“UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA”

“Escuela Profesional de Ingeniería Ambiental

“ESCUELA PROFESIONAL DE INGENIERIA AMBIENTAL”

TEMA:

PRACTICA N°2 CON EL PROGRAMA MEGA X Y NCBI

DOCENTE:

Hebert Soto Gonzales

CURSO:

Biotecnología

ELABORADO POR:

Hector Rinaldo Damian Flores

CICLO:

VII

FECHA DE ENTREGA:

22/10/2021

Ilo - Perú
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1. INTRODUCCION

La Bioinformática ha demostrado obtener mejoras en la investigación en áreas afines.

Biólogos usan programas para alinear secuencias y crear estructuras, que son de
importancia para analizar los resultados dados por dichos programas de software. De esta
manera, se ha logrado descubrir especies nuevas, determinar a qué especie pertenece una
muestra de un ser vivo, curas, entre otros descubrimientos.

Determinar a qué especie pertenece un ser vivo, o descubrir una nueva especie, no es
trabajo fácil; no es solo que la muestra en análisis y la especie conocida coincidan
morfológicamente, sino que también, sus características genéticas se relacionen de alguna
forma para poder demostrar que una muestra pertenece a una especie existente.

Para identificar una muestra, debe hacerse una extracción de ADN, y una vez obtenidas
sus secuencias, efectuar el análisis con ayuda de programas como bioEdit, genDoc, Mega,
Autodimer, Dnasp5 (para alinear y analizar secuencias de ADN), PAUP, Mr. Bayes,
Beast y Dambe (para la creación de árboles filogenéticos).

Luego, los resultados obtenidos se analizan. En este artículo se trabajó con un grupo de
muestras de una especie desconocida. Según el estudio morfológico realizado a dicha
muestra, pertenecía a la especie lepidópteros; sin embargo, esta relación no se podía
aceptar como un hecho pues un estudio de este tipo puede no dar resultados ciertos.
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2. OBJETIVOS

2.1. OBJETIVO GENERAL

 Evaluar, analizar las muestras de ADN con el programa MEGA DNA y

creación del árbol genealógico

2.2. OBJETIVOS ESPECIFICOS

 Hacer un secuanciamiento de ADN con el programa MEGA DNA

 Analizar 30 muestras con el programa MEGA DNA.

3. MARCO TEORICO
3.1. ADN.

EL ADN o ácido desoxirribonucleico, es el material que contiene la información

hereditaria en los humanos y casi todos los demás organismos. Casi todas las células del
cuerpo de una persona tienen el mismo ADN. La mayor parte del ADN se encuentra en
el núcleo celular (o ADN nuclear), pero también se puede encontrar una pequeña cantidad
de ADN en las mitocondrias (ADN mitocondrial o ADNmt). Las mitocondrias son
estructuras dentro de las células que convierten la energía de los alimentos para que las
células la puedan utilizar.

La información en el ADN se almacena como un código compuesto por cuatro bases

químicas, adenina (A), guanina (G), citosina (C) y timina (T). El ADN humano consta de
unos 3 mil millones de bases, y más del 99 por ciento de esas bases son iguales en todas
las personas. El orden o secuencia de estas bases determina la información disponible
para construir y mantener un organismo, similar a la forma en que las letras del alfabeto
aparecen en un cierto orden para formar palabras y oraciones.

Las bases de ADN se emparejan entre sí, adenina (A) con timina (T) y citosina (C) con
guanina (G); para formar unidades llamadas pares de bases. Cada base también está unida
a una molécula de azúcar y una molécula de fosfato. Juntos (una base, un azúcar y un
fosfato) se llaman nucleótidos. Los nucleótidos están dispuestos en dos hebras largas que
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forman una espiral llamada doble hélice. La estructura de la doble hélice es algo
parecido a una escalera, los pares de bases forman los peldaños de la escalera y las
moléculas de azúcar y fosfato son sus pasamanos.

Una propiedad importante del ADN es que puede replicarse o hacer copias de sí mismo.
Cada hebra de ADN en la doble hélice puede servir como patrón para duplicar la
secuencia de bases. Esto es fundamental cuando las células se dividen, porque cada nueva
célula necesita tener una copia exacta del ADN presente en la célula antigua.

