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MS / MS Interpretacin

Resultados
Otras pginas de ayuda describen el formato y el contenido de los distintos
informes de resultados. En particular, consulte resultado del informe
general y los informes resumidos de MS / MS . Esta pgina intenta explicar
algunos de los conceptos fundamentales, especialmente los relativos a la
inferencia de protenas.
Iones puntuacin umbrales de importancia
En la mascota, la puntuacin de iones para un partido de MS / MS se basa en la
probabilidad calculada, P, que el partido observada entre los datos
experimentales y la secuencia de base de datos es un evento aleatorio. La
puntuacin en el es-10 log (P). As, durante una bsqueda, si es 1500 pptidos
cayeron dentro de la ventana de tolerancia de la masa sobre la masa precursor,
y el umbral de significacin fue elegido para ser de 0,05, (un 1 en 20
probabilidades de ser un falso positivo), esto se traducira en un umbral de
puntuacin de 45.
Si la calidad de un espectro de MS / MS es pobre, sobre todo si la relacin seal
a ruido es bajo, una coincidencia con la secuencia "correcta" puede no exceder
este umbral absoluto. An as, la mejor coincidencia podra tener una
puntuacin relativamente alta, que est bien separada de la distribucin de
puntuaciones de 1500 al azar. En otras palabras, el resultado es un valor
atpico. Esto indicara que el partido no es un evento aleatorio y, en caso de
prueba usando un mtodo tal como una bsqueda de objetivo-seuelo , tales
partidos puede ser demostrado ser fiable. Por esta razn, la mascota tambin
trata de caracterizar la distribucin de las puntuaciones de azar, y proporcionar
un segundo umbral, inferior a destacar la presencia de cualquier valor
atpico. El, umbral relativo ms bajo se informa como lahomologa de umbral,
mientras que el umbral ms alto se informa como la identidadumbral.
El umbral de identidad es todava til, ya que no siempre es posible estimar un
umbral de homologa. Si la precisin del instrumento es muy alta o la base de
datos es muy pequeo, slo puede haber un pequeo puado de secuencias
candidatas, por lo que no es posible decir si un partido es un caso atpico.
Para una bsqueda de por lo menos 1.000 espectros, donde se utiliz un
seuelo de bsqueda automtica, puede optar por procesar los resultados a
travs de la mascota del percolador . Esto utiliza aprendizaje automtico para
volver a clasificar los partidos, de modo que se obtenga una tasa de falso
descubrimiento ptimo.Las probabilidades revisadas se convierten en
calificaciones de la generacin de informes, junto con un umbral de puntuacin
nica para indicar la significacin.
Las puntuaciones de protenas
La puntuacin de la protena en el informe de resultados de una bsqueda de
MS / MS se deriva de los iones puntuaciones. Para una bsqueda que contiene
un pequeo nmero de consultas, la puntuacin de la protena es la suma de la
puntuacin ms alta iones para cada secuencia distinta. Esto es, excluyendo las
puntuaciones de partidos, duplicados, que se muestran entre parntesis. Una
pequea correccin se aplica para reducir la contribucin de los pocos goles
partidos aleatorios. Esta correccin es una funcin del nmero total de partidos
de masas moleculares para cada consulta. Esta correccin es generalmente
muy pequeas, excepto en ninguna bsqueda de enzimas.
Esta puntuacin protena funciona bien para pequeos bsquedas, y
proporciona un orden lgico con el informe. Si varias consultas corresponden a
una sola protena, pero los iones de las puntuaciones individuales estn por
debajo del umbral, los iones puntuaciones combinadas todava puede colocar la
protena de alta en el informe. Sin embargo, la puntuacin de protena estndar
es menos satisfactoria para las bsquedas con un gran nmero de consultas,
como conjuntos de datos MudPIT. Para cada consulta MS / MS, la mascota
retiene hasta 10 partidos de pptidos. Cuando el nmero de consultas es
comparable con el nmero de entradas en la base de datos, esto significa que
no puede ser al azar, partidos baja puntuacin para cada entrada. Aunque el
nmero promedio de partidos al azar por entrada puede ser baja, el nmero
real sigue la distribucin, y algunas entradas tendr un gran nmero de
partidos, de puntuacin baja, dando lugar a grandes puntuaciones de protenas.

Probabilidad basado en la identificacin de protenas
mediante la bsqueda en bases de datos de la secuencia a
partir de datos de espectrometra de masas.
Perkins DN , Pappin DJ , Creasy DM , Cottrell JS .
Fuente
Fondo Imperial Cancer Research, Londres, Reino Unido.
Abstracto
Varios algoritmos han sido descritos en la literatura para la identificacin de
protenas mediante la bsqueda en una base de datos de secuencias utilizando los
datos de espectrometra de masas. En algunos enfoques, los datos experimentales
son pesos moleculares de pptidos a partir de la digestin de una protena por una
enzima. Otros enfoques utilizan espectrometra de masas en tndem (MS / MS)
datos de uno o ms pptidos. Todava otros se combinan los datos de masa con
datos de la secuencia de aminocidos. Se presentan los resultados de un nuevo
programa informtico, la mascota, que integra los tres tipos de bsqueda. El
algoritmo de puntuacin se basa probabilidad, que tiene una serie de ventajas: (i)
Una simple regla puede utilizarse para juzgar si un resultado es significativo o
no. Esto es particularmente til en la proteccin contra falsos positivos. (Ii) Las
puntuaciones pueden ser comparados con los de otros tipos de bsqueda, como la
homologa de secuencia. (Iii) los parmetros de bsqueda pueden ser fcilmente
optimizadas por iteracin. Se discuten las ventajas y limitaciones de puntuacin
basada en la probabilidad, en particular en el contexto de un alto rendimiento, la
identificacin de protenas totalmente automatizado.

