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Bloque I – El agua
TEMA 1: EL AGUA
1. INTRODUCCIÓN
Es la sustancia más abundante en la biosfera, con un contenido total estimado en unos 1.500 krn3, repartidos entre
sus tres estados: agua líquida en los mares, océanos, lagos y ríos, que constituye el 97 por 100 del total de agua; y el
3 por 100 restante repartido entre el agua sólida de los casquetes polares y los glaciares y el vapor de agua de la
atmósfera. De cada 10000 átomos, 9200 son de H, 790 de He, 5 O, 2 Ne, 2 N, 1C. El compuesto más probable por
combinación de átomos es la combinación de hidrogeno y oxigeno simplemente por abundancia. También es el
componente mayoritario de los seres vivos (60-80%). El agua es una molécula abundante en el universo, pero no en
estado líquido, característica fundamental para la existencia de vida.
El agua no fue sólo el mero soporte donde surgió la vida (sopa primitiva. Talasógeno: generadores de océanos), sino
que, con toda probabilidad, sus moléculas participaron activamente en las reacciones químicas que formaron
agregados más complejos a partir de moléculas orgánicas sencillas. A pesar de su gran abundancia, el agua no es un
compuesto químico corriente y, aunque parece un líquido inerte, manifiesta gran reaccionabilidad; sus extraordinarias
propiedades físicas y químicas, que la convierten en una sustancia diferente a la mayoría de los líquidos corrientes,
son también responsables de su importancia biológica. Del mismo modo que la configuración electrónica del carbono
fue responsable de su idoneidad para formar parte de los compuestos orgánicos y justificó su selección como elemento
fundamental de la materia viva, las propiedades físico-químicas del agua también determinan su función biológica y
justifican la importancia del ambiente acuoso en la aparición y mantenimiento de la vida sobre la Tierra (otros
elementos podrían ser talasógenos pero necesitarían temperaturas extremadamente bajas para ser líquidos).
Amplio margen de Tª en fase líquida y abundante presencia en los tres estados en el planeta, esencial para
los ciclos del agua.
Esta propiedad indica la tendencia del agua a oponerse a las atracciones electrostáticas, entre iones positivos y
negativos, facilitando su disociación en forma de cationes y aniones, y rodeándolo por dipolos de agua que impiden
su unión. Este fenómeno se conoce como solvatación iónica. Por ello, es el principal disolvente.
Carácter dipolar
El agua es el líquido que más sustancias disuelve, lo que le ha valido el calificativo de disolvente universal. Esta
propiedad, tal vez la más importante para la vida, se debe a su capacidad para formar puentes de hidrógeno con otras
sustancias polares (grupos -OH de alcoholes y azúcares, grupos –NH2 de aminoácidos, proteínas, ácidos nucleicos,
etc.), pues se disuelven cuando interaccionan con las moléculas polares del agua. En el agua también se disuelven
compuestos iónicos, como ciertas sales cristalizadas, pues los iones son atraídos fuertemente por los dipolos del agua,
formándose una capa de hidratación o solvatación alrededor de cada uno de ellos que logra debilitar la atracción
electrostática interiónica, hasta llegar al desmoronamiento de la red cristalina que los mantenía en estado sólido; la
ruptura de los enlaces iónicos provoca que los iones pasen de la red a la disolución en forma de iones hidratados.
Algunas moléculas (ciertos gases) se disuelven en agua. El oxígeno en concreto se disuelve poco por ser apolar y, por
ello, su transporte por el torrente sanguíneo se realiza mediante eritrocitos.
Bioquímica y Biología Molecular
Bloque I – El agua
• Dilatación anómala
El agua en estado líquido es más densa que en estado sólido. En estado sólido, el agua presenta todos sus posibles
enlaces de hidrogeno – cuatro por molécula- formando un retículo que ocupa mayor volumen, por lo que es menos
denso.
El agua permanece líquida en un amplio margen de temperaturas, entre 0 y 100ºC, que son los más adecuados para
los procesos biológicos. Cuando se enfría se contrae su volumen, como sucede en todos los cuerpos; pero al alcanzar
los 4ºC cesa la contracción y su estructura se dilata hasta transformarse en hielo en el punto de congelación. Por esto
el hielo es menos denso que el agua y flota sobre ella. Gracias a esta anomalía del agua los lagos, ríos y mares
comienzan a congelarse desde la superficie hacia abajo, y es esta costra de hielo superficial lo que, paradójicamente,
sirve de abrigo a los seres vivos que viven en las aguas, pues aunque la temperatura ambiental sea extremadamente
baja (-50 ó –60ºC) mientras el agua de la superficie se transforme en hielo, mantiene constante su temperatura en
0ºC, y el agua del fondo queda protegida térmicamente del exterior, pudiendo alcanzar los 4 ó 5ºC que son suficientes
para la supervivencia de ciertas especies. Esta propiedad está íntimamente relacionada con el mantenimiento de la
vida en el planeta
Las moléculas de agua se ordenan y forman estructuras menos densas. El agua es dinámica, se están formando y
rompiendo enlaces. A medida que baja la temperatura es menos dinámica, forman estructuras con huecos menos
densas que las líquidas
• No muy viscosa
Los puentes de hidrogeno mantienen las moléculas de agua fuertemente unidas, formando una estructura compacta
que la convierte en un líquido casi incomprensible. Tiene una viscosidad apropiada y es fundamental para procesos
biológicos como el bombeo sanguíneo.
Al no poder comprimirse puede funcionar como un esqueleto hidrostático como, por ejemplo, ciertos gusanos
perforadores que son capaces de agujerear la roca mediante la presión generada por sus líquidos internos; del mismo
modo permite la turgencia en las plantas.
• Anfótera
Se denomina así a las sustancias que pueden actuar como ácidos o como bases. Es el caso del agua, que frente a un
ácido fuerte actúa como base débil y frente a una base fuerte puede actuar como un ácido débil. Participará en muchas
de las reacciones del metabolismo como reactivo.
*Menisco del agua: depende de la interacción entre moléculas y de la interacción con el material.
4. PROPIEDADES COLIGATIVAS
Son aquellas propiedades de una disolución que dependen únicamente de la concentración, es decir, del número de
partículas. (Gran parte del agua en los seres vivos se encuentra formando disoluciones). Las interacciones entre soluto
y disolvente alteran las temperaturas de ebullición y solidificación.
• Osmolaridad
La ósmosis es la tendencia que tienen los solventes a ir desde zonas de menor concentración hacia zonas de mayor
concentración de soluto (teniendo en cuenta todos los solutos). El efecto puede pensarse como una tendencia de los
solventes a "diluir". Es el pasaje espontáneo de solvente (agua) desde una solución más diluida (menos concentrada)
hacia una solución menos diluida (más concentrada), cuando se hallan separadas por una membrana semipermeable,
para igualar las concentraciones a ambos lados de la membrana. La presión osmótica (π) se define como la presión
requerida para evitar el paso de solvente a través de una membrana semipermeable. También puede ocurrir que,
además de haber flujo de agua, también lo haya de iones. Una disolución más osmolar es que tiene más sustancias
disueltas.
En el caso de las disoluciones iónicas, el número de iones es mayor que el de moléculas disueltas y por tanto afecta
mucho a las propiedades coligativas. En las disoluciones moleculares, el efecto será menor.
Algunos de los fenómenos asociados son: la plasmólisis (crenación en eritrocitos) y turgencia (hemolisis en eritrocitos),
mediante los cuales las células pueden explotar en un medio hipertónico o deshidratarse en medios hipertónicos. Por
ello, en la sangre se deben introducir disoluciones isotónicas.
• Crioscopía
Todo disolvente tiene un punto (temperatura) de congelación y de ebullición, sin embargo, la adición de un soluto
provoca que estos puntos se desplacen en la escala de temperatura.
La contante crioscópica es una constante que define la temperatura de congelación de un disolvente dado.
Tanto la concentración molar del soluto adicionado como la constante crioscópica de cada disolvente definen qué
tanto disminuye el punto de congelación de dicho disolvente, ya que la adición de soluto dificulta la formación de
enlaces. Por ejemplo, cuando añado sal al agua, su punto de congelación disminuye.
Este fenómeno, la disminución de la temperatura de congelación se conoce como descenso crioscópico y es una
propiedad coligativa, es decir, es una de las propiedades que tienen los disolventes por la adición de un soluto y que
dependen exclusivamente de su concentración.
• Ebulloscopía
Determinación del peso molecular de una sustancia por la variación del punto de ebullición de sus disoluciones. Por
ejemplo, si pongo sal al agua, esta hierve a una temperatura menor.
6. INTERACCIONES MOLECULARES
Las interacciones moleculares covalentes son más fuertes que los puentes de hidrógeno, pues son más energéticas y
difíciles de romper.
Bioquímica y Biología Molecular
Bloque I – El agua
Las grandes estructuras moleculares poseen gran cantidad de energía, ya que están constituidas por la asociación de
numerosos enlaces no covalentes que individualmente son muy débiles, pero que, sin embargo, en conjunto son
imprescindibles para la estabilidad de las macromoléculas.
Las interacciones moleculares NO COVALENTES se pueden clasificar en:
▪ Carga-carga: este tipo de unión se da entre iones o cargas distintas (grupos funcionales). Su fuerza disminuye
con la distancia y es la responsable de los elevados puntos de fusión y ebullición de los compuestos iónicos. Si
son del mismo signo se repelen y si son de distinto signo, se atraen. Ej: magnesio con ATP para que pueda
servir de sustrato para enzimas / Glutámico + Amina (entre grupo amino y grupo carboxilo.
▪ Carga-dipolo: esta interacción puede tener lugar de dos maneras: un catión atrae la carga parcial negativa de
un dipolo o un anión atrae la carga parcial positiva de un dipolo. Este tipo de fuerzas disminuye con el cuadrado
de la distancia. Las interacciones ión-dipolo son las responsables de la hidratación de los cationes en disolución
acuosa, es decir, la unión de moléculas de agua en torno a un ion central. Ej. Puentes salinos.
▪ Dipolo –dipolo: una molécula polar que tenga un 0 puede dar lugar a interacciones dipolo-dipolo, debido
a la fracción entre los dipolos eléctricos de las moléculas polares. Al ser interacciones entre cargas parciales
son relativamente débiles (2 KJ/mol), son más débiles que las interacciones entre iones. (Aquí hay un dipolo,
no una carga neta).
▪ Carga-dipolo inducido: Si pongo una carga cerca a una molécula que en principio parece neutra (no tiene
dipolo), los electrones de dicha molécula tienden a estar más por una zona que por otra en lugar de estar
distribuidos homogéneamente.
▪ Dipolo- dipolo inducido: Un dipolo (enlace polarizado) es capaz de inducir la formación de un dipolo en un
enlace de una molécula cercana no polarizada. La energía necesaria para separar las interacciones dipolo-
dipolo inducido es inversamente proporcional a la distancia que separa los dos átomos elevada a la quinta
potencia.
▪ Dispersión: “sincronización” de la circulación de electrones de dos moléculas que no son polares. Ej: 2 anillos
aromáticos no tienen polaridad, pero entre ellos hay una fuerza de dispersión y sus electrones se sincronizan,
están mas en un lugar que en otro (en un anillo normalmente los e- estarían alrededor de todo el anillo. /
Apilamiento de bases del ADN: Hay interacción entre unas bases y otras.
▪ Fuerzas de Van der Waals (fuerzas de London). Tiene lugar cuando los orbitales electrónicos se solapan en
distancias muy reducidas (el radio de van der Waals es la distancia minina que puede haber entre dos átomos
sin que se solapen). Se crea un dipolo eléctrico transitorio que induce a otro dipolo, también transitorio, en el
átomo cercano. A medida que los dos núcleos se acercan entre sí, sus nubes electrónicas empiezan a repelerse
(surgen fuerzas de repulsión entre orbitales que se han combinado). El punto en el que la atracción neta es
máxima, se dice que los núcleos se encuentran a la distancia de contacto de Van der Waals. Cada átomo posee
unos radios de Van der Waals característicos. Son muy importantes en el mantenimiento de estructuras
macromoleculares, por ejemplo, para mantener los plegamientos de proteínas (evitar desnaturalización) o en
el ADN, para mantener la estructura de doble hélice.
▪ Puentes de hidrógeno: entre un protón unido covalentemente a un átomo electronegativo a otro átomo
electronegativo próximo. Cuanto más electronegativo, más polarizado el enlace. (El nivel energético de estos
enlaces es aproximadamente de 1,5-2-3Kcal/mol. Parece poco peso energético uno a uno, pero es
fundamental para que se mantenga la forma de doble hélice del ADN y la de otras macromoléculas. Dependerá
de la electronegatividad del donador, del receptor y de su orientación.)
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Bloque I – El agua
7. EFECTO HIDROFÓBICO
Según el segundo principio de la termodinámica, la entropía de un sistema siempre aumenta. Al introducir sustancias
apolares en el agua, se producirá una alteración de la disposición de las moléculas de agua, por ello, lo más estable es
que la sustancia apolar se reorganice.
Al disolver un gas apolar (CO2, NO2, O2…) el movimiento de sus moléculas desde la fase gaseosa desordenada a la
fase acuosa, restringe su movimiento y eso genera un descenso de la entropía. La naturaleza apolar de estos gases y
el descenso de la entropía al introducirlos en la disolución, los hace muy poco solubles en agua. Debido a ello, algunos
organismos precisan de proteínas transportadores hidrosolubles que facilitan el transporte de gases fundamentales
tales como el CO2.
El efecto hidrofóbico se refiere a la interacción que hay entre zonas apolares con zonas polares. Si esa interacción se
destruye, las macromoléculas se desestabilizan. Este fenómeno se ve, por ejemplo, cuando hay partes hidrofóbicas de
moléculas que se encuentran en contacto entre sí y evitan el agua, porque si no se desnaturalizan. (Lo que es polar
tiene a estar “junto”, al igual que las partes apolares tienden a ir a sustancias apolares).
TEMA 2. DISOLUCIONES TAMPÓN
La ecuación de Henderson Hasselbach nos da la relación entre el pH y las concentraciones de cada una de las especies
del sistema ácido base teniendo en cuenta el pKa. Los ácidos y las bases se definen por el valor de la constante (Ka).
Son ácidos cuando el equilibrio se desplaza hacia la derecha en la que se desprende el protón, por lo que la constante
de disociación es elevada. El pKa de un ácido será al contrario: bajo, por ser -log K.
Son básicos cuando el equilibrio se desplaza hacia la izquierda en la que se forman bases, por lo que la constante de
disociación es baja. El pKa de una base será alto.
2. INTRODUCCIÓN TAMPONES
Se puede entender esta propiedad como consecuencia del efecto ion común y las diferentes constantes de acidez o
basicidad: una pequeña cantidad de ácido o base desplaza levemente el equilibrio ácido-base débil, lo cual tiene una
consecuencia menor sobre el pH.
Cada sistema buffer tiene su propio rango efectivo de pH, el cual dependerá de la constante de equilibrio del ácido o
base empleado. Son importantes en el laboratorio y en la industria, y también en la química de la vida. Tampones
típicos son el par amoníaco-catión amonio, ácido acético-anión acetato, anión carbonato-anión bicarbonato, ácido
cítrico-anión citrato o alguno de los pares en la disociación del ácido fosfórico.
Se puede observar que cualquier sistema ácido o base tiene una región
en la que se comporta como disolución tampón en valores de pH del
entorno de su pKa (en esta región, la curva se convierte casi en una recta
debido a que su pH = pKa, es decir, el sistema ácido-base alcanza la
máxima capacidad tamponante).
En esta gráfica se observa a qué
pH se desprotona determinado
ácido (este comienza con su
protón, llega a la región y luego
lo suelta). Por tanto, vemos que
el pH tiene que ser mayor que
pKa para que el ácido libere su
protón.
Como observamos en el ejemplo anterior, podemos deducir que especie predomina en un sistema dependiendo de si
el pH es mayor o menor a su pKa. En un mismo pH, especies que tengan un valor de pKa mayor aun no estarán
desprotonados, mientras que si presentan un valor de pKa menor ya habrán soltado el protón. En el pH fisiológico (7),
los grupos carboxilos estarán desprotonados y los aminos no.
Una valoración de un sistema nos da una idea de dónde sirve de disolución tampón. sucede que, cuando se igualan
las concentraciones de ácido y de base, el pKa coincide con el pH cuando se cortan. En la gráfica se ve la curva con el
punto de inflexión igual a pKa.
Un ejemplo es el caso del ácido acético:
3. MECANISMO DE ACTUACIÓN DE LAS SOLUCIONES TAMPÓN
Para poder entender con claridad el mecanismo que utiliza el organismo para evitar cambios significativos de pH,
pondremos un ejemplo de actuación del tampón de más importancia en el organismo, el equilibrio de ácido carbónico
(H2CO3) y bicarbonato (HCO3-), presente en el líquido intracelular y en la sangre.
Como producto del metabolismo se produce CO2 que, al reaccionar con las moléculas de agua, produce ácido
carbónico, un compuesto inestable que se disocia parcialmente y pasa a ser bicarbonato según el siguiente equilibrio:
Entonces, el bicarbonato resultante se combina con los cationes libres presentes en la célula, como el sodio, formando
así bicarbonato sódico (NaHCO3), que actuará como tampón ácido. Supongamos que entra en la célula un ácido fuerte,
por ejemplo, ácido clorhídrico (HCl):
Como se puede ver en la anterior reacción, el efecto ácido clorhídrico queda neutralizado por el bicarbonato de sodio
y resultan como productos sustancias que no provocan cambios en el pH celular y lo mantienen en su valor normal,
que es 7,4.
Frecuentemente se utiliza la ecuación de Henderson-Hasselbalch para el cálculo del pH en soluciones reguladoras. Sin
embargo, debe aclararse que esta ecuación no es aplicable en todos los casos, ya que para su deducción se realiza una
serie de suposiciones. Esta ecuación suele proporcionar resultados incorrectos cuando las concentraciones del ácido
y su base conjugada (o de la base y su ácido conjugado) son bajas. Para el cálculo del pH, se debe saber el pKa del ácido
y la relación entre la concentración de sal y ácido, como se observa a continuación:
Recordemos que el pKa de un ácido débil se obtiene a partir de su constante de acidez (Ka) y es específico para cada
ácido.
*Supongamos que disponemos de una determinada cantidad de un ácido débil, por ejemplo, ácido láctico de
concentración 10 mM. Sabemos, que la concentración de su sal conjugada, el lactato, es de 2 mM y que el pKa ácido
del ácido láctico es 3,86. Por tanto, podemos calcular el pH del ácido láctico en una solución acuosa sin ningún tipo de
Por tanto, el pH de una solución acuosa de ácido láctico de concentración 10 mM, sin la intervención de ningún tampón
es 3,16. Es decir que si esto se produjese en el líquido intracelular y no existieran las soluciones amortiguadoras su pH
estándar de 7,4 bajaría bruscamente hasta 3,16. Sin embargo, esto no ocurre en nuestro organismo gracias a los
tampones químicos.
Si reflexionamos sobre la ecuación de Henderson-Hasselbalch se deduce que el pH del sistema amortiguador depende
de la proporción relativa entre sal y ácido, y no de sus concentraciones absolutas. Es decir, que si vamos añadiendo
agua al sistema variarán las concentraciones absolutas de cada sustancia, pero no su cociente de concentraciones.
No obstante, si la dilución es muy grande, el equilibrio del ácido y su sal conjugada se desplaza hacia los productos y,
por tanto, aumenta la sal y disminuye el ácido, entonces el cociente sal/ácido aumenta muy significativamente.
Supongamos ahora que añadimos una solución amortiguadora de bicarbonato de potasio (KHCO3) y una cantidad
grande de agua a la anterior solución de ácido láctico anterior de 10 mM, suficiente para que se rompa el equilibrio
de concentraciones del ácido y su sal conjugada. En consecuencia, la concentración de ácido láctico disminuye a 0,1
mM y la concentración de lactato de potasio aumenta a 200 mM. Calculemos el pH de la nueva solución:
CH3-CHOH-COOH + KHCO3 → CH3-CHOH-COOK + CO2 + H2O. pH = 3,86 + log (200 mM/ 0,1 mM) = 3,86 + 3,3 = 7,16
Es decir que partiendo de una solución de ácido láctico inicial de concentración 10 mM y pH = 3,16 (ácido) ésta ha
acabado transformándose en una solución de ácido láctico de concentración 0,1 mM y pH = 7,16 (neutro) gracias a la
intervención de un tampón químico, en este caso, el bicarbonato de potasio. Así es como el organismo consigue
mantener su pH alrededor de 7,4, a pesar de que entren sustancias ácidas o básicas en el cuerpo.
Elaboración de una disolución tampón en el laboratorio – sistemas con más de 1 protón (tampón fosfato)
[ ]
Ejemplo: preparar un tampón fosfato a pH=7,2 y concentración 0,5M: 7,2 = 7,2 + log [ ]
[3] = [2] = 0,25M
0,5 = [3] + [2]
Tomaría fosfato disódico y, teniendo en cuenta el pH y el volumen que quiero preparar de disolución, calcularía el peso
de la especie (3), el disódico.
Para el monosódico hago lo mismo —> 0,25 x Mm - g. Lo peso y lo añado al vaso, añado agua (un volumen inferior al
final, por ejemplo, 0.5L). Los disuelvo y compruebo el pH, si hemos pesado bien saldrá. Si hay algún pequeño error
corrijo con NaOH o KCl. Cuando tengo el pH correcto, añado H2O al volumen final.
Muchas biomoléculas actúan a un determinado valor de pH y sólo toleran fluctuaciones mínimas en él. Dado el bajo
grado de ionización del agua (H2O), cuando añadimos en ésta una pequeña cantidad de ácido o de base, el pH varía en
mucha cantidad, llegando a niveles de pH en los cuales las biomoléculas no podrían cumplir sus funciones.
Por esta razón los líquidos fisiológicos contienen tampones que, a diferencia del agua, mantienen el pH constante
(fosfato, bicarbonato, proteínas, etc).
Los tampones mantienen la cantidad de ácidos y de bases en equilibrio en un determinado pH en el cual la actividad
biológica de las proteínas, hormonas, enzimas, bombas de iones... sea óptima. En humanos, los valores compatibles
con el mantenimiento de funciones vitales son de pH entre 6,8 y 7,8; siendo el intervalo de 7,35 a 7,45-7,5 el de
normalidad (el de la sangre).
Los tampones son los primeros responsables de mantener estos niveles de pH constantes, aunque en el organismo se
produzcan altas cantidades de ácidos debido al metabolismo. Así, los tampones son el primer nivel de defensa contra
los cambios de pH. También contribuyen al equilibrio la regulación respiratoria y la regulación renal. Cuando hay
alteraciones debidas a enfermedades de los riñones, pulmones o por diabetes mellitus, el pH de la sangre se ve
alterado y se padece acidosis (pH < 7,4) o alcalosis (pH > 7,4).
Inorgánicos: Orgánicos
Tampón bicarbonato: CO2 + H2O → H2CO3 → HCO3 - + H+ Tampón hemoglobina: HHbO2 HbO2-/ HbH Hb- + H+
Tampón fosfato: H2PO4- → HPO42- + H+ Aminoácidos y proteínas.
TAMPÓN BICARBONATO
Tal y como se ha comentado anteriormente, el tampón bicarbonato está compuesto por ácido carbónico (H2CO3) y
bicarbonato (HCO3-) y el valor de su pKa es de 6,1. Es el tampón más importante de la sangre (pH = 7,4) y también está
presente en el líquido intersticial. Es un tampón muy eficaz porque la relación HCO3-/ H2CO3 es muy alta, lo que supone
una alta capacidad para amortiguar los ácidos.
*¿Por qué es tamponante en la sangre (pH=7,4) si su pKa es 6,1? Por tratarse de un sistema abierto:
Supone una ventaja el hecho que se trata de un sistema abierto ya que el CO2 puede ser eliminado en la respiración
muy rápidamente, por tanto, la presión parcial del CO2 nunca aumenta demasiado (el sistema se abre y lo deja escapar)
y la variación de pH se hace muy pequeña.
La pCO2 está regulada por la función pulmonar y la [HCO3] por la reabsorción renal, que tiene la capacidad de captar
más o menos bicarbonato después del filtrado (proceso más lento). Concretamente, los H+ se pueden eliminar por vía
renal y el HCO3- puede reemplazarse en la orina. En realidad, este tampón está compuesto por dos equilibrios, pues
el ácido carbónico forma CO2, generando una molécula de H2O.
Los errores metabólicos que causan una alteración en el pH se regulan o son compensados por el organismo mediante
respuestas respiratorias y viceversa (ver la fórmula anterior para entender las respuestas). Por ejemplo:
- Alcalosis metabólica (una persona vomita y hay una pérdida de ácido en el organismo, por lo que aumenta la
cantidad de bicarbonato) se compensa aumentando la presión parcial del CO2 (hipoventilación, retiene CO2).
- Alcalosis respiratoria. Disminuye la presión del dióxido de carbono, por lo que baja la absorción de bicarbonato
del riñón.
- Acidosis metabólica. Disminuye la cantidad de bicarbonato, por lo que es necesario eliminar dióxido de carbono
(hiperventilación).
- Acidosis respiratoria. Ha aumentado la presión del dióxido de carbono, por lo que hay una respuesta metabólica
de retención de bicarbonato en el riñón.
Cuando el pH disminuye, el bicarbonato toma los protones libres. Así, el equilibrio se desplaza hacia el H2CO3, que, a
su vez, mediante la reacción catalizada por la anhidrasa carbónica (glóbulos rojos), cede una molécula de H2O y se
convierte en CO2, el cual se elimina a través de los pulmones. Por el contrario, si el pH de la sangre aumenta, se forma
HCO3- a partir de H2CO3, lo que conduce a mayor captación de CO2. Las concentraciones de HCO3- y de H+ también se
pueden controlar por mecanismos fisiológicos a nivel renal. El riñón puede eliminar protones uniéndolos a amoníacos
o fosfatos y mantiene la concentración de bicarbonato mediante reabsorción o regeneración del mismo.
Así, es importante tener en cuenta que el cuerpo necesita más bicarbonato que no ácido carbónico porque el
metabolismo produce más ácidos que bases.
TAMPÓN FOSFATO
El tampón fosfato está compuesto por el hidrógeno fosfato (HPO42-) y el dihidrógeno fosfato (H2PO4-). Actúa en el
plasma y el líquido intersticial. Este tampón tiene un pKa de 6,8, el cual está mucho más cerca del pH plasmático. Esto
significaría que este tampón tendría que ser más útil que el anterior, pero no es así ya que se encuentra en
concentraciones menores en sangre y la eliminación del fosfato es mucho más lenta, por vía renal.
A pH fisiológico de 7,4, la relación HPO4−2/ H2PO4- es igual a 4. Así, se trata de un sistema eficaz para amortiguar ácidos.
Como hemos dicho, a nivel sanguíneo, el tampón bicarbonato resulta más útil que el tampón fosfato ya que este
último se encuentra en concentraciones bajas. Ahora bien, a nivel intracelular, el tampón fosfato tiene
concentraciones elevadas y es más eficiente.
1. TAMPÓN HEMOGLOBINA
La hemoglobina es una proteína globular multimérica que dispone de cuatro puntos de unión a ligandos cuyas
propiedades de unión están reguladas alostéricamente. La función principal de la hemoglobina es el transporte de
dioxígeno por la sangre.
Referente a su estructura, se trata de un heterotetrámero y consta de dos pares de cadenas polipeptídicas diferentes.
Cada una de las cadenas lleva un hemo como grupo prostético, donde se unen las moléculas de O2, por lo que una
hemoglobina puede unir como máximo cuatro moléculas de O2.
La captación de O2 se ve afectada, entre otros factores, por los H+ y el CO2. Algunos factores favorecen el estado T, en
el cual la proteína no tiene O2 unidos, y otros favorecen el estado R, en el cual la hemoglobina tiene unidas moléculas
de O2. Este fenómeno se denomina efecto Bohr. Es muy positivo para remarcar la diferencia entre las distintas
afinidades para el O2; la cual es esencial para que cumpla su función de transporte.
Cuando el CO2 forma ácido carbónico y protones, los protones estabilizan el estado T, de descarga de O2. Así, en los
capilares periféricos, dónde encontramos CO2, la hemoglobina cede las moléculas de O2. En los capilares de los
alvéolos pulmonares se invierte este efecto.
Así, cuando se unen H+ a la hemoglobina, se produce un efecto en el equilibrio del tampón bicarbonato ya que se
induce la formación de bicarbonato.
Es un tampón fisiológico muy eficiente gracias al cambio de su pK cuando pasa de la forma oxidada (pK = 7.16) a la
reducida (pK = 7.71) y a la gran cantidad que hay en la sangre.
2. AMINOÁCIDOS Y PROTEÍNAS
Aminoácidos
Los aminoácidos tienen carácter anfótero, es decir, pueden ceder protones y también captarlos. Esto es así gracias a
dos de los radicales iones comunes en todos los aminoácidos: el grupo amino (NH2) y el grupo carboxilo (COOH). Estos
radicales, al estar en contacto con el agua, se presentan ionizados o protonados; actuando los dos como donantes o
aceptores de protones.
En pH ácidos: el NH2 capta un protón: NH3+ (el pKa para este ion es 9)
En pH básicos: el COOH pierde un protón: COO- (el pKa para este ion es 2)
→ En el punto de pKa del grupo amino existe el 50 % de iones amino protonados (NH3+) y el otro 50 % de radicales
amino desprotonados (NH2). En este punto, la variación de pH, si adicionamos NaOH a la disolución, es mínima. Por
lo tanto, en este punto la capacidad amortiguadora es máxima.
→ En el punto de pKa para el grupo carboxilo existe el 50 % de iones carboxilo protonados (COOH) y el otro 50 % de
iones carboxilo desprotonados (COO-). En este nivel de pH el aminoácido también es buen amortiguador.
→ En el punto isoeléctrico de los aminoácidos sin cadena radical ácida o básica se encuentra a medio camino entre
el pKa del grupo amino y el pKa del grupo carboxilo. Y encontramos el aminoácido en su forma zwitterión, con ambos
grupos funcionales ionizados: NH3+ y COO-.
→ El punto isoeléctrico de los aminoácidos con cadenas laterales protonables es diferente ya que existe un tercer
pKa, que corresponde al valor de pH en el cual el protón de la cadena lateral se disocia. Es decir, los aminoácidos
presentan tantas etapas de ionización como radicales protonables tengan, presentando, por tanto, tantos pka como
radicales protonables tenga en su molécula.
Así, vemos como esta capacidad para captar y ceder protones convierte a las proteínas y aminoácidos en
amortiguadores del pH, actuando como ácidos si están protonados, o como bases, si no lo están.
Péptidos
Muchas proteínas tienen grupos protonables en la cadena radical variable, así cada proteína o aminoácido tiene su
punto isoeléctrico y su pka característico para cada grupo protonable del radical variable. Los péptidos contienen tan
solo un grupo amino terminal y un grupo carboxilo terminal libres en su molécula, cada uno en un extremo. Estos
grupos se ionizan de la misma manera que lo hacen en los aminoácidos libres, aunque las constantes de ionización son
diferentes debido a que en el grupo con carga opuesta está ausente el carbono alfa. Los grupos carboxilo y amino
unidos al carbono alfa de los aminoácidos no terminales están unidos mediante enlaces peptídicos, que no se ionizan
y, por tanto, no contribuyen al comportamiento total acido-base de los péptidos. No obstante, los grupos R de algunos
aminoácidos pueden ionizarse, y contribuyen en un péptido a las propiedades acido-base globales de la molécula. Por
tanto, puede predecirse el comportamiento ácido base de un péptido a partir de sus grupo amino y carboxilo
terminales y de la naturaleza y numero de sus grupos R ionizables.
Los pKa pueden verse afectados por radicales próximos y así, puede variar calidad amortiguadora de los aminoácidos
según radicales de su entorno. Por ejemplo, la histidina, próxima al grupo hemo en la hemoglobina, tiene pK muy
diferentes según si está unida al oxígeno o no (ver tema 2).
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Bloque II - Proteínas
TEMA 3: AMINOÁCIDOS
CLASIFICACIÓN
Los aminoácidos son los componentes esenciales de las proteínas, aunque también
tienen otras funciones con importancia fisiológica (hormonas). Están formados por
un grupo amino y otro carboxilo, unidos a un carbono anomérico (carbono α) con
distintos radicales. Por esta razón, los aminoácidos presentan estereoisometría y
son ópticamente activos. El carbono α es asimétrico, por lo que los aminoácidos presentan dos configuraciones, una
L y una D; sin embargo, en la naturaleza todos los aminoácidos presentan forma L, con el grupo amino a la izquierda.
Siguen una clasificación según la naturaleza del grupo radical:
A) CODIFICABLES: son un total de 20 y se utilizan para la biosíntesis de proteínas, aunque también se incluyen la
pirrolisina y la selenocisteína, presentes en bacterias. Pueden ser polares o apolares, ya sea con carga o sin carga.
Ésta determina la naturaleza ácida o básica que se estudia a pH fisiológico. (Con carga serán ácidos o básicos, mientras
que los que no tienen carga serán neutros a pH fisiológico.)
- Neutros APOLARES (8), su grupo R no tiene polaridad o sólo contiene enlaces covalentes apolares que lo hacen
muy hidrofóbico. Pueden ser alifáticos o aromáticos. A pH fisiológico no sueltan ni cogen protones. La apolaridad
confiere un ciclado que restringe los giros y limita las estructuras (prolina). Por ejemplo, los grupos del azufre
pueden formar un doble enlace, y los grupos alcohol se fosforilan cambiando la estructura. La cadena R posee
grupos hidrofóbicos que interaccionan con otros grupos hidrofóbicos mediante fuerzas de Van der Waals.
Glicina. El átomo de carbono no es asimétrico y, por tanto, no presenta isomería (ni conf. L o D). Tiene el grupo
R más pequeño (un protón). Este aminoácido a veces aparece como polar (su enlace C-H tiene cierta polaridad,
pero es muy baja).
Alanina
Prolina. Iminoácido (se encierra la cadena en el grupo amino. Es una restricción estructural).
Valina → Leucina → Isoleucina → Fenilalanina → Triptófano. Este último tiene un anillo aromático y su código
no coincide con la inicial como en la mayoría de los casos, sino que es w.
Metionina. Es el primer aminoácido presente en la biosíntesis de proteínas. Tiene azufre, pero es apolar.
- Neutros POLARES, su grupo R contiene enlaces covalentes polares, por lo que, aunque no tienen carga eléctrica
neta, tienen afinidad por el agua (pueden establecer enlaces de hidrógeno con ella).
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▪ La serina junto con la treonina y tirosina, con su grupo -OH (polar), se une al grupo fosfato (receptores de
estructura terciaria de ciertas proteínas. Su grupo SH suele participar en centros activos de enzimas.
▪ Asparagina y Glutamina deben su polaridad al grupo amida, por tanto, no tienen carga a pH fisiológico,
eléctrica negativa neta (COO-). El ácido aspártico y el ácido glutámico son polares con carga negativa, es
decir, que son ácidos (de pk bajos).
▪ Básicos (+), cuando el grupo R lleva un grupo básico (amino), de tal modo que, a pH neutro, tienen carga
B) MODIFICADOS: Además de los 20 aminoácidos estándar, las proteínas pueden contener residuos creados por
modificación de los residuos estándar ya incorporado un polipéptido. Es decir, son aminoácidos transformados una
vez dentro de la proteína, pero no se incorporan como tal a ella. Algunos ejemplos son: 4-hidroprolina, 5-hidroxilisina,
6-N-metil-lisina, Y-carboxiglutamato, demosina, seleniocisteina, ornitina, citrulina, tirosina.
2. NO PROTEINOGÉNICOS: cumplen otras funciones que la de ser el monómero de las cadenas peptídicas).
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Los aminoácidos pueden actuar tanto como ácidos o como bases. Cuando un aminoácido se disuelve en agua se
encuentra en forma de ion dipolar, o zwitterion. Un zwitterion puede actuar como ácido (dando protones) o como
base (aceptando protones).
En condiciones fisiológicas (pH neutro) los grupos amino se encuentran en gran parte protonados y los grupos
carboxilo desprotonados, por lo que están doblemente ionizados. En este punto, la concentración de la especie
protonada y desprotonada es la misma. 15 de los aminoácidos vistos anteriormente (apolares, polares sin carga)
pueden tener 3 especies según el pH en el que se encuentre
Este comportamiento ácido-base tiene una gran importancia estructural y fisiológica. Las sustancias con esta
naturaleza dual son anfóteras y a menudo se denominan anfolitos. Un α-aminoacido sencillo monoaminico y
monocarboxílico, tal como la alanina, es un ácido diprótico cuanto está totalmente protonado (tiene dos grupos el
grupo COOH y el grupo NH3+, que pueden dar protones). La titulación ácido-base implica la adición o eliminación
gradual de protones.
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La gráfica tiene dos etapas distintas, que se corresponden a la desprotonización de dos grupos diferentes de glicina.
Cada una de las etapas se asemeja en su forma a la curva de titulación de un ácido monoprótico tal como el ácido
acético y puede analizarse de la misma manera:
La segunda etapa de titulación corresponde a la eliminación de un protón del grupo –NH3+ de la glicina. El pH en
el punto medio de esta etapa tiene un valor de 9,60, igual al valor del pka del grupo NH3+. La titulación es
prácticamente completa a un pH de aproximadamente 12, donde la forma predominante de la glicina es H2N-CH2-
COO-.
El pka de cualquier grupo funcional se ve fuertemente afectado por su entorno químico, un fenómeno que a veces
es utilizado en los centros activos de las enzimas para promover mecanismo de reacción exquisitamente adaptados
que dependen de los valores modificados de los pka de grupos dadores/aceptores de protones de residuos
específicos. En el caso de la glicina, sus pka de los grupos hidroxilo y amino están desplazados, son menores,
respecto a los valores estándar.
Esta perturbación en la glicina esta causada por:
• En el caso del pka del carboxilo: debido a la repulsión entre el protón saliente y el grupo amino cargado
positivamente cercano al situado en el átomo de carbono . Las cargas opuestas en el zwitterion resultante tienen
un efecto estabilizante.
• En el caso del pka del grupo animo: debido a los átomos de oxígeno electronegativos del grupo carboxilo, que
tienden a atraer electrones hacia ellos, aumentando así la tendencia del grupo amino a ceder un protón.
Este aminoácido tiene dos regiones de capacidad tamponante. Dentro de los márgenes de tamponamiento de la
glicina, se puede utilizar la ecuación de Henderson-Hasselbach para calcular las proporciones de especies dadoras
y aceptoras de protones de la glicina que se requieren para preparar un tampón a un ph determinado.
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Las curvas de valoración de los aminoácidos cuando se introducen en un pH neutro varían de pk dependiendo del
protón del radical que suelten. Existen radicales iguales (COOH) que al perder protones presentan variaciones de
pk distintas debido a que, dependiendo de la geometría de la molécula, esta afecta a su acidez.
Aminoácidos con un grupo disociable en la cadena lateral: son los aminoácidos ácidos (Asp & Glu) y básicos (His,
Lys & Arg). Existe un tercer equilibrio, que viene definido por su valor pK, pKR (R = cadena lateral), y cuatro formas
iónicas o especies posibles en disolución. El orden de desprotonación viene determinado por la fuerza de
disociación de cada uno de los grupos, es decir, por el valor de los pK.
- Ácidos: los grupos funcionales se comportan dependiendo del entorno: los 2 carboxilos no se desprotonan a la
vez. En pH=7 predominará la especie 3 de la tabla, pues el grupo amino aún no ha soltado el protón en ese
punto. El pI será la suma de pK1 y pK2.
- Básicos: primero se suelta el protón del grupo carboxilo, luego suelta el protón el grupo amino del carbono alfa
(como en los ácidos). En pH fisiológico predomina la segunda especie, y el pI será la semisuma de pk2 y pK3.
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En estos casos, el pI se calcula teniendo en cuenta el equilibrio del grupo disociable de la cadena lateral.
*Si nos dan el pI de 2 aas, podemos saber cuál es más ácido o más básico (el de menor valor será más ácido). A pH
de valores superiores habrá más cargas positivas.
*RESUMEN
Hay que saber qué carga tiene un aminoácido a pH fisiológico. Hay 15 que no tendrán y otros 5 que si, siendo 3
básicos (con carga positiva: lys, his, arg) y 2 ácidos (carga negativa: asp, glu). La carga del aminoácido estará
determinada por su grupo radical, por el grupo amino y por el carboxilo.
Pueden preguntarnos la carga en pH que no sean fisiológicos:
- pH>pK1: el grupo carboxilo está cargado negativamente y el amino tiene carga +, la carga del aminoácido es 0
- pH<pK1: el grupo amino es + y el carboxilo está protonado, la carga del aminoácido es positiva.
En el caso de los aminoácidos ácidos y básicos, si el pH:
- No llega a pK1, el aa ácido tendrá carga positiva, el básico +2.
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- Está entre pK1 y pk2, la carga del ácido será neutra, la del básico +.
- Está entre pK2 y pK3, el ácido tendrá una carga negativa, el básico neutra.
- Es mayor que pK3, tendrá carga -2, el básico -.
El pK de los grupos carboxilos suele estar entre 2 y 4; el de los grupos aminos, en 9. Algunos varían un poco, por
ejemplo, la histidina tiene un pK de 7 y otros de hasta 10. Por ello, no hace falta que nos den pK.
Ejemplo para entender la idea de afinidad: tengo un disolvente compuesto de agua y tolueno. Si introduzco aceite,
este irá al tolueno porque tiene más afinidad por él. Si introduzco alcohol, pate se disolverá en el agua (+) y parte
en el tolueno (-)
CROMATOGRAFÍA DE PAPEL
La cromatografía en papel consiste en la distribución de una sustancia o partícula en dos fases: una fase móvil,
que es una capa de solvente orgánico que asciende por capilaridad sobre el papel (celulosa), que es la fase
estacionaria. Las moléculas tendrán más afinidad por una o por otra en función de su constante de reparto, de
forma que la cromatografía de papel permite la separación de estos aminoácidos (las moléculas se pueden ir todas
a una de las fases o incluso a las dos en distinta proporción).
capilaridad, estos se van distribuyendo entre la fase que fluye y la estacionaria acuosa (ligada a las fibras de papel)
según la polaridad de los aminoácidos (los apolares salen antes).
Antes de que la fase móvil llegue al frente (arriba del todo) se saca el papel. Los aminoácidos se colorean con
reactivos, y al sacar el papel (fase estacionaria) se puede observar el patrón que han seguido (en qué momento se
quedaron en el papel), y conocer así su polaridad.
Esta cromatografía es de papel ascendente. Aunque también existe de papel descendente, cuyo procedimiento es
el mismo, pero los aminoácidos además de avanzar por capilaridad están ayudados por la gravedad.
Se distribuye la sustancia que se quiere tamponar (un absorbente) sobre sobre una placa fina (monocapa) de sílice,
vidrio o aluminio (fase estacionaria). Entonces, la placa se introduce en una cubeta cerrada que contiene algún
disolvente (fase móvil). A medida que el disolvente asciende por capilaridad se produce la separación de la
muestra. Este proceso se basa en la separación de diferentes especies de ácidos o bases según su punto
isoeléctrico. De esta forma, las sustancias pasan por la fase movible, y cuando se acercan por la parte de la fase
estacionaria que mejor se adapta a su punto isoeléctrico, se posan sobre ella.
*El disolvente lo puedo llevar a pH más básicos o ácidos. Si, por ejemplo, se da el último caso, hago que algunos
ácidos se queden sin carga y sean apolares.
CROMATOGRAFÍA EN COLUMNA
Columnas de intercambio iónico. Se introduce en una columna un material sólido poroso de propiedades químicas
adecuadas (fase estacionaria, que contiene una resina con carga eléctrica) y se hace pasar una solución tamponada
(fase móvil, que se adhiere a la fase estacionaria en función de la carga eléctrica) o del pH que queramos
(normalmente, fisiológico). La solución que contiene proteínas se va filtrando y los aminoácidos se van quedando
a diferentes niveles según su peso, carga…
Hay dos tipos: resinas de intercambio catiónico (cargadas -, retienen cationes) y de intercambio aniónico
(cargadas +, retienen aniones). Hay distintos aminoácidos en una disolución y van saliendo de ella según su carga,
y la de la resina (que está cargada negativa o positivamente) antes o después.
ELECTROFORESIS
Consiste en la separación de moléculas con carga gracias a la acción de un campo electromagnético. Se introduce
un papel con la muestra (fase estacionaria) entre dos cuencos con cargas eléctricas de signo contrario (electrodos),
las moléculas cargadas positivamente se desplazarán hacia el cátodo (el polo negativo) y aquellas cargadas
positivamente se desplazarán hacia el ánodo (el polo positivo).
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TEMA 4: PÉPTIDOS
Los péptidos son cadenas lineales de aminoácidos que se forman por la de estos monómeros mediante enlaces
peptídicos, entre el extremo carboxilo (COOH) de un aminoácido y el extremo amino (NH2) del siguiente, con la
liberación de una molécula de agua. Su formación se trata por tanto de una reacción de condensación.
Las unidades de aminoácidos de una cadena peptídica se nombran frecuentemente residuos. Debido al enlace
peptídico siempre queda un extremo N-terminal (amino-terminal) y otro C-terminal (carboxilo-terminal) en toda
cadena peptídica, solemos empezar a nombra y fórmula por el extremo N-terminal (izquierda -> derecha).
Se habla de dipéptidos, tripéptidos…en función del número de aminoácidos que los forman. Los péptidos se nombran
desde el extremo alfa amino al alfa carboxilo (extremo terminar amino a extremo terminal carboxilo) llamando cada
aminoácido como sustituyente del aminoácido que presenta el carboxilo alfa libre. Es decir, el último es el único que
tiene el nombre completo, el resto tendrán la terminación -il. Ejemplo: NH3-Ala-Cys-Gly-COOH = Alanil-cisteinilglicina.
OJO: glutaminil = glutamina, glutamil = ác. glutámico.
El enlace peptídico
Los péptidos se forman por uniones covalentes de aminoácidos mediante la formación de
enlaces peptídicos. Este enlace se forma por la unión del extremo amino terminal del
primer aminoácido y el extremo carboxilo terminal del segundo, con la liberación de una
molécula de agua.
El enlace peptídico tiene carácter parcial de doble enlace, que se puede explicar por dos
motivos:
- Debido a las estructuras o formas resonantes, que permiten la formación de un doble
enlace entre C-N que no es del todo estable. Existe cierta proporción de cada forma
resonante, es decir, no hay la misma cantidad de formas resonantes (40%-60%).
- Solapamiento pi de los orbitales p, que da lugar a electrones deslocalizados a lo largo del eje. Existe una
hibridación sp2 en la molécula (estructura triangular plana), en la cual el N se enlaza con los átomos por medio de
3 orbitales sp2 y le queda un orbital con 2e-, mientras que el C y el O presentan 3 orbitales sp2 y un orbital con un
electrón, cada uno. Estos orbitales p con e- de no enlace son los que se solapan.
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El carácter parcial de doble enlace impone ciertas restricciones en el plegamiento de la proteína y condiciona las
posturas que puede adoptar, así, aunque los péptidos son estructuras flexibles capaces de efectuar rotaciones
alrededor de los enlaces N-C* (Φ) y C-C* (Ψ) no pueden, sin embargo, efectuar torsiones alrededor de los enlaces
peptídicos. Es decir, hay libertad de giro en todos los enlaces menos en el enlace peptídico, por las causas mencionadas
anteriormente.
Se encuentren en un mismo plano, por lo que el esqueleto de cada cadena polipeptídica se asemeja más a una sucesión
de placas planas articuladas.
COMPORTAMIENTO ÁCIDO-BASE
La carga neta de los péptidos depende del pH en el que se encuentre. El amino terminal tiene una carga positiva, pero
el carboxilo terminal tiene una carga negativa. Por lo que, a pH fisiológico, la carga del péptido dependerá de las cargas
de las cadenas laterales de sus aminoácidos.
Una vez que llega al punto isoeléctrico al aumentar el pH, la carga neta es
0, pues los grupos carboxilos van soltando protones y se va compensando
la carga del grupo amino. Si seguimos aumentando el pH comenzará a haber más cargas negativas. De esta manera, a
la izquierda del punto isoeléctrico el péptido es ácido, y a la derecha básico.
Cuanta más tendencia a soltar los protones, el punto isoeléctrico será más bajo (menor de 7), y por lo tanto es un
péptido ácido. Si le cuesta soltar los protones, el punto isoeléctrico será más alto y, por tanto, su punto isoeléctrico es
más básico. Si un péptido tiene el punto isoeléctrico bajo, a pH fisiológico es ácido, y si es alto será básico.
* Punto isoeléctrico: el pI del péptido es igual a la carga neta siendo esta cero: Nº cargas + = Nº cargas -. Dependerá
de la cantidad de aas básicos o ácidos y determinará la carga neta del péptido: si el pI es menor que el pH, el péptido
tendrá carga negativa; mientras que, si es mayor, el péptido tendrá carga +. (a pH menor que el pI siempre va a estar
cargado +: el COOH está protonado y el NH3 tienen carga +)
En cualquier pH, la carga del péptido va a depender del grupo R, de sus aa y de sus grupos amino y carboxilo terminales.
EJERCICIOS
- Si tenemos 2 péptidos, uno con pI = 3 y otro con pI = 6, en un medio con pH = 5 la carga del primero será negativa
y la del segundo positiva. (mirar gráfica de arriba).
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CROMATOGRAFÍA
El comportamiento ácido-base de los péptidos y su polaridad permite utilizar técnicas de cromatografía para separar
distintas especies. En función de la carga de los péptidos, éstos necesitarán una mayor o menor concentración del
tampón. Una vez realizada la separación, para separar los péptidos del tampón se utiliza una solución de cloruro
sódico.
Se pueden utilizar varias técnicas, como la cromatografía de papel, la de capa fina, columnas o incluso la electroforesis,
aunque la que vamos a ver es la cromatografía por columna de intercambio iónico:
Ej: Teniendo dos péptidos de pI 3 y 6 los pasamos a pH=7 por una columna de intercambio catiónico. Como tienen carga
negativa, no se quedan pegados en la columna, pero si fuera aniónica si que se pegarían. Una vez pegados, para
sacarlos de la columna es necesario aumentar la concentración de NaCl, pues el cloro compite con los aas. Tras esto,
saldría primero el péptido de pI=6, pues tiene menos carga – y, por tanto, se pega menos.
Con los dos péptidos anteriores, los introducimos a pH=5 en una columna catiónica: se pegaría solo el que tiene el pI=6
porque tiene carga positiva.
*Alanil-glicil-aspartil-valina: tendría carga neta -, por tanto, en una columna aniónica a pH=7 se quedaría pegado.
*Glutamil-cisteinil-lisil-alanina: carga neta 0 (a pH=7).
*Valin-cisteinil-histidin-lisina: carga neta +2. Es polar.
*Alanil-valin-glicina: predominaría la apolaridad, pues los aas que lo componen son muy poco polares.
Un péptido será polar, normalmente, cuando la mayoría de sus aminoácidos sean polares. En ocasiones, cuando el
péptido es muy largo y en los extremos hay algún aa polar, pueden crearse zonas polares y zonas apolares dentro de
la misma proteína.
*2 péptidos con diferentes pI, en un pH determinado, pasan por una columna de intercambio iónico. ¿Cuál se queda
retenido y cual sale? Dependerá de la carga del péptido al pH en el que esté la columna y del tipo de resina que se
utilice, porque si es catiónica se queda el péptido de carga positiva, si es aniónica el de carga negativa.
*Pregunta examen: ¿Cuándo un aminoácido es más ácido o más básico? ¿A qué pH? Lo mismo con péptidos
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Este tipo de estructura de las proteínas está determinada por la secuencia de aminoácidos de la cadena proteica, es
decir, por el número de aminoácidos presentes y por el orden en que están enlazados por medio de enlaces peptídicos.
Las cadenas laterales de los aminoácidos se extienden a partir de una cadena principal. Por convención, (coincidiendo
con el sentido de síntesis natural en RER) el orden de escritura es siempre desde el grupo amino-terminal hasta el
carboxilo terminal.
La conformación espacial de la estructura secundaria (patrón de plegamiento por segmentos, suele ser con puentes
de hidrógeno) y terciaria (plegamiento global de la cadena polipeptídica, no solo a un segmento. Esto lo mantienen
todo tipo de fuerzas electroestáticas) de una proteína está determinada por la estructura primaria. La asociación de
varias cadenas polipeptídicas origina un nivel superior de organización, la llamada estructura cuaternaria (estas
interacciones entre péptidos se suelen dar con enlaces no covalentes o puentes disulfuro). También existe una
estructura quinaria.
Los aminoácidos surgen por la repetición de 20 aminoácidos, tomados de n en n, de tal manera, una proteína con n
aminoácidos puede ser escrita de 20n (proteína de n=100 aminoácidos: 20100 aminoácidos).
Las proteínas, como podemos observar, tienen casi infinitas combinaciones de aminoácidos, pero cada tendrá una
estructura primaria concreta que determinará el resto y, por tanto, la estructura final de la proteína.
Primero observamos cuántas cadenas tiene la proteína y luego se compara la secuencia de la o las cadenas con otras
para encontrar similitudes.
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1. FRAGMENTACIÓN DE PROTEÍNAS
Este método consiste en cortar las proteínas, previamente purificadas, por unos lugares concretos, es decir, los cortes
no se producen al azar, para aplicar métodos se secuenciación en
trozos que no sean tan grandes. Se usan métodos enzimáticos
(utilizando proteasas), o métodos químicos. Ej: Si hay 3 trozos, hay 2
puntos de corte, por lo que sabré los extremos de los trozos y podré
secuenciarlos.
- Quimiotripsina: corta enlaces siempre que el aminoácido
anterior sea aromático (Phe, Tyr, Trp).
- Tripsina: rompe en Arg y Lys (aminoácidos básicos).
- Bromuro de cianógeno: corta siempre que haya Met.
- Iodosobenzoico: rompe siempre que haya Trp.
- SVB: corta siempre que hay Glu.
Se utilizan compuestos capaces de reaccionar con el grupo amino, como el cloruro de dabsilo, cloruro de dansilo o
dinitrofenol.
El primer paso es permitir la unión de la molécula de cloruro con el péptido (reacción). Posteriormente tiene lugar una
hidrólisis cuyo resultado es por un lado el aminoácido N-terminal unido a la molécula de cloruro de dabsilo, y por
otro, el resto de los aminoácidos. Finalmente, tras localizar la molécula de cloruro unido al aminoácido, ambos
componentes son separados. Problema: hago la reacción y luego la hidrólisis, así que pierde casi toda la proteína.
En este proceso participa la carboxipeptidasa, que elimina los residuos del péptido empezando por el carboxilo-
terminal.
La enzima carboxipeptidasa ataca de modo específico al enlace peptídico –COOH terminal de los péptidos. Tras
eliminar el resto terminal, ataca al nuevo enlace peptídico C-terminal. Resulta, por tanto, necesario medir la velocidad
de liberación de los aminoácidos del péptido con el fin de identificar los restos C-terminales de modo inequívoco. Es
decir, paramos la reacción en tiempos cortos para que no ataque a toda la proteína.
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La hidrazina arranca el aminoácido del C-terminal del péptido. Realiza una reacción de sustitución, liberando el
aminoácido C-terminal, y a partir del segundo aminoácido se liberan como derivados de la hidrazina.
4. DEGRADACIÓN DE EDMAN
Este proceso se repite secuencialmente para separar el segundo, el tercer aminoácido… conociendo de esta manera
la secuencia de aminoácidos. Sin embargo, es necesario segmentar la cadena polipeptídica en cadenas más pequeñas
porque a partir del 15ª aminoácido, hay falsos positivos (cuando el número de ciclos, la fiabilidad es menor). Por ello
es necesario hacer fragmentos.
Hoy en día existen aparatos tan eficientes que son capaces de conocer la secuenciación de una centena de
aminoácidos. En general, se suelen fragmentar las cadenas por diferentes puntos conocidos, y posteriormente se
realiza la degradación de Edman en cada uno de ellos. De esta manera, y superponiendo correctamente las diferentes
cadenas, los investigadores han sido capaces de encontrar la estructura completa de muchas proteínas (se disminuyen
los ciclos, y así se aumenta la fiabilidad)
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Para determinar el número de cadenas que tiene una proteína es necesaria la ruptura y bloqueo de los puentes
disulfuro, ya que son los que unen varias cadenas peptídicas. Es decir, para saber cuántas cadenas tiene una proteína,
hay que separarlas (una proteína puede estar unida por varios péptidos). Para la reducción de dichos puentes se utiliza
ácido perfórmico (romperá siempre el puente disulfuro) o β-mercaptoetanol (los rompe y los reduce, oxidándose
él). Una vez roto y para el bloqueo de los grupos sulfhídricos, para evitar que se vuelvan a formar los puentes disulfuro,
yodoacetato, que se une al residuo de la cisteína covalentemente.
Una vez que hemos reducido los puentes de disulfuro a grupos sulfhídricos, es necesario su bloqueo, ya que el grupo
sulfhídrico de la cisteína es inestable y tiende a oxidarse.
El número de cadenas se deduce habitualmente del número de restos de aminoácidos N-terminales por molécula de
proteína. Si las cadenas polipeptídicas se hallan unidas transversalmente por enlaces covalentes, éstos deben
romperse mediante reacciones químicas apropiadas.
Ejercicios examen: cuando se introducen los péptidos en una solución con β-mercaptoetanol (con SDS), se rompen
tanto los enlaces disulfuro (enlaces covalentes) que se producen entre las cadenas, como los enlaces hidrofóbicos,
mientras que en una solución SIN β-mercaptoetanol, pero con SDS, únicamente se rompen los enlaces hidrofóbicos
(no covalentes).
ALINEAMIENTO DE SECUENCIAS
Una vez determinada la secuencia de aminoácidos de una proteína, el número de cadenas que poseen las secuencias
se puede alinear y comparar unas con otras.
De este modo podemos establecer semejanzas entre proteínas, sean éstas de un mismo o distinto origen (animales-
humanos). Así se podrá conocer la evolución molecular de las proteínas (cómo a partir de un mismo origen se han
diversificado), la taxonomía (comparar las secuencias de las especies) y profundizar en investigación, para poder llegar
a predecir estructuras.
La homología consiste en una similitud significativa en la secuencia de nucleótidos o aminoácidos. Se detecta mediante
el análisis estadístico de secuencias. Se pueden comparar secuencias de nucleótidos o de aminoácidos, aunque las de
aminoácidos suelen dar más información estructural y funcional debido a que el código genético es degenerado
(comparaciones de 20 elementos vs 4).
Algunos restos de aminoácidos situados en posiciones específicas de las proteínas homólogas son relativamente
invariantes (idénticos en todas las especies), aunque las proteínas homólogas contienen también restos variables (la
mayoría son así; los cuales varían mucho más ampliamente de una especie a otra). Un ejemplo son las insulinas de
muchas especies de vertebrados: poseen la misma actividad hormonal específica, y tienen un mismo peso molecular.
La cadena A de las insulinas del ser humano, del cerdo, del perro y del conejo son idénticas.
La semejanza de secuencia sugiere la existencia de uno mismo origen evolutivo, y en muchas ocasiones semejanzas
en la estructura tridimensional de la proteína. Hay dos tipos de homólogos:
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- Los PARÁLOGOS son homólogos presentes en una misma especie, generalmente con diferencias en su función.
Ribonucleasa y angiogenina (estructuras similares).
- Los ORTÓLOGOS son homólogos presentes en especies diferentes, generalmente con funciones muy similares. Ej:
ribonucleasa humana o de vaca: enzimas digestivas. Sirve para comprobar si las funciones están codificadas por
los mismos códigos.
Para la comparación de secuencias se utilizan los alineamientos. El análisis de homología se realiza yuxtaponiendo las
secuencias de todas las maneras posibles. Esto se puede lograr simplemente por desplazamiento de una sobre otra.
En ocasiones, la inserción de huecos (que reflejaría inserciones o deleciones de nucleótidos) en la secuencia permite
aumentar la homología (coincidencia), pues en la evolución se van inserciones y deleciones. Esto aumenta la
complejidad del análisis, pero la informática ha ayudado a resolver estos problemas.
Por ejemplo, se ha visto que la mioglobina, la hemoglobina-a y la hemoglobina-β tienen un ancestro común y una
estructura tridimensional muy parecida, una proteína que está en la raíz de las legumbres, que se encarga de unir el
oxígeno para eliminarlo del medio y así fijar el nitrógeno. Y todas las proteínas anteriores actúan conjuntamente con
el oxígeno.
Se ha observado que la hemoglobina tiene 141 aminoácidos y la mioglobina 153 (primera en ser descrita). La
comparación del alineamiento sin la inserción de huecos dio 22 (o 23) residuos emparejados, y si insertamos un solo
hueco, los emparejamientos aumentaron a 38, un 25’9% de los totales está conservado (el grado de homología es
muy grande).
Para evitar un uso excesivo de huecos y optimizar los resultados, existen sistemas de calificación de cada alineación
que puntúan positivamente las coincidencias, y negativamente la introducción de huecos (+10 y -25
respectivamente). De esta manera, introduciendo un hueco se obtiene una puntuación de 355.
Los estudios de alineamientos sirven para valorar la probabilidad de que las coincidencias se den por azar, las
secuencias se reordenen de todas las formas posibles y se vuelvan a alinear. Cuando se representa la calificación de
cada una de estas secuencias con el número de coincidencias se aprecia el significado del alineamiento. Es decir, a
mayor puntuación mayor similitud entre dos secuencias. Refinamiento en el análisis de los estudios de alineación.
Una vez tengo las puntuaciones de cada alineamiento, las puedo organizar viendo cuál es la mayor con diferencia, la
más alta, se considera la correcta.
Con el tiempo se va refinando el análisis de los estudios de alineación, gracias a matrices de sustitución empleando
sustituciones conservadoras o bien no conservadoras; y teniendo consideraciones sobre la estructura tridimensional
y la función de la proteína. Además de fijarnos en las coincidencias, podemos observar qué aminoácidos de los que no
coinciden son similares o no, si estos aminoácidos tienen cambios conservadores o no. Nos da información de si tienen
el mismo origen evolutivo o si se parecen las proteínas.
Bioquímica y Biología Molecular
Bloque II - Proteínas
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La matriz de sustitución Blosum-62 es un esquema calificador, que analiza las sustituciones que se dan en bloques de
secuencias entre proteínas con homología y calcula las puntuaciones:
- Si en una proteína mutamos un aminoácido como el glutámico (polar) por otro como la isoleucina (apolar) estamos
realizando un cambio que tiene una alta probabilidad de afectar a la conformación espacial y la función biológica
de la proteína. Hablamos de CAMBIO NO CONSERVATIVO
- Por el contrario, si cambiamos el ácido glutámico (polar +) por ácido aspártico (polar +), la probabilidad de que
haya un cambio en la proteína es mínima. Hablamos de sustitución CONSERVATIVA. Otro ejemplo sería el cambio
de un aminoácido apolar por otro polar débil muy pequeño, que apenas generaría cambio.
Se asocia una puntuación positiva a los cambios conservadores, y negativa a las sustituciones no conservadoras
(cambios drásticos). Con este método se mejora la puntuación del alineamiento, se aumenta el número de
coincidencias.
Hay bancos de datos para el análisis de secuencias, en el que hay secuencias de proteínas, de aminoácidos, de
nucleótidos. La página web del Centro Nacional de Información en Biotecnología es www.ncbi.nih.gov
También gracias a esto se puede rastrear la evolución de familias de proteínas, y como divergen para dar lugar a
nuevas proteínas, incluso con funciones distintas, como ocurre en el caso de la mioglobina y hemoglobinas.
Otras metodologías utilizadas para el estudio de proteínas son la espectroscopia, fluorescencia, dicroísmo circular,
RMN, rayos X y espectometría de masas.
Bioquímica y Biología Molecular
Bloque II - Proteínas
ESTRUCTURAS SECUNDARIAS
*Linus Pauling y Robert Corey, 1951. Premio Nobel por el descubrimiento de las hibridaciones y de las estructuras
secundarias de las proteínas.
La estructura secundaria es un patrón de plegamiento que podemos encontrar en una proteína, en una o varias zonas
localizadas de la misma, de manera que NO hace referencia al plegamiento global. Esta estructura surge debido a que
no todos los valores de rotación fi y psi son posibles, dependen del grupo R de cada aminoácido. Dependiendo del
ángulo que adopten, dará lugar a una conformación u otra.
1. ESTRUCTURA EN α-HÉLICE
La sucesión de placas planas definida por la estructura primaria se enrolla sobre sí misma,
y origina una hélice que se estabiliza por puentes de hidrógeno intercatenarios/
intersegmentarios formados entre los grupos CO (oxígeno) y NH (protón).
La α hélice se basa en una hélice dextrógira, que puede poseer diferente magnitud de
radio; según sea el número de aminoácidos que existen en cada vuelta. Generalmente se
sitúan 3’6 aminoácidos (residuos) de promedio por vuelta (periodo) y los puentes de
hidrógeno, que se encuentran paralelos al eje, se originan entre un aminoácido y otro
que se encuentra a 13 unidades del primero. Los puentes de hidrógeno se establecen de
forma intracatenaria (en el mismo segmento, son intrasegmentarios), entre un
aminoácido y el cuarto que le sigue en la cadena peptídica.
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Bloque II - Proteínas
Los grupos R se orientan hacia el exterior de la hélice, perpendiculares al eje. Se puede saber la polaridad de estos
grupos por la orientación de los mismos según el
medio en el que se encuentren (polar o apolar).
Los polares suelen orientarse hacia el mismo
lateral, y los apolares hacia el contario.
También existen estructuras en hélice con enlaces con distancias de 7, 10 o 16 unidades; conteniendo un número
diferente de aminoácidos por vuelta. En el caso de la α -hélice se denomina 3’6, 13. Otras estructuras son 3, 10 (3
aminoácidos por vuelta, y además el número de átomos que han entre los bucles que forman los puentes de hidrógeno
son 10) y la hélice π 4’4, 16 (mucho más ancha. 4’4 aminoácidos por vuelta, y 16 residuos entre cada puente de
hidrógeno).
Las estructuras en hélice se suelen
representar con una hélice enrollada o
cilindros.
2. ESTRUCTURA EN ß-PLEGADA
Es una estructura en la que los aminoácidos se encuentran alineados frontalmente, pero si observamos desde un
lateral podemos comprobar que existe cierto ángulo entre cada uno de ellos. Así, contiene los enlaces peptídicos en
planos localizados en una hoja plegada en zig-zag, no pueden girar. Los puentes de hidrógeno en este caso se realizan
entre cadenas diferentes (entre un segmento u otro, entre el oxígeno y el protón), intersegmentarios, pudiendo ser
paralelos o antiparalelos. Los radicales se colocan hacia el exterior, pudiéndose orientar hacia arriba o hacia abajo en
cada segmento. Cuanto más se acerque el ángulo entre átomos donde interviene el puente de hidrógeno a 180º, más
fuerte será el enlace.
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Bioquímica y Biología Molecular
Bloque II - Proteínas
- Segmentos paralelos, donde los puentes de hidrógeno NO son estrictamente perpendiculares a la dirección de los
segmentos, sino que convergen o divergen (dos segmentos empiezan por C y acaban por N; o al revés). Los C-
terminales están en la misma dirección, al igual que los N- terminales.
- Segmentos antiparalelos, donde los puentes de hidrógeno son casi paralelos entre sí, alineados con los ejes de
los enlaces y perpendiculares a los dos segmentos (uno empieza C y acaba N y otro al revés). Éstos últimos son
más fuertes y estables.
3. COLÁGENO
Son conformaciones secundarias presentes en aquellas regiones de la cadena peptídica que se ven obligadas a
cambiar bruscamente de dirección para poder conseguir otras estructuras.
Con frecuencia se encuentran en las regiones que se conectan los extremos de dos segmentos adyacentes y
antiparalelos de una hoja plegada. En esas zonas no hay una conformación determinada, estas disposiciones se
permiten cuando hay aminoácidos pequeños que permitan el giro. Existen dos posibilidades de giro:
- En la estructura de giro en U intervienen cuatro aminoácidos (α1 α2 α3 α4). La estructura se mantiene por puentes
de hidrógeno entre el primer y el cuarto aminoácido (alfa-hélice): oxígeno del 1º y oxígeno carbonílico del 4º.
Cuando se produce el giro en U, que puede ser prácticamente de 180º, queda un aminoácido en medio que puede
dejar su O hacia fuera del papel y su H hacia dentro o al revés (ver última foto).
- No todos los aminoácidos son propensos a favorecer las estructuras en giro, como ocurre en el caso de los
aminoácidos voluminosos (grupo R grandes). También ocurre en el caso de la prolina. Este aminoácido forma una
estructura secundaria en la que se produce un giro entre el oxígeno y el protón en el que intervienen únicamente
tres aminoácidos. Por tanto, la presencia de la prolina hace imposible la estructura de la alfa hélice.
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Bloque II - Proteínas
ESTRUCTURAS SUPERSECUNDARIAS
Estas estructuras pueden ser relativamente simples, como alfa-alfa (dos hélices
alfa unidas por una asa), BetaBeta (dos Beta-hebras unidas por una asa), Beta-
alfa-Beta (Beta-hebra unida por un asa a una alfa-hélice que esta a su vez unida
a otra Beta-hebra plegada por otro lazo) o estructuras más complejas, como el
motivo llamado de “Llave Griega” (“Greek key”), o el Barril Beta: forma de barril
con una ligera torsión (“beta-barrel”).
Es muy interesante que estas estructuras repetitivas pueden diferir mucho en su estructura primaria y, además,
pueden estar presentes en proteínas muy diferentes. Algunas proteínas no tienen estructuras supersecundarias.
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Bloque II – Proteínas
La estructura terciaria de las proteínas está definida por dominios estructurales que son partes de una cadena
polipeptídica que es estable de manera independiente y que puede moverse como una entidad única con respecto al
resto de la proteína. Una proteína puede estar formada por más de un dominio, permaneciendo unidos mediante
segmentos polipeptídicos. Con frecuencia, los dominios tienen una función específica, como la unión de una molécula
concreta (como ocurre en el caso de las inmunoglobulinas).
Algunas proteínas están constituidas por dos o más cadenas polipeptídicas o subunidades, que pueden ser idénticas
o diferentes. La disposición de estas subunidades proteicas en complejos tridimensionales es la estructura
cuaternaria.
Al considerar estos niveles superiores de estructura, es de utilidad clasificar las proteínas en dos grupos principales:
proteínas fibrosas, que presentan cadenas polipeptídicas dispuestas en largas hebras u hojas, con estructura terciaria
poco desarrollada y funciones estructurales, y proteínas globulares con las cadenas polipeptídicas plegadas en formas
globulares o esféricas.
PROTEÍNAS FIBROSAS
Las proteínas fibrosas son un tipo de proteínas cuya estructura terciaria está muy poco desarrollada (las cadenas
laterales de los aminoácidos apenas influyen). Su principal función es estructural, por sus características mecánicas
(muy resistentes y poco reactivas). La mayoría de los aminoácidos que componen este tipo de proteínas son apolares,
y con radicales relativamente cortos. La consecuencia de ello es que las cadenas pueden mantenerse muy juntas sin
reaccionar con otros elementos, lo que favorece su función estructural. Hay diversos tipos de proteínas fibrosas.
1. QUERATINA
Las queratinas son proteínas con una gran resistencia mecánica y son poco reactivas desde el punto de vista químico.
Sus cadenas son de aproximadamente de 300 aminoácidos, con estructura en α-hélice. Son insolubles en agua y
estables. Constituyen el principal componente de la capa córnea, de la epidermis y de los filamentos intermedios de
las células de la piel, de las plumas, de la piel (matriz). En los mamíferos encontramos más de 30 genes que codifican
para la queratina. Hay dos tipos:
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Bloque II – Proteínas
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Bloque II – Proteínas
2. ELASTINA
La elastina es una proteína que se encuentra en el tejido conjuntivo, muy abundante en ligamentos sometidos a
tensión (en el pulmón, en la piel, en los vasos sanguíneos…) y especialmente común en los seres humanos. Está
formado por cadenas peptídicas, cuya estructura secundaria está organizada al azar (más o menos plegadas o
estiradas), lo que permite que sea elástica, ya que tienen la suficiente libertad para que al estirarlas cambien de
conformación. Están unidas por enlaces covalentes a través de residuos de lisina modificados similares a los del
colágeno. Sus principales aminoácidos son: alanina, glicina, lisina y prolina. Tiene poca estructura terciaria, no llega a
formar un ovillo, sino que es algo que está un poco estirado o encogido, pero el efecto se multiplica por estar unidos
tantos entre sí, formando macroestructuras.
3. COLÁGENO
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El colágeno presenta una alternancia de bandas en su estructura, como se puede observar en la foto:
El colágeno sufre dos tipos de MODIFICACIONES post-traduccionales en su biosíntesis por parte de la célula:
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Bloque II – Proteínas
La deficiencia en vitamina c impide que se formen los enlaces de entrecruzamiento, con la consecuente
susceptibilidad a la degradación y debilidad mecánica de los tejidos. Genera enfermedad del escorbuto: encías
dañadas, daño vascular y en la piel, se pierden los dientes, muerte.
*La ingesta de las semillas del poroto dulce o almortas provoca una
enfermedad denominada Latrismo, que cursa con anomalías óseas y de
los vasos. Esto se debe a la inactivación de la lisil oxidasa por el β
aminopropionitrilo, presente en dichas semillas (gachas). La lisil oxidasa
tiene la función de modificar la lisina para que convierta su grupo amino
en grupo aldehído y pase a ser alilisina (con grupo carbonilo). Estas
moléculas se unen entre sí por enlace covalente (crosslink). Se consigue
mayor resistencia (parecido a la elastina).
TRANSFORMACIONES POSTRADUCCIONALES.
Existen ENFERMEDADES GENÉTICAS del colágeno y relacionadas con el colágeno (la alteración no está en la proteína
del colágeno, pero la afecta):
• Síndrome de Ehlers-Danlos (SED): conjunto de enfermedades hereditarias que afectan al tejido conjuntivo (hiper-
laxitud articular, hiper-extensibilidad de la piel, fragilidad de los tejidos). Sale el hueso del tejido articular. Se debe
a alteraciones genéticas de las cadenas de colágeno (cantidad). Además, hay elastina.
• Cutis laxo: enfermedad congénita que se caracteriza por la hiper-laxitud en la piel, debido a un fallo en la enzima
lisil-oxidasa. También es considerada como una variedad de SED.
• Osteogénesis imperfecta: enfermedad de los huesos de cristal. Existen varios grados de esta enfermedad
(dependiendo de la mutación en el colágeno). También está causada por alteraciones génicas del colágeno (ej.
mutaciones en el colágeno tipo I).
• Síndrome de Marfan: fragilidad en las arterias, caracterizado por poseer piernas y brazos muy largos. Enfermedad
congénita que afecta al tejido conjuntivo y que puede cursar con un aumento inusual de la longitud de los
miembros, rotura de paredes arteriales por dilatación anómala o formación de aneurismas. Se debe a una
alteración del gen que codifica la fibrina 1 (FBN1), proteína implicada en la formación de las fibras elásticas del
tejido conectivo. Existen diversas mutaciones del mismo gen (variaciones alélicas), con distinta gravedad y
pronóstico. Ejemplos: Lincon, Phelps.
Su estructura está constituida por tres cadenas polipeptídicas en hélice levógira (protocolágeno) súper enrolladas de
forma dextrógira (esta estructura triple se llama tropocolágeno). Se mantiene gracias a los puentes de hidrógeno
intercaternarios, unen unas cadenas con otras para mantener la esturtura. Uno de cada 3 aminoácidos que forman
las cadenas polipeptídicas es GLICINA (el más pequeño, cuyo grupo R solo está formando por un hidrógeno), en la que
el grupo R queda orientado hacia el interior. También están muy
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Bloque II – Proteínas
Estos residuos no estándares se forman después de que los polipéptidos de colágeno se sinteticen. por ejemplo, los
residuos de Pro se convierten en Hyp en una reacción catalizada por la enzima polil-hidroxilassa. Esta enzima requiere
ácido ascórbico (vitamina C) para mantener su actividad. La enfermedad denominada escorbuto resulta de la
deficiencia dietética de vitamina C y se caracteriza por el empobrecimiento de la sangre, manchas lívidas, ulceraciones
en las encías y hemorragias.
La presencia de prolina determina un tipo distinto de ordenación helicoidal, ya que la estructura aromática de su
cadena lateral le impide la formación de puentes de hidrógeno con otros aminoácidos. Por tanto, en vez de originarse
una alfa-hélice el polipéptido de colágeno asume una conformación helicoidal levógira con alrededor de 3 aa por giro.
Tres cadenas paralelas se enrollan entre sí (protocolágeno) con un giro suave, levógiro, similar al de una cuerda, para
formar la estructura de triple hélice dextrógira (tropocolágeno). Como los H de las cadenas R’ de los residuos de glicina
quedan orientados hacia el eje central de la triple hélice, estos forman puentes de H con los O de los grupos carbonilos
de los residuos de Pro e Hyp. Esto explica la extraordinaria resistencia de los tejidos cuyas matrices son ricas en
colágeno.
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ESTRUCTURA TERCIARA
Las proteínas globulares se caracterizan por poseer una estructura terciaria muy desarrollada, con múltiples
plegamientos tridimensionales de la cadena polipeptídica. Las funciones de estas proteínas son muy variadas:
estructurales (actina, miosina), de señalización (hormonas y receptores, canales),
reconocimiento y adhesión, enzimática o de transporte.
Dentro de una proteína globular se pueden apreciar distintos tipos de estructuras secundarias y superestructuras
secundarias, además de dominios, y puede haber más de un tipo o combinaciones. Esto hace que haya una gran
variedad estructural intramolecular de estas proteínas.
Los DOMINIOS son regiones globulares compactas de entre 30 y 400 residuos de las proteínas, que aparecen en su
plegamiento tridimensional. Pueden considerarse como elementos estructurales y funcionales discretos (centros de
unión, reconocimiento, catalíticos…) y se pueden comportar como unidades de plegamiento y desnaturalización.
Pueden existir varios dominios dentro de una proteína, pero que desempeñen funciones distintas dentro de la misma.
Los dominios, en ocasiones, están presentes en distintas proteínas, con la misma función. Se pueden desnaturalizar
en una primera etapa en la que no se pierden los dominios, pero si la acción global de la proteína.
Los dominios suelen venir codificados por un exón. Es posible que en la evolución hayan surgido proteínas nuevas por
reordenamiento de exones, y es por ello por lo que los exones son una fuente de información muy importante para
el estudio de las proteínas. Mediante su análisis, se encuentran homologías entre dominios de distintas proteínas,
permitiendo descifrar su origen evolutivo.
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- Fuerzas covalentes, como los puentes disulfuro (energéticamente son los más fuertes). La naturaleza del puente
disulfuro (covalente) añade mucha estabilidad.
- Fuerzas no covalentes, como puentes salinos, enlaces hidrofóbicos, dipolo-dipolo y puentes de hidrógeno.
La secuencia de aminoácidos determina la estructura de la proteína, ya que llevan de forma implícita la capacidad de
interacción entre los distintos residuos y, en definitiva, la de adquirir determinadas estructuras secundarias y
terciarias.
Este equilibrio de forma natural está desplazado hacia la derecha, ya que las proteínas las encontramos en la mayoría
de los casos de forma nativa. Si esto ocurre, la variación de energía libre en el proceso es negativa (ΔG<0). De este
modo, la variación de entalpía es negativa (ΔH<0) y la entropía (ΔS) pasa de un estado desordenado a uno más
ordenado (va en contra de que el proceso sea espontáneo). Sin embargo, este proceso sí que es espontáneo, ya que
cuantitativamente es mucho mayor el ordenamiento que sufre la proteína cuando se pliega que el desorden que sufre
el agua, por lo que predomina ΔS proteína (<0) (ΔS global<0). La temperatura no es muy alta, de modo que ΔH va a
ser mayor en valor absoluto que T.ΔS (Ej: -50, +40).
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El valor negativo de la entropía de la proteína (que pasa de ordenada a la derecha a desordenarse a la izquierda) es
mucho mayor que el valor positivo de la entropía del agua (que pasa de desordenada a la derecha a ordenarse a la
izquierda). Por tanto, globalmente, la entropía es negativa.
Si se aumenta la temperatura (flecha derecha), el producto que T.ΔS aumenta y será mayor en valor absoluto que ΔH
(Ej: +50, -40), por lo que AG>0 y el equilibrio se desplaza a la izquierda: la proteína se desnaturaliza.
Si tengo una temperatura baja, la entalpia es negativa, la entropía también y al multiplicar signos en ΔG= ΔH - T.ΔS el
valor negativo de entalpia es mayor que el de temperatura por entropía (que es menos de temperatura por menos de
entropía, se convierte en más, pero es un valor muy bajo). Entonces la energía libre es negativa (con lo cual se produce
la reacción espontánea que es la de la proteína nativa.
Si subo la temperatura el equilibrio de desplaza hacia la izquierda, porque ahora la temperatura por entropía va a ser
mayor que entalpia y por tanto la energía libre es positiva. La proteína se desnaturaliza y se abre, pues se deshacen las
interacciones hidrofóbicas (efecto de la entropía).
Si planteamos el equilibrio entre una proteína desnaturalizada y una proteína en estado nativo, este se encontraría
desplazado hacia la izquierda (proteína nativa). Esto implica que AG<0 y que Keq=[B]/[A] es por lo tanto la entropía
alta, y hay más B que A.
Sabemos que DG=DH-TDS global. DH<0 ya que se invierte energía en plegar la proteína.
Además, sabemos que los procesos espontáneos suelen ir de orden a desorden. Sin embargo, en este caso, se pasa
de desorden a orden. Pero también intervienen otros factores, como el medio, es decir, pongamos que la proteína
posee zonas hidrófobas, cuando se encuentre en su forma nativa, estas partes se encontrarán hacia el interior. Pero
si está desnaturalizada estará en contacto con el agua.
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- En la proteína se pasa de un estado desordenado a uno ordenado, de forma que la entropía es negativa,
por tanto, el proceso de plegamiento es espontáneo
- En el agua, las partes apolares están expuestas y se ve obligada a desordenarse. La variación de la entropía
es positiva.
La variación de entropía global es negativa.
*No hay que confundir la desnaturalización de una proteína por el aumento de la temperatura con el tostado (reacción
de Maillard, 170-180º) o con freír algo y llegar al proceso de combustión (quemar).
En algunas proteínas, las estructuras terciarias están estabilizadas por puentes disulfuro. Esto suele ocurrir en
proteínas grandes, y con frecuencias en proteínas que salen de la célula. La naturaleza del puente disulfuro (covalente)
añade mucha estabilidad.
Una proteína al plegarse gasta ATP. Hay varias formas para plegarse, pero solo se lleva a cabo una, que tiene que tener
un mínimo energético, es decir, ser estable.
El plegamiento es espontáneo, ya que la propia secuencia de aminoácidos va dictando la forma en la que deben
plegarse.
Para que una proteína se pliegue, necesita de otras proteínas que catalicen la reacción para su correcto plegamiento,
estas son las CHAPERONAS O CHAPERONINAS:
Las chaperonas moleculares son proteínas esenciales que se unen a las cadenas polipeptídicas no plegadas y
parcialmente plegadas para evitar la asociación inadecuada de segmentos hidrofóbicos expuestos que podrían llevar
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a un plegamiento no nativo, como así a la agregación y precipitación de los polipéptidos. La mayoría de las chaperonas
son ATPasas, es decir que son enzimas que catalizan la hidrolisis de ATP, lo que impulsa el ciclo de reacción de unión
y liberación de las chaperonas.
La mayoría de las chaperonas requieren de gasto de ATP para realizar el plegamiento. Las primeras chaperonas
descritas se denominaron proteínas de choque térmico (Hps + peso molecular: 40, 70, 90…), puesto que su velocidad
de síntesis se incrementa a temperaturas elevadas. También juegan un papel importante en el plegamiento de las
proteínas otras enzimas, como las disulfoisomerasas, implicadas en la formación de puentes disulfuro (los rompen
cuando se forman en lugares inadecuados. Como se pueden hacer varios puentes disulfuro, rompe todos menos el
necesario), y las peptidil cis-trans-isomerasas (rotasas), implicadas en la isomerización cis-trans de los enlaces
peptídicos (“giro”): rompen el enlace peptídico y lo vuelven a formar tras haber girado. Ante un aumento repentino
de la temperatura, las células incrementan la producción de chaperonas para evitar así la desnaturalización de las
proteínas (estrés de retículo).
