"Año del Bicentenario del Perú: 200 años de
Independencia"
FACULTAD DE INGENIERIA
ESCUELA PROFESIONAL DE INGENIERIA AMBIENTAL
USO DE MEGA DNA
ALUMNO: Henry Gonzalo Ccama Llanque
DOCENTE: Dr. Hebert Hernan Soto Gonzales
CURSO: Biotecnología
CICLO: VII
2021
INDICE
RESUMEN___________________________________________________________ 3
I.-INTRODUCCION ___________________________________________________ 4
II.- MARCO TEORICO ________________________________________________ 5
2.1.- ÁRBOLES FILOGENÉTICOS __________________________________________ 5
2.2.- ANATOMÍA DE UN ÁRBOL FILOGENÉTICO ___________________________ 6
2.3.- FORMATO FASTA____________________________________________________ 8
III.- MARCO PROCEDIMENTAL _______________________________________ 8
3.1.- MATERIALES Y METODOS ___________________________________________ 8
3.1.1.- MATERIALES _____________________________________________________________ 8
3.1.2.- METODO _________________________________________________________________ 8
PASO 1: Descargar las secuencias __________________________________________________ 8
______________________________________________________________________________ 9
PASO 2: Alinear las secuencias ____________________________________________________ 9
PASO 3: Eliminar las imperfecciones _______________________________________________ 9
PASO 4: Recortar los nombres ___________________________________________________ 10
PASO 5: Crear el árbol filogenético _______________________________________________ 10
IV.- RESULTADOS___________________________________________________ 11
V.- CONCLUSIONES _________________________________________________ 12
VI.- RECOMENDACIONES ___________________________________________ 12
VII.- ANEXOS _______________________________________________________ 13
VIII.- BIBLIOGRAFÍA________________________________________________ 23
RESUMEN
El presente trabajo tiene por finalidad crear un árbol filogenético por lo cual se deberá
descargar secuencias del Gen 16S los cuales se formarán 30 secuencia (3 series de 10
nucleótidos), para llegar al resultado esperado pasaron por operaciones que se explicaran
en la parte procedimental del informe, se observara paso a paso como se realiza la
descarga, alineación, eliminación, y creación del árbol filogenético. Se utilizaron 10
nucleótidos los cuales se verán su procedimiento en la parte de anexos.
I.-INTRODUCCION
El software de Análisis de Genética Evolutiva Molecular (MEGA) ha crecido
continuamente para satisfacer la necesidad de un análisis evolutivo sofisticado para
descubrir patrones y procesos evolutivos del genoma y del organismo. Fue lanzado por
primera vez en 1993 para ofrecer los métodos estadísticos de la evolución molecular a
través de una interfaz interactiva en el sistema operativo de disco de Microsoft (MS-
DOS). Durante más de 25 años, el alcance y la utilidad de MEGA han crecido mediante
la adición de nuevos métodos, herramientas e interfaces, lo que ha dado como resultado
un software integrado moderno para el análisis de secuencias comparativas. Inicialmente,
MEGA contenía métodos de máxima parsimonia basados en la distancia para el análisis
filogenético molecular. La adquisición de datos y la integración de los principales
enfoques para alinear secuencias se introdujeron para ampliar el alcance de MEGA
(Kumar y col. 2004). Posteriormente, se agregaron los métodos de máxima verosimilitud
(ML) y los métodos bayesianos para los análisis evolutivos moleculares (Tamura y col.
2011). MEGA ahora contiene métodos para seleccionar los modelos de sustitución que
mejor se ajusten, estimar distancias evolutivas y tiempos de divergencia, reconstruir
filogenias, predecir secuencias ancestrales, pruebas de selección y diagnóstico de
mutaciones de enfermedades.
