Taller6 Constr Mi Primer Arbol Filogenet

Curso-Taller: Introducción a la Bioinformática (Derechos reservados)
Autora: Dra. Michelle C. Chirinos Arias (michelle.christine16@gmail.com)
CURSO-TALLER: INTRODUCCIÓN A LA BIOINFORMÁTICA
Taller 6: Construyendo mi primer árbol filogenético
Los pasos para construir un árbol filogenético se pueden resumir en lo siguiente:
1. Obtención de secuencias: El primer paso para construir un árbol

filogenético es obtener las secuencias de las proteínas o los genes que desea
analizar. Estas secuencias se pueden obtener de bases de datos públicas
como GenBank o UniProt.
2. Alineamiento de secuencias: Una vez que se han obtenido las secuencias,
es necesario alinearlas para asegurar que las posiciones de los aminoácidos
o los nucleótidos corresponden entre las diferentes secuencias. Se pueden
utilizar programas como Clustal, T-Coffee o MUSCLE para realizar este
alineamiento, esto ya lo vimos en el taller 5.
3. Construcción del árbol: Una vez que se han alineado las secuencias, se
pueden utilizar programas como Phylip, MrBayes, UGENE o RAxML para
construir el árbol filogenético a partir de las secuencias alineadas. Estos
programas utilizan diferentes métodos, como 1) el método de distancias, 2)
Neighbor joining o 3) el método de parsimonia, para inferir las relaciones
evolutivas entre las especies.
Si bien nosotros podemos hacer en UGENE, tal como vamos a ver en este taller, hay
otros métodos. Con clustal omega (taller 5) ya hemos construido un árbol
filogenético pero este programa es muy simple y no permite cambiar tanto las
características, por lo que también vamos a ver otro como MrBayes.
A) Construyendo árboles filogenéticos con Bayes usando MrBayes
Un método amigable es usar MrBayes online. Sin embargo, es muy limitado, se

pueden correr pocas secuencias y no puedes realizar mayores cambios pero vamos
a intentarlo para familiarizarnos con las herramientas bioinformáticas. Usaremos
el alineamiento clustalo-I20230131-172207-0643-67894758-p1m.clustal_num
que se obtuvo de las secuencias disponibles en protein.fas (taller 5). Recuerda que
el árbol filogenético se puede hacer tanto del alineamiento proveniente de la
Instituto de Genética Barbara McClintock –IGBM

Copyright (prohibida su reproducción sin autorización del IGBM y autora)
secuencia de nucleótidos como de aminoácidos.
1.- Ingresa a
http://www.phylogeny.fr/one_task.cgi?task_type=mrbayes&tab_index=1
Para ver las características que usa el programa. En un curso de filogenética cada
elemento tiene una relevancia y significado, pero no nos vamos a adentrar, ya que
este es un curso introductorio a la bioinformática donde de por sí ya hemos visto
bastantes conceptos nuevos.
2.- En Data settings, elige el tipo de dato, proteína o dna/rna. En este caso proteína
(puesto que el archivo contiene proteínas)
3.- Recuerda que el archivo a subir es el resultado de tus alineamientos de

secuencias que pueden estar en formato FASTA, Phylip, clustal, EMBL o NEXUS. En
nuestro caso vamos a subir el alineamiento clustalo-I20230131-172207-0643-
67894758-p1m.clustal_num disponible en clase y que se generó en el taller 5. Para
subir el archivo solo pon examinar y selecciona el archivo.

4.- Completa los parámetros como en el caso anterior, GTR, modelo de sustitución
4by4, rates variation, parámetros de Markov y Monte Carlo. Brinda tu correo y
submit.
5.- Recibirás un correo con el link de los resultados.
Al darle clic al link podrás observar el árbol filogenético con el método de Bayes.

B) Construyendo mi árbol filogenético usando UGENE
UGENE es una herramienta que ya hemos usado antes para alinear secuencias de
ADN, pero también se puede alinear aminoácidos y en ambos casos construir
árboles filogenéticos. En este caso nosotros no vamos a partir de una secuencia
sino de un alineamiento, pero usando UGENE puedes partir de ambos. Vamos a
usar el mismo archivo que hemos venido usando en el taller.
1. Abrir UGENE, seleccionar Open File
2. Seleccionar nuestro archivo de alineamiento clustalo-I20230131-172207-0643-

67894758-p1m.clustal_num (el mismo que usamos en el caso anterior, de forma
que podamos comparar).
3. Se abrirá el alineamiento. Recuerda que puedes hacerlo desde cero, es decir, a

partir de una secuencia, generar un alineamiento en el mismo UGENE y seguir los
pasos que te mostramos a continuación.

4. Selecciona Build tree.
5. Aparecerá una ventana donde podrás seleccionar el método a usar (recuerdas

que son 3 los que describimos en la primera hoja de este taller).
Estos son los métodod. Nosotros seleccionaremos Phylip Neighbor Joining (N-J) o
también podríamos seleccionar Bayes para comparar con lo obtenido en la sección
A.
6. Darle clic a Build y se mostrará el árbol construido. Fíjate si se parece al que se

obtuvo en la sección A.
7. Ahora vamos a construir otro árbol pero usan bootstrapping. Bootstrapping en

filogenética es un método estadístico que se utiliza para evaluar la robustez de
clústeres en un árbol filogenético. El proceso consiste en repetir el análisis
filogenético muchas veces con pequeñas submuestras aleatorias de los datos
originales y contar el número de veces que aparece cada clúster en los árboles
resultantes. Los clústeres que aparecen con mayor frecuencia se consideran más
robustos y confiables. Este método es útil para determinar la incertidumbre en la
inferencia filogenética y para resolver conflictos en la topología del árbol.
Anda a Build Tree.

8. Selecciona la segunda pestaña que dice bootstrapping and Consensus tree y
seleciona enable bootstrapping. El número de replicados es 100, lo que significa
que se construyen 100 árboles
9. Darle a build. Cada vez que construyas un árbol se generará un archivo en tu PC.
esos números representan algo diferente (no el N-J como en el caso anterior) aquí
el árbol se ha construido 100 veces (number of replicates). Mientras esos números
estén entre 75 a 100 indicarán que son confiables, como en este caso.


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1. Abrir UGENE, seleccionar Open File

2. Seleccionar nuestro archivo de alineamiento clustalo-I20230131-172207-0643-

3. Se abrirá el alineamiento. Recuerda que puedes hacerlo desde cero, es decir, a

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4. Selecciona Build tree.

5. Aparecerá una ventana donde podrás seleccionar el método a usar (recuerdas

6. Darle clic a Build y se mostrará el árbol construido. Fíjate si se parece al que se

7. Ahora vamos a construir otro árbol pero usan bootstrapping. Bootstrapping en

Anda a Build Tree.

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