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ESTADIOS DE LA TRANSCRIPCIÓN
La ARN polimerasa reconoce el promotor y se une a él para iniciar la transcripción. Los
promotores, se localizan en el extremo 5´ del sitio de iniciación de la transcripción. El
promotor indica a la maquinaria cual de las dos cadenas de ADN se va a transcribir y la
dirección de la transcripción. La transcripción empieza donde acaba el promotor. El
terminador es una secuencia de ADN que indica a la maquinaria de la transcripción que
debe acabar de transcribir. Sí se transcribe.
A cada par de bases en un promotor se le asigna un número positivo o negativo que indica
su posición río (o corriente) arriba o abajo a partir del sitio de iniciación de la transcripción, a
este sitio, se le llama +1 (no hay cero). El ARN es sintetizado en dirección 5´ 3´,
consecuentemente, el promotor está río arriba. Los nucleótidos en dirección 3’ están aguas
abajo. Los nucleótidos aguas abajo también lleva signo más; aguas arriba tendrá signo
negativo.
Para sintetizar la nueva cadena necesita ribonucleótidos. Durante la transcripción, los
ribonucleótidos se unen mediante enlaces fosfodiester y la cadena crece en dirección 5’3’
siguiendo el molde de la cadena de ADN. La ARNpolimerasa no necesita cebador. Siempre
se añaden nucleótidos en 3’ (crece en sentido 5’ 3’). Se forma un heterodúplex: unión de la
cadena que se está sintetizando y el ADN que sirve de molde.
Dos estadios principales.
1. Iniciación de la transcripción.
2. Síntesis y procesamiento de RNA.
La hebra no molde, también denominada con sentido, positiva o codificante, tiene es la
misma secuencia que el RNA. La hebra molde de DNA, es negativa y no codificante, o sin
sentido.
1. INICIACIÓN
Formación del complejo de iniciación: Lo primero que debe ocurrir es la unión de TFIID a
la caja TATA. TFIID está formado por: TBP (proteínas de unión a TATTA) y TAFs (factores
asociados a TBP). La subunidad TBP reconoce la caja TATA del molde de ADN y se une a
ella. Una vez unido el TFIIB, se unen el resto de los componentes de la maquinaria basal.
Se produce un cambio conformacional en el aparato de la transcripción basal (se suelta
alguno de los factores de transcripción) para que la transcripción se inicie.
Para que se separe la doble hélice al comienzo de la transcripción es necesario un factor
conocido como TFIIH que presenta una actividad helicasa y quinasa. Es TFIIH quien
empieza a desenrollar y a continuación continúa el desenrollamiento la ARN pol. Es
necesaria también la presencia de topoisomerasas para que no se produzcan tensiones y
se dé el superenrollamiento.
Tras la unión de la RNApol a la secuencia promotor este complejo promotor cerrado se
convierte en un complejo promotor abierto. Por último, la RNApol se aleja del promotor. Este
último paso es complicado, pues algunos intentos de lograr el “despeje” del promotor no son
eficaces y dan lugar a transcritos truncados que van a ser degradados poco después de la
síntesis. La etapa de iniciación finaliza cuando el complejo de transcripción ya es estable y
funciona activamente. La iniciación en eucariotas es más complejo que en procariotas, ya
que se ven involucradas una cantidad mayor de proteínas.
Ensamblaje in vitro del complejo de iniciación.
Los factores de transcripción indicados anteriormente y la ARNpol II se unen
secuencialmente al DNA de la caja TATTA para formar el complejo de iniciación. TFIID se
une a la caja TATTA como una silla de montar. TFIIA y TFIIB estabilizan la unión de TFIID a
la caja TATTA, incorporándose cuando esta unión ya se ha producido. TFIIF se une a la
ARNpol II y se incorpora al promotor. TFIIE estabiliza la horquilla de transcripción. TFIIH,
que presenta actividad helicasa y quinasa, se une por lo que ya está formado todo el
complejo. Dicho complejo es cerrado. La actividad helicasa del TFIIH sirve para
desnaturalizar el promotor y la actividad quinasa para fosforilar. La hidrólisis de ATP
proporciona la energía necesaria para desenrollar el DNA mediante el factor TFIIH. En la
subunidad más grande RNApol II encontramos un dominio C terminal. Su fosforilación lleva
a la polimerasa a abandonar el complejo de iniciación y comenzar a sintetizar RNA.
