía

(∆E ≈ 1eV at 10keV )

•Amplio rango de energías (4keV<E<75keV)

• Alta intensidad del haz: S/N ratio elevado (>103)

Luz de Sincrotrón
(Flujos > 108 photons/sec)
ESRF European Synchrotron

~ 40 Beamlines
 40 Synchrotrons around the world
Europe: 15; America 11; Asia; 13; Australia 1

ALBA, Cerdanyola del Vallès, Spain National Synchrotron Light Source (NSLS), Brookhaven, New York

ANKA Synchrotron Strahlungsquelle, Karlsruhe, Germany National Synchrotron Radiation Laboratory (NSRL), Hefei, China

Australian Synchrotron, Melbourne, Victoria National Synchrotron Radiation Research Center (NSRRC), Hsinchu,
Taiwan, R.O.C
Beijing Synchrotron Radiation Facility (BSRF); Beijing National Synchrotron Research Center (NSRC), Nakhon Ratchasima,
BESSY, Berlin Thailand

Canadian Light Source(CLS), Saskatoon, Sasketchewan Photonics Research Institute, National Institute of Advanced Industrial
Science and Technology (AIST)
Advanced Photon Source (APS), Argonne, Illinois Photon Factory (PF) at KEK, Tsukuba, Japan
Center for Advanced Microstructures and Devices (CAMD), Louisiana Pohang Accelerator Laboratory, Pohang, Korea
Center for Advanced Technology (INDUS-1 and INDUS-2), Indore, IndiaShanghai Synchrotron Radiation Facility, (SSRF)
Cornell High Energy Synchrotron Source (CHESS), Ithaca, New York Siberian Synchrotron Radiation Centre (SSRC), Novosibirsk (Rusia)
Diamond, Rutherford Appleton Laboratory, Didcot, England Singapore Synchrotron Light Source (SSLS), Singapore
Dortmund Electron Test Accelerator (DELTA), Dortmund, Germany SOLEIL Synchrotron, Saint-Aubin, France
Advanced Light Source (ALS), Berkeley, California Stanford Synchrotron Radiation Laboratory (SSRL), Menlo Park,
Electron Stretcher Accelerator (ELSA), Bonn, Germany California

Elettra Synchrotron Light Source, Trieste, Italy Super Photon Ring - 8 GeV (SPring8), Nishi-Harima, Japan

European Synchrotron Radiation Facility (ESRF), Grenoble, France Swiss Light Source (SLS), Villigen, Switzerland

HASYLAB) at DESY, Hamburg, Germany Synchrotron Radiation Center (SRC), Madison, Wisconsin

Institute for Storage Ring Facilities (ISA, ASTRID), Aarhus, Denmark Synchrotron Radiation Source (SRS), Daresbury, U.K.

LURE, Orsay, France Synchrotron Ultraviolet Radiation Facilty (SURF III) at the National
Institute of Standards and Technology (NIST), Gaithersburg, Maryland
Laboratório Nacional de Luz Síncrotron (LNLS) Sao Paolo, Brazil UVSOR Facility, Okazaki, Japan
MAX-lab, Lund, Sweden VSX Light Source, Kashiwa, Japan
 3rd generation Synchrotron

ESRF
Grenoble, France

ALBA
Cerdanyola del Vallès, Spain

3rd GENERATION
Operational (13)
In construction (9)
In design and construction
Design (10)
Beamline

Undulator
 Los experimentos de EXAFS se
llevan a cabo en la mayoría de los
casos en grandes instalaciones de
luz de sincrotrón como el ESRF de
Grenoble, donde hay varias líneas de
las cuales 1 española dedicada a
ésta técnica. Las característica
espectrales de la luz producida por
sincrotrones ha impulsado
enormemente las aplicaciones del
EXAFS.
E.S.R.F.
Con el EXAFS se pueden estudiar
las propiedades estructurales de
sistemas en fase sólida (cristalinos,
policristalinos, amorfos), líquida y
gaseosa. Se aplica extensivamente
todos los tipos de materiales: desde
los semiconductores a los óxidos,
desde los catalizadores a las
proteínas.
 BM25 Branch A
High Resolution Powder Diffraction +XAFS
 BM25 Branch B
Surface X-ray Diffraction and X-ray Photoelectron Spectroscopy
Esquema de la óptica de una línea de EXAFS del ESRF (BM18)
Salida al experimento con focalización variable

muestra Rendijas secundarias

Espejos multicapas para la eliminación de armónicos y la

focalización

Rendijas secundarias

Monocromador de doble cristal con

focalización dinámica sagital
enfriado con NL
Cristal monocromador atenuador

Rendijas primarias

Rendija 4mrad
Salida del
imán curvante

Los cristales monocromadores y los espejos son los haz

elementos fundamentales de la óptica de rayos-X.
Requieren una gran precisión en la mecánica de sus
movimientos de alineamiento y de curvatura(10e-3 rad).
Los espejos funcionan en incidencia rasante y pueden medir
hasta 1m. Las superficies tienen que tener un acabado
óptico del orden de 10e-9m.
Cabaña experimental de una beamline XAFS (BM29)
Estación dedicada a medidads de XAFS en transmisión y fluorescencia

