La iniciación de la transcripción en una plantilla de cromatina que ya está abierta

requiere que la enzima ARN polimerasa se una al promotor y los factores de

transcripción se unan a los potenciadores. La transcripción in vitro en una
plantilla de ADN requiere un subconjunto diferente de factores de transcripción
que los necesarios para transcribir una plantilla de cromatina (examinamos cómo
se abre la cromatina en el capítulo titulado Regulación de transcripción
eucariótica). Cualquier proteína que se necesita para el inicio de la transcripción,
pero que no es en sí misma parte de la ARN polimerasa, se define como un
factor de transcripción. Muchos factores de transcripción actúan reconociendo
los sitios de acción cis en el ADN. Sin embargo, la unión al ADN no es el único
medio de acción para un factor de transcripción. Un factor puede reconocer otro
factor, reconocer la ARN polimerasa o incorporarse a un complejo de iniciación
solo en presencia de otras proteínas. La última prueba para la membresía en el
aparato de transcripción es funcional: se necesita una proteína para que la
transcripción se produzca en un promotor específico o conjunto de promotores.
Una diferencia significativa entre la transcripción de ARN eucariotas y
procariotas es que en las bacterias la transcripción tiene lugar en una plantilla de
ADN, mientras que en los eucariotas la transcripción tiene lugar en un molde de
cromatina. La cromatina cambia todo y debe tenerse en cuenta en cada paso.
La cromatina debe estar en una estructura abierta e, incluso en una estructura
abierta, los octámeros nucleosómicos se deben mover o eliminar de las
secuencias del promotor antes de que los factores de transcripción y la ARN
polimerasa se puedan unir. Esto a veces puede requerir la transcripción de un
promotor silencioso o críptico en la misma cadena o en la cadena antisentido.
Una segunda diferencia importante es que la ARN polimerasa bacteriana, con
su subunidad de factor sigma, puede leer la secuencia de ADN para encontrar y
unirse a su promotor. Una ARN polimerasa eucariota no puede leer ADN. Por lo
tanto, la iniciación en promotores eucarióticos implica una gran cantidad de
factores que deben preajustar a una variedad de elementos que actúan en cis y
otros factores ya unidos al ADN antes de que la ARN polimerasa se pueda unir.
Estos factores se llaman factores de transcripción basal. La ARN polimerasa se
une a este complejo de factor de transcripción basal-ADN. Esta región de unión
se define como el promotor central, la región que contiene todos los sitios de
unión necesarios para que la ARN polimerasa se una y funcione. La ARN
polimerasa en sí misma se une alrededor del punto de inicio de la transcripción,
pero no entra en contacto directamente con la región aguas arriba extendida del
promotor. Por el contrario, los promotores bacterianos discutidos en el capítulo
titulado Transcripción Procariótica se definen en gran medida en términos del
sitio de unión para la ARN polimerasa en las inmediaciones del punto de inicio.
Mientras que las bacterias tienen una sola ARN polimerasa que transcribe las
tres clases principales de genes, la transcripción en células eucarióticas se divide
en tres clases. Cada clase es transcrita por una ARN polimerasa diferente:
 La ARN polimerasa I transcribe ARNr 18S / 28S.
 La ARN polimerasa II transcribe ARNm y algunos ARN pequeños.

1
  La ARN polimerasa III transcribe ARNt, ARN ribosómico 5S y también
algunos otros ARN pequeños.
Esta es la imagen actual de las principales clases de genes. Como veremos en
el capítulo titulado RNA regulatorio, los recientes descubrimientos de las
matrices de mosaico completo del genoma y la secuenciación profunda del RNA
celular han descubierto un nuevo mundo de transcripciones antisentido,
transcripciones intergénicas y transcripciones de heterocromatina.
Prácticamente todo el genoma se transcribe de ambas cadenas. Actualmente no
se sabe mucho sobre los promotores para estas clases o su función y regulación,
pero se sabe que muchos (posiblemente la mayoría) de estos transcritos se
producen mediante la ARN polimerasa II.
Los factores de transcripción basal son necesarios para el inicio, pero la mayoría
no se requieren posteriormente. Para las tres ARN polimerasas eucariotas, los
factores de transcripción, en lugar de las ARN polimerasas en sí, son
responsables de reconocer la secuencia de ADN del promotor. Para todas las
ARN polimerasas eucariotas, los factores de transcripción basal crean una
estructura en el promotor para proporcionar el objetivo que es reconocido por la
ARN polimerasa. Para las ARN polimerasas I y III, estos factores son
relativamente simples, pero para la ARN polimerasa II forman un grupo
considerable. Los factores basales se unen con la ARN polimerasa II para formar
un complejo que rodea el punto de inicio y determinan el sitio de inicio. Los
factores basales junto con la ARN polimerasa constituyen el aparato de
transcripción basal.
Los promotores para las ARN polimerasas I y II están (principalmente) aguas
arriba del punto de inicio, pero un gran número de promotores para la ARN
polimerasa III se encuentran aguas abajo (dentro de la unidad de transcripción)
del punto de inicio. Cada promotor contiene conjuntos característicos de
secuencias cortas conservadas que son reconocidas por la clase apropiada de
factores de transcripción basales. Las ARN polimerasas I y III reconocen cada
una un conjunto relativamente restringido de promotores y, por lo tanto, se basan
en un pequeño número de factores accesorios.
Los promotores utilizados por la ARN polimerasa II muestran mucha más
variación en la secuencia y tienen una organización modular. Todos los
promotores de ARN polimerasa II tienen elementos de secuencia próximos al
punto de inicio de la transcripción que están unidos por el aparato basal y la
polimerasa para establecer el sitio de iniciación. Otras secuencias aguas arriba
o aguas abajo, llamadas secuencias potenciadoras, determinan si el promotor se
expresa y, si se expresa, si esto ocurre en todos los tipos de células o si es
específico del tipo de célula.
El enhancer es un segundo tipo de sitio involucrado en la transcripción y se
identifica por secuencias que estimulan la iniciación. Los elementos
potenciadores a menudo son objetivos para la regulación temporal o específica
del tejido. Algunos potenciadores unen factores de transcripción que funcionan

2
mediante interacciones de corto alcance y se ubican cerca del promotor,
mientras que otros pueden ubicarse a miles de pares de bases.
La FIGURA 18.1 ilustra las propiedades generales de los promotores y
potenciadores. Un sitio regulador que une más reguladores negativos que
reguladores positivos para controlar la transcripción se llama silenciador. Como
se puede ver en la figura 18.1, los promotores y potenciadores son secuencias
que se unen a una variedad de proteínas que controlan la transcripción, y en ese
sentido son en realidad bastante similares entre sí. Los potenciadores, como los
promotores, también pueden unir la ARN polimerasa e iniciar la transcripción de
un ARN denominado ARNe (ARN potenciador) como se discutió en el capítulo
denominado ARN regulador. Estos eRNAs pueden promover interacciones
potenciador / promotor mediante bucle de ADN, a menudo a través de
intermedios llamados coactivadores. Los componentes de un potenciador o un
silenciador se parecen a los del promotor en que consisten en una variedad de
elementos modulares que pueden unir reguladores positivos o reguladores
negativos en un conjunto muy compacto. Los potenciadores no necesitan estar
cerca del promotor. Pueden estar aguas arriba, dentro de un gen o más allá del
extremo de un gen, y su orientación relativa al gen no importa.

Fig 1. Un gen típico transcrito por la ARN polimerasa II tiene un promotor que se extiende cadena
arriba desde el sitio donde se inicia la transcripción. El promotor contiene varios elementos de
secuencia corta (~ 10 pb) que se unen a los factores de transcripción, dispersos en ~ 100 pb. Un
potenciador que contiene una matriz más compacta de elementos que también se unen a los
factores de transcripción puede ubicarse varios cientos de pares de bases a varias kilobases de
distancia. (El ADN se puede enrollar o reorganizar de otro modo para que los factores de
transcripción en el promotor y en el potenciador interactúen para formar un gran complejo de
proteína).

Los promotores que se expresan constitutivamente y se necesitan en todas las

células (sus genes a veces se denominan genes de mantenimiento) tienen
elementos de secuencia aguas arriba que son reconocidos por activadores
ubicuos. Ninguna combinación elemento / factor es un componente esencial del
promotor, lo que sugiere que la iniciación por la ARN polimerasa II puede
regularse de muchas maneras diferentes. Los promotores que se expresan solo
en determinados momentos o lugares tienen elementos de secuencia que
requieren activadores que están disponibles solo en esos momentos o lugares.
Debido a que la cromatina es un regulador negativo general, la transcripción
eucariota suele estar bajo regulación positiva: se proporciona un factor de
transcripción bajo control específico del tejido para activar un promotor o

