Alberts • Johnson • Lewis • Raff • Roberts

• Walter

Molecular Biology of the Cell

Fifth Edition

Chapter 2
Cells and Genomes
 Química de la célula

Crowded cytoplasm. This scale drawing, which shows only the macromolecules, gives a good impression of how crowded
the cytoplasm is. RNAs are shown in blue, ribosomes in green and proteins in red. (Adapted from D.S. Goodsell, Trends
Biochem. Sci. 16:203 206, 1991.)
• La idea de aceptar a los seres vivos como sistemas
químicos es difícil:
– Diversidad de las formas de vida
– Su comportamiento definido
– Su habilidad para crecer y reproducirse
– Dichas características los aparta del mundo de los
sólidos, líquidos y gases que normalmente la química
describe.
– Hasta el siglo XIX se pensaba que los seres vivos
contenían una “Fuerza Vital” “animus” que era
responsable de sus propiedades distintivas
– Sabemos que no hay nada en los seres vivos que
desobedece las leyes de la física y de la química
Todos los organismos vivos obedecen a las leyes
de la química y de la física. Sin embargo, la
química de la vida es de un tipo especial.
– Basada casi por completo en los compuestos de
carbono (química orgánica)
– Las células están compuestas de 70% de agua y la vida
depende exclusivamente de las reacciones químicas
que tienen lugar en un ambiente acuoso
– Mas importante: La química de las células es compleja:
La química de la célula mas sencilla es mas compleja
que cualquier sistema químico conocido.
• Aunque las células contienen una variedad de moléculas
pequeñas de carbono, la mayoría de los átomos están
incorporados en cadenas poliméricas enormes.
• La propiedades únicas de estas macromoléculas permite a
las células y organismos crecer y reproducirse, y tener
todas las características de la vida.
• Tiene una regulación estricta: las células despliegan una
variedad de mecanismos para garantizar que todas las
reacciones químicas se lleven a cabo en el lugar y tiempo
adecuado
• Todos los organismos vivos obedecen a las leyes de la química y de
la física. Sin embargo, la química de la vida es de un tipo especial.
1. Se basa por completo en los compuestos de carbono. Química

orgánica.
2. Depende casi exclusivamente de reacciones químicas que tienen
lugar en soluciones acuosas.
3. Es enormemente compleja:
Esta dominada y coordinada por enormes moléculas poliméricas,
cuyas propiedades únicas permiten que las células y los organismos
crezcan, se reproduzcan y realicen todas las funciones
características de la vida.
2. Tiene una regulación estricta: las células despliegan una variedad
de mecanismos para garantizar que todas las reacciones químicas
se lleven a cabo en el lugar y tiempo adecuado.
Componentes químicos de la célula:
– Materia formada de combinación de elementos.
• H y C no pueden ser destruidos o convertidos en
otras sustancias por medios químicos
• La partícula mas pequeña de un elemento que
retiene sus propiedades químicas distintivas es un
átomo
– Sin embargo las características de sustancias
diferentes de elementos puros, incluyendo las que
forman los seres vivos depende de la forma en que los
átomos están enlazados en grupos para formar
moléculas
– Para entender como los seres vivos están formados de
materia inanimada es necesario entender los enlaces
químicos que mantienen unidos los átomos que forman
las moléculas
• Las células están formadas de unos cuantos tipos de
átomos
– Cada átomo tiene
• Núcleo central cargado positivamente
– Consiste de dos tipos de partículas
subatómicas:
» Protones: positivamente cargados
» Neutrones: que son eléctricamente
neutrales
• Núcleo rodeado de electrones cargados
negativamente, mantenidos en una serie de
orbitales por atracciones electrostáticas al núcleo
• El número de protones en el núcleo se conoce como
número atómico
• Un átomo es eléctricamente neutro:el número de
protones cargados positivamente es igual al numero de
electrones cargados negativamente, así que el numero
de electrones en un átomo es también igual al numero
atómico
• Son estos electrones que determinan el comportamiento
de un átomo
• Todos los átomos de un elemento tienen el mismo
numero atómico
• Neutrones tienen la misma masa que los protones.
– Contribuyen a la estabilidad del núcleo
• Sin son muchos o muy pocos , el núcleo se desintegra mediante un
caída radioactiva sin alterar las propiedades químicas del átomo
• Así un elemento puede existir en diferentes formas físicas
distinguibles pero químicamente idénticas llamadas isótopos
(diferente número de neutrones, igual número de protones)
– Ej 12C y 14C (base para determinar el origen de materiales orgánicos)

• El peso atómico de un átomo o el peso molecular de una

molécula, es su masa relativa a la del átomo de
hidrógeno
– Igual al número de protones más neutrones que un átomo o
molécula contiene (los electrones son mas ligeros y contribuyen
casi nada al total)
– Especificada en Daltons: unidad de masa atómica
aproximadamente igual a la masa de un átomo de hidrógeno
RADIOISOTOPOS PARA
APLICACIIONES MEDIAS
RADIOISOTOPOS
• Son variantes de un elemento, que difieren en el numero
de neutrones que poseen, manteniendo igual el numero de
protones.

