TALLER 6: Alineamientos Múltiples e Inicios en Filogenia

1. Evolución

NOVA Labs es una plataforma digital donde "ciudadanos científicos" pueden participar activamente en los procesos
científicos, desde predecir las tormentas solares y diseño de sistemas de energía renovable, hasta el seguimiento de
los movimientos de la nube y el aprendizaje de las estrategias de seguridad cibernética. Cada laboratorio es único, y
se centra en un área diferente de la investigación activa. Pero todos ellos ilustran conceptos clave con videos atractivos
e informativos y participantes de guía, ya que responden a preguntas científicas o soluciones de diseño a los
problemas actuales. Expertos en el campo están disponibles también para responder a las preguntas de los usuarios
y proponer nuevas vías de investigación. Nosotros nos centraremos en las opciones que NOVA Labs nos ofrece
respecto a evolución.

Por favor utilice su computador en el idioma original de la página (inglés). Si tiene traductor automática debe
configurarlo para que no cambie el idioma del juego o si no tendrá problemas para resolverlo. Adicionalmente, utilizar
la plataforma en inglés nos ayudará a abordar competencias de manejo de lengua extranjera.

Mire los cortos videos a continuación: http://www.pbs.org/wgbh/nova/labs/videos/#evolution

Entre a la aplicación “Evolution Lab” y complete el juego planteado que se encuentra en el siguiente link:
http://www.pbs.org/wgbh/nova/labs/lab/evolution/ Complete las 6 misiones y mediante “pantallazos” (“print screen”)
garantíceme que lo hizo individualmente y completó todo el juego.

Para asegurar que lo hizo individualmente, entre con alguna plataforma diferente a invitado, dado que el progreso no
se le guardará. El juego tiene una duración de cerca de 3 horas, por eso es importante que se guarde su progreso.
Para entender un poco más del juego los videos previos le explicarán.
Cuando usted ingresa como invitado, esto es lo que le saldrá:
Cuando usted ingresa con un servidor de una cuenta personalizada, esto es lo que le saldrá:

El juego evalúa y le enseña cómo se construyen cladogramas para posteriormente mostrarle algunos indicios para la
construcción de árboles filogenéticos a partir de secuencias de nt o aa.

No necesariamente todo cladograma es un árbol filogenético (filograma). Un árbol filogenético es una esquema en
forma de árbol donde se muestran relaciones evolutivas entre varias especies u organismos que se consideran como
pertenecientes a un ascendencia común. Por esa razón los filogramas involucran el concepto de cambio en el tiempo
o evolutivo y utilizan una “unidad de cambio” proporcional a la longitud de las ramas.

Evolución no hay que confundirlo con mejora, evolución es simplemente una forma de hablar de cambio o adaptación.
Así, una representación en forma de árbol que no se conoce la “unidad de cambio”, pero que sí forma ramas y donde
se puede reconocer de ancestros en común, entonces corresponderá a un cladograma. Ahora, si en la representación
de árbol no se puede reconocer o indicar ancestros, y el gráfico sólo hace referencia a que tanto se parecen los entes
(similitud/disimilitud entre los objetos que estamos comparando), entonces se habla de dendograma.

Por ello, hay que tener mucha precaución a llamar algo como filograma, puesto que si no se tiene la unidad de
justificación para el cambio (por ejemplo tasa de conversión o transversión de nucleótidos), no se debe hacer
referencia a este árbol por ese nombre.

Respecto al juego, los primeros niveles se encargan más de mostrarle la dinámica del juego con conceptos biológicos
básicos, para irlos complejizando a lo largo de los niveles. Después de cada ejercicio usted encontrará un quiz, la idea
es que termine todo el juego y entregue el pantallazo con todos los quices resueltos (la nota de la actividad será
proporcional a la cantidad de quices correctos).
En este primer ejercicio la características básica que lograba agrupar tanto a los animales como a las plantas era tener
células con núcleo.
Ahora nos agregan un nuevo organismo (hongo), más características (autótrofos y heterótrofos) y la lupa para conocer
tanto a los organismos como a sus características.
Una vez resuelto el ejercicio tendrá el quiz para resolver:

Después de resolver el nivel, tendrá las hojitas que representan los quices resueltos (esos le darán la calificación del
módulo en el taller). Las hojas en blanco fueron quices con cierto, las grises, lo contrario.

Cada vez que complete una misión tendrá sus quices representados en forma de hojas. De los 36 quices disponibles,
por ejemplo su usted tiene 33 bien, así su nota sobre 5,00 sería = 4,58.

El juego es muy interesante y aprenderá, reforzará o recordará muchos conceptos de biología básica, sumado a
conocimientos de botánica, zoología y hasta virología. Recuerde ponerle principal atención a los niveles donde se
comience a trabajar con secuencias de nt y aa.

En este ejemplo el “pantallazo” sale con “Guest” / Invitado, recuerde que el suyo debe salir con su nombre como en
los “pantallazos” anteriores con “Juan”.
2. Alineamientos múltiples

Los algoritmos que se puntualizaron para el caso de alineamientos pareados se pueden extender para un número
mayor de secuencias. En la práctica esto resulta costoso computacionalmente, por lo que se han desarrollado otros
algoritmos que implementan atajos en la búsqueda de los alineamientos heurísticos.

