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BIOQUÍMICA BÁSICA
Por: Sebastián Yazye y Joel Orvay
ÍNDICE
● Tema 1: Concepto y objetivos de la bioquímica……...……………………………………………2
● Tema 2: El agua, estructura; el agua como soporte de las reacciones químicas, concepto de pH y
tampones fisiológicos……………………………….……………………………………….…….9
● Tema 3: Aminoácidos……………………………………………….……………………….……14
● Tema 8: Enzimas……………………………….………………………………………………….52
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BIOQUÍMICA BÁSICA
Por: Sebastián Yazye y Joel Orvay
BIOQUÍMICA
1. Introducción
La bioquímica es la ciencia que estudia la química de los seres vivos: qué significa a nivel molecular, qué
es estar vivo, los efectos de las manipulaciones moleculares sobre un organismo... Estos aspectos
facilitan la comprensión de los estados patológicos y puede ser fuente de ideas para tratar la
enfermedad.
2. Bioelementos
Se han descrito 70 bioelementos, 25 de los cuales están presentes en todos los seres vivos, el resto solo
aparece en determinados grupos:
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Todos los bioelementos forman unas biomoléculas que a su vez se dividen en inorgánicas y orgánicas.
3. Biomoléculas orgánicas
● Proteínas: biomoléculas muy versátiles formadas por aminoácidos. Son moléculas señal,
catalizadores…
● Ácidos nucleicos: moléculas que almacenan la información de la célula formadas por cuatro
elementos de construcción: nucleótidos.
● Hidratos de carbono: moléculas combustibles y almacenan información.
● Lípidos: biomoléculas que químicamente no son polímeros y tienen una naturaleza dual:
hidrofílica e hidrofóbica. Tienen función de almacenamiento de combustible y actúan a modo
de barrera para la formación de la membrana plasmática. Además, también son importantes
moléculas señal.
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4. Orbitales atómicos
Los orbitales atómicos son zonas que rodean al núcleo donde existe la máxima probabilidad de
encontrar electrones. Cada átomo tiene un número definido de orbitales que se caracterizan por poseer
una determinada energía potencial.
● Número cuántico principal; representado por la letra n, describe el tamaño y la energía del
orbital; 1, 2…
● Número cuántico azimutal; representado por la letra l, define la forma geométrica del orbital.; s,
p, d, f
● Número cuántico magnético; define la orientación en el espacio si se fijan unos ejes de
referencia (x, y, z).
5. Conceptos
Un elemento es más estable cuanto más se acerca a una configuración electrónica en que sus orbitales
estén completos (regla del octeto).
Los electrones que están en las capas superficiales son los que ocupan niveles de mayor energía, son los
electrones de valencia.
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6. Tipos de fuerzas
Unión muy resistente en la que dos átomos comparten uno o más pares de electrones. Puede ser un
enlace sencillo (2 electrones), enlace doble (4 electrones) y triple (comparten 6 electrones). Se
representan por un trazo entre los átomos a los que se une. Ej.: -C-C- o – C=C. El enlace covalente dativo
sólo aporta electrones a uno de los elementos. Si hay diferencia de electronegatividad se forman
dipolos.
El carbono es el elemento más importante de los seres vivos. Tiene 4 electrones en la última capa que
les permite hacer diferentes estructuras. Puede unirse a otros átomos mediante cuatro enlaces
covalentes. Posee tres estructuras: hibridación tetraédrica, hibridación trigonal, e hibridación diagonal
Para los elementos del segundo periodo de la tabla, entre los que se encuentran el carbono, el
nitrógeno y el oxígeno, los orbitales s y p de la última capa están tan próximos en su nivel de energía
que pueden interaccionar formando orbitales híbridos, que combinan caracteres de ambos orbitales.
● Iónicos o puentes salinos: se establece entre cargas. En medio acuoso son muy débiles
● Puentes de hidrógeno. Enlaces débiles relativamente fuertes. Común entre moléculas polares
en medio acuoso. Responsable de interacciones entre las moléculas de agua. Es muy importante
la orientación y la distancia.
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● Fuerzas de Van der Waals: fuerzas de carácter eléctrico debidas a pequeñas fluctuaciones en la
carga de los átomos. Se forman cuando las moléculas se encuentran muy próximas entre sí.
Tienen carácter temporal.
● Uniones hidrofóbicas: sustancias insolubles en agua cuando están en un medio acuoso se
mantienen unidas entre sí por su repulsión al medio en el que se encuentran. Son muy débiles,
pero importantes en los componentes lipídicos de las membranas celulares.