Las proteínas en el organismo se mantienen con su forma nativa. Si se despliegan mal o se desnaturalizan se vuelven
a renaturalizar con la ayuda de chaperonas o se degradan. No obstante, en ocasiones proteínas mal plegadas con
formación errónea (por varias causas) pueden agregarse intra o extracelularmente (precipitan y se acumulan dentro
o fuera de la matriz). Hay una serie de enfermedades conformacionales en humanos, generalmente con mal
pronóstico (de momento no tienen arreglo), debidas a la formación de estos agregados proteicos:
• Amiloidosis: provocados por los amiloides, que son agregados insolubles. Suelen tener origen genético,
mutaciones en determinadas proteínas que precipitan. Suelen aparecer en edades avanzadas, pero progresan de
manera irreversible, acelerándose al final por dicha acumulación. Hay varios tipos dependiendo de la proteína:
- Amiloidosis visceral familiar: alteración en la lisozima.
- Polineuropatía amiloide familiar: alteración en la proteína fijadora del retinol y de la tiroxina (h. tiroidea).
- Amiloidosis renal hereditaria: alteración en el fibrinógeno.
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• Alzheimer: consiste una acumulación fuera de las células de la proteína β amiloide (βA) que se hace insoluble (no
se sabe muy bien si la acumulación es porque se cree de más o no se elimina), que procede de la proteólisis parcial
de una proteína de membrana, denominada precursor del β amiloide (βPP). Se origina por la acción de unas
secretasas. También en los cuerpos de muchas neuronas se observa la presencia de ovillos (tangles)
neurofibrilares formados por una proteína hiperfosforilada denominada TAU. No es genético salvo en algunos
casos concretos. y acaba con el mal funcionamiento y la muerte de las neuronas.
• Enfermedades por priones (encefalopatías espongiformes transmisibles – EET): los priones son proteínas con
capacidad infectiva (enfermedad infecciosa), de forma que actúan como catalizadores del cambio conformacional
de las proteínas sanas, acumulándose las proteínas con la estructura alterada. Estropean las proteínas, pero no
los ácidos nucleicos. Existen varias enfermedades:
- Scarpie. En ovejas y cabras: hace que se rasquen.
- Encefalopatía Espongiforme bovina (EEB). Enfermedad de las vacas locas.
- Enfermedad de Creutzfeldt-Jakob (ECJ): puede ser esporádica o familiar (genética).
- Enfermedad de Creutzfeldt-Jakob variante (ECJv) adquirida.
- Kuru. En humanos
- Otras enfermedades conformacionales de las que se sabe la causa: EPOC. Los alveolos pierden elasticidad por
la modificación de una proteína (tabaco: es un cambio conformacional inducido por un tóxico). Causa dificultad
respiratoria.
2. DESNATURALIZACIÓN
Las estructuras proteicas han evolucionado para funcionar en entornos celulares concretos. Condiciones diferentes a
las de la célula pueden provocar cambios en la estructura de la proteína. La pérdida de estructura tridimensional
suficiente para originar la perdida de la función se denomina desnaturalización y suele ser irreversible. El estado
desnaturalizado no se equipará necesariamente con el desplegamiento completo de la proteína y la pérdida total de
la conformación.
A veces las proteínas pueden pasar por una desnaturalización parcial: en el caso de que haya dominios, la
desnaturalización es por etapas y en ocasiones alguna es reversible. Hay factores que favorecen la desnaturalización:
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Bloque II - Proteínas
- Aumento de temperatura: se destruyen las interacciones hidrofóbicas y débiles de una proteína, como los puentes
de hidrógeno. Por eso siempre se trabaja con ellas en el laboratorio a temperaturas bajas. Ejemplo de la energía
libre.
- Cambios de pH: se rompen los enlaces electrostáticos que mantenían unidas a las proteínas, como las
interacciones dipolo-dipolo, carga-dipolo, puentes salinos… debido a la pérdida o adición de protones. Ej:grupos
que se protonarían o desprotonarían.
- Cambios en la naturaleza del medio: utilización de ciertos disolventes. Varía la constante dieléctrica, y se rompen
los enlaces. Ej: proteína polar en medio apolar se abre.
Las proteínas también tienen propiedad detergente intrínseca, pudiendo desnaturalizarse por sí mismas.
La desnaturalización proteica es un fenómeno cooperativo, es decir, que cuando empieza el proceso (en franjas de
temperaturas muy concretas) es rápido. Algunas proteínas desnaturalizadas por el calor, extremos pH o reactivos
desnaturalizantes, son capaces de recuperar su estructura nativa y su actividad biología. Este proceso se conoce como
renaturalización.
Con las inferencias y datos de homología se pueden predecir las secuencias y estructuras: para intuir las estructuras
terciarias tendremos que compararlas con otras proteínas. (Ver temas anteriores)
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ALINEAMIENTO DE SECUENCIAS
La homología consiste en una similitud significativa en la secuencia de nucleótidos o aminoácidos. Se detecta mediante
el análisis estadístico de secuencias. Se pueden comparar secuencias de nucleótidos o de aminoácidos. Las de
aminoácidos suelen ofrecer más información estructural y funcional (comparaciones de 20 elementos vs 4).
La semejanza de secuencia sugiere la existencia de uno mismo origen evolutivo, y en muchas ocasiones semejanzas
en la estructura tridimensional de la proteína. Hay dos tipos de homólogos:
→ Los parálogos son homólogos presentes en una misma especie, generalmente con diferencias en su función.
→ Los ortólogos son homólogos presentes en especies diferentes, generalmente con funciones muy similares.
Para la comparación de secuencias se utilizan los alineamientos. El análisis de homología se realiza yuxtaponiendo las
secuencias de todas las maneras posibles. Esto se puede lograr simplemente por desplazamiento de una sobre otra.
En ocasiones, la inserción de huecos (que reflejaría inserciones o delecciones de nucleótidos) en la secuencia permite
aumentar la homología. Esto aumenta la complejidad del análisis, pero la informática ha ayudado a resolver estos
problemas.
Por ejemplo, se ha visto que la mioglobina, la hemoglobina-a y la hemoglobina-β tienen un ancestro común, una
proteína que está en la raíz de las legumbres, que se encarga de unir el oxígeno para eliminarlo del medio y así fijar el
nitrógeno. Y todas las proteínas anteriores actúan conjuntamente con el oxígeno.
Se ha observado que la hemoglobina tiene 141 aminoácidos y la mioglobina 153. La comparación del alineamiento sin
la inserción de huecos dio 23 residuos emparejados, y si insertamos un solo hueco, los emparejamientos aumentaron
a 38, un 25’9% de los totales.
Para evitar un uso excesivo de huecos, y optimizar los resultados, existen sistemas de calificación que puntúan
positivamente las coincidencias, y negativamente la introducción de huecos (+10 y 25 respectivamente). De esta
manera, introduciendo un hueco se obtiene una puntuación de 355.
Los estudios de alineamientos sirven para valorar la probabilidad de que las coincidencias se den por azar, las
secuencias se reordenen de todas las formas posibles y se vuelvan a alinear. Cuando se representa la calificación de
cada una de estas secuencias con el número de coincidencias se aprecia el significado del alineamiento.
Con el tiempo se va refinando el análisis de los estudios de alineación, gracias a matrices de sustitución, sustituciones
conservadoras, no conservadoras, y teniendo consideraciones sobre la estructura tridimensional y la función de la
proteína.
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Bioquímica y Biología Molecular
Bloque II - Proteínas
La fuerza iónica tiene efecto en la variación de la solubilidad. Al aumentar la fuerza iónica del medio (añadiendo sal),
aumenta también la solubilidad de la proteína, y este aumento se denomina salting-in o solubilización por salado. Sin
embargo, cuando la fuerza iónica llega a cierto punto la solubilidad comienza a disminuir, pudiendo a llegar a precipitar
la proteína. Este proceso se denomina salting-out o precipitación por salado. A veces para este proceso se utiliza sal
(se suele usar sulfato amónico), para aumentar la solubilización o precipitación.
La fuerza iónica es una de las propiedades coligativas de las proteínas (depende del número de moléculas).
El salting-in, solubilización por salado, se explica por el efecto de la fuerza iónica por el radio de Debay-Hückel: esfera
de influencia o radio de acción de un determinado ion (R=1/b2):
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Bloque II - Proteínas
Existe para cada una de las proteínas un punto isoeléctrico, en el cual la proteína se encuentra con carga neta neutra;
este nivel es diferente en cada una de ellas. Por tanto, podemos utilizar estos conocimientos para aprovecharlos en una
cromatografía sobre un medio de pH conocido.
El pH también influye en la solubilidad; ésta disminuye a medida que nos acercamos al punto isoeléctrico, aunque en
valores extremos de pH (muy ácidos o básicos) la proteína estará desnaturalizada y no será soluble. La solubilidad en
un pH inferior o superior al punto isoeléctrico va a ser mayor, y es más probable que precipite cuando hay carga neta 0.
La cromatografía por papel no se suele utilizar en el caso de las proteínas, ya que son muy complejas, pero sigue los
mismos pasos y principios que en la separación de aminoácidos y péptidos.
2. Electroforesis
Puede ser preparativa o no preparativa, pero en la mayoría de los casos suele ser analítica. Puede ser simple: ponemos
proteínas, y según su carga se separan.
En el análisis se utiliza el proteinograma con el suero, que sirve para el diagnóstico. La muestra se centrifuga
previamente y se obtienen las proteínas por un lado y el suero por otro. Las proteínas se separan por la acción del
cambio eléctrico, se mueven teniendo en cuenta la relación carga-masa y están en un soporte que no presenta ninguna
resistencia. Al ver el proteinograma hecho con la electroforesis vemos que la más abundante es la albúmina, y el resto
de globulinas están en concentraciones más bajas. En muchas enfermedades esta concentración de las proteínas está
alterada: cirrosis hepática (albúmina más baja y globulinas más altas), presencia de tumores
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Bloque II - Proteínas
3. Isoelectroenfoque
Las proteínas sometidas a un campo eléctrico en un soporte, en que hay un gradiente de pH, migran hasta que llegan
al pH de su punto isoeléctrico. En ese punto su carga neta es 0 y no se mueven. De hecho, se concentran en esa zona.
Primero se genera un gradiente de pH, realizando antes una electroforesis de una mezcla de polianfolitos (moléculas
con cargas y que generan distintos valores de pH). Seguidamente, se colocan las proteínas en el gel y se vuelve a
conectar el campo eléctrico. Las proteínas migrarán hacia un polo u otro, dependiendo de la carga que tengan (lo que
depende de la zona del gel donde estén y de su naturaleza). A medida que la proteína se mueve por el gradiente de
pH, va cambiando su carga. Cuando su carga neta es cero (llega a un punto igual al punto isoeléctrico), deja de
moverse. De esta forma, las proteínas se separan según su pH, concentrándose en bandas. Esta técnica permite
separar proteínas con valores de pH muy próximos (0’01), poniendo rangos de pH pequeños.
Esta técnica puede ser preparativa (sacar las proteínas de las bandas, pues están purificadas) o analítica (cogiendo la
muestra del gel, la tiño y veo cuántas bandas tengo).
Los métodos que vamos a ver a continuación son preparativos, aunque la centrifugación puede ser analítica. Sin
embargo, casi nunca se utilizan destruyendo la proteína.
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Bloque II - Proteínas
1. Diálisis
Una vez que los dos sistemas están equilibrados, si aún no hemos conseguido tener solamente las proteínas que
queremos en la bolsa de diálisis, se cambia el sistema tampón de fuera, para que vuelva a ser un medio hipotónico,
en comparación con el hipertónico de la bolsa de diálisis. Elimina sales y proteínas de bajo peso molecular.
2. Centrifugación
Consiste en someter una mezcla a la fuerza centrífuga y a una fuerza de rozamiento, que hace que sus elementos
tiendan antes o después a irse al fondo. La centrifugación se realiza en rotores basculantes (perpendiculares al eje de
giro), que al terminar la centrifugación resulta en la muestra separada paralelamente. También se puede realizar sobre
rotores de ángulo fijo, en los que la muestra se encuentra inclinada). Los rotores basculantes aguantan menos la
fuerza de centrifugación que los rotores fijos.
Las ultracentrífugación centrifuga a una velocidad tan alta que es necesario que las máquinas estén blindadas. Es muy
importante que los tubos que están enfrente estén totalmente equilibrados. De lo contrario se puede romper el eje,
y al ir a tanta velocidad saldría disparado. Por ello es necesario que tenga una carcasa que impide que salga proyectado
si se rompe un eje.
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Bloque II - Proteínas
No solo influye la masa de la proteína, sino que también es importante la forma, ya que ésta hará que tenga más o
menos coeficiente de rozamiento.
El coeficiente de sedimentación es la velocidad a la que una partícula se va al fondo del tubo. Nos ayudará a analizar
la velocidad centrífuga a la que gira o incluso la tendencia que tiene la partícula al centrifugar (cual va antes al fondo,
que suelen ser las partículas más grandes). Cuanto más pequeña y más densa la partícula, menor es este coeficiente
de sedimentación, por lo que es más difícil separarlo del resto. Hay dos formas de centrifugar:
3. El tubo se coloca en un rotor basculante, y cuando gira, el tubo se mueve hasta una posición horizontal. La capa de
• Ultracentrifugación isopícnica o equilibrio de gradiente: inicialmente se utiliza una disolución que tiene un soluto
muy denso y muy difusible (CsCl). En este equilibrio las partículas se detienen en la zona donde la densidad del
gradiente creado por el soluto es una partícula. El
gradiente se crea simultáneamente con la
centrifugación. El RNA se obtenía inicialmente así.
Se realiza a una velocidad mucho más baja, pero
durante más tiempo. A diferencia del anterior,
cuando se centrifuga es el momento que se
establece el gradiente.
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Bloque II - Proteínas
3. Filtración molecular
Es una cromatografía que tiene una fase estacionaria (microesferas de polímeros de productos derivados de
polisacáridos o polímeros como sephacryl y sephadex) y una fase móvil, que es el tampón. Estas microesferas tienen
un tamaño de poros más o menos pequeños. Las proteínas más grandes no podrán entrar por el poro pequeño, y
saldrán antes, y las más pequeñas, al entrar en la estructura tridimensional de las microesferas, tienen que realizar
un recorrido más largo hasta que consigan salir de todas las microesferas hasta el exterior del tubo, e incluso algunas
se quedan atrapadas. Comercialmente existen microesferas con tamaños de poros muy diferentes, según sea el
tamaño de la proteína que queramos conseguir.
Aquí, las partículas grandes salen antes que las más pequeñas, permitiéndonos separar por peso molecular. Es una
técnica muy utilizada.
Este método, además de purificar proteínas normales, separa también proteínas que se pegan a neurotransmisores
específicos o enzimas. Seguirían el anterior procedimiento, cambiando sólo lo que está pegado en la fase estacionaria
(neurotransmisores o sustrato de enzimas, respectivamente). Por ello, es muy importante en los casos de enzima-
receptor.
Esta técnica se hace cuando ya hay una cantidad pequeña de proteínas en la solución problema, para purificar
proteínas con un ligando concreto o enzimas que reconocen de manera específica a un sustrato, es decir, se basa en
las interacciones específicas.
Es un método analítico, ya que al aumento de temperatura se produce una desnaturalización de las proteínas de
nuestra muestra. Los geles van a proporcionar una fase en la que se van a separar macromoléculas. Los geles se
pueden obtener por polimerización (acrilamida/bisacrilamida) o por solidificación de una disolución (agarosa).
Controlando la concentración de polímero (acrilamida/bisacrilamida) o de soluto (agarosa) que genera el gel, se puede
obtener un entramado más o menos tupido que ofrecerá mayor o menor resistencia a la movilidad de las
macromoléculas a separar (las proteínas avanzarán más rápido porque penetran más fácilmente en el gel).
SDS-PAGE. La electroforesis en presencia de SDS (dodecil sulfato sódico o lauril sulfato sódico) analiza la migración de
las cadenas polipeptídicas tras un tratamiento químico (SDS y β-mercaptoetanol) y térmico, proceso que desnaturaliza
las proteínas. El SDS es un detergente potente, que además de desnaturalizar la proteína, le añade carga negativa. Al
unirse en proporción al tamaño de la proteína, la relación carga/masa es constante para todas. Además, se puede
añadir a esta técnica el uso de β-mercaptoetanol para romper los puentes de sulfuro e impedir que se formen de
nuevo y azul de bromofenol (de bajo peso molecular con color, va a indicar por dónde van las proteínas más rápidas
y nos ayuda a saber cuándo parar las electroforesis).
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Bloque II - Proteínas
Una vez parada la electroforesis se tiñe todo el gel, que poseía unos poros
sintetizados a concentraciones conocidas; y posteriormente se lava (agua, metanol
y acético), quedando tintadas solo las proteínas. Se ven las bandas.
*Conociendo el peso molecular de cada banda (patrón) y lo que ha recorrido, podemos hacer una gráfica o curva patrón
(línea) con una relación distancia-log peso molecular. Viendo la distancia que ha recorrido una proteína, podemos
averiguar el peso molecular viendo la línea anterior.
Ejemplo de la foto: Las bandas blancas que aparecen en la electroforesis son las
que muestran el caso en el que no se ha hecho el tratamiento con β-
mercaptoetanol. M: marcadores de peso molecular.
La separación en geles de poliacrilamida separa a las moléculas por tamaño, avanzando más rápidos las de menor
peso molecular. Puede hacerse en presencia o ausencia de β-mercaptoetanol. Si es en presencia aparecerán una o
dos bandas; si es en ausencia aparecerá una solo. Con esta técnica se puede conocer el número de subunidades de la
proteína y los puentes disulfuro.
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Bloque II - Proteínas
El β-mercaptoetanol rompe los puentes de sulfuro, de forma que en las gráficas veríamos bandas por cada trozo
formado a raíz del corte. Hay que tener en cuenta que una disolución con β-mercaptoetanol, rompe los enlaces
disulfuro, pero también se rompen las interacciones electrostáticas entre el resto de las moléculas debido al
detergente (SDS) que también se encuentra en la disolución. Por tanto, aplicando o no el β-mercaptoetanol, podemos
saber lo que está unido o no mediante puentes disulfuro.
PROBLEMA EXAMEN. Ejemplo: tenemos una proteína de 80kd en estado nativo. Al tratarla con una electroforesis en condiciones
desnaturalizantes (SDS) obtenemos dos bandas: una de 20 y otra de 60kd. Posteriormente, si esta misma proteína la sometemos
a una electroforesis en condiciones desnaturalizantes y además en presencia de β-mercaptoetanol, obtenemos una banda de 30kd
y otra de 10kd.
SOLUCIÓN: lo que tenemos es una proteína formada por dos dímeros unidos por interacciones hidrofóbicas (que son las que se han
roto con el SDS): uno formado por dos unidades de 30kd unidas por puentes disulfuro (rotos por el β-mercaptoetanol) y otro
formado por dos unidades de 10kd, unidos también por puentes disulfuro.
Gracias a este método podemos deducir el número de cadenas. Se realiza mediante una electroforesis en condiciones
no desnaturalizantes. En ella hay una ruptura y bloque de puentes disulfuro. Se reducen dichos enlaces con o sin β-
mercaptoetanol, y así podemos deducir las subunidades que hay.
OTROS MÉTODOS
• HPLC: la columna es polar y la fase móvil es menos polar. Se llama en fase reversa (RP-HPLC) cuando la fase
estacionaria es apolar, y la móvil tiene cierta polaridad.
Primero se genera un gradiente de pH realizando primero una electroforesis en una mezcla de polianfolitos
(moléculas con cargas y que generan distintos valores de pH). Seguidamente se colocan las proteínas en el gel y
se vuelve a conectar el campo eléctrico. Las proteínas migrarán hacia un polo o hacia otro, dependiendo de la
carga que tengan (lo que depende de la zona del gel donde estén y de su naturaleza). A medida que la proteína se
mueve por el gradiente de pH, va cambiando su carga. Cuando su carga neta es cero, deja de moverse. De esta
forma las proteínas se separan según su pH, concentrándose en bandas. Esta técnica permite separar proteínas
con valores de pl muy próximos.
La proteómica es el patrón de expresión global de las proteínas en un tejido en dos dimensiones. Sirve para comparar
varios tejidos, uno de ellos sanos y otro con un tumor, para averiguar qué está alterado: podemos ver un tratamiento
en una célula o tejido y ver el recorrido (viendo si la mancha aumenta o disminuye para ver si la proteína aumenta su
expresión o no, es decir, cómo varía el patrón de expresión proteico en 2 dimensiones). Para un tumor, podemos
localizar proteínas extra estimuladas.
Para purificar las proteínas, normalmente se tienen que hacer varios procesos de purificación para ir descartando poco
a poco las proteínas que no nos interesan. Para ello, se pueden ir utilizando diferentes métodos de los vistos
anteriormente. Cada paso se puede ver con una electroforesis y así comprobamos que cada vez nos quedamos con
menos proteínas.
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Bloque II - Proteínas
La analítica para la detección y cuantificación total de proteínas consiste en detectar si existe una proteína concreta
en una disolución con varios tipos de sustratos. Para ello se utilizan reacciones con reactivos que se unan
específicamente a las proteínas que se quieren cuantificar, de forma que no son únicas para una proteína en concreto.
Son técnicas cuantitativas.
Son métodos colorimétricos, ya que generalmente los tubos tienen color. Aunque esto también se puede hacer a una
longitud de onda que no vemos, de forma que es necesario introducir el producto en un espectofotómetro (método
espetofotométrico). Este será el aparato que medirá la absorbancia o luz no visible.
El problema de la analítica es saber si hay una molécula y cuántas hay. Para ver si hay una molécula, en clínica se
necesita una reacción específica. Es necesario obtener un reactivo, que dé lugar a un producto que se puede detectar,
o bien porque tiene color o por su longitud de onda de absorción.
Los métodos de Lowry, Biuret y Bradfor se basan en que reactivos que reaccionan con proteínas que produce un color,
el cual luego obtenemos con métodos colorimétricos.
Procedimiento: tenemos varios tubos con reactivos diferentes (cada uno marcará un tipo de proteína). Los agitan y
aparecen los colores si reaccionan, es decir, si existe en el tubo la proteína específica que se busca. Por tanto, si da un
color hemos identificado la molécula: es cualitativo.
Por otro lado, para poder cuantificar la cantidad de proteína que hay en la muestra, la concentración:
Se hacen varias diluciones de una misma proteína (por ejemplo, albúmina) en diferentes grados, a concentraciones
conocidas. Se añade el reactivo y, a cantidades crecientes de proteína, aparece más color. Hallando los datos de
absorbancia y como conocíamos las concentraciones, podemos construir una curva patrón que relacione dichas
variables. Tras esto, cuando tengamos nuestros tubos en los que no sabemos que concentración hay de nuestra
proteína problema, cuando leo la absorbancia (nos la da el aparato) extrapolamos la concentración mirando la curva
patrón anterior.
EJEMPLO COCAINA: primero, comprobamos si es cocaína, detectándolo con un marcador. Luego, diluyo la muestra y miro en la
curva patrón, comparando la absorbancia y sacando la concentración.
Cuando la muestra se satura de color, ya no se distingue, por lo que la curva se trunca, es decir, a concentraciones
muy grandes de analito la curva se vuelve horizontal y no podemos extrapolar concentraciones
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Bloque II - Proteínas
El método de Bradford emplea como reactivo azul de coomasie, mientras que en los métodos de Lowry y Biuret el
analito reacciona el cobre en medio básico (reacciona con los enlaces peptídicos). Al ser un método cuantitativo, a
mayor intensidad de color, mayor cantidad o concentración de analito.
Para localizar si hay una proteína en particular, hay que detectarlas de forma específica por medio de anticuerpos.
Proceso: primero, se corre un gel y se transfieren a papel (como se ve en la imagen inferior: las proteínas del gel a la
membrana o papel gracias a la acción de un campo magnético. En esta transferencia, el gel no se tiñe). Dicho papel se
incuba con un anticuerpo que se pegará a la proteína específica. El anticuerpo puede llevar color o dar lugar a
reacciones enzimáticas que lo marquen.
Sin embargo, los anticuerpos sólo suelen reaccionar ante moléculas grandes. Para conseguir la reacción con moléculas
pequeñas que no son inmunogénicas, se une dicha molécula a una proteína grande como la albúmina, y se le inyecta
a un animal (como a un conejo), y así reconoce el epítopo de la molécula que nos interesa.
Para amplificar la señal se usa un segundo anticuerpo que reconoce al primero. Si el anticuerpo primario es de conejo,
creamos uno secundario inyectando el primer anticuerpo de conejo a otro animal (por ejemplo, una cabra) y extraemos
los anticuerpos que genere. Los anticuerpos secundarios pueden llevar unidos una actividad enzimática que, al
transformar un sustrato en un producto coloreado, hace visible la banda y amplifica la señal. Cada anticuerpo
reacciona con muchas moléculas de sustrato y aparecen bandas específicas, las cuales se identifican con marcadores
de peso molecular. Tras esto, podemos ver la presencia de una proteína específica, la que me interesa, y puedo llegar
a cuantificarlo si la pongo purificada, con una curva patrón y luego extrapolarlo. También podemos ver que, a
cantidades crecientes de proteína, mayor intensidad de color de la banda.
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Bloque II - Proteínas
Un proceso que se divide en directo, detención del antígeno; o indirecto, detención del anticuerpo. Se basan
principalmente en unir la proteína, como antígeno, con un anticuerpo específico. A este se le unen más anticuerpos,
generalmente de otras especies, unidos a alguna enzima. Posteriormente se baña la muestra con un sustrato reactivo
a la enzima que tiña la muestra. Dependiendo de la concentración de proteína el color será de una manera u otra;
existen ordenadores que pueden clasificar según la intensidad del color la muestra e indicar la concentración de la
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Bloque II - Proteínas
proteína problema. La técnica puede ser cuantitativa, haciendo una escala: hay una relación lineal entre
antígeno/anticuerpo y absorbancia, con lo que podremos averiguar la cantidad de proteína.
- El método indirecto se hace en placas multipocillos, que llevan pegado la proteína del antígeno en el fondo. En
ese pocillo se pone la sangre o suero, y si hay anticuerpo en la muestra, después de lavar, se ve la unión antígeno-
anticuerpo, es decir, se quedan pegados. Se añaden luego anticuerpos secundarios, los cual sólo se quedarán
pegados si lo han hecho antes los primarios. Luego, añado el sustrato coloreado y podremos detectar si están los
anticuerpos. Se usa para localizar, por ejemplo, si una persona es positiva en COVID o VIH. No detectamos
proteínas, detectamos anticuerpos contra ellas, es decir, detecta anticuerpos específicos con una proteína,
- El método directo (sándwich) detecta los antígenos o las proteínas directamente, no el anticuerpo. Lo que se
pega a la plaga del pocillo es un anticuerpo. Se añade la muestra, que puede que tenga o no el antígeno (virus,
bacteria…). Si lo tiene, se queda pegado. Se lava para evitar uniones inespecíficas, y se añade un segundo
anticuerpo, con una enzima.
3. RADIOINMUNOENSAYO
para hormonas proteicas, en concentraciones bajas para lo que el método Elisa no es suficientemente sensible. Se
prepara una curva patrón de concentraciones de la proteína. A todos los tubos con concentración de insulina, se le
añade insulina caliente (radiactiva). Entonces se añade un anticuerpo y se inmunoprecipita. A medida que hay más
concentración de insulina, más radiactividad. Se pueden representar la concentración de insulina en función de la
radiactividad que representa.
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Bioquímica y biología molecular
Bloque II – Proteínas
CARACTERÍSTICAS GENERALES
Las proteínas globulares presentan una estructura terciaria muy desarrollada y desempeñan distintas funciones en el
organismo: estructurales (actina, miosina), de señalización (hormonas y receptores hormonales, canales), de
reconocimiento y adhesión, enzimáticas y transportadoras
La hemoglobina y la mioglobina son dos ejemplos de proteínas globulares. Poseen una estructura terciaria muy
desarrollada; y la hemoglobina también presenta una estructura cuaternaria. Son estructuralmente parecidas, pero
con funciones diferentes: la mioglobina se encuentra en las células musculares almacenando oxígeno, mientras que
la hemoglobina se encuentra en la sangre transportándolo. Fueron las primeras de las que se estudió su estructura
tridimensional, y con ellas se ilustra la unión reversible de un ligando a la proteína. En este caso, ambas presentan el
mismo ligando: el oxígeno.
MIOGLOBINA
Fue la primera proteína en la que se descubrió su estructura tridimensional. La función fisiológica principal de la
mioglobina es facilitar la difusión del oxígeno en los músculos. La velocidad a la cual el O2 se difunde en los tejidos
está limitada por su baja solubilidad en solución acuosa. La mioglobina aumenta la solubilidad efectiva del O2 en las
células musculares, de modo que actúa como una especie de reservorio molecular para aumenta la velocidad de
difusión del oxígeno.
La hendidura hidrofóbica unida al hierro es clave para evitar la oxidación del hierro que pasaría de la forma ferrosa
(Fe2+), activa en la unión reversible de oxígeno, a la forma férrica (Fe3+), que no es capaz de fijar oxígeno. Esto se ilustra
con los complejos de Collman, que son una inclusión de sustituyentes apolares, que hacen que el Fe2+ se mantenga
así (proporcionan el entorno apolar), y se pueda unir al O2. (en medio acuoso, el Fe se oxidaría, por ello es necesario
el ambiente apolar). La oxigenación altera el estado electrónico del complejo Fe(II)-hemo, según lo indica su cambio
de color purpura oscuro (el color de la hemoglobina de la sangre venosa) al escarlata brillante (el color de la
hemoglobina en la sangre arterial). En algunas condiciones, el Fe(II) de la mioglobina o de la hemoglobina se oxida a
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Bioquímica y biología molecular
Bloque II – Proteínas
Fe(III) para formar metamioglobina o metahemoglobina (oxidada), respectivamente; estas proteínas son
responsables del color pardo de la carne envejecida y de la sangre seca (cuando sangras, la sangre se oxida). En los
eritrocitos hay metahemoglobina reductasa, que vuelve a reducir las pequeñas cantidades de metahemoglobina que
se forman, pasando del Fe(III) al Fe (II). Esta enzima está también implicada en la detoxificación del NO.
El átomo de hierro tiene seis enlaces de coordinación, cuatro con átomos de nitrógeno que forman parte del sistema
plano del anillo de porfirina/tetrapirrol, y dos de ellos en posiciones de enlace perpendiculares al grupo hemo, de
forma que uno de ellos está unido a un nitrógeno y otro está abierto y sirve como sitio de unión para una molécula de
O2 (histidina en porción 5 y oxígeno en la porción 6). La histidina que está unida covalentemente al hierro es la proximal
(F8, en el dibujo de abajo es HIS 93), mientras que la histidina distal no llega a estar unida covalentemente (F7. dibujo:
HIS 64). Normalmente, el monóxido de carbono se uniría a la proteína con mayor afinidad que el oxígeno a pesar de
que esté presente en menor cantidad, pues este se encuentra lineal a la proteína. Sin embargo, gracias a la presencia
de la histidina proximal, el CO queda desplazado, por lo que ya no queda lineal a la proteína y pierde afinidad,
provocando que se unan antes las moléculas de oxígeno por estar en mayor cantidad, en condiciones fisiológicas. Así,
el monóxido de carbono no consigue desplazar al oxígeno.
Además del O2, algunas otras moléculas pequeñas como CO, NO y el SH2, pueden unirse a los grupos hemo de las
proteínas. Estos otros complejos se unen con afinidad mucho mayor que el O2, lo que da cuenta de su toxicidad.
Cuando el O2 se une al grupo hemo libre, el eje de la molécula de oxígeno forma un ángulo respecto al enlace Fe-O,
puesto que la histidina distal no se enlaza con el Fe, lo que obliga a que el enlace entre el Fe y el O2 o el CO forme un
ángulo. Por el contrario, cuando el CO se une al hierro libre, los átomos de Fe, C y O se sitúan en línea recta. En ambos
casos, la unión refleja la geometría de orbitales híbridos de cada ligando.
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Bioquímica y biología molecular
Bloque II – Proteínas
Además del O2, algunas otras moléculas pequeñas como CO, NO y el SH2, pueden unirse a los grupos hemo de las
proteínas. Estos otros complejos se unen con afinidad mucho mayor que el O2, lo que da cuenta de su toxicidad.
Cuando el O2 se une al grupo hemo libre, el eje de la molécula de oxígeno forma un ángulo respecto al enlace Fe-O,
puesto que la histidina distal no se enlaza con el Fe, lo que obliga a que el enlace entre el Fe y el O2 o el CO forme un
ángulo. Por el contrario, cuando el CO se une al hierro libre, los átomos de Fe, C y O se sitúan en línea recta. En ambos
casos, la unión refleja la geometría de orbitales híbridos de cada ligando.
HEMOGLOBINA
La hemoglobina es una proteína globular formada por un tetrámero con cuatro cadenas proteicas globulares
(globinas), cada una centrada alrededor de un grupo hemo que contiene hierro. Este átomo de hierro central en cada
grupo hemo puede unirse de manera reversible con una molécula de oxígeno. Por tanto, con cuatro grupos hemo por
molécula, una hemoglobina tiene el potencial de transportar cuatro moléculas de oxígeno. La interacción entre hierro
y oxígeno es un enlace débil que puede romperse fácilmente sin alterar la hemoglobina ni el oxígeno. La hemoglobina
unida al oxigeno se conoce como oxihemoglobina. Esta proteína presenta una estructura cuaternaria formada por
interacciones, no puentes disulfuro.
Como el oxígeno se puede unir a 4 lugares diferentes, las moléculas de oxígeno se van incorporando una a una. La
proteína tiene un comportamiento alostétrico, pues tras unirse el primer oxígeno, su afinidad por el resto cambia. De
esto surge la cooperatividad, la cual es positiva cuando la entrada de un segundo ligando es más fácil que la del
primero. Si fuera al revés, la cooperatividad sería negativa.
Cuando se compara la hemoglobina con la mioglobina, se encuentra una gran similitud en su estructura terciaria,
aunque solo 24 de los 141 aminoácidos de las cadenas α y β coinciden con los de la mioglobina. Esto demuestra que
secuencias aparentemente distintas pueden llegar a dar estructuras muy parecidas. No obstante, cuando se estudia
la secuencia se pueden apreciar más similitudes al insertar huecos (cambios conservativos). Como es lógico, los
residuos conservados entre mioglobina y hemoglobina tienen papeles estructurales y funcionales clave. Por ejemplo,
en el grupo de histidina E7 y F8, que determinan la afinidad por el oxígeno molecular.
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Bioquímica y biología molecular
Bloque II – Proteínas
De esta deriva la leghemoglobina (en las legumbres: fijadoras de nitrógeno: N atmosférico a nitrato y nitrito, utiliza
bacterias y es un proceso anaerobio. Estas proteínas evitan que haya oxígeno para que se pueda dar dicho medio
anaerobio) Se parece a la hemoglobina porque une el mismo ligando: oxígeno.
Aquí es donde veremos las verdaderas diferencias entre hemoglobina y mioglobina, y estas diferencias las
determinarán la estructura.
La mioglobina está en el músculo, e incluso a una presión parcial por debajo de la venosa (es decir, baja), aún hay una
saturación alta: dentro del músculo, la presión parcial es baja y la mioglobina sigue unida al oxígeno, de modo que
actúa como almacén de oxígeno para los músculos (es el último recurso para aportar oxígeno al músculo cuando falta:
hipoxia). La línea que la representa es hiperbólica (demostración: más adelante). MOLÉCULA DE ALMACENAMIENTO.
La hemoglobina, desde la presión parcial del oxigeno en el pulmón, la saturación es alta (aproximadamente 100), pero
en las venas o capilares ya no está cargada (tendrá 30 de saturación, más o menos), es decir, que en el viaje de la
sangre la hemoglobina ha ido soltando el oxígeno: función de transporte de oxígeno.
La hemoglobina tiene la curva sigmoidal que hace que su saturación varíe dentro de un entorno fisiológico, mientras
que la mioglobina no. Las diferencias de curvas están determinadas por la estructura, como ya se ha mencionado. La
mioglobina tiene 4 sitios para que se una el oxígeno, cuando se une el primero, hay un cambio en la estructura y el
resto se unirán con diferente afinidad. MOLÉCULA DE TRANSPORTE.
La unión de O2 a la hemoglobina se describe mediante una curva sigmoidea (con forma de S). Esto permite que la
sangre entregue mucho más O2 a los tejidos de lo que ocurriría si la hemoglobina tuviese una curva hiperbólica con la
misma p50. La afinidad de la hemoglobina con el oxígeno puede evaluarse en la curva de disociación del oxígeno
mediante la p50, que es la presión parcial de oxígeno en la cual la hemoglobina esta 50% saturada con este gas y es
inversamente proporcional a la afinidad de la hemoglobina con el oxígeno. Una alta p50 indica menos afinidad de la
hemoglobina con este gas.
Otro parámetro útil en el estudio de las propiedades de unión de la hemoglobina es el coeficiente de Hill, que indica
el grado en que la curva es sigmoidea, y se relaciona con la cooperatividad entre las subunidades para la unión con el
oxígeno. Un coeficiente de Hill igual a 1 muestra la inexistencia de interacciones cooperativas entre las subunidades;
mientras que uno equivalente a 4, como el de la hemoglobina A1 (la más común en los adultos), significa una fuerte
interacción cooperativa entre las cuatro subunidades.
En cualquier sistema de unión, una curva sigmoidea es diagnóstica de la interacción cooperativa entre los sitios de
unión. Esto significa que la unión de un ligando a un sitio afecta la unión de ligando adicionales a otros sitios. En el
caso de la hemoglobina, la unión de O2 a una subunidad incrementa la afinidad del O2 por las subunidades restantes.
La pendiente inicial de la curva de unión al oxigeno es baja, dado que las subunidades de hemoglobina compiten de
modo independiente por el primer O2. Sin embargo, una molécula de O2 unida a una de las subunidades de la
hemoglobina aumenta la afinidad de la unión al O2 de sus otras subunidades, lo que explica, por lo tanto, el aumento
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Bioquímica y biología molecular
Bloque II – Proteínas
de la pendiente de la porción media de la curva sigmoidea. A medida que aumenta el oxígeno, hay más moléculas de
hemoglobina unidas al O2, por lo que el grado de saturación es mayor.
La hemoglobina tiene una curva sigmoidal, esto significa que, dependiendo de la presión de la arteria o de la vena, la
hemoglobina tendrá distinta saturación de O2. Sin embargo, la mioglobina está saturada tanto en venas como en
arterias, y a no ser que haya hipoxia, no suelta el O2, por lo que tiene una gráfica parabólica.
La habilidad de la hemoglobina para liberar oxigeno es afectada por diversos factores, como la temperatura, pH,
efectores (23BFG) y las concentraciones de oxígeno y dióxido de carbono. Gráficos de Hill:
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Bioquímica y biología molecular
Bloque II – Proteínas
Al ver que la n de los extremos tiende a 1, hay un mal planteamiento, pues el equilibrio escrito al principio asume que
todos los n son iguales, y esto no es cierto.
INTERPRETACIÓN: los distintos lugares de unión del O2 a la hemoglobina no son equivalentes, en el sentido de que el
oxígeno no entra con la misma afinidad (K) a baja concentración de O2 que a alta. Si extrapolamos la asíntota de la
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curva de la Hb de la parte izquierda hasta el punto de corte de valor =1 y vemos la Po2 para obtener el valor de K,
௬ିଵ
vemos que ese valor es claramente muy superior al que obtendríamos al extrapolar la parte derecha de la curva de
saturación. Así, vemos que el primer oxígeno (con mayor Kd o cte de disociación), como hay pocos lugares ocupados,
entra con menos afinidad que el cuarto (con menor Kd), cuando ya hay poco O2 libre. Esto se debe a la cooperatividad
(ocurre en proteínas oligométricas, de varias unidades, en las que aparentemente los lugares son iguales, pero no). La
entrada del primer ligando modifica la estructura de la proteína y, con ella, la afinidad con la que entra el segundo. Al
final, cuando solo queda 1 sitio que ocupar, se comportan todos igual. En la curva de la Hb, cuando la saturación es de
0,5, n es 3.
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Bioquímica y biología molecular
Bloque II – Proteínas
Tras esto, las conclusiones de la mioglobina y hemoglobina se representan en los gráficos de Hills:
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Bioquímica y biología molecular
Bloque II – Proteínas
En resumen, se produce un cambio de los contactos entre las subunidades de α1-β2 y α2-β1, lo que produce un cambio
en la estructura cuaternaria. La oxigenación rota un dímero αβ y respecto a otro dímero αβ, lo cual hace que las
subunidades β se aproximen, y estrecha el canal lleno de solvente.
Así, cuando al menos un O2 se ha unido a cada dímero αβ, la restricción en la molécula de hemoglobina en el estado T
es suficiente para separar los pares iónicos C-terminales, lo que lleva así a la proteína en estado R. Por lo tanto, todas
las subunidades se convierten al mismo tiempo a la conformación R, hayan sido unidas a un O2 o no. Las subunidades
que no tienen ligando en la conformación del estado R poseen una afinidad por oxigeno aumentada porque ya se
encuentran en la conformación que une O2. Esto da cuenta de la elevada afinidad por el O2 de la hemoglobina casi
saturada.
Se han propuesto modelos generales para interpretar las interacciones entre subunidades durante la oxigenación de
la hemoglobina:
• Modelo concertado (MWC): según este modelo todas las subunidades del ensamblaje deben estar en una misma
conformación, siendo la probabilidad de estar en el estado R mayor a medida que se une el ligando (el oxígeno).
Es decir, no existen estructuras mixtas, se encuentran todas las subunidades (el tetrámero) en estado R o en estado
T. La transición del estado T al estado R es simultánea en todas las subunidades. La probabilidad de que la molécula
esté en estado R aumenta cuando se une un O2. A medida que entra oxígeno, el equilibro de empieza a desplazar,
y cuando ya hay mucho oxígeno, la mayoría de las moléculas estarán en la forma relajada.
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Bioquímica y biología molecular
Bloque II – Proteínas
• Modelo secuencial (KNF): la primera molécula de O2 que interacciona con la desoxihemoglobina se une
débilmente. Esta unión conduce a unos cambios conformacionales que se comunican a las subunidades
adyacentes, haciendo más fácil la unión de moléculas de O2 (según van entrando los oxígenos la conformación va
cambiando poco a poco). Es decir, va aumentando la afinidad de la hemoglobina por el O2. A medida que se añade
oxígeno, sube el porcentaje de moléculas en estructura R respecto a la T, es decir, cuando haya mucho oxígeno,
habrá más del 90% de proteínas en forma R
En el modelo concertado las subunidades de ensamblaje deben estar en la misma conformación, en el modelo
secuencia, la unión del ligando cambia la conformación de la subunidad a la que se une.
En el caso de la hemoglobina ninguno de los dos modelos refleja el comportamiento de la misma. La conducta parece
concertada cuando tiene tres lugares ocupados y la conformación es mayoritariamente R. No obstante, cuando ha
unido sólo un oxígeno su estructura permanece como T y enlaza el siguiente con mucha mayor afinidad. Hay modelos
mixtos que parecen explicar mejor el comportamiento de la hemoglobina, como el efecto de Bohr
EFECTO DE BOHR
El efecto Bohr es la disminución de la afinidad de la
hemoglobina con el oxígeno cuando se reduce el pH
(aumentan protones), por lo que la curva de disociación del
oxígeno o equilibrio se desplaza hacia la derecha (la afinidad
del oxígeno se reduce, la saturación es menor y la
hemoglobina tiende a soltar oxígeno. Por tanto, el CO2 se
une más a la hemoglobina); es decir, la hemoglobina
requiere más oxígeno para saturarse. El efecto Bohr tiene
funciones importantes en el transporte de O2 desde los pulmones hasta los tejidos que están respirando y en el
transporte de CO2 producido por la respiración de nuevo a los pulmones.
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Bioquímica y biología molecular
Bloque II – Proteínas
El CO2 producido por los tejidos que están respirando difunde de estos a los capilares. Este CO2 disuelto forma
bicarbonato por medio de la siguiente reacción: CO2 + H2 O2 ↔ H+ + HCO3-
Sin embargo, en el eritrocito, la enzima Anhidrasa carbónica (AC) acelera esta reacción en gran medida. En
consecuencia, la mayoría del CO2 sanguíneo es transportado en forma de bicarbonato.
En los capilares (tejidos metabólicamente activos), donde la pCO2 es baja, los H+ generados por la formación del
bicarbonato (aumento de protones) son captados por la hemoglobina al formar los pares iónicos del estado T, lo cual
induce de este modo a la hemoglobina a descargar su O2 unido. además, esta captación de H facilita el transporte de
CO2 al estimular la formación de bicarbonato. Es decir, el equilibrio se desplaza a la derecha.
Por el contrario, en los pulmones donde la Pco2 es alta, la unión de O2 a la hemoglobina rompe los pares iónicos del
estado T para formar el estado R y liberar así los protones de Bohr, que se recombinan con el bicarbonato para eliminar
el CO2, desplazando el equilibrio a la izquierda. Estas reacciones están íntimamente apareadas, de modo que provocan
escaso cambio en el pH sanguíneo.
Desoxi-Hb (con protón unido y puente salino) + O2 ↔ Oxi-Hb (sin puente salino) + H+
La posición del equilibrio Hb - O2 se ve afectada por el pH: cuanto mayor es el pH de la disolución de hemoglobina a
una determinada presión parcial de oxígeno, mayor es el porcentaje de saturación con el oxígeno:
Cuando la hemoglobina se oxigena, queda ionizada, y deja libre un protón por cada molécula de oxígeno unida:
En los pulmones, la presión parcial de O2 y el pH son altos, por lo que la hemoglobina tiende a estar saturada al
máximo con el oxígeno. Sin embargo, en el interior de los tejidos, la presión parcial de O2 es baja, y el pH también es
bajo por la elevada [CO2]. De esta manera, la hemoglobina se une al O2 menos fuertemente, y así descarga algo de su
O2, cediéndolo a los tejidos (aporte de oxígeno, respiración tisular), hasta una saturación por parte de la hemoglobina
de un 65%.
Formación de carbamatos:
Por otro lado, parte del CO2 de la sangre también modula la unión de oxígeno con la hemoglobina, al combinarse
reversiblemente con los grupos aminos N-terminales de las proteínas de la sangre para formar carbamatos:
La forma T (desoxi) de la hemoglobina une más CO2 como carbamato que la forma R (oxi). Cuando la concentración
de CO2 es alta, como en los capilares, el estado T se ve favorecido, lo que estimula a la hemoglobina a liberar su O2
unido. Por tanto, los protones liberados por la formación de carbamato promueven aún más la liberación de O2 a
través del efecto Bohr.
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Bioquímica y biología molecular
Bloque II – Proteínas
Resumen
El pH de los tejidos es más bajo que el de los pulmones, ya que se generan protones por la reacción del CO2 con el
agua y con los grupos amino terminal de la hemoglobina. El aumento de la acidez tiene dos propósitos: primero, los
protones disminuyen la afinidad de la hemoglobina con el oxígeno y permiten su liberación a los tejidos, y segundo,
cuando la hemoglobina libera las cuatro moléculas de oxígeno se une a dos protones, lo cual favorece la formación de
bicarbonato y, por tanto, la remoción de CO2 de los tejidos. EN el pulmón, el efecto Bohr trabaja en sentido contrario,
ya que en un medio abundante en oxigeno la afinidad de la hemoglobina con los protones decrece y se liberan, por lo
que facilita la producción de CO2, y su liberación a la atmosfera.
La concentración de bifosfoglicerato se regula fisiológicamente según la presión parcial de O2. La altura es uno de los
reguladores de esta molécula, ya que al aumentar la altitud disminuye la cantidad de oxígeno presente en el ambiente.
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Bioquímica y biología molecular
Bloque II – Proteínas
Para compensarlo, el organismo aumenta la concentración de bifosfoglicerato, disminuyendo la afinidad del O2 por
la hemoglobina (a más altura, más concentración de 23BPG). Ahora, la hemoglobina no se satura al máximo, en los
capilares hay menos O2 unido a la hemoglobina, pero su descarga si es mayor por lo que la diferencia entre la
saturación y la descarga de oxígeno es del 37%, muy similar al 38% normal. Al final, la curva se ha desplazado a la
derecha (curva roja), se carga menos oxígeno, pero se gasta mejor, y la diferencia entre lo que cargo y lo que nos
queda (tras haber soltado oxígeno) es similar a la original, que es lo que nos importa.
Por el contrario, si pasamos de un de una altitud mayor a una menor, al haber más oxígeno en el medio, habremos
aumentado nuestra la saturación de oxígeno, pero no dura eternamente, sino que el organismo vuelve a
autorregularse.
Otra medida de autorregulación por parte del organismo es el aumento de la eritropoyetina del riñón, que a su vez
aumenta el hematocrito de la sangre.
HEMOGLOBINA FETAL
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Bioquímica y biología molecular
Bloque II – Proteínas
En definitiva, esto permite un trasvase de oxígeno de una hemoglobina a otra en la placenta: la hemoglobina fetal
presenta menor afinidad por el 23BPG, y por tanto, mayor afinidad por el oxígeno; a la misma presión parcial de O2,
la hemoglobina fetal se satura más que la adulta. La hemoglobina materna transfiere oxígeno a la fetal y hay un
aporte de oxígeno, aunque no sea muy grande.
EXPRESIÓN DE LOS GENES DE LAS GLOBINAS HUMANAS DURANTE EL DESARROLLO. La hemoglobina fetal aparece casi
por completo a los pocos años de edad, por lo que no hay en adultos.
• Mutaciones en sentido equivocado (miss senses mutations) en el ORF, zona que codifica la proteína, de a o β,
cambios de un aminoácido por otro.
- Drepanocitosis, que es una alteración de los glóbulos rojos, como la anemia falciforme*.
- Alteración de la afinidad por oxígeno. Es malo tanto el aumento de la afinidad como su disminución.
- Pérdida del grupo hemo y, por tanto, la función.
- Disociación del tetrámero.
• Talasemias (α o β); alteraciones en la síntesis de las cadenas. Déficit de una cadena o de la otra. Se pueden
producir por:
- Falta el gen.
- Alteraciones en la región del gen promotor: expresión disminuida. Aunque la secuencia no está mutada,
si no se expresa hay problemas también.
- Error en la ORF: Cadenas anómalas. El péptido se sintetiza mal.
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Bioquímica y biología molecular
Bloque II – Proteínas
→ Anemia falciforme: producida por una mutación no conservativa (glutámico por valina, polar por apolar)
que provoca que se formen fibras internas que cambian la forma del eritrocito, que tiene forma de hoz. La
interacción de tipo hidrofóbico se produce entre la desoxihemoglobina, ya que en esta conformación se
genera un hueco hidrofóbico (con restos de fenilalanina 86 de β1), en el que encaja la valina 6 de β2. De
ahí que se desencadenen las polimerizaciones en el retorno venoso, pues ahí hay más cantidad de
desoxihemoglobina.
Para a la malaria, enfermedad causada por el Plasmodium falciparum y transmitida por la picadura de los
mosquitos. La anemia falciforme es más común en la población negra, pero el heterocigoto no la sufre de
una forma clínica. Esto le protege de la malaria, pues el Plasmodium hace parte de su ciclo reproductivo en
el eritrocito, y esta situación no favorece el ciclo reproductivo del animal.
En ambos tipos de talasemias existen variaciones genéticas con mayor o menor gravedad. La talasemia β
es más frecuente que la α. Hay cuatro alelos de α (cromosoma 16) pero solo 2 de la β (cromosoma 11).
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Bioquímica y Biología Molecular
Bloque III – Enzimología
CONCEPTOS
Las enzimas son biocatalizadores que son de naturaleza proteica, aunque también existen enzimas con naturaleza
nucleica (algunos RNA: ribocimas). Estas moléculas aceleran las reacciones, pero nunca desplazan el equilibrio.
Consiguen el aumento de velocidad gracias a un descenso en la energía de activación; por lo tanto, afecta la cinética
de la reacción, pero no la termodinámica. Algunos conceptos importantes son:
- Sustratos y cosustratos: son moléculas que participan en la reacción y que se ven afectadas por la misma, es decir,
se transforman. Ej. glucosa, ATP que se transforman en reacciones.
- Cofactores: molécula necesaria para que se produzca una reacción de catálisis. Si la naturaleza de esta molécula
es orgánica se denomina coenzima; en el caso de que la naturaleza sea no orgánica, sino que son iones
inorgánicos, se denominan cofactores metálicos.
La estructura formada por enzima y cofactor se denomina holoenzima; en el caso de referirnos únicamente a la
enzima, la proteína, la denominaremos apoenzima. Cuando el cofactor se encuentra fuertemente unido al enzima
se habla de grupo prostético.
- Coenzimas: son moléculas orgánicas de naturaleza no proteica, necesarias para la catálisis. Pueden ser co-
catalizadores (coenzimas verdaderas), si no se alteran en la reacción, o co-sustratos (NAD por ejemplo), cuando
se alteran o transforman en la reacción. Un verdadero catalizador no se transforma en la reacción, mientras que
los cosustratos sí. Por ello, el NAD, por ejemplo, que tradicionalmente se ha categorizado como cocatalizador, es
un cosustrado, pues el NAD se reduce para poder oxidar al alcohol, es decir, se transforma. La misma vitamina C
también entra en este grupo, pues se transforma en la reacción. Muchas vitaminas son coenzimas (vitamina D) o
precursores de las mismas (la niacina es el precursor del NAD y del NADH, o el ácido nicótinico) o coenzimas en sí
mismas (vitamina C), pero no todas (vitamina A y E).
*Vitaminas: moléculas necesarias para el organismo, pero no las puede sintetizar el organismo. (En un principio,
se vieron que los cosustratos catalizaban reacciones, por ello entraban en el grupo de coenzimas, y las vitaminas
también las relacionaron con estos. Luego se dieron cuenta de que algunas “coenzimas” se transformaban, siendo
cosustratos, y que no todas las vitaminas son enzimas. Todo esto es una cuestión histórica).
- Activadores metálicos: iones metálicos necesarios a veces para la catálisis, el cual reacciona con la enzima y
consigue que, una vez perdida la actividad enzimática, se recupere (cofactor metálico). Según el tipo de reacción
que se produzca, las coenzimas se pueden dividir en grupos.
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Bioquímica y Biología Molecular
Bloque III – Enzimología
- Alta especificidad en la selección de sustratos: hay catalizadores genéricos, que no son específicos. Sin embargo,
las enzimas llegan a distinguir hasta esteroisómeros y presentan proquiralidad.
- Elevado poder catalítico: aumentan muchísimo la velocidad de la reacción. Los catalizadores genéricos no la
aumentan tanto.
- Presentan cinéticas de saturación: pueden ser hiperbólicas o sigmoidales. A medida que aumenta el sustrato, va
aumentando la velocidad, pero llega un momento en el que se satura.
- Funcionamiento de la enzima: disminuye la energía de
activación. Ayuda a formar el estado de transición,
favoreciendo que una reacción que podría ocurrir
espontáneamente en un tiempo infinito suceda de manera
rápida e inmediata (por ejemplo, mejorando la orientación).
Aquí hay que distinguir entre lo termodinámicamente posible, y
lo energéticamente rápido. Sin embargo, las enzimas no
desplazan el equilibrio, es decir, no alteramos la energía libre
del proceso en su conjunto, sino solo la de activación. En el
metabolismo, las reacciones se producen porque la variación de energía libre es menor que 0, pero sin las enzimas
estas reacciones tardarían mucho.
MODELOS DE UNIÓN
Los centros activos son los lugares de la enzima a los que se une el sustrato.
*No todos los sustratos son capaces de unirse a un centro activo, de ahí la
especificidad del sustrato. No solo se tiene que unir el sustrato, sino que
además hay que favorecer el estado de transición para favorecer los
productos.
Están formados por residuos que pueden estar muy distantes en la secuencia secundaria. Sin embargo, cuando la
cadena de la proteína de la enzima se pliega, hace que dichos residuos estén muy cerca e interaccionen entre sí. El
resto de aminoácidos se encargan de proporcionar la estructura terciaria necesaria para que los centros activos estén
a una distancia adecuada, de forma que el centro activo sea funcional. Los centros activos proporcionan los elementos
y el medio necesarios para la catálisis y que se forme el estado de transición para que el sustrato se convierta en
producto. Además, los centros activos pueden ser bloqueados por muchos venenos de manera irreversible o
reversible, por lo tanto, son los blancos para la inhibición de la actividad de dicha enzima. Algunos aminoácidos
frecuentes en los centros activos son Cys, Thr, Tyr… Los centros activos son muy pequeños en comparación con el
enzima en su conjunto.
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Bioquímica y Biología Molecular
Bloque III – Enzimología
- Modelo llave-cerradura: la enzima presenta una conformación determinada que coincide con la del sustrato.
- Ajuste inducido: debido a que el centro activo de la enzima realmente no es tan rígido, se propuso este modelo.
Es el propio sustrato el que induce el cambio conformacional específico del centro del enzima, que le permite
adaptarse al primero. El sustrato es forzado a adoptar una conformación parecida al estado de transición.
CLASIFICACIÓN ENZIMÁTICA
Las enzimas se clasifican según el tipo de reacción que catalizan. Cualquier enzima queda definida por 4 números. El
primero tiene en cuenta lo siguiente:
Los números 2, 3 y 4 serán subgrupos de los anteriores, hasta 3 subagrupaciones más, para concretar la enzima. El
segundo número, por ejemplo, nos dará información en las isomerasas del tipo de isomería.
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Bioquímica y Biología Molecular
Bloque III – Enzimología
CINÉTICA ENZIMÁTICA
Km es la constante de disociación del complejo enzima-sustrato. A menor Km, más afinidad, y por tanto, más
eficacia catalítica.
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Bioquímica y Biología Molecular
Bloque III – Enzimología
La hipótesis de Michaellis-Menten sostenía que la reacción ocurre en dos etapas, una rápida y otra lenta. Ésta última
es la más lenta y, por tanto, la limitante.
E + S ES E + P
Rápida Lenta
Según este modelo, cuando la concentración de sustrato se hace tan alta como para convertir por completo a la enzima
en su forma ES, el segundo paso de la reacción limita la velocidad, y la velocidad de la reacción general se hace
insensible a mayores incrementos de la concentración de sustrato.
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Bioquímica y Biología Molecular
Bloque III – Enzimología
A la concentración de sustrato que es igual a Km, la ecuación arroja que la vi= vmax/2, de manera que la Km es la
concentración de sustrato a la que la velocidad de la reacción es la mitad de la velocidad máxima. Por lo tanto, si una
enzima tiene un valor de Km bajo, logra su actividad catalítica máxima con bajas concentraciones de sustrato. De esta
forma, podremos decir que la Km es la constante de disociación de la enzima, que indica la afinidad de la enzima por
el sustrato, y que no depende de la cantidad de enzima. Cuanto más baja sea, mayor afinidad encontramos: E y S
serán valores bajos, mientras que ES será bajo. Esto se produce siempre y cuando k2 < k-1, de manera que la reacción
ES→P, como se ha indicado anteriormente, se produce más lentamente que el regreso de ES a E+S:
La Km es única para cada par enzima-sustrato: sustratos diferentes que reaccionan con una determinada enzima lo
hacen con distintos valores de Km. De la misma forma, diferentes enzimas que actúan sobre el mismo sustrato tienen
valores de Km diferentes. La magnitud de Km varía ampliamente con la identidad de la enzima y la naturaleza del
sustrato.
La Vmáx es la velocidad máxima que podemos encontrar en una reacción. Se produce a altas concentraciones de
sustrato, cuando la enzima está saturada, es decir, se encuentra completamente en la forma ES. La asíntota a la que
tiende la hipérbola es precisamente la velocidad máxima. Las enzimas se saturan debido a que, una vez todos los
centros activos de las enzimas disponibles están ocupados, no se pueden producir más productos. Por tanto, la Vmax
depende de la cantidad de enzima, y puede variar en un mismo equilibrio, mientras que Km es constante, una
característica intrínseca.
Por otro lado, la saturación indica también que la enzima presenta un numero finito de sitios de combinación con el
sustrato. Cuando todos los sitios están ocupados, se puede hablar de saturación y el posible explicar el tipo de cinética
descrito por Michaelis y Menten.
En este caso, debe considerarse que solo un sustrato y un producto son libremente interconvertibles.
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Bioquímica y Biología Molecular
Bloque III – Enzimología
El complejo enzima-sustrato (ES) puede disociarse para dar enzima (E) y sustrato (S) o puede generar el producto de
la reacción (P) y liberar la enzima:
Cuando la concentración de ES es constante, la velocidad a la que se forma es igual a la velocidad a la que se está
disociando: El valor max de ES es Et.
Para hacer la representación de directos, necesitamos llevar a cabo primero una práctica experimental:
Ponemos en diferentes tubos concentraciones crecientes de sustrato, se les añade una enzima y se espera un tiempo
determinado, parando la reacción al poco tiempo. Tras esto, calculamos la aparición del producto (aumento) o
desaparición de sustrato (diferencia) de cada tubo (para ello, medimos la absorbancia). Con estos datos, conociendo
además el tiempo, podemos calcular las diferentes Vi y construir una gráfica que representa la Vi en función de la
concentración de sustrato (hipérbola).
Experimentalmente es difícil encontrar el valor máximo de la velocidad, por lo tanto, también es difícil obtener el valor
de Km (hay una incertidumbre). Así, para aumentar la precisión en el cálculo de velocidad máxima y Km se realiza una
transformación matemática, de una hipérbola hacia una recta: para esto, generalmente se expresa la inversa de la
concentración, obteniendo así una recta que cortará el eje de ordenadas en la velocidad máxima (1/Vmáx); y el de
abscisas en la constante (-1/Km). La pendiente será Ks/Vmáx. A esto se le llama representación de Lineweaver – Burk
(1), diagrama de inversos. Este en concreto es muy útil para resolver tipos de inhibiciones.
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Bioquímica y Biología Molecular
Bloque III – Enzimología
3.
2.
Esto se debe a que considera que la segunda etapa no tiene por qué ser la
limitante, pues K2 no es mucho más pequeña que K1. Por tanto, la
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Bioquímica y Biología Molecular
Bloque III – Enzimología
PARÁMETROS ENZIMÁTICOS
- Significado de la constante y de la velocidad máxima (visto anteriormente): la constante está relacionada con la
afinidad entre el sustrato y la enzima. La velocidad máxima es aquella en la cual se alcanza el valor de
concentración máximo con el que la enzima reacciona. La Km No varia con la cantidad de sustrato, pero sí con la
velocidad.
- Número de recambio: nos da información acerca de la eficiencia del enzima (catálisis). Es el número de procesos
de reacción (recambios) que cada centro activo cataliza por unidad de tiempo, es decir, el número de moléculas
de sustrato que una enzima es capaz de transformar en producto en una unidad de tiempo. Por tanto, mide la
EFICACIA ENZIMÁTICA. (Velocidad a la que trabaja cada una de las enzimas, cada centro activo. Velocidad entre
número de sitios, eficacia por cada sitio).
Si V = Kcat[ES] y el valor máximo de [ES]=[Et]: Kcat = Vmáx/[ES] - A mayor número de recambio, mayor
eficiencia, más rápida es la catálisis.
- Actividad específica: μ moles de sustrato transformados por minuto y por miligramo de proteína total (no solo
de mi enzima). Es decir, no es lo mismo si hay muchas proteínas que si hay pocas. Mide su capacidad de catálisis,
teniendo en cuenta la cantidad de proteína total. Se mira en relación a su cantidad debido a que la actividad
será diferente en función de ésta, es decir, Nos da la idea de abundancia relativa de mi proteína en el extracto: a
más cantidad, más actividad. Si hay la actividad específica en una muestra es alta, significa entonces que la
muestra está enriquecida en la proteína que nos interesa. Por ejemplo: la actividad de las transaminasas tiene
que ser baja en la sangre. Si su actividad específica es alta es porque existen problemas hepáticos. Purificación:
en cada paso, voy enriqueciendo la proteína, la actividad específica debería ir aumentando, pues cada vez hay
más de la mía.
- Unidad enzimática: cantidad de enzima que transforma un μ mol de sustrato por minuto. Se habla de unidades,
y no de miligramos, porque no toda la enzima tiene actividad, y, por lo tanto, se busca funcionalidad, no
cantidad. Mide la actividad enzimática.
Modelos secuenciales
Son aquellas reacciones en las que todos los sustratos deben combinarse con la enzima antes de que la reacción pueda
producirse y puedan liberarse los productos (es decir, primero entra el sustrato y luego sale el producto). Pueden
subclasificarse en:
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Bioquímica y Biología Molecular
Bloque III – Enzimología
- Modelo secuencial ordenado: la enzima trabaja primero sobre un sustrato y posteriormente con el otro. Los
sustratos van entrando ordenadamente, siguiendo un orden determinado (primero uno y luego otro). Existe una
secuencia de reacción obligatoria, de modo que un sustrato específico, primer sustrato o conductor, es el que se
fija en primer lugar, antes de que pueda unirse el segundo, el sustrato acompañante. Los productos también salen
en orden.
- Modelo secuencial al azar: no existe ningún orden determinado para que el enzima actúe necesariamente
primero sobre un determinado sustrato y después sobre el otro. Puede entrar primero un sustrato o el otro, y lo
mismo con la salida de los productos.
Las reacciones de desplazamiento son aquellas en las que uno o más productos se liberan antes de que todos los
sustratos se unan. Un sustrato debe hallarse unido a la enzima, y debe liberarse un producto, antes de que tenga lugar
la entrada de un segundo sustrato y la partida del segundo producto. El primer sustrato reacciona con el enzima y
origina una forma modificada de sí mismo. En la segunda etapa, este grupo funcional se transfiere desde el enzima al
segundo sustrato.
Es decir, un sustrato se une al enzima, se libera un producto, luego entra un segundo sustrato, y se libera un segundo
producto. Cuando la enzima se une al segundo sustrato, suele estar modificado, al llevar un fragmento del primer
sustrato. Ejemplo:
ENZIMAS NO MICHAELIANAS.
Las enzimas no michaelianas presentan una cinética sigmoidea, que se produce gracias al efecto de cooperatividad.
En ocasiones la unión entre la enzima y el sustrato provoca un cambio en la conformidad, y este puede derivar en el
aumento de la afinidad con otro sustrato, del mismo tipo o no; o por el contrario, un cambio que impida la unión a
más sustratos, inhibición. Se da en enzimas con más de una subunidad, con dos conformaciones.
Se habla de conformación relajada (R) a aquella en la que se aumenta la
efectividad, provocada por moduladores alostéricos positivos (estabilizan
esta conformación), los cuales desplazan la curva a la izquierda. Por otro lado,
los moduladores alostéricos negativos disminuyen la efectividad de la
reacción provocando una conformación tensa (T), poco o menos activa, o
inhibida (desplazan la curva a la derecha, velocidad menor). Los inhibidores
estabilizan esta conformación.
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Bioquímica y Biología Molecular
Bloque III – Enzimología
Estos activadores e inhibidores suelen ser metabolitos. Es común que un metabolito actúe como inhibidor de una
enzima que actúa en un paso anterior de la misma reacción con el objetivo de equilibrar el proceso, se denominan
metabolitos de feedback. Otros, en cambio, actúan como activadores de enzimas aumentando la efectividad en un
paso anterior de la misma reacción, denominados metabolitos de feed-forward. “Esto es como una cadena de
producción: si entra mucho al principio, avisa a uno del final para decir que viene más trabajo”.
En muchos de estos casos, cuando se omiten los inhibidores o activadores, la curva se vuelve hiperbólica.
- pH: la mayoría de las enzimas poseen un pH característico, al cual su actividad es máxima (pH óptimo). La relación
entre el pH y la actividad de cualquier enzima depende del comportamiento ácido base de la enzima y del sustrato.
La forma de la curva de actividad – pH varía con la concentración del sustrato, ya que el valor de Km de muchas
enzimas varía con el pH.
Existe un rango en el cual las enzimas actúan de una manera óptima, generalmente entre pH 6 y 8. Sin embargo,
existen algunas enzimas que actúan en pH extremos. El pH afecta tanto a la catálisis y la velocidad, como a la
estructura de la enzima, pudiendo desnaturalizar a la misma. Por ejemplo, la pepsina está adaptada a un pH ácido
(se encuentra en el estómago), y la tripsina a un pH básico.
- Temperatura: generalmente, la actividad enzimática aumenta al
hacerlo la temperatura, sin embargo, existe cierto límite, en el que
esta decae. Esto se debe a que la función enzimática depende de la
estructura terciaria, por lo que la actividad del enzima puede
desaparecer si se producen cambios extremos en la temperatura
(desnaturalización). En este momento, se pierde la actividad.
ISOENZIMAS
Son enzimas que difieren en su secuencia pero que catalizan la misma reacción en una misma especie. Las isoenzimas
suelen presentar distintos parámetros cinéticos (Km) y presentan distinta respuesta a moléculas reguladoras (no se
regulan por los mismos reguladores alostéricos y no catalizan los mismos pasos de la misma manera). Surgen por
duplicación génica y posterior evolución en paralelo. Suelen encontrarse en tejidos diferentes, donde el medio es muy
distinto y cada una de ellas es más efectiva en unas condiciones específicas.
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Bioquímica y Biología Molecular
Bloque III – Enzimología
Destaca, por ejemplo, la isoenzima lactato deshidrogenasa (tetrámero), que aparece en cinco formas isoenzímicas
diferentes en los tejidos de la rata y de otros vertebrados. Aunque todas sus isoformas catalizan la misma reacción,
estas permiten que el metabolismo sea predominantemente anaerobio o aerobio. La H4, por ejemplo, tiene más
afinidad por los sustratos y se inhibe por niveles altos de piruvato, lo que permite que funcione con un metabolismo
anaerobio. En el corazón va hacia un sentido y en musculo en otro, para que en la segunda se dé la fermentación.
ZIMÓGENOS
Las enzimas proteolíticas suelen biosintetizarse en forma de precursores inactivos más grandes conocidos como
zimógenos (los precursores enzimáticos en general se conocen como proenzimas), circulando inactivos. Esto es muy
importante, en el caso de las enzimas digestivas la razón es clara: si estas enzimas se sintetizaran en sus formas activas,
podrían digerir los tejidos que las sintetizaron.
Por tanto, los zimógenos son proteínas con actividad enzimática (capacidad catalítica), pero que deben ser escindidas
por un enlace concreto de la secuencia para adquirir su función catalítica, es decir, para activarse necesitan de una
proteólisis parcial concertada (corte en un sitio determinado de la proteína, sin destruirla, para que pase de estar
inactiva a estar activa): Proteína inactiva → Corte proteolí co → Proteína ac va (capacidad enzimá ca).
Ejemplos:
- Digestivos: en el estómago (pepsinógeno/pepsina, renina, la cual está solo en lactantes) o los zimógenos
pancreáticos, en el páncreas.
- Cascada de coagulación.
- Sistema renina-angiotensina.
ZIMÓGENOS DIGESTIVOS
La activación del tripsinógeno, el zimógeno de la tripsina, se produce cuando entra en el duodeno procedente del
páncreas. La enteropeptidasa, escinde de manera específica un enlace peptídico en el tripsinógeno. Como este corte
activador se produce en un sitio sensible a la tripsina, la pequeña cantidad de tripsina producida por la
enteropeptidasa también cataliza la activación del tripsinógeno, lo que genera más tripsina, y así sucesivamente.
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Bloque III – Enzimología
RESUMEN: Todas estas son proteasas, que rompen la proteína en aminoácidos. Esto comienza en el estómago
(pepsinógeno se convierte en pepsina cuando comienza la digestión) y continúa en el páncreas (secreción pancreática,
que desencadena la activación de otras enzimas). Las flechas rojas indican que esas proteínas se pueden incluso
romper a ellas mismas, de esta manera se desactivan cuando ya no son necesarias.
La coagulación se divide en dos vías que, al final, convergen en una. Una vía intrínseca (color amarillo) comienza
cuando el daño de los tejidos expone el colágeno, que activa la primera enzima, el factor XII, para que comience la
cascada. La vía intrínseca utiliza proteínas ya presentes en el plasma. La vía extrínseca (azul) comienza cuando los
tejidos dañados exponen un factor tisular, que forma un complejo con el factor VII, que activa a su vez la vía extrínseca.
Las dos vías unen una vía común (verde) para generar trombina. La trombina es la última de una serie de enzimas de
la coagulación que se activan de forma secuencial por la proteólisis de sus zimógenos. El proceso general se conoce
como cascada de la coagulación. El paso final de la coagulación es la conversión de fibrinógeno en fibrina, una reacción
catalizada por la enzima trombina.
La coagulación es un fenómeno molecular, que ocurre por la unión (polimerización) de fibrina, lo que permite la
coagulación de la sangre. En este proceso un zimógeno actúa sobre otro, que a su vez actuará sobre uno más; de esta
manera en un espacio corte de tiempo conseguiremos mucha actividad de la enzima situada al final de la cascada (el
efecto cascada ha amplificado el proceso). Debemos tener en cuenta que este proceso es molecular, y es distinto a la
agregación plaquetaria, que es un fenómeno celular, por el que se juntan muchas plaquetas. Son dos procesos
distintos que se modulan de forma simultánea, es decir, están muy relacionados.
La coagulación se da cuando el fibrinógeno (que no coagula) es cortado por sus extremos N-terminales por la trombina.
Así, el fibrinógeno se convierte en fibrina (monómero) que interacciona o precipita, se polimeriza y se forman uniones
covalentes entre la glutamina y la lisina de la fibrina (gracias al factor XIIIa, que es el que establece la unión covalente).
Con esto, se da la retroacción del coágulo y este se compacta. El proceso anterior también está regulado por altas
concentraciones de calcio.
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Bioquímica y Biología Molecular
Bloque III – Enzimología
La coagulación se inicia cuando una proteína de membrana (factor/tromboplastina tisular), expuesta a la circulación
debido al daño de los tejidos, forma un complejo con el factor VII o VIIa (se activa por proteólisis parcial. Necesaria la
proteína K) circulante en presencia de calcio y fosfolípidos. El complejo factor tisular-VIIa convierte proteolíticamente
al zimógeno factor X en factor Xa. El factor Xa convierte entonces a la protrombina en trombina, que luego corta al
fibrinógeno para producir fibrina (de la manera explicada anteriormente). La trombina también activa el factor XIII,
responsable de los enlaces covalentes que dan estabilidad a la fibrina. Los pasos de la coagulación dependientes del
factor tisular se conocen como VÍA EXTRÍNSECA (provocadas por una lesión tisular), porque el origen del factor tisular
es extravascular. La vía extrínseca se detiene rápidamente por la acción de una proteína que inhibe al factor VII una
vez que se ha generado el factor Xa.
La activación sostenida de la trombina requiere la actividad de la VÍA INTRÍNSECA (denominada así porque todos sus
componentes están presentes en la circulación). Esta vía también se activa indirectamente por la via extrínseca. La vía
intrínseca se desencadena por la presencia de superficies extrañas o alteradas en el organismo, especialmente si hay
una alteración de los vasos, como los ateromas (aterosclerosis). Esta vía puede desencadenarse por la activación del
factor XII, que se une a las superficies extrañas y a este se une la precalicreína (activa el factor, sufre proteólisis parcial
y se convierte en calicreína) y el HMWK. Por otro lado, también es estimulada por el complejo tisular-VIIa, que
convierte al factor IX en su forma activa, el factor IXa. La trombina formada activa varios componentes de la vía
intrínseca, entre ellos el factor XI, una
proteasa que activa al factor IX para
mantener la coagulación en ausencia del
factor tisular o de factor VIIa. La trombina
también activa a los factores V y VII. El
factor Va, junto con el factor VIIIa,
promueven la activación de la
protrombina. Así, la trombina promueve
su propia activación mediante un
mecanismo de retroalimentación que
amplifica los pasos anteriores de la
cascada. El factor XIII también se activa por
la trombina. El factor XIIIa, entrecruza
químicamente a las moléculas de fibrina
mediante la formación de enlaces
peptídicos entre las cadenas laterales de
glutamato y lisina, lo que genera una fuerte
red de fibrina.
Hay ciertas enfermedades genéticas que provocan problemas en los procesos de coagulación:
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Bioquímica y Biología Molecular
Bloque III – Enzimología
El cuerpo produce dos anticoagulantes naturales, la heparina (tratamiento que se realiza hospitalariamente) y la
antitrombina III, que trabajan de forma conjunta (la heparina se une a la antitrombina y aumenta su actividad
anticoagulante, que consiste en inhibir la acción serín proteasa) para bloquear los factores activos IX, X, XI y XII. La
proteína C, otro anticoagulante del organismo, es un zimógeno que se activa por la trombina y que inhibe los factores
de coagulación Va y VIIIa (gracias a su unión con la proteína S). La proteína C se activa por su unión con la
trombomodulina, una proteína transmembrana. Esta, a su vez, se une a la trombina, retirándola de la circulación y
haciéndola menos activa en la coagulación (así se evita que la sangre se coagule demasiado, evitando trombos
peligrosos: “mecanismos de freno”, muy importante en cirugías), pero activando, sin embargo, a la proteína C unida
a la trombomodulina.
Los anticoagulantes cumarínicos como la Warfarina (Sintrom), bloquean la acción de la vitamina K, un cofactor de la
síntesis de los factores de coagulación II (trombina), VII, IX y X. Es un antagonista de ella, es decir, actúa como si fuera
ella, uniéndose a los mismos sitios, pero no funciona. La proteína K es indispensable para la coagulación, por lo que
su déficit provocaría que no funcionaran los factores. Esto se debe a que es la responsable de que se dé la gamma-
carboxilación, que es una modificación postraduccional que permite que los factores funcionen bien. Otra opción
anticoagulante es la disolución de coágulos sanguíneos mediante el uso de fármacos fibrinolíticos, como el activador
tisular del plasminógeno (tPA), que degrada el plasminógeno a plasmina y esta degrada a la fibrina (esto es lo que
disuelve al coágulo). El tPA se une con mayor afinidad al plasminógeno unido a los trombos de fibrina (no fibrinógeno)
que circulan libres gracias a un dominio de reconocimiento, de forma que es un buen antifibrinolítico. El tPA tiene a
su vez un regulador, el PAI-1, que inhibe su actividad. Si esta aumenta demasiado, aumenta también el riesgo de
accidente cardiovascular. Por ello, la formación del coágulo induce también su propia disolución. Otros disolventes de
coágulos/anticoagulantes: uroqinasa (natural, riñón) y estreptoquinasa (purificada de un estreptococo), que activan
el plasminógeno (inhibidores de plasmina: α2 antiplasmina y α2 macroglobulina), y la hirudina, presente en las
glándulas salivales de las sanguijuelas.
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Bioquímica y Biología Molecular
Bloque III – Enzimología
El PAI (citoquina producida en procesos inflamatorios), es un inhibidor del activador tisular del plasminógeno (tPA),
es decir, inhibe la disolución del coágulo, por lo que es protrombiótico.
- Tiempo de trombina (TT): tiempo que necesita el plasma para coagular cuando se añade una pequeña cantidad
de trombina. Se utiliza para testar el paso de fibrinógeno a fibrina.
- Tiempo de protrombina (TP): se utiliza la tromboplastina y se activa el factor tisular. Para testar la vía extrínseca.
- TTTPa: tiempo de tromboplastina parcial activado. Se añade caolín y cefalina para testar la vía intrínseca
- Tiempo de reptilasa: Es un tiempo de coagulación similar al tiempo de trombina, pero donde el coágulo es
producido por la acción de una enzima del veneno de víbora denominada reptilasa, que coagula el fibrinógeno al
cortar el fibrinopéptido A. El tiempo de reptilasa no es inhibido por heparina y puede utilizarse en lugar del tiempo
de trombina en la evaluación del fibrinógeno en pacientes heparinizados. Si el efecto de la heparina es la única
causa de tiempo de protrombina prolongado, el tiempo de reptilasa será normal.
Este sistema controla la tensión arterial. La vía RAS comienza cuando las células granulares yuxtamerulares de las
arteriolas eferentes de una nefrona secretan una enzima llamada renina. Estas células se activan porque son
presorreceptores, es decir, unos barorreceptores sensibles a cambios de presión. La renina segregada (cuando la
presión arterial es baja se segrega más) convierte una proteína inactiva del plasma, el angiotensinógeno en
angiotensina I (ANG I). Cuando la ANG I de la sangre encuentra una enzima llamada enzima convertidor de la
angiotensina (ECA. Sus inhibidores: IECA), se convierte en ANG II. Cuando la ANG II de la sangre llega a la glándula
adrenal, desencadena la síntesis y liberación de aldosterona; finalmente, en la nefrona distal, la aldosterona inicia las
reacciones intracelulares que hacen que el túbulo reabsorba Na+. Conseguimos así subir la presión arterial
En resumen, todos los estímulos que inician la vía RAS están relacionados directa o indirectamente con la presión
arterial baja y aumenta la tensión de varias formas como consecuencia de la angiotensina:
Para bajar la presión se administran antagonista de la angiotensina, antidiuréticos, inhibidores del enzima convertidos
de la angiotensina (IECA), calcio antagonistas (promueven vasorelajación), betabloqueantes … Todos ellos propician
la liberación de renina.
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Bloque III – Enzimología
Por último, otro sistema importante en que toman partido los enzimógenos es el SISTEMA DEL COMPLEMENTO, una
cascada de reacciones enzimáticas que ocurre en el hígado.
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Bloque III - Enzimología
Las coenzimas son moléculas orgánicas de naturaleza no proteica, necesarias para la catálisis. Hay dos tipos: las que
se alteran en la reacción (co-sustratos) y las que no (co-catalizadores, por ejemplo, si transfieren grupos sin
convertirse). Se clasifican según la reacción que catalizan.
Las vitaminas son nutrientes orgánicos con funciones metabólicas esenciales, que regularmente se necesitan en
pequeñas cantidades en la dieta porque el cuerpo no puede sintetizarlas. Las vitaminas liposolubles (A, D, E y K) son
moléculas hidrofóbicas cuya absorción y la evitación de deficiencia requiere absorción normal de grasa. Muchas
vitaminas son precursoras de coenzimas (no todas): la vitamina B3 y la niacina o la vitamina B6 de pyridoxina.
Tradicionalmente, se clasifican las vitaminas en función de su solubilidad: liposolubles, presentes en las grasas de los
alimentos, y no liposolubles (hidrosolubles), presentes en vegetales.
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Bloque III - Enzimología
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Bloque III - Enzimología
COENZIMAS DE ÓXIDO-REDUCCIÓN
(Puede darnos una fórmula para que identifiquemos el tipo de coenzima, no dibujarla).
- NADH/NAD (nicotín adenín dinucleótido). Participa en las reacciones que contengan un grupo alcohol, aldehído o
carboxilo. Su forma en NADH está reducida (tiene poder reductor, capta protones y deja a la otra molécula
oxidada), y su forma NAD está oxidada.
- NADPH/NADP: es como el NAD pero con un grupo fosfato. El NADPH está reducido (poder reductor) y el NADP
está oxidado. Interviene en procesos de síntesis neta de metabolitos (a diferencia del NADH) actuando como
cosustrato, pues se transforma en la reacción. En los procesos de biosíntesis, además de ATP se puede requerir
poder reductor. En la mayoría de los casos de biosíntesis reductora, el donador de electrones es NADPH.
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Bloque III - Enzimología
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Bloque III - Enzimología
- Fosfato de piridoxal (PPL). La ingerimos y su precursor es la piridoxina (vitamina B6), que no la podemos sintetizar
y se fosforila a PPL (en el organismo se le unen dos grupos fosfato, formando el fosfato de piridoxal). El fosfato de
piridoxal es una coenzima para muchas enzimas involucradas en el metabolismo de aminoácidos, en particular,
permiten las reacciones de transaminación gracias a los grupos resonantes de su molécula, descarboxilaciones,
condensaciones aldólicas, etc. No se transforma en la reacción, por lo que es un co-catalizador. Necesaria para la
síntesis de muchos neurotransmisores. Su déficit provoca convulsiones, fatiga, inflamación de los nervios
periféricos.
- Pirofosfato de tiamina (TPP). Precursor: Vitamina B1 /Tiamina. Cataliza reacciones de descarboxilación oxidativa
(α cetoácidos) y reacciones en las que se transfieren grupos aldehídos (de α-cetol). Es un co-catalizador, no se
transforma en la reacción. Tienen un papel fundamental en el metabolismo de glúcidos y lípidos. Cataliza gracias
a un protón que tiene suelto. Su déficit provoca beriberi (degeneración de neuronas, afecciones del corazón y de
los músculos).
- Biotina. Precursor: vitamina H o B8. Coenzima que participa en la transferencia de grupos carboxilos (activación
y transferencia de CO2, grupos carboxilos, …), interviene en reacciones que producen energía y en el metabolismo
de ácidos grasos. Necesaria para el crecimiento, buen funcionamiento de la piel y glándulas sexuales. Es un grupo
prostético, pues se une fuertemente a la lisina, y un co-catalizador, sufre una transformación transitoria pero
luego vuelve a su estado original. Su déficit provoca dermatitis, aumento del colesterol en sangre, pérdida de
cabello…
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Bloque III - Enzimología
- CoA (vitamina B5 o ácido pantoténico): cosustrato que participa en la transferencia de grupos acilo y esto activa
de ciertas moléculas que participan en el metabolismo energético, participa en reacciones del ác. cítrico y en la
oxidación de ácidos grasos.
