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AUTOR:
MATERIA:
Bioinformática
NRC:
12872
DOCENTE:
Ejercicio 1
Realizar un alineamiento dentro del Mega utilizando el algoritmo del clustal o del
muscle.
Una vez cargadas las secuencias pertenecientes a proteínas en distintas especies se realizó
el alineamiento con muscle de las mismas con lo cual pudimos observar la presencia de gaps, lo cual
demuestra la diferencia existente entre las mismas.
Aplicar el método sin bootstrap. ¿Se obtienen varios árboles? ¿Por qué?
Volver a hacerlo con bootstrap. ¿Podemos concluir que la vaca está más alejada del
macaco que el chimpancé?
Una vez aplicado el método de máxima parsimonia con bootstrap con 1500 replicaciones
para realizar el árbol filogenético podemos concluir que la vaca si se encuentra más alejada del
macaco que el chimpancé, esto lo podemos determinar al observar y analizar las líneas verticales
pertenecientes al árbol filogenético, las mismas que nos indican la distancia en que se alejan las
distintas especies y también al observar las bifurcaciones del chimpancé y la vaca con respecto al
macaco.
Siendo de esta manera que el chimpancé se encuentra más cercano a la rama filogenética
del macaco, por lo cual al encontrarse el chimpancé más cerca al macaco tendrá un mayor
porcentaje de parentesco genético y morfológico.
Alineamiento mediante el método neighbor joining
Los arboles filogenéticos realizados con el método de máxima parsimonia y neighbor joining,
empleando o no boostrap presentan diferencias en lo que respecta a la estructura, las bifurcaciones,
el orden y ubicación de las especies en las distintas ramas filogenéticas.
No serán iguales debido a que variaran en función al alineamiento realizado por muscle o
clustal y por la cantidad de réplicas empleadas en el método boostrap, ya que al aumentar el
número de réplicas la precisión y exactitud en la construcción del árbol filogenético será mejor.
¿Existen dominios conservados?
Ejercicio 2
Vamos a trabajar con las filogenias de monos del viejo mundo con las secuencias del fichero
hepcidina.fasta.
Los arboles filogenéticos realizados con el método de máxima parsimonia, neighbor joining y
máxima verosimilitud, empleando o no boostrap presentan diferencias en lo que respecta a la
estructura, las bifurcaciones, el orden y ubicación de las especies en las distintas ramas
filogenéticas.
No serán iguales debido a que variaran en función al alineamiento realizado por muscle o
clustal y por la cantidad de réplicas empleadas en el método boostrap, ya que al aumentar el
número de réplicas la precisión y exactitud en la construcción del árbol filogenético será mejor.
Si hubo dominios conservados en los alineamientos realizados por muscle de las filogenias
de monos del viejo mundo con las secuencias del fichero hepcidina.fasta.