TÍTULO:

INFORME DE USO DEL SOFTWARE MEGA DNA

CURSO:

BIOTECNOLOGIA

NOMBRE DEL DOCENTE:

HEBERT HERNAN SOTO GONZALES

NOMBRE DEL ESTUDIANTE:

Maria Fernanda Anayhuaman Velasquez

FECHA Y LUGAR

ILO, 21 de octubre del 2021

 CONTENIDO
I. INTRODUCCION........................................................................................................2
II. OBJETIVO..................................................................................................................4
III. METERIALES Y METODO ....................................................................................4
IV. CONCLUCION...................................................................................................... 13
V. BIBLIOGRAFÍA........................................................................................................ 13

I. INTRODUCCION

Un árbol filogenético es una representación esquemática de entidades biológicas que

están conectadas por descendencia común, pueden ser especies o grupos taxonómicos
mayores (8). Hoy en día, la mayoría de árboles filogenéticos se crean a partir de datos
moleculares ya sea ADN, ARN o proteínas. Se tiende a usar ADN cuando se analizan
especies cercanamente emparentadas, porque proveen mayor información (las
cadenas de ADN son más largas que las cadenas de aminoácidos); mientras que las
secuencias de aminoácidos son usados para análisis filogenéticos de especies más
lejanamente emparentadas. (Mendoza , 2012)

Es importante resaltar que la filogenia tiene orígenes más antiguos. El famoso

naturalista Ernst Häckel – un ferviente evolucionista - describía las relaciones entre
diferentes organismos en forma de árboles filogenéticos, únicamente a partir de datos
morfológicos, inclusive dibujaba estos diagramas como verdaderos árboles (13) y es a
partir de sus esquemas, probablemente se acuño el término árbol filogenético.
(Mendoza , 2012)

MEGA. Se trata de un programa para realizar alineamiento múltiples y árboles

filogenéticos. Para los alineamientos múltiples recurre a otro programa que es el de
mayor difusión para realizar esta tarea, que es CLUSTAL, concretamente la versión
CLUSTALW que es la versión que opera online. (Gonzales)

Según el modelo propuesto por Watson y Crick, la molécula de ADN está compuesta
por dos hebras helicoidales (Torres, 2007), cada una siguiendo una secuencia de
nucleótidos {A;T;C;G}, y formando parejas de {C;G} y {A;T} entre las dos hélices
(Ferrández, Hernández & Pastor, 2003). Una vez extraído ADN de una muestra, se
obtienen dos secuencias de ADN (forward y reverse). Deben guardarse cada una en un

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documento con formato FASTA (figura 1). Se debe realizar un BLAST a la secuencia
forward, que consiste en hacer una búsqueda en una base de datos de secuencias de
ADN, para encontrar datos similares y verificar si el amplificador es correcto (Altschul,
Madden, Schäffer1, Zhang, Zhang2, Miller2 & Lipman, 1997). (Madrigal Valverde , 2017)

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II. OBJETIVO
Conocer e interpretar la calidad 16S, haciendo el uso del Mega para generar un
almacenamiento de ADN elaborando un árbol filogenético en un base de niff.

III. METERIALES Y METODO

A. MATERIALES

➢ NCBI

➢ MEGA PLOX

➢ CARPETAS DEL ALMACENAMIENTO

B. METODO

PRIMER PASO: Se descargo el software MEGA X. El programa se debió

descargar e instalarlo en nuestro ordenador.

Figura: 1 Descarga el MEGA X

Fuente: https://www.megasoftware.net/show_eua

Figura: 2 El software MEGA X ya instalado y listo para realizar la practica

Fuente: Elaboración propia

4
 Entramos al programa del MEGA X y hacemos clic en
el primer redondito donde dice la palabra (ALIGN) y
buscamos donde dice Show Web Browser y realizamos
un clic.

Figura: 3 Se observa el programa mega y le hacemos clic justo donde dice Show Web Browser
Fuente: Elaboración propia

TERCER PASO: Seguidamente se habría una ventana The National

Center for Biotechnology (NCBI) el cual almacena y
constantemente actualiza la información referente a
secuencias genómicas en GenBank, al lado del buscador
hay para seleccionar todas las bases de datos (All
Databeses) y buscamos la palabra Nucleotide y luego
hacemos clic en Search (buscar) con la finalidad de
buscar 16S rRNA y nos saldrá lista de secuencias de
diferentes bacterias.

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 Figura:4 Se muestra la ventana que nos sale cuando hacemos clic en Show Web Browser
Fuente: Elaboración propia

Figura:5 En la ventana de Mega X podemos observar los resultados de la búsqueda

Fuente: Elaboración propia
9

Figura:6 En la ventana tenemos la opción de escoger una especie.

