QUÍMICA COMBINATORIA EN

BIOMEDICINA: UNA NUEVA

ESTRATEGIA EN EL DESARROLLO
DE ANTIBIÓTICOS
M. VILAR, T. CARBONELL Y E. PÉREZ-PAYÁ DEPARTAMENTO DE BIOQUÍMICA
Y BIOLOGÍA MOLECULAR, UNIVERSIDAD DE VALENCIA, C/ DR. MOLINER
NO 50, 46100 BURJASSOT (VALENCIA).

HERNANDEZ PAZ DANIEL ALDAIR

QUÍMICA INDUSTRIAL

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TÓPICOS SELECTOS DE QUÍMICA ORGÁNICA

INTRODUCCIÓN

• Tras varias décadas de uso abusivo e indiscriminado de los antibióticos se ha llegado a una situación en
la que se han seleccionado cepas bacterianas resistentes y que, por tanto, tienen incrementada la
virulencia del patógeno en su mecanismo de infección. La propagación de estas cepas resistentes a los
antibióticos hoy conocidos (unos 160 compuestos) (1) es un grave problema y se apunta como una de
las principales causas de muerte en el próximo milenio. Basta con mencionar que enfermedades como
la tuberculosis, la fiebre tifoidea, la meningitis, la neumonía y las septicemias son cada vez más
frecuentes en zonas donde se pensaba que ya estaban erradicadas;
• Un ejemplo de esta situación lo tenemos en Streptococcus pneumoniae, que en los años 1940 era
sensible a la penicilina; concentraciones tan bajas como 0,01 µg/ml no sólo inhibían su crecimiento sino
que, además, provocaban su lisis. En cambio, tras varios años de tratamiento con penicilina, la
concentración mínima inhibitoria (CMI) pasaba a ser mayor de 4-8 µg/ml (ya en la década de 1970).
Estas cepas de S. pneumoniae no sensibles a la penicilina se han distribuido por todo el mundo y, más
aún, la mayoría de ellas han desarrollado también resistencia a otros antibióticos como la eritromicina,
la tetraciclina, la asociación trimetoprima-sulfametoxazol y el cloranfenicol. Por todo esto, actualmente
es uno de los patógenos más peligrosos y temidos.

• Esta nueva técnica es la química combinatoria y posibilita la síntesis de quimiotecas, tanto de péptidos
como de moléculas orgánicas no peptídicas, consiguiendo una diversidad química elevada y la
realización del ensayo biológico en un tiempo récord.
QUIMIOTECAS COMBINATORIAS
• Una Quimiotecas se define como una colección de compuestos, desde decenas hasta millones, que se
preparan simultáneamente por medio de síntesis múltiple. Estas Quimiotecas destacan por contener todas las
combinaciones posibles de una misma clase de compuestos.

• Todas las Quimiotecas elaboradas hasta ahora se basan en la síntesis de péptidos en fase sólida y se pueden
dividir en tres categorías. La primera utiliza las técnicas de biología molecular, donde secuencias de péptidos
son "presentadas" en la superficie de las proteínas de cubierta de fagos filamentosos.

• La segunda categoría de Quimiotecas implica el uso de síntesis química y ensayo biológico posterior sobre
soportes sólidos: la síntesis de los compuestos se realiza acoplada a un soporte sólido y, al finalizar la síntesis,
las moléculas quedan unidas a éste; así, los ensayos se realizan con las moléculas inmovilizadas en el soporte ,
lo que limita el tipo y la calidad del ensayo.
• La tercera categoría, que opinamos es la más interesante para su aplicación en el campo
antimicrobiano, se basa en Quimiotecas sintéticas solubles, donde los compuestos sintetizados sobre el
soporte sólido son posteriormente escindidos por métodos químicos. Una vez en disolución se pueden
aplicar a cualquier tipo de ensayo biológico que se diseñe convenientemente y la información obtenida
es mucho más representativa. Además, por ser esta categoría la más utilizada en la obtención de
Quimiotecas de compuestos orgánicos y con la que mejores resultados se han obtenido en la
identificación de antibióticos, describiremos con cierto detalle el procedimiento sintético y sus
posibilidades de aplicación.
QUIMIOTECAS SINTÉTICAS SOLUBLES

