2019 Ejercicio N°1 1. Búsqueda en bases de datos del gen ureC de Bacillus subtilis (NP_391545.1). Descargar la secuencia en formato Fasta. 2. Realice un Blast y determine el numero de acceso en GenBank de la primera proteína homologa. 3. Anote los siguientes parámetros obtenidos: a) Query coverage b) E-value c) Percentage identity
4. De sus resultados, comente las primeras 5 secuencias. Son confiables?
5. Descargue en formato Fasta las primeras 5 secuencias y guárdelas en un archivo word. Ejercicio N°2 1. Desde el ejercicio anterior descargar el árbol (Blast Tree View). Copiar y guardar el árbol con el método de Neighbor Joining. 2. Según el resumen grafico (Graphic summary), determinar a que superfamilia pertenece el gen urease. Guarde la imagen del gráfico con las 10 primeras proteínas homólogas. 3. Determine los dominios conservados según Blast y donde se encuentra el sitio activo de la enzima. Ejercicio N°3 1. Buscar en bases de datos el gen metallothionein de Argopecten, anote el numero de acceso. Descargar la secuencia de nucleótidos en formato Fasta. 2. Realice un blastx contra la base de datos nr. Utilice el código genético estándar. Excluya muestras ambientales no cultivadas. Guarde el procedimiento. De sus resultados anote: a) Realice una Tabla con los primeros 5 homologos, con su descripción, numero de acceso, query coverage, E-value, percentage identity. b) Analice, es confiable su resultado. Justifique. c) En que posición se encuentra otro gen de metallothionein, anote su numero de acceso, y parámetros de similitud. d) Imprima el resumen gráfico de la búsqueda de similitudes. Ejercicio N°4 1. El conocido como “hombre de hielo” (“iceman”) es un espécimen que vivió hace 5300 años y cuyo cuerpo se recuperó de los Alpes italianos. Cierto material fúngico se recuperó de sus ropas, y fue secuenciado. ¿A qué moderno hongo se parece más el ADN de dicho material fúngico? Ejercicio N°5 1. ¿Existen hemoglobinas en los hongos? Haz una búsqueda PSI-BLAST usando la beta globina humana (NP_000509), restringiendo la salida a hongos, en la base de datos nr. a) ¿Cuántas coincidencias con un E-value menor que 0.005 aparecen? b) ¿Y en una segunda iteración de PSI-BLAST? c) ¿Y con BLAST normal? d) ¿Qué tamaño medio tienen las proteínas fúngicas que contienen un dominio de globina?