La cristalografía de rayos X es una técnica experimental para el estudio y análisis de

materiales, basada en el fenómeno de diffracción de los rayos X por sólidos en estado

cristalino.

Los rayos X interactúan con los electrones que rodean los átomos por ser su longitud de
onda del mismo orden de magnitud que el radio atómico. El haz de rayos X emergente
tras esta interacción contiene información sobre la posición y tipo de átomos
encontrados en su camino. En un cristal, donde la disposición de los átomos o moléculas
se repite periódicamente, los haces de rayos X dispersados elásticamente por los átomos
en ciertas direcciones resultan amplificados gracias al fenómeno de interferencia
constructiva, dando lugar a un patrón de difracción.n. 1 Los rayos X difractados son
interceptados por detectores y su intensidad y posición analizadas por medios
matemáticos para obtener una representación de las moléculas del material estudiado a
escala atómica.

Max von Laue realizó los primeros experimentos de cristalografía de rayos X en 1912.
La teoría de difracción de cristales fue desarrollada por von Laue, William Henry Bragg
y William Lawrence Bragg. En la actualidad es una de las técnicas más usadas para
determinar las propiedades estructurales de todo tipo de moléculas: sales, hielo,
proteínas y hasta orgánulos celulares como los ribosomas. Es posible trabajar con
monocristales o con polvo microcristalino, consiguiéndose diferentes datos en ambos
casos. Para las aplicaciones que requieren solo una caracterización precisa de los
parámetros de la red cristalina, puede ser suficiente la difracción de rayos X en polvo;
para una dilucidación precisa de las posiciones atómicas es conveniente la difracción de
rayos X por monocristales.

La mayor limitación de este método es la necesidad de trabajar con sistemas cristalinos,

por lo que no es aplicable a disoluciones, a sistemas biológicos in vivo, a sistemas
amorfos o a gases. En algunos casos, los rayos X pueden romper los enlaces químicos
que mantienen la integridad estructural, lo que resulta en un modelo distorsionado de la
molécula estudiada. Este problema afecta especialmente a los materiales de interés
biológico.

Contenido
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 1 Historia
o 1.1 Primeros experimentos
o 1.2 El desarrollo de la técnica: 1920-1960
o 1.3 Avances en cristalografía de macromoléculas: 1960-1980
o 1.4 Expansión y madurez: 1980-2010
 2 Aspectos físicos
o 2.1 Cristales y redes cristalinas
o 2.2 Rayos X
o 2.3 Dispersión elástica de rayos X
o 2.4 Difracción cristalina
 2.4.1 Ley de Bragg
 2.4.2 Índices de Miller
 2.4.3 La red recíproca
  2.4.4 La esfera de Ewald
 2.4.5 El factor de estructura cristalino
 3 El problema de las fases
o 3.1 Métodos directos
o 3.2 Reemplazamiento isomorfo
o 3.3 Dispersión anómala
o 3.4 Reemplazamiento molecular
 4 Adquisión de datos
o 4.1 Fuentes de rayos X
o 4.2 Detectores
o 4.3 Geometrías de difracción
 4.3.1 Método de Laue
 4.3.2 Métodos de rotación de cristal
 4.3.3 Método del polvo
 5 Difracción de rayos X de la fracción arcilla
 6 Análisis de metales preciosos en el difractómetro de rayos X
 7 Véase también
 8 Notas
 9 Referencias

o 9.1 Bibliografía

[Historia
Primeros experimentos

Pioneros de la cristalografía de rayos X. De arriba abajo: William H. Bragg, su hijo

William L. Bragg y Max von Laue.

La idea de que los cristales podían describirse como una repetición periódica de un
grupo de moléculas ya existía anteriormente a que Wilhelm Conrad Röntgen
descubriera los rayos-X en 1895. Aunque las distancias típicas entre los planos del la
red cristalina se desconocían, se sabía que debían ser muy pequeñas comparadas con la
longitud de onda de la luz visible. Esto dio la idea al físico alemán Max von Laue de
utilizar cristales de sulfato de cobre para determinar si los rayos X se componían de
partículas u ondas, al intuir que si fueran ondas deberían generar un patrón de difracción
al atravesar los cristales. Los experimentos se realizaron en 1912, con la ayuda de
Walter Friedrich y Paul Knipping, ambos antiguos estudiantes de Röntgen. Estos
experimentos confirmaron la presencia de difracción.

Poco después, los británicos William Henry Bragg y William Lawrence Bragg (padre e
hijo respectivamente) reprodujeron el experimento y W.L. Bragg interpretó los
resultados como la interferencia de los rayos X reflejados por el cristal, introduciendo la
descripción conocida desde entonces como la ley de Bragg1 En 1913 Paul Ewald,
demostró que las dos interpretaciones de los resultados publicadas respectivamente por
von Laue y Bragg eran equivalentes.2 Von Laue recibió el premio Nobel de Física en
1914 por su descubrimiento del fenómeno, y los Bragg recibieron el premio un año más
tarde por su trabajo en las aplicaciones prácticas.n. 2 3 Hacia el final de la década, se
había logrado determinar las longitudes de onda de los rayos X y la estructura de varios
compuestos inorgánicos simples y las bases teóricas de la técnica se habían establecido
gracias al trabajo de los ya mencionados investigadores, Charles Galton Darwinn. 3 y
Peter Debye, entre otros.