 Par de bases (Base pairs)

 Adenina (Adenine)
 Timina (Thymine)
 Guanina (Guanine)
 Citosina (Cytosine)
 Esqueleto de fosfato de azúcar (Sugar phosphate backbone

3.2. ALINEACION.

Según el modelo propuesto por Watson y Crick, la molécula de ADN está compuesta por
dos hebras helicoidales (Torres, 2007), cada una siguiendo una secuencia de nucleótidos
{A;T;C;G}, y formando parejas de {C;G} y {A;T} entre las dos hélices (Ferrández,
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Hernández & Pastor, 2003). Una vez extraído ADN de una muestra, se obtienen
dos secuencias de ADN (forward y reverse). Deben guardarse cada una en un documento
con formato FASTA (figura 1). Se debe realizar un BLAST a la secuencia forward, que
consiste en hacer una búsqueda en una base de datos de secuencias de ADN, para
encontrar datos similares y verificar si el amplificador es correcto (Altschul, Madden,
Schäffer1, Zhang, Zhang2, Miller2 & Lipman, 1997).

3.3.PROGRAMA MEGA DNA

El software de Análisis de Genética Evolutiva Molecular (MEGA) implementa muchos

métodos y herramientas analíticos para filogenómica, filomedicina también nos sirve para
la secuenciación de ADN. MEGA se desarrolló por primera vez para MS DOS a
principios de la década de 1990 (Kumar et al. 1994) y luego se actualizó para su uso en
MS Windows ocho veces, incluyendo MEGA 1 a MEGA 6 y MEGA-CC y MEGA-MD
(Kumar et al. 2001, , 2016). Algunas de las versiones de MEGA se han empaquetado para
sistemas Linux utilizando la capa de compatibilidad WINE para sistemas operativos
compatibles con POSIX y la herramienta Wineskin (construida en WINE) para sistemas
macOS. Estas versiones se han descargado más de 200.000 veces. Pero la solución de
emulación de Windows ad hoc es lenta y relativamente inestable en comparación con el
rendimiento de MS Windows. Los emuladores no se pueden usar de manera efectiva para
la última versión de 64 bits de MEGA que está diseñada para manejar análisis intensivos
en memoria de grandes conjuntos de datos contemporáneos (Kumar et al.2016), por lo
que se requiere una solución más completa para los usuarios de plataformas alternativas.
(Sudhir, Stecher, Li, Knyaz, & Tamura, 2018)
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FUENTE: GOOGLE

3.4. PROGRAMA NCBI

Es un programa de investigación del Computational Biology Branch (CBB), realizado

por investigadores y estudiantes del postdoctorado, encargados de investigar sobre las
aplicaciones teóricas y analíticas para resolver problemas fundamentales en biología
molecular. Tales como análisis de secuencia, análisis de función y estructura de proteínas,
identificación de genes, incluyendo algoritmos para la búsqueda en bases de datos,
secuencias de baja complejidad, modelos matemáticos de evolución, métodos estadísticos
para virología, comportamiento dinámico para reacciones químicas.

Comparación de genomas, árboles taxonómicos, y genética de poblaciones. Muchas de

estas investigaciones han contribuido a la aplicación de las bases de datos de la NCBI
suministrando algoritmos innovadores como el BLAST,SEG,VAST COGs, entre otros.
(Parra & Ramirez, 2021)  blastp compara una secuencia problema de aminoácidos contra
una base de datos de secuencias de proteínas.  blastn compara una secuencia problema
de nucleótidos contra una base de datos de secuencias de nucleótidos.  blastx compara
una secuencia problema de nucleótidos traducida en sus seis posibles marcos de lectura
contra una base de secuencias de proteínas.  tblastn compara una secuencia problema de
aminoácidos contra toda la base de datos de nucleótidos traducida en sus seis posibles
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marcos de lectura  tblastx compara las seis traducciones en sus marcos de lectura
de la secuencia problema de nucleótidos, contra las seis traducciones en sus marcos de
lectura de toda la base de datos de nucleótidos.

4. MATERIALES Y METODOS

4.1. MATERIALES

 Secuencias crudas generadas por secuenciación Sanger

 Computador
 Software Bioedit (http://www.mbio.ncsu.edu/BioEdit/bioedit.html)
 Software Mega 5.2 o Mega 7.0 (http://www.megasoftware.net/download_form)
 Acceso a página Ribosomal Database Project (https://rdp.cme.msu.edu/)
 Office (Excel)
 Memoria USB

4.2.METODOLOGIA

 Para empezar a hacer la secuenciación primero debemos instalar nuestro

programa MEGA X O MEGA DNA, este programa está colgada en la red de
forma gratuita.
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 Una vez descargado e instalado el programa, procedemos a abrirlo, ahí en la

imagen podemos observar una ventana principal

Para empezar con el secuenciamiento nos vamos a dirigir a la opción de ALIGN

Clic en esa opción

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Luego de darle clic les saldrá una ventana, así.

Darle clic a la opción

show web Browser

Esta opción nos va dirigir a una ventana donde vamos a extraer datos de la NCBI, estos
datos colgados en la red.
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Una vez abierta la venta de NCBI, procedemos a buscar los datos, el dato que vamos a
buscar en la NCBI será el 16S

Ahí damos clic

Ahí escribimos 16S

Escogemos primero que nos sale, damos click

Clic
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Clic

2 Clic

1Clic
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Luego de seguir todos estos pasos, nos saldrá una ventana de esta manera.

1Clic

Nos debe salir de esta manera. Estos pasos vamos a repetir unas 30 veces con diferentes
datos, para tener una buena alineación.
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después de completar los 30 datos, vamos a empezar con el alineamiento

Para comenzar con el alineamiento vamos a la opción ALIGN MUSCLE

CLIC
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CLIC

CLIC
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CLIC

Esperamos a que termine de completarse

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los espacios blancos que estamos observando, debemos de eliminarlo

La alineación debe quedarte de esta manera

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PARA GENERAR EL ARBOL GENEALOGICO

Primero debemos guardar el archivo en una carpeta

CLIC

CLIC
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Vamos ala opcion de PHYLOGENY

CLIC

CLIC
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CLIC

CLIC

CLIC
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Asi es como tiene que quedar el arbol genealogico
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Bacillus cereus strain CCM 2010

Streptococcus pneumoniae strain ATCC 33400 16S ribosomal RNA
5. RESULTADOS
Bacillus thuringiensis strain ATCC 10792 16S ribosomal RNA
Bacillus thuringiensis strain NBRC 101235 16S ribosomal RNA
Enterococcus faecium strain DSM 20477 16S ribosomal RNA
Lactobacillus plantarum strain NBRC 15891 16S ribosomal RNA
Lactobacillus plantarum strain CIP 103151 16S ribosomal RNA
Enterococcus faecium strain ATCC 19434 16S ribosomal RNA
Mycobacterium tuberculosis H37Rv 16S ribosomal RNA
Salmonella enterica subsp. enterica strain LT2 16S ribosomal RNA
Lactobacillus plantarum strain JCM 1149 16S ribosomal RNA
Lactobacillus plantarum strain JCM 1149 16S ribosomal RNA
Streptococcus pneumoniae strain NCTC 7465 16S ribosomal RNA
Streptococcus pneumoniae strain ATCC 33400 16S ribosomal RNA
Enterococcus faecium strain JCM 5804 16S ribosomal RNA
Mycobacterium tuberculosis strain ATCC 27294 16S ribosomal RNA
Enterococcus faecium strain NBRC 100486 16S ribosomal RNA
Mycobacterium tuberculosis H37Rv 16S ribosomal RNA
E.coli rrnA gene.
Klebsiella pneumoniae strain ATCC 13883
Klebsiella pneumoniae strain DSM 30104 16S ribosomal RNA
Klebsiella pneumoniae subsp. ozaenae strain ATCC 11296 16S
Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium strain ATCC
Helicobacter pylori strain ATCC 43504 16S ribosomal RNA
Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium strain ATCC
Helicobacter pylori strain ATCC 43504 16S ribosomal RNA
Bacillus thuringiensis strain IAM 12077 16S ribosomal RNA
Helicobacter pylori NCTC 11637 = CCUG 17874 = ATCC 43504 16S
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6. CONCLUSIONES

 Se realizó con éxito el manejo del programa MEGAX

 En el programa mega se realizó una alineación de 30 muestras y luego se hizo un
árbol genealógico de microrganismos, dio como resultado, que pertenecía a la
familia de las bacterias, ahí podemos oberservar que cada bacteria tiene relación
una con la otra, cada una de estas bacterias tiene una simitud en los ADN.

7. BIBLIOGRAFIA.

Parra , C. P., & Ramirez, J. (16 de 09 de 2021). EMBnet Colombia. Obtenido de

EMBnet Colombia:
http://bioinf.ibun.unal.edu.co/documentos/Blast/blast.php#:~:text=BLAST%20es%2
0el %20acr%C3%B3nimo%20de,de%20la%20base%20de%20datos.

Sudhir, K., Stecher, G., Li, M., Knyaz, C., & Tamura, K. (2 de 4 de 2018).
OXFORD ACADEMIC. Obtenido de OXFORD ACADEMIC:
https://academic.oup.com/mbe/article/35/6/1547/4990887