POLIMORFISMOS

GENÉTICOS EN
ESTUDIOS
 QUE ES UN POLIMORFISMO GENÉTICO?

• Variantesdel genoma que aparecen por mutaciones en

algunos individuos, se transmiten a la descendencia y
adquieren cierta frecuencia en la población tras múltiples
generaciones.
QUE ES UN POLIMORFISMOS DE
UN ÚNICO NUCLEÓTIDO?

• Single Nucleotide Polymorphism

[SNP], pronunciado «esnip
Variación en la secuencia de ADN que afecta a una sola base (adenina (A), timina (T), citosina (C)
oguanina (G)) de una secuencia del genoma.
• Deben darse al menos en un 1% de la población para
ser considerada como un SNP.
• Si no se llega al 1% no se considera SNP y sí una
mutación puntual.
MUTACIÓN PUNTUAL.

• Cambios que alteran la secuencia de nucleótidos de

ADN.
• Estas mutaciones en la secuencia de ADN pueden llevar a
la sustitución de aminoácidos en la proteína resultante.
• Sustitución de valina por acido glutámico en la posición 6
de la cadena peptídica de la beta-globina da lugar a la
enfermedad de anemia falciformes en individuos
homocigotos debido a que la cadena modificada tiene
tendencias a cristalizar a bajas concentraciones de
oxigeno.
• Mutación silenciosa
• Mutación sin sentido
• Mutación sin sentido con codón de paro.
• ApoE ε-4, resulta en un cambio en el aminoácido cisteína de
la posición 112 por una arginina. Esta variante se asocia con
la enfermedad de Alzheimer.
• El cambio de un único nucleótido, si ocurre en una zona
codificante como en el ejemplo de la ApoE, puede
provocar un cambio de aminoácido en la proteína
resultante, y ello puede resultar en una modificación de
su actividad o función
• Los cambios también pueden ocurrir en zonas del promotor de un
gen y modificar su expresión.
• Estas zonas promotoras modulan el proceso
de transcripción del ADN en ARN (la transcripción es el primer paso
de la decodificación de un gen a una proteína).
•
• Lo mismo puede ocurrir si el cambio se produce en un intrón.
• Los SNP que se encuentren en regiones no codificantes pueden
tener consecuencias en el proceso de traducción, sobre todo en
procesos como el splicing, la unión de factores de
transcripción o modificar la secuencia de ARN no codificante.
• Aunque los intrones no se traducen a proteína,
cambios en su estructura pueden modular la expresión
del gen.
• Algunos SNP en regiones codificantes consistentes en
sustituciones sinónimas, pese a no modificar la secuencia
aminoacídica de la proteína, podrían alterar su función.
• Esto ocurre, por ejemplo, en el caso del receptor de
resistencia múltiple a drogas 1 (MDR1), donde un SNP de
mutación silenciosa ralentiza la traducción del péptido
naciente, haciendo que se pliegue adoptando una
conformación alternativa menos funcional que la
estructura tridimensional nativa.
• Los SNP que implican una sustitución con cambio de
sentido alteran la secuencia aminoacídica y son los que
más frecuentemente están asociados a la aparición de
enfermedades.
• Un ejemplo de esto es el SNP 1580G>T en el gen LMNA,
que provoca el cambio de arginina por leucina en la
proteína, fenotipo relacionado con enfermedades como
displasia mandibuloacral.
• Los SNP sin sentido provocan la aparición de un codón de
stop prematuro que trunca la proteína resultante,
haciéndola incompleta y normalmente no funcional.

• Estose refleja en la mutación G542X en el gen CTFR,

causante de la fibrosis quística.
 Polimorfismos en el gen del ESR1 relacionados con síndrome
metabólico

rs1884051 rs3798577

rs2077647

Dominios funcionales del ESR1, estructura y polimorfismos. 20

TAF: función de activación transcripcional; E: exones; las líneas gruesas entre los
exones 1 al 8 representan los intrones (Gennari et al., 2005).
• Como saber que un polimorfismo esta
relacionado con la patología?
 EN PRIMER LUGAR

• Es importante obtener evidencia de que al menos una

fracción de la enfermedad está determinada genéticamente

• Es los estudios de agregación familiar, los de

gemelos o los de emigrantes.
 EN SEGUNDO LUGAR.

