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Bioquímica Unidad 1
Bioquímica Unidad 1
UNIDAD 1
AMINOÁCIDOS, PROTEÍNAS y
NUCLEÓTIDOS
Profª. Milagro León
Cátedra de Bioquímica
Facultad de Ciencias Veterinarias
Universidad Central de Venezuela
Obje tivos e s pe cíficos
1. De s cribir las caracte rís ticas e s tructurale s y funcionale s de los
aminoácidos
a. Conce pto de aminoácido, importancia, e s tructura ge ne ral,
is ome ría y nome nclatura.
b. Crite rios de clas ificación:
• Pre s e ncia e n la naturale za
• Es e ncialidad nutricional
• Caracte rís ticas fís ico – químicas de la cade na late ral.
c. Propie dade s fís icas (s olubilidad y punto de fus ión) y
propie dade s químicas (propie dade s ácido-bás icas , formación
de s ale s y de é s te re s) de los aminoácidos .
2. De s cribir las caracte rís ticas e s tructurale s y funcionale s de los pé ptidos .
a. Formación y caracte rís ticas de l e nlace pe ptídico.
b. Conce pto de pé ptidos , nome nclatura, re pre s e ntación, e je mplos
e importancia.
3. De s cribir las caracte rís ticas e s tructurales y funcionale s de las
prote ínas .
a. Conce pto de prote ína, e je mplos e importancia.
b. Crite rios de clas ificación de las prote ínas .
• S olubilidad.
• Función biológica.
• Forma.
• Compos ición.
c. Nive le s e s tructurales de las prote ínas . De finicione s ,
caracte rís ticas , fue rzas que inte rvie ne n.
d. Des naturalización de una prote ína. De finición. Age nte s
de s naturalizante s .
e . Caracterís ticas e s tructurale s y funcionale s de algunas prote ínas
de importancia fis iológica. Mioglobina, He moglobina, Coláge no,
Que ratina, Actina, Mios ina, Inmunoglobulinas y Prote ínas
plas máticas
4. De s cribir las caracte rís ticas e s tructurale s y funcionale s de los
nucle ótidos .
a. Bas e s nitroge nadas púricas y pirimidínicas : e s tructura y función.
b. Nucle ós idos : e s tructura y función.
c. Nucle ótidos mono, di y trifos fato: e s tructura y función.
Aminoácidos
Compue s tos orgánicos formados por un grupo amino
(NH2 ) y un grupo carboxilo (COOH).
Algunos aminoácidos s e e ncue ntran libre s como
ne urotrans mis ore s , otros s e une n e ntre s í formando
pé ptidos como hormonas , o formando prote ínas con
múltiple s funcione s .
Es tructura Ge ne ra l
COO¯
+
H3N Cα H
R
Formas de los Aminoácidos
COOH COO¯
+
H2N C H H3N C H
R R
Íon híbrido
zwitte rión
COO¯ COO¯
+ +
H3N C H H C NH3
CH3 Carbono CH3
asimétrico
L- Alanina D- Alanina
Fenilalanina, Phe, F
Serina, Ser, S
Treonina, Thr, T Cisteína, Cys, C
Aspartato, Asp, D
Glutamato, Glu, E
Aminoácidos Bás icos :
Histidina, His, H
Lisina, Lys, K
Arginina, Arg, R
3) Es e ncialidad nutricional
Nutricionalme nte e s e nciale s :
no s inte tizados por e l organis mo (valina, le ucina, is ole ucina,
tre onina, me tionina, lis ina, fe nilalanina y triptófano).
R-COOH R-COO¯ + H+
R-NH3+ R-NH2 + H+
pH Ácido pH Bá s ico
pKA -+NH3
pKA Imidazol
pKA -COOH
2. Formación de é s te re s
Ácido + alcohol é s te r + agua
α
+
Glicina Alanina
Enlace α +
pe ptídico Agua
Glicilalanina, Gli-Ala, GA
Formación de un dipé ptido
HOH
COOH COOH O COOH
H2 N C H + H 2 N C H C N C H
CH3 H CH
H H2 N C H 3
• Trans : El hidróge no de l
grupo amino s us tituido,
e s tá cas i s iempre ubicado
opue s to al oxíge no de l
grupo carbonilo.