▪ Acetil-CoA: actúa en la activación de ciertas moléculas que actúan en
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Bloque III - Enzimología
- Cobalamina (vitamina B12): El término “vitamina B12” se usa como un término descriptivo genérico para las
cobalaminas. Actúa como coenzima en la transferencia de grupos metilo. Presenta cobalto (oligoelemento) en
estado de oxidación +3. Esta vitamina la producen bacterias en los hígados de los animales, donde se acumula en
forma de metil, adenosil o hidroxil cobalamina. Para la correcta absorción de vitamina B12 hace falta un factor
intrínseco que produce el organismo, segregado por el estómago (la falta de esta vitamina muchas veces viene de
un defecto en el estómago que se relaciona con la falta de este factor más que con la falta de la vitamina en sí).
Interviene en la síntesis de ADN, ARN y proteínas, y en las reacciones de reorganización molecular. Aun cuando se
sintetiza de modo exclusivo por microorganismos, para propósitos prácticos la vitamina B12 sólo se encuentra en
alimentos de origen animal; no hay fuentes vegetales de esta vitamina. En mamíferos (humanos) solo se conocen
dos tipos de reacciones catalizadas por la B12, relacionadas con el metabolismo del folato:
▪ La conversión de metil malonil CoA en succinil CoA (aparece en la vía de degradación de citol, ácidos grasos
de nucleótidos (participa en la síntesis de purinas y pirimidinas), por lo que, si no hay metionina, no hay B12
y por tanto su déficit compromete la proliferación celular.
El déficit también produce anemia perniciosa.
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- Ácido fólico y derivados: no es sintetizado por los organismos eucariotas, pero sí por
las bacterias. Por lo tanto, es necesaria su ingestión, y es esencial para la síntesis de
folato y tetrahidrofolato (son sus formas reducidas. 2 reducciones consecutivas:
dihidrofolato y tetrahidrofolato). Interviene en reacciones que transfieren un grupo
de carbonato en bases púricas y pirimidínicas. Es decir, participan en el metabolismo
de ADN y ARN. Por ello, si existe un déficit de ácido fólico, puede existir anemia puesto
que las células sanguíneas son las que más rápido se reproducen. Necesario en las
embarazadas, su ausencia provoca defectos en el desarrollo del tubo neural.
Compuesto de un anillo de pteridina (aislado por primera vez de las alas de las
mariposas), aminobenzoico y varios glutamatos, de 1 a 7 (ver imagen).
El tetrahidrofolato se transforma en otras coenzimas como el formil THF y metil THF mediante reacciones de oxido-
reducción:
Relación entre el metabolismo del folato y la B12 (la trampa del tetrahidrofolato)
Si no hay vit.B12, la reacción catalizada por la metionina sintasa no se da y se acumula metil THF y homocisteína. La
irreversibilidad de la reacción de conversión de metilen THF a metil THF causa un déficit de metilen THF y de formil
THF, necesarios para la síntesis de nucleótidos. Esto se conoce como trampa del tetrahidrofolato.
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Bioquímica y Biología Molecular
Bloque III - Enzimología
La forma activa del ácido fólico (pteroil glutamato) es el tetrahidrofolato. El principal punto de entrada para
fragmentos de un carbono hacia folatos sustituidos es el metilen-tetrahidrofolato (coenzima que transite grupos de
hidratos de carbono), que se forma por medio de la reacción de glicina, serina y colina con tetrahidrofolato. Los
metilen-, metenil- y 10-formil-tetrahidrofolatos (formil unido a la metionina. Aporta carbonos 2 y 8 en los anillos de
piruna) son interconvertibles. Cuando no se requieren folatos de un carbono, la oxidación de formil-tetrahidrofolato
para dar dióxido de carbono proporciona un medio para mantener un fondo común de folato libre.
En la quimioterapia de cáncer se han usado compuestos que inhiben la formación de tetrahidrofolatos y que, por ende,
bloquean la síntesis de purina. Algunos análogos del hidrofolato actúan como inhibidores de la dihidrofolato
reductasa.
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Bloque III - Enzimología
Déficit: La deficiencia de ácido fólico en sí, o la deficiencia de vitamina B12, que conduce a deficiencia de ácido fólico
funcional, afecta a las células que se están dividiendo con rapidez porque tienen un requerimiento grande de timidina
para la síntesis de DNA. En clínica, esto afecta a la médula ósea, lo que da pie a anemia megaloblástica.
Sulfamidas
- Retinol (vitamina A): obtenida del β-caroteno (el retinol surge de romper este caroteno en 2). Se une a proteínas
de los conos (ver en color, 3 tipos) y bastones (ver en blanco y negro) de la retina. El retinal, isomerizado
previamente a cis, se une covalentemente a la rodoxina a través de residuos de lisina (unión covalente). La
incidencia de la luz sobre ellas produce una isomerización (en la vitamina A, fotorreacción), que permite que sus
enlaces pasen de una forma cis a trans. Esta permutación provoca un cambio conformacional en las proteínas,
alterando su posición en la membrana. Interacciona con una proteína (transduccina activa) y esto a su vez activa
una enzima (fosfodiesterasa), que bloquea los canales de sodio e hiperpolariza la célula, es decir, que provoca que
se forme un impulso eléctrico (convertimos la luz en un impulso nervioso). Si no hay luz, pasa lo contrario en el
potencial de membrana. Todo esto es muy importante en los procesos de visión. Su déficit provoca sequedad de
epitelios y ceguera nocturna.
- Calciferoles (vitamina D): la tomamos del hidrocolesterol, por ejemplo. Es una provitamina. Es un precursor de
una hormona (calcitrón) a través de varias transformaciones, que participa en la absorción de calcio en el intestino.
También está en la piel, y es activada por la luz del sol. Su déficit puede causar raquitismo por falta de absorción
de calcio, y puede estar causado por no ingerir suficientes cantidades de esta vitamina (leche, grasas) o por falta
de tomar el sol.
- Otros: ácidos grasos esenciales Ω-3 y Ω -6.
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Bloque III - Enzimología
VITAMINA A:
VITAMINA D:
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Bloque III - Enzimología
TTP:
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Bloque III - Enzimología
Los inhibidores son sustancias que disminuyen e incluso anulan la velocidad de la reacción catalizada. Hay dos
tipos de inhibidores: reversibles (interaccionan con la enzima de manera no covalente) e irreversibles (se unen
covalentemente a la enzima, anulando su capacidad catalítica, y se modifican permanentemente). Ambos tipos
tienen funciones terapéuticas.
INHIBICIÓN REVERSIBLE
Interacciones de la enzima o el sustrato con inhibidores, no son permanentes. Es un tipo de inhibición en el que el
compuesto que inhibe a la enzima se une a éste, o al complejo ES de forma no covalente. Hay varios tipos de
inhibición reversible:
Haciendo cinéticas (como las de la foto) podemos diferenciar los tipos de inhibiciones, por tanto, las gráficas. Las líneas
de abajo con sin inhibidores y luego la concentración de estos va aumentando.
- Competitiva: Implica que el agonista y el antagonista (inhibidor y sustrato) se unen reversiblemente a los
mismos sitios de reconocimiento del receptor, es decir, al mismo centro activo. Muchos inhibidores
competitivos son estructuralmente similares al sustrato que se combina con la enzima (isósteros) formando un
complejo El, que no conduce a la catálisis (es decir, al producto). Incluso combinaciones transitorias de este
tipo afectarán negativamente a la eficiencia del enzima. La presencia del inhibidor hace que la Km aumente,
sin embargo, la velocidad no varía. La afinidad ES disminuye, y la afinidad IS aumenta (porque compiten por el
centro activo).
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Bloque III - Enzimología
Gráfico de Lineweaver-Burk en la enzima con inhibición competitiva. Inhibición competitiva. Gráfico de inversos
En presencia del inhibidor, por tanto, Km cambia, por lo que tenemos Km (original) y Km’ (con el inhibidor).
[]
Km’ = Km · (1 + ). Este último factor, necesariamente, es mayor. Por tanto, a mayor concentración del inhibidor,
Km’ será mayor que Km (original) y hay menos afinidad por el sustrato, mientras que la velocidad de reacción se
mantiene.
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Bioquímica y Biología Molecular
Bloque III - Enzimología
- No competitiva: El antagonismo no competitivo implica la interacción del antagonista con un lugar distinto
del de reconocimiento del agonista, pero íntimamente relacionado con el receptor, con lo que anula la acción
del agonista. La Km no varía, pero sí lo hace la velocidad máxima (disminuye). Al aumentar la concentración
de inhibidor, disminuye la velocidad máxima (la asíntota cae. Vmáx’ < Vmáx). Se une o al enzima libre o al
complejo ES. El inhibidor se va a unir al complejo ES con la misma afinidad que el sustrato se une al centro
activo del enzima.
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Bioquímica y Biología Molecular
Bloque III - Enzimología
La actividad de muchos fármacos se basa en la inhibición de ciertas reacciones catalíticas, hay tanto reversibles
como irreversibles. Algunos ejemplos de fármacos inhibidores son:
- Inhibidores de la proteasa del VIH (indinavir): inhibe la enzima que sintetiza las proteínas víricas de dicho virus
(indinavir).
- Estatinas: inhibidos de las HMGCoA reductasa, que regula la vía de síntesis del colesterol (evita los excesos de
síntesis). Reversibles.
- Aspirina: inhibidor irreversible de la ciclooxigenasa (COX) que origina las prostaglandinas y los tromboxanos.
Es antipirética, antiagregante y antiinflamatoria.
- Penicilinas: inhibidor irreversible de la transpeptidasa (se une a ella covalentemente e inactiva el enzima) en
la síntesis del péptidoglicano de la pared bacteriana (N-acetilglucosamina y N-acetilmurámico), inhibiendo la
transpeptidación. Son compuestos β-lactáminos.
*Gram+ : puentes disulfuro, mucho péptidoglicano. Las Gram – tienen poco peptidogicano.
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Bioquímica y Biología Molecular
Bloque III – Enzimología
Cuando un organismo tienes “más opciones”, es más versátil y la supervivencia del mismo aumenta (ejemplo de
organismos aerobios y anaerobios). Si tiene un metabolismo determinado y cambian las circunstancias en las que se
encuetnra, el metabolismo también debe cambiar, es decir, regularse (regulación: consecuencia de versatilidad). Con
la regulación a través de ciertos mecanismos, se selecciona una vía metabólica u otra. En un organismo multicelular
esto se complica: las regulaciones de los metabolismos de distintos tejidos se tienen que hacer en concordancia.
La existencia de múltiples vías metabólicas exige un control de estas a fin de que no se produzca un colapso metabólico.
La regulación de las vías se consigue regulando los catalizadores de las reacciones, es decir, a las enzimas.
La vía metabólica avanza porque los equilibrios están desplazados. En este caso, habría un equilibrio desplazado de D
a E, lo que hace que haya una disminución de D y, por tanto, se de la reacción C → D. Todos estos procesos del
metabolismo se puede dar gracias a los enzimas, pues hacen que estas reacciones sean cinéticamente posibles (si no,
el metabolismo iría demasiado lento). La regulación de los enzimas regula el flujo metabólico, y hay varias formas de
hacerlo.
Al modificar la cantidad de enzima se modifica la reacción a catalizar. A mayor cantidad de enzima, mayor velocidad
de la reacción. Se lleva a cabo controlando la expresión del gen que la sintetiza (traducción, transcripción y
postraducción, todos lo que afecte a la síntesis) o la vida media de la enzima (velocidad de deterioro de la misma).
Este mecanismo es muy lento, ya que los procesos como la transcripción o la traducción tardan un tiempo y son
controlados por hormonas (pueden durar desde algunos minutos hasta varias horas).
Las proteínas reguladoras tienen una vida media muy corta pues esto permite que sean degradadas con mayor rapidez
y por tanto, se inhiba su función lo antes posible.
Es un mecanismo bastante más rápido. Las modificaciones que se hace en el enzima pueden ser de dos tipos:
1. Modificación covalente: se modifica la conformación de manera reversible pudiendo pasar de estado activo a
inactivo, o viceversa, sin cambiar la cantidad de proteína. Se modifica mediante la unión covalente de un grupo
químico a la cadena lateral de algún aminoácido de la cadena. Los mecanismos más comunes son fosforilaciones (en
enzimas con un grupo hidroxilo libre, introduce una carga negativa), aunque también hay acetilaciones,
ubiquitinaciones, sulfaciones, gamma-carboxilaciones…
1
*Estos procesos, como el de fosforilación, son bastante rápidos, implican la liberación de hormonas (señalización), por
lo que pueden durar segundos.
2
El metabolito D actúa como
modulador alostérico negativo
del A (feed-back).
*Otro factor a tener en cuenta son los valores de Km. Fijándonos en el dibujo de arriba, si d1 tiene una Km mucho
menor que d2, el flujo metabólico iría mayoritariamente hacia F y no hacia H, pues hay mayor afinidad. Por tanto, la
Km influye en el sentido o dirección de la ruta metabólica, independientemente de cantidad y modificación
ISOENZIMAS
Son otro tipo de regulador de la actividad enzimática. Una misma reacción puede ser catalizada por varios enzimas,
según el tipo de tejido (dependiendo del tejido en el que estemos, podemos encontrar una concentración de una
isoforma u otra, dependiendo de la etapa del desarrollo. Estos enzimas van a estar formados por péptidos diferentes,
pero aun así su acción catalítica va a ser la misma.
Ejemplo del piruvato: en músculos esqueléticos, el piruvato no actúa como modulador negativo, mientras que en el
corazón es un modulador alostérico negativo, inhibiendo las reacciones metabólicas. El H4 tiene más afinidad por el
sustrato y se inhibe con una mayor concentración de piruvato. Esto permite que funcione oxidando el lactato
(metabolismo aerobio). M4 está optimizada para funcionar en sentido inverso y permitir la vía fermentativa. Los otros
isoenzimas tienen características intermedias. Tras un infarto, encontramos H4 en sangre.
LOS ZIMÓGENOS
También se encargan de la regulación enzimática a través de la regulación de la proteólisis parcial concertada. Es una
modificación covalente irreversible.
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Bioquímica y biología molecular
Bloque III – Enzimología
El análisis de las enzimas directamente en sangre nos sirve para hacer diagnóstico, ya que muchas enzimas se
encuentran en el organismo en una concentración concreta, y su alteración puede provocar patologías. Se observa la
concentración de enzimas en sangre, orina, tejidos (biopsias) y líquido cefalorraquídeo (LCR).
Por ejemplo, la concentración de transaminasas debe ser baja en la sangre. Si tras analizar una muestra de sangre la
concentración de transaminasas es alta, indica que puede haber un problema hepático, como hepatitis, cirrosis,
tumores hepáticos, LDH-4 (infarto). Esto también puede indicar un daño muscular, aunque no es lo más común. Las
transaminasas salen al torrente sanguíneo cuando las células se necrosan.
La vida media de las enzimas también es un factor a tener en cuenta. Por ejemplo, en un infarto, cuando se produce
una obstrucción arterial, las células que dejan de irrigarse mueren (necrosis) y salen al corriente circulatorio las
enzimas que contienen. En el torrente circulatorio estas enzimas tienen una actividad, que podemos observar para
detectar el infarto o el tiempo en el que ocurrió. Cada una se mantendrá en sangre en un nivel más o menos alto a lo
largo de los días tras el infarto, dependiendo de si la vida media de cada enzima es mayor o menor.
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Bioquímica y biología molecular
Bloque III – Enzimología
APLICACIÓN ANALÍTICA: ANÁLISIS CUANTITATIVO (los enzimas como herramientas para el análisis y sus aplicaciones diagnósticas)
La mayoría de los metabolitos que se pueden medir hoy en día, se miden gracias a métodos enzimáticos. Las enzimas
reconocen de forma específica los sustratos, de forma que, en una mezcla compleja de sustancias (como puede ser
una muestra de sangre), la proteína que nos interesa es capaz de reconocer un reactivo en concreto (reconoce un
metabolito y lo transforma), permitiendo su identificación y el análisis dentro de una muestra:
- Determinación de la glucosa: para determinar la glucosa en el suero o en el plasma se utiliza la glucosa oxidasa.
Esta enzima cataliza la oxidación de la glucosa a ácido glutónico y peróxido de hidrógeno, el cual se valora mediante
la reacción de Trinder, dando lugar a una quinona coloreada, que es detectable.
Caso 2: en presencia de glucosa, se forman estos productos que absorben la luz a una longitud de onda determinada,
por lo que se puede detectar la absorbancia y comparar en una curva patrón para cuantificarlo. Es un método específico
porque la exoquinasa reconoce glucosa
Por otro lado, la determinación puede llevarse por esta reacción, gracias a la detección del NADH:
- Determinación del ácido úrico: en el suero, plasma u orina. El ácido úrico en los mamíferos es el metabolito final
del catabolismo de las bases púricas, y su elevación está asociada a la gota, es decir, a reumatismos
hiperuricémicos. Niveles altos de ácido úrico están también asociados a patología renal por retención de productos
nitrogenados, asociándose en estos casos a valores también altos de ureas y creatininas. El fundamento del
método se basa en la utilización de uricasa, que oxida el ácido úrico a alatonina y peróxido de hidrógeno, que en
presencia de POD y 4-AF y DCPS forma un compuesto rosáceo que es detectable.
- Determinación de la urea: la ureasa cataliza la hidrólisis de la urea, dando amonio y CO2. El amonio se valora con
una reacción enzimática, pasando NADH a NAD:
Las enzimas también se utilizan como herramientas para trazar y amplificar las señales en técnicas inmunológicas; en
el ELISA, en la inmunohistoquímica, Western Blot.
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Bioquímica y biología molecular
Bloque III – Enzimología
(Anticuerpo 1º + anticuerpo 2º que transforman sustrato en coloreado, ayudan a la detección y amplifican la señal);
(en un corte de tejido se pasan anticuerpos para detectar antígenos e incluso cuantificar); (inmuno Blot: gel transferido
y localizando proteínas en las bandas con anticuerpos).
- Proteasa del VIH: inhibe la actividad proteasa del virus, impidiendo así su expansión.
- Captopril (IECA): inhibe la enzima que convierte la angiotensina. Sirve para disminuir la tensión.
- Estatina: inhibe la acción del enzima que regula la síntesis de colesterol (hidroximetilglutarilCoA reductasa). Son
inhibidores reversibles, competitivos.
- Aspirina: es antipirética, antiagregantes y antiinflamatoria. Inhibe la cicloxigenasa que origina las prostaglandinas
y los tromboxanos.
- Penicilina: se une covalentemente a la transpeptidasa, impidiendo la transpeptidación (inhibidor irreversible).
Inhibidores de la transcriptasa en reverso: de la retrotranscriptasa inversa.
*La mayoría de los fármacos empleados para combatir enzimas suelen ser competitivos.
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Los hidratos de carbono son polihidroxialdehídos y polihidroxicetonas, y sus derivados por polimerización. Hay tres
tipos principales: monosacáridos, oligosacáridos y polisacáridos, y todos ellos pueden ser simples o derivados (con
sustituyentes). Los polisacáridos, además, pueden tener función estructural o de reserva. Clasificación:
MONOSACÁRIDOS
Dulces, por lo que también se les denomina azúcares. Son los más simples, pueden polimerizar.
MONOSACÁRIDOS SIMPLES
Son moléculas sencillas de polihidroxialdehídos o polihidroxicetonas, que pueden tener entre tres y nueve átomos
de carbono. Responden a la fórmula empírica (CH2O)n. Tienen poder reductor, ya que tienen un carbono anomérico
libre (ciclación).
Aldopentosas Cetopentosas
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- Hexosas: seis átomos de carbono. Ejemplos (todos son aldohexosas, menos la fructosa, que es cetohexosa):
▪ La glucosa puede encontrarse libre (frutas) o polimerizada en forma de reserva (almidón) o en forma de
polisacáridos estructurales (celulosa). Es la principal fuente de energía. En animales está libre en la sangre y
polimerizada en hígado y músculo como glucógeno.
▪ La galactosa forma parte del disacárido de la lactosa. También constituye gomas, mucílagos y pectinas.
▪ La manosa se halla en estado libre en la corteza de algunos vegetales, y también aparece como constituyente
ISOMERÍA
Debido a la existencia de al menos un Ca (carbono asimétrico: enlazado a 4 sustituyentes diferentes) los monosacáridos
presentan esteroisómeros. Pueden ser L o D, según la posición del –OH del último Ca, es decir, el del penúltimo
carbono, el carbono asimétrico más alejado del grupo aldehído o cetona (derecha D, izquierda L).
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Debido a los ángulos de los enlaces del carbono (104,5º), solo son estables los ciclos pentagonales (furanosas), y los
hexagonales (piranosas) donde uno de los átomos del ciclo siempre es el oxígeno.
Los grupos –OH y –H situados a la derecha en la proyección de Fischer quedan hacia abajo en la fórmula cíclica y los
que estaban a la izquierda quedan hacia arriba.
Como resultado de la ciclación, el carbono del grupo carbonilo (llamado ahora carbono anomérico) pasa a ser
asimétrico y, por tanto, se originan dos nuevos esteroisómeros denominados anómeros. Éstos se diferencian en la
posición del grupo hidroxilo unido al carbono anomérico:
*Fórmula glucosa (polihidroxihemiacetal, el OH de la posición 5 se adiciona sobre el carbono 1). Truco para aprenderse
su forma ciclada: el OH- abajo (2), arriba (3), abajo (4).
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En las piranosas a pesar de las formas cicladas anteriores, éstas no existen en la realidad, sino que son una
simplificación. Las formas cíclicas de los azúcares no son planas, si no que adoptan conformaciones tridimensionales
de silla o de bote. La conformación en silla, al presentar sus sustituyentes alternados, es una estructura más estable
(la repulsión entre átomos es menor, la distancia entre los enlaces ecuatorial y axial es mayor y, además, están
contrapeados).
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MONOSACÁRIDOS DERIVADOS
Algunos son sustituyentes y otros han sufrido una reacción y se consideran derivados.
- Derivados ácidos: se produce por la oxidación de uno o más grupos carbonilo. Ejemplos de la glucosa:
▪ Ácidos aldónicos: oxidación de C1 a
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DISACÁRIDOS Y OLIGOSACÁRIDOS
Se forman por la unión de monosacáridos mediante enlaces O-glucosídicos, en los que se pierde una molécula de
agua. El enlace se establece entre el primer monosacárido, con su –OH hemiacetílico, (para indicarlo se utiliza el sufijo
– osil), y el segundo monosacárido, o bien con su –OH hemiacetílico (sufijo -ósido), o con uno de sus grupos alcohol
(sufijo – osa).
Los disacáridos pueden ser reductores (monocarbonílicos. Los carbonos carbonilos solo pueden ser el 1 y 2) o no
reductores (dicarbonílicos): depende de si tienen uno de sus carbonos anoméricos libres o no. Prueba Fehling: destaca
la presencia de azúcares o disacáridos con poder reductor, pues utiliza cobre y este es reducido por el extremo libre del
carbonilo. Los disacáridos más frecuentes son:
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POLISACÁRIDOS
Son carbohidratos de elevado peso molecular, que resultan de la polimerización de monosacáridos o de sus
derivados. Pueden ser homopolisacáridos o heteropolisacáridos, dependiendo de si son 1 o varios azúcares los que
polimerizan.
de granos insolubles en los amiloplastos. Es muy abundante en los tubérculos (patata), bulbos, legumbres,
cereales… El almidón se hidroliza mediante enzimas específicas (amilasas y maltasas). El almidón está
compuesto por dos polímeros distintos: amilosa y amilopectina.
o Amilosa: es un polímero no ramificado (lineal) de moléculas de a-glucosa, unidas por enlaces α (1→4).
Las cadenas de amilosa adoptan una estructura helicoidal, y es esta la que reacciona con el yodo: tinción
con lugol.
o Amilopectina: polímero ramificado, de enlaces α (1→4), y ramificado gracias a los enlaces α (1→6).
Hay una ramificación por cada 12 o 30 restos de glucosa. En la hidrólisis de la amilopectina aparecen
unidades de maltosa e isomaltosa.
▪ Glucógeno: polímero de α-glucosa. Presenta una estructura similar a la de la amilopectina, pero más
ramificada, cada 8 o 12 restos de glucosa entre cada ramificación. Éstas suponen una ventaja adaptativa: la
hidrólisis se inicia por los extremos no reductores, por lo que cuanto más ramificado esté, más rápida será la
degradación del glucógeno, y el suministro de glucosa. El glucógeno se encuentra almacenado en el hígado
(para distribuir) y en el músculo estriado (para sí mismo). La glucosa es necesaria para situaciones de estrés, y
su suministración se da a mayor velocidad gracias al glucógeno, pues se degrada por varios puntos a la vez.
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▪ Dextranos: polímeros de reserva en bacterias de glucosa con uniones α (1→6), pudiendo tener ramificaciones
1→2, 1→3. Puede unirse a epidoro drina para dar un polímero: Shepadex, u lizado para la filtración molecular
(con él se elaboran las microesferas de la filtración molecular).
reales de celulosa se empaquetan para formar haces o micelas, que se asocian en microfibrillas y fibras,
formando a su vez láminas. El tipo de enlace β hace que la molécula de glucosa gire 180º, por lo que pueden
establecerse puentes de hidrógeno intracatenarios e intercatenarios.
Las láminas superpuestas forman la pared de celulosa que también posee otros polisacáridos, como arabinosa.
Para los humanos la celulosa no es un nutriente, porque no la podemos digerir (no hay enzimas que rompen los
enlaces), pero resulta imprescindible tomarla en la dieta (constituyen la fibra, vital para el tránsito intestinal),
debido a que su gran afinidad por el agua facilita el tránsito del bolo fecal. La digieren las bacterias de la flora
intestinal. Los rumiantes tienen enzimas para digerirla.
▪ Quitina: polímero de N-acetil-β-D-glucosamina, en el que los enlaces son del tipo (1→4). Sus cadenas son
(polimanuronato). Se extrae de las algas marrones. Con ellos, se construyen las esferificaciones en gastronomía:
“solidifica por el calcio”.
▪ Agarosa: es un polisacárido formado por galactosas (repetición del disacárido D-galactosa 3,6 anhidro-L-
galactosa). Forma una matriz inerte, no tóxica: agar-agar para cultivos. Su uso más extendido es para construir
geles que permitan separar moléculas de ADN. La agarosa es soluble en agua a temperaturas superiores a los
65ºC. Según la temperatura a la que se encuentre en forma líquida o de gel. El agar también se emplea como
espesante en gastronomía.
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uno de sus azúcares es una glucosamina, y presentan cargas negativas (grupo sulfato/carboxilo). Tienen
funciones tanto en el exterior como en el interior celular (la mayoría están en el exterior, en el tejido conjuntivo).
Pueden estar unidos a proteínas, formando proteoglucanos. Son los responsables de la gelatina. Principales:
o Heparina: inhibe la coagulación al unirse a la antitrombina III. Empleado en cirugías vasculares.
o Hialuronato: componente líquido sinovial y del humor vítreo.
o Condroitín y Keratán sulfatos: presentes en el cartílago, tendones, y otros tejidos conjuntivos.
o Dermatán sulfato: componente de la matriz extracelular de la piel. Suelen tener función estructural y de
reconocimiento.
PEPTIDOGLICANOS
Son constituyentes de la pared bacteriana, por lo que también tienen función estructural. La fracción proteica es de
pequeño tamaño en comparación con la glucídica. Está formado por largas cadenas glucídicas constituidas por la
repetición alternante de los aminoazúcares N-acetilglucosamina (NAG) y N-acetilmurámico (NAM).
Cada molécula de NAM está unida a una pequeña cadena formada por cuatro aminoácidos (tetrapéptido). A su vez,
los tetrapéptidos de las cadenas vecinas se unen entre sí mediante enlaces que pueden ser puentes transversales,
formados por otros péptidos, constituidos por la repetición de cinco aminoácidos de glicina (pentaglicina).
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Colorantes: uno se une a peptidoglicanos (+, azul/morado) y otro a lípidos (-, rojo). Las bacterias GRAM - tienen menor
cantidad de peptidoglicano, y las GRAM + tienen una mayor proporción del mismo en su pared celular. La
transpeptidasa en las gram-negativas no actúa debido a las uniones que se producen. En las gram-positivas, se realiza
la unión entre las cadenas de NAM y NAG a través de un puente de 5 glicinas. Esta unión es la que es catalizada por
las transpeptidasas. En las gram-negativas, las cadenas de glicinas no aparecen, sino que se forman uniones directas
entre las cadenas de NAG y NAM. Es por eso que las penicilinas, que inhiben a las transpeptidasas, no afectan a las
bacterias gram-negativas.
Algunos antibióticos, como la penicilina y las cefalosporinas, inhiben el crecimiento bacteriano: interrumpen la
formación de pared bacteriana al inhibir la síntesis de peptidoglicano.
- Ácidos teicoicos: polímero están constituidos por glicerol-fosfato o ribitol, unidos por enlaces fosfodiéster.
Además, hay otros restos de azúcares unidos covalentemente a través de grupos –OH. Se encuentran unidos al
péptidoglicano (el glicerol se une a través de la alanina del peptidoglicano), y están presentes, sobre todo, en la
pared de las bacterias gram-positivas.
- Lipopolisacáridos bacterianos (LPS): lípidos con polímeros de azúcares (polisacáridos). Estos polisacáridos son
muy inmunógenos, son potentes determinantes antigénicos de bacterias: interaccionan con los receptores TLR de
células del sistema inmune innato (y lo activan). La pared lipídica está embebida en la membrana, y el azúcar
sobresale. Son objetos de vacunación, porque desencadenan una respuesta inmunogénica. Están en la pared de
las bacterias gram-negativas. También participan en la reacción inflamatoria.
Muchas estructuras de las membranas y de la matriz extracelular tienen funciones estructurales y/o están implicadas
en procesos de reconocimiento celular. Muchas de estas interacciones implican glicoproteínas, proteoglicanos y
glicolípidos (forman parte de la membrana plasmática de las células).
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Proteoglicano del cartílago: la matriz del proteoglicano es el responsable de la flexibilidad y resistencia del
cartílago.
Las glucosilaciones de las proteínas ocurren en el interior del retículo endoplásmico y en el aparato de Golgi:
Las glicolisaciones ocurren tanto en el retículo endoplásmico como en Golgi (entra por cis- y sale por trans-).
Las N-glicosilaciones se encuentran en inmunoglobinas G y M, ovoalbúmina, hormonas peptídicas…
▪ O-glucosilación: el glúcido unido suele ser el N-acetilgalactosa o galactosa o xilosa. Los polisacáridos unidos
Estas glicolisaciones tienen lugar únicamente en el retículo, que actúa como centro de distribución de
proteínas a diversos destinos, como a lisosomas, a la membrana.
▪ Una proteína puede tener N-glicosilaciones y O-glicosilaciones. Algunas participan en la señalización celular
y otras están en la matriz extracelular. Hay proteínas que están N-glicosiladas, y a medida que la proteína va
perdiendo residuos de azúcares va aumentando su afinidad por un receptor celular que se encuentra en el
hígado, que la captura y la degrada. Por lo que, de alguna forma, la glicosilación determina su vida media.
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Existen anomalías congénitas tanto de O como de N-glicosilaciones por defecto genéticos (mutaciones: más de
30 reconocidas) de las enzimas responsables de la catálisis de estas reacciones, aunque son más frecuentes las N-
glicosilaciones. Estos defectos producen fallos multiorgánicos (psicomotor, digestivo…), que en ocasiones pueden
conllevar retraso mental. Se pueden localizar a través de un estudio familiar para saber quién es el portador y así
conocer el riesgo genético en las siguientes generaciones.
Además, los oligosacáridos y polisacáridos de las glicoproteínas, proteoglucanos y glicolípidos pueden participar en el
reconocimiento celular:
- Lectinas: son proteínas de la parte externa de la célula, que unen carbohidratos de forma específica. Su función es
facilitar el contacto celular. Así las lectinas en una célula interaccionan con los hidratos de carbono de otra célula,
reconociendo glicoproteínas.
*Aplicación en purificación de proteínas, empleándola en la fase estacionaria (las glicoproteínas se pegarán).
- Grupos sanguíneos: se deben a los hidratos de carbono que se encuentran en la superficie de las células
(gangliósidos). Las secuencias glucídicas son capaces de actuar como transportadoras de información biológica, y
pueden expresar: tipo de antígeno de la superficie celular, duración de la vida de las células y señalización del lugar
de anclaje.
Lugar de anclaje: algunos virus se unen a las células a la que infectan a través de hidratos de carbono de la superficie
celular. Un ejemplo es el virus de la gripe, que se une al ácido sálico (N-acetilneuramínico) de algunas glicoproteínas.
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Bioquímica y Biología Molecular
Bloque V – Lípidos y membranas biológicas
Desde el punto de vista químico son un grupo heterogéneo, por lo que se van a diferenciar por sus características físicas:
ÁCIDOS GRASOS
- Según la longitud de su cadena: corta (4-6 carbonos), media (8-10 carbonos) o larga
(12-24 carbonos).
- Según el grado de saturación: monoinsaturados (un doble enlace), poliinsaturados
(dos o más dobles enlaces), o saturados (no presentan dobles enlaces).
Los saturados predominan en las grasas animales (ácido palmítico 16C, esteárico
18C…), sólidas a Tª ambiente; y los insaturados en las grasas vegetales (ácido oleico,
linoleico…), las cuales suelen ser líquidas.
En la naturaleza de los ácidos grasos predominan los que tienen un número par de
átomos de carbono, dobles enlaces de tipo CIS (forma casi lineal). Entre sus propiedades
destacan:
Bioquímica y Biología Molecular
Bloque V – Lípidos y membranas biológicas
- Son de naturaleza anfipática: la cadena alifática es apolar, y el carboxilo polar. Esto les permite formar micelas, monocapas,
bicapas…
- Punto de fusión: aumenta con la longitud de la cadena (aumentan los enlaces que se rompen con la temperatura), y disminuye
con la insaturación, debido a la aparición de codos en las cadenas anfipáticas que dificultan la formación de enlaces de Vander
Waals entre los ácidos grasos. Sólidos a temperaturas más bajas.
- Pueden formar enlaces éster con grupos alcohol de otras moléculas; cuando estos enlaces se hidrolizan con alcalinos se
obtienen jabones (saponificación).
La presencia de ácidos grasos insaturados aumenta la fluidez de la membrana, debido al “quiebre” de las colas a la altura de los
dobles enlaces (forman un codo en la cola). Esto impide, o al menos dificulta, que las colas hidrocarbonadas se compacten,
restringiendo así las interacciones entre ellas. El hecho de que uno de los grupos acilo de los fosfolípidos esté saturado y el otro
no garantiza una buena fluidez dentro del rango de temperaturas fisiológicas. Además, cuando las cadenas hidrocarbonadas
son cortas, tienen menor superficie para interactuar entre sí; esto último también favorece la fluidez de las membranas.
GRASAS (glicéridos)
Son moléculas formadas por la unión de uno (monoacilglicérido), dos
(diacilglicérido) o tres (triacilglicérido TAG o triglicérido) ácidos grasos con una
glicerina (propanotriol)por un enlace de tipo éster (esterificación). Si los tres
ácidos grasos son iguales, se denominan grasas simples, y si son distintos, grasas
mixtas. La unión se produce entre los grupos –OH de cada molécula, liberándose una molécula de agua. En los insaturados, al
haber un enlace en cis, se empaquetan peor y el punto de fusión es más bajos.
Los triglicéridos son grasas neutras, y es la forma de acumular energía en animales (adipocitos). Se pueden clasificarse según su
punto de fusión:
- Sebos: grasas sólidas debido a su alto contenido en ácidos grasos saturados y por la cadena larga.
- Mantecas: grasas semisólidas. Su grado de fluidez es variado y depende por ejemplo de la alimentación.
- Aceites: grasas líquidas, que contienen grasas insaturadas o de cadenas cortas. Se encuentran en plantas oleaginosas, o en el
fruto y en la semilla, y en los pescados azules.
Bioquímica y Biología Molecular
Bloque V – Lípidos y membranas biológicas
FOSFOGLICÉRIDOS (fosfolípidos)
Es un derivado de los triglicéridos. Son triésteres de glicerina con dos ácidos grasos y un ácido ortofosfórico. La molécula resultante
recibe el nombre de ácido fosfatídico que, unido a un aminoalcohol, origina el fosfolípido completo.
Según el aminoalcohol presente se distinguen varias clases de fosfoglicéridos (fosfatidil+aminoalcohol): cefalina
(fosfatidiletanolamina), lecitina (fosfatidilcolina), fosfatidilserina (carga neta negativa a pH fisiológico), fosfatidil-inositol (-),
fosfatidilglicerol…
Son moléculas anfipáticas, con una zona apolar
formada por sus cadenas alifáticas y otra polar
hidrofílica formada por el grupo fosfato y su
radical. Los fosfolípidos son los lípidos más
abundantes en las membranas. Debido a su
carácter anfipático, los fosfolípidos, en un medio
acuoso se organizan espontáneamente
conformando la denominada bicapa lipídica. Las
cabezas polares están orientadas hacia el medio acuoso (intra y extracelular) y las colas hidrofóbicas hacia el medio lipídico, es
decir, al interior de la bicapa, constituyendo la matriz de la membrana. A su vez, estas bicapas tienden a cerrarse
espontáneamente sobre sí mismas formando vesículas, es decir, compartimientos cerrados en toda su extensión tridimensional,
similares a una esfera.
Los fosfolípidos, además de tener función estructural por ser componentes de membranas, también participan en los mecanismos
de comunicación celular. Los fosfolípidos más frecuentes de las membranas son la fosfatidiletanolamina, la fosfatidilcolina, la
fosfatidilserina y la esfingomielina.
ESFINGOLÍPIDOS
Son ésteres formados por la unión del alcohol esfingosina y un ácido graso (su grupo
carboxilo) mediante un enlace amida, que da lugar a una molécula llamada ceramida
(es un derivado de la misma), a la que se le une una molécula polar. Quedan dos colas
apolares y una cabeza polar.
- Fosfoesfingolípidos (esfingomielinas): resultan de la unión de un grupo –OH de la ceramida con una molécula de ácido
ortofosfórico, que a su vez puede unirse a una colina o etanolamida. Son abundantes en el tejido nervioso, donde forman
las vainas de mielina.
- Esfingoglucolípidos: resultan de la unión, mediante un
grupo glucosídico, entre el grupo alcohol de la ceramida y
un conjunto de monosacáridos.
▪ Cerebrósidos: contienen un monosacárido,
generalmente glucosa o galactosa.
▪ Gangliósidos: (GM + nº) contienen varios azúcares
(oligosacáridos). Encargados de los grupos sanguíneos.
Participan también en procesos de reconocimiento
celular y esto lo utilizan algunos virus para entrar.
Bioquímica y Biología Molecular
Bloque V – Lípidos y membranas biológicas
CERAS
Son ésteres saponificables de ácidos grasos de cadena con monoalcoholes de cadena larga o esteroles (OH- de la posición 3).
Debido a su marcada insolubilidad en agua (ambas cadenas son muy hidrofóbicos), son secretadas por las glándulas sabáceas
de los vertebrados para proteger e impermeabilizar la piel, el pelo y las plumas.
Entre las ceras más conocidas se encuentran la cera de la abeja (compuesta por ésteres
de ácido palmítico), la lanolina o grasa de la lana de oveja, el aceite del producido por el
cachalote y el cerumen del conducto auditivo.
Tienen CARÁCTER DETERGENTE: forman micelas o monocapas y bicapas. Esto les permite formar parte de las estructuras de las
membranas. Los fosfolípidos poseen esta propiedad.
EICOSANOIDES
Los anteriores tienen un inicio común en su vía de síntesis, mientras que el de los leucotrienos es independiente. Estos se sintetizan
por la vía lineal, también a partir del ácido araquidónico.
- Leucotrienos: mediadores locales en las reacciones de tipo alérgico e inflamatorio que intervienen en el desarrollo del asma
bronquial. Son los únicos en los que en su molécula no contiene ciclados.
ISOPRENOIDES
Son moléculas derivadas de la polimerización del isopreno (2-metil-butadieno, cinco átomos de carbono). No son lípidos, pero
tienen carácter anfipático. Hay dos tipos: terpenos y esteroides:
Bioquímica y Biología Molecular
Bloque V – Lípidos y membranas biológicas
TERPENOS
- Monoterpenos (10 carbonos): son sustancias volátiles y de aromas penetrantes y característicos que constituyen las esencias
vegetales o aceites esenciales (limoneno, mentol, timol, citronelal, pineno…). Es la condensación de 2 isoprenos.
- Sesquiterpenos (15C)
- Diterpenos (20 carbonos): entre ellos se encuentra el fitol (que forma parte de la clorofila). Otros poseen carácter vitamínico,
como las vitaminas A, E, K.
- Triterpenos (30 carbonos): entre ellos destacan el lanasterol y el escualeno (precursor del colesterol o derivados).
- Tetraterpenos (40 carbonos): constituyen los pigmentos fotosintéticos vegetales (pigmentos carotenoides, carotenos,
licopenos, xantofilas…)
- Politerpenos: se encuentran en el caucho (látex). También se les llama poliprenoides.
ESTEROIDES
Derivan del anillo de ciclopentanoperhidrofenantreno (esterano). Los esteroides se diferencian entre sí por el número y la
localización de sustituyentes en el anillo, y por la presencia de enlaces en los anillos.
El representante más conocido de este grupo es el colesterol (derivado de esteroides o de isopreno, aparece de las dos formas),
molécula con 26 átomos de carbono que forma parte de las membranas celulares animales y además es precursor de otras
moléculas orgánicas como:
- Las hormonas esteroídicas: sexuales (andrógenos y estrógenos, testosterona) o los corticoides (aldosterona).
- 7-deshidrocolesterol, molécula que se transforma en la vitamina D3 por la acción de la luz UV.
- Ácidos biliares que provocan la emulsión de grasas durante los procesos digestivos de estas. Actúan como un detergente (Ác
desoxicolico) Desde estos ácidos, si los combinamos con glicina o taurina, obtenemos sales biliares:
Bioquímica y Biología Molecular
Bloque V – Lípidos y membranas biológicas
Estas sales se sintetizan en el hígado y se acumulan en la vesícula biliar, las segrega cuando tomamos grasas porque actúa
como detergente. Las sales emulsionan la grasa para que las lipasas pancreáticas las pueda digerir y degradar. La secreción
de estas sales depende de una proteína (BSEP: bile salt export protein). Si esta no funciona o hay una mutación de la misma
se produce incapacidad de secreción: colestasis hepática. La mayoría de estas sales (>90%) se reabsorben por el intestino y
vuelven a parar al hígado para ser recicladas: circulación enterohepática.
“Membrana tan separadora como permeable”, aunque parece que separa a la célula del exterior, es un mecanismo
de intercambio (metáfora de la frontera)
La membrana celular es una estructura trilaminar de unos 75 A, la cual se puede ver a microscopio electrónico. La
membrana celular (no la de orgánulos) presenta una diferencia de potencial: es negativo hacia el interior
(fundamental a tener en cuenta en el transporte de sustancias con carga). Sus funciones principales son:
- Limitar la célula, separando el medio intracelular del extracelular y manteniendo así sus diferencias fisicoquímicas.
No aísla a la célula de forma absoluta, pero hay un cierto orden en las cosas que entran y salen (metáfora anterior).
- Función mecánica de soporte y da forma a la célula.
- Señalización y transducción. Las células tienen que ser identificadas por otras células para que se produzca el
transporte.
- Permite las comunicaciones con otras células.
- Participación en el reconocimiento de señales (hidratos de carbono hacia fuera reconocidos por lectinas).
- Transporte e intercambio de materia y energía. (Esto también se puede aplicar en las membranas de orgánulos).
Las membranas son disoluciones bidimensionales de proteínas globulares y lípidos orientados. La bicapa lipídica sirve
de disolvente para las proteínas integrales y de barrera de permeabilidad.
COMPOSICIÓN
Normalmente la membrana presenta un 52% de proteínas, un 40% de lípidos y un 8% de glúcidos. Esta distribución es
asimétrica en una cara con respecto a la otra, y que tiene que ver con las funciones celulares.
La membrana está formada por una bicapa lipídica, en la cual están integradas proteínas, y también posee glúcidos
en su cara externa. Las partes polares de la bicapa lipídica se encuentra hacia el exterior (cara interna o externa), y las
apolares quedan orientadas hacia el interior, enfrentándose entre sí.
Todas las membranas tienen una estructura general, pero existe una composición diferente, ya que existe cierta
variabilidad según el tipo celular y, por tanto, según la función que llevan a cabo:
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Bloque V – Lípidos y membranas biológicas
PROTEÍNAS
Mientras que los lípidos ejercen principalmente una función estructural, las proteínas no sólo desempeñan un rol
estructural, sino que además son las responsables de las funciones específicas de las membranas biológicas. Estas
según su función pueden agruparse en: enzimáticas, de transporte, receptoras y de reconocimiento. Diferentes
membranas tienen distinta proporción y composición de proteínas, de acuerdo con sus funciones. En otras palabras,
son justamente las proteínas las que le otorgan distintas funciones a las membranas. Estas en su mayoría son proteínas
globulares (estructura terciaria o cuaternaria). Según su ubicación en la membrana se clasifican en:
- Proteínas intrínsecas, integrales o transmembrana: Pueden atravesar total o parcialmente la bicapa, asomando
a una o ambas superficies de la misma. Únicamente pueden ser extraídas de la membrana por medio de
detergentes que rompen la bicapa y solubilizan la membrana (otras se pueden sacar solo con cambios de pH, por
ejemplo). Si se pone detergente de más, las proteínas no solo salen, sino que también se desnaturalizan. Por tanto,
las concentraciones de detergente para solubilizar membranas son muy bajas). Tienen un sector hidrofóbico, que
es el que esta insertado en la membrana y una o dos regiones hidrofílicas, expuestas a los medios intra y
extracelulares (ambos acuosos). De lo anterior se deduce que estas proteínas son moléculas anfipáticas. La porción
que atraviesa la membrana suele presentar una estructura de alfa hélice con una elevada proporción de
aminoácidos hidrofóbicos que interaccionan con las colas hidrocarbonadas de la matriz de la membrana. El sector
proteico (también llamado dominio) expuesto a los medios acuosos suele tener estructura globular e interacciona
con las cabezas polares de los fosfolípidos y con otras moléculas a través de uniones iónicas y puente de hidrógeno.
GLÚCIDOS
Las membranas celulares contienen entre un 2-10% de glúcidos. Estos se asocian covalentemente a los lípidos
(glicolípidos) y a las proteínas (glicoproteínas).
Los glicolípidos (o glucolipidos) presentes en las membranas son los gangliósidos y cerebrósidos. Los gangliósidos se
forman por la unión de un oligosacárido con la ceramida. La estructura de los cerebrósidos es similar, sólo que el
hidrato de carbono no es un oligosacárido sino una galactosa o una glucosa. (ver capítulo de lípidos).
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Bloque V – Lípidos y membranas biológicas
Los hidratos de carbono de los glucolípidos y las glucoproteínas, en su mayoría oligosacáridos, suelen ubicarse en la
cara no citosólica de la membrana plasmática formando una estructura llamada glicocálix cuyas funciones se pueden
resumir de la siguiente manera:
− Proteger a la superficie de la célula de agresiones mecánicas o físicas. Como ejemplo podemos citar a las células
situadas en la luz del intestino delgado que presentan un glicocálix muy pronunciado.
− Poseer muchas cargas negativas, que atraen cationes y agua del medido extracelular.
− Intervenir en el reconocimiento y adhesión celular. Actúan como una “huella dactilar” característica de cada célula,
que permite distinguir lo propio de lo ajeno.
− Actuar como receptores de moléculas que provienen del medio extracelular y que traen determinada información
para la célula, por ejemplo, receptores de hormonas y neurotransmisores.
*Experimento células de ratón mezcladas con humanas, las proteínas de membrana de cada una estaban teñidas con
un color diferente: al final, las membranas se mezclaban, las proteínas aparecían dispersas (gracias al movimiento
lateral), por lo que se mueven.
Como ya se mencionó, las membranas son estructuras dinámicas donde los componentes pueden desplazarse en todas
las direcciones sobre el plano de la bicapa. De ahí que el modelo reciba el nombre de mosaico fluido. Existen tres tipos
de movimientos posibles en las membranas:
Tanto los movimientos de difusión lateral como el de rotación se llevan a cabo sobre la misma hemimembrana de la
bicapa lipídica.
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Bloque V – Lípidos y membranas biológicas
- Alto grado de saturación y mayor longitud de las - Alto de grado de insaturación y menor longitud de
colas hidrocarbonadas. las colas hidrocarbonadas.
- Menor temperatura del medio - Mayor temperatura del medio
El ascenso de la temperatura aumenta la energía cinética entre las moléculas y, por lo tanto, el movimiento de las
colas hidrocarbonadas. Esto lleva a una disminución de las interacciones atractivas entre los mismos y a un aumento
de los movimientos de rotación y de difusión lateral. Por el contrario, una disminución de la temperatura vuelve más
rígida a la membrana ya “empaqueta” las colas hidrofóbicas de los fosfolípidos e impide sus movimientos. Si la
temperatura desciende significativamente, la membrana puede llegar a “cristalizarse”, con la pérdida consiguiente de
muchas funciones vitales de la membrana.
- Las membranas importan y exportan cosas concretas (“importan la compra y exportan basura”)
- Las proteínas tienen una orientación concreta dependiendo de su función. Por ejemplo, si es de reconocimiento,
habrá más fuera.
- Los fosfolípidos entre capas presentan diferencias. Fosfatidilcolina: hay más fuera; fosfatidilserina: todo dentro y
nada fuera; fosfatidiletanolamina: la mayoría está dentro; esfingomielina: hay más fuera. Estas diferencias pueden
ayudar a explicar la diferencia de potencial de membrana (mayor carga negativa dentro). La composición global
de fosfolípidos dentro y fuera es la misma, pero no se distribuyen igual.
- Con los hidratos de carbono ocurre lo mismo: hay una distribución asimétrica.
Todo esto se debe a que las funciones de la membrana son direccionales. (ver funciones: principio del tema).
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El agua, que es el solvente principal del organismo, contiene en ella disueltas muchos nutrientes, iones y otras
moléculas que por regla general son lipófobas. Por ello, la membrana celular actúa como una barrera que impide el
paso de las moléculas hidrófilas. El transporte de moléculas de escasa masa se realiza mediante dos mecanismos
dependiendo del uso de la energía: el transporte activo y pasivo.
Aun así, existen otras formas de clasificar estos procesos, como puede ser agruparlos según necesiten o no proteínas
transportadoras:
DIFUSIÓN SIMPLE
Es un tipo de transporte pasivo. Dado que la membrana plasmática consta principalmente de una doble capa de
fosfolípidos, las moléculas que son no polares y, así, liposolubles, que pueden pasar con facilidad de un lado a otro de
la membrana. También el intercambio de gases ocurre mediante difusión (sobre todo, los apolares). Aunque el agua
no es liposoluble, sus moléculas pueden difundirse a través de la membrana plasmática hasta un grado limitado debido
a su pequeño tamaño y ausencia de carga neta. Es un transporte que, por tanto, ocurre de forma espontánea y se rige
por la ley de Fick.
La ley de Fick: esta ley relaciona, en términos cuantitativos, el tiempo que tarda una sustancia en recorrer una distancia
en función del área través de la cual está difundiendo, la naturaleza de dicha sustancia y su tamaño. Así, la cantidad Q
de una sustancia que difunde por unidad de tiempo (t) en un momento dado (dQ/dt), es directamente proporcional
al coeficiente de difusión de dicha sustancia (D), al área por la que difunde y a la diferencia de concentración (∆C), e
inversamente proporcional a la distancia que recorre (∆X, l). Ver anexo: operaciones.
Por tanto, la velocidad de difusión de una membrana es directamente proporcional a su superficie. En otras palabras,
cuanto mayor es la superficie, más moléculas pueden difundir a través de ella por unidad de tiempo. Por el contrario,
la velocidad es inversamente proporcional al espesor de la membrana.
*El proceso de difusión no es saturable, pero el mediado sí.
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Los transportes mediados no son cinéticamente posibles sin el transportador (ocurriría en un tiempo infinito), pero sí
termodinámicamente. Son rápidos, específicos y saturables, con un transportador que baja la energía de activación.
Las proteínas actúan como catalizadores, y es saturable porque depende del número de transportadores.
- Difusión facilitada
En el organismo, sin embargo, la mayoría de las moléculas son lipófobas y, por tanto, no podrán atravesar la
membrana. Es por ello que necesitan de proteínas transportadoras que atraviesen la membrana y transporten estas
sustancias. Este tipo de transporte mediado se detiene una vez haya la misma concentración de soluto a ambos lados
de la membrana (y sin gasto de ATP).
El transporte mediado se puede realizar a través de dos tipos de proteínas: los canales proteicos y las proteínas
transportadoras.
▪ Los canales proteicos generan vías de paso llenas de agua que vinculan directamente los compartimentos
intracelular y extracelular. El movimiento a través de estos canales está restringido principalmente a agua
e iones con carga. La mayoría de las células tienen canales e agua constituidos por una proteína
denominada acuaporina. Además, se han identificado distintos tipos de canales iónicos que pueden ser
específicos para un ion o permite el paso de muchos iones de tamaños y carga similares.
Los canales iónicos proteicos pueden encontrarse abiertos o cerrados por una compuerta que está regulada por
regiones de la molécula proteica que actúan como puertas a una célula. Pasan la mayor parte del tiempo cerradas
y son abiertas por distintos factores.
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Las compuertas pueden ser controladas por moléculas mensajeras intracelulares o por ligandos extracelulares
(canales regulados por compuerta química), por el estado eléctrico de las células, es decir, el cambio en el
potencial de membrana (canales regulados por voltaje) o por un cambio físico, como el aumento de la temperatura
o de una fuerza que impone tensión sobre la membrana y produce la apertura del canal (canales con compuerta
mecánica).
▪ Las proteínas transportadoras se unen a los sustratos específicos y los conducen a través de la membrana
mediante un cambio conformacional, sin permitir un contacto directo entre el líquido extracelular y el
intracelular. Este tipo de transporte lo llevan a cabo las moléculas orgánicas pequeñas (como la glucosa o
los aminoácidos), que son demasiado grandes para pasar a través de los canales.
Ambos son necesarios para la célula, por un lado, los canales proteicos permiten un transporte más rápido a través de
la membrana (debido al cambio conformacional que llevan a cabo las proteínas transportadoras y que las ralentiza),
pero no son selectivos respecto a lo que transportan. A pesar de ser más lentos, los transportadores resultan mejores
en la discriminación de moléculas estrechamente relacionadas. Además, los transportadores pueden movilizar
moléculas más grandes que los canales.
- Transporte activo
Es el movimiento neto de moléculas e iones a través de una membrana desde la región de la concentración más baja
hacia la concentración más alta. Dado que el transporte activo ocurre en contra del gradiente de concentración,
requiere el gasto de energía metabólica (ATP) que proporciona a las proteínas transportadoras específicas, que a
menudo se llaman bombas. En lugar de crear un estado de equilibrio, donde la concentración de una molécula es igual
a través de todo el sistema, el transporte activo crea un estado de desequilibrio haciendo que las diferencias de
concentración sean más pronunciadas. El transporte activo puede dividirse en dos tipos:
1. El transporte activo primario (directo), la energía para empujar a las moléculas en contra de gradiente de
concentración proviene directamente del enlace fosfato de alta energía ATP (que tiene actividad ATPasa, es decir,
es capaz de degradar ATP en ADP y fosfato inorgánico, Pi, por lo tanto, tiene actividad enzimática).
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Dentro del transporte activo, también podemos diferenciar un tercer tipo de transporte:
3. Transposición (traslocación) de grupos: en este proceso, la molécula entra y se modifica. Por ejemplo, la entrada
de una glucosa al interior celular viene acoplada a un proceso de unión de un grupo fosfato (glucosa6-fosfato) a
su molécula. Esto ocurre siempre con un enlace rico en energía, como ATP o GTP o GTO. Es muy común en
bacterias. Finalmente, hay una transformación química con un aporte de energía (esta es la diferencia con el
transporte activo primario).
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El mecanismo para ambos tipos de transporte activo (primario y secundario) parece ser similar al de la difusión
facilitada. Un sustrato para ser transportado debe unirse a un transportador de membrana, y, entonces, el
transportador cambia su conformación, liberando al sustrato en el compartimento opuesto. El transporte activo se
diferencia de la difusión facilitada porque el cambio conformacional de la proteína transportadora requiere aporte
de energía.
Ejemplo transporte activo secundario: Absorción de glucosa en el intestino: glucosa entra en el enterocito. La glucosa
pasa con importe con el Na (enterocito expulsa Na con la bomba Na+/K+ATPasa).
*Los fenómenos de transporte no se dan solo a través de la membrana plasmática, también se dan a través de las
membranas de los orgánulos. Es decir, los tipos de transportes anteriores se pueden aplicar en varios casos.
ÓSMOSIS
Se define como ósmosis el flujo de agua a través de una membrana semipermeable desde un compartimento en el
que la concentración de especies en disolución es menor hacia otro en el que dicha concentración es mayor.
La presión osmótica es la presión que, aplicada al compartimento donde la concentración de especies en disolución
es mayor, evita el flujo de agua causado por el fenómeno de ósmosis. La presión osmótica depende del número de
especies en disolución, lo que implica que hay que tener en cuenta el grado de ionización del soluto.
Turgencia celular y presión osmótica. Las membranas plasmáticas de las células se comportan como membranas
semipermeables, pudiéndose generar presiones osmóticas que hagan entrar o salir agua de la célula lo que tiene
repercusiones sobre el volumen y turgencia celulares. (Anexo: más amplio).
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El transporte entre membranas tiene distintos mecanismos de regulación. Los principales son:
- Por cantidad: depende de la síntesis, de la degradación y de la translocación (comemos, sube glucosa en sangre,
sale insulina y va a las células. Tras la ingesta, mediada por insulina, hay una traslocación de transportadores a la
membrana interna. Es decir, se añaden más transportadores en la zona correcta, pasan de un lado a otro, pero no
ha variado la síntesis). Consiste en un mecanismo de reducción o adición del número de receptores de membrana,
por el cual una serie de transportadores se encuentran en una vesícula, de forma que se transportan desde o hacia
la membrana. Ejemplo: la glucosa. A mayor cantidad, mayor transporte.
*Similares a los mecanismos de regulación de las enzimas, omitiendo la traslocación.
Existen algunas sustancias que despolarizan la neurona al permitir la entrada de Ca2+ como la fenriclidina (Ketamina),
que es una droga disociativa, utilizada como agente anestésico, y que posee efectos alucinógenos.
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POTENCIAL ELECTROQUÍMICO
Es la variación de energía libre del proceso, es decir, es necesario para saber si algo entra o sale de la célula. Tiene 2
componentes: una química (concentraciones) y otra eléctrica (carga). Es importante tener en cuenta la diferencia de
potencial de la membrana: dentro hay carga negativa.
Cuando iones de cargas opuestas están separados por una membrana permeable, se crea un gradiente eléctrico
transmembrana, un potencial de membrana, Vm. Este potencial de membrana produce una fuerza que se opone al
movimiento de los iones que aumentan la Vm pero que impulsa el movimiento de los iones que reducen Vm. Así, la
dirección en la que un soluto cargado tiende a desplazarse espontáneamente a través de una membrana depende
tanto del gradiente químico (la diferencia en concentración de soluto) como el gradiente eléctrico (Vm) a través de la
membrana. Junto, estos dos factores se conocen como gradiente electroquímico o potencial electroquímico. Este
comportamiento de los solutos está de acuerdo con la segunda ley de la termodinámica: las moléculas tienden a
adoptar espontáneamente la distribución de máxima aleatoriedad y mínima energía.
Hay que tener en cuenta que la espontaneidad de cualquier proceso, desde un punto de vista termodinámico, puede
predecirse mediante la variación de energía libre ∆G. En líneas generales si este parámetro tiene un valor inferior a
cero el proceso es espontáneo, si es superior a cero transcurrirá en sentido opuesto y si es cero estará en equilibrio.
En este contexto, cuando se considera cualquier fenómeno de transporte o difusión entre dos compartimentos, se
dice que la variación de energía libre (que en este caso es lo mismo que el potencial electroquímico) de cualquier
especie al pasar de un compartimento a otro viene dada por la siguiente expresión:
En líneas generales, las especies tenderán siempre a desplazarse desde compartimentos de mayor potencial a los de
menor potencial hasta que se igualen los potenciales, alcanzándose entonces el equilibrio.
Si la molécula no tiene carga, DG dependerá del potencial químico. Por tanto, su desplazamiento depende de la
diferencia de concentraciones (de donde haya más a donde haya menos, iría a favor de gradiente). No se podría dar
un desplazamiento de moléculas sin carga en contra de gradiente químico, puesto que la energía libre sería positiva y
el proceso no sería termodinámicamente posible.
Por otro lago, en moléculas con carga, depende de la diferencia de potencial y de la diferencia de concentraciones.
Teniendo en cuenta las cargas, una positiva tiende a entrar mientras que una negativa no. Para saber si la molécula
entra o no, hay que tener en cuenta que factor puede más: el potencial químico o eléctrico.
Ejemplos: una carga negativa, hay muchas fuera y pocas dentro (iría a favor de gradiente químico, pero en contra del
eléctrico): habría que calcular esa diferencia de concentración para ver si es suficiente para que la molécula entre, es
decir, habría que calcular si el proceso es posible o no viendo si la energía libre es negativa o positiva.
*Si va en contra de gradiente químico y eléctrico, la molécula nunca entra de manera espontánea.
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*También hay que tener en cuenta que muchos procesos termodinámicamente posibles son cinéticamente muy lentos
(tardarían infinito y se necesitaría de transportadores específicos).
(1) Movimiento de moléculas sin carga: hay un flujo neto para equilibrar concentraciones.
(2) Movimiento de moléculas con cargas.
- Equilibrio de Gibbs-Donnan
El equilibrio de Gibbs-Donnan explica la distribución de especies iónicas entre compartimentos separados por una
membrana que no es permeable para todos los iones. Este es un caso muy similar al que se da en la célula y su entorno
ya que muchos de los aniones que permanecen en el interior celular como polifosfatos, proteínas etc., no pueden
atravesar la membrana plasmática (representados con Y). Esto, como veremos a continuación, es una de las causas
de la existencia de un potencial eléctrico en la membrana celular.
Partimos de que hay k+ y Y- dentro y k+ y Cl- fuera. (ver anexo). K está equilibrado, Y no puede pasar, pero Cl sí. Si
pasa cloro dentro, se genera una diferencia de potencial. Por cada cloro que entra, entra una de potasio por el
gradiente eléctrico.
La membrana es permeable al agua, K+ y Cl-, pero no al Y (no puede pasar):
- Como [Cl-]2>[Cl-]1 habrá flujo de Cl- del 2 al 1. Generará una diferencia de potencial eléctrico, que hará que K+
pase de 2 a 1.
- El número de iones de K+ que pasa será igual al número de Cl– que pasaron.
- La [K+] por la [Cl-] de un mismo lado será igual a la [K+] por la [Cl-] en el otro lado (fórmula en el anexo).
Aunque K+ y Cl – alcanzan el equilibrio, Y- no puede atravesar la membrana. Como consecuencia, las concentraciones
de ambos son distintas dentro y fuera de la célula. Esto supone una mayor presión osmótica, que haría entrar agua
de la parte externa a la interna. Este flujo de agua modificaría las concentraciones de los iones que tenderían a
establecer un nuevo equilibrio Gibbs-Donnan. Como la membrana es impermeable a Y-, la situación se repetiría y
seguiría entrando agua de fuera a dentro. Para evitar esta situación, hay un bombeo continuo de iones desde el
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Bioquímica y Biología Molecular
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interior al exterior celular para reducir la presión osmótica y evitar que la célula estalle. En las células existe una bomba
que expulsa Na+ con gasto de ATP. Aunque la bomba también importa K+, por cada tres Na+ que expulsa, importa dos
K+. Se eliminan los iones en exceso en el interior y se evita que entre agua. Esto es electrogénico, porque estoy
exportando una carga neta: esto tiene también otra consecuencia y es que hay un intercambio de carga desigual
entre ambos lados de la membrana, lo que contribuye a generar el potencial de membrana. Aumenta la diferencia
de potencial: es más negativa en el interior.
(seguir anexo: última página. Ecuación).
Conclusiones anexo:
- El potasio es el que más influye o contribuye a la generación del potencial de membrana, porque es el que más
permea
- ANTES DEL AGUA: se genera diferencia de potencial de -18mv. Hay que tener en cuenta el agua, porque
también influye en estos procesos.
*Potencial de equilibrio de una especia iónica: el potencial de equilibrio varía según la diferencia de concentración
que quiero mantener. (más en el anexo).
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Bioquímica y Biología Molecular
Bloque V – Lípidos y membranas Biológicas
Es el proceso por el cual un mensajero llega a una célula y esta responde al estímulo. Los mensajeros pueden ser
polares o apolares, y por ello actuarán de forma distinta.
Las células animales intercambian información sobre las concentraciones de iones y glucosa en los fluidos
extracelulares, y las actividades metabólicas interdependientes que tienen lugar en diferentes tejidos. En todos los
casos, la señal representa información que es detectada por receptores específicos y se convierte en una respuesta
celular en la que siempre interviene un proceso químico. Esta conversión de información en cambio químico es la
transducción.
TIPOS DE COMUNICACIÓN
- Comunicación intercelular: es un transporte directo, gracias a uniones comunicantes entre las células vecinas
(uniones tipos GAP) y gracias al reconocimiento celular.
- Comunicación por mensajeros: es una comunicación a distancia, gracias a las hormonas y a neurotransmisores.
Hay distintos tipos:
▪ Secrección paracrina: las moléculas de secreción actúan sobre células cercanas.
▪ Secrección autocrina: las moléculas de secreción actúan sobre la propia célula.
▪ Secreción endocrina: es una secreción hormonal, liberada por glándulas (no siempre: tejido adiposo), que
llegan a la célula diana sobre la que actúan y desencadenan una respuesta. Van por la sangre.
▪ Secreción neurohormonal: hormonas secretadas por neuronas. Van a la sangre.
▪ Neurotransmisión: intervienen los neurotransmisores que se liberan al espacio sináptico, que puede tener
como destino otra neurona, la sangre o una célula ajena al sistema nervioso (glándula suprarrenal).
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Bioquímica y Biología Molecular
Bloque V – Lípidos y membranas Biológicas
* Una hormona SOLO actúa en las células que tienen RECEPTORES para
ella. Las células tienen que expresar receptores (no todas expresan los
mismos), y además estos van a ser diferentes (aunque reconozcan a la
misma hormona, tienen una estructura diferente). Por ello, una hormona,
en los diferentes tejidos, genera diferentes respuestas.
TIPOS DE RECEPTORES
Una hormona solo actúa en las células que tienen receptores para ella. Se unen de manera específica a su receptor,
que se clasifican en dos tipos principales, dependiendo de la naturaleza química del ligando o señal.:
- De membrana. Por el contrario, si la señal es de naturaleza hidrosoluble (y, por tanto, lipófoba: moléculas polares,
proteínas), dado que no podrá atravesar la membrana plasmática, necesita de la existencia de receptores
asociados a la membrana plasmática. La activación del receptor por el ligando promueve, en la mayoría de los
casos, (un cambio de conformación y) la formación de moléculas transductoras de la señal que reciben el nombre
de Segundos Mensajeros; el mecanismo por el que la señal externa se convierte en una interna, logrando así la
respuesta celular se denomina transducción (señalización celular) y lo llevan a cabo los segundos mensajeros.
Estas moléculas son las responsables de activar los procesos biológicos en las células diana mediante la activación
de rutas de transducción específicas que, en último término, también modificaran la expresión de grupos de
genes. Ocasionan una respuesta rápida. Suelen implicar la señal, el receptor, y a partir de ahí se da un fenómeno
de amplificación de la señal (mecanismos en cascada). Ej: adrenalina, respuesta en segundos.
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Bioquímica y Biología Molecular
Bloque V – Lípidos y membranas Biológicas
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En ocasiones, los mecanismos de transducción generan segundos mensajeros en el interior celular, o la modificación
covalente de un sustrato, que a su vez desencadena más modificaciones, y finalmente tiene lugar la respuesta celular.
Generan respuestas muy rápidas, aunque también las pueden generar lentas (suelen ser las de naturaleza apolar).
Entre los segundos mensajeros destacan AMPc, GMPciclico (que activa proteín-quinasa 3), DAG, IP3 (cuando el
fosfatidil-inositol que se rompe, da ese segundo mensajero). FOTO: del 1 al 4 son segundos mensajeros.
- Receptores con actividad enzimática intrínseca. Como su nombre indica, la activación del receptor por el ligando
propicia que el receptor muestre una actividad enzimática. Este grupo engloba a receptores con distintas
actividades enzimáticas. Así, por ejemplo, el factor natriurético atrial al interaccionar con su receptor activa su
actividad guanilato ciclasa, la activación de los receptores de insulina y de muchos factores de crecimiento
provoca la aparición de actividades tirosina quinasa (insulina, factor de crecimiento epidérmico) o serina/treonina
quinasa (factor de crecimiento transformante tipo ß).
- Receptores asociados a tirosin-quinasas citosólicas (proteína intermediaria). También conocidos como
superfamilia de receptores de citoquinas. Estos receptores carecen de actividad catalítica, pero se asocian
directamente, tras su activación, con proteínas citosólicas que tienen actividad tirosina quinasa (cuando cambia
de conformación, tiene la capacidad de unir a otra proteína, con la capacidad catalítica). Ejemplos de señales que
interaccionan con este tipo de receptores son prolactina y hormona del crecimiento (hormonas), la mayoría de
las citoquinas e interferones y ciertos factores de crecimiento (eritropoyetina). Las segundas proteínas activadas
suelen ser quinasas. Estos receptores pueden estar asociados a proteínas G, ser canales iónicos o interaccionar
con proteínas internas de la célula (los mensajeros se unen a proteínas que están en contacto con proteínas del
citoesqueleto).
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Las proteínas G son una familia de proteínas, que son heterotrímeros constituidos por una
subunidad α, una β y una ɤ. Existen distintos tipos de proteínas G, y se diferencian
fundamentalmente unas de otras en la composición de las subunidades. Se clasifican
inicialmente en función de la subunidad α, que es la que le confiere este nombre. Hay al menos
cuatro familias de subunidades α.
Los receptores que están acoplados a proteínas G (GPCR) activan indirectamente (a través de
proteínas que unen GTP, o proteínas G) enzimas que producen segundos mensajeros
intracelulares. Están formados por 7 dominios transmembrana (α hélice, 23aas), cuyas
estructuras proteínas presentan su el extremo N-terminal hacia el exterior, y su extremo
C-terminal en el interior, donde se une el ligando. No tienen intrones ni una forma lineal.
La transducción de la señal a través de GPCR está definida por tres componentes esenciales: un receptor de
membrana plasmática con siete segmentos helicoidales transmembrana,
una proteína G que alterna entre forma activa (GTP unido) e inactiva (GDP
unido), actúa como intermediario, y una enzima efectora o canal iónico
en la membrana plasmática que es regulado por la proteína G activada
(generará un segundo mensajero o no).
Una señal extracelular como una hormona, un factor de crecimiento o un neurotransmisor es el primer mensajero
que activa el receptor desde fuera de la célula (se une al receptor y provoca un cambio de conformación). Cuando el
receptor se activa, la subunidad α de su proteína G asociada intercambia su GDP unido por un GTP en el citosol e
induce la separación de la subunidad α por un lado y el complejo βɤ por otro.
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Tanto la subunidad α como el dímero βɤ pueden unirse entonces a un efector que puede ser una enzima (adenil-
ciclasa o fosfodiesterasa C) o un canal. Es decir, solo separadas tiene la capacidad de interaccionar con el efector. La
enzima efectora produce un cambio en la concentración citosólica de un metabolito de bajo peso molecular o de un
ion orgánico, que actúa como un segundo mensajero activando o inhibiendo una o más dianas posteriores en la ruta,
generalmente proteínas quinasas.
Los mecanismos de TRANSDUCCIÓN SENSORIAL de la vista el olfato y el gusto se realizan a través de los receptores
de membrana acoplados a través de proteínas G a enzimas que generan segundos mensajeros.
En los bastones y conos de la retina, la luz activa la rodopsina, que activa la proteína Gt (transducina). La subunidad
α liberada de la transducina activa una GMPc fosfodiesterasa, que disminuye la [GMPc] y cierra así los canales iónicos
dependientes de GMPc de los segmentos externos de las neuronas. La hiperpolarización resultante en los bastones
y conos transmite la señal a la siguiente neurona de la ruta y, finalmente, al cerebro.
TIPOS DE PROTEÍNAS G
Existen proteínas G pueden estimular o inhibir procesos metabólicos según el tipo de receptor al que estén asociadas:
- Los receptores estimuladores estimulan la Gs, que activa la adenil-ciclasa, y abre los canales de Ca2+.
- Los receptores inhibidores activan a la GI, la cual inhibe la actividad de la adenil-ciclasa. La proteína GI funciona
de forma similar a GS. Los ligandos provocan la disociación de la subunidad a de βɤ. Posteriormente αi inhibe a la
adenilil ciclasa. La separación de las subunidades provoca el intercambio de GDP por GTP en la subunidad α.
Después la actividad GTPasa intrínseca de α, hidroliza el GTP que pasa a GDP y así a se une de nuevo a βɤ siguiendo
el ciclo de activación desactivación de todas las proteínas G.
Los EFECTORES que han sido activados por las subunidades de la proteína G, son los que generan los segundos
mensajeros, y pueden ser:
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A. Mecanismo de transducción a través del EFECTOR ADENILIL CICLASA (el sistema receptor β-adrenérgico)
Los receptores adrenérgicos son de cuatro tipos generales α1, α2, β1 y β2. Aquí solo nos centraremos en los
receptores β-adrenérgicos del musculo, hígado y tejido adiposo. Estos receptores provocan cambios en el
metabolismo energético, incluidos el incremento en la degradación del glucógeno y de las grasas.
Este mecanismo funciona de forma que, la unión de la adrenalina a un sitio del receptor en la membrana plasmática,
promueve un cambio de conformación en el dominio intracelular del receptor que afecta a su interacción con una
proteína G asociada que, a su vez, promueve la disociación de GDP y la unión de GTP, desencadenándose los eventos
expuestos más arriba y activando finalmente el efector de la adenilil ciclasa.
Debido a que en el caso de los receptores beta-adrenérgicos es la subunidad α la que tiene actividad GTPasa
intrínseca, siendo la responsable de transmitir la señal desde el receptor activado a la proteína, es conocida como
proteína G estimuladora (Gsα).
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La adenilil ciclasa es una proteína transmembrana que atraviesa la membrana plasmática hasta 12 veces. Su dominio
catalítico se encuentra hacia el citoplasma, y está dividido en el N-terminal en C1a, C1b, C2a y C2b. Lleva a cabo dos
tipos de reacciones: una rápida y otra lenta. Ambas tienen en común la activación del AMPc.
La asociación de Gsα activa con la adenilil ciclasa estimula la ciclasa para catalizar la síntesis de AMPc a partir de ATP,
elevando la [AMPc] citosólica. La interacción entre Gsα y la adenilciclasa sólo es posible cuando la Gsα está unida a
GTP. El aumento de la concentración del AMPc puede resultar en dos vías:
- Respuestas rápidas (a corto plazo): El AMPc activa alostéricamente la proteína quinasa dependiente de
AMtambién llamada proteína quinasa A o PKA. Tras una serie de procesos y de cascada de reacciones, se ocomo
resultado la movilización de glucógeno en los tejidos. Se degrada el glucógeno (en el hígado) por fosforilación
covalente, activando una proteína que antes estaba inactivada, para situaciones de estrés. La proteín quinasa A
tiene 4 subunidades, dos catalíticas y dos reguladoras. Cuando el AMP cíclico se une a la proteín quinasa, se une
a las subunidades reguladoras.
- Respuestas lentas (a medio-largo plazo): el AMPc se puede unir a proteínas que interaccionan con la cromatina,
y actúan a nivel de la respuesta transcripcional. Regulan o modulan un factor de transcripción y, por consiguiente,
niveles de RNA y de proteínas.
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Sin embargo, una misma molécula de adenil-ciclasa en la membrana plasmática puede ser regulada por una proteína
G estimuladora (Gs), como se ha explicado, o por una proteína G inhibidora (Gi, no mostrada). Gs y Gi están bajo la
influencia de diferentes hormonas. Las hormonas que inducen la unión de GTP a Gi, provocando la disociación de la
subunidad α de βɤ. Posteriormente αi inhibe a la adenilciclasa, dando como resultado una [AMPc] celular menor.
Por tanto, la adenilil ciclasa cuenta con dos vías de regulación: por la propia actividad ATP-asa intrínseca de la
subunidad α y gracias a otras proteínas G (distintas de las Gs) que inhiben directamente a la adenilil ciclasa: las
proteínas Gi.
La hormona se une al receptor, genera el APM cíclico y la respuesta de la célula. Si la señal persiste se activa una
quinasa (BARK) que fosforila al receptor y al fosforilarlo lo inactiva (cuando el receptor se fosforila se mete en vesículas
internas por la reclutación de una proteína, la restina). Y tiene que desfosforilarse mediante una fosfatasa para volver
a funcionar. Si la fosforilación del receptor persiste la vesícula se degrada, por lo que el número de receptores en la
célula es menor asique la sensibilidad a este estímulo es menor (es una down regulación).
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Hay toxinas bacterianas que interfieren con los sistemas de transducción mediados por GS y GI (estimuladora e
inhibitoria):
- La toxina colérica, secretada por Vibrio cholerae en el intestino provoca una ADP-ribosilación en los restos de
arginina de la proteína GS, quedando inhibida su actividad GTPasa intrínseca, (la toxina entra en la célula usando
gangliósidos y se da la modificación covalente a la subunidad alfa de la proteína cuando está separada y activa),
perdiendo su capacidad de hidrolizar el GTP, por lo que no vuelve a unir el βγ. Hace que quede permanentemente
activa la GS, estando en el estado de heterotrímero. Esto produce la activación continua de la adenil-ciclasa de
las células epiteliales del intestino, es decir, [AMPc] crónicamente elevada y una PKA crónicamente activa. La PKA
fosforila el canal de cloro y un intercambiador de Na+-H+ en las células epiteliales del intestino. La salida de NaCl
resultante provoca una salida masiva de agua a través del intestino al responder las células al consiguiente
desequilibrio osmótico. Los principales rasgos patológicos del cólera son la deshidratación severa y la perdida de
electrolitos.
- La bacteria Bordetella pertussis, responsable de la Tos ferina produce una toxina denominada toxina pertussis o
pertúsica. El sustrato es el heterotrímero de GI, provoca la ADP-ribosilación de la subunidad alfa de la GI (no se
pueden separar las subunidades de forma permanente), quedando ésta inactivada. Esto hace que no se inhiba la
adenil-ciclasa, lo que lleva a un aumento indirecto de los niveles de AMPC intracelulares.
*En la subunidad α hay un ácido graso que le ayuda a anclarse a la membrana. Por otra parte, la βγ está prenilada.
Una segunda clase de GPCR están acoplados a través de una proteína G a una fosfolipasa C (activada por Gq) de la
membrana que cataliza la rotura del PIP2, que cataliza a su vez la producción de dos segundos mensajeros: el
diacilglierol y el IP3. El IP3 difunde desde la membrana plasmática al retículo endoplasmático (RE), donde se une a
canales de Ca+2 específicos regulados por IP3 e induce su apertura, provocando:
- La activación de la proteína quinasa C (PKC). El diacilglicerol también coopera con el Ca2+ (paso 6) y juntos son
responsables de la activación de la PKC, por lo que el diacilglicerol también actúa como un segundo mensajero.
Cuando la PKC se activa, permite la unión del sustrato con la enzima a la que está asociada el dominio de PKC, de
forma que permite que la enzima fosforile proteínas. Entre sus dianas se encuentran proteínas del citoesqueleto,
enzimas y proteínas nucleares que regulan la expresión génica.
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- Los cambios en la concentración de calcio intracelular son detectados por proteínas de unión de Ca2+ que regulan
un conjunto de enzimas dependientes de Ca2+. La calmodulina (CaM) es una subunidad integral de las proteínas
quinasas dependientes de calcio. De esta forma, cuando la concentración de calcio aumenta en respuesta a un
estímulo, la calmodulina une Ca2+, experimenta un cambio en la conformación, y activa la CaM quinasa (quinasa
dependiente de calmodulina). La quinasa fosforila entonces un grupo de enzimas o proteínas diana, regulando sus
actividades.
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Los C. Wnt: son mensajeros (agonistas) proteicos implicados en el desarrollo embrionario (desarrollo, diferenciación
celular, desarrollo de la polaridad celular...), de vida muy corta. Actúan a través de GPCR (receptores asociados a
proteínas G), utilizando tres vías de señalización: una canónica y dos no canónicas. Se han estudiado particularmente
por su relación con procesos oncológicos y diversas condiciones paraneoplásicas. El nombre es una contracción del
inglés Wingless e Int, los primeros genes identificados que codifican estas proteínas.
Cuando no hay factores Wnt, βcatenina, el efector y principal componente de esta vía, se encuentra formando parte
de las uniones adherentes, uniéndose a E-cadherina y α-catenina y modulando el citoesqueleto de actina. En
presencia de Wnt se desencadenan dos vías principales de degradación o transcripción génica.
- Vía CANÓNICA:
1. Una proteína Wnt llega a la membrana plasmática de una célula diana, allí se une con los receptores frizzled (fzl)
(que atraviesa 7 veces la membrana, es decir, posee 7 dominios transmembrana), y su correceptor LPR5/6 (que
la atraviesa solo una).
2. La unión del ligando Wnt induce un cambio conformacional, con la consiguiente dimerización del receptor.
Seguidamente recluta y fosforila a Dishevelled (Dsh), que es un complejo de proteínas (su estabilidad depende de
la presencia de Wnt). El Wnt estabiliza la β-catenina.
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3. Dishevelled bloquea al complejo proteico encargado de marcar la β-catenina (formado por axina, APC, GSK3β y
CKIα). Este marcaje actúa como una señal de reconocimiento para la enzima que se encarga de degradar la beta
catenina. Por tanto, sin marcaje no hay degradación y la β-catenina permanece sin fosforilar en el citoplasma y
se transloca al núcleo actuando como un factor de transcripción, regulando la expresión de genes de proliferación
celular.
Sin embargo, en ausencia de proteínas de la familia Wnt, la β-catenina es fosforilada mediante el complejo proteico
de GSK3β, siendo reconocida por la enzima que la degrada y es eliminada, sin llegar al núcleo. Por tanto, no hay
transcripción génica.
- Vías NO CANÓNICAS: La unión de un factor Wnt no canónico a los receptores activa dos vías de señalización
diferentes:
1. Vía del Ca2+: El Wnt activa una fosfolipasa C, que produce un aumento del calcio intracelular y con ello
citoesqueleto.
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* (1ª) Vía no canónica. Si no hay Wnt, se fosforila β-catenina por la acción de GSK3 y se degada. Si hay Wnt, la GSK3
no interacciona y β-catenina se estabiliza, pudiendo participar en la transcripción del núcleo e interaccionar con otras
proteínas para que se expresen distintos genes.
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CANALES IÓNICOS
Los canales selectivos de iones están presentes en las membranas plasmáticas de todas las células, así como en las
membranas intracelulares de los organismos eucariotas. Los canales iónicos, junto con las bombas de iones como la
de sodio-potasio, determinan la permeabilidad de una membrana plasmática a iones específicos y regulan la
concentración citosólica de iones, así como el potencial de membrana. Se abren o cierran gracias a un ligando.
Los canales iónicos se dicen que son ionotrópicos cuando los canales son en sí mismos su propio receptor celular,
mientras que los canales iónicos metabotrópicos son aquellos asociados a receptores ajenos al canal (como podría
ser una proteína G), y que son activados por segundos mensajeros (generados por el receptor).
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La unión de una molécula extra o intracelular pequeña fuerza una transición alostérica de la proteína (receptor), que
abre o cierra un canal. Los canales pueden actuar a su vez como el receptor (extracelular) y canal (son canales
receptores, es decir, ionotrópicos), aunque algunos canales iónicos regulados por ligando son controlados por
segundos mensajeros intracelulares, tales como el AMPc o ATP. Otros canales iónicos se abren o se cierran en
respuesta a señales extracelulares, pero el ligando no se une directamente al canal proteico sino a un receptor
asociado a proteína G que está unido a un canal iónico (son canales metabotrópicos). En cualquier caso, la activación
de dichos receptores provoca despolarización o hiperpolarización:
▪ Receptor nicotínico de la acetilcolina: también llamado receptor de acetilcolina ionotrópico. Interviene en el paso de
una señal eléctrica desde una neurona motora a una fibra muscular en la unión neuromuscular (señala al músculo para
que se contraiga). La unión de la acetilcolina a un receptor-canal en la membrana plasmática desencadena un cambio
conformacional, que tiene como consecuencia la apertura del canal. El movimiento de cargas positivas al interior de la
célula (sale K+ y entra Na+) despolariza la membrana y desencadena la contracción.