2. ELONGACIÓN
En ella participan trece factores diferentes. La elongación solo tiene lugar cuando la CTD
está fosforilado. La fosforilación de ese dominio conlleva el paso de un complejo iniciación a
un complejo de elongación. RNA pol invierte horas en transcribir un solo gen siendo la
velocidad de 2000 nucleótidos por minuto. Esta ARNpol hace pausas por lo que sintetiza a
una velocidad discontinua. TFIIS estimula el ritmo de la elongación y disminuye los tiempos
de paradas; además estimula una actividad RNAasa inherente a la RNA pol II para corregir
nucleótidos que se encuentran mal incorporados.
3. TERMINACIÓN
Es necesario un corte en el mRNA para generar un extremo 3’–OH donde puedan unirse las
adenosinas.
Entre los elementos que participan en la poliadenilación encontramos:
● CPSF o factor específico de poliadenilación y corte (señal de poliA). Se une a la
secuencia AAUAAA. La secuencia AAUAAA define la posición donde ocurre la
adición de las adenosinas.
● CstF o factor estimulador de corte (señal de poliA). Se una a una secuencia rica en
GU.
● PoliA polimerasa. Se une al sitio de unión a poliA (CA).
● Proteína de unón a poliadenilato (PADP). Ayuda a la polimerasa a agregar
adenosinas.
Durante la terminación CPSF está unido al complejo de elongación de la RNApol II en el
CTD (dominio carboxilo terminal). En cuanto es transcrita la secuencia señal CPSF se une
también a ella. Esto modifica la interacción entre CPSF y CTD de manera que se favorece
la terminación de la transcripción respecto a continuar con la elongación.
En la terminación de la transcripción una fosfatasa va a reciclar la acción de la polimerasa:
defosforila la ARNpol II en el carboxilo terminal para poder iniciar la transcripción (fosforilada
no se da la iniciación)
PROCESOS POSTRANSCRIPCIONALES
Las células eucariotas convierten el transcrito primario inicial (sintetizado por RNApol II) en
un mRNA funcional.
Los tres eventos que tienen lugar después de la transcripción son:
1. Formación de la caperuza 5’.
2. Corte y poliadenilación del extremo 3’.
3. Corte y empalme del RNA.
El procesamiento transcurre en el núcleo a la vez que el precursor de mRNA se transcribe.
El mRNA funcional es transportado al citoplasma.
La transcripción termina en el extremo 3’ del sitio poliA localizado en el extremo 3’ del último
exón. Se añaden residuos de adenosina (unos 250 en mamíferos). En el caso de que sean
transcritos cortos con pocos intrones el corte y empalme (splicing) sigue al corte y la
poliadenilación. Para transcritos con muchos intrones, estos suelen ser eliminados del RNA
naciente mediante splicing durante su transcripción.
Tenemos un RNA funcional donde la caperuza y la cola de poliA van a ser retenidas.
A estas dos proteínas se unen factores de corte y una poliadenilato polimerasa (PAP).
● La unión de los factores de corte I y II (CSI y CSII) ayudan a estabilizar el complejo.
Una vez cortado, los factores de corte son liberados y el fragmento 3’ es degradado.
El producto de corte del mRNA es degradado rápidamente.
● La polimerasa de poliadenilación añade adenosina al extremo 3’ del nuevo mRNA
(10-30 nt de la señal de poliA). Las PAP añaden lentamente unos 12 residuos de
adenosina al grupo –OH. La proteína de unión a poliA (PABII) une la cola de poliA e
incrementa la velocidad de poliadenilación. Tras la adición de 200-300 residuos de
adenosinas envía una señal a PAP para que se detenga la poliadenilación. No se
sabe quién determina la longitud de la cola de poliA.
SPLICING
El splicing se da en el núcleo y consiste en la eliminación de intrones y empalme de exones.
Un splicing fallido puede dar lugar a enfermedades, como la B-talasemia. El RNA maduro es
exportado al citoplasma.
Dentro del pre-mRNA encontramos tres secuencias consenso que participan en el proceso.
1. La primera se sitúa al lado del sitio de corte y empalme en 5’ (secuencia consenso
5’) está bastante conservada y generalmente empieza por GU.
2. Al lado del sitio de corte y empalme de 3’ encontramos la secuencia consenso 3’.
Casi todos terminan en AG.