• Un Isótopo Radiactivo de un elemento se caracteriza por

tener un núcleo atómico inestable ( Por el balance entre
neutrones y protones ) y emitir energía cuando cambia de
esta forma a una mas estable
• La energía liberada al cambiar de forma puede
detectarse con un contador Geiger o con una película
fotográfica.

• Cada Isótopo tiene una semivida o vida media

característica.

• La energía puede ser liberada, principalmente

en forma de rayos alfa (núcleos de helio), beta
(electrones) o gamma (energía electromagnetica)…
• Atomos son
pequeños:
– C= 0.2 nm de
diámetro ~5 millones
para que expandan
1mm (en línea recta)
– Un neutrón o un
protón pesan
~1/(6x1023) gramos.
Un gramo de
hidrógeno contienen
6x1023 atomos=
Número de Avogadro
• Si una sustancia
tiene un PM de X,
6x1023 moléculas de
este tendrán una
masa de X gramos,
esta cantidad es
llamada una mol de
una sustancia ¿Que es un mol. Algunas muestras de cálculos de moles y
soluciones molares.?
 – Existen 89 elementos
naturales. Los seres
vivos están hechos
de una selección de
estos: CHON que
hacen el 96.5% del
peso de un
organismo
– Su composición
difiere del ambiente
inorgánico no viviente
y es distintivo de una
química diferente

Figure 2-3. The abundances of some chemical elements in the

nonliving world (the Earth's crust) compared with their
abundances in the tissues of an animal. The abundance of each
element is expressed as a percentage of the total number of atoms
present in the sample. Thus, for example, nearly 50% of the atoms
in a living organism are hydrogen atoms. The survey here excludes
mineralized tissues such as bone and teeth, as they contain large
amounts of inorganic salts of calcium and phosphorus. The relative
abundance of elements is similar in all living organisms.
Table 2-1. Atomic Characteristics of the Most Abundant Elements in Living Tissues

COMMON ELEMENTS IN LIVING ORGANISMS

element protons neutrons electrons atomic number atomic weight

Hydrogen H 1 0 1 1 1
Carbon C 6 6 6 6 12
Nitrogen N 7 7 7 7 14
Oxygen O 8 8 8 8 16
LESS COMMON ELEMENTS

element protons neutrons electrons atomic number atomic weight

Sodium Na 11 12 11 11 23
Magnesium Mg 12 12 12 12 24
Phosphorus P 15 16 15 15 31
Sulfur S 16 16 16 16 32
Chlorine Cl 17 18 17 17 35
Potassium K 19 20 19 19 39
Calcium Ca 20 20 20 20 40
• Los electrones en la capa externa de un átomo determinan como los
átomos interactúan
– Para entender como los átomos se enlazan para formar las moléculas de los
seres vivos se debe tomar en cuenta sus electrones
– Protones y neutrones
• Unidos fuertemente en el núcleo
• Cambian de compañeros solo en condiciones extremas: radioactividad,
reactor nuclear
– En los tejidos vivos son sólo los electrones de un átomo que sufren
rearreglos
• Se encuentran en el exterior de un átomo y especifican las reglas de la
química por medio de los cuales los átomos se combinan para formar
moléculas
– Están en continuo movimiento alrededor del núcleo pero sus movimientos
obedecen diferentes leyes que dictan que los electrones de un átomo existen
solo en ciertos estados discretos:Orbitales que acomodan un número
limitado de electrones o capa electrónica
• 1=2e; 2y3=8e; 4 y5= 18e
• Átomos con mas de 4 capas electrónicas son raros en moléculas
biológicas
• El arreglo de los electrones de un átomo es mas
estable cuanto todos los electrones están mas
unidos, es decir cuando ocupan las capas
electrónicas mas internas
• Así, los electrones llenan los orbitales en orden
– Un átomo con su capa exterior llena de
electrones es especialmente estable y
químicamente no reactivo
• He= 2e ; neon=2+8; argon=2+8+8 Gases
nobles
• En contraste H=1e es altamente reactivo
como otros elementos en los tejidos vivos con
capas electrónicas incompletas y entonces
capaces de donar, aceptar o compartir
electrones para formar moléculas e iones
Figure 2-4. Filled and
unfilled electron shells in
some common elements. All
the elements commonly found
in living organisms have
unfilled outermost shells (red)
and can thus participate in
chemical reactions with other
atoms. For comparison, some
elements that have only filled
shells (yellow) are shown;
these are chemically
unreactive.
• Debido a que una capa electrónica incompleta es menos estable que
una llena, átomos con capas incompletas tienen un fuerte tendencia a
interactuar con otros átomos en una manera que les permita ganar o
perder suficiente electrones para completar su última capa
• Este intercambio de electrones puede ser logrado ya sea por
transferencia de electrones de un átomo a otro o compartiendo
electrones entre dos átomos. Estas dos estrategias genera dos tipos de
Enlaces Químicos
– Enlace iónico: se forman por perdida o ganancia de electrones.
– Enlace Covalente: se forman cuando dos átomos comparten un par
de electrones
– H generalmente llena su capa por medio de enlace covalente con
otro átomo, muchas veces este enlace es polar: Los electrones se
comparten desigualmente
– Otros elementos comunes en los seres vivos
• N, C, y O segunda capa incompleta
• P y S tercera capa incompleta.
• Completan sus ocho electrones con varios enlaces covalentes
Figure 2-5. Comparison of covalent and ionic bonds. Atoms can attain a more stable arrangement of electrons in their outermost shell
by interacting with one another. An ionic bond is formed when electrons are transferred from one atom to the other. A covalent bond is
formed when electrons are shared between atoms. The two cases shown represent extremes; often, covalent bonds form with a partial
transfer (unequal sharing of electrons), resulting in a polar covalent bond (see Figure 2-43
• El número de electrones que un átomo debe adquirir o
perder para completar su última capa se denominan:
Electrones de Valencia