3
conjunto de promotores que contienen un objetivo común secuencia. Este es un
proceso de varios pasos que primero implica abrir la cromatina y unir los factores
de transcripción basal, y luego unir la polimerasa. La regulación por represión
específica de un promotor objetivo es menos común.
Una unidad de transcripción eucariótica generalmente contiene un solo gen, y la
terminación típicamente ocurre más allá del final de la región de codificación. La
terminación carece de la importancia regulatoria que se aplica en los sistemas
procariotas. Las ARN polimerasas I y III terminan en secuencias discretas en
reacciones definidas, pero el modo de terminación por la ARN polimerasa II no
está claro. El evento significativo en la generación del extremo 3 'de un ARNm,
sin embargo, no es el evento de terminación en sí mismo, sino más bien una
reacción de escisión en la transcripción primaria (ver el capítulo titulado ARN de
empalme y procesamiento).
18.2 La ARN polimerasa I sintetiza ARNr en el nucléolo.
 La ARN polimerasa II sintetiza ARNm en el nucleoplasma.
 La ARN polimerasa III sintetiza ARN pequeños en el nucleoplasma.
 Todas las ARN polimerasas eucariotas tienen aproximadamente 12
subunidades y son complejos de aproximadamente 500 kD.
Las tres ARN polimerasas eucariotas tienen diferentes ubicaciones en el núcleo
que se corresponden con los diferentes genes que transcriben. El más destacado
de los tres con respecto a la actividad es la enzima ARN polimerasa I, que reside
en el nucléolo y es responsable de la transcripción de los genes que codifican el
ARNr 18S y 28S. Representa la mayoría de la síntesis de ARN celular (en
términos de cantidad).
La otra enzima principal es la ARN polimerasa II, que está localizada en el
nucleoplasma (es decir, la parte del núcleo excluyendo el nucleolo). Representa
la mayor parte de la actividad celular restante y es responsable de sintetizar la
mayor parte del ARN nuclear heterogéneo (hnRNA), el precursor de la mayoría
de ARNm y mucho más. La definición clásica es que hnRNA incluye todo menos
rRNA y tRNA en el núcleo (de nuevo, clásicamente, el mRNA solo se encuentra
en el citoplasma). Con las herramientas moleculares modernas, ahora es posible
mirar un poco más cerca de hnRNA. Los investigadores han encontrado muchos
bajos abundantes ARNs que son muy importantes, más muchos otros que recién
ahora comienzan a ser comprendidos. El ARNm es el menos abundante de los
tres ARN principales, representando solo del 2% al 5% del ARN citoplásmico.
La ARN polimerasa III es una enzima menor en términos de actividad, pero
produce una colección de ARN esenciales y estables. Esta enzima
nucleoplásmica sintetiza los ARNr 5S, los ARNt y otros ARN pequeños que
constituyen más de una cuarta parte de los ARN citoplásmicos.
Todas las ARN polimerasas eucariotas son proteínas grandes que funcionan
como complejos de aproximadamente 500 kD. Por lo general, tienen alrededor
de 12 subunidades. Las enzimas purificadas pueden llevar a cabo la
transcripción de ARN dependiente de la plantilla, pero no son capaces de

4
iniciarse selectivamente en los promotores. La constitución general de una
enzima eucariota de ARN polimerasa II como se tipifica en Saccharomyces
cerevisiae se ilustra en la Figura 18.2. Las dos subunidades más grandes son
homólogas a las subunidades β y β 'de la ARN polimerasa bacteriana. Tres de
las subunidades restantes son comunes a todas las ARN polimerasas; es decir,
también son componentes de las ARN polimerasas I y III. Tenga en cuenta que
no existe una subunidad relacionada con el factor sigma bacteriano. Su función
está contenida en los factores de transcripción basales.

Fig 2. Algunas subunidades son comunes a todas las clases de ARN polimerasas eucariotas y
algunas están relacionadas con la ARN polimerasa bacteriana. Este dibujo es una simulación de
ARN polimerasa II de levadura purificada ejecutada en un gel de SDS para separar las
subunidades por tamaño.

La subunidad más grande en la ARN polimerasa II tiene un dominio carboxi

terminal (CTD), que consiste en múltiples repeticiones de una secuencia
consenso de siete aminoácidos. La secuencia es exclusiva de la ARN polimerasa
II. La levadura tiene alrededor de 26 repeticiones y los mamíferos tienen
alrededor de 50. El número de repeticiones es importante porque las
eliminaciones que eliminan (generalmente) más de la mitad de las repeticiones
son letales.
El CTD puede estar altamente fosforilado en residuos de serina o treonina. El
CTD participa en la regulación de la reacción de iniciación (ver la sección más
adelante en este capítulo titulada La iniciación es seguida por la elongación y
elongación del promotor), la elongación de la transcripción y todos los aspectos
del procesamiento del ARNm, incluso la exportación de ARNm al citoplasma.
18.3
La ARN polimerasa I transcribe solo los genes del ARN ribosómico de un solo
tipo de promotor en una región especial del núcleo llamada nucléolo. El transcrito
precursor incluye las secuencias de rRNA grandes 28S y 18S pequeños, que
luego se procesan por escisión y modificaciones. El ensamblaje de ribosomas
también ocurre en el nucléolo. Hay muchas copias de la unidad de transcripción
de ARNr. Se alternan con espaciadores no transcritos y se organizan en un
clúster, como se analiza en el capítulo titulado Clústeres y repeticiones. La

5
organización del promotor y los eventos involucrados en la iniciación se ilustran
en la FIGURA 18.3. La ARN polimerasa I existe como una holoenzima que
contiene factores adicionales requeridos para la iniciación y es reclutada por sus
factores de transcripción directamente como un complejo gigante para el
promotor.

Fig 3. Las unidades de transcripción para la ARN polimerasa I tienen un promotor central
separado por ~ 70 pb del elemento promotor aguas arriba. La unión de UBF a UPE aumenta la
capacidad del factor de unión central para unirse al promotor central. El factor de unión al
núcleo (SL1) posiciona la ARN polimerasa I en el punto de inicio.

El promotor consiste en dos regiones separadas. El promotor central rodea el

punto de inicio, que se extiende de -45 a +20, y es suficiente para iniciar la
transcripción. Generalmente es rico en G-C (inusual para un promotor), excepto
por el único elemento de secuencia conservado, una secuencia corta rica en A-
T alrededor del punto de inicio. Sin embargo, la eficacia del promotor central
aumenta mucho con el elemento promotor ascendente (UPE, a veces también
denominado elemento de control ascendente, o UCE). La UPE es otra secuencia
rica en G-C relacionada con la secuencia promotora central, que se extiende
desde -180 hasta -107. Este tipo de organización es común para pol I promotores
en muchas especies, aunque las secuencias reales varían ampliamente.
La ARN polimerasa I requiere dos factores de transcripción auxiliares para
reconocer la secuencia promotora. El factor que se une al promotor central es
SL1 (o TIF-1B y Rib1 en diferentes especies), que consta de cuatro subunidades
proteicas. Dos de los componentes de SL1 son la proteína de unión TATA (TBP),
un factor que también se requiere para la iniciación por las ARN polimerasas II y
III, y un segundo componente que es homólogo al factor de la ARN polimerasa
II TF B. TBP no se une directamente al ADN rico en G-C, y la unión al ADN es
responsabilidad de los otros componentes de SL1. Es probable que TBP
interactúe con la ARN polimerasa, probablemente con una subunidad común o
una característica que se ha conservado entre las polimerasas. SL1 permite que
la ARN polimerasa I se inicie desde el promotor a una baja frecuencia basal.

6
SL1 tiene la responsabilidad principal del reclutamiento de la ARN polimerasa, la
localización adecuada de la polimerasa en el punto de partida y el escape del
promotor. Como se discutirá más adelante, se proporciona una función
comparable para las ARN polimerasas II y III por un factor que consiste en TBP
y otras proteínas. Por lo tanto, una característica común en la iniciación de las
tres polimerasas es la dependencia de un "factor de posicionamiento" que
consiste en TBP asociado con proteínas que son específicas para cada tipo de
promotor. El modo de acción exacto es diferente para cada uno de los factores
de posicionamiento dependientes de TBP; en el promotor para la ARN
polimerasa I no se une al ADN, mientras que en los promotores que contienen la
caja TATA para la ARN polimerasa II es el principal medio para localizar el factor
en el ADN.
Para la iniciación de alta frecuencia, se requiere el factor de transcripción UBF.
Este es un polipéptido único que se une a un rico en G-C elemento en el UPE.
UBF tiene múltiples funciones. Se requiere UBF para mantener abierta la
estructura de la cromatina. Impide la unión de la histona HI y, por lo tanto, evita
el ensamblaje de la cromatina inactiva. Estimula la liberación del promotor por la
ARN polimerasa y estimula al SL1. Una indicación de cómo interactúa UBF con
SL1 está dada por la importancia del espaciado entre UBF y el promotor central.
Esto se puede cambiar por las distancias que involucran números enteros de
giros de ADN, pero no por las distancias que introducen medias vueltas. UBF se
une al surco menor del ADN y envuelve el ADN en un bucle de casi 360º de
vuelta en la superficie de la proteína, con el resultado de que el promotor central
y UPE se acercan, permitiendo que UBF estimule la unión de SL1 al promotor.
La figura 18.3 muestra la iniciación como una serie de interacciones
secuenciales. La ARN polimerasa I, sin embargo, existe como una holoenzima
que contiene la mayoría o la totalidad de los factores necesarios para la
iniciación, y probablemente se recluta directamente al promotor. Después de la
iniciación, la ARN polimerasa I, como la ARN polimerasa II, requiere un factor
special, el complejo ARN polimerasa I PafI, para una elongación eficiente
18.4
El reconocimiento de los promotores por la ARN polimerasa III ilustra de manera
sorprendente los papeles relativos de los factores de transcripción y la enzima
polimerasa. Los promotores se dividen en tres clases generales que son
reconocidas de diferentes maneras por diferentes grupos de factores. Los
promotores para las clases I y II, 5S y los genes tRNA, son internos; se
encuentran aguas abajo del punto de inicio. Los promotores de los ARNc de
clase III (ARN nuclear pequeño) se encuentran aguas arriba del punto de partida
de la manera más convencional de otros promotores. Tanto en los promotores
internos como externos, los elementos individuales que son necesarios para la
función del promotor consisten exclusivamente en secuencias reconocidas por
factores de transcripción, que, a su vez, dirigen la unión de la ARN polimerasa.
Las estructuras de los tres tipos de promotores para la ARN polimerasa III se
resumen en la FIGURA 18.4. Dos de los tipos de promotores son promotores

7
internos. Cada uno contiene una estructura bipartita, en la cual dos elementos
de secuencia cortos están separados por una secuencia variable. El promotor
5S del gen ribosómico de tipo 1 consiste en una secuencia boxA separada por
un elemento intermedio (IE) de una secuencia boxC; toda la región boxA-IE-boxC
a menudo se denomina región de control interno 5S (ICR). En la levadura, solo
se requiere el elemento boxC para la transcripción. El promotor tRNA tipo 2
consiste en una secuencia boxA separada de una secuencia boxB. Un grupo
común de promotores de tipo 3 que codifican otros ARN pequeños tiene tres
elementos de secuencia que están todos localizados aguas arriba del punto de
inicio; estos mismos elementos también están presentes en varios promotores
de ARN polimerasa II.