PM-Seq: El uso de modelos de mezclas
finitas de Poisson para el Anlisis de
Datos RNA-Seq y transcripcin de
expresin Cuantificacin Nivel

Abstracto
ARN-Seq ha surgido como una poderosa tcnica para el estudio del transcriptoma. Por
mucho que la mejora de la sensibilidad y la cobertura, RNA-Seq tambin plantea desafos
para el anlisis de datos. La enorme cantidad de secuencia lee los datos, la variabilidad
excesiva, incertidumbres, y los prejuicios y los ruidos derivados de mltiples fuentes de
todo hacer el anlisis de los datos de RNA-Seq difciles. A pesar de muchos avances,
anlisis de datos RNA-Seq todava tiene mucho margen de mejora, especialmente en la
cuantificacin de los niveles de transcripcin de expresin / gen. En este artculo, el uso de
modelos de mezclas finitas de Poisson, se propone un enfoque en dos etapas, denominada
PM-Seq, para caracterizar el nivel de datos RNA-Seq pares de bases y la cuantificacin de
los niveles de transcripcin de expresin / gen. Modelos de mezcla finita de Poisson
combinan la fuerza de los modelos paramtricos con la flexibilidad de los modelos
totalmente no paramtricas, y son extremadamente adecuados para el modelado de los datos
de recuento heterogneos tales como datos de ARN-Seq. En particular, consideramos tres
tipos de modelo de mezcla de Poisson y propone el uso de un procedimiento de seleccin
basado en modelo de BIC para adaptar los modelos a las transcripciones individuales. Un
mtodo de cuantificacin unificada basada en los modelos de mezcla de Poisson se
desarroll para medir los niveles de transcripcin de expresin / gen. Los modelos de
mezcla de Poisson y el mtodo de cuantificacin propuesto se aplicaron para analizar dos
conjuntos de datos de RNA-Seq y demostraron excelentes resultados en comparacin con
otros mtodos existentes. Nuestro enfoque result en una mejor caracterizacin de los datos
y las mediciones ms precisas de los niveles de transcripcin de expresin. Creemos que los
modelos de mezclas finitas de Poisson proporcionan un marco flexible para modelar los
datos de RNA-Seq y los mtodos desarrollados en base a este marco tienen el potencial de
convertirse en herramientas poderosas para el anlisis de los datos de RNA-Seq.



El anlisis del proteoma del hgado del
ratn mediante espectrometra de masas
avanzada
Se presenta un anlisis a gran escala de tejido de hgado de ratn que comprende un
enfoque novedoso fraccionamiento y tcnicas de espectrometra de masas de alta
precisin. Dos fracciones enriquecidas para las protenas solubles y de membrana de 20
mg de tejido congelado se separaron por electroforesis unidimensional seguido por LC-
MS/MS en la trampa de iones lineal hbrido (LTQ)-Orbitrap espectrmetro de
masas. Identificacin Confiado en 2210 protenas se bas en al menos dos pptidos. Se
combinaron este proteoma con nuestro mapa de organoides se inform anteriormente
(Foster et al. clula 2006 , 125 , 187-199) para generar un nivel de confianza del ratn
proteoma muy alta hgado de 3.244 protenas. Las protenas identificadas representan el
proteoma del hgado sin sesgo discernible debido a las propiedades fsico-qumicas de
protenas, la distribucin subcelular, o la funcin biolgica. Cuarenta y siete por ciento
de las protenas identificadas fueron anotados como unida a la membrana, y el 35,3%,
se predijo dominios transmembrana. Para la aplicacin potencial en toxicologa o
estudios clnicos, que demuestran que es posible identificar sistemticamente ms de
1.000 protenas en una sola carrera.
Palabras clave: Hgado LC-MS/MS LTQ-Orbitrap Toxicologa electroforesis en
gel 2D protemica

Introduccin
El hgado es un rgano grande y complejo multifuncional de los
vertebrados. Sus funciones incluyen la transformacin de los nutrientes en el
tracto digestivo, la transformacin de las sustancias txicas, y la produccin
de las protenas plasmticas. Los hepatocitos son el tipo celular ms
abundante en el hgado que comprende dos tercios de su masa. Adems de
las clulas endoteliales, el hgado contiene las clulas de Kupffer, que son
clulas inmunes del linaje de macrfagos, as como las clulas de Ito, cuya
funcin es la de almacenar la grasa. El hgado est involucrado en muchas
enfermedades importantes como el cncer heptico, que es frecuente en las
regiones de Asia, y en pacientes con cirrosis heptica inducida por el
alcohol. Otro aspecto interesante y nico del hgado es su capacidad para
regenerarse. Por lo tanto, se espera Mapeo de su contenido proteoma de
contribuir a la comprensin de diversos procesos biolgicos y sus cambios
sobre las enfermedades. Por consiguiente, el hgado ha sido objeto de
muchos estudios protemicos.
1
La mayora de estos se basan en la
electroforesis bidimensional (2DE) separacin seguido por la digestin de
manchas de protenas visualizadas por tincin y la identificacin de protenas
por espectrometra de masas.
2,3
El ms grande 2DE basado en estudio
analiz puntos 5800 de 14 geles de dos dimensiones que resultan en la
identificacin de 326 genes (309 protenas de hgado de ratn).
4
En la
actualidad, la base de datos 2DE contiene slo 338 protenas. (Ref 4
y http://www.expasy.org/ch2d/ ).
Debido a las limitaciones de la protemica 2DE basados, enfoques
alternativos se han empleado para estudiar el proteoma del hgado.
2,4-
7
Recientemente, el uso de separacin de protenas y mltiples tecnologas de
identificacin, un conjunto de datos de 2.495 protenas distintas en el hgado
fetal humano se public.
7
Emili y compaeros de trabajo analizado seis
tejidos de ratn, incluyendo el hgado del ratn, el uso de trampas de iones
LCQ. Se inform de 1.728 protenas hepticas de ratn.
8
Nuestro laboratorio
construido un mapa orgnulo mamfero mediante perfiles correlacin
protena. Como parte de este proyecto, se identificaron 2197 protenas del
hgado de ratones con una alta rigurosidad.
9

La complejidad de los proteomas de rganos, en trminos de la cantidad de
diferentes protenas y rango dinmico, as como su amplio espectro de
propiedades fisicoqumicas, requiere tanto la preparacin de la muestra
imparcial y la tecnologa de identificacin de protenas de muy alto
rendimiento. Proteomas se pueden separar en fracciones en trminos
generales correspondientes a los compartimentos celulares, tales como
ncleo, citosol, y las fracciones de membrana, o pueden ser enriquecidos en
funcin de su solubilidad. Mientras que el aumento de tiempo de anlisis,
tales amplio fraccionamiento permite una cobertura ms profunda del
proteoma en comparacin con el anlisis directo de homogeneizado de
tejido. La tecnologa de espectrometra de masas ha mejorado notablemente
en los ltimos aos
10
y ahora es posible identificar a cientos o incluso miles
de protenas en los proyectos individuales. Un rea depreocupacin es la
especificidad de la identificacin de protenas, especialmente con la
instrumentacin de baja resolucin.
11
Sin embargo, como hemos
demostrado recientemente en un nmero de proteomas de fluidos
corporales, ahora es posible mapear muy grandes proteomas, sin o con muy
pocos falsos positivos.
12, 13
A continuacin, se realiz un anlisis a gran escala
del proteoma del hgado del ratn de acuerdo con estos principios. La
aplicacin de criterios muy estrictos, hemos asignado 2.210 protenas
hepticas que contienen 47% de protenas de membrana. Luego
combinamos nuestros resultados con nuestro estudio organellar anterior
para producir una gran proteoma del hgado referencia. La distribucin de las
propiedades fsico-qumicas de este proteoma hgado de ratn es 96% similar
a todo el proteoma de ratn predicho. Adems, se investig la idoneidad de
nuestro enfoque con el mapeo rpido de pequeas cantidades de tejido
heptico. Se encontr que ms de 1.000 protenas pueden ser identificados
en un solo LC-MS/MS carreras, por lo que esta tecnologa potencialmente til
en estudios toxicolgicos y clnicos.