BM29 - ESRF Detector de

fluorescencia

Criostato

Camara de ionización
Monocromadores de rayos X
Dos monocristales perfectos de Si o Ge

Ley de Bragg
2 d hkl sin θ = nλ
Ángulo de incidencia ⇔ λ (E)

2d (Å)
Si (111) 6.2708 Parámetros importantes:
Si (220) 3.84 Ángulo / intervalo de E :
Si (311) 3.28 determina los umbrales acesibles
Si (331) 2.5 Calibración en E : precisión y
reproducibilidad
Si (511) 2.08
Resolución en E: ∆E/E 10-4
Harmónicos: por un determinado
Ge (111) 6.5328 θ, E+ nE cumplen la ley de Bragg. A
Ge (220) 4.0004 eliminar para evitar distorsiones
en el expectro
Monocromadores: calibración de la Energía

Es necesario calibrar la energía para cada umbral. Se utilizan laminas de

diferentes materiales con una gran homogeneidad y cuyo espesor está
optimizado para la relación S/N. La posición del máximo de dµ/dE se fija a
la energía tabulada.

Los monocromadores se ven afectados a menudo por efectos de drift del

ángulo de Bragg, debidos a efectos mecánicos o térmicos. La muestra de
referencia se puede medir al mismo tiempo que la muestra.

X-rays
Monocromadores: resolución en E

Reflectividad ∆E ∆λ
= = ∆Θ cot gθ B ≈ 10 −4
E λ
Cu K

1.5-2 eV

Rocking Curve 0.7 eV

Monocromadores: eliminación de los harmónicos

Es fundamental eliminar los harmónicos de orden superior al primero que

correspondeen a multiplos de la enería de interés. Los fotones de energiás
2E, 3E etc… ( lo que admita la ley de Bragg para el cristal utilizado)
introducen distorsiones en el espectro.

II Crystal Detuning (los harmónicos tienen una curva de reflectividad

mas estrecha que la de la E fundamental)

Pequeño disalineamiento del

II cristal

Espejos: se utilizan ahora más comunemente espejos con diferentes

recubrimientos metálicos cuya reflectividad, en incidencia rasante,
disminuye varios ordenes de magnitud para las altas energías
caracteristicas de los harmónicos (ángulos críticos de pocos mrads)
Medidas de XAFS: condiciones experimentales
Las medidas de XAFS admiten unas condiciones experimentales de
las más variadas:

♦ baja temperatura

♦ alta temperatura

♦ alta presión

♦ ultra-alto vacío

♦ celdas electroquímicas

♦ incidencia rasante

♦ micro-haz

♦ campo magnético
Etc…
 Técnicas de medida
I1 = I 0 e − µd
I0
Transmisión µ = Nσ µ d = ln
I1
Muestras:
• Polvos o capas finas
• homogeneidad

Detectores: Cámaras de ionización

Celdas de gas con ventanas de kapton y dos
eléctrodos con Dv~KV. Los rayos-X ionizan
el gas y se produce un proceso de ionización
en cascada. Los pares ion-e- son recogidos
por las placas producen una corriente de
pA-nA

Información de tipo bulk NO

Superficies
Fácil y precisa
Muestras espesa o muy diluidas
Concentraciones del elemento > 10%
 electrón Auger
Fluorescencia
fotoelectrón
detector
EF
E>Ef
Ef Nf
φ Kα1
Kα2
LIII
θ LII
LI
hν
E N0

− µT ( E ) x − µT ( E ) x
cosθ F cosφ
dI f = η I 0 µ e e dxd Ω La recombinación radiativa
compite con el efecto
Auger. La eficiencia η del

I f = I0
ηΩ µ ( E ) 1 − e( −  µT ( E ) cosθ + µT ( E f ) cos φ  d
) proceso es proporcional al
número atómico Z. La
detección de la señal de
4π µT ( E ) cos θ + µT ( E f ) cos φ fluorescencia es más
apropiada para átomos
pesados.
 Se utilizan detectores de Ge o Si:Li (solid
state detectors), enfriados a LN, que
proporcionan discriminación en energía

