Cristalografía de

rayos X
Técnica para el estudio y análisis de
materiales
Proceso de determinación de la estructura de una
molécula por cristalografía de rayos X.

La cristalografía de rayos X es una técnica

experimental para el estudio y análisis de
materiales, basada en el fenómeno de
difracción de los rayos X por sólidos en
estado cristalino.

Los rayos X son difractados por los

electrones que rodean los átomos por ser
su longitud de onda del mismo orden de
magnitud que el radio atómico. El haz de
rayos X emergente tras esta interacción
contiene información sobre la posición y
tipo de átomos encontrados en su camino.
Los cristales, gracias a su estructura
periódica, dispersan elásticamente los
haces de rayos X en ciertas direcciones y
los amplifican por interferencia
constructiva, originando un patrón de
difracción.[n. 1] Existen varios tipos de
detectores especiales para observar y
medir la intensidad y posición de los rayos
X difractados, y su análisis posterior por
medios matemáticos permite obtener una
representación a escala atómica de los
átomos y moléculas del material
estudiado.

Max von Laue realizó los primeros

experimentos de cristalografía de rayos X
en 1912. Von Laue, William Henry Bragg y
William Lawrence Bragg desarrollaron
inicialmente la teoría de difracción de
cristales, tarea a la que pronto se sumaron
otros científicos. A lo largo del siglo XX
tuvieron lugar varios avances teóricos y
técnicos, como la aparición de los
superordenadores y el uso de sincrotrones
para la producción de rayos X, que
incrementaron la capacidad del método
para determinar las propiedades
estructurales de todo tipo de moléculas:
sales, materiales inorgánicos complejos,
proteínas y hasta componentes celulares
como los ribosomas. Es posible trabajar
con monocristales o con polvo
microcristalino, consiguiéndose diferentes
datos en ambos casos: para las
aplicaciones que requieren solo una
caracterización precisa de los parámetros
de la red cristalina, puede ser suficiente la
difracción de rayos X por polvo; para una
dilucidación precisa de las posiciones
atómicas es preferible trabajar con
monocristales.

Dada la relación existente entre la

estructura tridimensional de las moléculas
y sus propiedades químicas y físicas, la
cristalografía ha contribuido al avance en
varias disciplinas científicas como la
química, la biología molecular, la geología,
la física aplicada y la ciencia de
materiales. La amplia disponibilidad de
tubos de rayos X, complementada con el
desarrollo de fuentes de rayos X de alta
intensidad ha aumentado
significativamente su impacto en estos
campos de investigación así como en
áreas con aplicaciones industriales, como
el desarrollo de fármacos y la mineralogía
aplicada. La mayor limitación de este
método es la necesidad de trabajar con
sistemas cristalinos, por lo que no es
aplicable a disoluciones, a sistemas
biológicos in vivo, a sistemas amorfos o a
gases. En algunos casos, los rayos X
pueden romper los enlaces químicos que
mantienen la integridad estructural, lo que
resulta en un modelo distorsionado de la
molécula estudiada. Este problema afecta
especialmente a los materiales de interés
biológico.

Historia
Primeros experimentos

Pioneros de la cristalografía de rayos X. De arriba

abajo: William H. Bragg, su hijo William L. Bragg y Max
von Laue
von Laue.

La idea de que los cristales son una

repetición periódica de un grupo de
moléculas ya existía anteriormente a que
Wilhelm Conrad Röntgen descubriera los
rayos X en 1895. Aunque las distancias
típicas entre los planos de la red cristalina
se desconocían, se sabía que debían ser
muy pequeñas comparadas con la
longitud de onda de la luz visible. Esto le
dio al físico alemán Max von Laue la idea
de utilizar cristales de sulfato de cobre
para determinar si los rayos X se
componían de partículas u ondas: dedujo
que, si fueran ondas, deberían generar un
patrón de difracción al atravesar los
cristales.[n. 2] Los experimentos se
realizaron en 1912, con la ayuda de Walter
Friedrich y Paul Knipping, ambos antiguos
estudiantes de Röntgen. Estos
experimentos confirmaron la presencia de
difracción cristalina, interpretada por von
Laue como la extensión a tres
dimensiones de la difracción de
Fraunhofer por un enrejado.

Poco después, los británicos William

Henry Bragg y William Lawrence Bragg
(padre e hijo respectivamente)
reprodujeron el experimento. W.L. Bragg
explicó la difracción como la interferencia
de los rayos X reflejados por planos
cristalinos paralelos, introduciendo la
descripción conocida desde entonces
como la ley de Bragg.[1] En 1913, Paul
Ewald demostró que las dos
interpretaciones de los resultados
publicadas independientemente por von
Laue y Bragg eran equivalentes.[2] Von
Laue recibió el premio Nobel de Física en
1914 por su descubrimiento del fenómeno,
y los Bragg recibieron el mismo premio un
año más tarde por su trabajo en las
aplicaciones prácticas.[n. 3][3] Hacia el final
de la década, se había logrado determinar
las longitudes de onda de los rayos X y la
estructura de varios compuestos
inorgánicos simples y se habían
establecido las bases teóricas de la
técnica gracias al trabajo de los ya
mencionados investigadores, Charles
Galton Darwin[n. 4] y Peter Debye, entre
otros.

El desarrollo de la técnica:
1920-1960

El período entre 1920 y 1960 se

caracterizó por importantes adelantos
metodológicos que propiciaron el empleo
de la difracción de rayos X para analizar
estructuras de moléculas más complejas.
Durante la década de 1920, los avances de
la teoría cuántica sirvieron para
caracterizar más precisamente la
interacción entre los rayos X y los átomos
de los cristales; esto posibilitó el análisis
correcto de la intensidad de la difracción.
En la misma época aparecieron las tablas
para determinar la simetría cristalina a
partir de la distribución de reflexiones en
el patrón de difracción y se empezaron a
usar las series de Fourier para representar
la distribución de electrones en la red
cristalina. Los desarrollos en la
representación matemática de la densidad
electrónica continuaron hasta la Segunda
Guerra Mundial, facilitando la obtención de
las primeras estructuras de moléculas
orgánicas. En 1935, el cristalógrafo
británico Arthur Patterson descubrió un
truco matemático para obtener las
distancias interatómicas directamente a
partir de los datos experimentales, lo que
supuso un importante avance en el
análisis de la difracción.[4]

Entre las décadas de 1940 y 1960,

surgieron otros procedimientos para la
determinación de estructuras,
especialmente, métodos heurísticos
basados en el proceso de ensayo y error,
que demostraron ser bastante exactos en
combinación con restricciones
condicionantes basadas en las
propiedades físicas de una estructura
correcta, como por ejemplo, que la
densidad electrónica debe ser siempre
positiva. En este período la cristalografía
empezó a adquirir importancia en el
campo de la química orgánica, proceso
que culminó con la determinación en 1957
de la estructura de la vitamina B12, un
proyecto liderado por Dorothy Hodgkin.[4]