▪ Receptor muscarínico: también llamado receptor de acetilcolina metabotrópico, al que se une de manera específica la
muscarina. Estos receptores metabotrópicos están acoplados a proteínas G y, por tanto, desencadenan una respuesta
celular. La acetilcolina regula tanto efectores enzimáticos como canales, de forma indirecta.
▪ Receptor de GABA: es otro receptor ionotrópico. Abre el canal de cloro, que cuando entra en la neurona, se
hiperpolariza (se hace menos excitable).
▪ Receptor de NMDA: es un receptor de glutamato.
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* ACTIVIDAD ENZIMÁTICA: la intrínseca es cuando la actividad ocurre dentro del propio receptor, mientras que las de actividad
enzimática asociada unen otra proteína (que es la que tiene la capacidad enzimática) cuando se une el ligando.
Este grupo de receptores, a diferencia de los anteriores, no requiere de moléculas intermedias para la activación de
enzimas efectoras, sino que la unión del ligando al receptor es capaz de activar la catálisis del propio receptor
(desreprime la actividad). Los receptores de este tipo se clasifican dependiendo de la actividad enzimática que
presenten. Podemos diferenciar 3 tipos de receptores con actividad intrínseca:
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La insulina regula tanto enzimas metabólicas como la expresión génica. Esa hormona no se introduce en las células,
pero inicia una señal que discurre por un camino ramificado desde el receptor de la membrana plasmática a enzimas
sensibles a la insulina en el citosol y al núcleo, donde se estimula la trascripción génica.
La proteína del receptor de la insulina activa (INSR) consiste en un tetrámero de dos cadenas α idénticas, que
sobresalen de la cara externa de la membrana plasmática, y dos subunidades β transmembrana con su extremo
carboxilo sobresaliendo dentro del citosol. Las cadenas α contienen el dominio de unión a insulina, y los β tienen la
actividad catalítica quinasa, que transfiere un grupo fosforilo desde el ATP al grupo hidroxilo (de residuos Tyr) en
proteínas diana.
Estos activan 2 vías: PIP3 quinasa (en la que predomina la insulina) y MAP quinasas (relacionada con la proliferación
celular, por lo que predomina en factores de crecimiento). Aun así, ambos se pueden encontrar en las dos vías.
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La vía IRIS-1 activa una cascada enzimática de proteínas quinasas, donde cada una de ellas
activa a la siguiente. Esta cascada enzimática tiene como objetivo el marcaje de proteínas
mediante la fosforilación y nucleación de las mimas, lo que permite que éstas sean
reconocidas por factores de transcripción en el núcleo. Por tanto, esta vía acaba con la
transcripción génica en el núcleo.
En esta vía actúan segundos mensajeros como el Ras, un prototipo de una familia de
proteínas G pequeñas. Al igual que la proteína G trimérica que funciona con el sistema β-
adrenérgico, Ras puede existir en la conformación con GTP unido (activo) o GDP unido
(Inactivo). Cuando se une GDP, Ras puede activar las proteínas quinasas (RAF – MEK –
MAPK) que intervienen en la cascada enzimática. (Vía de la derecha).
AKT puede fosforila vesículas con GLUT-4, y salen receptores de glucosa a la membrana:
el GLUT-4 se transloca a la membrana desde dentro de la célula gracias a la llegada de
insulina y se empieza a liberar y transportar glucosa. Al fosforilarse IRS-1, a través de una
cascada enzimática, la PIP2 se transforma en PIP3. El grupo PIP3, que se encuentra
embebido en la membrana, desencadena una segunda rama de señalización en la que
interviene otra cascada de proteínas quinasas, a través de la cuál se acaba por fosforilar una proteína quinasa (GSK3).
En su forma activa no fosforilada, la GSK3 fosforila a la glucógeno sintasa, inactivándola y, de este modo, contribuye
a la disminución de la síntesis de glucógeno. Sin embargo, en su forma fosforilada la GSK3 se encuentra inactiva y, por
tanto, se impide la inactivación de la glucógeno sintasa y la cascada de fosforilaciones de proteínas iniciada por la
insulina estimula la síntesis de glucógeno.
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El PDGF y el EGF pertenecen, junto al receptor de la insulina, a una serie de enzimas receptoras que tiene una
estructura muy similar y actividad RTK. Todos ellos presentan un domino citoplasmático Tyr quinasa, mientras que el
dominio extracelular es diferente para cada tipo de receptor, lo que refleja las diferentes especificidades de los
factores de crecimiento.
*RAS: primer oncogen que se describió (gen mutado). En estas mutaciones, ras activado no tiene la vida media corta
(afecta a la actividad de la GTPasa), se queda permanentemente activa y la vía de las MAP quinasas se queda
sobreestimulada. Esto promueve proliferación celular, pues son factores de crecimiento.
Muchos protoocogenes son factores de transcripción o de señalización. Se tienen que acumular varias mutaciones
para que la célula se transforme.
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El receptor del óxido nítrico (CASO PARTICULAR*) en los vasos sanguíneos es un ejemplo de receptor con actividad
intrínseca que no se encuentra en la membrana. La musculatura lisa se puede contraer por vasoconstricción y
relajarse por vasodilatación, y esto estará regulado por varias señales (hormonales, acetilcolina) y el propio flujo
sanguíneo (mecanorreceptores del endotelio: respuesta a estrés de cizallamiento). Estas señales provocan
aumento de calcio en el endotelio, que activa la calmodulina quinasa (convierte la L-arginina en L-citrulina). En
este proceso interviene la óxido nítrico sintetasa y se libera NO. Esto se puede considerar una secreción paracrina,
puesto que este gas sirve de mensajero que va desde la célula endotelial a la célula de la musculatura lisa (el gas
se difunde a través de la membrana, es soluble). Esto activa la guanilil ciclasa, GMPc y se relaja el músculo liso.
*Particularidad: tiene actividad enzimática intrínseca, pero está en el citosol (no en la membrana) pero tampoco
es un receptor como el de las hormonas tiroideas (puesto que no van al núcleo). Tiene función de las intrínsecas:
activa protein quinasas, se inhibe canales de calcio, musculatura lisa se relaja: vasodilatación.
Nitroglicerina: vasodilatador muy rápido. Esta se descomponía a óxido nítrico y actúa relajando la musculatura
(utilizado en la angina de pecho).
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RECEPTORES NUCLEARES
Las proteínas reguladoras se unen por lo general a secuencias específicas de ADN mediante dominios independientes
que se unen de forma específica a las secuencias de ADN que regulan. Estos dominios de unión incluyen, por lo
general, uno o más grupos relativamente pequeños de motivos estructurales reconocibles y característicos:
- Los dedos de Zinc están compuestos por una serie de residuos de aminoácidos que forman un lazo alargado unido
por su base a un grupo Zn (unido a 4 cisteínas conservadas), que estabiliza la estructura. La interacción de un
único dedo de Zinc con la cadena de ADN es débil, por lo que las proteínas suelen contar con múltiples dedos de
Zinc que interaccionan de forma simultánea. Elemento estructural típico para reconocer secuencias de DNA,
reconociendo secuencias específicas y encajando en los surcos del DNA. Mediante estos se puede dar a unión del
receptor de estrógenos al ADN (foto de la derecha).
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Las proteínas reguladoras contienen dominios no solo para la unión al ADN sino también para
interacciones proteína-proteína: con la ARN pol, otras proteínas reguladoras u otras subunidades
de la misma proteína. Un motivo estructural de unión a proteínas es, por ejemplo, la cremallera
de leucina.
Una ruta de señalización celular la podemos potenciar (potenciación) o amortiguar (desensebilización). La regulación
de una vía la puede hacer la propia vía (homóloga) o estimulando otra vía de señalización.
Una célula no siempre responde a un estímulo con la misma intensidad; depende, por ejemplo, de si la célula ha sido
estimulada por el mismo estímulo o ya ha sido estimulada previamente por otra vía.
Un mecanismo puede ser la variación del número de receptores, canales, proteínas G (cada uno de los elementos que
participan en la cascada de señalización)…
DESENSIBILIZACIÓN
La exposición prolongada de una célula a elevadas concentraciones de un ligando normalmente resulta en una
reducción en el número de sus receptores funcionales, causando por consiguiente la desensibilización de la célula
para ese ligando. La desensibilización es un mecanismo de regulación de la señalización celular que consiste en apagar
la respuesta incluso mientras persiste la señal.
En la desensibilización del receptor β-adrenérgico interviene una proteína quinasa que fosforila el receptor en el
dominio intracelular que normalmente interacciona con Gs. Cuando el receptor permanece ocupado por la
adrenalina, el receptor β-adrenérgico quinasa (βARK) se activa y fosforila gracias a la PKA y se transloca gracias a las
subunidades Gsβγ para fosforilar al receptor de la adrenalina. La fosforilación del receptor crea un sitio de unión para
la proteína .arrestina, o arr, y la unión de la -arrestina bloquea los sitios de unión del receptor con la proteína G.
La unión de la -arrestina también facilita el secuestro de las moléculas del receptor, es decir, su eliminación de la
membrana plasmática por endocitosis en pequeñas vesículas intracelulares (endosomas). El complejo arrestina-
receptor atrae clatrina y otras proteínas que intervienen en la formación de vesículas, las cuales inician la invaginación
de la membrana que conduce a la formación de los endosomas que contienen el receptor adrenérgico. En este estado
los receptores no son accesibles a la adrenalina y son, por tanto, inactivos.
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POTENCIACIÓN
Tranmodulación o cross-talk
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Se da la regulación de una vía activando otra. Para ello, se puede interferir en las distintas rutas metabólicas mediante
la modificación covalente y la variación de la expresión génica (variación del número de componentes). Un ejemplo
es la acción de los glucocorticoides en la supresión de la reacción inflamatoria e inmunitaria (inmunosupresores o
antiinflamatorios, dependiendo de la dosis en la que se suministre). La inflamación activa proteín quinasas y fosforilan
al receptor de insulina en serina, no en lisina, por lo que funciona peor. Al estimular esta vía, el receptor de insulina
funciona peor (modificación covalente en la fosforilación), atenuando la respuesta a insulina.
Ejemplo: reacción de inflamación a través de las citoquinas. La TNF (hormona) provoca que el dímero se disocie y el
NF αβ llega hasta el núcleo, donde es reconocido y activa la transcripción génica para la producción de citoquinas,
que median en la antiinflamación. Por el contrario, los glucocorticoides en una vía alternativa también promueven la
síntesis de Iαβ (KPB) a través de la nodulación génica. Así, se forma el dímero con NF αβ y, por tanto, impide la unión
de la subunidad Nf en el núcleo y la consiguiente síntesis de las citoquinas.
CONCEPTOS FARMACOLÓGICOS
Fármacos agonistas: molécula que hace las funciones del ligando primario. Se une al receptor (no solo de membrana)
y provoca respuesta. Es decir, activan su receptor dando lugar al inicio de una respuesta, pues su forma es parecida
al ligando natural. Tienen gran actividad intrínseca y gran afinidad.
Los agonistas pueden ser completos o puros, y parciales, los cuales no son capaces de producir un efecto máximo.
Los receptores enzimáticos a los que se unen los fármacos presentan dos
estados: uno activo y otro inactivo, estableciéndose un equilibro entre ambas
conformaciones. En reposo, cuando no hay ligando natural, el equilibrio está
desplazado a los receptores que no están activos, y hay unos pocos activos
(como un 10%) que generan AMPc, estableciendo el nivel de AMPc basal. De
esta forma, en condiciones basales normales, existe una pequeña parte
activa constante.
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Cuando llega el agonista, hay más producción de AMPc. Si hay antagonista y agonista, compiten, el agonista es
anulado por el antagonista, por lo que el nivel de AMPc ni aumenta ni disminuye (se mantiene el basal).
- Un agonista, desplaza el equilibrio hacia la concentración del receptor activo, aumentando su actividad.
- Un antagonista neutro consigue detener la acción aumentada del agonista (simplemente reprime la respuesta,
no desplaza el equilibrio) pero los niveles basales de actividad normal se mantienen.
- Un antagonista inverso, no sólo no produce la respuesta, sino que disminuye los niveles basales del receptor
activo. Mientras que el antagonista neutro simplemente reprimía la respuesta y no desplazaba el equilibrio, el
antagonista inverso desplaza el equilibrio hacia el aumento de los receptores inactivos.
En farmacología se emplean mucho para potenciar una acción o bloquearla. Ej: antagonista de angiotensina, el cual
bloquea su acción, el SN simpático, la eliminación de sodio y agua… para eliminar líquido (¿?) y bajar la presión arterial.
Otros ejemplos: antihistamínicos que bloquean la histamina (bloquea los efectos adversos de las alergias); beta-
bloqueantes (propanolol).
En farma se pretende conseguir que el agonista o antagonista sean lo más específicos posible, para que se unan al receptor
concreto sobre el que queremos actuar, y no a otros. De esta manera, se evitan efectos secundarios. Por lo tanto, el principal
problema de la farmacología es la especificidad de los fármacos.
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Bioquímica y biología molecular
Ácidos nucleicos como soporte del mensaje genético
Están formados por subunidades más sencillas repetidas, denominadas nucleótidos, y a su vez todos los nucleótidos
están formados por una base nitrogenada, una pentosa y una molécula de ácidos fosfórico.
COMPOSICIÓN
Tanto purinas como pirimidinas son moléculas planas, sin capacidad de rotación.
*El uracilo no hay grupo metilo (a diferencia de en la timina), por lo que es más
inestable. Por reacción espontánea, el uracilo en el DNA se metila rápidamente y pasa a ser timina.
Bioquímica y biología molecular
Ácidos nucleicos como soporte del mensaje genético
Hay que tener en cuenta que, en las pentosas, los 5 átomos de carbono no se encuentran en el mismo plano, sino que
hay átomos de carbono que sobresalen y hay otros que se meten por debajo del plano; podemos observar dos
conformaciones:
3 ́-endo, 2 ́-endo. “Endo” indica que el átomo de carbono está por encima del plano.
3 ́-exo, 2 ́-exo. “Exo” indica que el átomo de carbono está por debajo del plano.
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Bioquímica y biología molecular
Ácidos nucleicos como soporte del mensaje genético
NOMENCLATURA
*Nucleótidos u nucleósidos tendrán una nomenclatura diferente, por lo que hay que tener en cuenta estas diferencias.
Los nucleótidos son ésteres fosfóricos de los nucleósidos, nucleósidos fosforilados. Se forman por unión de un
nucleósido con una molécula de ácido fosfórico, que le confiere un carácter fuertemente ácido al compuesto.
El enlace éster se produce entre el grupo hidroxilo del C5 de la pentosa y el ácido fosfórico. Los nucleótidos formados
se nombran como el nucleósido del que proceden eliminando la “a” final y añadiendo la terminación “–5’-fosfato” o
“–monofosfato”. Ej.: adenosin-5’-fosfato.
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Bioquímica y biología molecular
Ácidos nucleicos como soporte del mensaje genético
Todos los nucleótidos de una cadena tienen la misma orientación relativa. La cadena
polinucleotídica es unidireccional 5 ́→ 3 ́. Esta orientación se refiere a los extremos de
la cadena, no a la orientación de los enlaces fosfodiéster individuales que unen los
nucleótidos que la forman.
La composición cualitativa de ADN y ARN varía. En el ADN las bases nitrogenadas que
aparecen son: A, G, C y T; mientras que en el ARN las bases nitrogenadas que
intervienen son: A,G, C y U.
Otra diferencia entre el ARN y el ADN es la pentosa que tiene cada uno. En el ARN es la ribosa (ácido ribonucleico),
mientras que en el ADN es la desoxirribosa (ácido desoxirribonucleico).
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Bioquímica y biología molecular
Ácidos nucleicos como soporte del mensaje genético
Fue establecido por Watson y Crick en 1953, aprovechando los trabajos previos de Chargaff, Wilkins y Franklin
(difracción de la luz en la molécula de ADN). Puede resumirse en los siguientes puntos:
- El DNA está formado por dos cadenas helicoidales de nucleótidos enrolladas alrededor de un eje imaginario
común. (doble hélice).
- Las dos hebras son antiparalelas, ya que tienen direcciones opuestas.
- En la doble hélice, el esqueleto de azúcar-fosfato se encuentra orientado hacia el exterior (zona hidrófila),
interaccionando con las moléculas de agua del medio, y las bases nitrogenadas se disponen hacia el interior de la
estructura (zona hidrófoba), interaccionando mediante puentes de hidrógeno.
- El apareamiento compensado de las dos cadenas da lugar a la formación de un surco mayor y un surco menor en
la superficie de la doble hélice. En enrollamiento se produce hacia la derecha (es dextrógiro), y para que las dos
cadenas se separen, es necesario desenrollarlas primero.
- Las bases nitrogenadas de ambas cadenas se unen entre sí mediante puentes de hidrógeno. Siempre quedan
enfrentadas una base púrica con una pirimidínica. C se une a G mediante 3 enlaces, y A se une a T mediante 2
enlaces. (Cadenas complementarias).
Regla de Chargaff: Como consecuencia de estos emparejamientos en el DNA, siempre habrá la misma cantidad de
bases púricas y pirimidínicas. Más concretamente, habrá la misma cantidad de T y A, y de C y G.
*Dependiendo de si la parte voluminosa se encuentra detrás del plano del azúcar o en el mismo plano (en este
último caso, es levógiro).
*Tautomerismo: debido a la presencia de los dobles enlaces, en la misma molécula se dan las conformaciones
amino en equilibrio con grupo iminio (el doble enlace “pasa” a otro sitio), las oxi – hidroxi o las ceto-enol.
NOTA: el modelo original de Watson y Crick tenía 10 pares de bases por vuelta y 34 A (3,4 nm) por vuelta de hélice.
Mediciones posteriores han demostrado que hay 10,5 pares de bases por vuelta y 36 A (3,6 nm) por vuelta de hélice.
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Bioquímica y biología molecular
Ácidos nucleicos como soporte del mensaje genético
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Bioquímica y biología molecular
Ácidos nucleicos como soporte del mensaje genético
Los nucleótidos libres en disolución tienen una gran absorción de la luz UV, pero cuando las bases se apilan, la
absorción disminuye, y aun disminuye más cuando se forma la doble cadena. Esto se conoce como efecto hipocrómico
y se relaciona con la renaturalización.
La desnaturalización, sin embargo, produce el efecto contrario, es decir, un aumento de la absorción de luz UV,
denominado efecto hipercrómico.
La transición de un ADN de doble cadena, a un ADN dividido en sus dos cadenas sencillas puede seguirse, midiendo la
absorción de la luz UV de 260 nm.
La temperatura de fusión (Tm – melting temperature) es la temperatura a la cual la mitad de la doble hélice de DNA
está desnaturalizada (separada). A mayor fuerza iónica mayor es la Tm.
Es característica y diferente para cada cadena de DNA. Cuanto mayor es el contenido de G y C, mayor es el punto de
fusión. En una doble hélice de DNA en la que abundan G y C será necesaria más temperatura para desnaturalizar la
hebra, ya que estas dos bases están unidas por 3 puentes de hidrógeno.
- Libertad de giro del enlace N-glicosídico: conformaciones sin y anti. Rotación, 7º grado de libertad: χ. (“si se pone
de pie la base, es la rotación por el eje vertical).
- Grados de libertad: permiten cierta rotación en la unión del grupo fosfato al azúcar.
- En la base, en formas planas (en conformaciones de furanosa), puede estar en C2 en el plano de arriba (C2’-endo)
o el C3 (C’3-endo). Si, por el contrario, “bajamos” los carbonos del plano, sería lo mismo que en el caso anterior,
pero con -exo. Esta conformación es especial, le da capacidad de movimiento.
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Bioquímica y biología molecular
Ácidos nucleicos como soporte del mensaje genético
- La forma B es la estructura de DNA descrita por Watson y Crick. Es la estructura más estable que puede adoptar
el ADN y es el punto de referencia estándar para los estudios de las propiedades del ADN. Es una doble hélice
dextrógira con 10 pares de bases.
- La forma A predomina en disoluciones relativamente pobres en agua (proviene de la deshidratación de la
conformación B). El DNA-A sólo se ha detectado en dos contextos biológicos: un segmento muy corto en el sitio
activo de la DNA polimerasa y en esporas de algunas bacterias Gram +.
Se trata de una doble hélice dextrógira. Es más gruesa y compacta. Tiene 11 pares de bases por vuelta, en lugar
de los 10,5 del ADN-B. El plano de los pares de bases de la forma A tiene una inclinación de unos 20o con respecto
al eje de la doble hélice (las uniones entre bases son algo más oblicuas, no perpendiculares al eje). Estos cambios
estructurales hacen que el surco ancho sea más profundo y el surco estrecho sea más superficial. La conformación
del azúcar es C-3’ endo (en la forma B es C-2’ endo).
- La forma Z supone una desviación más radical con respecto a la B. Hay una clara rotación hacia la izquierda de la
hélice (doble hélice levógira). Contiene 12 pares de bases por vuelta y una estructura es más delgada y alargada.
Las purinas adoptan una forma sin, y las pirimidinas adoptan la conformación anti. El surco mayor no es casi
perceptible, y el surco menor es estrecho y profundo. Tiene segmentos de nucleótidos de C y G alternados.
Bioquímica y biología molecular
Ácidos nucleicos como soporte del mensaje genético
Existen diferentes grados de superenrollamiento. Un círculo relajado puede estar aplastado sobre una superficie plana,
mientras que una molécula superenrollada no puede estarlo ya que además de la torsión de las cadenas de DNA (una
alrededor de la otra) una molécula superenrollada, comporta un plegamiento de orden superior, que se denomina
estructura terciaria de un polímero.
los DNAs circulares cerrados también tienen superenrollamientos (no tienen extremos 5 ́ y 3 ́ libres), y esto se da
gracias a ciertas enzimas. Los círculos que forman pueden ser pequeños o inmensos, formados por una sola cadena o
por dos cadenas entrelazadas en una doble hélice en su forma B. Sin embargo, no todas las moléculas de DNA son
circulares, hay algunas lineales (como la del bacteriófago T2 o el DNA humano lineal que es gigante).
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Bioquímica y biología molecular
Ácidos nucleicos como soporte del mensaje genético
Las girasas y las topoisomerasas cambian la topología del DNA, y permiten que cambie su estructura.
En el núcleo de las células eucariotas el DNA se encuentra unido a proteínas (histonas) formando la cromatina. La
unidad fundamental de la cromatina son los nucleosomas. Obtendremos cromatina y, en su último estadio de
compactación, cromosomas.
Virus bacteriófagos, animales y vegetales pueden presentar DNA O RNA como material
genético, denominándose DNAvirus o RNAvirus. Pueden estar formados por una cadena doble
(dos hebras) o sencilla (una hebra), y puede ser una molécula lineal o circular (como ocurre en
organismos procariotas).
Los bacteriófagos presentan una cápsula en la que se encuentra el DNA, que no se asocia a
proteínas. Los retrovirus presentan una enzima, la retrotranscriptasa inversa que permite la
conversión de RNA en DNA para poder integrar así su material genético en la célula que quieren
infectar.
En las bacterias, las moléculas de DNA son plásmidos que contiene unos 1000 pares de bases.
- Histonas. Son 5 tipos de proteínas, presentes en cantidades equimolares (H2A, H2B, H3, H4 Y H1). Todas las
histonas son proteínas pequeñas, muy básicas, con gran cantidad de lisina y arginina.
- No histónicas.
Los nucleótidos de las células procariotas contienen también proteínas asociadas al DNA, pero estas proteínas son
muy diferentes.
Las proteínas histonas se combinan de una forma específica para formar un elemento de repetición de la estructura
de la cromatina, el nucleosoma (unidad fundamental de la cromatina. Se unen por prolongaciones de ADN: ADN
linkers). Los nucleosomas contienen 146 pares de bases de DNA, que envuelven a un octámero de histonas, dos de
cada tipo (H2A, H2B, H3, H4). Esta composición explica las cantidades equivalentes de histonas que hay en la
cromatina. La H1 sella el nucleosoma, y ambos forman el cromatosoma.
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Bioquímica y biología molecular
Ácidos nucleicos como soporte del mensaje genético
Aunque el nucleosoma es una estructura casi invariable en los eucariotas, la forma en que se espacian los nucleosomas
a lo largo del DNA varía considerablemente entre los organismos y tejidos. La longitud del DNA entre nucleosomas
puede variar. El DNA internucleosómico o ligador, está ocupado por las histonas de tipo H1 (con abundancia de lisina)
y por proteínas no histónicas. La cromatina adopta una conformación de hélice de 30 nm de diámetro. Cada vuelta de
hélice contiene 6 nucleosomas.
CROMOSOMAS Y CROMATINA
Cromatina: es DNA sin condensar en interfase, unido a proteínas histonas y no histonas. “Sustancia coloreada”.
Cromosoma: es DNA condensado en mitosis, unido a proteínas histonas y no histonas. El cromosoma mitótico tiene 2
cromátidas, y centrómero y telómero definidos. “Cuerpo coloreado”.
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Bioquímica y biología molecular
Ácidos nucleicos como soporte del mensaje genético
Cariotipo: en cada brazo de los cromosomas podemos ver diferentes bandas, y así definir dónde se encuentra cada uno
de los genes (atendiendo a estas bandas). Cada cromosoma (y cada especia) tiene un bandeo específico que determina
las características propias de cada uno, y dentro de cada banda se distinguen diferentes subdivisiones. Suelen tener 2
brazos, p y q (parte de arriba y de abajo de una de las cromátidas). Estos pueden tener la misma longitud o, por ejemplo,
solo tener q (acrocéntricos, p muy corto).
Bioquímica y biología molecular
Ácidos nucleicos como soporte del mensaje genético
RNA
ESTRUCTURA
TIPOS
- RNA mensajero (mRNA). Transporta la información genética del DNA a los ribosomas, que se encargan de la
síntesis de proteínas.
- RNA ribosómico (rRNA). Forma parte de los ribosomas y representa un 75% del RNA celular total. Estructura: tiene
4 dominios y algunas zonas bicatenarias.
- RNA transferente (tRNA). Transporta los aminoácidos activos a los ribosomas, que se van adicionando a las
cadenas polipeptídicas durante la síntesis de proteínas. Su estructura en trébol consta de un primer brazo (T), un
brazo variable sin importancia, el brazo que contiene al anticodón y el brazo D. Los nombres de los brazos hacen
referencia a nucleótidos “raros” que sufren modificaciones. Por último, tenemos un extremo aceptor en el que se
une el aa, con el extremo 3’ y la secuencia de unión. En la formación de los brazos la cadena se une por puentes de
hidrógeno entre sí, por lo que podemos ver algunas zonas con ARN bicatenario. (En 3D: forma de L).
- RNA nuclear pequeño (snRNA). Son pequeñas moléculas de RNA de localización nuclear que participan
principalmente en la maduración del mRNA. Están en los spliceosomas, eliminan intrones. En un principio, se
definió como ARN basura porque no se veía que estuviera implicado
directamente en la traducción de proteínas. Aun así, tiene funciones muy
importantes para la maduración del DNAm.
También encontramos diferencias entre los genes de procariotas y eucariotas. El DNA de eucariotas es monocistrónico,
es decir, solo da lugar a un tipo de proteína. Además, presenta fragmentos que no codifican nada (intrones), que se
deben eliminar en un proceso de maduración (nos quedamos con los exones). Tenemos también una zona inicial o
promotora. En cambio, El DNA procariota es policistrónico, puesto que codifica para varias proteínas.
*El RNA tiene mucha actividad química (se trabaja con él en Tª bajas) y es degradado por las RNAasas.
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Bioquímica y biología molecular
Ácidos nucleicos como soporte del mensaje genético
ÁCIDOS NUCLEICOS (II). Ácidos nucleicos como soporte del mensaje genético.
Frederick Griffith realizaba sus experimentos de infección de ratones con los neumococos (bacterias que causan la
neumonía en humanos, investigaba la vacuna para prevenirla). La inoculación de estas bacterias en los ratones causa
su muerte en 24h y su patogenicidad se debe a la cápsula de polisacáridos que poseen por fuera de su pared celular.
Esta cápsula les otorga a las colonias de neumococos un aspecto brillante o liso, denominado S. Existen mutantes de
neumococos que no producen la cápsula de polisacáridos y forman colonias de aspecto rugoso o R. Griffith descubrió
que estas mutantes no mataban a los ratones.
e) ACTUALMENTE: sabemos que las células no virulentas se introducen en la cápsula de las otras (virulentas muertas
por calor) y se transforman en virulentas.
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Bioquímica y biología molecular
Ácidos nucleicos como soporte del mensaje genético
El médico microbiólogo Oswald Avery quedó sorprendido por los resultados publicados por Griffith y aunque al
principio no creía mucho en ellos, se propuso descubrir la sustancia responsable del fenómeno de transformación. Así
fue como Avery, junto a MacLeod y McCarty comenzaron a fraccionar el extracto de bacterias S libre de células donde,
según Griffith, estaba el principio transformante.
La porción acídica del núcleo llevaba la fracción de factor transformante que explicó Griffith.
Cuando Avery, MacLeod y McCarty publicaron sus resultados en 1944, fueron muy pocos los que concluyeron que los
genes estaban compuestos de ADN. En esa época era realmente difícil de imaginar que una molécula “monótona”
compuesta sólo de cuatro bases nitrogenadas diferentes pudiera tener la suficiente variabilidad como para llevar toda
la información genética que precisaban los seres vivos. Sin duda, eran las proteínas las candidatas para tal función,
debido a su gran complejidad y múltiples formas. En este contexto, Avery, MacLeod y McCarty concluyeron,
tímidamente, en su artículo:
“Si los resultados del presente estudio se confirman, entonces el ADN debe ser considerado como una molécula que
posee especificidad biológica cuya base química aún no ha sido determinada”.
En 1952 Hershey y Chase estudiaron la infección de la bacteria E.Coli por un virus bacteriano, el T.2. Aprovechando el
hecho de que las proteínas del bacteriófago contienen azufre y poco fósforo y que el DNA bacteriano contiene poco
fósforo, pero no azufre, marcaron el DNA y la cápsida (parte proteica) del bacteriófago fago T.2 con los isótopos
radiactivos 32 S y 35 p, respectivamente.
Cuando se hace el experimento con fósforo 32, el DNA es inyectado a la célula y, tras la centrifugación y agitación, en
el fondo (pellet) se depositaba lo radiactivo. Cuando se hace el marcaje 35, aparece radiactivo el sobrenadante
(líquido).
Bioquímica y biología molecular
Ácidos nucleicos como soporte del mensaje genético
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Bioquímica y Biología Molecular
Bloque VI – Replicación, reparación y recombinación del ADN
Posteriormente, comprobaron que podían distinguir el ADN de las bacterias que crecían en un medio normal con N14
(se marcaban las nuevas cadenas con N14, más ligero) del ADN de bacterias que habían crecido durante 14
generaciones con N15. Para ello extrajeron el ADN de ambos tipos de baterías y lo centrifugaron en un gradiente de
densidad de CsCl. El resultado fue que la densidad del ADN de las bacterias que habían crecido en presencia de N15
era mayor que el ADN de las bacterias que habían crecido con N14.
Una vez comprobado que eran capaces de distinguir el ADN de ambos tipos de bacterias, continuaron el experimento
de la siguiente forma: las bacterias que habían estado creciendo en N15 pasaron a un medio de cultivo que contenía
N14 (nitrógeno normal) y a distintos tiempos, media generación, una generación, dos generaciones, tres generaciones
de replicación… tomaban una muestra del cultivo bacteriano, extraían el ADN y centrifugaban en gradiente de
densidad de CsCl.
CARACTERÍSTICAS DE LA REPLICACIÓN
Después de comprobar que la replicación era semiconservativa, los investigadores se hicieron otras preguntas: ¿se
desarrollan totalmente las cadenas de ADN parental antes de que cada una sea replicada?, ¿empieza la replicación en
sitios al azar o en un único punto?, ¿transcurre en una dirección o es bidireccional?... Y para resolver todas estas dudas
realizaron varios experimentos:
- El primero, realizado por Cairns, estipuló que las cadenas parentales se desarrollaban y replicaban
simultáneamente.
- El segundo dio como conclusión que la replicación siempre se iniciaba en el mismo punto, y era bidireccional,
hasta que el cromosoma entero es copiado. Hay dos horquillas de replicación (zona de intersección de las regiones
no replicadas y recién replicadas) que se mueven en direcciones opuestas.
Las células procariotas tienen un solo cromosoma, constituido por una molécula de ADN circular, donde hay un solo
origen de replicación. Por lo tanto, la replicación del cromosoma bacteriano empieza en un único sitio y continúa
bidireccionalmente hasta que el cromosoma entero es copiado. Hay dos horquillas de replicación, que son las zonas
de intersección de las regiones no replicadas y las recién replicadas. Ambas horquillas se mueven en direcciones
opuestas. En el experimento que se llevó a cabo para comprobar que la síntesis era bidireccional fue un experimento
de marcaje de tritio, y se vio que realmente era así
La síntesis de ADN progresa en dirección 5’→ 3’, siendo el 3’ –OH libre el punto de elongación del ADN. Debido a que
las dos cadenas de ADN son antiparalelas, la cadena que actúa de molde se lee del extremo 3’→ 5’.
Si la síntesis transcurre siempre en la dirección 5’→3’ es porque la ADN polimerasa I no puede sintetizar en otra
dirección que no sea esa. De esta manera, para que las dos hebras puedan sintetizarse simultáneamente a medida
que se desplaza la horquilla de replicación, una tendría que ser sintetizada en dirección 3’→5’, y eso no es posible.
Este problema fue resuelto por Okazaki en 1960, cuando descubrió que una de las cadenas nuevas de ADN se
sintetizaba en forma de trozos cortos (pocos centenares o miles de nucleótidos) a los cuales denominó fragmentos
de Okazaki (metáfora de la máquina de escribir). Esto condujo a pensar que había una hebra conductora, cuya síntesis
era en dirección 5’→3’, y una hebra retardada, cuya síntesis era en la misma dirección, la cual era opuesta a la
dirección del movimiento de la horquilla. De esta manera, la polimerasa siempre sintetiza en dirección 5’-3’, ya sea
de forma continua o en fragmentos.
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Bioquímica y Biología Molecular
Bloque VI – Replicación, reparación y recombinación del ADN
No existe actividad de polimerización de tipo 3’→5’, y además, las ADN polimerasas no pueden iniciar la síntesis de
ADN de novo, por lo que siempre requieren la presencia de un primer o ARN cebador (en E. Coli es sintetizado por la
primasa), que es una pequeña molécula de ARN que ayuda a la ADN polimerasa a comenzar la síntesis. En la
polimerización de la hebra retardada se requiere un primer por cada fragmento de Okazaki.
Aunque hay muchas enzimas implicadas en todo el proceso de replicación, las que realizan la síntesis del ADN son las
polimerasas.
Las ADN polimerasas sintetizan ADN mediante adición nucleótido a nucleótido al extremo 3’-OH terminal de la
cadena creciente (solo se puede realizar en este extremo). El sustrato entrante es un desoxinucleósido 5’-trifosfato
(dNTP) cuya identidad está determinada por el apareamiento de bases. Queda unido el nucleótido y se libera el fosfato,
siempre siendo complementario. La ADN polimerasa cataliza la formación de un enlace fosfodiester 5’-3’ entre el
dNTP entrante y la cadena creciente.
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Bioquímica y Biología Molecular
Bloque VI – Replicación, reparación y recombinación del ADN
En la E. coli este ARN cebador es sintetizado por la enzima primasa, una ARN polimerasa. En una etapa posterior, el
ARN cebador es eliminado y reemplazado por ADN.
Después de añadir un nucleótido a una cadena de ADN en crecimiento, la ADN pol se disocia o bien se traslada a lo
largo del molde y añade otro nucleótido. La disociación y la reasociación de la polimerasa pueden limitar la velocidad
global de polimerización. El número medio de nucleótidos añadidos antes de que una polimerasa se disocie define su
procesividad.
La replicación tiene lugar con un grado extraordinario de fidelidad (precisión). Durante la polimerización, la
discriminación entre nucleótidos correctos o incorrectos se basa no sólo en los puentes de hidrogeno que especifican
el apareamiento correcto entre las bases complementarias, sino también en la geometría común de los pares de bases
estándar A=T y G=C. El centro activo de la ADN pol I acomoda solamente pares de bases con esta geometría. Un
nucleótido incorrecto puede ser capaz de formar puentes de hidrogeno con una base del molde, pero generalmente
no encajara en el centro activo. Las bases incorrectas pueden ser desechadas antes de que se forme el enlace
fosfodiéster.
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Bioquímica y Biología Molecular
Bloque VI – Replicación, reparación y recombinación del ADN
En la E. coli, la precisión en la actividad es incluso mayor gracias a un sistema enzimático separado que repara los pares
de bases incorrectos que permanecen después de la replicación. Este proceso se denomina reparación de
apareamientos incorrectos.
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Bioquímica y Biología Molecular
Bloque VI – Replicación, reparación y recombinación del ADN
La polimerasa I es la que inicia la síntesis del ADN, y está formada por dos
subunidades (la grande es la catalítica, y por en medio de ambas pasa el ADN
a replicar).
La ADN polimerasa es la polimerasa con ACTIVIDAD EXONUCLEASA
5’→3’ (Proof Reading). Este proceso consiste en que una polimerasa
vuelve hacia atrás en la cadena, elimina los errores en bases mal
apareadas posteriores a la replicación (forman una mella) y después, esos
huecos son reemplazados por una nueva base y unidos por ADN ligasa.
A través de la actividad exonucleasa 5’ →3’ la hebra de ADN mal apareada
a la hebra molde es simultáneamente degradada por la actividad
exonucleasa 5’→3’ de la ADN pol I y reemplazada por la actividad
polimerasa de la misma enzima. La síntesis del ADN comienza en una
mella. La polimerasa I extiende la hebra de ADN que no hace de molde y
desplaza la mella a lo largo del ADN. Este proceso se denomina traslación
de la mella. El hueco finalmente queda sellado por la ADN ligasa.
Así, gracias a su actividad exonucleasa 5’→3’, la ADN pol I además de
corregir errores es capaz de rellenar los huecos producidos por la
eliminación del ADN cebador al inicio de cada replicación, trasladando la
mella hacia el extremo 3’ y uniéndose después los fragmentos.
Es decir, la ADN polimerasa I es la encargada de la iniciación de la síntesis y la reparación del ADN. Por tanto, la
polimerasa I tiene funciones indispensables en la replicación y la reparación del ADN de E. coli, aunque no es
responsable de la mayoría de la síntesis de ADN.
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Bioquímica y Biología Molecular
Bloque VI – Replicación, reparación y recombinación del ADN
Además del descubrimiento de Cairns y DeLucia, se vio que la ADN polimerasa I tiene un índice de procesividad bajo,
por lo que también se llegó a la conclusión de que debía haber más polimerasa en el proceso. La procesividad es el
número de nucleótidos que añade una polimerasa antes de disociarse, y cuanto mayor sea este número, más rápida
será la replicación. Así se comenzaron a buscar y se descubren nuevos tipos de polimerasas. La ADN polimerasa II y la
ADN polimerasa III. Más tarde se descubrieron otras: la polimerasa IV y la polimerasa V, también implicadas en
reparación:
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Bioquímica y Biología Molecular
Bloque VI – Replicación, reparación y recombinación del ADN
El ADN necesita más enzimas para replicarse, además de las polimerasas (y proteínas asociadas que potencian su
procesividad: subunidad β forma un anillo alrededor del DNA que actúa como abrazadera deslizante), y al conjunto
de las mismas se le denomina REPLISOMA, son las que propagan una horquilla de replicación:
▪ Helicasas: son las responsables del desenrollado progresivo del dsADN, es decir, se encarga de romper los puentes
de hidrógeno que mantienen unidas las bases nitrogenadas de ambas cadenas del ADN. Implican el gasto de ATP.
▪ Topoisomerasas (II) o ADN girasa: liberan la tensión torsional (topológica) generada por el desenrollado inducido
por las helicasas. Inicia la síntesis de oligos ARN. Irían por delante de la helicasa, compensando la tensión que crea
cuando va separando y regulando el superenrrrollamiento.
*Antibióticos: la Novobiocina bloquea la unión del ATP a la girasa: El ácido nallidíxico y la ciprofloxacina bloquean
la ruptura y posterior unión de las cadenas de DNA.
*Antitumoral: la camtotecina inhibe a la topoisomerasa I humana.
▪ Primasa: se encarga de la síntesis del ARN cebador. Junto con las helicasas forman lo que se denomina primosas.
▪ Proteínas de unión a ADN de hebra sencilla/cadena simple (SSB): impiden la renaturalización prematura del ADN.
Estabilizan el ADN en la conformación de una sola hebra para que actúe como molde. Se unen a las dos cadenas.
▪ ADN ligasa: sella las mellas en la hebra sencilla entre la cadena naciente y los fragmentos de Okazaki en la hebra
retardada.
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Bioquímica y Biología Molecular
Bloque VI – Replicación, reparación y recombinación del ADN
El acceso a las cadenas de ADN que tienen que actuar de molde requiere la separación de las dos cadenas parentales.
Esta tarea ocurre a cargo generalmente de enzimas llamadas helicasas, que se mueven a lo largo del ADN, separándolo
con gasto de ATP (la DNA helicasa desenrolla el DNA uniéndose al molde de la cadena retrasada en cada horquilla de
replicación y desplazándose en dirección 5’→ 3). La separación de las cadenas crea una tensión topológica en la
estructura helicoidal del ADN, que es relajada por las topoisomerasas. Las cadenas separadas son estabilizadas por
las proteínas de unión a ADN (proteínas SSB).
Por otro lado. las primasas sintetizan los ARN cebadores necesarios para iniciar la síntesis de ADN. Posteriormente
éstos son reemplazados por ADN gracias a la ADN polimerasa I. Después de rellenarse el hueco, queda una mella en
forma de enlace fosfodiéster roto, que es reparado por la ADN ligasa.
Los nucleótidos se aparean según la complementariedad de bases (A-T y G-C) y su geometría. Si no cumplen ambas
características, las bases no se aparearán, y se producirá un error que puede desencadenar una mutación.
La geometría de los enlaces de hidrógeno entre las bases complementarias dificulta la introducción de errores. Para
que esos errores no ocurran, el ADN necesita las polimerasas y el conjunto del replisoma.
Bioquímica y Biología Molecular
Bloque VI – Replicación, reparación y recombinación del ADN
Horquilla de replicación:
*En un modelo de replicación de DNA en E. coli, las dos unidades de DNA polimerasa III están conectadas. El molde de
la cadena retrasada forma un bucle, de manera que permite la replicación de las dos cadenas antiparalelas de DNA.
En la parte superior, se muestran los componentes de la maquinaria de replicación en la horquilla de replicación.
Okazaki plantea la síntesis discontinua de la hebra retrasada y la necesidad de cebadores para ello. El hecho de que
cuando se sintetiza DNA in vitro en presencia de rifampicina (que inhibe a las RNA pol. pero no a la primasa, y sin
primasas no habría hebra retardada) se inhiba la síntesis de la hebra adelantada pero no de la retrasada sugiere la
posibilidad de que ambas participen al menos en la síntesis. La primasa sería imprescindible para la retrasada y en la
adelantada participarían ambas.
Las dos subunidades de la ADN polimerasa: la subunidad superior se encarga de sintetizar la hebra conductora a
medida que la ADNpol avanza mientras que, en la inferior, el molde de la cadena retrasada forma un bucle, de manera
que permite la replicación de las dos cadenas antiparalelas de DNA.
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Bioquímica y Biología Molecular
Bloque VI – Replicación, reparación y recombinación del ADN
Es decir, la polimerasa que en los dibujos da la sensación de ser dos enzimas separadas (una sobre la hebra retrasada
y otra sobre la molde), son en realidad una misma con dos subunidades. El propio DNA es el que se va a introducir e ir
desplazándose en la cadena retardada. ¿?
- La replicación es bidireccional, la doble hélice tiene que desenrollarse para poder iniciar el proceso, y lo hace
gracias a las helicasas, y el superenrollamiento ha de ser compensado por la ADN girasa.
- La replicación es semidiscontinua: la cadena conductora se sintetiza de manera continua, mientras que la
retardada se sintetiza de forma discontinua, para lo que requiere fragmentos de Okazaki.
- La ADN polimerasa III utiliza ARN como cebador, y para sintetizarlo es necesario una enzima llamada primasa. La
ADN polimerasa I remplaza el ARN cebador por ADN, y la ADN ligasa sella las mellas que quedan entre los
fragmentos de Okazaki.
INICIO DE LA REPLICACIÓN
En el cromosoma bacteriano ocurre en un único sitio denominado “origen de replicación”. El origen de la replicación
de la E. Coli consta de 245 pares de bases, que contienen secuencias de ADN muy conservadas entre los orígenes de
replicación bacterianos, y se denomina OriC. Estas secuencias son reconocidas por enzimas que participan en el inicio
de la replicación. Gracias a este reconocimiento, las enzimas se unen al ADN, con gasto de ATP.
La DnaB es una helicasa que desenrolla el DNA Luego se une la primasa que comienza a sintetizar el RNA cebador.
La posición de las secuencias conservadas se ilustra en la Figura 25-11. Hay dos tipos de secuencias de especial interés:
cinco repeticiones de una secuencia de 9 pb (sitios R), que actúan de sitios de luiión para la proteína clave de inicio
DnaA, y una región rica en pares de bases A = T denominada elemento de desenrollamiento del DNA (DUE). Hay tres
sitios de unión de DnaA (sitios 1) adicionales y sitios de unión para las proteínas ÍH F (factor de integración del huésped)
y FIS (factor de estimulación de la inversión). Estas dos proteínas fueron descubiertas como componentes necesarios
para ciertas reacciones de recombinación descritas más adelante y sus nombres son reflejo de sus funciones.
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Bioquímica y Biología Molecular
Bloque VI – Replicación, reparación y recombinación del ADN
Así, la replicación comienza cuando numerosas copias de una proteína de 52 kDa, conocida como DnaA (proteína de
iniciación), se unen al OriC iniciando así la separación de hebras (lo que requiere ATP). Esto produce la unión de dos
factores, para que se puedan separar las cadens: IHF (integration host factor) y HU. Las HU son proteínas de unión al
dsDNA que facilitan que se doble (histonelike prot). La Dna B es una helicasa que desenrolla el ADN por esa zona en
sentido 5’→3’ (para que esta funcione, se tiene que unir la Dna C y activarla. Tras esto, se libera y recicla), y luego se
une la primasa que comienza a sintetizar el ARN cebador.
Cuando las dos hebras se desenrollan, en el extremo opuesto al desenrollamiento, se produce un superenrollamiento
que es controlado por las topoisomerasas (I y II) y las proteínas SSB (se unen al ADN para evitar que vuelva a formarse
la doble hélice).
La regulación del proceso de replicación en la E. Coli se lleva a cabo por metilación (la metilación activa la síntesis de
la nueva cadena de ADN). El inicio de la replicación está afectado por la metilación del ADN y por las interacciones
con la membrana plasmática bacteriana. Es decir, las secuencias de inicio se encuentran hemimetiladas, solo en una
cadena y unidas a la membrana bacteriana de forma que, cuando la cadena se desprende, es accesible a las metilasas
para completar la metilación y que se pueda iniciar un ciclo. Así, en la región oriC, el ADN es metilado por la metilasa
Dam, La región oriC de la E. Coli está enriquecida en secuencias GATC, que son las que son metiladas.
Inmediatamente después de que se haya producido la replicación, el ADN está hemimetilado: las hebras parentales
tienen las secuencias oriC metiladas, mientras que las hebras de nueva síntesis no lo están.
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Bioquímica y Biología Molecular
Bloque VI – Replicación, reparación y recombinación del ADN
Las secuencias oriC hemimetiladas son secuestradas a través de la interacción con la membrana plasmática, y por una
proteína. Al cabo de cierto tiempo el oriC es liberado de la membrana plasmática, se disocia la proteína y tiene que
metilarse completamente el ADN por acción de la metilasa Dam, antes de que pueda unirse de nuevo a DnaA (que
conoce la secuencia y abre el dúplex en sitios específicos de origen) e iniciar un nuevo ciclo de replicación de ADN.
ELONGACIÓN
La fase de elongación en la replicación consiste en dos operaciones distintas, pero relacionadas: la síntesis de las
hebras conductora y retardada. Ambos procesos ocurren simultáneamente en la horquilla de replicación.
Las proteínas implicadas en la síntesis de una y otra hebra se encuentran formando un complejo proteico denominado
replisoma que contiene un primosoma (primasa + helicasa), necesario para iniciar cada fragmento de Okazaki, y dos
holoenzimas ADN polimerasa III, una de las cuales sintetiza la hebra conductora y la otra, junto con el primosoma,
sintetiza la hebra retardada.
Bioquímica y Biología Molecular
Bloque VI – Replicación, reparación y recombinación del ADN
La ADN polimerasa III se une a las dos hebras de ADN a través de las subunidades p (pi). Posteriormente, se unen las
subunidades β para estimular la hidrólisis de ATP (cuanta más hidrólisis de ATP haya, más rápido será el proceso),
formando una abrazadera, la cual es atravesada por la hebra de ADN.
La síntesis de la hebra conductora es la más sencilla. Empieza con la síntesis de un corto cebador de ARN por la
primasa en el origen de replicación. La primasa interacciona con la helicasa para llevar a cabo esta reacción y el
cebador es sintetizado en dirección opuesta a la del movimiento de la helicasa.
En efecto, la helicasa se mueve a lo largo de la hebra y se convierte en la hebra retardada durante la síntesis de ADN.
Sin embargo, el primer cebador depositado en la primera interacción primasa-helicasa sirve para iniciar la síntesis de
la hebra conductora en dirección opuesta.
Los desoxirribonucleótidos son añadidos a este cebador por un complejo de ADN polimerasa III unida a la helicasa
anclada en la hebra de ADN opuesta. Seguidamente, la síntesis de la hebra conductora transcurre de manera continua,
al mismo ritmo de desenrollamiento del ADN en la horquilla de replicación.
La síntesis de la hebra retardada se realiza a trozos de corta longitud, los fragmentos de Okazaki. Primero la primasa
sintetiza un cebador de ARN y, como en la síntesis de la hebra conductora, la ADN polimerasa III se une al cebador y
añade desoxirribonucleórtidos.
Sin embargo, la síntesis de la hebra retardada es más compleja de lo que parece. Su complejidad reside en la
coordinación de la síntesis de ambas hebras. Éstas son producidas por un único dímero asimétrico de ADN
polimerasa III. Para ello, la hebra retardada forma un lazo o bucle que aproxima los dos puntos de polimerización.
En la síntesis de los fragmentos de Okazaki, participan diversos complejos enzimáticos. Uno de ellos está compuesto
por la helicasa y la primasa, y se denomina primosoma, y el otro es la ADN polimerasa III que usa uno de sus juegos
para la síntesis continua de la hebra conductora, mientras que el otro juego de subunidades núcleo circula entre un
fragmento de Okazaki y el siguiente sobre el bucle formado por la hebra retardada.
La helicasa, unida por delante de la ADN polimerasa III, desenrolla el ADN en la horquilla de replicación, a medida que
viaja a lo largo del molde de la hebra retardada en dirección 5’→3’. La primasa se asocia ocasionalmente con la
helicasa y sintetiza un corto cebador de ARN. Una nueva abrazadera deslizante β es entonces posicionada en el
cebador por el complejo de carga de la abrazadera de la ADN polimerasa III. Cuando se ha completado la síntesis de
un fragmento de Okazaki, la replicación se detiene y las subunidades núcleo de la ADN polimerasa III se disocian de
su abrazadera deslizante β (y del fragmento de Okazaki completado) y se asocian con la siguiente abrazadera. Esto
inicia la síntesis de un nuevo fragmento de Okazaki.
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Bioquímica y Biología Molecular
Bloque VI – Replicación, reparación y recombinación del ADN
El complejo de carga de la abrazadera de la ADN polimerasa III consiste en parte de las dos subunidades p junto con
las subunidades g, d, d’ y una ATPasa. Este complejo se une al ATP y a la nueva abrazadera dimérica, lo que provoca
la apertura del anillo en la interfase de una de las subunidades. La recién cebada hebra retardada se desliza al interior
del anillo a través de la discontinuidad. A continuación, el cargador de la abrazadera hidroliza ATP, liberando la
abrazadera b deslizante que se cierra alrededor del ADN.
El replisoma efectúa una rápida síntesis de ADN, a un ritmo de unos 1000 nucleótidos por segundo en cada hebra.
Una vez ha finalizado la síntesis de un fragmento de Okazaki, su cebador de ARN es eliminado y reemplazado por ADN
por la ADN polimerasa I, y la mella es sellada por la ADN ligasa.
La ADN ligasa cataliza la formación de un enlace fosfodiéster entre un 3’ hidroxilo al final de una hebra de ADN y un
5’ fosfato al final de otra cadena. El enlace fosfodiéster debe ser activado por adenilación.
La ADN polimerasa III es la verdadera responsable de la elongación de la cadena durante la replicación en E. Coli. Es
la más compleja de las tres. El centro catalítico de la polimerasa III está formado por tres subunidades: a, e y q, pero
al menos otras 7 subunidades se combinan con ella para formar la holoenzima Pol III y así aumentar la velocidad de
reacción y la procesividad.
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Bioquímica y Biología Molecular
Bloque VI – Replicación, reparación y recombinación del ADN
TERMINACIÓN
Finalmente, las dos horquillas de replicación del cromosoma circular se encuentran
en una región terminal con múltiples copias de una secuencia de 20 pares de bases,
denominada Ter. Las secuencias Ter están dispuestas en el cromosoma para crear
una especie de trampa donde una horquilla de replicación puede entrar, pero no salir.
Las secuencias Ter son lugares de unión de una proteína llamada Tus. El complejo
Tus-Ter puede detener solo la replicación desde una dirección. Solo actúa un único
complejo Tus-Ter por ciclo de replicación, el primero con el que topa una u otra
horquilla de replicación. Dado que las horquillas de replicación que se mueven en
direcciones opuestas se detienen al encontrarse, las secuencias Ter no parecen
esenciales, pero es posible que sirvan para evitar la sobrerreplicación por una de las
horquillas, en el caso de que la otra se haya retrasado o detenido a causa de daños
en el ADN o por algún obstáculo. Así pues, cuando una de las horquillas topa con un
complejo funcional Tus-Ter se detiene, y la otra horquilla se detiene cuando se
encuentra a la primera. Los pocos centenares de pares de bases de ADN finales entre estos grandes complejos
proteicos se replican a continuación, mediante un mecanismo aún desconocido.
El resultado final son dos cromosomas circulares, ligados en el espacio. Los círculos de ADN unidos a este modo se
denominas catenarios. La separación de los círculos encadenados de E. Coli requiere topoisomerasas PV (un tipo de
topoisomerasa II). Los cromosomas separados son a continuación segregados entre las células hijas en la división
celular. La fase terminal de la replicación de otros cromosomas circulares, incluidos muchos virus de ADN que infectan
en células eucariotas, es similar.
Los sitios TerC, TerB, TerF y TerG permiten que pase un replisoma que se
mueve en sentido antihorario, pero no uno que se mueve en sentido
horario. Lo opuesto se observa para los sitios TerA, TerD y TerE. Así se
asegura que las dos horquillas de replicación se encuentren en la región
de terminación aun cuando una de ellas llegue más rápido.
*Recordamos que,
finalmente, el ADN
queda
superenrollado:
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Bioquímica y Biología Molecular
Bloque VI – Replicación, reparación y recombinación del ADN
*Vacunas: contienen parte del RNA vírico que va a sintetizar cápsides vacías, para que
el organismo reaccione. Como no es el ARN completo, no pueden producir infección.
Bioquímica y Biología Molecular
Bloque VI – Replicación, reparación y recombinación del ADN
REPLICACIÓN EN EUCARIOTAS
ssDNA.
En eucariotas, tenemos varias DNApol (como la ε, β, γ,…) con funciones parecidas a la ADNpol II de E.Coli. Por tanto,
además de las diferencias mencionadas, hay aun más polimerasas, vistas en la siguiente tabla:
* Quedarse con las anteriores y saber enzimas que colaboren con la reparación.
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Bioquímica y Biología Molecular
Bloque VI – Replicación, reparación y recombinación del ADN
REPLICACIÓN DE TELÓMEROS
De esta forma, en la muesca dejada por la eliminación del cebador, actúan las telomerasas, generando un bucle en el
que se alarga la cadena gracias a la complementariedad. Es por eso por lo que, en el extremo, parece que los telómeros
forman bucles terminales.
Las telomerasas y los telómeros son muy importantes para evitar la pérdida de información genética a lo largo de la
vida celular. El acortamiento de los telómeros podría contribuir con el envejecimiento.
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Bioquímica y Biología Molecular
Bloque VI – Replicación, reparación y recombinación del ADN
El síndrome de Werner es una muy extraña patología genética autosómica recesiva que se caracteriza por un
envejecimiento acelerado y prematuro. Las características clínicas de este síndrome incluyen pérdida de cabello,
cataratas bilaterales, diabetes mellitus tipo 2, osteoporosis, diversos tipos de aterosclerosis e hipogonadismo. Los
individuos con síndrome de Werner presentan un elevado riesgo de padecer cáncer, especialmente sarcomas. La
edad promedio de fallecimiento de los afectados es entre los 46 a 48 años. Se debe a diversas mutaciones en el
gen WRN, situado en la región p12 del cromosoma. Este codifica la helicasa RecQl2 y los efectos son el
acortamiento de los telómeros.
El Síndrome de Zinsser-Cole-Engman, o disqueratosis congénita es una enfermedad genética rara y progresiva del
sistema intertegumentario que cursa también con anomalías en la médula ósea. Se caracteriza por distrofia de las
uñas, leucoplaquia de la mucosa oral, lagrimeo continuo debido a la atresia de los conductos lacrimales y, en la
mayoría de los casos, atrofia testicular. Las personas afectadas también son altamente susceptibles a desarrollar
algunos tipos de cáncer. Asociada al cromosoma X, con mutación en el gen disquerina (colabora en el
procesamiento del componente de RNA de la telomerasa).
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Bioquímica y Biología Molecular
Bloque VI – Mutación, reparación y recombinación del ADN
El ADN ha de ser reparado, ya que se estropea. El mantenimiento de la integridad de la información contenida en el ADN es un
imperativo celular, al que responde un elaborado conjunto de sistemas de reparación.
MUTACIÓN EN EL ADN
Una mutación es un cambio permanente en la secuencia de
nucleótidos (son puntuales), ya sea por sustitución (cambio de
una base por otra), adición (inserción de nucleótidos) o deleción
(pérdida de nucleótidos. Las deleciones puntuales se producen por
un cambio en el marco de lectura). Las sustituciones provocan la
alteración de un único triplete, y por tanto no suelen ser graves.
Las adiciones o deleciones suelen ser más graves, ya que producen
el corrimiento en el orden de lectura, y por tanto alteran todos los
tripletes siguientes.
Las sustituciones pueden ser:
MUTACIONES ESPONTÁNEAS
Las mutaciones espontáneas pueden darse durante la replicación o en cualquier otro momento. Hay varios tipos de mutaciones
espontáneas:
- TAUTOMERÍA: causada porque una base rara (tautómero), se sitúa en lugar de la normal, pudiendo originar un apareamiento
incorrecto. Cada base nitrogenada pude tener varias formas: tautómeros, uno mucha más usual. El problema es que algunas
formas tautoméricas no se emparejan con la base complementaria. Estas formas tautoméricas son estadísticamente poco
probables.
▪ Emparejamiento normal de las formas normales “ceto”: como
se encuentran en un equilibrio ceto-imino, la base puede
aparecer en su forma tautomérica, y por tanto no se aparean de
correctamente (las imágenes de abajo).
▪ Bases apareadas de manera incorrecta:
▪ Los desplazamientos tautoméricos causan mutaciones: en sus formas tautoméricas, las bases se aparean de forma
errónea entre ellas, produciendo errores en se secuencia.
En las bases, el equilibrio de desplaza a forma tautomérica (*) y se forman mutaciones. // Cadena silvestre = normal.
- ALINEAMINENTO INCORRECTO: causados por inserciones o deleciones, generándose un mutante con una base más o con
una menos. Originan un desplazamiento del marco de lectura. Esta mutación afecta a todos los tripletes posteriores a la
inserción o la deleción.
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Bioquímica y Biología Molecular
Bloque VI – Mutación, reparación y recombinación del ADN
Estas adiciones o deleciones se suelen producir en zonas en las que hay muchas repeticiones de nucleótidos: una zona en la que se
tiene que añadir muchas adeninas, por ejemplo, añade una de más sin querer (ADICIÓN). Delección: en verdad no se produce, hay
un alineamiento incorrecto.
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Bioquímica y Biología Molecular
Bloque VI – Replicación, reparación y recombinación del ADN
- METILACIÓN: el ADN sufre metilaciones naturales. La citidina es el que se metila más. En procariotas la metilación tiene que
ver con la restricción, es decir, metilan su genoma para distinguirlo del extraño que procede de un virus. En eucariotas está
asociada con que se exprese más o menos un gen. Metilación suele significar desactivación al contrario de acetilación que
significa activación. Es, por tanto, una marca epigenética: el ambiente influye y condiciona la expresión génica sin alterar el
genoma.
MUTACIONES INDUCIDAS
Una mutación inducida es aquella provocada por un agente externo (agente mutágeno) como pueden ser ciertas radiaciones y
sustancias químicas. Los agentes mutágenos pueden ser:
- ANÁLOGOS DE BASES: son capaces de aparearse con más de una base, porque se parecen bastante a otras. Por ejemplo, el
5-bromouracilo (análogo de T, se aparea con A y G. si se aparea con la guanina será cuando se produzca una mutación) y 2-
aminopurina (análogo de A, se aparea con C y T). Es parecido a las formas tautoméricas. Abajo izq.
▪ AGENTES INTERCALANTES: son moléculas planas que se intercalan entre las bases del ADN. Son la proflavina, dioxinas
procedentes de la combustión de plásticos y el bromuro de etidio, que es una sustancia empleada para la tinción de ácidos
nucleicos ya que se ve por rayos UV. El bromuro se puede intercalar en laboratorio en el DNA humano (por eso hay que
usar guantes para que no mute el DNA de las manos): cáncer de piel.
▪ Radiaciones ionizantes: son de menor longitud de onda que las UV. Son los rayos X, los gamma… Son mucho más
energéticas. Pueden provocar la ruptura de la doble cadena del ADN (por los enlaces fosfodiéster) y, por tanto, la ruptura
de los cromosomas (efectos letales) o el apareamiento incorrecto (ruptura del enlace N-gluosídico).
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Bioquímica y Biología Molecular
Bloque VI – Replicación, reparación y recombinación del ADN
Los daños causados en el ADN tienen graves consecuencias. Las dos consecuencias más extremas son la apoptosis o muerte
celular y el cáncer, en el que se produce una división incontrolada de las células enfermas. Otras consecuencias menos exageradas
pero importantes son el fallo en funciones celulares como consecuencia de la mala expresión de un gen.
Debemos considerar que nos referimos a mutaciones génicas, es decir, a la alteración de la secuencia de un gen, pero también
hay mutaciones cromosómicas (alteración de la secuencia de genes de un cromosoma) y mutaciones genómicas (alteración del
número de cromosomas), que provocan graves síndromes o que el individuo no sea viable.
Por tanto, la reparación del ADN es de vital importancia para la supervivencia de la célula y del individuo. Los sistemas de
reparación consumirán mucha energía en forma de ATP y muchas veces serán redundantes, por tanto, la célula no puede
arriesgarse a que uno falle. Cuando algo es importante en la célula hay varios mecanismos redundantes que llevan a cabo distintos
procesos con el mismo fin.
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Bioquímica y Biología Molecular
Bloque VI – Replicación, reparación y recombinación del ADN
▪ Por escisión de nucleótidos (NER): repara lesiones que causan grandes distorsiones en la
lectura helicoidal del ADN, de forma que corrige los errores voluminosos que la escisión de
base no reconoce (bloqueo de la horquilla de replicación o del complejo transcripcional).
Se libera un segmento de nucleótidos que contiene el dañado mediante endonucleasa
(UvrABC), que escinde un fragmento de 12 nucleótidos, el cual es desplazado por helicasa II
(UvrD). La polimerasa I y la ADN ligasa sustituye el nuevo ADN. Defectos genéticos en este
sistema de reparación origina patologías como xerodermia pigmentosa (xp), que provoca
extremada sensibilidad a la luz con gran propensión al desarrollo de cáncer de piel, además
de anomalías neurológicas. Otra enfermedad relacionada es el Síndrome de Cockavne.
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Bioquímica y Biología Molecular
Bloque VI – Replicación, reparación y recombinación del ADN
*La reparación por ESCISIÓN y la reparación DIRECTA son respuestas metabólicas a corto plazo. Si estos dos mecanismos
son defectuosos o se saturan existen al menos otros dos sistemas de reparación a largo plazo:
- Reparación PROPENSA A ERROR: aquellos mecanismos que reparan ciertas lesiones en las que la hebra no dañada no puede
suministrar la información necesaria para restablecer el estado original de la dañada. (Mecanismo tras la replicación).
Dentro de este tipo de reparaciones cabe destacar el sistema SOS, que evita el bloqueo o estancamiento de la replicación
mediante la adición de bases no específicas (sistema estudiado en bacterias: E. coli). Es propenso a error porque la adición de
bases no es específica, pero es preferible que se adicionen bases mal apareadas a que se conserve un error que no permita
continuar la replicación y lleve a la muerte celular. Por tanto, no es un sistema de completa fidelidad, porque introduce errores.
La polimerasa de bypass (polimerasa V) es la que actúa en este mecanismo y no tiene función exonucleasa 3’→5’, es decir,
no es capaz de corregir errores, por lo que se cometen más. En E.coli el daño del ADN por diversos agentes desencadena la
respuesta SOS, mediante la cual se detiene la replicación y se potencian diversos mecanismos de reparación mediante la
expresión de una serie de genes implicados en ella.
La ADN polimerasa III se detiene en el sitio dañado, la polimerasa de bypass la remplaza y continúa la replicación hasta que
vuelve la polimerasa III. La proteína RecA es esencial para que la polimerasa de bypass se una (polimerasa V no tiene proof
reading), ya que identifica la zona donde se produce el daño. Así, en el error del apareamiento se reemplaza la Pol II por la
Pol v porque no tiene actividad proof Reading, de forma que se puede continuar con la replicación porque la V no tiene
actividad proof reading.
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Bioquímica y Biología Molecular
Bloque VI – Replicación, reparación y recombinación del ADN
*Se ha evitado el bloqueo de la replicación, pero el daño de la mutación persiste. Lo que hace es evitar daños mayores.
En los eucariotas, la polimerasa eta (η) es la que se encarga de esta acción de la polimerasa V (proteína de unión a la zona
dañada): salta los dímeros de pirimidina e introduce AA: transversiones C.G A.T.
- Reparación a nivel molecular: las roturas bicatenarias afectan a ambas hebras de ADN, por lo que
no son susceptibles de reparación mediante mecanismos basado en la síntesis de ADN en el
fragmento dañado como veíamos anteriormente. Tiene lugar a través de la reparación
recombinativa gracias a la cual se unen de nuevo las hebras rotas. Hay dos tipos:
▪ NHEJ: es la unión de terminales o extremos no homólogos. Propenso a error. Se unen los dos
puntos terminales de la ruptura sin utilizar una secuencia molde. A menudo se pierden
secuencias de ADN y puede ser mutagénico. En células de mamíferos es el principal
mecanismo hasta que la replicación del ADN permite la reparación recombinacional
utilizando la cromátida homóloga como molde.
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Bioquímica y Biología Molecular
Bloque VI – Replicación, reparación y recombinación del ADN
*Por aquí también aparecía la reparación por introducción de deleciones como sistema de reparación de roturas en el ADN que
provocan errores – explicado más adelante (pg 11).
Participan las DNApol reparadoras. Las proteínas DSBR: comienza con el modelo Holliday y
tiene dos resoluciones: la horizontal o la vertical, una con recombinación y otro sin. Este
sistema reproduce fielmente la recombinación homóloga. SDSA: síntesis simple de DNA:
renaturalización que ha producido estas primeras invasiones que permiten que se vaya
sintetizando DNA. Aquí no está el mecanismo propio de recombinación homóloga.
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Bioquímica y Biología Molecular
Bloque VI – Replicación, reparación y recombinación del ADN
Marcadores para cáncer de mama: las proteínas que aparecen en el paso 2 en la próxima imagen. Esto se debe a que aparecen
altos en sangre porque son necesarios para reparar el ADN. Actúan de forma similar a Rac51. Reconocen las roturas y permiten
que los extremos 5’ invadan la cadena homóloga y se dé la recombinación. Ya dependiendo de si se usa al principio SDSA o
DSBR habrá recombinación o no. Al final siempre se consigue reparar el ADN e intervendrán proteínas comunes como ligasas.
*NO HACE FALTA SABERSE LAS PROTEÍNAS Y MARCADORES, CON QUE NOS SUENEN VALE. Esos suelen actuar en organismos
más avanzados.
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Bioquímica y Biología Molecular
Bloque VI – Replicación, reparación y recombinación del ADN
- Reparación con introducción de deleciones. Sistema que provoca errores. Se repara el ADN mediante la deleción de
nucleótidos para producir extremos que pueden unirse después a la otra cadena que queda tras del corte (por homología) y
por tanto, son propensos a error (debido a la eliminación de nucleótidos que pueden contener información importante).
Se busca a lo largo de la cadena zonas de homología, se eliminan bases y luego una ligasa une las zonas homólogas en los
extremos. Deleción pequeña de 9pb, pero es un error, no es un sistema de completa fidelidad, aunque es mejor que dejar el
daño.
Recordamos que son extremos no homólogos, se eliminan para que luego se puedan volver a recombinar. Hay una digestión
exonucleasa para poder hacer la corrección. Es algo similar al SOS: mecanismos de reparación que inducen al error. En ese caso,
inducimos una deleción de 9 pares de bases.
*REPARACIÓN DE ROTURAS EN ADN: recordamos que son sistemas de completa fidelidad (recombinación homóloga….) o
sistemas que provocan errores (deleciones, SOS…). En organismos eucariotas, si estos sistemas no funcionan bien, aparece la
enfermedad.
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Bioquímica y Biología Molecular
Bloque VI – Replicación, reparación y recombinación del ADN
- Xeroderma pigmentosum (XP): provocado por mutaciones en todos los factores XP del sistema NER (reparación por escisión
de nucleótidos). Produce fotosensibilidad en la piel, cáncer de piel. (Viene de la eliminación de dímeros de timina??).
- Síndrome de Cockayne (CS): provocado por mutaciones en CSA, CSB y XPG del sistema NER. Produce enanismo, senilidad
precoz, sordera, hipersensibilidad a la luz UV.
- Tricotiodistrofia (TTD): provocado por mutaciones en el factor XPD del sistema NER. Produce retraso físico y mental,
deficiencia de azufre, pelo y uñas quebradizas, tumores en la piel.
*Todas vienen de mutaciones en las proteínas de reconocimiento de fallos en el DNA, sobre todo en factores de la reparación por
escisión de nucleótidos.
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1571369Bioquímica y Biología Molecular
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- En la meiosis, genera diversidad genética en una población. También es importante en algunos procesos de reparación del
DNA.
- Genera también diversidad molecular de los anticuerpos y de algunas moléculas del sistema inmunitario.
- Algunos virus usan la recombinación para integrar su material genético en el ADN de la célula huésped.
- La recombinación se utiliza para manipular genes (individuos knock-out). Por ejemplo, para generar ratones, en el laboratorio,
con carencia de algún gen.
Es importante saber que la recombinación debe implicar el corte y empalme de las dos hebras del ADN implicadas. Cuando las
dos hebras de un dúplex están dañadas la información para la reparación debe provenir de otra molécula de DNA.
“Es el proceso por el que la información genética se redistribuye. Permite barajar grandes conjuntos de genes, suministrando una
fuente de variación y selección para la evolución más rápida que la mutación.”
TIPOS DE RECOMBINACIÓN
Hay varios tipos de recombinación, y la división se hace según los fragmentos de ADN
que se intercambien:
Se realiza durante la meiosis, y tiene que haber homología de secuencias, es decir, se cambia un gen de un ADN por el mismo
gen de otra molécula de ADN. La interacción ADN-ADN es lo que inicia el proceso.
Se produce homóloga cuando se obtiene un heteroduplex: en el heteroduplex recombinante se rompen las dos hebras de
ADN (en las dos cadenas hay parte de una de las cadenas) y en el no recombinante únicamente una de las hebras (una de las
cadenas se queda igual).
- Recombinación ESPECÍFICA o no homóloga: en bacterias es RecA independiente. No requiere homología en las secuencias.
La proteína desemboca la recombinación. A su vez, puede ser de dos tipos:
• Específica de sitio, legítima o conservativa: se produce una inserción de material genético de virus bateriófagos. Ej/
bacteriógrafo lambda.
• Específica ilegítima: se introducen elementos genéticos transponibles. Trasposones
Este tipo de recombinación se produce después de la replicación del ADN después de la profase I (paquiteno). En esta fase, cada
conjunto de cromosoma presenta dos pares de cromátidas. La información genética es ahora intercambiada entre las cromátidas
homólogas estrechamente asociadas por recombinación genética homóloga. Este proceso implica el corte y el empalme de ADN.
Este intercambio también se denomina entrecruzamiento. La recombinación homóloga tiene tres funciones conocidas:
- Contribuye a la reparación de varios tipos de lesiones de ADN.
- En células eucariotas, proporciona una unión física transitoria entre las cromátidas, que es necesaria para la segregación
ordenada de los cromosomas en la primera división meiótica.
- Mejora la diversidad genética de una población.
El modelo propuesto para la recombinación homóloga es el de Holliday. Un intermediario clave en este mecanismo es una
estructura con forma de cruz conocida como unión de Holliday. Este intermediario solo se forma cuando las secuencias de
nucleótidos de las regiones de recombinación de los dúplex parentales son muy iguales o idénticas, es decir, solo en
recombinación homóloga.
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El proceso se inicia con la alineación de los dos cromosomas homólogos (recombinasa, se unen y las convierten en duplex de DNA
separados). Tras la alineación se produce una ruptura de los cromosomas homólogos, en el mismo sitio. Los extremos libres de
las cadenas producen la invasión de la cadena homóloga. Finalmente se forma el intermediario o estructura de Holliday (en forma
de cruz), mediante la unión de los extremos libres. También se la conoce como estructura chi (χ). A continuación, se produce la
migración de la rama.
Los detalles de la recombinación homóloga pueden variar de una especie a otra, pero la mayor parte de los pasos descritos suelen
estar presentes de una u otra forma. El lugar donde se produce el corte puede ser en una región muy
próxima a los extremos o no. Una vez obtenido el intermediario de Holliday se produce un giro de
180º, que sirve para acentuar la forma de cruz del intermediario.
Se forma la estructura de cruz, y luego se produce el giro para resolver la estructura. Finalmente se resuelve la estructura tras el
giro, mediante el corte por nucleasas especializadas. Según sea el corte (en vertical o en horizontal) podemos obtener cromosomas
no recombinantes o recombinantes.
Foto página siguiente: vemos al principio el heterodúplex de DNA con la unión Holliday. Foto justo debajo: punto ramificación.
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2. Digestión parcial de los extremos 5’ generados (actividad 5’→3’ endonucleasa): los 3’ quedan en forma de cadena sencilla.
3. Apareamiento de hebras. Reparación por elongación de los extremos 3’usando como molde el otro cromosoma.
4. Formación de la estructura intermedia con dos regiones heteroduplexas y dos estructuras Holliday.
5. Rotación de las estructuras Holliday, y resolución por corte (formación de regiones heteroduplexas con o sin recombinación)
y posterior ligación de las cadenas.
Las bacterias pueden conjugar su ADN mediante plásmidos que se transfieren de unas bacterias a otras. También un fago puede
extraer un alelo de ADN de una célula y llevárselo a otra bacteria.
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Los transposones o elementos génicos transponibles están presentes en casi todas las células y se mueven o “salta” de un lugar
del cromosoma a otro del mismo o a otro cromosoma. El proceso se denomina transposición, y la nueva localización se elige más
o menos al azar. La transposición es muy poco frecuente. Hay varias clases de transposones, clasificados en función de su
complejidad:
CLASE 1
- Transposones SENCILLOS: hay secuencias de inserción o
elemento IS, por lo que puede ser tipo II o tipo I (el tipo III
no tiene elemento IS). Tienen un tamaño menor de 2000
pares de bases, y en E. Coli tiene ocho copias de IS1 y cinco
copias de IS2. Tienen un elemento de la transposas (en el
centro: gen que codifica para transposasa, IS) y dos
elementos inversos (en los extremos).
Las secuencias inversas son las de en medio (amarillas), que se acoplan a las secuencias,
que son las repeticiones directas en el ADN huésped. Por tanto, las secuencias azules del
ADN son a las que se unen las secuencias de inserción (las ADN flanqueantes), que son las
amarillas (el trasposón).
Se genera una rotura en el ADN para insertar el trasposón, de forma que las secuencias
del ADN se encuentran a ambos lados de las secuencias insertadas (se denomina ADN
flanqueante): foto derecha.
*En el proceso de inserción de un transposón: duplicación de la secuencia de inserción.
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*Clase II: no hay extremos IS, y puede haber o no secuencias invertidas. Clase III: no presenta secuencias invertidas.
Los transposones suelen tener cortas secuencias repetitivas en los extremos que sirven de unión a la transposasa. Una vez que
se produce la transposición, una secuencia corta del ADN diana se duplica para formar una corta secuencia repetida adicional,
que flanquea cada extremo del transposón insertado. En el proceso de inserción de un transposón se genera duplicación de la
secuencia de inserción.
TRANSPOSICIÓN EN EUCARIOTAS
Aunque hay semejanzas entre los mecanismos de transposición de eucariotas y
procariotas, también hay diferencias notables. Por ejemplo, la integración y la
escisión son procesos diferenciados en eucariotas y se pueden aislar elementos
transponibles de forma libre. Además, frecuentemente, la replicación del ADN se da
con la síntesis de un ARN intermediario.
Los elementos transponibles de eucariotas presentan semejanzas con los retrovirus.
Se suele utilizar el término retrotransposón para este tipo de elementos móviles. Los
más comunes se parecen a los retrovirus.
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La transposición puede ser tanto simple como replicativa. En la transposición replicativa, se duplica el transposón y se unen
después los extremos de la cadena, con ayuda de una ADN polimerasa y ADN ligasa. En este caso también se puede producir una
recombinación gracias a los genes de la resolvasa que contienen los transposones complejos (proceso descrito anteriormente).
*Si presenta el gen de la resolvasa, son heterodúplex recombinantes, normalmente. Se produce la trasposición replicativa con
resolución de una transcripción homóloga.
- En el caso 1, el elemento se ubica dentro de los exones (en este caso, en el exón 2): la proteína sería no funcional, pues sería
una completamente distinta a la original. Por tanto, esto tiene una función inhibidora, de alguna manera.
Foto derecha.
Un elemento transponible puede pasar de un sitio a otro del
genoma produciendo dos secuencias homólogas. Dependiendo
de la orientación, la recombinación homóloga entre ellas puede
dar lugar a inversión o deleción. Se da en transposones
compuestos?
RETROTRANSPOSONES
El ADN del elemento móvil es transcrito para dar ARN, que se retrotranscribe para dar ADNc, que se inserta en el nuevo sitio.
Se produce la transcripción del ADN al ARN, que se vuelve a traducir a ADN. Este último será el ADN donador, del que se produce
un transposón. Debido a que el gen transposón se mantienen tanto en el ADN donante como se transfiere al ADN final, el proceso
de retrotransposición se asemeja a la transposición replicativa. Es decir, la retrotranscripción se da a través de un intermediario
de RNA (azul oscuro).
También hay retrotransposones que carecen de LTR y no pueden transcribirse
como los retrovirus. Son transposones, pero no retrotransposones. Un ejemplo
de esto son los LINE que suelen tener un tamaño de entre 1-7 Kb. VER: *
- LINE (Long Interspersed Nuclear Elements) secuencias repetidas dispersas y
largas (secuencias en el genoma truncadas en el extremo 5’)
- SINE (Short Interspersed Nuclear Elements) las secuencias repetidas dispersas y cortas.
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Bloque VII – Síntesis del ARN
La hebra de ADN que sirve como molde durante la transcripción se conoce como hebra no codificante (o antisentido) debido a
que su secuencia es complementaria de la ARN. La otra hebra de ADN, que tiene la misma secuencia (salvo por el cambio de U
por T) que la del RNA transcrito, se conoce como hebra codificante (o con sentido).
Examen: saber qué cadena es codificante (5’-3’, que tendrá la misma secuencia que el transcrito de RNA, a excepción de los
uracilos), no codificante o molde (3’-5’), a partir de un DNA dado.
Las unidades transcripcionales son el gen promotor, codificante y terminador, y la síntesis del ARN tiene tres etapas: iniciación,
elongación y terminación.
INFORMACIÓN GENERAL DE LA TRANSCRIPCIÓN. La bioquímica del proceso de síntesis es muy similar entre eucariotas y
procariotas (polimerizan en dirección 5`→ 3´utilizando DNA como molde) aunque la regulación del proceso es más compleja en
procariotas (más que compleja, sería diferente). La síntesis del ARN está catalizada por las ARN polimerasas (hay varias tanto en
eucariotas como en procariotas). Las ARN polimerasa de eucariotas y procariotas guardan similitud estructural pese a las
diferencias de tamaño y nº de subunidades.
En la zona downstream (zona codificante, a partir de la posición +1, donde se produce la transcripción lo componen los elementos
necesarios para la transcripción):
- El promotor, que es una región de ADN que inicia el proceso para codificar ese gen en ARN (zona upstream), justo antes del
+1. La posición +1 correspondería a la base púrica, la primera transcrita.
- La hebra codificante sobre la cual se sintetiza el ARN.
- Una secuencia que indique que el proceso ya ha finalizado o terminador, es decir: promotor + hebra codificante+
terminador.
*El +1 es la zona de inicio de la transcripción. Vemos la zona downstream: región codificadora y la terminadora (dirección 3’).
Síntesis de ARN SIEMPRE en sentido 5’-3’, aunque vaya en dirección contraria. Las posiciones -1, -2… se refieren a upstream (5’).
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Bloque VII – Síntesis del ARN
TRANSCRIPCIÓN EN PROCARIOTAS
ARN POLIMERASAS
Se unen a lugares concretos de iniciación (zonas promontoras), y desenrollan un tramo de ADN para comenzar a polimerizar el
ARN utilizando una hebra de ADN en dirección 5’→3’ (síntesis: elongación). Actúan como una especie de escaneadoras. Detectan
señales de terminación (terminación) e interaccionan con proteínas que regulan de alguna forma el proceso de transcripción
(factores de transcripción o elementos en trans). Tienen varias subunidades.
SECUENCIAS PROMOTORAS
La transcripción se inicia en las secuencias promotoras (en las posiciones upstreams con secuencias de números negativos.
“secuencia TATA”: La primera que nos encontramos), que son regiones del ADN en las que se inicia el proceso para codificar ese
gen en ARN (foto más abajo):
- Son secuencias de unos 40 pares de bases que se localizan en los extremos 5’ de los genes.
- El primer elemento que se transcribe (designado por +1) es generalmente una purina. A partir de esta posición es zona
codificante que se transcribe.
- En la región -10, respecto al origen, la mayoría de los genes contienen una secuencia consenso, TATAAT, que se denomina
“caja TATA” o “caja de Pribnow”. Puede ser que la encontremos en la región -9…
- En la región -35 la mayoría de los genes tienen una secuencia consenso parecida a TTGACA denominada “región -35” (de la
zona promotora en eucariotas).
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Bloque VII – Síntesis del ARN
*Estas son 2 zonas de la región promotora. Esas secuencias consenso serán muy similares, no siempre tal cual esas.
- Las regiones -10 y -35 están separadas por 17±1 pares de bases (pb), ambas conforman el promotor/zona promotora de la
holoenzima de E. coli, donde se unirá específicamente la ARNpol.
Se ve el comiendo de la transcripción: la ADN pol se va moviendo y van llegando los nucleótidos para ser añadidos.
El +1 indica dónde empieza la síntesis de ARN. Los conceptos de upstream indica “corriente arriba” que va en dirección 5’ y
downstream indica “corriente hacia abajo” que va en dirección 3’.
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Bloque VII – Síntesis del ARN
Superenrollamientos del DNA durante la transcripción. Los giros helicoidales del DNA son empujados hacia delante de la burbuja
de transcripción que avanza, por lo que se enrollan más apretados (superenrollamiento positivo), mientras que el DNA que está
detrás de la burbuja se desenrolla de forma equivalente (superenrollamiento negativo).
