REPLICACIÓN DNA

INICIACIÓN ELONGACIÓN
G Sínt. cebadores à DNA pol a /DNA G
· ORC/OriC Sínt. cadenas à DNA pol e y δ / DNA pol III ; prots. t, complejo g,
· Ciclinas cargadoras de helicasa Cdc6 y Cdt1 à Comp. pre-replic. cerrado
subunidades b / prots. t, RFC, PCNA
·Prots. Mcm helicasas
Elim. cebadores à RNase H o FEN1 / DNA pol I
G1/S y S Rellenado y sellado de huecos à DNA pol δ / DNA pol I ; Ligasa (ATP)
· Cdks
· DNA pol e y δ / DNA pol III TERMINACIÓN
• Procariotas à Topoisomerasa II (DNA girasa)
· Prots. t, complejo g, subunidades b / prots. t, RFC, PCNA à Comp. pre-replic. abierto
• Eucariotas à Histonas, Telómeros TTAGGG
· RPA/SSB y topoisomerasas
· Telomerasa (TRF1)
· DNA pol a /DNA G (primasa) · Shelterinas
· Bucle t (TRF2)

REPARACIÓN
• LESIONES

LESIÓN CAUSA/AGENTE ¿QUÉ PASA? CONSECUENCIA

DESPURINACIÓN H2O, calor G à Hueco AP

C4àU CºG à U=A TC

DESAMINACIÓN H2O, calor; ­ HNO2 (A, C, G) y bisulfito de Na (C) A 6 à HX » G A=U à GºC TC

🚫
G2àX NO es mutágena (X la repliación)

METILACIÓN nitrosaminas G 6 à O6-metilguanina (se aparea con T) GºC à A=T TC

OXIDACIÓN ROS, O2-, H2O2, HO· G 8 à 8-oxoguanina / oxoG (se aparea con A) GºC à T=A TV

AG. INTERCALANTES ­ la dist. entre pbs consecutivos Inserción/deleción de nucleótidos

Dímeros T (u. cov. anillos ciclobutano) Deleción

RAD. UV
Dímeros TT > TC, CT > CC NOTA: siempre entre pirimidinas
 • SISTEMAS DE REPARACIÓN

TIPO SISTEMA ¿QUÉ REPARA? ENZIMOLOGÍA Y MECANISMO

REVERSIÓN FOTORREACTIVACIÓN Dímeros pyr Fotoliasas
DIRECTA (del daño) ELIM. GPOS. METILO 6
O -metilguanina (G met) Metiltransferasas (Cys-SH)

(0. N-glicosilasa elimina solo la base (deja armazón) creando sitio AP)
Despurinación (huecos AP; no actúa la N- 1. AP endonucleasa (APE1) corta cad. del sitio AP por 5’ y recluta…
ESCISIÓN + REN glicosilasa), BNs raras 2. DNA pol b elimina azúcar-P (AP liasa; FDEsterasa) y rellena al hueco (pol)
REEMPLAZAMIENTO 3. DNA ligasa sella el hueco

1. XPA y XPC / UvrA escanean en busca del error

2. XPB y XPD / UvrD (helicasa) desenrollan la cadena rompiendo pdHs
3. XPF y XPG / Uvr B y UvrC (nucleasa) cortan alrededor del error (»30/13 Ns, asimétrica) à
OH 3’ - parche largo/corto - P 5’
REB Dímeros pyr, modifics. químicas y lazos 4. DNA pol e o δ / DNA pol III rellenan
5. DNA ligasa sella

DE ERRORES DE MMR MM 1. MutU (UvrD) / sin homólogo (helicasa) mant. separa las cads.
REPLICACIÓN (MM 2. MutS / MSH escanea y reconoce el MM, crea un bucle que lo contiene (dos cadenas)
post-replicativos) 3. MutL / MLH y PMS se unen a MutS
4. MutH / MED1 (endonuc.) se une al complejo MutS-MutL / MSH-MLH-PMS y corta la hebra
hemimetilada (que se está replicando o se acaba de replicar = es la incorrecta)
5. DNA pol III / DNA pol e o δ corta la cad. (exonuc. 3’à5’) y rellena
6. DNA ligasa sella

