MODELAMIENTO POR HOMOLOGÍA DE LA ENZIMA AMINOACIL-ARNt

SINTETASA MEDIANTE EL PROCESADOR I-TASSER

ABSTRACT

The aminoacyl-tRNA synthetase enzymes play an important role in transcription of

proteins and have been extensively studied in recent years in order to use them as targets in
the design of new antiparasitic therapies that are more effective for treating diseases caused
by eukaryotic Paracite . In this article the modeling was performed by homology model
study obtained with I-TASSER processor from a known protein sequence, 3D structure
model of an enzyme aminoacyl-tRNA synthetase, templates shown with better alignment
thread (Z-score), their convergence alignment (C-score) and structure similarity (TM-score)
with other biomolecules, with the corresponding amino acid biological activity, which is
usually found around the active site this.

Cristian Andrés González Tapiero

E-mail address: cagonzalezt_2@uqvirtual.edu.co
Universodad del Quindío, Colombia. 2015.

1. INTRODUCCIÓN de la evolución, todos los organismos

En todo el mundo, las personas
constantemente se ven agobiadas por
diferentes tipos de enfermedades causadas
por parásitos eucariotas, es decir, que por
lo general realizan su actividad al interior
de tales células. Algunos de estos
parásitos son Plasmodium spp.,
Cryptosporidium, Typanosomatid y fármacos con mayor efectividad y poder
Toxoplasma gondi en sus etapas de
bradyzoite o taquizoitos, aunque también
existen otros muy particulares debido a su
metabolismo anaeróbico como son los
parásitos extracelulares Giardia,
Trichomonas y Entamoeba.
Ante todos estos riesgos la ciencia ha sido
capaz de llegar a un nivel de desarrollo de
fármacos antiparasitarios y bacterianos
capaces de inhibir su actividad, sin
embargo y como es natural, en el camino
alcanzan un nivel de adaptación que les
permita sobrevivir al medio. Lo mismo
ocurre con los paracitos y bacterias, por
lo que cada vez son más resistentes a los
fármacos ya creados, generando la
necesidad de ahondar en el conocimiento
y desarrollo de nuevas generaciones de
de inhibición que supere la resistencia
parasitaria.
Una de las ciencias especializadas en el
proceso de desarrollo de fármacos son la
bioquímica, la bioingeniería o ingeniería
genética, que estudia los
comportamientos y posibles
modificaciones de moléculas bioactivas,
con el fin de obtener provecho de estas
para el tratamiento de enfermedades
mediante la creación de fármacos. La
bioingeniería a su vez se ayuda de
softwares y procesadores que facilitan
procesos como el docking, modelamiento
de biomoléculas, entre otros.
La molécula de este estudio es una
enzima de la familia aminoacil-ARNt
sintetasa (aaRS) que es una enzima que
cataliza la esterificación de un
aminoácido específico o su precursor con
uno cualquiera de sus ARNt a fines que
resulten compatibles para formar
un aminoacil-ARNt. A este proceso de
conjugación se le llama "carga" y. Una
vez que el ARNt se ha cargado,
un ribosoma puede transferir el
aminoácido desde el ARNt a un péptido
en crecimiento de acuerdo al código
genético. En el mecanismo de este
proceso de conjugación la sintetasa
primero se une a ATP y al
correspondiente aminoácido o su
precursor para formar un aminoacil-
adenilato, liberando una molécula
de pirofosfato inorgánico (PPi). El
complejo adenilato-aaRS luego se une la
molécula apropiada de ARNt, y el
aminoácido se transfiere desde el
complejo aminoacil-AMP a un grupo
hidroxilo (ya sea 2' o 3') del último
nucleótido (A76, en el extremo 3') del
ARNt. Algunas sintetasas también pueden
mediar una reacción de corrección de
lectura para garantizar una alta fidelidad
en la carga del ARNt: si el ARNt se ha
unido con un aminoácido incorrecto, la
sintetasa puede hidrolizar la unión
aminoacil-ARNt.
Las aminoacil-ARNt sintetasa son muy
versátiles puesto a que la cavidad en la
que se une el aminoácido puede mutarse y
modificarse para aceptar aminoácidos
diseñados artificialmente en laboratorio
con el fin de unirlos a ARNt específicos.
Esto supone una expansión del código
genético, extendiéndolo más allá de los
veinte aminoácidos universales presentes
en la naturaleza para incluir también un
aminoácido artificial. El aminoácido
artificial se encuentra entonces codificado
por un codón que de otra forma sería no
codificante y los organismos que
expresan la sintetasa mutante pueden
programarse genéticamente para
incorporar el aminoácido artificial en una
posición deseada de una proteína de
interés, permitiendo a los bioquímicos o
biólogos moleculares llegar a modificar la
función de la proteína. Por ejemplo, se
puede partir de un gen que codifica una
proteína que une una determinada
secuencia de ADN, crear una nueva
proteína que corte al ADN en esa
secuencia diana, en lugar de unirse a ella,
al dirigir un aminoácido artificial con una
cadena lateral reactiva al sitio de unión.
Por todo lo anterior estas enzimas
aminoacil-ARNt sintetasa desempeñan
un papel importante en la transcripción de
las proteínas y han sido ampliamente
estudiadas en los últimos años con el
propósito de utilizarlas como dianas en
el diseño de nuevas terapias
antiparasitarias que sean más eficaces. En
el presente artículo tiene por objetivo, a
partir de una secuencia de proteína
conocida, mostrar la estructura 3D de una
enzima aminoacil-ARNt sintetasa con
los aminoácidos correspondientes a su
actividad biológica, los cuales por lo
general se encuentran rodeando el sitio
activo de esta.