Fig 4. Los promotores para la ARN polimerasa III pueden consistir en secuencias bipartitas
aguas abajo del punto de inicio, con la caja A separada de la casilla C o caja B, o pueden
consistir en secuencias separadas aguas arriba del punto de inicio (Oct, PSE, TATA).

La FIGURA 18.5 resume las etapas de reacción en promotores internos de tipo

2 usados para genes de ARNt. La distancia entre boxA y boxB puede variar
porque muchos genes tRNA contienen un pequeño intrón. TF C se une tanto a
boxA como a boxB. Esto permite que TF B se una en el punto de inicio. En este
punto, la ARN polimerasa III se puede unir.

Fig 5. Los promotores internos de pol II de tipo 2 usan la unión de TF C a las secuencias boxA y
boxB para reclutar el factor de posicionamiento TF B, que recluta RNA polimerasa III.

La diferencia en promotores internos de tipo 1 (para genes 5S) es que el TF A

debe unirse a boxA para permitir que TF C se una en boxC. TF A es un factor de
unión específico de la secuencia 5S que se une al promotor y al ARN 5S como
chaperón y regulador génico. La FIGURA 18.6 muestra que una vez que el TF C
tiene eventos unidos, sigue el mismo curso que en los promotores de tipo 2, con

8
TF B (que contiene el TBP ubicuo) que se une en el punto inicial y ARN
polimerasa III uniéndose al complejo. Los promotores tipo 1 se encuentran solo
en los genes para 5S rRNA.

Fig 6. Los promotores internos tipo 1 pol III usan los factores de ensamblaje TF A y TF C, en la
caja A y la caja C, para reclutar el factor de posicionamiento TF B, que recluta ARN polimerasa
III.

TF A y TF C son factores de ensamblaje, cuya única función es ayudar al enlace

del factor de posicionamiento TF B en la ubicación correcta. Una vez que TF B
se ha unido, TF A y TF C se pueden eliminar del promotor sin afectar la reacción
de iniciación. El TF B permanece unido en las proximidades del punto de inicio,
y su presencia es suficiente para permitir que la ARN polimerasa III se identifique
y se una en el punto de inicio. Por lo tanto, TF B es el único factor de iniciación
verdadero requerido por la ARN polimerasa III. Esta secuencia de eventos
explica cómo las cajas del promotor corriente abajo pueden provocar que la ARN
polimerasa se una en el punto de inicio, más arriba. Aunque la capacidad de
transcribir estos genes es conferida por el promotor interno, los cambios en la
región inmediatamente aguas arriba del punto de inicio pueden alterar la eficacia
de la transcripción.
TFiiiC es un gran complejo de proteínas (más de 500 kD), que es comparable en
tamaño a la ARN polimerasa en sí, y contiene seis subunidades. TF A es un
miembro de una interesante clase de proteínas que contiene un motivo de unión
a ácido nucleico llamado dedo de zinc. El factor de posicionamiento TF B consta
de tres subunidades. Incluye el mismo factor de proteína TBP que está presente
en el factor de unión al núcleo SL1 utilizado para promotores pol I y (como
veremos más adelante en la sección titulada TBP es un factor universal) en el
factor de transcripción correspondiente TF D utilizado por ARN polimerasa II.
También contiene Brf, que está relacionado con el factor de transcripción TF B
que es utilizado por la RNA polimerasa II y con una subunidad en el factor RNA
polimerasa ISL1. La tercera subunidad se llama B99; es prescindible si el dúplex
de ADN está parcialmente fundido, lo que sugiere que su función es iniciar la
burbuja de transcripción. El papel de B99 puede ser comparable al papel
desempeñado por el factor sigma en la ARN polimerasa bacteriana (ver el
capítulo titulado Transcripción procariota).

9
La región aguas arriba tiene un papel convencional en la tercera clase de
promotores de polimerasa III. El ejemplo que se muestra en la figura 18.4 tiene
tres elementos en sentido ascendente. Estos elementos también se encuentran
en promotores para genes snRNA que son transcritos por RNA polimerasa II.
(Los genes para algunos ARNsn son transcritos por la ARN polimerasa II,
mientras que otros son transcritos por la ARN polimerasa III). Los elementos
cadena arriba funcionan de manera similar en los promotores de ambas ARN
polimerasas II y III.
Iniciación en un promotor aguas arriba de la clase III RNA polimerasa IIIpuede
ocurrir en una región corta que precede inmediatamente al punto de inicio y
contiene solo el elemento TATA. La eficiencia de la transcripción, sin embargo,
se incrementa mucho por la presencia del elemento de secuencia proximal
potenciador (PSE) y OCT (así llamado porque tiene una secuencia de unión de
8 pb). Los factores que se unen a estos elementos interactúan de forma
cooperativa. El elemento PSE puede ser esencial en los promotores usados por
la ARN polimerasa II, mientras que es estimulante en los promotores utilizados
por la ARN polimerasa III.
El elemento TATA confiere especificidad para el tipo de polimerasa (II o III) que
es reconocida por un promotor snRNA. Está limitado por un factor que incluye
TBP, que realmente reconoce la secuencia en el ADN. TBP está asociado con
otras proteínas, que son específicas para el tipo de promotor. La función de TBP
y sus proteínas asociadas es posicionar la ARN polimerasa correctamente en el
punto de inicio. Esto se describe con más detalle más adelante en las secciones
sobre ARN polimerasa II.
Los factores funcionan de la misma manera para ambos tipos de promotores
para la ARN polimerasa III. Los factores se unen al promotor antes de que la
ARN polimerasa se pueda unir. Forman un complejo de preiniciación que dirige
la unión de la ARN polimerasa. La ARN polimerasa III no reconoce por sí misma
la secuencia del promotor, sino que se une a los factores que están unidos justo
antes del punto de inicio. Para los promotores internos de tipo I y tipo II, los
factores de ensamblaje aseguran que TF B (que incluye TBP) se une justo antes
del punto de inicio, proporcionando así la información de posicionamiento. Para
los promotores ascendentes, TF B se une directamente a la región, incluida la
caja TATA. Esto significa que, independientemente de la ubicación de las
secuencias promotoras, el (los) factor (es) se unen cerca del punto de inicio para
dirigir la unión de la ARN polimerasa III. En III III En todos los casos, la cromatina
debe ser modificada y en una configuración abierta.
18.5
 La ARN polimerasa II requiere factores de transcripción generales (TF X)
para iniciar la transcripción.
 Los promotores de ARN polimerasa II frecuentemente tienen una
secuencia corta conservada, Py CAPy (el iniciador, Inr), en el punto de
inicio.

10
  La caja TATA es un componente común de los promotores de ARN
polimerasa II; consiste en un octámero rico en A-T ubicado
aproximadamente a 25 pb aguas arriba del punto de inicio. do
 El elemento promotor cadena abajo (DPE) es un componente común de
promotores de ARN polimerasa II que no contienen una caja TATA.
 Un promotor central para la ARN polimerasa II incluye el Inr y,
comúnmente, una caja TATA o un DPE. También puede contener otros
elementos menores.
La organización básica del aparato para transcribir genes proteínicos fue
revelada por el descubrimiento de que la ARN polimerasa II purificada puede
catalizar la síntesis de ARNm, pero que no puede iniciar la transcripción a menos
que se agregue un extracto adicional. La purificación de este extracto condujo a
la definición de los factores de transcripción generales, o factores de
transcripción basales, un grupo de proteínas que se necesitan para la iniciación
por la ARN polimerasa II en todos los promotores. La ARN polimerasa II junto
con estos factores constituye el aparato de transcripción basal que se necesita
para transcribir cualquier promotor. Los factores generales se describen como
TF X, donde X es una letra que identifica el factor individual. Las subunidades de
la ARN polimerasa II y los factores de transcripción generales se conservan entre
eucariotas.
Nuestro punto de partida para considerar la organización del promotor es definir
el promotor central como la secuencia más corta a la cual la ARN polimerasa II
puede iniciar la transcripción. Un promotor central puede, en principio,
expresarse en cualquier célula (aunque en la práctica un promotor central solo
da como resultado poca o ninguna transcripción en el contexto de la cromatina
in vivo). Es la secuencia mínima que permite que los factores de transcripción
generales se ensamblen en el punto de inicio. Estos factores están involucrados
en la mecánica de unión al ADN y permiten que la ARN polimerasa II reconozca
el promotor e inicie la transcripción. Un promotor central funciona solo con una
baja eficiencia. Se requieren otras proteínas, llamadas activadores, una clase
diferente de factores de transcripción para el nivel adecuado de función. Los
activadores no se describen sistemáticamente, sino que tienen nombres
casuales que reflejan sus historias de identificación.
Podríamos esperar que cualquier componente de secuencia implicado en la
unión de ARN polimerasa y factores de transcripción generales se conservara
en la mayoría o en todos los promotores, como es el caso de los promotores pol
I y pol III. Al igual que con los promotores bacterianos, cuando se comparan los
promotores para la ARN polimerasa II, las homologías en las regiones cercanas
al punto de inicio se restringen a secuencias bastante cortas. Estos elementos
se corresponden con las secuencias implicadas en la función del promotor por
mutación. La FIGURA 18.7 muestra la construcción de un promotor de núcleo
pol II típico con tres de los elementos promotores de pol II más comunes. Sin
embargo, el promotor pol II eucariota es mucho más estructuralmente diverso
que el promotor bacteriano y los promotores para pol I y III. Además de los tres

11
elementos principales, una serie de elementos menores también pueden servir
para definir al promotor.

Fig 7. Un promotor pol II mínimo puede tener una caja TATA ~ 25 pb cadena arriba del Inr. La
caja TATA tiene la secuencia consenso de TATAA. El Inr tiene pirimidinas (Y) que rodean la CA en
el punto de inicio. El DPE está aguas abajo del punto de inicio. La secuencia muestra la cadena
de codificación.