7. Grupos funcionales
8. Reacciones químicas
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1. Introducción
El agua es la molécula que se encuentra en mayor proporción en todos los organismos. Casi todas las
reacciones químicas tienen lugar en medio acuoso. La estructura del agua permite la formación del
dipolo.
La molécula de agua está formada por dos moléculas de hidrógeno y una de oxígeno. Los dos átomos
de hidrógeno, el oxígeno, y los cuatro orbitales (dos enlazantes y dos no enlazantes) de este se
disponen formando una estructura tetraédrica, en la que el ángulo H-O-H es de 104 grados.
Como el oxígeno es mucho más electronegativo que el
hidrógeno, aparecen dos dipolos eléctricos en cada molécula
de agua: se dice que el agua es una molécula polar. Esto
permite la formación de enlaces de hidrógeno entre las
moléculas de agua, en estado tanto sólido como líquido. Estos
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En el agua líquida, cada molécula está unida a 3,4 moléculas más, mientras que, en el agua sólida, cada
molécula está unida a 4 moléculas más, formando una estructura reticular muy estable.
Estos enlaces de hidrógeno hacen que el agua tenga propiedades muy diferentes a otras moléculas de
composición similar:
1. Alto calor específico (calor que se necesita para aumentar 1ºC la temperatura de 1g de
sustancia): el agua necesita mucha energía para variar tu temperatura. Esto hace que sea
líquida en un amplio abanico de temperaturas y que sea un gran amortiguador térmico.
2. Alto calor de vaporización (calor que se necesita para evaporar 1 g de sustancia): La fuerza
acumulativa de los enlaces de hidrógeno da lugar a que el punto de evaporación del agua sea
bastante alto. Esta es la base de los sistemas de refrigeración de los seres vivos.
3. Bajo grado de ionización: sólo una pequeña parte de las moléculas de agua están disociadas, lo
que hace que el agua tenga un pH neutro, el idóneo para las reacciones químicas que
caracterizan la vida.
- Las moléculas polares (con grupos OH, COOH, NH2), pueden formar puentes de
hidrógeno con las moléculas de agua. Esto permite que se disuelvan fácilmente, puesto
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- Las compuestos iónicos, ya que las interacciones iones-agua son más fuertes que las
interacciones ion- ion. Los iones se rodean de moléculas de agua en un proceso
conocido como solvatación. La atracción entre dos iones es inversamente proporcional
a la llamada constante dieléctrica del medio. La densidad del agua es muy alta, de ahí
su capacidad de desestabilizar los enlaces iónicos.
No disuelve sustancias neutras apolares, puesto que este proceso disminuye la entropía. Las
moléculas anfipáticas se disponen en forma de jaula, formando dichas micelas o bicapas.
5. Los puentes de hidrógenos hacen que el agua tenga una gran cohesión intermolecular. Esto
permite fenómenos como la capilaridad o la alta tensión superficial del agua.
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Las propiedades del agua como disolvente se pueden explicar en función de la molécula neutra de
agua sin carga. Existe una ligera tendencia a ionizarse (puede actuar como un ácido muy débil y como
una base muy débil). Es decir, si tenemos una disolución de ácidos débiles en agua se aportan
protones y si hay una disolución de bases débiles en agua se consumen protones. Es por ello por lo
que la concentración total de protones nos indica el pH de una disolución. Para poder predecir el
estado de ionización de los solutos en agua hay que tener en cuenta los constantes de equilibrio para
cada reacción de ionización.
4. Equilibrio Ácido-Base.
Un ácido es aquella sustancia que es capaz de ceder H+. mientras que una base es una sustancia capaz
de aceptar dichos H+. Por su parte un par ácido-base conjugado consiste en un dador de protones y un
aceptor de protones.
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Sale el concepto de pKa, que es el valor del pH al cual el 50% del ácido se encuentra disociado, por lo
que cuanto más fuerte sea un ácido, mayor tendencia a perder un H+.
Por otro lado, cabe destacar que cuanto más grande sea Ka, la pKa será mása pequeña, lo que implica
que tendremos un ácido fuerte. Por el contrario, cuanto más pequeña sea Ka, pKa será más grande lo
que implica que tendremos un ácido débil.
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TEMA 3: AMINOÁCIDOS
1. Proteínas
Las proteínas son polímeros de aminoácidos que se unen por sus extremos. La secuencia de
aminoácidos determina la estructura tridimensional de la proteína y su función. Tienen una amplia
gama de grupos funcionales, responsables de sus numerosas funciones.
Además, las proteínas pueden interaccionar entre sí y con otras macromoléculas para formar
agrupaciones complejas, rígidas o flexibles. Cuando tenemos más de 50 aminoácidos, decimos que
tenemos una proteína y cuando tenemos menos de 50 decimos que tenemos un péptido.