• Hay que identificar dónde están los genes de interés para la

enfermedad
• En esta fase se realizan estudios denominados
de ligamiento (linkage), que emplean como marcadores
genéticos una serie de polimorfismos repartidos por todo
el genoma.
•
• En estos estudios se suelen emplear familias grandes con
varios miembros afectados y sus
análisis permiten identificar zonas del genoma de interés,
pero tienen poca resolución.
QUE ES UN ESTUDIO DE ASOCIACIÓN?
• Se compara la frecuencia relativa de las diferentes
variantes de una serie de polimorfismos entre los
individuos afectados y un grupo control adecuado
•Genes candidatos
Genes candidatos
• Un polimorfismo se caracteriza porque diferentes individuos
presentan distintos nucleótidos o variantes en una posición concreta
del genoma, que se denomina locus.
• 1%-5 % o mas.
• variante se le denomina alelo.
•
• Normalmente serán 2 los posibles alelos en un locus: por
ejemplo, el cambio de T por C (T > C).
• Si el locus corresponde a un cromosoma autosómico (del 1 al
22), cada individuo es portador de 2 alelos, uno en cada
copia del cromosoma, que se heredan del padre y madre de
manera independiente.
•
• La pareja de alelos observada en un individuo se denomina genotipo y, para el
locus T > C del ejemplo, las 3 posibilidades de parejas de alelos son:
• TT (homocigotos)
• TC (heterocigotos)
• CC (homocigotos)

• En general se considera variante al alelo menos frecuente, pero esto puede

diferir de una población a otra.
 AMPLIFICACIÓN DEL FRAGMENTO DE INTERÉS PARA LOS
POLIMORFISMOS EN EL GEN DEL RECEPTOR DE
ESTRÓGENOS MEDIANTE PCR

M 1 2 3 4 5
SNP -397 6
CONDICIONES
T/C
Desnaturalización inicial 94 C 5 min.
Desnaturalización del 94 C
ADN 30seg.
Alineamiento de primers 62 C 30seg. 32 ciclos
Extensión del ADN 72C 30seg.
Extensión final 72C 2 min. 1374pb

Producto de PCR de 1374 pb del ESR1. Carril1.Marcador de peso de

molecular de 1 kb, carriles 2-6 productos de PCR de 1374 pb en gel de agarosa
al 1.5% , carril 6 control negativo. Teñidos con bromuro de etidio al 1%.
 GENOTIPIFICACIÓN DEL POLIMORFISMO
-397 T/C DIGERIDO CON PVUII
C/C T/T T/C M T/C
ENZIMA PvuII
SITIO DE CORTE 5´-CAG↓CTG-3´

GENOTIPOS
1374pb
TT
1374, 937 y
TC
437pb
CC 1374pb
937 y 437pb
37 ° C 2h 937pb
437pb

Fig. 6. Polimorfismo -397 T/C del ESR1 digerido con PvuII. Carril 1
genotipo CC, carril 2 genotipo TT, carriles 3 y 5 genotipo TC, y carril 4
marcador de 1 kb. Teñidos con bromuro de etidio al 1 %.
 GENOTIPIFICACIÓN DEL POLIMORFISMO
-351 A/G DIGERIDO CON XBAI

Marcador AA GA GG

2000
ENZIMA XbaI 1500 1374
SITIO DE CORTE 5´-T↓CTAG A-3´ 1250
100
GENOTIPOS 0
982
1374pb 900
AA 800
1374, 982 y 700
AG
392pb 600
GG
982 y 392pb 500
400
300 392
200

100