SEDE SANTO DOMINGO

INGENIERÍA EN BIOTECNOLOGÍA

Asignatura: Biología Molecular Aplicada

Integrantes:

Jenniffer González
Oswaldo Plua

Nivel: Quinto

Tema: Alineamiento genético de secuencias.

Docente: PhD. Ana Lucía Bravo Cazar

NOVIEMBRE 2020 – ABRIL 2021

1. TEMA
Alineamiento genético de secuencias en el programa Muscle y MAFFT.
2. OBJETIVOS
2.1. General
- Comparar los dos resultados dados por el programa Muscle y MAFFT.
2.2.Especifico
- Hacer análisis del rendimiento de las secuencias propuestas.
- Determinar si las secuencias son similares o algo similares.
- Conocer si en las secuencias existen gaps internos o externos.
3. INTRODUCCION
El alineamiento de secuencias según su significado biológico se dice que entre más
similares sean más similares tendrán a ser las funciones de las proteínas codificadas por
ellas. Su utilidad se basa en: asegurarse de que dos secuencias son similares y
cuantificar su similitud, encontrar dominios funcionales, comparar un gen y su producto
y buscar posiciones homólogas en las secuencias. (Bioinformatics at COMAV, 2012)
Existen dos tipos de alineamientos principales: globales y locales. En el global se
intenta que el alineamiento cubra las dos secuencias completamente introduciendo los
gaps que sean necesarios, además de que sirve para alinear secuencias que se empiecen
y acaben en la misma región, por ejemplo, genes homólogos de especies similares. En
cambio, en el local se alinean sólo las zonas más parecidas y tiende llegar a ser la mejor
opción para la secuenciación, a no ser que se esté seguro de que las secuencias deben
de parecerse a lo largo de todas sus extensiones. En muchos casos las secuencias
homólogas se parecen sólo en las regiones más conservadas. (Oliver, 2015)
3.1. Secuencias homólogas
Se dice que dos secuencias son homólogas cuando comparten un ancestro común.
Aunque se confundan entre similitud y homología se debe tener en cuenta que la
similitud no implica homología ya que es el parecido entre dos secuencias que suele
expresarse como el porcentaje de posiciones idénticas entre dos secuencias. Por
ejemplo, dos secuencias pueden mostrar un 30% de identidad. En cambio, en homología
no hay grados, las secuencias pueden ser homólogas o no. (Bioinformatics at COMAV,
2012)
3.1.1. Tipos de secuencias homólogas
- Ortólogas: Las dos secuencias derivan de un ancestro común a partir de
especiación. Ejemplo: citocromo c de humanos y de ratón.
 - Parálogas: Las dos secuencias derivan de una secuencia ancestral a partir de
duplicación génica. Ejemplo: alfa- y beta globinas humanas
- Xenólogas: Una de las dos secuencias homólogas se ha adquirido por
transferencia horizontal de genes. (Bioinformatics at COMAV, 2012)
3.2. Alineamientos múltiples
Es un alineamiento de más de dos secuencias de ADN, ARN o proteína. Que tiene por
aplicaciones más habituales a la reconstrucción filogenética, análisis estructural de
proteínas, búsqueda de dominios conservados y búsqueda de regiones conservadas en
promotores. En todos los casos los algoritmos de alineamiento múltiple asumen que las
secuencias que estamos alineando descienden de un antepasado común y lo que
intentamos hacer es alinear las posiciones homólogas. (Bioinformatics at COMAV,
2012)
3.2.1. Algoritmos
Son aquellos que están pensados para alinear secuencias diferentes que, aunque
aumenten les será más difícil dar con el alineamiento correcto, es decir, el
correspondiente a las relaciones de homologías reales. El método más utilizado
es una heurística de alineación progresiva ya que es la más rápida y permite
alinear miles de secuencias en tiempos cortos. (Bioinformatics at COMAV,
2012)
3.2.2. Software
Existen distintos programas que se utilizan, pueden ser tanto servicios web como
programas tradicionales. El más utilizado es el MEGA, el cuál es un software
multiplataforma enfocado a hacer análisis filogenéticos. También existen
servidores web del EBI que tienen disponibles una serie de programas de
alineamiento múltiple como: Clustal Omega, Kalign, MAFFT, MUSCLE y
prank. (Bioinformatics at COMAV, 2012)
3.3.Programa MAFFT
Este alineamiento de secuencia múltiple es relevante para el análisis evolutivo de
secuencias biológicas, lanzado por primera vez en 2002, el cuál en la actualidad lo han
ido mejorando como lo muestran en artículos individuales para obtener un mejor
resultado. Además, es un programa que tiene opciones para varias estrategias de
alineación, incluidos métodos progresivos, métodos de refinamiento iterativo y
alineación estructural para ARN. (Standley, 2013)
4. METODOLOGIA
4.1. Pasos para realizar el alineamiento de las secuencias con el programa
MUSCLE
1. Ingresar a la página (https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/muscle/) del
programa MUSCLE.