El punto de inicio no tiene una homología extensa de la secuencia, pero existe

una tendencia a que la primera base del ARNm sea A, flanqueada en ambos
lados por pirimidinas. (Esta descripción también es válida para la secuencia de
inicio CAT de promotores bacterianos). Esta región se denomina iniciador (Inr),
y se puede describir en la forma general Py CAPy, donde Py representa cualquier
pirimidina. El Inr está contenido entre las posiciones -3 y +5.
Muchos promotores tienen una secuencia llamada caja TATA, generalmente
ubicada aproximadamente 25 pb aguas arriba del punto de inicio en eucariotas
superiores. Constituye el único elemento promotor ascendente que tiene una
ubicación relativamente fija con respecto al punto de inicio. La secuencia de
consenso de este elemento central es TATAA, generalmente seguido de otros
tres pares de bases A-T.
La caja TATA tiende a estar rodeada por secuencias ricas en G-C, lo que podría
ser un factor en su función. Es casi idéntico a la secuencia del cuadro -10 que
se encuentra en los promotores bacterianos; de hecho, podría pasar por uno,
excepto por la diferencia en su ubicación en -25 en lugar de -10. (La excepción
es en levadura, donde la caja TATA se encuentra más típicamente en -90). Las
sustituciones de una sola base en la caja TATA pueden actuar como mutaciones
ascendentes o descendentes, dependiendo de qué tan cerca la secuencia
original coincida con la secuencia consenso y qué tan diferente la secuencia
mutante es Por lo general, las sustituciones que introducen un par de bases G-
C son las más graves.
Los promotores que no contienen un elemento TATA se denominan promotores
TATAless. Las encuestas de secuencias promotoras sugieren que el 50% o más
de los promotores pueden ser TATA-less. Cuando un promotor no contiene una
caja TATA, a menudo contiene otro elemento, el elemento promotor corriente
abajo (DPE), que se encuentra entre +28 y +32 dentro de la unidad de
transcripción.

12
Los promotores centrales típicos consisten en una caja TATA más Inr o una Inr
más DPE, aunque también existen otras combinaciones con elementos
menores.
18.6
 La proteína de unión a TATA (TBP) es un componente del factor de
posicionamiento que se requiere para que cada tipo de ARN polimerasa
se una a su promotor.
 El factor para la ARN polimerasa II es TF D, que consta de TBP y
aproximadamente 14 factores asociados a TBP (TAF), con una masa total
de aproximadamente 800 kD.
 TBP se une a la caja TATA en el surco menor de ADN.
 TBP forma una silla de montar alrededor del ADN y lo dobla
aproximadamente 80 °.
Antes de que pueda comenzar la iniciación de la transcripción, la cromatina debe
modificarse y remodelarse a la configuración abierta, y cualquier octámero
nucleosómico colocado sobre el promotor debe moverse o eliminarse en todas
las clases de promotores eucariotas (examinamos este aspecto del control de la
transcripción más de cerca). el capítulo titulado Regulación de transcripción
eucariota). En ese punto, es posible que un factor de posicionamiento se vincule
al promotor. Cada clase de ARN polimerasa es asistida por un factor de
posicionamiento que contiene TBP asociado con otros componentes. Recuerde
que TBP significa proteína de unión a TATA; inicialmente se llamó así porque
era una proteína que se unía a la caja TATA en los genes de la ARN polimerasa
II. Posteriormente se descubrió que también era parte de los factores de
posicionamiento SL1 para la ARN polimerasa I (ver la sección anterior de este
capítulo titulada ARN polimerasa I tiene un promotor bipartito) y ARN polimerasa
III de TF B (ver la sección titulada ARN polimerasa III usos aguas abajo y
Promotores Upstream). Para estas dos últimas ARN polimerasas, TBP no
reconoce la secuencia de caja TATA (excepto en promotores pol III de tipo 3);
por lo tanto, el nombre es engañoso. Además, muchos promotores de ARN
polimerasa II carecen de cajas TATA, pero aún requieren la presencia de TBP.
Para la ARN polimerasa II, el factor de posicionamiento es TF D, que consiste
en TBP asociado con hasta otras 14 subunidades llamadas TAF (para factores
asociados a TBP). Algunos TAF son estequiométricos con TBP; otros están
presentes en cantidades menores, lo que significa que hay múltiples variantes
de TF D. Los TF Ds que contienen diferentes TAF podrían reconocer promotores
con diferentes combinaciones de elementos conservados descritos en la sección
anterior, The Start Point para RNA Polymerase II. Algunos TAF son específicos
del tejido. La masa total de TF D típicamente es de aproximadamente 800 kD.
Los TAF en TF D originalmente se nombraron en la forma TAF 00, por ejemplo,
donde el número 00 proporciona la masa molecular de la subunidad.
Recientemente, los TAF de la ARN polimerasa II se han renombrado TAF1,
TAF2, y así sucesivamente; en esta nomenclatura, TAF1 es el TAF más grande,

13
el TAF2 es el siguiente más grande, y los TAF homólogos en diferentes especies
tienen los mismos nombres.
La FIGURA 18.8 muestra que el factor de posicionamiento reconoce al promotor
de una manera diferente en cada caso. En los promotores de la ARN polimerasa
III, el TF B se une a TFC. En los promotores de la ARN polimerasa I, SL1 se une
en conjunto con UBF. TF D es el único responsable de reconocer los promotores
de la ARN polimerasa II. En un promotor que tiene un elemento TATA, TBP se
vincula específicamente a la casilla TATA, pero en los promotores sin TATA, los
TAF tienen el rol de reconocer otros elementos promotores, incluidos Inr y DPE.
Cualquiera que sea su medio de entrada en el complejo de iniciación, tiene el
propósito común de interacción con la ARN polimerasa.

Fig 8. Las ARN polimerasas se posicionan en todos los promotores por un factor que contiene
TBP.

TBP tiene la propiedad inusual de unirse al ADN en el surco menor. (La gran
mayoría de las proteínas de unión al ADN se unen en el surco principal). La
estructura cristalina de TBP sugiere un modelo detallado para su unión al ADN.
La FIGURA 18.9 muestra que rodea una cara del ADN, formando un "sillín"
alrededor de un tramo de la ranura menor, que se dobla para encajar en esta
silla de montar. En efecto, la superficie interna de TBP se une al ADN, y la
superficie externa más grande está disponible para extender los contactos a
otras proteínas. El sitio de unión al ADN consiste en un dominio C-terminal que
se conserva entre especies, y la cola N-terminal variable está expuesta para
interactuar con otras proteínas. Es una medida de la conservación del
mecanismo en la iniciación de la transcripción que la secuencia de unión al ADN
de TBP se conserva en un 80% entre la levadura y los seres humanos.

Fig 9. Una vista en corte transversal muestra que TBP rodea el ADN desde el lado del surco
estrecho. TBP consta de dos dominios relacionados conservados (40% idénticos), que se
muestran en azul claro y azul oscuro. La región N-terminal varía ampliamente y se muestra en
verde. Las dos hebras de la doble hélice de ADN están en gris claro y oscuro.

14
La unión de TBP puede ser inconsistente con la presencia de octamers de
nucleosoma. Los nucleosomas se forman preferentemente colocando
secuencias ricas en A-T con los surcos menores mirando hacia adentro (ver el
capítulo titulado Chromatin); como resultado, podrían evitar la unión de TBP.
Esto puede explicar por qué la presencia de un nucleosoma en el promotor
impide el inicio de la transcripción.
TBP se une al surco menor y dobla el ADN en aproximadamente 80 °, como se
ilustra en la FIGURA 18.10. La caja TATA se dobla hacia la ranura principal,
ampliando la ranura menor. La distorsión está restringida a los 8 pb de la caja
TATA; en cada extremo de la secuencia, el surco menor tiene su ancho habitual
de aproximadamente 5 Å, pero en el centro de la secuencia, el surco menor es
mayor de 9 Å. Esta es una deformación de la estructura, pero en realidad no
separa las cadenas de ADN porque se mantiene el emparejamiento de bases.
La extensión de la curvatura puede variar con la secuencia exacta de la caja
TATA y se correlaciona con la eficiencia del promotor.

Fig 10. La estructura cocristalina de TBP con ADN desde -40 hasta el punto inicial muestra una
curva en la caja TATA que amplía el surco estrecho donde se une el TBP.

Esta estructura tiene varias implicaciones funcionales. Al cambiar la organización

espacial del ADN en cualquier lado de la caja TATA, permite que los factores de
transcripción y la ARN polimerasa formen una asociación más estrecha de lo que
sería posible en el ADN lineal. La flexión en la caja TATA corresponde
enérgicamente al desenrollamiento de aproximadamente un cuarto de una vuelta
de ADN, y se compensa con una torsión positiva.
La presencia de TBP en el surco menor, combinada con otras proteínas que se
unen en el surco mayor, crea una alta densidad de contactos proteína-ADN en
esta región. La unión de TBP purificado al ADN in vitro protege aproximadamente
un giro de la doble hélice en la caja TATA, extendiéndose típicamente de -37 a -
25. Sin embargo, la unión del complejo TF D en la reacción de iniciación protege
regularmente a la región de -45 a -10.
Dentro de TF D como un complejo de proteína libre, el factor TAF1 se une a TBP,
donde ocupa la superficie cóncava de unión al ADN. De hecho, la estructura del
sitio de unión, que se encuentra en el dominio N-terminal de TAF1, imita la
superficie del surco menor en el ADN. Este mimetismo molecular permite que
TAF1 controle la capacidad de TBP para unirse al ADN; el dominio N-terminal de