El desarrollo de la técnica: 1920-1960

El periodo entre 1920 y 1960 se caracterizó por importantes adelantos en la metodología

que posibilitaron usar la diffracción de rayos X para analizar estucturas de moléculas
más complejas.

Durante la década de los 20, los avances de la teoría cuántica sirvieron para caracterizar
más precisamente la interacción entre los rayos X y los átomos del cristal; esto
posibilitó el análisis correcto de la intensidad de la difracción. En la misma época se
confeccionaron las tablas para determinar la simetría cristalina a partir de la distribución
de reflexiones en el patrón de difracción, y se empezaron a usar series de Fourier para
representar la distribución de electrones en la estructura; los avances en la
representación matemática de la densidad electrónica continuaron hasta la Segunda
Guerra Mundial, facilitando la obtención de las primeras estructuras de moléculas
orgánicas. El descubrimiento en 1935 por Arthur Patterson de un truco matemático para
obtener las distancias interatómicas directamente de los datos experimentales constituyó
un importante avance.4

Entre los años 40 y 60, se desarrollaron otros métodos para la determinación de

estructuras, con especial énfasis en métodos heurísticos basados en el proceso de ensayo
y error en combinación con suposiciones razonables sobre las características de la
estructura correcta, como, por ejemplo, que la densidad electrónica debe ser siempre
positiva. En este período la cristalografía empezó a convertirse en un método de
importancia en en campo de la química orgánica, culminando con la determinación en
1957 de la estructura de la vitamina B12, proyecto liderado por Dorothy Hodgkin.4

Avances en cristalografía de macromoléculas: 1960-1980

El evento de más impacto durante las décadas de los 60 y 70 fue el reconocimiento de la

cristalografía de proteínas y de moléculas biológicas en general como área de
investigación clave en el campo de la biología molecular. El año 1962 marcó un hito en
este respecto al otorgarse dos premios Nobel por los resultados obtenidos usando
métodos cristalográficos en esta área: El premio Nobel de Química fue otorgado a Max
Perutz y John Kendrew por sus estudios cristalográficos de las proteínas hemoglobina y
mioglobina y el Medicina a Francis Crick, James Watson y Maurice Wilkins por
descubrir que el ADN forma una doble hélice.n. 4 En 1964 Dorothy Hodgkin también
obtuvo el premio Nobel de Química por la determinación de varias estructuras de
importancia biológica, como la penicilina y la vitamina B, entre otras.6

Un adelanto técnico que facilitó en gran medida el éxito de las técnicas cristalográficas
tanto en los casos más complejos como en el de moléculas de menor tamaño fue el
desarrollo de ordenadores digitales, que permitieron el uso de programas para medir y
analizar más fácilmente los datos en los experimentos de cristalografía.7 Sin embargo, al
final de este periodo el estudio de proteínas estaba limitado por la ausencia de fuentes
de rayos X intensos y el uso de película fotográfica para medir los patrones de
difracción en dos dimensiones;n. 5 como consecuencia de estas limitaciones, y a pesar del
reconocimiento generalizado del potencial de la cristalografía para estos experimentos,
a finales de los años 70 el Banco de Datos de Proteínas solo contaba con unas 60
entradas.8

Expansión y madurez: 1980-2010

Modelo cristalográfico de la subunidad mayor del ribosoma. La obtención de esta

estructura, galardonada con el premio Nobel de Química en 2009, fue posible gracias a
los avances tecnológicos y metodológicos de los años 80 y 90. Como comparación, a la
derecha y aproximadamente en la misma escala, se muestra el modelo de la mioglobina,
una de las primeras proteínas estudiadas con esta técnica durante los años 50 y cuya
determinación se consideró un logro considerable en esa época.

El primer tubo de rayos X se construyó en los años 20. Este tipo de aparato, con
sucesivas mejoras, se utilizaba como la fuente primordial de rayos X para los
experimentos de cristalografía hasta los 70, en los que se empezó a experimentar con los
rayos X producidos por radiación sincrotrón. Los primeros sincrotrones dedicados a la
producción de rayos X se construyeron en los 80 y su número no ha dejado de
aumentar.n. 6 En la primera década del siglo XXI se empezaron a construir los primeros
láseres de electrones libres de rayos-X, capaces de producir haces de luz pulsada de una
intensidad de órdenes de magnitud mayor que la disponible en fuentes de luz sincrotrón
convencionales. La duración de los pulsos de luz, del orden de femtosegundos ofrece la
posibilidad de observar cambios en los cristales a escalas temporales inalcanzables hasta
entonces.7
Durante estos años también se desarrollaron nuevos detectores bidimensionales o «de
área», capaces de generar directamente una imagen digitalizada del patrón de
difracción. Estos nuevos detectores facilitaron la rápida medición y análisis de la
difracción y sustituyeron totalemente a las películas fotográficas usuadas hasta
entonces.