• El rol crucial de los electrones de la capa mas externa

para determinar las características químicas de un
elemento significa que cuando estos se ordenan de
acuerdo al número atómico hay una periódica ocurrencia
de elementos con propiedades similares
– Un elemento con una segunda capa electrónica con 1e se
comportará de manera similar a otro elemento con una segunda
capa electrónica completa y una tercera incompleta con 1e.
• Ej Metales, tienen capas electrónicas incompletas con un solo
electrón o pocos electrones
• Ej Gases nobles todas las capas completas
 QuickTime™ and a
decompressor
are needed to see this p icture.
Enlaces iónicos se forman mediante
la perdida o ganancia de
electrones
• Se forman con átomos con 1 o 2
electrones en su ultima capa o
requieren 1 o 2 electrones para
completarla
• Estos átomos usualmente
completan su última capa más
fácilmente mediante la
transferencia de electrones que
por compartir electrones.
– Ej. Na con número atómico de 11
y Cl 17 NaCl
• Los átomos que participan se
convierten en iones, Cationes o
Aniones (eléctricamente
cargados)
– Ej. Na y K tienen un electrón que
perder con una sola carga positiva
• Na+ y K+
– Mg y Ca tiene dos electrones que
perder y forman cationes con dos
cargas positivas Mg2+ y Ca2+
– Debido a cargas eléctricas opuestas el Na y
Cl son atraídos y se mantienen juntos por
medio de un enlace iónico (atracción
electrostática). Sustancias como estas son
llamadas sales (un cristal=2x1019 iones de
cada tipo).
– Los enlaces iónicos son uno de los tipos de
enlaces no covalentes
– Debido a la interacción favorable con el agua
e iones, los enlaces iónicos son debilitados
por el agua y por lo tanto sales son altamente
solubles en agua disociándose en sus
respectivos iones. A diferencia de los enlaces
covalentes cuya fuerza no es afectada de esta
manera
Figure 2-6. Sodium chloride: an example of ionic bond formation. (A) An atom of sodium (Na) reacts with an
atom of chlorine (Cl). Electrons of each atom are shown schematically in their different energy levels; electrons in the
chemically reactive (incompletely filled) shells are red. The reaction takes place with transfer of a single electron from
sodium to chlorine, forming two electrically charged atoms, or ions, each with complete sets of electrons in their
outermost levels. The two ions with opposite charge are held together by electrostatic attraction. (B) The product of the
reaction between sodium and chlorine, crystalline sodium chloride, consists of sodium and chloride ions packed
closely together in a regular array in which the charges are exactly balanced. (C) Color photograph of crystals of
sodium chloride.
• Los enlaces covalentes se forman cuando se comparten
electrones:
– Las características de una célula depende de las
moléculas que contenga
– Una molécula es definida como un grupo de átomos
unidos por medio de enlaces covalentes, aquí los
electrones se comparten entre los átomos para
completar sus ultimas capas
• Ej H2 (molécula más sencilla posible)
• Los electrones compartidos forman una nube más
densa de carga negativa entre los los dos núcleos
cargados positivamente que los ayuda a
permanecer juntos, en oposición a la repulsión
mutua entre cargas similares que de otra manera
los apartaría
– Las fuerzas atractivas y repulsivas están en balance
cuando el núcleo es separado por una distancia
característica llamada largo del enlace
• Otra característica de un enlace, ya sea covalente o no, es la
fuerza del enlace, cantidad de energía necesaria para romper
ese enlace, medida en Kcal/mol.
– Una Kcal es la cantidad de energía necesaria para levantar
la temperatura de un litro de agua en un grado centígrado.
» Ej. Si se requiere de 1 Kcal para romper 6x1023 enlaces
(una mol de estos enlaces) de un tipo especifico
entonces la fuerza del enlace es igual a 1kcal/mol.
» Una unidad equivalente es el Kjoule=0.239 kcal
» Para tener una idea de la fuerza del enlace se puede
comparar las energías promedios de los impactos que
las moléculas están constantemente sufriendo por
colisiones con otras moléculas en el ambiente (energía
térmica o calórica) como también las fuentes de energía
biológica
» La formación y ruptura de enlaces covalentes son
eventos violentos controlados en las células por
catalizadores específicos, enzimas. Difícilmente por
movimientos termales
Figure 2-7. Some energies important for cells. Note that these energies are
compared on a logarithmic scale
• Mientras que el átomo de H puede formar un
solo enlace covalente, los otros átomos
comunes en la célula como O, N,S, P y C
pueden formar más de uno
– La capa electrónica externa de estos átomos puede
acomodar hasta 8 electrones y formarán enlaces
covalentes, tantos como sean necesarios para
alcanzar este número
– Cuando un átomo forma un enlace covalente con
varios otros, estos enlaces múltiples tienen una
orientación definida en el espacio relativa a los otros
• Estos enlaces están caracterizados por ángulos de enlace y
largos de enlace característicos
– Ej C forma un tetraedro
 1. m. Geom. tetraedro
cuyas caras son
triángulos equiláteros.
Tetrahedron
Figure 2-8. The geometry of covalent bonds. (A) The spatial arrangement of the covalent bonds that can be formed by oxygen, nitrogen,
and carbon. (B) Molecules formed from these atoms have a precise three-dimensional structure, as shown here by ball and stick models for
water and propane. A structure can be specified by the bond angles and bond lengths for each covalent linkage.
Existen diferentes tipos de enlaces covalentes
• La mayoría incluye el compartimiento de dos electrones cada uno
donado por cada átomo participante: Enlace covalente simple
• En algunos enlaces covalentes, se comparten mas de un par de
electrones:
– Doble enlace: se comparte dos pares de electrones (4 electrones)
• Son más fuertes y cortos que los enlaces simples
• Tienen un efecto en la geometría tridimensional: un enlace
simple entre dos átomos generalmente permite la rotación de
una parte de la molécula alrededor del eje del enlace
• Un doble enlace previene tal rotación, produciendo un arreglo
de los átomos mas rígido y menos flexible
• Algunas moléculas comparten electrones entre tres o más
átomos produciendo enlaces con caracteres similares al
enlace simple y al doble
Figure 2-9. Carbon-carbon double
bonds and single bonds
compared. (A) The ethane molecule,
with a single covalent bond between
the two carbon atoms, illustrates the
tetrahedral arrangement of single
covalent bonds formed by carbon.
One of the CH3 groups joined by the
covalent bond can rotate relative to
the other around the bond axis. (B)
The double bond between the two
carbon atoms in a molecule of
ethene (ethylene) alters the bond
geometry of the carbon atoms and
brings all the atoms into the same
plane (blue); the double bond
prevents the rotation of one CH2
group relative to the other.
• Cuando los átomos unidos por un enlace simple pertenecen a diferentes
elementos, los dos átomos atraen los electrones compartidos en grados
diferentes
– N y O comparado con el C atraen los electrones relativamente más fuerte,
mientras que el H atrae los electrones más débilmente
– Un Estructura Polar (en sentido eléctrico) es aquella con una carga
positiva concentrada hacia un extremo (polo positivo) y una carga
negativa hacia el otro extremo (polo negativo), los enlaces covalentes
donde los electrones son compartidos de esta manera son conocidos
como enlace polar covalente
• Ej O-H, N-H; C-H no polar
• Son importantes en biología por ellos crean dipolos permanentes