Procedimientos Experimentales

Fraccionamiento del tejido. El protocolo aqu descrito es un desarrollo de
nuestro trabajo anterior sobre el tejido cerebral.
14,15
hgados congelados 8-10
semanas de edad ratones Webster suizos eran de Pel-Freeze (Rogers,
AR). Para obtener un proteoma representante, disecadas piezas 5-mg de 5
hgados (total de 20 mg de tejido). Estos se mezclaron en 0,5 ml de tampn
que contena 0,33 M de NaCl, 10 mMgCl
2
, y 10 mM de HEPES / NaOH, pH
7,4, utilizando un IKA Ultra Turbax mezclador a una velocidad mxima de
alrededor de 25 000 rpm durante 20 s. El homogeneizado se centrifug en el
rotor MLA 130 a 120 000 rpm a 4 C durante 10 min. El sobrenadante se
descart, y el sedimento se homogeneiza como anteriormente en 0,5 ml de
tampn de 2 M de NaCl, 10 mM de HEPES / NaOH, pH 7,4, y EDTA 1 mM, y la
suspensin se centrifug a 120 000 rpm a 4 C durante 10 min. El
sobrenadante (fraccin de protena soluble) se recogi, las protenas se
precipitaron con sulfato de amonio al 80%, y se extrajo dos veces con 0,1 M
de Na
2
CO
3
y 1 mM de EDTA, pH 11,3, en hielo durante 30 min. El sedimento
final (fraccin de protena de membrana) se utiliz para el anlisis adicional.
Las alcuotas de las fracciones de protenas solubles y de membrana se
separaron mediante SDS-PAGE, utilizando NuPAGE Novex Bis-Tris geles
(Invitrogen, Carlsbad, CA) segn las instrucciones del fabricante. El gel se ti
con azul de Coomassie utilizando el Kit de tincin con azul coloidal
(Invitrogen). Cada carril se cort en rebanadas de 10 que fueron sometidos a
digestin en gel.
En-Gel de digestin de protenas. La digestin se realiz bsicamente como
se describe.
16
Gel bandas se lavaron con bicarbonato de amonio 50 mM y
etanol al 50% y se incubaron con DTT 10 mM en bicarbonato de amonio 50
mM durante 1 h a 56 C para la reduccin de la protena. La grupos tiol libre
resultante (-SH) fueron posteriormente alquilarse mediante la incubacin de
las muestras con yodoacetamida 55 mM en bicarbonato de amonio 50 mM
durante 1 h a 25 C en la oscuridad. Los trozos de gel se lavaron dos veces
con un bicarbonato de amonio 50 mM y solucin de acetonitrilo al 50%, se
deshidrataron con etanol al 100%, y se secaron en un concentrador de
vaco. Cada pieza de gel fue re-hidratado en 50 l de bicarbonato de amonio
50 mM y se digiri con 0,4 g de tripsina a 37 C durante la noche. Los
sobrenadantes se transfirieron a nuevos tubos, y los pptidos restantes se
extrajeron mediante la incubacin de trozos de gel dos veces con 30% de
acetonitrilo (MeCN) en cido trifluoroactico al 3% (TFA), seguido por
deshidratacin con 100% de MeCN. Los extractos se combinaron y se
desalaron usando columnas StageTip RP-C18,
17
y los pptidos eluidos se
utilizaron para el anlisis de espectrometra de masas.
En la solucin de la digestin de protenas para el anlisis Express. Dos
miligramos de tejidos fueron incubadas en 20 l de urea 8 M durante 30
min. Despus de centrifugacin a 1400 g durante 5 min, el sobrenadante se
suplement con DTT 1 mM y se incub durante 30 min. Los tioles se
carboximetil con yodoacetamida 5 mM durante 20 min, y las protenas se
digirieron por adicin de 1 g de LysC durante 3 h. Despus de la dilucin de 4
veces con bicarbonato de amonio 50 mM, se aadi 1 g de tripsina, y la
muestra se incub durante la noche. Todas las etapas se realizaron a
temperatura ambiente. La digestin se termin por acidificacin de la
muestra a pH <2 con TFA al 100%.
NanoLC - . Anlisis de MS / MS Todas las mezclas de pptidos digeridos
fueron separados por cromatografa lquida en lnea de fase inversa (RP)
nanoescala capilar (nanoLC) y se analizaron por espectrometra de masas en
tndem por electrospray (ES MS / MS). Las muestras se inyectaron en un 15
cm de fase inversa, de slice fundida de columna capilar (dimetro interior 75
micras, envasados en-casa con 3 micras Reprosil-Pur-C18 AQ medios de
comunicacin el Dr. Maisch GmbH, Ammerbuch-Entringen, Alemania),
utilizando Agilent 1100 sistema de nanoflujo (Agilent Technologies, Palo Alto,
CA). La configuracin de LC estaba conectado a un espectrmetro de masas
LTQ Orbitrap (Thermo Fisher Scientific, Bremen, Alemania) equipado con una
fuente de iones de nanoelectropulverizacin (Proxeon Biosystems, Odense,
Dinamarca). Los pptidos se separaron con gradientes de 100 min desde 5 a
40% de acetonitrilo en cido actico al 0,5%. Adquisicin dependiente de los
datos se realiz en el espectrmetro de masas LTQ-Orbitrap en el modo de
iones positivos. Anlisis de la encuesta de MS fueron adquiridos en el
orbitrap con la resolucin ajustada a un valor de 60 000. Cada anlisis fue
recalibrado en tiempo real por la co-inyeccin de un patrn interno a partir
del aire ambiente en el C-trampa ('opcin lock mass').
18
hasta 5 iones ms
intensos por ciclo fueron fragmentados y analizado en la trampa lineal. Iones
de destino ya seleccionados para MS / MS fueron excluidos dinmicamente
durante 45 s. Para reducir los efectos de muestreo semi-aleatoria, cada
muestra se llev a cabo dos veces.
Base de datos de bsqueda y anlisis de datos. Los datos se analizaron
mediante un sistema automatizado en la casa de tuberas y el motor de
bsqueda de la mascota.
19
exactitud de masas despus de la recalibracin
suele ser mejor que 1 ppm, y no pptidos con desviacin de masa superior a
5 ppm se permiti. Todos los conjuntos de datos MS se realizaron bsquedas
en contra de un seuelo de datos de protenas IPI especialmente preparada
del ndice Internacional de Protenas (Decoy IPI versin 3.18) que contenga
adelante y secuencias invertidas. El uso de bases de datos seuelo permite
pruebas empricas del nivel de falsos positivos identificaciones.
20
Los
siguientes criterios se usaron para generar un conjunto de datos de alta
confianza: (1) pptidos deben tener al menos siete aminocidos de longitud;
(2) cada pptido puntuacin es de ms de 37 ( p <0,005); (3) la puntuacin de
la protena, que es la suma de las puntuaciones de pptidos nicos, debe ser
mayor que 60 ( p <0,0001). Con el uso de estos criterios, no se observaron
falsos positivos xitos. Se identific un total de 18 933 pptidos y 2.210
protenas nicas.Los conjuntos de datos fueron anotados y analizados
utilizando ProteinCenter, un paquete de software desarrollado por la
protemica Proxeon Biosystems A / S (Odense, Dinamarca).
Comparacin de las protenas del hgado a la OPH de plasma conjunto de
datos. Se utiliz ProteinCenter (Proxeon Bioinformtica, Odense,