15
TAF1 debe desplazarse de la superficie de unión a ADN de TBP para que TFD
se una al ADN.
Sorprendentemente, varios TAF se parecen a las histonas: 9 de 14 TAF
contienen un dominio de pliegues de histonas, aunque en la mayoría de los
casos los TAF carecen de los residuos de este dominio que son responsables
de la unión del ADN. Cuatro TAF tienen cierta capacidad intrínseca de unión al
ADN: TAF4b, TAF12, TAF9 y TAF6 son homólogos (distantes) de las histonas
H2A, H2B, H3 y H4, respectivamente. (Las histonas forman el complejo básico
que une el ADN en la cromatina eucariota; consulte el capítulo titulado
Cromatina). TAF4b / TAF12 y TAF9 / TAF6 forman heterodímeros utilizando el
motivo de pliegue de histona; juntos pueden formar la base de una estructura
que se asemeja a un octámero de histona. Tal estructura puede ser responsable
de interacciones no específicas de secuencia de TFiiD con ADN. Los pliegues
de histonas también se usan en interacciones por pares entre otros TAFiis.
Algunos de los TAF se pueden encontrar en otros complejos, así como también
en TF D. En particular, los TAF histónicos también se encuentran en complejos
proteicos que modifican la estructura de la cromatina antes de la transcripción.
18.7
 Los elementos ascendentes y los factores que los unen aumentan la
frecuencia de iniciación.
 La unión de TF D a la caja TATA o Inr es el primer paso en la iniciación.
 Otros factores de transcripción se unen al complejo en un orden definido,
extendiendo la longitud de la región protegida en el ADN.
 Cuando la ARN polimerasa II se une al complejo, puede iniciar la
transcripción.
En una célula, los promotores de genes se pueden encontrar en tres tipos
básicos de cromatina con respecto a la actividad. El primero es un gen inactivo
en la cromatina cerrada. El segundo es un gen potencialmente activo en la
cromatina abierta unida a la ARN polimerasa, llamada gen equilibrado. Los
promotores de esta clase pueden ensamblar el aparato basal, pero no pueden
proceder a transcribir el gen sin una segunda señal para comenzar la
transcripción. Los genes de choque térmico están preparados de modo que
puedan activarse inmediatamente cuando aumenta la temperatura. La tercera
clase (que examinaremos en breve) es un gen activado en cromatina abierta.
Lo que hasta ahora no se ha explorado en gran medida es la participación de
transcritos de ARN no codificante (ncRNA) en la activación de genes. Se han
descrito numerosos ejemplos recientes en los que la transcripción de ncRNAs
regula la transcripción de genes que codifican proteínas cercanas o
superpuestas. La producción de estos ncRNAs funcionales (también conocidos
como transcripciones inestables crípticas o CUT) es mucho más común de lo
que se creía originalmente. Un número significativo de promotores activos tienen
transcripciones generadas aguas arriba de los promotores (conocidas como
transcripciones ascendentes del promotor, o PROMPT). Las PROMPT se

16
transcriben en orientaciones tanto sentido como antisentido en relación con el
promotor aguas abajo y pueden desempeñar un papel regulador en la
transcripción. Los muchos roles de los ncRNAs en la regulación transcripcional
se discuten más en el capítulo titulado Regulatory RNA.
El proceso de iniciación requiere que los factores de transcripción basal actúen
en un orden definido para construir un complejo al que se unirá la ARN
polimerasa. La serie de eventos resumidos en la FIGURA 18.11 es un modelo.
Es importante recordar que los promotores de ARN polimerasa II son
estructuralmente muy diversos. Una vez que se une una polimerasa, su actividad
se controla mediante factores de transcripción que se unen a potenciadores.

Fig 11. Un complejo de iniciación se ensambla en los promotores de la ARN polimerasa II

mediante una secuencia ordenada de asociación con los factores de transcripción. TF D consiste
en TBP más sus TAF asociados como se muestra en el panel superior; TBP solo, en lugar de TF D,
se muestra en los paneles restantes por simplicidad.

Un promotor para la ARN polimerasa II a menudo consiste en dos tipos de

regiones. El promotor central contiene el punto de inicio en sí mismo, típicamente
identificado por el Inr, y a menudo incluye una caja TATA cercana o DPE;
también se pueden encontrar elementos menos comunes. La eficiencia y
especificidad con la que se reconoce un promotor, sin embargo, dependen de
secuencias cortas más arriba, que son reconocidas por un grupo diferente de
factores de transcripción, a veces llamados activadores. En general, las
secuencias objetivo son aproximadamente 100 pb aguas arriba del punto de
inicio, pero a veces son más distantes. La unión de activadores en estos sitios
puede influir en la formación del complejo de iniciación en (probablemente)
cualquiera de varias etapas. Los promotores se organizan según el principio de
"mezclar y combinar". Una variedad de elementos puede contribuir al
funcionamiento del promotor, pero ninguno es esencial para todos los
promotores.
El primer paso para activar un promotor que contiene caja TATA en cromatina
abierta se inicia cuando la subunidad TBP de TF D dirige su unión a la caja TATA.
Esto puede ser mejorado por elementos de aguas arriba que actúan a través de

17
un coactivador. (TF D también reconoce la secuencia de Inr en el punto de inicio,
el DPE y posiblemente otros elementos del promotor). TFiiB se une aguas abajo
de la caja TATA, adyacente a TBP en una región llamada elemento de
reconocimiento B (BRE), extendiendo así los contactos a lo largo de una cara
del ADN de -10 a +10. La estructura cristalina del complejo ternario que se
muestra en la FIGURA 18.12 amplía este modelo. El TFiiB hace contactos en el
surco menor aguas abajo de la caja TATA, y entra en contacto con el surco mayor
aguas arriba de la caja TATA. En Archaeans, el homólogo de TF B realmente
hace contactos específicos de secuencia con el promotor en la región BRE. Se
cree que este paso es el principal determinante en el establecimiento de la
polaridad del promotor, de qué manera se enfrenta la ARN polimerasa y, por lo
tanto, qué cadena es la cadena molde. El TF B puede proporcionar la superficie
que, a su vez, es reconocida por la ARN polimerasa, de modo que es
responsable de la direccionalidad de la unión de la polimerasa. TF B también
tiene un papel principal en el reclutamiento de RNA pol II al complejo TF D / TF
A / promotor DNA, asistiendo en la conversión del complejo cerrado al abierto, y
seleccionando el sitio de inicio de la transcripción (TSS).

Fig 12. Dos vistas del complejo ternario de TFiiB-TBPDNA muestran que TF B se une a lo largo de
la cara curva del ADN. Los dos filamentos de ADN son verde y amarillo, TBP es azul y TFiiB es rojo
y morado.

La estructura cristalina de TFiiB con ARN polimerasa muestra que tres dominios
del factor interactúan con la enzima. Como se ilustra esquemáticamente en la
Figura 18.13, una cinta de zinc N-terminal de TFiiB contacta la enzima cerca del
sitio donde sale el ARN; es posible que esto interfiera con la salida del ARN e
influya en el cambio de la iniciación abortiva al escape del promotor. Se inserta
un "dedo" alargado de TFiiB en el centro activo de la polimerasa. El dominio C-
terminal interactúa con la ARN polimerasa y con TF D para estabilizar la fusión
del promotor inicial. También determina la ruta del ADN donde entra en contacto
con los factores TFiiE, TFiiF y TFiiH, que pueden alinearlos en el complejo del
factor basal.

18
Fig 13. El TFiiB se une al ADN y se pone en contacto con la ARN polimerasa cerca del sitio de
salida del ARN y en el centro activo, y lo orienta en el ADN. Compárese con la Figura 18.12, que
muestra la estructura de la polimerasa involucrada en la transcripción.

El factor TFiiF es un heterotetrámero que consta de dos tipos de subunidades y

se requiere para el ensamblaje PIC (complejo de preiniciación). La subunidad
más grande (RAP74) tiene una actividad de helicasa de ADN dependiente de
ATP que podría estar implicada en la fusión del ADN al inicio. La subunidad más
pequeña (RAP38) tiene cierta homología con las regiones del factor sigma
bacteriano que entran en contacto con la polimerasa central; se une fuertemente
a la ARN polimerasa II. TFiiF puede ayudar a llevar ARN polimerasa II al
complejo de transcripción de ensamblaje y se requiere, junto con TF B, para la
selección del sitio de inicio de la transcripción. El complejo de TBP y TAF puede
interactuar con la cola de CTD de la ARN polimerasa, y la interacción con TF B
también puede ser importante cuando TF F / polimerasa se une al complejo.
La unión a polimerasa extiende los sitios que están protegidos aguas abajo a
+15 en la cadena molde y +20 en la cadena no atemperada. La enzima extiende
la longitud total del complejo porque se ve protección adicional en el límite
superior.
¿Qué sucede en los promotores sin TATA? Se necesitan los mismos factores de
transcripción generales, incluido TFiiD. El Inr proporciona el elemento de
posicionamiento; TFiiD se une a él a través de una capacidad de uno o más de
los TAF para reconocer el Inr directamente. Otros TAF en TFiiD también
reconocen el elemento DPE aguas abajo del punto de inicio. La función de TBP
en estos promotores es más similar a la de los promotores de la ARN polimerasa
I y de los promotores internos de la ARN polimerasa III.
Cuando hay una caja TATA, determina la ubicación del punto de inicio. Su
eliminación hace que el sitio de iniciación se vuelva errático, aunque cualquier
reducción general en la transcripción es relativamente pequeña. De hecho,
algunos promotores sin TATA carecen de puntos de inicio únicos, por lo que la
iniciación se produce dentro de un grupo de puntos de inicio. La caja TATA alinea
la ARN polimerasa a través de la interacción con TF D y otros factores para que
se inicie en el sitio apropiado. La unión de TBP a TATA es la característica
predominante en el reconocimiento del promotor, pero dos TAF grandes (TAF1
y TAF2) también entran en contacto con el ADN en las proximidades del punto
de inicio e influyen en la eficacia de la reacción.
Mientras que la mayoría de los genes que la ARN polimerasa II transcribe son
genes de ARNm que codifican proteínas, el ARN pol II también transcribe
algunos de los genes snRNA de clase menor. Estos tienen un promotor similar,
pero no idéntico. La transcripción del snRNA y los genes snoRNA (nucleolar
pequeño) en el nucleolo requiere una modificación específica del CTD, una
metilación específica de un residuo Arg.
El ensamblaje del complejo de iniciación ARN polimerasa II proporciona un
interesante contraste con la transcripción procariota. La ARN polimerasa