Pico de fluorescencia

E=EF

µT d << 1 Ω
IfΩ ≅ η I0µd
4π
Muestras concentradas
y delgadas
I fΩ ∝ µ

Ω I0µ
µT d >> 1 IfΩ ≅ η
4π µT + µT ( EF )
Muestras muy diluidas
y espesas
 Fluorescencia en
incidencia rasante µT d << 1
I f = µ ( E )[1 − R( E )]

rr
I
SSD
R (n, φ )
S1 I
f
S2 n = 1 − δ ( E ) − iβ ( E )

φ < φc
I
0

muestra
[1 − R( E )] = cte.
1.0

0.8 Reflexión total

µ (E) ∝ I f
φ
0.6 En régimen de reflexión total se
Reflectivity

genera una onda evanescente en

0.4 proximidad de la superficie :
φc se puede evitar la contribución del
0.2
sustrato
se concentra el campo e.m en una zona
0.0
80 120 160 200 240 280 320 de cuasi-superficie (capas finas
φ (deg. x 10 -3 ) epitaxiales)
se pueden analizar los datos como
EXAFS standard
 Electron Yield
Se utilizan también técnicas de detección de los electrones
fotoemitidos, de los electrones emitidos por efecto Auger, de los
electrones de total yield. Son técnicas experimentalmente más
complejas porque requieren que la muestra esté en vacío. Son
particularmente interesantes cuando se quieren estudiar las
propiedades de la superficie de la muestra (SEXAFS)

Muestra conductora

Sensibilidad de superficie
Profundidad de escape Auger Primarios
λ~ 5 - 10 Å

Secundarios

Electron Yield:
λ ~ 50 - 100 Å
Corriente de electrones emitidos por la
muestra

TEY: Yeld total

AEY: Yeld Auger
Analisis de datos EXAFS

datos Modelo de struct.

experimentales cristalina

Extración de la
señal EXAFS Señales teóricas

Fit experimento-modelo
teórico

Parámetros
estructurales
 Análisis de datos EXAFS

µ − µ0
χ (k ) =
µ0

1 kmax
∫ χ 2ikr
F(r) = k (k)e dk FT
2π kmin
 Análisis de Fourier
Para una muestra policristalina, en la aproximación de dispersión
simple y despreciando los efectos anelásticos, la fórmula EXAFS
se puede escribir como:
− 2σ 2 k 2
N j f j (k , π ) e j
χ (k ) = ∑ j 2
sin( 2krj + 2δ 1 (k ) + φ j (k ))
kr j

Las principlaes informaciones que se pueden obtener son

entonces
N j , rj , σ j
En la hipótesis que las fases y las amplitudes de dispersión sean
conocidas
f j (k , π ) y 2δ 1 (k ) + φ j (k )

aproximando la fase a
2δ 1 (k ) + φ j (k ) = a0 + a1 j k
 poniendo kmin=0, fj =1, y considerando sólo el término a r>0

 −i 2 a ( r + a / 2 ) 2 2

Nj  − − σ
j 
0 j 1 j ( r r ) / 2
FT {kχ (k )} = i 2
j
e e 
r j 4σ j  0.4 
 
0.3

conviene considerar el módulo de FT porque 0.2

-es la suma de una serie de gausianas centradas en
rj+a1/2

|F.T.|
0.1

- de anchura igual a 2 2σ j

- y de área igual a
0
N j 2π 0 1 2 R (Å) 3 4 5 6
⋅
r j2 4

Pero k min ≠ 0 puesto que para k min ≤ 3 ÷ 4 A la fórmula EXAFS

pierde su validez debido a la importancia de la dispersión multiple.
4π 2 h 2 o o −1
λ << d ⇒ E fe > 2 ⋅ ⇒ d ≈ 2 A ⇒ E fe ≈ 40eV ⇒ k ≈ 3 A
d 2m
y tanto la anchura como el área del pico dependen de kmin
 En realidad el examen de la transformada de Fourier de la señal EXAFS es más
bien de tipo cualitativo y de comparación entre muestras diferentes. El análisis
cuantitativo de los datos se realiza a través de un ajuste de un modelo teórico a
la señal experimental minimizando la cantitad

R ∝ ∑ ( χ ) 
2
2 teo
−χ exp

i
 i i i

Para construir el modelo es necesario conocer fases y amplitudes.