• Es un híbrido de
re s onancia con e lectrone s
de s localizados a lo largo
de los e nlaces (C – N) y
(C – O).
Carboxilo te rminal
O CH2 H O
Amino te rminal H
H3 N+ C C N C O¯
C N C C
H H H
CH2 O CH2
COO¯ OH
As p-Tir-S e r DYS As partil-tiros il-s e rina
Nome nclatura de los pé ptidos
Los pé ptidos s e nombran come nzando por e l e xtre mo N y
s e le s da e l s ufijo “il” a los aminoácidos e xce pto al último,
e s de cir, s e nombran como de rivados de l aminoácido de l
e xtre mo carboxilo
P or e je mplo:
Alanil-s e ril-cis te inil-lis il-fe nilalanil-his tidil-tre onina
SH
O CH2 H H O
C C N C O¯
CH2 N C C
H H
CH2 H O
H3 N+ C H
COO¯
Funcione s :
De s compos ición de l H2 O2 .
Me tabolis mo de s us tancias tóxicas .
Antioxidante intrace lular.
Trans porte de aminoácidos
Pé ptidos de importancia fis iológica
Glucagón:
Es una cade na de 29 aminoácidos , aume nta los
nive le s de glucos a e n s angre .
Ins ulina Humana:
S S
Gli-Ile -Val-Glu-Gln-Cis -Cis -Tre -S e r-Ile-Cis -S e r-Le u-Tir-Gln-Le u-Glu-As n-Tir-Cis -As n
S S
S S
Fe n-Val-As n-Gln-His -Le u-Cis -Gli-S e r-His -Le u-Val-Glu-Ala-Le u-Tir-Le u-Val-Cis -Gli-Glu-Arg-Gli-Fe n-Fe n-Tir-Te r-Pro-Lis -Ala
S S
Fe n-Val-As n-Gln-His -Le u-Cis -Gli-S e r-His -Le u-Val-Glu-Ala-Le u-Tir-Le u-Val-Cis -Gli-Glu-Arg-Gli-Fe n-Fe n-Tir-Te r-Pro-Lis -Ala
Pé ptidos de importancia fis iológica
Hormonas hipotalámicas
Hormona libe radora de tirotropina (tripé ptido).
Oxitocina:
nonapé ptido, promue ve la e xpuls ión de le che
de las glándulas mamarias y la contracción
de l mús culo lis o ute rino.
Prote ínas
Cade nas polipe ptídicas de mas de 100
aminoácidos , con e s tructuras primaria,
s e cundaria y te rciaria por lo me nos (algunas
tambié n cuate rnaria).
b) Fibros as :
Re lación longitud/ancho > 10
Ins oluble s e n s olucione s s alinas acuos as .
Eje mplos : Coláge no, que ratina.
2) S e gún s u función
a) Catalítica (e nzimas )
b) Trans portadoras (he moglobina, lipoprote ínas )
c) Almace nadoras (mioglobina, fe rritina)
d) Prote ctoras (inmunoglobulinas)
e ) Es tructurale s (coláge no)
f) Re guladoras (hormonas , prote ínas unidas a ADN)
g) Contráctile s o de movimie nto (actina, mios ina)
3) S e gún s u compos ición
a) S imple s : formadas s olame nte por re s iduos de
aminoácidos .