SÍNTESIS DE BY-PASS Errores no reparados por otros sistemas (dímeros 1. Se ubiq. la abrazadera (PCNA o b) à se disocia (sale) la maq. de replicación
TRANSLESIÓN pyr, sitios AP) 2. Entra DNA pol de translesión (familia Y de DNA pols) y sint. nucleótidos
NOTA: algunas pols translesión (IV y V) meten nts a 3. Se va DNA pol translesión y entra otra vez la maq. replicación
lo loco, sin guiarse por apareamiento à errores; es O (otra hipótesis)
un sistema de último recurso 1. Se ubiq. la abrazadera à maq. replic. se salta la lesión
2. DNA pol translesión actúa detrás (sin que la maq. se disocie o se pare)

DE ROTURAS DE U. EXTS. NO H Se unen sin más (normalmente se pierde un nt que no se recupera) por prot. Ku
DOBLE CADENA U. EXTS. H (recomb. homóloga) RecBCD, RecA / Rad51, RuvABC (rec., ATPasa, endonucleasa) más en detalle luego

P53 Sensores (del daño) à Transductores (ATM) à P-p53 activo à det. CC deteniendo sínt. Cdks (p21), activa y estimula enzimas y sists. reparadores, o activa apoptosis/senescencia
 RECOMBINACIÓN

HOMÓLOGA (»­) 1. Alineación de 2 DCs y desenrollam. (RecBCD actividad helicasa)

2. Rotura y deg. del DNA de una de las DC (RecBCD actividad endonuc.) por exts. 3’ de una y 5’ de la otra
3. RecBCD llega a secuencia chi (5’GCTGGTGG) de ext. 3’ à ¯ deg. ext. 3’ + ­ la deg. del ext. 5’ = región 3’ monocat. extensa
4. U. de RecA (proc.) / Rad51 (euc.) a esas regs.
· Crece a su alrededor (fil. helicoidal 5’à3’)
· Cataliza su invasión a DC homóloga que sigue intacta (rotura pdHs)
5. Formación de heterodúplex con 2 intermediarios de Holliday (la cad. sencilla intacta que se ha quedado fuera se replica para rellenar el hueco de la otra)
6. RuvABC (A rec./u. específica, B ATPasa, C endonucleasa) reconoce, se une y rompe las uniones de Holliday

ESPECÍFICA DE 1. 4 Tyr-recombinasas reconocen y se fijan a los sitios de recombinación de dos dobles cadenas
SITIO (»¯) 2. 2 cortan un sitio en cada doble cadena; Tyr protege los cortes (las recombinasas tb se u. cov. a Tyr)
3. Se u. las cadenas (¹ a como estaban us. antes) à forman ints. de Holliday
4. Las otras 2 recombinasas (hasta ahora sin usar) cortan separando los intermediarios

TRANSPOSICIONAL REPLICATIVA Transposasa, DNA 1. Corte limpio en cromosoma dador por exts. 3’ y 5’ del tranposón; sale transposón completo y crom. se vuelve a u.
pol I y ligasa 2.Corte escalonado / no limpio en el cromosoma aceptor (transposasa) à queda una región 3’ más corta en cada
cadena à el trasnposón (por sus exts. 3’ OH libres) se u. al ext. 5’ más largo
3. El transposón se introduce y quedan dos huecos a los lados à rellenados por DNA pol I y sellados por ligasa à
repeticiones directas flanqueantes (nuevas)
Resultado: Un cromosoma (dador) ya no tiene el transposón y otro (aceptor) sí

CONSERVADORA / Transposasa, maq. 1. Corte escalonado / no limpio en cromosoma dador por los extremos 3’ (no sale el transposón)
DIRECTA replicativa completa 2. Los extremos OH 3’ del transposón lo introducen en el cromosoma dador y se forma un cointegrado
3. Se replica el transposón completo (maq. replicativa)
4. Se hace otro corte escalonado por el que el transposón y el cromosoma dador salen del cromosoma aceptor
Resultado: ambos cromosomas (dador y aceptor) contienen ahora el transposón

Ambos han provocado una recombinación específica de sitio

RETROTRANSPOSIC. Tranposasa 1. El transposón (DNA) se copia (sin salir del crom. dador) en un RNA intermediario (RNA pol de la célula.; no del
(transcriptasa), transp.)
retrotranscriptasa, 2. A partir de ese intermed. se retrotranscribe un cDNA (retrotranscriptasa)
RNA pol, DNA pol y 3. Se hace un corte escalonado en el aceptor (transposasas) y se introduce el transposón (DNA pol, ligasa)
ligasa
SOMÁTICA Cad. L RSS, RAG1 y Entre Vs y entre V y J hay RSS (sec. señ. de recomb.)
(Igs) RAG2, ligasa RAG1 y RAG2 (recombinasas) rec. y cortan RSS (1 en cada cad. de la DC) dejando un OH 3’ libre a cada lado
Ese OH 3’ atacan a sus complementarios (que no han sido cortados) à horquillas cerradas
Sale lo que había en medio como si fuera un transposón (intrón), se abren las horquillas y se u. (ligasa)
Cad. H Ocurre lo mismo; también con otra región entre V y J que llamamos D
 TRANSCRIPCIÓN

Los TFIIs se van a unir en orden…

· D (TBP y TaFs) à rec. TATA
· A y B à orientac. + dist. se unirá RNA pol II
· F à se u. a RNA pol II + interacs. inespecíficas
· E à estabiliza la burbuja
· H à actividad helicasa y K (P-CTD para pasar a elongación)
ELONGACIÓN
Depende de topoisomerasa, actividad helicasa intrínseca RNA pol II, y factores de elongación como
TFIIS (🚫 parada prematura), CSB/ELL/SIII (alt. catalítica), PTEFb (mant. P-CTD) y FACT/elongator (ajuste
y remodelac. nucleosomas)

INICIACIÓN
1. U. TFIIs (progresivamente) y RNA pol II al promotor basal à complejo de pre-inic. cerrado TERMINACIÓN
2. Desnaturalización del promotor (ATP) à burbuja de transcripción à complejo abierto Pausa de la RNA pol II + desetabilización híbrido RNA-DNA
3. Primeros 10 nts (FDE) de prueba
4. Fosforilación dominio CTD de RNA pol II + lib. TFIIs (excepto F)

MADURACIÓN

1. P-Ser 5 de cola CTD à escape del promotor + recluta maq. CAP

MODIFICACIÓN EXT. 5’ (CAP)
2. RNA trifosfatasa elimina un P 5’ (de los 3 que tenemos)
3. Guanilil transferasa añade un GMP (GTPàPPi) en 5’ (los fosfatos, ahora 3, quedan u. con G y transcrito 1º por 5’-5’)
4. Metiltransferasa metila G en 7 (7-metilguanosina) por SAMàSAH
5. P Ser 5 de CTD à disociación de enzimas
6. P-Ser 2 de CTD à maq. splicing

MODIFICACIÓN EXT. 3’ (cola poli-A) 1. Sec. señal de poli-Ación (AAUAAA) u. complejos CPSF (AAUAAA) y CstF (GU), que cortan por CA
2. Poli-A pol (CA) añade 25(rápidamente)-250 A

1º transesterificación à OH 2’ del pto. de ramificación (A) ataca a sitio de corte 5’ (antes de GU)
2º transesterificación à OH 3’ libre ataca al fosfato de nucleótido de guanina que está antes del punto de corte 3’ (AG)
“SPLICING” (en intrones III)
Espliceosoma à snRNA…
· U1 se u. a (5’)GU · U2 se u. a A (pto. de ramficación) · U6 rec. sitio de splicing · U4 forma el centro catalítico · U5 une los exones

DESAMINACIÓN C 4àU ApoB 100 (hígado) y 48 (intestino) à adición de un codón temprano de STOP; cambia su función Citidina desaminasa
“EDITING” ESPECÍFICA DE SITIO Adenosina 6 à I Receptor de Glu; ­ plasticidad del cerebro ADAR (adenosina deaminasa)
INSERCIÓ/DELECIÓN DE URIDINAS
 REGULACIÓN DE LA EXPRESIÓN (EUCARIOTA)

PRETRANSCRIPCIONAL ACETILACIÓN cola hists. · HAT acetila Lys N-term usando acetil-CoA DESACETILACIÓN · HDAC provoca formación +s
(activación) · Desap. + del N-term y se forma N-acetilLys (silenciamiento) · DNA-hists. más compacta à trasncripción
· DNA-hists. más laxa à trasncripción

METILACIÓN del DNA · DNMT metila C 5 islotes GC (prom. prox.) usando SAM DESMETILACIÓN · Diferentes enzimas y compuestos oxidados
(silenciamiento) · Se forma 5-metilC à genes hipermetilados no se expresan (activación) (5-hidrometilC, 5-formilC, 5-carboxiC…)

TRANSCRIPCIONAL Inhibición, competencia, regulación directa, regulación indirecta

1. RNA II (transc.) à primiRNA (CAP, DC, poli-A) núcleo
2. DROSHA à premiRNA (DC) núcleo
POSTRANSCRIPCIONAL 3. Exportina-5 à premiRNA (DC) citosol
(y traduccional)
4. DICER à miRNA dúplex (maduro, inactivo) de menos nts (lo trocea)
5. miRNA dúplex + Argonauta à RISC (desnaturaliza) à miRNA (activo)
miRNA activo se une a mRNA (complementariedad) à dirige a RISC para que los corte (no pueden transc.) / inhiba su traducción

CÓDIGO GENÉTICO

Colineal La sec. aa del polipépt. N-termàC-term se corresp. con sec. de codones 5’à3’

No solap. y sin comas Sin espacios entre los codones, cada BN en el DNA forma parte de un solo codón

• Eucariotas (un solo marco de lectura, ORF, aunque hayan 3 posibles) => 1 mRNA à 1 proteína
TODAS las prots. vienen codificadas por un mRNA con ORF (mínimo 50 codones)
• Procariota (varios) => 1 mRNA à varias proteínas

Si fuera solapante, no existirían enfermedades debidas a la mutación de un único aa. Si una base muta y cambia un codón, se vería
afectado más de un aminoácido SIEMPRE

Inambiguo Cada codón à 1 solo aa

Degenerado y redundante Codones > aas, pero no es ambiguo
La degeneración del CG no es uniforme à no todos los aas están codificados por el = nº de codones (mínimo 1 à Met y Trp,
máximo 6)
Casi universal Met eucariotas // N-formilMet procariotas
64 codones (43) = 61 codificantes (incl. AUG) y 3 de terminación (UGA, UAA, UAG)
31+1 (Met inicio) tRNAs (1 por enl. Hogsteen, 2 y 3 por enl. WyC) Codones > tRNAs (anticodones) > aas = aa-tRNAsintetasas
21 aa-tRNAsintetasas
 TRADUCCIÓN

INICIACIÓN ELONGACIÓN

1. Disoc. subunidades 1. Entrada de aa-tRNA à complejo ternario

· eIF3 a 40S · Entra aa-tRNA a sitio A gracias a eEF1a (hid. GTP) à aa-tRNA : eEF1a : GTP
· eIF6 a 60S
2. Formac. enl. peptídico
2. Formac. comp. ternario · En sitio A, por peptidil-transferasa, sin gasto de GTP
· eIF1A se u. a 60S también (estabilizar su apertura) · Ataque nucleofílico de un par de e-s del NH2 libre del aa que se acaba de incorporar a
· Entran Met-tRNAi y eIF2-GTP à COMPLEJO DE PREINIC. = Met-tRNAi : eIF2 : GTP sitio A al COO- del último aa que se ha incorporado al peptidil-tRNA que ahora está en el
sitio P, es decir, el que está unido al tRNA por el 3’-OH-ACC
3. U. de mRNA · tRNA de sitio P queda con ext. OH libre y pasa a sitio E
· Entra mRNA circular (eIF4G u. a CAP) unido a eIF4 (actividad helicasa elim. ests. 2ºs · tRNA de sitio A es ahora peptidil-tRNA (el aa recién incorporado es ahora el que se
del mRNA indeseadas) encuentra u. a 3’-OH-ACC del tRNA) y pasa a sitio P
· Se encuentra AUG à COMPLEJO DE INICIO 40S
3. Translocación
4. Asoc. de 60S · eEF2 (translocasa) induce un cambio conformacional en ribosoma, que se mueve un
· Entra eIF5 à activa eIF2 (GTPasa) + salen eIF2-GDP, eIF3 y eIF5 codón à tRNA libre a sitio E, peptidil-tRNA a sitio P, sitio A vacío con nuevo codón debajo
· 60S se separa de eIF6 y se u. al complejo à COMPLEJO DE INICIO 80S

TERMINACIÓN

· Cuando llega al codón de terminación (si es que no codifica para Sec), entra eRF1 (» forma tRNA) u. a eRF3 y GTP
· eRF1 promueve que eRF3 una GTP y la peptidil-trasnferasa (que se convierte en hidrolasa) lo use para la escisión del peptidil-tRNA (peptidil-tRNA = peptidil + tRNA) y la disoc. del ribosoma

• Incorporación de Sec en lugar de terminación

Horquilla en el mRNA à Ser-tRNAsintetasa incorpora un Ser-tRNA que es modificado (cambio de O por Se) por selenocisteinilsintetasa acompañada de Sel B (GTP) à Sec-tRNA
 TEMA 2

• ARS (sec. De replic. Autónoma) à origen de replicación de las levaduras (eucariota)

- A y B1 ricas en AT (según la imagen, es a A donde se une ORC)
- B1 unión de ORC
- B2 desnaturalización de la hélice
- B3 sitios de unión para otras prots. Implicadas en el inicio de la replic.

• MODELO DEL TROMBÓN

En la hebra retardada, periódicamente, la primasa se asocia a la helicasa y se sint. un cebador nuevo. El cargador (complejo g) arma una abrazadera, que uno de las dos DNA pol III
que están dirigidas a la hebra discontinua reconoce, e inicia un frag. Okazaki. Mientras esta está sintetizando la cadena, la otra DNA pol III va preparando la maquinaria para la
síntesis del siguiente fragmento. Así se asegura la rapidez.

• TELOMERASA
Es una ribonucleoproteína
· Pte. proteica DNA pol (TERT) à funciona como transcriptasa inversa (a partir del RNA de su secuencia, AAUCCC, sint. DNA complementario, TTAGGG)
· Pte. RNA (hTERT) à cont. la sec. en tándem que se pretende retrotranscribir (AAUCCC)
Es un dímero, con 2x cada pte. (prot. y RNA) u. por una región bisagra flexible à poder extender dos extremos teloméricos en paralelo y las dos cromátidas tengan la misma long.

• DIFERENCIAS REPLICACIÓN
EUCARIOTAS PROCARIOTAS MITOCONDRIAS
Semiconservativa
Bidireccional Unidireccional
Semidiscontinua Continua
Simultánea (CC) No simultánea
Multifocal Monofocal Bifocal (OH y OL)
DNA pol e y δ DNA pol III DNA pol g

TEMA 3
Mutación: cambio permanente en la secuencia de DNA de un individuo
Polimorfismo: hablamos de gen polimórfico cuando más de un alelo ocupa el locus de ese gen dentro de la población. Se producen generalmente por mutaciones pero se diferencian de
estas en que aparecen con más frecuencia (>1%) en la población. Muchas veces son genes no codificantes, pero otras sí (ABO)
Microsatélites: regiones en las que se repiten juntos 2/3/4 nucleótidos y son propensas a sufrir mutaciones, siendo altamente polimórficas

• LUGARES DE LESIÓN

Hidrólisis (entra H2O)

· N-glucosídico à Despurinación
· P à Rotura de enl. FDE
· -NH2 à Desaminación (se cambia el amino -NH2 por una cetona -CO)
Metilación / alquilación (no controlada)
· =N

Oxidación
· =CH
· CH3

• ENZIMAS DE REPARACIÓN
§ REB à N-glic, APE (APE1), DNA pol b (AP liasa/FDEasa y pol)
§ REN à Escinucleasas
XP (eucariotas): XPA, XPC, XPB, XPD, XPF, XPG
Uvr (E. Coli): UvrA, UvrD, UvrB, UvrC
§ MMR
Sistema Mut procariota: MutS, MutL, MutH, MutU
Homólogos en eucariotas: MSH, MLH y PMS, MED1