Fases y amplitudes experimentales Fases y amplitudes teóricas

Se pueden calcular fases y amplitudes a
partir de un sistema conocido en la
hipótesis de la transferabilidad de fase.
La fase total sólo depende de la pareja
átomo central-átomo dispersor y no de
su entorno químico. En efecto, a altas
energías los electrones de valencia
influyen poco en el proceso de
dispersión.
Fases y amplitudes se calculan
antitrasformando la FT de la señal
experimental del compuesto modelo, en
la región del espectro que comprende el
pico de la pareja de interes.
Existen varios programas que calculan
“ab initio” fases y amplitudes de un dado
sistema.
La precisión del cálculo de las fases
teóricas es del orden de 0.02A. Ya no se
utiliza ni la aproximación de onda plana
ni la de dispersión simple. Si los efectos
de dispersión multiple son apreciables
este método es preferible al anterior en
el análisis de capas de coordinación
superiores a la primera. Se suele hacer
un test de las fases teóricas con un
sistema conocido próximo al que se
quiere analizar y luego pasar a
utilizarlas en el sistema en estudio.
 Cálculo de fases y amplitudes
El cálculo consiste básicamente en calcular los estados finales en el elemento de matriz de
transición
2π 1 r
∑
2
W = = 2 f ε ⋅r u
ˆ ρ (ω f )
τ h f

Para esto hay que resolver la ecuación de Schrödinger

h2 r r r r
− ∆ψ (r ) + V (r )ψ (r ) = Eψ (r )
2m
Si el potencial es a simetría esférica la ecuación admite una solución del tipo
ψ = Rkl (r )Y m (θ , φ )
l

d2 2 d  2 l (l + 1) 2m 
2
Rkl + Rkl +  k − 2
− 2
V ( r )  Rkl = 0
dr r dr  r h 
Rkl (kr ) = Cl {Al jl (kr ) + Blηl (kr )} = Cl Al2 + Bl2 {cos δ l jl (kr ) + senδ lηl (kr )}
 
δ l = sen 
−1 Bl  Método de los desfasajes
 A2 + B 2 
 l l 
 Se puede así calcular f(π,k) y δ1 y obtener la χj(k) según la fórmula heurística en la
aproximación de difusión simple y onda plana.

∑ (2l + 1)P (cosθ )(e )

∞
1 2 iδ l
f (θ ) = −1
Cálculo del potencial 2ik l =0
l

Para resolver la ecuación de Schrödinger hay que conocer V.

Se hacen dos aproximaciones importantes:
aproximación one-electron: las transiciones involucran un único electrón
atómico
r r r
V (r ) = Vcoul . (r ) + Vexc. (r )
La parte coulombiana se calcula a partir de las densidades de carga resolviendo la ecuación
de Poisson ρ
∆V = −
ε0

Las densidades electrónicas se obtienen a partir de las densidades electrónicas atómicas.

Para la parte de correlación e intercambio (interacción coulombiana entre electrones y

principio de exclusión de Pauli) se usan diferentes aproximaciones :

- potencial Xa no correlación, término de corrección independiente de la energía

- potencial de Dirac-Hara no correlación, término de corrección dependiente de E
- potencial de Hedin-Lundqvist parte imaginaria dependiente de la energía que da
untiempo finito de vida del fotoelectrón
(perdidas inelásticas, libre recorrido medio)
 aproximación de muffin-tin: se definen tres zonas distintas en las
cuales se soluciona por separado la ecuación de Schrödinger.

I zona de potencial con simetría esférica

II III
II zona de potencial constante

III zona de potencial con simetría esférica

I
(V 0)

Condiciones de continuidad de las soluciones

en las tres regiones.

Dispersión multiple
Los programa de cálculo actualmente utilizados ya no utilizan ni la aproximación de onda
plana ni la de dispersión simple, y se encuentra que al desarrollar en serie el operador de
dispersión multiple la señal EXAFS es la suma de las señales oscilatorias relativas a
todos los posibles caminos de dispersión
 χ = ∑ χn
n

χ n = ∑ An (k , Rnp )exp i (kRntot + 2δ 1 + φn (k , Rnp

n n
))
pn

y proporcionan fases y amplitudes para cada uno de los caminos posibles en el cluster de
átomos considerado. Es posible así realizar el ajuste de la señal teórica a la
experimental afinando distancias, ángulos de enlace, amplitudes números de coordinación
etc.
 Exactitud en los parametros estructurales del EXAFS ?