Estos avances tecnológicos, unidos al enorme desarrollo de la capacidad de los

ordenadores modernos para almacenar y procesar datos, han permitido llevar a cabo
experimentos antaño irrealizables y desembocado en un aumento espectacular del
número de estructuras elucidadas por métodos cristalográficos, sobre todo en el caso de
las macromoléculas orgánicas, con más de 78 000 estructuras depositadas en el Banco
de Datos de Proteínas al comienzo de 2012.8 La obtención en 2000 de la estructura del
ribosoma,9 un enorme complejo de ácidos nucleicos y varias proteínas donde tiene lugar
la síntesis de proteínas en la célula, ilustra las capacidades que ha alcanzado esta
técnica.

Aspectos físicos
La teoría de la difracción cristalina y las construcciones utilizadas para la interpretación
de los patrones de difracción mencionadas a continuación se describen en detalle en
numerosos libros de texto. Ver, por ejemplo, Luger (1980)10 , Stout y Jensen (1989)11 o
Drenth (1999)12

Cristales y redes cristalinas

Estructura cristalina de cloruro de hidrógeno (forma deuterada) con la celda unidad

superimpuesta sobre las moléculas. La red cristalina se forma mediante la translación de
la celda unidad a lo largo de las direcciones definidas por y .
Parámetros de la celda unidad
Véanse también: Celda unidad y Redes de Bravais

Los cristales están formados por una repetición periódica de moléculas en tres
dimensiones. El cristal se puede representar matemáticamente como una red
tridimensional en la que todas las intersecciones son idénticas. El paralelepípedo
definido por las líneas entre las intersecciones de la red se conoce como la celda unidad.
La celda unidad se define por la longitud de sus lados , y en la dirección de los tres
ejes espaciales y los ángulos , y que los ejes de la red forman entre sí. Las
coordenadas de cualquier punto de la red cristalina se pueden expresar como una
combinación lineal de los vectores , y .

La posición de un átomo en la celda unidad se expresa como coordenadas fraccionales

de , y :

con las coordenadas ( , , ) comprendidas entre 0 y 1. El objetivo de los experimentos

de difracción por rayos X es, en primer lugar, determinar los parámetros de la celda
unidad, y en segundo lugar, averigar las coordenas , y para cada átomo. Para lograr
este propósito es necesario entender la relación entre la simetría de la red cristalina y
geometría del patrón de difracción, en segundo lugar la relación entre la localización de
los átomos y la intensidad de la difracción.

Rayos X

Artículo principal: Rayos X

Representación esquemática de una onda electromagnética, mostrando la oscilación

periódica de los campos eléctrico y magnético.

Los rayos X son un tipo de radiación electromagnética con longitudes de onda menores
de 10 nm o energías del orden de 0.1 keV; para obtener difracción cristalina se suelen
usar rayos X duros o de alta energía, del orden de 10 keV, correspondiente a longitudes
de onda del orden de 0.1 nm.

Los rayos X se pueden describir como una onda sinusoidal propagándose a través del
espacio. Tomando un punto arbitrario como origen, el valor del campo eléctrico en
función del tiempo se puede escribir como:

es la amplitud de la oscilación, la longitud de onda y la velocidad de la luz. Al

interactuar con los electrones agrupados alrededor de los átomos del material estudiado
la onda sufre una cierto desfasaje con respecto a la onda en el origen:

La diferencia de fase depende de la distancia entre el punto de origen y los átomos del
material, ie, la fase de los rayos X emergentes contiene información sobre la estructura
atómica del material que han atravesado.

Dispersión elástica de rayos X

El fenómeno de difracción cristalina tiene su origen en la dispersión elástica o

scattering elástico del haz de los rayos X por los átomos del cristal. Cuando este tipo de
interacción tiene lugar, el electrón desvía la trayectoria de los rayos X, conservando
tanto estos como el electrón su energía inicial.n. 7 La trayectoria de los rayos X es
exactamente la misma que toma un rayo de luz visible reflejado en un espejo, es decir,
los rayos «reflejados» emergen a un ángulo con respecto a la dirección de los rayos
incidentes.

La dispersión elástica por un grupo de átomos en una dirección dada se puede describir
por una cantidad conocida como factor de estructura y es igual a la suma de los rayos
reflejados por cada átomo que interactúa con los rayos X:

es una función llamada factor de forma atómico que describe la dispersión por todos
los electrones del átomo en conjunto. Depende del número atómico y del ángulo de
incidencia de los rayos X. El cambio de fase durante la interacción viene dado por el
producto escalar de , el vector entre el origen y cada átomo y , el vector de
dimensión en la dirección perpendicular al plano imaginario de reflexión.