Para poder llevar a cabo la elongación y síntesis de ARN, las enzimas topoisomerasas nos desenrollan la hebra de ADN. En
eucariotas, el ADN está asociado a histonas y ha de ser desempaquetado para poder ser transcrito. Las topoisomerasas van por
delante y por detrás de la ARN polimerasa y, son necesarias para eliminar los superenrollamientos positivos y negativos. (ft pg3)
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Bloque VII – Síntesis del ARN
Para terminar el proceso, se produce porque se capta una señal. Se puede realizar mediante dos procesos:
- Terminación dependiente de Rho. La proteína Rho actúa como factor de terminación. Se trata de un hexámero de
subunidades idénticas. Es una helicasa dependiente de ATP que se mueve a lo largo del trascrito de ARN, encuentra la burbuja
de transcripción y cataliza el desenrollamiento de la doble hélice ADN-ARN, liberando así la cadena de ARN. Con gasto de
una molécula de ATP, se encargan de separar los componentes de la transcripción; éstos son el ARN nuevo, la polimerasa y
la hebra molde. Esto ocurre en algunos genes bacterianos, la terminación de la transcripción requiere de esta proteína.
*Rho se une al sitio rut y se mueve el extremo 3’ – cuando la RNApol encuentra una secuencia terminadora, hace una pausa
y Rho la alcanza – gracias a la actividad helicasa, Rho desarrolla el híbrido DNA-RNA y termina la transcripción.
*En estos casos también se pueden crear horquillas.
- Señales de terminación de la transcripción (terminadores independientes de rho) producen una horquilla (loop) que impide
que se siga transcribiendo (no aparece Rho en este caso): gracias a las repeticiones invertidas, que son las que forman la
horquilla por unión de complementariedad. Se separa del molde. En bacteria con este tipo de terminación, hay múltiples
pasos.
*Un terminador independiente de Rho contiene una repetición invertida seguida de una cadena de alrededor de 6 nucleótidos
de adenina – las repeticiones invertidas se transcriben a RNA – la cadena de U hace que la RNApol se detenga y las repeticiones
vertidas del RNA se pliegan para formar un bucle en forma de horquilla, que desestabiliza el apareamiento DNA-RNA – el
transcrito de RNA se separa del molde, lo que termina la transcripción.
Conclusión: l transcripción termina cuando las repeticiones invertidas forman una horquilla, seguida de una cadena de
uracilos.
*Algunos hongos (La oronja mortal, Amanita phalloides) pueden causar la muerte por inhibición del proceso de transcripción. NO
SON ANTIBIÓTICOS.
Hemos visto, finalmente, la replicación en procariotas, que se
da en el citoplasma. A continuación, veremos este proceso en
los eucariotas, que se da en el núcleo. A demás, se da un
primer tránscrito que tiene que evolucionar hasta un
tránscrito maduro.
En procariotas el tránscrito primario sirve de mRNA y es
utilizado inmediatamente como molde para la síntesis de
proteínas. En eucariotas los precursores del mRNA maduran
en el núcleo, donde experimentan diversos cortes y empalmes
(‘splicing’) antes de ser transportados al citoplasma para que se traduzcan en proteínas.
Bajo el microscopio electrónico, las moléculas de DNA en proceso de transcripción muestran estructuras similares a un árbol de
Navidad. El tronco de cada “árbol de Navidad” (una unidad de transcripción) representa una molécula de DNA; las ramas del árbol
son moléculas de RNA que han sido transcritas a partir del DNA. A medida que el aparato de transcripción se desplaza por el DNA
y transcribe una mayor cantidad de molde, las moléculas de RNA se vuelven cada vez más largas. ESTO ES LO QUE SE VE EN
PROCARIOTAS CREO.
TIPOS DE ARN *
En procariotas los precursores de ARNt y ARNr experimentan fragmentación y modificaciones químicas. El transcrito primario
contiene la secuencia de más de un ARNt y ARNr. En E. coli se obtienen tres ARNr y un ARNt de
un mismo transcrito. Las nucleasas que realizan los cortes son muy precisas en cuanto al sitio.
Los nucleótidos, además, sufren modificaciones químicas.
Otro tipo de modificación consiste en la adición de nucleótidos en los extremos de los ARN como es el caso de los ARNt los que
se añade CCA en los extremos 3´: unión del aminoácido al ARNt. En procariotas el transcrito primario sirve de ARNm y es utilizado
inmediatamente como molde para la síntesis de proteínas.
En eucariotas los precursores del ARNm maduran en el núcleo, donde experimentan diversos cortes y empalmes (‘splicing’) antes
de ser transportados al citoplasma para que se traduzcan en proteínas. Vemos las bases raras tras las modificaciones típicas de
los ARNt.
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Bloque VII – Síntesis del ARN
Éste es el ejemplo más sencillo que existe para explicar cómo de controlan los procesos de transcripción. El operón lactosa se
encuentra en bacterias, es el encargado de regular la supervivencia del organismo gracias a la metabolización de la lactosa.
En presencia de lactosa (el inductor), se une al represor y la enzima se desprende del operador, permitiendo que la ARN pol
termine la transcripción proteica. Por tanto, si hay lactosa (inductor) se activa el gen correspondiente que comienza a sintetizar
toda la maquinaria necesaria para procesar la lactosa. Entre otras moléculas, se sintetiza la β-galactosidasa, que es una enzima
que se encarga de romper lactosa. Otro componente a tener en cuenta es el papel de los represores que son proteínas que se
activan cuando no hay inductor (en este caso la lactosa).
En la imagen vemos lo que ocurriría en presencia de lactosa. Si hay inductor (lactosa), éste se encarga de separar a la proteína
represora (que se encuentra en el gen operador) tras unirse a ella de la región de ADN donde se encuentra el gen encargado de
sintetizar la maquinaria necesaria para el metabolismo de lactosa. De esta forma, la polimerasa puede unirse a este gen y
comenzar la transcripción del ARNm que se encargará de codificar las proteínas correspondientes para que se sintetice la
maquinaria correspondiente. La unión es muy intensa y veloz: recorre el ADN buscando la secuencia.
Por el contrario, si el organismo carece de inductor (lactosa en este caso), se activa la proteína represora correspondiente, la cual
se une a la región (zona del operador) de ADN encargada de la síntesis de los metabolitos de la lactosa. De esta forma la
polimerasa no se puede unir a este gen y no puede sintetizar toda la maquinaria (enzimas y genes estructurales). Es lógico, ya que
así se evita desperdiciar energía sintetizando aquello que no va a utilizar (al no tener el sustrato a degradar).
La transcripción del gen regulador, plegamiento y la proteína represora activa que es capaz de unirse a la zona del operador.
TRANSCRIPCIÓN EN EUCARIOTAS
La bioquímica de la transcripción en eucariotas es similar a la que ocurre en procariotas. Síntesis en dirección 5´→3´, utilizando
ADN como molde y sin requerimiento de cebador. Sin embargo, en eucariotas hay 4 tipos de ARN polimerasas (uno descubierto
recientemente). El proceso está regulado, pero de forma más compleja: elementos de respuesta, enhancers y silencers que van
a modular la transcripción.
Los productos de transcripción de las distintas polimerasas en eucariotas sufren procesos de maduración o procesamiento. En
ocasiones, existe un proceso de edición o edit del ARN.
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Bloque VII – Síntesis del ARN
DESPLAZAMIENTO DE NUCLEOSOMAS
Otro problema que surge durante el proceso de replicación es el
empaquetamiento con histonas (formando los nucleosomas) que caracteriza
al ADN eucariótico. La ARN polimerasa avanza por el DNA y este se desplaza
del octámero de histonas. El avance de la polimerasa genera torsiones en el
DNA que desplazan el octámero el cual se reinserta por detrás de la polimerasa.
Primero se tiene que desenrollar la cromatina y separarse de las histonas. Se
requieren factores de transcripción para que esté activa la ARN polimerasa.
La polimerasa se va a desplazar a lo largo del ADN, por lo que se tiene que
deshacer el nucleosoma, y volverse a formar nuevamente una vez ha pasado
la ARNpol, pero no se forma en el mismo lugar. A este fenómeno se le llama desplazamiento de nucleosomas.
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Bloque VII – Síntesis del ARN
Si no se produce el complejo de transcripción, la ARN pol no podría avanzar y sintetizar el ARN. La estructura de la RNA polimerasa
II es una fuente de datos sobre su función. La doble hélice de DNA ingresa en la polimerasa a través de un surco y se desenrolla.
El dúplex DNA-RNA se curva en un ángulo recto, lo que posiciona el extremo 3’ del RNA en el sitio activo de la enzima. Los
nucleótidos nuevos se añaden al extremo 3’ del RNA.
La estructura de la RNA polimerasa II es una fuente de datos sobre su función. La doble hélice de DNA ingresa en la polimerasa a
través de un surco y se desenrolla. El dúplex DNA-RNA se curva en un ángulo recto, lo que posiciona el extremo 3’ del RNA en el
sitio activo de la enzima. Los nucleótidos nuevos se añaden al extremo 3’ del RNA.
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Bloque VII – Síntesis del ARN
La ARN polimerasa (12 subunidades) requiere estos factores para posicionar correctamente la enzima y para regular su actividad.
(la fosforilación del carboxilo terminal es esencial para que avance la polimerasa).
Una vez acoplados todos los factores y la polimerasa en presencia de ATP, la enzima se fosforila en el dominio CDT y empieza la
transcripción. Los enhacer o proteínas reguladoras van a regular la transcripción, y los correpresores provocan que no se produzca
la misma. Todos estos elementos son upstream, junto con los factores de transcripción. Es decir, se unirán proteínas activadoras
a inhibidoras. El enhancer son secuencias para proteínas activadoras, a ellos se unen las proteínas activadoras. También existen
las secuencias represoras a las que se unen factores de transcripción represores que inhiben la transcripción.
En la izquierda se ve cómo se va a iniciar el proceso de transcripción ya que la secuencia TATA está activada y también el enhancer.
Se ve cómo el enhancer ha recibido el factor correspondiente en este proceso y la RNA polimerasa está realizando la síntesis (es
necesario que se dé un plegamiento). Y a la derecha vemos como pueden funcionar varios elementos de regulación que gracias a
proteínas reguladoras pueden acelerar o ralentizar el proceso de transcripción.
La terminación de la transcripción por la RNA polimerasa II requiere la endoucleasa Rat1 (primero empieza como endonucleasa y
luego es exonucleasa. Primero porque rompe el DNA y ya luego actúa como exonucleasa desde un extremo, porque va degradando.
Por ello, puede aparecer con los dos nombres). La escisión del pre-mRNA produce un extremo 5’ al que se une Rat1. Rat1 degrada
la molécula de RNA en dirección 5’→3’. Cuando Rat1 alcanza a la polimerasa, se de ene la transcripción
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Bloque VII – Síntesis del ARN
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Bloque VII – Síntesis del ARN
*Foto anterior izquierda: los intrones, exones y un extremo 3’ largo son transcritos a pre-mRNA. Luego, se agrega un casquete 5’.
La región de terminación se elimina para añadir la cola poli-A- La escisión en el extremo 3’ se produce alrededor de 10 nucleótidos
en dirección 3’ respecto a la secuencia consenso. La poliadenilación en el sitio de escisión produce la cola de poli-A. Por último, se
eliminan los intrones, lo que produce un ARNm maduro.
CAPPING Y METILACIÓN
El extremo 5´ sufre un proceso de hidrólisis de un grupo fosfato (se eliminar) y el
grupo difosfato que queda ataca al fósforo de la posición alfa del GTP para formar un
enlace 5´--5´fosfodiester. Esto ocurre mediante la guaninil transferasa. Primera foto
de abajo. (Adición de 7-metil guanosina formando este enlace 5’—5’). Tras esto, se
darían el resto de las metilaciones, tanto en la guanina como en la base del nucleótido
inicial.
Queda unida una Guanina en el extremo 5´del transcrito, a la cual se añade un grupo
metilo en posición del átomo N7. Es decir, el átomo de N-7 de la Guanina terminal es
metilado, utilizando S-adenosil metionina. Las ribosas también pueden metilarse.
(segunda foto de abajo).
POLIADENILACIÓN
Se añade una cola de poli A en el extremo 3´. Confiere estabilidad y facilita la unión al ribosoma. Se produce un corte en una
secuencia consenso por una exonucleasa, y después la poli-A polimerasa añade la cola de poli-A.
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Bloque VII – Síntesis del ARN
SPLICING O MONTAJE
El splicing consiste en la eliminación de los intrones (mediante cortes), que se produce sobre una secuencia consenso que se
encuentra al principio y al final del intrón (AGG y AGG), concretamente, sobre su extremo 5’ que se puede observar indicado en
la foto (que es, a su vez, en el extremo 3’ del exón). El splicing se produce mediante dos ataques nucleofílicos:
El primer ataque nucleofílico se realiza sobre el extremo 5’
del intrón por parte del -OH de la adenina atacando al
enlace G-G. Se queda entonces el OH libre, y la guanina
liberada se une con la adenina.
El segundo ataque nucleofílico se produce gracias al grupo
-OH libre en el extremo 3’ del exón 1, que ataca a la guanina
unida a la adenina de la derecha.
Por tanto, el resultado es la unión del exón 1 y 2, con la
liberación de un lazo (“lariat”), que es en realidad el intrón
y que finalmente se elimina. Tras esto, quedan unidos los
dos exones, el primero con su extremo 3’ y el segundo con
5’. Las dos reacciones nucleofílicas son reacciones de
transesterificación.
→ El Branch site es una secuencia de pirimidinas (bases
pirimidínicas) que forman el lazo. La adenina está en una
zona intermedia y su OH es el que produce el ataque
neutrófilo.
INFO DIAPOS: “El proceso comienza con la ruptura del enlace fosfodiester que conecta el exón 1 con el extremo 5´del intrón (a). En
esta reacción el grupo atacante es el OH en posición 2´del centro de ramificación. Esto es una reacción de transesterificación. EstO
genera un intermedio en forma de lazo “lariat”. Luego el OH del extremo 3´del exón 1 ataca el enlace fosfodiester que une el exón
2 con el intrón (b) y se libera el lazo”.
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Bloque VII – Síntesis del ARN
El U1 se une al 5´del intron y el U2 a la parte del branch. U4, U5 y U6 se unen a todo el complejo y se forma el spliceosoma o
empalmosoma. Después, se separan U1 y U4 (1ª transesterificación). Una vez que se han producido la primera y segunda
transesterificación tenemos los intrones eliminados del transcrito y los exones unidos
PATOLOGÍAS: Las alteraciones en el procesamiento del ARNm de la cadena beta de la hemoglobina produce TALASEMIAS. Una
mutación que cambia una A en una G en el primer intrón del gen que codifica para el gen de la cadena β de la hemoglobina genera
un centro de corte y empalme. Es decir, se para la síntesis de la proteína en el segmento de stop.
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Bloque VII – Síntesis del ARN
Automaduración o auto-splicing
Además del splicing, hay algunos eucariotas (pocos) que tienen otros procesos la automaduración o auto splicing
(autoprocesamientos). En este caso el ARN se corta y empalma por sí mismo en presencia de un cofactor de guanosina, pero sin
la presencia de spliceosomas. (proceso autocatalítico).
El autoprocesamiento se ha descrito también en
precursores de ARNm de mitocondrias de levaduras
y en algunos cloroplastos de organismos unicelulares.
Las reacciones de autoprocesamiento dividen a los
intrones en dos grupos I y II:
- En los de tipo I se requiere un cofactor de
guanosina. Se da en genes nucleares,
mitocondriales y cloroplásticos que codifican para
RNAr, RNAt y RNAm en hongos (trahymena).
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Bloque VII – Síntesis del ARN
En la proteína presente en el hígado no están presentes ni el exón 1B ni el 2A; por otro lado, está presente en las células B, en
las que no se traducen ni el exón 1L ni el 2A.
La primera foto es el splicing alternativo, en intrones interno. En la derecha vemos que puede haber distintos inicios de … son los
promotores alternativos porque en la de liver usa el iL como zona promotora y en el segundo la 1B, quedando así una proteína
más larga.
Un ejemplo de esto es el receptor de lectinas. La lectina hace blando en el hipotálamo donde se encarga de regular el metabolismo
basal.
- Otro ejemplo de procesamiento alternativo, en este caso
dependiendo del tejido, el producto del mismo gen es la proteína
relacionada con el gen de la calcitonina (CGRP) o la calcitonina; esto se
debe a múltiples sitios de corte en el extremo 3’.
Secuencias repetidas de ADN que contienen el ADN que codifica para ARNr. Se encuentran en las NOR (regiones organizadores
nucleolares), regiones que al desempaquetarse el cromosoma después de la mitosis se encuentran asociadas a nucléolos en
formación.
Los organizadores nucleolares se encuentran en los satélites de los cromosomas acrocéntricos humanos (13, 14, 15, 21, 22). Cada
uno de los genes para ARNr está repetido en racimos (clusters) distales y colocados en serie (tandem) en estos cinco
cromosomas.
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Bloque VII – Síntesis del ARN
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Lidia González de la Lama -157Bioquímica y Biología Molecular
Bloque VII – Síntesis del ARN
El RNA ribosómico es procesado después de la transcripción. El rRNA procarionte (a) y el rRNA eucarionte (b) se producen a partir
de transcritos de RNA precursores que son metilados, escindidos y procesados para producir RNA maduros. El rRNA 5S eucarionte
se transcribe por separado a partir de un gen diferente.
Aquí podemos ver una comparación entre procariotas y eucariotas. en procariotas el 5s se sintetiza a través del precursor 30s
(desde ese transcrito primario).
OJO: el ARN ribosomal va a quedar procesado tanto en eucariotas como en procariotas. El RNAt también viene de un precursor
que experimenta otras modificaciones, tanto en eucariotas como procariotas, para dar lugar a tRNA maduro. En eucariotas el ARNt
no viene del transcrito precursor 45s, en procariotas si viene del transcrito precursor 30s.
La secuencia líder del tRNA se elimina por la acción de RNasa III se elimina el segmento final 3´y se añade CCA, lugar por el que se
une al aminoácido correspondiente.
También hay modificaciones en la ribosa y en las bases (uracilo a ribotimidina o seudouridina). En eucariotas también hay procesos
de corte y empalme.
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Bloque VII – Síntesis del ARN
Corte y empalme:
EDICIÓN /EDITING /CORECCIÓN (NO DIO LOS PASOS COMO TAL, CREO)
Además de los mecanismos de maduración, el RNAm puede sufrir procesos de edición o editing postranscripcionales (es la
corrección o cambio de la secuencia del ARNm, y se puede dar de diferentes formas). Se produce una corrección, normalmente
por desaminaciones. Modificación de la secuencia del ARN:
⎯ La edición del ARN puede ocurrir a través de: inserción, deleción o por modificación nucleotídica
⎯ Formación de inosina: es la forma más común de edición de ARN en mamíferos.
⎯ Desaminación de adenosinas (edición A). Se denominan correcciones.
⎯ Inserción de secuencias de poli U extensas y deleción de segmentos usando ARN gufas. Edición de ARN en tripanosomatídeos.
Se ha descubierto un ARNg o ARN guía que actúa de templado en esta edición.
El mRNA guía lleva a cabo la edición del RNA. Tiene secuencias que son parcialmente
complementarias a las del mRNA preeditado y se aparea con este. Después del
apareamiento, el mRNA se escinde y se añaden nuevos nucleótidos que utilizan como
molde secuencias del gRNA. Después, se unen los extremos del mRNA. Hay que modificar
los nucleótidos al final de todo el proceso. Una secuencia ya procesada y preparada se
puede modificar químicamente.
Corrección de ARN del ARNm de la apolipoproteína B. La desaminación es catalizada por
una enzima, de una C específica del ARNm de la apolipoproteína B-100 provoca el cambio
del codón para la glutamina (CAA) por una señal de terminación (UAA). La Apo B-48, una
versión modificada de la proteína a la que le falta el dominio de unión al receptor LDL,
se genera gracias a un cambio postranscripcional en la secuencia del ARNm. DIAPO
Por tanto, si no hay desaminación tenemos la secuencia CAA, lo que se traduce en la
proteína ApoB (100), que se expresa en hepatocitos. Por el contrario, si hay
desaminación, se modifica C por U, y al traducirse da la ApoB 48, que aparece en células
intestinales.
MICROS ARN
Un micro ARN (ARNmi) es un ARN monocatenario, de una
longitud de entre 21 y 25 nucleótidos, y que tiene la
capacidad de regular la expresión de otros genes mediante
diversos procesos, utilizando para ello la ruta de
ribointerferencia. Por tanto, estos ARN producen otro
mecanismo de regulación de la expresión génica, y se
pueden pegar directamente al ARNm.
*miRNA: 1º transcripción a través de una repetición.
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Los ARNmi son moléculas de ARN transcritas a partir de genes de ADN gracias a la ADN pol II, pero no son traducidas a proteínas.
Una vez se ha producido la transcripción del ARNmi, se denomina pre-microRNA, y contiene dos cadenas (tras haberse abierto la
horquilla gracias a la Drosa o microprocesador, quedando solo estructuras bicatenarias). Se une a la exportina de la membrana
nuclear, de forma que el Pre- miRNA sale al citoplasma. Mediante la proteína dicer, se libera la zona del pre-micro ARN que
contiene el miRNA maduro (en rojo) que es activo en la regulación génica (el ARN maduro aún es de doble cadena). Se ensambla
entonces el mi-RNA maduro en el complejo asmétrico Risk(este completo contiene proteínas argonautas, especialmente la
argonauta tipo II que es la que media la unión entre el miARN y el ARN mensajero), perdiendo una de sus cadenas, siendo ahora
unicatenario. Una vez el complejo ha sido ensamblado, el microARN se une y puede bloquear:
- Represión de la traducción cuando la secuencia de micro-ARN no es complementaria en toda su longitud al ARN mensajero
(apareamiento de bases imperfecto, con bucles en su estructura y se realiza sobre el extremo 3’). En este caso, la traducción
se produce, pero se bloquea en algún momento de 4 formas distintas:
• Degradación de la proteína durante la traducción.
• Inhibición de la elongación de la traducción.
• Terminación prematura de la traducción (disgregación de los ribosomas, actúa directamente sobre ellos en la fase final).
• Inhibición de la iniciación de la traducción.
- Bloqueo el ARN mensajero. Ocurre cuando el micro ARN se une de forma complementaria en toda su longitud, (apareamiento
de bases perfecto, sin bucles y sobre el extremo 5’) al ARN mensajero cortándolo de forma que degrada, y bloqueando así la
traducción sin llegar a producirse. Este es el mecanismo que usa el siRNA, por complementariedad perfecta.
siRNA
Los SIRNA se sintetizan por vías distintas a las microARN (no se sintetizan por genes específicos): provienen ARN mensajeros de
dobles cadenas que se segmentan. Ejercen la misma función que los micro-RNA, rompiendo el ARN mensajero. Debido a que en
este tipo de ARN regulador no existe el apareamiento incompleto de bases con el ARN mensajero, únicamente pueden realizar la
regulación génica mediante el bloqueo del ARN mensajero (b) pero no de la traducción (a). Tienen una complementariedad
perfecta de bases por lo que van a degradar el RNA.
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Bloque VII – Síntesis del ARN
*Los RNA de interferencia pequeños y los microRNA se producen a partir de ARN bicatenario.
Diferencias entre miARN y siARN: La síntesis de miARN se produce a partir de genes específicos en el ADN, mientas que el siARN
se produce a partir de ARNds, que se corta para producir los siARN. Además, los siRNA sólo actúan rompiendo el ARN mensajero,
de forma que no existe el apareamiento de bases imperfecto como ocurre en el miARN.
- Ambos se unen tanto al complejo proteico RISC y al RITS en presencia del argonauta tipo II.:
• RISC actúa sobre la traducción, es decir, sobre el ARN mensajero
• RITS actúan alterando directamente sobre la estructura de la cromatina en el ADN, pero no sobre la traducción
como ocurre en los complejos RISK
Notas: los efectores en el proceso de regulación del miRNA y siRNA son el ADN o el ARN mensajero.
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EL CÓDIGO GENÉTICO
El código genético es la correspondencia existente entre la secuencia de
nucleótidos en un ácido nucleico y la secuencia de aminoácidos en una proteína.
Existen cuatro bases nitrogenadas diferentes y sin embargo hay 20 aminoácido
que conforman las proteínas, de manera que para la traducción de las proteínas
se requiere un código de tripletes, de manera que 43 = 64, ya que un código de
dobletes con dos bases por codón no sería suficiente 42 = 16. De esta forma es
una serie de tres nucleótidos a lo que se conoce como codón, especifica un
aminoácido.
- Todos los codones tienen un significado: 61 de ellos especifican aminoácidos y los otros 3 son codones de terminación (UAA,
UGA y UAG).
- El código genético no es ambiguo. Cada codón corresponde sólo a un aminoácido, por ello se dice que el código genético es
universal, aunque se han visto excepciones a esta característica.
- El código es degenerado, excepto para el triptófano y la metionina, cada aminoácido está codificado por dos o más codones
(‘codones sinónimos’).
- El codón AUG se emplea para especificar el sitio de iniciación para la síntesis de proteínas (codón de iniciación). Corresponde
a la metionina.
- En los codones sinónimos, los dos primeros nucleótidos suelen ser suficientes para especificar un determinado aminoácido,
mientras que el tercero normalmente varía. Es la llamada hipótesis del balanceo. Si nos fijamos es muy común que los
diferentes codones que codifican para un mismo aminoácido tengan en común las dos primeras bases.
- El código genético se considera universal, aunque puede haber excepciones.
Siempre en el código genético las dos primeras bases son suficientes para saber el aminoácido correspondiente, por ello algunas
moléculas de ARNt reconocen más de un codón, esto se debe al llamado ‘balanceo’ (wobble) en el apareamiento de bases (los
codones sinónimos). Según la hipótesis del balanceo las dos primeras bases del codón se aparean en la forma estándar, pero no
así la tercera para la que se permite cierta libertad estérica.
Esto tiene una clara ventaja y es que la disociación entre ARNt y ARNm es más rápida y la síntesis de proteína también, ya que
es más fácil deshacer dos enlaces que tres.
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Crick fue quien propuso la hipótesis del balanceo para explicar cómo un ARNt puede reconocer varios codones degenerados, para
él el tercer aminoácido no es rígido. “El apareamiento de la tercera base del codón no es rígido”. Ejemplo Serina: UCU, UCC, UCA,
UCG. Todas empiezan en UC, y la tercera base está en la posición wobble.
El ARNt es como un lector de código de barras: la lectura será más rápida si tiene que
leer solo dos bases.
De esta manera, los apareamientos permitidos en la tercera base del codón según esta
hipótesis serían los indicados en la tabla:
La I corresponde a la inosina, la cual eleva al máximo el número de codones que pueden ser leídos por una molécula de ARNt
determinada, lo que explica la frecuente aparición de inosina en los anticodones. La inosina en el ARNt se forma por la
desaminación de la adenosina tras la transcripción.
El proceso se lleva a cabo de la siguiente manera: las dos primeras bases del codón se aparean de forma estándar, sin embargo,
la tercera no. Los codones que difieren en alguna de sus dos primeras bases deben ser reconocidos por distintos ARNt, por
ejemplo, los codones UUA y CUA codifican ambos para leucina, pero son leídos por distintos ARNt.
En procariotas el ARNr de la subunidad pequeña (16S) del ribosoma interacciona con el dúplex codón-anticodón de las dos
primeras bases del codón, pero no con la tercera, por lo que el reconocimiento de esta no es estricto. Esta zona es más flexible
y permite establecer puentes de hidrógeno no canónicos entre bases.
La presencia frecuente de inosina en el ARNt favorece el establecimiento de este tipo de uniones. En definitiva, el balanceo
permite una mayor rapidez del proceso de síntesis de proteínas.
AMINOACIL-ARNT SINTETASAS
Son enzimas que catalizan la adición de aminoácidos a sus correspondientes moléculas de ARNt. La aminoacilación (formación
de aminoacil-ARNt) se produce en dos reacciones secuenciales que son catalizadas por esta enzima:
- Activación de los aminoácidos: el aminoácido en presencia de ATP se une al AMP dando lugar al aminoacil-AMP y liberando
el pirofosfato. Se trata de una adenilación.
- Formación del aminoacil-ARNt: el grupo carboxilo del aminoácido se une al grupo 2’ o 3’- hidroxilo de la ribosa de la adenina
que está en posición 3’ en el ARNt. El producto aa-ARNt es un compuesto de alta energía, de esta forma el aa queda activado
para transferirse posteriormente a la cadena polipeptídica en formación.
Hay una primera etapa de formación de un anhídrido mixto, y una segunda en la que se da la transferencia del aminoacil al tRNA.
Cada aminoacil-ARNt sintetasa es altamente específica para un determinado aminoácido. Su conocimiento preciso de los ARNt
es tan importante para una alta fidelidad en la síntesis de proteínas como lo es la exacta selección de los aminoácidos.
La forma que tienen estas enzimas de reconocer a su ARNt no se puede generalizar, algunas sintetasas reconocen su ARNt
correspondiente principalmente por las bases de su anticodón, pero también pueden reconocer otras características
estructurales del ARNt, lo que se llaman elementos de identidad principales.
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La síntesis supone el gasto equivalente de 2 ATP por la hidrólisis del pirofosfato, lo que favorece termodinámicamente la reacción.
Los lugares de activación son selectivos para los aminoácidos, es decir, cada aminoácido se activará en una zona determinada
que será la que interaccione con la enzima.
Por todo, las aminoacil-ARNt sintetasas son las verdaderas intérpretes del código genético, ya que son las que sintetizan el
aminoacil ARNt. “Carga” del ARNt (ejemplo del triptófano):
La síntesis de proteínas tiene una gran fidelidad gracias a que las aminoacil-ARNt sintetasas tienen un mecanismo de revisión. El
brazo del extremo CCA es flexible y presenta el aminoácido a dos lugares del enzima, el de activación y el de revisión para
comprobar que es el correcto. El lugar hidrolítico rompe los aminoácidos más pequeños mientras que uno mayor es rechazado
por el lugar de acilación. *(Previamente, tiene que pasar por este lugar de revisión).
Hay dos clases o familias de aminoacil-ARNt sintetasas (I y II). Ambas reconocen caras distintas del ARNt. Las de tipo I suelen ser
monoméricas y acilan el hidroxilo 2´de la adenosina terminal. Las de tipo II son multiméricas y, salvo en el caso de la phe-ARNt,
acilan el 3´OH de la adenosina terminal.
Las sintetasas reconocen el tRNA por el anticodón o por otras regiones. Hay dos clases de aminoacil tRNA sintetasas (I y II), que
reconocen caras distintas del tRNA.
- Las de tipo I suelen ser monoméricas y acilan el -OH 2´de la adenosina terminal.
- Las de tipo II son multiméricas y, acilan el -OH 3´de la adenosina terminal (excepto en el caso de la phe tRNA).
La interacción codón-anticodón es determinante para el aminoácido a incorporar a la cadena polipeptídica. Así, si se modifica un
aminoácido-ARNt, lo que ocurre es que siguiendo el código determinado por el codón se incorpora alanina en el lugar de cisteína.
Sobre el Cys-ARNt el Raney níquel es capaz de producir una hidrogenación cambiando la cisteína por la alanina, ya cuando se ha
producido la unión.
Esta sintetasa une el ARNt que une la cisteína específicamente, con la liberación de dos fosfatos. La reacción normal será la
formación de la Cys-ARNTt, que leería el código hasta encontrar su sitio correspondiente y liberaría el aminoácido. Sin embargo,
mediante la reacción por presencia del Raney nickel , ahora lleva alanina en vez de cisteína. La modificación se produce sobre el
aminoácido.
Notas:
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RIBOSOMAS
Diferencias entre la composición de ribosomas procarióticos y eucarióticos.
- Procarióticos: Subunidad pequeña: ARN 16S y 21 proteínas. Subunidad grande: ARN 5S y 23S y 34 proteínas.
- Eucarióticos: Subunidad pequeña: ARN 18S y aproximadamente 33 proteínas. Subunidad grande: ARN 5S, 28S y 5.85S y
aproximadamente 49 proteínas.
El ribosoma es una partícula ribonucleoproteica de gran tamaño, aproximadamente de 2.5 x 106 Da en procariotas, y compleja,
contiene varias moléculas de ARN grande y docenas de proteínas diferentes. El ARN representa casi dos tercios de la masa total
del ribosoma. Esta complejidad es necesaria para el desempeño de sus funciones:
- Se une al ARNm para que sus codones puedan leerse con alta fidelidad.
- Presenta sitios de unión específicos para cada uno de los ARNt.
- Interviene en las interacciones de los factores proteicos no ribosómicos que promueven la iniciación, elongación y
terminación de la cadena (las diferentes etapas de la traducción.
- Cataliza la formación del enlace peptídico entre los diferentes aas.
- Experimenta un movimiento que le permite traducir codones de modo secuencial.
El ARNm se une a la subunidad pequeña del ribosoma, mientras que el ARNt contacta primero con la subunidad pequeña
mediante tres sitios de unión, el sitio A (aminoacilo), el sitio P (peptidilo) y el sitio E (salida “exit”) y después con la grande. Cada
tRNA contacta con la subunidad peueña (30S) y con la grande (50S).
INICIACIÓN
Lo primero que ocurre es la formación del complejo de iniciación, lo cual requiere el gasto de una molécula de GTP, formado por
la unión de los siguientes elementos:
⎯ Subunidad 30S.
⎯ ARNm unido al Formil-metionina-ARNt, mediante:
⎯ 3 factores de iniciación IF1, IF2, IF3. En eucariotas participan muchos más factores de iniciación.
IF1 bloquea el sitio A. Contribuye al reconocimiento del codón, junto con el F3.
IF2 se asocia con la formilmetionina (fMet) y la ayuda a unirse a la subunidad pequeña, mediante la hidrolisis de GTP.
IF3 bloquea el sitio E y evita que ambas subunidades se junten todavía. Ayuda a posicionar fMet-tRNA en el sito P, que actúa
por complementariedad con el codón iniciador del mRNA (AUG).
⎯ La secuencia Shine-Dalgarno. Complementario al ARNm (5’), y que se encuentra en la posición 3’ del ARNr (16S). El elemento
Shine-Delgarno se encuentra en el extremo 5' del codón iniciador AUG en mRNAs policistrónicos de procariotas. El elemento
es complementario a las secuencias presente cerca del extremo 3' del rRNA 16S del ribosoma.
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El ARNm se une a la subunidad pequeña del ribosoma, posteriormente se une el ARNt unido a la formil-metionina y por último la
subunidad grande del ribosoma. Una vez pasa esto, se disocian los factores de iniciación.
Los factores de iniciación son diferentes entre eucariotas y procariotas, habiendo una mayor cantidad en los eucariotas. En
eucariotas, algunos de los factores están relacionados con Cap o la cola de poli-A, porque tenemos un ARNm maduro.
ELONGACIÓN
Puesto que el primer aminoácido ya está colocado, llega el segundo ARNt unido
a su aa correspondiente y cuyo anticodón es complementario al siguiente codón
del ARNm. El reconocimiento se lleva a cabo mediante la formación de enlaces
de hidrógeno entre el codón y el anticodón. Este proceso requiere del gasto de
GTP y de dos factores de elongación, llamados EF-Ts y EF-Tu. Gracias a los
factores de elongación, se abre el sitio A para que el nuevo aminoacil-tRNA
se acople. Ahora, el sitio P tiene el principio de la cadena peptídica, y el sitio
A tiene el siguiente aminoácido que va a añadirse a la cadena.
Tras la unión del segundo ARNt se produce la formación del enlace
peptídico entre los dos aa, reacción catalizada por la peptidil transferasa
cuyo centro activo se encuentra en la subunidad 50S del ribosoma. La
reacción se produce entre el extremo carboxilo del aa que se encuentra en
el sitio P con extremo amino del aa del sitio A, formando un enlace rico en
energía. En este punto, en el sitio A se ha formado un nuevo péptido,
mientras que en el sitio P hay un RNAt sin aminoácido, que se elimina
gracias a la translocasa.
Tras la formación del enlace se produce la traslocación, es el movimiento del ribosoma sobre el ARNm de modo que ARNt con
cadena polipeptídica pasa al sitio P, y el sitio A queda vacío. Este proceso requiere también una molécula de GTP y el factor EF-G
(Translocasa). FOTOS DERECHA Y PÁGINA SIGUIENTE.
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TERMINACIÓN
Ocurre cuando uno de los tres codones de terminación (UAA, UAG o UGA) entra en el
sitio A, ya que estos codones NO son reconocidos por ningún RNAt, por lo que no llega
el ningún ARNt más, sino que se une el factor de liberación o terminación (RF) y una
molécula de GTP, lo que permite la liberación de la proteína del ribosoma y la disociación
del ribosoma. Los codones de terminación son reconocidos por factores de liberación:
- RF1 reconoce UAA y UAG.
- RF2 reconoce UAA y UGA.
- RF3 cataliza la liberación al final del proceso de terminación, mediante hidrólisis del
GTP.
RESUMEN
La síntesis de proteínas es un proceso que requiere mucha energía. Un enlace peptídico
requiere:
- 2 moléculas de ATP para formar las nos moléculas de ARNt unidas a su aminoácido
correspondiente
- 1 molécula de GTP para unir el ARNt al sitio A y • otra molécula de GTP para producir
la traslocación.
En los procariotas se produce un acoplamiento de la transcripción y la traducción.
Además, en los procariotas, aparece más de un gen por ARNm, lo que se denominan
mensajeros policistrónicos y la velocidad de síntesis es de 300 aa por cada 20 segundos.
El ARNm es traducido en dirección 5´→3´. En procariotas, la traducción del ARNm puede iniciarse antes de que se haya
completado la transcripción, ya que la dirección de síntesis del ARNm es también 5´→3´. Las proteínas se sintetizan desde el
extremo N-terminal al extremo C-terminal. El ARNm puede ser leído por varios ribosomas a la vez que forman lo que se llama un
polirribosoma (traducen simultáneamente una molécula de ARNm, incrementando la eficiencia de utilización del mRNA).
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Eucariotas Procariotas
Primer
Metionina. Formil-metionina.
aminoácido
Iniciación Factor de inicio Al menos 9. IF1, IF2, IF3.
Solo un factor eRF y requiere una dos factores el RF1 y 2 y RF3 que se
Terminación
molécula de GTP une a GTP para liberar el complejo.
*En eucariotas, en la terminación, se ha visto que hay dos tipos de elementos en la terminación: eRF1 reconoce 3 codon
terminación, eRF2 se une a GTP.
* 9. En eucariotas, se esta investigando que la traducción no sea solo en el citosol, sino también en el núcleo. Es decir, se está
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TEMA 27: MODIFICACIONES POSTRADUCCIONALES DE LAS PROTEÍNAS Resumen tema: foto abajo izquierda.
Todas las proteínas una vez sintetizadas (la mayoría, en el RER), se clasifican dependiendo del orgánulo en que se sitúen o
dependiendo de su función.
Según esto pueden ser transportadas al núcleo (proteínas nucleares, sintetizadas en el citosol) o a las mitocondrias (proteínas
mitocondriales). Otra opción es que lleguen al retículo endoplásmico donde se sintetizan un parte de ellas y se modifican y pasan
al aparato de Golgi donde se llevan a cabo más modificaciones, reparaciones, formación de glicolípidos y glicoproteínas y de aquí,
las proteínas pueden dirigirse o fuera de la célula en vesículas de secreción, o a formar parte de la membrana o a los lisosomas.
Debido a la existencia de todos estos posibles destinos es importante la existencia de señales en las diferentes proteínas que
indiquen a la célula donde deben ir. Foto derecha: transporte de proteínas al Aparato de Golgi y secrección.
Las proteínas de secreción contienen secuencias específicas que señalan que son proteínas de secreción, al igual que pasa con
las proteínas destinadas a formar parte de la membrana. Estas secuencias señal están formadas por 9-12 (10-15) aminoácidos,
en su mayoría hidrofóbicos, aunque puede aparecer alguno cargado positivamente. Estos aminoácidos se encuentran cerca del
sitio de corte, debido a que la secuencia señal va a ser eliminada en cuando tengamos la proteína orientada hacia la membrana
(ya no es necesaria).
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PROTEÍNAS DE SECRECIÓN
La parte amino es la secuencia señal. El receptor presenta dos subunidades, una a y otra b. Una vez que la SRP se une al ribosoma,
este es transportado a la membrana del RER y se une al receptor con gasto de GTP. Hay un canal, una traslocasa que se abre
cuando se une el complejo y permite la entrada de la proteína naciente con la secuencia señal (la unión permite, mediante un
poro o traslocón, la internalización de la síntesis de la proteína. La parte del traslocón es la que interacciona con el ribosoma, y es
el GTP el que orienta el ribosoma al traslocón, que se ha abierto antes mediante otra acción). Se libera GDP y SRP queda libre para
ser reciclado, y continúa la síntesis de
proteínas. Una peptidasa corta el péptido
señal ya que ya ha sido reconocido y lo
elimina. Una vez dentro se produce el
plegamiento y se libera el ribosoma. Tras la
síntesis, se cierra el traslocón y la proteína
sufrirá las modificaciones y plegamientos
necesarios (van a continuar en el complejo
de Golgi, foto anterior).
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PROTEÍNAS DE MEMBRANA
Las proteínas cuyo destino es incorporarse a la membrana plasmática, la membrana del RE, aparato de Golgi o lisosomas, se
insertan inicialmente en la membrana del RE en lugar de ser liberadas a la luz. En ellas aparece una secuencia de aminoácidos
hidrofóbicas (secuencia de detección) que actúa como una señal de anclaje, que atraviesan la bicapa lipídica. Sin embargo, las
distintas proteínas integrales de la membrana difieren en cómo están insertadas; así, mientras algunas proteínas atraviesan la
membrana una sola vez, otras tienen múltiples regiones que atraviesan la membrana.
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El proceso por el cual las proteínas de membrana se anclan en el RER es idéntico al de las proteínas de secreción. La diferencia es
que, en el caso de las proteínas de membrana, la translocación de la cadena polipeptídica a través de la membrana se suspende
cuando el translocón reconoce una secuencia de paro de transferencia transmembrana. Esto cierra el translocón y permite que
la proteína salga del canal lateralmente y quede anclada en la membrana del ER. La traducción continua da por resultado una
proteína que abarca la membrana, con su carboxilo terminal en el lado citosólico.
Una vez sintetizadas las proteínas, se lleva a cabo sobre ellas una serie de procesos:
- Maduración o procesamiento del polipéptido: modificaciones químicas de los residuos de aminoácidos y eliminación de
fragmentos del polipéptido.
- Plegamiento correcto del polipéptido hasta alcanzar su conformación nativa. Requiere en algunos casos de maduración
previa.
- Distribución de proteínas hacia diferentes localizaciones para el ejercicio de su función. Las proteínas de membrana (de
cualquier membrana, no sólo la plasmática) se producen en el RER, quedándose embebidas en la membrana del mismo, de
forma que son transportadas hacia la membrana plasmática en forma de vesículas que se fusionan con la membrana de
destino.
- Degradación de proteínas tras su destino y cumplida su función.
MODIFICACIONES POST-TRADUCCIONALES
Es el conjunto de procesos que modifican las proteínas una vez ha terminado su síntesis con el objetivo de contribuir a su correcto
plegamiento, a su activación o a la regulación de su actividad o situación en el interior de la célula. Se han descrito más de 100
modificaciones postraduccionales:
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- O-glucosilación que se produce en el citosol siempre sobre serina y treonina. Tiene dos finalidades, facilitar las interacciones
con otras moléculas (proteoglicanos como receptores de baja afinidad…) y la de facilitar el plegamiento adecuado.
- Incorporación covalente de coenzimas (biotina, ácido lipoico, fosfato de piridoxal…).
- Fosforilación (reversible). Mecanismo rápido de activación/desactivación. Se utiliza en las quinasas y fosfatasas.
- Metilación (reversible), como por ejemplo ocurre en las histonas.
- Acetilación (reversible).
- Eliminación de aminoácidos o péptidos, lo que se denomina procesamiento.
- Autoprocesamiento, es la eliminación de secuencias internas, se trata de un proceso autocatalítico. Por ejemplo, la proteína
Hedgehog.
- Adición de ácido grasos, proceso descrito para src/ras que se plamitoilan sobre la cisteína a 4 del C-terminal… Determinan su
posicionamiento en la membrana plasmática.
Ayuste de proteínas: (corte y empalme) la parte interna se elimina y las dos partes externas se unen para formar a proteína
funcional. Un ejemplo es el que vimos de la insulina.
GLICOSILACIONES
La glicosilación es la síntesis de oligosacáridos núcleo de las proteínas. Existen dos tipos:
- N-glicosilación de los residuos de asparagina: ocurre tanto en el RER como en el aparato de Golgi. En general, la glicosilación
se produce por la formación del complejo oligosacárido precursor-dolicol. El DOLICOL es un lípido muy grande de la
membrana del RER orientado hacia el citoplasma (poli-isoprenol de 14 a 24 unidades). El dolicol se encuentra unido a una
molécula de fósforo en la membrana:
1. El primer paso es la unión de la N-acetilglucosamina y el grupo fosfato al dolicol, con gasto de UDP.
2. Después, la GDP-manosa une la manosa a la estructura ya formada
3. Se produce una translocación en la que el oligosacárido pasa al interior del retículo endoplasmático rugoso, quedando
el dolicol en el exterior. La molécula sigue unida a la membrana en su zona interna.
4. Por último, se unen más moléculas de manosa y glucosa.
5. Por otro lado, el péptido al que va destinado la estructura de oligosacáridos está siendo sintetizado al mismo tiempo que
ocurre el proceso anterior y, antes de que esto acabe se le une el oligosacárido ya formado. Esto ocurre de forma que
el oligosacárido se libera del dolicol y se une a la proteína y el dolicol, por su parte, pierde uno de los grupos fosfato, se
desprende de la cara externa del retículo, y puede volver a ser utilizado.
*Síntesis del oligosacárido núcleo de las glicoproteínas: FOTO – Vemos que, al final, se liberan dos fosfatos y la molécula de dolicol
se incorpora, se recicla como dolicol fosfato, que recibe una molécula de N-acetilglucosamina y se repite el ciclo. En un primer
momento se realiza en el citosol y luego en el lumen del RE, donde la proteína puede sufrir diferentes modificaciones y
plegamientos.
La tunicamicina es un antibiótico análogo estructural de la UDP-N-acetilglucosamina que inhibe el primer paso del proceso de
glicosilación de las proteínas. (Se ve la cruz en el paso oncreto que inhibe: foto).
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En el proceso participa también la ERp57, similar a la PDI para la correcta formación de posibles puentes disulfuro.
(*)= diapo: la GT vuelve a glicosilar la proteína parcialmente plegada. La calnexina o la calreticulina (homóloga soluble) son lectinas
que reconocen glucoproteínas parcialmente plegadas que contienen un oligosacárido monoglucosado protegiéndolo de la
degradación. Si la proteína se libera y se desglucosila antes de su plegamiento completo, la GT, que reconoce proteínas nativas la
vuelve a glucosilar para repetir el ciclo y volver a poder plegarse por completo.
Se distribuyen acorde a su función desde el retículo endoplasmático, pasando primero por el aparato de Golgi. El transporte se
realiza principalmente en vesículas y entre los sacos de Golgi también se mueven vía vesículas hasta que llegan a la cara trans.
Una vez aquí, se produce una invaginación del aparto de Golgi, lo que forma una nueva vesícula que transportará las proteínas
a lisosomas, al exterior (para participar como proteínas secretoras) o se funden con la membrana (es el caso de las proteínas de
membrana).
- Proteínas mitocondriales: presentan una secuencia señal que permite su internalización en la matriz, denominada MSF. Es
detectada por un complejo en la membrana mitocondrial: dos canales proteicos llamados TOM y TIM. Estos receptores
también actúan como canales que permiten la entrada al espacio intermembrana y después, a la matriz mitocondrial. Una
vez dentro se hidroliza la secuencia señal y se pliega dentro de las mitocondrias.
El MSF es el péptido señal que indica que la proteína debe ser introducida dentro de la mitocondria. Es detectado por un
complejo en la membrana mitocondrial: el complejo TOM, que también actúa como un canal que permite la entrada de la
proteína al espacio intermembrana. Una vez la proteína se ha introducido en la mitocondria, la proteína sufre la lisis del
péptido señal y su correcto plegamiento.
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- Proteínas tilacoidales: tienen un péptido señal que indica que son proteínas de cloroplastos lo que permite su translocación
al interior del cloroplasto. Una vez dentro, se produce un primer corte de la secuencia señal, pero aún queda otro parte que
indica que tiene que ir al interior del tilacoide, se trasloca y una vez dentro se elimina la secuencia señal y se produce el
plegamiento.
- Proteínas nucleares: presentan secuencia NLS reconocidas por las importinas que tienen dos subunidades alfa y beta y
orientan hacia la membrana nuclear la proteína en cuestión. Una vez dentro la hidrolización del Ran-GTP al Ran-GDP permite
la separación de las dos subunidades de la importina y de la proteína de la subunidad alfa. *NLS es el péptido señal, es una
secuencia más interna que no se elimina.
*Lo importante es que todas las proteínas van a tener un péptido señal que las caracterizan y marcan su direccionamiento.
El paso de proteínas ocurre por interacciones sucesivas entre las secuencias FG del canal central con las proteínas con secuencias
de unión a nucleoporinas FG. Las etapas del proceso son:
- Citoplasma: se forma el complejo importinaproteína (que lleva consigo una NSL) que se une a proteínas de los filamentos
citoplasmáticos del poro, nucleoporinas FG y después pasa por el poro; a la vez que la RanGDP (se encuentra inactiva en el
citoplasma) se une a la NTF2 para pasar al núcleo.
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DEGRADACIÓN DE PROTEÍNAS
Las proteínas a degradar son poliubiquitinizadas para poder ser reconocidas por el proteasoma. La ubiquitina (o ubicuitina) es
una proteína compuesta por 76 aminoácidos, ubicua (presente en todas las células y muy abundante), termoestable. En algunos
casos, histonas, se encuentra unida a proteínas en número de uno o de pocas unidades.
La ubiquitina forma una estructura ramificada, uniéndose covalentemente una a una, que es reconocida por el proteasoma a la
que se une la proteína para ser degradada.
PROCESO DE POLIUBIQUITINACIÓN
La ubiquitina es transferida al centro activo del enzima activador (E1) (su función es permitir que se pueda unir a la proteína)
mediante un acoplamiento o enlace tioéster gastando una molécula de ATP. Posteriormente se transfiere la ubiquitina al centro
activo del enzima transportador (E2), mediante una transtioesterificación y queda libre el E1. Es decir, se produce el intercambio
de la ubiquitina desde E1 a E2, liberándose E1. En presencia del enzima de reconocimiento de sustrato (E3), se une la proteína
diana a la ubiquitina mediante un enlace isopeptídico entre una lisina del extremo amino de la proteína diana y el carbono
terminal de la ubiquitina, quedando libre la E2. Este ciclo se repite tantas veces (n) como ubiquitinas se necesiten para degradar
la proteína. (Las enzimas se liberan).
Una vez las ubiquitinas se encuentran unidas a la proteína, son reconocidas por un proteasoma, que las degrada.
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PATOLOGÍAS
Algunas enfermedades graves son provocadas por la acumulación de productos de degradación de proteínas mal plegadas como
por ejemplo la enfermedad del Alzheimer. En situaciones normales, la proteína precursora del β-amiloide, da lugar a la β-
amiloide plegada en α-hélice, sin embargo, en condiciones de enfermedad (algunas razones pueden ser radiaciones, obesidad,
etc), se pliega en forma de lámina β, lo que resulta patológico y provoca la agregación del amiloide y la formación de placas.
Bioquímica y Biología Molecular
Bloque IX – Investigación en Genes y Genomas
TEMA 28: INTRODUCCIÓN A LA INGENIERÍA GENÉTICA. TÉCNICAS DE ANÁLISIS DE LOS ÁCIDOS NUCLEICOS
En la ingeniería genética y en la biotecnología se utilizan ciertas
enzimas para llevar a cabo ciertos procedimientos, y las más
comunes son:
- Nucleasas: mellan, cortan o degradan ADN.
- Ligasas: unen moléculas de ADN.
- Enzimas modificadoras: añaden o eliminan grupos
específicos a ácido nucleicos (T4PNK; T4 polinucleotide kinase
CIAP; calf alkaline phosphatase, transferasas…).
- Polimerasas: sintetizan ADN o ARN, o bien completan la
síntesis de moléculas previas, es decir, a partir de una
molécula de ADN ya existente añaden más nucleótidos (se
realiza en un tubo).
NUCLEASAS
Son enzimas que degradan el ácido nucleico hidrolizando el enlace fosfodiéster, que une un nucleótido con el siguiente. Pueden
actuar sobre dobles hélices (DNA) o sobre hebras sencillas (RNA). Encontramos dos tipos fundamentales:
- Exonucleasas: actúan sobre los extremos del ADN, habitualmente de forma inespecífica.
- Endonucleasas: actúan rompiendo enlaces internos de la molécula de DNA. También pueden reconocer secuencias
específicas, en cuyo caso se denominan endonucleasas de restricción. Dentro de las enzimas de restricción tenemos varias:
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Bioquímica y Biología Molecular
Bloque IX – Investigación en Genes y Genomas
Se han caracterizado centenares de endonucleasas de restricción, hay disponible un software específico online que
permite determinar las endonucleasas que cortan una molécula concreta de ADN (mapa de restricción).
Gracias a estas enzimas vamos a saber las secuencias del plásmido (ADN circular, normalmente procedente de bacterias)
donde vamos a tener distintos cortes que corresponden a secuencias concretas que son cortadas por las enzimas de
restricción y en esta parte eliminada se puede introducir el ADN externo.
Existe una nomenclatura especial para la clasificación de este tipo de enzimas en la que la primera letra
indica el género, las segunda y tercera la especie, la cuarta la cepa y la última el orden. Se suele dar el
reconocimiento de secuencias palindrómicas. Los mapas de restricción tienen diversas aplicaciones:
identificación (de DNAs), diagnóstico y clonaje.
*Mapa de restricción de un plásmido: podemos localizar diferentes genes de resistencia a antibióticos. Son DNA extraídos de
enzimas (sintéticos) a los que se les ha introducido diferentes genes.
ADN LIGASAS
En la célula (eucariota y procariota), tienen como función corregir las discontinuidades en la
hebra de ADN causadas por el mecanismo de replicación de la hebra retardada del ADN, por
la reparación de errores en la replicación o bien por agresiones externas al ADN (químicas,
físicas...). Su papel en la biotecnología es el de catalizar la unión de fragmentos distintos de
ADN, tanto si son romos, como si son cohesivos. Favorecen la formación del enlace covalente
fosfodiéster entre 3’OH y 5’-fosfato. Al final, queremos que todo el DNA esté ligado, por lo
que vamos probando concentraciones y tiempos diferentes, buscando patrones que no se
parezcan a la inicial (con 0.02U, está igual que el principio, por lo que no se habría ligado casi).
En este caso, la concentración ideal sería con 2U, puesto que se ven unas bandas bastante
definidas. En el caso del tiempo, para ser más eficiente usamos 5 mins, porque vemos que con
45 minutos no hay casi diferencia. FOTO EN NEGRO.
FOSFATASA ALCALINA
La fosfatasa alcalina es una enzima que se encarga de la desfosforilación del vector, de manera
que los extremos de este tienen todos un OH, de esta manera se impide que se vuelva a cerrar
y se permite que la ADN ligasa le una el ADN buscado. Ejemplo: la inactivación de CIAP: 75ºC
10 minutos en presencia de 5mM EDTA. Foto derecha.
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Bioquímica y Biología Molecular
Bloque IX – Investigación en Genes y Genomas
Un grupo de investigadores en este campo e inquietos con las consecuencias de su investigación, se reunieron para proponer una
moratoria en los trabajos del ADN recombinante en relación con:
- La replicación autónoma de plásmidos bacterianos que puedan introducir determinantes genéticos para resistencia a
antibióticos o la producción de toxinas.
- Unir ADN de virus animales, oncogénicos o no, a elementos de ADN capaces de replicar autónomamente, tales como los
plásmidos bacterianos u otros virus.
- Para evitar riesgos de diseminación de las nuevas moléculas de ADN recombinante deberían establecerse barreras biológicas
y barreras físicas de seguridad.
Existen varios tipos de interacción a la hora de la hibridación: ADN-ADN, ADN-ARN o ARN-ARN; y varias técnicas de hibridación:
- Hibridación en filtro:
Southern: interacción ADN (sonda)-ADN (muestra).
Northern: interacción ADN-ARN. Es una técnica de visualización del DNA, y está siendo sustituida por la RT-PCR.
Western: interacción con proteínas.
Hibridación de colonias (Colony Hibridization). En el filtro tendremos colonias de bacterias, no el ADN solo como tal.
Dot-blot.
*La secuencia de ADN problema se encuentran fijadas con sustancias como nitroglicerina.
- Hibridación en solución.
- Hibridación in situ: se hace directamente sobre células o tejidos. ADN que se une a tejidos o a ADN especifico de esta deriva
la técnica fish para identificar genes específicos de los cromosomas.
TRADUCCIÓN NICK
La ADNasa I se usa para cortar los enlaces fosfodiéster en lugares
aleatorios en ambas hebras de la doble hélice diana, formando los
llamados “nicks”. En presencia de magnesio, esta enzima se transforma
en una nucleasa de cadena simple.
La ADN polimerasa I de la E. Coli se usa para añadir desoxinucleótidos
a los OH de los extremos 3´ terminales creados por la ADNasa I. La ADN
polimerasa I tiene una actividad 5`→ 3´que elimina nucleótidos del
extremo 5 ´del Nick (traducción Nick). El tiempo de reacción es bastante largo (2 horas), y la temperatura, que debe ser de 15ºC
es muy importante.
Lo que se pretende es que la parte eliminada sea rellenada por ADN marcado bien radiactivamente con fósforo 32 o bien por
medio de dNtps fríos. *Por tanto, con la actividad ADNpol, volvemos a sintetizar la sonda usando nucleótidos marcados, en base
a la cadena que no se ha roto por complementariedad.
TRANSCRIPCIÓN IN VITRO
La función de este mecanismo es la generación de ribosondas marcados
radiactivamente (parecido al caso anterior) o la expresión dirigida de
proteínas (transcripción-traducción acopladas in vivo/ in vitro).
Sp6, T7 y T3 son ARN polimerasa que solo reconocen sus promotores de
origen viral (incorporados al vector/plásmido). La ARN polimerasa de E.
Coli no reconoce esos promotores.
Se tienen el gen buscado y el promotor de la ARN polimerasa en el vector,
se corta esto, separándolo del vector y se añade la ARN polimerasa y
ribonucleótidos para llevar a cabo la transcripción.
Al principio, vemos que se realiza un corte con una enzima de restricción.
Con todas estas técnicas, hemos visto las diferentes maneras de marcar los ácidos nucleicos (normalmente con radiactividad y en
muestras fijadas en filtros). Ahora, vamos a ver la hibridación que se da sobre este filtro:
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Bioquímica y Biología Molecular
Bloque IX – Investigación en Genes y Genomas
SOUTHERN
Tenemos nuestro ADN, sobre el que se hace una digestión con enzimas de restricción, que lo van a cortar y sobre este ADN se
realiza una electroforesis donde se separan los distintos fragmentos formados de ADN conforme a su tamaño. El resultado se
puede ver bajo rayos ultravioletas, los fragmentos de mayor tamaño quedarán más arriba que los más pequeños. El proceso, por
tanto, sería el siguiente:
Tenemos el ADN en un gel de agarosa (hemos introducido la muestra de ADN mezclada con un tampón de carga azul, en pocillos
del gel solidificado en el tanque de electroforesis), lo que vamos a someter a una electroforesis (las moléculas se van a desplazar
del polo negativo al positivo en diferentes velocidades, gracias a la corriente inducida), en presencia de un buffer (acetato sódico).
Las moléculas de DNA más pequeñas son las que avanzarán más. En los extremos, ponemos DNA con peso molecular conocido, y
así podremos saber el tamaño de nuestras muestras, comparándolas con estos marcadores. *Bromuro de tidio (parte del gel):
agente alquilante que se intercala entre las moléculas de DNA, bajo luz ultravioleta produce luminiscencia para poder ver las
moléculas. VIDEO: ELECTROFORESIS DE ADN EN GEL DE AGAROSA (IQOC-CSIC).
Se pasa el ADN del gel a una membrana de microcelulosa. Esto se consigue gracias a un buffer, un papel de filtro que tiene sus
bordes en contacto con el buffer, posteriormente el gel donde ese encuentra nuestro ADN, luego la membrana a la que se quiere
pasar, encima de este papel absorbente y por último peso (podemos utilizar cualquier cosa).
El buffer, por capilaridad, va a hacer que el ADN se transfiera a la membrana de microcelulosa.
De esta manera el ADN pasa a la membrana y se queda de forma idéntica a como estaba en el gel. La membrana se introduce en
una “bolsa” donde se añade una solución con la sonda marcada radiactivamente. Tras la hibridación, se expone la membrana a
rayos X y se verán los fragmentos que han sido hibridados.
Interpretación de los resultados: para poder detectar el ADN se van a usar distintas sondas, una para cada tipo de fragmento, o
para intersecciones entre los distintos fragmentos. En el caso de que sea complementaria con un fragmento solo sale una banda,
si es complementaria a una intersección, aparecerán dos bandas cada una correspondiente a un fragmento diferente que se unían
en la intersección.
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Bioquímica y Biología Molecular
Bloque IX – Investigación en Genes y Genomas -1571 370
*Fragmento inicial de 16kb, dividido en fragmentos de 4kb, 2kb y 10kb. Dependiendo de con qué sea complementaria la sonda, aparecerá una
banda concreta. Esto nos confirma que las enzimas de restricción funcionan bien. Las sondas suelen tener un tamaño de unos 10pb, y no son
complementarias en su totalidad al fragmento (por eso no tiene la misma longitud).
NORTHERN
Se trata de ARNm inmovilizado en una membrana que
se hibrida con sondas moleculares de ADN.
Los house keeping o genes controles, son genes que se
expresan prácticamente en todos los tejidos. Estos
genes sirven para ver la cantidad de ARN añadido en
cada uno de los pocillos, y sirve también de control si, por
ejemplo, en una de las bandas no hemos detectado el
gen, de manera que se pueda comprobar si es que
realmente no hay del gen que buscamos o es que no hay
ARN bien porque se ha degradado o por cualquier otra cosa. En el northern, por tanto, va a haber siempre un gel con lo que
queremos buscar, y otra con un control (β-actina u otro gen ubicuo que tenga una expresión similar en todos los tejidos) para poder
ver de verdad cuando hay o no expresión (es decir, nos asegura que en el pocillo hay RNA para que no haya problemas).
En las fotos donde aparece una mancha clarita cerca de la oscura, significa que ha ocurrido la hibridación mediante splicing
alternativo con genes parecidos. Notas: es una hibridación de ARNm. Sirve para ver la expresión de leptina en los diferentes
tejidos, además de ver la diferencia en el tejido fetal y adulto. No hay expresión de leptina en tejidos del corazón, un poco en
pulmón, si hay en hígado y riñón, todo esto en el caso fetal. En el caso de adulto, parecido. Se ven dos bandas: vemos isoformas
de distintos tamaños (ver: splicing alternativo; por ejemplo, poniendo las sondas en el exón 1 o 3, no en el 2), puesto que se ha
diseñado la sonda para tal fin, podemos ver qué isoformas se expresan más en cada tejido.
WESTERN
Previamente se han separado por tamaño las proteínas en un gel
SDS-poliacrilamida. De este gel, se pasa toda la proteína a una
membrana porosa de nitrocelulosa, que se incuba con anticuerpos.
De esta forma, los anticuerpos se unirán a aquella proteína con la
que presenten una mayor afinidad. Para visualizarlo, usaremos el
anticuerpo secundario, que servirá para reconocer al primario unido
a la proteína y producir así una reacción coloreada. La proteína
puede detectarse también por radiactividad usando el yodo 25 en
una proteína A o G. El anticuerpo se une a la proteína de manera
específica, y a su vez, las proteínas yodadas, se unen a los anticuerpos
también de forma específica. Una última forma es por medio de una
detección por reacción enzimática, con eso se hace una detección
bien de color o bien de luminiscencia, el anticuerpo secundario, unido a la enzima, se une al primario que aparece unido a su vez
a la proteína buscada. Se echa el sustrato de la enzima de forma se produzca una reacción coloreada o se emita una luz (en este
último caso se usará el luminol como sustrato).
HIBRIDACIÓN IN SITU
Se puede marcar directamente en el cuerpo para ver dónde se expresa un determinado gen. Es muy utilizado para estudiar la
expresión de un gen a lo largo del desarrollo y para diagnosticar enfermedades cromosómicas. Se utiliza mucho para los cariotipos
(ver mutaciones), para cortes de cerebro…
SECUENCIACIÓN ENZIMÁTICA
Es exactamente el mismo proceso que en el caso anterior, cambiando el hecho de que, en este caso, se marcan los didesoxi para
que aparecieran de distintos colores en el resultado.
SECUENCIACIÓN AUTOMÁTICA
Se realiza de forma automática utilizando un cebador marcado con fluorocromo tetrametilrodamina y otros cuatro fluorocromos
diferentes para identificar a las diferentes bases nitrogenadas existente, de manera que el láser va leyendo el gel de poliacrilamida
en el que se encuentra el ADN para poder ir secuenciándolo. Es la forma en la que se hace actualmente; los detectores se encargan
de revelar los distintos picos debidos a los colores. Finalmente, con los datos recogidos en el ordenador este es capaz de crear
un cromatograma, en el que se plasman las distintas bases que se han ido identificando en el orden correspondiente.
En el principio de la reacción hay mucho ruido, por ello, estos primeros nucleótidos nunca están muy bien definidos y se marcan
con la letra N. Esto se debe a que aún no se ha anillado bien el cebador, y puede aparecer también al final cuando ya no hay
cebador.
Proviene de Pyrococcus furiosus. Tiene la menor tasa de error de todas las DNA
Pfu Si polimerasas termoestables conocidas, porque tiene esa capacidad
proofreading (10- 6).
Uno de elementos principales en la PCR son los primers y su buen anillamiento. El diseño de estos primers es muy importante.
Generalmente se hace de forma automática, metes la secuencia del gen que se quiere ver y una máquina te da los mejores
primers que se pueden utilizar. Deben tener unas características específicas (los oligonucleótidos):
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Bioquímica y Biología Molecular
Bloque IX – Investigación en Genes y Genomas -1571 370
- Compuestos fluorescentes:
• Compuestos que emiten fluorescencia cuando se unen al ADNds (bicatenario).
• Interacción inespecífica.
• Sybr green, EtBr y YOYO-1 entre otros.
• Puede unirse a dímeros.
- Reporteros fluorescentes: Sondas Taqman, Beacons moleculares o FRET.
Los beacons moleculares son monocatenarios, pero forman un bucle en uno de sus extremos, en
el otro encontramos el fluorocromo y el agente bloqueador (Quencher), de manera que cuando el
beacon se hibrida con el ADN diana se abre hibridándose con esta en parte media mientras que los
extremo uno con el agente bloqueador y otro con el fluorocromo quedan alejados. Es entonces cuando el fluorocromo emite una
señal, cuando el agente bloqueador (Quencher) se encuentra alejado por efecto de la hibridación a la secuencia diana. (Es mazo
de lío mirar el dibujito para entenderlo).
*IZQ: cantidad de ADN por ciclo. Por cada ciclo, va a haber más ADN, hasta que llega a un límite.
DHA: Para cada muestra, el software determina en qué ciclo, el valor de la fluorescencia emitida cruza la línea arbitraria
(threshold). Este punto se denomina CT (ciclo crítico o threshold cycle) y es inversamente proporcional a la cantidad inicial de
moléculas específicas en la muestra original. A menor concentración de la secuencia diana en la muestra inicial, se necesitarán
más ciclos para ser detectada, por tanto, se obtienen valores de CT mayores para muestra más diluidas.
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Bloque IX – Investigación en Genes y Genomas -1571 370
Para la muestra azul, para llegar a una cantidad determinada de ADN o fluorescencia, hemos necesitado 14 ciclos; mientras que
la morada ha necesitado 18. Es decir, para la muestra azul había más cantidad inicialmente de DNA (CT menor).
*En las RT-PCR mediremos expresión, no cantidad de ADN como tal. Con pocos ciclos, hay mucha expresión (por ejemplo, leptina).
*Para el diagnóstico de virus, cuando tenemos una carga viral baja, hay que hacer más ciclos para poder detectarlo.
En ocasiones tenemos que partir de RNA, por lo que previamente a la PCR se hace una retrotranscripción, es decir, a partir del
ARN obtenemos por retrotranscripción los primers y el ADNc (complementario) y utilizando una sonda especial para el gen
buscado podremos encontrar el ADN en cuestión. Esto es la llamada RT-PCR a tiempo real. Con este método se puede detectar
un gen que tenga un splicing del exón uno al tres, es decir, que se salte el exón 2. (Es decir, se pueden detectar variantes de Splicing
tejido-específicas, de la misma forma en la que lo hemos visto con los northern, solo que se usan 2 sondas distintas para cada una
de las variantes, por ejemplo, de mRNA completo/variante larga y la variante de splicing/variante corta).
La PCR se usa mucho para detectar las huellas dactilares. En nuestro ADN
podemos encontrar las llamadas repeticiones en tándem en número variable,
que son secuencias de ADN repetidas y son específicas de cada individuo (en el
cromosoma materno tenemos 6 y en el paterno 2, por ejemplo). La forma de
hacerlos es mediante una electroforesis donde vamos a correr estas
repeticiones (tras cortar el DNA materno y paterno con enzimas de restricción).
Cuanto más ADN repetido haya más arriba aparecerá el ADN en la
electroforesis. De manera que, si la madre presenta unas repeticiones y el padre
otras, el hijo presentará ambas, ya que tendrá los dos alelos parentales.
Microarrays: sirve para detectar cantidades muy grandes de genes. Es la técnica utilizada para la secuenciación del genoma
humano. Unos cristales muy pequeños y muy finos cubiertos de polilisina ahí vamos a tener múltiples genes amplificados por PCR
que se ponen como puntos en el cristal lo hacen máquinas, cada punto contiene ADN.
Es una hibridación, se va a extraer si estamos vendo células de un tumor y células sanas y queremos detectar el gen que expresan
las células tumorales. Extremo el ARN y por medio de transcripción reversa obtenemos el ADN complementario lo hibridamos con
una sonda fluorescente (Cy3 y Cy5), el ADN lo mezclamos y los añadimos a esto cristales. Por complementariedad estas sonadas
marcadas se van a unir a los genes. Lo va a escanear una máquina y va a obtener unos puntos fluorescentes que las va a analizar
y va a dar. Es un tipo de técnicas -ómicas que significa que ven las cosas a gran escala.
Notas:
Pcrt tambien tiene un control, pero se realiza de forma interna y suele poner relativa, se marca con Fam. En el northern se ve la
figura, pero en la PCrt se ve directamente el ciclo.
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Bloque IX – Investigación en Genes y Genomas
Siempre se va a necesitar un plásmido bacteriano o vector de clonación, en el que se va a introducir, por lo general, ADN
eucariótico, de manera que tendremos la posibilidad de que un organismo procariota exprese proteínas eucariotas. El gen
promotor del plásmido permite la expresión del ADN insertado. El plásmido generará la proteína codificada por el gen. Aquí ya
tenemos un vector de expresión, no solo se introduce un gen en un plásmido (transformación), sino que además obtendremos una
expresión de dicho gen.
Por tanto, se extrae el ADN que puede ser de un cultivo de células o de tejido (aunque en realidad, las extracciones de ADN ya no
se hacen, ahora hay kits de ADN que se comercializan). Este ADN se corta con la enzima de restricción, así como el vector para
que puedan unirse y se meten en la bacteria. Por último, se seleccionan las bacterias con el plásmido como veremos a
continuación. *
Existen varias moléculas susceptibles de ser vectores de clonación, y utilizaremos unos u otros dependiendo del tamaño de
nuestro inserto. Estos vectores son: Los plásmidos (un inserto con menos de 10kb), Los bacteriófagos (20kb), Los cósmidos (50kb)
y Los YAC (cromosomas artificiales de levaduras) (200-800kb).
PLÁSMIDOS
MAPA DE RESTRICCIÓN DEL PLÁSMIDO pBR322
La nomenclatura de este plásmido viene dada por una p que nos indica que se trata
de un plásmido, luego aparece BR que son las iniciales de los investigadores que lo
crearon (F. Bolivar y R. Rodríguez) y por último un número, el 322 que distingue este
plásmido de otros desarrollados en el mismo laboratorio (pBR325, 327, 328…).
Posee 4361 pares de bases y tiene genes de resistencia a ampicilina (Ampr) y a
tetraciclina (Tetr). Cuando una bacteria incorpore estos genes va a tener resistencia
a estos antibióticos, de manera que, si se añaden estos antibióticos en su medio,
solo sobrevivirán las que expresen estos genes, es una forma de seleccionarlas.
Presenta un único sitio de corte BamHI, HindIII y SalI dentro del gen Tetr, un único
sitio de corte Pst I en el gen Ampr y un único sitio de corte EcoRI que no está dentro de ningún ADN codificante. El origen de
replicación es pMB1 (similar al ColE1) que sólo funciona en E. Coli. Presenta un alto número de copias y no puede ser transferido
Bioquímica y Biología Molecular
Bloque IX – Investigación en Genes y Genomas
*El plásmido se abre con un choque térmico (42º), se introduce el fragmento de ADN y se baja la temperatura para que se cierre.
Teníamos las bacterias en un medio líquido, por lo que lo pasamos a una placa de Petri (medio sólido) mediante un asa de siembra
(repartimos y arrastramos en una dirección concreta, para ir teniendo cada vez menos bacterias y separarlas). Tras esto, dejamos
la placa a 37º para que las bacterias crezcan. Tenemos muchos puntos de clones, y en otro tubo iremos pasando los clones
separados, de manera que en cada tubo tendremos bacterias del mismo clon y aquí ya podemos hacer la selección de las bacterias
que tengan el inserto (las que tienen el DNA recombinante). La selección la hacemos en base a genes de selección (ej: LacZ) o de
resistencia a antibióticos.
Los plásmidos que son producidos de manera sintética se han hecho a partir de ADN que se va juntando de manera que el
plásmido se desarrolla acorde a las necesidades. En la zona de ADN no codificante tiene una zona con muchas enzimas de
restricción para poder tener la opción de meter todo tipo de inserto, ya que si solo hay una enzima solo podrá introducir un
inserto. Este sitio se denomina polylinker (zona de clonaje), y cerca se distingue también el origen de la replicación.
Utilización de un anticuerpo específico para la proteína de interés, asociado con un anticuerpo secundario que da una reacción
colorimétrica (luminiscencia, radiactividad…), lo que nos ayudará a marcar la proteína.
Tenemos nuestra placa con las bacterias y hacemos una réplica trasfiriendo parte de estas a un filtro de nitrocelulosa donde van
a seguir creciendo. Posteriormente se lisan con un buffer de lisis para que salga el ADN, aunque en este caso lo que queremos
son las proteínas, las cuales vamos a identificar añadiendo un anticuerpo primario y luego el secundario que está acoplado a una
enzima lo que hará que se genere un producto coloreado para poder identificarlas.
Ejemplo: Si queremos detectar el gen de la insulina, se utiliza un anticuerpo en contra de la insulina de forma que el anticuerpo
primario se unirá a estas zonas. Después se utiliza un anticuerpo secundario que permite visualizar el primer anticuerpo.
En el ejemplo, se hacen dos réplicas, una control con ampicilina y otra con ampicilina y tetraciclina. En la primera de control
tendremos todas las bacterias, mientras que en la segunda tendremos solo las bacterias sin el inserto, las cuales no nos interesan.
Por tanto, nos vamos a la original o a la copia control y cogeremos aquellas que no aparezcan en el segundo caso (nos interesan
las que se han muerto en presencia de tetraciclina).
*Hay que añadir siempre el antibiótico … para evitar contaminaciones. En el caso anterior, es la ampicilina.
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Bioquímica y Biología Molecular
Bloque IX – Investigación en Genes y Genomas
FAGOS
Primero se produce una infección por parte del fago a la bacteria, entra el ADN del fago y una vez dentro tenemos dos ciclos de
crecimiento del fago diferentes: POR ENCIMA
- El ciclo lítico: se produce una lisis. El ADN del fago no se integra en el ADN de la bacteria, pero aun así va a seguir con sus
procesos de trascripción, traducción... Se crean nuevos fagos dentro de la bacteria hasta que esta se lisa y salen los fagos
liberados.
- Ciclo lisogénico: el ADN del fago se incorpora dentro del genoma de la bacteria de esta forma es como si hubiésemos utilizado
un plásmido, pero en este caso hemos usado el fago para incorporar nuevo ADN. La bacteria va a contener ADN vírico. En
este caso no hablaríamos de trasformar bacterias sino infectarlas. Y no es un inserto de unos pares de bases, sino que es un
ADN de grande.
Se selecciona de igual manera dependiendo de lo que hayamos introducido, suele ser más complicado que en los casos anteriores.
Tenemos un cultivo de bacterias en una placa de Petri, a las cuales vamos a infectar con fagos en los que previamente hemos
incluido ADN externos (virus con distinto DNA). Se producirá el ciclo lítico y al final en la placa lo que tenemos son distintas
colonias según los diferentes fagos que hayamos introducido.
En el caso de que se trate de un ciclo lítico, el virus se usa como una PCR, ya que vamos a conseguir la amplificación de nuestro
ADN ya que se producirá la generación de nuevos fagos cargados con el inserto.
FAGO LAMBDA
Tiene un genoma con unas 45.000bp, posee un fragmento central de unas 15kpb que
no es esencial para la replicación ni para la infección y puede ser eliminado por enzimas
de restricción, de manera que donde encontrábamos este fragmento podemos
introducir nuestro inserto (todo dentro del genoma del fago). Tras esto, se produce el
empaquetamiento del ADN “in vitro” en las partículas del fago (formación de la cápside
y las partículas víricas) y, por último, se produce la transfección o infección de células y
la propagación de todos los fagos con ese mismo inserto.
Dentro de los fagos podemos introducir ADN humano, e incluso obtener dos fragmentos
diferentes de ADN e introducir cada uno en un fago distinto, de manera que de todas las
bacterias infectadas unas expresarán un gen y otras, otro diferente. Luego tendremos
que hacer una selección de la colonia que nos interese.
Si, por ejemplo, hemos marcado los genes con radiactividad podemos realizar un
autoradiograma sobre nuestro cultivo de bacterias para detectar cualquiera de los genes
y, posteriormente, tomar la colonia de bacterias con nuestro gen en una réplica hecha
previamente. Con la introducción de diferentes genes en diferentes fagos podemos
generar bibliotecas génicas. Otra forma de buscar las bacterias que nos interesan es
haciendo una réplica en un filtro de nitrocelulosa sobre el que se lisan las bacterias para
dejar el ADN expuesto e hibridamos con una sonda marcada (complementaria con el
injerto en cuestión).
Bioquímica y Biología Molecular
Bloque IX – Investigación en Genes y Genomas
*En el caso de querer encontrar proteínas concretas, emplearemos vectores de expresión. Si introducimos un DNA procariota en
una zona promotora específica, hay que emplear un vector de expresión del mismo tipo celular (en este caso, procariota). Un
ejemplo de vector de expresión sería el T7 en procariotas (caso de insulina) y el CMV en eucariotas. Introducimos un gen concreto
(por ejemplo, el de la insulina humana) en el vector de expresión para que se genere el ARNm y se forme la proteína a localizar.
PRODUCCIÓN Y PURIFICACIÓN DE PROTEÍNA RECOMBINANTE EN E. COLI (por encima el proceso como tal)
Podemos purificar proteínas recombinantes que vienen del vector de expresión (como hemos visto antes, con un inserto en el
promotor para que el plásmido sea capaz de producir la proteína), como hemos visto en casos de proteínas normales de temas
anteriores. Usaremos RNApol específicas del promotor para poder sintetizar el ARNm.
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Bioquímica y Biología Molecular
Bloque IX – Investigación en Genes y Genomas
Partimos de ADN genómico, el cual cortamos por medio de enzimas de restricción. Por otra parte, se obtiene el vector de
reemplazamiento que puede ser el fago landa o un cósmido. Con una ligasa se introduce el inserto en el vector.
Por medio del fago lambda (hasta un tamaño de 20kb) o del cósmido utilizado vamos a infectar a nuestras bacterias, las vamos a
cultivar y finalmente acabaran por lisarse debido al ciclo lítico del fago. De manera que obtendremos un césped de bacterias con
todos estos clones que luego se cogen con resistencia o mediante los métodos vistos anteriormente.
Las genotecas son representativas cuando poseen un número de clones entre 3 y 10 veces superior al mínimo (tamaño
genoma/capacidad vector).
LOS CÓSMIDOS
Los cósmidos son vectores de clonación, que han sido ampliamente usados en la elaboración de genotecas de DNA genómicos de
gran tamaño, ya que permiten la introducción de inserto de DNA de hasta 45kb, el doble que los vectores derivados de la
eliminación de parte del genoma del fago lambda, los fagémidos.
Realmente un cósmido consiste en un plásmido al cual se le han adicionado unos segmentos del genoma de un fago filamentoso,
como el fago λ. Vectores que van a tener tanto las características de un plásmido y de un fago lambda, plásmido capaz de
convertirse en bacteriógrafo. Un cósmido contiene:
- Del plásmido: el ori C y un gen de resistencia a un antibiótico (esto depende del tipo de
plásmido del cual derive) y, por tanto, puede contener más segmentos como por ejemplo
el gen Lac Z, que permite la selección blanco/azul de las colonias u orígenes de
replicación para fagos como el M13, que permiten la obtención de ADNss usado para
aplicaciones como la secuenciación del inserto.
- Del fago λ: los extremos COS (extremos complementarios del genoma del fago) que se
emplean para la recircularización del mismo (permiten que se empaquete).
Estos vectores facilitan el trabajo porque permiten el empaquetamiento in vitro de las
secuencias entre dos extremos COS y usar los fagos empaquetados para transfectar cepas de
E. Coli, consiguiendo un plásmido en la bacteria, ya que el cósmido se recirculariza al entrar
gracias a los extremos COS.
Tenemos nuestro ADN genómico con intrones, exones, zonas promotoras… Introducimos los
distintos insertos en nuestro vector, que permiten la recircularización de ese cósmido. Con
esto vamos a conseguir el empaquetamiento del fago lambda que se convertiría en una
molécula madura para infectar. Tendremos muchas de ellas creciendo en el césped.
Bioquímica y Biología Molecular
Bloque IX – Investigación en Genes y Genomas
PASEO CROMOSÓMICO
Si tenemos varios genes de interés, podemos ir viéndolos utilizando sondas complementarias
a cada uno de ellos, es lo que se denomina el paseo cromosómico (ir desgranando por
secuencias el genoma de ese cósmido para ver si todo se ha inspirado en su lugar). Se trata de
seleccionar con una sonda A B y C a cada clon e ir construyendo un mapeo, es decir, una
representación de dónde se van a colocar los distintos genes. (El DNA se ha cortado y se han
obtenido diferentes secuencias, y no sabemos que fragmento se ha insertado dónde. Para
saber qué se ha introducido en cada zona interna del cósmido, tenemos que secuenciarlos
obteniendo cada uno de esos segmentos. Voy obteniendo clones, seleccionándolos con esas
sondas específicas, y luego alineamos las secuencias o clones teniendo en cuenta dónde se ha
insertado cada sonda). El posicionamiento de todos los genes obtenidos en el proyecto
genoma humano se realizó por medio de un paseo cromosómico.
Tenemos una secuencia, a la cual conocemos bien porque ya estaba descrita en algún banco de datos o bibliografía o bien porque
la hemos generado en el laboratorio, como genotecas, productos de PCR, segmentos aislados por ERs y clonados…
Posteriormente, vamos a analizar nuestra secuencia mediante:
- Algoritmos y filtros y fiabilidad estadística. Local (software instalado) o recursos en red (software remoto).
- Predicción de secuencias, se comparan las secuencias para ver si tienen relación con genes de otros elementos. (Diseño
experimental, contraste predicción-resultados, aplicabilidad).
Estas genotecas son representativas cuando se respeta el porcentaje de representación original de cada ARNm en la célula, es
decir, que ni se pierden los bajamente expresados ni se sobrerrepresentan los muy expresados.
SEMINARIO DE TRANSGÉNICOS
PLANTAS TRANSGÉNICAS
ANIMALES TRANSGÉNICOS
Animal que lleva un gen externo que ha sido deliberadamente insertado en su genoma. El gen externo se construye utilizando la
metodología del ADN recombinante. Se ha hecho en ovejas transgénicas (la oveja Dolly) y cabras que expresan proteínas externas
en su leche, pollos transgénicos que son capaces de sintetizar proteínas humanas en la clara de los huevos.
Aplicaciones en investigación, medicina y biotecnología: en modelos de enfermedades genéticas, el estudio del desarrollo
embrionario y la evaluación de tratamientos terapéuticos.