que permite interactuar a las moléculas a través de fuerzas eléctricas:
– Cualquier mol. grande tiene en su superficie grupos polares con
cargas + y – que al encontrar una mol. con cargas
complementarias formara un enlace similar al iónico pero mas
débil
Figure 2-10. Polar and
nonpolar covalent bonds.
The electron distributions in
the polar water molecule
(H2O) and the nonpolar
oxygen molecule (O2) are
compared (d+, partial
positive charge; d-, partial
negative charge).
Un átomo se comporta como si tuviera un radio fijo.
• En la célula los átomos que se empujan unos a otros
están en mol. separadas. Qué sucede cuando se tocan?
– Por simplicidad los átomos y moléculas se representan con
líneas que conectan estos (fórmula estructural) o en el modelo
de Bola y varilla
– Representación mas precisa space-filling model
• Una envoltura solida es utilizada para representar el radio
de la nube electrónica a la cual fuertes fuerzas repulsivas
previenen la aproximación de cualquier segundo átomo no
enlazado, llamados radio de van der Waals
• Esto es posible porque la cantidad de repulsión incrementa a
medida que los átomos se acercan, a distancias ligeramente
mayores, dos átomos cualquiera experimentaran una fuerza
atractiva débil conocida como las Fuerzas de van der Waals.
Como resultado hay una distancia a la cual las fuerzas
repulsivas y atractivas se equilibran para producir un mínimo
de energía durante la interacción de un átomo con un
segundo átomo de otro elemento
Las interacciones de Van der waals se originan en
dipolos transitorios.
Cuando dos atamos cualesquiera se acercan mucho el
uno al otro crean una fuerza débil de atracción
inespecífica. Cuando la atracción de van der Waals
entre dos átomos equilibra exactamente la repulsión
entre las dos nubes electrónicas se dice que los
átomos están en contacto de van der waals. .
Figure 2-12. Three representations of a water molecule. (A) The usual line
drawing of the structural formula, in which each atom is indicated by its
standard symbol, and each line represents a covalent bond joining two atoms.
(B) A ball and stick model, in which atoms are represented by spheres of
arbitrary diameter, connected by sticks representing covalent bonds. Unlike
(A), bond angles are accurately represented in this type of model (see also
Figure 2-8). (C) A space-filling model, in which both bond geometry and van
der Waals radii are accurately represented.
Figure 2-11. The balance of van der Waals forces between two atoms. As the nuclei of two atoms approach each other, they initially show a
weak bonding interaction due to their fluctuating electric charges. However, the same atoms will strongly repel each other if they are brought too
close together. The balance of these van der Waals attractive and repulsive forces occurs at the indicated energy minimum.
El agua es la sustancia mas abundante en la célula
• Constituye el 70% del peso de la célula
• La reacciones intracelulares ocurren en un ambiente acuoso. La vida en la
tierra inicia en el océano y las condiciones de este ambiente primitivo
marcan la química de los seres vivos, así la vida depende de las
propiedades del agua
• En una mol. de agua dos H están enlazados a 1 átomo de O por medio de
enlaces covalentes, altamente polares porque el O atrae fuertemente a los
electrones, mientras que el H sólo los atrae débilmente (fig. 2-12 y 2-10)
– Consecuentemente hay una distribución desigual de los electrones con una
preponderancia de carga positiva en los 2 H y una carga negativa en el O.
• Cuando una segunda mol. de agua se aproxima la atracción resultante se
denomina enlace de hidrogeno (puente), mas débiles que los enlaces
covalentes y fácilmente separados por los movimientos termales.
• Sin embargo el efecto combinado de varios enlaces de mol. de agua
permite la formación de una red que continuamente se rompe y se forma
• Es debido a los puentes de hidrógeno que une a las mol. de agua que es
líquida a T ambiente, con un alto punto de ebullición y una alta tensión
superficial, en vez de ser gaseosa.
• Moléculas tales como alcoholes que son polares y que pueden
formar puentes de H con el agua se disuelven fácilmente en esta al
igual que iones (cargas + o negativas). Dichas sustancias son
llamadas Hidrofílicas (aman el agua)
– Ej. DNA, RNA, azúcares y la mayoría de las proteínas
• Hidrofóbicas (fobia al agua) son moléculas sin carga y forman pocos
o no enlaces de hidrógeno y no se disuelven en el agua.
– Ej. Hidrocarburos (H-C , enlace no polar). El H casi no tiene
carga positiva y no pueden formar efectivamente puentes de
hidrógeno con otras moléculas. Propiedad explotada por las
células, cuyas membranas están construidas de largas cadenas
hidrocarbonadas.
Algunas Moléculas polares forman ácidos y bases en el agua
• Reacción significativa para las células: Mol. con un enlace
covalente altamente polar entre hidrógeno y un segundo átomo se
disuelve en agua
– El H cede su electrón al átomo acompañante y existe como un núcleo
cargado positivamente, Protón. Al ser rodeado por el agua el protón es
atraído por la carga negativa parcial del O del agua se disocia y se
asocia con el O del agua para generar un Hidrogenion (H3O).
– La reacción reversa también ocurre rápidamente
– Sustancia que liberan un protón para formar un hidrogenion se
denominan Ácidos
– >[H3O], mayor la acidez de la solución. Este es presente inclusive en
agua pura a una concentración de 10-7 M
– Por tradición la [H3O] es referida como la [H+], aunque en una solución
acuosa la mayoría de los protones están presentes como hidrogeniones
– La [H+], es expresada utilizando una escala logarítmica llamada pH. El
agua pura tiene un pH de 7
– Debido a que el H del H3O puede ser transferido fácilmente a otras mol.
en la célula, la acidez ([H3O]) debe ser regulada.
• El opuesto a un ácido es una base (acepta protones para
bajar la concentración de hidrogeniones). La base
incrementa la concentración de OH- así como el ácido
incrementa los [H3O].
• OH se forman al remover un protón del agua.
– Bases importantes en las células son las que contienen
NH2. Generan OH cuando toman un protón del agua
• NH2+ H2O NH3+ + OH-
– Ej. NaOH es básico o alcalino porque este se disocia en
una sol. acuosa para formar iones de Na+ y OH-.
– Como el OH se combina con H3O para formar agua un
incremento en [OH] decrece la [H3O] y viceversa
– H2O pura contiene igual concentración baja de ambos
iones (10-7M), no es acidica ni básica y se dice que es
entonces neutral. Dentro (interior) de las células se
mantiene cerca a la neutralidad.
Figure 2-13. Acids in water. (A) The reaction that takes place when a molecule of acetic acid dissolves in water. (B) Water
molecules are continuously exchanging protons with each other to form hydronium and hydroxyl ions. These ions in turn
rapidly recombine to form water molecules
4 tipos de enlaces no covalentes ayudan a unir moléculas
en las células
– En una sol. Acuosa los enlaces covalentes son 10 a
100 veces mas fuertes que otras fuerzas atractivas
entre átomos permitiendo definir los limites de una
molécula
– Sin embargo la biología depende de los enlaces
específicos entre diferentes moléculas mediados por
diferentes atracciones no covalentes.
– Individualmente estos enlaces no covalentes son
débiles pero sus energías de enlaces se pueden
sumar para crear una fuerza efectiva entre dos
moléculas separadas
Propiedades
Enlace iónico: atracciones electrostáticas entre átomos con cargas
opuestas. En ausencia de agua son fuertes pero la polaridad del agua
hace que estas se acumulen alrededor de iones