Distancias relativas ±0.005Å

Distancias absolutas ±0.02Å

Números de coordinación
factor Debye-Waller ± 20%

Tipo de átomo diffusor Z ± 1 (Z=6-17)

Z ± 3 (Z=20-35)
 Ejemplos de aplicación

Nanoestructuras de semiconductores: propriedades

esructurales y EXAFS polarizado

EXAFS diferencial:
alta resolución en tiempo y espacio

Sistemas biológicos:
estudio XAFS del sitio de enlace catiónico
en una metalo-proteína
 EXAFS de hilos cuánticos de InAs/InP
• Las nanoestructuras de
semiconductores son la base de los
nuevos dispositivos electrónicos y
optoelectrónicos.
• Tienen propiedades ópticas y
electrónicas especiales debidas a
sus dimensiones nanométricas.
(confinamiento de los portadores
en niveles discretos ajustables,
rapidez de respuesta, disminución
de corrientes de umbral en los Hilos cuánticos de InAs/InP(001)
láseres...). crecidos de forma autoorganizada por
• El régimen cuántico está definido MBE .
por la longitud de onda de De Se ha añadido un capping de InP de
Broglie. 5nm para proteger los hilos del óxido

λB =
h d eff = 2.2ML h ≈ 0.6 ÷ 2 nm
*
2m E o
E = kT ⇒ d < λB ≈ 50nm InAs a T = 300 K 1ML InAs ≅ 3 A Λ ≅ 22 nm
 Deformación elástica? (h?)
h < hc Relajación de las tensiones por
a InAs − a InP crecimento 3D?
ε= ≅ −3.3%
a InP
Composición: InAs o InAsxP1-x?
InAs Desorción de P en la superficie de
crecimiento, interdifusión...
InP
Muestra monocristalina
haz con polarización (110)
a⊥

a a/ /
elasticidad

a⊥ = aInAs + 2
C12
(aInAs − aInP )
C11 ε
El modelo: InAs de volumen
Se comprueba la bondad del cálculo
teórico para un sistema conocido:
el InAs.
El EXAFS está medido al umbral K
del As en una muestra en polvo (
µd microcristalina). El ajuste de la
señal EXAFS tiene que
proporcionar los valores
cristalográficos de las distancias y
de los números de coordinación.

χ (k )

o
-1
k(A )
 Caminos de dispersión simple
Se construye un cluster del
tamaño de una celdilla
elemental de InAs que tiene
la estructura de la Zinc-
blenda.
n=4 n = 12
Se calcula la contribución cn
para cada posible camino de
dispersión simple y multiple

n = 12 n=6 Se consideran caminos de

dispersión simple hasta la IV
Caminos de dispersión multiple (3 átomos) capa de coordinación

Los caminos de dispersión

multiple que contribuyen con
una amplitud apreciable son
los caminos a tres átomos
n = 24 n = 12 tipo As-In-As o As-In-In

As In χ = ∑ χn
n
 El ajuste del modelo
Parámetros de ajuste:
Rn distancias interatómicas
σ2 factor térmico DW

E0 cero de la energía E0
perdidas inelásticas
S 02

Un camino a tres átomos, es

relevante, As-In-As, cuya FT
casi coincide con la FT de la
segunda capa de coordinación,
pero su parte real lleva un
desfase, que hace que las dos
contribuciones se resten.

El acuerdo con las distancias

interatómicas cristalográficas
es muy bueno, confirmando la
validez del cálculo teórico
 Camino d(A)EXAFS D-W N d(A)CRIS
Las fases teóricas dan un error
(10-2 A2)
entre 0.005 y 0.01 A en las
As-In (I) 2.618 ± 0.002 0.35 ± 0.05 4 2.6235
distancias interatómicas.
4.272 ± 0.005 1.35 ± 0 .2
As-As (II) 12 4.284
Capas de coordinación superiores
As-In (III) 5.014 ± 0.01 2.6 ± 0 .4 12 5.024 a la tercera no dan contribuciones
As-In-As 4.752 ± 0.01 0.4 ± 0.2 apreciables.
As-In-In 4.752 ± 0.01 0.2 ± 0.2

Los hilos cuánticos

La utilización de un detector de
gran superficie (array de 13 celdas)
permite obtener una señal EXAFS
con una relación señal/ruido
satisfactoria para una cantitad de
material muy pequeña

Espesor equivalente de 2.2 ML

(1ML≅3Å)
o
 Se observa un cambio en la
segunda y tercera capa de
coordinación con respecto al InAs
de volumen.

deformación elástica
presencia del P en el
epilayer
presencia del P en la
interfase

La tensión afecta poco la distancia

0 de enlace As-In, y más los ángulos.

Hay que tener en cuenta ahora la

polarización del haz.

