UNIVERSIDAD DE LAS FUERZAS ARMADAS - ESPE-SD

DEPARTAMENTO DE CIENCIAS DE LA VIDA

CARRERA DE INGENIERÍA EN BIOTECNOLOGÍA

PRÁCTICA 2: ANALISIS FILOGENETICO MEDIANTE

METODO DE MAXIMA PARSIMONIA Y NEIGHBOR JOINING

AUTOR:

Sandoval Rodriguez José Miguel

MATERIA:

Bioinformática

NRC:

12872

DOCENTE:

Dr. Juan Pacheco

Santo Domingo, 5 de julio del 2023

S-I MAY 2023 - SEP 2023

 Practica 2.- Análisis Filogenético (método de máxima parsimonia y neighbor
joining)

A partir de los ficheros frataxina.fasta y hepcidina.fasta, realizar un alineamiento utilizando

el programa Mega y los algoritmos del clustal o muscle, posteriormente genere un árbol
filogenético mediante los métodos de parsimonia, neighbor joining y Máxima verosimilitud, aplicando
bootstrap al método según corresponda.

Ejercicio 1

Vamos a trabajar con las secuencias del fichero frataxina.fasta.

 Realizar un alineamiento dentro del Mega utilizando el algoritmo del clustal o del
muscle.

Una vez generado el alineamiento revisarlo:

 ALINEAMIENTO FRATAXINA

Se cargó la secuencia perteneciente al documento frataxina.fasta en el programa MEGA

Una vez cargadas las secuencias pertenecientes a proteínas en distintas especies se realizó
el alineamiento con muscle de las mismas con lo cual pudimos observar la presencia de gaps, lo cual
demuestra la diferencia existente entre las mismas.

Alineamiento mediante el método de máxima parsimonia

 Aplicar el método sin bootstrap. ¿Se obtienen varios árboles? ¿Por qué?

 Volver a hacerlo con bootstrap. ¿Podemos concluir que la vaca está más alejada del
macaco que el chimpancé?

ARBOL FILOGENETICO FRATAXINA SIN BOOTSTRAP

Una vez guardado el alineamiento en formato MEGA, seleccionamos la opción analysis y

Phylogeny seleccionando el método de máxima parsimonia sin bootstrap para realizar el árbol
filogenético.
 Al aplicar el método de máxima parsimonia sin bootstrap obtenemos un solo árbol
filogenético el cual presenta varias bifurcaciones entre las secuencias pertenecientes a las distintas
especies.

ARBOL FILOGENETICO FRATAXINA CON BOOTSTRAP

Realizando el mismo procedimiento empleado en el apartado anterior, una vez guardado el

alineamiento en formato MEGA, seleccionamos la opción analysis y Phylogeny seleccionando el
método de máxima parsimonia con bootstrap con 1500 replicaciones para realizar el árbol
filogenético.

Una vez aplicado el

método de máxima parsimonia con bootstrap con 1500 replicaciones para realizar el árbol
filogenético podemos concluir que la vaca si se encuentra más alejada del macaco que el
chimpancé, esto lo podemos determinar al observar y analizar las líneas verticales pertenecientes al
árbol filogenético, las mismas que nos indican la distancia en que se alejan las distintas especies y
también al observar las bifurcaciones del chimpancé y la vaca con respecto al macaco.

Siendo de esta manera que el chimpancé se encuentra más cercano a la rama filogenética
del macaco, por lo cual al encontrarse el chimpancé más cerca al macaco tendrá un mayor
porcentaje de parentesco genético y morfológico.
 Alineamiento mediante el método neighbor joining

 Hacer el árbol con bootstrap.

ARBOL FILOGENETICO FRATAXINA CON BOOTSTRAP

Una vez guardado el alineamiento en formato MEGA, seleccionamos la opción analysis y

Phylogeny seleccionando el método neighbor joining con bootstrap con 1500 replicaciones para
realizar el árbol filogenético.

Comparación de los árboles

¿Son iguales los árboles? ¿Por qué?

Los arboles filogenéticos realizados con el método de máxima parsimonia y neighbor joining,
empleando o no boostrap presentan diferencias en lo que respecta a la estructura, las bifurcaciones,
el orden y ubicación de las especies en las distintas ramas filogenéticas.

¿Son iguales al de tus compañeros? ¿Por qué?

No serán iguales debido a que variaran en función al alineamiento realizado por muscle o
clustal y por la cantidad de réplicas empleadas en el método boostrap, ya que al aumentar el
número de réplicas la precisión y exactitud en la construcción del árbol filogenético será mejor.
 ¿Existen dominios conservados?

Si hubo dominios conservados en los alineamientos en las secuencias pertenecientes a

proteínas en distintas especies se realizó el alineamiento con muscle.

Ejercicio 2

Vamos a trabajar con las filogenias de monos del viejo mundo con las secuencias del fichero
hepcidina.fasta.

 Realizar los árboles mediante parsimonia, neighbor joining y Máxima verosimilitud

de las siguientes secuencias: hepcidina

Comparar los árboles obtenidos por los distintos métodos.

 ARBOL FILOGENETICO MAXIMA PARSIMONIA

Realizando el mismo procedimiento empleado en el apartado del ejercicio 1, una vez

guardado el alineamiento en formato MEGA, seleccionamos la opción analysis y Phylogeny
seleccionando el método de máxima parsimonia sin bootstrap para realizar el árbol filogenético.

También se realiza la creación de un árbol filogenético con el método de máxima parsimonia

con boostrap con 1500 replicaciones

Árbol filogenético sin boostrap Árbol filogenético con boostrap

ARBOL FILOGENETICO NEIGHBOR JOINING

Realizando el mismo procedimiento empleado en el apartado del ejercicio 1, una vez

guardado el alineamiento en formato MEGA, seleccionamos la opción analysis y Phylogeny
seleccionando el método de neighbor joining sin bootstrap para realizar el árbol filogenético.

También se realiza la creación de un árbol filogenético con el método de neighbor joining

con boostrap con 1500 replicaciones

Árbol filogenético sin boostrap Árbol filogenético con boostrap

 ARBOL FILOGENETICO MAXIMA VEROSIMILITUD

Realizando el mismo procedimiento empleado en el apartado del ejercicio 1, una vez

guardado el alineamiento en formato MEGA, seleccionamos la opción analysis y Phylogeny
seleccionando el método de máxima verosimilitud sin bootstrap para realizar el árbol filogenético.

También se realiza la creación de un árbol filogenético con el método de máxima

verosimilitud con boostrap con 1500 replicaciones

Árbol filogenético sin boostrap Árbol filogenético con boostrap

Comparación de los árboles

¿Son iguales los árboles? ¿Por qué?

Los arboles filogenéticos realizados con el método de máxima parsimonia, neighbor joining y
máxima verosimilitud, empleando o no boostrap presentan diferencias en lo que respecta a la
estructura, las bifurcaciones, el orden y ubicación de las especies en las distintas ramas
filogenéticas.

¿Son iguales al de tus compañeros? ¿Por qué?

No serán iguales debido a que variaran en función al alineamiento realizado por muscle o
clustal y por la cantidad de réplicas empleadas en el método boostrap, ya que al aumentar el
número de réplicas la precisión y exactitud en la construcción del árbol filogenético será mejor.

¿Existen dominios conservados?

Si hubo dominios conservados en los alineamientos realizados por muscle de las filogenias
de monos del viejo mundo con las secuencias del fichero hepcidina.fasta.