Dinamarca), que es un software de minera y la gestin de datos
protemicos, para comparar nuestro conjunto de datos con el conjunto de
datos OPH de plasma previamente publicado.Para mapear nuestro conjunto
de datos al conjunto de datos HUPO, cargamos los conjuntos de datos como
dos grupos deProteinCenter. Los conjuntos de datos se agrupan a
continuacin, sobre la base de la similitud de secuencia, y el criterio de
optimizacin utilizado fue "grupos ms homogneos" secuencias de la
protena en el que se agrupan para hacer que los grupos individuales lo ms
homognea posible. El umbral de similitud de 70% fue elegido como el punto
de corte para definir grupos de secuencias. Las protenas hepticas
pertenecientes a los grupos de al menos dos protenas con al menos un
identificador del conjunto de datos OPH se consideraron superposicin.
Protena anlisis de concordancia ARNm. Gene Atlas versin 2
[ http://wombat.gnf.org/index.html ] ratn conjunto de datos de microarrays se
utiliz para el anlisis. Los archivos CDA primas e informacin relacionada
con la anotacin fueron amablemente proporcionados por los autores a
peticin. Se utiliz el software "dCHIP" para el anlisis de los datos de
microarrays ( http://biosun1.harvard.edu/complab/dchip/ ). Slo las muestras de
hgado de ratn que estaban disponibles en rplicas fueron elegidos para el
anlisis para facilitar la comparacin directa con nuestro conjunto de
datos. El anlisis se llev a cabo en dos pasos. En el primer paso, se estim la
expresin basal del transcriptoma del hgado del ratn y, en el segundo paso,
estudiamos nuestros datos proteoma del hgado establecidas en los datos
transcriptoma. La expresin de la sonda fija en las repeticiones se calcul
utilizando PM-slo en el modelo, y se normaliz ms utilizando mtodo de
normalizacin conjunto invariante. Los valores de expresin se convirtieron
despus en escala de log2. Los datos fueron filtrados en base a la presente
(P) versus ausencia (A) Porcentaje de llamadas. Despus de usar los criterios
estrictos de 100% llamada P para la aceptacin de la calidad del conjunto de
sondas y de expresin, slo 9.664 sonda fija de 36 118 calificado como
sustituto de la basal heptica la expresin del ARNm de
tejidos. Posteriormente, estudiamos nuestra lista proteoma de este conjunto
la expresin basal estimada. Esto se hizo mediante un proceso de 2 niveles
de cartografiar nuestras identificaciones IPI a Entrez Gene identificadores
que fueron asignadas a los ID de sonda usando la anotacin de datos
proporcionados por los datos de microarrays. En total, podramos trazar
nuestros datos hgado establecidos para 1856 sondas en los datos filtrados se
establece con 9.664 conjuntos de la sonda. Estos datos 1856 sonda-set
fueron considerados como los genes (protenas) que pudimos identificar, y
otros 7808 se utilizaron como un conjunto no-identificado. Utilizamos esta
informacin consolidada para calcular la media de la expresin de ARNm
para el identificado frente proteoma no identificado usando los niveles de
expresin de 9.664 conjuntos de sonda.
Anlisis de enriquecimiento de Ontologa de Genes (GO) categoras. Bingo,
el plugin de Cytoscape para encontrar estadsticamente excesiva o
insuficientemente representados Gene Ontologa (GO) categoras,
21
se utiliz
para el anlisis de enriquecimiento de nuestro conjunto de datos proteoma
del hgado. El conjunto de datos proteoma del hgado se compara con un
conjunto de referencia completa del ratn proteoma (IPI ratn) GO
anotaciones. De acuerdo con instrucciones de la pgina Web de bingo
( http://www.psb.ugent.be/cbd/papers/BiNGO ), la anotacin GO personalizado para
el conjunto de referencia de toda versin 3.18 IPI conjunto de datos del
ratn fue creado por la extraccin de la GO anotaciones para ratn IPI ids de
EBI GOA Ratn versin 29.0 (http://www.ebi.ac.uk/GOA/MOUSE_release.html ). El
ratn 29,0 liberacin GOA contiene anotacin para 33 766 protenas
recopilados de diferentes fuentes. El anlisis se realiz mediante "prueba
hipergeomtrica", y todos los trminos GO, que fueron significativas
con p <0,001, despus de corregir las mltiples pruebas trmino por
Benjamini y correcciones tasa de falso descubrimiento Hochberg, fueron
seleccionados como sobre o subrepresentados.
InterPro Enriquecimiento de dominio para la penetracin en funcin de la
protena. anotaciones InterPro (liberacin 13,0) se utilizaron para la
bsqueda de dominios de protenas enriquecido estadsticamente en nuestro
conjunto de datos. Se utiliz el Cytoscape plugin de bingo para el anlisis de
enriquecimiento de dominio. Para este anlisis, hemos creado una sencilla
ontologa InterPro al analizar el archivo "interpro.xml" de la liberacin de
13.0, disponible en ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/interpro/ mediante
scripts internos. La ontologa InterPro costumbre fue creada conforme a las
especificaciones de formato ontologa de Cytoscape. Tambin un conjunto
de referencia de InterPro anotacin de proteoma completo del ratn fue
creado por analizar el archivo "ipi.MOUSE.IPC", que contiene todos los
partidos InterPro para IPI base de datos del ratn 3.18, disponible en
ftp://ftp.ebi.ac.uk/ pub / bases de datos / IPI / current / en el momento del
IPI versin 3,18. El anlisis se realiz mediante "prueba hipergeomtrica", y
todos los trminos de InterPro, que fueron significativas con p <0,001
despus de corregir las mltiples pruebas trmino por Benjamini y
correcciones tasa de falso descubrimiento Hochberg, fueron seleccionados
como sobre o subrepresentados.
Comparativa de nuestro conjunto de datos con datos 2D gel ratn
Configure utilizando terico Distribucin de p I y peso molecular como los
criterios.Fasta secuencias de los datos 2D gel y datos proteoma del hgado
fueron extrados mediante scripts internos. La secuencia completa de fasta
Uniprot ratn ha sido descargado de
ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/uniprot/ current_release / knowledgebase
/ taxonomic_divisions /. El p I peso molecular y se calcularon utilizando el
algoritmo estndar se inform anteriormente.
22
estimaciones de densidad
kernel normales bidimensionales se utilizan para convertir el grfico de
dispersin de un gel terico 2D (log10 masa molecular vs p I ) en una
estimacin de densidad de puntos en cada punto en una cuadrcula de 200 x
200 de p I 2 al 14 y la masa molecular 800-600 000. Similitud entre dos geles
2D tericos se calcul "correlacin de Pearson" de todos los puntos en la
cuadrcula para cada parcela.
23