Difracción cristalina
Adición de ondas: Cuando las ondas están desfasadas, se aniquilan mutuamente; cuando
entán en fase, se amplifican.

Ley de Bragg

Artículo principal: Ley de Bragg

El fenómeno de difracción es debido esencialmente a la relación de fases entre todas las

ondas reflejadas por cada celda unidad del cristal. Las diferencias de camino óptico
conducen a diferencias de fase que a su vez producen un cambio en la amplitud. Cuando
las ondas están completamente desfasadas se anulan entre sí. Por el contrario, cuando
dos ondas están en fase, la amplitud de la onda final es la suma de las amplitudes para
cada onda. Puesto que un cristal está compuesto de miles de celdas unidades, esto
resulta en un haz de bastante intensidad que puede ser medido fácilmente con un
detector de rayos X.

Ley de Bragg: Los átomos o grupos de átomos en la red cristalina están representados
por esferas (para simplificar el diagrama, la tercera dimensión del cristal no se
representa). Las esferas se sitúan sobre planos imaginarios paralelos, perpendiculares al
diagrama, separados por . En el diagrama de la izquierda, la diferencia en en camino
recorrido por las ondas de rayos X dispersadas por los dos planos es un múltiplo entero
de la longitud de onda; por lo tanto, las ondas emergentes están en fase y se observa
difracción. A la derecha, con un ángulo de incidencia diferente, la Ley de Bragg no se
cumple para esta familia de planos cristalinos; las ondas emergentes están desfasadas y
no se observa difracción.

La condición para que las ondas estén en fase es que la diferencia de sus caminos
ópticos sea cero o un número entero de la longitud de onda. En un cristal, la diferencia
en el camino óptico entre átomos situados en posiciones equivalentes en distintas celdas
unidad es donde es la distancia entre los planos imaginarios que unen puntos
equivalentes de la red cristalina. Es decir, para que se observe difracción de rayos X en
un ángulo de observación , se debe cumplir la expresión conocida como Ley de
Bragg:
Como en el caso particular de dispersión elástica por un átomo, la difracción cristalina
se puede interpretar como la reflexión especular de los rayos X, en este caso por todos
los planos del cristal paralelos entre sí separados por la distancia que cumple la ley de
Bragg. Por este motivo, los puntos del patrón de difracción se denominan «reflexiones».

Índices de Miller: La figura muestra ejemplos de diferentes planos de difracción en una

celda unidad, ilustrando la correspondencia entre los índices de Miller ( y la
orientación de los planos en el sistema de coordinadas definido por aquella.

Índices de Miller

Artículo principal: Índice de Miller

Para que se cumpla la ley de Bragg para un grupo de planos de reflexión paralelos, debe
haber un número entero de ellos en cada celda unidad, es decir, deben cruzar los ejes la
celda unidad un número entero de veces; esto implica que se puede caracterizar cada
reflexión por tres números enteros , y iguales al número de intersecciones del los
planos con los ejes , y de la celda unidad. Los números , y reciben el nombre de
índices de Miller.

Matemáticamente los índices de Miller describen un vector perpendicular al plano de

reflexión en el sistema de coordenadas definido por la red cristalina. Por este motivo,
los planos de reflexión son también nombrados «planos de Miller».

La red recíproca
La red recíproca es una construcción matemática que facilita la representación de los
diversos planos de reflexión y la visualización de la relación entre la orientación del
cristal y el patrón de difracción.

Las coordenadas de cada punto de la red recíproca coinciden con los índices de Miller,
es decir, cada punto de la red recíproca representa a una familia de planos de Miller en
el espacio real de la red cristalina; la distancia del origen a cada punto de la red es .

Al igual que en el caso de la red cristalina en el espacio real, los puntos de la red
recíproca se pueden expresar como una combinación lineal de vectores , y :

La relación entre los parámetros de la celda unidad ( , , , , , ) y la celda unidad

recíproca ( , , , , , ) es la siguiente:13

; ;

Representación bidimensional de la construcción de Ewald. Los rayos X incidentes

están representados por el vector de onda , de amplitud . La red recíproca se
representa en azul; por claridad, solo se muestran las coordenadas de algunos puntos,
representando a los planos de Miller correspondientes. El punto (4,1) coincide con la
superficie de la esfera, por lo tanto se observará un haz de rayos X, descritos por el
vector de onda , reflejados en la dirección dada por . La amplitud del vector
diferencia entre y es la distancia entre los planos paralelos de índices (4,1) que
atraviesan celdas unidades consecutivas en el cristal.

La esfera de Ewald

Para visualizar fácilmente los planos de Miller que contribuyen a la difracción en una
dirección dada, se utiliza la construcción conocida como esfera de Ewald, que ilustra
todas las posibles direcciones en que los rayos X pueden ser reflejados por el cristal. El
radio de esta esfera es y su extremo en la dirección del haz de rayos X incidente
coincide con el origen de la red recíproca.