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Las proteínas fibrosas son insolubles, presentan una sola estructura secundaria y son estructurales,
mientras que las globulares presentan varias estructuras secundarias, son solubles y tienen muchas
funciones.
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4. Aminoácidos
De todos los aminoácidos naturales existen unos que pueden ser sintetizados por las células del
organismo humano a partir de materiales sencillos, sin embargo, existen otros que tienen que
adquirirse con la dieta, los llamados aminoácidos esenciales: Valina, Leucina, Isoleucina, Treonina,
Metionina, Fenilalanina, Triptófano, Lisina e Histidina.
- Representación de Fischer: enlaces horizontales se proyectan hacia fuera del plano hacia el
observador; enlaces verticales se proyectan hacia dentro del plano.
- Representación estereoquímica: cuña solida: enlace sale del plano hacia el observador; cuña
discontinua: enlace se aleja del observador por detrás del plano.
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Un enantiómero que gira el plano de la luz polarizada en sentido de las agujas del reloj se llama
dextrógiro. El otro enantiómero gira el plano en sentido levógiro (contrario a las agujas del reloj.
Las parejas de estereoisómeros que no son imágenes especulares entre sí se denominan
diastereómeros. Cuando tenemos una mezcla racémica (tenemos los mismos enantiómeros
levógiros que dextrógiros), no se produce una rotación óptica.
Sistema D y L
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Para calcular punto isoeléctrico solo usamos el que tiene forma zwitterión.
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● Aminoácidos con actividad biológica: GABA, serotonina, tirosina, ácido indol acético y
melatonina. Los aminoácidos son precursores de diversas moléculas complejas que
contienen nitrógeno. Por ejemplo, bases nitrogenadas, el grupo hemo y la clorofila.
Varios aminoácidos estándar y no estándar actúan como intermediarios metabólicos.
Por ejemplo, arginina, citrulina y ornitina son componentes del ciclo de la urea.
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El enlace peptídico es un enlace amida entre el grupo entre el grupo alfa-carboxilo de un aminoácido y
el grupo alfa-amino de otro, con la liberación de una molécula de agua. Después de que se haya
formado el enlace peptídico queda lo que se llama residuos de aminoácidos. Es de la forma CONH.
Características:
El grupo de átomos alrededor del enlace peptídico puede darse en dos configuraciones posibles: trans y
cis. La configuración trans es más estable y es más común.
2. Péptido
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o Polipéptido: 20-50
● Proteínas: >50 aminoácidos
o Holoproteínas (simples): por hidrólisis sólo dan α aminoácidos
o Heteroproteínas (conjugadas): por hidrólisis produce aminoácidos y otros grupos prostéticos
Un oligopéptido tiene muchas configuraciones según los enlaces Ψ (𝐶α − 𝐶) o ϕ (𝐶α − 𝑁), que rotan
entre los 180º o -180º para adoptar la forma más favorable, con menor impedimento estérico y
repulsión electrostática. El número de péptidos es casi ilimitado. Nombrar: el que tiene su grupo amino
libre es el primero y el último el que tiene el extremo carboxilo terminal.
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TEMA 5: ESTRUCTURA DE LA PROTEÍNA
1. Tipos de estructuras.
Cada proteína posee una determinada estructura tridimensional. Aquella con una
menor energía libre debido a los plegamientos espontáneos (no covalentes) de la
estructura primaria se denomina estructura nativa, la cual puede ser secundaria,
terciaria...
2. Estructura primaria
● Predecir la función.
● Clasificar las proteínas en familias (al menos 25% secuencia idéntica).
● Relacionar secuencia y función
● Conocer relaciones genéticas y evolutivas.
Ejemplo clínico:
3. Estructura secundaria
3.1 α- hélice
● Estabilización:
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● Desestabilizaciones
o Repulsión electrostática entre aminoácidos de misma carga
o Impedimentos estéricos por radicales voluminosos
o Pro (estructura rígida) y Gly (mucha flexibilidad en la alfa hélice)
Términos:
● Estructura supersecundaria
o motivo: patrón de
plegamiento característico
que aparece en varias
proteínas
● Dominio: región de la
cadena polipeptídica que
puede plegarse de forma
independiente y que
además tiene una función.
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4. Estructura terciaria
1. Puentes de disulfuro
2. Atracciones electroestáticas
3. Puentes de H
4. Interacciones hidrofóbicas.
Las cadenas laterales hidrófobas estarán orientadas hacia el interior y las cadenas
hidrofílicas hacia el exterior.