Resultados y Discusin
Anlisis global del proteoma de hgado de ratn. A menudo, la mayor limitacin para
el mapeo eficaz de proteomas es no slo la instrumentacin de espectrometra de masas,
sino tambin la estrategia de fraccionamiento. Una estrategia til debe mantener el
nmero de fracciones analizadas bajos y permitir la representacin uniforme de
diferentes tipos de protenas en trminos de sus propiedades
fisicoqumicas. Considerando que los espectrmetros de masas actuales requieren muy
bajas cantidades de protena para la identificacin, la mayora de los enfoques de
fraccionamiento consumen incomparablemente ms grandes cantidades de muestras
biolgicas. Por lo tanto, se necesitan mtodos que permiten el procesamiento de
pequeas cantidades de tejido en estudios en los que estn disponibles como, por
ejemplo, cantidades limitadas de tejido congelado, en muchas muestras clnicas.
Hemos desarrollado un mtodo de preparacin de muestras sencilla mediante extraccin
diferencial secuencial y centrifugacin de la muestra congelada tejidos de ratn (vase
Procedimientos Experimentales). En contraste con estudios anteriores que utilizan al
menos 200 mg de tejido heptico,
2-7,9
en nuestro enfoque, se utiliz una muestra de
biopsia de tamao cerca de slo 20 mg. Slo una parte de este material se consume para
el anlisis. A pesar de la cantidad de al menos un orden de magnitud menor en
comparacin con estudios anteriores, hemos sido capaces de generar el mayor proteoma
del hgado del ratn hasta la fecha. Esto demuestra que los mtodos de preparacin de
muestras se pueden optimizar drsticamente en comparacin con los mtodos en uso
rutinario. Adems, nuestro conjunto de datos contiene un gran nmero de protenas con
propiedades que estn insuficientemente representadas en la mayora de los estudios
anteriores, tales como protenas de la membrana (ver ms abajo). Por lo tanto, nuestra
muestra estrategia de preparacin parece ser efectivo y adecuado para una amplia gama
de aplicaciones, incluyendo el anlisis de muestras clnicas.
Usando el enfoque experimental descrito en la Figura 1, Se realiz un anlisis global del
proteoma del hgado del ratn. Las fracciones que contienen componentes solubles en
sal y la membrana de hgado fueron solubilizadas con SDS y se separaron en SDS-
PAGE 1D. Cada uno de los dos carriles se cort en rebanadas de 10 que fueron
sometidos a digestin en gel con tripsina y los pptidos generados fueron analizados por
nanoLC-MS/MS.