3. La tercera secuencia importante para el corte y empalme está en el punto de
ramificación, localizado entre 18-40 nucleótidos aguas arriba de la secuencia
consenso 3’. Está no está demasiado conservada, pero es rica en pirimidinas.
El corte y empalme ocurre dentro de un gran complejo conocido como empalmosona,
formado por varias moléculas de RNA y muchas proteínas. Los RNA componentes son RNA
nucleares pequeños (snRNA) asociados a proteínas y formando partículas
ribonucleoproteicas pequeñas (RNP).Estas proteínas hacen al RNA accesible.
En eucariontes encontramos 7 tipos de intrones
Los dos primeros se encuentran en genes que codifican proteínas. La química del splicing
conlleva dos reacciones de transesterificación:
1. El mRNA se corta en el sitio de corte y empalme 5’ de manera que se libera el exón
1. El extremo 5’ del intrón se pega al punto de ramificación del propio intrón. El grupo
–OH en posición 2’ del azúcar de la A del punto de ramificación ataca al grupo P que
forma parte del enlace fosfodiester del sitio de corte y empalme 5’. Se forma un
nuevo enlace 5’-2’ fosfodiester que une el primer nucleótido del intrón con la
adenosina. El intrón ha formado un bucle con una estructura en lazo.
2. Se hace un corte en el sitio de corte y empalme 3’ y la unión entre los dos exones.
La rotura de este enlace es también por transesterificación. El grupo –OH terminal
del exón 1 interacciona con el P de AG-3’. El enlace que mantiene conformado al
lazo se rompe y el intrón lineal se degrada. El mRNA cortado y empalmado se dirige
al citoplasma y se traduce.
EDICIÓN DE RNA
Consiste en una modificación química de los nucleótidos de los RNA, que conlleva a
modificaciones en las propiedades de codificación del transcrito (alteración de la secuencia
de la proteína).
Se da antes del splicing. Es un proceso muy poco frecuente en eucariotas superiores, pero
muy difundido en mitocondrias de protozoos y plantas y en cloroplastos.
tRNA
Es el más pequeño de los RNA, con unos 75nt de media. Presente en el citoplasma de
todos los organismos. Son moléculas pequeñas que participan en la síntesis de proteínas.
Su función es transportar aminoácidos específicos hasta los ribosomas, donde, según la
secuencia especificada en un ARNm, se sintetizan las proteínas.
Actúan como adaptadores porque deben intereaccionar de forma específica con ácidos
nucleicos (mRNA) y aa. Presentan una estructura secundaria característica con tallos y
bucles. En su extremo 3’ tienen la secuencia -CCA que permite la unión de aa (extremo
aceptor- independiente del aa).
mRNA
En procariotas dentro de una secuencia nucleotídica podemos encontrar la información para
la síntesis de varias cadenas polipeptídicas RNA policistrónico.
En eucariotas el RNA codifica únicamente para un polipéptido RNA monocistrónico
● Formación: Tenemos el segmento de DNA con el gen A. Actuará la RNApol para
dar lugar a un transcrito primario mucho más grande que el RNAmaduro (hnRNA).
En él, encontramos una cola de poliA en el extremo 3’ proporcionándole estabilidad.
Este se transportará al citoplasma, donde tendrá lugar el splicing y la participación
de las partículas snRNP. Finalmente, tenemos un RNAmaduro que mediante la
traducción da lugar al a proteína.
snRNA
Presentan de 100-200 nucleótidos. Aparecen fundamentalmente en el núcleo de eucariotas
formando complejos estables con proteínas específicas formando las partículas
ribonucleoproteícas pequeñas nucleares (snNRP) Participan en el procesamiento del RNA.
snoRNA
Participan en las modificaciones de los rRNA, como las metilaciones.
miRNA
Presentes solo en eucariotas. Son RNA pequeños que regulan la expresión de genes
individuales. Su maduración la llevan a cabo fundamentalmente dos endonucleasas: Drosha
y Dicer. A partir de los genes que codifican información para miRNA se produce el
pri-miRNA. Este es reducido hasta un precursor 70-80 nt, el pre-miRNA, por un complejo
proteico que contiene Drosha y DGCR8.