5. Estructura cuaternaria
La estructura cuaternaria es una estructura que solo la poseen proteínas con varias
cadenas polipeptídicas (subunidades), como por ejemplo la hemoglobina que posee 4
cadenas polipeptídicas (2 alfa y 2 beta). Se origina el concepto de oligómero: varias
unidades algunas de las cuales o todas son idénticas. Formados por protómeros
(unidad de repetición estructural).
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Características:
7.1 Plegamiento
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● HSP 70: chaperona molecular que se une a las proteínas y la estabilizan durante
las primeras fases del plegamiento. Dos sitios de unión (segmento proteico y
ATP)
● HSP 60: (chaperonina): dos anillos y cavidades idénticas. La hidrólisis de ATP
convierte la cavidad en un microambiente hidrófilo y facilita el plegado.
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Tipos de defectos:
7.3 Desnaturalización
8. Patologías
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Escleroproteínas: son unas proteínas poco solubles en medios acuoso las cuales
desempeñan funciones de carácter mecánico y estructural en los vertebrados. Su
estructura primaria está caracterizada por la repetición ordenada de algunos
aminoácidos.
1.1 Queratina
1. Partimos de una alfa hélice dextrógira que tiene 3,6 residuos por vuelta.
2. Dos alfa hélices dextrógiras se enrollan entre sí, formando una superhélice
levógira. Las alfa hélices cuentan con segmentos repetidos de 7 aminoácidos,
con los 1º y 4º hidrófobos, lo que mantiene una estructura firme, sirviendo
como pegamento entre las alfa hélices. De las alfas hélices tendremos una de
tipo 1 y otras de tipo 2.
3. Esta a su vez se enrolla y forma un protofilamento de un par de superhélices.
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Las queratinas son ricas en residuos hidrofóbicos: Ala, Val, Leu, Ile, Met, Phe, y habrá
enlaces cruzados estabilizados por enlaces disulfuro.
1.2 Elastina
La elastina es una proteína formada por una red tridimensional sin estructura
secundaria definida, la cual confiere elasticidad a las paredes arteriales y ligamentos.
Está constituida principalmente por aminoácidos apolares como Gly, Pro, Ala y Val.
Además, forma numerosos enlaces cruzados entre Lys-Lys, y Lys-Al-Lys
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1.3 Colágeno
Estructura:
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Por otro lado, la estructura terciaria y cuaternaria está formada por una torsión
derecha de 3 polipéptidos separados. En el enrollamiento siempre coinciden las
glicinas, ya que solo tienen un H y se unen fácilmente.
Síntesis de colágeno
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1. Osteogénesis imperfecta:
● Colágeno de tipo I.
● Mutación en la cadena alfa 1.
● Residuo Gly988/Cys.
● Huesos quebradizos, deformaciones en el esqueleto. Niños de
cristal.
2. Escorbuto:
● Déficit de vitamina C (cofactor hidrolasas)
● Deficiente hidroxilación del colágeno.
● No forma fibras de forma adecuada.
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3. Síndrome de Ehler-Danlos:
● Piel hiperextensible.
● Exceso de movilidad en las articulaciones.
● Rotura de arterias y vejiga (más graves).
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TEMA 7: PROTEÍNAS
TRANSPORTADORAS DE OXÍGENO:
MIOGLOBINA Y HEMOGLOBINA
1. Introducción
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2. Estructura de la mioglobina
Posee una sola cadena polipeptídica de 153 aas, con 8 hélices alfa dextrógiras,
nombradas de la A a la H. Está localizada en tejido muscular, sobre todo, captando el
oxígeno que libera la hemoglobina. Por eso es muy abundante en mamíferos acuáticos
ya que hay mucha cantidad de tejido muscular en estos animales.
3. Grupo hemo
El grupo hemo es una protoporfirina IX, con 4 anillos pirrólicos unidos por puentes de
metileno y 4 sustituyentes de metilo, 2 propionatos (carga negativa, facilitando la
solubilidad) y 2 vinilos. Por lo tanto, el grupo hemo está formado por la protoporfirina
más un Fe2+.
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Este átomo de hierro forma 6 enlaces de coordinación: 4 con los átomos de nitrógeno
del anillo de porfirina y 2 perpendiculares a la porfirina. El Fe2+ cuando está libre es
tóxico formando el ROS.
El oxígeno posee un codo que impide que pase mucha cantidad de monóxido.
Cuando inspiramos mucha cantidad de monóxido de carbono, los Fe2+ pasan a Fe3 +.
¿Cómo se puede revertir? Hay unas
cámaras hiperbáricas con grandes
cantidades de oxígeno con el fin de
desplazar al monóxido.
