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Química Orgánica II

PROTEINAS

Facultad de Farmacia y Bioquímica


Departamento de Bioquímica
Profesor: Francisco Saavedra S.
Concepto de proteínas
• La palabra proteína viene del griego protos que significa
"lo más antiguo, lo primero”.
• Las proteínas son biopolímeros (macromoléculas
orgánicas) de elevado peso molecular; compuestos
químicos muy complejos que se encuentran en todas
las células vivas.
• Hay ciertos elementos químicos que todas ellas poseen,
pero los diversos tipos de proteínas los contienen en
diferentes cantidades.
• Están constituidas básicamente por carbono (C),
hidrógeno (H), oxígeno (O) y nitrógeno (N); aunque
pueden contener también azufre (S) y fósforo (P) y, en
menor proporción, hierro (Fe), cobre (Cu), magnesio
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(Mg), yodo (I).
• Las proteínas son las moléculas orgánicas más abundantes en
las células; constituyen alrededor del 50% de su peso seco o
más en algunos casos.
• Una bacteria puede tener cerca de 1000 proteínas diferentes,
pero en una célula humana puede haber 10.000 clases de
proteínas distintas.
• Químicamente, las proteínas están formadas por la unión de
muchas moléculas relativamente sencillas y no hidrolizables,
denominadas Aminoácidos (Aa).
• Los aminoácidos se unen entre sí originando péptidos. Según
su tamaño molecular, pueden ser oligopéptidos, formados por
no más de 10 Aa y polipéptidos, constituidos por más de 10
Aa.
• Cuando el número de Aa supera los 50 y el polipéptido tiene
una estructura tridimensional específica, entonces se habla
propiamente de proteínas.
3
Aminoácidos: Unidades estructurales de las Proteínas
Los aminoácidos son compuestos orgánicos de bajo peso
molecular.
Están compuestos siempre de C, H, O y N y además pueden
presentar otros elementos.
Se caracterizan por poseer un grupo carboxilo (—COOH) y un
grupo amino (—NH2) que se unen al mismo carbono (carbono
α).
Las otras dos valencias del carbono
se saturan con un átomo de H y con
un grupo variable denominado
radical R.
Este radical es el que determina las
propiedades químicas y biológicas
de cada aminoácido. Según éste se
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distinguen 20 tipos de aminoácidos.
Clasificación de aminoácidos

Hidrófobos

Según la Hidrófilos
polaridad del
radical Ácidos

Básicos
Aminoácidos
Ácidos

Alifáticos Básicos
Según la
estructura del Aromáticos Neutros
radical
Heterocíclic 5
os
Clasificación de aminoácidos
1. Aminoácidos alifáticos. Son los aminoácidos en los que el
radical R es una cadena hidrocarbonada abierta, que puede
tener, además, grupos —COOH y —NH2. Los aminoácidos
alifáticos se clasifican en neutros, ácidos y básicos.
1. Neutros. Si el radical R no posee grupos carboxilo ni
amino.
2. Ácidos. Si el radical R presenta grupos carboxilo, pero
no amino.
3. Básicos. Si el radical R tiene grupos amino, pero no
grupos carboxilo
2. Aminoácidos aromáticos. Son aquellos cuyo radical R es una
cadena cerrada, generalmente relacionada con el benceno.
3. Aminoácidos heterocíclicos. Aquellos cuyo radical R es una
cadena cerrada, generalmente compleja y con algunos átomos
distintos del carbono y del hidrógeno.
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Clasificación de aminoácidos
Existe otra clasificación basada en función de la carga del radical
R (es la que viene en el libro de texto):
1. Aminoácidos con R no polar, hidrófobo
2. Aminoácidos con R polar sin carga, hidrófilos y por tanto más
solubles que los anteriores.
3. Aminoácidos ácidos. Presentan carboxilos en el radical R, que
normalmente está ionizado.
4. Aminoácidos básicos. Presentan un radical R que se carga
positivamente a pH neutro.
De los 20 aminoácidos proteicos (hay otros 150 que no forman
parte de las proteínas), hay 8 que son esenciales para la especie
humana y que deben ser incorporados en la dieta. Sólo los
vegetales y las bacterias pueden sintetizarlos, aunque todos los
seres vivos los necesitan para fabricar sus proteínas.