Investigación básica, permitiendo a científicos: asignar funciones a nuevos genes, diseccionar rutas génicas, manipular
propiedades celulares y bioquímicas de proteínas.
El Nobel de Medicina y Fisiología de 2007 fue para los padres del ratón transgénico: Mario R. Capecchi, Oliver Smithies y Martin J.
Evans. Son ratones a los que se les ha eliminado un gen para ver cómo afecta la dirección a dicho gen. Fases:
1. Trabajaremos con ES cells: células madre embrionarias cultivadas a partir de embriones de ratón de preimplantación, es decir,
5-6 días tras la fecundación; en fase de blastocistos. Se tomarán directamente de una ratona embarazada.
Estas células se cultivan en platas de Petri, con otras células como células epiteliales (pues tienen gran capacidad de
proliferación). Las ESC son capaces de generar todos los órganos y tejidos del cuerpo.
2. Construcción del vector director (targeting vector). Este tendrá varios elementos:
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Bioquímica - Seminario transgénicos
3. Ahora, hay que transfectar las células embrionarias. En vez de usar un choque térmico para abrir los poros (como en
bacterias), emplearemos un choque eléctrico o electroporación, para que el vector pueda entrar en las células. Este vector
se incorporará al genoma de la siguiente manera: como tenemos la secuencia homóloga del gen a eliminar, se realiza una
recombinación homóloga, teniendo como resultado el gen diana con el vector incluido (se incluirá solo la parte que se
encuentre dentro de las regiones homólogas)
Esto no siempre es así, también se puede dar la inserción al azar. Esto se debe
a que no se ha producido solo la recombinación homóloga, sino que
directamente se inserta todo el vector. Por ello, si introduzco en las placas
G418 y gancydovir, estas inserciones al azar no sobrevivirán porque han
incluido el tk (se morirán por el gancydovir, aunque sean resistentes a G418).
Por ello, solo nos quedaremos con las células que tengan el vector adecuado introducido de la manera adecuada (tendremos una
selección o cultivo puro con las células que solo han realizado la recombinación homóloga). Para ello, hacemos una selección
positiva (las que han incluido el vector nos las quedamos) – negativa (rechazamos las inserciones al azar). Tenemos nuestros
cultivos de células embrionarias, las hacemos crecer.
Se hace una inyección en los blastocistos de las células ES (como si fuera una fecundación in vitro). Para diferenciar los blastocistos
con el vector de los que no lo tienen, cogeremos las células ES de blastocisto de ratón de color marrón (las que hemo cultivado
antes) y las insertaremos en blastocistos de ratones de color negro. Las ratonas negras serán pseudopreñadas, puesto que han
sido cruzadas con un ratón estéril (tienen todas las características de una ratona embarazada, pero el ratón estéril no la ha
preñado). La ratona desarrollará un embarazo por los blastocistos insertados, y obtendremos ratones mosaicos (mezcla o
quiméricos). Cuanta más mezcla haya, es que el proceso ha funcionado bien. Algunos tejidos serán marrones y otros negros.
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Bioquímica - Seminario transgénicos
En la descendencia podremos observar ratones todo negro o con uno de los alelos con el vector (mezcla de negros y marrones).
En la segunda generación (cruzando heterocigotos), ya tendremos un 25% de knock-outs (marrones).
* Para saber cuál es cual, se extrae un trozo de cola para ver si son heterocigotos (2 bandas) u homocigoto (1 banda) en un gel de
electroforesis.
Partimos de la base de que hay un gen (A*) que no es funcional (un alelo “nulo). Se realiza el cruce heterocigótico y obtenemos
ratones Knock-out (homocigotos para el gen no funcional). Esto se hace para el estudio de funciones de genes para los que líneas
mutantes no eran viables. Se llega a los siguientes hallazgos:
Con los knock-outs podremos ver si un gen es funcional o no. El ratón knok out nos permitirá ver las funciones que tenía el gen
eliminado, para ver que es lo que ocurre si no lo tiene (podría crear líneas mutantes no viables, si era un gen importante en el
desarrollo).
Ahora, con la tecnología vista, vamos a ver cómo eliminamos realmente ese gen:
En este caso, el gen que queremos eliminar es muy importante en los exones 1, 2 y 3 (normalmente, los primeros exones son los
que se suelen ocupar de la expresión del gen, en ocasiones incluso la región promotora. Será esto lo que habrá que eliminar).
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Bioquímica - Seminario transgénicos
Para ver qué pasa con un gen cuya ausencia hace que los ratones no sean viables, usaremos los ratones específicos o condicionales
de tejido, que utilizan el sistema Cre-LoxP.
La enzima Cre son unas “tijeras” que cortarán por las secuencias LoxP. En este caso, tenemos un gen que es muy importante en
el exón 2 y 3. Por ello, para hacer las regiones homólogas, se hacen para el exón 1 y 4. Lo que queremos eliminar (el exón 2 y 3)
lo vamos a introducir en el caset, entre las dos señales LoxP y junto al cassett Neor. Por recombinación homóloga, tendremos en
las células todo el caset, incluidos los exones 1 y 4. Esto lo introducimos en los ratones.
Ahora, tendremos otro ratón que exprese la enzima Cre (ratón Cre-recombinasa, actúa de “tijeras”). Lo que hará es que introducir
la enzima Cre con un promotor que haga que solo se exprese en células de un tejido concreto (en este caso, de tejido adiposo,
porque el gen que queríamos eliminar estaba relacionado con este tejido). Por tanto, al cruzar los ratones, se eliminará lo que
esté entre las secuencias LoxP en el tejido concreto (es decir, vamos a hacer que este gen no se exprese solo en el tejido adiposo,
deleción solo en un tejido de ese gen). En el resto de los tejidos, el gen seguirá expresándose.
* También podemos realizar animales knock-in, a los que se les introduciría una mutación de un gen humano (en knock-out se
introducían deleciones). La forma de hacerlo sería lo mismo, solo que se metería la secuencia del gen humano y se realizaría la
recombinación homóloga justo en esa zona. Tendríamos la secuencia humana en el ratón para ver qué efectos tiene la mutación.
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Bioquímica - Seminario transgénicos
- PPARγ.* Tiene dos isoformas: PPARγ 1 (en hígado, riñón, células del sistema inmune e intestino) Y PPARγ 2 (WAT y BAT).
Tiene estas dos isoformas por splicing (por eso, se expresan en diferentes tejidos).
- PPARα: en hígado, corazón, musculo esquelético, riñón, intestino delgado, WAT y BAT.
- PPARδ: distribución ubicua.
* Funciones de PPARγ: tiene un receptor implicado en el almacenaje de lípidos, además de tener importancia en el metabolismo
de la glucosa y relación con la insulina, entre otras.
FOTO 1. Para obtener la isoforma PPARγ2, eliminamos el exón B1, que es el que reprime que se dé esta isoforma. Se hará como
hemos visto anteriormente, introduciéndolo entre las secuencias homólogas para ser eliminado. Tenemos también el gen LacZ,
que tiene que ver con la diferenciación colorimétrica.
FOTO 2. Viendo a ratones a los que se le había quitado la isoforma 2, se pensaba que no iba a tener tejido adiposo, pero al final si
que lo presentaba. Este ratón con la PPARγ2 reprimida se cruzó con un ratón homocigótico con un factor saciante (que come y
come, deficiencia en leptina), obeso. El cruce da un ratón pequeño que tiene deficiencia en isoforma 2, come lo mismo que el
ratón obeso, pero no acumula grasa en el tejido adiposo; sin embargo, sí que la acumula en otros tejidos. Se ha originado un ratón
diabético (resistente a la insulina), aunque no obeso.
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Bioquímica y biología molecular
Tercer parcial – metabolismo
INTRODUCCIÓN
El metabolismo es el conjunto ordenado de todas las reacciones que se dan en el organismo. Estas reacciones están catalizadas
por diferentes enzimas. Por ello, cambiando la cantidad de enzimas, podemos alterar las velocidades de la reacción, pero no el
equilibrio del metabolismo (regulando la actividad enzimática, regularemos el metabolismo).
Vía metabólica: trozo o segmento de metabolismo que tiene una función en sí mismo. Puede estar en un mismo compartimento
celular, o en varios. Es importante cómo se relacionan las diferentes vías entre los compartimentos.
Las vías metabólicas participan en reacciones consecutivas. En ellas, hay algunas alejadas del equilibrio, que hacen que el
metabolismo avance. Es decir, las reacciones que tienen variación de energía libre son las que regulan el metabolismo, por tanto,
las enzimas que van a ser blanco de regulación serán las implicadas en dichas reacciones. Por ejemplo, con un modulador
alostérico, las podemos activar o inhibir (la enzima cataliza las reacciones, por lo que si no es funcional no se dará la reacción).
TIPOS DE VÍAS
- Rutas catabólicas: son aquellas que convierten moléculas complejas en sencillas. Están asociadas a procesos de ruptura de
enlaces u oxidación, y de ellas se obtiene poder reductor en forma de NADH y energía en forma de ATP.
- Rutas anabólicas: son rutas de síntesis para la formación de enlaces (relacionado con la reducción). Se necesitan poder
reductor y energía. Son rutas regenerativas, ya que emplean moléculas sencillas para generar otras más complejas.
Es decir, en conjunto, en el metabolismo se rompen moléculas, y se oxidan. Se libera energía y poder reductor, que se capta y
se utiliza para sintetizar moléculas más complejas.
Si calculamos la energía que somos capaces de producir a partir de la energía que ingerimos, somos las máquinas más eficaces
del planeta (y, con ello, las células): somos capaces de fijar muchísima energía a partir de la que ingerimos. Además, el
metabolismo no ocurre en una sola etapa, las transformaciones ocurren poco a poco y acopladas a otras reacciones para poder
aprovechar al máximo la energía (reacciones de síntesis acopladas a reacciones de degradación). Por ejemplo, un motor de
combustión liberaría la energía de golpe, mientras que nosotros la liberamos poco a poco, de manera que la aprovechamos más.
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Bioquímica y biología molecular
Tercer parcial – metabolismo
La espontaneidad de una reacción viene dada por la variación de energía libre de la misma (∆G).
En una reacción aA +bB ↔ cC + Dd; ∆G = ∆Gº + RT Ln [C]c [D]d / [A]a [B]b; Siendo ∆Gº la variación de energía libre estándar
de la reacción en condiciones estándar (la actividad a 25º C de las especies es 1 y 1 atmósfera de presión). En el equilibrio ∆G = 0.
Así, ∆ G o = -RT ln Keq, por lo que tenemos la relación entre la Keq y la variación de energía libre estándar de una reacción.
La constante de equilibrio viene definida por la variación de energía libre estándar. Esta última nos indica si hay más productos
que reactivos, y con ello podemos deducir si el proceso es espontáneo o no. La variación de energía libre estándar será la
tendencia, luego se tiene en cuenta la concentración de cada especia para hacer los cálculos (en cada caso concreto, dentro de
las células).
Se utilizan concentraciones en términos de molaridad (M), y el pH 7 como condición de referencia en lugar de pH = 0 (1M H+).
Siempre que el agua sea un reactivo o producto en un sistema acuoso su actividad se considera la unidad, aunque su concentración
molar sea 55,5M. La actividad de las especies ionizables se expresa como la suma de ellas a pH 7. Así pues, se habla de ∆Go´
(variación de energía libre en condiciones bioquímicas), por lo que ∆G para la reacción aA +bB ↔ cC + dD, queda:
∆G = ∆Go´ + RT Ln [C]c [D]d / [A]a [B]b
De vez en cuando hay una variación de energía libre claramente negativa en una vía que hará que comience el flujo metabólico
en el resto de las vías.
En la reacción: aA +bB ↔ cC + dD, la variación de energía libre viene dada por ∆G = ∆ Go´ + RT Ln [C]c [D]d / [A]a [B]b.
Las condiciones fisiológicas en las que se dan las reacciones no son necesariamente las de equilibrio y el desplazamiento de la
reacción depende, además, de la variación de energía libre estándar de las concentraciones de cada una de las especies que
intervienen en el equilibrio. Así, hay reacciones con variaciones de energía libre estándar positivas, pero que son posibles en las
condiciones fisiológicas al ser bajas las concentraciones de los “productos “ de la reacción.
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Bioquímica y biología molecular
Tercer parcial – metabolismo
REACCIONES REDOX
Reacción: intercambio de partículas entre 2 sistemas. En el ácido-base, se intercambian protones, por lo que tiene que haber una
sustancia que los done (ácido) y otra que los reciba (base). Para averiguar qué sustancia hacía cada cosa, nos fijábamos el pk: este
es menor en los compuestos ácidos, los donadores de protones. Con las reacciones redox pasa algo parecido:
Ejemplo: el alcohol se oxida a acetaldehído (convirtiendo NAD en NADH en el proceso). Es necesario tener claro qué sustancia se
va a oxidar y cuál se va a reducir. Para ello, se suele emplear un electrodo de referencia, en el cual se pone la sustancia en cuestión.
Tras esto, veremos si los electrones son captados o cedidos por el sistema, y lo haremos a través de un voltímetro (nos dirá hacia
dónde pasan los electrones, midiendo la fuerza electromotriz).
Las reacciones de óxido-reducción permiten el intercambio de electrones entre sistemas. En ellas siempre hay una especie que
se oxida y otra que se reduce, y ambas especies tienen un potencial redox (que mide en voltios la afinidad que tiene el aceptor
en un par redox).
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Bioquímica y biología molecular
Tercer parcial – metabolismo
∆G = ∆ Go´ + RT Ln [C] c [D] d/[A] a [B]b, como ∆Gº= -nF ∆Eº ∆Gº´= -nF ∆Eº´
-nF ∆Eº = -nF ∆Eº ´ + RT Ln [C]c [D]d / [A]a [B]b -nF ∆Eº = -nF ∆Eº ´ + RT Ln [C] [D] /[A] [B]
Podemos tener sistemas con solo 2 sustancias como se indican en la tabla, siendo una la oxidante y otra la reductora, y con el
potencial podemos ver si dicha reacción, tal y como está planteada, se daría de manera espontánea (potencial negativo) o no. Sin
embargo, podemos encontrarnos otras situaciones:
En el caso de tener en un sistema dos sustancias que aparecen en la columna de oxidantes, tenemos que ver quién tiene un
potencial oxidante mayor, por lo que la otra sustancia pasará a ser el reductor. *(El oxígeno suele ser muy oxidante).
Ejemplo anterior: Piruvato y NAD. Comparando los potenciales estándar, el que es más positivo actúa como oxidante. En la
reacción global, vemos que NAD/NADH tiene que actuar como reductor, por lo que actúa al revés (pasa de NADH a NAD) y por
eso le cambiamos el signo al calcular el potencial total del sistema. En condiciones estándar, esa reacción tendría una variación de
energía libre de negativa (es espontánea, pero lo habíamos predicho, por esa razón habíamos colocado las sustancias en el sistema
de esa manera).
Ejemplo: sistema formado por FUMARATO-SUCCINATO (el fumarato oxida al succinato, por lo que él mimo se reduce) y
ACETALDEHIDO – ETANOL (esta reacción irá en sentido contrario porque es “menos positiva” que la anterior: el fumarato es más
oxidante que el acetaldehído, por lo que este último tendrá que pasar al otro miembro, no puede haber dos oxidantes juntos).
REACCIÓN GLOBAL: fumarato + etanol = acetaldehído + succinato. El potencial total del sistema nos quedaría 0,17 (E). (a partir de
este dato, podríamos calcular la energía libre). *El oxidante se va a reducir (gana electrones) y oxida al reductor, que perderá
electroones (el etanol, que es el reductor, se va a oxidar y se convertirá en acetaldehído, soltando electrones para que el fumarato
pueda reducirse). Oxidación: pérdida electrones. *TODO ESTO EN CONDICIONES NORMALES
*Creo que lo que nos interesa, al final, es un potencial positivo y una energía libre negativa para que sea espontáneo.
Como sabemos, el hierro se oxida y el oxígeno es oxidante. El hierro, cuando pasa de 0 a +2/+3 suelta electrones. Por eso es el
que se oxida, cede electrones. El oxígeno es capaz de oxidar el hierro, aunque sea de 2 a 3, y cogería los electrones.
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Bioquímica y biología molecular
Tercer parcial – metabolismo
*Fotoautótrofos = fotolitrofos: plantas verdes, algas azules, cianobacterias. Necesitan agua además de CO2. Las purpúreas y
sulfúreas parten de CO2 y H2S.
*Quimioautótrofos = quimiolitrofo.
Nosotros somos quimioorganotrofos. No solo empleamos la materia orgánica como fuente de carbono para construir diferentes
moléculas químicas, sino también como combustible para poder realizar las diferentes funciones celulares.
SITUACIÓN DEL PLANETA: cada vez aumenta más la cantidad de CO2 y eso no es beneficioso para los seres vivos (aunque haya
más CO2, las plantas no van a hacer más la fotosíntesis).
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Bioquímica y biología molecular
Metabolismo
La glucosa es muy importante. Hay órganos como el cerebro que sólo utiliza glucosa como fuente de energía.
La glucólisis es una vía catabólica que consiste en la degradación de una molécula de glucosa
(6C) mediante una serie de reacciones catalizadas enzimáticamente, dando lugar a dos
moléculas de piruvato (3C). Durante la secuencia de reacciones parte de la energía libre
cedida por la glucosa se conserva en forma de ATP y NADH+. Todos los procesos tienen
ubicación citosólica. MOLÉCULA DE GLUCOSA: foto
FUENTES DE GLUCOSA
Podemos obtener glucosa de manera exógena o endógena:
- Obtenemos la glucosa exógena mediante la ingesta de alimentos que contienen directamente la glucosa (frutas), disacáridos
como la sacarosa y lactosa (frutas y leche), almidón (polímero de glucosa de origen vegetal) y glucógeno (polímero de glucosa
de origen animal en filetes).
- La glucosa endógena se obtiene a partir del glucógeno del propio organismo. Existen dos tipos: glucógeno hepático, que
aporta glucosa al resto de los tejidos mediante la sangre (“glucosa compartida”); y glucógeno muscular que es consumido in
situ, sólo por el propio músculo (NO exporta el glucógeno). *
Es importante saber que podemos sintetizar la glucosa de nuevo, mediante la gluconeogénesis, que tiene lugar en el hígado y los
riñones; sobretodo en periodos de ayuno o ejercicios prolongados.
VÍA GLUCOLÍTICA
Como ya hemos mencionado previamente, la vía glucolítica consiste en la degradación de una molécula de glucosa (6C) a dos de
piruvato (3C). El piruvato creado se empleará para la fermentación (metabolismo anaerobio) o para el metabolismo aerobio.
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Bioquímica y biología molecular
Metabolismo
Fue descubierta por L. Pasteur u Eduard Büchner, quienes comenzaron a describirla observando la fermentación. Gracias a otros
investigadores, se consiguió descubrir todas las etapas de esta vía.
Esta vía se lleva a cabo en dos etapas y todas ellas ocurren en el citosol.
→ SEGUNDA FASE: constituida por las 5 últimas reacciones. En esta fase se gana energía, mediante fosforilaciones a nivel de
sustrato. Partimos de dos moléculas de gliceraldehído 3-fosfato:
• En la 6ª reacción se obtienen 2 moléculas de NADH + H+, y esta es la
única reacción de oxidación que hay en la glucólisis. Se ha dado una
fosforilación a nivel de sustrato. Gliceraldehído 3-fosfato→ 1,3-
bisfosfoglicerato.*.
• En la 7ª reacción se sintetizan 2 ATP, rompiendo el enlace rico en
energía y sacando rentabilidad a la anterior. 1,3-bisfosfoglicerato→
3-fosfoglicerato. Está catalizada por la fosfoglicerato quinasa.
• 3-fosfoglicerato→ 2-fosfoglicerato; → fosfoenolpiruvato (enolasa:
enlace enolfosfato rico en energía).
• En la 10ª reacción se obtienen 2 moléculas de piruvato y 2 ATP
(neto). El enolfosfato es muy inestable y rico en energía,
rompiéndose y transfiriendo el grupo fosfato y obteniendo el
piruvato (fosforilación a nivel de sustrato).
Gran parte de la energía se conserva mediante la fosforilación acoplada de
dos moléculas de ADP a ATP (fosforilación a nivel de sustrato).
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Bioquímica y biología molecular
Metabolismo
También se conserva energía en la fase de beneficios mediante la formación de dos moléculas de NADH por cada glucosa, que
luego entrarán en la cadena de transporte de electrones, generando energía.
La mayoría de las reacciones que ocurren durante la glucólisis están cerca del equilibrio (∆𝐺≅0). Sin embargo, hay tres puntos en
los que hay un salto en la variación de energía libre, siendo variaciones de energía negativas. Estas reacciones son las catalizadas
por: hexoquinasa (paso de glucosa a glucosa 6-fosfato: 1ª reacción), por la fructoquinasa (paso de fructosa 6-fosfato a fructosa
1,6-bifosfato: 3ª reacción) y la última la piruvatoquinasa (paso de fosfoenolpiruvato a piruvato: 10ª reacción). Estos tres puntos
están muy alejados del equilibrio, por lo que estas 3 enzimas son los motores de la ruta. La vía se regula regulando a estas tres
enzimas. TABLA DIAPOS.
TOXICIDAD DEL ARSÉNICO: Hay compuestos como el arseniato que no inhiben la vía glucolítica, pero sí la desacoplan
energéticamente, ya que forma el 1,3-diarsenioglicerato, en vez del 1,3- difosfoglicerato. Es decir, la vía glucolítica funciona, pero
no da ATP, por lo que el arsénico en general inhibe la vía glucolítica y su efecto tóxico consiste en esto. El arsénico tiene varias
formas de entorpecer esta vía, por ejemplo, bloqueando enzimas implicadas: el arseniato se une al ác. lipoico e inhibe las enzimas
que utilizan,
Si se extrae sangre para hacer una analítica y se deja la muestra y se mira la glucosa pasado un tiempo, se encuentra mucha menor
cantidad de glucosa, porque los eritrocitos han consumido la glucosa de manera anaerobia. Técnicamente para evitar medidas
erróneas de glucosa, los tubos de las analíticas para glucosa hay fluoruro, para que la vía glucolítica no funcione y así los eritrocitos
no consuman la glucosa.
El déficit congénito en piruvato quinasa (PK) es la causa más frecuente de la anemia hemolítica, ya que los eritrocitos consumen
de manera anaerobia la glucosa (el eritrocito se rompería)
Para que funcione la vía glucolítica necesitamos glucosa, pero para que siga
funcionando se necesita una fuente de NAD, si no, no avanzaría. Para que
funcione hay que reciclar el NADH para volver a NAD. Esto ocurre
continuamente en fermentaciones o metabolismo aerobio.
METABOLISMO AEROBIO
En presencia de oxígeno, el piruvato puede transformarse en coenzima A, la cual pasará por el ciclo de Krebs, y posteriormente
llegará a la fosforilación oxidativa. diapos
En condiciones aerobias, la glucólisis solo constituye el primer paso de la degradación completa de la glucosa. El piruvato se oxida
con la pérdida de su grupo carboxilo en forma de CO2, dando el grupo acetilo del acetil-CoA que es oxidado seguidamente de
manera completa a CO2 por el ciclo del ácido cítrico.
Los electrones de estas oxidaciones pasan al O2 a través de una cadena de transportadores en la mitocondria, formando H2O. La
energía procedente de las reacciones de transferencia electrónica impulsa la síntesis de ATP en la mitocondria.
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Bioquímica y biología molecular
Metabolismo
Por tanto, se ha de regenerar el NAD+ mediante otra reacción para obtener energía a partir de moléculas de combustible en
condiciones anaeróbicas y regenerar continuamente el NAD+ durante la glucólisis anaeróbica por medio de transferencia de los
electrones desde el NADH para formar un producto final reducido, tal como el lactato (que es la fuente principal de acidosis
metabólica) o el etanol.
Si no hay oxígeno en la célula tiene lugar el metabolismo anaerobio, más conocido como fermentación. Hay muchos tipos de
fermentaciones, y a cada tipo se le da el nombre del producto final de la misma (alcohólica, láctica…).
- Fermentación láctica: cuando a los tejidos animales no se les suministra oxígeno suficiente para mantener la oxidación
aeróbica del piruvato y del NADH producidos por la glucólisis, el NAD+ se regenera a partir del NADH mediante la reducción
del piruvato a lactato en 1 solo paso. La fermentación láctica la hacen los músculos (sobre todo fibras musculares tipo II) y
bacterias. LA ALCOHÓLICA NO LA PODEMOS REALIZAR, SE DA EN LEVADURAS.
La reducción del piruvato en esta ruta está catalizada por la lactato deshidrogenasa. El equilibrio global de esta reacción
favorece la formación del lactato, tal y como se demuestra por la gran variación negativa de energía libre estándar.
Variaciones de LDH
La lactato deshidrogenasa está formada por cuatro subunidades que pueden ser de tipo H o de tipo M. La isoenzima H4 presenta
una mayor afinidad por sustratos que la de tipo M4. La H4 se inhibe por exceso de piruvato, sin embargo, la M4 no.
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Bioquímica y biología molecular
Metabolismo
→ Fermentación alcohólica (no la ha dado aún): este tipo de fermentación es llevada a cabo por levaduras y otros
microorganismos, que fermentan la glucosa a etanol y CO2 en lugar de formar lactato. La glucosa se convierte en piruvato durante
la glucólisis, y el piruvato se transforma en CO2 y etanol en un proceso de dos pasos:
1. El piruvato se descarboxila en una reacción irreversible, catalizada por la piruvato
descaboxilasa, la cual necesita Mg+, y tiene unido fuertemente un coenzima llamado
tiamina pirofosfato. Es una descarboxilación simple, ya que no supone la oxidación
neta del piruvato. Se forma acetaldehído.
2. El acetaldehído se reduce a etanol a través de la acción del alcohol deshidrogenasa
mediante el poder reductor proporcionado por el NADH procedente de la
deshidrogenación del gliceraldehído 3-fosfato. Por lo tanto, los productos finales son
el etanol y el CO2.
En los dos tipos de fermentaciones, se obtiene un total de 2 ATP (procedente del paso de glucosa a dos piruvatos en la
glucólisis) y ningún poder reductor, ya que el NAD obtenido se utiliza para la oxidación de la glucosa a piruvato, dando NADH, que
se oxida para dar el producto final de la fermentación, volviendo a tener NAD.
AFERENCIAS DE LA VÍA GLUCOLÍTICA - DEGRADACIÓN DE GLUCÓGENO (EN MÚSCULO E HÍGADO), METABOLISMO DE OTROS AZÚCARES
A la vía glucolítica pueden entrar la glucosa proveniente del glucógeno en músculo e hígado o que hemos ingerido.
Sin embargo, tanto la galactosa, la manosa y la fructosa (azúcares que no son glucosa) incluidos en la dieta normalmente también
pueden entrar a la vía glucolítica como sustrato. La manosa y la fructosa se encuentran en la fruta y la galactosa en leche. Todas
ellas, a través de transformaciones acaban en glucosa 6-fosfato. De esta manera, todos los azúcares terminan en la misma ruta.
- Manosa: se fosforila por la hexoquinasa a manosa 6-fosfato, y después la P-manosa isomerasa la transforma (isomeriza) en
fructosa 6-fosfato, y se introduce a la vía glucolítica a ese nivel.
- Galactosa: viene de la lactosa, que se rompe por la lactasa (en el intestino) en galactosa y glucosa.
La UDP galactosa puede pasar a UDP-glucosa, que volverá a reaccionar con una galactosa 1fosfato.
La lactosa es la principal fuente de galactosa. La intolerancia a la lactosa en adultos se debe a la disminución de la actividad
enzimática de la lactasa. No es lo mismo que la galactosemia.
INTOLERANCIA A LA LACTOSA: se deja de expresar la lactasa o se produce en menor cantidad. Normalmente, en los animales
la enzima se deja de producir porque solo toman leche en el periodo de lactancia. Si no funciona, se deposita la lactosa sin
metabolizar en el intestino, se altera la microbiota y provoca problemas gastrointestinales. Se soluciona con leche a la que se
le añade lactasa artificialmente (“leche sin lactosa”).
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Bioquímica y biología molecular
Metabolismo
- Fructosa (IMP porque tomamos muchísimo azúcar): existen dos vías de incorporación de la
fructosa a la vía glucolítica:
▪ En el hígado, la mayoría de la fructosa se fosforila por la fructoquinasa y da fructosa 1-
fosfato gastando un ATP. Después, la fructosa 1-fosfato aldolasa (es más lenta que la
de la de la vía glucolítica, por eso podemos tener acumulaciones de fructosa 1-P) rompe
a la fructosa 1-fosfato entre las posiciones 3 y 4 obteniendo dihidroxiacetona 3-fosfato
y gliceraldehído (NO gliceraldehído3-fosfato) y este último es fosforilado para pasar a
gliceraldehído 3-fosfato, gastando una molécula de ATP. Con el consumo excesivo de
sacarosa (y, por tanto, de fructosa), se da un exceso de ADP que aumenta el ácido úrico,
además del exceso de fructosa 1-P que se acumula también). *
El camino de la fructosa es más lipogénico porque se salta 2 controles de
regulación de la vía glucolítica: PFK y FK (la actividad de la F1P aldolasa no
supera la de la FK). En la foto, se ve que entra en la 3º flecha hacia abajo,
por lo que vemos que se salta los dos mecanismos de regulación, entra
todo. “entrada de sustratos en la vía glicolítica.”
La intolerancia a la fructosa se debe a déficit (no es del todo eficaz) de F1P
aldolasa, provocando malfuncionamiento hepático por acumulación de Pi
fuera de la mitocondria.
*Es malo tomar mucha sacarosa (formada por fructosa. Es el azúcar
común). De hecho, en la naturaleza hay pocos disacáridos libres (plátano,
zumo de uva y miel, poco más). No tenemos el cuerpo muy hecho para
tomar azúcares libres (no procesados). Uno de los problemas de hoy en día
es éste: el consumo de azúcares. Hay una gran cantidad de fructosa en
todos los alimentos que tomamos a través de la sacarosa, lo que tiene un
gran peligro.
▪ En el tejido adiposo, la fructosa se fosforila en posición seis por medio de la hexoquinasa dando fructosa 6-fosfato, que
ya es un metabolito de la vía (en este caso, no se salta los controles de la guía glucolítica).
Las salidas de los productos de la vía glucolítica son el ciclo de las pentosasfosfato o la síntesis de glucógeno.
- Cuando hay mucha glucosa en el hígado, la transforma en glucosa 6-fosfato, después en glucosa 1-fosfato, y de ahí a
glucógeno (para almacenar en músculo o hígado) o a otros carbohidratos.
- Otra vía importante es la de las pentosas fosfato, en la que a partir de glucosa 6-fosfato se obtiene NADPH, pentosas, tetrosas
y heptosas.
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Bioquímica y biología molecular
Metabolismo
El 2,3 BP glicerato se une a la Hb y disminuye la afinidad de esta por el oxígeno. Los niveles de 2,3BP glicerato se regulan por la
disponibilidad de oxígeno (altura). El 2,3 BP glicerato se produce por la acción de la BP glicerato mutasa, que convierte el 1,3 BP
glicerato en 2,3 BP glicerato. Este se vuelve a transformar en 3P glicerato por la acción de la 2,3 BP glicerato fosfatasa. La alteración
de la vía glucolítica puede afectar al transporte de oxígeno (ej: déficit de HK o PK).
*La regulación va a ser diferente en cada tejido, sobre todo entre el hígado y el resto.
TRANSPORTADORES
El desplazamiento termodinámicamente favorecido de la glucosa a través de la membrana plasmática de las células animales
aparece mediado por varios transportadores de glucosa de la familia de proteínas llamada GLUT, las cuales constan de una sola
cadena polipeptídica de unos 500 residuos de longitud. Los primeros no los explicó mucho, se fijó más en la tabla.
- GLUT 1 y 3: son los responsables de la captación basal de la glucosa y están presentes en todas las células mamíferas. Sus km
son de 1 mM, está hecho para la glucosa son menores que los niveles normales de glucosa sérica, por tanto, transportan
glucosa de una manera continuada a una velocidad constante. (Km baja). NO LO HA CONTADO TODO.
- GLUT 5: está presente en el intestino delgado y trabaja en serie con el transportador por simporte de Na+-glucosa dentro de
las células epiteliales del intestino. El GLUT 5 de la membrana plasmática en la cara opuesta de las células intestinales libera
glucosa al torrente sanguíneo. (Km ligeramente mas alta que los anteriores). NO LO HA CONTADO TODO.
- GLUT 2: presente en el hígado (es el que recibe la glucosa cuando hay grandes cantidades) y en las células pancreáticas (son
las que detectan los niveles de glucosa). Es esencial porque tiene una km para la glucosa muy elevada (sólo transporte glucosa
cuando hay concentraciones altas, es decir tiene mayor capacidad de transporte que la GLUT1). Por tanto, la velocidad de
entrada de la glucosa en estos tejidos es proporcional a los niveles de glucosa sanguínea. Al poseer la km más elevada, necesita
más glucosa para saturarse. El páncreas puede así percibir el nivel de glucosa y ajustar la tasa de secreción de insulina (es el
sensor). Su elevada km también asegura que la glucosa entre rápidamente en las células hepáticas solo cuando es abundante.
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Bioquímica y biología molecular
Metabolismo
Cuando sube la glucemia, entra más glucosa en páncreas y aumenta la producción de ATP, que bloquea el canal de K+
despolarizando la membrana. Entonces, hay un canal de Ca2+ sensible al voltaje que se abre y entra Ca2+. El Ca2+ lo que hace es
provocar la fusión de las vesículas que tienen insulina con la membrana y se libera insulina.
Las sulfonilureas (antidiabéticos orales no usados ya) se unen a los canales de potasio
dependientes de ATP sobre la membrana celular de las células beta pancreáticas. Ello inhibe el
reflujo hiperpolarizante del ion potasio, causando que el potencial de membrana se vuelva más
positivo. Esta despolarización abre los canales de calcio voltaje dependientes lo que incrementa
la fusión de los gránulos transportadores de insulina con la membrana celular y, finalmente, un
aumento en la secreción de la insulina.
- La hexoquinasa (HK) fosforila la glucosa y tiene un km de 100 μM (es relativamente baja). Se inhibe por glucosa 6-fosfato,
que es el producto de la reacción que cataliza, y se controla por retroalimentación (“feed back”).
Mientras que en las células no hepáticas sólo hay hexoquinasa y se puede recibir una concentración relativamente baja de
glucosa, en hígado, además de la HK, también se expresa la glucoquinasa (GK), que también fosforila a la glucosa. Esta enzima
presenta una km mucho mayor (10 mM). Es decir, necesita una concentración de glucosa más alta para saturarse, lo que ocurre
tras una ingesta rica en carbohidratos. Además, no se inhibe por glucosa 6-fosfato, porque el hígado está obligado a acoger
y administrar toda la glucosa que le llega. Como hemos visto antes, esta glucosa 6-fosfato será metabolizada y desviada por
distintas vías. ES DECIR, EN HÍGADO, LA VÍA GLUCOLÍTICA NO SE VA A INHIBIR SI SE INHIBE LA HK.
De tal manera, como al hígado llega toda la glucosa, ésta entra porque tiene los transportadores, y así puede pasar toda la
glucosa a glucosa-6-fosfato, y dependiendo de la cantidad que haya se mandará a otro sitio.
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Bioquímica y biología molecular
Metabolismo
*NOTA: Recordar fructosa, que es más lipogénica porque se salta toda esta regulación, por lo que tiene cierta toxicidad
metabólica.
En hígado, el enzima se comporta de forma similar a la de músculo en cuanto a regulación alostérica pero además se regula
por fosforilación. En situaciones de concentraciones bajas de glucosa o estrés las hormonas activan la cascada de cAMP y
produciéndose la fosforilación e inactivación de la PK. *La PK en músculo no es fosforilable y en hígado sí.
En músculo no se fosforila porque, si está relajado, el ATP/AMP está alto, entonces inhibe la PK y la fosfofructoquinasa además
aumenta la glucosa 6 fosfato y se inhibe la hexoquinasa, además a partir de la glucosa 6 fosfato se sintetiza el glucógeno. Lo
que regula la vía glucolítica en músculo es el ejercicio.
Por el contrario, cuando el músculo se contrae, el
bajo valor del cociente ATP/AMP activa a la
fosfofructoquinasa que forma la fructosa 1,6-
bisfosfato que a su vez estimula a la
piruvatoquinasa.
*Vemos la regulación en hígado y en músculo. Hígado: en ayunas, glucagón alto e insulina baja. La enzima está fosforilada en
hígado, cortando a la piruvato quinasa. El hígado, de alguna forma, piensa en todos los tejidos y regula esta vía cuando es
necesario, teniendo la fosforilación como medio, y teniendo en cuenta la situación fisiológica del organismo. El músculo solo
piensa en él, y activa la vía cuando se activa con el movimiento. Esto último es independiente de que la glucosa se emplee de
manera aerobia o anaerobia (esto depende del tipo de músculo).
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Bioquímica y biología molecular
Metabolismo
Si hay hipoxia, no hay oxígeno, de forma que la única manera de obtener energía es por medio de la fermentación. El factor de
transcripción HIF 1 aumenta y activa a una serie de enzimas de la vía glucolítica. Esto ocurre cuando un tumor crece porque si no
está irrigado tiene hipoxia por lo que induce la vía glucolítica. Una forma de evitar crecimiento de tumores es inhibir la
angiogénesis, ya que un tumor cuando crece necesita vascularización (NO la inhibición de las enzimas de la vía glucolítica).
*El tumor crece rápidamente, proviene angiogénesis para alimentarse y está comprometido el
aporte de sangre (y, con ello, ven limitado el aporte de oxígeno). Por ello, tienden al metabolismo
anaerobio, y para ello inducen a todas las enzimas de la vía glucolítica.
HIF 1, por un lado, promueve la angiogénesis (aumentar vascularización), y por otra aumenta las
enzimas glucolíticas.
La gente que quiere aumentar su masa muscular hace pocas repeticiones con mucha carga (potencia). Así, el músculo no puede
con el trabajo que está dando, por ello, el músculo se especializa en hacer trabajos intensos pero cortos, el músculo se hace más
glucolítico y menos oxidativo (se le acostumbra a trabajar en hipoxia y de forma anaerobia, obtienen el ATP de fermentación. Saca
menos energía, pero de forma más rápida). En el lado opuesto, tenemos a los corredores de maratón, en los que la vía glucolítica
no funciona tanto, y obtiene energía por metabolismo aeróbio.
*El músculo realiza la vía glucolítica en función SÓLO de la carga energética (de si se tiene que mover o no).
*Los enzimas también se regulan por cantidad: si estás en situación de ayuno prolongado algunos enzimas dejan de sintetizarse.
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Bioquímica y biología molecular
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TEMA 32: CICLO DE KREBS
El ciclo de Krebs o ciclo del ácido cítrico o de los tricarboxílicos (TCA) tiene lugar en la matriz
mitocondrial, salvo un paso que es en la membrana interna. Es una ruta anfibólica, es decir,
puede ser tanto anabólica como catabólica. EL CICLO DE KREBS VA A ESTAR FUNCIONANDO
SIEMPRE.
Al haber presencia de oxígeno, el piruvato formado en la glucólisis va a sufrir una oxidación mayor hasta agua y CO2 en el proceso
de la respiración celular, la cual comprende tres etapas: la glucólisis, el ciclo ácido cítrico y la fosforilación oxidativa.
En condiciones aerobias, el piruvato es transportado al interior de la mitocondria mediante una proteína trasportadora específica,
integrada en la membrana mitocondrial. El acetil-CoA no sólo procede del piruvato, sino que también puede proceder de algunos
aminoácidos y de ácidos grasos. Este ciclo tiene una serie de etapas.
*El acetil-CoA no viene solo de piruvato (esto ocurre cuando hemos comido, viene de hidratos de carbono y va a la síntesis de ácidos
grasos). En condiciones de ayuno puede venir de la degradación de ácidos grasos o aminoácidos (irá a formar cuerpos cetónicos).
DESCARBOXILACIÓN OXIDATIVA
Consiste en la transformación del piruvato en acetil-CoA. Es una reacción alejada del equilibrio, por lo que está muy regulada y
tiene función de motor de la vía. *Esto nos dice que las enzimas que participan en esta reacción serán blanco de regulación para
la vía entera. Fórmula de arriba.
Ocurre en la matriz mitocondrial, donde el piruvato sufre una descarboxilación oxidativa mediante el complejo enzimático
piruvato deshidrogenasa (compuesto por varias proteínas) para dar acetil-CoA. Esta reacción es irreversible, por lo que está muy
regulada, y es la conexión entre la glucólisis y el ciclo de Krebs. (foto recuadro negro de arriba). En procariotas, este proceso se da
en el citosol.
En este proceso el piruvato pierde un grupo carboxilo en forma de CO2, mientras que los dos carbonos restantes se transforman
en el grupo acetilo del acetil-CoA. También se libera un NADH, que tiene como destino la cadena respiratoria (que mediante la
fosforilación oxidativa dará 3 ATP). En este proceso, por tanto, se gasta CoA y NAD+.
El complejo piruvato deshidrogenasa (PDH, muy grande) requiere la acción de tres enzimas diferentes (E1, E2 y E3), así como de
5 coenzimas o grupos protéticos diferentes (solo 2 se convertirán en la reacción, las otras 3 terminan como están, aunque se
transformen en el proceso. Por ello, no aparecen en el balance neto), los cuales provienen de diferentes vitaminas, esenciales en
la nutrición humana, y componentes fundamentales de este sistema:
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Bioquímica y biología molecular
Metabolismo
- Pirofosfato de tiamina (TPP): procede de la vitamina B1 o
tiamina.
- FAD: procede de la vitamina B2 o riboflavina.
- Coenzima A-SH: procede de la vitamina B5, también llamada
ácido pantoténico o pantotenato.
- NAD: procede de la vitamina B9 o nicotinamida.
- Lipoamida (grupo prostético de E2) o lipoato.
*Cada actividad enzimática de la PDH está consituido por varios péptidos y cada una de ellas utilizará diferentes coenzimas (grupos
prostéticos, porque están fuertemente unidos: E1-TTP, E2-lipoato, E3-FAD. (complejo inicial?).
La conversión del piruvato en acetil-CoA se cataliza en etapas que deben estar acopladas (a partir de un complejo inicial descrito
anteriormente):
1. Descarboxilación oxidativa: el piruvato reacciona con el TPP unido al E1, dando lugar al hidroxietil-TPP (E1 coge el carboxilo y
lo une a TPP). Este paso es más lento, y limita la velocidad de la reacción global. Se libera CO2.
2. Oxidación del hidroxietilo: se oxida el grupo hidroxietilo obtenido en el paso anterior, dando lugar a acetato. Los electrones
obtenidos en esta reacción de oxidación reducen el –S-S– de un grupo lipoilo en E2 para dar lugar a dos grupos tiol.
*La E2 transfiere el grupo TTP al ácido lipoico, en forma de acetil (se oxida) y el ác lipoico se reduce. Después, pasa al otro ác.
lipoico, que también se reduce (SH).
3. Formación de acetil-CoA: el acetato se esterifica en primer lugar con uno de los grupos –SH del lipoilo, y a continuación se
transesterifica con el CoA para dar lugar al acetil-CoA. Así, la energía de la oxidación impulsa la formación de un tioéster del
acetato de elevada energía.
*Al final se queda todo igual menos el que está único a E2. Se oxida y por ello se reduce FAD. Esto hay que regenerarlo por lo que
se oxida, reduciendo NAD.
*El enzima no está como al principio porque el ác. lipoico está reducido, se tiene que volver a oxidar (para ello, reduce FAD a FADH2
del E3 y luego se recupera produciendo NADH, gastando NAD+). Por tanto, la última fase se basa en la recuperación de los enzimas
y así tenerlos como al principio.
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Bioquímica y biología molecular
Metabolismo
CICLO DE KREBS
*Tiene todas las enzimas en la matriz menos la succinato hidrogenasa (parte del complejo II, integrada en la membrana).
Una vez obtenido el acetil-CoA, se puede seguir el proceso. El acetil-CoA entrará en el ciclo del ácido cítrico, que es una vía
metabólica cíclica, que tiene una serie de pasos:
1. Formación del citrato: la primera reacción del ciclo es la condensación del acetil- CoA con oxalacetato para dar citrato. Está
catalizada por la citratosintasa. La gran variación negativa de energía libre estándar asociada con la reacción de la citrato-
sintasa resulta esencial para el funcionamiento del ciclo, a consecuencia de la baja concentración de oxalacetato normalmente
presente. En un principio, vemos que el carbono del centro no parece ser quiral (tenemos dos sustituyentes iguales, pero uno
de ellos no encajaría en la enzima, por lo que va a tener una preferencia por un brazo que por otro). Por ello, en la reacción
hemos visto que no solo se distingue entre los isómeros, sino también entre los brazos o sustituyentes. *
2. Formación de isocitrato vía cis- aconitato: el citrato e isocitrato son isómeros, que varían en la posición de un –OH, pasando
del C2 al C3 en el isocitrato. El enzima aconitasa cataliza la transformación reversible del citrato en isocitrato, a través de la
formación intermedia de cis-aconitato. La isomerización del citrato se consigue mediante una etapa de deshidratación seguida
por una hidratación (ambos catalizados por la aconitasa). Es decir, se forma un doble enlace, y al volver al añadir agua el -OH
pasa de la posición central a un extremo.
*El citrato es una molécula proquiral, es decir, es simétrica, pero que no lo parece tras la unión a la superficie asimétrica de un
enzima, o tras un cambio similar en uno de sus grupos equivalentes. (se descubrió tras marcar el acetato con C14).
El enzima (aconitasa) une al sustrato en tres o más puntos. Solo puede unir al sustrato en una dirección, encaja de una forma
determinada. La unión de la aconitasa al citrato, en tres o más lugares, hace que no sean equivalentes los dos grupos carboxilo,
aunque el citrato en una molécula simétrica. De esta forma solo está permitida la forma estereoquímica, la ruta de la izquierda.
Es decir, siempre se pone en el de abajo y nunca en el que proviene del acetil-CoA. MAS FOTOS DIAPOSSS
3. Oxidación del isocitrato a α-cetoglutarato y CO2: reacción catalizada por isocitrato deshidrogenasa (descarboxilación
oxidativa). Hay dos formas diferentes de isocitrato deshidrogenasa en todas las células, una de las cuales requiere NAD como
aceptor de electrones, mientras la otra requiere NADP. Ambas se encargan del transporte de electrones a la cadena
respiratoria. Se libera CO2. GENERAMOS NADH.
4. Oxidación del α-cetoglutarato a succinil-CoA y CO2: este paso es otra descarboxilación oxidativa. Está catalizada por el
complejo de la α-cetoglutarato deshidrogenasa. El NAD es el aceptor de los electrones (se reduce). Entra CoA (Y FORMA UN
ENLACE RICO EN ENERGÍA) y sale CO2.
5. Conversión de succinil-CoA en succinato: el succinil-CoA tiene un enlace tioéster con una energía libre estándar de hidrólisis
altamente negativa. Así, la energía liberada en la rotura de este enlace se utiliza para promover la síntesis de ATP. En el
proceso se forma succinato. Esta reacción es reversible y está catalizada por la succinil-CoA sintetasa. Se libera el CoA, y se
produce una fosforilación a nivel de sutrato.
6. Oxidación de succinato a fumarato: el succinato es oxidado a fumarato por la flavoproteína succinato deshidrogenasa (es la
única enzima que está en la matriz interna, acoplada al complejo II de la cadena de transporte electrónico, por lo que le pasa
a éste directamente los electrones). Los electrones liberados son recogidos por FAD. OBTENEMOS FADH2. HACEMOS UN
DOBLE ENLACE
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Bioquímica y biología molecular
Metabolismo
7. Hidratación del fumarato a malato: es una reacción reversible, y está catalizada por la fumarasa, que es un enzima altamente
específico.
8. Oxidación de malato a oxalacetato: la malato deshidrogenasa, ligada a NAD cataliza este último paso (LIBERA NADH). En
condiciones estándar, esta reacción está desplazada hacia la izquierda, pero en células intactas el oxalacetato es eliminado
continuamente por la reacción de la citrato sintasa (primera etapa del ciclo).
En cada vuelta del ciclo se produce la entrada de un grupo acetilo, que tiene 2 átomos de carbono,
en forma de acetil-CoA, y la salida de 2 moléculas de carbono en forma de CO2. También, en cada
vuelta, se utiliza una molécula de oxalacetato para formar citrato y se regenera en una molécula de
oxalacetato.
Tiene que haber un aporte neto: si entran 4 carbonos y salen 2, y los otros dos que sobran se utilizan
para la formación de glucosa. El balance global es que, por cada acetil-CoA que entra en el ciclo, se
obtienen tres NADH, un FADH2 y un GTP (ATP). FOTO DERECHA.
*A partir de acetil-CoA no se puede formar glucosa, tiene que ser a partir de oxalacetato. MÁS ADELANTE. Siempre va a haber
Acetil-CoA para que se den todos estos procesos. En alimentación habrá vías de salida, mientras que en ayuno tendremos que
obtener el Acetil-Coa de otros medios.
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Bioquímica y biología molecular
Metabolismo
REGULACIÓN DE LA PIRUVATO DESHIDROGENASA
*Enzima regulada por fosforilación. Desfosforilada es activa, fosforilada es
inactiva. Por tanto, se regulará por la piruvato deshirogenasa quinasa y piruvato
deshidrogenasa fosfatasa.
La falta de TPP produce beri-beri, ya que el sistema nervioso lo necesita para que la PDH siga funcionando, ya que solo utiliza la
vía aerobia.
El paso de piruvato a acetil-CoA está estrictamente regulado mediante el control de la PDH, que se regula alostéricamente. La PDH
se inhibe mediante altas concentraciones del producto de reacción, es decir, el acetil-CoA y el NADH.
En condiciones de reposo no hay demandas significativas de energía. En consecuencia, las relaciones entre NADH/NAD+ acetil-
CoA/CoA y ATP serán elevadas. Estas relaciones promueven la fosforilación y por tanto la inactivación de la PDH. Es decir, altas
concentraciones de NADH, acetil-CoA y ATP inhiben la actividad.
Por otro lado, cuando comienza el ejercicio o en una situación de ayuno, las concentraciones de ADP y piruvato aumentan a
medida que se consume ATP y la glucosa se convierte en piruvato para satisfacer las necesidades energéticas. El ADP y el piruvato
activan la PDH al inhibir la quinasa (que había parado el proceso).
*HIGADO En alimentación, esta enzima estará desfosforilada. Necesitamos Aceti-CoA para generar ácidos grasos por el exceso de
hidratos de carbono. La insulina será alta. El calcio también puede activarlo.
En ayunas, insulina baja, desfosforila fosfatasa y usa hidratos de carbono para metabolizar Acetil-CoA.
MÚSCULO: trabajando, ATP bajo. Cuando se activa sube calcio. En reposo, el ATP sube, no se gasta, tampoco se gasta NADH y se
inhibe piruvato deshidrogenasa.
EXAMEN. Circunstancias como ayuno, comida, estrés (LA INSULINA IMPERA MÁS QUE LA SITUACIÓN DE ALIMENTACIÓN O NO)…
tenemos que saber que enzimas están activas y cómo se activan. También si algún metabolito funciona como regulador alostérico.
También veremos algún caso de diabetes.
*Alimentación con hidratos de carbono completa insulina baja, glucagón alto. En ayuno, al revés. Por lógica, en ayunas, en hígado
la vía glucolítica no funciona (al revés, tiene que hacer gluconeogénesis). Por tanto, en cualquier enzima de la vía glucolítica en
ayunas va a estar inactiva. La fosfofructoquinasa, por ejemplo, estaría inactiva por la misma lógica. En alimentación, Piruvato
deshidrogenasa activa.
*Piruvato deshidrogenasa muscular en alimentación esta activa o no? Pues depende de la actividad.
*fosfofructoquinasa-2 hepática fosforilada en estado de ayuno: VERDAD. es la que transforma la fructosa 2 en F 2-6. En ayunas
está fosforilada, para que no se siga la vía glucolítica.
La variación de NADH es más determinante en músculo que en hígado, porque es lo que viene determinado por la actividad ¿?
*Ejemplo de la adrenalina: imaginando que estamos en la playa recién comidos. En caso de tsunami, hay una urgencia de salir
corriendo y se potenciaría la síntesis (como si estuviéramos en ayunas).
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Bioquímica y biología molecular
Metabolismo
- El primer sitio de control es la isocitrato deshidrogenasa. En enzima es estimulado por el ADP, el cual aumenta la afinidad
del enzima por sus sustratos. Por el contrario, el ATP y el NADH resultan inhibidores.
- Otro punto de regulación es la α-cetoglutarato deshidrogenasa. Esta enzima se inhibe por el succinil-CoA y el NADH. También
se inhibe por una carga energética alta.
*Hay 3 reacciones en el ciclo que están muy desplazadas y son muy negativas (ver tabla diapos): son reacciones reguladoras de
ciclo. Estas son las mencionadas anteriormente, junto con la citrato sintasa. Esta última es una reacción irreversible. En situaciones
de ayuno, el paso tiene que estar inhibido porque hace falta hacer gluconeogénesis a partir de piruvato. En las otras dos enzimas
el NADH inhibe porque es producto del ciclo, y el oxalacetato haría feedback también para regular. Además, en músculo el Ca+2
puede activar a las deshidrogenasas, es decir, se regula en función de la actividad de este.
*En alimentación, parte del citrato sale para sintetizar ácidos grasos.
Para la gluconeogénesis se parte de oxalacetato (vienen de los aminoácidos que se degradan). En ayuno además de lipolisis
también tiene lugar la proteólisis, que introduce aminoácidos a distintos niveles.
La grasa no se transforma en glucosa, ya que por la oxidación da acetil-CoA. Por ello se requieren proteínas. No somos capaces de
fabricar hidratos de carbono a partir de ácidos grasos, pero sí a partir de proteínas. En ayunas, la gluconeogénesis está dada por
la ruptura de proteínas. Los ácidos grasos, por el contrario dan energía directa, pero como la glucosa es necesaria para el cerebro,
siempre hay que romper proteínas para dar glucosa (la grasas no sirven), por lo que en dietas hipograsas se pierde proteína
también, a no ser que sean suplementadas (en cuyo caso generará una acidosis pero bueno).
Cuando estamos en ayunas, el glucógeno se rompe para dar glucosa pero antes de que se acabe, se crea glucosa de novo a partir
de proteínas.
Cuando se inhibe la isocitrato deshidrogenasa se acumula citrato, que puede transportarse al citoplasma y servir como fuente
de acetil-CoA para la síntesis de ácidos grasos.
El α-cetoglutarato que se acumula cuando se inhibe la α-cetoglutarato deshidrogenasa puede utilizarse como precursor de varios
aminoácidos y bases púricas.
De ahí que el ciclo de Krebs tenga un papel anaplerótico, ya que participa tanto en las vías anabólicas como catabólicas. Por lo
tanto, el ciclo de Krebs funciona siempre, tanto si tenemos mucha energía como en situaciones de ayuno.
Sin embargo, hay organismos capaces de transformar las grasas en glucosas. Entre ellos están las bacterias y las plantas. Por
ejemplo, una semilla tiene mucha grasa, y cuando germina necesita glucosa para formar la celulosa (polímero cuya unidad de
repetición es la glucosa). Para ello, a partir de los ácidos grasos crea glucosa, mediante un ciclo llamado ciclo del glioxilato. (Entran
dos de acetil-coa en vez de una, de manera que el gliosilato coge esa extra de acetil coa para dar malato y así lleva a carbohidratos
(dibujo 2). Es por ello por lo que cuando las semillas (que son grasas) germinan, dan hidratos de carbono.
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Bioquímica y biología molecular
Metabolismo
La variación del ciclo de Krebs con respecto al ciclo del glioxilato se da en el paso 3. En este paso del ciclo nos encontramos a la
isocitrato liasa, que rompe el isocitrato en glioxilato y succinato. Después entra otro acetil-CoA, que se condensa con el glioxilato
para dar malato, que posteriormente se oxida a oxalacetato para comenzar de nuevo el ciclo.
Cada vuelta del ciclo del glioxilato consume 2 moléculas de acetil-CoA y produce una molécula de succinato, disponible para fines
biosintéticos. Sin embargo, los vertebrados no tenemos enzimas específicas para este ciclo.
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Bioquímica y biología molecular
Metabolismo
TEMA 33: FOFORILACIÓN OXIDATIVA
La fosforilación oxidativa es la síntesis de ATP acoplada a un gradiente electroquímico de protones (teoría quimiosmótica). Este
proceso comienza con la entrada de electrones en la cadena respiratoria. La mayor parte de dichos electrones provienen de la
acción de deshidrogenasas, que captan electrones de vías catabólicas y los canalizan hacia aceptores universales de electrones:
nucleótidos de nicotinamida (NAD+ o NADPH) o nucleótidos de flavina (FMN o FAD).
*La teoría explica el acoplamiento de la oxidación de NADH a la fosforilación de ADP. Veremos que el NADH o FADH2 se va a oxidar
poco a poco, ya que los electrones van pasando de un lado a otro. Los protones salen, y como además llevan carga, se crea un
gradiente electroquímico.
*Esto explica por qué si cojo una mitocondria y la pongo en un medio ligeramente más ácido produce ATP: porque generamos
artificialmente un gradiente.
Esta etapa es el destino final del piruvato en presencia de oxígeno, por lo que podemos afirmar que la fosforilación oxidativa tiene
una función catabólica, debido a que por la degradación de moléculas complejas en otras más simples obtenemos energía.
CATABOLISMO GLUCÍDICO
La glucólisis es una vía por la que una molécula de glucosa da lugar a dos de piruvato. El ciclo de Krebs es una vía cíclica en la que
se desprenden CO2 y coenzimas reducidas, las cuales provocan ese gradiente electroquímico para la fosforilación oxidativa.
MITOCONDRIAS
La mitocondria es un orgánulo celular que posee sus propios ribosomas y un ADN circular cerrado, que dependiendo de la especie
es más o menos extenso. En el genoma mitocondrial del ser humano están codificados dos ARNr mitocondriales, 22 ARNt y 13
proteínas que participan en la fosforilación oxidativa.
FUENTES DE ACETIL-COA
Para la obtención de acetil-CoA no solo existe en la ruta del piruvato, sino que también lo obtenemos mediante la desaminación
y descarboxilación de aminoácidos y la pérdida de electrones de los ácidos grasos. Los aminoácidos también sufren pérdida de
electrones para producir acetil-CoA.
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Bioquímica y biología molecular
Metabolismo
TRANSPORTE DE ELECTRONES EN LA CADENA RESPIRATORIA (por encima)
La cadena respiratoria mitocondrial consta de una serie de transportadores electrónicos que actúan secuencialmente. La mayoría
de ellos son proteínas integrales con grupos prostéticos capaces de aceptar y ceder uno o dos electrones.
COMPLEJOS EN LA FOSFORILACIÓN OXIDATIVA (NO HA EXPLICADO NINGUNO TAL CUAL, FIJARSE EN LAS FOTOS)
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Bioquímica y biología molecular
Metabolismo
COMPLEJO I: NADH A UBIQUINONA
También llamado NADH-ubiquinona oxidorreductasa o NADH
deshidrogenasa. Es un enzima muy grande, que contiene FMN y centros
ferro-sulfatados. Cataliza dos procesos simultáneos y acoplados.
El amital (barbiturato), la rotenona (insecticida) y el antibiótico piericidina A inhiben el flujo electrónico desde los centros Fe-S
del complejo I a la ubiquinona, con el consecuente bloqueo global del proceso.
El ubiquinol (QH2) difunde por la membrana mitocondrial interna desde el complejo I al complejo III, donde se oxida a Q en un
proceso acompañado de la salida de protones al exterior.
El NADH cede dos electrones, que recoge el FMN que se los pasa a las proteínas con Fe-S, y estas a la ubiquinona, que se convierte
en QH2, que va al complejo III. Se bombean 4 H+.
*Este complejo se encarga de oxidar el NADH para pasar esos dos electrones al FMN, reduciéndolo a FMNH2. Este, a su vez, se los
va a pasar a unas proteínas que contienen hierro y azufres (hay muchas de ellas). estas dan los e- a la coenzima Q, que coge
protones y forma QH2. mientras; se bombean protones de la matriz al espacio transmembrana. VER REACCIÓN GLOBAL DEL
DIBUJO.
También llamado citocromo C oxidasa. Acopla la transferencia de electrones desde el ubiquinol al citocromo c, con el transporte
vectorial de protones de la matriz al espacio intermembrana.
La unidad funcional de este complejo es un dímero con las dos subunidades del citocromo b, rodeando una caverna en el centro
de la membrana, en la que la ubiquinona tiene libertad para moverse desde el lado de la matriz de la membrana al espacio
intermembrana a medida que lanza electrones y protones a través de la membrana interna.
El ubiquinol (QH2) se oxida a Q, al tiempo que se reducen dos moléculas de citocromo c, que es una proteína soluble del espacio
intermembrana. Después de que su único sitio hemo acepte un electrón del complejo III, el citocromo c se desplaza al complejo
IV para ceder el electrón a un centro de cobre binuclear. Se bombean protones.
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Bioquímica y biología molecular
Metabolismo
*Llega QH2 y pasa los electrones al citocromo c,
reduciéndolo. La coenzima Q, por tanto, se regenera.
Por cada NADH se obtienen 3 ATP, y por cada FADH se obtienen 2 ATP, ya que éste último se salta un paso (los FADH entran en el
complejo II).
Inhibidores: sustancias que inhiben a los complejos. Por ejemplo, la rotenona o el amytal (barbitúrico) para el I; actinomicina para
el III; y cianuro o monóxido de carbono para el IV. Provocan que se bloquee la cadena de transporte electrónico, por lo que no hay
ATP Y las células mueren. Tiene, por tanto, un interés forense.
Un desacoplante es una molécula que permite el flujo de electrones por la cadena de transporte electrónico, pero disminuye la
síntesis de ATP. Esto se debe a que destruye o contrarresta el gradiente electroquímico de protones. Un ejemplo es el dinitrofenol
(DNP, desacoplante químico), el cual hace que pasen los protones a través de la membrana sin pasar por la ATPsintasa,
perdiéndose la energía en forma de calor. En un principio, se usaba el DNP para adelgazar o para que los soldados no pasasen frio.
*También hay otras sustancias capaces de inhibir la ATPsintasa. *Los desacomplantes se han empleado como herbicidas.
Otra forma de inhibir el proceso es afectando al NADH y al FADH2, puesto que si no se pueden oxidar no se puede dar el transporte
de electrones.
Otro desacoplante (en este caso, fisiológico) es una proteína que se localiza en las mitocondrias del tejido adiposo marrón (BAT),
la termogenina o UCP, que proporciona un paso para que los protones vuelvan a la matriz, sin pasar por el complejo F0F1
(ATPsintasa). Estas mitocondrias son iguales que las demás, a excepción de que tienen esta proteína particular en su membrana
interna. Son proteínas que disipan calor de forma fisiológica.
Esto es importante en músculo, además de en BAT, tejidos en los que se expresa UCP1. Estas
proteínas tienen relevancia en ciertos animales: roedores y animales que hibernan. Los ratones
pierden calor muy fácilmente, por lo que BAT es muy importante para mantener su temperatura.
Respecto a los que hibernan, estos animales tienen mucho BAT (comen mucho antes de hibernar).
En el caso de los humanos, los recién nacidos presentan bastante tejido adiposo marrón y este va
desapareciendo cuando crece. Se ha descubierto que, ante el frio, hay zonas de este tejido que se
expresaban. En estas zonas aumentaba el catabolismo y aparecen las UCP. Es decir, se vio que
teníamos un BAT inducible, por lo que se comenzó a investigar en cómo activarlo para reducir la
obesidad. Otros describen el conocido como tejido adiposo beige/brite, que se encuentra en tejido
adiposo blanco/subcutáneo. Algunos dicen que en el tejido subcutáneo hay células madre y que,
en situaciones de frio, se diferencian a tejido beige; mientras que otros dicen que estas mismas
células blancas se transdiferencian en beige. Lo que se busca es que se produzca esta
diferenciación/transdiferenciación/activación para equilibrar el balance energético de las personas obesas.
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Bioquímica y biología molecular
Metabolismo
Los desacoplantes son utilizados en herbicidas, fungicidas e incluso como agente para favorecer la pérdida de peso o para resistir
el frío (pese a su toxicidad). Algunos ejemplos son el 2,4-dinitrofenol, la rotenona, el amital (inhibe la NADH-Q oxidorreductasa),
la antimicina A (inhibe la Q-citocromo oxidorreductasa), el cianuro, el CO (ambos inhiben la citocromo c oxidasa).
- La lanzadera del malato – aspartato es la lanzadera de NADH más activa. Los equivalentes de reducción del NADH citosólico
(proviene de la vía glucolítica) se transfieren en primer lugar al oxalacetato citosólico, obteniéndose malato por acción de la
malato DH citosólica. El malato pasa a través de la membrana interna mediante el sistema de transporte del malato - α-
cetoglutarato.
Dentro de la matriz, los equivalentes de reducción pasan
por la acción de la malato DH al NAD+ formando NADH, que
puede pasar electrones de forma directa a la cadena
respiratoria. En el paso de este par de electrones al oxígeno
se generan unas 3 moléculas de ATP.
El α-cetoglutarato citosólico se trasforma en oxalacetato a
la vez que se transforma aspartato en glutamato. En la
matriz, el oxalacetato pasa a α- cetoglutarato a la vez que
el glutamato a aspartato, y asó se regulan.
*Lo que ocurre es que se oxida NADH en el citoplasma y se reduce uno en la matriz, sin que pase como tal (ejemplo de la
transferencia bancaria). FIJARSE MAS EN EL DIBUJO QUE EN OTRA COSA.
Balance energético: Se obtienen 24 ATP en el ciclo de Krebs (12 por cada acetil-CoA), 6 ATP por el paso de piruvato a acetil-CoA,
2 ATP directos en la glucólisis (fosforilación a nivel de sustrato, dando piruvato) y 2 NADH, que pueden producir 4, 5 o 6 ATP.
Al quemar una molécula de glucosa podemos obtener 36 ATP si entran los NADH por la lanzadera de glicerol; 37 ATP si cada
molécula entra por una lanzadera distinta; o 38 ATP, si entran las dos moléculas de NADH por la lanzadera malato– aspartato.
Mediante la ATP-ADP translocasa, la mitocondria puede coger ADP del citoplasma, transformarlo en ATP, y liberarlo al mismo. Es
un intercambio de uno por otro.
[ El ATP se sintetiza en la mitocondria, pero se gasta en todos los lugares, por lo cual tiene que salir de la misma mediante la ATP-
ADP translocasa. Es una translocasa porque no saca un ATP, si no ha metido un ADP (influye en el metabolismo). ]
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Bioquímica y biología molecular
Metabolismo
ENFERMEDADES MITOCONDRIALES
Hay algunas enfermedades asociadas a las mitocondrias, en especial, a la cadena transportadora de electrones, como la
neuropatía óptica hereditaria de Leber (LHON), que afecta al sistema nervioso central, incluyendo los nervios ópticos, causando
pérdida de visión bilateral al principio de la adolescencia. Esta enfermedad se debe a un cambio de Arg por His en el complejo I.
Esta enfermedad es heredada fundamentalmente de la madre (las mitocondrias se heredan por vía materna).
Por otro lado, también tenemos el estrés oxidativo es una enfermedad mitocondrial. Existen derivados tóxicos del oxígeno
molecular, como ROS, especies reactivas de O2. Éstos hacen que solo se transfiera un electrón, y tiene consecuencias:
Reacciones para eliminar radicales libres: 2𝑂2− + 𝐻+ → 𝑂2 + 𝐻2𝑂2 (𝑠𝑢𝑝𝑒𝑟ó𝑥𝑖𝑑𝑜 𝑑𝑖𝑠𝑚𝑢𝑡𝑎𝑠𝑎) ; 𝐻2𝑂2 → 𝑂2 + 2𝐻2𝑂 (𝑐𝑎𝑡𝑎𝑙𝑎𝑠𝑎).
A partir de estos se generan también H2O2 y el radical hidroxilo HO-. Todos son muy reactivos, alterando moléculas y causando
daño en las estructuras y en las funciones de la célula.
La ROS son necesarias, pero no pueden sobrepasar los límites, ya que producen el estrés oxidativo.
[Nuestra maquinaria molecular no es perfecta, y cuando los electrones van al oxígeno para formar agua, en ocasiones no forma siempre agua.
Si solo coge un electron puede dar un anion superoxido, o también se puede producir un peróxido (son especias reactivas del oxígeno). Hay
encimas como la superóxido dismutasa que forma agua oxigenada o la catalasa que vuelve a transformar esta agua oxigenada en agua normal.
El propio metabolismo nos va “oxidando”, ya que siempre queda algo. Es por ello por lo que “envejecemos”. Ls encimas ROS palían de alguna
manera la aparición de las especies reactivas del oxígeno. El etrés agudo puede ser más o menos agudo en función de las cirunstancias fisiológicas.
Hoy en día se sabe que el estrés oxidativo se relaciona con muchísimas enfermedades caridovasculares, metabólicas, o relacionadas con el
metabolismo (enfermedades crónicas)].
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Bioquímica y biología molecular
Metabolismo
TEMA 34: GLUCONEOGÉNESIS. SÍNTESIS DE GLUCOSA
La gluconeogénesis es la síntesis de glucosa de novo. Tiene lugar porque el glucógeno hepático no es infinito, y hay células que
necesitan glucosa para llevar a cabo sus funciones. Esta vía pretende asegurar el suministro de glucosa en períodos de ayuno
prolongado a los eritrocitos y al cerebro (sistema nervioso central). Tiene lugar principalmente en el hígado, y en menor medida
en los riñones. *La gluconeogénesis se da incluso antes de que se nos acabe el glucógeno hepático, debido a que hay un gran riesgo
si hay un nivel bajo de glucemia: para algunas células, esta es su única fuente.
Por otro lado, está la glucogenolisis, que es la ruptura de glucógeno para obtener glucosa, que no es lo mismo que la
gluconeogénesis, y solo tiene lugar cuando hay alimentación y disponemos de glucógeno.
En mamíferos, algunos tejidos dependen casi por completo de la glucosa para la producción de energía
metabólica. En los períodos en los que el suministro de glucosa a partir de los depósitos de glucógeno en
el músculo e hígado no es suficiente, los organismos necesitan un método para sintetizar glucosa a partir
de precursores no glucídicos. Esto se consigue gracias a la gluconeogénesis, que convierte el piruvato y
compuestos relacionados de 3 o 4 carbonos en glucosa.
*La síntesis de glucosa va a ser más costosa. *La vía glucolítica es enteramente citosólica, mientras que la
gluconeogénica es en parte mitocondrial.
La gluconeogénesis tiene lugar en el hígado, y en menor extensión en la corteza renal. Ambas tienen la
glucosa 6-fosfatasa*, que hacen que la glucosa esté libre de carga para que pueda entrar en la vía, además
del resto de enzimas que componen la vía. Por tanto, estos tejidos serán los que aporten glucosa en estados
de ayuno y reposo. MÚSCULO NO. En riñón no se capta tanta glucosa como en hígado.
*la glucosa 6-fosfatasa está unida a la membrana del retículo y está estabilizada por una proteína que une
calcio (SP), por lo que esta transformación tiene lugar en el dicho orgánulo. en el proceso intervienen
también los transportadores T1, T2 y T3. (Para que la glucosa salga tienen que hacerlo sin el fosfato).
La glucosa producida pasa a la sangre para abastecer a otros tejidos. Otros tejidos, como la glándula
mamaria, pueden sintetizar glucosa, pero no es transportada a otros tejidos.
Las fuentes de esta vía pueden ser el glicerol, el lactato y algunos aminoácidos. Fructosa, galactosa y
manosa también pueden ser gluconeogenéticas, haciendo que estos azúcares entrasen en la vía glucolítica
y luego la gluconeogénesis.
Después de un ejercicio prolongado, el lactato producido por la glucólisis anaeróbica en el músculo esquelético vuelve al hígado
y se convierte en glucosa, que vuelve de nuevo al músculo y se convierte en glucógeno, en un circuito denominado ciclo de Cori.
La gluconeogénesis y la glucólisis no son rutas idénticas que ocurren en direcciones opuestas, aunque comparten varios pasos.
Es decir, LA GLUCONEOGÉNESIS NO ES UNA MERA INVERSIÓN DE LA VÍA GLUCOLÍTICA. Siete de las diez reacciones enzimáticas de
la gluconeogénesis son la inversa de las reacciones glucolíticas. Sin embargo, hay tres reacciones de las glucólisis que son
irreversibles y no pueden utilizarse en la gluconeogénesis:
En las células, estas tres reacciones se caracterizan por una gran variación negativa de energía libre ΔG, mientras que otras
reacciones glucolíticas tienen una ΔG próxima a 0, por eso son irreversibles.
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Bioquímica y biología molecular
Metabolismo
En la gluconeogénesis, estos tres pasos irreversibles se rodean mediante un conjunto
diferente de enzimas que catalizan reacciones que son lo bastante exergónicas como
para ser irreversibles en la dirección de síntesis de glucosa. De este modo, tanto la
glucólisis como la gluconeogénesis son procesos irreversibles en las células.
*la síntesis de glucosa va a gastar bastante ATP (pero tenemos que hacerlo porque si
no morimos). Además, esta ruta está compartimentada, no ocurre al 100% en el citosol
como la glucolisis, sino que una parte se realiza en la mitocondria. el esqueleto
carbonado procede de los aminoácidos, y también puede participar el glicerol. (En
ayuno o ejercicio, se rompen lípidos y se convierten en ácidos grasos y glicerol. esto se
podrá usar para la glucosa en hígado.
COMPARTIMENTACIÓN DE LA VÍA
*En cobayas y humanos existen dos PEPCK (citosólica y mitocondrial), mientras que en
paloma y conejo solo existe la mitocondrial. En ratón y rata es mayoritariamente
citosólica.
En cualquiera de las dos rutas, el piruvato tiene que entrar a la mitocondria y transformarse en oxalacetato.
Las tres reacciones en las que difiere de la glucólisis son las siguientes: NO LO DIO TAL CUAAAAL
Rodeo I: se produce la conversión del piruvato en fosfoenolpiruvato, y requiere dos reacciones exergónicas, es decir, se realizan
de forma compartimentada. La primera reacción de rodeo en la gluconeogénesis es la conversión del piruvato en
fosfoenolpiruvato (PEP).
La fosforilación del piruvato se consigue mediante una secuencia de reacciones de rodeo que requiere enzimas tanto del citosol
como de la mitocondria. Existen dos rutas:
El piruvato es transportado desde el citosol a la mitocondria, o se genera dentro de la mitocondria por transaminación de la
alanina. A continuación, la piruvato carboxilasa (enzima mitocondrial que requiere el coenzima biotina) convierte el piruvato
en oxalacetato: 𝑃𝑖𝑟𝑢𝑣𝑎𝑡𝑜 + 𝐻𝐶𝑂−3 → 𝑂𝑥𝑎𝑙𝑎𝑐𝑒𝑡𝑎𝑡𝑜 + 𝐴𝐷𝑃 + 𝑃𝑖
La reacción utiliza biotina como transportador de HCO-3 activado. La piruvato carboxilasa es el primer enzima regulador en la
ruta.
Debido a que la membrana mitocondrial no tiene transportador de oxalacetato, antes de ser exportado al citosol, el
oxalacetato formado a partir del piruvato debe ser reducido a malato, mediante la malato deshidrogenasa mitocondrial, a
expensas de ATP: 𝑂𝑥𝑎𝑙𝑎𝑐𝑒𝑡𝑎𝑡𝑜 + 𝑁𝐴𝐷𝐻 + 𝐻+ ↔ 𝑀𝑎𝑙𝑎𝑡𝑜 + 𝑁𝐴𝐷+
El malato abandona la mitocondria gracias a un transportador específico de la membrana mitocondrial interna, y en el citosol
el malato se reoxida a oxalacetato, con producción de NADH citosólico: 𝑀𝑎𝑙𝑎𝑡𝑜 + 𝑁𝐴𝐷+ → 𝑂𝑥𝑎𝑙𝑎𝑐𝑒𝑡𝑎𝑡𝑜 + 𝑁𝐴𝐷𝐻 + 𝐻+
El oxalacetato es convertido entonces en PEP (fosfoenolpiruvato) por el enzima fosfoenolpiruvato carboxiquinasa. Esta
reacción es dependiente de Mg2+, y requiere GTP como dador de grupo fosforilo: 𝑂𝑥𝑎𝑙𝑎𝑐𝑒𝑡𝑎𝑡𝑜 + 𝐺𝑇𝑃 → 𝑃𝐸𝑃 + 𝐶𝑂2 + 𝐺𝐷𝑃
De esta manera, la reacción global que tiene lugar es: 𝑃𝑖𝑟𝑢𝑣𝑎𝑡𝑜 + 𝐴𝑇𝑃 + 𝐺𝑇𝑃 + 𝐻𝐶𝑂−3 → 𝑃𝐸𝑃 + 𝐴𝐷𝑃 + 𝐺𝐷𝑃 + 𝑃𝑖 + 𝐶𝑂2
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Bioquímica y biología molecular
Metabolismo
- La que predomina cuando el precursor es el lactato.
La segunda reacción glucolítica que no puede participar en la glu coneogénesis es la fosforilación de la fructosa 6-fosfato por la
PFK-1. La generación de fructosa 6- fosfato está catalizada por una enzima diferente, la fructosa 1,6bifosfatasa (FBPasa- 1),
dependiente de Mg2+, y que promueve la hidrólisis prácticamente irreversible del fosfato en C1. No hay transferencia del grupo
fosforilo liberado al ADP.
𝑭𝒓𝒖𝒄𝒕𝒐𝒔𝒂 𝟏, 𝟔 − 𝒃𝒊𝒇𝒐𝒔𝒇𝒂𝒕𝒐 + 𝑯𝟐𝑶 → 𝑭𝒓𝒖𝒄𝒕𝒐𝒔𝒂 𝟔 − 𝒇𝒐𝒔𝒇𝒂𝒕𝒐 + 𝑷𝒊
El tercer rodeo es la reacción final de la gluconeogénesis, la desfosforilación de la glucosa 6-fosfato para producir glucosa. La
reacción inversa de la hexoquinasa requeriría la transferencia de un grupo fosforilo desde la glucosa 6-fosfato al ADP para dar
ATP, lo que es una reacción energéticamente desfavorable.
La reacción es catalizada por la glucosa 6-fosfatasa, y no requiere la síntesis de ATP, sino que es una simple hidrólisis de un éster
fosfato: 𝑮𝒍𝒖𝒄𝒐𝒔𝒂 𝟔 − 𝒇𝒐𝒔𝒇𝒂𝒕𝒐 + 𝑯𝟐𝑶 → 𝑭𝒓𝒖𝒄𝒕𝒐𝒔𝒂 𝟔 − 𝒇𝒐𝒔𝒇𝒂𝒕𝒐 + 𝑷𝒊
Este enzima, activado por Mg2+, se encuentra en la cara luminal del retículo
endoplasmático de los hepatocitos y de las células renales, que es donde tiene
lugar esta vía. Una vez producida la glucosa en estas células, se envía al músculo y
al cerebro, ya que no la pueden fabricar.
𝟐 𝑷𝒊𝒓𝒖𝒗𝒂𝒕𝒐 + 𝟒𝑨𝑻𝑷 + 𝟐𝑮𝑻𝑷 + 𝟐𝑵𝑨𝑫𝑯 + 𝟐𝑯+ + 𝟐𝑯𝟐𝑶 → 𝟏 𝑮𝒍𝒖𝒄𝒐𝒔𝒂 + 𝟒𝑨𝑫𝑷 + 𝟐𝑮𝑫𝑷 + 𝟔𝑷𝒊 + 𝟐𝑵𝑨𝑫+
Por cada molécula de glucosa formada a partir del piruvato, se requieren 6 grupos fosfato de alta energía, de los cuales 4 provienen
del ATP y 2 del GTP. Además, se necesitan 2 moléculas de NADH.
SUSTRATOS GLUCONEOGÉNICOS
Los precursores de la gluconeogénesis no glucídicos entran en la vía principalmente a nivel del piruvato, oxalacetato y
dihidroxiacetona fosfato. Los precursores más importantes son el lactato, los aminoácidos y el glicerol.
- Aminoácidos: derivan de las proteínas de la dieta y, durante el ayuno, de la destrucción de proteínas del músculo esquelético.
Los átomos de carbono de la mayoría de los aminoácidos procedentes de las proteínas se convierten en último término en
piruvato, o en intermediarios del ciclo del ácido cítrico (ciclo de Krebs).
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Bioquímica y biología molecular
Metabolismo
*Por otro lado, los aminoácidos pueden entrar en diferentes niveles del ciclo de
Krebs, y al entrar más de 2 podemos sacar oxalacetato para la síntesis de glucosa.
El destino del esqueleto carbonatado de los aminoácidos es la gluconeogénesis o
la cetogénesis.
- Lactato: se forma en el músculo esquelético activo, cuando la velocidad de la glucólisis supera a la velocidad metabólica del
ciclo de Krebs y de la cadena respiratoria. Se produce mucho piruvato, de forma que parte se degrada sin presencia de
oxígeno. El lactato es mejor sustrato que el piruvato:
*Cuando se utiliza el lactato, el oxalacetato sale como aspartato y no se gasta NADH mitocondrial (al contrario que cuando se
usa piruvato: la salida de oxalacetato se da a través de malato, consumiendo NADH). Lactato → piruvato, NADH se regenera.
La ruta biosintética de la glucosa permite la síntesis neta de la glucosa no solo desde el piruvato, sino también desde los
intermediarios del ciclo del ácido cítrico o ciclo de Krebs, como el citrato, isocitrato, α-cetoglutarato, succinil-coA, succinato,
fumarato y malato. A partir de todos ellos se puede obtener oxalacetato mediante oxidaciones.
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Bioquímica y biología molecular
Metabolismo
REGULACIÓN COORDINADA DE VÍAS GLUCOLÍTICA Y GLUCONEOGÉNICA
Estas dos vías no pueden ocurrir a la vez: las cantidades y las actividades de los enzimas característicos de cada vía están
controladas de modo que ambas vías no pueden estar activas simultáneamente. Dependiendo si hay glucosa o no se produce una
vía u otra. La glucólisis y la gluconeogénesis están coordinadas de modo que una de las vías está relativamente inactiva mientras
que la otra presenta una actividad elevada.
*las enzimas naranjas y azules se inducen contrariamente: lo que en un lado inhibe, en el otro induce.
En una situación de estrés (ejemplo del tsunami), esto funcionaría en hígado de forma parecida al ayuno (se inhiben las enzimas
de la glucólisis), ya que hay una descarga de adrenalina (se fosforilaría PFK2, …). En músculo dependería de si está trabajando o
no (si trabaja, el ATP estará bajo y no se inhibe la vía glucolítica). La descarga adrenérgica hacer que en hígado se estimule la
gluconeogénesis y que en músculo funcione la vía glucolítica.
- La interconversión de fructosa 6-fosfato y fructosa 1,6-bifosfatasa está controlada de forma estricta. La fosfofructoquinasa
es estimulada por el AMP, al tiempo que es inhibida por el ATP y el citrato. Por otro lado, la fructosa 1,6-bifosfatasa es inhibida
por el AMP y activada con el citrato y el ATP.
Un nivel elevado de AMP, indica que la carga energética es baja y señala la necesidad de generar ATP. Inversamente, unos
niveles altos de ATP y de citrato indican que la carga energética es elevada, y que los intermediarios biosintéticos abundan.
La fosfofructoquinasa y la fructosa 1,6-bifosfatasa están también controladas de forma recíproca por la fructosa 2,6-bifosfato
(molécula señal derivada de la fructosa 6-fosfato). El nivel de fructosa 2,6-bifosfato es bajo durante el ayuno, y alto en
situación de buena alimentación.
- La interconversión entre fosfoenolpiruvato y piruvato también se regula en precisión. La piruvatoquinasa se inhibe por
niveles elevados de ATP y de alanina, lo cual significa que la carga energética es alta.
La piruvato carboxilasa (piruvato a oxalacetato), que cataliza la primera etapa de la gluconeogénesis a partir de piruvato, se
activa por acetil-CoA, y se inhibe por ADP.
La fosfoenolpiruvato carboxilasa se inhibe por ADP, cuando la carga energética de la célula es baja. En consecuencia, la
gluconeogénesis resulta favorecida cuando la célula es rica en precursores para la biosíntesis y en ATP.
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Bioquímica y biología molecular
Metabolismo
- La insulina, que aumenta después de ingerir alimentos estimula la expresión de la fosfofructoquinasa (enzima de glucólisis),
la piruvato quinasa (fosfoenolpiruvato a piruvato) y el enzima bifuncional que sintetiza y degrada la fructosa 2,6-bifosfato.