4. Hemoglobina
Es un tetrámero con 2 cadenas alfa (141 aas) y 2 beta (146 aas), 4 grupos hemos (uno
por subunidad). Las interacciones entre unidades son débiles, entre alfa 1/ beta 1 o
alfa 2/ beta 2 está formada por 35 residuos y las de alfa 1/beta 2 o alfa 2/beta 1 tiene
19 residuos, estableciéndose puentes salinos en la desoxihemoglobina.
Tipos de hemoglobinas:
● Estado T o Tenso: asociado a los estados en los que el oxígeno no está unido a
la hemoglobina (desoxihemoglobina).
● Estado R o Relajado: asociado a estados con oxígeno unido (oxihemoglobina).
Se produce una rotación de las cadenas alfa 1 y beta 1 unos 15º sobre los otros
y la parte central se estrecha. El desplazamiento de la cadena beta 2 rompe
uniones débiles proteicas (puentes salinos) para formar otras nuevas que
estabilizan la proteína.
Estos cambios se deben a que el núcleo del hierro (antes desplazados hacia abajo unos
0,4 Amstrongs) se desplaza al mismo plano que la histidina proximal. La unión del
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oxígeno en uno de los grupos hemo, permite que los distintos protómeros se unan
(permiten la cooperatividad entre las proteínas).
Base matemática:
𝑃 + 𝐿↔𝑃𝐿
[𝑃𝐿]
𝐾𝑎 = [𝑃][𝐿]
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[𝑃𝐿]
𝐾𝑎[𝑃] = [𝐿]
En las células, por lo general [𝐿] es mucho mayor que la concentración de sitios de
fijación al ligando. El cociente entre la proteína unida y proteína libre es directamente
proporcional a la concentración de ligando libre.
[𝐿]
𝑌𝑠 = 1
[𝐿]+ 𝐾𝑎
[𝐿]
𝑌𝑠 = [𝐿]+𝐾𝑑
Cuando [L] es igual a Kd, la mitad de los sitios de unión estarán ocupados. Si esta
desciende por debajo de Kd, cada vez hay menos proteína con ligando unida.
𝑀𝑏 + 𝑂2 ↔ 𝑀𝑏𝑂2
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[ ]
[𝑀𝑏] 𝑂2
𝐾𝑑 =
[𝑀𝑏𝑂2]
7. Cooperatividad
Sin cooperatividad la dinámica se corresponde con una hipérbole. Si todos los sitios
son iguales y no hay interacción entre ellos, la ecuación es sencilla: el ligando se une de
manera independiente del resto. Si la unión de una molécula influye sobre las demás
facilitando la unión hablamos de cooperatividad positiva y si se produce dificultando
la unión se denomina cooperatividad negativa.
Ecuación de Hill
𝑙𝑜𝑔 ( 𝑌𝑠
1−𝑌𝑠 ) = 𝑛(𝑙𝑜𝑔 𝑝𝑂2) − 𝑙𝑜𝑔 𝑃50
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𝑙𝑜𝑔 ( 𝑌𝑠
1−𝑌𝑠 ) = 𝑛(𝑙𝑜𝑔[𝐿]) − 𝑙𝑜𝑔 𝐾𝑑
8. Modulación alostérica
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● El 15-20% del total de CO2 contribuye a este efecto mientras que el resto se
transforma en bicarbonato o se disuelve.
Esto produce una bajada del pH, lo cual produce un aumento de la difusión (lo cual es
interesante ya que aumenta la cantidad de oxígeno que se suelta en los tejidos) pero
disminuye la cooperatividad.
9. Patologías
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TEMA 8: ENZIMAS
1. Reacciones metabólicas
Una reacción metabólica es cualquier reacción que tenga lugar entre biomoléculas
presentes en un organismo vivo. Estas actúan de manera secuencial, originando rutas
(el producto final de una reacción es el producto de partida de otro). Existen rutas
convergentes y divergentes.
2. Enzimas
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Por lo tanto, podemos definir a las enzimas como proteínas globulares sintetizadas por
las células para catalizar una determinada reacción (que es lenta a pH y temperatura
fisiológica) y que son capaces de aumentar mucho la velocidad de reacción (hasta 107
veces mayor), pero también son considerablemente más lentas que los catalizadores
químicos usuales. Permiten desarrollar las reacciones bioquímicas a una velocidad
adecuada y dirigirlas según las necesidades energéticas y de producción de la célula.