Figura 1 El flujo de trabajo de anlisis utilizado para perfilar las protenas del hgado de
ratn.
Para garantizar la calidad del conjunto de datos generado, ideal para eliminar totalmente
todas las identificaciones falsos positivos, se procesa utilizando criterios muy
estrictos. Inicialmente, establecimos nuestras tasas de falsos positivos mediante la
bsqueda en los datos obtenidos a partir de diferentes LC-MS se ejecuta contra una base
de datos seuelo del ratn
24
que consiste en tanto hacia adelante y revirti hgado de
ratn secuencias de protenas. Hemos establecido varios criterios de validacin, pptido
de longitud, precisin pptido masa, y las puntuaciones de identificacin de pptidos y
protenas. Los criterios excluyen prcticamente todos los falsos positivos, a juzgar por
la ausencia de xitos de protenas de la base de datos inversa (vase Procedimientos
Experimentales e informacin de apoyo. Figura 1).Es importante destacar que,
'GeLCMS' divide el proteoma en varias subproteomas de menor complejidad (10 veces
menos complejo en este caso). Al requerir un mnimo de dos pptidos por protenas y de
la misma banda, hemos mejorado significativamente la especificidad de bsqueda en
comparacin con todo el anlisis del proteoma un 'escopeta'.
Los resultados finales del anlisis se resumen en la Tabla 1. En total, 2.210 protenas
fueron representados por al menos dos pptidos que cumplieron con los criterios
descritos anteriormente (Apoyo a la Informacin, la Tabla 1).
Tabla 1. Protein Data Profiling de Este y nuestro estudio anterior (Foster et al.
9
)
comentado:
estadsti
ca
protenas
identificad
as
transmembr
ana predicho
membra
na
mitochodr
ial
Gol
gi
ncle
o
extracellu
ar
citoplasmt
ica
Datos
actuales
2210 781 1036 452 102 300 260 220
Foster et
al.
2197 672 1100 673 621 420 336 243
La aparicin de las protenas plasmticas. tejidos son mantenidos por la importacin
y exportacin de sustancias transportadas por la sangre. Por esta razn, es difcil evitar
la identificacin de protenas de la sangre en experimentos de mapeo del tejido. Por otra
parte, el hgado sintetiza muchas de las protenas plasmticas circulantes incluyendo
albmina de suero, la protena plasmtica ms abundante. Para estimar el grado de
presencia de protenas de la sangre en nuestro conjunto de datos de hgado, se calcul el
porcentaje de pptidos derivados de las ms abundantes protenas del plasma
sanguneo. Se encontr que slo 0,58% de los pptidos no redundantes son de albmina,
IgG, fibringeno, transferrina, IgA, IgM, haptoglobina, alfa 2-macroglobulina, alfa-1
glucoprotena cida, alfa-1 antitripsina, y HDL (Apo AI y Apo A -II), que representan el
95% de la masa de las protenas plasmticas.
13,25,26
En total, slo 92 protenas que se
encuentran en los datos actuales del hgado fueron previamente identificados en el
plasma humano
27
(no se muestra).
Identificacin de Protenas de la Membrana hgado. Debido a su hidrofobicidad y
propiedades anfiflicas, protenas de la membrana estn insuficientemente representadas
en muchos conjuntos de datos protemicos.
14
Sorprendentemente, las protenas de
1.036 (47%) fueron anotados como protenas de membrana y 781 (35,5%) contenida
dominios transmembrana predichos (Apoyo Informacin, Figura 2B). Fraccin soluble
y de membrana contena 30% y 57% de protenas anotado como unida a la membrana
por GO, respectivamente. El ochenta por ciento de las protenas compartidos entre las
fracciones fueron anotados como protenas mitocondriales. El alto contenido de
protenas de membrana que se encuentran en la fraccin soluble se explica en parte por
los mltiples GO anotaciones de muchas protenas (informacin de apoyo, Figura 2A).
Construccin de una referencia de ratn proteoma del hgado . Recientemente
hemos informado de un mapa a gran escala de los orgnulos de mamfero.
9
A medida
que el estudio se realiz en el hgado del ratn, utiliza una estrategia fraccin diferente y
complementario, y requiere extremadamente altos umbrales para la identificacin de
protenas estima falsos positivos tasa de menos de 1 en 8000 que deseaba para
combinar los dos estudios para producir un gran alto grado de confianza y de hgado de
ratn de referencia del proteoma (Figura 2). Los datos cartogrficos organellar
contenan 2.197 protenas de las cuales 1.163 eran comunes a nuestro conjunto de
datos. Adems, nico pptido identificaciones de protenas, que no fueron admitidos en
el estudio inform aqu, se superponencon otros 274 (36,2%) protenas a partir del mapa
organoides. En conjunto, nuestros dos estudios dieron como resultado la identificacin
de 3.244 protenas presentes en el proteoma de hgado de ratn. Hasta donde sabemos,
este es el ms grande de alta confianza rgano proteoma hasta la fecha. Se pondr a
disposicin de la comunidad cientfica en la base de datos unificada proteoma Max-
Planck (MAPU) (www.mapuproteome.com / hgado).

Figura 2 Comparacin de los datos de hgado previamente publicados (Foster et. Al
9
)
con los datos actuales.
Comparacin con los conjuntos de datos anteriores . A continuacin cubri nuestro
proteoma del hgado del ratn consolidada con los datos publicados recientemente
establecidos en el hgado fetal humano informar 2.495 protenas. El uso de un umbral
de 70% de identidad de secuencia para la bsqueda de ortlogos entre el ser humano y
el ratn, se encontr 791 protenas en nuestro estudio de datos que corresponde al
conjunto de datos del feto. Teniendo en cuenta las diferencias en las metodologas
utilizadas, en los proteomas de fetal y adulto, as como el ratn y el hgado humano, esta
superposicin parece razonable. Emili y colaboradores informaron recientemente un
estudio sobre seis tejidos de ratn en el que se identificaron 1728 protenas de hgado de
ratn.
8
De stos, 1082 tambin estn presentes en nuestro mapa proteoma, una
superposicin de 62%. Esto es mucho ms alto que las comparaciones anteriores de
proteomas de plasma, que mostraron casi ningn solapamiento en absoluto.
28

Discrepancias restante puede ser debido a diferencias en la preparacin de muestras y la
instrumentacin, adems de la astringencia muy alta de identificacin necesarios aqu.
Sensibilidad del anlisis del proteoma como se juzga a partir de ARNm de
datos. Para estimar la profundidad del proteoma identificado con respecto a la
expresin de ARNm, se compar la lista proteoma identificado con los datos de
microarrays ratn conjunto publicados por Su et al.
29
La premisa fue estimar la nivel de
expresin de ARNm en el tejido de hgado de ratn y para comparar los niveles de
expresin de los genes identificados y sus productos proteicos a los de los genes no
identificados (protenas). Como se muestra en la Figura 3, La distribucin del nivel de
expresin de ARNm fue aproximadamente 2 veces superior para los genes cuyos
productos se detectaron en nuestro anlisis protemico en comparacin con los que no
se observ. Esta diferencia relativamente pequea en la abundancia de ARNm
correspondiente para las protenas detectadas y no detectados sugiere que nuestro
anlisis de MS no est sesgada groseramente a las protenas muy abundantes.