Con cada nueva versión, MEGA ha evolucionado para aprovechar las innovaciones
tecnológicas y la potencia computacional de los escritorios personales. La interfaz de
MEGA evolucionó a partir de su formato inicial basado en caracteres MS-DOS (Kumar
y col. 1993) a una rica interfaz gráfica de usuario (GUI) para el sistema operativo
Microsoft Windows. Luego fue rediseñado para ser impulsado por actividades, seguido
de la incorporación de tecnologías web para garantizar un uso y una sensación coherentes
en los sistemas operativos Microsoft Windows y Linux (Kumar y col. 2018) y macOS
(Stecher y col. 2020). MEGA GUI ahora es completamente multiplataforma y se ejecuta
de forma nativa en Windows, Linux y macOS. (Tamura, Stecher, & Kumar, 2021)
II.- MARCO TEORICO
2.1.- ÁRBOLES FILOGENÉTICOS
El análisis filogenético a veces se considera un proceso complejo e intimidante
que requiere conocimientos y años de experiencia. De hecho, es un proceso
bastante sencillo que se puede aprender rápidamente y aplicar con eficacia. Este
Protocolo describe los varios pasos necesarios para producir un árbol filogenético
a partir de datos moleculares para principiantes. En el ejemplo ilustrado aquí, el
programa MEGA se usa para implementar todos esos pasos, eliminando así la
necesidad de aprender varios programas y para tratar con múltiples formatos de
archivo de un paso a otro (Tamura K, Peterson D, Peterson N, Stecher G , Nei M,
Kumar S. 2011. MEGA5: análisis de genética evolutiva molecular utilizando
métodos de máxima verosimilitud, distancia evolutiva y máxima parsimonia.Mol
Biol Evol. 28: 2731-2739). El primer paso, la identificación de un conjunto de
secuencias homólogas y la descarga de esas secuencias, es implementado por el
propio navegador de MEGA construido sobre el kit de herramientas de Google
Chrome. Para el segundo paso, la alineación de esas secuencias, MEGA ofrece
dos algoritmos diferentes: ClustalW y MUSCLE. Para el tercer paso, la
construcción de un árbol filogenético a partir de las secuencias alineadas, MEGA
ofrece muchos métodos diferentes. Aquí ilustramos el método de máxima
verosimilitud, comenzando con la función Modelos de MEGA, que permite
seleccionar el modelo de sustitución más adecuado. Finalmente, MEGA
proporciona una interfaz poderosa y flexible para el paso final, realmente
dibujando el árbol para su publicación. Aquí se presenta un protocolo paso a paso
con suficiente detalle para permitir a un novato comenzar con una secuencia de
interés y construir un árbol de calidad de publicación que ilustra la evolución de
un conjunto apropiado de homólogos de esa secuencia. MEGA está disponible
para su uso en PC y Mac.
En síntesis, se podría decir que el árbol filigenetico es:
Un árbol filogenético es un diagrama que representa las relaciones evolutivas
entre organismos. Los árboles filogenéticos son hipótesis, no hechos
definitivos.
El patrón de ramificación en un árbol filogenético refleja cómo las especies u
otros grupos evolucionaron a partir de una serie de ancestros comunes.
En los árboles, dos especies están más relacionadas si tienen un ancestro
común más reciente y menos relacionadas si tienen un ancestro común menos
reciente.
Los árboles filogenéticos pueden dibujarse en varios estilos equivalentes.
Rotar un árbol alrededor de sus puntos de ramificación no cambia la
información que contiene.
2.2.- ANATOMÍA DE UN ÁRBOL FILOGENÉTICO
Un árbol filogenético contiene varios componentes. En la figura se encuentran los
nodos terminales o puntas, que representan las Unidades Taxonómicas Operativas
(OTUS) o taxones. Estas pueden ser individuos de una especie o grupos
taxonómicos mayores. Cada uno de estos nodos terminales se encuentran unidos
mediante ramas a un nodo interno, el cual representa al ancestro común entre los
nodos terminales. De tal manera que los nodos terminales representan el presente,
mientras que los nodos internos representan el pasado.