Figure 2-14. How the dipoles on water molecules orient to reduce the affinity of oppositely
charged ions or polar groups for each other.
• Puentes de hidrógeno: Un tipo especial de
interacción polar en la cual el átomo de H
electropositivo es parcialmente compartido con dos
átomos electronegativos.
– El H puede ser visto como un protón que es parcialmente
disociado del átomo donador
– Altamente direccional siendo mas fuerte cuando se puede
dibujar una línea recta entre los átomos que lo forman
– El agua los debilita mediante la formación de puentes de
hidrogeno con estas móleculas.
Figure 2-15. Hydrogen bonds. (A) Ball- and-stick model of a typical hydrogen bond. The
distance between the hydrogen and the oxygen atom here is less than the sum of their van
der Waals radii, indicating a partial sharing of electrons. (B) The most common hydrogen
bonds in cells.
• Fuerzas de van der Waals
– La nube electrónica alrededor de un átomo no polar puede
fluctuar formando un dipolo. Estos dipolos induce otro dipolo de
carga opuesta cerca del átomo.
– Esto genera una atracción débil entre átomos. Pero como
muchos átomos pueden simultáneamente ponerse en contacto
cuando dos superficies se logran aparear el resultado neto es
significante
– No pueden ser debilitadas por el agua
Fuerzas hidrofóbicas
• Puede unir moléculas en el agua
• Se produce mediante la separación de superficies de
moléculas no polares del agua
• Interfieren con las interacciones de las moléculas de
agua reduciendo su contacto con estas
• Juegan un papel importante en el plegamiento de las
proteínas
Las proteínas pueden unirse entre si a través de
cargas complementarias en sus superficies.