La Figura 3 Protena anlisis de concordancia ARNm. La distribucin del nivel de
expresin de ARNm fue aproximadamente 2 veces superior para los genes cuyos
productos se detectaron en nuestro anlisis protemico (diamantes), en comparacin con
los que no lo eran (cuadrados).
Anlisis de enriquecimiento de Ontologa de Genes (GO) categoras. Combinado
con el mapa organellar de protenas hepticas que se haba informado anteriormente, en
total, un mnimo de 3.244 protenas se presentan en el proteoma del hgado del
ratn. Como una aproximacin a la comprensin de las funciones moleculares de
hgado y el componente celular, se realizaron bsquedas de conocida GO categoras en
3.244 protenas hepticas de ratn y los datos proteoma del ratn totales (informacin
de apoyo, las Figuras 3 y 4). Con el uso de un software de libre disposicin,
21
de los 10
mejores funciones con representacin superior ( P<0,05) se determinaron y se enumeran
en la (Tabla 2). Una limitacin de nuestro anlisis es que la espectrometra de masa est
todava algo sesgada hacia las protenas ms abundantes (vase ms arriba). Por lo
tanto, las categoras pueden parecer estar excesivamente representados slo por
pertenecer a las clases ms abundantes protenas. Sin embargo, GO anlisis muestra que
las protenas de hgado de ratn reflejan una amplia gama de funciones
moleculares. Como era de esperar, el metabolismo, la organizacin celular, y la
biognesis son las principales funciones relacionadas con el tejido del hgado.
Tabla 2. Gene Ontologa (GO) categoras enriquecido en el proteoma del hgado del
ratn
a

Ontologa de
Genes
GO categora nmero de protenas
anotado
P -valor
Procesos
Biolgicos
metabolismo 1589 7.23E-37
Procesos
Biolgicos
establecimiento de localizacin 800 1,05 E-
61
Funcin
Molecular
actividad cataltica 1358 9.00E-
100
Funcin
Molecular
actividad hidrolasa 483 1,23 E-
20
Funcin
Molecular
actividad oxidorreductasa 403 3,00 E-
100
Procesos
Biolgicos
transporte de protenas 224 1.36E-45
Funcin
Molecular
actividad hidrolasa, que acta sobre
anhdridos de cido
186 5.88E-25
Funcin
Molecular
actividad pirofosfatasa 186 6.90E-26
Funcin
Molecular
La actividad de transporte 182 3.81E-24
Funcin
Molecular
Actividad de la ATPasa 95 7.53E-08
un
Un total de 22 456 protenas de ratn y 3244 los datos actuales del hgado fueron
anotados por la informacin GO proceso biolgico. Los 10 principales categoras GO
enriquecido en el proteoma del hgado del ratn se enumeran.
InterPro Enriquecimiento de dominio para Insight en funcin de la protena. Se
analiz la distribucin de la anotacin funcional de dominio de nuestros datos hgado y
lo compar con todo el proteoma del ratn usando InterPro
30
(Tabla 3). El hgado es el
sitio principal de eliminacin del frmaco de la circulacin. Se expresa numerosas
enzimas metabolizantes de frmacos, incluyendo el citocromo P450
31
y glutatin S -
transferasa (GST)
32
familias, as como la captacin y transportadores de salida que
tambin tienen papeles importantes en la disposicin y el aclaramiento del
frmaco.
33
Por consiguiente, los dominios asociados con estas funciones fueron
excesivamente con una alta significacin estadstica.
Tabla 3. Interpro Categoras enriquecido en el hgado del ratn proteoma
un

Sistema de
InterPro
InterPro categora nmero de protenas
anotado
P -valor
Dominio ARN motivo de reconocimiento 81 9.46E-
06
Dominio De unin a nucletidos 72 6.85E-
12
Dominio Inmunoglobulina tipo C1 55 3.09E-
06
Familia Ras GTPasa 64 2.72E-
15
Dominio Dominio de la protena de unin a
GTP
65 4.36E-
17
Dominio AAA ATPasa 60 8.42E-
17
Dominio Ras 47 1.08e-
09
Familia Citocromo P450 58 2.40E-
16
Dominio Tiorredoxina-como veces 53 2.43E-
18
Familia La glucosa / deshidrogenasa ribitol 46 3.93E-
25
un
Un total de 22 456 protenas de ratn y 3244 los datos actuales del hgado fueron
anotados por procesar la informacin Interpro. Los 10 mejores protenas de dominio y
amigos categoras enriquecido en el proteoma del hgado del ratn se enumeran.
Comparativa de nuestro conjunto de datos con perfiles de estudios anteriores de
hgado Proteomas mediante distribucin terica de p I y peso molecular como
los Criterios. parcela 2D terico(P I peso molecular vs) a menudo se ha utilizado para
determinar la cobertura del proteoma identificado.
34
Hemos ampliado este marco
terico mediante el clculo de las estimaciones de la densidad del ncleo normales de
dos dimensiones para la 2D-trama, lo que le da una perspectiva 3D que es susceptible a
la interpretacin visual y objetiva para el anlisis.
34
Tres de estas parcelas fueron
creadas para nuestro proteoma identificados (3.244 protenas),Proteoma 2DE basada
(368 protenas), y toda UniProt proteoma del ratn (32 952 protenas). El supuesto de
esta comparacin es que el proteoma del hgado es lo suficientemente grande como para
ser sustancialmente el mismo que el proteoma total de ratn en p I espacio-
MW. Clculo de la similitud entre el proteoma total del ratn y elAnlisis 2DE basado
(Figura 4, panel C vs A) revel una cobertura desigual, con un valor de 0,82. Por el
contrario, un valor de similitud de 0,96 obtenido en la comparacin de nuestro conjunto
de datos del ratn y el proteoma total de la cobertura indica proteoma bien equilibrada
obtenido en este estudio (Figura 4, panel C frente a B). En particular, nuestro conjunto
de datos cubre un amplio p Me rango en comparacin con los datos basados en gel 2DE
enfatizando una deficiencia evidente de la tecnologa protemica 2DE basada.

Figura 4 Terica comparacin grfico 3D de nuestro estudio y anlisis 2DE basada en
proteoma del hgado del ratn.

Figura 5 espectros de fragmentacin de la monometilado (A) y dimetilado (B) en la
lisina-1100 pptido SIFSAVLDELK de carbamoil fosfato sintetasa.
Modificaciones post-traduccionales de las protenas hepticas. Nuestros datos
contiene los resultados de un gran nmero de secuenciacin de eventos, y abundantes
protenas se identificaron con muchos pptidos. Esto nos llev a investigar si podemos
identificar los eventos de modificacin despus de la traduccin interesantes en nuestro
conjunto de datos. Como un ejemplo, carbamoil fosfato sintetasa 1 (CPS1) es una de las
seis enzimas que participan en el ciclo de la urea, el metabolismo de amoniaco es una de
las funciones exclusivas de hgado. Carbamoil fosfato sintetasa 1 (CPS1) convierte el
amonaco y bicarbonato a expensas de dos molculas de ATP en fosfato de carbamolo
que entra en el ciclo de la urea. Encontramos K-1100 en CPS1 en formas metiladas o
dimetilado (Figura 5). La ubicacin de la modificacin es en el comienzo de la ATP-
comprensin dominio C-terminal crucial para la produccin de fosfato de
carbamolo.
35
Esta modificacin no ha sido reportado hasta la fecha, pero debido a su
topologa, puede afectar potencialmente la actividad de CPS1 . Otro ejemplo de un sitio
de modificacin post-traduccional novela posiblemente implicado en la regulacin
enzima es K-531 acetilacin (Figura 6) De la alfa-subunidad reguladora de ATP
mitocondrial sintetasa, la enzima localizada en la membrana mitocondrial interna.
36
De
una manera similar, muchos ms ejemplos de modificaciones post-traduccionales podra
ser extrado del conjunto de datos.

