Aminoácidos naturales

Si R≠H (glicina), el C es quiral, y

H2N O también el aminoácido. Casi todos
los aminoácidos naturales en los
mamíferos poseen configuración
CH C “S” (según la nomenclatura de

Cahn, Ingold y Prelog), o
pertenecen a la serie “L” según la
R OH nomenclatura de Fischer.

COOH COOH CHO

H2N H HO H
H2N
R
H R CH2OH

(S)-aminoácido L-(-)-gliceraldehído

TODAS las proteínas de TODOS los seres vivos están constituídas por los
mismos 20 aminoácidos
 Aminoácidos hidrofóbicos
Me
Me

H H Me H
Me H Me H

H2N COOH H2N COOH

H2N COOH H2N COOH

glicina GLY G alanina ALA A valina VAL V leucina LEU L

HN
Me
H
H
H
Me H

N COOH
H2N COOH H
H2N COOH
H2N COOH

isoleucina ILE I f enilalanina PHE F triptof ano TRP W prolina PRO P

Aminoácidos que contienen OH:

Me

HO H HO H
HO H

H2N COOH H2N COOH

H2N COOH

serina SER S treonina THR T tirosina TYR Y

En azul: aminoácidos esenciales

 Aminoácidos que contienen S:
Me
HS H
S H

H2N COOH
H2N COOH
cisteína CYS C metionina MET M

Amioácidos que contiene N adicional (solamente)

NH
N H2N H
H H
H2N N
N H
H H2N COOH
H2N H2N COOH
COOH

histidina HIS H lisina LYS K arginina ARG R

Aminoácidos que contienen un C=O adicional

H2N-OC
HOOC H O HOOC
C
H2N H H
H
H2N COOH
H2N COOH H2N COOH
H2N COOH

ácido D asparagina ASN N ácido GLU E glutamina GLN Q

ASP
aspártico glutámico
Aminoácidos “raros” o poco corrientes
HO OH

H2N COOH

COOH
N
H NH2

4-hidroxiprolina 5-hidroxilisina

COOH COOH H2N

H2N COOH COOH
H NH2 H NH2

ácido -aminobutírico -alanina

CH2CH2COOH CH2OH

ácido (R)-glutámico (R)-serina

ácido D-glutámico D- serina Vitamina
GABA
ácido
neurotransmisor pantoténico
Paredes Gusanos
celulares de de tierra
bacterias
Estructura polar de los aminoácidos.
AA Punto de Solub, 25 ºC
 25D pK1 pK2 pK3 Pto. Isoelectrico Cadena
descomp., ºC g/100 ml Lateral

GLY 233 25 2.35 9.78 6.0 -H

ALA 297 16.7 +8.5 2.35 9.87 6.0 -CH3
VAL 315 8.9 +13.9 2.29 9.72 6.0 -CH(CH3)2
LEU 293 2.4 -10.8 2.33 9.74 6.0 -CH2CH(CH3)2
ILE 284 4.1 +11.3 2.32 9.76 6.0 -CH(CH3)CH2CH3
MET 280 3.4 -8.2 2.17 9.27 5.7
-CH2CH2-S-CH3
PRO 220 162 -85.0 1.95 10.64 6.3
-CH2-CH2-CH2-(N)
PHE 283 3.0 -35.1 2.58 9.24 5.5
-CH2-Ph
TRP 289 1.1 -31.5 2.43 9.44 5.9
-CH2-Indol
SER 228 5.0 -6.8 2.19 9.44 5.7
-CH2-OH
THR 225 Muy grande -28.3 2.09 9.10 5.6
CYS +6.5 1.86 8.35 10.34 5.0 -CH(OH)CH3 Tiol

TYR 342 0.04 -10.6 2.20 9.11 10.07 5.7 -CH2-SH Grupo Ph-OH

ASN 234 3.5 -5.4 2.02 8.80 5.4 -CH2-Ph-OH (p)

GLN 185 3.7 +6.1 2.17 9.13 5.7 -CH2-CO-NH2
ASP 270 0.54 +25.0 1.99 3.90 10.00 2.8 COOH
-CH2CH2-CO-NH2
GLU 247 0.86 +31.4 2.13 4.32 9.95 3.2 COOH
-CH2-CO-OH
NH2
LYS 225 Muy grande +14.6 2.16 9.20 10.80 9.7 -CH2CH2-CO-OH
ARG 244 15 +12.5 1.82 8.99 13.20 10.8 Guanidino
-CH2CH2CH2NH2
HIS 287 4.2 -39.7 1.81 6.05 9.15 7.6 imidazol
-CH2CH2CH2NH(C=NH)NH2
H2N O H3N O

