TEMA 9: APLICACIONES DE LOS MAPAS GENÉTICOS

El método convencional de mejora se basa en el cruce de dos parentales con

características de interés, obteniéndose un hibrido F1. A partir de la población F1, se
hacen autofecundaciones obteniendo así una F2. El resultado son grandes poblaciones
de miles de planta en el que se van seleccionando fenotípicamente, las plantas que
mejores características tengan.
Se hacen pruebas tanto en invernadero como en campo.

1. Selección asistida por marcadores moleculares (MAS)

La selección asistida por marcadores moleculares se basa en el uso de los marcadores

de ADN estrechamente ligados a un loci como sustituto o asistencia a la selección
fenotípica. Se asume que los marcadores de ADN pueden predecir el fenotipo con un
elevado nivel de confianza.

A partir de una población, se crea un mapa genético a partir del genotipado masivo de
marcadores. Necesito buscar un marcador que segregue con el fenotipo. Una vez
conseguido este marcador, se consigue una característica.

¿Cómo se mejora la selección por

marcadores?
Vamos a poner el ejemplo de que
quiero conseguir una planta resistente.
En primer lugar, tenemos que buscar
un marcador que cosegregue con la
resistencia.
Supongamos que la planta susceptible
tiene frutos que son de interés para el
consumidor. Lo que quiero hacer es
meter la resistencia en esta variedad
susceptible, para que así tenga las dos
características buscadas: resistencia y
producción de buenos frutos. Para ello, hago una población F1, posteriormente,
mediante diversas autofecundaciones, obtengo una F2. A partir de esta F2, hago
selección, es decir, selecciono las plantas que van a ser resistentes.
La ventaja que tienen los marcadores es que puedo hacer el ensayo siendo las plantas
pequeñas (2 o 3 hojas). Así pues, vemos que para las plantas susceptibles me dan una
banda distinta a la de las plantas resistentes. Me interesan las plantas que tienen ese
gen de resistencia en homocigosis.

LA SELECCIÓN FENOTIPICA SE BASA EN MARCADORES DE ADN

Proceso de genotipado
1. Toma de tejido
2. Extracción de ADN
3. PCR
4. Gel electroforesis
5. Secuenciador
6. Análisis de los marcadores

Consideraciones para el uso de MAS

• Usar metodología simple (preferiblemente marcadores basados en PCR)

• Fiables; cada vez que lo repito, salga lo que toca.
• Presenten polimorfismo
• ADN, cantidad y calidad necesitada
• Bajo coste
• Disponibilidad de equipamiento y personal

Es importante, que los marcadores deben estar fuertemente ligados al loci de interés.
Se dice que a partir de 5 cM o menos, ya aceptaríamos que, habrá ligamiento y portaran
el fenotipo de interés.
Si uso solo marcador voy a tener una ventaja, obtención de muchas plantas, pero, hay
mayor porcentaje de error, de que haya escapes. Por ello, empleando dos marcadores,
uno a cada lado, tengo menos escapes, y por tanto mas fiabilidad. Sin embargo, esto
aumentaría el tiempo y coste.

Modo de herencia de los marcadores ligados

Los marcadores codominantes son lo mas útiles.

Supongamos un ejemplo: A partir de una

familia F2, dispongo de un marcador A
asociado a la resistencia. Este marcador A es
dominante en acoplamiento (acoplado a la
resistencia y acoplado a la no resistencia).
Cuando sean resistentes, veré una banda y
cuando no vea resistencia no veré nada.
 A) Dominantes en acoplamiento

Marcador A aparece cuando la planta es Resistente

Resistentes Susceptibles

B) Dominantes en repulsión

Marcador A aparece cuando la planta NO es Ressitente

Ventajas del MAS

• Método simple en comparación con la selección fenotípica. Especialmente para

caracteres que requieren evaluación laboriosa. Ahorra tiempo y recursos.