El glucagón, cuyos niveles aumentan durante el ayuno, inhibe la expresión de estos enzimas glucolíticos, y a su vez estimula
la producción de los enzimas clave de la gluconeogénesis, como son la fosfoenolpiruvato carboxiquinasa y la fructosa 1,6-
bifosfatasa.
La insulina inhibe la transcripción de PEPCK, y el glucagón la induce. Además, en ayuno, la PFK2 está fosforilada y actúa la
fosfatasa, que trasforma la fructosa 2,6-bifosfato a fructosa 6-fosfato, y no activa la PFK de la vía glucolítica y la corta.
La enzima que regula la vía gluconeogénica es la PEPCK, porque es inducible. En la diabetes mellitus tipo II, no se hace caso a
la insulina, y aumentan los niveles de glucosa, porque no se inhibe la gluconeogénesis.
CICLO DE CORI
Este ciclo nos explica la relación entre los metabolismos del musculo y el hígado: la
coordinación intertisular de glucolisis gluconeogénesis. Produce un déficit de energía, porque
se crean 2 ATP, pero se gastan 6 ATP para la gluconeogénesis.
Una materia prima importante para la gluconeogénesis son el lactato y la alanina producidos por la actividad del músculo
esquelético y por los eritrocitos. Durante la contracción del músculo esquelético, en condiciones anaeróbicas, tal como ocurre en
el ejercicio vigoroso, la velocidad de producción de piruvato por la glucólisis excede a su velocidad de oxidación por el ciclo de
Krebs. La velocidad de formación de NADH en la glucólisis en el músculo activo es mucho mayor que la velocidad de su oxidación
por la cadena respiratoria. La continuidad de la glucólisis depende de la disponibilidad de NAD+ para la oxidación del gliceraldehído
3-fosfato. Esto se consigue por la lactato deshidrogenasa, que oxida el NADH a NAD+ cuando reduce el piruvato a lactato.
El lactato puede volver a convertirse en piruvato antes de que pueda ser metabolizado. El único fin de la reducción del piruvato
es regenerar NAD+ para que la glucólisis pueda continuar en el músculo esquelético activo y en los eritrocitos. La formación de
lactato ahorra tiempo y desvía parte de la carga metabólica desde el músculo hasta el hígado.
La membrana plasmática de la mayoría de las células es muy permeable al lactato y al piruvato. Ambas sustancias difunden desde
el músculo esquelético activo hasta la sangre, y son transportadas hasta el hígado. Se transporta mucho más lactato que piruvato,
debido a la alta proporción de NADH/NAD+ en el músculo en contracción. El lactato que entra en el hígado se oxida a piruvato,
en una reacción favorecida por la baja proporción de NADH/NAD+ en el citosol de los hepatocitos. Entonces, el piruvato se
convierte en glucosa por la vía gluconeogénica del hígado. La glucosa pasa después a la sangre y es absorbida por el músculo
esquelético.
Es especialmente abundante en el hígado, en cuyas células, los hepatocitos, se encuentra en forma de gránulos de gran tamaño.
Puesto que cada rama de glucógeno termina con un azúcar no reductor, una molécula de glucógeno tiene tantos extremos no
reductores como ramas, pero un solo extremo reductor. Cuando se emplea como fuente de energía, las unidades de glucosa son
eliminadas de una en una desde los extremos no reductores.
Los enzimas degradativos que actúan solo sobre los extremos no reductores pueden actuar simultáneamente en muchas ramas,
aumentando la velocidad de conversión del polímero en monosacáridos. El glucógeno siempre crece y se degrada por los
extremos no reductores.
*La glucogenólisis consiste en romper glucógeno para dar glucosa, mientras que la gluconeogénesis consiste en la síntesis de
glucógeno.
La glucosa 1-fosfato es el producto final de las reacciones de la glucógeno fosforilasa, y es convertida en la glucosa 6-fosfato por
la fosfoglucomutasa, que cataliza una reacción reversible: 𝑮𝒍𝒖𝒄𝒐𝒔𝒂 𝟏 − 𝒇𝒐𝒔𝒇𝒂𝒕𝒐 ↔ 𝑮𝒍𝒖𝒄𝒐𝒔𝒂 𝟔 – 𝒇𝒐𝒔𝒇𝒂𝒕𝒐. Inicialmente en un
residuo de Ser, el enzima dona un grupo fosforilo al C6 del sustrato, y a continuación acepta el grupo fosforilo de C1. La glucosa
6-fosfato formada a partir del glucógeno en el músculo esquelético puede entrar en la glucólisis y servir como fuente de energía
para sostener la contracción muscular. En el hígado, la degradación del glucógeno sirve para un propósito diferente, que es el de
liberar glucosa a la sangre cuando disminuye el nivel de glucosa sanguínea en situaciones de ayuno y ejercicio (el glucógeno de
otros tejidos no sirve para este fin, no mantienen la glucemia). Finalmente, el glucógeno puede ser derivado a la vía de las
pentosas fosfato, en la que servirá para obtener ribosa y NADPH.
El destino del glucógeno depende del tejido; en el tejido hepático se degrada a glucosa, que se exporta a la sangre para el consumo
de otros tejidos, mientras que el muscular no se exporta, sino que se consume in situ.
La degradación del glucógeno ocurre, igual que la síntesis, por el extremo no reductor.
En el músculo esquelético y en el hígado, las subunidades de glucosa de las ramas exteriores del glucógeno entran en la ruta
glucolítica a través de tres enzimas: la glucogenofosforilasa, el enzima desrramificador del glucógeno y la fosfoglucomutasa.
1
Bioquímica y biología molecular
Metabolismo
Dicho enzima actúa repetitivamente sobre los extremos no reductores de las ramas de glucógeno hasta que alcanza un punto
que se halla a cuatro residuos de glucosa de un punto de ramificación, donde se detiene su acción. La degradación posterior solo
tiene lugar después de la acción del enzima desrramificante, también conocido como oligo-glucotransferasa. Éste cataliza las
reacciones sucesivas que transfieren ramificaciones. Una vez transferidas las ramificaciones e hidrolizado el residuo glucosilo en
C6, la glucógenofosforilasa continua su actividad.
*El glucógeno se une a una proteína que actúa como núcleo (“core”) de la estructura.
La síntesis de glucógeno se puede resumir en: Glucosa 1-P + UTP → UDP-glucosa + PPi; + glucógeno → UDP + glucógeno (n+1).
En ellas Intervienen la UDP glucosa (piro)fosforilasa y la glucógeno sintasa. La primera de las reacciones está muy desplazada
porque los PPi se rompen y tiran de la reacción. La glucógeno sintasa va a ser la enzima reguladora de la síntesis. En almacenaje
de glucosa en forma de glucógeno gasta ATP.
En muchas reacciones en las que se transforman o polimerizan las hexosas intervienen nucleótidos-azúcar compuestos en los que
el carbono anomérico de un azúcar es activado por la unión de un nucleótido a través de un enlace fosfodiéster.
Los nucleótidos-azúcar son los sustratos para la polimerización de los monosacáridos a disacáridos, glucógeno, almidón, celulosa
y polisacáridos extracelulares más complejos. Son también intermediarios clave en la producción de aminohexosas y
desoxihexosas encontradas en algunos de estos polisacáridos, y en la síntesis de la vitamina C.
La síntesis de glucógeno se da en todos los tejidos animales, pero es muy importante en el hígado y en músculo esquelético.
2
Bioquímica y biología molecular
Metabolismo
El punto de inicio de la síntesis del glucógeno es la glucosa 6-fosfato,
que puede venir de la glucosa libre en una reacción catalizada por
los isoenzimas hexoquinasa I y hexoquinasa II en el músculo, y la
hexoquinasa IV y la glucoquinasa en el hígado. Sin embargo, una
parte de la glucosa ingerida va a parar al glucógeno por una vía
menos directa. Es captada primeramente por los eritrocitos,
convirtiéndose glucolíticamente en lactato. Éste a continuación es
captado por el hígado, y convertido en glucosa 6-fosfato mediante
la gluconeogénesis. Para iniciar la síntesis del glucógeno, la glucosa 6-fosfato se convierte en glucosa 1- fosfato en la reacción de
la fosfoglucomutasa. El producto de esta reacción se convierte en UDP-glucosa por adición de la UPD-glucosa pirofosforilasa en
una reacción clave en la biosíntesis de glucógeno: 𝑮𝒍𝒖𝒄𝒐𝒔𝒂 𝟏 − 𝒇𝒐𝒔𝒇𝒂𝒕𝒐 + 𝑼𝑻𝑷 → 𝑼𝑫𝑷 − 𝒈𝒍𝒖𝒄𝒐𝒔𝒂 + 𝟐𝑷𝒊 *
*PP + H2O → 2P.
La UDP-glucosa es el dador inmediato de residuos de glucosa en la reacción catalizada por la glucógeno-sintasa, la cual promueve
la transferencia del residuo glucosilo desde la UDP-glucosa a un extremo no reductor de una molécula ramificada de glucógeno.
*La glucógeno sintasa solo puede añadir glucosas si la cadena inicial contiene un mínimo de 4 residuos (en unión α 1-4). Así pues,
se necesita un cebador para la síntesis. La glucogenina es una proteína homodimérica que va a cumplir con esta función. En ella,
cada subunidad cataliza la unión de 8 unidades de glucosa a la otra partiendo de un residuo de tirosina, donde se produce la
primera glicosilación. Finalmente, ambos dímeros se glicosilan entre ellos (gastando UDP-glucosa). Se incluyen los 4 residuos de
glucosa en tirosina (core) y a partir de ahí se va creciendo o degradando (necesita ese cebador para des/polimerizar).
Ramificación del glucógeno: la glucógeno-sintasa no puede formar los enlaces α 1→6 que se encuentra en los puntos de
ramificación del glucógeno. La formación de estos enlaces corre a cargo del enzima ramificador*, que cataliza la transferencia de
un fragmento terminal de 6 o 7 residuos glucosilo desde el extremo no reductor de una rama de glucógeno tiene al menos once
11 residuos al grupo hidroxilo en C6 de un residuo de glucosa de la misma o de otra rama de glucógeno, en un punto más interior
con lo que se crea una nueva rama. Se transfiere un trozo a un glúcido que está a 3 de distancia. Por lo tanto, la síntesis de
glucógeno se regula por fosforilación.
*Para la síntesis del glucógeno, también se necesitan la enzima ramificante, que va a formar los enlaces α 1-6. Esta enzima, la
oligo (1,4 → 1,6) glucosil transferasa, transfiere segmentos de cadena entre 6 y 8 unidades desde el extremo no reductor creciente
de la cadena hasta otro de la misma o a otra cadena. (rompe el enlace y lo mueve a 1-6).
La síntesis de glucógeno está estrechamente coordinada con su degradación. La actividad de la glucógeno-sintasa al igual que la
de la fosforilasa, está regulada por modificación covalente.
3
Bioquímica y biología molecular
Metabolismo
La fosforilación convierte a la glucógeno-sintasa a activa en la forma b, normalmente inactiva. La forma fosforilada b requiere
para ser activa un nivel alto de glucosa 6- fosfato; mientras que la forma desforforilada a es activada tanto en ausencia como en
presencia de glucosa 6-fosfato.
Así pues, la fosforilación produce efectos antagónicos sobre las actividades enzimáticas de la glucógeno-sintasa y la fosforilasa.
La glucógeno-sintasa se fosforila en múltiples puntos por la acción de la proteína quinasa A y otras quinasas diferentes.
La insulina invierte esto. después de una comida, que sube la insulina, se comienza a sintetizar en musculo y en hígado y en ambos
para la degradación del glucógeno.
Hay que regularlo de forma que, si funciona la vía de síntesis, no funcione la de degradación; y viceversa. Es decir, la síntesis y
degradación del glucógeno están coordinadas y se regulan de forma recíproca.
FOSFORILASA
La fosforilasa b muscular solo se activa en presencia de elevadas concentraciones AMP que actúa alostericamente, ya que se
une al centro de acción del nucleótido y altera la conformación de la fosforilasa b. El ATP actúa como un efector alostérico
negativo por competencia con el AMP. La glucosa 6-fosfato inhibe también a la fosforilasa b, fundamentalmente por unirse al
centro del AMP. En condiciones fisiológicas, la fosforilasa b es inactiva debido a los efectos inhibidores del ATP y la glucosa 6-
fosfato. La fosforilasa b solo se activa cuando la carga energética de la célula muscular es baja (ATP bajo?).
Por el contrario, la fosforilasa a es totalmente activa, independientemente de los niveles de AMP, ATP y glucosa 6-fosfato. En el
músculo en reposo, casi todo el enzima está en forma inactiva b. Durante el ejercicio, el elevado nivel de AMP lleva a la activación
de la fosforilasa b, ya que se necesita glucosa. Por el contrario, la fosforilasa a puede considerarse en términos del modelo
alostérico concertado. La forma b por sí misma está casi completamente en el estado T (tenso) inactivo. La unión de AMP modifica
el equilibrio alostérico hacia el estado R (relajado) activo. La fosforilación de b a a pone al enzima en el estado R casi por completo.
4
Bioquímica y biología molecular
Metabolismo
La regulación alostérica de la fosforilasa hepática difiere de la muscular en dos aspectos:
- El AMP no activa a la fosforilasa b hepática, ya que en el hígado no hay cambios bruscos de carga energética, por eso solo
dependerá de la glucosa.
- La fosforilasa a del hígado es desactivada por la unión de la glucosa. La glucosa desplaza el equilibrio alostérico de la forma
a desde R hacia T (en hígado, solo la forma a presenta transición conformacional R/T y se regula por glucosa: modulador
alostérico negativo). * “En hígado, solo la A, cuando está fosforilada, puede estar en R o T”.¿?
El objetivo de la degradación del glucógeno hepático es liberar glucosa para enviarla a otros tejidos, cuando el nivel de glucosa
en sangre es bajo. Es decir, si hay disponibilidad de glucosa, no es necesario degradar glucógeno. Por consiguiente, la fosforilasa
hepática es sensible a la glucosa pero no al AMP, un indicador de su propio estado metabólico. La glucosa no es un combustible
esencial para el hígado, pero en cambio, el músculo esquelético requiere glucosa en cuando esté activo.
EJEMPLO DE PREGUNTA: ¿la fosforilasa a regula su conformación R-T por glucosa? Falso, se regula por carga energética.
La fosforilasa quinasa puede activarse parcialmente por una vía distinta cuando los niveles de Ca2+ alcanzan valores altos, del
orden de 1 μm. Esta forma de activación de la quinasa tiene importancia en el músculo, donde la contracción muscular se
desencadena por la liberación de Ca2+ del retículo sarcoplásmico.
Ciertas hormonas como la vasopresina, incrementan el nivel de Ca2+ citosólico siguiendo un mecanismo diferente. Activan la
cascada de fosfoinosítido al unirse al receptor de la membrana plasmática, quien, a su vez activa a la proteína G y estimula a la
fosfolipasa C. El aumento subsiguiente del nivel de inositol 1, 4, 5trifosfato induce la liberación del Ca2+ de reserva situado en el
retículo sarcoplásmico. Esta vía de activación de la fosforilasa quinasa y por tanto de la propia fosforilasa reviste importancia en
el hígado.
Solo cuando ambos estímulos de activación (fosforilación e iones Ca2+) coinciden, se alcanza el máximo de actividad. Si hay solo
uno de los estímulos, se activa parcialmente (por tanto, hay puntos de activación intermedios).
La adrenalina (liberada en situaciones de estrés) en hígado vía receptor α también puede aumentar el Ca2+ y contribuir a la
activación de la glucógeno fosforilasa por completo (se activa el receptor α adrenérgico).
*por ejemplo, si el músculo se contrae sube la concentración de calcio y se activa parcialmente; y si además estamos en estrés, la
adrenalina hace que se estimule también y la activemos del todo. En hígado, en ayuno o estrés, estaremos fosforilando para activar
parcialmente.
5
Bioquímica y biología molecular
Metabolismo
La degradación del glucógeno se estimula por la unión de la hormona a los receptores 7TM. La unión de la hormona inicia una
vía de transducción de la señal dependiente de las proteínas G, que concluye con la fosforilación y activación de la glucógeno
fosforilasa.
La síntesis y la degradación del glucógeno están coordinadas y se regulan de forma recíproca. Varias hormonas afectan al
metabolismo del glucógeno.
La insulina induce la síntesis de glucógeno. Niveles elevados de insulina en sangre denotan un estado de buena alimentación,
mientras que niveles bajos señalan un estado de ayuno o inanición.
El glucagón y la adrenalina, por el contrario, provocan la degradación del glucógeno. La actividad muscular o su preparación,
inducen la liberación de adrenalina que estimula bruscamente la degradación del glucógeno en el músculo, y en menor proporción
en el hígado. El hígado es más sensible al glucagón.
La adrenalina y el glucagón se unen a receptores de la membrana plasmática en sus células diana y provocan la activación de la
proteína G estimuladora.
La forma GTP de la subunidad de Gs activa a la adenilato ciclasa, un enzima transmembrana que cataliza la formación de AMPc
a partir de ATP.
El incremento del nivel de AMPc intracelular activa a la proteína quinasa A (PKA). Esta quinasa se inactiva en ausencia de AMPc
debido a la acción inhibitoria de sus subunidades reguladoras. La unión de AMPc a estas subunidades reguladoras libera a las
subunidades catalíticas.
La PKA fosforila tanto a la fosforilasa quinasa como a la glucógeno-sintasa. La fosforilación por esta quinasa, dependiente de
AMPc, activa a la fosforilasa, y simultáneamente desactiva a la glucógeno-sintasa. La glucógeno-sintasa es también fosforilada
por la fosforilasa quinasa, lo que asegura que no se sintetice glucógeno al mismo tiempo que se está degradando. Así pues, la
PKA controla la degradación y la síntesis del glucógeno de forma coordinada.
Los efectos de las hormonas resultan muy amplificados por la cascada de AMPc. La activación provocada por el receptor, de la
proteína G estimuladora, la formación del AMPc por la adenilato ciclasa y la modificación covalente de la fosforilasa por la
fosforilasa quinasa son procesos de gran ganancia catalítica. Por consiguiente, la unión de un número de moléculas de hormonas
a los receptores de la superficie celular se traduce en la liberación de un número elevado de moléculas de azúcar.
La insulina tiene el efecto contrario. La concentración de insulina aumenta con la ingesta de alimentos, y ésta provoca la síntesis
de glucógeno, evitando su degradación:
Cuando los niveles de glucosa en sangre son elevados, la insulina estimula la síntesis de glucógeno al desactivar (fosforilar) la
glucógeno-sintasa quinasa (intermediario), el enzima que mantiene la glucógeno- sintasa en estado fosforilado inactivo. Por tanto,
con adrenalina y glucagón bajo, la tendríamos desfosforilada y activa, con síntesis de glucógeno.
6
Bioquímica y biología molecular
Metabolismo
PROTEÍNA FOSFATASA 1. REGULACIÓN
Como es una fosfatasa, desfosforila a varias. Los cambios en la actividad
enzimática producidos por las proteínas quinasas pueden invertirse por
la acción de las proteínas fosfatasas. La hidrólisis de casi todos los
residuos de serina y treonina fosforilados en las proteínas es realizada
por solo cuatro proteínas fosfatasas.
La PP1 juega un papel crucial en la regulación del metabolismo del
glucógeno. Inactiva a la fosforilasa quinasa (1) y a la fosforilasa a (2) al
desfosforilar a estos enzimas. Por consiguiente, la PP1 disminuye la
velocidad de degradación del glucógeno. Además, la PP1 separa el
grupo fosforilo de la glucógeno-sintasa b, para convertirla en forma a,
mucho más activa. Así pues, la PP1 acelera la síntesis de glucógeno:
activa a la glucógeno sintasa por desforforilación (3). FOTO ARRIBA.
Foto: en músculo. Partimos de una situación de alimentación, y tenemos Gm-PP1 unidos. Estrés (correr), hace que se active PKA,
fosforila a Gm y la separa PP1, que se inhibe o vuelve menos activa. (Es ese caso estamos sintetizando glucógeno, en alimentación
PP1 funciona). Por otro lado, PKA también fosforila el inhibidor, inactivando totalmente a PP1.
La actividad fosfatasa de la PP1 debe reducirse cuando se requiere que la degradación del glucógeno sea operativa. En tales
casos, la adrenalina o el glucagón habrán activado la cascada del AMPc y la proteína quinasa A está activa. La proteína quinasa A
reduce la actividad de la PP1 por dos mecanismos.
En el músculo, la Gm desfosforilada en el dominio competente para la unión de la subunidad catalítica. La subunidad catalítica se
suelta del glucógeno y de sus sustratos y, así, la desfosforilación está muy reducida. FOTO DERECHA
Por otro lado, caso todos los tejidos contienen pequeñas proteínas que una vez fosforiladas se unen a la subunidad catalítica de
la PP1 y la inhiben. De este modo, cuando el AMPc dispara la degradación del glucógeno, la fosforilación de estos inhibidores
manteniene a la fosforilasa en forma activa a y a la glucógeno sintasa en su forma b inactiva.
7
Bioquímica y biología molecular
Metabolismo
La separación del grupo fosforilo de la glucógeno-sintasa b inactiva la convierte en la forma a activa. Inicialmente hay unas 10
moléculas de fosforilasa a por cada molécula de fosfatasa. Así pues, la actividad de la glucógeno-sintasa empieza a aumentar solo
después de que la mayor parte de la fosforilasa a se haya transformado en la forma b. Este notable sistema sensor de glucosa
depende de tres elementos clave:
→ La comunicación entre el centro alostérico para la glucosa y la serina fosfato.
→ La utilización de la PP1 para inactivar a la fosforilasa y activar a la glucógeno- sintasa.
→ La unión de la fosfatasa a la fosforilasa a para evitar la activación prematura de la glucógeno-sintasa.
Glucosa 6-fosfatasa
I Desarrollo voluminoso del hígado.
(enzima que quitaba el
Enfermedad de Incapacidad de desarrollo. Grave
fosfato para que la Cantidad incrementada.
Von Hígado y riñón hipoglucemia, cetosis (y, por
glucosa pudiera ser Estructura normal
Gierke consiguiente, acidosis metabólica),
exportada) o sistema de
GRAVE hiperuricemia e hiperlipemia.
transporte
VI
Igual que el tipo
Enfermedad de Fosforilasa Hígado Cantidad incrementada
I, pero con un curso más leve
Hers
Fosfofructoquinasa
Cantidad incrementada.
VII (ENZIMA DE LA VÍA Músculo Igual que el tipo V
Estructura normal
GLUCOLÍTICA)*
*Al cortar la vía glucolítica en una etapa tan temprana, aumentan los depósitos de glucógeno en la célula.
NO VA A PREGUNTAR LA SINTOMATOLOGÍA!!!!
8
Bioquímica y biología molecular
Metabolismo
*Balances, regulación, para que sirve una cosa u otra y como están en cada momento (activas o inactivas)…
9
Bioquímica y biología molecular
Tercer parcial – metabolismo
Las células pueden obtener ácidos grasos combustibles a partir de tres fuentes:
grasas consumidas en la dieta (fuente exógena), grasas almacenadas en las
células en forma de gotículas de lípidos, y grasas sintetizadas en un órgano y que
se exporte a otros (fuente endógena).
El intestino coge las sustancias lipídicas no solubles en agua que hemos ingerido y las convierten en lipoproteínas, para que así
puedan entrar en la circulación. La lipoproteína que sintetizan los enterocitos es el quilomicrón, el cual circula por la sangre y por
el sistema linfático (que termina drenando en la sangre).
La lipoproteína va a salir inmadura a la circulación, llega a los tejidos. Proteínas como la ApoC-II estimularán la proteínlipasa de
los tejidos (sobre todo en músculo y tejido adiposo), la cual se encarga de romper el triglicérido y así el tejido puede captar el
ácido graso (el glicerol se irá al hígado y se reciclará, ya que los tejidos no tienen la glicerol-quinasa). Cuando el quilomicrón pierde
los triglicéridos se convierte en un quilomicrón remanente, tras sufrir una reestructuración. Le queda colesterol y algo de
triglicéridos), que va hacia el hígado a reciclarse.
En el hígado se puede producir la síntesis de lípidos (triglicéridos, por la esterificación de ácidos grasos) y colesterol cuando hay
disponibilidad de hidratos de carbono (exceso de ellos: parte se polimeriza y parte entra en la vía glucolítica, para producir Acetil-
CoA y, por tanto, lípidos). Estos recién sintetizados, junto con los remanentes del quilomicrón y algunas vitaminas liposolubles,
son exportados formando otra lipoproteína: la VLDL (de baja densidad). Los lípidos deben ser exportados porque el hígado no es
un almacén de grasa, irán al tejido adiposo. Esta tendrá ApoE, C-II y B-100 (la diferencia con la B-48 es que esta en el intestino
sufría un editing y daba una proteína más corta). Esta B-100 servirá para que la proteína sea reconocida por los receptores de LDL
y se pueda sintetizar colesterol.
La partícula VLDL reparte triglicéridos a los tejidos (función similar al quiliomicrón): en ellos, la grasa liberada se esterifica. Al
perder los triglicéridos, las VLDL se reestructuran formando las IDL. Estas tienen 2 destinos: reciclarse en el hígado o convertirse
en LDL (fundamentalmente tiene colesterol, tienen una pequeña variación de contenido con respecto a la IDL). Esta última será la
lipoproteína que va a tener una mayor proporción de colesterol (será la proteína que repartirá colesterol a los tejidos por
endocitosis). La LDL será reconocida por los receptores (gracias a apo-100) y será internalizada en los lisosomas, donde se digerirá
y se obtendrá el colesterol. Las HDL participarán en la interconversión a IDL y LDL, y también son capaces de recoger el colesterol
de tejidos extra-hepáticos para así poder reciclarlo (estos tejidos tienen la proteína ABCA1, necesaria para sacar el colesterol y
que lo capte la HDL).
Los ácidos biliares se conjugan con taurina o glicina para dar sales biliares, con carácter detergente (cabeza apolar, cuerpo polar).
Esta síntesis ocurre en el hígado, a partir de colesterol. Las sales biliares son fundamentales para la digestión, puesto que van a
ser las encargadas de emulsionar las grasas. Estas gotitas ya emulsionadas son accesibles a las lipasas (fundamentalmente, las
pancreáticas), que rompen la grasa (hidrolizan el triglicérido). El intestino solo absorbe monoglicéridos y ácidos grasos, y ya en el
enterocito se vuelve a esterificar el triglicérido. El enterocito sintetiza la lipoproteína (quilomicrón) para transportar la grasa por
el torrente sanguíneo. (Desarrollado en el anexo).
Las personas a las que se les quita la vesícula biliar (normalmente, por la aparición de piedras) no toleran casi la grasa, ya que no
pueden almacenar las sales biliares.
*Senical y derivados (XLS): inhibidores de la lipasa pancreática (productos que supuestamente ayudan a adelgazar). Por tanto,
inhibe parte de la absorción de triglicéridos, porque las grasas ingeridas no se hidrolizan y no se pueden absorber. Estos productos
solo tienen efecto en la grasa ingerida, no en los hidratos de carbono (a partir de los cuales también se puede sintetizar grasa).
Además, tienen efectos colaterales si no se ajusta bien la dosis: la grasa llega al intestino porque no se absorbe bien y provoca
diarreas.
2
Bioquímica y biología molecular
Tercer parcial – metabolismo
LIPOPROTEÍNAS: todas van a tener una estructura general: una capa externa de fosfolípidos (para ser solubles en el medio acuoso,
gracias a su parte polar), y en su interior tendrán colesterol y triglicéridos, además de algunas proteínas concretas o apoproteínas
(en el caso del 1000-quilomicrón, encontramos la Apo-E, C-II y B-48). Entre lipoproteínas varían las apoproteínas (las cuales tienen
funciones específicas) y la cantidad de grasa del interior.
Existen distintas clases de lipoproteínas en función de su densidad, desde los quilomicrones hasta VHDL. Cada clase tiene una
función específica, determinada por su lugar de síntesis, composición lipídica y contenido en apolipoproteínas. Entre los tipos de
lipoproteínas están:
El quilomicrón es la que menos densidad tiene (a mayor grasa, menor densidad, flotan más). En el resto, cada vez vamos
encontrando más colesterol. Las apoproteínas se clasificaron por su densidad porque se usó la centrifugación para poder
identificarlas.
La Apo C-II actúa como activador de la lipoproteínlipasa, mientras que la C-III actúa como inhibidor. La Apo-E ayuda a reciclar las
VDL y los quilomicrones remanentes, al ser reconocidas por receptores hepáticos.
→ Quilomicrones: se sintetizan en el retículo endoplasmático de las células epiteliales que recubren el intestino delgado, y a
continuación se trasladan a través del sistema linfático hasta entrar en el torrente circulatorio a través de la vena subclavia
izquierda. Los quilomicrones transportan los ácidos grasos del intestino delgado hasta los tejidos, donde serán almacenados o
consumidos para fabricar energía. Los quilomicrones residuales se dirigen al hígado, donde ceden su colesterol y son degradados
en los lisosomas.
→ VLDL: se sintetizan en las células hepáticas cuando hay exceso de ácidos grasos en sangre. Posteriormente, estos ácidos grasos
se convierten en triglicéridos en el hígado, que serán transportados por las VLDL. También el exceso de glúcidos puede ser
convertido en triglicéridos en el hígado. Las VLDL son transportadas desde el hígado hasta el tejido muscular y adiposo, donde
producen la liberación de los ácidos grasos de los triglicéridos, que contenían las mismas. Los adipocitos captan esos ácidos
grasos, los vuelven a convertir en triglicéridos y los almacenan en gotículas lipídicas intracelulares. Los miocitos, por el contrario,
oxidan mayoritariamente los ácidos grasos para obtener energía. La mayor parte de las VLDL residuales son eliminadas de la
circulación por los hepatocitos. Los triglicéridos son degradados para proporcionar precursores para la síntesis de cuerpos
cetónicos.
Las LDL, que son lo que se conoce como colesterol malo, son el resultado de la pérdida de triglicéridos de las VLDL. Las LDL
transportan colesterol hasta los tejidos extrahepáticos, por lo que son muy ricas en colesterol y ésteres de colesterol. Los LDL son
fagocitados por los macrófagos que forman las células emulsionadas que formas los ateromas.
→ HDL: se sintetizan en el hígado y en el intestino delgado como partículas pequeñas, ricas en proteínas, que contiene
relativamente poco colesterol, y nada de sus ésteres. Éstas maduran en los tejidos extrahepáticos, donde recogen el exceso de
colesterol para transportarlo al hígado, donde gran parte se convierte en sales biliares. Es lo que comúnmente se conoce como
colesterol bueno. No solo captan colesterol de los tejidos, sino que en cada una de las transformaciones (por ejemplo, de
quilomicrón a quilomicrón maduro, de este al remanente, de la IDL a la HDL… cada vez que ocurre esto se reestructura la
lipoproteína, y por tanto las HDL participan en ellas (transfieren colesterol)). La diferencia entre HLDL y LDL es que la LDL es
engullida por endocitosis en el hígado (como clatrina) y la HLDL se descompone en la entrada del hígado.
3
Bioquímica y biología molecular
Tercer parcial – metabolismo
Todas estas lipoproteínas (apolipoproteínas + lípidos) son las encargadas de mantener la circulación portal hepática del
colesterol. Es decir, el colesterol es llevado al hígado donde se convierte en sales biliares, que posteriormente van al intestino,
donde algunas serán absorbidas y volverán al hígado, empezando nuevamente el ciclo.
La conversión de una proteína a otra cuando pierden triglicéridos requiere de una reestructuración de la lipoproteína (para así
ganar estabilidad), llevada a cabo gracias a las siguientes enzimas:
*Además de las enzimas anteriores, también participa la HDL: la partícula que actúa como donante o aceptora.
En las analíticas, vienen una serie de datos básicos en el perfil lipídico: triglicéridos, colesterol total, HDL y LDL.
- Cuando medimos los triglicéridos, medimos quilomicrones y VDL (porque son las que más triglicéridos contienen). Si son
altas, se puede deber a un estado de alimentación (no se ha hecho bien el ayuno) o a alguna alteración hepática.
- Colesterol total: índice paralelo al cociente entre LDL (“colesterol malo”) y HDL (“colesterol bueno”: no solo retiran el
colesterol que sobra en los tejidos para reciclarlo, sino que participa en la interconversión de lipoproteínas). Este cociente
debe ser 3 o inferior.
- Si las LDL están altas, se oxidan (sufren modificación) y los macrófagos se llenan de grasa. Estos se infiltran en el endotelio,
dando lugar a los ateromas: aterosclerosis.
Ejemplo: colesterol de 200. 180 de LDL y 30 de HDL. El cociente saldría mayor de tres, por lo que sería un problema. Una persona
con el mismo colesterol total nos puede dar también un cociente bajo y la persona está sana. Por tanto, LO IMPORTANTE ES EL
COCIENTE, NO EL COLESTEROL TOTAL.
ANEXO
SALES BILIARES
Los triglicéridos ingeridos, antes de poder ser absorbidos a través de la pared intestinal, son convertidos en micelas microscópicas
finamente dispersadas. Este proceso es llevado a cabo por las sales biliares que se sintetizan en el hígado a partir de colesterol,
se almacenan en la vesícula biliar y se liberan al intestino delgado, después de la ingestión de una comida que contenga grasas.
Las sales biliares con compuestos anfipáticos que actúan como detergentes, emulsionando las grasas para que puedan ser
hidrolizadas por las lipasas pancreáticas, las cuales rompen los triglicéridos en ácidos grasos y glicerol. Facilitan ciertos mecanismos
actuando como coenzimas.
El glicerol y los ácidos grasos difunden hacia el interior de las células epiteliales y llegan hasta el sistema linfático, donde se
convierten de nuevo en triglicéridos (en las células intestinales), y se empaquetan junto con el colesterol (que no necesita de
ácidos biliares ni lipasas pancreáticas para llegar hasta la linfa) y proteínas específicas, formando los quilomicrones. En el plasma
sanguíneo, tras la alimentación, hay muchos quilomicrones.
Para transportar las grasas digeridas por el intestino delgado son necesarias ciertas proteínas específicas, llamadas
apolipoproteínas. Éstas actúan como señales, dirigiendo las lipoproteínas a tejidos específicos o como activadores de enzimas
que actúan sobre las lipoproteínas. Las apolipoproteínas se combinan con lípidos para formar varias clases de lipoproteínas,
agregados esféricos que contienen lípidos hidrofóbicos en su interior y cadenas laterales hidrofílicas de las proteínas y grupos de
cabeza de los lípidos en la superficie.
4
Bioquímica y biología molecular
Tercer parcial – metabolismo
LIPÓLISIS Y CATABOLISMO
Los triglicéridos se sitúan en el tejido adiposo, y van a ser usados como combustible cuando escasea la glucosa, es decir, en
situaciones de ejercicio y ayuno. La lipolisis es, por tanto, la transformación de los triglicéridos en ácidos grasos y glicerol, gracias
a la acción de unas lipasas, que actúan a través de procesos hormonales. Entre estas hormonas, destacan la adrenalina o el
glucagón, que va a actuar a partir de las señales de ayuno o estrés. Los ácidos grasos, producidos de la lipolisis son buenos
combustibles alternativos de la glucosa, en este proceso hormonal. Para mirar si un organismo está en glucolisis se mira el glicerol.
Por otro lado, las lipasas se inactivan por la insulina.
*Las lipasas actúan una vez que se han emulsionado las grasas, y estas lo
hacen gracias a las sales biliares.
5
Bioquímica y biología molecular
Tercer parcial – metabolismo
Los ácidos grasos, al no ser solubles en agua, van a ser transportados por el torrente sanguíneo gracias a la albúmina. Van a sufrir
un proceso de β-oxidación y han de penetrar al interior mitocondrial. Esto siempre es un catabolismo aerobio (necesidad de
oxígeno), y para el cual ha de seguir los siguientes pasos:
- Activación del ácido graso en el citosol, en forma de Acil-CoA: el ácido graso sufre una
adenilación para dar lugar al aciladenilato. El aciladenilato por la acilación del grupo CoA-
SH produce en la membrana mitocondrial externa acil-CoA, que ya está activado. La
activación del acil-CoA es fácilmente reversible, porque es una molécula de energía
elevada. Este proceso está catalizado por la acil-CoA sintetasa. Esta molécula tendrá que
pasar a la matriz mitocondrial. Los ácidos grasos cuya longitud sea media (entre 4 y 12
carbonos) pasarán a continuación, pero los de longitud de cadena larga (entre 10 y 20
átomos de carbono), antes de entrar a la matriz mitocondrial, han de degradarse en los
peroxisomas.
- Transporte del acil-CoA a la matriz mitocondrial: los acil-CoA no pueden atravesar la
membrana mitocondrial directamente, por lo que necesitan un proceso de transporte:
▪ En la membrana mitocondrial externa, el acil-CoA se une a una molécula de carnitina, formando acil-carnitina, que ya sí
puede atravesar la membrana mitocondrial interna. La enzima que cataliza la reacción es la carnitina aciltransferasa I, y
en este paso se libera el grupo CoA-SH.
▪ Un sistema de translocasas colocan la molécula hacia el interior.
▪ La carnitina aciltransferasa II, situada en el lado de la matriz de la membrana interna, completa el proceso de
transferencia, intercambiando acil-carnitina por carnitina libre, y produciendo acil-CoA dentro de la matriz. La carnitina
libre regresa con facilidad al espacio intermembrana, y de forma semejante la CoA-SH libre en el espacio intermembrana
vuelve al citosol, para comenzar un nuevo proceso.
El malonil CoA inhibe la CPT1. (El malonil CoA participa en la síntesis de ácidos grasos). Así se impide que los ácidos grasos que se
están sintetizando pasen a la mitocondria y se degraden.
Una vez en el interior de la matriz, los ácidos grasos van a sufrir la β-oxidación. Los procesos de oxidación son distintos,
dependiendo de las características de los ácidos grasos.
BETA OXIDACIÓN
*En cada ronda de oxidación, se genera un FADH, un acetil-CoA y un NADH. Por cada CoA son 12 ATP.
La mayoría de los ácidos grasos cumples estas características, no tienen insaturaciones y además se degradan y sintetizan de dos
en dos.
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Bioquímica y biología molecular
Tercer parcial – metabolismo
En primer lugar, se produce una oxidación inicial del carbono, tras lo cual ocurren una serie de vueltas o pasos, liberándose en
cada uno de ellos un fragmento de dos carbonos en forma de acetil-CoA. Estas vueltas son cíclicas y así, cada una de ellas termina
con la formación de un acil-CoA acortada en dos carbonos correspondientes al acetil-CoA. Cada vuelta tiene cuatro reacciones:
1. Oxidación por FAD (deshidrogenación inicial): el primer paso es la oxidación del ácido graso por la acil-CoA deshidrogenasa,
que cataliza la formación de un doble enlace entre C2 y C3 (carbono α y σ). El producto final es la trans-2- enoil-CoA y una
molécula de FADH. (delta significa el doble enlace, y el número, en este caso el 2, significa el lugar en el que se encuentra).
2. Hidratación: se hidrata el doble enlace resultante, de tal manera que el carbono σ sufre una hidrosilación y obtenemos en
posición σ un alcohol. Esta reacción es esteroespecífica, formando solo el isómero L. Es llevada a cabo por la enoil-CoA
hidratasa, y el producto final de la reacción es una hidroxiacil- CoA.
3. Oxidación por NAD+ (deshidrogenación): es la oxidación del alcohol por el NAD+, lo que convierte el grupo hidroxilo (-OH) en
un grupo cetona (=O). Esta reacción está catalizada por la hidroxiacil-CoA deshidrogenasa. Como producto final se obtiene
una 3-cetoacil-CoA y una molécula de NADH.
4. Tiólisis: es la fragmentación catalizada por la cetotioliasa, mediante el ataque de una segunda molécula de CoA sobre el
carbono σ para obtener una acetil- CoA y un acil-CoA de dos carbonos más corta que la original.
Las grasas contienen el doble de calorías por gramo que los hidratos de carbono. Por ejemplo, un ácido graso saturado de
16 carbonos se degrada 7 veces, obteniéndose 7 FADH2, 7 NADH y 8 moléculas de acetil-CoA, que al ser degradada por el ciclo
de Krebs dará 96 ATP. Se obtendrán así un total de 131 moléculas de ATP.
Las grasas se acumulan de forma anhídrida y empaquetada, por lo que ocupan menos volumen que los hidratos de carbono.
El déficit de acil-CoA deshidrogenasa de cadena media (MCAD) se ha relacionado con la muerte súbita del lactante, ya que hasta
un 10% de estos casos fatales presentan deficiencia en esta enzima.
La enfermedad jamaicana del vómito también está relacionada con este enzima, pues en los frutos inmaduros del árbol de ackee
hay un aminoácido (hipoglicina A) que al metabolizarse inhibe la enzima.
El propionil coA se obtiene en gran parte por degradación del esqueleto carbonado de aminoácidos, como metionina, valina e
isoleucina, así como la degradación de ácido fitánico. (no viene tanto de los ácidos grasos de nº impar, porque hay muy pocos).
Las beta-oxidaciones se realizan de manera normal, pero como productos finales obtenemos acetil-CoA y también un propinil-
CoA. Este metabolito es fosforilado por la propinil-CoA carboxilasa (biotina) dando lugar a D-metilmalonil-CoA, que gracias a la
metil-malonil-CoA epimerasa pasa a ser L-metilmanolil-CoA. Este compuesto ramificado gracias al enzima metil-malonil CoA
mutasa, que requiere de la vitamina B12 se transforma en succinato (metabolito del ciclo de Krebs).
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Bioquímica y biología molecular
Tercer parcial – metabolismo
Ej; degradación del palmitoleato (∆9). Obsérvese que el cis ∆3-enoil CoA no es sustrato para la acil
CoA deshidrogenasa, pues no es el trans ∆2 enoil CoA de la β oxidación. La participación de una cis
∆3 enoil isomerasa convierte el doble enlace en trans ∆2. A partir de aquí, sigue la β-oxidación tal
cual la hemos descrito anteriormente.
Muchos ácidos grasos son insaturados, y son de naturaleza cis, y no pueden abordarse por la enoil-
CoA hidrataza, que actua solo sobre las trans. Así debe intervenir otro enzima auxiliar, que es la
enoil isomerasa. Si ingerimos en la dieta un ácido graso insaturado, como el palmetoleato 9; el
proceso que seguirá es el siguiente:
El ácido graso monoinsaturado se activa y se transporta normalmente a la mitocondria. Se
producen tres ciclos de la β-oxidación, y como producto obtenemos que el doble enlace se ha
movido a otra disposición donde es inadecuada para hidratarse. Es un ácido graso de conformación
cis. La enoil-CoA isomerasa coloca en la posición adecuada el doble enlace, y además transforma
esa configuración cis en trans. Se producirá la hidratación y demás reacciones de la σ-oxidación
para los ácidos grasos saturados y de número de carbonos par.
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Bioquímica y biología molecular
Tercer parcial – metabolismo
Los ácidos grasos de cadena larga entran en estos orgánulos mediante una
proteína ALD y se acortan en los peroxisomas por un proceso análogo a la β-
oxidación (porque no se pueden degradar en las mitocondrias). En plantas y
levaduras, los ácidos grasos solo se oxidan en peroxisomas y glioxisomas. Esta
oxidación difiere de la β-oxidación en la deshidrogenación inicial, en la que los
electrones pasan del FADH2 al oxígeno dando H2O2 que se dismuta por la acción
de la catalasa (en la mitocondria, en vez de agua oxigenada se generaba NADH).
La ALD sirve para el transporte de ácidos grasos hasta el peroxisoma.
El síndrome de Zellweger se caracteriza porque los peroxisomas no son funcionales. Los pacientes sufren alteraciones hepáticas,
musculares y renales. La enfermedad es grave y suelen morir en la infancia.
La X-adenoleucodistrofia es una enfermedad hereditaria ligada al cromosoma X. Se debe a un defecto en la proteína ALD, que es
la que transporta los ácidos grasos de cadena larga a los peroxisomas. La acumulación de ácidos grasos de cadena larga provoca
alteraciones de la mielina, lo que causa problemas motores. (sobre todo en el sistema nervioso).
*La degradación del ácido fitalico me va a dar tanto acetil coA como
propionil coA.
OMEGA OXIDACIÓN
Se produce en el retículo de hígado y riñón, donde se pueden degradar ácidos grasos de cadena media
(10-12) y lo hacen oxidando el carbono w. Los productos finales son succinato y adipato. Funciona en
ocasiones en determinadas enfermedades cuando no funciona bien la beta-oxidación, ya que es otra
variante del metabolismo de los ácidos grasos.
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Bioquímica y biología molecular
Tercer parcial – metabolismo
En las mitocondrias entra en juego otra ruta importante cuando el acetil-CoA se acumula más allá de la capacidad de oxidación o
de uso para la síntesis de ácidos grasos. Esta ruta se llama cetogénesis, y conduce a una clase de compuestos denominados cuerpos
cetónicos. La cetona es la que se percibe en los niños en situación de estrés en el aliento (en una situación de estrés, hacen
lipolisis(cetogénesis)). Son compuestos ácidos que producen acidosis respiratoria. Es decir, los niños pequeños, al tener menor
reserva de glucógeno, es más fácil que entren en lipólisis y, por tanto, en cetogénesis.
1. Cuando las concentraciones de acetil-CoA son elevadas, dos moléculas de acetil-CoA se unen gracias al enzima 3-cetiolasa, produciendo
una inversión de la reacción de la tiolasa, para dar acetoacetil-CoA.
2. La hidroximetilglutaril-CoA sintasa (HMG-CoA sintasa) cataliza la reacción por la que el acetoacetil-CoA reacciona con una tercera molécula
de acetil-Coa, para dar hidroximetilglutaril CoA (HMG-CoA).
3. La HMG-CoA sufre la acción del enzima de escisión de HMG-CoA sintasa, por la que se divide en acetil-CoA y acetoacetato, que es el
producto que nos interesa.
4. El acetoacetato experimenta una reducción dependiente de NADH para dar σ-hidorxibutirato (en este proceso interviene la enzima D-3-
hidroxibutirato deshidrogenasa) o bien, en cantidades muy pequeñas, la descarboxilación espontánea a acetona. El acetoacetato, la
acetona y el σ-hidroxibutirato se denominan cuerpos cetónicos, a pesar de que este último no tiene grupo carbonilo.
Los cuerpos cetónicos tienen una función fisiológica de aportar energía a determinados tejidos, entre ellos el cerebro, que
normalmente solo consume glucosa. No obstante, el cerebro puede consumir cuerpos cetónicos como fuente de energía en
situaciones extremas de ayuno prolongado o de estrés, que se deriva en una lipólisis masiva.
En general, la cetogénesis se estimula cuando se acumula acetil-CoA a causa de una utilización deficitaria de los hidratos de
carbono. La cetogénesis se produce fundamentalmente en el hígado debido a las elevadas concentraciones de HMG-CoA sintasa
en este tejido, aunque también se pueden formar en las mitocondrias. Los cuerpos cetónicos se transportan desde el hígado a
otros tejidos, donde el acetoacetado y el σ-hidroxibutirato pueden reconvertirse de nuevo en acetil-CoA para la regeneración de
energía.
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Bioquímica y biología molecular
Tercer parcial – metabolismo
SÍNTESIS DE TRIGLICÉRIDOS
Para que se dé la síntesis de triglicéridos, es necesaria la biosíntesis de ácidos grasos. La acetil-CoA se genera en la mitocondria,
principalmente a partir de dos fuentes, de la reacción de la piruvato deshidrogenasa (piruvato a acetil-CoA) y de la oxidación de
los ácidos grasos. Para que estas unidades acetil puedan ser utilizadas para la síntesis de ácidos grasos y colesterol, deben estar
presentes en el citoplasma.
Además de esta fuente de NADPH existe otra, dado que no hay mucha glucosa, parte se deriva al ciclo de las pentosas fosfato,
donde como también se obtiene como producto NADPH. El proceso global tiene tres sistemas enzimáticos que catalizan
respectivamente:
Síntesis de novo de ácidos grasos parte del Acetil CoA, y se requiere poder reductor:
Se requiere acetil coA (de hidratos de carbono) y NADPH (via pentosas P).
El acetil coA se genera en la mitocondria y hay que sacarlo al citosol donde
se produce la síntesis de los ácidos grasos, pero no atraviesa la membrana
mitocondrial como tal. E acetil coA se exporta a través de citrato de la
mitocondria. El paso de malato a piruvato produce NADPH.
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Bioquímica y biología molecular
Tercer parcial – metabolismo
1. Síntesis de malonil-CoA
Esta catalizada por la acetil CoA carboxilasa. Mas adelante, la síntesis de los ácidos grasos estará catalizada por el
complejo de la ácido graso sintasa.
*El malonil CoA inhibe a la CPT1: cuando hay síntesis de ác. grasos, a partir del Acetil CoA se obtiene malonil CoA, que inhibe la
CPT1. Así se evita la quema de ácidos grasos y, por tanto, evitamos el proceso de síntesis y degradación de ácidos grasos, para que
los recién sintetizados se puedan esterificar y emplear, y no entren en la mitocondria a degradarse. (mencionado más adelante).
Un transportador temporal (biotinilo) lleva el dióxido de carbono al acetilCoA para dar malonil-CoA. Los sustratos se unen a este
enzima, y los productos se van liberando, siguiendo una secuencia específica. La acetil-CoA carboxilasa es un típico ejemplo de
mecanismo de reacción ping-pong, en el que se liberan uno o más productos antes de que todos los sustratos se hayan enlazado.
Por ser una reacción tan exergónica, es irreversible.
Los intermediarios en la síntesis de ácidos grasos están unidos a una proteína portadora de acilos (ACP), que es pequeña y
contiene un grupo prostético fosfopanteteina. Se cree que este grupo prostético sirve de brazo flexible u oscilante, llevando los
intermediarios de la reacción desde el sitio activo de un enzima a la siguiente.
Este complejo tiene lugares de unión para el acetil-CoA y para el malonilCoA (por ello, se podría decir que tiene 2 funciones o
actividades en una misma cadena polipeptídica, en animales) y así se da el siguiente proceso:
- Se transfiere un grupo acetilo del acetil-CoA al grupo –SH (grupo tiol) de la cisteína de una de las proteínas. Está catalizada
por el enzima acetil-CoAACP transacilasa.
- Se transfiere el grupo malonilo del malonil-CoA al grupo –SH de la ACP. Está catalizada por la malonil-CoA-ACP transcilasa.
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Bioquímica y biología molecular
Tercer parcial – metabolismo
*La unión del acetil CoA al ACP lo cataliza la acetiltransacilasa, mientras que la unión del malonil lo cataliza la maloniltransacilasa.
La cadena de ácido graso se construye mediante las adiciones sucesivas de unidades de dos carbonos. Cada ciclo de adición consiste en 7
reacciones, que se inician con la acetil-CoA carboxilasa. Todas las actividades están asociadas al complejo ácido graso sintasa (FAS). Las tres
primeras reacciones corresponden a las ya explicadas, catalizadas por la acetil-CoA carboxilasa, la acetil-CoA-ACP transacilasa y la malonil- CoA-
ACP transacilasa. Estas reacciones se repiten idénticas en cada ciclo de adición de dos átomos de carbonos.
Los cuatro pasos siguientes en la síntesis de ácidos grasos son la condensación, reducción, deshidratación y reducción:
- Condensacion: es la condensación de los grupos acetilo y malonil activados, que forma un grupo acetoacetilo unido a ACP, a través del
grupo –SH de la fosfopantoteína: acetoacetil-ACP. La reacción de transferencia del grupo acetilo al malonilo es catalizada por la σ-cetoacil-
ACP sintetasa. Simultáneamente se produce una descarboxilación por la liberación de CO2, la cual contribuye a la disminución sustancial
en la energía libre, favoreciendo así la reacción de condensación. El CO2 que se pierde es el mismo que vino del bicarbonato de la acetil-
CoA carboxilasa.
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Bioquímica y biología molecular
Tercer parcial – metabolismo
- Reducción del grupo carbonilo: el acetoacetil-CoA formado en la etapa de condensación se reduce luego en el grupo carbonilo en C3,
formando D-σ- hidroxibutiril-ACP. Esta reacción está catalizada por la σ-cetoacil-ACP reductasa, siendo el NADPH el dado de electrones.
- Deshidratación: se eliminan los elementos de agua de C2 y C3 del D-σ- hidroxibutiril-ACP, formando un doble enlace en el producto tras-
2-enoilACP. El enzima que cataliza la deshidratación es la σ-hidroxiacil-ACPdeshidratasa.
- Reducción del doble enlace: el doble enlace del crotonil-ACP se reduce, formando butiril-ACP, por acción de la enoil-ACP reductasa. El
dador electrónico es el NADPH.
Para comenzar el segundo ciclo, la butiril-ACP reacciona con tora molécula de malonil-CoA. El mismo patrón continúa hasta que el producto del
séptimo ciclo, la palmitiol-ACP sufre una hidrólisis para producir palmitato y ACP libre. El FAS tiene todas las funciones menos la del acetil-CoA
carboxilasa.
El proceso global es: 𝐴𝑐𝑒𝑡𝑖𝑙 − 𝐶𝑜𝐴 + 2𝐴𝑇𝑃 + 7𝐴𝑇𝑃 + 14𝑁𝐴𝐷𝑃𝐻 + 14𝐻+ → 𝑃𝑎𝑙𝑚𝑖𝑡𝑎𝑡𝑜 + 8𝐶𝑜𝐴 + 6𝐻2𝑂 + 7𝐴𝐷𝑃 + 7𝑃𝑖 + 14𝑁𝐴𝐷𝑃+
ELONGACIÓN
La acción de la FAS (ácido graso sintasa) da lugar al palmitato. Se han de producir variaciones en cuanto a la longitud de la cadena
y el grado de insaturación. La elongación de los ácidos grasos se produce en la mitocondria y en el retículo endoplasmático por
reacciones similares, pero catalizadas por entidades enzimáticas distintas al complejo FAS.
La elongación y la insaturación de ácidos grasos se realiza por enzimas en el retículo endoplasmático y minoritariamente (ácidos
grasos de cadena corta), en mitocondria. En el retículo cada reacción es catalizada por una enzima distinta y no hay ACP. Los
mamíferos carecen de enzimas para introducir dobles enlaces en los átomos de carbono más allá del c-9 de la cadena (desde el
extremo carboxilo). Tenemos desaturasas delta 4,5,6 y 9. De ahí que determinados ácidos grasos sean esenciales (linoleico y
linolénico) que son w 6 (delta9, 12) y w 3 (delta9, 12, 15), respectivamente (contienen insaturaciones más allá de 9, por lo que no
sirven las desaturasas que tenemos, y no podemos sintetizarlos. Son importantes para sintetizar leucotrienos, tromboxanos… con
un papel antiinflamatorio y cardioprotector).
La desaturación se realiza por un complejo de proteínas NADH citocromo b5 reductasa Desaturasa. El proceso requiere NADH o
NADPH. *En vez de tener un complejo de la FAS como tal, tenemos un grupo de enzimas que tienen funciones específicas, junto
con otros elementos
*COMPARATIVA VÍA DE SATURACIÓN Y DE SÍNTESIS. Las reacciones, desde el punto de vista químico, son casi iguales, pero a la
inversa. Sin embargo, las enzimas o catalizadores que utilizan son diferentes y se ubican en lugares distintos. Además, los
coenzimas también cambian.
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Bioquímica y biología molecular
Tercer parcial – metabolismo
Así no pueden sintetizar el ácido linoleico ni el linolítico, que son esenciales para nosotros, ya que tienen las insaturaciones más
allá del C9. El ácido linoleico es el precursor de ácido araquidónico, y este es a su vez el precursor de las prostaglandinas,
leucotrienos y tromboxanos. Por lo tanto, es necesario ingerirlos mediante la dieta. La reacción global para la insaturación es:
Los acil-CoA son formados a partir de los ácidos grasos gracias a las mismas enzimas que se encargan de la activación en la
oxidación de ácidos grasos (acil-CoA sintetasa). Éstos, junto con el glicerol 3-fosfato son los principales precursores de
triacilglicéridos. El glicerol 3-fosfato viene de la dihidroxiacetona fosfato, generada en la glucólisis.
El glicerol 3-fosfato sufre dos esterificaciones sucesivas con acil-CoA, para producir diacilglicerol 3-fosfato o ácido fosfatídico,
que es precursor tanto de fosfolípidos como de triglicéridos. La ruta hacia los triglicéridos, el ácido fosfatídico es hidrolizado por
la ácido fosfatídico sintasa, para formar 1,2-diacilglicerol, que se convertirá en triglicéridos por transferificación de un tercer acil
graso-CoA.
REGULACIÓN DE LOS PROCESOS (NO LO SEPARÓ POR LOCAL Y GLOBAL, LO DIO TODO JUNTO).
En un mismo tejido no pueden darse la degradación y la síntesis al mismo tiempo, por lo que han de existir mecanismos de
regulación (dependerán de la situación neuroendocrina). Durante el ayuno, aumenta el nivel de los ácidos grasos, porque las
hormonas como la adrenalina y el glucagón, estimulan a la lipasa de las células adiposas. La insulina inhibe la lipólisis.
*La adrenalina puede aparecer tanto en situaciones de ayuno como en alimentación, y tienen una función similar al glucagón.
La lipólisis se produce en situaciones de ayuno, estrés y ejercicio prolongado, para liberar ácidos grasos y que sean utilizados
como combustible alternativo para todos los músculos que estén entrenados y tengan un aporte de oxígeno necesario*. La
oxidación de ácidos grasos se regula por la disponibilidad de sustratos, que a su vez, se regula por un control hormonal de la
movilización de las grasas en los adipocitos en el tejido adiposo que almacena la grasa, que se usará en todas las células.
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Bioquímica y biología molecular
Tercer parcial – metabolismo
*La enzima desforforilada polimeriza y es activo (los acil Coa de cadena larga inhiben este proceso, además de inhibir a la G6PDH
de la vía de las pentosas fosfatos). Este enzima también se regula a largo plazo por cantidad. Mejor explicado después!
*El citrato era feed forward, y aquí también actúa como modulador alostérico positivo de la acetil-CoA carboxilasa.
También hay que tener en cuenta que los niveles altos de malonil-CoA impiden la degradación. La carnitina transferasa I se
inhibe fuertemente por la malnonil-CoA, el primer compuesto de la síntesis de ácidos grasos. Así se impide el movimiento de las
acil-CoA a la mitocondria por la lanzadera de la acil-carnitina.
La síntesis de triacilglicéridos es máxima cuando abundan los carbohidratos y la carga energética, y cuando escasean los ácidos
grasos. También se regula por mecanismos hormonales.
La acetil-CoA carboxilasa es un enzima que como blanco del control es muy importante. Sus actividades son bajas en los animales
que no ingieren alimento. Su control está sujeto a regulación en dos dimensiones: local y global.
*La penilipina es una proteína que está rodeando a la gota lipídica y es fundamental para que la lipasa se pegue y rompa esa gota.
La fosforilación de la acetil-CoA carboxilasa por la proteína quinasa dependiente de AMP cíclico tiende a inactivar el enzima. La
proteína quinasa dependiente de AMP cíclico se activa por AMP y se inactiva por ATP. La adrenalina y el glucagón activan a la
PKA, que a su vez activa a la fosfatasa por fosforilación. Así estas hormonas catabólicas desconectan la síntesis de ácidos grasos
porque mantienen la carboxilasa en su forma fosforilasa.
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Bioquímica y biología molecular
Tercer parcial – metabolismo
La insulina estimula a la carboxilasa porque provoca su desfosforilación. La insulina estimula la síntesis de ácidos grasos mediante
la activación de la carboxilasa. Otro de sus efectos es estimular la entrada de glucosa en las células, ya que aumenta el flujo a
través de la glucólisis y la reacción de la piruvato deshidrogenasa, que proporciona acetil-CoA para la síntesis de ácidos grasos. La
insulina también activa el complejo piruvato deshidrogeasa, mediante la estimulación de su desforforilación a la forma activa.
REGULACIÓN LOCAL
Esta enzima se regula alostéricamente por el citrato. Éste invierte en parte la inhibición producida por la fosforilación. Es un
modulador positivo de la acetil-CoA carboxilasa, ya que se une al enzima y la activa parcialmente. La acetil-CoA carboxilasa es un
octámero que tiene un estado intermedio, y el citrato facilita la polimerización de octámeros inactivos a filamentos activos. La
acetil-CoA carboxilasa debe sufrir una polimerización reversible para ser activada. La concentración de citrato es alta cuando hay
abundante acetil-CoA y ATP.
Existe un control adaptativo. El control a largo plazo está mediado por cambios en las velocidades de síntesis y degradación de
los enzimas que participan en la síntesis de ácidos grasos. Por ejemplo, si ante un ayunto prolongado, se alimenta con una dieta
rica en azúcares y pobre en ácidos grasos, se aumenta la concentración de acetil-CoA carboxilasa y ácido graso sintasa.
La carboxilasa está activa si está polimerizada. El citrato actúa de modulador alostérico positivo, favoreciendo la polimerización
y los ácidos grasos de cadena larga. También actúa de modulador alostérico negativo, favoreciendo la despolimerización por la
presencia de muchos ácidos grasos (es modulador negativo de la fosfofructoquinasa). El malonil-CoA inhibe la carnitina acil-CoA
transferasa, que mete los ácidos grasos a la mitocondria para obtener energía.
REGULACIÓN DE LA LIPOGÉNESIS
El malonil coA inhibe a la CPT1: cuando hay síntesis de ácidos grasos, a partir
de acetil coA se obtiene malonil coA que inhibbe la CPT1. Así se evita la quema
de ácidos grasos. MENCIONADO 80 VECES
Por otro lado, los oxiesteroles, derivados del colesterol activan LXR (liver X
receptor) y aumentan la síntesis de SERBP1 y activan la síntesis de ácidos
grasos.
Las enzimas implicadas en la síntesis de lípidos (en ese caso, FAS, ACC, las que
se encarguen de la síntesis de colesterol, etc) se regularan también por
cantidad. En ayuno prolongado, estas enzimas están inhibidas. Esto se regula a
largo plazo como se ha explicado antes (*).
Hay una competencia de sustratos entre la glucosa y los ácidos grasos. El músculo puede consumir glucosa o ac.grasos, pero el
consumo preferente de ac.grasos inhibe el de glucosa y viceversa. Ej: si hay muchos ac.grasos, aumenta el citrato, que inhibe la
fosfoructoquinasa.
El consumo de ácidos grasos favorece que no se consuma glucosa. Eso ocurre en situación de ayuno y en músculos con un proceso
aerobio. Es un metabolismo oxidativo.
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Bioquímica y biología molecular
Tercer parcial – metabolismo
En ayuno la acetil coA esta polimerizada o despolimerizada. En ayuno no está activa, por lo que está despolimerizada. En ese
caso sí estaría fosforilada, ya que la fosforila la adrenalina y el glucagón. Por tanto, en ayuno, está inactiva.
En ayuno, los niveles de malonil coA (que está en la de síntesis) están bajos, ya que no sintetizo grasas.
En una situación de alimentación, en el hígado el citrato está alto, y por tanto se inhibe la fosfofructoquinasa (ya que se fosforila
la acetil coA carboxilasa)
Ayuno: hay degradación de ác.grasos y aminoácidos y va a cuerpos cetónicos. Por tanto hay acetil coA, ya que es necesario para
producir esa degradación.
Alimentación: el acetil coA viene de la degradación de hidratos de carbono y se necesita para síntesis de colesterol y ac grasos
En algunos tejidos puedo estar en alimentación, y la via glucolitica estar funcionando en hígado, tejido adiposo... Por ejemplo
puedo estar en gluconeogénesis hepática y renal y en glucolisis muscular en ayuno y moviéndome. Son dos vías que están en
distintos tejidos, ya que en el mismo tejido NUNCA una vía está en dos sentidos a la vez. En tejidos distintos está coordinado
todo por hormonas.
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Bioquímica y biología molecular
Tercer parcial – metabolismo
Nosotros en la dieta ingerimos grasa (que tiene más triglicéridos que colesterol). Estas grasas son transportadas por los
quilomicrones (formados por el RE) a través del torrente sanguíneo, liberando ácidos grasos en los tejidos. Tras esto, los
quilomicrones remanentes (principalmente con proteínas y colesterol), llegan al hígado, que coge ese colesterol y, junto con los
triglicéridos y colesterol sintetizados de novo, se empaquetan en las VLDL (los quilomicrones remanentes vacíos son degradados
en los lisosomas). Estas reparten ácidos grasos al resto de tejidos y se enriquecen en colesterol. Al final, la LDL es la más rica en
colesterol y la que repartirá colesterol a los tejidos extrahepáticos.
El colesterol no circula libre en la sangre, sino que circula en estructuras que son las lipoproteínas. El colesterol podemos ingerirlo
o sintetizarlo en el hígado. Cada lipoproteína tiene una función específica, dependiendo de su lugar de síntesis, y su composición
lipídica y de apolipoproteínas.
*Papel de la lecitin colesterol acil transferasa: transfiere el AG de posición 2 de la lecitina fosfatidil colina al colesterol (para
esterificar colesterol). Interviene en la retirada de colesterol por las HDL y el paso de colesterol de HDL a VLDL y LDL. La LCAT se
activa por Apo A-I, presente en las HDL. (más explicado en los apuntes originales y a continuación).
Por otro lado el colesterol endógeno se forma como HDL (lipoproteínas de alta densidad), y se sintetiza en el hígado y en el intestino delgado
como partículas pequeñas, ricas en proteínas y con poco colesterol, y nada de sus ésteres. Contienen ApoA-I, ApoC-I, ApoE-II y otras, además
del enzima lectina-colesterol acil transferasa (LCAT), estimulada por la ApoA-I, que cataliza la formación de ésteres a partir de lectina
(fosfatidilcolina) y colesterol. La LCAT de la superficie de las HDL nacientes convierte el colesterol y la fosfatidilcolina de los quilomicrones y
remanentes de las VLDL en ésteres de colesterol.
La HDL desprovista de lípidos en el hígado se disocia, vuelve a la circulación sanguínea y extrae más lípidos de los quilomicrones y los
remanentes de VLDL, también capta colesterol de los tejidos extrahepáticos y los lleva al hígado, en las rutas de transporte inverso del
colesterol. Cuando las HDL vuelven al hígado, pueden ser captadas por dos vías distintas:
→ La HLD naciente interacciona con los receptores SR-BI de las células ricas en colesterol, lo que desencadena un movimiento pasivo de
colesterol desde la superficie celular hacia la HDL, que lo transporta al hígado. Es una transferencia parcial y selectiva de colesterol y otros
lípidos.
→ La ApoA-I de la HDL pobre en lípidos interacciona con su transportador activo, la proteína ABC1, en una célula rica en colesterol. La ApoA-I
es captada por endocitosis y vuelta a secretar cargada de colesterol, que va al hígado.
El HDL enriquecido de colesterol vuelve al hígado y descarga el colesterol, y parte de éste se convierte en sales biliares. El HDL enriquecido se
une a un receptor específico en el hígado, que actúa mediante una transferencia parcial y selectiva del colesterol y otros lípidos de la HDL al
interior del hepatocito. La HDL desprovista de lípidos se disocia, vuelve a la circulación sanguínea y extrae más lípidos a los quilimicrones y a
los remanentes de VLDL. También puede captar colesterol almacenado en los tejidos extrahepáticos y transportarlo hacia el hígado.
El receptor reconoce la ApoB100, se produce invaginación por acción de las clatrinas y hay endocitosis. El lisosoma se funde, se digiere, y el
colesterol no queda libre en la célula, sino que se esterifica mediante la Acil-CoA colesterol acil transferasa (si la célula tiene mucho colesterol
se inhibe la síntesis del receptor del colesterol). Por el contrario, el HDL entra por un receptor también, pero no mediante endocitosis.
El colesterol y sus ésteres son prácticamente insolubles en agua. Estos lípidos tienen que ser transportados desde
los tejidos de origen hasta aquellos que serán almacenados o consumidos. Son transportados en el plasma
sanguíneo en forma de lipoproteínas plasmáticas, complejos macromoleculares de proteínas transportadoras
específicas, las denominadas apolipoproteínas.
Éstas se combinan con lípidos para formar distintas partículas lipoproteicas, complejos esféricos con lípidos
hidrofóbicos, como los triglicéridos y el colesterol esterificado o no en el núcleo; y cadenas laterales hidrofílicas de
aminoácidos de la proteína en la superficie. También puede formar una monocapa de fosfolípidos. De esta manera
se consigue una nueva forma segura de transporte.
En el plasma humano se encuentran nueve apolipoproteínas diferentes (ApoA-I, ApoA- II, ApoA-IV, ApoB-48, ApoB-100, ApoC-I, ApoC-II, Apo-
C-III, ApoD y ApoE), y se diferencias por su tamaño, las reacciones con los anticuerpos y la distribución de las clases de lipoproteínas.
Los ésteres de colesterol se forman en el hígado mediante la acción de la acilCoA colesterol acil-transferasa (ACAT), que realiza la transferencia
de un ácido graso del coenzima A al grupo hidroxilo de colesterol, convirtiendo el colesterol en una forma más hidrofóbica.
19
Bioquímica y biología molecular
Tercer parcial – metabolismo
Lo importante es el cociente de las LDL entre las HDL, ya que éste no tiene que sobrepasar aproximadamente de 3’5. Lo beneficioso para la salud
es tener las LDL bajas y las HDL altas. Las LDL se consideran normales si están en un rango entre 200220 mg/dl. Por tanto, las funciones de las
distintas lipoproteínas son:
→ Quilomicrones: se sintetizan en el intestino y transportan triglicéridos y colesterol exógeno a los tejidos.
→ VLDL: se sintetizan en el hígado y transportan los triglicéridos y colesterol endógenos a los tejidos.
→ HDL: transportan colesterol desde los tejidos al hígado.
Cada partícula de LDL del torrente sanguíneo contiene ApoB-100, que es reconocida por proteínas receptoras específicas de la
superficie, los receptores LDL, en las células que necesitan captar el colesterol.
La unión de la LDL a su receptor inicia la endocitosis, que lleva a la LDL y a su receptor asociado al interior de la célula dentro de
un endosoma. Éste se fusiona finalmente con un lisosoma, que lleva a cabo la digestión del contenido gracias a enzimas que
hidrolizan los ésteres de colesterol, liberando ácidos grasos y colesterol al citosol.
La ApoB-100 de la LDL se degrada también, dando aminoácidos que le liberan al citosol, pero el receptor de la LDL se escapa a la
degradación, y vuelve a la superficie celular para funcionar de nuevo en la captación de LDL (los receptores se reciclan). La ApoB-
100 está también presente en la VLDL, pero su dominio de unión al receptor no es accesible para unirse al receptor de LDL. La
conversión de la VLDL a LDL expone el dominio de unión al receptor de ApoB-100. A esto se le conoce como endocitosis facilitada.
El colesterol que entra en las células por esta ruta puede incorporarse a las membranas o ser reesterificado por la acil-transferasa
para su almacenamiento en gotículas de lípido citosólica. *Acil CoA colesterol acil transferasa: esterifica colesterol libre.
La acumulación de un exceso de colesterol intracelular se evita mediante la reducción de la velocidad de la síntesis de colesterol
cuando puede obtenerse suficiente colesterol de la LDL de la sangre. Es decir, los niveles de colesterol van a regular la síntesis del
mismo. Si hay colesterol se reprimir la síntesis mediante la inhibición de la HMG-CoA reductasa (ya que es la enzima principal
encargada de la síntesis de colesterol) o mediante la formación del receptor de LDL para que no se capte más de fuera.
El receptor de la LDL une también ApoE y juega un papel importante en la captación hepática de quilomicrones y VLDL residuales.
Sin embargo, cuando no existen receptores de LDL, las VLDL residuales y los quilomicrones pueden ser captados por el hígado,
aunque no ocurre esto con las LDL. Esto indica que existe un sistema de soporte para la endocitosis facilitada por receptor de las
VLDL residuales y los quilomicrones. Un sistema de soporte es la proteína relacionada con el receptor que une ApoE y otros
ligandos.
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Bioquímica y biología molecular
Tercer parcial – metabolismo
SÍNTESIS DE COLESTEROL
El sustrato para la síntesis de colesterol es el acetil-CoA, que viene de los hidratos de carbono cuando hay disponibilidad de éstos
(si tenemos mucho acetil-CoA es porque tenemos un exceso de hidratos de carbono). Los ácidos grasos sólo se degradan en
situaciones de ayuno y ejercicio prolongado, por ello hay que vigilar también la ingesta de hidratos de carbono en la dieta. El
proceso se divide en tres etapas:
El colesterol es un esterol con cuatro anillos que forman un núcleo esteroideo. Todos
son alcoholes con un -OH en C3. Tiene molécula de ciclopentanoperhidrofenantreno,
y el colesterol es una molécula hidrofóbica de la familia de los esteroides
(concretamente, es un esterol).
El colesterol de 27 carbonos proveniente del acetato. Es fundamental, pero no necesaria en la dieta, ya que las células pueden
sintetizarlo. El isopreno es un intermediario esencial en la ruta acetato-colesterol y es el precursor de otros lípidos.
Para poder ver todos los pasos que ocurren en la síntesis del colesterol, se realiza un marcaje con isótopos radiactivos. Se marca
con acetato con C14 en el carbono metílico o en el carbono carboxílico.
Se condensan dos moléculas de acetil CoA (viene de la degradación de higratos de carbono, dando mevalonato. Si viniera de ác.
grasos se iría a formar cuerpos cetónicos), y forman un acetoacetil CoA, que a su vez se condensa con una molécula de acetil CoA
y se obtiene 3-hidroxi-3- metilglutaril-CoA (HMG-CoA) con 6 carbonos. Estas dos reacciones están catalizadas por la tiolasa y la
HMG-CoA sintetasa. La HMG-CoA sintetasa citosólica de esta ruta es diferente a la que interviene en la síntesis de HMG-CoA para
la formación de cuerpos cetónicos en situaciones de ayuno y ejercicio prolongado.
El HMG-CoA se reduce a mevalonato, para lo que 2 NADPH ceden electrones (introducimos la necesidad de poder reductor para
formar colesterol: los tejidos que forman hormonas necesitaran emplear mucho poder reductor). Esta es la etapa limitante de la
ruta, y la HMG-CoA reductasa es el principal regulador de la síntesis de colesterol.
A continuación se transfieren 3 grupos fosfato de tres moléculas de ATP al mevalonato. A partir de esto, se forma el isopentenil
pirofosfato: sale un fosfato y un grupo carboxilo y producen un segundo enlace en el producto de 5 carbonos (es el primero de
los dos isoprenos activados para la formación del colesterol). Éste se isomeriza y se obtiene el segundo isopreno activado, el
dimetilalil pirofosfato. (ESTE PASO SE PUEDE CONSIDERAR INICIO DE LA SEGUNDA ETAPA).
La etapa limitante de la vida es la catalizada la HMG CoA reductasa, que cataliza la conversión del HMG CoA en mevalonato. Es
una proteína integral del retículo endoplasmático. La parte catalítica se orienta hacia el lado citoplasmático.
El isopentenil pirofosfato y el dimetilalil pirofosfato se condensan (de forma cabeza- cola) con desplazamiento de un grupo
pirofosfato, formándose el geranil pirofosfato de 10 carbonos.
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Bioquímica y biología molecular
Tercer parcial – metabolismo
Esta molécula sufre una condensación (cabeza – cola) con isopentenil pirofosfato y da farnesil pirofosfato con 15 carbonos. Dos
moléculas de farnesil pirofosfato se CONDENSAN Y se forma el escualeno, con 30 carbonos, gastando NADPH. La síntesis de
isoprenil-pirofosfato se realiza en tres etapas, con gasto de 3 ATP.
Si regulamos la síntesis de colesterol con estatinas, no solo regulamos la síntesis de colesterol, sino también reducimos la síntesis
de todos estos compuestos anteriores. No es problema, ya que hay demasiado colesterol y es por ello por lo que aplicamos este
tratamiento, además de que se puede controlar con la dosis.
*DE LA SÍNTESIS DE COLESTEROL SALEN PRODUCTOS DESTINADOS A OTRAS FUNCIONES: ejemplo de las proteínas.
HIDROXILACIÓN DEL COLESTEROL CATALIZADA POR UNA MONOOXIGENASA UTILIZANDO NADPH Y CITOCROMO P450:
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Bioquímica y biología molecular
Tercer parcial – metabolismo
El NADPH también es importante en los procesos de detoxificación (CASO DE LOS XENOBIÓTICOS). Ésta se da sobre todo en el
hígado, y consiste en la combinación de la molécula que se quiere eliminar con otra muy polar que la convierte en soluble y pasa
a la sangre, filtrándose en el riñón y luego eliminándose.
Los dobles enlaces del escualeno 2,3-epóxido están colocados de tal forma que, mediante una reacción concertada, esta molécula
lineal tome una estructura cíclica.
En animales, esta ciclación conduce a la formación de lanosterol, que se convierte en colesterol mediante veinte reacciones, que
incluyen la migración y la eliminación de metilos: eliminación de grupos metilo, reducción de un doble enlace por NADPH y
migración de otro doble enlace en el retículo endoplasmático. Hay 2 vías paralelas que conducen al colesterol.
Las reacciones de monooxigenación más numerosas y complejas son catalizadas por el citocromo P450 y es imprescindible en la
conversión de escualeno a colesterol.
El citocromo 450 es una proteína de unos 50kDa que está unida a la membrana del retículo endoplasmático. Contiene un grupo
hemo y participa en mecanismos de hidroxilación usando oxígeno.
Estos procesos tienen mucha importancia en los mecanismos de detoxificación de sustancias extrañas (xenobióticos). El NADPH
cede los electrones a una flavoproteína (adrenoxina) que contiene hierro no hemínico reduciéndolo de Fe+3 a Fe+2.
Esta proteína a su vez cede el electrón al Fe+3 del citocromo 450, pasándolo a Fe+2, pudiendo entonces unirse a oxígeno. La cesión
de un segundo electrón de la adrenoxina genera la escisión de la molécula de oxígeno de forma que uno de los átomos de oxígeno
se protona y se libera como agua y el otro queda formando un intermediario muy reactivo (ferrilo) que extrae un átomo de
hidrogeno del sustrato RH generando un radical libre que, a su vez, captura el OH del hierro y se forma ROH.
En la reacción de hidroxilación, el RH (sustrato orgánico) es hidroxilado a ROH, incorporando un átomo de oxígeno del O2. El otro
oxígeno se reduce a H2O por acción de equivalentes reducidos aportados por el NADH o el NADPH, pero que normalmente se
transfieren al citocromo P450 mediante una proteína ferrosulfatada.
La hidroxilación de moléculas xenobióticas aumenta su polaridad o les permite conjugarse con otras como glucuronato o sulfato
para así eliminarse más fácilmente.
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Bioquímica y biología molecular
Tercer parcial – metabolismo
La HMG-CoA reductasa se regula en respuesta a la conecntración intracelular de colesterol y por las hormonas glucagón e insulina.
Esta enzima es inducible y está regulada a varios niveles:
*si tenemos muchos hidratos de carbono, vamos a estimular la enzima esta reguladora.
- Transcripcional: la síntesis de ARNm está regulado por SREBP (proteína de unión del elemento regulador por esteroles), que
se une a un elemento de regulación de esteroides (SER) y la región 5’ del gen. Detecta si los niveles de esteroles son altos o
bajos, y si hay esteroles inhibe la transcripción.
- Traduccional: es un “feedback”. La traducción se inhibe por metabolitos derivados de mevalonato y por colesterol exógeno.
(como un feedback).
- Vida media: el dominio de membrana del enzima puede alterarse por cambios en la concentración de colesterol, haciendo
que la proteína sea más susceptible a la degradación (mediada por la proteína INSIG).
- Modificación covalente: la fosforilación disminuye la actividad del enzima. Una proteín-quinasa activada por AMPK fosforila
e inhibe al enzima (la modifica covalentemente). Cuando la carga energética baja se inhibe la síntesis. AMPK es una quinasa
que se activa cuando suben los niveles de AMP, es decir, en situaciones de falta de energía. Por tanto, podemos decir que la
carga energética también regula la síntesis de colesterol (si no hubiera energía no se crearía colesterol).
Existen varios mecanismos que también regulan la síntesis de colesterol mediante control hormonal, que se consigue por
modificación covalente de la propia HMG-CoA reductasa. El enzima existe en forma fosforilada (inactiva) o desfosforilada (activa):
- Insulina: promueve la desfosforilación, activando el enzima, y por ello favorece la transcripción, además de ordenar que se
retiren los hidratos de carbono de las células si los hay. Promueve la síntesis de ácidos grasos y colesterol. Esta hormona está
en situaciones de energía. (Aumenta la cantidad de encima).
- Glucagón: es un inhibidor de la HMG-CoA reductasa (a largo plazo), ya que promueve la fosforilación. El glucagón está
presente en situaciones de ayuno y ejercicio prolongado. (disminuye la cantidad de encima, promueve su degradación).
A largo plazo tanto SRBEBP1 como ChREBP regulan también la síntesis de lípidos al
aumentar la expresión de FAS, ACC, elongasas y desaturasas. La xilulosa 5 P
(metabolito de las pentosas P) fosforila CHRBEP y lo activa.
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Bioquímica y biología molecular
Tercer parcial – metabolismo
Cuando los niveles de colesterol son altos, la SREBP es inactiva, y permanece retenida en el retículo por SCAP (proteína activadora
del corte de la SREBP). Es la SCAP la que une el colesterol y otros esteroles, actuando de este modo como un sensor de esteroles.
Cuando los niveles de esteroles son elevados, el complejo SCAPSREBP interacciona con otra proteína, que retiene todo el complejo
en el retículo.
Cuando los niveles de colesterol bajan hay un cambio de conformación en SCAP y se produce la liberación del complejo SCAP-
SREBP y migra hasta el aparato Golgi. Allí la SREBP se fracciona dos veces por dos proteasas diferentes. El segundo corte libera
su dominio amino terminal al citosol, el cual se desplaza hasta el núcleo y activa la transcripción de sus genes diana. El dominio
amino-terminal de las SREBP tiene una vida media corta, siendo rápidamente degradado por proteosomas.
Cuando los niveles de esteroles aumentan vuelve a bloquearse la liberación proteolítica de los dominios N-terminales de las
SREBP, con lo que la rápida degradación por el proteosoma de los dominios activos da lugar a una desconexión de los genes diana.
INSIG1/2 también interacciona en esto y se relaciona con el estrés de retículo. Los esteroles interaccionan con INSIG que favorece
la degradación de HMGR en el proteosoma.
El colesterol es un precursor de moléculas como los ácidos biliares o las hormonas esteroideas (a parte de la función que realizaba
en las membranas). El colesterol tiene 27C, se convierte en progestágenos de 21C y esto da distintas hormonas, como los
glucocorticoides, importantes para adaptación a ayuno y estrés, mineralocorticoides, que regulan los niveles de sodio y potasio,
los andrógenos, de los que luego salen los estrógenos…
La secreción de las sales biliares requiere BSEP. Mutaciones en esta proteína producen incapacidad de secreción produciendo
colestasis intrahepática. Las sales biliares, en parte, se degradan parcialmente en el intestino por la acción de la microbiota pero
en el íleon estos productos son reabsorbidos en su mayor parte (95%). Es lo conocido como circulación enterohepática. Ej: los
yogures tienen sustancias que inhiben la acción del colesterol. Si no hay colesterol, porque no lo absorbes, el hígado se encargará
de sintetizarlo. Por eso no son muy efectivos.
La mayor parte del colesterol que se elabora en el hígado se exporta en forma de colesterol biliar, ácidos biliares o en ésteres de
colesterol. Los ácidos biliares y sus sales son derivados del colesterol relativamente hidrofílicos que se sintetizan en el hígado y
ayudan a la digestión de los lípidos.
En el proceso, la combinación con ácidos biliares de los productos de colina o taurolina produce la formación de sales biliares.
Además, luego se produce el reciclaje de las sales biliares (circulación enterohepática).
Todas las hormonas esteroideas humanas son derivadas del colesterol. En la corteza de la glándula suprarrenal se sintetizan dos
clases de hormonas esteroideas, los mineralocorticoides (controlan reabsorción de iones inorgánicos) y los glucocorticoides
(ayudan a regular la gluconeogénesis y reducen la respuesta inflamatoria). Los glucocorticoides en baja concentración se unen a
su receptor, pero si están más concentrados se unen también a receptores de mineralocorticoies, que captan agua e iones,
produciendo hinchazón. VER ESQUEMA
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Bioquímica y biología molecular
Tercer parcial – metabolismo
→ El cortisol afecta al metabolismo de proteínas y glúcidos, suprime la respuesta inmunitaria, la inflamación y las respuestas
alérgicas.
→ La aldosterona regula la reabsorción de Na+, Cl- y HCO3- en el riñón.
→ El estradiol es el precursor de las hormonas sexuales masculinas y femeninas. Influye en las características sexuales
secundarias y regulan el ciclo reproductor de las hembras, junto con la progesterona.