2. METODOLOGÍA

La secuencia conocida de la enzima se

ingresó al servidor I-TASSER que es un
servidor que predice la función y
estructura en 3D de biomoléculas.

Tras varios días, el servidor arrojó varios

resultados de entre los cuales se eligió y
descargó la plantilla en formato pdb que
tenía el mayor puntaje Z-score, para luego
Fig. 1. Plantillas con la mejor alineación
ingresarlo en el programa Chimera, donde
(Z-score) obtenidas mediante el servidor
se mostró la estructura en 3D.
I-TASSER.
Utilizando el programa Chimera se dio
De estas 10 plantillas se obtuvieron 5
color a los diferentes aminoácidos
modelos tridimensionales debido a la
correspondientes a la actividad de la
convergencia de las simulaciones de
enzima y se realizó un video que mostrase
montaje de la estructura mostradas por el
la ubicación de estos en la estructura 3D
servidor. De estos, se eligió para la
de la enzima.
continuación del trabajo el modelo 1 ya
3. RESULTADOS que presento el mayor rango que fue de
C-score: 1,20, esto quiere decir que de
El servidor I-TASSER luego de realizar entre los cinco modelos obtenidos, el
el procesamiento de la información y la modelo 1 fue el más confiable de acuerdo
alineación, con programas de roscamiento con la convergencia del alineamiento de
LOMETS, de miles de decenas de la plantilla, como se muestra en la Figura
alineaciones roscadas de las plantillas 2.
arrojó como resultado las 10 mejores que
tenían mayor puntuación Z-score, es
decir, las que mejor alineación de roscado
calculo el servidor. En este caso la
plantilla que tenía un Z-score mayor fue
la numero 6 de con un valor de 9,10
mostrada en la Figura 1.
 selecciona la siguiente proteína con
mayor similitud estructural que sí
presenta aminoácidos relacionados con un
sitio activo, Figura 3.

Fig. 3. Listado de plantillas de

comparación estructural. Plantilla 1,
PDB Hit 1wz2A y TM-score: 0,739.

Fig. 2. Modelo 1 de la enzima aminoacil-

ARNt sintetasa.

Con el fin de buscar la función del

modelo y como las proteínas o enzimas
con estructura similar a otras tiene
también función similar, I-TASSER
utilizó con el programa de alineación
estructural TM-alinear un alineamiento
con todas las estructuras de la biblioteca
AP que coincidieran con el modelo 1
obtenido 10 principales proteínas de la Fig. 4. Se muestra que la proteína de
AP con la mayor similitud estructural lo
mayor similitud estructural con el modelo
que se denota con un valor TM-score que de estudio no presenta residuos de sitio
para la molécula con mayor similitud activo (NA).
estructural que para el modelo de estudio
fue la proteína 1 de PDB Hit 1wz2A y
TM-score: 0,739. Figura 3. Sin embargo,
esta no presenta residuos de sitio activo
(Figura 4) por lo que no se le puede
reconocer una actividad; por lo tanto, se

Fig. 5. Rank 1 PDN Hit 1gaxA C-score:
0,27. Aminoácidos relacionados con
actividad biológica de la diana con
mayor similitud estructural que si tiene
sitio activo.
Como parte final se realizó un video en
Chimera, en el que se muestran los
aminoácidos correspondientes al sitio
activo de la proteína que presentaba la
siguiente mayor convergencia de
alineación estructural que fue la con
respecto a la proteína de mayor similitud
estructural con el modelo de estudio pero
que no presentaba sitio activo.
También se realizó un video en el que se
superpuso el modelo de estudio con la
plantilla de mayor similitud estructural
que fue la Plantilla 1, PDB Hit 1wz2A y
TM-score: 0,739.
4. CONCLUSIONES
Se encontraron dos plantillas de
comparación para el modelo de estudio.
Una de estas plantillas fue la Plantilla 1,
PDB Hit 1wz2A, el cual presentó la
mayor similaridad estructural TM-score:
0,739 con el modelo de estudio, sin
embargo, con esta no fue posible conocer
los aminoácidos correspondientes al sitio
activo del modelo porque esta plantilla no
presentaba sitio activo. Sin embargo, la
otra plantilla obtenida a que no
presentaba el mayor TM-score pero si
tenía una buena convergencia fue la Rank
1 PDN Hit 1gaxA C-score: 0,27. Con esta
última si fue posible identificar los
posibles aminoácidos correspondientes al
sitioa activo y por ende a la función de
nuestro modelo de estudio.
5. REFERENCIAS
James S. Pham, Karen L. Dawson,
Katherine E. Jackson, Erin E. Lim,
Charisse Flerida A. Pasaje 1 , Kelsey E.C.
Turner, Stuart A. Ralph. Aminoacyl-tRNA
synthetases as drug targets in eukaryotic
parasites. El sevier. 2014.
Biochemistry C22/C29 - Aminoacyl-tRNA
synthetases. Obtenido en línea noviembre
29 2015:
http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/xtal/te
ach/trna/trna.html
Amit Sharma. Novel and unique domains
in aminoacyl-tRNA synthetases from
human fungal pathogens Aspergillus
niger, Candida albicans and
Cryptococcus neoformans.
http://www.biomedcentral.com/1471-
2164/15/1069/citation