• Selección en estado de plántula. Importante en árboles o plantas con largo

periodo juvenil. Se pueden seleccionar antes de llevar a campo.
 • Incrementa la repetibilidad. No influenciado por el ambiente. Puede discriminar
entre homocigosis y heterocigosis.

• Selección mas especifica y eficiente de los genotipos. Puede conducir a la

aceleración del desarrollo de la variedad.

2. Retrocruzamiento asistido por marcadores (programas de retrocruzamiento

clásico)

Cuando dos o más variedades poseen características diferenciales que sería deseable
reunir en una sola variedad, se puede recurrir a la hibridación entre ellas y selección de
los genotipos deseables en sus descendencias.

El proceso de hibridación
controlada sigue un proceso
natural, pero el programa de
mejora puede ser bastante
complicado. Por ejemplo, si
tenemos una excelente
variedad de tomate, pero
susceptible al virus del
bronceado del tomate (TSWV)
y otra con resistencia
conferida por el gen SW-5,
podríamos tratar de
incorporar el gen SW-5 a la
variedad susceptible. Para ello
cruzaríamos ambas variedades y retrocruzaríamos varias veces las descendencias con la
variedad susceptible, con objeto de recuperar las características de excelencia de la
variedad, seleccionando en cada ciclo para los cruces sólo los descendientes que fueran
resistentes.

Una manera de asegurar que no es transgénico -->retrocruzamiento asistido por

marcadores

Lo que ocurre cada vez que hago un retrocruce es que hay una distribución. Habrá
algunos individuos en los que habrán recuperado el 75% del fondo genético, y otros
individuos que habrán recuperado el 80%. Si yo supiera qué individuos son, puedo saltar
generaciones, voy avanzando años.

¿Cómo puedo saber los individuos que han recuperado fondo? Parte de genoma de un
padre y otro de la madre. Si tengo suficientes marcadores y los paso en bastantes
plantas de la BC1, puedo recuperarlos.
Hago otra selección, busco los que tengan el gen de resistencia y los que tengan el mayor
fondo recuperado.

La proporción de genoma parental recurrente viene dada por una formula (no estudiar).

A partir de retrocures, obtendré

individuos híbridos u homocigotos.

Para ver el fondo genético, pasaré

tantos marcadores como pueda.
Si quiero saber si tiene o no
resistencia directamente le paso el
marcador de resistencia.
Pero lo que me interesa es que tenga
el gen de resistencia y un mayor
fondo genético parental
BC2.

Al volver a recombinar, los fragmentos son mas pequeños. Elijo la quinta (presenta el
gen de resistencia) y además tiene mucho fondo genético recuperado. En dos
generaciones, soy capaz de recuperar el fondo de la variedad élite y quedarme con un
trocito de genoma que presenta resistencia.

Ahora se FIJAàse autofecunda para que esté en homocigosis.

 3. Clonación basada en mapas (map-based cloning)

La técnica final del método de obtención de genes se llama clonación basada en mapas.

1. Este procedimiento combina información

genética que localiza un gen en una pequeña
región de un cromosoma.

2. La posición del gen se ubica en esa región

mediante el uso de un marcador de ADN que
reside muy cerca del gen. Los primeros dos
pasos ilustran este punto.

3. Por lo general, se descubre un marcador a

poca distancia del gen de interés. Ese
marcador se utiliza para descubrir otro
marcador que está muy cerca y que
cosegrega con el gen de interés. Ese
marcador de cosegregación está muy cerca
del gen (más cerca que el primer marcador) y
se utiliza para aislar una serie de clones
superpuestos o contig.

4. Luego se utiliza una serie de pasos para identificar ORF o marcos de lectura
abiertos. Un ORF es una secuencia de ADN que tiene todas las características de
un gen. Dado que el marcador de ADN (y por asociación el gen de interés) reside
en el contig, uno de los ORF será el gen. No entraremos en detalles, pero el ORF
que es un gen finalmente se identifica por uno de dos procedimientos.