Figure 2-16. How two macro-molecules with complementary surfaces can bind tightly to one another through noncovalent
interactions. In this schematic illustration, plus and minus are used to mark chemical groups that can form attractive interactions
when paired.
Los enlaces iónicos son muy importantes
en los sistemas biológicos, muchas
enzimas guían a los sustratos hacia la
posición correcta por medio de
interacciones iónicas.
La célula esta formada de compuestos de carbono
• Una vez familiarizado con las vías en que los átomos se
combinan para formar mol pequeñas y como estas se
comportan en un ambiente acuoso se pueden examinar
las diferentes moléculas pequeñas y su rol biológico
• Pocas categorías de moléculas. formadas de los
diferentes elementos dan origen a la extraordinaria
riqueza de formas y comportamiento de las cosas vivas
• Sin considerar el agua e iones inorgánicos como el
potasio, casi todas las mol en las células están basadas
en el C
El C es un elemento sobresaliente entre otros en su
habilidad para formar grandes moléculas
• Es pequeño, debido a sus 4 electrones en la capa externa
y sus 4 e- de valencia puede formar 4 enlaces covalentes
con otros átomos
• Mas importante un átomo de C puede unir otro C a través
de un enlace covalente altamente estable para formar
cadenas, anillos y así generar moléculas complejas y
grandes sin limite de tamaño
• Las mol pequeñas y grandes de C: mol orgánicas
• Combinaciones de átomos como metil (CH3), hidróxilo (OH),
carboxil (COOH), carbonil (C=O), fosfato (PO32-) y amino
(NH2) ocurren repetidamente en las mol. orgánicas. Cada
grupo químico tiene propiedades químicas y físicas distintas
que influencian el comportamiento de la mol. donde se
encuentran
Tetrahedron
La célula contiene 4 familias principales de mol. pequeñas:
• Tienen MW entre 100-1000 y contienen hasta 30 átomos de C
• Son encontradas libres en solución y tienen diferentes destinos
– Utilizados como monómeros para construir la macromoléculas
poliméricas gigantes de la célula (polisacáridos, proteínas y
ácidos nucleicos)
– Pueden actuar como fuente de energía
– Muchas mol pequeñas tienen un rol dual, como monómeros o
como fuentes de energía
• Son menos abundantes que las macromoléculas (1/10 del total de
masa orgánica en la célula)
• Todas las mol orgánicas son sintetizadas y descompuestas en el
mismo grupo de compuestos simples
• La célula contiene 4 familas prinicipales: ácidos grasos, aminoácidos,
azúcares y nucleótidos
Table 2-3. The Approximate Chemical Composition of a Bacterial Cell