Avances en cristalografía de
macromoléculas: 1960-1980

El adelanto más trascendente durante las

décadas de los 60 y 70 fue el
reconocimiento de la cristalografía de
proteínas y de moléculas involucradas en
procesos biológicos en general como área
de investigación clave en la biología
molecular. El año 1962 marcó un hito al
otorgarse dos premios Nobel por los
resultados obtenidos usando métodos
cristalográficos en esta área: el premio
Nobel de Química fue concedido a Max
Perutz y John Kendrew por sus estudios
cristalográficos de las proteínas
hemoglobina y mioglobina y el premio
Nobel de Medicina a Francis Crick, James
Watson y Maurice Wilkins por descubrir
que el ADN forma una doble hélice.[n. 5] En
1964 Dorothy Hodgkin también obtuvo el
premio Nobel de Química por la
determinación de varias estructuras de
importancia biológica, como la penicilina y
la vitamina B12, entre otras.[6]

Un adelanto que facilitó en gran medida el

éxito de las técnicas cristalográficas tanto
en el caso de macromoléculas orgánicas
con un gran número de átomos como en el
de moléculas de menor tamaño fue el
desarrollo de ordenadores digitales;
gracias a ellos fue posible usar programas
para medir y analizar fácilmente los datos
obtenidos en los experimentos en vez de
realizar los laboriosos cálculos
manualmente.[7] Sin embargo, al final de
este período el estudio de proteínas
estaba aún limitado por la ausencia de
fuentes de rayos X intensos y el empleo de
película fotográfica para medir los
patrones de difracción, lo que requería un
largo proceso de revelado y digitalización
de las imágenes.[n. 6] A consecuencia de
estas limitaciones, y a pesar del
reconocimiento generalizado del potencial
de la cristalografía para estos
experimentos, a finales de la década de
1970 el Banco de Datos de Proteínas solo
contaba con unas sesenta entradas.[8]

Expansión y madurez: 1980-

2010
Modelo cristalográfico de la subunidad mayor del
ribosoma. La obtención de esta estructura,
galardonada con el premio Nobel de Química en 2009,
fue posible gracias a los avances tecnológicos y
metodológicos de los años 1980 y 1990. Como
comparación, a la derecha y aproximadamente en la
misma escala, se muestra el modelo de la mioglobina,
una de las primeras proteínas estudiadas con esta
técnica durante los años 1950 y cuya determinación se
consideró un logro considerable en esa época.

Los tubos de rayos X, con sucesivas

mejoras, se utilizaron como la fuente
primordial de rayos X para los
experimentos de cristalografía desde sus
comienzos hasta la década de 1970,
época en la que se empezó a
experimentar con la radiación de
sincrotrón de rayos X. Los sincrotrones
dedicados exclusivamente a la producción
de rayos X aparecieron en la década de
1980 y su número no ha dejado de
aumentar desde entonces.[n. 7] En la
primera década del siglo XXI se
construyeron los primeros láseres de
electrones libres de rayos-X, capaces de
producir haces de luz pulsada de una
intensidad de órdenes de magnitud mayor
que en las fuentes de luz sincrotrón
convencionales. La duración de los pulsos
de luz, del orden de femtosegundos ofrece
la posibilidad de observar cambios en los
cristales a escalas temporales
inalcanzables anteriormente.[7] Durante
estos años también se desarrollaron
nuevos detectores bidimensionales o «de
área», capaces de generar directamente
una imagen digitalizada del patrón de
difracción. Estos detectores facilitaron la
rápida medición y análisis de la difracción
y sustituyeron totalmente a las placas
fotográficas usadas hasta entonces.

Los mencionados avances, unidos al

incremento de la capacidad de los
ordenadores modernos para almacenar y
procesar datos, han permitido llevar a
cabo experimentos antaño irrealizables, y
han desembocado en un aumento
exponencial del número de estructuras
elucidadas por métodos cristalográficos.
El desarrollo más notable ha tenido lugar
en el área de las macromoléculas
orgánicas, con más de 88 000 estructuras
depositadas en el Banco de Datos de
Proteínas al comienzo de 2013.[8] La
obtención en 2000 de la estructura del
ribosoma,[9] un enorme complejo de
ácidos nucleicos y varias proteínas donde
tiene lugar la síntesis de proteínas en la
célula, ilustra las capacidades que ha
alcanzado la técnica.
Aspectos físicos
Cristales y redes cristalinas

Estructura cristalina de cloruro de hidrógeno deuterado

con la celda unidad superpuesta sobre las moléculas.
La red cristalina se forma mediante la translación de la
celda unidad a lo largo de las direcciones definidas por
y .
Parámetros de la celda unidad.

Los cristales están formados por una

repetición periódica de moléculas en tres
dimensiones. El cristal se puede
representar matemáticamente como una
red tridimensional, llamada «red de
Bravais», en la que todas las
intersecciones, o nodos, son
idénticas.[10][11] El paralelepípedo definido
por las líneas entre distintos nodos de la
red se conoce como la celda unidad;
aunque para una red dada sea posible
designar múltiples celdas unidad que
cumplan esta definición, por convención
se escoge habitualmente la de menor
volumen que refleje la simetría del
cristal.[12][11] La celda unidad se define por
la longitud de sus lados , y en la
dirección de los tres ejes espaciales y los
ángulos , y que los ejes de la red
forman entre sí. Las coordenadas de
cualquier punto de la red cristalina se
pueden expresar como una combinación
lineal de los vectores , y .[13]

La posición de un átomo en la celda

unidad se expresa como coordenadas
fraccionarias de , y de la siguiente
forma:

con las coordenadas ( , , )

comprendidas entre 0 y 1.[14]

El objetivo de los experimentos de

difracción por rayos X es averiguar , y
para cada átomo. Para lograrlo es
necesario, en primer lugar, determinar la
relación entre la red cristalina y la
geometría del patrón de difracción y, en
segundo lugar, obtener las posiciones de
los átomos a partir de la intensidad de la
difracción.
Rayos X

Representación esquemática de una onda

electromagnética, mostrando la oscilación periódica
de los campos eléctrico y magnético.

Los rayos X son un tipo de radiación

electromagnética con longitudes de onda
entre 10 y 10-2 nm o energías entre 0,1 y
100 keV.[15] Para los experimentos de
difracción cristalina se suelen usar rayos X
de energía relativamente alta, del orden de
10 keV, correspondiente a longitudes de
onda del orden de 0,1 nm.[16][17]

Los rayos X se describen

matemáticamente como una onda
sinusoidal propagándose a través del
espacio. Tomando un punto arbitrario
como origen, el valor del campo eléctrico
en función del tiempo se puede
escribir como:[18][19]

es la amplitud de la oscilación, la
longitud de onda y la velocidad de la luz.
A consecuencia de la interacción con los
electrones de los átomos en la muestra, la
onda sufre un desfase con respecto a la
onda en el punto de origen:

La diferencia de fase depende de la

distancia entre el punto de origen y los
átomos del material; esto implica que la
estructura atómica, es decir, las
posiciones que ocupan los átomos, se
pueden derivar de la fase de los rayos X
que han atravesado el material.