Eje mplo: Albúmina
Eje mplo:
Mioglobina
Eje mplo:
He moglobina (te tramé rica)
5) S e gún s u s olubilidad
Lys
Lys
Gly Es tructura te rciaria Es tructura cuate rnaria
Gly
Le u
Val
Ala
His
Fue rzas que e s tabilizan los nive le s
e s tructurale s de las prote ínas
1) Enlace s covale nte s (fue rte s ) compartición de e le ctrone s :
a. Enlace pe ptídico: e ntre e l grupo alfa NH2 de un aminoácido y e l
grupo carboxilo de otro aminoácido
b. Enlace dis ulfuro: e ntre 2 cis te ínas , inte r o intra-cade na
Timina
Ade nina
Es tructura Primaria
Es la s e cue ncia line al de los re s iduos de aminoácidos
Las láminas -antiparale las s on más es table s de bido a que s e forman puentes
de hidróge nos colineales
Láminas ple gadas be ta antiparale las
Es tructuras s upe rs e cundarias
S on combinacione s de e s tructuras s e cundarias de hé lice s
alfa y láminas be ta
Unidade s : Es tán cons tituidas por dos láminas -ple gadas
parale las inte rcone ctadas por un s e gme nto de -hé lice
Unidade s : Es tán cons tituidas por dos -hé lice s s uce s ivas
s e paradas por un s e gme nto no he licoidal.
Me andros : Es tán cons tituidos por láminas -ple gadas anti-
parale las inte rcone ctadas por s e gme ntos de
aminoácidos polare s y glicina que produce n un cambio
brus co de la dire cción de la cade na polipe ptídica
Barril : S e produce cuando varias configuracione s de láminas
-ple gadas s e re plie gan s obre e llas mis mas .
Llave Grie ga: S e produce n cuando una lámina -ple gada anti-
parale la s e dobla s obre s í mis ma.
Es tructuras s upe rs e cundarias
Unidade s : Unidade s : Me andros :
Inte racciones
hidrofóbicas
Pue nte
dis ulfuro
4. Enlace s covale nte s (Pue nte s dis ulfuro, e ntre cruzamie ntos de
de s mos ina y de lis inonorle ucina)
Es tructuras Cuate rnarias
He moglobina Inmunoglobulina
Niveles estructurales de la hemoglobina
Lys
Lys
Gly
Gly
Le u
Val
Ala
Es tructura Es tructura
His te rciaria cuate rnaria
Es tructura
s e cundaria
Es tructura
primaria
De s naturalización de las prote ínas
Pé rdida de la e s tructura tridime ns ional de la prote ína (e s tructuras
s e cundaria, te rciaria y cuate rnaria) por e xpos ición a age nte s fís icos y/o
químicos .
De pe ndie ndo de l grado de de s naturalización, la molé cula pue de
pe rde r parcial o totalme nte s u actividad biológica.
2. S olve ntes orgánicos (como el e tanol): Rompe n las inte raccione s hidrófobas
4. Age ntes Caotrópicos : -me rcaptoe tanol, re duce pue nte s disulfuros .
Ure a, rompe puentes de hidróge nos e inte raccione s hidrófobas .
5. Conce ntración s alina: Afe ctan las inte racciones e le ctros táticas
Eje mplos :
Que ratinas
Coláge no
Elas tina
Fibroína
Que ratinas
α-QUERATINA: prote ína fibros a e s tructural.
Díme ro e nrollado
Inte raccione s de
Van de r Waals
Abundante e n
glicina, (uno de
cada dos re s iduos
e s glicina)
Prote ínas Globulare s
1. Forma e s fé rica
4. Múltiple s funcione s
(catális is , trans porte ,
re gulación, prote cción),
e xce pto la función
e s tructural
Mioglobina He moglobina
(monomé rica) (multimé rica)
Mioglobina
He moprote ína globula r monomé rica
Función: Alma ce na oxíge no e n la s mitocondria s de l
mús culo e s que lé tico y ca rdía co.
Carboxilo te rminal
Amino te rminal
He moglobina
He moprote ína polimé rica de los e ritrocitos
Función: Trans porte de l oxígeno de s de los pulmone s hacia los te jidos y de l
CO2 y protone s de s de los te jidos hacia los pulmone s para s e r
e xcre tados .