Se repite el cálculo teniendo en cuenta

la polarización (110) del haz (ε//)
III
se ajustan independientemente los II
caminos paralelos a la interfase y los
no paralelos.
ε
El efecto de la polarización afecta a
segunda y tercera capa, al estar la
estructura deformada.
 El espectro se puede ajustar
utilizando sólo las contribuciones de
I y III capa que es casi totalmente
la contribución de los átomos cuasi-
paralelos. 0
d ( As − As ) I = 2.60 ± 0.005 A
0
d ( As − As ) InAs = 2.618 A
0
d ( As − In ) III = 4.898 ± 0.015 A
0
d ( As − In ) InAs = 5.014 A
La contribución de segunda capa
desaparece! 0
interferencia destructiva en los a// = 5.908 A
caminos d ≠d 0
II // II ⊥ a// elas. = aInP = 5.869 A
Interferencia debido a la presencia a InAs = 6.058 A
0

de P en el layer
La capa de hilos está deformada
Parte de la deformación elástica
a InP − a //
ε= ≅ −3.3% se relaja debido a la formación
a InP de los hilos
 Se construye un modelo con las
distancias de segunda capa
deformadas de acuerdo con la
distancia medida de tercera capa
ε⊥ y la elasticidad.
0 0
d II// = 4.18 A d II ⊥ = 4.30 A
Se recalculan fases y amplitudes
sustituyendo el P al As como
o
dispersor en el cluster

Se añaden caminos de dispersión

As-In- P

Se ajustan las distancias

interatómicas y el porcentaje de P,
x
 ε// & ε⊥
EXAFS measurements at the
As K-edge (ESRF- BM30)

Multifit by Ifeffit code

ε ⊥
III
II

ε⊥ ε

µ−µ 3(εˆ ⋅ rˆj ) 2

=∑j
2 2
−2σ −2 r j / λ ( k )
χ (k ) = π + δ + φ
k
0
f ( k , ) sin(2 kr 2 ( k ) ( k )) e j
e
µ 0
krj2
j j 1 j
 EXAFS best fit results

II
Abs II As,P II shell Strain Pure strained InAs
In or
distances ?
II
Abs. P content InAsP alloy

Sample→ InAs InAs/InP CP1276 I3701

paths (Å)↓ Bulk (pseud.) (EXAFS ε⊥ & ε //) (EXAFS ε⊥ & ε //)

(Asabs-AsII)// 4.284 4.15 4.16±0.06 4.15±0.06

(Asabs-AsII) ⊥ 4.284 4.29 4.23±0.04 4.25±0.04

(Asabs-PII)// - - 4.19±0.07 4.15±0.07

(Asabs-PII) ⊥ - - 4.17±0.03 4.18±0.03

(Asabs-InIII)// 5.023 4.87 4.88±0.03 4.87±0.03

(Asabs-InIII) ⊥ 5.023 5.13 4.93±0.06 4.94±0.06

%P// - - 0.3±0.1 0.4±0.1

%P⊥ - - 0.5±0.1 0.6±0.1

 Conclusiones:

Se pueden obtener con el EXAFS unas informaciones

directas sobre estructura y composición de los hilos
cuánticos.

Al ser la muestra una capa de espesor muy pequeño

(aproximadamente 2ML equivalentes, ≅3Å ) estas
informaciones no se pueden obtener con otras
técnicas (a parte el DAFS).

Los hilos estan tensados

Mezcla de diferentes entornos

? Adonde está el P?
Hilos InAs + P interfase & capping
o
aleación InAsP ?

DAFS
 Two examples of ultimate
time and interatomic distance
resolution

Picoseconds and femtometers

XAFS
 Time-resolved XAFS

#Electronic lifetime spectra Pump-probe techniques

of excited states (fast scan, fast data acquisition,
#Ultrafast chemical reactions, laser/X-ray sinchronization)
phase transitions, byological
processes…
#Surface dynamics

Real time visualization of

electronic & structural changes
(UXAFS)
• Access new science in the time-domain x-ray regime
µs ns ps fs? (free-electron
laser)
1984 2004
Chemical reactions Atomic vibrations
Photocycles
intermediates (λ/vs~100fs)

Laser excitation pulse

sample

∆t

ion or e- X-ray probe pulse

X-ray detector
detector
“Observing Photochemical Transients by UXAFS”
M. Saes et al., PRL, 90, 047403 (2003)
ALS, Berkeley (USA)
SLS, Villigen (CH)

Transient electronic and structural changes

on the ps time-scale in XANES of
Photoexcited [RuII(bpy)3]2+

Ru
Exp. At ALS BL 5.3.1 (Bending Magnet)
Time sequence of laser pump (UV)/X-ray probe
Synchronization, gating and time delay
XANES at the LIII edge of
[RuII/III(bpy)3]2+ (≅2840eV)
Static
Sample: 0.1mm absorption
free-flowing jet of B: 2p3/2 4d3/2 (eg)
80mmol/l, in A: 2p3/2 4d5/2 (t2g)
He filled chamber
Transient
absorption