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9
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Aminoácidos Esenciales

• Son aquellos que los


organismos heterótrofos deben • EN ADULTOS: 8
tomar de su dieta ya que no – Fenilalanina
pueden sintetizarlos en su – Isoleucina
cuerpo (los autótrofos pueden – Leucina
sintetizarlos todos) – Lisina
– Metionina
• Las rutas metabólicas para su – Treonina
obtención suelen ser largas y – Triptófano
energéticamente costosas, por – Valina
lo que los vertebrados las han
ido perdiendo a lo largo de la
evolución (resulta menos • EN NIÑOS los anteriores y:
costoso obtenerlos en los – Arginina
alimentos). – Histidina
Estructura de los aminoácidos
En un aminoácido, un carbono central (ɑ) se une a:
• Un grupo amino –NH2
• Un grupo carboxilo –COOH
• Un hidrógeno
• Un cadena lateral R que difiere en los 20 aminoácidos
existentes.

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Propiedades de los aminoácidos
1. Los aminoácidos son
compuestos sólidos.
2. compuestos cristalinos
3. Presentan un elevado
punto de fusión.
4. Son solubles en agua.
5. Tienen actividad óptica
6. Presentan un comportamiento químico anfótero. Esto se debe a
que a pH=7 presentan una ionización dipolar, llamada
zwitterion, que permanece en equilibrio con la forma no iónica.
Este estado varía con el pH. A pH alcalino, el grupo carboxilo
está ionizado (-COO-) y el grupo amino no. A pH ácido, el grupo
amino está ionizado (NH3+) y el grupo carboxilo no. 14
Actividad óptica de los aminoácidos
Todos los aminoácidos, salvo la glicocola o glicina, presentan el
carbono α asimétrico, ya que está enlazado a cuatro radicales
diferentes: un grupo amino, un grupo carboxilo. un radical R y un
hidrógeno.
Debido a esta característica, los aminoácidos presentan actividad
óptica, es decir, son capaces de desviar el plano de luz polarizada
que atraviesa una disolución de aminoácidos.
Si un aminoácido desvía el plano de luz polarizada hacia la
derecha, se denomina dextrógiro (+), y si lo hace hacia la
izquierda, levógiro (—).

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Estereoisomería de los aminoácidos
Debido a la presencia del carbono asimétrico, los aminoácidos
pueden presentar dos configuraciones espaciales.
Un aminoácido tendrá una configuración D si al disponerlo en el
espacio, de forma que el grupo carboxilo quede arriba, el grupo
—NH2 queda situado a la derecha, mientras que, si se encuentra
a la izquierda, poseerá una configuración L.

La disposición L o D es
independiente de la
actividad óptica. Por
ello, un L-aminoácido
podrá ser levógiro o
dextrógiro, e igual
ocurrirá con la
configuración D. En la naturaleza, la forma L es la más
abundante, y todas las proteínas están
formadas por aminoácidos L 16
Comportamiento químico: propiedades ácido-básicas

En disolución acuosa, los


aminoácidos muestran un
comportamiento anfótero, es
decir, pueden ionizarse,
dependiendo del pH, como un ácido
(los grupos -COOH liberan
protones, quedando como -COO- ),
como una base (los grupos -NH2
captan protones, quedando como -
NH3+) o como un ácido y una base
a la vez.
En el último caso los aminoácidos
se ionizan doblemente,
apareciendo una forma dipolar
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iónica llamada zwitterion.
La forma dipolar, en un medio
ácido, capta protones y se
comporta como una base y en un
medio básico libera protones y
se comporta como un ácido.
El pH en el cual el aminoácido
tiende a adoptar una forma
dipolar neutra, con tantas cargas
positivas como negativas, se
denomina punto isoeléctrico.
El carácter anfótero de los
aminoácidos permite la
regulación del pH, ya que se
comporta como un ácido o como
una base según le convenga al
organismo.
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19
Unión de los aminoácidos.
✓ Los enlaces químicos entre aminoácidos se denominan
enlaces peptídicos y a las cadenas formadas, péptidos.
✓ Si el número de aminoácidos que forma un péptido es
dos, se denomina dipéptido, si es tres, tripéptido. etc.
✓ Si es inferior a 50 (10 según textos) se habla de
oligopéptido, y si es superior a 50 se denomina
polipéptido.
✓ Sólo cuando un polipéptido se halla constituido por más
de cincuenta moléculas de aminoácidos o si el valor de su
peso molecular excede de 5 000 se habla de proteína.