TEMA 4

• TIPOS DE TRANSPOSONES

Transposones de DNA
Retrotransposones » a virus / Retrovirus
Retrotransposones de poli-A
· Repeticiones inversas terminales (imágenes especulares) Todos tienen repeticiones directas
· Elementos para sínt. transposasa flanqueando el transposón (no
· Repeticiones inversas forman parte de él como tal);
· Els. (DNA para fab. mRNA que codifique para) sínt. transposasa (transcriptasa) y retrotranscriptasa NO se producen uniones
· Cola poli-A y exp. de ORF1 y ORF2 heterodúplex

• RECOMBINACIÓN SOMÁTICA
§ Recombinación entre segmentos V y J (elim. de lo que hay entre V y J, y D si es cadena H)
§ Transcripción y ajuste del mRNA (elim. de lo que hay entre J y C)
§ Traducción (queda 1V, 1D, 1J, 1C)
Hay 100 V, 12 D, 4 J y 4 C

TEMA 5
• Excepciones a la definición de gen
Genes solapantes, genes que llevan a distintos productos (maduración del transc. 1º, splicing alt., editing), reordenamiento de genes (Igs)
• Componentes de un gen (eucariota)
§ Región reguladora / promotora (no se transcribe; +1 corriente arriba, hacia negativo)
§ Región estructural (+1 corriente abajo, hacia positivo)
· Intrones
· Exones (región codificante)
 • Promotores

Caja TATA Verificar que es un promotor

BASAL Inr (sec. Iniciadora) Cont. pto. +1 (3’) +5 a -40
BRE (elemento de respuesta a TFII) Orientar al promotor
Caja CAAT
PROXIMAL Islotes/cajas GC Flanquean a CAAT; metilación en reg. epigenética (más adelante) Hasta -200
SDE (secs. dists. específicas)
DISTAL Potenciadores y silenciadores >-1000 a -5000 (5’)

TEMA 6

GENES TIPO I Maduración pre-rRNA (metilación de bases)

Modificación ext. 5’ (CAP)

GENES TIPO II Maduración pre-mRNA “Splicing” Cotranscripcional
Modificación ext. 3’ (cola poli-A)
“Editing” Co/postranscripcional
Modificación ext. 5’ (ARNasa P)
GENES TIPO III Maduración pre-tRNA Modificación ext. 3’ (ARNasa D)
Adición CCA 3’ Postrancripcional
Modifiación de bases
Eliminación intrón tipo IV (endonucelasa y ligasa)

• Tipos de “splicing”
§ Constitutivo (cis) à se u. todos los Es
§ Alternativo (cis) à no se u. todos los Es
r Cis à intragénico (= pre-mRNA, y por eso = gen)
r Trans à intragénico (¹s pre-mRNA del = gen) o intergénico (¹s genes); de la misma hebra o con Es de la complementaria

Cada dominio de una proteína globular es un E

• Transporte del RNA (circular); necesitamos…

§ EJC (sobre las us. entre Es)
§ PABII (se u. a poli-A)
§ Ran (hid. GTP à energía; trasnp. activo)

• Degradación

Vía dependiente de desadenilación
Vía de elim. CAP indep. de desadenilación
Vía endonucleotídica
1. Exonucleasa 3’à5’ cola poli-A
2. a) CAP y luego degradación 5’à3’ de lo demás
b) Degradación 3’à5’ por exosoma
CAP y degradación 5’à3’ de lo demás
Escisión endonucleotídica hacia 3’ (poli-A) y degradación 3’à5’ por exosoma de lo demás

TEMA 8
64 codones (43) = 61 codificantes (incl. AUG) y 3 de terminación (UGA, UAA, UAG)

• Estructura secundaria tRNAs (la estructura terciaria es la L

· 3’ (aa)
· Brazo TyC
· Anticodón (3’-3,2,1-5’)
· Brazo D
· 5’

31+1 (Met inicio) tRNAs (1 por enl. Hogsteen, 2 y 3 por enl. WyC) à Hipótesis del balanceo

TEMA 9

Direccional, rápido, elevado coste energético, monocistrónico (eucariotas) y policistrónico (procariotas)

• Maq. traducción à tRNAaa, ribosomas 80S (40S+60S) CAP-dep., mRNA (codones con ORF) circular, eF (eIF, eEF, eRF), GTP, ATP, Mg2+…