Reconstr.
absorption

T(E,t) = f(t) [P(E,T) –R(E)]

 Any structural change associated with
the light excitation ?
0.01
Transient difference spectrum
Fitting of XANES spectrum
by MXAN code
0.005
LIII LII (M. Benfatto et al. (2001) J. Synch.
Rad. 8, 1087, PRL 87, 155501 )
0

z
-0.005

-0.01
2800 2850 2900 2950 3000
Energy R
φ y
• Initial geometrical configurations θ

• Exp. data
x
Hundreths of theor. spectra by moving
atomic coordinates are generated
(The potential is calculated at each step) # It works in the energy space
# It can start from the edge
fit of relevant structural # It can use polarization dependent
# spectra
parameters
# It can use difference spectra
 With chemical energy shift of
1.0 eV

∆R (Ru-N)=0.052 ± 0.004 Å

(Benfatto, Chergui et. al,

fit of the difference PRL, 98, 057401 (2007)
spectrum

The sensitivity to structural changes is strongly

increased (a zero type-like of experiment) with small
statistical error
 “Measurement of femtometre-scale atomic
displacements by X-ray absorption spectroscopy”
R.F. Pettifer et al.,Lett. to Nature, 435,78 (2005)
Un. of Warwick, Un. of Sheffield, (UK)
ESRF (F)

Standard EXAFS accuracy on

interatomic distances 0.01-0.001Å

Difference spectrum obtained ~10-5 Å (10 fm)

by direct comparison

By 3rd gen. synchrotron sources Dispersive XAS: no E

(1013ph/s eV) drifts and quick
Statistical errors ~ 10-6 comparative measurements
(ID24 at ESRF)
 Dispersive XAFS

OK for
! No mechanical movements (no dead times)
Time-resolved measurements
! Simultaneous acquisition of all data points

$ Temporal and spatial beam stability critical

$ Only transmission mode
$ No reference measurement during acquisition
 Norm. abs.
Difference EXAFS at the Fe
K-edge in an FeCo film
undergoing periodic strain
Exp. through magnetostriction

Sim. Exp. set-up

∆r=1fm Ishell
M
M
M

ε ε

The magnets are rotated by a

step motor to get M // and ⊥ to ε
 ∆χ of the relevant SS and
MS paths to EXAFS

Macroscopic strain Local strain

New areas of values for EXAFS

Study of piezoelectric materials, elasticity, phase transitions….

 Estudio XAFS del sitio de enlace catiónico
en la Bacteriorrodopsina

1. La bacteria Halobacterium 3. Utilizando la luz del sol la

salinarum vive en salinas y lugares
donde la presión de oxígeno baja
mucho, pues son aguas donde hay
muchos procesos paralelos de
putrefacción, oxidación
orgánica…Además son lugares con
mucha insolación.
bacteriorrodopsina genera un
gradiente de protones (H+) a través
de la membrana celular, que a su vez
le permite generar energía debido a
que en la membrana celular hay una
proteína que sintetiza ATP a partir
de ADP + P+ H+.

4. Es una manera alternativa de

2. Sólo cuando la presión de obtener energía cuando la célula no
oxígeno en el agua es muy baja, la tiene oxígeno para respirar
bacteria sintetiza la proteína normalmente (fosforilación
bacteriorrodopsina, para obtener oxidativa teniendo al oxígeno como
energía y sobrevivir. aceptor final de la cadena
respiratoria)
Halobacterium salinarum

Purple membrane Bacteriorhodopsin

El cambio de estructura de retinal provoca
una serie de cambios estructurales en la
bacteriorrodopsina (fotociclo), cuyo Bacteriorhodopsin
resultado es la expulsión de un protón al
exterior de la célula: bomba de protones.
photocycle
Purple membrane binds 5 mols of divalent cations (1
Ca2+/4Mg2+) per mol of bacteriorhodopsin
The cations are important for:
a) Maintain the secondary and tertiary protein structure
b) The bacteriorhodopsin photocycle

#1 high affinity binding

site
#3-4 medium affinity
binding sites
#4-5 low affinity binding
sites
•Two hypothesis
#Non-specific cation binding
#Specific cation binding

•More than 10 PDB structures.