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Unión Peptídica entre Aminoácidos

Los aminoácidos se unen entre sí mediante uniones


peptídicas para formar cadenas lineales no ramificadas.
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Enlace peptídico
1. En un enlace peptídico, los átomos del grupo carboxilo y del
grupo amino se sitúan en un mismo plano, con distancias y
ángulos fijos.
2. Los grupos de aminoácidos unidos por este enlace se
denominan residuos para resaltar la pérdida de una molécula
de agua en cada enlace.
3. El amino libre de un extremo y el carboxilo libre del otro
extremo de la cadena reciben el nombre de N-terminal y C-
terminal respectivamente. Por convenio, los aminoácidos se
numeran desde el N-terminal.

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Enlace peptídico
4. El enlace peptídico tiene un comportamiento similar al de un
enlace doble, es decir, presenta una cierta rigidez que
inmoviliza en un plano los átomos que lo forman.

5. Además es un enlace más corto que otros enlaces C-N. Esto le


impide girar libremente, los únicos enlaces que pueden girar
son los Cα-C y los Cα-N que no corresponden al enlace
peptídico.

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24
Péptidos y oligopéptidos de interés biológico
Existen algunos péptidos cortos con
función biológica.
Entre ellos podemos citar:
• El tripéptido glutatión (que actúa
como transportador de hidrógeno en
algunas reacciones metabólicas).
• Los nanopéptidos oxitocina y
vasopresina (con actividad
hormonal), la insulina y el glucagón
que regulan la concentración de
glucosa en sangre.
• Los decapéptidos tirocidina,
gramicidina y valinomicina
(antibióticos).
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PROPIEDADES DE LAS PROTEINAS

Las propiedades de las proteínas dependen sobre todo


de los radicales R libres y de que éstos sobresalgan de la
molécula y, por tanto, tengan la posibilidad de reaccionar
con otras moléculas.

El conjunto de aminoácidos de una proteína cuyos


radicales poseen la capacidad de unirse a otras
moléculas y de reaccionar con éstas se denomina centro
activo de la proteína.

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Propiedades
de las
proteínas

Desnaturali Capacidad
Solubili Especificida
zación y amortiguador
dad d
renaturaliza a
ción
De De
función especie

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Solubilidad

❑ Las proteínas globulares poseen un elevado tamaño molecular, por lo


que al disolverse, dan lugar a disoluciones coloidales.
❑ La solubilidad de estas moléculas se debe a los radicales R que, al
ionizarse, establecen puentes de hidrógeno con las moléculas de
agua. Así, la proteína queda recubierta de una capa de moléculas de
agua que impide que se pueda unir a otras proteínas, lo que
provocaría su precipitación.

❑ La solubilidad depende del pH,


temperatura, concentración
iónica... A pesar de ser solubles, la
mayoría de las membranas
biológicas son impermeables al
paso de proteínas.

Capa de moléculas de agua

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Desnaturalización y renaturalización

Consiste en la pérdida de todas las estructuras de orden superior


(secundaria, terciaria y cuaternaria) quedando la proteína reducida
a un polímero con estructura primaria.

Consecuencias inmediatas son:

- Disminución drástica de la solubilidad de la


proteína, acompañada frecuentemente de
precipitación

- Pérdida de todas sus funciones biológicas

- Alteración de sus propiedades hidrodinámicas


Agentes desnaturalizantes

I. Físicos

1. Calor. La mayor parte de las proteínas experimentan


desnaturalizaciones cuando se calientan entre 50 y 60 ºC; otras se
desnaturalizan también cuando se enfrían por debajo de los 10 a 15 ºC.

2. Radiaciones

II. Químicos: todos los agentes que rompen interacciones


o enlaces presentes en la estructura nativa de la proteína:

1. Detergentes
2. Urea y guanidina a altas concentraciones
3. Altas concentraciones de sal y extremos de pH
4. Reactivos de grupos -SH
Agentes desnaturalizantes
NH2
HOCH2 CH2 SH
C O Urea
2-mercaptoetanol
NH2
CH2 SH
HOCH NH2
C NH Guanidina
HCOH
NH2
CH2 SH
Ditiotreitol (DTT)
O
O S O-
O
Dodecilsulfato sódico (SDS, laurilsulfato)
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Especificidad

La especificidad es doble:
• de especie
• de función.

