TRABAJO PRÁCTICO N° 9

Métodos de Reconstrucción Filogenética. Soportes.

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Material a tener en cuenta. Material didáctico, soportes audiovisuales de
teóricos y prácticos correspondientes al TP9 (Aulas Virtuales), Lectura:
“Métodos de inferencia filogenética”.
Consideraciones generales. Realizar los siguientes ejercicios: 1 a 4.
Ejercicio opcional: 5
Para acceder a los programas TNT y Mega, a las explicaciones de su uso y
a la matrices del ejercicio 1 y 2 debe acceder a los hipervínculos resaltados
en el texto o listados al final de este archivo.
Se recomienda, a quienes puedan traer, notebooks con los programas
y matrices descargadas para trabajar en clase.

Ejercicio 1. Análisis de Parsimonia. Uso de TNT (Anexo 1) 

 
Análisis filogenético del género Eurotettix 
Eurotettix (Insecta: Orthoptera) es un género sudamericano distribuido en el noreste de Argentina,
sur de Brasil y este de Paraguay, en las provincias biogeográficas Paranense y Cerrado. Hasta el
presente se conocen 10 especies. Sobre la base de diferentes mecanismos de la determinación
sexual (caracteres cariológicos), se considera que cuatro de estas especies (E. corupa, E. montanus,
E. sttrokyi y E. lilloanus) tienen un origen común. El mecanismo de determinación sexual de estas
cuatro especies no es conocido en las restantes especies del género. Con el objeto de testar la
monofilia del género y las relaciones entre sus especies, Cigliano (2007) realizó un estudio
morfológico basado en ejemplares colectados recientemente y de especímenes de colecciones. Se
analizó la totalidad de especies descriptas hasta la fecha (10 especies) y se hallaron seis especies
que, por sus características, no fue posible asignar a ninguna de las especies conocidas. A partir de
este análisis se generó una matriz de 30 caracteres morfológicos (los caracteres 0 al 16
corresponden a características de la cabeza y tórax; del 17 al 27 de las estructuras genitales de los
machos, el 28 de las estructuras genitales de las hembras y el 29 correspondiente al cariotipo) por 20
taxones (10 especies conocidas de Eurotettix; seis especies nuevas del género; y cuatro especies del
género Chlorus, pertenecientes a la misma tribu y grupo de géneros, incluidas para testear la
monofilia del género Eurotettix).  

A partir de esta matriz (Matriz 1), utilizando el programa TNT, realice un análisis filogenético. 
a. Seleccione y aplique una estrategia de búsqueda y justifique la utilización de la misma. 
b. ¿Cuántos árboles óptimos obtuvo? 
c. Indique los parámetros del o los árboles resultantes (longitud, índice de consistencia e índice de
retención). 
d. Describa el resultado obtenido, indicando los grupos monofiléticos y sus sinapomorfías. 
e. Calcule el soporte de las ramas a través de Bootstrap. ¿Cuáles son los clados mejor soportados? 
f. De acuerdo con los resultados obtenidos: el género Eurotettix, ¿es un grupo monofilético?, ¿es un
grupo bien soportado? 
g. ¿Tomaría alguna decisión taxonómica con respecto a la delimitación de dicho género? Si es así,
¿cuál? 
h. Carbonell y Mesa hipotetizaron un origen común de las especies E. corupa, E. montanus, E.
sttrokyi y E. lilloanus. ¿Considera que los resultados alcanzados apoyan esta hipótesis? Justifique
su respuesta.
Ejercicio 2. Análisis de Máxima Verosimilitud. Uso de MEGA (Anexo 2)

En un estudio sobre la diversidad de planarias (Plathyelminthes: Dugesiidae) de la patagonia norte,

se analizaron ejemplares del arroyo Valcheta (Río Negro, Argentina). El uso de técnicas de histología
clásica permitió la identificación de dos especies desconocidas hasta el momento pertenecientes al
género Girardia Ball, 1974. Con el objetivo de contrastar las hipótesis morfológicas se extrajo y
amplificó un fragmento del gen citocromo c oxidasa I (mADN) y se lo comparó con secuencias del
mismo gen presentes en GenBank de especies de distintos géneros dentro de la familia: Recurva
postrema, Dugesia damoae, D. etrusca, D. sagitta, Schmidtea nova, S. mediterranea, Girardia
dorotocephala, G. tigrina, G. sinensis, y de Polycelis coronata (Planariidea). El alineamiento de las
secuencias se realizó utilizando el programa MEGA-X (Anexo 2) obteniéndose una matriz de 428
bases nitrogenadas (Matriz 2).
A partir de dicho alineamiento lleve a cabo un análisis filogenético aplicando el método de Máxima
Verosimilitud (Maximum Likelihood) con el programa MEGA-X, estableciendo como parámetros para
las réplicas de Bootstrap: nro=100, el modelo evolutivo de sustitución nucleotídica: General Time
Reversible model (GTR) y tasas entre los sitios: Gamma Distributed (G). Utilice el taxón Polycelis
coronata para enraizar el árbol obtenido.

A partir de los resultados que obtuvo responda las siguientes preguntas:

a. ¿Los resultados son congruentes con la hipótesis morfológica previa?
b. ¿Todos los ejemplares colectados en el arroyo Valcheta pertenecen a la misma especie?
Justifique su respuesta
c. ¿A qué género de Dugesiidae asignaría a los ejemplares del arroyo Valcheta?¿Conforman un
grupo monofilético? ¿Presenta un buen soporte de Bootstrap?
d. ¿Cuál es el grupo hermano del género Girardia?