19
bacteriana es esencialmente un agregado coherente con capacidad intrínseca
para reconocer y unirse al ADN del promotor; el factor sigma, necesario para la
iniciación pero no para el alargamiento, se convierte en parte de la enzima antes
de que el ADN se una, aunque luego puede liberarse. La ARN polimerasa II
puede unirse al promotor, pero solo después de que se hayan unido factores de
transcripción separados. Los factores de transcripción desempeñan una función
análoga a la del factor sigma bacteriano, para permitir que la polimerasa básica
reconozca el ADN específicamente en las secuencias del promotor, pero han
desarrollado una mayor independencia. De hecho, los factores son los
principales responsables de la especificidad del reconocimiento del promotor.
Solo algunos de los factores participan en contactos de proteína-ADN (y solo
TBP y ciertos TAF hacen contactos secuencia-específicos); por lo tanto, las
interacciones proteína-proteína son importantes en el ensamblaje del complejo.
Aunque el ensamblaje puede tener lugar solo en el promotor central in vitro, esta
reacción no es suficiente para la transcripción in vivo, donde se requieren
interacciones con activadores que reconocen los elementos más corriente arriba.
Los activadores interactúan con el aparato basal en varias etapas durante su
ensamblaje.
18.8
 TFiiB, TFiiE y TFiiH son necesarios para fundir el ADN y permitir el
movimiento de la polimerasa.
 La fosforilación del dominio carboxi-terminal (CTD) es necesaria para que
comience la elongación y el aclaramiento del promotor.
 Se requiere una fosforilación adicional de la CTD en algunos promotores
para finalizar la pausa y la iniciación abortiva.
 Los octámeros de histonas deben modificarse temporalmente durante el
tránsito de la ARN polimerasa.
 El CTD coordina el procesamiento de ARN con transcripción. Los genes
transcritos se reparan preferentemente cuando se produce daño en el
ADN.
 TFiiH proporciona el enlace a un complejo de enzimas de reparación.
La fusión del promotor (anulación del ADN) es necesaria para comenzar el
proceso de transcripción. TFiiH es requerido para la formación del complejo
abierto junto con la hidrólisis de ATP para proporcionar tensión de torsión para
el desenrollado. A continuación, se necesitan algunos pasos finales para liberar
la ARN polimerasa del promotor una vez que se han formado los primeros
enlaces de nucleótidos. El aclaramiento del promotor es el paso clave regulado
en eucariotas para determinar si se transcribirá un gen preparado o un gen
activo. Este paso está controlado por potenciadores. (Tenga en cuenta que el
paso clave en la transcripción bacteriana es la conversión del complejo cerrado
al complejo abierto; consulte el capítulo titulado Transcripción Procariótica). La
mayoría de los factores de transcripción generales son necesarios únicamente
para unir la ARN polimerasa al promotor, pero algunos actúan a etapa posterior.

20
Los factores de transcripción que unen potenciadores habitualmente no se
ponen en contacto directamente con los elementos del promotor para controlarlo,
sino que se unen a un coactivador que se une a los elementos promotores. El
mediador coactivador es uno de los coactivadores más comunes. Este es un
complejo de proteína multisubunidad muy grande. En eucariotas multicelulares,
puede contener 30 subunidades o más. Muchas formas celulares y específicas
de genes de Mediador contienen un núcleo común de subunidades conservadas
de levadura a humanos que integran señales de muchos factores de
transcripción potenciadores. Tanto los genes activos como los activos requieren
la interacción de los factores de transcripción unidos a los potenciadores con el
promotor mediante el bucle de ADN con Mediator como intermediario.
Los últimos factores para unirse al complejo de iniciación son TFiiE y TFiiH.
Actúan en las etapas posteriores de la iniciación para desenrollar el ADN. La
unión de TFiiE hace que el límite de la región protegida aguas abajo se extienda
por otro giro de la doble hélice, a +30. TFiiH es el único factor de transcripción
general que tiene múltiples actividades enzimáticas independientes. Sus
diversas actividades incluyen una ATPasa, helicasas de ambas polaridades y
una actividad quinasa que puede fosforilar la cola de CTD de la ARN polimerasa
II (en la serina 5 de la repetición de heptapéptido). TF H es un factor excepcional
que también puede desempeñar un papel en el alargamiento. Para que la ARN
polimerasa escape del promotor, se requiere su interacción con el ADN aguas
abajo del punto de inicio. TF H también está involucrado en la reparación del
daño al ADN (vea el capítulo titulado Sistemas de reparación).
En una plantilla lineal, se requieren hidrólisis de ATP, TF E y la actividad helicasa
de TF H (proporcionada por las subunidades XPB y XPD) para el movimiento de
la polimerasa. Este requisito se pasa por alto con una plantilla superenrollada.
Esto sugiere que se requiere TF E y TF H para derretir ADN para permitir que
comience el movimiento de la polimerasa. La actividad helicasa de la subunidad
XPB de TF H es responsable de la fusión real del ADN.
La ARN polimerasa II tartamudea cuando comienza la transcripción. (El
resultado no difiere del inicio abortivo de la ARN polimerasa bacteriana discutida
en el capítulo titulado Transcripción procariota, aunque el mecanismo es
diferente). La ARN polimerasa II termina después de una corta distancia;
pequeños oligonucleótidos de 4 a 5 nucleótidos son inestables; y las estructuras
cristalinas de estos híbridos de ARN-ADN no están ordenadas. Solo los híbridos
más largos tienen un emparejamiento de bases adecuado. Los productos cortos
de ARN se degradan rápidamente. La sugerencia es que esta iniciación abortiva
es una forma de corrección de promotor. Para extender la elongación en la
unidad de transcripción, se requiere un complejo de cinasa, P-TEFb. P-TEFb
contiene la cinasa CDK9, que es un miembro de la familia de cinasas que
controla el ciclo celular. P-TEFb actúa sobre el CTD para fosforilarlo más (en la
serina 2 de la repetición del heptapéptido). Todavía no se entiende por qué este
efecto es necesario en algunos promotores, pero no en otros, o cómo está
regulado.

21
La fosforilación de la cola de CTD es necesaria para liberar la ARN polimerasa
II del promotor y los factores de transcripción, de modo que pueda hacer la
transición a la forma alargada, como se muestra en la FIGURA 18.14. La
observación en tiempo real de las células vivas muestra un patrón de ruptura que
es específico de un gen, en lugar de una iniciación continua. El patrón de
fosforilación en el CTD es dinámico durante el proceso de elongación, catalizado
y controlado por múltiples proteínas quinasas, incluyendo P-TEFb y fosfatasas.
La mayoría de los factores de transcripción basales se liberan del promotor en
esta etapa.

Fig 14. Modificación del heptapéptido de CT polimerasa II CTD durante la transcripción. El CTD
de la ARN polimerasa II cuando ingresa al complejo de preiniciación no está fosforilado. La
fosforilación de residuos de Ser sirve como sitios de unión para las enzimas de procesamiento
de ARNm y las quinasas que catalizan la fosforilación adicional como se describe en la figura.

El CTD está involucrado, directa o indirectamente, en el procesamiento del

ARNm mientras se sintetiza y después de que ha sido liberado por la ARN
polimerasa II. Los sitios de fosforilación en el CTD sirven como un punto de
reconocimiento o de anclaje para que otras proteínas atraquen con la
polimerasa. La enzima limitante (guanilil transferasa), que agrega el residuo G al
extremo 5 'del ARNm recién sintetizado, se une a CTD fosforilada en la serina 5,
el primer evento de fosforilación catalizado por TFiiH. Esto puede ser importante
para permitirle modificar (y así proteger) el extremo 5 'tan pronto como se
sintetice. Posteriormente, la fosforilación de serina 2 por P-TEFb conduce al
reclutamiento de un conjunto de proteínas llamadas SCAF para el CTD, y éstas,
a su vez, se unen a factores de corte y empalme. Esto puede ser un medio para
coordinar la transcripción y el empalme. Algunos componentes del aparato de
escisión / poliadenilación usado durante la terminación de la transcripción
también se unen al CTD fosforilado en la serina 2. Por extraño que parezca, lo
hacen en el momento de la iniciación, de modo que la ARN polimerasa está lista
para las reacciones de procesamiento del extremo 3 'tan pronto como se
establece. Finalmente, la exportación desde el núcleo a través del poro nuclear

22
también está controlada por el CTD y puede coordinarse con el procesamiento
del extremo 3 '. Todo esto sugiere que el CTD puede ser un enfoque general
para conectar otros procesos con la transcripción. En los casos de tapado y
empalme, el CTD funciona indirectamente para promover la formación de los
complejos proteicos que llevan a cabo las reacciones. En el caso de la
generación final 3 ', puede participar directamente en la reacción. El control del
historial de vida de un ARNm no termina aquí. Datos recientes muestran que en
la levadura existe un subconjunto de ARNm cuya estabilidad citoplásmica o
facturación está directamente controlada por el promotor / secuencia activadora
corriente arriba (UAS). Los sitios de unión para factores de transcripción
específicos controlan el reclutamiento de factores de estabilidad / inestabilidad
que se unen al ARNm durante la transcripción.
El evento clave para determinar si (y cuándo, en el caso de una polimerasa
preparada o suspendida, consulte la siguiente discusión) se expresará un gen
es la eliminación del promotor, la liberación del promotor regulado por PAF-1, el
guardián para la regulación del gen expresión. Una vez que eso ha ocurrido y se
liberan los factores de iniciación, hay una transición a la fase de elongación. El
complejo de transcripción ahora consiste en la ARN polimerasa II, los factores
basales TFiiE y TFiiH, y todas las enzimas y factores unidos a la CTD. Los
factores de elongación como TFiiF y TFiiS y otros para evitar pausas
inapropiadas pueden estar presentes en otro complejo grande llamado complejo
de súper elongación (SEC).
La ARN polimerasa, como el ribosoma, funciona como un trinquete browniano
donde las fluctuaciones aleatorias se estabilizan y (normalmente) se convierten
en movimiento hacia delante mediante la unión de nucleótidos. Esto, entonces,
significa que se produce el movimiento hacia adelante y hacia atrás o hacia atrás.
El retroceso también se produce cuando se inserta un nucleótido incorrecto y la
estructura dúplex del extremo 3 'se empareja de forma incorrecta. Retroceder es
un componente necesario del mecanismo de fidelidad. La dinámica de esto está
controlada por el contexto de la secuencia de ADN subyacente y los factores de
elongación tales como TF F, TF S, Elongin y varios otros. (1855 pag )
18.9
 Un potenciador normalmente activa el promotor más cercano a sí mismo
y puede estar a cualquier distancia, ya sea río arriba o río abajo del
promotor.
 Una secuencia activadora corriente arriba (UAS) en la levadura se
comporta como un potenciador, pero funciona solo aguas arriba del
promotor.
 Los potenciadores forman complejos de activadores que interactúan
directa o indirectamente con el promotor.
Hemos considerado en gran medida al promotor como una región aislada
responsable de la unión de la ARN polimerasa. Los promotores eucarióticos no
necesariamente funcionan solos, sin embargo. En la mayoría de los casos, la