• Las Quimiotecas sintéticas solubles se preparan mediante síntesis múltiple en fase sólida . La primera
unidad que se incorpora quedaría covalentemente unida a un soporte sólido, que es un polímero en
forma de perla (llamado resina) que contiene grupos reactivos donde puede crecer el péptido.
• Posteriormente las moléculas son escindidas del soporte y el péptido (o molécula orgánica) así liberado
queda en disolución
PROCESO INTERACTIVO
• En este proceso se identifica, en cada paso de descodificación, un aminoácido para una posición definida de la
secuencia activa. Las primeras Quimiotecas que se crearon consistían en secuencias de seis aminoácidos. Un
ejemplo sería la fórmula Ac-O1O2XXXX-NH2, donde O1O2 son las dos primeras posiciones que se definen con un
aminoácido determinado: AA, AC, AD... hasta VY, WY, YY (utilizando el código de una letra para cada
aminoácido), para un total de 400 combinaciones (202). En cada una de estas 400 combinaciones las X hacen
referencia a una mezcla equimolar de 19 de los 20 L-aminoácidos naturales (la cisteína se omite en las X, pero no
así en las posiciones definidas, representadas como O), lo que hace un total de 130.321 posibles combinaciones
(194). Así, cada una de las 400 mezclas se compone de 130.321 (194) péptidos y, en total, en la Quimiotecas
tendríamos 52.321.400 (400 x 194) péptidos. Cada una de estas 400 mezclas se somete, por separado, al ensayo
biológico de interés para identificar los aminoácidos más activos en las posiciones O1O2, que corresponden a RR.
Seguidamente se procede a la síntesis de ya sólo 20 nuevas mezclas, Ac-RRO3XXX-NH2, y al ensayo e
identificación del aminoácido más activo en la posición O3, que resulta ser, y así sucesivamente hasta encontrar
las secuencia más activa, que en este caso, a modo de ejemplo, sería Ac-RRWCKR-NH2.
RASTREO POSICIONAL

• En las quimiotecas combinatorias en formato de rastreo posicional lo que se trata es de sintetizar tantas
subquimiotecas como aminoácidos contenga la secuencia y, en cada una de ellas, definir una posición, y
las restantes son mezclas equimolares de los aminoácidos (26). Por ejemplo, en el caso de una
secuencia de seis aminoácidos tendremos seis subquimiotecas posicionales diferentes, cada una de las
cuales tendría la siguiente forma: Ac-O1XXXXX-NH2, Ac-XO2XXXX-NH2, Ac-XXO3XXX-NH2, Ac-XXXO4XX-
NH2, Ac- XXXXO5X-NH2, Ac-XXXXXO6-NH2 (donde O1, O2... O6vendrían ocupadas por los 20 aminoácidos)
(Fig. 2). En total hay 120 mezclas (6 posiciones definidas ´ 20 aminoácidos posibles para ocuparlas) y
cada una de ellas cuenta con 2,5 millones de combinaciones posibles (195); así, cada una de las seis
subquimiotecas contiene unos 50 millones (20 x 195) de hexámeros diferentes.
DESARROLLO DE NUEVOS ANTIMICROBIANOS
UTILIZADOS QUIMIOTECAS SOLUBLES
• Quimiotecas de L-aminoácidos
• Las Quimiotecas de péptidos fueron las primeras en sintetizarse, debido a que los métodos de síntesis
peptídica son los mejor desarrollados. Además, aunque tradicionalmente no se han utilizado como
agentes terapéuticos por su baja biodisponibilidad oral y su alta degradabilidad enzimática, tanto los
insectos como los mamíferos y las plantas liberan péptidos de bajo peso molecular como uno de sus
primeros sistemas defensivos para luchar contra las infecciones bacterianas . Debido a que poseen un
mecanismo de acción diferente al de los antibióticos clásicos (los péptidos generalmente ejercen su
acción alterando las propiedades de permeabilidad de las membranas bacterianas) , los péptidos
pueden desempeñar un importante papel como nuevos agentes en la lucha contra las cepas
bacterianas resistentes que van apareciendo y, de hecho, hay péptidos que se vienen utilizando como
antibióticos, por ejemplo la polimixina y la bacitracina. De ahí que varias de estas Quimiotecas se hayan
utilizado para la identificación de compuestos con actividad antimicrobiana.
RESULTADO