Ejercicio 3
La familia Cannabaceae es un grupo de Angiospermas conformada por 10 géneros y alrededor de
109 especies. Las relaciones filogenéticas dentro de la familia están poco esclarecidas, por lo que en
2013 Yang y colaboradores publicaron un trabajo proponiendo una nueva filogenia para el grupo.
Para esto utilizaron secuencias de cuatro genes provenientes del cloroplasto. Para los análisis
filogenéticos aplicaron Parsimonia, Máxima Verosimilitud (MV) e Inferencia Bayesiana (IB). En la
Figura 5 se presenta el árbol filogenético de las Cannabaceae obtenido por IB. Debido a que los
resultados del análisis por Parsimonia y MV son similares a la IB, solo se presenta este último.

a. Considerando la Figura 5, ¿la familia Cannabaceae es monofilética? ¿Y lo son los géneros que la
conforman?
b. Indique el soporte de la familia Cannabaceae. ¿Considera que es útil tener tres valores de soporte
distintos en un mismo nodo, como sucede en el árbol de la figura 5? Justifique.
c. A su criterio ¿qué nodos tienen el peor soporte? ¿Qué nodo presenta la mayor cantidad de
cambio evolutivo?
 Figura 5. Árbol filogenético de la familia Cannabaceae obtenido por Inferencia Bayesiana (IB) con datos
combinados de cuatro genes del cloroplasto. Las Probabilidades Posteriores (PP) de la IB, los valores de
Bootstrap (%) de la Parsimonia (PB-B) y de la Máxima Verosimilitud (MV-B) se indican en los nodos
(PP/P-B/MV-B). Los guiones indican soportes menor< 50% (modificado de Yang et al., 2013).

Ejercicio 4

Las especies del género Trichuris Roederer, 1761 son parásitos que habitan el intestino ciego de
mamíferos (e.g. primates, roedores). Este grupo presenta particular interés ya que algunas especies
afectan al ser humano (e.g. Trichuris trichiura). Hasta hace unos años el estudio de este grupo se
basaba principalmente en caracteres morfológicos, que en muchos casos no son suficientes para la
delimitación de las especies dentro del género. En 2015 Callejón y colaboradores utilizaron dos sets
de datos concatenados, cada uno compuesto por dos genes nucleares y otro por dos genes
mitocondriales. Con el objetivo de inferir la filogenia del género aplicaron a los datos métodos
probabilísticos de inferencia filogenética (Máxima Verosimilitud e Inferencia Bayesiana). En la figura 6
se muestran los resultados obtenidos a partir de los análisis llevados a cabo.
 Figura 6. A) Árbol filogenético obtenido del análisis combinado de genes mitocondriales utilizando MV. El árbol
consenso a partir de IB presenta la misma topología para el grupo interno. B) Árbol filogenético obtenido del
análisis combinado de genes nucleares utilizando MV. Los árboles obtenidos con MV e IB presentan la misma
topología. Los valores de probabilidad posterior (%) se listan seguidos de los valores de Bootstrap. * Indica el
grupo externo. (modificado de Callejón et al., 2015).

a. ¿El género Trichuris es un grupo natural?

b. Compare los resultados obtenidos a partir de los datos de genes mitocondriales (A) y los
obtenidos a partir de genes nucleares (B), ¿Concuerdan ambas hipótesis en los taxones que
integran el género? En caso de no concordar describa brevemente las discrepancias.
c. ¿Por qué los resultados de ambos análisis son diferentes?
d. ¿Cuáles nodos tienen el peor soporte?

Ejercicio 5
Existen numerosos estudios sobre las relaciones filogenéticas de los anélidos. Sin embargo, los
resultados de varios autores basados en diferentes conjuntos de datos, no son coincidentes pues, en
la mayoría de ellos, no se recuperan los “Sedentaria” y “Errantia” como grupos monofiléticos. Kvist y
Siddall (2013) realizaron un estudio basado en caracteres moleculares aplicando un análisis de
Máxima Verosimilitud. A partir de los resultados presentados en la figura 4:

a. Realice una descripción de los resultados, considerando especialmente los taxones considerados
anélidos “Errantia”, “Sedentaria”, “Clitellata” y “Phyllodocida”. Recuerde que en dicha descripción
se deben indicar las relaciones entre los grupos sin necesidad de detallar las relaciones entre
cada una de las especies.
b. Indique los soportes correspondientes para los grupos naturales descritos en el punto a.
c. ¿Qué taxones son los que presentan mayor cantidad de cambios? Explique dichos cambios.

Figura 4. Árbol de Máxima Verosimilitud. Los valores de Bootstrap se muestran sobre los nodos. Azul,
“Sedentaria”; verde, “Errantia”, rojo otros taxones no considerados como Errantia o Sedentaria; líneas
punteadas, taxones no anélidos y barras grises otra información taxonómica (modificado de Kvist y Siddall,
2013).

De donde descargar programa TNT y tutorial para su uso:

http://sedici.unlp.edu.ar/handle/10915/132734

De donde descargar programa Mega y tutorial para su uso:

http://sedici.unlp.edu.ar/handle/10915/132728

Matriz ejercicio 1: http://sedici.unlp.edu.ar/handle/10915/132724

Matriz ejercicio 2: http://sedici.unlp.edu.ar/handle/10915/132802