En eucariotas, la de RNA Pol II lleva acabo la transcripción de genes codificadores de

proteínas, la Pol I, lo hace para los genes codificantes de rRNA grandes y la Pol III para
los tRNA y el precursor rRNA 5S.
La transcripción al igual que la replicación se subdivide en tres grandes etapas: la
iniciación, la elongación y la terminación.
 En la iniciación la RNA Pol se une en conjunto con factores de iniciación a una
secuencia de DNA en denominada promotor. En esa región se abre una
horquilla de transcripción y se sintetiza un fragmento de ~10 nt.
 En la elongación la RNA Pol lleva a cabo varias actividades durante la síntesis
del transcrito; abre el DNA por delante y lo vuelve a cerrar por detrás, disocia el
RNA en crecimiento de la plantilla y realiza funciones de corrección de pruebas.
 Para la terminación, una vez la enzima ha llevado a cabo la transcripción del gen
o de genes se detiene disociándose del template. En algunas células se sabe de
una señal de terminación en la secuencia, en otras aún no es claro qué ocasiona
la disociación.
INICIACIÓN
La iniciación está subdivida en tres pasos:
1. La formación de un complejo cerrado constituido por los factores de iniciación y
la Pol.
2. La transición hacia un complejo abierto en el que se forma la burbuja de
replicación de ~13 pb.
3. La Pol entra a la fase de la transcripción y el escape del promotor.
TRANSCRIPCIÓN EN PROCARIOTAS
Promotor
 La única RNA Pol de las procariotas se sabe que bajo condiciones in vitro puede
iniciar la transcripción en cualquier punto del DNA, sin embargo, in vivo, la Pol
solo la inicia en los promotores. Esto lo hace gracias a su unión con un factor de
iniciación denominado ‘factor sigma’ que incrementa la afinidad de la enzima
por regiones promotoras. A este complejo se le llama RNA Pol holoenzima.
 Los promotores que son reconocidos por esta holoenzima comparten la siguiente
estructura característica: dos secuencias conservadas de 6 nt separadas por un
tramo inespecífico de 15-19 nt. Las dos secuencias están centradas a ~10 pb y
~35 pb corriente arriba del inicio de la síntesis.

 Si bien en general se dice que las secuencias son conservadas, existen grados de
variación entre un promotor y otro. La comparación de muchos tipos diferentes
de promotores permitió definir, con base en los nucleótidos más comunes
encontrados en cada posición, las secuencias consenso TATAAT (-10) y
TTGACA (-35). Los promotores que se ajustan más estrechamente a la
secuencia consenso son más efectivos en la unión de la ARN polimerasa. Dichos
promotores se denominan promotores fuertes y son muy útiles en ingeniería
genética. Los promotores de genes que codifican proteínas abundantes son
mucho más fuertes que los asociados con genes que codifican proteínas raras, y
las secuencias de nucleótidos de sus promotores son responsables de estas
diferencias.

 Existen otros tipos de promotores bacterianos, por ejemplo, los encontrados en

los genes codificadores de rRNA, los cuales poseen un elemento de unión a la
holoenzima adicional denominado UP-element. Esta secuencia potencializa la
expresión de los rRNAs. Otro es el caso de los que carecen de una secuencia
-35, pero en su lugar, tienen una secuencia de extensión a -10. Finalmente, una
secuencia llamada discriminador es encontrada en algunos promotores, y es
determinante de la estabilidad de la enzima y el promotor.
Factor sigma
 El factor σ70 es subdivido en cuatro regiones (σ1-4). La regiones 2 y 4 son las
que reconocen las secuencias -10 y -35 respectivamente.

 La posición -35 cumple la función de brindar soporte de unión de sigma,

mientras que la -10 sí está más involucrada en el inicio de la transcripción. Esto
último es debido a que, es en esa región donde ocurre la desnaturalización inicial
del DNA y la estabilización de esta gracias a la presencia de aminoácidos
aromáticos.
 En caso de presentarse una región extendida de -10 y un discriminador, la región
3.0 y 1.2 interaccionarían con tales elementos, respectivamente.
 En el caso de que haya la presencia de un elemento-UP, este no interacciona con
sigma, sino con un dominio C-terminal de la subunidad alfa de la Pol (αCTD).
Este dominio se encuentra unido al αNTD encontrado en el cuerpo de la enzima
mediante un conector flexible.

Transición a un complejo abierto

 La primera etapa de la iniciación está dada por la unión de la holoenzima al
promotor como un complejo cerrado. Allí, el DNA aún se encuentra en forma
bicatenaria.
 La segunda etapa corresponde a la transición hacia un complejo abierto que
involucra una serie de cambios estructurales (isomerización) en el complejo.
Esta transición desemboca en la apertura de la doble hélice que permite revelar
el template a utilizar para la síntesis. Este cambio no requiere energía liberada de
 la hidrólisis de ATP, sino simplemente es un cambio espontáneo hacia una
forma energéticamente favorable.
 La isomerización es un proceso que es irreversible, lo que quiere decir que, una
vez completada garantizará el inicio de la transcripción. En contraste, la
formación del complejo cerrado es reversible, la holoenzima puede tanto
disociarse del promotor como pasar a un complejo abierto.