Si un punto de la red recíproca de coordenadas se encuentra sobre la superficie

de la esfera de Ewald, los planos de Miller con índices darán lugar a un punto
de difracción en la dirección definida por el centro de la esfera y ese punto de la red
recíproca. La distancia entre el origen y es , por lo que se puede demostrar
geométricamente que esta condición de difracción es equivalente a la ley de Bragg.

La línea con origen en el centro de la esfera de Ewald y final en el origen de la red

recíproca define el vector de onda incidente; la que acaba en el punto
coincidente con la superficie de la esfera de Ewald, corresponde al vector de onda
reflejado.

El factor de estructura cristalino

El vector diferencia entre los vectores de onda incidente y reflejado, de coordenadas

en la red recíproca, es perpendicular al plano de reflexión y tiene amplitud
; es decir, es el vector introducido en la definición del factor de
estructura . Por lo tanto, el factor de estructura en la dirección de los planos de
Miller descritos por los índices es:

donde son las coordenadas del átomo en el sistema definido por la celda
unidad y la suma se realiza para todos los átomos. En lugar de sumar las contribuciones
de cada átomo, también se puede realizar una integración sobre los electrones presentes
en el volumen de la celda unidad, cuya distribución está representada por la función
de densidad electrónica .
Representación vectorial de la Ley de Friedel en la ausencia de absorción

La aplicación de las operaciones de simetría del cristal a las coordenadas ,

resulta en relaciones de igualdad entre los factores de estructura de diferentes
reflexiones. A las reflexiones así relacionadas se las denomina «simétricamente
equivalentes». En los experimentos cristalográficos, donde el grupo de simetría no se
conoce con certeza a priori, se comparan las intensidades de reflexiones relacionadas
por diversas operaciones de simetría para caracterizar la simetría del cristal. La relación

se conoce como ley de Friedel y ocurre incluso si no existe simetría, aparte de la

traslación de la celda unidad sobre la red cristalina. En la práctica la ley de Friedel no se
cumple exactamente debido a la presencia de interacciones inelásticas entre los rayos X
y los átomos, que resultan en absorción de energía por estos.14 Esos efectos suelen ser
pequeños comparados con las interacciones elásticas y no se suelen tener en cuenta,
excepto para longitudes de onda en la vecinidad de una discontinuidad de absorción del
cristal.

El problema de las fases

El propósito de los experimentos cristalográficos no es obtener el patrón de difracción,
sino el valor de la función . Se puede demostrar que esta se puede
representar como sumas de Fourier de los factores de estructura en todas las
direcciones:

Mientras que el módulo de los factores de estructura se puede calcular fácilmente a

partir de la intensidad del punto de difracción medido por un detector sensible a los
rayos X, la fase no se puede medir directamente. Esto se conoce como el problema de
las fases; existen varios métodos para resolver el problema de las fases y elucidar la
estructura atómica, clasificados en los siguientes grupos:

 Métodos directos
 Dispersión anómala
 Reemplazamiento isomórfico
 Reemplazamiento molecular

Métodos directos

La función de distribución de densidad electrónica se caracteriza opor ser siempre

positiva y alcanzar valores altos alrededor de los átomos. Esta propiedades, expresadas
en una forma matemática se pueden usar para discriminar entre valores de las fases de
los factores de estructura que son probables y los que no y de esta manera elucidar la
estructura de la molécula de interés. Este método se usa corrientemente para resolver el
problema de las fases para moléculas pequeñas.

En contraste, en el caso de los cristales de macromoléculas, los métodos directos no

suelen ser suficientes para resolver la estructura totalmente ab initio; esto se debe a que,
por un lado, los cristales de proteínas y moléculas de similar tamaño raramente difractan
a una resolución suficiente para obtener el número de reflexiones requerido para
determinar todos los parámetros atómicos y, por otro lado, al gran número de átomos en
la celda unidad, que causa que las relaciones entre las probabilidades de las fases sean
menos determinantes que en los casos de moléculas que cuentan con pocos átomos.15 16

A pesar de los límites del método, el principio de utilización de las propiedades de la

densidad electrónica también se aplica en el área de difracción de macromoléculas para
mejorar las fases obtenidas por otros métodos y el cálculo las fases para todos los
factores de estructura a partir de un modelo de baja resolución. En la cristalografía de
proteínas las propiedades claves incluyen el contraste entre las zonas de la celda unidad
ocupadas por moléculas de agua o solvente en un estado amorfo y las zonas ordenadas
ocupadas por la molécula, y una distribución característica de la probabilidad de valores
de la densidad electrónica.17 . Además, los métodos directos también se utilizan para
determinar las posiciones de átomos especiales en los métodos de sustitución o
remplazamiento isomorfo y de dispersión anómala.