𝐸 + 𝑆 ↔ 𝐸𝑆 ↔ 𝐸 + 𝑃
Sin embargo, este nombre no es suficiente, sino que se estableció un código numérico
encabezado por las letras EC (enzyme commission):
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Las fuerzas no covalentes a través de las cuales se unen el sustrato a la enzima u otra
molécula son similares a las que se producen en la conformación de la proteína
(complementariedad geométrica y electrónica). Las enzimas son estereoespecíficas
tanto en la unión de los sustratos quirales como en la catálisis de sus reacciones. Hay
varios modelos de especificidad enzimática:
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La energía libre (G) es una medida de la energía útil o capaz de realizar el trabajo. En
este contexto las enzimas actúan sobre dos propiedades de las reacciones:
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Todo esto muestra la obsolescencia del modelo de Fischer: la enzima con un centro
activo complementario al sustrato se une formando un complejo ES muy estable, a
continuación, se forma un complejo ES de transición en el que se pierden las
interacciones.
Por otro lado, el modelo del estado de transición describe una enzima con un centro
activo complementario al estado de transición, de manera que al unirse el sustrato se
forma el complejo ES creando nuevas interacciones que favorecen la transición al
producto.
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2. Centro activo
La unión de la enzima con el sustrato tiene lugar sólo en un punto privilegiado de la
enzima que recibe el nombre de centro activo. Está compuesto por una serie de
residuos de aminoácidos implicados en el establecimiento de enlaces no covalentes
que tienen lugar para la formación del complejo enzima-sustrato y también en la
acción catalítica propiamente dicha.
3. Estrategia de la catálisis
𝐴𝐵 + 𝑋: → 𝐴𝑋 + 𝐵 → 𝐴 + 𝑋: + 𝐵
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EJEMPLO:
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En el caso de la serina:
Cuando se producen catálisis en soluciones acuosas los efectos más importantes son
los provocados por los iones hidronio o hidroxilo de la solución. Si estos dos tipos (H+
y OH-) son los únicos catalizadores presentes, la catálisis ácido-base se denomina
específica.
Varias cadenas laterales de los aminoácidos pueden actuar como dadores o aceptores
de protones en el sitio activo de la enzima. Si estos se posicionan en el sitio activo
permiten la transferencia de protones generando incrementos en la velocidad de
reacción.
− +
𝑋𝐻 +: 𝐵 ↔ 𝑋: + 𝐻𝐵
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La unión ES tiene que producirse en el sentido adecuado, por tal de que sea efectiva.
De manera que en esta catálisis influyen la proximidad y la orientación. Hay varios
mecanismos:
● Fuerzan a los sustratos a entrar en contacto con sus grupos catalíticos, y en las
reacciones con más de un sustrato entre sí.
● Las enzimas se unen a sus sustratos en la orientación adecuada para la
reacción, de manera que estos reaccionan con mayor rapidez hasta aprox 100
veces más.
● Los grupos cargados pueden ayudar a estabilizar el estado de transición de la
reacción, un fenómeno que se denomina catálisis electrostática. La expulsión
de agua del sitio activo puede aumentar este efecto y la distribución de cargas
alrededor del sitio activo de las enzimas puede también guiar a los sustratos
polares hacia el sitio de unión.
● Las enzimas detienen los movimientos traslacional y rotacional relativos de sus
sustratos y los grupos catalíticos. Este es un aspecto importante de la catálisis
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1. Introducción
𝐸 + 𝑆 ↔ 𝐸𝑆 → 𝐸 + 𝑃
𝑑[𝑆]
Desaparición del sustrato: 𝑉0 =− 𝑑𝑡
𝑑[𝑃]
Aparición del producto: 𝑉0 = 𝑑𝑡
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𝑉 = 𝑘 [𝐴 ]
2
𝑉 = 𝑘 [𝐴 ] o 𝑉 = 𝑘 [𝐴 ] [𝐵 ]
[𝐸𝑆] 𝐾1
𝐾𝑒𝑞 = [𝐸] [𝑆]
𝐾𝑒𝑞 = 𝐾−1
Concluimos que:
𝑛
𝑉 = 𝑘[𝑆]
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Se definen una serie de parámetros enzimáticos que nos aportan datos sobre la
actividad y la afinidad de una determinada enzima dentro de una reacción enzimática:
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Estado estacionario
Como [𝑆] >>> [𝐸], [𝐸𝑆] se mantiene prácticamente constante hasta que el sustrato
esté casi agotado, luego la velocidad de síntesis debe ser igual a su velocidad de
consumo (estado estacionario):
𝑑[𝐸𝑆]
𝑑𝑡
=0
𝑑[𝑃]
𝑉 = 𝑑𝑡
= 𝐾2[𝐸𝑆]
𝑑[𝐸𝑆]
𝑑𝑡
= 𝐾1[𝐸][𝑆] − 𝐾−1[𝐸𝑆] − 𝐾2[𝐸𝑆]
𝑑[𝐸𝑆]
Por la hipótesis del estado estacionario:
𝑑𝑡
= 0
([𝐸𝑇]−[𝐸𝑆])[𝑆] 𝐾−1+𝐾2
Sabiendo que [𝐸]𝑇 = [𝐸] + [𝐸𝑆]:
[𝐸𝑆]
= 𝐾1
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𝐾2 + 𝐾−1
La expresión el equilibrio de formación y de rotura del complejo: Km=
𝐾1
𝐾𝑚 = [𝑆]
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Al existir tan poca cantidad de sustrato K2 <<<K-1; las variaciones en los valores de Km
indican alteraciones en la primera etapa de la reacción donde se produce la unión de
la enzima con el sustrato.