Fase de transcripción
 A diferencia de las DNA polimerasas, las RNA polimerasas no requieren un
primer para empezar la síntesis de RNA.
 Esta hazaña requiere varias condiciones: que la plantilla de ADN se lleve al sitio
activo de la polimerasa y se mantenga estable en una conformación helicoidal;
que el ribonucleótido iniciador se lleve al sitio activo y se mantenga estable en la
plantilla mientras que el siguiente NTP se presenta con la geometría correcta
para que la polimerización ocurra.
 Esto es particularmente difícil porque la ARN polimerasa comienza la mayoría
de las transcripciones con una A, y ese ribonucleótido se une al nucleótido
molde (T) con solo dos enlaces de hidrógeno.
 Durante la etapa inicial la RNA Pol sintetiza fragmentos de ARN de >10 pb
(síntesis abortiva) antes de escapar del promotor y entrar a la fase de elongación.
Esto se da debido a que el centro activo de la ARN polimerasa se transloca hacia
adelante en relación con la plantilla de ADN y sintetiza transcripciones cortas
antes de abortar, luego repite este ciclo hasta que se escapa. No está claro por
qué la ARN polimerasa debe pasar por este período de iniciación abortiva antes
de lograr el escape
 No está claro por qué la ARN polimerasa debe pasar por este período de
iniciación abortiva antes de lograr el escape.
 Durante la elongación la RNA polimerasa realiza dos funciones de revisión o
corrección de errores:
o Edición pirofosforolítica: la enzima utiliza su centro activo en una
reacción inversa incorporando un pirofosfato para que ataque al
nucleótido añadido.
o Edición hidrolítica:
Terminación
 Los terminadores se les denomina a las secuencias que desencadenan la
disociación de la RNA Pol del DNA y la liberación del RNA.
 En bacterias se conocen dos tipos de terminadores: Rho-dependientes y Rho-
independientes.
o El primero como su nombre lo indica, involucra la proteína Rho que
alcanza la Pol e induce la terminación. Es una proteína en forma de anillo
homo-hexamérica el cual se une al RNA monocatenario.

o El segundo tipo de terminador, también llamado terminador intrínseco,

consiste de dos elementos de secuencia: una secuencia palindrómica rica en
G y C de ~20 nt, seguida de un tramo de 8 pb A:T.

o Cuando la Pol transcribe tales secuencias se forma un horquilla en la

región palindrómica. Esto ocasiona que la Pol se detenga.
o Seguidamente, el tramo seguido a la horquilla con secuencias U:A
apareadas es suficientemente débil para ocasionar la disociación de la
RNA Pol y así liberarse el transcrito.
TRANSCRIPCIÓN EN EUCARIOTAS
o Existen una serie de diferencias notables en el proceso de transcripción de las
eucariotas con referencia a las bacterias.
o Las bacterias solo poseen una sola RNA Pol, mientras que las eucariotas
utilizan al menos tres: Pol I, II y III. Las plantas poseen IV y V.
o Mientras que las bacterias requieren solo un factor de iniciación
denominado σ, las eucariotas requieren de varios factores para dar el
inicio a la transcripción.
o Bajo condiciones in vitro los factores de transcripción en conjunto con la RNA
Pol realizan la transcripción de un template libre de histonas. Sin embargo, in
vivo para que los factores de transcripción se unan al promotor se requiere la
participación de otros factores requeridos, que incluyen proteínas reguladoras de
unión a DNA (complejos mediadores) y proteínas remodeladores de cromatina.
Promotor para la RNA Pol II
 El núcleo de un promotor para la RNA Pol es normalmente de ~40-60 nt de
largo, extendiéndose tanto corriente arriba como corriente abajo del sitio de
inicio de la transcripción (+1).
 Los elementos típicamente encontrados en los promotores eucariótico son: el
elemento de reconocimiento de TFIIB (BRE), caja TATA, iniciador (Inr) y
elementos corriente abajo como DPE, DCE y MTE. Normalmente un
promotor o posee TATA o DPE, pero no ambos. Los que tienen TATA
generalmente tienen DCE. Inr es encontrado con promotores con TATA y
DPE.