Reemplazamiento isomorfo

El reemplazamiento isomorfo o sustitución isomorfa es un método para resolver el

problema de las fases empleado predominantemente en cristalografía de
macromoléculas. El método consiste en la introducción en el medio de cristalización de
un compuesto químico de pequeño tamaño conteniendo un átomo pesado; los átomos
más frecuentemente utilizados para este propósito suelen tener un número atómico
superior al del potasio.n. 8 En casos favorables se forma un enlace químico entre la
molécula de interés y el compuesto, formando un cristal isomorfo, con la misma
simetría que los de la molécula «nativa» sin modificar. El factor de estructura de la
molécula modificada o «derivada» es la suma del factor de estructura
«nativo» y la contribución del átomo pesado .
Las fases de la contribución del átomo pesado se puede deducir por métodos directos a
partir de las diferencias . Aunque una sola sustitución isomorfa no es
suficiente para determinar , si se repite el proceso con al menos una segunda
estructura derivada diferente, es posible determinar las fases para la estructura nativa,
por el método conocido como reemplazamiento isomorfo múltiple o sus siglas en inglés
MIR (Multiple Isomorphous Replacement)n. 9 18

Las principal limitación de este método estriba en la dificultad de encontrar compuestos

que reaccionen con la molécula a estudiar sin destruir el cristal o modificar
sensiblemente su simetría o las dimensiones de la celda unidad.

Dispersión anómala

El factor total de forma atómica no solo contiene el término que describe la dispersión
elástica de los rayos X por los electrones , sino que también consta de una
componente «anómala» compleja que describe el efecto fotoeléctrico;
en este tipo de interacción los electrones no re-emiten los rayos X sin intercambio de
energía, sino que usan la energía absorbida para pasar a un estado cuántico diferente. La
componente real del factor de forma anómalo altera la magnitud de los factores de
estructura. La componente imaginaria además introduce un cambio de fase que
introduce una diferencia en la magnitud del factor de estructura y el factor
inverso , que serían exactamente idénticas en la ausencia de este
efecto.

Aunque en muchos casos el efecto del factor de forma anómalo es muy pequeño
comparado con y no es preciso tomarlo en cuenta al analizar los datos de difracción,
la magnitud del efecto aumenta dramáticamente cuando la energía de los rayos X es
similar a la energía del nivel atómico de los electrones. En esta caso, los cambios en la
magnitud y fase de los factores de estructura son significantes. Si solo una fracción de
los átomos en la molécula resultan afectados por este tipo de interacción, se pueden
hallar sus posiciones en la celda unidad analizando bien las diferencias en la intensidad
de las mismas reflexiones medidas a distintas longitudes de onda o bien entre una
reflexión y su inversa a la misma longitud de onda. Esta información se usa a su vez
para resolver el problema de las fases; el método recibe el nombre de MAD
(Multiwavelength Anomalous Dispersion o ‘dispersión anómala a múltiples longitudes
de onda’) o SAD (Single-wavelength Anomalous Dispersion o ‘dispersión anómala a
una sola longitud de onda’)n. 10

La mayoría de los átomos pesados usados en el método de reemplazamiento isomorfo

exhiben dispersión anómala importante en el rango de longitudes de onda usadas en los
experimentos cristalográficos y estos dos métodos se pueden usar en conjunción. La
ventaja de los métodos basados en la dispersión anómala es que, al precisar en principio
solo un cristal para determinar las fases, no están limitados por un isomorfismo
imperfecto. El uso de radiación sincrotrón, que se puede sintonizar a las longitudes de
onda que optimizan la dispersión anómala, ha resultado en un fuerte incremento de la
popularidad del método.
Reemplazamiento molecular

El método de reemplazamiento molecular consiste en usar una molécula de estructura

conocida para calcular las fases iniciales de una segunda molécula con elementos
estructurales comunes con la primera. Este es el método más usado para determinar la
estructura de macromoléculas como las proteínas, ya que muchas de ellas se agrupan en
familias con una estructura similar o forman complejos supramoleculares en los que se
conoce la estructura de una o más componentes.20 21

Una desventaja de este método en comparación con las técnicas descritas anteriormente,
que se basan enteramente en los datos de difracción experimentales y consideraciones
químicas o estructurales generales, es que las fases obtenidas están sesgadas hacia la
estructura utilizada como punto de partida, hasta el punto de que algunas diferencias
críticas entre las dos moléculas pueden pasar desapercibidas. El éxito de este método
depende en procedimientos sofisticados para detectar y eliminar este sesgo durante el
refinamiento de las fases.21

Adquisión de datos
Fuentes de rayos X

Estación de sincrotrón para experimentos de cristalografía usando el método de

rotación. El haz de rayos X, de un par de décimas de mm se direge al crystal, de
aproximadamente el mismo tamaño, desde la izquierda de la imagen. El cristal se
emplaza sobre un difractómetro, que permite orientar y girar el crystal para obtener un
conjunto de reflexiones lo más completo posible. El patrón de difracción se graba en el
detector bidimensional mostrado a la derecha, en este caso una pantalla de material
sensible a los rayos X conectada a una cámara CCD por medio de fibra óptica.
Véase también: Rayos X

Los experimentos de cristalografía de rayos X se pueden realizar bien con un tubo de

rayos X o usando la radiación sincrotrón emitida por aceleradores de partículas. En los
tubos de rayos X, un haz de electrones producidos por calentamiento de un filamento de
wolframio (el cátodo) se aceleran por un voltaje aplicado a lo largo del tubo y
colisionan contra un material metálico, el ánodo. Los electrones desacelerados, emiten
radiación de Bremsstrahlung de espectro continuo — compuesta de múltiple longitudes
de onda.— El ánodo absorbe parte de los rayos X emitidos por los electrones y emite a
su vez rayos X de las longitudes de onda características del metal. Por ejemplo, un
ánodo de cobre emite principalmente a la longitud de onda de 1.5405 Å. La radiación de
Bremsstrahlung y otras líneas de emisión características menos intensas se filtra con un
metal absorbente; en el ejemplo del ánodo de cobre, se utiliza níquel, que es bastante
transparente a los rayos X de 1.5405 Å pero absorbe eficientemente la radiación a
longitudes de onda menores, obteniéndose un haz de rayos X bastante monocromático.
Los rayos de tubos X son relativamente baratos y los laboratorios de investigación los
suelen utilizar para realizar experimentos in situ.

La radiación sincrotrón se obtiene cuando un haz de electronesn. 11 acelerados hasta

alcanzar una velocidad cercana a la de la luz son desviados de su trayectoria por medio
de un campo magnético. La radiación sincrotrón es de espectro continuo y la longitud
de onda deseada para el experimento se puede seleccionar mediante un monocromador.
Las fuentes de radiación sincrotrón emiten rayos X mucho más intensos que los rayos
de tubos X y son necesarios para mejorar la calidad de la difracción para cristales muy
pequeños o compuestos de átomos muy ligeros, que interaccionan débilmente con los
rayos X.

Detectores

Véase también: Rayos X

Existen varios tipos de detectores usados en los experimentos de cristalografía. El

detector más usado durante mucho tiempo fue la película fotográfica, actualemente
reemplazado por otros detectores bidimensionales más sensibles a los rayos X. Otro
detector clásico es el contador proporcional unidimensional, normalmente un detector
de centelleo, instalado en un difractómetro y controlado por ordenador; este tipo de
detector mide las reflexiones una a una y todavía se usa para la cristalografía de
moléculas pequeñas, pero no es eficiente en el caso de macromoléculas, donde el
número de reflexiones ronda entre 10 000 y 100 000.12

A partir de los años 90 empezaron a aparecer nuevos detectores, como las «placas de
imagen» (image plates). Las placas de imagen están recubiertas de un material
forforescente, donde los electrones incrementan su energía al absorber los rayos X
difractados y son atrapados en este nivel en centros de color. Los electrones liberan la
energía al iluminarse la placa con luz láser, emitiendo luz con intensidad proporcional a
la de la reflexión. Estos detectores son un orden de magnitud más sensibles que la
película fotográfica y con un margen dinámico superior en varios órdenes de magnitud,
lo que facilita la medición de las reflexiones más intensas y la más débiles. Otros
detectores usados en la actualidad son detectores electrónicos bidemensionales
(conocidos como detectores «de área» , que procesan la señal inmediatamente tras la
detección de los rayos X. Pueden ser cámaras de ionización o una placa fosforescente
acoplada a una cámara CCD.12 En los años 2000 se empezaron a utlizar fotodiodos
alineados formando una placa, conocidos como PAD (Pixel Array Detectors). Estos
detectores se caracterizan por un gran margen dinámico y un tiempo muerto entre
imágenes muy bajo —del orden de milisegundos.22

Geometrías de difracción
Existen tres métodos para producir difracción de rayos X: Método de Laue, el método
de rotación de cristal y método de polvo.

Método de Laue

Consiste en hacer incidir en un cristal un espectro continuo de rayos X, de tal manera

que para cada longitud de onda se cumple la ley de Bragg para múltiples puntos de la
red recíproca.

Métodos de rotación de cristal

Se hace incidir un haz de rayos X monocromáticos sobre un cristal, que rota a una
velocidad constante alreadedor de un eje perpendicular a los rayos X. La rotación del
cristal causa que todos los puntos de la read recíproca atraviesen consecutivamente la
esfera de Ewald, logrando así medir las reflexiones necesarias.

Método del polvo

El cristal a analizar es reducido a polvo de tal manera que forme un conjunto de

pequeños cristales en todas las posibles orientaciones de la red recíproca. En este caso,
todas las reflexiones se pueden medir en una solo patrón de difracción, consistente en
círculos, uno para cada reflexión.