23
actividad de un promotor aumenta enormemente por la presencia de un
potenciador localizado a una distancia variable del promotor central.
Algunos potenciadores funcionan a través de interacciones de largo alcance de
decenas de kilobases; otros funcionan a través de interacciones de corto alcance
y pueden estar bastante cerca del promotor central.
Uno de los primeros elementos comunes que se describieron cerca del promotor
fue la secuencia en -75, ahora denominada caja CAAT, llamada así por su
secuencia de consenso. A menudo se encuentra cerca de -80, pero puede
funcionar a distancias que varían considerablemente desde el punto de inicio.
Funciona en cualquier orientación. La susceptibilidad a las mutaciones sugiere
que el recuadro CAAT juega un papel importante en la determinación de la
eficiencia del promotor, pero no influye en su especificidad. Un segundo
elemento común en sentido ascendente es el cuadro de GC en -90, que contiene
la secuencia GGGCGG. A menudo, hay copias múltiples presentes en el
promotor, y ocurren en cualquiera de las dos orientaciones. El cuadro de GC
también es un elemento relativamente común cerca del promotor.
El concepto de que el potenciador es distinto del promotor refleja dos
características. La posición del potenciador con relación al promotor no necesita
ser fija, pero puede variar sustancialmente. La FIGURA 18.15 muestra que
puede ser cadena arriba, cadena abajo o dentro de un gen (típicamente en
intrones). Además, puede funcionar en cualquier orientación (es decir, se puede
invertir) con relación al promotor. Las manipulaciones de ADN muestran que un
potenciador puede estimular cualquier promotor colocado en su proximidad,
incluso a decenas de kilobases de distancia en cualquier dirección.

Fig 15. Un potenciador puede activar un promotor desde ubicaciones cadena arriba o cadena
abajo, y su secuencia puede invertirse en relación con el promotor. (1860 pp)

Al igual que el promotor, un potenciador (o su alter ego, un silenciador) es un

elemento modular construido a partir de elementos cortos de secuencia de ADN
que unen diversos tipos de factores de transcripción. Los potenciadores pueden
ser simples o complejos según la cantidad de elementos de unión y el tipo de
factores de transcripción que unen.
Una forma de dividir el mundo de los factores de transcripción vinculantes
potenciadores es considerar factores positivos y negativos. Los factores de

24
transcripción pueden ser positivos y estimular la transcripción (como activadores)
o pueden ser negativos y reprimir la transcripción (como represores).
En cualquier momento dado en una célula, según lo determinado por su historial
de desarrollo, esa célula contendrá una mezcla de factores de transcripción que
pueden unirse a un potenciador. Si se unen más activadores que represores, el
elemento será un potenciador. Si se unen más represores que activadores, el
elemento será un silenciador.
Los elementos análogos a los potenciadores, llamados secuencias de activación
aguas arriba (UAS), se encuentran en la levadura. Pueden funcionar en cualquier
orientación a distancias variables aguas arriba del promotor, pero no pueden
funcionar cuando se encuentran aguas abajo. Tienen un papel regulador: el UAS
está sujeto a la (s) proteína (s) reguladora (s) que activan los genes corriente
abajo
18.10
 Los potenciadores suelen funcionar solo en configuración cis con un
promotor objetivo.
 El principio es que un potenciador funciona en cualquier situación en la
que se ve obligado a estar en la misma proximidad que el promotor.
Los potenciadores funcionan uniendo combinaciones de factores de
transcripción, ya sean positivos o negativos, que controlan el promotor y, por
extensión, la expresión génica. El promotor es el sitio donde, en la cromatina
abierta, los factores de transcripción basales se unen para que la ARN
polimerasa pueda encontrar el promotor. ¿Cómo puede un potenciador estimular
la iniciación en un promotor que se puede ubicar a una distancia cualquiera de
ambos lados?
La función potenciadora implica la interacción con el aparato basal en el
elemento promotor central. Los potenciadores son modulares, como promotores.
Algunos elementos se encuentran tanto en los potenciadores de largo alcance
como en los potenciadores cerca de los promotores. Algunos elementos
individuales encontrados cerca de los promotores comparten con potenciadores
distales la capacidad de funcionar a una distancia variable y en cualquier
orientación. Por lo tanto, la distinción entre potenciadores de largo alcance y de
corto alcance es borrosa.
El papel esencial del potenciador puede ser aumentar la concentración del
activador en las proximidades del promotor (en este sentido, la vecindad es un
término relativo) en cis. Numerosos experimentos han demostrado que el nivel
de expresión génica (es decir, la velocidad de transcripción) es proporcional al
número neto de sitios de unión del activador. Normalmente, cuantos más
activadores se unan a un sitio potenciador, mayor será el nivel de expresión.
El potenciador de ARN ribosómico de Xenopus laevis puede estimular la
transcripción a partir de su promotor de ARN polimerasa I. Esta estimulación es
relativamente independiente de la ubicación y puede funcionar cuando se elimina

25
del cromosoma y se coloca con su promotor en un plásmido circular. La
estimulación no ocurre cuando el potenciador y el promotor están en plásmidos
separados, pero cuando el potenciador se coloca en un plásmido catenado
(entrelazado) con un segundo plásmido que contiene el promotor, la iniciación
es casi tan efectiva como cuando el potenciador y el promotor son en la misma
molécula circular, como se muestra en la FIGURA 18.16 (aunque, en este caso,
el potenciador actúa sobre su promotor en trans). De nuevo, esto sugiere que la
característica crítica es la localización de la proteína unida al potenciador, que
aumenta las posibilidades del potenciador de contactar una proteína unida al
promotor.

Fig 16. Un potenciador puede funcionar llevando proteínas en las proximidades del promotor.
Un potenciador y un promotor en ADN circulares separados no interactúan como en (c), pero
pueden interactuar cuando las dos moléculas están catenadas como en (b).

Si las proteínas unidas a un potenciador a varios kilobytes de distancia de un

promotor interactúan directamente con las proteínas unidas en las proximidades
del punto de inicio, la organización del ADN debe ser lo suficientemente flexible
como para permitir que el potenciador y el promotor estén localizados de cerca.
Esto requiere que el ADN interviniente se extruya como un gran "bucle". Tales
bucles ahora se han observado directamente en el caso de potenciadores.
¿Qué limita la actividad de un potenciador? Por lo general, funciona con el
promotor más cercano. En algunas situaciones, un potenciador se encuentra
entre dos promotores, pero activa solo uno de ellos sobre la base de contactos
proteína-proteína específicos entre los complejos unidos a los dos elementos. La
acción de un potenciador puede estar limitada por un aislante, un elemento en el
ADN que impide que el potenciador actúe sobre los promotores más allá del
aislador.
18.11
 La desmetilación en el extremo 5 'del gen es necesaria para la
transcripción.
La metilación del ADN es uno de los diversos eventos regulatorios epigenéticos
que influyen en la actividad de un promotor (ver el capítulo titulado Epigenética
I). La metilación en el promotor normalmente evita la transcripción, y esos grupos
metilo deben eliminarse para activar un promotor. Este efecto está bien
caracterizado en promotores tanto para la ARN polimerasa I como para la ARN
polimerasa II. En efecto, la metilación es un evento regulatorio reversible, aunque
los patrones de metilación del ADN también se pueden mantener de forma
estable en muchas divisiones celulares. La metilación del ADN puede ser

26
desencadenada por modificaciones en las histonas que incluyen la
desacetilación y la metilación de proteínas (ver el capítulo sobre la cromatina).
La metilación también ocurre en un fenómeno epigenético particular conocido
como impresión. En este caso, la modificación se produce en los patrones
específicos del sexo en los espermatozoides u ovocitos, con el resultado de que
los alelos maternos y paternos se expresan diferencialmente en la siguiente
generación.
La metilación en los promotores de la ARN polimerasa II ocurre en la posición 5
'de C (que produce 5-metil citosina, o 5 mC) en los dobletes CG (también
denominados dobletes CpG) por dos clases diferentes de ADN
metiltransferasas. DNMT1 es una enzima de mantenimiento que metila la nueva
C en un doblete de GC metilado después de la replicación. DNMT2 es una
enzima que inicia la metilación de novo de un doblete de GC no metilado. Aunque
la metilación del ADN se ha entendido durante algún tiempo, el mecanismo de
desmetilación ha sido misterioso. Recientemente, se ha propuesto el papel de
las enzimas TET (diez once translocaciones) en la desmetilación del ADN de
mamíferos. Estas enzimas se identificaron originalmente como implicadas en la
herencia epigenética y pueden convertir 5mC en 5hidroximetilcitosina como el
primer paso en una vía de reparación por escisión del daño en el ADN. Se sabe
que se usa un mecanismo de reparación de ADN algo diferente para la
desmetilación en plantas.
Clásicamente, se examinó la distribución de los grupos metilo aprovechando las
enzimas de restricción que escinden los sitios diana que contienen el doblete
CG. Se comparan dos tipos de actividad de restricción en la FIGURA 18.17.
Estos isosquiómeros son enzimas que segmentan la misma secuencia diana en
el ADN, pero tienen una respuesta diferente a su estado de metilación. Ahora es
posible a través de la secuenciación directa de ADN determinar el metiloma, o
patrón de 5mC a resolución de base única en un organismo.

Fig 17. La enzima de restricción MspI escinde todas las secuencias de CCGG, estén o no metiladas
en la segunda C, pero la HpaII escinde solamente tetrámeros de CCGG no metilados.