Especificidad de especie:

En su secuencia de aminoácidos, las proteínas presentan dos tipos de


sectores:
• Sectores estables
• Sectores variables: Algunos aminoácidos pueden ser sustituidos por
otros distintos sin que se altere la funcionalidad de la molécula.

Ello ha dado lugar, durante la evolución, a una gran variabilidad de proteínas,


lo que permite que cada especie tenga sus proteínas específicas y que,
incluso, aparezcan diferencias entre individuos de la misma especie (rechazo
en trasplantes de tejidos).

Las diferencias entre proteínas homologas, es decir, con la misma función,


son grandes entre especies alejadas evolutivamente y escasas entre especies
emparentadas.
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Especificidad de función.

La especificidad también se refiere a la función.


• Cada proteína realiza una determinada función
exclusivamente, por ejemplo, catalizar cierta reacción
química sobre cierto substrato y no sobre otro.
• La especificidad se debe a que su actuación se realiza
mediante interacciones selectivas con otras moléculas,
para lo que necesitan una determinada secuencia de
aa y una conformación concreta.
• Un cambio en la secuencia o conformación puede
impedir la unión y por lo tanto dificultar la función.

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Capacidad amortiguadora

Las proteínas, al estar constituidas por


aminoácidos, tienen un comportamiento anfótero.
Tienden a neutralizar las variaciones de pH del
medio, ya que pueden comportarse como un ácido
o una base y, por tanto, liberar o retirar protones
(H+) del medio

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Aminoácidos: preparación
Aminación reductiva: imita al proceso biológico. Se da en presencia
de un alfa cetoacido con amoniaco, con posterior reducción en
presencia de H2/Pd. Se obtiene la mezcla racémica D,L que denbe
separarse por resolucion de enantiomeros

Ejemplo:

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Sintesis desde alfa haloacidos:
Inicia con la reacción Hell Volhard Zelinsky en donde se adiciona un
bromo al carbono alfa del acido carboxílico, después el bromo es
reemplazado por la adicion de exceso de amoniaco (SN2). Se
obtiene la mezcla racémica D,L que denbe separarse por
resolucion de enantiomeros

Ejemplo:

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Sintesis de Gabriel de aminoácidos:

◼ Inicia con un ester malónico, el cual en medio básico se convierte en


un enolato que ataca a un haluro de alquilo primario, despues por
hidrolisis se destruyen los grupos ester y se separa el grupo
ftalimido, liberando el aminoácido.

38
Sintesis de Strecker: se presenta por primer vez en 1850. Un
aldehído reacciona con amoniaco dando una imina, que es atacada
por un ion cianuro dando un alfa amino nitrilo, el cual se puede
protonar en medio acido para dar un ácido carboxílico, completando
la síntesis. Ejemplo para obtener alanina racémica.

¿Cómo obtener isoleucina?

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Sintesis de Strecker: se presenta por primer vez en 1850. Un
aldehído reacciona con amoniaco dando una imina, que es atacada
por un ion cianuro dando un alfa amino nitrilo, el cual se puede
protonar en medio acido para dar un ácido carboxílico, completando
la síntesis. Ejemplo para obtener alanina racémica.

¿Cómo obtener isoleucina?

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Mecanismo Sintesis de Strecker:

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Biosintesis: inicia con la aminación reductiva de acidos alfa
cetoglutaricos, y utilizan al ion amonio y la enzima NADH como el
agente reductor. El producto catalizado enzimáticamente es el L-
aminoácido puro. Ejemplo síntesis de acido glutámico

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Transaminación: es otra forma de biosíntesis. Utiliza el acido L
glutámico como fuente o plantilla para crear otros aminoácidos. La
enzima transaminasa es la encargada de catalizar el proceso
moviendo el grupo amino de una molécula a otra

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Aminoácidos: reacciones
Esterificación: requiere de un exceso de alcohol y catálisis en medio
acido. Los ésteres son usados como protección. La hidrolisis acida
regenera el acido después de hacer síntesis para desproteger.