•Es una proteína de membrana y al
cristalizarla con detergentes se eliminan los
cationes unidos. Por este motivo los cationes
no aparecen en las estructuras
cristalográficas
 XANES at Ca K-edge
(ID26 ESRF)

# Extra-dilute samples (S/N ratio is very low)

# Physiological conditions
# Different experimental conditions
(Temperature, pH, photocycle intermediates)
# No models available
 XANES at Ca K-edge

0.35

0.3 best_fit
exper

0.25

0.2

0.15

0.1

0.05

0
-50 0 50 100 150 200
Energy(eV)
 Putative
cluster

MXAN software
Optional M. Benfatto and S. Della Longa
commands (J. Synchrotron Rad. (2001), 8, 1087-1094)

Experimental Structural
data information about
the Ca environment
 Mg

Ep minimisation

Pardo, L., F. Sepulcre, J. Cladera, M. Duñach, A, Labarta,

J. Tejada and E. Padrós. 1998. Experimental and
Theoretical Characterization of the High-Affinity Cation-
Binding Site of the Purple Membrane. Biophys. J. 75:777-
784
 Ca2+-internal complex
Ca cluster type S2/n (reduced χsq.) Ca-O distance (Å) Coordination N

S6 4.17 2.31 6
S7 7.10 2.35 7
S8 regular 4.39 2.27 6
S8 rotated 9.47 2.28 8
S9 12.79 2.28 9
Ca2+-internal 1.74 2.30 6
0.35

0.3 best_fit
exper

0.25

0.2

0.15

0.1

0.05

0
-50 0 50 100 150 200
Energy(eV)
 Final Ca2+-Asp 85-Asp212-3 H2O
(Ca2+-internal)

N(O) = 6, <R> = 2.30 Å 2.25 Å

R Ca-O=
2.37 Å
 Ca2+-H2O complex

0.3

best_fit
0.25 exper

0.2

0.15

0.1

0.05
N = 8, R = 2.35 Å

0
-50 0 50 100 150 200
Energy(eV)
 Structural data for the Ca2+-H2O complex
Ca cluster type S2/n (reduced χsq.) Ca-O distance Coordination
(Å) number

S6 7.22 2.37 6

S7 5.50 2.39 7

S8-regular 3.99 2.35 8

S8-rotated 4.93 2.32 8

S9 5.74 2.36 9
Conclusions
Ca high affinity binding site:
! Ca2+ in water solution: cubic geometry (8n); R = 2.35 Å
!Ca2+-PM: distorted octahedric geometry (6n); R = 2.30 Å
!The high-affinity binding site for Ca2+ should be located in
the vecinity of the retinal molecule: 6 oxygen atoms at R=2.30
Å
!Strong direct evidence of cation specific binding to the BR

A Quantitative XANES Analysis of the Calcium High-Af.nity

Binding Site of the Purple Membrane
Francesc Sepulcre, M. Grazia Proietti,, Maurizio Benfatto,Stefano
Della Longa, Joaquin García, and Esteve Padros
Biophysical Journal Volume 87 July 2004
 EXAFS at Mn K-edge
La proteína se puede desionizar pasándola por
una columna de intercambio iónico, y
posteriormente se regenera con la
estequiometria deseada de cationes
divalentes:

1 Mn2+/BR: se ocupa únicamente el sitio de

alta afinidad.

3 ó 5 Mn2+7BR: se ocupan tanto el sitio de

alta afinidad como los de media afinidad:
vemos un promedio.

Hay que identificar posibles clusters: estudios

de dinámica molecular (MD)
 BR nativa (Wild type) con pH 7 y pH10

1 Mn2+ por BR: se ocupa sólo el sitio de alta afinidad

0.15

2.0
WT1MnpH7
0.10 WT1MnpH10
WT1MnpH7
WT1MnpH10

1.5 0.05
Absorption Coefficient

χ(Κ)•Κ1
0.00

1.0

-0.05

0.5 -0.10

-0.15
0.0 2 4 6 8 10
6540 6560 6580 6600 6620 6640 6660 6680 6700 -1
K(Å )
Energy (eV)
 BR nativa (Wild type) y
mutada con pH 7 y pH10
con 5 Mn2+/BR: además del
sitio de alta afinidad, se
llenan los de media
Proteína nativa, sin
ninguna modificación

Proteína cuadruplemente
mutada: los aminoácidos
externos cargados
negativamente
Glu9/Glu74/Glu194/Glu204
han sido sustituidos por
aminoácidos sin carga
Conclusiones:
•El sitio de alta afinidad está en el interior de la
proteína, coordinado con los aminoácidos
Asp85/Asp212 y dos moléculas de agua.

•Los aminoácidos mutados extracelulares

(Glu0/Glu74/Glu194/Glu204) están involucrados
en la unión de cationes, siendo los sitios de media
afinidad.

Molecular Dynamics and X-ray absorption study of the

Mn Binding Site in Bacteriorhodopsin
F.Sepulcre et al.
Proteins in press.