La importancia de un árbol filogenético yace en la topología, es decir, cómo están
unidas las ramas o el patrón de ramificación, lo que representa la relación
evolutiva entre los distintos taxones. En el caso de la figura 1, a los taxones A y
B, se les denomina taxones hermanos, ya que comparten un reciente ancestro
común, y que no lo comparten con otro. Al taxón F, se le denomina "outgroup",
que se encuentra emparentado más lejanamente a los otros taxones, llamados
"ingroup". Los outgroups sirven para enraizar el árbol, es decir para indicar el
comienzo del proceso de ramificación, señalando así el nodo más interno
compartido por todos, la raíz. (Mendoza Revilla, 2012)
Figura 1: Árbol filogenético
¿Los árboles filogenéticos solo son para especies?
En un árbol filogenético, las especies o grupos de interés se encuentran en los
extremos de las líneas a las que consideramos las ramas del árbol. Por ejemplo, el
árbol filogenético siguiente representa las relaciones entre cinco especies A, B, C,
D y E, las cuales se ubican en las puntas de las ramas:
Figura 2: Árbol Filogenético
El patrón en el que se conectan ramas representa nuestra comprensión de cómo
evolucionaron las especies del árbol a partir de una serie de ancestros comunes.
Cada punto de ramificación (también llamado nodo interno) representa un evento
de divergencia o separación de un grupo en dos grupos descendientes.
En cada punto de ramificación se encuentra el ancestro común más reciente de
todos los grupos que descienden de esa ramificación. Por ejemplo, en el punto de
ramificación que conduce a las especies A y B, encontraríamos al ancestro común
más reciente de esas dos especies. En el punto de ramificación que se encuentra
justo por arriba de la raíz del árbol, encontraríamos al ancestro común más reciente
de todas las especies en el árbol (A, B, C, D, E). (Academy, s.f.)
2.3.- FORMATO FASTA
En bioinformática, el formato FASTA es un formato basado en texto para
representar secuencias de nucleótidos o amino acidos mediante códigos que
emplean letras. El formato permite describir nombres de secuencias y comentarios
de dichas secuencias. El formato tiene su origen del software FASTA, pero que
ahora se ha convertido en un estándar en bioinformática
La simplicidad del formato permite una fácil manipulación y parseo de las
secuencias usando herramientas de procesamiento de texto y lenguajes de
scripting como Python, Ruby o Perl. (Computacional, s.f.)
III.- MARCO PROCEDIMENTAL
3.1.- MATERIALES Y METODOS
3.1.1.- MATERIALES
Software MEGA 11
3.1.2.- METODO
PASO 1: Descargar las secuencias
Para este paso se deberá entrar en la opción Align y presionar Query
Databanks, de ahí aparecerá una ventana del NCBI donde buscaremos
“16s”, nos aparecerá varias opciones, escogeremos 10 nucleótidos (3 de
cada uno). Luego de presionar una de las opciones buscaremos una
secuencia el cual tenga un numero de 4 cifras, presionamos esa opción y
aparecerá la secuencia, por ultimo para descargar la secuencia se deberá
presionar la opción Add to Alignment como se verá en la figura 3 y 4.
Figura 4: Paso 2 - Descargar secuencia
Figura 3: Paso 2 - Add to Alignment
PASO 2: Alinear las secuencias
Una vez descargado las secuencias se deberá alinear, esto se realiza
yendo a la opción Align by MUSCLE-DNA como se ve en la figura 5.
Figura 5: Paso 2 - Alineación
PASO 3: Eliminar las imperfecciones
Luego de alinear la secuencia se observará espacios en blanco en las
secuencias, se deberá eliminar estas imperfecciones con la condición que
estos espacios en blancos abarquen más del 50% de la columna.
Figura 6: Paso 3 - Eliminación
PASO 4: Recortar los nombres
Concluido el paso 3 se pasará a recortar los nombres de los nucleótidos
descargados en el paso 1.
Figura 7: Paso 4 - Recorte Figura 8: Paso 4 - Recorte
PASO 5: Crear el árbol filogenético
Para el paso 5 se deberá ir a la opción de Phylogeny y clickar en la opción
4, como se observa en la figura 9.
