José Alberto Lara Bravo

201951984

Secuenciación de nueva generación (NGS) de

ADN: presente y futuro en la práctica clínica
Las NGS es un grupo de tecnologías diseñadas para secuenciar gran
cantidad de segmentos de ADN de forma masiva y en paralelo, en menos
cantidad de tiempo y a un menor costo por base. Se plantea que esta
tecnología pueda de ser de gran ayuda para la prevención, diagnóstico,
tratamiento y seguimiento de un catalogo extenso de enfermedades,
incluidas condiciones genéticas, patologías crónicas y enfermedades
infecciosas. Se desarrolló debido a que secuenciar variantes de ADN era
muy largo, tedioso y costoso debido que todos los procesos estaban
adaptados para secuencias cortas, pero con esta tecnología ya se permite
la lectura de millones de secuencias en menor lapso y costo. Hay dos
conceptos fundamentales para el entendimiento de este proceso, lo que es
la cobertura, se refiere al porcentaje de bases del genoma de referencia
que están siendo secuenciadas una cantidad determinada de veces. Y
profundidad, representa al numero promedio de veces que cada base en
el genoma es secuenciada en los fragmentos de ADN. Se debe saber que
todas las técnicas de NGS cuentan con 5 pasos: 1) la segmentación del ADN
por medio de fragmentos, 2) marcaje del ADN por medio de primers, 3)
amplificación de los fragmentos de ADN marcados con adaptadores, 4)
secuenciación o lectura de los fragmentos de ADN y 5) reconstrucción de la
secuencia completa por medio de secuencias de referencia y exportación
a ficheros de almacenamiento de datos. Como toda tecnología nueva y
en desarrollo, las NGS tienen limitantes que la hacen incompleta, como el
hecho de tener una baja cobertura de lectura de un mismo fragmento, por
lo que hay posibilidades de omitir regiones con variantes considerables para
proporcionar un diagnostico adecuado; su reducción de la longitud de las
secuencias (40-400 pb) genera una mayor dificultad en el análisis de datos.
Se presentan limitaciones en la identificación de deleciones, inserciones,
mosaicismos y traslocaciones de gran tamaño o en la detección de
variantes de número de copias, aquí es donde se opta por otras alternativas
para realizar el trabajo. Y en los últimos años se reportan cada vez más
errores, lo que suscita incertidumbres para determinar diagnósticos y
tratamientos apropiados. Pero también ha ido adquiriendo valor como
prueba diagnostica por su buen rendimiento para la detección de
enfermedades genéticas por ser una herramienta más eficiente y veloz en
la secuenciación de genes e identificación de variantes genéticas.