Aciláción: el grupo amino se convierte en una amida por acción del


cloruro de acido, típicamente se usa cloroformato de bencilo por
que mas adelante puede removerse con facilidad en caso de
proteger.

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Reaccion con Ninhidrina:
✓ Usada a manera de identificación de aminoácidos separados por
cromatografía o electroforesis.
✓ Se forman manchas de color purpura cuando reaccionan con los
aminoácidos.

La ninhidrina produce el mismo colorante púrpura, independientemente


de la estructura del aminoácido original. La cadena lateral del aminoácido
se pierde en forma de aldehído. La ninhidrina se puede utilizar en la
detección de huellas dactilares dado que existen trazas de aminoácidos en
las secreciones de la piel 45
NOMENCLATURA
• Se nombran desde el extremo N-terminal
al C-terminal, usando la terminación il,
excepto para el último aa.
• Ej: ser-asp-tyr-lis-ala-cys

seril-aspartil-tirosil-lisil-alanil-cysteína

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DETERMINACIÓN DE LA ESTRUCTURA
DE PEPTIDOS: ANALISIS DE Aa
• Dado un peptido de estructura
desconocida, ¿Cómo se puede abordar el
análisis de su secuencia de Aa?
• 1) determinar que Aa estan presentes y en
que cantidades relativas cada uno:
hidrólisi acida (HCl 6M, 24h)
• 2) Separación de Aa mediante
cromatografía de intercambio iónico
Analizador de Aa el
hidrolizado pasa a
través de una
columna de
intercambio iónico.
La solución que
emerge de la
columna se trata
con ninhidrina y su
absorbancia se
registra en función
del tiempo. Cada
Aa se identifica por
el tiempo de
retención
necesario para
pasar a través de
la columna.
Composición de la bradiquinina
humana
Utilización de un analizador de aminoácidos para determinar la composición de
la bradiquinina humana. Los picos de la bradiquinina para la Pro, Arg y Phe son
más grandes que los de la mezcla equimolecular estándar, ya que la bradiquinina
tiene tres residuos Pro, dos residuos Arg y dos residuos Phe
DETERMINACIÓN DE LA ESTRUCTURA
DE LOS Aa: ANALISIS DE aA
• A mediados del siglo XX se sabía que las proteínas
estaban constituidas por la combinación de 20 Aa
diferentes, pero se desconocía en qué proporción y
secuencia
• Determinar la secuencia completa de una proteína era
una tarea que demandaba varios años. CH Li, por
ejemplo, demoró diez años para establecer la de la
hormona de crecimiento humana y En 1953 F Sanger
trabajó durante siete años para aclarar la secuencia
de la hormona insulina de origen bovino. A partir de
1950 cumplió un papel fundamental la degradacione
de Edman el cual permitía determinar la secuencia de
varios Aa a partir del extremo N-t de péptidos o
proteínas.
ANALISIS DE GRUPOS
TERMINALES: EL EXTREMO N
La identificación del Aa N-t descansa sobre el
hecho de que los grupos α-amino de todos los
Aa de una cadena peptídica salvo el Aa N-t
está libre y puede actuar como un nucleófilo.
1) react de Sanger,(FDNB) 1-fluoro-2,4-
dinitrobenceno
2) dabsilación: cloruro de dabsilo
3) dansilación: Cloruro de dansilo
4) degradación de Edman
Reactivo de Sanger,(FDNB)
1-fluoro-2,4-dinitrobenceno
Después de la hidrólisis
Amarillo, se extrae con cloroformo (los
demás productos de hidrólisis
ionizados no se extraen)
Cloruro de dansilo
Cloruro de dimetilaminonaftalen-5-sulfonilo