Dispersión elástica de rayos X

Véanse también: Factor de forma atómica y Factor de

estructura.
El fenómeno de difracción cristalina tiene
su origen en la dispersión elástica o
scattering elástico del haz de rayos X por
los átomos del cristal.[n. 8] En este tipo de
interacción, el electrón desvía los rayos X,
que toman exactamente la misma
trayectoria que un rayo de luz visible
reflejado en un espejo, es decir, los rayos
dispersados emergen a un ángulo con
respecto a la dirección de los rayos
incidentes.[n. 9] Tanto el electrón como los
rayos X conservan su energía inicial
durante esta interacción.[20]

La dispersión elástica por un grupo de

átomos en una dirección dada se puede
cuantificar con una cantidad conocida
como factor de estructura que es igual a la
suma de los rayos reflejados por cada
átomo que interactúa con los rayos
incidentes[n. 10][21]

es una función llamada factor de forma

atómica —o factor de dispersión atómica—
que describe la dispersión por todos los
electrones del átomo en conjunto. La
dispersión elástica atómica depende del
número atómico y del ángulo de
incidencia de los rayos X.[22] El cambio de
fase de los rayos dispersados durante la
interacción viene dado por el producto
escalar de , el vector entre el origen y
cada átomo y , conocido como vector
de dispersión, con magnitud y
dirección perpendicular al plano virtual de
reflexión.

Difracción cristalina

Adición de ondas: cuando las ondas están desfasadas,

se aniquilan mutuamente; cuando están en fase, se
amplifican.

Ley de Bragg
La difracción en una dirección dada se
debe esencialmente a la relación entre las
fases de todas las ondas reflejadas por
cada celda unidad del cristal en esa
dirección. Los rayos que han atravesado
distintos puntos del cristal siguen
caminos ópticos de diferente longitud y
esta diferencia da lugar a un cambio en la
amplitud de la onda resultante; cuando la
diferencia de fase es de 180 grados, las
ondas se anulan entre sí. Por el contrario,
cuando las ondas están en fase, la
amplitud de la onda final es la suma de las
amplitudes para cada onda. Puesto que un
cristal está compuesto de un gran número
celdas unidad, la interferencia constructiva
entre todas ellas resulta en un haz lo
suficientemente intenso para poder ser
medido con un detector de rayos X.

Ley de Bragg: Los átomos o grupos de átomos en la

red cristalina están representados por esferas (para
simplificar el diagrama, la tercera dimensión del cristal
no se representa). Las esferas se sitúan sobre planos
imaginarios paralelos, perpendiculares al diagrama,
separados por . Los rayos X inciden sobre los planos
a un ángulo . En la imagen de la izquierda, la
diferencia en el camino recorrido por las ondas
dispersadas por los dos planos es un múltiplo entero
de la longitud de onda; por lo tanto, las ondas
emergentes están en fase y se observa difracción a un
ángulo respecto de los planos de difracción o
respecto al haz incidente. A la derecha, con un ángulo
de incidencia diferente, la Ley de Bragg no se cumple

para esta familia de planos cristalinos; las ondas

emergentes están desfasadas y no se observa
difracción.

La condición para que las ondas estén en

fase es que la diferencia de sus caminos
ópticos sea cero o un múltiplo entero de
la longitud de onda. En un cristal, la
diferencia en el camino óptico entre
átomos situados en posiciones
equivalentes en distintas celdas unidad es
donde es la distancia entre los
planos imaginarios que unen los puntos
equivalentes de la red cristalina. Es decir,
para que se observe interferencia
constructiva de rayos X a un ángulo de
observación , se debe cumplir la
expresión conocida como Ley de Bragg:[23]

Como en el caso de la dispersión elástica

por un átomo, la difracción cristalina se
puede interpretar como la reflexión
especular de los rayos X por todos los
planos del cristal a un ángulo del haz
incidente y separados entre sí por la
distancia que cumple la ley de Bragg.
Por este motivo, los puntos del patrón de
difracción se denominan «reflexiones».[24]
Índices de Miller: La figura muestra ejemplos de
diferentes planos de difracción en una celda unidad,
ilustrando la correspondencia entre los índices de
Miller y la orientación de los planos en el sistema
de coordinadas definido por aquella.
Índices de Miller

Para que se cumpla la ley de Bragg para

un grupo de planos de reflexión paralelos,
estos deben cruzar los ejes de la celda
unidad un número entero de veces. Las
reflexiones cristalinas se identifican
mediante tres números , y iguales al
número de intersecciones de los planos
con los ejes , y de la celda. Los
números , y reciben el nombre de
índices de Miller. Matemáticamente, los
índices de Miller describen un vector
perpendicular al plano de reflexión en el
sistema de coordenadas definido por la
red cristalina.[25]

La red recíproca

Se denomina red recíproca a la

transformada de Fourier de la red
cristalina. Esta construcción matemática
facilita la representación de los planos de
reflexión y la visualización de la relación
entre la orientación del cristal y el patrón
de difracción. Las coordenadas de cada
punto de la red recíproca coinciden con
los índices de Miller, es decir, cada punto
de la red recíproca representa a una
familia de planos de Miller en el espacio
real de la red cristalina; la distancia del
origen a cada punto de la red es
.[26][27]

Al igual que en el caso de la red cristalina,

los puntos de la red recíproca se pueden
expresar como una combinación lineal de
vectores , y :[26]

La relación entre los parámetros de la

celda unidad ( , , , , , ) de volumen
y la celda unidad recíproca ( , , ,
, , ) es la siguiente:[28][27]
Representación bidimensional de la construcción de
Ewald. Los rayos X incidentes están representados por
el vector de onda , de amplitud . La red
recíproca se representa en azul; para simplificar el
diagrama, solo se muestran las coordenadas de
algunos puntos de la red, representando a los planos
de Miller correspondientes. El punto (4,1) coincide con
la superficie de la esfera, por lo tanto se observará un
haz de rayos X con el vector de onda reflejado en
l di ió d d L it d d l t
la dirección dada por . La magnitud del vector
diferencia entre y o vector de difracción es la
distancia entre los planos paralelos de índices (4,1).

La esfera de Ewald

Para visualizar fácilmente los planos de

Miller que contribuyen a la difracción en
una dirección dada y determinar la
relación entre la orientación del cristal y el
patrón de difracción, se utiliza la
construcción conocida como esfera de
Ewald. La esfera de Ewald ilustra todas las
posibles direcciones en que los rayos X
pueden ser reflejados por el cristal. El
radio de esta esfera es y su extremo
en la dirección del haz de rayos X
incidente coincide con el origen de la red
recíproca.[24][26]

Si un punto de la red recíproca de

coordenadas se encuentra sobre
la superficie de la esfera de Ewald, los
planos de Miller con índices
darán lugar a un punto de difracción en la
dirección definida por el centro de la
esfera y ese punto de la red recíproca. La
distancia entre el origen y es ,
por lo que se puede demostrar
geométricamente que esta condición de
difracción es equivalente a la ley de
Bragg.[26]
El factor de estructura cristalino

Véase también: factor de estructura

El vector con coordenadas en la

red recíproca es perpendicular al plano de
reflexión y su magnitud es
; es decir, es un vector
de dispersión , introducido en la
definición del factor de estructura ,
para el que se cumple la ley de Bragg. Por
lo tanto, el factor de estructura en la
dirección definida por los planos de Miller
descritos por los índices se
reformula como[29][n. 11]
donde es el vector de
coordenadas del átomo en el sistema
definido por la celda unidad y la suma se
realiza para todos los átomos contenidos
en ella. En lugar de sumar las
contribuciones de cada átomo, también se
puede realizar una integración sobre los
electrones en el volumen de la celda
unidad, cuya distribución por elemento de
volumen se representa por la función de
densidad electrónica :[30]
Representación vectorial de la Ley de Friedel en la
ausencia de absorción. Las magnitudes de los
factores de estructura relacionados por esta ley,
conocidos como «pares Friedel» son iguales, y sus
fases, opuestas.

La aplicación de las operaciones de

simetría del cristal a las coordenadas
resulta en relaciones de igualdad
entre los factores de estructura de
diferentes reflexiones. A las reflexiones así
relacionadas se las denomina
«simétricamente equivalentes». En los
experimentos cristalográficos, donde el
grupo de simetría no se conoce con
certeza a priori, se comparan las
reflexiones relacionadas por diversas
operaciones de simetría para caracterizar
la simetría del cristal. La igualdad entre los
módulos o «amplitudes» de las reflexiones
relacionadas por un centro de inversión,
con índices de Miller y

se conoce como ley de Friedel y ocurre

incluso en la ausencia de simetría, aparte
de la traslación de la celda unidad sobre la
red cristalina.[31] En la práctica la ley de
Friedel no se cumple exactamente debido
a la presencia de interacciones inelásticas
entre los rayos X y los átomos, que
resultan en absorción de energía por
estos.[32] Esos efectos suelen ser
pequeños comparados con las
interacciones elásticas y no se suelen
tener en cuenta, excepto para longitudes
de onda en la vecindad de una
discontinuidad de absorción del cristal.

El problema de las fases

El propósito de los experimentos
cristalográficos no es obtener el patrón de
difracción, sino el valor de la función de
distribución electrónica , lo que
permite determinar la posición de los
átomos y la estructura tridimiensional de
la molécula cristalina. Se puede demostrar
que puede representarse como
sumas de Fourier de los factores de
estructura en todas las direcciones:[33]

Mientras que el módulo del factor de

estructura es simplemente la raíz
cuadrada de la intensidad del punto de
difracción, medida por un detector
sensible a los rayos X, la fase no se puede
computar directamente. Esto se conoce
como el «problema de las fases».[34]
Existen varios métodos para resolver el
problema de las fases y elucidar la
estructura atómica, clasificados en los
siguientes grupos:[35]

Métodos de Patterson
Métodos directos
Dispersión anómala
Reemplazamiento isomorfo
Reemplazamiento molecular

Método de Patterson
La función de Patterson se calcula
efectuando la síntesis de Fourier con el
cuadrado de los factores de estructura
como coeficientes. Esta función
se puede calcular directamente a partir de
los datos experimentales, al no depender
de la fase de los factores de estructura. En
1935, Arthur Patterson se percató de que
los máximos de esta función
corresponden a los vectores que se
pueden trazar entre cada par de átomos
en la celda unidad, lo cual se puede utilizar
en ciertos casos favorables para
determinar la posición de todos o algunos
átomos. En particular, el análisis de la
función de Patterson se utiliza a menudo
para localizar los átomos causantes de
diferencias isomorfas o anómalas, lo cual
es a su vez el primer paso para solucionar
el problema de las fases por estos otros
métodos.[36][37][38]

Métodos directos

La función de distribución de densidad

electrónica se caracteriza por
ser siempre positiva y alcanzar valores
máximos alrededor de los átomos. Estas y
otras propiedades derivadas de principios
básicos, expresadas en forma
matemática, se utilizan para discriminar
entre valores de las fases que resultan en
una estructura con características
físicamente posibles y los que no y, por
eliminación de estos últimos, elucidar la
estructura de la molécula de interés. Este
método se usa corrientemente para
resolver el problema de las fases para
moléculas pequeñas.[39] En contraste, en
el caso de los cristales de
macromoléculas, los métodos directos no
suelen ser suficientes para resolver la
estructura totalmente ab initio sin ninguna
información experimental adicional; esto
se debe a que, por un lado, los cristales de
proteínas y moléculas de similar tamaño
raramente difractan a una resolución
suficiente para obtener el número de
reflexiones requerido para determinar
todos los parámetros atómicos y, por otro
lado, al gran número de átomos en la
celda unidad, que causa que las relaciones
entre las probabilidades de las fases sean
menos determinantes que en los casos de
moléculas que cuentan con pocos
átomos.[40][41]

A pesar de los límites del método, sus

principios también se aplican en el área de
difracción de macromoléculas para
mejorar las fases obtenidas por otros
métodos y el cálculo de las fases a partir
de un modelo de baja resolución. En la
cristalografía de proteínas, las
propiedades claves para discriminar entre
fases correctas e incorrectas incluyen:[42]

El contraste entre las zonas de la celda

unidad ocupadas por moléculas de agua
o solvente en estado amorfo y las zonas
ordenadas ocupadas por la molécula.
Una distribución característica de la
probabilidad de valores de la densidad
electrónica.

Al igual que la función de Patterson, los

métodos directos también se utilizan para
determinar las posiciones de átomos
especiales en los métodos de sustitución
o reemplazamiento isomorfo y de
dispersión anómala.
Reemplazamiento isomorfo

El reemplazamiento isomorfo o
sustitución isomorfa es un método para
resolver el problema de las fases
empleado predominantemente en
cristalografía de macromoléculas.
Consiste en la introducción en el medio de
cristalización de un compuesto químico
de pequeño tamaño conteniendo un
átomo pesado, es decir de un número
atómico elevado. Los compuestos de
mercurio, platino, uranio, y oro son los más
utilizados, entre muchos otros.[43][n. 12]
Para que el método tenga éxito se debe
establecer un enlace químico entre la
molécula de interés y el átomo pesado, y
la molécula modificada o «derivada» debe
formar cristales isomorfos, con la misma
simetría que los obtenidos a partir de la
molécula «nativa» sin modificar. El factor
de estructura de la molécula derivada
es la suma del factor de estructura
«nativo» y la contribución del átomo
pesado .

Las fases del átomo pesado que

contribuyen a esto se pueden calcular por
métodos directos a partir de las
diferencias . Aunque una sola
sustitución isomorfa no es suficiente para
determinar , si se repite el proceso con
al menos una segunda estructura derivada
diferente, es posible determinar las fases
para la estructura nativa, por el método
conocido como reemplazamiento
isomorfo múltiple o sus siglas en inglés
MIR (Multiple Isomorphous
Replacement)[n. 13][44]

Las principal limitación de este método

estriba en la dificultad de encontrar
compuestos que reaccionen con la
molécula a estudiar sin destruir al mismo
tiempo el cristal o modificar
sensiblemente su simetría o las
dimensiones de la celda unidad.
Dispersión anómala

Valores de las componentes del factor de estructura

anómalo f" y f' alrededor de un salto de absorción.

El factor de forma atómica no solo

describe la dispersión elástica sino
también el efecto fotoeléctrico, que tiene
lugar cuando los electrones cambian su
estado cuántico al absorber parte de la
energía de los rayos X. El término que
corresponde a la dispersión inelástica o
«anómala» es un número complejo
.[45] Ambas componentes
real e imaginaria alteran la
magnitud de los factores de estructura. La
componente imaginaria, relacionada con
el coeficiente de absorción, introduce
además un cambio de fase que resulta en
diferentes magnitudes de los pares Friedel
y , idénticas en ausencia de
este efecto.

La contribución anómala al factor de

estructura es menor que la contribución
elástica y a menudo no es necesario
tenerla en cuenta. Sin embargo,
depende de la longitud de onda de los
rayos X y experimenta grandes variaciones
cuando la energía del haz incidente es
similar a la energía de un nivel atómico del
átomo. Cuando y alcanzan sus
valores máximos los cambios en la
magnitud y fase de los factores de
estructura pueden ser significativos. Si
algunos átomos en la molécula resultan
afectados por este tipo de interacción, se
pueden hallar sus posiciones en la celda
unidad analizando las diferencias de
intensidad entre las mismas reflexiones
medidas a distintas longitudes de onda, o
entre los pares de Friedel a la misma
longitud de onda. Dichas diferencias se
pueden utilizar para resolver el problema
de las fases, por el método MAD
(Multiwavelength Anomalous
Dispersion/Diffraction o
‘dispersión/difracción anómala a múltiples
longitudes de onda’)[46] o SAD (Single-
wavelength Anomalous
Dispersion/Diffraction o
‘dispersión/difracción anómala a una sola
longitud de onda’)[n. 14]

La mayoría de los átomos pesados

usados en el método de reemplazamiento
isomorfo exhiben una dispersión anómala
importante en el rango de longitudes de
onda usado en los experimentos
cristalográficos, por lo cual estas dos
técnicas se usan a veces en conjunción.
La ventaja de los métodos basados en la
dispersión anómala es que, al precisar en
principio solo un cristal para determinar
las fases, no están limitados por un
isomorfismo imperfecto. El uso de
radiación sincrotrón, que se puede
sintonizar a las longitudes de onda que
optimizan la dispersión anómala, ha
resultado en un fuerte incremento de la
popularidad del método.

Reemplazamiento molecular

El método de reemplazamiento molecular

consiste en el empleo de una molécula de
estructura conocida para calcular las
fases iniciales de una segunda molécula
con elementos estructurales comunes con
la primera. Este es el método más usado
para determinar la estructura de
macromoléculas como las proteínas, ya
que muchas de ellas se agrupan en
familias con una estructura similar o
forman complejos supramoleculares en
los que se conoce la estructura de una o
más componentes.[48][49]

La desventaja del reemplazamiento

molecular es que las fases obtenidas
están sesgadas hacia la estructura
utilizada como punto de partida, lo que no
ocurre con las técnicas basadas
enteramente en los datos de difracción
experimentales y conocimiento a priori de
las propiedades químicas o estructurales
del material. El éxito de este método
depende de algoritmos sofisticados para
detectar y eliminar este sesgo durante el
refinamiento de las fases.[49]
La obtención de las fases permite calcular un mapa de
densidad electrónica (mostrado en blanco), a partir del
cual se construye el modelo de la estructura. El
modelo suele consistir en líneas, representando los
enlaces atómicos, o puntos, representando átomos
individuales. En la figura se usan ambas
representaciones.

Refinamiento de la estructura
Una vez calculada la función a
partir de las fases, se puede construir un
modelo de la estructura en el mapa de
densidad electrónica, descrito por un
número de parámetros: las posiciones de
cada átomo , y , su factor de
temperatura representando los
deplazamientos de los átomos con
respecto a su posición media, etc.[50][n. 15]
La determinación inicial de estos
parámetros puede ser incorrecta, debido a
errores en la determinación de las fases o
fallos de interpretación de la densidad
electrónica.[51] Durante el refinamiento, se
modifica reiterativamente el modelo y a
continuación se compara el módulo de los
factores de estructura calculados a
partir de este con el de los factores de
estructura experimentales , hasta que la
diferencia entre ambos sea mínima. La
figura de mérito utilizada para la
comparación es el factor R, definido
como:[52]
La suma se realiza sobre todas las
reflexiones .

Se usan dos técnicas matemáticas para

ajustar los parámetros del modelo durante
el refinamiento: los mínimos cuadrados y
la máxima verosimilitud. El segundo
método requiere más recursos
computacionales, pero es más general y
se aplica con preferencia en problemas
difíciles, como macromoléculas y
difracción a baja resolución.[53][54]
Cristalización

Esquema ilustrativo del método de difusión de vapor

para obtener cristales para su estudio por rayos X.

Para obtener datos de difracción de un

cristal, este debe cumplir ciertos
requisitos en cuanto a tamaño, pureza y
regularidad de la red cristalina. Aunque a
veces es posible utilizar cristales de
metales o minerales inorgánicos
formados por medios naturales, a menudo
es necesario prepararlos mediante
recristalización o precipitación del
material en una solución líquida
sobresaturada en condiciones controladas
de concentración y temperatura. En el
método de cristalización por difusión de
vapor, la solución que contiene el material
a cristalizar junto con un precipitante
alcanza un estado de equilibrio
termodinámico con otra solución más
concentrada del precipitante, por difusión
del disolvente hacia esta a través del aire;
esta técnica se usa tanto para moléculas
de pocos átomos como para proteínas y
otras macromoléculas.[55][56] Un segundo
método es la cristalización en geles, muy
útil para cristalizar materiales insolubles;
esta técnica, lenta comparada con la
difusión de vapor,[55] consiste en la
introducción de un reactante en un gel
antes de que este se endurezca.
Posteriormente se introduce otra solución
de un segundo reactante en la capa
superior del gel, desde donde se difunde al
resto de la matriz y reacciona con la
primera sustancia para dar lugar a
cristales.[57]

Las condiciones de preparación de

cristales deben también ser las adecuadas
para obtener cristales de un tamaño
óptimo para su estudio por difracción de
rayos X; la talla ideal está determinada por
la densidad y composición de la muestra:
mientras que los cristales de gran tamaño
atenúan excesivamente los rayos X y
suelen presentar irregularidades en la
matriz cristalina, los de talla muy pequeña
difractan débilmente. En el caso de
cristales de materiales orgánicos, son
preferibles los cristales de unas décimas
de milímetro; no obstante, cuando se usan
fuentes de rayos X muy intensas, como
láseres de electrones libres o líneas de luz
sincrotrón modernas, es posible trabajar
con cristales de dimensiones de unos
veinte μm o incluso menores.[58][59] Para
las aplicaciones de cristalografía en polvo,
se requieren al menos varios cientos de
miligramos de material machacado hasta
formar cristales de aproximadamente diez
μm o menores.[60]

Adquisición de datos
Fuentes de rayos X

Estación de sincrotrón para experimentos de

cristalografía usando el método de rotación. El haz de
rayos X, de un par de décimas de mm se dirige al
crystal, de aproximadamente el mismo tamaño, desde
la izquierda de la imagen. El cristal se emplaza sobre
un difractómetro, que permite orientar y girar el cristal
para obtener un conjunto de reflexiones lo más
completo posible. El patrón de difracción se graba en
el detector bidimensional mostrado a la derecha, en
este caso una pantalla de material sensible a los rayos
X conectada a una cámara de CCD por medio de fibra
óptica.

Los experimentos de cristalografía de

rayos X se pueden realizar, o bien con un
tubo de rayos X o usando la radiación
sincrotrón emitida por aceleradores de
partículas. En los tubos de rayos X, se
aplica un voltaje para acelerar un haz de
electrones producidos por calentamiento
de un filamento de wolframio —el cátodo.
Los electrones acelerados colisionan
contra un material metálico —el ánodo— y
durante la consiguiente desaceleración
emiten radiación de Bremsstrahlung de
espectro continuo, es decir, compuesta de
múltiples longitudes de onda. El ánodo
absorbe parte de los rayos X emitidos por
los electrones y emite a su vez rayos X de
las longitudes de onda características del
metal. Por ejemplo, un ánodo de cobre
emite principalmente en la longitud de
onda de 1,5405 Å. La radiación de
Bremsstrahlung y otras líneas de emisión
características menos intensas se filtran
con un metal absorbente. En el ejemplo
del ánodo de cobre, se utiliza níquel, que
es bastante transparente a los rayos X de
1,5405 Å pero absorbe eficazmente la
radiación a longitudes de onda menores,
obteniéndose un haz de rayos X bastante
monocromático.[61] Los tubos de rayos X
son relativamente baratos y los
laboratorios de investigación los suelen
utilizar para realizar experimentos in situ.

La radiación sincrotrón se obtiene cuando

un haz de electrones[n. 16] acelerados
hasta alcanzar una velocidad cercana a la
de la luz es desviado de su trayectoria por
medio de un campo magnético. La
radiación sincrotrón es de espectro
continuo y la longitud de onda deseada
para el experimento se puede seleccionar
mediante un monocromador. Las fuentes
de radiación sincrotrón emiten rayos X
mucho más intensos que los generados
por los tubos y son necesarias para
mejorar la calidad de la difracción cuando
los cristales son muy pequeños o están
compuestos de átomos ligeros, que
interaccionan débilmente con los rayos X.

Detectores

Véase también: Rayos X

Existen varios tipos de detectores usados

en los experimentos de cristalografía. El
detector bidimensional más usado
durante mucho tiempo fue la película
fotográfica, actualmente reemplazada por
otros detectores más sensibles a los rayos
X. Otro detector clásico es el contador
proporcional unidimensional,
normalmente un detector de centelleo,
instalado en un difractómetro y controlado
por ordenador. Este tipo de detector mide
las reflexiones una a una y todavía se usa
para la cristalografía de moléculas
pequeñas, pero es poco eficaz en los
experimentos con macromoléculas, donde
el número de reflexiones ronda entre 10
000 y 100 000.[62]

A partir de los años 1990 empezaron a

aparecer nuevos detectores, como las
«placas de imagen» (image plates). Las
placas de imagen están recubiertas de un
material fosforescente, donde los
electrones incrementan su energía al
absorber los rayos X difractados y son
atrapados en este nivel en centros de
color. Los electrones liberan la energía al
iluminarse la placa con luz láser,
emitiendo luz con intensidad proporcional
a la de la reflexión. Estos detectores son
un orden de magnitud más sensibles que
la película fotográfica y poseen un margen
dinámico superior en varios órdenes de
magnitud, lo que facilita la medición
simultánea de las reflexiones más
intensas y las más débiles. Otros
detectores usados en la actualidad son
detectores electrónicos, conocidos como
detectores «de área», que procesan la
señal inmediatamente tras la detección de
los rayos X. Pueden ser cámaras de
ionización o una placa fosforescente
acoplada a una cámara CCD.[63] En los
años 2000 se empezaron a utilizar
fotodiodos alineados formando una placa,
denominados PAD (Pixel Array Detectors).
Estos detectores se caracterizan por un
gran margen dinámico y un tiempo muerto
entre imágenes muy bajo, del orden de
milisegundos.[64]

Geometrías de difracción
Existen tres métodos para medir la
difracción de rayos X: el método de Laue,
el método de rotación y el método de
polvo.

Método de Laue

Patrón de difracción obtenido por el método de Laue

en transmisión: las reflexiones dispuestas a lo largo de
una curva son generadas por una misma longitud de
onda.
Consiste en hacer incidir en un cristal un
espectro continuo de rayos X, de tal
manera que para cada longitud de onda se
cumple la ley de Bragg para diferentes
puntos de la red recíproca. Esto posibilita
medir todas o casi todas la reflexiones sin
cambiar la orientación del cristal. Existen
dos variantes del método de Laue:
transmisión y reflexión. En el método de
Laue por transmisión, el cristal se emplaza
entre la fuente de rayos X y el detector. En
método de reflexión, el detector se
encuentra entre la fuente y el cristal, para
detectar los haces difractados hacia
atrás.[65]
A pesar de ser el método utilizado en los
primeros experimentos cristalográficos, el
método de Laue se usaba muy poco para
la determinación de estructuras debido
principalmente a la baja intensidad de la
radiación de espectro continua producida
por los tubos de rayos X en comparación
con la emisión característica
monocromática. El creciente uso de la
radiación sincrotrón ha fomentado el
resurgimiento del método. La capacidad
de medir todos los datos necesarios para
la determinación de la estructura en un
corto tiempo lo convierte en el método
más apropiado para el estudio de
reacciones químicas que tienen lugar en
pocos segundos, como catálisis por
enzimas y zeolitas y los efectos de
perturbaciones causadas por campos
eléctricos, cambios de presión y
temperatura, etc. en diversos
materiales.[66]

Métodos de rotación de cristal

Patrón de difracción obtenido por rotación de un

cristal. El uso de ordenadores para la interpretación de
las imágenes obtenidas por este método lo ha
transformado en el modo preferido de medición de
transformado en el modo preferido de medición de
datos en la mayoría de las aplicaciones.

Patrón de difracción obtenido por el método de

precesión. Este método resulta en una representación
sin distorsiones de los planos de la red recíproca.

Se hace incidir un haz de rayos X

monocromáticos sobre un cristal, que rota
a una velocidad constante alrededor de un
eje perpendicular a los rayos X. La
rotación del cristal causa que todos los
puntos de la red recíproca atraviesen
consecutivamente la esfera de Ewald,
logrando así medir las reflexiones
necesarias. Existen diferentes variantes de
este método. En el método de
Weissenberg se usa una cámara de forma
cilíndrica rodeando al cristal tal que el eje
de rotación del cristal coincide con el eje
del cilindro. La cámara se traslada a
medida que el cristal gira para que las
reflexiones estén separadas. En el método
de precesión, la cámara es plana, y rota
alrededor de un eje paralelo al eje de
rotación del cristal. En ambos métodos se
usa una pantalla para medir solo una
sección bidimensional de la red recíproca
en cada imagen.[67][68] Estos métodos
facilitan la determinación de la orientación
del cristal y los índices de las reflexiones,
pero son lentos e ineficientes. Los
avances en computación de los años 90
posibilitaron un diseño más simple, en el
que el detector se mantiene estacionario
detrás del cristal, usándose programas
para hallar automáticamente la
orientación y los parámetros cristalinos
consistentes con el patrón de difracción
observado.[69]

Método de polvo cristalino

Patrón de difracción de polvo. Debido al uso de
múltiples cristales en múltiples orientaciones los
puntos de difracción correspondientes a los puntos de
la red recíproca a la misma distancia del origen d se
unen para formar un anillo.

En el método de polvo cristalino o de

Debye-Scherrer,[n. 17] el cristal a analizar es
pulverizado de tal manera que forme un
conjunto de microcristales en todas las
posibles orientaciones de la red recíproca.
Con esta geometría todas las reflexiones
se pueden medir en un solo patrón de
difracción, consistente en círculos, uno
para cada reflexión. Aunque el método de
rotación de cristal resulta en valores más
exactos de la intensidad de las reflexiones,
el método de polvo es a veces la única
opción cuando el material a estudiar no
forma monocristales de un tamaño
suficiente para producir difracción
detectable. Este método se usa
mayoritariamente cuando no es necesario
determinar la estructura; por ejemplo, en el
análisis de minerales presentes en una
muestra.[70]

Aplicaciones
La cristalografía tiene muchas
aplicaciones en una gran variedad de
disciplinas científicas, como la
mineralogía, la química, la biología
molecular, la farmacología, la geología, la
física aplicada y la ciencia de
materiales.[71][72] Asimismo, las
diferencias en el patrón de difracción de
diversos materiales, sean minerales,
drogas, pigmentos, etc. con aspectos y
composiciones químicas similares son de
mucha utilidad en la industria y campos
sin relación directa con la investigación
científica básica o el desarrollo
tecnológico, como la ciencia forense o la
historia del arte.[73][74]
Premios Nobel

Cristales de insulina. La cristalografía de proteínas ha

contribuido notablemente al desarrollo de la biología
molecular.

Véanse también: Ganadores del Premio Nobel de

Química y De Física.

Varios de los descubrimientos y avances

científicos que fueron llevados a cabo
gracias a la cristalografía de rayos X han
sidos galardonados con el Premio
Nobel.[75] Entre ellos, una alta proporción
se han otorgado a descubrimientos en
química orgánica y biología; los primeros
fueron los sendos premios en 1962 a
Kendrew y Perutz en Química y Crick,
Watson y Wilkins en Medicina, seguidos
dos años más tarde por el galardón a
Dorothy Hodgkin. Tras cuatro décadas de
expansión, la cristalografía de
macromoléculas empezó a contribuir de
manera significativa al esclarecimiento de
muchos procesos clave en la biología
molecular y celular: En 1997, Boyer, Walker
y Skou recibieron el Nobel de Química por
elucidar el mecanismo de la síntesis del
ATP; Roderick MacKinnon obtuvo dicho
premio en 2003 por sus estudios de los
canales de potasio en la membrana
celular y Roger Kornberg en 2006 por el
análisis de la maquinaria de transcripción
genética. En 2009, fue otorgado a
Ramakrishnan, Steitz y Yonath por el
estudio de la estructura y función del
ribosoma, complejo celular que lleva a
cabo la síntesis de proteínas, y en 2012 a
Lefkowitz y Kobilka por la investigación
sobre los receptores acoplados a
proteínas G, proteínas que permiten a las
células detectar y responder a cambios en
su entorno exterior.[6]

En el campo de la química inorgánica, la

difracción con rayos X ha contribuido a la
obtención de la estructura de los boranos,
compuestos importantes para la síntesis
química, por cuyo estudio la Academia
recompensó a Herbert Brown con el Nobel
de Química en 1979. Asimismo, la técnica
se ha usado para determinar la estructura
de los fulerenos, materiales con
interesantes propiedades físicas y
químicas. En 1996, Krotro, Smalley y Curl
recibieron el premio por el descubrimiento
de estas moléculas. [6]

En otras ocasiones se ha concedido

premios Nobel por desarrollos teóricos y
prácticos de la técnica misma,
reconociendo su impacto científico; en
esta categoría se incluyen los premios en
Física a Max von Laue y William Henry y
Lawrence Bragg, así como el de Química
de 1936 a Peter Debye y el de 1985 para
Hauptman y Karle por el desarrollo de los
métodos directos para la solución de
estructuras cristalinas.[6]

Análisis de minerales

La cristalografía de rayos X se utiliza no

solo para obtener estructuras
desconocidas, sino también para
determinar la composición de muestras de
suelos o minerales, así como para la
identificación de metales y otros
elementos. Cada sustancia mineral forma
cristales con una celda unidad y simetría
determinada, que resulta en un patrón de
difracción característico. La difracción por
el método de polvo es muy usada para
este tipo de aplicaciones, por ser sencillo
comparar el espaciado entre los anillos de
difracción con los valores compilados por
el Joint Committee on Powder Diffraction
Standars (JCPDS).[70] Las proporciones
relativas de dos o más minerales
presentes en una misma muestra se
obtienen comparando las intensidades de
sus respectivas líneas con aquellas de
muestras de composición conocida. Un
ejemplo de esta aplicación es la
identificación de minerales arcillosos, la
fracción del suelo cuyas partículas
minerales tienen un tamaño inferior a dos
μm.[76][77]

El vehículo explorador Curiosity, que

aterrizó en Marte en 2012 para estudiar la
superficie del planeta, cuenta entre sus
instrumentos científicos con un
difractómetro compacto equipado con un
generador de rayos X y un detector de
área.[78]En octubre de 2012, transmitió las
primeras imágenes de difracción, que
demostraron la presencia de minerales
como feldespato, piroxeno y olivina en el
suelo marciano, mezclados con material
amorfo, a semejanza de los terrenos
basálticos de los volcanes de Hawái.[79]

Diseño de fármacos

Desde finales de siglo XX se ha empezado

a diseñar nuevos fármacos y
medicamentos basados en inhibidores y
sustratos naturales de diversas proteínas
y enzimas involucradas en ciclos celulares
y metabólicos. El conocimiento de la
estructura de la parte de la proteína — la
forma y la distribución de cargas
electrostáticas — que liga estos
compuestos facilita este proceso, gracias
a la mejor comprensión de las
interacciones entre la proteína y el ligando
de interés; esto permite concentrarse en el
diseño de fármacos con las
características específicas deseadas.[80]
Uno de los ejemplos más importantes de
esta aplicación es el compuesto
vemurafenib, diseñado para bloquear una
enzima mutante presente en el 60 % de los
casos de melanoma.[81]

Comparación con otras

técnicas de difracción
cristalográfica
Debido a la dualidad onda-partícula, es
posible estudiar cristales mediante la
difracción de un haz de neutrones o de
electrones, además de con rayos X. Los
primeros experimentos de difracción por
electrones tuvieron lugar en 1926 y la
difracción de neutrones se observó por
vez primera en 1936. Aunque los
experimentos y el análisis de datos
obtenidos por cristalografía de electrones,
neutrones y rayos X tienen mucho en
común, existen algunas diferencias
debidas a los diferentes modos de
interacción con la materia: los electrones
interaccionan tanto con el núcleo atómico
como con los electrones que lo rodean y
los factores de estructura cristalinos son
unos cuatro órdenes de magnitud
mayores que los resultantes de la
dispersión elástica de rayos X, lo que
posibilita el estudio de muestras de menor
tamaño con electrones. Los neutrones, a
su vez, son reflejados solo por el núcleo y
no los electrones, aunque estos
contribuyen indirectamente al factor de
forma atómico mediante la creación de
campos magnéticos; además, la
interacción de la materia con ellos es
mucho más débil que con los rayos X y es
necesario usar reactores nucleares para
generar haces de neutrones lo
suficientemente intensos para obtener
difracción cristalina.[82]
Una ventaja importante de la difracción de
electrones es que puede combinarse con
las fases obtenidas a partir de la
transformada Fourier de las imágenes del
objeto en un microscopio electrónico. En
1968, David DeRosier y Aaron Klug
publicaron un método para reconstruir
mapas de densidad electrónica
tridimensionales basados en este
principio.[83] Aunque la mejor resolución
espacial de estos mapas —alrededor de
0,4 nm— es baja comparada con los
valores alcanzables con rayos X o
neutrones, el procedimiento puede ser útil
en casos donde el problema de las fases
impide la solución de la estructura por
otros métodos.[84] En lo que respecta a la
cristalografía de neutrones, la ventaja
principal estriba en la clara visualización
de los átomos de hidrógeno, muy difíciles
de detectar con rayos X debido a que solo
poseen un electrón; esta propiedad
constituye una ventaja para el estudio de
aquellas moléculas orgánicas en cuya
función tenga un papel importante el
intercambio de hidrógeno.[85]