2. Abrir el documento .txt con la información de las secuencias.

3. Copiar las secuencias que van hacer alineadas, que en este caso son tres y
se las pega en conjunto de secuencias en cualquier formato admitido.
4. Establecer los parámetros con el formato de salida ClustalW.
5. Enviar las secuenciaciones a analizar.
4.2.Pasos para realizar el alineamiento de las secuencias con el programa MAFFT
1. Ingresar a la página del programa MAFFT
(https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/mafft/).
 2. Abrir el documento .txt con la información de las secuencias.
3. Poner en conjunto automático.
4. Copiar las tres secuencias a analizar y pegarlas en el cuadro de secuencias
en cualquier formato compatible.
5. Establecer los parámetros con el formato de salida ClustalW.
6. Enviar a analizar las secuencias.

5. RESULTADOS

Al realizar el alineamiento de las secuencias en el software MUSCLE y teniendo en

cuenta en los (., :, -) que son sustitución, coincidencia y hueco respectivamente. Se
observó que, en las tres secuencias modelos no existe una similitud en la que se pueda
afirmar que codificarán proteínas con similares funciones
Cuantificación en la similitud: -760
Al realizar el alineamiento de las secuencias en el software MAFT y teniendo en cuenta
en los (., :, -) que son sustitución (0), coincidencia (+1) y hueco respectivamente (-1). Se
observó que, en las tres secuencias modelos no existe una similitud en la que se pueda
afirmar que codificarán proteínas con similares funciones
Cuantificación en la similitud: -829

6. DISCUSION

Al usar los dos softwares y comparar los resultados, nos dio una notable diferencia que
hay al realizar el alineamiento de las tres secuencias, esto es porque las secuencias a
analizar son de diferentes especies o aminoácidos.
Los resultados de la cuantificación en la alineación volvieron a confirmar que estas
secuencias no tienen similitud alguna cuando produce alguna proteína y que siempre es
necesario el uso de mas de un software para realizar alineación para poder realizar una
hipótesis correcta.

7. CONCLUSIONES

El almacenamiento de datos aparece en la bioinformática para apoyar el descubrimiento

de los conocimientos biológicos y también para facilitar la investigación y el
intercambio de información. Se considera que las aplicaciones web biológicas
colaborativas han revolucionado la investigación biológica. Muchas de las
investigaciones en las ciencias biológicas y de la salud, busca un enfoque investigativo
desde la informática hacia esta área.

Para analizar grandes cantidades de datos utilizar aplicaciones que procesan y ejecutan
algoritmos eficientes, para generar resultados con mayor precisión y menor riesgo de
errores.

Es importante mejorar las aplicaciones de Bioinformática que han sido producidas por
expertos en campos diferentes a la Ciencia de la Computación, ya que muchas veces se
desaprovechan las posibilidades de optimización (e.g., uso máximo
del hardware disponible, metodologías de desarrollo de software apropiadas, lenguajes
más eficientes, etc.).

De acuerdo con lo investigado y con los resultados obtenidos se puede decir que un
alineamiento de secuencias se trata de representar y comparar dos o más secuencias de
ADN, ARN, o estructuras primarias proteicas para encontrar sus zonas de similitud que
nos ayudan a indicar las relaciones evolutivas entre los genes o proteínas analizadas.
8. BIBLIOGRAFIA

 Bioinformatics at COMAV. (2012). Alineamiento de secuencias. Obtenido de

https://bioinf.comav.upv.es/courses/intro_bioinf/alineamientos.html
 Bioinformatics at COMAV. (2012). ALINEAMIENTOS MULTIPLES. Obtenido de
https://bioinf.comav.upv.es/courses/intro_bioinf/multiple.html
 Oliver, D. J. (2015). Alineamiento de secuencias. Obtenido de
https://bioinfo2.ugr.es/presentaciones/secuencias/Alineamiento%20de%20secuencias.
pdf
 Pinzon, A. (Julio de 2006). Introducción a la Bioinformática. Obtenido de
http://bioinf.ibun.unal.edu.co/documentos/multAlignmentCBIB.pdf
 Standley, K. K. (16 de Enero de 2013). Software MAFFT Multiple Sequence Alignment
versión 7: mejoras en el rendimiento y la usabilidad. Obtenido de
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3603318/