PERCENT OF NUMBER OF TYPES OF

TOTAL CELL EACH MOLECULE
WEIGHT

Water 70 1
Inorganic ions 1 20
Sugars and precursors 1 250
Amino acids and precursors 0.4 100
Nucleotides and precursors 0.4 100
Fatty acids and precursors 1 50
Other small molecules 0.2 ~300
Macromolecules (proteins, nucleic 26 ~3000
acids, and polysaccharides)
Figure 2-17. The four main families of small organic molecules in cells. These small
molecules form the monomeric building blocks, or subunits, for most of the macromolecules and
other assemblies of the cell. Some, like the sugars and the fatty acids, are also energy sources
Los azúcares son fuente de energía para las células y son
las subunidades de los polisacaridos
• Los azúcares más simples: monosacáridos
– Formula general C(H2O)n n=3-8
– También llamados carbohidratos o hidratos de carbono debido a
esta simple formula
– Ej. glucosa: C6H12O6 sin embargo la formula no define la
molécula. El mismo numero de C, H y O pueden ser unidos por
enlaces covalentes en formas diferentes creando estructuras
diferentes. Puede ser convertida en manosa o galactosa
cambiando la orientación de OH específicos
– Cada una de estas azúcares puede existir en dos formas
• L y D (Levogiro, dextrogiro) que son la imagen en el espejo de cada
una
• Grupo de mol con la misma formula química pero diferentes
estructura : isómeros ópticos
Formulas estructurales en A y D.Los átomos se indican con como símbolos químicos unidos entre si
.
por líneas continuas

c) Modelo de bolas y varilla

d) Los átomos se representan con diferentes colores.
e) Configuración en silla.
• Las azúcares pueden existir en forma de anillo o cadena
abierta.
– Como cadena abierta los azúcares contienen un número de OH
y ya sea un aldehído (-HC=O) o grupo cetónico (C=O) y se
denominan aldosas o cetosas
– Estos grupos juegan un rol especial:
• pueden reaccionar con un OH en la misma mol para formar un
anillo (reconocible porque es el único unido a dos oxígenos)
• Este mismo carbono puede unirse a otro que lleve OH para crear
disacáridos, oligosacáridos (tri, tetra, y así sucesivamente), y
polisacáridos que contienen miles de monosacáridos

• Para azúcares con más de un C asimétrico los símbolos

D y L se refieren al carbón mas alejado del aldehído o
grupo cetónico
a significa que el OH en el C 1’ esta debajo del plano del anillo y b que es
por encima del plano
• La forma en que los azucares
se enlazan para formar un
polímero ilustra características
de un enlace bioquímico
– El enlace es formada entre los
grupos OH de dos azucares
adyacentes mediante la
reacción de condensación
donde una mol de agua es
liberada
– Rx es similar en ácidos
nucleicos y proteínas
– Rx reversa: Hidrólisis

Figure 2-19. The reaction of two monosaccharides to form a disaccharide. This reaction belongs to a general
category of reactions termed condensation reactions, in which two molecules join together as a result of the loss of a
water molecule. The reverse reaction (in which water is added) is termed hydrolysis. Note that one of the two partners
(the one on the left here) is the carbon joined to two oxygens through which the sugar ring forms (see Figure 2-18). As
indicated, this common type of covalent bond between two sugar molecules is known as a glycosidic bond (
• Debido a que un
monosacárido tiene
varios OH libres que
pueden formar enlaces
con otros
monosacáridos, los
polímeros pueden ser
ramificados y el
numero de estructuras
es grande
– Ej. Disacárido de
glucosa= 11 formas
diferentes
– Es mas difícil
determinar el arreglo
en un polisacárido
que la seq. de DNA

Figure 2-20. Eleven disaccharides consisting of two D-glucose units. Although these differ only in
the type of linkage between the two glucose units, they are chemically distinct. Since the
oligosaccharides associated with proteins and lipids may have six or more different kinds of sugar
joined in both linear and branched arrangements through glycosidic bonds such as those illustrated
here, the number of distinct types of oligosaccharides that can be used in cells is extremely large.
Funciones:
• Glucosa fuente principal de energía para la célula
• La célula utiliza polisacáridos como glucógeno y almidón
con almacenes de energía
• Soporte mecánico: celulosa en la pared celular de las
plantas, quitina en el exoesqueleto de insectos
• Pequeños oligosacáridos están unidos covalentemente
a proteínas: glicoproteínas o a lípidos:glicolípidos; que
decoran la superficie de la mayoría de las células que
son reconocidos específicamente
Los Acidos grasos son componentes
de las membranas celulares
• Ej. Acido palmítico tiene dos regiones qm
– Cadena hidrocarbonada larga y no muy
reactiva, hidrofóbica
– Grupo COOH que se comporta como un
ácido y es ionizado en solución COO-,
extremadamente hidrofílica y reactiva
– Casi todos están unidos a otra moléculas a
través del COOH en la célula
– Su cadena hidrocarbonada se dice que es
saturada, no tiene enlaces dobles entre
carbonos y tiene el máximo posible de H
– Otro ej. Ácido esteárico