• El laboratorio liderado por Richard Houghten (Torrey Pines Institute for Molecular Studies, San Diego,
California, EE.UU.) fue el primero en utilizar las quimiotecas solubles para este fin. A partir de una
quimioteca de hexapéptidos encontraron secuencias peptídicas que tenían una alta actividad
bactericida a concentración micromolar frente a bacterias grampositivas y gramnegativas y frente a la
levadura Candida albicans, mientras que eran inocuas para los eritrocitos. Sus actividades
antimicrobianas frente a cepas resistentes de S. aureus, E. coli, P. aeruginosa y C. albicans
PÉPTIDOS CON AMINOÁCIDOS Y CON AMINOÁCIDOS
NO NATURALES

• Como se ha comentado anteriormente, el principal problema de los péptidos constituidos por L-

aminoácidos naturales es su baja estabilidad (por ejemplo frente a las proteasas), con lo que se dificulta
su utilización como agentes terapéuticos. Una forma de prolongar la vida media de los péptidos
antibacterianos en el organismo es incorporar en las quimiotecas D-aminoácidos u otros aminoácidos
no naturales que, al no ser reconocidos por las proteasas, son mucho más resistentes a su degradación
y resultan más interesantes como agentes terapéuticos.
RESULTADO

• La primera posición de la quimioteca consistía en un aminoácido definido, que podía ser uno de los 58
aminoácidos diferentes de que disponían los autores (posición U). Las tres posiciones restantes (Z)
consistían en mezclas equimolares de 56 de los mismos aminoácidos (L- y D-cisteína se omitieron). Por
tanto, la quimioteca era de la forma Ac-UZZZ-NH2. Se obtuvieron así 58 subquimiotecas con 175.616
(562) tetrapéptidos individuales cada una, en total 10.185.728 tetrapéptidos diferentes. Después del
rastreo mediante el método iterativo se obtuvo una serie de compuestos con una gran actividad
antimicrobiana. A diferencia de los péptidos comentados anteriormente, estos antibióticos parecen ser
bacteriostáticos y además tienen una actividad hemolítica menor que los péptidos con L-aminoácidos.
CONCLUSIONES

• La aparición de cepas de bacterias resistentes a los antibióticos en uso, mediante selección natural o
forzada por su empleo incontrolado, se plantea como un problema de interés sanitario general. Las
nuevas y revolucionarias tecnologías de síntesis química y la automatización de los ensayos están
poniendo millones de moléculas a disposición de los procesos de identificación de nuevos antibióticos.
• La aplicación de la química combinatoria al desarrollo de fármacos permitirá el descubrimiento de
compuestos químicos que contribuirán a la identificación de nuevos fármacos cabeza de serie. Será
después de la optimización farmacológica de los mismos cuando estemos en condiciones de
proporcionar a la comunidad médica en general nuevas moléculas que, con mucho, sean más eficaces
en el tratamiento de las infecciones; moléculas que podrían escapar a los mecanismos enzimáticos de
defensa que posee el huésped y que, por lo tanto, ejercerían su función sin ningún tipo de interferencia,
o moléculas que mejoraran las propiedades antibióticas de algunas ya existentes.
BIBLIOGRAFIA

• http://www.seq.es/seq/html/revista_seq/0498/edit1.html