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El RNAm procariota no es modificado postranscripcionalmente ya que su secuencia representa la misma que va a ser traducida.

Los RNA eucariotas son sintetizados en forma de precursores los cuales deben sufrir posteriores transformaciones para cumplir funciones determinadas.

Los precursores que darn lugar a los RNAm, RNAt y RNAr eucariticos deben sufrir modificaciones mucho ms complejas, no solo para ser funcionales sino tambin para su posterior salida del ncleo, donde son sintetizados. Cada tipo de RNA sufre modificaciones especficas y por tanto son llevadas a cabo por bateras enzimticas diferentes.

Estudios in vitro del RNAm han revelado que sus extremos no coinciden con los del RNAhn correspondiente. El extremo 5 est modificado por una estructura llamada caperuza mientras que el extremo 3 se encuentra poliadenilado.

Cuando el RNAm se trata in vitro con enzimas que deben degradarlo hasta nucletidos individuales no se obtiene el esperado nuclesido trifosfato correspondiente al extremo 5 del transcripto primario. En su lugar se encuentran dos nucletidos conectados por una unin 5--5 que contienen adems grupos metilos. Con la adicin de un nuevo residuo de G al extremo 5 del transcripto primario de manera invertida con respecto a los dems nucletidos, se genera una estructura que simula una tapa o caperuza, y de ah su nombre, la cual es sustrato para diferentes fenmenos de metilacin.

La adicin del nuevo residuo de G al extremo 5 terminal est catalizada por la enzima nuclear guanidil-transferasa. La reaccin ocurre tan inmediatamente despus que se haya iniciado la transcripcin que solo se pueden detectar cantidades vestigiales del exrtemo trisfosfato original. La reaccin global se puede representar como la condensacin entre el GTP y el extremo trifosfato 5: Gppp + pppApNpNp GpppApNpNp + pp + p

Cap: se encuentra metilada la posicin 7 de la guanina terminal. Tiene lugar en todos los eucariotas. En eucariotas unicelulares este es el nico evento de metilacin sobre la estructura. La enzima responsable del proceso se llama guanina-7- metil transferasa.

Cap1: la estructura cap puede continuarse metilando en la posicin 2O del segundo nucletido (que anteriormente era el primero). Esta estructura se encuentra en todos los eucariotas a excepcin de los unicelulares. La reaccin es catalizada por la 2O metil transferasa. En una pequea minora de los eucariotas superiores sobre cap1 puede aadirse otro metilo sobre la segunda base en caso de que esta sea una A. La reaccin comprende la adicin de un nuevo grupo metilo al N6 de la A por una enzima cuyo sustrato es una adenosina que ya ha sido metilada en la posicin 2O.
Cap 2: esta estructura se forma por la adicin de un nuevo metilo a la estructura cap1. Este grupo metilo es aadido a la posicin 2O del tercer nucletido. Se encuentra solo en algunas

En el extremo 3 de los RNAm maduros se encuentran unos 200 residuos de A los cuales no estn codificados por el DNA correspondiente sino que se aaden luego de haber culminado la sntesis del RNA. A esta estructura se le conoce como cola de poli A y se obtiene por la adicin de nucletidos de A al extremo 3 OH libre del RNAm por la enzima nuclear polia Apolimerasa.

La cola de poli A tanto del RNAm como del nuclear se asocia con una proteina llamada protena ligadora de polia A (PABP de las siglas en ingls Poli A Binding Protein). Por cada 10-20 bases de A se encuentra un monmero de 70 kDa de PABP de manera que la cola de poli A se encuentra asociada a una gran masa proteica.

En algunas situaciones la cola de PoliA le confiere estabilidad al RNAm. La eliminacin de la cola de poliA precede a la degradacin de algunos RNAm aunque no ha sido establecida una relacin universal poliAestabilidad.
La cola de PoliA tambin est relacionada con el proceso de traduccin. Estudios in vitro han revelado que tanto la eliminacin de la cola de poliA como la eliminacin de PABP inhiben la traduccin de los RNAm. En algunos casos los RNAm se almacenan no poliadenilados y se agrega la cola de poliA solo cuando es necesaria su traduccin. Se ha encontrado tambin que cuando los RNAm se desadenilan la tasa de traduccin tambin se reduce.

Los genes fragmentados se encuentran en todas las clases de organismos. Estos representan una minora en los eucariotas inferiores y la gran mayora en eucariotas superiores. Los genes varan ampliamente de acuerdo al nmero y tamao de los intrones pero un gen tpico de mamferos tiene entre 7 y 8 exones en aproximadamente 16 kb.

Durante el procesamiento del RNA los intrones deben ser eliminados, quedando una cadena que contiene la informacin que ser traducida posteriormente en los ribosomas. Este proceso mediante el cual se eliminan los intrones es conocido como splicing y tiene lugar en el ncleo de la clula.

El proceso de splicing, dicho en trminos generales, comprende una serie de reacciones donde el intrn es cortado en sus extremos y luego los exones colindantes son unidos. Los lmites intrn-exn constituyen los puntos de ruptura y reunin y son los llamados puntos de splicing. Entre los extremos de un intrn no existe homologa pero en las uniones tienen cortas secuencias bien conservadas: GT hacia el extremo 5 (su correspondiente en el RNA sera GU) y AG en el extremo 3. Por tanto se conoce un intrn genrico como GTAG. El hecho de que los dos sitios tengan secuencias diferentes le confiere direccionalidad al proceso, establecindose dos sitios de splicing: sitio de splicing izquierdo o 5 y sitio de splicing derecho o 3 (Fig. 4).

La regla GT-AG describe los sitios de splicing de los genes nucleares de muchos eucariotas (tal vez todos). Esto implica que hay un mecanismo comn de splicing del RNA. Los consensos no se aplican a los intrones de las mitocondrias ni de los cloroplastos ni tampoco a los genes tRNA de la levadura.