 Además del núcleo del promotor, existen otros elementos requeridos para
una transcripción eficiente encontrados típicamente corriente arriba. A estos
elementos se les denominan secuencias reguladoras. Pueden agruparse en
diferentes categorías según el organismo, localización, estructura o función.
Estos elementos incluyen:
o Elementos proximales al promotor
o Secuencias activadoras corriente arriba (UASs)
o Potenciadores (enhancers)
o Silenciadores (silencers)
 o Elementos frontera (boundary elements)
o Elementos de aislamiento (insulators)
FORMACIÓN DEL COMPLEJO DE PREINICIACIÓN
 Los factores generales de transcripción realizan una función similar a lo
hecho por el factor sigma en bacterias. Estos factores se unen al promotor y
desnaturalizan el DNA, así como también ayudan a la RNA Pol a escaparse
del promotor e iniciar la elongación.
 En la caja TATA es donde empieza la formación del complejo de iniciación.
Esta secuencia encontrada a ~30 nt corriente arriba, es el sitio de unión del
factor general de la transcripción llamado TFIID.
o TFIID es un complejo multimérico. El componente que se une a la
caja TATA es denominado TBP (TATA-binding protein). Las otras
subunidades se les llama TAFs (TBP-associated factors).
o La unión de TBP deforma la secuencia TATA se configura en una
plataforma de reclutamiento de otros factores de transcripción y la
RNA Pol.
 Seguidamente se unen los factores TFIIA, TFIIB, la RNA Pol unida a TFIIF
y finalmente TFIIE y TFIIH.
 La unión de estos componentes es seguida por la desnaturalización del
promotor, que, en contraste con las bacterias, sí requiere de la hidrólisis de
ATP y es mediada por TFIIF.
Escape del promotor
 Requiere la hidrólisis de ATP para la desnaturalización del DNA
 Requiere la fosforilación del dominio C-terminal de una subunidad de la RNA
Pol denominada ‘cola CTD’.
Elongación
 La transición hacia la elongación implica la liberación de la mayoría de los
factores de iniciación y en su lugar otros factores son reclutados (factores de
elongación).
 Los factores de elongación regulan la velocidad de transcripción.
 In vivo, un factor llamado FACT desensambla el dímero H2A-H2B del template
por delante y lo ensambla inmediatamente por detrás de la RNA Pol.
  La elongación, la terminación y el procesamiento del RNA transcrito son
procesos que están interconectados. Esto es debido a que durante la elongación
se reclutan una serie de factores requeridos para eventos subsiguientes.
 Un factor de elongación denominado SPT5 además de desempeñar otras
funciones, también ayuda al reclutamiento de la enzima que lleva a acabo la
adición de la caperuza (capping enzime) a la cola CTD de la RNA Pol.

 Por otra parte, TAT-SF1 recluta los componentes que llevan a cabo el splicing.
 Por último, otros factores reclutados a la cola CTD son las enzimas involucradas
en la poliadenilación del extremo 3’ del RNA al final de la transcripción.
Caperuza
 Consiste en la adición de una guanina modificada (metilada) en el extremo 5’
del RNA. Es unida al transcrito en un enlace 5’-5’ que involucra tres fosfatos.

Poliadenilación
 La poliadenilación está íntimamente ligada a la terminación y la maquinaria
necesaria para que ocurra es también reclutada por la cola CTD de la RNA Pol.
 Al final del gen la RNA Pol transcribe una secuencia específica que ocasiona
una transferencia de las enzimas de la poliadenilación desde la cola CTD hacia
el RNA.
 Se subdivide en cuatro eventos: clivaje, adición de muchos residuos de adenina
en el extremo 3’, degradación del RNA restante asociado a la RNA Pol por una
ribonucleasa 5’-3’ y la terminación de la transcripción.
 1. Dos complejos proteicos son reclutados a CTD: CPSF (cleavage and
polyadenylation specificity factor) y CSTF (cleavage stimulation factor).
2. Cuando la secuencia señal de poli-adenilación es transcrita, ocasiona una
transferencia de los complejos hacia el RNA.
3. Otras proteínas son reclutadas, se da el clivaje del transcrito primario y
se realiza la poliadenilación por una enzima llamada poli-A polimerasa.
 La poli-A polimerasa sintetiza un fragmento de ~200 adeninas en
el extremo 3’ clivado. Esta enzima realiza la polimerización sin
un template.

Terminación de la transcripción
 Si bien el transcrito primario es clivado de la RNA Pol, esta aún queda
transcribiendo. Existen dos modelos que explican la liberación de la polimerasa
del template y por lo tanto la finalización de la transcripción.
o Modelo torpedo: se ha identificado una RNasa 5’-3’ (torpedo) cargada en
la propia Pol que ataca el transcrito saliente. La exonucleasa alcanza la
Pol y la desensambla del template. Esta enzima reconoce y ataca el
extremo 5’ debido a que no tiene una caperuza.
o Modelo alostérico: de acuerdo este modelo, la terminación es espontánea
debido a la disminución de la procesividad de la Pol. Posiblemente este
proceso es dado por la transferencia de enzimas de procesamiento de la
cola CTD al RNA y/o por la adición de factores que ocasionan algún
cambio conformacional.