H OH H O
zwitterion
 Propiedades ácido base:
H3N O H3N O
H H

+
H
O
H
+ O
Keq1
R OH R O H

H2N O
H-H2N O H H

+ H
O
H
+ O
Keq2
R O H
R O

[ H 3O  ].[ H 3 N  CHRCOO  ] [ H 3O  ].[ H 3 N  CHRCOO  ]

Keq1  
 K a1 
[ H 3 N CHRCOOH ].[ H 2O] [ H 3 N  CHRCOOH ]
[ H 3O  ].[ H 2 NCHRCOO  ] [ H 3O  ].[ H 2 NCHRCOO  ]
Keq2   
 K a2 
[ H 3 N CHRCOO ].[ H 2O] [ H 3 N  CHRCOO  ]
0  
0   [ A ] [ A ] [ A ]
[ A]0  [ A ]  [ A ]  [ A ]  1   
[ A]0 [ A]0 [ A]0
Distribución de especies: glicina
pKa1=2.35 Ka1=4.467 x 10-3
pKa2=9.78 Ka2=1.66 x 10-10

O O O

H3N H3N H2N

C OH C O C O
H2 H2 H2
Curva de titulación. Punto isoeléctrico.
La distribución de especies en los aminoácidos como función del pH se evidencia
también a través de la curva de titulación que se obtiene agregando una base a
una solución de compuesto. En la figura se muestra la correspondiente a la
glicina.
Se denomina Punto Isoeléc-
trico al pH en el cual el ami-
noácido se encuentra
mayoritariamente como
zwitterion (el balance de
cargas = 0), y es el pH de
menor solubilidad del AA.

Puede demostrarse que el pI

es el promedio de los pK de
las etapas que forman y
descomponen el zwitterion
 O O

[ A ][ H  ]
K a1 
H3N H3N
C OH C O + H+
H2 H2
[ A ]
O O

[ A ][ H  ]
H3N H2N
+ H+ K a2 
[ A ]
C O C O
H2 H2

K a1 .C0 .[ H  ] C0  [ A  ]  [ A  ]  [ A  ]
[ A ] 
[ H  ]2  K a1 [ H  ]  K a1 .K a2
d[ A ] 
K a1 .C0 .( K a1 .K a2  [ H  ]2 )

d [ H ] [ H  ]2  K a1 [ H  ]  K a1 .K a2


K a1 .K a2  [ H  ]2  0  K a1 .K a2  [ H  ]2 
1 
pK a1  pK a2
 log(K a1 .K a2 )   log[H ]  pH  pI 
2 2
pIglicina=(2.3+9.6)/2=6
 AA neutros, ácidos y básicos

Pueden clasificarse los AA como neutros, ácidos o básicos dependiendo de los

grupos con estas caracteristicas presentes en la cadena lateral:
AA ácidos:
pI=2.77 O O pI=3.22 O

O
OH pK1=1.88 HO OH pK1=2.19

pK2=3.65 OH NH3 pK2=4.25 NH3

pK3=9.60 pK3=9.67

Ácido aspártico Ácido glutámico

pI=5.07 pI=5.66 O
O

HS OH pK1=1.96 OH pK1=2.20
pK2=10.28
NH3 NH3
HO
pK3=8.18 pK3=9.11
pK2=10.07
cisteína tirosina
 O
O

O
O
OH
O pKa1=1.88
OH NH3
+ H+
OH NH3

O
O

O
O
O
O pKa2=3.65
+ H+
OH NH3
O NH3

O O

O O
O O
pKa3=9.60
+ H+
O NH3 O NH2

pI=(1.88+3.65)/2=2.77
AA básicos
pK3=12.48
O NH O

(CH2)4 (CH2)3
H2N OH pK1=2.18 H2N N OH
H
pK2=10.53 pK1=2.17
NH3 NH3

pK3=8.95 pK2=9.04

pI=9.74 pI=10.76

lisina
O arginina

OH
N
pK1=1.82
pK2=6 NH NH3

pK3=9.17

histidina
pI=7.59
 O O

OH O
HN HN pKa1=1.82
+ H+
NH NH3 NH NH3

O O

O O
HN N
+ H+ pKa2=6.00
NH NH3 NH NH3

O O

O O
N N
+ H+ pKa3=9.17
NH NH3 NH NH2

pI=(6.00+9.17)/2=7.59
 Electroforesis
Las diferencias entre los puntos isoeléctricos se utilizan para separar aminoácidos.
En el centro de una placa recubierta con gel de acrilamida o en un papel de filtro
embebido con una solución buffer a un determinado pH, se coloca la mezcla de
aminoácidos que se desea separar. Los diferentes AA están presentes en distintas
formas (catiónicas, zwitterión o aniónicas) dependiendo del pH. Aplicando una
diferencia de potencial entre un cátodo y un ánodo, se producirá una migración hacia
uno u otro dependiendo de la carga de la especie. La técnica se denomina
electroforesis. A modo de ejemplo, considerese una mezcla de alanina, lisina y
ácido aspártico a pH=6
O

H3C pI=6.0 = pH
O

NH3
O

(CH2)4
H3N O pI=9.7 > pH
NH3
O

O
O pI=2.8 < pH
O NH3
 Reacciones de aminoácidos

Los AA experimentan muchas de las reacciones standard de aminas y ácidos

carboxílicos. Las condiciones deben seleccionarse cuidadosamente para que un
grupo no interfiera con el otro. Para evitar esto, se “protege” un grupo mientras se
hace reacciona el otro:

Esterificación: se utiliza para proteger el grupo carboxilo. Exceso de alcohol y

un catalizador ácido, habitualmente HCl gaseoso:
O O
H2
C
O
Ph-CH2-OH O Ph Cl-
HCl
NH2 NH2

prolina
90%
O O

H2
C
H3O+
Ph O CH3 Ph OH + HO CH3

NH3 NH3
Éster etílico de la
fenilalanina
Formación de enlaces peptídicos
R R' R O

+ - H2O
HOOC N
NH3
HOOC NH3 HOOC NH3 H

R'

Enlace peptídico

R O R O

NH3 NH3 Un dipéptido

HOOC N HOOC N
H H
R' R'
 Ala-Ser-Gly: un péptido (tri). Se nombra comenzando por el extremo N-terminal
(grupo amino libre) y agregando el sufijo il a cada aminoácido (“residuo”)
implicados salvo el último, que se nombra completo:
Alanil-serinil-glicina

El enlace peptídico

O R' O R'

H2N OH H2N OH
N N
H H

R O R O

La distancia de enlace determinada por Pauling y Corey para el enlace peptídico fue de
1.32 Å, intermedia entre los 1.49Å de un enlace simple C-N y los 1.27Å de un enlace
doble C=N.
Dado el caracter parcial de doble enlace del enlace peptídico, podemos encontrar dos
conformaciones en de dicho enlace, las conformaciones (s)-cis- y trans-. En la
conformación trans- los dos carbonos alfas de residuos adyacentes se situan en
diferente lado del enlace peptídico, en esquinas opuestas del rectángulo formado por el
grupo peptídico, mientras que en la conformación cis- están en el mismo lado del
enlace peptídico y se situan por tanto más cerca uno del otro. En general, la
conformación preferida será la (s)-trans.
O R' O

NH OH
H2N OH
N H2N
H

R O R R' O

Una excepción la constituyen los enlaces peptídicos en los que está implicada la prolina.
En estos enlaces la conformación cis- sólo presenta pequeños impedimentos estéricos
respecto a la trans-. Alrededor del 6% de los residuos de prolina analizados por
cristalografía de rayos X se encuentran en conformación cis-.
O R' O

H NH OH
N OH
N
H HN

O R' O
Péptidos
Me H HO H

H2N COOH H2N COOH

Alanina (Ala) Serina (Ser)

HO HO
O O
Me
H H H
H
Me
N H N
OH
H O H2N H O
H OH
NH2
HO HO
ala ser
HO O H

Me O
H N OH
H -H2O Me
H N H
O H
H2N OH H NH2 O

HO OH
Dipéptido: ala-ser
Estructuras de los aminoácidos aislados de proteínas y miembros importantes
naturales

Proteínas: compuestos que son polímeros lineales de -aminoácidos y que

cumplen una gran variedad de funciones en los seres vivos. Su P.M. puede ser
de hasta 40.000.000 de u.a.
Tipo Ejemplo Funciones del ejemplo
Proteínas estructurales colágeno, queratina tendones, piel, uñas, pelo
Enzimas ADN polimerasa cataliza la reparación y
replicación del ADN

Proteínas de transporte Hemoglobina transporte de O2 a las

células
Proteínas contráctiles actina, miosina producen la contracción de
los músculos
Proteínas protectoras anticuerpos complejan las proteínas
extrañas
Hormonas Insulina regula el metabolismo de la
glucosa
Toxinas veneno de las serpientes incapacita a las presas
Estructura Terciaria
Estructura cuaternaria