Después de la hidrólisis
CH3
N
CH3 O
S
O
DEGRADACIÓN DE EDMAN
Es el método de uso más frecuente para
determinar la secuencia de Aa, empezando
por el extremo N-t, posee la ventaja sobre los
demás métodos de permitir la identificación
sucesiva de Aa
1) El Aa extremo reacciona con
fenilisotiocianato, para dar un derivado
feniltiocarbonilo (PTC)
2) El derivado PTC se trata con acido en medio
anhidro, rompiéndose sólo el enlace amida
Secuenciación de la oxitocina bovina
ANALISIS DE GRUPOS
TERMINALES: EL EXTREMO C
Pese a la existencia de algunas técnicas
puramente químicas que determinan el Aa del
extremo carboxílico de un péptido (por ejemplo
la hidrazinolisis) el método más extendido se
basa en la hidrólisis enzimática. Las enzimas
que catalizan lahidrólisis de enlaces peptídicos
se llaman peptidasas, proteasas o enzimas
proteolíticas
La enzima CARBOXIPEPTIDASA cataliza la
hidrólisis del enlace peptídico que implica al Aa
C-t
Reactivos para identificar COOH terminales

Hidrazinolisis NH2-NH2

Después de la hidrólisis
COOH
CO NH NH2
NH2-NH2 R C
R C
NH2 H
NH2 H El terminal queda libre y los demás
como hidracidas
carboxipeptidasa
Hidrólisis selectiva de péptidos
1) tripsina enzima digestivo presente en
el intestino, hidroliza los enlaces
peptídicos que implique al grupo
carboxilo de un residuo de Arg , Lys
2) quimiotripsina hidroliza enlaces de Aa
con grupos aromátidicos en sus cadenas
laterales: Phe, Trp, Tyr
3) pepsina hidroliza enlaces igual a la
quimiotripsina, pero ademas: Met y Leu
SÍNTESIS DE PEPTIDOS
Conectar Aa en una secuencia prescrita por
formación de enlaces amida entre ellos.
F+G F-G + G-F + G-F + G-G
Para dirigir la síntesis de modo que sólo se
forme F-G, el grupo amino de la F y el
carboxilo de la G deben protegerse de modo
que no reacciones en condiciones de
formación del enlace peptídico:
X-F + G-Y acoplamiento X-F-G-Y desprotecion F-
G
Síntesis de Péptidos Introducción, dificultades y
secuencia
Importancia científica
COOH COOH
Importancia tecnológica C C
R´ H R H
NH2 NH2
Facilidad aparente

Dificultades

1ª) Si entre dos COOH COOH


aminoácidos distintos C C
cuatro dímeros posibles R H R´ H
NH NH

CO CO
C C
R´ H R H
NH2 NH2
Bloqueo del grupo amino
Eliminarlo
Cloruro de p-toluenosulfonilo Tosilo Ts Na en NH3
Cloruro de trifenilmetilo Tritilo Tt H2 (Pd)

Cloroformiato de terbutilo Butiloxicarbonil boc H2 (Pd)

Monoazida del carbamato de Butiloxicarbonil boc


terbutilo H2 (Pd)

Cloroformiato de bencilo Carbobenzoxi cbz H2 (Pd)

Cloruro de trifluoracetilo Trifluoracetil tfa Bases


débiles
COOH
CF3 C Cl C
R
CF3 C H
O NH
O
Bloqueo del grupo carboxilo
Eliminarlo

Metanol ó etanol Esteres Bases débiles

O H
CH3 O H
CH3 O C C NH2
R

Alcohol bencílico Esteres Bases débiles

O H
CH2 O H CH2 O C C NH2
R

terbutanol Esteres H2 (Pd)

CH3 CH3 O H
CH3 C O H CH3 C O C C NH2
CH3 CH3 R
Protección de la alanina con tert-butanol en medio
ácido.

• La desprotección se puede realizar con hidrólisis ácida


o básica del éster.
Activadores del grupo
Formación del enlace Péptidos carboxilo

Cloroformiato de isobutilo BOC

O O O H
CH3 CH2 CH O C
Cl CH3 CH2 CH O C O C C NH Bloq
CH3 R
CH3

Diciclohexilcarbodiimida DCCI

N O H
N C N C O C C NH Bloq
R
NH
Acoplamiento del DCC.
Formación de enlace peptidico

La molécula de agua que se pierde en la condensación


transforma el DCC en N,N'-diciclohexilurea (DCU).
Etapa 1. Protección del grupo amino de la
Glicina.

Etapa 2. Protección del grupo ácido de la


Alanina
Etapa 3. Formación del enlace peptídico,
mediado por la diciclohexilcarbodiimida (DCC)

Etapa 4. Desprotección de grupos

Etapa 4. Desprotección de grupos


El mecanismo de la etapa 3 transcurre en los
siguientes pasos: