Bioquímica:

Transcripciones de clases

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 Bioquímica I
Introducción a la bioquímica
La bioquímica es el estudio químico de la estructura y de las funciones de los seres vivos. Es la ciencia
que estudia la química de la vida.
¿En qué lugar de la célula ocurren los procesos metabólicos?
Mitocondria
• Producción de acetil- CoA
• Ciclo de Krebs
• Fosfoliración oxidativa
• Gluconeogénesis (parte)
• B-oxidación de ácidos grasos
• Síntesis de cuerpos cetónicos
• Ciclo de la urea (parte)
Retículo endoplásmico
• Gluconeogénesis (parte)
• Síntesis de colesterol (parte)
Citosol
• Glicolisis
• Gluconeogénesis (parte)
• Vía de las pentosas fosfato
• Síntesis de colesterol (parte)
• Síntesis de ácidos grasos
• Ciclo de la urea (parte)
• Metabolismo del glicógeno

Composición de la célula y biomoléculas

Componentes químicos de la naturaleza
• Componentes de la materia viva: C,H,O,N,P,S
• Iones necesarios para la vida: Na+, K+, Mg+2, Ca+2, Cl-
• Elementos traza: Fe, Cu, Zn, Mn, Co, I, Mo, V, Ni, Cr, F, Se, Si, Sn, B, As. Estos se encuentran en
mínimas cantidades, pero deben estar presentes para que todos los procesos biológicos se lleven a
cabo. Por ej, si no hay fierro, la hemoglobina no puede transportar oxigeno y se produce anemia.
Carbono
• Las biomoléculas y moléculas
orgánicas se forman a partir de
cadenas de carbono, a las cuales se
le unen otros elementos.
• Puede formar cuatro enlaces
covalentes.
• Forma enlaces simples, dobles y
triples.

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• Carbono como base construye una gran variedad de moléculas de distinto tipo de estructura
-Moléculas lineales
-Moléculas planas
-Moléculas ramificadas
-Moléculas cíclicas
Grupos funcionales en biomoléculas
-Metilo
-Etilo
-Fenilo
-Carbonilo, se encuentra en aldehído
o cetona.
-Éter
-Ester
-Acetilo
-Carboxilo o carboxilato
-Hidroxilo (alcohol)
-Fosforilo
-Amina
-Amida
-Imidazol
-Sulfidrilo
-Disulfuro
-Tioester

Componente principal de la célula: Agua, alrededor de un 70% de una célula típica, el otro 30%
corresponde a químicos que están en el medio acuoso. De este 30% varias son macromoléculas
(polisacáridos, proteínas, RNA, DNA), y por otra parte también se encuentran iones, fosfolípidos y
moléculas pequeñas.

Agua y sistemas amortiguadores

Estructura del agua
-Se compone de dos átomos de hidrogeno y un átomo de oxigeno
- O-H se unen mediante un enlace covalente polar, un átomo es mas
electronegativo que el otro (O), por lo tanto los electrones están
mas atraídos hacia el oxigeno.
-Molécula polarizada, que forma un dipolo eléctrico en los enlaces O-H.
-Electrones están mas cerca del O que del H, lo que genera una diferencia de
carga. H es δ+ y O es δ-

Enlaces de hidrogeno
-Una molécula de agua con O δ- atrae a otra molécula de agua con H δ+ y se forma enlace débil no
covalente, llamado puente de hidrogeno.
-Cada molécula de agua puede formar puentes de hidrogeno con hasta cuatro moléculas de agua
distintas.

Propiedades del agua

• El punto de fusión, ebullición y vaporización son mas altos que los de otros solventes.
• El agua es líquida a temperatura ambiente.
• Es el solvente universal
• Posee elevada tensión superficial.
• Es liquida en un rango amplio de temperaturas, porque posee un elevado valor de vaporización.

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• Ayuda a regular la temperatura, porque posee un elevado calor especifico.
Propiedades del agua que se alteran por la presencia de solutos (propiedades coligativas)
• Presión de vapor, disminuye
• Punto de ebullición, aumenta
• Punto de fusión, disminuye
• Presión osmótica, disminuye
Agua como solvente
• Moléculas hidrofilicas: son las moléculas cargadas o no cargadas polares, son capaces de rodearse
y disolverse fácilmente en agua, establecen puentes de hidrogeno con el agua.
• Moléculas hidrofóbicas: son las moléculas apolares, e interactúan entre si para excluir al agua.
Establecen interacciones hidrofóbicas.
• Moléculas anfipáticas: son las moléculas que poseen algunas regiones polares y otras apolares.

• Agua disuelve las sales, ya que hidrata los iones que las forman. Cada ion se rodea de agua.
Cl tiene carga negativa, agua lo enfrenta con O- y H+, ya que el agua posee una alta constante
dieléctrica, es una propiedad física que refleja la cantidad de dipolos en un solvente.
Interacciones débiles de biomoléculas en ambientes acuosos
• Interacciones de Van der Waals: se producen por la interacción eléctrica entre las nubes
electrónicas de átomos, que se encuentran a corta distancia. Dependen solamente de la distancia
• Puentes de hidrogeno: se van a formar cuando hay un átomo electronegativo (oxigeno o nitrógeno)
y un átomo de hidrogeno unido a otro átomo electronegativo (grupos OH o NH) en la misma u otra
molécula.
• Interacciones iónicas: se dan cuando hay grupos cargados, pueden ser de atracción si poseen
cargas opuestas o repulsión si poseen la misma carga, entre grupos polares
• Interacciones hidrofóbicas: se producen por la tendencia de los grupos no polares a interactuar
entre ellos, y excluir al agua.
-Importancia de los enlaces no covalentes: Dos macromoléculas con superficies complementarias, se
pueden unir fuertemente por medio de muchas interacciones no covalentes.

Puentes de hidrogeno
• Grupos C-H no participan en puentes de hidrogeno.
• O y N son átomos electronegativos

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Puentes de hidrogeno biológicamente
importantes
• Entre un grupo hidroxilo o alcohol
con agua.
• Entre una cetona y agua
• Entre grupos de enlaces peptídicos
en péptidos y proteínas.
• Entre bases complementarias del ADN.

Interacciones hidrofóbicas
• Las moléculas hidrofóbicas funcionan
minimizando el numero de moléculas de
agua ordenadas.
• Se forman entre moléculas hidrofóbicas,
con el objetivo de excluir lo mas posible el
agua.

Interacciones débiles no covalentes

• Son relevantes para la estructura y función de las macromoléculas
• Ej: Estructura de proteínas, membranas biológicas, ADN Y ARN. Interacciones de tipo enzima y
sustrato, antígeno y anticuerpo, ligando y receptor.

Osmosis
• Paso de agua a través de una membrana.
• Agua se mueve hacia compartimento en donde hay mas soluto.
• La situación ideal es que la célula se encuentre en un medio
isotónico, misma cantidad de solutos dentro de la célula que
fuera de ella, por lo tanto no hay movimiento neto de agua.
• Célula en medio hipertónico, mayor concentración de solutos
fuera de célula que dentro de ella, el agua sale y la célula
queda vacía y se achica.
• Célula en solución hipotónica, menor concentración de solutos
fuera de la célula que dentro de ella, la célula se llena de agua y
se hincha. Eventualmente ejerce tal presión sobre la membrana,
que la célula se revienta, produciéndose lisis osmótica.

Agua participa en reacciones químicas

• Es reactante y es producto de la reacción.
-Hidrolisis
-Condensación

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 Ácidos, bases y soluciones amortiguadoras
Disociación del agua
• Agua pura sufre disociación. Una molécula de agua extrae un protón de la otra, quedando H3O+ y
OH- .
• Se establece una constante de equilibrio:
• El valor de Kw a 25ºC es 10-14, por lo que
en el agua pura [H+] = [OH-]= 10-7 M
o Solución neutra [H+] = 10-7 M
o Solución acida [H+] > 10-7 M
o Solución básica [H+] < 10-7 M
pH
• pH = -log[H+]
• pKw = pH + pOH = 14
• Solución neutra: pH 7
• Entre pH 0 y 7 hay soluciones ácidas.
• Entre pH 7 y 14 hay soluciones básicas.
• Mientras mas bajo es el pH, mayor es la concentración
de protones.
• Mientras mas alto es el pH, menor es la concentración
de protones.

• Según Lowry y Bronsted, los ácidos son sustancias que pueden

donar protones, y las bases pueden aceptar protones
• Reacciones acido base:

• La fuerza de los ácidos esta dada por su constante de disociación:

• En soluciones acuosas, Ka del agua es igual a 1
-Ácidos con Ka < 1 son débiles
-Ácidos con Ka > 1 son fuertes
• El pH de una solución esta determinado por
la concentración relativa de ácidos y bases:

• Según Henderson-Hasselbach, pKa = -logKa

• Ecuación de Henderson-Hasselbach:

Curvas de titulación de un acido débil

•
.

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Soluciones amortiguadoras
• Estabilizan pH de una solución.
• Amortiguadores ácidos: solución de un
acido débil y su base conjugada.
• Amortiguadores básicos: solución de una
base débil y su ácido conjugado.
• Un ácido débil esta en su rango útil como
amortiguador alrededor de una unidad de
pH bajo y sobre su pKa.

• Las propiedades de las sustancias biológicas

cambian significativamente frente a cambios
pequeños de pH. Un cambio pequeño de pH
significa un cambio grande en la cantidad de
protones en la solución.

• Metabolismo normal de un individuo que no tiene

alteraciones de salud, produce H+ y CO2. A partir
del CO2 se van a producir protones.

Los fluidos biológicos están tamponados

• Tampones al pH fisiológico:
-En citoplasma de células (pH 6,9 a 7,4), iones
fosfato e histidina, proteínas, péptidos, ácidos
nucleicos, lípidos y moléculas orgánicas pequeñas.
-En sangre (pH 7,4), acido carbónico- bicarbonato.
-En orina (pH 5,5 a 7,0), amonio.

Amortiguador fosfato
• El acido fosfórico tiene tres posibles protones que
se pueden ir perdiendo, y que tienen distinto pKa.
• El primero tiene pKa de 2,15. Es muy bajo, y no
sirve para tamponar pH fisiológico.
• El segundo tiene pKa de 7,2. Su rango va entre
6,2 y 8,2. Es apropiado.
• El tercero tiene pKa de 12,4. Es muy básico y no
sirve para tamponar.
• En los tampones, mientras mas cercano al pKa del
acido esta el pH que se quiere mantener, mejor
funciona esa solución como amortiguadora.
7
Histidina (anserina)
• Aminoácido, su pKa es de 6,04. Mantiene el pH entre 5,04 y 7,04.
• Anserina (péptido que contiene histidina) puede servir como amortiguador. Su pK es 7,04

Amortiguador acido carbónico-bicarbonato

• Sistema amortiguador complejo, importante para
la mantención del pH de la sangre.
• Cuando el sistema va desde abajo hacia arriba, se
producen protones.
• Cuando el sistema va desde arriba hacia abajo, se
eliminan protones.
• Esta involucrado el sistema respiratorio. Ya que
el sistema amortiguador va hacia arriba o hacia
abajo dependiendo de la frecuencia respiratoria.
• Si se producen protones, y el pH de la sangre ha
bajado, la persona empieza a respirar con mayor
frecuencia, lo que hace que se elimine mas rápido
CO2.
• Si el pH esta mas alto de lo normal, se desplaza el equilibrio hacia arriba, y se empieza a respirar
mas profundo y con menor frecuencia, lo que hace que aumente la cantidad de CO2 disuelto y el
equilibrio se va a la formación de protones, lo que contribuye a bajar el pH hacia su valor normal.

Ej: Célula hepática, sangre y glóbulo rojo

• En la célula hepática, el metabolismo
produce CO2, luego en el glóbulo rojo el
CO2 se une con H2O y forma acido
carbónico, este se disocia en bicarbonato
y protones. Estos protones son
amortiguados por fosfato y por
hemoglobina en el glóbulo rojo.

Mantención del pH del cuerpo:

• El cuerpo produce app. 13 a 20 moles por día de acido del metabolismo normal, el cuerpo se
protege a si mismo contra esta acidificación con amortiguadores que. mantienen un pH neutro y
por la expiración de CO2 a través de los pulmones y la excreción de amonio y otros iones a través
de los riñones.

Acidosis y alcalosis
• Cambio del pH de la sangre, hacia valores mas ácidos o mas básicos.
• pH normal de la sangre arterial va entre 7,35 y 7,45.
Acidosis
• Se produce cuando el valor normal de la sangre baja y se encuentra entre 7,3 y 6,8. Se puede
producir por problemas metabólicos o respiratorios.
1.- Metabólica:
-Alteración del bicarbonato, bajando.
- Un problema en la excreción de protones.
-Producción aumentada de protones o ingestión de ellos.
2.- Respiratoria: Aumenta la presión de CO2
-Ahogo por un cuerpo extraño, por lo que no se pueden intercambiar con normalidad los gases.
-Bronconeumonía
-COAD, enfermedades relacionadas al asma, en donde se cierran las vías respiratorias.
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Alcalosis
• Se produce cuando el valor normal de la sangre sube y se encuentra entre 7,5 y 8,0. También se
puede producir por problemas metabólicos o respiratorios.
1.- Metabólica:
-Aumento del bicarbonato.
-Perdida de protones por vómitos abundantes.
-Ingestión de álcalis
-Deficiencia de potasio.
2.- Respiratoria: Disminuye la presión de CO2
-Sobre respiración histérica, por ejemplo una persona estresada y alterada.
-Sobre ventilación mecánica, si no esta bien regulada la frecuencia de un respirador.
-Aumento de la presión intracraneal.

Estructura y función de proteínas

Funciones de las proteínas
• Regulación de procesos metabólicos
• Señalización
• Transporte de sustancias a través de la membrana
• Catálisis
• Movimiento
• Estructura
• Defensa
• Reserva

Aminoácidos
Comprende a todas las moléculas orgánicas que contienen los grupos funcionales amino y
carboxilo, unidos a la misma cadena carbonada.
Funciones de aminoácidos en los seres vivos
• Polimerización para la formación de péptidos y proteínas
• Metabolismo del nitrógeno
• Precursores para síntesis de compuestos específicos
• Regulación pH
• Neurotransmisores (ej. GABA)
• Hormonas (ej. histamina)
Aminoácidos estándar (21)
• Los aminoácidos presentes en
las proteínas se denominan estándar
y son a-L aminoácidos.
• Participan en la síntesis de proteínas.
• En su estructura tienen un carbono
central (alfa), un grupo carboxilo hacia
arriba, un grupo R o cadena lateral
hacia abajo, un H a la derecha y un grupo
amino a la izquierda. Carboxilo y amino en el
mismo carbono.
• Cuando el grupo amino se encuentra a
la izquierda se habla del isómero “L”,
cuando se encuentra a la derecha se habla de “D”.

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Clasificación aminoácidos estándar según polaridad y carga de grupo R a pH fisiológico
Grupos R no polares alifáticos
• Glicina: Es el mas pequeño, su cadena lateral es H.
Es una excepción, debido a que su carbono alfa no
es un carbono quiral. No es L ni D.
• Alanina: Grupo metilo, y cadenas de C-H mas largas
• Prolina: El grupo amino esta formando parte de
un anillo al unirse con la cadena lateral.
• Valina: Cadenas laterales ramificadas.
• Leucina: Cadenas laterales ramificadas.
• Isoleucina: Cadenas laterales ramificadas.
• Metionina: Posee azufre, el cual se encuentra
entre dos carbonos y se comporta como si fuese
uno mas de ellos.

Grupos R polares no cargados

• Serina: Posee grupo OH, se puede fosforilar.
• Treonina: Posee grupo OH, se puede fosforilar.
• Cisteína: Posee azufre, el cual se encuentra al
final de una cadena, y es reactivo. Forma puente
de azufre o puente disulfuro. Estos se forman en
ambientes oxidantes y se rompen en ambientes
reductores.
• Asparagina
• Glutamina

Grupos R con carga positiva

• Lisina: Posee un grupo amino protonado.
• Arginina: Posee NH2 protonado.
• Histidina: Es ionizable a pH fisiológico.

Grupos R con carga negativa

• Aspartato: Posee grupo carboxilo en su cadena lateral.
Acido aspártico.
• Glutamato: Posee grupo carboxilo en su cadena lateral.
Acido glutámico.

Grupos R aromáticos
• Fenilalanina: Posee grupo fenilo
• Tirosina: Posee grupo e hidroxilo.
Se puede fosforilar.
• Triptófano: Tiene sistema de dos
anillos.

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Interacciones no covalentes entre aminoácidos
• Interacciones hidrofóbicas: Aminoácidos con grupos R aromáticos o cadenas laterales no polares
alifáticas.
• Puentes de hidrogeno: Aminoácidos que contengan OH o NH2 en su cadena lateral
• Interacciones iónicas: Aminoácido con carga positiva y otro con cadena lateral con carga negativa.

*Aminoácido numero 21: Selenocisteina, contiene selenio en su estructura y es poco frecuente.

Modificaciones postraduccionales
• Son las modificaciones especificas de un residuo de aminoácido estándar después que ha finalizado
la síntesis proteica, generando los llamados aminoácidos especiales o no estándar.
• Son importantes para la función y estructura de las proteínas. Modificaciones permanentes.
• Hidroxiprolina
• Adición de carbohidratos (azucares)
• Adición de lípidos
Modificaciones transientes
• Duran por un corto tiempo , y luego el grupo químico que se había adherido, se retira.
• Sirven para regular la actividad de las proteínas
• La mas usada es la fosfoliración y desfosforilacion.

Propiedades ácido-base de los aminoácidos

• Los aminoácidos son Zwitteriones, el amino es positivo
(protonado) y el carboxilo es negativo (desprotonado),
pero la carga neta es igual a cero.
• Pueden actuar como ácidos o como bases. Actúa como
base cuando el grupo carboxilo acepta un protón.
• Dependiendo del pH, se va a tener al aminoácido
en distinto estado de ionización.
• Si se parte a pH acido, todos los grupos ionizables
estarán protonados. Amino estará protonado con carga
positiva y carboxilo estará protonado sin carga, por lo
tanto el aminoácido tendrá como carga neta +1.
• Si se agrega base, el grupo carboxilo perderá su protón
y quedará con carga negativa, mientras que el amino
tiene carga positiva. La carga neta será 0.

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• Si se continúa agregando base, el amino perderá su protón y quedara sin carga, mientras que
carboxilo queda con carga negativa, quedando como carga neta -1.
• Por lo tanto el pH al cual la carga neta de la molécula es igual a 0, se le denomina punto isoeléctrico
(pI).

Aminoácidos pueden actuar como ácidos o bases

• Las cadenas laterales también pueden ionizarse
• A valores de pH menores a pKa, predomina la especie protonada.
• A valores de pH superiores a pKa, predomina la especia desprotonada.
• Si se desea determinar el punto isoeléctrico, se debe considerar el estado en que se van a encontrar
las cadenas laterales.
Curvas de titulación de los aminoácidos
• Los aminoácidos pueden ser titulados, entonces se va
viendo el pH a medida que se agrega base.
• El pK1 del grupo carboxilo es 2,34, el pK2 del grupo amino
es 9,6. Este aminoácido es la glicina, por lo tanto solo hay
grupo amino y carboxilo.
• A pH acido, se parte con la especie protonada
completamente (amino y carboxilo protonados), carga
neta +1, se va agregando base y el grupo carboxilo se va
a desprotonar primero.
• Se llega a la especie con carga neta 0 y se sigue agregando
base, eventualmente se desprotona el grupo amino.
• Finalmente se llega a la especie que posee carga neta -1.
• Para saber cual es el punto isoeléctrico se debe saber a que
pH se logro la especie con carga neta 0, esto corresponde
al promedio entre pK1 y pK2, lo cual corresponde a 5,97.

Enlace peptídico
• Corresponde al enlace covalente que une a los
aminoácidos.
• La reacción por la cual ocurre el enlace
peptídico es la condensación.
• Va a reaccionar el grupo carboxilo del
aminoácido 1, aportando un OH. Y el grupo
amino de un aminoácido 2, aportando un H,
por lo que se elimina una molécula de agua y
se forma el enlace carbono-nitrógeno (peptídico)
• Al formarse este enlace, queda en la cadena
peptídica, un grupo carbonilo y un grupo NH.
Estos grupos serán importantes en la formación
de las estructuras secundarias de las proteínas.

12
• Péptidos y proteínas poseen dos extremos
diferentes, un extremo amino- terminal que
tiene el grupo amino libre, es el primero que
se coloca durante la traducción. Y un extremo
carboxilo-terminal que posee un grupo carboxilo
libre y es el último aminoácido que se coloca
durante la traducción.
• Si se estira un péptido o una proteína y se quiere
leer su secuencia, siempre se va a poner el
amino a la izquierda y el carboxilo a la derecha.

• El enlace peptídico tiene carácter de doble enlace,

es un enlace simple pero se comporta como
enlace doble. Ya que la distancia que hay entre
carbono y nitrógeno es mas parecida a la de un
enlace doble que la de un enlace simple.
• Además, la zona en donde están los enlaces
peptídicos es plana, es decir, no hay libre
rotación.

• Los enlaces peptídicos forman planos, que comparten un punto de libre rotación.
• Existe libre rotación en los enlaces Cα-C y N-Cα.

• Las propiedades acido-base de un péptido dependen de todos sus grupos ionizables.

• Los péptidos tienen un punto isoeléctrico y curvas de titulación.

• Las proteínas conjugadas tienen unidos permanentemente grupos químicos, además de los
aminoácidos.
• La parte no aminoacidica de una proteína conjugada se llama “grupo prostético”

13
Aspectos generales de la estructura proteica
• La secuencia de aminoácidos (estructura primaria) de una proteína, determina la forma de como
esta se pliega en su estructura tridimensional.
• La estructura de una proteína influencia fuertemente su función.
• Las fuerzas mas importante que estabilizan la estructura de una proteína son las interacciones no
covalentes.
• Conformación es el arreglo espacial de átomos de una proteína, e incluye todos los estados
estructurales que se puedan alcanzar sin romper enlaces covalentes, como por ejemplo, por
rotación alrededor de enlaces simples.
• En general, la conformación mas estable es la que contiene el máximo numero de interacciones
débiles.
• Proteínas nativas son aquellas que se encuentran en cualquiera de sus conformaciones plegadas
funcionales.
• La estructura de las proteínas es dinámica, y su funcionamiento implica la interconversion entre
dos o mas formas de estructura.

Interacciones químicas que estabilizan las conformaciones nativas

• No covalentes
-Puentes de hidrogeno: Entre cadenas
laterales, entre carbonilos y NH de enlaces
peptídicos.
-Interacciones iónicas: De atracción y repulsión
-Interacciones hidrofóbicas: Los aminoácidos
hidrofóbicos van a formar interacciones
hidrofóbicas para quedar hacia dentro de la
proteína y esconderse del agua.
• Covalentes
-Puente de azufre

• En las proteínas, existen cuatro posibles niveles de estructura:

-Estructura primaria: entrega información sobre que aminoácidos están en la proteína y en que
orden se encuentran
-Estructura secundaria: aminoácidos que están unos cerca de otros empiezan a interactuar y la
proteína comienza a plegarse.
-Estructura terciaria: se ve como interactúan todos los segmentos de la proteína para llegar a la
estructura tridimensional final.
-Estructura cuaternaria: solamente se da en las proteínas que están formadas por la interacción de
dos o mas cadenas peptídicas, o bien, que tiene dos o mas subunidades.

14
Estructura primaria
• Descripción de todos los enlaces covalentes que unen a los aminoácidos
en una cadena polipeptídica (puente de azufre y enlace peptídico)
• Comúnmente corresponde a la secuencia de aminoácidos.
• Si existieran puentes de azufre, se nombran dentro de la descripción
de la estructura primaria.

Estructura secundaria
• Conformaciones locales de una región dada del polipéptido sin considerar las cadenas laterales, o
su relación con otros segmentos.
• Arreglos estables de aminoácidos que dan origen a patrones de estructura recurrentes
(estructuras regulares)

α-Hélices
• Ordenamiento helicoidal, con giro hacia la derecha, rígido como un
cilindro.
• Deja hacia el exterior de dicho cilindro a los grupos R (cadenas laterales)
• Sus paredes están definidas y estabilizadas por interacciones de
tipo puente de hidrogeno entre grupos NH y C=O de enlaces peptídicos.
• Cada vuelta contiene como promedio 3,6 residuos de aminoácido que
ocupan una longitud (distancia) de hélice 5,4 A.
• Respecto al grupo NH y grupo C=O de enlaces peptídicos, NH interactúa
con C=O, atrayéndose y el espacio entremedio queda dando vuelta.

Factores que afectan la estabilidad de la α-Hélice

• Repulsión entre aminoácidos sucesivos con grupos R cargados.
• Tamaño y forma de grupos R adyacentes (volumen)
• La presencia de prolinas y glicinas, provoca que no se forma una α-Hélice.

15
Conformación b plegada o de sabanas b
• Se forma una cadena en forma de zigzag extendida
• Los grupos R de aminoácidos adyacentes se proyectan alternadamente hacia arriba y hacia abajo
del zigzag.
• La base de la flecha apunta hacia el amino terminal y la punta hacia el carboxilo terminal.

• Los segmentos de las cadenas peptídicas con conformación b se posicionan uno al lado de otro, para
formar una estructura plegada. A esto se le llama sabana b.
• Los aminoácidos que la forman deben tener grupos R relativamente pequeños. Como por ejemplo
alanina y glicina.
• Se estabilizan por puentes de hidrogeno formado entre carbonilos y grupos NH de enlaces
peptídicos de hebras diferentes, en forma paralela o antiparalela.

Sabanas b antiparalelas y paralelas

• Antiparalela: Los segmentos apuntan hacia direcciones
contrarias.
-Vueltas b: Conectan los extremos de segmentos adyacentes
de sabanas b antiparalelas. Glicinas y prolinas son comunes
en vueltas b. Corresponde a una vuelta en 180º
estabilizada por un puente de hidrogeno entre el oxigeno
del carbonilo del aminoácido 1 y el hidrogeno del amino
del aminoácido 4.
• Paralela: Todos los segmentos apuntan hacia el mismo
sentido.

Algunos aminoácidos se pueden acomodar mejor que otros en los diferentes tipos de estructuras
secundarias.

16
Ovillo estadístico
• Hay regiones en las proteínas sin un patrón regular de estructura secundaria.
• Se dice que estas regiones tienen estructura indefinida o de ovillo estadístico “Random coil”
• No todos los aminoácidos de una proteína van a estar en algún tipo regular de estructuras
secundarias.

Estructura terciaria
• Corresponde al plegamiento tridimensional global de todos los átomos de un polipéptido.
• Las cadenas laterales interactúan entre ellas.
• En ella, interactúan aminoácidos que están alejados en la secuencia y pertenecen a diferentes
segmentos de estructura secundaria.
• Se forma y mantiene a través de interacciones débiles y a veces enlaces covalentes (puentes de
azufre) entre grupos P de aminoácidos de segmentos diferentes de la cadena polipeptídica.

Estructura cuaternaria
• Si la proteína esta compuesta por 2 o mas cadenas polipeptídicas, la estructura cuaternaria
describe como se unen esas distintas subunidades.
• Si la proteína se encuentra formada por solo una cadena polipeptídica, solo llega hasta la
estructura terciaria.
• Se van a dar interacciones de las cadenas laterales de aminoácidos que están en distintas
subunidades, interactúan entre si por enlaces débiles, no covalentes y puentes de azufre.
• La hemoglobina se encuentra compuesta por 4 subunidades, las cuales interactúan entre ellas
formando su estructura. La mayor parte de las interacciones son hidrofóbicas.

17
Clasificación de las proteínas según sus niveles superiores de estructura
• Proteínas fibrosas: Forman hebras o laminas, su estructura final es extendida. Dan soporte, forma
y protección (queratina, colágeno, seda) y/o flexibilidad a la estructuras que las contienen.
También son insolubles y se empacan juntas para formar complejos supramoleculares muy
elaborados.
• Ricas en aminoácidos hidrofóbicos, poseen en su mayoría un solo tipo de estructura secundaria, y
forman complejos supramoleculares.

• Proteínas globulares: Generan una estructura esférica, mucho mas compacta que las proteínas
fibrosas y generalmente son enzimas, transportadoras, reguladores, etc.
• Tienen varios tipos de estructura secundaria
• Se pueden considerar como un ensamblaje de segmentos de a- hélices, sabanas b y segmentos que
las conectan.
• En este tipo de proteínas, los aminoácidos hidrofóbicos van a tender a irse hacia dentro y el
exterior va a estar formado por los aminoácidos que tengan cadenas laterales hidrofilicas.

Dominios
• Proteínas con varios cientos de aminoácidos, usualmente se pliegan en 2 o mas unidades globulares
denominadas dominios.
• Cada dominio puede tener una función diferente.

Denaturacion
• Corresponde a la perdida de la estructura tridimensional de una proteínas, de modo que se produce
una perdida de la función de esta.
• En este proceso no se rompen enlaces peptídicos, la proteína no queda completamente desplegada ,
si no que no existe en un grupo de estados parcialmente plegados.
• Se produce por la exposición a algunos agentes como:
-Calor, ya que rompe enlaces de hidrogeno.
-pH extremo, cambia la carga neta de la proteína causando repulsiones electrostáticas e
interrumpiendo enlaces de hidrogeno.
-Solventes orgánicos como alcohol y acetona, solutos como urea y cloruro de guanidinio y
detergentes (rompen interacciones hidrofóbicas)
-Agentes reductores rompen puentes de azufre.
• Agentes reductores como mercaptoetanol, rompen puentes de azufre.
• La estructura tridimensional de una proteína esta determinada por su secuencia de
aminoácidos.

18
Actividad enzimática y mecanismos de regulación
Propiedades de las enzimas
• Todas las enzimas son proteínas, que catalizan/aceleran reacciones químicas.
• Son altamente especificas, solo actúan sobre sus sustratos.
• Son sumamente efectivas, ya que se requieren de pequeñas cantidades.
• No se modifican permanentemente ni se consumen durante la reacción
• Actúan a una temperatura y pH óptimos (moderados), a presión atmosférica y en ambiente acuoso.
• Su reacción es regulada.
• Se satura, se desnaturan.
Enzimas conjugadas
• Necesitan de la presencia de sustancias no proteicas, que colaboran en la catálisis llamadas
cofactores. Estos pueden ser moléculas orgánicas o iones inorgánicos.
• Una coenzima es una molécula orgánica que actúa como cofactor.
• Muchas coenzimas se sintetizan a partir de vitaminas, y suelen participar en reacciones de
transferencia de grupos químicos.
• Es importante incluir vitaminas en la alimentación, porque a partir de ellas se obtienen coenzimas.
Grupos prostéticos
• Cuando los cofactores o coenzimas se encuentran unidos fuertemente a la enzima, se llaman
grupos prostéticos.
• Holoenzima: forma catalíticamente activa de la enzima, es decir, la enzima + su grupo prostético,
coenzima o ion metálico.
• Apoenzima: parte proteica de una holoenzima, no es activa.

Isoenzimas
• Múltiples formas de una enzima, que catalizan la misma reacción, pero se diferencian en su
secuencia de aminoácidos, afinidad de sustrato, Vmax y/o propiedades regulatorias.
• Tienen distinta estructura molecular aunque su función biológica es similar.
• Podemos observar la existencia de isoenzimas en función de:
-El tipo de tejido: lactato deshidrogenasa presenta isoenzimas distintas en musculo y corazón.
-El comportamiento celular en donde actúa: la malato deshidrogenasa del citoplasma es distinta a
la de la mitocondria.
-El momento concreto del desarrollo del individuo: algunas enzimas de la glicolisis del feto son
diferentes de las misma enzimas en el adulto.

Clasificación internacional de las enzimas

• Oxido-reductasas: Transfieren electrones desde una molécula dadora a una receptora, suelen
requerir de coenzimas.
• Transferasas: Transfieren grupos químicos; amino, carboxilo, fosfato, etc.
• Hidrolasas: Participan en reacciones de hidrolisis; ruptura enlaces químicos, agregando agua.
• Liasas: Sustitución de enlaces dobles por grupos químicos o a la inversa.
• Isomerasas: Reacomodan átomos dentro de una molécula, y forman isómeros.
• Ligasas: Unión de dos moléculas, acoplado a hidrolisis de una molécula de ATP.
19
Energía de activación
• Entre S y P hay una barrera energética requerida para el alineamiento de grupos reactivos,
formación de cargar transientes, rearreglo de enlaces, etc. Necesarios para que la reacción ocurra.
• En el estado de transición se alcanza este máximo de energía. Es una forma que adquiere el
sustrato cuando esta a punto de transformarse en producto. La reacción típica que se usa como
ejemplo es una barrita metálica que se quiere romper en dos pedazos, cuando esta doblada a punto
de romperse, es el estado de transición.
• Diferencia que hay entre el nivel basal de energía en el que parte el sustrato, y el nivel máximo de
energía que hay en la curva.

• Mientras mayor sea la energía de activación, mas va a costar que la reacción ocurra.
• Las enzimas aceleran la velocidad de las reacciones, disminuyendo la energía de activación.
• A menor energía de activación, mayor velocidad de reacción.
• No afecta ni la dirección, ni equilibrio de la reacción, solo aumenta la velocidad a la cual ocurre.

La energía de unión (ΔGB) ayuda a disminuir la energía de activación

• Cuando la enzima y el sustrato se unen, ocurren muchas interacciones débiles que liberan energía
( ΔGB)
• Las interacciones del sustrato y la enzima, proveen una vía alternativa de menor energía para la
reacción, permitiendo que ocurra mas rápido.
• Las interacciones enzima-sustrato se optimizan en el estado de transición.
• Estas interacciones posicionan al sustrato en la orientación mas favorable y lo desolvatan (le sacan
el solvente, en este caso agua).

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Sitio activo
• Bolsillo al interior de la enzima, en el cual se encuentran los residuos de aminoácidos, cuyos grupos
sustituyentes unen el sustrato y catalizan su transformación química en producto.

• El centro activo de las enzimas es complementario al estado de transición de la reacción catalizada.

• La enzima no es complementaria al sustrato en su estado original.

Etapas de una reacción enzimática

• Formación de complejo enzima-sustrato
-Encaje inducido: modificación temporal de la enzima y el sustrato.
-Catálisis: reacción química, transformación del sustrato en producto.
-Liberación de productos: la enzima puede iniciar nuevamente el ciclo.

• Encaje inducido de la hexoquinasa al unir glucosa

• Mecanismos de catálisis enzimática:

-Una vez que el sustrato te encuentra debidamente unido a la enzima, grupos catalíticos de esta
ayudan al rompimiento y formación de enlaces por diferentes mecanismos:
-Catálisis general acido-base
-Catálisis covalente
-catálisis por iones metálicos

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Catálisis acido- base
• Se estabilizan intermediarios cargados por transferencia de protones, desde o hacia el sustrato,
formando intermediarios que pasan a productos en forma mas favorable.
• En el sitio activo de una enzima, hay varios grupos que pueden actuar como dadores o aceptores de
protones, y participar en este tipo de catálisis.

Catálisis covalente
• Se forma un enlace covalente transiente entre la enzima y el sustrato.

Catálisis por iones metálicos

• Interacciones entre el sustrato y iones metálicos unidos a la enzima o del medio, pueden ayudar a
orientar al sustrato o a estabilizar estados de transición cargados.
• Los metales también pueden participar en reacciones de oxidación y reducción.

Enzimas poseen un pH optimo

• El ambiente en que esta la enzima afecta en como funcionara.
• Valor de pH en los cuales la enzima va a presentar la máxima actividad.
• eje y representa que tan activa es la enzima.
• eje x representa el pH.

Enzimas poseen una temperatura óptima

• La curva es mas extendida, por lo que hay un rango de temperatura en donde la enzima va a tener
su máxima actividad.
• En toda reacción química se puede generalizar que a temperaturas mas bajas la reacción va a
ocurrir con mayor dificultad.
• A muy alta temperatura la enzima se desnaturaliza, es decir, se pierde estructura y a su vez pierde
su función.

Cinética enzimática
• Análisis de que ocurre con la reacción a medida que
pasa el tiempo.
• Va a llegar un punto en el que no va a quedar sustrato,
ya que este se va a haber convertido en producto en su
totalidad.
• En todo momento la enzima se mantiene constante, ya
que no se consume durante la reacción.

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Curva de progreso
• Concentración de producto v/s tiempo
• A medida que pasa el tiempo, el producto va a ir aumentando hasta que se llega a un máximo,
cuando esto ocurre quiere decir que ya todo el sustrato se transformo en producto.
• Si se inicia la reacción con mas sustrato, se va a obtener mas producto.
• Al comienzo el aumento de producto es lineal.
• Velocidad inicial: velocidad por la cual aparece el producto, al comienzo de la reacción.

Ecuación de Michaelis-Menten
• Curva es una hipérbola
• Ellos estudiaron el comportamiento de las enzimas y llegaron a la ecuación.
• La velocidad inicial es igual a la velocidad máxima por la concentración de sustrato, partido por
una constante (Km) mas la concentración de sustrato.
• Se llega a una velocidad máxima y se ve donde llega, se va hacia la mitad y se ve a que
concentración de sustrato se alcanza, se puede obtener Km (mitad de velocidad máxima)

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Calculo de Km y Vmax por la representación de Lineweaver-Burk (dobles recíprocos de Michaelis-
Menten)
• Ecuación de una recta
• Recta corta en un punto, por lo que se utiliza esta ecuación.

Parámetros cinéticos
• Km (cte. para cada enzima): concentración de sustrato a la cual V0 es la mitad de Vmax, por lo que
es una medida de la afinidad del enzima por sustrato, cuanto menor es Km, mayor es la afinidad
de la enzima por sustrato.
• Vmax (velocidad máxima teórica): velocidad que se alcanza cuando todos los centros activos
están ocupados con sustrato (nunca alcanzada en la realidad)
• Kcat (constante para cada enzima): numero de recambio, numero de moléculas de sustrato
convertidas en producto por molécula de enzima y unidad de tiempo, en condiciones de Kcat =
Vmax/ [Et]
• Constante de especificidad Kcat/Km: se usa para comparar la eficiencia catalítica de diferentes
enzimas o el recambio de diferentes sustratos por una misma enzima.

Inhibición de la actividad enzimática

• Los inhibidores son sustancias que reducen la actividad de una enzima al unirse a ella, de un
modo que influencia la unión del sustrato y/o su numero de recambio.
• En la inhibición reversible, el inhibidor se disocia rápidamente de la enzima, pueden ser de tipo
competitivo, acompetitivo o mixto.
• En la inhibición irreversible, el inhibidor se disocia muy lentamente de la enzima porque se une
fuertemente a ella en forma covalente o no covalente. También se conocen como inactivadores.

Inhibición reversible competitiva

• Inhibidor se une al sitio activo de la enzima, compitiendo con el sustrato
• El complejo enzima-inhibidor no lleva a producto.
• Se puede desplazar al inhibidor con altas concentraciones de sustrato. Un ejemplo son las estatinas
que se utilizan para bajar el colesterol de la sangre.
• Vmax no cambia, Km aumenta.

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Inhibición reversible acompetitiva
• El inhibidor se une al complejo enzima sustrato y no a la enzima libre, en un sitio diferente al sitio
activo.
• Estabiliza el complejo enzima sustrato, pero impide la formación de producto.
• No se puede revertir el efecto del inhibidor con altas concentraciones de sustrato.
• Vmax disminuye, Km disminuye.

Inhibición reversible mixta

• El inhibidor se une a la enzima libre y al complejo enzima sustrato, siempre en un sitio diferente
del sitio de unión del sustrato.
• Efectivos a toda concentración de sustrato.
• Vmax disminuye, Km aumenta.

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Bioenergética e introducción al metabolismo
Bioenergética
• Es el estudio cuantitativo de las transformaciones de energía que ocurren en los organismos vivos.
• Describe los procesos químicos involucrados en ellas.
• La termodinámica defines las leyes que describen el estado (energía) de un sistema material y las
reglas que rigen la transición de un estado a otro.
• Permite determinar si un proceso es energéticamente posible
• La termodinámica no dice nada sobre la velocidad a la cual ocurre un proceso.

Leyes de la termodinámica
• Primera ley (conservación de la energía): Para cualquier transformación física o química, la
cantidad total de energía en el universo permanece constante, la energía puede cambiar de
forma, transportarse de una región a otra, pero no puede ser creada o destruida.
• Segunda ley: En todos los procesos naturales, la entropía del universo aumenta, el universo
siempre tiende a aumentar el desorden.

Los organismos vivos deben cumplir con las leyes de la termodinámica

• Estas leyes son validas para cualquier transformación en la naturaleza, en un tubo de ensayo,
dentro de una célula, etc.
• Crean orden interno y devuelven al ambiente calor y desorden (entropía)

Energía libre (G)

• G es la cantidad de energía disponible para realizar trabajo a temperatura y presión constante.
• ΔG es el cambio de energía libre de un sistema, cuando se mueve hacia el equilibrio.
• Depende del estado inicial y final, no del camino recorrido.

• Reacción endergonica: requiere energía

para ocurrir, no es favorable.
(ΔG > 0)
• Reacción exergonica: libera energía,
es favorable.
(ΔG < 0)

Relación entre la energía libre y constante de equilibrio

• ΔGº en condiciones estándar químicas, concentraciones de solutos 1M, presión de los gases 1 atm,
pH 7.
• ΔG’º en condiciones estándar bioquímicas, pH 7.

ΔGº = ΔG’º + RT lnKeq

En las condiciones de la célula

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• Cuando la constante de equilibrio es >1, ΔG’º es negativo, por lo que la reacción es espontanea y va
a ocurrir hacia adelante (de izquierda a derecha)
• Cuando la constante de equilibrio es =1, ΔG’º es 0, por lo que la reacción está en equilibrio y no se
esta moviendo para ningún sentido.
• Cuando la constante de equilibrio es <1, ΔG’º es positivo, por lo que la reacción es desfavorable y
ocurre de derecha a izquierda.

Entalpía y entropía
• Entalpía (H): Contenido del calor del sistema, refleja los tipos y numero de enlaces covalentes e
interacciones no covalentes que se forman y se rompen en la transformación. Cuando se libera
calor, la reacción es exotérmica. Cuando se absorbe calor, la reacción es endotérmica.
• Entropía (S): Refleja el desorden del sistema.

Relación entre energía libre (G), entalpia (H) y entropía (S)

• ΔG = ΔH – TΔS
• En reacciones espontaneas, los productos tienen menos energía libre que los reactantes (se
desprende energía libre que se usa para realizar trabajo). Estas reacciones son exergonicas y
poseen ΔG negativo.
• En procesos espontáneos (energéticamente favorables)
ΔG es negativo (exergónico)
ΔH es negativo (exotérmico)
ΔS es positivo

Una reacción endergónica se puede hacer espontánea al acoplarse a una reacción exergónica
• Los valores de ΔG son aditivos si ambas reacciones tienen un intermediario común.
• La energía liberada en un proceso exergónico se aprovecha para realizar un proceso
endergónico. E

Moléculas ricas en energía

• Poseen una energía libre de hidrolisis, potencial
de transferencia de grupo superior a 30 kJ/mol app.
• Son capaces de entregar energía a reacciones
endergónicas.
• Sus reacciones son muy exergonicas porque forman
productos mas estables que los reactantes.
• El ATP no es la única molécula rica en energía, y
tampoco es la molécula mas energética que hay en la
célula. Su papel central como molécula energética se
debe a que muchas reacciones son capaces de
acoplarse a la hidrolisis de ATP.

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Metabolismo
• Es la suma de todas las transformaciones químicas de materia y energía, que ocurren en una célula
o en un organismo.
• Algunas reacciones producen energía y otras liberan energía, por lo que se divide en dos ramas.

Catabolismo y anabolismo
• Catabolismo: Reacciones de degradación. Se parte de nutrientes ricos en electrones y termina en
productos simples (CO2, NH3, H20). Son reacciones oxidativas y exergónicas, se produce ATP y
NADPH.
• Anabolismo: Reacciones de síntesis. Se parte de precursores simples y termina en moléculas
complejas, como por ejemplo las macromoléculas. Es reductivo, se usan electrones. Es endergónico
ya que consume ATP y NADPH como fuente de electrones.

El catabolismo se compone de vías convergentes, y el anabolismo de vías divergentes

• A partir de una serie de compuestos, salen distintas vías que van terminando en un producto final
común, por ejemplo el Acetil-CoA. Estas vías son convergentes (catabolismo)
• A partir del Acetil-CoA, se van diferenciando muchas vías diferentes para llegar a producir una
gran variedad de productos. Estas vías son divergentes (anabolismo)

El ATP provee energía por transferencia de grupos y no por simple hidrólisis

• Una parte del ATP se le agrega al sustrato, de manera que
este reaccione mas fácil.
• Cuando ATP da energía para que ocurra una reacción, la
energía no viene simplemente de la hidrolisis de ATP, sino
que hay transferencia de uno o mas grupos fosforilos, parte
del ATP o AMP a una enzima o a su sustrato y luego en una
segunda etapa liberación del grupo transferido (Pi, PPi o AMP)
• La energía libre entregada no proviene de la ruptura del enlace,
sino que de los productos que genera y que tienen menor
energía libre que los reactantes.

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• El ATP es un nucleótido. Posee ribosa, adenina y tres grupos fosfato.

Reacciones particularmente desfavorables ocurren al acoplarse a hidrolisis de ATP por transferencia

del grupo adenililo (adenililación)
• La existencia de una pirofosfatasa inorgánica da energía adicional a este proceso.
• Cuando las reacciones requieren mucha energía, mas de 30,5 kJ/mol, van a ocurrir por
transferencia de grupo adenililo.

ATP lleva energía desde compuestos fosforilados de mas alta energía a otros compuestos
• Recordar que ATP no es la molécula mas energética de la célula.
• ATP posee nivel de energía intermedio.

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Oxidaciones y reducciones biológicas
• Oxidación significa perdida de electrones (exergonica), en el
catabolismo se estarán oxidando moléculas.
• Reducción significa ganancia de electrones (endergonica), en el
anabolismo se estarán reduciendo moléculas.
• Cuando una molécula biológica se oxida, se observara que la
molécula pierde 2 átomos de hidrogeno o se ganan átomos de
oxigeno.
• En reducciones biológicas se ganan átomos de hidrogeno.

Deshidrogenasas
• Oxidación biológica comúnmente implica una reacción de deshidrogenación, y las enzimas que la
realizan se llama deshidrogenadas.
• Cuando en una vía metabólica, la enzima se llame deshidrogenasa, se va a saber que en ese paso
está ocurriendo una oxidación biológica.
• Requieren de coenzimas.

NAD+ y NADP+
• Coenzimas que van a recibir los átomos de hidrogeno que vienen de la oxidación biológica
• NADP+, es lo mismo que NAD+ pero con un grupo fosfato.
• Se mueven de una enzima a otra y aceptando un hidruro (2 electrones y 1 protón)
• NADH le entrega electrones a la cadena transportadora de electrones, con lo que después de puede
sintetizar mas ATP en la fosfoliración oxidativa.
• NADPH entrega electrones a las vías anabólicas y no se entregan a la cadena transportadora de
electrones.

• Compuesto reducido con NADP+, ocurre vía catabólica

y se termina con compuesto oxidado con NADPH.
• NADPH con un precursor oxidado en el anabolismo da
paso a un producto sintetizado reducido y NADP+.

FAD+ y FMN
• Coenzimas que participan en reacciones en que las deshidrogenasas hacen oxidaciones biológicas.
• Derivados de flavina.
• La molécula completa es FAD+
• Grupos prostéticos y se encuentran fuertemente unidos a enzimas que las usan.
• Pueden captar 1 o 2 electrones en la forma de 1 o 2 átomos de hidrogeno.
• FADH+ (FMNH+)
• FADH2 (FMNH2) es la forma totalmente reducida.

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