Difracción de rayos X de la fracción arcilla

En la identificación de minerales arcillosos se tratan técnicas como la difracción de
rayos X (DRX) para muestras orientadas, análisis térmico diferencial (ATD) y
espectroscopia infrarroja (IR), que corresponde al estudio de la fracción del suelo con
tamaño inferior a 2 μm, Las técnicas desarrolladas por el profesor Jacquez Thorez, de
Bégica se han implementado en el Laboratorio de Suelos del IGAC (Instituto
Geográfico Agustín Codazzi, Colombia) y ha mostrado muy buenos resultados en el
tratamiento y análisis de la fracción arcillosa de los Suelos.23

La técnica de análisis en el difractómetro de rayos X de minerales de arcilla es orientar

la muestra mediante saturación con Cloruro de Magnesio, Cloruro de Potasio,
Etilenglicol y una muestra calentada a 550°C. Se remueve generalmente la fracción
orgánica y Fe y Mg. Esta técnica permite determinar si las arcillas son esmectitas
(montmorillonitas), cloritas o si son filosilicatos (cloritas).

Análisis de metales preciosos en el difractómetro de

rayos X
Mediante la Ley de Bragg es posible llegar a conocer las dimensiones de la celda
cristalina de los cristales de los metales preciosos en Å (Ångström). El proceso es
montar una muestra en polvo del metal seleccionado, el cual puede ser separado
magnéticamente o mediante centrifugado, tamizado, o por métodos químicos como el
tratamiento con Ácido Clorhídrico, Ácido Nítrico, Ácido Fluorhídrico entre otros. Se
emplea un programa especializado X-Pert de Phillips, para analizar los difractoramas y
comparar las dimensiones de la celda con los resultados de la difracción. La mayor
importancia de estos análisis es determinar el contenido de Iridio, Bismuto, Platino,
Mercurio, Oro y Plata, incluso determinar Hafnio y otros metales que son importantes
en la industria tecnológica (por ejemplo superconductores) y posibles yacimientos de
estos metales o minerales que contengan estos elementos.

Véase también
 Espectroscopia de rayos X

Notas
1. ↑ El término 'difracción de rayos X' se utiliza a menudo para referirse a la
aplicación de este fenómeno a cristalografía; sin embargo, es posible observar
difracción por materiales no cristalinos. Por ejemplo, la estructura de la doble hélice de
ADN se elucidó por primera vez usando datos de difración de rayos X por fibras
deshidratadas de ADN.
2. ↑ Debido al comienzo de la Primera Guerra Mundial, en la que Suecia deseaba
mantenerse estrictamente neutral, los premios no fueron otorgados hasta después de la
guerra.
3. ↑ Nieto de Charles Darwin, autor de El origen de las especies
4. ↑ Rosalind Franklin también realizó aportaciones muy importantes a esta
investigación, pero falleció antes de que se concediera el premio. 5
5. ↑ La medición individual de reflexiones de rayos X emergentes en diferentes
direcciones con un fotodetector unidimensional, que facilitó la casi-automatización de
los experimentos con moléculas pequeñas durante este periodo no resultaba práctica en
el caso de moléculas con muchos átomos, debido a la enorme cantidad de reflexiones
presentes en este caso.
6. ↑ Véase la lista en Anexo:Fuentes de luz sincrotrón.
7. ↑ Desde el punto de vista de la electrodinámica cuántica, la dispersión elástica
es simplemente un caso especial del efecto Compton
8. ↑ El factor de forma atómico f0 aumenta con el número atómico, por lo cual la
contribución al factor de estructura de un átomo pesado es significantemente mayor que
la de los átomos ligeros (carbono, oxígeno, nitrógeno e hidrógeno) predominantes en las
macromoléculas orgánicas.
9. ↑ En ocasiones, si hay errores en los datos debidos a un isomorfismo imperfecto
entre los cristales u otros factores, es necesario usar más de dos derivados para obtener
fases lo suficientemente exactas.
10. ↑ Se necesitan al menos dos longitudes de onda diferentes para resolver el
problema de las fases solamente por este método, pero una longitud de onda basta si se
aplican restricciones adicionales sobre la función de densidad electrónica. 19
11. ↑ Es posible usar positrones u otra partícula con carga eléctrica para este fin,
pero se usan electrones en la mayoría de los casos.

Referencias
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23. ↑ (IGAC, Mineralogia de la Fracción Arcilla, 2006. Thorez, J. Phyllosilicates
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Bibliografía
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 IGAC (Instituto Geográfico Agustín Codazzi). Métodos Analíticos del
Laboratorio de Suelos. Mineralogía de la Fracción Arcilla. 6ta Edición.
Colombia (2006).
 Thorez, J. Phyllosilicates and Clay Minerals,A Laboratory Handbook for Their
X-Ray Diffraction Analysis.Editions G. LELOTTE (1975).