5. La transformación es un enfoque. Como se definió anteriormente, la

transformación implica la adición de ADN a un organismo y cambiar el fenotipo
de ese organismo. Para la clonación basada en mapas, el ORF se agrega a un
organismo mutante, y si la planta transgénica resultante expresa el fenotipo de
tipo salvaje, entonces el ORF es el gen que está tratando de clonar.

Por ejemplo, si tuviera un ORF que codificara el gen responsable de la altura de

la planta en el guisante, ese gen podría agregarse a una planta de guisantes
corta. Si la adición del ORF es el gen para la altura de la planta, esa planta
transgénica sería alta. Un enfoque alternativo es secuenciar muchos fenotipos
mutantes de un ORF específico. Ese análisis puede proporcionar información útil
que le permitiría determinar que un ORF particular es el gen de interés. Este es
el enfoque utilizado en la genética humana.

Para map-based cloning necesitamos:

• Mapa genético denso (SSRs, RFLPs, SNPs…)
• Genoteca de ADN (BACs, YACs…)
Otro ejemplo de para qué nos sirven los mapas genéticos es para ayudarnos al
ensamblaje:
• Se reparte a cada nación parte de los cromosomas del tomate.
• El tener mapas genéticos ayuda a poder posicionar la secuencia de los genomas.
Ayuda importante.
• A través del mapa genético eran capaces de situar los clones de las genotecas.
Determinar la posición y orden de las genotecas. Esto ha ayudado a los proyectos
de secuenciación.
• Se comparan las secuencias de los marcadores y se posicionan. Para poder saber
donde va la posición de los genomas.
• Cada marcador se pasa y se determina.
• Hoy en dia se hace informáticamente

4. Mapeo comparativo

Necesitamos:
• Mapa genético de las especies a comparar
• Conjunto de marcadores comunes

¿Por qué comparar?

• La conservación a través de largas distancias evolutivas sugiere limitaciones
funcionalesà útil para el descubrimiento de genes y otros elementos
funcionales
• La caracterización de las diferencias entre los organismos da pistas de los
mecanismos de que dieron lugar al cambio
• Para aprovechar el conocimiento generado en las especies bien caracterizadasà
sistemas modelo
èESPECIES DE INTERÉS ECONÓMICO

Colinealidad: conservación del orden de los genes entre fragmentos de cromosomas de

diferentes especies.

Microlienalidad: conservación del orden de los genes en fragmentos de ADN mayores

de 50Kb. En este nivel se detectan delecciones, inversiones y duplicaciones.

Loci ortólogos: loci de diferentes especies que se originaron a partir de un ancestro

común.

Loci parólogos: loci de la misma especie que surgen a partir de la duplicación de un

ancestro común.
Creacion de poblaciones NILs

Obtención de individuos que tienen el fondo genético de

uno de los parentales menos un trocito, que generalmente
este trocito representa la característica de interés (por
ejemplo resistencia).
Lo ideal es tener un montón de marcadores e ir
seleccionando los que tengan el fondo recuperado.
Tener marcadores a lo largo de todos los cromosomas
acelera bastante el proceso.

Ejemplo fotografía: tomate cultivado con un fondo de

tomate más asilvestrado. Vemos el mapa genético, cada
una de las barras es un cromosoma y cada una de las líneas
un marcador. Se ve cómo es ese individuo y qué zonas se
han recuperado y qué zonas no. En el ejemplo vemos
varias introgresiones; tiene el fondo limpio salvo algunas
regiones. Si veo algunas características que tenía el
silvestre sabré que está en alguna de las zonas.
Se pueden estudiar características como nuevos azúcares,
y acorta el proceso en 3 o 4

Lineas NIL de melón. Melón con

accesión exótica muy diferente.
Mapa de ligamiento, con sus
cromosomas y marcadores.
Representa en qué zona está la
introgresión. Todo el genoma está
representado en trocitos a lo
largo de los diferentes individuos.
Combinando varias regiones,
pueden determinar qué zonas son
las interesantes. El uso de
marcadores posicionados a lo largo de los cromosomas permite selecciones. Acorta
procesos de selecciones.