Ubicación: Eritrocitos .
Es tructura primaria: rica e n todos los aminoácidos
Es tructura s ecundaria: 8 alfa hé lice s (75%).
Es tructura te rciaria: globular, s upe rficie polar e inte rior no polar, e xcepto las 2
his tidinas ce rcanas al grupo he mo. Un grupo he mo e n el
ce ntro de cada monóme ro.
Es tructura cuate rnaria: te tráme ro, 2 cade nas alfa (141 aa) y dos cade nas be ta
(146 aa) Fija 4 molé culas de oxíge no (una por cada
He mo).
Efe cto coope rativo: La oxige nación de 1 cadena alte ra la conformación de la
s e gunda cadena favore cie ndo s u oxige nación y as í
s uce s ivame nte .
Es tructura de l grupo he mo
Cons ta de un anillo de
porfirina, formado por
cuatro pirrole s , con un
átomo de Fe +2 e n e l
ce ntro.
Image n ampliada de l bols illo de l
grupo he mo
Fibrinógeno
Funcione s :
a) Ayuda a mante ne r la pres ión os mótica de la s angre .
b) Trans porta ácidos gras os libre s , algunas hormonas e s te roide as
por la s angre , bilirrubina y una porción de l triptófano plas mático y
una gran varie dad de fármacos (as pirina, pe nicilina G,
s ulfonamidas , e tc).
c) Fija e l calcio (50%) e n la s angre y alre de dor de l 10% de cobre .
Es tructura primaria: rica e n aminoácidos prote icos .
Es tructura s e cundaria: Pre dominante me nte láminas be ta antiparale la.
Globulinas
Prote ínas plas máticas globulare s comple jas .
Lugar de s ínte s is : hígado.
Clas ificación:
• Alfa-1: lipoprote ína de alta de ns idad (HDL:trans porta cole s te rol)
• Alfa-2: Haptoglobulina, ce ruloplas mina (trans porte plas mático
de cobre ).
• Pre -be ta: lipoprote ína de muy baja de ns idad (VLDL:trans porte
de triglicé ridos ).
• Be ta-1: Trans fe rrina(trans porte plas mático de hie rro),
lipoprote ína de baja de ns idad (LDL: trans porte de cole s te rol).
• Gamma: anticue rpos
Inmunoglobulinas plas máticas
(gamma globulinas )
Glucoprote ínas de por lo me nos 4 cade nas .
Dominio
variable
Dominio
cons tante
Tipos de Inmunoglobulinas
El tipo de ca de na H de te rmina la cla s e de la inmunoglobulina .
IgM: 5 te trá me ros (re s pue s ta inicia l a l microorga nis mo inva s or)
IgD: 1 te trá me ro
Inmunoglobulina G
2 ca de na s lige ra s y 2 ca de na s pe sa da s
Inmunoglobulina M (pe ntamé rica)
Fibrinógeno
Glucoproteína alargada plasmática, soluble en
agua.
Lugar de síntesis: hígado
A 66 KD
B 52 KD
46 KD
S itios de unión:
1. Con e l ATP por un monóme ro de actina G,
conducie ndo a la polime rización, hidrolizándos e e l
ATP.
2. Con la mios ina e n cada s ubunidad.
Cola fibros a
Nucle ótidos
Compue s tos nitroge nados orgánicos ,
formados por una bas e he te rocíclica
aromática, un monos acárido y por lo me nos
un ácido fos fórico.
Adenina
(Base aromática nitrogenada)
Ribosa
(Azúcar C5)
Grupos fosfatos
Anillos de Purina y pirimidina
C C
N 4
N 1
6
5 C 7
N 3 5 C
8 C
2 4 9 6
C 3 C
N
C 2
1 C
N N
Purina Pirimidina
Bases Nitrogenadas
• Púricas
NH2 O
Adenina Guanina
C N C N
N C HN C
CH CH
HC C C C
N N H 2N N N
H H
• Pirimidínicas:
O NH 2 O
C C C CH3
HN
N C
CH N C
CH HN C
C C
CH C C C C
CH
O N O N O N
Uracilo Citosina Timina
O
Bas e s nitroge nadas
CH3
H3C C N
N C
CH Café
C C Cafeína (1, 3, 7- trimetil-xantina)
O N N
O
CH3
H3C C N
N C
Té CH
Teofilina (1, 7- dimetil-xantina) C C
O N N
O H
CH3 CH3
C N
HN C
CH Cacao
C C
O N N Teobromina (3, 7- dimeti-xantina)
CH3
Bas e s nitroge nadas poco comune s
NH 2 NH 2
C CH3 C CH2OH
N C N C
C C C C
O N O N
H 5-metil-citosina
H
5-hidroximetil-citosina
H3 C CH3
N
O
CH3
C N C
N C N
HN C
CH
CH
HC C
N C C
N N
H 2N N
H
Dimeti-Adenina 7-metil-guanina
Conformacione s s yn y anti
syn-Adenosina anti-Adenosina
Fórmula de la Base Nombre de la Base Nombre del Nombre del
nitrogenada nitrogenada nucleósido nucleótido
NH2
C
N C
N
Adenosina 5’
CH Adenina Adenosina monofosfato AMP
HC C
N N
H
O
C
HN C
N
Guanosina 5’
CH Guanina Guanosina monofosfato GMP
C C
H2N N N
H
HN
N
C
C
CH Uracilo Uridina Uridina 5’
monofosfato UMP
C C
CH
O N
NH 2
C Citidina 5’
N C
CH Citosina Citidina monofosfato CMP
C C
O N
CH3 Timidina 5’
HN
C
C Timina Timidina monofosfato TMP
C C
CH
O N
1. Nucleósidos: 2. Nucleótidos:
Adenosina 5’ monofosfato
Adenosina AMP
Funcione s :
• P rincipa l tra ns ductor e ne rgé tico.
• P re curs or de coe nzima s .
• El AMP e s compone nte de los
Ade nos ina 5’ trifos fato
ATP á cidos nucle icos .
Hidrólis is de l ATP para producir e ne rgía
P rincipa l
tra ns ductor de
e ne rgía
Producto y
S us trato e n la
fos forilación oxidativa
De rivados de l AMP
Coenzima R R’ R” n
S-Adonosil-
metionina Metionina* H H 0
Adenilatos de Aminoácido
aminoácidos H H 1
3’ 5’ AMPcíclico H H PO3-2
NAD+ H H 2
NADP+ PO3-2 H 2
FAD+ H H 2
CoA~SH H PO3-2 2
Funcione s :
• S uccinil CoA S uccina to (ciclo
Kre bs )
• Re gula dor y fue nte de e ne rgía pa ra
la s ínte s is de prote ína s .
Guanos ina 5’ Trifos fato • El GMP e s compone nte de los
GTP á cidos nucle icos .
S e gundos me ns aje ros
AMPc GMPc
Funcione s :
• Inte rvie ne e n la s ínte s is de
fos foglicé ridos .
• El CMP e s compone nte de
los ácidos nucle icos .
Función:
• El TMP e s compone nte de l ADN.
ACIDOS NUCLEICOS
P olíme ros de nucle ótidos monofos fa tos púricos y pirimidínicos , unidos
por e nla ce s fos fodie s te r.
ribos a De s oxirribos a
ARN ADN
Ácido ribonucle ico Ácido de s oxirribonucle ico
Comparación entre el ADN y el ARN
ACIDO DESOXIRRIBONUCLEICO
(DNA)
5´
3´
3´ 5´
ADN circular
Apare amie nto de bas e s e n e l ADN