Figura 6 Espectro de fragmentacin del pptido SDGKISEQSDAK de la ATP sintasa
cadena alfa acetilada en la lisina-531.
Deteccin rpida proteoma del hgado. Tambin era de inters para determinar el
nmero de protenas de hgado de ratn identificables en una sola LC-MS/MS de
ejecucin. En un experimento piloto, se llev a cabo en solucin de digestin trptica de
extracto de hgado, y la mezcla de pptidos resultante se separ y se analiz por LC-
MS/MS en un plazo h consume 10 mg para la preparacin de 2 y 10 g para el
anlisis. En total, se identificaron 783 protenas nicas (Apoyo a la Informacin, la
Tabla 2), pues representa ms que 2 veces el proteoma conocida gel 2D basado en
hgado de ratn se ha mencionado anteriormente.
El anlisis de mezclas complejas de protenas por protemica basados en MS sufre de
un efecto de muestra parcialmente al azar. Hay muchos ms pptidos que
potencialmente pueden ser fragmentados que en realidad son recogidos por el sistema
de datos. Por lo tanto, los funcionamientos de repeticin se realizan a menudo, el
aumento de la cobertura del proteoma.
37
Hemos razonado que nuestros datos de alta
resolucin permitiran la transferencia de pptido identificaciones entre ejecuciones y de
ese modo evitar este aspecto de irreproducibilidad en el anlisis de mezclas
complejas. Para explorar ms a fondo el potencial del anlisis de gestin libre de gel, de
un solo de hgado, por lo tanto, realiz una segunda serie de experimentos.
Hemos preparado tres extractos utilizando 2 cantidad mg de tejido heptico cada uno, y
se analizaron cada una de estas tres veces. La figura 7muestra los resultados de estos
nueve carreras. En el panel A de la figura, las protenas identificadas por dos pptidos
secuenciados se muestran en azul. Las partes amarillas de las barras representan
identificacin de protenas adicionales debido a la combinacin pptidos a travs de
carreras con su masa exacta y la alineacin de sus tiempos de retencin. Identificacin
de protenas por ensayo aumentaron en un 30% a un promedio de 1.269 protenas por
corrida. Para el futuro, se aconseja asignar un proteoma en profundidad mediante la
realizacin de varias operaciones utilizando la configuracin fundamental para ser
empleado en el anlisis de una sola carrera y para almacenar esta informacin en una
base de datos. El anlisis de protenas posterior a continuacin, puede llevarse a cabo en
contra de esta base de datos de la misma manera que hemos hecho aqu para el juego de
nueve carreras.

Figura 7 Anlisis individual de gestin de in-solucin digerida hgado de ratn. (A) Para
cada una de las nueve carreras, la parte azul designa las protenas que se encuentran con
dos pptidos y los criterios de la base de datos estrictos. La parte amarilla designa
protenas que se encuentran al transferir identificaciones entre carreras basadas en la
masa exacta y en la alineacin de tiempo de retencin. (B) Nmero acumulado de las
protenas identificadas en ejecuciones posteriores.Transferencia de identificaciones
entre ejecuciones elimina algunos de los problemas de muestreo al azar en la mezcla
compleja de anlisis y conduce a pequeos aumentos en el nmero total de las protenas
identificadas.
A continuacin queramos para definir un proteoma ncleo que se observa en cada una
de las carreras. Ejecutar el nmero 9 tena atpico bajo nmero de protenas
identificadas, por lo que se descart. Cuando se utiliza la coincidencia de tiempo de
retencin, los primeros ocho carreras protenas de acciones 1026 que se identificaron en
cada caso (incluso incluyendo carrera 9, el nmero todava seran 961).
Por el proteoma ncleo de 1.026 protenas observadas en cada ejecucin, 594 protenas
identificadas (62%) son anotados como relacionada con los procesos metablicos. Las
formas ms abundantes de la familia del citocromo P450 (56 protenas), que participan
en la oxigenacin de los xenobiticos, as como conjuntos de enzimas pertenecientes a
las vas metablicas cruciales tales como ciclo de la urea, un proceso exclusivo
parahgado, fueron identificados. En general, la distribucin de las categoras de IR del
conjunto bsico era muy similar a la del proteoma total de hgado de ratn. Con la
aplicacin de la etiqueta libre de tcnicas de cuantificacin, tal enfoque de deteccin
rpida podra ser de uso en los estudios toxicolgicos o clnico en el que un gran
nmero de muestras necesitan ser procesados.

Conclusiones
Este estudio proporciona el catlogo de la confianza ms grande y ms alto de
un proteoma del hgado hasta la fecha. Con el uso de una estrategia de
fraccionamiento tejido sencillo junto con una alta resolucin-, plataforma de
anlisis de espectrometra de masas de alta precisin, un conjunto de datos
que se ha creado es imparcial en relacin con el tamao, la carga, y la
hidrofobicidad de las protenas identificadas. Es importante destacar que
35,3% de las protenas en el conjunto de datos contiene dominios
transmembrana predichos que reflejan el contenido que se espera de este tipo
de protenas en el proteoma. Adems, se muestra que mediante el uso de un
mtodo de deteccin rpida proteoma es posible medir y por lo tanto, para
cuantificar por la etiqueta libres de los mtodos ms de 1000 protenas en
muestras de hgado dentro de unas pocas horas. Por lo tanto, nuestra
tecnologa tiene ventajas evidentes sobre protemico 2DE basada y
potencialmente puede ser til en los estudios toxicolgicos o clnica del
hgado.
Abreviaturas: LC, cromatografa lquida; MS, espectrometra de masas; MS /
MS, espectrometra de masas en tndem; 2DE, electroforesis bidimensional,
MALDI TOF, lser asistida por matriz de ionizacin-desorcin tiempo de
vuelo; LTQ, lineal trampa de iones cuadrupolo, TOF, tiempo de vuelo; FT-
ICR, transformada de Fourier de resonancia ciclotrn de iones.

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