Muchos genes muestran un patrón en el cual el estado de metilación es

constante en la mayoría de los sitios pero varía en otros. Algunos de los sitios
están metilados en todos los tejidos examinados; algunos sitios no están

27
metilados en todos los tejidos. Una minoría de sitios está metilada en tejidos en
los que el gen no se expresa, pero no están metilados en tejidos en los que el
gen está activo. Incluso en genes activos que no están metilados en la región
promotora, estos genes están típicamente metilados dentro del cuerpo del gen,
pero normalmente no en el extremo 3 '. Por lo tanto, un gen activo se puede
describir como submetilado.
Los experimentos con el fármaco 5-azacitidina producen evidencia indirecta de
que la desmetilación puede dar como resultado la expresión génica. El fármaco
se incorpora al ADN en lugar de desoxicitidina y no puede ser metilado, porque
la posición 5 'está bloqueada. Esto conduce a la aparición de sitios desmetilados
en el ADN como consecuencia de la replicación.
Los efectos fenotípicos de la 5-azacitidina incluyen la inducción de cambios en
el estado de diferenciación celular. Por ejemplo, las células musculares son
inducidas a desarrollarse a partir de precursores de células no musculares. La
droga también activa genes en un cromosoma X silencioso, lo cual es
consistente con la idea de que el estado de metilación está conectado con la
inactividad cromosómica.
Además de examinar el estado de metilación de los genes residentes, podemos
comparar los resultados de la introducción de ADN metilado o no metilado en
nuevas células hospedadoras. Dichos experimentos muestran una clara
correlación: el gen metilado es inactivo, pero el gen no metilado está activo.
El problema al interpretar la asociación general entre la submetilación y la
activación de genes es que solo participan una minoría (a veces una pequeña
minoría) de los sitios metilados. Es probable que el estado de metilación sea
crítico en sitios específicos o en una región restringida. También es posible que
una reducción en el nivel de metilación (o incluso la eliminación completa de
grupos metilo de algún tramo de ADN) es parte de algún cambio estructural
necesario para permitir que avance la transcripción.
Algunos genes, sin embargo, pueden expresarse incluso cuando están metilados
de manera extensa. Por lo tanto, cualquier conexión entre la metilación y la
expresión no es universal en un organismo, pero la regla general es que la
metilación impide la expresión génica, y se requiere la desmetilación para la
expresión.
18.2
 Las islas CpG rodean a los promotores de genes expresados
constitutivamente donde no están metilados.
 Las islas CpG también se encuentran en los promotores de algunos genes
regulados por tejidos.
 El genoma humano tiene aproximadamente 29,000 islas CpG. La
metilación de una isla CpG evita la activación de un promotor dentro de
ella.
 La represión es causada por proteínas que se unen a los dobletes CpG
metilados.
28
El origen de la metilación del ADN puede haber sido un mecanismo de defensa
para evitar la expresión de secuencias insertadas, como virus y elementos
transponibles. Tanto en plantas como en animales, estas secuencias y
secuencias repetidas simples están metiladas uniformemente.
Ahora es posible examinar el metiloma completo de un genoma completo en
múltiples tejidos en múltiples ocasiones durante el desarrollo. La mayoría de la
metilación se produce en las islas CpG en las regiones 5 'de algunos genes y
está relacionada con el efecto de la metilación en la expresión génica. Estas islas
se detectan por la presencia de una densidad aumentada de la secuencia de
dinucleótidos CpG (CpG = 5'CG-3 '). Sin embargo, una minoría significativa de
metilación no se encuentra en las islas CpG.
El doblete CpG se produce en el ADN de vertebrados a solo aproximadamente
el 20% de la frecuencia que se esperaría de la proporción de pares de bases G-
C. (Esto puede deberse a que cuando los dobletes de CpG están metilados en
C, la deaminación espontánea de metil-C lo convierte a T, que, si se repara
incorrectamente, introduce una mutación que elimina el doblete). En ciertas
regiones, sin embargo, la densidad de los dobletes CpG alcanza el valor
predicho; de hecho, se incrementa en un factor de 10 en relación con el resto del
genoma. Los dobletes CpG en estas regiones generalmente no están metilados.
Estas islas ricas en CpG tienen un contenido medio de G-C de aproximadamente
el 60%, en comparación con el promedio del 20% en el ADN a granel. Toman la
forma de tramos de ADN de 1 a 2 kb de longitud. El genoma humano tiene
alrededor de 45,000 de esas islas. Algunas de las islas están presentes en
elementos Alu repetidos y pueden ser la consecuencia de su alto contenido de
G-C. La secuencia del genoma humano confirma que, excluyendo estos, hay
alrededor de 29,000 islas. El genoma del ratón tiene menos islas, alrededor de
15,500. Aproximadamente 10,000 de las islas predichas en ambas especies
parecen residir en un contexto de secuencias que se conservan entre las
especies, lo que sugiere que estas pueden ser las islas con importancia
regulatoria. La estructura de la cromatina en estas regiones tiene cambios
asociados con la expresión génica cuando las islas CpG no están metiladas (ver
el capítulo Chromatin). El contenido de histona H1 se reduce (lo que
probablemente significa que la estructura es menos compacta); las otras
histonas están ampliamente acetiladas (una característica que tiende a
asociarse con la expresión génica); y los sitios o sitios hipersensibles a la
ADNasa casi desprovistos de octámeros de histona (como se esperaría de los
promotores activos) están presentes. La presencia de sitios CpG metilados
impide la presencia de la variante de histona H2A.Z en nucleosomas.
En varios casos, las islas ricas en CpG comienzan justo aguas arriba de un
promotor y se extienden aguas abajo en la región transcrita antes de
desaparecer. La FIGURA 18.18 compara la densidad de los dobletes CpG en
una región "general" del genoma con una isla CpG identificada a partir de la
secuencia de ADN. La isla CpG rodea la región 5 'del gen APRT, que se expresa
constitutivamente.

29
Fig 18. La densidad típica de los dobletes de CpG en el ADN de los mamíferos es ~ 1/100 pb,
como se observa para un gen de la γ-globina. En una isla rica en CpG, la densidad aumenta a más
de 10 dobletes / 100 pb. La isla en el gen APRT comienza ~ 100 pb cadena arriba del promotor y
se extiende ~ 400 pb en el gen. Cada línea vertical representa un doblete CpG.

Todos los genes de limpieza que se expresan constitutivamente tienen islas

CpG; esto representa aproximadamente la mitad de las islas. Las islas restantes
se producen en los promotores de genes regulados por tejido; aproximadamente
el 50% de estos genes tienen islas. En estos casos, las islas no están metiladas
independientemente del estado de expresión del gen, de modo que la metilación
de isla CpG no se correlaciona con el estado transcripcional para genes
específicos de tejido. La presencia de islas ricas en CpG no metiladas puede ser
necesaria, pero no suficiente, para la transcripción. Por lo tanto, la presencia de
islas CpG no metiladas puede tomarse como una indicación de que un gen es
potencialmente activo en lugar de transcrito inevitablemente. Muchas islas que
no están metiladas en un animal se vuelven metiladas en líneas celulares en
cultivos de tejidos (o en algunos cánceres); esto podría estar relacionado con la
incapacidad de estas líneas para expresar todas las funciones típicas del tejido
del que se derivaron. El único ejemplo claro en el que existe una fuerte
correlación entre la metilación del promotor y la expresión génica es cuando las
islas CpG del promotor se vuelven metiladas en el cromosoma X inactivo de
mamíferos.
La metilación de una isla CpG puede afectar la transcripción. Uno de los dos
mecanismos puede estar involucrado:
 La metilación de un sitio de unión por algún factor puede evitar que se
una. Esto sucede en un caso de vinculación a un sitio regulador distinto
del promotor.
 La metilación puede provocar que represores específicos se unan al ADN.
La represión es causada por cualquiera de los dos tipos de proteínas que se
unen a las secuencias CpG metiladas. La proteína MeCP1 requiere la presencia
de varios grupos metilo para unirse al ADN, mientras que MeCP2 y una familia
de proteínas relacionadas se pueden unir a un solo par de bases CpG metilado.
Esto explica por qué se requiere una zona libre de metilación para iniciar la
transcripción. La unión de proteínas de cualquier tipo evita la transcripción in vitro
mediante un extracto nuclear.

30
MeCP2, que reprime directamente la transcripción al interactuar con complejos
en el promotor, también interactúa con el complejo represor de Sin3, que
contiene actividades de histona deacetilasa. Esta observación proporciona una
conexión directa entre dos tipos de modificaciones represivas: la metilación del
ADN y la desacetilación de las histonas.
Aunque los promotores que contienen islas CpG (aproximadamente 60% de
densidad CpG) o que no muestran enriquecimiento CpG (aproximadamente 20%
de densidad CpG) exhiben una correlación generalmente pobre entre la
metilación y transcripción del promotor, una tercera clase de promotores parece
estar regulada consistentemente por metilación CpG. Aproximadamente el 12%
de los genes humanos contienen las denominadas islas CpG débiles, en las que
la densidad de CpG es aproximadamente del 30%, intermedia entre las otras dos
clases de promotores. Estos genes muestran una fuerte relación inversa entre la
metilación del promotor CpG y la ocupación de la RNA polimerasa II.
La ausencia de grupos metilo se asocia con la expresión génica (o al menos el
potencial de expresión). Sin embargo, suponiendo que el estado de metilación
proporciona un medio general para controlar la expresión génica presenta
algunas dificultades. Las otras diferencias entre la cromatina inactiva y activa
parecen ser las mismas que en las especies que muestran metilación. Por lo
tanto, en estos organismos, cualquier papel que la metilación tiene en los
vertebrados es reemplazado por algún otro mecanismo.
Los tres cambios que ocurren en los genes activos típicos son los siguientes:
 Un (os) sitio (s) de cromatina hipersensible se establece (n) cerca del
promotor.
 La cromatina de un dominio, que incluye la región transcrita, se vuelve
más sensible a la ADNasa I.
 El ADN de la misma región está submetilado.
Todos estos cambios son necesarios para la transcripción

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