El pre-miRNA se transportará al citoplasma gracias a una exportina. La enzima Dicer lo
modificará para producir un miRNA casi maduro apareado con un corto complemento de
RNA (hebra sense). La helicasa separa las dos hebras, eliminando el complemento. La
hebra sense se degrarará, mientras que la antisense (mi-RNA maduro) se unirá a complejos
proteicos como el complejo de silenciamiento inducido por RNA (RISC). Después se une a
mRNA diana:
● Si la complementariedad entre el miRNA y su diana es casi perfecta, el mRNA diana
es cortado.
● Si la complementariedad es parcial se bloquea la traducción del mRNA diana (se
inhibe).
siRNA
Presente sólo en eucariotas
El pre-ARNm tiene que pasar por algunas modificaciones para convertirse en una molécula
madura de ARNm que puede salir del núcleo y ser traducida. Estas incluyen el proceso de
corte y empalme, la adición del casquete y la adición de una cola poli-A, cada uno de los
cuales se puede potencialmente regular, es decir acelerar, retrasar o alterar para dar lugar a
un producto diferente.
Empalme alternativo
La mayoría de las moléculas pre-ARNm tienen secciones que se eliminan de la molécula,
llamadas intrones y secciones que se unen o pegan para hacer el ARNm final, llamadas
exones. Este proceso se llama corte y empalme.
microARNs
Los microARNs (miARNs) estuvieron entre los primeros ARN reguladores pequeños en ser
descubiertos. Un miARN se transcribe inicialmente como una molécula larga de ARN, que
forma pares de bases consigo misma y se pliega para hacer una horquilla.
El miRNA dirige el complejo proteico a los ARNm que son parcial o totalmente
complementarios al miRNA. Cuando el miARN es perfectamente complementario al ARNm,
con frecuencia enzimas en el complejo proteico cortan el ARNm en dos. Cuando el miARN
no es perfectamente complementario al ARNm, el complejo miARN-proteína puede
permanecer unido al ARNm y bloquear la traducción.
El miARN dirige al complejo proteico hacia moléculas de ARNm “correspondientes" (las que
forman pares de bases con el miARN). Cuando el complejo proteína-ARN se une
● Si el miARN y su objetivo se emparejan perfectamente, una enzima en el complejo
proteína-ARN típicamente cortará el ARNm por la mitad, lo que conduce a su
degradación.
● Si el miARN y su objetivo tienen alguna incompatibilidad, el complejo proteína-ARN
puede, en cambio, unirse al ARNm y evitar su traducción.
¿Ǫué hacen realmente los miARN en los organismos? Su papel directo es reducir la
expresión de sus genes blanco, pero pueden desempeñar este papel para producir muchos
resultados diferentes.
Regulación de la traducción
Ya hemos visto cómo los miARN pueden inhibir la traducción, pero hay varias otras
maneras en que la traducción de un ARNm también se puede regular en una célula. Un
paso clave para la regulación es la iniciación de la traducción.
Para que la traducción comience, el ribosoma, un complejo de ARN y proteínas que alberga
el proceso de la traducción, se debe ensamblar sobre el ARNm. En este proceso participan
muchas proteínas "auxiliares", que aseguran que el ribosoma esté colocado correctamente.
La traducción puede regularse de manera global (para todos los ARNm en la célula) a
través de cambios en la disponibilidad o actividad de las proteínas "auxiliares". [¿Y para
proteínas específicas?]
Por ejemplo, para que la traducción comience, una proteína llamada factor de iniciación
eucariota 2 (eIF-2) debe unirse a una parte del ribosoma llamada la subunidad pequeña. La
unión del eIF-2 es controlada por fosforilación, o la adición de un grupo fosfato a la proteína.
Fosforilación
Una de las modificaciones postraducción más comunes es la fosforilación, en la cual se
agrega un grupo fosfato a una proteína. El efecto de la fosforilación varía de proteína a
proteína: algunas son activadas por la fosforilación, mientras que otras son desactivadas, y
otras simplemente cambian su comportamiento (interactúan con un compañero diferente o
van a una parte distinta de la célula).
Ubiquitinación
Las proteínas pueden marcarse para degradación al agregarles un marcador químico
llamado ubiquitina. Las proteínas marcadas con ubiquitina se llevan al proteasoma, o
“centro de reciclaje” de la célula y se descomponen hasta sus partes constitutivas. La
ubiquitinación es una manera importante de controlar la persistencia de una proteína en la
célula.
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