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+ +
𝐸𝑡𝑎𝑛𝑜𝑙 + 𝑁𝐴𝐷 → 𝐴𝑙𝑐𝑜ℎ𝑜𝑙 𝑑ℎ𝑎𝑠𝑎 ≽ 𝐴𝑐𝑒𝑡𝑎𝑙𝑑𝑒ℎí𝑑𝑜 + 𝑁𝐴𝐷𝐻 + 𝐻 → 𝐴𝑙𝑑𝑒ℎí𝑑𝑜 𝑑ℎ𝑎𝑠𝑎 ≽ 𝐴𝑐é𝑡𝑖𝑐𝑜
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1 𝐾𝑚 1 1
𝑉0
= 𝑉𝑚𝑎𝑥
· [𝑆]
+ 𝑉𝑚𝑎𝑥
5. Parámetros enzimáticos
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Los cambios en el pH del medio pueden alterar el estado de ionización de las cadenas
laterales de los aminoácidos ácidos y básicos. Estos cambios pueden influir en la
afinidad de la E por el S para formar ES. Se puede alterar la etapa de transición
(modificación de sitios catalíticos)
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Presenta utilidad para determinar las rutas metabólicas y para como antibióticos.
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3. Inhibición competitiva
Cuando tenemos un ensayo con enzima, sustrato y un inhibidor la Vmax se llama Vmax
aparente. El inhibidor:
𝐾𝑚𝑎𝑝 = α𝐾𝑚
[𝐼]
α=1+ 𝐾𝐼
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- Quimioterapeúticos: metrotrexato
- Agentes antibacterianos
-
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4. Inhibición no competitiva
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5. Inhibición acompetitiva
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7. Inhibición irreversible
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1. Estrategias reguladoras
EN FUNCIÓN DE PARÁMETROS
● Disponibilidad de sustrato:
○ Compartimentalización celular: t. activo, lanzaderas, dif. simple y
facilitada
○ Organización de enzimas
● Disponibilidad de enzimas
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REGULACIÓN ALOSTÉRICA
Tienen varias subunidades su actividad está regulada por uno o más ligandos
denominados moduladores, que se unen a un sitio diferente del sitio activo pero
específico para cada molécula. Las enzimas alostéricas no cumplen la ecuación de
Michaelis-Menten (curva hiperbólica), describen una curva sigmoidea. Encontramos un
sitio distinto para cada uno de los diferentes moduladores alostéricos.
(AÑADIR FOTOS)
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Enzimas alostéricas
● TIPO K:
○ altera Km (k0,5) pero no la Vmax.
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En una ruta metabólica el producto final inhibe a la primera enzima, es decir, son rutas
de biosíntesis, evitan que se acumulen intermedios. En rutas con ramificaciones puede
inhibir tambien la primera enzima despues de la ramificación.
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5. Isoenzimas
Son enzimas que catalizan la misma reacción enzimática pero cuentan con una
secuencia diferente de aas. Difieren en propiedades reguladoras y cinéticas:
Hexoquinasa y glucoquinasa por ejemplo
6. Diseño de fármacos
Lo primero que se hace es un rastreo inicial de fármacos incluye una evaluación in vitro
de por ejemplo, el grado de unión del candidato a fármaco a una enzima implicada en
alguna patología de interés (Determinación de KI).
Una vez obtenido un candidato, los compuestos candidatos tienen que unirse a su
proteína con una constante de disociación (o a una enzima con una constante de
inhibición) de menos de 1µM.
Se necesita una elevada afinidad para minimizar la unión menos específica del fármaco
a otras macromoléculas del organismos y además conseguir una administración de
dosis bajas de este.
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BIOQUÍMICA BÁSICA
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El desarrollo de fármacos es un
proceso sistemático y repetitivo en el
que los derivados más prometedores
del compuesto líder sirven de punto
de partida. En base a su estructura se
utiliza un receptor o una enzima que
forma complejo con un candidato a
fármaco que guíe el desarrollo de
sustancias más eficaces.
