FACULTAD DE CIENCIAS EXACTAS Y NATURALES
PROGRAMA DE BIOLOGÍA APLICADA
CURSO: TAXONOMÍA DE EMBRIOFITOS BASALES
DOCENTE: CARLOS ALBERTO MÉNDEZ PUENTES Email: carlos.mendez@usco.edu.co
PRACTICA VIRTUAL: MANEJO DE PLATAFORMAS Y SOFTWARE (NCBI, MEGA Y ITOL)
OBJETIVO: Identificar diversos programas que
apoyan la construcción de dendogramas a partir
de secuencias moleculares.
PLATAFORMAS PARA UTILIZAR:
1. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/
2. https://itol.embl.de/login.cgi
3. MEGA X
BUSQUEDA DE SECUENCIAS EN EL NCBI
• Ingresar a la plataforma
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/
• Dar click en la pestaña BLAST
• Insertar las secuencias, dejar los parámetros
iguales y darle click en Blast
• Abrir un block de notas, Copiar las secuencias
Y Guardar el archivo en formato .FAS
ANALISIS MOLECULAR MEGA GENETIC X
• Descargar el software de
https://www.megasoftware.net/
• Abrir el programa y dar click en ALIGN y
seleccionar Edit/build Alignment
• Click en Retrieve sequences from a file
• Realizar alineamiento dando en click en
Alignment. Realizar el procedimiento con las
opciones Clustal W y Muscle (No codons).
• Dar click en YES y OK
• En el resultado del alineamiento realizar los
cortes al inicio y al final de la cadena de
secuencias de tal manera que quede
completo.
• Guardar archivo en .FASTA
• Dar click en Phylogeny y realizar la
construcción de arboles con Neighbor-Joining
Tree y UPGMA tree
• Selecciona la cantidad de replicas y dar click
en Ok a los parámetros.
• Guardar los archivos en formato Newick
• Regresar al árbol y dar click en guardar como
archivo .FASTA
MODIFICACIÓN DE ARBOLES EN iTOL
• Ingresar a la página web
https://itol.embl.de/login.cgi y crear su
usuario, con correo institucional
• Dar click en Upload Trees files y buscar el
archivo guardado en Newick
• Después de cargada la información, dan click,
hasta que cargue el árbol realizado en MEGA
X
• Se puede realizar modificaciones al árbol, en
cuanto las ramas, la forma, cambio de colores
por agrupaciones, entre otras.
PAUTAS DEL TRABAJO A REALIZAR
Elaborar un trabajo escrito teniendo en cuenta:
• Información de la especie, nombre científico
y descriptor. Consultar el trabajo en el que es
publicado la secuencia, la referencia y el
autor.
• Características morfológicas, anatómicas y
moleculares de las especies.
• Alineamiento utilizando Clustal W y Muscle.
• Construcción de dendogramas con Neighbor-
Joining Tree y UPGMA tree con su respectivo
análisis.