Fuente: Elaboración propia
9

6
QUINTO PASO: Una vez seleccionado la secuenciación nos aparecerá la
siguiente ventana y podemos analizar observar todos los
datos que nos muestra luego de ello seleccionamos
donde dice + Add to Alignment.

Figura:7. En la siguiente ventana tenemos la opción de escoger tres de sus ramificaciones de la

especie
Fuente: Elaboración propia
9

Figura 8: Luego le damos ok

Fuente: Elaboración propia
9

7
 SEXTO PASO: Seguidamente despues de hacer echo clic en ok cuando
precionas el + Add to Alignment nos saldrá esta ventana
la cual observamos ay una secuencia bien larga hacemos
este mismo paso con dos secuencias diferentes, pero de
la misma bacteria de Bacillius cereus strain 16S rRNA
luego hacemos con ese mismo paso buscando la
siguiente bacteria y con tres secuencias distintas.

Figura:9 Aquí podemos observar la secuencia del primer Gen seleccionado

Fuente: Elaboración propia
9

SEPTIMO PASO: Hacemos ese procedimiento con las 10 bacterias y

obtendremos una ventana como se muestra en la figura 14.
Ahí podemos observar las secuenciaciones de cada una

8
 lista para ser guardadas en una carpeta antes de empezar
el alineamiento.

Figura:10 Tenemos las 10 secuencias de 3 familias de Genes , repetidas 3 veces . haciendo un

total de 30 secuencias
Fuente: Elaboración propia
OCTAVO PASO: Aquí hacemos clic donde dice data y buscamos la opción
9
donde dice Export Alignment nos aparecerá tres opciones esas tres opciones
podemos guardar en las tres nuestra lista de secuenciaciones, presionas MEGA
Format y lo que aparcera será una carpeta donde la puedes guardar.

Figura:11 Ahora procedemos a configurar las secuencias

Fuente: Elaboración propia
9

9
Figura: 11 Guardamos en la carpeta creada para la practica
Fuente: Elaboración propia
9

NOVENO PASO: Después de haber guardado hacemos un clic en donde

aparece la imagen de un bracito rojo y nos sale dos
opciones, presionamos la primera opción que dice (Align
DNA) nos saldrá una ventana donde presionaremos ok y
en la siguiente igual presionamos ok y ahí va empezar la
función de hacer el alineamiento de las secuencias.

10
Figura: 12 Guardamos en la carpeta creada para la practica
Fuente: Elaboración propia
9

DECIMO PASO: Cuando termine de cargar nos aparecerá las secuencias

alineadas, pero con espacios en blanco los cuales debemos eliminar
cuidadosamente esos espacios grandes que vemos en blanco .

Figura: 13 Ahora debemos eliminar la mayor cantidad de espacios cuadrados

Fuente: Elaboración propia
9liminar la

11
ONCEAVO PASO: Por ultimo debemos reducir la cantidad de letras en el nombre, como
finalmente guardarlo. Abrir el archivo en PHYLOGENY dar la opción de CONSTRU/Test
UPGMA e inmediatamente aparece el árbol Filogenetico.

Figura: 14 en el spftware Mega X … Abrir el archivo en formato fasta.

Fuente: Elaboración propia
9liminar la

Figura: 15 Finalmente el árbol filogenético

Fuente: Elaboración propia
9liminar la

12
IV. CONCLUCION

Mediante la práctica se pudo describir la metodología de como se realizó la elaboración

de un árbol filogenético para el gen niFH. Se tomareon del NCBI 10 especies de familias
diferentes con tres repeticiones . El sowfware MEGA fue de mucha utilidad y que
también es mucho más fácil en el manejo de herramientas, allí se pudieron observar
bacterias del G16 . Estos conocimiento nos otorgan la facilidad de seguir conociendo
microrganismo unicelulares para futuras investigaciones y proyectos .

V. BIBLIOGRAFÍA
Gonzales, F. (s.f.). GUÍA RÁPIDA DEL PROCESO DE IDENTIFICACIÓN Y ANÁLISIS
FILOGENÉTICO DE RECURSOS GENÉTICOS,. Obtenido de
http://fernando.gonzalez.unileon.es/web_mex14/guias_rapidas/guia_rapida_CO
MPARACION_SECUENCIAS.pdf

Madrigal Valverde , K. (2017). Uso de herramientas para alineación de secuencias y

creación de árboles filogenéticos para la determinación de especies. Costa
Rica. Obtenido de https://www.scielo.sa.cr/pdf/tem/v30s1/0379-3982-tem-30-
s1-30.pdf

Mendoza , J. (Junio de 2012). Aportes de la filogenética a la investigación médica.

Obtenido de http://www.scielo.org.pe/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1018-
130X2012000200008

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