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Ensayos clínicos:
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1. Cinética multisustrato
Muchas enzimas utilizan más de un sustrato o actúan con una coenzima y generan uno
o más productos Los conceptos de las cinéticas monosustrato pueden ser útiles en el
análisis de las cinéticas de este tipo de reacciones Cuando se realiza un estudio
enzimático, debe determinarse una Km para cada sustrato y coenzima implicados en la
reacción
● Secuencial ordenado
● Secuencial al azar
● Doble desplazamiento: ping-pong
2. Mecanismo secuencial
Reacción bimolecular, los dos sustratos tienen que unirse a la enzima antes de que
tenga lugar la reacción En la reacción se producen complejos ternarios. Al formarse dos
productos se denominan reacciones bisustrato-biproducto (bi-bi)
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2. Vitaminas
Son principios esenciales necesarios en trazas, para la función celular normal. Son
principios nutritivos orgánicos esenciales para un adecuado crecimiento, desarrollo y
reproducción del ser humano. Su carencia provoca la aparición de una enfermedad
carencial que puede prevenirse o revertirse administrando el principio nutritivo
ausente.
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Este último compuesto actúa como coenzima para la clase de enzimas que catalizan
reacciones de separación de grupos aldehídos. Está fuertemente unido a la enzima
(transportador intermediario de un grupo aldehído).
Su función es la transferencia de
átomos de hidrógeno.
Se combina en los tejidos con ácido fosfórico para dar dos formas de coenzimas
diferentes:
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● Flavinmononucleótido (FMN)
● Flavinadenin-dinucleótido (FAD)
Son dos formas de coenzimas presentes en todas las células del cuerpo (ubicuos).
NAD+ es para las rutas catabólicas y NADP+ es para las anabólicas.
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Carencias de Vitamina B3: El ser humano por lo general no puede sintetizar cantidades
suficientes , en especial si existe una dieta pobre en triptófano. Como consecuencia
aparece la enfermedad denominada PELAGRA (piel rugosa). Síntomas: dermatitis,
diarrea y demencia (regla de las 3 D).
El enlace tioéster de alta energía al hidrolizarse transfer gran energía al grupo acetilo
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● Piridoxol o piridoxina
● Piridoxal
● Piridoxamina
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Hay una deficiencia en individuos con gran consumo de clara de huevo cruda ya que la
clara de huevo cruda contiene la proteína avidina que impide la absorción de la
biotina en el intestino, por lo que se debe consumir perfectamente cocida. La avidina
se desnaturaliza por la cocción y pierde función. La encontramos en el hígado, riñón,
levadura, clara, huevo, chocolate, cereales, legumbres.
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La forma reducida posee dos grupos sulfidrilos mientras que la forma oxidada es un
disulfuro cíclico.
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1. Principios de metabolismo
Funciones:
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Organismos vivos
Todos los procesos requieren energía y las células han desarrollado mecanismos
altamente eficaces para obtener energía del entorno (ya sea de la luz solar o de
compuestos químicos) y transformarla para poder utilizarla en procesos celulares que
requieren consumo de energía.
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La forma energéticamente más estable del C es el CO2 y la del H2 es el H20. Por esto
las células pueden obtener energía de molécula como glucosa o proteínas al
combinarse con sus átomos de C y H2 con el O2 para formar sus formas más estables
Conceptos clave:
2. Vías metabólicas
2.1. Catabolismo
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2.2. Anabolismo
Existen 3 etapas:
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1. Principios de metabolismo
2. Termodinámica
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● Sistemas abiertos
● Sistemas cerrados
● Sistemas aislados
Cuando se produce un proceso físico o una reacción química, pueden sumarse los
ingresos y los gastos de energía y hacer el balance. En todo proceso, la energía total del
sistema más la del entorno permanece constante.
∆𝑈 = 𝑄 + 𝑊
𝑊 =− 𝑃∆𝑉
∆𝐻 = ∆𝑈 + 𝑃∆𝑉
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Establece que todos los procesos tienen lugar espontáneamente en la dirección que
los lleva hacia un nivel mínimo de capacidad para producir trabajo, es decir hacia el
equilibrio.
∆𝐺 = ∆𝐻 + 𝑇∆𝑆
Concluimos que:
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𝑎𝐴 + 𝑏𝐵 ↔ 𝑐𝐶 + 𝑑𝐷
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Concluimos que:
● Temperatura = 25 °C (298 K)
● Presión = 1 atmósfera
● Concentración 1 M – pH=7
4. Resumen
5. Reacciones acopladas
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