Limitaciones
La limitación fundamental de la
cristalografía de rayos X consiste en que
sólo puede aplicarse a sustancias
susceptibles de formar cristales. Aunque
las técnicas cristalográficas pueden
utilizarse también para determinar la
estructura de otros materiales con
periodicidad espacial, como fibras
helicoidales —ADN, algunos tipos de virus,
etc.— y cuasicristales, resulta imposible
estudiar gases, líquidos y sólidos
desordenados por este método. Además,
la obtención de cristales no es siempre
suficiente para obtener la estructura de
interés: las moléculas de tamaño grande,
por ejemplo, suelen ser casos difíciles.[86]
Efectos de los rayos X en un enlace disulfuro: los
átomos de azufre (en naranja) capturan los
fotoelectrones emitidos por los átomos presentes en
la molécula al ser excitados por los rayos X. Al
reducirse, el enlace entre ellos se rompe y se
desplazan de su posición original, como indica la
desaparición gradual de la densidad electrónica a su
alrededor. Esto resulta en un modelo erróneo de la
estructura.

Otro límite de la técnica está relacionado

con el tipo de información que
proporciona sobre la estructura: Los
modelos obtenidos por difracción
representan una media de las posiciones
atómicas para todas las moléculas del
cristal; cuando la molécula cuenta con
átomos que oscilan entre diferentes
conformaciones, la densidad electrónica
media se extiende sobre la totalidad del
espacio que pueden ocupar estos átomos
y las partes desordenadas de la molécula
resultan invisibles. Esto representa un
serio problema para el estudio de enzimas
si el sitio activo de la molécula —asociada
a su actividad química— presenta una gran
movilidad; en este caso la determinación
de las propiedades de materiales
biológicos in vivo a partir de su estructura
cristalina es problemática y requiere
métodos de estudio alternativos, como la
resonancia magnética nuclear.

Las vibraciones atómicas también limitan

la resolución alcanzable con los datos de
difracción, incluso cuando las moléculas
adoptan la misma conformación en
distintas celdas unidad. La resolución del
modelo no suele ser suficiente para
determinar el estado de oxidación,
posicionar todos los átomos de hidrógeno
o distinguir elementos con números
atómicos semejantes.[86][87] La débil
interacción de los rayos X con los átomos
ligeros es otra desventaja de la técnica en
aplicaciones, como la caracterización de
nanomateriales.[88]

Finalmente, las propiedades ionizantes de

los rayos X pueden alterar o destruir las
moléculas del cristal durante el
experimento. Cuando esto ocurre, el
modelo obtenido no refleja la verdadera
estructura molecular y puede dar lugar a
interpretaciones erróneas sobre sus
propiedades. Además, las distorsiones
globales de la red cristalina y otros efectos
secundarios de la irradiación dificultan la
obtención de las fases. Este problema es
grave en cristales de proteínas, que
contienen una alta proporción de agua y
compuestos orgánicos fácilmente
radiolizables, y un gran número de enlaces
químicos susceptibles al ataque por los
radicales libres y electrones producidos
por dicha radiolisis. los experimentos con
moléculas biológicas se suelen realizar a
temperaturas de 100 K o menores; esto
frena la difusión de los radicales libres,
aunque no soluciona enteramente el
problema, pues los fotoelectrones
excitados por los rayos X permanecen
móviles hasta el cero absoluto.[89][90]

Véase también
Cristalografía
 Difracción de electrones
Difracción de neutrones
Espectroscopia de rayos X
Resonancia magnética nuclear

Notas
1. El término 'difracción de rayos X' se
utiliza a menudo para referirse a la
aplicación de este fenómeno a la
cristalografía; sin embargo, es posible
observar difracción por materiales no
cristalinos. Por ejemplo, la estructura de la
doble hélice de ADN se elucidó por primera
vez usando datos de difracción de rayos X
por fibras deshidratadas de ADN.
2. Esta cuestión fue resuelta
definitivamente cuando de Broglie introdujo
en 1924 el concepto de la dualidad onda
partícula.
3. Debido al comienzo de la Primera Guerra
Mundial, en la que Suecia deseaba
mantenerse estrictamente neutral y no dar
la impresión de que se favorecía a ningún
país contendiente, los premios no fueron
otorgados hasta después de la guerra.
4. Nieto de Charles Darwin, autor de El
origen de las especies.
5. Rosalind Franklin, que realizó el análisis
de los datos de difracción cruciales para
determinar la estructura de la doble hélice,
falleció antes de que se concediera el
premio.[5]
6. La medición individual de reflexiones de
rayos X emergentes en diferentes
direcciones con un fotodetector
unidimensional, que facilitó la
automatización de los experimentos con
moléculas pequeñas durante este periodo
no resultaba práctica en el caso de
moléculas con muchos átomos, debido a la
enorme cantidad de reflexiones presentes
en este caso.
7. Véase la lista en Anexo:Fuentes de luz
sincrotrón.
8. Desde el punto de vista de la
electrodinámica cuántica, la dispersión
elástica es simplemente un caso especial
del efecto Compton.
9. es el ángulo de incidencia respecto al
plano de reflexión.
10. El factor de estructura es una función
compleja, representada habitualmente
como un vector en el plano de Argand. Por
este motivo, varios autores usan la
nomenclatura vectorial utilizada aquí.
11. La nomenclatura usada para designar al
factor de forma cristalino varía; a menudo
aparece como . Otras
denominaciones comunes son ,
 y . Las dos últimas son más
utilizadas para describir la difracción en
general que en el caso específico de la
difracción cristalina.
12. El factor de forma atómico f es
proporcional al número atómico, por lo que
la contribución al factor de estructura de un
átomo pesado es significantemente mayor
que la de los átomos ligeros (carbono,
oxígeno, nitrógeno e hidrógeno)
predominantes en las macromoléculas
orgánicas.
13. En ocasiones, si hay errores en los
datos debidos a un isomorfismo imperfecto
entre los cristales u otros factores, es
necesario usar más de dos derivados para
obtener fases lo suficientemente exactas.
14. Se necesitan al menos dos longitudes
de onda diferentes para resolver el
problema de las fases solamente por este
método, pero una longitud de onda basta si
se aplican restricciones adicionales sobre
la función de densidad electrónica.[47]
15. El número de parámetros usados para
representar el modelo depende de la
resolución de la difracción. Para que el
refinamiento sea efectivo, el número de
reflexiones independientes —no
relacionadas por simetría— debe ser mayor
que los parámetros que se pretenden
refinar.
16. Es posible usar positrones u otra
partícula con carga eléctrica para este fin,
pero se usan electrones en la mayoría de
los casos.
17. Este método fue propuesto por Peter
Debye y Paul Scherrer en 1916 e
independientemente por Albert Hull en
1917.[4]

Referencias
1. Bragg, William Lawrence Bragg (1913).
Proc. Cambridge Philos. Soc. (en inglés) 17:
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