Figure 2-21. A fatty acid. A fatty acid is composed of a hydrophobic hydrocarbon chain to which is
attached a hydrophilic carboxylic acid group. Palmitic acid is shown here. Different fatty acids have
different hydrocarbon tails. (A) Structural formula. The carboxylic acid group is shown in its ionized
form. (B) Ball-and-stick model. (C) Space-filling model.
• Otros ácidos grasos como el ácido oleico
tienen cadenas insaturadas con uno o mas
doble enlaces a lo largo de esta. Los dobles
enlace crean dobleces o curvas en la mol que
interfiere en su habilidad de empacarse juntos.
(margarina dura=saturada y suave=insaturado)
• Los ácidos grasos se diferencian en
– Largo de sus cadenas hidrocarbonadas
– Y número y posición de los dobles enlaces
Función:
• Reserva alimenticia concentrada en la célula porque su ruptura
produce 6X mas energía que la glucosa
• Se almacenan en el citoplasma en forma de gotas de triacilglicerol o
triglicéridos, que constituyen las grasas animales encontradas en la
carne y mantequilla y en aceites vegetales como en el maíz y el
oliva
• Los ácidos grasos y sus derivados como el triacilglicerol constituyen
los lípidos
– Insolubles en agua y solubles en grasas y solventes orgánicos como el
benzeno
– Esteroides y polisoprenoides (unidades de isopreno)
• Su función mas importante en la célula: membrana celular:
fosfolípidos
– Dos cadenas hidrocarbonadas unidas al glicerol y en la tercera posición
un grupo hidrofilico (fosfato) unido a su vez una mol polar pequeña
como la colina: mol. Anfipáticas
– La propiedad de formar membranas resulta de su naturaleza antipática
Los aminoácidos son las subunidades de las proteínas
• Clase variada de mol con una propiedad definida: todos tienen un
grupo COOH y un grupo amino unido a un sólo aC
• Su variedad proviene de las cadenas laterales unidas también al aC
• Enlace covalente entre dos a.a.: enlace peptídico y la cadena
resultante cadena polipeptídica. Cada cadena posee un porción
amino terminal y carboxi terminal
• 20 tipos diferentes que se repiten en las proteínas de bacterias,
plantas y animales.
• Existen como isómeros ópticos como los azúcares con excepción
de la glicina. Sólo las formas L- son encontradas en proteínas
aunque algunas formas D se encuentran en bacterias y en algunos
antibióticos.
• Su versatilidad química provee de una función importante para las
proteínas. 5 de los 20 aa tienen cadenas laterales que pueden
formar iones en solución y entonces son cargados eléctricamente.
Los otros son sin carga, algunos polares e hidrofílicos y algunos no
polares e hidrofóbicos. Es esta cadena lateral la que confiere la
función de las proteínas
Figure 2-23. The amino acid alanine. (A) In the cell, where the pH is close to 7, the
free amino acid exists in its ionized form; but when it is incorporated into a
polypeptide chain, the charges on the amino and carboxyl groups disappear. (B) A
ball-and-stick model and (C) a space-filling model of alanine (H, white; C, black; O,
red; N, blue
Figure 2-24. A small part of
a protein molecule. The four
amino acids shown are linked
together by three peptide
bonds, one of which is
highlighted in yellow. One of
the amino acids is shaded in
gray. The amino acid side
chains are shown in red. The
two ends of a polypeptide
chain are chemically distinct.
One end, the N-terminus,
terminates in an amino group,
and the other, the C-terminus,
in a carboxyl group. The
sequence is always read from
the N-terminal end; hence this
sequence is Phe-Ser-Glu-Lys
Figure 2-25. The charge on amino acid
side chains depends on the pH. The
five different side chains that can carry a
charge are shown. Carboxylic acids can
readily lose H+ in aqueous solution to
form a negatively charged ion, which is
denoted by the suffix "-ate," as in
aspartate or glutamate. A comparable
situation exists for amines, which in
aqueous solution can take up H+ to form
a positively charged ion (which does not
have a special name). These reactions
are rapidly reversible, and the amounts
of the two forms, charged and
uncharged, depend on the pH of the
solution. At a high pH, carboxylic acids
tend to be charged and amines
uncharged. At a low pH, the opposite is
true the carboxylic acids are uncharged
and amines are charged. The pH at
which exactly half of the carboxylic acid
or amine residues are charged is known
as the pK of that amino acid side chain.
In the cell the pH is close to 7, and
almost all carboxylic acids and amines
are in their fully charged form.
Los nucleótidos son las subunidades del DNA y RNA
• Compuesta de una base nitrogenada unida a un azúcar de 5C y a un
grupo fosfato
Las macromoléculas de las células

•carbonadas
Desde el punto de vista de su peso las macromoléculas son las moléculas
mas abundante en una célula viva.
• Son los componentes principales de la célula y los que les confieren las
propiedades característica a la célula.
•celulares.
Tienen un tamaño intermedio entre las moléculas pequeñas y los organulos

•Contienen una secuencia especifica de subunidades.

Las macromoléculas abundan en la célula. Se muestra la composición aproximada de una célula bacteriana. La
composición de una célula animal es similar.
Las macromoléculas están compuestas por subunidades monomericas.
Los enlaces covalentes especifican la forma precisa de una macromolécula. Casi todas las
proteínas y muchas moléculas de RNA se pliegan en una sola macromolécula estable.
 Los enlaces no covalentes permiten que una macromolécula se una a otras
moléculas seleccionadas.

Las moléculas pequeñas se unen y forman macromoléculas que a su vez pueden unirse
y formar grandes complejos macromoleculares.