En general es bastante complejo el crear árboles filogenéticos, por lo que la gran mayoría de programas sólo
construyen cladogramas. Una tesis de Doctorado como tal podría ser la generación de un filograma.

Existes diversos programas que permiten crear árboles, alguno cladogramas otros filogramas. Algunos de estos
árboles pueden incluir el concepto de tiempo, tener o no tener significado sus ramas o por ejemplo tener un origen
conocido ejemplificado como una raíz.

Algunos programas utilizados para alinear nt o aa son:

1. Clustal
2. Tcoffee
3. Probcons
4. MUSCLE
5. Kalign
6. MAFFT
7. Dialign

Cada programa utiliza un algoritmo diferente, entre los más usados están:

A. Máxima parsimonia: Este método busca un el árbol que requiera el menor número de eventos evolutivos
(mínimo de cambios o pasos de un estado a otro) para dar explicación a los procesos o fenómenos
observados, partiendo de la idea que si se tienen dos o más hipótesis que dan lugar a explicaciones igual de
válidas para un acontecimiento dado, la hipótesis más simple tiene mayor probabilidad de ser la correcta
para explicar el fenómeno[1-3].
B. Maximun Likehood | Máxima Verosimilitud: Este método usa técnicas estadísticas para inferir distribución
de probabilidad asignadas a posibles árboles, buscando el mejor. Una de las características principales del
método, es que requiere un modelo de sustitución de nt, o modelo evolutivo para establecer la probabilidad
de cada tipo de mutación en las secuencias, dónde el árbol que requiere mayor cantidad de mutaciones en
sus nodos internos para explicar los datos observados, es menos verosímil. El método es bastante similar a
la máxima parsimonia, pero difiere en que la máxima verosimilitud tiene mayor flexibilidad estadística y
permite diferentes tasas de evolución tanto en los linajes como en los sitios de las secuencias[1, 2, 4].
C. UPGMA: Es un método de distancias que agrupa basado en la identificación de las parejas más similares y
en el cálculo de la media de las distancias entre ellas. El método parte de una matriz de similitud donde se
comparan los individuos y parejas entre sí, para encontrar los más similares y luego comparar la pareja contra
otro individuo o pareja, y así, consecutivamente, ir buscando que las diferencias entre parejas sean
proporcionales a las distancias[1-3].
D. Neighbor-Joining: También es un método de distancias, cuya principal diferencia respecto a UPGMA es
que los árboles que genera no son ultraméricos (las distancias no son aditivas como unidades de cambio),
 por lo que es el más recomendable si se está seguro de que la secuencia cumple la hipótesis del reloj
molecular, y se espera que distintas ramas puedan haber evolucionado a distinta velocidad[1-3].
E. Bayesiano: Construye árboles muy similares a los generados por máxima verosimilitud. El método de Bayes
parte del método matemático donde se calcula la probabilidad de un suceso, teniendo información de
antemano sobre ese suceso, cuál es la probabilidad del evento A dado el evento B “P(A|B)”. Así Bayes calcula
la probabilidad de A condicionado a B. Bayes genera una distribución de probabilidades para posibles árboles
entre todos aquellos que podrían generarse a partir de los datos previos. La inferencia bayesiana en
construcción de árboles generalmente recurre al algoritmo de muestreo de cadenas de Markov a través del
método de Monte Carlo[1, 2, 5].

EJERCICIOS

• Construya un cuadro comparativo entre los 7 programas descritos previamente para alineamientos múltiples
y determine: Qué tipo de árbol generan (enraizado o no enraizado), qué tipo de algoritmo aplican (Bayesiano,
NJ, Likehood, etc.), para qué es útil cada uno y cuáles son sus respectivas limitaciones en carácter
computacional y biológico.
• Corra con MUSCLE los datos para las ATPasas del documento en Bloc de notas adjunto y analícelo. Así
como en el juego, busque una característica que permita cada una de las bifurcaciones entre especie o
grupos de especies. ¿Por qué no es posible mediante el árbol generado analizar las cercanías evolutivas
entre los dominios de la vida?
• Usando nuevamente MUSCLE analice las secuencias del documento en Bloc de notas “TRIM” también
adjunto. Usted deberá alinear secuencias de TRIM5α de diferentes especies de primates. TRIM5α es un
factor de restricción viral que protege a la mayoría de monos de la familia Cercopithecidae (monos del viejo
mundo) de la infección con VIH. Investigue sobre TRIM5α y saque sus conclusiones.

REFERENCIAS
1. Garamszegi, L.Z., Modern Phylogenetic Comparative Methods and Their Application in Evolutionary Biology:
Concepts and Practice. 2014: Springer Berlin Heidelberg.
2. Nakhleh, L., et al., A Comparison of Phylogenetic Reconstruction Methods on an Indo-European Dataset.
2005.
3. Lemey, P., M. Salemi, and A.-M. Vandamme, The phylogenetic handbook: a practical approach to
phylogenetic analysis and hypothesis testing. 2009: Cambridge University Press.
4. Hall, B., Phylogenetic trees made easy: a how-to manual. Sunderland, MA. 2004, USA, Sinauer Associates,
Inc.
5. Felsenstein, J. and J. Felenstein, Inferring phylogenies. Vol. 2. 2004: Sinauer associates Sunderland, MA.