Figura 9: Paso 5 - Árbol filogenético Figura 10: Paso 5 - Árbol filogenético
IV.- RESULTADOS
Figura 11: ARBOL FILOGENETICO
V.- CONCLUSIONES
La filogenética, la ciencia de construir y evaluar hipótesis acerca de los patrones
históricos de descendencia en forma de árboles evolutivos ha mostrado ser una
herramienta muy práctica con excelentes resultados en las investigaciones médicas. Este
hecho es apoyado por el incremento de las investigaciones que hacen uso de esta
aproximación. Un árbol filogenético (resultado de un análisis filogenético), es una
representación esquemática de entidades biológicas que están conectadas por
descendencia común, pueden ser especies o grupos taxonómicos mayores. Su análisis e
interpretación es independiente del tipo de datos (morfológico o molecular) utilizado para
su construcción. Mientras más ancestros comunes compartan dos taxones en exclusión de
otros, estos se encontrarán más cercanamente emparentados. No importa la manera que
se encuentren ordenados los taxones en las puntas de los árboles o de qué manera este
representado (recto, circular o curvado), siempre y cuando se respete la topología (el
patrón de ramificación), el árbol filogenético será el mismo.
VI.- RECOMENDACIONES
No olvidarse de recortar los nombres (Paso 4) para que el árbol filogenético
tenga una mejor vista y estructura.
Se recomienda guardar el archivo en los tres formatos disponibles de MEGA, y
en una carpeta exclusivamente creada para esa función.
VII.- ANEXOS
PARTE 1: Enterobacter cloacae 16S rRNA
Figura 12: Enterobacter cloacae
Figura 13: Enterobacter cloacae
Figura 14: Enterobacter cloacae
PARTE 2: Bacillus thuringiensis 16S rRNA
Figura 15: Bacillus thuringiensis
Figura 16: Bacillus thuringiensis
Figura 17: Bacillus thuringiensis
PARTE 3: Streptococcus agalactiae 16S rRNA
Figura 18: Streptococcus agalactiae
Figura 19: Streptococcus agalactiae
Figura 20: Streptococcus agalactiae
PARTE 4: Lactiplantibacillus plantarum 16S rRNA
Figura 21: Lactiplantibacillus plantarum
Figura 22: Lactiplantibacillus plantarum
Figura 23: Lactiplantibacillus plantarum
PARTE 5: Enterococcus faecium 16S rRNA
Figura 24: Enterococcus faecium
Figura 25: Enterococcus faecium
Figura 26: Enterococcus faecium
PARTE 6: Enterococcus faecalis 16S rRNA
Figura 27: Enterococcus faecalis
Figura 28: Enterococcus faecalis
Figura 29: Enterococcus faecalis
PARTE 7: Salmonella enterica subsp. enterica 16S rRNA
Figura 30: Salmonella enterica
Figura 31: Salmonella enterica
Figura 32: Salmonella enterica
PARTE 8: Streptococcus pneumoniae 16S rRNA
Figura 33: Streptococcus pneumoniae
Figura 34: Streptococcus pneumoniae
Figura 35: Streptococcus pneumoniae
PARTE 9: Bacillus cereus 16S rRNA
Figura 36: Bacillus cereus
Figura 37: Bacillus cereus
Figura 38: Bacillus cereus
PARTE 10: Helicobacter pylori 16S rRNA
Figura 39: Helicobacter pylori
Figura 40: Helicobacter pylori
Figura 41: Helicobacter pylori
VIII.- BIBLIOGRAFÍA
Academy, K. (s.f.). Khan Academy. Obtenido de
https://es.khanacademy.org/science/high-school-biology/hs-evolution/hs-
phylogeny/a/phylogenetic-trees
Computacional, G. (s.f.). Genomica Computacional. Obtenido de
https://sites.google.com/site/genomicaciencias/laboratorio/formato-fasta
Mendoza Revilla, J. (Junio de 2012). Scielo. Obtenido de
http://www.scielo.org.pe/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1018-
130X2012000200008
Tamura, K., Stecher, G., & Kumar, S. (2021). MEGA11: Molecular Evolutionary
Genetics Analysis Version 11.