Las hormonas sexuales se sintetizan en las gónadas masculinas y femeninas y en la placenta. Incluyen la progesterona (regula el
ciclo reproductor femenino) y los andrógenos y estrógenos (influyen en el desarrollo de las características sexuales secundarias
en hombres y mujeres respectivamente). Las hormonas esteroideas son efectivas a concentraciones muy bajas, por lo que se
sintetizan en cantidades pequeñas, y su producción consume poco colesterol. Los receptores de todas estas hormonas serán
intracelulares.
La síntesis de hormonas esteroideas requiere la eliminación de alguno o todos los carbonos de la cadena lateral en C17 del
colesterol. La eliminación de esta cadena ocurre en las mitocondrias de los tejidos que producen esteroides. Implica la
hidroxilación de 2 carbonos adyacentes de la cadena lateral, seguida de la rotura del enlace entre ellos. También hay que
introducir oxígenos. Todas estas reacciones de hidroxilación y oxigenación están catalizadas por oxidasas de función mixta que
usan NADPH, O2 y citocromo 450.
La vitamina D3 (colecalciferol) se produce en la piel por irradiación UV. En el hígado se añade un grupo hidroxilo en C25. En el
riñón hay una segunda hidroxilación en C1 y se produce una hormona activa, la 1,25- dihidroxicolecalciferol. Esta hormona
regula el metabolismo de Ca+2 en los riñones, intestino y huesos. Por eso si no hay vitamina D, no hay hormona D, y no se
absorbe calcio en el intestino, derivando en raquitismo.
Regla para recordar: los andrógenos tienen 19C, los estrógenos 18C y los gestantes 21C.
HIPERCOLESTEROLEMIA Y ARTEROESCLEROSIS
La hipercolesterolemia deriva de la arteroesclerosis que supone una obstrucción y rigidez de los vasos, ya que el colesterol se
deposita en su endotelio y se estrechan. Los vasos tienen tres capas (interna, media, de musculatura lisa, y la de fuera). Esto
aumenta el riesgo de sufrir un accidente cardiovascular.
Como tratamiento para bajar los niveles de colesterol, primero se lleva a cabo una intervención dietética (control de grasa e
hidratos de carbono), que consigue una disminución 10 – 15%. Posteriormente, si no se consigue una disminución eficaz, se
continúa con estatinas, que funcionan como un inhibidor competitivo de la HMG-CoA reductasa, pero causan dolencias de hígado.
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Bioquímica y biología molecular
Tercer parcial – metabolismo
La mayoría de los factores de riesgo que predisponen a una persona a la hipercolesterolemia, atereosclerosis y accidentes
cardiovasculares tener colesterol están indefinidos, pero se ha visto relación con ciertos factores ambientales y genéticos:
→ Ambientales: la dieta (cada vez se come más grasa y alimentos con un mayor contenido en colesterol) y el sedentarismo (si no
te mueves no gastas calorías, y además se ha demostrado que el ejercicio aumenta las HDL) influyen en gran medida, ya que
ingerimos más grasas que no son quemadas.
→ Genéticos: polimorfismos (ApoE) mutaciones del receptor de LDL, mutaciones en la PCSK9 (tratamiento muy innovador a base
de anticuerpos de esa proteína).
*Los ateromas dificultan el paso de la sangre, y además son protrombóticos (altera ciertas vías que provocarán su formación).
ATEROGÉNESIS: Se inicia por una disfunción endotelial, que puede estar causada por: tabaco, hipertensión, exceso de
lipoproteínas, diabetes, etc. Inicialmente, el endotelio se hace más permeable, tanto a las lipoproteínas (LDL) como a las células
inflamatorias (monocitos, que se convertirán en macrófagos), permitiendo su entrada. Las proteínas VCAM1 median la adhesión
de monocitos, los cuales se transformarán en macrófagos y comenzarán a producir citoquinas proinflamatorias. Estas, además
de reclutar más macrófagos, producen especies reactivas de oxígeno que promueven la oxidación de las lipoproteínas. Además,
comienza a expresar receptores scavenger y CD36, lo que favorece la ingestión de las LDL oxidadas (debido al entorno) por los
macrófagos, convirtiéndose así en células espumosas. (los macrófagos comen lipoproteínas oxidadas sin control, formando este
tipo de células; que flotan, mueren, liberan el contenido). El endotelio empieza a producir menos NO, lo que favorece la
vasoconstricción. El sistema renina-angiotensina favorece la expresión de VCAM. Inicialmente, el daño es más funcional que
estructural. El progresivo aumento de células espumosas y la muerte de éstas libera su contenido de lípidos en la íntima, y se van
acumulando. Finalmente, ocurren otro tipo de alteraciones favorecidas por el entorno inflamatorio, como fibrosis, y
eventualmente el ateroma puede llegar a romperse (lo que altera aún más el tejido). Esto pone en contacto con la circulación una
superficie muy alterada que es altamente protrombótica (atrae a plaquetas para coagulación).
La hipercolesterolemia familiar se debe a una mutación autosómica en un locus que afecta al receptor de las LDL.
Los homozigotos carecen del receptor y pueden tener niveles plasmáticos de colesterol superiores a los 600 mg/dl. En los
herterozigotos con la mitad de receptores funcionales los niveles pueden estar entorno a los 300 mg/dl. El exceso de colesterol,
conduce a la formación de xantomas (depósitos amarillentos de colesterol en piel y tendones) y a la formación de ateromas.
*El principal causante de la hipercolesterolemia es multifactorial: la combinación de la herencia y el medio ambiente (no solo una
mutación es causante de la enfermedad como tal).
El receptor mutado no reconoce las LDL y se quedan circulando. En parte se oxidan y forman los ateromas. Además la célula,
como no entra LDL piensa que no hay y sintetiza colesterol, no reprime a la HMG-CoA reductasa y el problema se agrava (las HDL
no dan avasto retirando tanto colesterol).
En la hipercolesterolemia familiar lo que se produce es que en las células hepáticas al no llegar colesterol exógeno, el hígado
sintetiza más colesterol, y exporta más lipoproteínas. Al no funcionar el enzima HMG-CoA reductasa también aumenta el
colesterol en el plasma.
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Bioquímica y biología molecular
Tercer parcial – metabolismo
En las placas ateroescleróticas se aprecian una cantidad de macrófagos (leucocito relacionado con las respuestas inflamatorias)
con un gran contenido de colesterol. Estos macrófagos se denominan células esponjosas o espumosas.
El exceso de LDL hace que parte de ellas se alteren, y en concreto la oxidación de sus lípidos puede generar grupos aldehído y
óxidos que reaccionan con restos de lisina.
Estos compuestos simulan acetilaciones que son reconocidas como extrañas por los macrófagos que ingieren y acumulan estas
lipoproteínas. La acumulación de macrófagos contribuye a la formación del ateroma, aumentando la rigidez y la tensión de los
vasos.
*El peligro está en las LDL oxidadas, aunque cuanto más LDL haya, más LDL oxidadas habrá.
En la población, existen tres variantes alélicas de ApoE: ApoE2 (se encuentra en el 15 % de la población), ApoE3 (mayoritario en
la población, con un 78%) y ApoE4 (presente en el 7% de la población).
Las diferencias entre estas proteínas residen en los residuos 112 y 158. En el caso de la ApoE2 son dos cisteínas, en el de la ApoE3
son cisteína y arginina y en el caso de la ApoE4 son dos argininas.
Las variantes ApoE2 y ApoE4 están relacionadas con una mayor incidencia de enfermedad cardiovascular. La variedad ApoE4
también está relacionada con una mayor incidencia de la enfermedad de Alzheimer. Esta proteína se expresa en tejido nervioso
y participa en el transporte de colesterol que juega un papel muy importante en las membranas y neurotransmisión.
*Tener estas variantes hace que sea más probable desarrollar la enfermedad, pero no hay una relación directa causa-efecto
La apoE2 tiene muy poca afinidad por el LDLR y es la causa de la hipercolesterolemia familiar de tipo III. (está el remanente, que
no se percibe bien por el hígado y no se puede reciclar).
Está demostrada la relación inversa entre los niveles de HDL y el accidente cardiovascular.
Las HDL retiran colesterol de los tejidos conduciéndolo al hígado. Además, se ha descrito una esterasa que degrada los lípidos
oxidados (LDL) en asociación con HDL. La disminución de LDL disminuiría las células espumosas.
Hay factores que favorecen el aumento de las HDL, como el ejercicio, bajo peso, alcohol y hormonas sexuales como estrógenos
(las mujeres que sufren una bajada brusca de éstos en la menopausia suelen sufrir un aumento del nivel del colesterol total,
disminuyendo a la vez su HDL). *VINO: tiene antioxidantes, y pueden ser los que en alguna medida eviten la oxidación de las LDLs.
La intervención dietética, la intervención en el estilo de vida (ejercicio) y el tratamiento farmacológico con estatinas (los más
usados, son inhibidores de la MHG-CoA reductasa), colestiraminas (inhibidores de la absorción de colesterol o ácidos biliares-
colestiramina, ezetimiba) y antioxidantes (evitan que las LDL se oxiden, y así se reduce el riesgo de ateromas) son las estrategias
terapéuticas que se llevan a cabo para disminuir el colesterol.
Los fibratos son agonistas de los Piparα (se usan cuando no funcionan las estatinas). Piparα actúa sobre los genes del metabolismo
intramitocondrial, por lo que promueve el consumo de ácidos grasos, al activar todo el programa de mitogénesis. El omega 3 es
abundante en el pescado e inhibe la metabolización de los tromboxanos. Los yogures inhiben la absorción del colesterol, pero
limitadamente.
Por otro lado, podemos destacar algunos inhibidores de la PCSK9 (alirocumab, evolocumab).
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Bioquímica y biología molecular
Tercer parcial – metabolismo
METABOLISMO DE FOSFOGLICEROLÍPIDOS
La mayor parte de los ácidos grasos sintetizados o ingeridos por un organismo o bien se incorporan en triglicéridos para el
almacenamiento de energía metabólica o se incorporan en los fosfolípidos, que son componentes de las membranas. Casi todas
estas vías metabólicas tienen lugar en el retículo endoplasmático.
El ácido fosfatídico se encuentra en muy pequeñas cantidades en la célula, pero es indispensable para la síntesis tanto de
triglicéridos como de fosfoglicerolípidos. Se forman en el retículo endoplasmático, salvo la cardiolipina, que se sintetiza en la
mitocondria.
Las fuentes de ácido fosfatídico son la glucosa y los triacilgliceroles. Su formación también tiene lugar en el retículo
endoplasmático liso. Se transporta en vesículas con fosfolípidos en su interior desde el retículo hasta las cisternas del aparato de
Golgi, y se secreta mediante vesículas de exocitosis. Otras vesículas con sus fosfolípidos llegan a otras partes de la célula
(mitocondrias, lisosomas, membrana plasmática, núcleo.
Los primeros pasos en la síntesis de glicerofosfolípidos están compartidos con la ruta de los triacilgliceroles. En ambos casos se
parte de ácido fosfatídico.
El grupo polar de la cabeza de los glicerofosfolípidos está unido mediante un enlace fosfodiéster en el que cada uno de los dos
hidroxilos alcohólicos forman un éster con el ácido fosfórico.
En el proceso de biosíntesis, uno de los hidroxilos es activado primero mediante la unión de un nucleótido, la CDP (citidina
difosfato). Seguidamente la CDP se desplaza mediante un ataque por
parte del segundo hidroxilo.
La CDP puede unirse al diacilglicerol, activándolo y formando el ácido
fosfatídico activado, o CDP-diacilglicerol (estrategia 1 - diacilglicerol
activado con CDP). Por otro lado, también se puede unir al hidroxilo del
grupo de la cabeza (estrategia 2 - grupo de cabeza activado con CDP).
Para la activación del diacilglicerol se necesita CTP. En este proceso se une la primera molécula con la segunda, desprendiendo
dos grupos fosfato. La energía libre de esta reacción es muy negativa, por lo que está muy desplazada hacia la derecha.
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Bioquímica y biología molecular
Tercer parcial – metabolismo
DESCRIPCIÓN DEL PROCESO: El diacilglicerol activado interacciona con el alcohol, pierde un grupo fosfato e interacciona con
otro fosfatidilglicerol. Finalmente obtenemos cardiolipina (el fosfatidilglicerol pierde un fosfato e interacciona con otro igual,
formándola).
RAMA 5 DEL 1º. El diacilglicerol activado reacciona con inositol, dando fosfatidilinositol
RAMA 6: se parte de colina (que puede venir de la dieta) para dar fosfatidilcolina (fosfolípido más abundante en animales).
Comenzamos activando la colina con CDP (tras haber añadido previamente el fosfato, fosforilándola) y luego se añade el
diacilglicerol.
RAMA 8: síntesis de fosfatidilcolina a partir de fosfatidiletanolamida. La metil-transferasa es un enzima hepático, y la reacción
depende de S-adenosil metionina.
*La fosfatidilserina también se puede sintetizar por una reacción de intercambio de base.
*S-adenosil metionina como dador de grupos metilo por su elevado poder de transferencia. FOTO DERECHA
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Bioquímica y biología molecular
Tercer parcial – metabolismo
El 20% de los glicerofosfolípidos de mamíferos son plasmalógenos. En el sistema nervioso llegan 23%, mientras que en el hígado
apenas son 0.8%. Esto se corresponde con el tramo 7 de la figura resumen.
Los plasmalógenos son compuestos raros en la naturaleza (mensajeros). Se trata de éteres de vinilo, y un ejemplo de
plasmalógeno es el activador de las plaquetas.
En este proceso se obtienen glicerolípidos, partiendo de una molécula con un enlace éter, la acilhidroxiacetonafosfato. Para
obtenerla se necesita dihidroxiacetona (ruptura de glucosa 1, 6-bifosfato):
→ La molécula de 1-acilhidroxiacetonafosfato entra en contacto con un alcohol graso saturado. Esto provoca un desplazamiento
de un grupo acilo graso esterificado, que formará el éter y la molécula de 1- alquildihidroxiacetonafosfato. Este proceso está
mediado por la 1- alquildihidroxiacetonafosfato sintasa. El alcohol graso se obtiene mediante la reducción de un ácido graso con
2 NADPH.
→ Se añade un ácido graso y se libera el CoA para la formación de 1-alqui-2- acilglicerol 3-fosfato.
→ Se une el grupo de la cabeza mediante mecanismos iguales a los de la formación de fosfolípidos. Se pasa de 1-alquil-2-
acilglicerol 3-fosfato a 1-alquil2-acilglicerofosfato-etanolamina.
→ El doble enlace característico de los plasmalógenos es introducido gracias a la acción de una oxidasa similar a la responsable
de la desaturación de los ácidos grasos. Luego tienen lugar una deshidrogenación y una reducción. Se pasa de 1-alquil-2-
acilglicerofosfato-etanolamina al plasmalógeno (activador de las plaquetas) con gasto de NADH.
El síndrome de Zellweger es un trastorno autosómico recesivo, en el que existe un déficit de peroxisomas. Por ello, además de
no haber α-oxidación de los ácidos grasos, existe un déficit de síntesis de plasmalógenos, lo que ocasiona daños cerebrales y
hepáticos, que conducen a la muerte en una edad temprana.
PROCESO EN LAS DIAPOSITIVAS
Una vez sintetizados los fosfolípidos e incorporados a la membrana, éstos pueden presentar cambios en su estructura. Pueden
intercambiar ácidos grasos y sufrir rupturas por la acción de fosfolipasas, participando en procesos como la transducción de
señales.
Los fosfolípidos son susceptibles a la acción de las lipasas. Según éstas corten en un punto u otro, se clasificarán en A1, A2 (liberan
el ácido graso en posición 2), C y D. Las lipasas tienen importancia en la transducción de señales, como la fosfolipasa C, que es
activada por el inositol trifosfato. La posición del C2 suele ir ocupada por el ácido araquidónico.
LAS LIPASAS PANCREATICAS DEGRADARIAN LOS FOSFOGLICEROLÍPIDOS: HAY INHIBIDORES DE ESTAS LIPASAS (XENICAL).
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Tercer parcial – metabolismo
En esta figura se advierte sobre la posibilidad de romper un fosfoglicérido por acción de distintas
lipasas según el punto de corte: algunas actuarían en su digestión otras en su metabolismo. Dentro
de estas últimas algunas van a tener relevancia en fenómenos de señalización. Así por ejemplo la
fosfolipasa A2 (activada por algún mensajero) puede liberar acido araquidónico que a su vez es el
precursor de prostaglandinas, tromboxanos o leucotrienos, señales con importantes funciones en
inflamación, coagulación etc.
Surfactante: mantiene la tensión superficial del alveolo, que funciona como un globito.
Otra de las funciones de los fosfolípidos es la de surfactante pulmonar. Los fosfolípidos son moléculas con carácter detergente.
Son moléculas anfipáticas, con una cabeza polar y una cola apolar, y además tienen propiedades tensoactivas.
El agente tensoactivo pulmonar que cubre los alveolos y evita su colapso al expulsar el aire contiene proteínas y entre un 50-60%
de dipalmitiol fosfatidilcolina. Es decir, el surfactante pulmonar es un fosfoglicerolípido. Los bebés prematuros y los neonatos
que presentan el síndrome disneico neonatal tienen un déficit de agente surfactante. *Se induce la síntesis de los agentes
surfactantes solo cuando se llega a término.
El pulmón es un órgano que se expande y se relaja constantemente. En los alvéolos hay una interfase en la que tiene que haber
un surfactante activo pulmonar para que se abran y se cierren.
La síntesis de este surfactante tiene lugar cuando el feto está llegando a término. Por ello, los prematuros tienen graves problemas
respiratorios, ya que la síntesis de surfactante aún no ha tenido lugar. En el bebé, la anoxia prolongada puede provocar parálisis
cerebral.
METABOLISMO DE ESFINGOLÍPIDOS
Los esfingolípidos se sintetizan a partir de ceramidas. Se encuentran en las membranas de todas las células eucariotas, y son más
abundantes en las del sistema nervioso central. En todos ellos, el grupo amino de la esfongosina está acilado, y el alcohol terminal
está sustituido. En la esfingomielina, el sustituyente del alcohol terminal es la fosforil colina. En los cerebrósidos es la galactosa
o la glucosa, y en los gangliósidos hay una cadena oligosacarídica.
Las ceramidas se sintetizan a partir de serina y palmitoil CoA (con esto, vemos que los aas no solo son elementos para sintetizar
proteínas, sino que también son precursores de otros metabolitos importantes). Pasos para la formación de la ceramida:
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Tercer parcial – metabolismo
- Entrada de un ácido graso, formando una amina con el grupo amino y dando lugar a dihidroxiceramida.
- Generación de dobles enlaces en la dihidroxiceramida, para dar finalmente ceramida. Ésta originará cerebrósidos o
gangliódidos, dependiendo de si se le añaden monosacáridos u oligosacáridos.
La esfingomielina es abundante en las mielinas neuronales, que son las células de Glía que rodean los axones.
Los primeros pasos de la síntesis de esfingolípidos tienen lugar en el retículo endoplasmático, mientras que la unión de los grupos
de cabeza del último paso se da en el aparato de Golgi.
- La fosfatidilcolina es el dador de fosfocolina, necesaria para formar la esfingomielina. De este proceso se libera diacilglicerol.
La adición de azúcares a este compuesto dará lugar a los gangliósidos.
- El dador de azúcar es UDP-glucosa o UDP-galactosa. Se desprende de este proceso UDP, quedando el azúcar unido a la
ceramida, y formándose el cerebrósido.
En los gangliósidos, un oligosacárido está unido a la ceramida: una molécula de glucosa, dos moléculas de galactosa, una molécula
de N-acetilgalactosamina y una molécula de N-acetilneuraminato. Se indican las estructuras en los enlaces.
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METABOLISMO DE EICOSANOIDES
Los eicosanoides son las prostaglandinas, prostaciclinas, tromboxanos y leucotrienos. Todos ellos se originan a partir del ácido
araquidónico.
Tienen funciones variadas, como acciones biológicas (participan en la señalización celular, control de temperatura…), acciones
antiinflamatorias, formación de trombos, proinflamatorias, respuesta inmune, alergia…
ESTRUCTURA
Los eicosanoides tienen una parte común a cada tipo de
eicosanoide, y una parte que diferencia unas de otras dentro
de un mismo grupo. La parte común de las protaglandinas tiene
5 carbonos, la de la prostaciclina tiene muchos carbonos, la de
los tromboxanos tiene 6 y la de los leucotrienos forma una
estructura abierta. La bradiquinina, adrenalina y trombina
activan fosfolipasas A2, que a su vez activan al ácido
araquidónico, que dará lugar a los eicosanoides.
FORMACIÓN
Una vez tenemos el ácido araquidónico, éste puede seguir dos vías.
- Vía lineal: Por un lado, las lipooxigenasas catalizan una reacción que dará lugar a los leucotrienos (se llama lineal porque los
leucotrienos no son cíclicos).
- Vía cíclica: Por otro lado, la prostaglandina sintetasa catalizará la reacción de síntesis de prostaglandina H2 (PGH2). A partir
de las prostaglandinas H2 se pueden sintetizar tromboxanos, prostaciclinas y otras prostaglandinas.
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Tercer parcial – metabolismo
El ácido araquidónico se sintetiza a partir de ácido linoleico y linolénico (ácidos grasos esenciales). No podemos sintetizar de
forma íntegras estos dos ácidos de xo3 (tiene efectos antiinflamatorios) y de xo6, por lo que es necesario que los ingiramos en la
dieta.
La prostaglandina H S es el blanco de la mayoría de antiinflamatorios no esteroideos (ibuprofeno), y presenta dos isoformas. Por
un lado, está la COX1 o la PGH S1 (prostaglandina sintetasa 1), que es constitutiva, es decir, se expresa en todos los tejidos. Y por
otro lado está la COX2 o PGH S2, que es inductiva, es decir, se expresa en unos tejidos más que en otros. La aspirina bloquea
ambas y al hacerlo la cox1 tiene efectos secundarios en otros tejidos como el estómago donde puede favorecer la formación de
úlceras. El ibuprofeno bloquea el centro activo. El paracetamol parece inhibir la Cox3, una nueva isoforma. Hay inflamatorios que
actúan como inhibidores específicos de cox2, y se suelen usar en enfermos crónicos, como la artritis reumatoide (por ejemplo,
celecobix y tofecobix). La aspirina tiene un efecto antriagregante de las plaquetas, además. SE MENCIONA MAS ADELANTE
La PGH S tiene dos actividades enzimáticas en la misma cadena polipeptídica. La primera es una actividad ciclooxigenasa, que
introduce dos moléculas de oxígeno, una para formar el anillo y otra para formar el hidropeóxido en C15. La otra actividad reduce
el peróxido para dar un grupo hidroxilo en C15.
Las prostaglandinas (PGA2), prostaciclinas (PGI2), tromboxanos (TXA2) y leucotrienos LB4) son moléculas activas, que funcionan
como mensajeros de acción local, y actúan a través de receptores de siete dominios transmembrana.
Sus acciones regulan una gran variedad de respuestas, como la inflamación, el flujo sanguíneo, la agregación plaquetaria, la
contracción de la musculatura uterina, la secreción gástrica…
Por ejemplo, la PGE2β promueve la contracción del útero y se ha utilizado para el parto. La TXA2 promueve la agregación
plaquetaria. La PGI2 inhibe la agregación plaquetaria y promueve la vasodilatación. Las prostaglandinas median procesos de
inflamación.
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Tercer parcial – metabolismo
*Esta enzima está en la vía cíclica y condiciona la síntesis de prostaglandinas, tromboxanos y prostaciclinas. Por ello su
inhibición tiene un amplio espectro farmacológico: antipirético, antiinflamatorio etc. Es el blanco de aspirina y
antiinflamatotios no esteroídicos (repasar tema de inhibición enzimática).
Los antiinflamatorios no esteroideos inhiben o bien a COX1 o a COX2. Los inhibidores de COX1 son el ibuprofeno, la aspirina,
la indometacina, el paracetamol… Los inhibidores de COX2 son el celecoxib (celebrex), rofecoxib (vioxx).
Un tipo de antiinflamatorio esteroideos sería el cortisol (utilizado contra trombos y brotes de esclerosis). La cortisona se
parece a hormonas esteroídicas, y realiza una actividad parecida. Esto tiene un efecto negativo, ya que retiene Na2+, y, por
tanto, agua.
La aspirina acila a la PGH, inactivándola de manera irreversible. Bloquea ambas isoformas de la PGH, lo que tiene efectos
secundarios, ya que en tejidos como el estómago puede provocar la aparición de úlceras (aumenta la secreción de HCl).
El ibuprofeno bloquea el centro activo de COX1, el paracetamol inhibe la COX3, una nueva isoforma. Rofecovix y celecoxib
inhiben de manera específica a COX2, uniéndose a su sitio activo (pero no al de COX1). Estos últimos se utilizan como
antiinflamatorios en la artritis reumatoide.
El enantium es un ibuprofeno, pero que solo tiene un esteroisómero (el activo), ya que el ibuprofeno es una mezcla racémica
de ambos isómeros.
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Tercer parcial – metabolismo
Definimos como aminoácidos como aquellos elementos plásticos con los que el organismo constituye proteínas y precursores
para realizar otras actividades. En el caso de ser usados como combustible, estos serán en tercer lugar, siempre después de
hidratos de carbono y grasas. Este caso se dará en situaciones de ejercicio o ayuno extremo.
Los aminoácidos son materia de proteínas y de otras moléculas como neurotransmisores, esfingolípidos y también sirve como
combustible.
FUENTES DE AMINOÁCIDOS
Los aminoácidos se obtienen mediante la ingesta y digestión de las proteínas, y absorción de los aminoácidos. También se
consiguen mediante el recambio proteico, que es la degradación de proteínas celulares.
Los aminoácidos se pueden dividir en esenciales, que son los que necesitamos ingerir en la dieta, y en no esenciales, que son los
que podemos sintetizar mediante el metabolismo:
- Esenciales: Arginina (en un adulto puede que no sea esencial, pero en los niños sí ya que la demanda supera la disponibilidad),
fenilalanina, histidina, isoleucina, leucina, lisina, metionina, treonina, triptófano y valina.
- No esenciales: Alanina, asparraguina, aspartato, cisteína, glutamato, glutamina, glicina, prolina, serina y tirosina.
REFLEXION DE LA ALIMENTACIÓN. La proteína animal es una fuente de todos los aminoácidos, por lo que las personas que las
consumen no suelen tener déficits de ningún aminoácido. Sin embargo, las personas que no las consumen (veganas o vegetarianas,
que obtienen sus proteínas a partir de otros medios) pueden tener escasez de lisina, treonina y metionina (aminoácidos que
escasean en vegetales). Para ello, hay que combinarlo con legumbres (fuente de lisina y treonina, pero no de metionina), y con
cereales (con metionina y no de los otros dos). Elementos muy proteicos: la soja, y las legumbres, que se suelen combinar con arroz.
La digestión proteica se realiza en el estómago. En el revestimiento del estómago hay unas glándulas gástricas. Las células
parietales y las células principales secretan sus productos en respuesta a la hormona gastrina. La pepsina inicia el proceso de
degradación de las proteínas en el estómago, activándose de forma autocatalítica (pepsinógeno a pepsina), y actúa sobre las
proteínas parcialmente desnaturalizadas por la acidez.
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Tercer parcial – metabolismo
Las células exocrinas del páncreas tienen el citoplasma relleno de retículo endoplasmático rugoso, y es el lugar de síntesis de
muchos zimógenos digestivos. Los zimógenos se concentran con las partículas de transporte rodeadas de membrana,
denominadas gránulos de zimógeno. Cuando se estimula la célula exocrina, su membrana plasmática se fusiona con la de los
gránulos de zimógeno y éstos son liberados por exocitosis en la luz de los conductos colectores. Éstos llegan al conducto
pancreático y de ahí al intestino delgado.
Por otro lado, las vellosidades del intestino delgado absorben los aminoácidos a través de la capa epiteliales y entran en los
capilares
Es decir, en el estómago se segregan los zimógenos, que darán lugar a la pepsina, la cual rompe las proteínas. Éstas se terminan
de romper por zimógenos pancreáticos llegando al intestino en forma de dipéptidos o tripéptidos, que se rompen pasando a la
sangre en forma de aminoácidos. Las microvellosidades del intestino absorbe estos aminoácidos, y llegan a la sangre, la cual los
distribuye por los tejidos.
Al intestino llegan aas y oligopépidos. Estos últimos se terminan de romper en el enterocito, luego todos los aas obtenidos pasan
a la sangre y son distribuidos por los tejidos.
RECAMBIO PROTEICO
Las proteínas tienen una vida media, que dependerá de la función que vayan a desempeñar en el organismo. El recambio proteico
favorece a que, en caso de que hubiese un error en sus síntesis o sufriese una modificación (oxidación, reducción…) que alterase
su función, la parte afectada de la proteína no permaneciese en ese estado de manera perpetua. Al poder modular su síntesis o
degradación se dispone de un mecanismo para aumentar o disminuir su cantidad y por lo tanto su función.
La mayoría de las proteínas se degradan dentro de la célula por proteasas citosólicas. Además de proteasas lisosomales
(catepsinas) existen proteasas en otras localizaciones subcelulares. En el citosol existen calpainas (que se activan por calcio).
Éstas, al no ser confinadas como las lisosomales, deben de estar sujetas a procesos de regulación a fin de evitar degradaciones
indiscriminadas.
Características cuantitativas del intercambio proteico. Los aminoácidos de la dieta diaria suponen solo el 25% aproximado de
todos los que se utilizan en la síntesis proteica. Una persona de unos 70kg de peso viene a ingerir unos 100g de proteínad diarios
y se calcula que sintetiza al orden de 400g al día. De estos, 300 provienen de la degradación de proteínas del propio organismo
(recambio proteico). Por lo tanto, el recambio proteico aporta el otro 75% restante necesario para la síntesis de las proteínas.
El recambio proteico es muy importante, ya que se reciclan aminoácidos (en gran medida para volver a sintetizar proteínas,
aunque también se utilizan como precursores de otras biomoléculas. En situaciones de necesidad energética también se pueden
utilizar como combustible). Es un sistema de control de calidad, evitando la perpetuación y daños causados por posibles defectos
o alteración química de las proteínas (ya mencionado). También constituye un elemento importante de regulación de las funciones
celulares. Por ejemplo, para que siempre no esté siempre activa una vía metabólica se deja de sintetizar el enzima.
Sin embargo, la vida media de las proteínas no es uniforme. En general proteínas que se secretan al medio extracelular
(anticuerpos, enzimas digestivas…) tienen un recambio bastante rápido, sobre todo si se comparan con las que tienen funciones
estructurales. En el caso de los enzimas, hay cierta variedad, pero es frecuente que las que catalizan pasos reguladores tienen
vidas medias más cortas, implementar su función como elementos de regulación metabólica por cantidad. Por ejemplo, no tiene
sentido que la insulina, los enzimas digestivos y los anticuerpos tengan una vida media larga.
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Bioquímica y biología molecular
Tercer parcial – metabolismo
SEÑALES DE RECAMBIO
Hay varias señales que indican a la célula que hay que degradar ciertas proteínas:
- Ubiquitinación: la ubiquitina es una proteína que al unirse a otras proteínas las marca para su degradación en el proteosoma.
(“el beso de la muerte”).
- Oxidación de residuos: la oxidación de ciertos residuos más proclives a la oxidación, como la lisina, arginina y prolina. Esto
parece promover la degradación de las proteínas por proteasas citosólicas.
- Secuencias PEST: son secuencias con abundante prolina, glutamato, serina y treonina. (en ellas se encuentra el detector que
determina la unión de la proteína a la ubiquitina).
- Naturaleza de los residuos N-terminales: los residuos terminales con fenilalanina, leucina, tirosina, lisina, triptófano o
arginina parecen imprimir vidas cortas inferiores.
De las dos últimas deducimos que la propia secuencia de los aminoácidos determinará la vida media de la proteína, que tendrá
que ver con la función que tiene (es decir, influye tanto en su estructura y dirección como en su vida media).
La proteína se va a degradar al unirse a la ubiquitina, la cual se encuentra en todas las células de la eucariotas (se le conoce como
la señal de la muerte). Esta ubiquitina es una proteína muy conservada; la ubiquitina de la levadura y la humana difieren solo en
3 de los 76 aminoácidos que la componen.
La reacción de ubiquitinación es progresiva. Se pueden generar cadenas de ubiquitinación por unión del grupo N-amino de la
lisina 48 de una ubiquitina. En cada paso, la proteína se degrada un poco más, hasta llegar a formar, por una parte la proteína
degradada, y por otra la ubiquitina regenerada.
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Bioquímica y biología molecular
Tercer parcial – metabolismo
En la conjugación de la ubiquitina con cada proteína intervienen tres enzimas. Por un lado, está
en enzima activador de la ubiquitina E1, que produce su activación al unirse al ATP por el
carboxio terminal. Por otro, está en enzima conjugador de la ubiquitina E2, y por último, la
ligasa ubiquitina-proteína E3 (une ambos elementos). Estas enzimas llevan a cabo reacciones
dirigindas por ATP.
CONJUGACIÓN DE LA UBIQUITINA: La activación está catalizada por E1, que adeniliza la
ubiquitina y la transfiere a cada uno de sus propios residuos de cisteína. Luego, la ubiquitina se
transfiere a un residuo de cisteína del enzima conjugador de la ubiqutina E2. Finalmente, la
ligasa de la proteína-ubiquitina E3 transfiere la ubiquitina a un residuo de lisina de la proteína
diana.
PROTEOSOMA
El proteosoma es una estructura que se encarga de la degradación de las proteínas ubiquitinizadas al reconocerlas. Su estructura
consta de una estructura macroproteica, con un coeficiente de sedimentación igual a 26S, y está formada por tres partes.
En el barril central (centro catalítico) encontramos la actividad que degradará a la proteína ubiquitinizada. Se encuentra en la
célula y es la encargada de eliminar las proteínas ubiquitinizadas. Está dirigida por ATP.
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Tercer parcial – metabolismo
DEGRADACIÓN LISOSOMAL
MACROAUTOFAGIA: por esta vía se suelen degradar proteínas de vida media larga y orgánulos subcelulares, bacterias y virus. El
proceso se inicia con la integración de una parte del citosol en una vesícula de doble membrana denominada autofagosoma que
se funde con los lisosomas en una vesícula mixta denominada autofagolisosoma para la digestión del contenido.
MICROAUTOFAGIA: Por esta vía se degradan tanto proteínas como orgánulos si bien en este caso no se forman vesículas tipo
autofagosoma. El lisosoma captura mediante invaginación el contenido a degradar.
AUTOFAGIA MEDIADA POR CHAPERONAS: por esta vía se degradan proteínas con una secuencia señal de cinco aminoácidos
(LysPheluArgGln). Estas proteínas pasan al interior del lisosoma para su degradación.
*En conclusión, hemos visto las dos vías de degradación de proteínas endógenas, y una vez tenemos los aas se realiza la síntesis o
el catabolismo.
* La degradación de los aa presentan una estrategia común. En primer lugar se elimina el amonio por transaminación y el
esqueleto carbonado en forma alfa cetoácido de cada aa sigue una vía de degradación. El amonio de los aa se transfiere
por transaminación a un alfa ceto ácido, generalmente alfa ceto glutarato que funciona como un colector de amonio de
los aa, dando glutámico. El glutámico por la acción de la glutamato deshidrogeenasa libera amonio y regenera el alfa ceto
glutarato. El amonio, que es tóxico y particularmente neurotóxico, se elimina transformándolo en urea que se elimina por
el riñón (DIAPOS).
Para su uso como combustible y su degradación se realiza la transaminación de los aminoácidos obtenidos en el proteosoma.
Estas acciones están ligadas, ya que si no se utiliza como combustible no se degradará. En esta situación partimos de aminoácidos.
El proceso comienza cuando eliminamos el grupo amino, el cual se extrae en forma de amonio (NH4+) que se eliminará en el ciclo
de la urea. El esqueleto carbonatado que queda tras esta desaminación es el que se degrada para transformarse en los principales
intermediarios metabólicos que puedan convertirse en glucosa, o bien oxidarse en el ciclo del ácido cítrico. Se canalizan a siete
moléculas: piruvato, acetil- CoA, α-cetoglutarato (funciona como canalizador de aminoácidos), siccinil-CoA, fumarato,
acetoacetato y oxalacetato.
Un aminoácido al unirse con un cetoacil se transforma en el grupo amonio NH4+ y en un nuevo aminoácido. En la siguiente
reacción, el α-cetoglutarato será el que se siga degradando, no el nuevo aminoácido. El grupo α-amino de muchos aminoácidos
se transfiere al α-cetoglutarato para formar glutamato, que posteriormente se desamina oxidativamente liberando un ion
amonio.
Las aminotransferasas catalizan la transferencia de un grupo de α-amino desde un α- aminoácido hasta un α-cetoácido. Estos,
enzimas, también llamados transaminasas, catalizan los grupos α-amino de muchos aminoácidos hacia el αcetoglutarato para su
conversión en NH4+.
La aspartato aminotransferasa, uno de los enzimas más importantes más importantes de este tipo, catalizan la transferencia del
grupo amino del aspartato al α-cetoglutarato: 𝐴𝑠𝑝𝑎𝑟𝑡𝑎𝑡𝑜 + 𝛼 − 𝑐𝑒𝑡𝑜𝑔𝑙𝑢𝑡𝑎𝑟𝑎𝑡𝑜 → 𝑂𝑥𝑎𝑙𝑎𝑐𝑒𝑡𝑎𝑡𝑜 + 𝐺𝑙𝑢𝑡𝑎𝑚𝑎𝑡𝑜
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Bioquímica y biología molecular
Tercer parcial – metabolismo
El α-cetoglutarato funciona como aceptor y canalizador del grupo amino en los procesos de transaminación generando glutámico.
En los mamíferos, el hígado es el principal tejido donde se da la degradación de los aminoácidos. Todas las aminotransferasas
utilizan el piridoxal fosfato (PLP) como cofactor.
Otro α-cetoácido canalizador del grupo amino muy utilizado es el oxalacetato para dar aspartato (ver fig. anterior), lo que como
se verá en el ciclo de la urea contribuye a la eliminación de amonio a través de esta ruta.
La desaminación oxidativa del glutamato regenera α-cetoglutarato, y libera el ion amonio. Esta reacción está catalizada por la
glutamato deshidrogenasas, que puede utilizar tanto NAD+ como NADP+, y tiene una localización mitocondrial, lo que favorece
el secuestro del amonio que es tóxico. El exceso de amonio, en la mayoría de los vertebrados se elimina como urea a través de
una serie de reacciones, que en parte son mitocondriales (ciclo de la urea). Otros animales eliminan el amonio como tal o como
ácido úrico. *
*Lo que hacemos es convertir cada aa en su alfa cetoácido correspondiente GRACIAS A LA TRANSAMINACIÓN, que sufrirá
catabolismo (gluconeogénesis o cetogénesis), y el amonio que se convertirá en urea (entre medias había algo de glutamato).
También hay otro camino con el oxalacetato, que se convierte en aspartato y también entra en el ciclo de la urea.
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Tercer parcial – metabolismo
Aunque la mayoría de los aminoácidos se transfieren al α-cetoglutarato antes de eliminarse, los grupos α-amino
de la serina y treonina pueden convertirse directamente en NH4+ (por la acción de deshidratasas). Tras la
deshidratación, se produce una reacción espontánea con el agua, liberándose amonio. La serina deshidratasa y la
treonina deshidratasa también contienen PLP como grupo protético, y catalizan estas desaminaciones directas:
𝑆𝑒𝑟𝑖𝑛𝑎 → 𝑃𝑖𝑟𝑢𝑣𝑎𝑡𝑜 + 𝑁𝐻4+ ; 𝑇𝑟𝑒𝑜𝑛𝑖𝑛𝑎 → 𝛼 − 𝑐𝑒𝑡𝑜𝑔𝑙𝑢𝑡𝑎𝑟𝑎𝑡𝑜 + 𝑁𝐻4+
A estos dos enzimas se les denomina deshidratasas porque la deshidratación precede a la desaminación. La serina
pierde un ion de hidrógeno de su átomo de carbono , y un grupo hidroxilo de su carbono para formar
aminocrilato. Este complejo inestable reacciona con el agua para dar piruvato y NH4+. Por tanto, la presencia de
un grupo hidroxilo unido al átomo de carbono de cada uno de los aminoácidos permite la desaminiación
completa. Por eso la vitamina B6 es muy importante porque es precursora del fosfato de piridoxal.
También se pueden degradar los aminoácidos por la acción de la aminoácido oxidasa. En hígado y riñón también hay un enzima
con esta actividad, pero utiliza aminoácidos D, probablemente para degradar los escasos aminoácidos D de baterías (por ejemplo,
los peptidoglicanos), hongos... Esta vía de degradación es minoritaria. La eliminación de estos aminoácidos genera cierto estrés
oxidativo, por el agua oxigenada.
*En los animales amoniotélicos (la mayoría de los vertebrados acuáticos, como peces y larvas de anfibios), el nitrógeno se libera
en forma de amonio. En los animales ureotélicos (vertebrados terrestres y tiburones) el nitrógeno se libera en forma de urea,
gracias al ciclo de la urea. En los animales uricotélicos (aves y reptiles) se libera el nitrógeno en forma de ácido úrico.
Por otro lado, el esqueleto carbonatado de los aminoácidos puede ir a la vía de la gluconeogénesis y a metabolitos del ciclo de
Krebs, o piruvato (aminoácidos gluconeogénicos); o pueden dar lugar a cuerpos cetónicos ácidos grasos (aminoácidos
cetogénicos). Todos los que acaben en acil son cetogénicos.
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Bioquímica y biología molecular
Tercer parcial – metabolismo
El ciclo de la urea es una vía cíclica destinada a la eliminación del amonio por la síntesis de urea (conversión del primero en el
segundo, porque es tóxico), localizada en el citosol y en la matriz mitocondrial (comienza en esta) de las células del hígado. Dicha
eliminación ocurre gracias a la transformación del ion en urea por medio de este ciclo, y su posterior excreción por la filtración
glomerular. Es un proceso que requiere energía y que se inicia y termina en la ornitina. Consta de dos fases. En la primera se
transporta el amonio al hígado, y en la segunda tiene lugar el ciclo en sí, por el cual se sintetiza urea.
*Hay una gran relación entre el ciclo de Krebs y la gluconeogénesis y el ciclo de la urea.
*Secuencia muy común en patología: Fallo hepático – fallo renal – fallo sistema nervioso y afectación al cerebro – muerte.
El amonio se produce en todos los tejidos (los aas se degradan en cualquier tejido), pero el amonio no puede circular libremente
por la sangre.
La mayor parte de los aminoácidos (portadores de amonio) se degradan en el hígado, por lo que deben ser transportados desde
los diferentes tejidos hasta él. El transporte del grupo amonio se produce gracias a los aminoácidos alanina en el músculo y
glutamina en los demás tejidos. Esto se lleva a cabo por dos procesos distintos, dependiendo de si nos encontramos en el músculo
o en los demás tejidos:
- Transporte desde la mayoría de los tejidos: en la gran parte de los tejidos cuando se produce un exceso de amonio se realiza
la síntesis de glutamina para el transporte al hígado, gracias al enzima glutamina sintetasa, la cual transforma el glutamato
a glutamina incorporándole el primer amonio.
Esta glutamina formada se transporta por la sangre hasta el hígado, donde ocurre la reacción inversa, y la glutamina vuelve
a transformarse en glutamato por la acción del enzima glutaminasa, y así se desprende el amonio, y se incorpora al ciclo de
la urea para metabolizarse. La reacción del proceso es: 𝐺𝑙𝑢𝑡𝑎𝑚𝑎𝑡𝑜 + 𝐴𝑚𝑜𝑛𝑖𝑎𝑐𝑜 → 𝐺𝑙𝑢𝑡𝑎𝑚𝑖𝑛𝑎 + 𝐻2𝑂.
- Transporte desde el tejido muscular: el músculo, ya que obtiene la energía de la glucólisis, utiliza una ruta diferente, el ciclo
de la glucosa-alanina. Mediante la glucólisis se genera piruvato, que experimenta una transaminación con glutamato, para
dar alanina y α-cetoglutarato mediante la enzima alanina aminotransferasa. El glutamato a su vez ha obtenido su nitrógeno
del amoníaco a través de la glutamato deshidrogenasa. La alanina resultante se transporta por la sangre al hígado, donde
pierde su nitrógeno mediante el proceso inverso y vuelve a formarse el piruvato (sufre un proceso de gluconeogénesis para
dar glucosa) y el amonio, que se metaboliza por el ciclo de la urea.
*El músculo es el que más proteínas degrada en situaciones de ayuno prolongado. El amonio hace transaminación con el piruvato,
se forma alanina, viaja por la sangre, llega a hígado, se transfiere el amonio al glutamato que pasa al ciclo de la urea. Al final, el
ciclo de la urea se va a dar SIEMPRE en el hígado.
Todos esto se ha estado dando en ayuno. En hígado hay gluconeogénesis. Músculo e hígado están conectados.
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Bioquímica y biología molecular
Tercer parcial – metabolismo
CICLO DE LA ALANINA. Envío del amonio de músculo al hígado y conexión con la vía
gluconeogénica:
*Una persona que no toma hidratos de carbono está en gluconeogénesis, lipólisis y también se
pierden proteínas. Por ello en casos de dietas de ayuno prolongado a veces ingieren más
proteínas, pero es más peligroso aún.
Así mismo, existe una coordinación entre el ciclo de Cori y el ciclo de la urea en el músculo. Esta confluencia recae en que, gracias
al ciclo de la glucosa-alanina, permite al músculo eliminar dos productos no utilizables, el amonio y el piruvato, y recuperar
finalmente el carbono del piruvato en forma de glucosa utilizable para sus fines energéticos.
Papel diferencial de los hepatocitos periportales y perivenosos: mientras que en los periportales este amonio, junto con el
amonio libre, se utiliza para sintetizar urea, los perivenosos utilizan el amonio para sintetizar glutamina que exportan al riñón
donde se libera. Esto supone una liberación de protones y es un mecanismo que contribuye a mejorar los cuadros de acidosis.
CICLO DE LA UREA
(Ornitina y citrulina son dos aminoácidos no proteogenéticos. Hay un transportador mitocondrial para ornitina y citrulina que los
intercambia. Cada molécula de urea tiene dos nitrógenos, esta va a la sangre y cuando llega al riñón no es recapturada, por ello
es así como se elimina el exceso de amonio).
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Bioquímica y biología molecular
Tercer parcial – metabolismo
A continuación, la arginina-succinasa rompe el arginino-succinato para dar arginina y fumarato (este metabolito une el ciclo de
Krebs con el ciclo de la urea*). Por último, la arginina se rompe de forma hidrolítica por la arginasa y se genera una molécula de
urea y otra vez la ornitina, empezando de nuevo el ciclo. Esta última enzima, la arginasa, es la responsables de la naturaleza cíclica
de la ruta de biosíntesis de la urea.
El balance global de la ruta es: 𝐶𝑂2 + 𝑁𝐻4+ + 3𝐴𝑇𝑃 + 𝐴𝑠𝑝𝑎𝑟𝑡𝑎𝑡𝑜 + 2𝐻2𝑂 → 𝑈𝑟𝑒𝑎 + 2𝐴𝐷𝑃 + 2𝑃𝑖 + 𝐴𝑀𝑃 + 𝑃𝑃𝑖 + 𝐹𝑢𝑚𝑎𝑟𝑎𝑡𝑜
Otra forma de excrección de amonio minoritaria es la eliminación de creatinina. En hígado y riñón se sintetiza creatina a partir
del grupo guanidino de la arginina y glicina. La creatina va a musculo donde se transforma en fosfato de creatina. Parte de esta
se degrada a creatinina y se excreta por el riñón.
*El ciclo de la urea está relacionado con el ciclo de Krebs y la vía gluconeogénica. Esto es gracias al fumarato, generado cuando
se rompe el argininsuccinato, que después se transforma en malato mediante una hidratación, y después en oxalacetato por una
oxidación. Así este oxalacetato puede derivar por la vía gluconeogénica para dar glucosa, condensarse con el glutamato para
regenerar aspartato y volver al ciclo de la urea, o continuar su recorrido como metabolito del ciclo de Krebs. Por lo que el
metabolito en el cual convergen estas tres vías es el oxalacetato. (foto en diapo 10).
HIPERAMONEMIAS
Existen una serie de enfermedades congénitas en las que hay defectos en distintos puntos de la urea, es decir, defectos en
enzimas específicas. Esto conduce a un aumento de los niveles de amonio, llamado hiperamonemia. La toxicidad del amonio
junto con la falta de alternativa para su eliminación hace que estas alteraciones tengas consecuencias como el coma o lesiones
cerebrales irreversibles. (el individuo tiene aletargamientos). Estas son hiperamonemias congénitas (mutaciones en enzimas que
no funcionan bien), pero también pueden aparecer por fallos hepáticos (si no funciona bien, no funciona el ciclo de la urea y sube
el amonio).
Podemos ver que hay tipos de hiperamonemias casi en todos los pasos de la vía (en diferentes grados):
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Bioquímica y biología molecular
Tercer parcial – metabolismo
*El último de ellos no afecta a una enzima como tal, afecta a la regulación alostérica de la carbamitilfosfato sintetasa.
Ej: dar un exceso de arginina en la dieta, de manera que el ciclo siga funcionando. Sin embargo, el metabolito que se acumula en
este caso es argininosuccinato. Así se consigue eliminar nitrógeno, aunque se acumule este metabolito (aunque no importa mucho
ya que cuando los niveles están altos el riñón no lo captura).
Generalmente estos defectos suelen ser en los enzimas arginin-succinasa y en un déficit de carbamil-fosfato sintetasa y de ornitina
transcarbamilasa.
→ Defecto en arginin-succinasa: el tratamiento para este defecto es la administración de arginina y la restricción de la ingesta
de proteínas. De esta manera se elimina un amonio del carbamil fosfato y otro del ácido aspártico. Por cada ariginina se genera
arginin-succinato y se excreta después. Así, al incrementar los valores de arginin-succinato se eliminan los dos amonios
correspondientes por el riñón y se suple el defecto del enzima.
→ Déficil en carbamil-fosfato sintetasa y ornitina transcarbamilasa: se utiliza una dieta pobre en proteínas, junto con la
administración de benzoato y fenilacetato, los cuales facilitan la eliminación de glicina y glutamina que se acumulan por el exceso
de amonio. Así, al conseguir eliminar la glicina y la glutamina se consigue eliminar el amonio, ya que son los aminoácidos que
acumulan el amonio por esta vía. Con el fenilacetato estamos eliminando el aminoácido entero para eliminar el nitrógeno.
Hay neuronas glutaminérgicas (el neurotransmisor que sintetiza y libera es glutamato) o gabanérgicas (liberan GABA). Ambas
necesitan glutamina, sintetizada por la glía. El GABA entra en ella y hace una transaminación con cetoglutarato. Al final tenemos
succinato, relacionado con la vía glucolítica, que se recicla y vuelve a cetoglutarato. También se da glutamato, que se convertía la
glutamina en la glía (las neuronas no tienen la glutamina sintetasa y tampoco son capaces de reciclar el GABA (por eso dependen
de la glía).
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Bioquímica y biología molecular
Tercer parcial – metabolismo
- En las neuronas, se desplaza el equilibrio (dentro de ellas, las reacciones van hacia arriba o no van). La consecuencia es que
las neuronas tienen poco glutamato o GABBA, por lo que no hay neurotransmisores y por eso el paciente está “aletargado”.
- En la glía, se acumula la glutamina sintetizada (porque no se usa), hay una alteración osmótica que provoca un edema (entrada
de agua en un tejido que se acumula). Además, se desplaza el equilibrio, hay poco cetoglutarato, lo que compromete el ciclo
de Krebs y no se forma ATP. Esto puede llegar a provocar un daño cerebral, a veces irreversible.
TRATAMIENTOS PALIATIVOS
Cuando una persona tiene una hiperamonemia congénita se trata de estas formas, sin poder llegar a eliminarla por completo. Lo
primero que se hace es reducir la cantidad de aminoácidos ingeridos en la dieta. Se aumenta también la cantidad de arginina
ingerida, que lo que hará será retirar amonio y formar arginin-succinato. Este metabolito se excreta, no se reabsorbe, por lo que
se pierden dos nitrógenos, pero también un aminoácido.
* El déficit de N-acetilglutamato sintetasa se trata con carbamoil glutamato un análogo del N-acetil glutamato.
Normalmente, en los casos de déficit de carbamil-fosfato sintetasa, también dan benzoato y fenilacetato, que se transforman en
benzoil CoA y Fenilcetil CoA , respectivamente. Estos, a su vez, se combinan con glicina y glutamina para dar hipurato y
feniglutamina, que se eliminan por el riñón. De esta forma, se elimina el nitrógeno contenido en glicina y glutamina.
Estos métodos son “parches” para intentar controlar la hiperamonemia, pero no son tratamientos definitivos (con ellos,
eliminamos aminoácidos, lo que tampoco es conveniente).
Efectos del exceso de amonio. Las neruronas no pueden sintetizar glutamina, esta se la tiene que dar el astrocito (que si es capaz
de coger gabba). Cuando los niveles de amonio son altos, lo que pasa es que se acumula glutamina en el astrocito, y al cumularse
mucha provoca un problema osmótico y el astrocito se hincha de agua causando un edema cerebral. Esta reacción (la de la
glutamato deshidrogenasa), se invierte y se gasta el alfa cetoglutarato, y al no haber se colapasa el ciclo de Krebs. Así, si no hay
ATP, las células no pueden mantener los potenciales de acción con nada. Es por ello por lo que los niveles de amonio a nivel del
SNC son tan peligrosos. -Acumulación fe lgn en glía= edema -Reversión de la reacción catalizada por la GDH, depleción de alfa
ceto glutarato y colapso del ciclo de Krebs, falta de ATP, etc.
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Bioquímica y biología molecular
Tercer parcial – metabolismo
Cada uno de los veinte aminoácidos va a tener su propia vía de degradación, pero todos ellos van a desembocar a siete
metabolitos comunes, que son acetil-CoA, succinil-CoA, piruvato, α-cetoglutarato, fumarato, oxalacetato y acetoacetato.
La degradación del esqueleto carbonado de los aminoácidos ocurre en diversos tejidos, pero mayoritariamente es hepática.
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Tercer parcial – metabolismo
AMINOÁCIDOS CETOGÉNICOS
Todos aquellos que tras su degradación dan lugar a acetoacetato o acetil-CoA no serán aminoácidos glucogenogénicos, ya que al
no producir piruvato no pueden ir a parar a la vía de síntesis de la glucosa. Éstos se denominan aminoácidos cetogénicos, y son la
lisina y la leucina (aas de cadena ramificada, lisina y aromáticos): 𝐿𝑒𝑢𝑐𝑖𝑛𝑎 → 𝑖𝑠𝑜𝑣𝑎𝑙𝑒𝑟𝑖𝑙 − 𝐶𝑜𝐴 → 𝑎𝑐𝑒𝑡𝑖𝑙 − 𝐶𝑜𝐴 𝑦 𝑎𝑐𝑒𝑡𝑜𝑎𝑐𝑒𝑡𝑎𝑡𝑜.
El paso de leucina a isovaleril-CoA está catalizado por el enzima isovaleril-CoA deshidrogenasa. Su déficit provoca una acidemia
isovalérica (olor de la orina y del aliento a pies/queso), que tiene mal pronóstico. DIAPOS
AMINOÁCIDOS GLUCONEOGÉNICOS
Todos aquellos cuyo producto final sea el piruvato, succinil-CoA, α-cetoglutarato, fumarato y oxalacetato se denominan
aminoácidos gluconeogénicos, ya que todos son metabolitos que participan en la vía de síntesis de la glucosa:
PIRUVATO: los aa de tres átomos de carbono más treonina, glicina (vía serina) y una parte del triptófano. Es decir: alanina,
triptófano, glicina, serina, cisteína y treonina:
- 𝑻𝒓𝒊𝒑𝒕ó𝒇𝒂𝒏𝒐 → 𝒂𝒍𝒂𝒏𝒊𝒏𝒂 → 𝒑𝒊𝒓𝒖𝒗𝒂𝒕𝒐 (𝑛𝑜 𝑠𝑖𝑒𝑚𝑝𝑟𝑒 𝑒𝑙 𝑡𝑟𝑖𝑝𝑡ó𝑓𝑎𝑛𝑜 𝑑𝑎 𝑝𝑖𝑟𝑢𝑣𝑎𝑡𝑜)
- 𝑻𝒓𝒆𝒐𝒏𝒊𝒏𝒂 → 𝑎𝑐𝑒𝑙𝑡𝑎𝑑𝑒ℎí𝑑𝑜 → 𝒈𝒍𝒊𝒄𝒊𝒏𝒂 → 𝒔𝒆𝒓𝒊𝒏𝒂 → 𝒑𝒊𝒓𝒖𝒗𝒂𝒕𝒐
- 𝑪𝒊𝒔𝒕𝒆í𝒏𝒂 → 𝒑𝒊𝒓𝒖𝒗𝒂𝒕𝒐
*En esta figura se resume la degradación de thr, Trp, ala, ser y cys. Como se puede ver, se indica el destino de una parte (coloreada)
o toda la cadena de cada aminoácido, dependiendo del caso. Aunque el destino descrito es piruvato y por tanto todos estos aa
son potencialmente gluconeogénicos, hay partes que darán acetil CoA y también serán cetogénicos:
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Tercer parcial – metabolismo
En esta vía hay * + Deficits congénitos; histidinemia y academia urocánica, respectivamente (diapos).
*No hace falta el detalle de las rutas, solo hay que saber quién termina donde, así como allí donde haya enfermedades.
SUCCINIL-COA: isoleucina, metionina, valina y treonina: 𝑴𝒆𝒕 − 𝑰𝒍𝒆 − 𝑽𝒂𝒍 - Tre→ 𝑝𝑟𝑜𝑝𝑖𝑜𝑛𝑖𝑙 − 𝐶𝑜𝐴 → 𝑚𝑒𝑡𝑖𝑙𝑚𝑎𝑙𝑜𝑛𝑖𝑙 − 𝐶𝑜𝐴 →
𝒔𝒖𝒄𝒄𝒊𝒏𝒊𝒍 − 𝑪𝒐𝑨
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Bioquímica y biología molecular
Tercer parcial – metabolismo
La degradación de estos aminoácidos da lugar a propionil-CoA, que es un metabolito que se obtiene como resultado de la
degradación de ácidos grasos de número impar, y que posteriormente daba metilmalonil-CoA. (y por último succinil coA).
Un déficit en el enzima propionil-CoA carboxilasa produce acidemia propiónica, y un déficit en el enzima metilmalonil-CoA mutasa
(enzima que necesita vitamina B12) provoca acidemia metil-malónica. Ambas enfermedades tienen un pronóstico difícil para el
paciente, ya que son prácticamente letales.
*Recordar que el propionil CoA también puede proceder de ácidos grasos de nº impar y del ácido fitánico. Por otro lado, también
recordar que la metil malonil CoA mutasa junto a la metionina sintasa son las únicas enzimas que requieren B12 en humanos.
En mamíferos sólo se conocen dos enzimas que requieren B12: L metilmalonil-CoA mutasa y la metionina sintasa que convierte la
homocisteina en metionina. Esta última reacción es muy importante pues la metionina se requiere para la síntesis de las coenzimas
(THF) que participan en la síntesis de purina y pirimidinas.
Por el metabolismo de la metionina en esta vía se forma un metabolito intermediario, denominado s-adenisil metionina (SAM).
Es una molécula importante porque tiene un metilo colgando del anillo bencénico. Este metilo lo va a utilizar para donarla a otras
moléculas: 𝑴𝒆𝒕𝒊𝒐𝒏𝒊𝒏𝒂 → 𝑆𝐴𝑀 → ℎ𝑜𝑚𝑜𝑐𝑖𝑠𝑡𝑒í𝑛𝑎 → 𝛼 − 𝑐𝑒𝑡𝑜𝑏𝑢𝑡𝑖𝑟𝑎𝑡𝑜 → 𝑝𝑟𝑜𝑝𝑖𝑛𝑖𝑙 − 𝐶𝑜𝐴 → 𝑠𝑢𝑐𝑐𝑖𝑛𝑖𝑙 − 𝐶𝑜𝐴
El paso de SAM a homocisteína está catalizado por la cistationina β-sintasa, y su defecto congénito provoca homocistinuria.
AMINOÁCIDOS MIXTOS
Por último, existen aminoácidos mixtos, que parte de su molécula puede formar piruvato, y la otra parte puede formar
acetoacetato. Los aminoácidos mixtos son el triptófano (acetoacetato, acetil-CoA y piruvato), la isoleucina (acetil-CoA y succinil-
CoA) la fenilalanina (acetoacetato y fumarato) y la tirosina (acetoacetato y fumarato). También la treonina.
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Bioquímica y biología molecular
Tercer parcial – metabolismo
Para llevar a cabo su catálisis, necesitan la acción de las oxigenasas. Estas enzimas se encargan de introducir grupos –OH en el
anillo para facilitar su ruptura y así degradarlo con mayor facilidad.
* Vía de degradación del triptófano. Requiere una monooxigenasa. Como vemos En parte es gluconeogénico pues una parte va a
piruvato y en parte es cetogénico Pues otra parta (la mayoritaria) termina en acetil CoA.
Los alfa cetoácidos de valina, leucina e isoleucina así como el alfa cetobutirato derivado de lametionina son sustratos de la misma
enzima, la deshidrogenasa de alfa cetoácidos de cadena ramificada. Posteriormente la degradación prosigue de forma similar a
la de los ácidos grasos. En el caso de la isoleucina y valina se llega a succinil CoA y en el caso de la leucina a acetil CoA y Aceto
acetato.
La fenilcetonuria es la enfermedad congénita más frecuente con las que están relacionadas con el metabolismo. Alta prevalencia,
dentro de su relativa rareza, en poblaciones de origen celta. Se produce por un déficit en el metabolismo de la fenilalanina. Se
diagnostica al analizar la sangre del talón de los recién nacidos y tiene cura. La fenilalanina se toma por la leche, y si no hay PKU
(enzima que degrada la fenilalanina) se acumula. Como los recién nacidos no tienen el sistema nervioso formado, esta
acumulación provoca daños como el retraso mental. La solución es alimentar al niño con leche que carezca de este aminoácido.
Si se detecta se puede evitar (como la galactosemia). Los neonatos empeoraban con la leche de la madre al no poder metabolizar
la fenilalanina llegando a afectar al desarrollo psicomotor, cursando con retraso. Hoy en día es salvable pues basta con dar una
leche sin fenilalanina y el neonato se desarrolla normal.
El paso de fenilalanina a tirosina necesita tetrahidrobiopterina que se transforma en Dihidrobiopterina. Para reciclar la
dihidrobiopterina a tetrahidrobiopterina se requiere NADH y el concurso de la dihidrobiopterina reductasa. Defectos en la síntesis
de Biopterina (que la sintetiza el organismo) también pueden causar fenilcetonuria.
La enfermedad de Jarabe de arce se denomina así porque la orina tiene un olor dulce, que se asemeja al del jarabe de arce. Este
olor se debe a la acumulación de cetoácidos de cadena ramificada de valina, isoleucina y leucina tanto en la sangre como en la
orina. Se debe al déficit del Complejo enzimático de la α cetoácido de cadena ramificada. La vía de degradación de estos tres
aminoácidos está bloqueada.
* En el caso del albinismo la tirosinasa cataliza la conversión de tirosina en DOPA o dihidroxifeneilfenilalanina, precursor de la
melanina. La DOPA se produce también por otra enzima en SNC para la síntesis de neurotransmisores (catecolaminas).
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Bioquímica y biología molecular
Tercer parcial – metabolismo
de la fenilcetonuria, como puede observarse en esta y en la siguiente figura, hay otras cuatro posibles enfermedades por defectos
congénitos (Tirosiemias I, II y III más Alcaptonuria)
La alcaptonuria fue la primera enfermedad congénita relacionada con defectos en el metabolismo descrina. La orina de los
pacientes se pone de color oscuro por la oxidación del ácido homogentísico (homogentisato). Es relativamente leve, aunque los
pacientes desarrollan artritis con la edad.
EUGENESIA: quitarnos a todos los que tengan enfermedades para asegurar una “buena descendencia”.
Pigmentación oscura en la
Homogentisato-
Alcaptonuria Degradación de la tirosina orina.
1,2-dioxigenasa
Desarrollo de artritis
Arginemia Síntesis de urea Arginasa Retraso mental
Complejo de la
Vómitos, convulsiones,
Enfermedad del Degradación de la leucina, deshidrogenasa de
retraso mental y muerte
Jarabe de Arce valina e isoleucina los α-cetoácidos de cadena
temprana
ramificada
Vómitos, convulsiones,
Conversión del propionil-CoA
Acidemia metilmalónica Metilmalonil-CoA mutasa retraso mental y muerte
a succinil-CoA
temprana
La alcaptonuria es la primera enfermedad congénita del metabolismo que fue descubierta. Esta enfermedad no es muy grave.
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Bioquímica y biología molecular
Tercer parcial – metabolismo
El organismo no almacena el exceso de aminoácidos de la dieta, sino que los transforma en intermediarios metabólicos comunes
como el piruvato, oxalacetato y α- cetoglutarato. Es decir, los aminoácidos son precursores de glucosa, ácidos grasos y cuerpos
cetónicos, y por tanto actúan como combustible y como precursores metabólicos.
(El ciclo de la urea puede proporcionar arginina para satisfacer las necesidades de un adulto, pero no las de un niño en
crecimiento).
El aspartato se forma por transaminación del oxalacetato y la asparraguina por aminación del aspartato por la asparraguina
sintetasa, usando la glutamina como dador de NH4+ (se emplea un intermediario). Estos no son esenciales y sus mecanismos de
biosíntesis están en todos los organismos. El aspartato da lugar a la metionina, treonina y lisina, y la treonina es uno de los
precursores de la isoleucina. EL DONADOR DEL AMONIO ES LA GLUTAMINA.
La prolina es un derivado cíclico del glutamato, el ATP reacciona con el grupo carboxilo del glutamato para formar un acil fosfato,
éste se cicla y se vuelve a reducir para dar su prolina.
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Bioquímica y biología molecular
Tercer parcial – metabolismo
La arginina se sintetiza a partir del glutamato a través de la ornitina y el ciclo de la urea, y la glutamina se forma a partir del
glutamato por la glutamina sintetasa por amidación de un grupo amino (proceso similar al de la formación de asparraguina). La
glutamina sintetasa se activa por α-cetoglutarato (producto de la desaminacion oxidativa de glutamato), lo que aliviaría la
acumulación de amonio.
El glutamato necesita ATP y poder reductor, y obtendremos glutamina y semialdehido. Es el precursor de glutamina, prolina y
arginina. Mediante una reacción ultramolecular que pasará el glutamato a αcetoglutarato, obtendremos la ornitina, que
mediante el ciclo de la urea dará lugar a la arginina, y por otro lado se obtiene la prolina. Estas rutas si están en nuestro
metabolismo.
*Para la conversión de glutamato a glutamina, se emplea un intermediario y está catalizada por la glutamina sintetasa. La
deficiencia de esta enzima tiene consecuencias fatales y genera malformación cerebral.
FOTOS: Los que están en más oscurito son esenciales. En azul, precursores de aa. En amarillo, aas precursores de aas:
De fenilalanina solo tenemos en nuestro metabolismo la segunda parte de la primera flecha. El metabolismo de la serina también
lo podemos hacer. Las que parten de piruvato también las podemos hacer, por una simple transaminación.
AMINOÁCIDOS AROMÁTICOS
Los aminoácidos aromáticos que tenemos son fenilalanina, tirosina y triptófano. El corismato es el precursor común de estos
tres, pero la tirosina puede formarse a partir de corismato o por hidroxilación de la fenilalanina.
El corismato se forma de la siguiente manera: se condensa el fosfoenolpiruvato (de la glucolisis) con la eritrosa 4-fosfato (de la
vía de las pentosas fosfato) para dar un azúcar abierto de 7C que se oxida y se vuelve cíclica. Luego se deshidrata y se reduce para
formar siquimato, que forma corismato por condensación de otro fosfoenolpiruvato.
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Bioquímica y biología molecular
Tercer parcial – metabolismo
Por lo tanto, el corismato es el primer punto de ramificación de la vía, con una rama que conduce al triptófano y otra a la
fenilalanina y a la tirosina. NOSOTROS SI PODEMOS HACER LA TRANSFORMACIÓN DE FENILALANINA A TIROSINA.
Los anillos aromáticos no son fácilmente asequibles en el medio, a pesar de que el anillo del benceno es muy estable. La ruta
ramificada conduce al triptófano, la fenilalanina y la tirosina en bacterias, hongos y plantas, y es la vía principal para la formación
del anillo aromático.
La fenilalanina tiene normalmente sólo 2 destinos: la incorporación a cadenas del polipéptido y la producción de tirosina por la
fenilalanina hidroxilasa dependiente de tetrahidrobiopterina. Así, el catabolismo de la fenilalanina sigue siempre el camino del
catabolismo de la tirosina. El camino principal para la ddegradacion de la tirosina implica la conversión a fumarato y a
acetoacetato, permitiendo que la fenilalanina y la tirosina sean clasificadas como glucogénicos y cetogénicos.
El triptófano, como ya hemos dicho, proviene también del corismato. El corismato se convierte en antranilato en una reacción
en la que la glutamina proporciona el nitrógeno que formará parte integrante del anillo del indol.
El antranilato se condensa con el PRPP. El anillo indolico del triptófano se forma a partir de los carbonos del anillo y del grupo
amino del antranilato más dos carbonos procedentes del PRPP. La reacción final de la secuencia está catalizada por la triptófano
sintasa.
Para conseguir tirosina necesitamos fenilalanina. Los animales pueden producir tirosina directamente a partir de la fenilalanina
por hidroxilación del grupo fenilo por la fenilalanina hidroxilasa.
La tirosina es importante también para la biosíntesis de proteínas, y es también un intermediario en la biosíntesis de varios
metabolitos fisiológicamente importantes, como la dopamina, la norepinefrina y la epinefrina.
La tirosina es producida en las células por hidroxilación del aminoácido esencial fenilalanina. Lo que ocurre es que se hidroxila el
carbono 3 del anillo aromático en una reacción catalizada por la fenilalanina hidorxilasa. De esta manera queda finalmente
tirosina y H2 biopterina. Esta relación es como la que se da entre la cisteína y la metionina. La mitad de la fenilalanina requerida
va a la producción de tirosina, si la dieta es rica en tirosina por sí misma, los requerimientos para fenilalanina se reducen un 50%.
*Fenilcetonuria: también puede venir por déficits en la H4-biopterina, que participa en la degradación de fenilalanina.
BIOSÍNTESIS DE HISTIDINA
La vía de la histidina en las plantas y bacterias difiere en varios aspectos de las vías biosintéticas de otros aminoácidos. La histidina
proviene de la ribosa-5-fosfato. Histidina es un aa esencial porque no podemos hacer esta reacción.
Dos de sus nitrógenos provienen de la glutamina y el glutamato, y el derivado del ATP que se forma tras el quinto paso es un
intermediario de la biosíntesis de purinas, de modo que el ATP se regenera rápidamente.
La homocisteína y la serina se unen por la reacción que cataliza la cistationina B- sintasa y la pérdida de una molécula de agua.
Entonces dará cisteína, que mediante hidratación producirá un grupo amonio, α-cetogutarato y cisteína. De los dos aminoácidos
que tiene azufre (metionina y cisteína), la metionina es el esencial.
Pero algunos aminoácidos se obtienen en una sola etapa, el glutamato, el aspartato y la alanina se obtienen por transaminación
de su α-cetoácido.
La PABA forma parte del ácido fólico. El ácido fólico sintetiza nucleótidos, así que su falta provoca anemia, ya que la sangre es el
lugar donde se produce más frecuentemente la replicación. El folato pasa a dihidrofolato mediante poder reductor y de esa pasa
a tetrahidrofolato por poder reductor también. Por lo tanto, al final queda más o menos reducido.
Las células que no pueden generar THF a partir de DHF (que viene de una reacción catalizada por la timidilato sintasa, por acción
de la dihidrofolato reductasa, que requiere NADPH), sufren síntesis defectuosa de ADN y muerte eventual. Por ello, al igual que
el hecho de que el dTTP es usado sólo por el ADN, es terapéuticamente posible apuntar a la rápida proliferación celular sobre las
células no proliferativas a través de la inhibición de la timidilato sintasa. Muchas drogas anticancerosas actúan directamente para
inhibir ésta, o inhiben directamente a la DHFR.
El metilentetrahidrofolato puede venir de serina o de glicina? …. Este dará también formil HF, fundamental en la síntesis de inosinas
de los ácidos nucleicos??
La metionina se regenera empleando metil THF como donador de metilo. (la homociseína viene de la propia metionina, por lo que
para regenerarla es necesario haber partido de metionina. Es decir, es esencial
S-ADENOSIL METIONINA COMO DADOR DE GRUPOS METILO POR SU ELEVADO PODER DE TRANSFERENCIA
La metionina se une a ATP y mediante la metionina adenosil transferasa forma la S- adenisilmetionina (que tiene un metil que es
el que dona a las reacciones). Luego la metiltransferasa transfiere este grupo metilo quedando en S-adenosilhomocisteína. Ésta
se hidroliza a homocisteína y adenosina mediante la S-adenosilhomocisteina hidrolasa. Aquí podría entrar serina y se forma
cisteína (coge el esqueleto carbonatado de la serina y el azufre de la metionina). HAY UNA ESPECIE DE RECICLAJE.
*Defecto congénito Cistationina beta sintasa: homocestinuria.
*También se puede dar la síntesis de serina a partir de homocisteína…
La metionina sintasa cataliza esta reacción que requiere vitamina B12. Ésta, junto con la reacción catalizada por la metil-malonil
CoA mutasa, son las dos únicas reacciones que necesitan B12 en mamíferos.
CICLO DE LOS METILOS ACTIVADOS. IMPORTANCIA DE LAS METILACIONES EN PROCESOS BIOSINTÉTICOS (AMINOÁCIDOS,
BASES), METILACIÓN DEL DNA
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Bioquímica y biología molecular
Tercer parcial – metabolismo
La anemia perniciosa tiene su origen en un déficit del factor intrínseco segregado por el estómago y necesario para la asimilación
de la B12. A diferencia de la anemia megaloblástica (falta de folato), con el tiempo, en la anemia perniciosa aparecen síntomas
neurológicos más graves. Ambas vitaminas están relacionadas metabólicamente.
Los niveles altos de homocisteína se relacionan con un mayor riesgo de accidente cardiovascular. La homocisteína causa daños
a nivel muscular. Puede aparecer incluso si es genética a edades tempranas. La causa más común de niveles altos de homocisteína
es una mutación en el gen de la cistationina β-sintasa. Aunque no se conoce el mecanismo parece que el exceso de homocisteína
de alguna manera provoca daños en las células del revestimiento de los vasos, además de estrés oxidativo.
Los aminoácidos, además de como constituyentes de las proteínas, tienen un papel metabólico importante como precursores de
moléculas (hormonas, neurotransmisores, bases púricas y pirimidímicas, glutatión, óxido nítrico, porfirinas, poliaminas…). Pero
no todos tienen este papel. La histidina es precursora de la histamina (mensajero. Tiene que ver con las reacciones alérgicas), por
acción de la histidina carboxilasa.
La tirosina es precursora de la dopamina, ésta de la norepinefrina y ésta de la epinefrina. También es precursor de tiroxina.
*El parkinson consiste en una degeneración neuronal en la sustancia nigra. Se trata con DOPA (precursor de dopamina) o
inhibidores de la MAO. Ayuda a que las pocas neuronas que queden funcionen bien y sinteticen más niveles de dopamina
(tratamiento paliativo que solo funciona al principio de la enfermedad, antes de que la degeneración esté muy avanzada).
Y el glutamato (que es el neurotransmisor más importante del SN y es muy abundante) es precursor del -aminobutirato (GABA)
(que es otro neurotransmisor). GABA se sintetiza a partir de la descarboxilación del glutamato por acción de la glutamato
descarboxilasa. Una vez sintetizado es introducido en vesículas y está listo para salir de la neurona presináptica. Tenemos un gusto
más en el paladar debido a los receptores del glutamato.
*Para la síntesis de todos ellos, es necesaria la vitamina B6, ya que actúa como coenzima de las descarboxilasas que participan en
todas estas vías.
GLUTATION
Esta molécula procede de la glicina, el glutamato y la cisteína (gamma-glitamil cisteinil glicocola). El glutation es una molécula
que regula el estado de oxidación y los grupos sulfhidrilos. Lo que hace es mantener el estado redox de la célula, formando un
puente disulfuro entre glutations.
El glutation reducido se usa para eliminar los peróxidos tóxicos que se forman durante el crecimiento y el metabolismo en
condiciones aeróbicas. Cuando lo hace, se oxida. 2𝐺𝑆𝐻 + 𝑅 − 𝑂 − 𝑂𝐻 → 𝐺𝑆𝑆𝐺 + 𝐻2𝑂 + 𝑅𝑂𝐻.
La arginina pasa a N-hidroxi-arginina y ésta pasa a citrulina y óxido nítrico. Este era un mensajero gaseoso que difundía.
El óxido nítrico produce vasodilatación y la erección del pene. Además, sabemos que este gas se produce en aquellas personas
que ingieren pastillas de nitroglicerina, y se genera en una célula concreta, pero ésta infiere en otra y finalmente se produce la
vasodilatación. Se usa, por ejemplo, para intentar aliviar situaciones de dolor/angina de pecho (defecto en las arterias coronarias
que dificultan el riego).
PORFIRINAS
Las porfirinas nos las encontramos en el citocromo, la hemoglobina… El grupo hemo no sólo puede venir de la hemoglobina,
sino que también proviene de otras proteínas.
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Bioquímica y biología molecular
Tercer parcial – metabolismo
Se hicieron una serie de experimentos con isótopos radiactivos (N15 y C14) para demostrar que las porfirinas se sintetizaban a
partir de la glicina y acetato (por la vía succinil CoA), y por tanto vieron que tanto la glicina como el succinil-CoA son precursores
del grupo hemo. La vía de síntesis de los grupos hemo se da en la mitocondria (empieza y acaba ahí) y en el citosol (entre medias).
Si no tuviéramos ni glicina ni acetato no podríamos generar O2, ni transportarlo, ni tampoco realizar la cadena de transporte
electrónico.
Estas vías pueden actuar en un orden u otro. La dopamina se degrada a ác. homovalínico, y esta vía se puede hacer de dos formas:
actuando primero la COMT o por otra que comienza por MAO (la diferencia entre ambas es que solo hay un cambio en el orden de
las enzimas). Es importante en los enfermos de Parkinson, que tienen niveles bajos en el líquido cefalorraquídeo de HVAEs pr eso
por lo que se trata con un inhibidor de la MAO, para no degradar dopamina y que se mantenga en niveles altos por un tiempo.
Degradación de adrenalina y noradrenalina: lo mismo, dos vías con las enzimas en distinto orden. Ambas acaban en ác.
vanililmandélico (VMA). Es decir, en todos los casos existen varias vías con las 3 mismas enzimas. Los niveles de VMA aumentan
en orina y líq. Cefalorraquideo en feocromocitoma, que es un tumor de las cápsulas subadrenales (las que producen adrenalina).
Produce dolores de cabeza y alteración por la gran cantidad de adrenalina.
Degradación de serotonina e histamina: vemos otra vez enzimas como MAO. Es decir, en otras enfermedades psiquiátricas se dan
inhibidores de MAO, para mantener los niveles de los neurotransmisores (porque hemos visto que esta enzima está presente en
varias vías de degradación de neurotransmisores).
La síntesis del grupo hemo es la primera reacción de una vía específica que da lugar a la síntesis de porfirinas. La δ-aminolevunilato
sintasa se regula negativamente por el exceso del grupo hemo.
Para formar el anillo pirrólico se tienen que condensar 2 δ-aminolevunilatos, dando el porfobilinógeno. Después se deshidrata
mediante la δ-levunilato deshidratasa. El porfobilinógeno reacciona en una desaminacion mediante la porfobilinógeno
desaminasa y da un polímero de 4 porfobilinógenos.
Esa desaminasa también permite la ciclación de esa estructura lineal, dando 4 tetrapirroles con propionato y acetatos. Da lugar
al uroporfirinógeno-3. No es una reacción directa, pues de haberlo sido se habría formado sin los acetatos y los propionatos
alternados.
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Bioquímica y biología molecular
Tercer parcial – metabolismo
Se pasa a través de un intermedio con metilos y acetatos, y por descarboxilación, da el coproporfirinógeno III. (Todos estos pasos
habían ocurrido en el citosol, pero a partir de este punto, el proceso continúa en la mitocondria).
Mediante descarboxilación de los propionatos, se da la protoporfirina IX, que, obteniendo un átomo de Fe mediante la ferro-
queratasa, da el grupo hemo.
La ALA sintetasa se estimula y acelera la cadena bioquímica, con lo que se produce una acumulación de precursores (porfirinas)
antes del paso alterado y un déficit de las siguientes a ese paso. Las porfirinas acumuladas se eliminarían en proporciones
anómalas por la orina y/o las heces.
Aunque el mecanismo no está claro, las porfirinas que se asocian a un aumento de ácido deltaaminolevulínico (ALA) y/o
porfobilinógeno (PBG), se asocian a síntomas neurovegetativos.
La evidencia bioquímica de intoxicación por plomo es el hallazgo de una elevación de la cantidad de protoporfirina en los
eritrocitos debido a la inhibición por el plomo por una serie de enzimas sintéticas de la vía hemo. El grupo hemo se degrada cuando
los glóbulos rojos son fagocitados, se separa el grupo Fe y se reutiliza.
PORFIRIAS
Las porfirias son trastornos hereditarios debidos a un defecto en la vía biosintética del grupo hemo. La porfirina se sintetiza en
el hígado y en los eritroblastos, por lo que los trastornos pueden aparecer en ambos sitios (sería una porfiria hepática o
eritropoyética).
En la porfiria eritropoyética congénita el déficit en la consintasa provoca acumulación de uroporfirina I en la orina dándole un
color rojo cuando se ilumina con luz UV.
La acumulación se produce también en dientes dándoles tonos marrones-rojos y en la piel volviéndola fotosensible y provocando
ulceras. El hecho de que estos pacientes presenten un mayor crecimiento de pelo en la cara y las extremidades ha sustentado la
explicación bioquímica del hombre lobo.
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Bioquímica y biología molecular
Tercer parcial – metabolismo
La porfiria intermitente aguda afecta al hígado, se acumula porfobilinógeno y aminolevulínico causando fuertes dolores
abdominales y alteraciones neurológicas (déficit de uroporfobilinogeno I sintasa).
BILIRRUBINA
La bilirrubina se origina por degradación del grupo hemo de la hemoglobina, que a su vez aparece en el plasma como
consecuencia de la desnutrición de los glóbulos rojos en el sistema retículo endotelial. No es soluble, viaja por la sangre con
albúminas. Se conjuga para ser algo más soluble.
La bilirrubina se degrada en el intestino por el metabolismo bacteriano que genera urobilina (amarilla) que se excreta por la
orina y estercobilina (marrón-rojo) que se excreta por las heces.
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Bioquímica y biología molecular
Tercer parcial – metabolismo
- Conjugada o directa: suele transportarse al intestino (esterificada). Después de separarse de la albumina, penetra en la célula
hepática, en donde se conjuga con el ácido glucurónico por acción de la UDP glucuronil transferasa. Su valor normal es de
0mg/dl. Cuando está alta, vemos también un aumento de las transaminasas, por el daño hepático
- Libre o indirecta: es transportada al hígado ligada escasamente a la albumina, es insoluble en agua y por ello no se excreta
en orina. En el hígado se conjuga con glucurónico y posteriormente se segrega a la bilis y al intestino. Si está aumentada, se
suele ver también un aumento de las transaminasas
→ La flora intestinal la transforma en urobilinógeno, parte del cual se reabsorbe y excreta por vía renal en la orina o por vía
hepática dentro del tracto intestinal, mientras que el resto se elimina en la materia fecal como estercobilinógeno.
El poder identificar cuál de las bilirrubinas está elevada nos permite definir si el problema está antes o después del hígado. La
bilirrubina directa o libre se ve aumentada en obstrucciones biliares o colestasis (por un cálculo o piedra de la vesícula), en
tumores hepáticos o de cabeza del páncreas, en estrechamientos de los conductos biliares, en colestasis inducidas por
medicamentos, en los síndromes de DubinJohnson y de Rotor, en hepatitis, en cirrosis…
La ictericia consiste en la acumulación de bilirrubina en la sangre, dando de esta manera pigmentación a la piel y a los ojos.
Distinguimos varios tipos de anemias que pueden causar este síntoma:
- Anemia hemolítica: la ictericia hemolítica consiste en la rotura o destrucción de los glóbulos rojos. Aparece con una
elevación de más del 50% de la bilirrubina libre, no conjugada. Las heces aparecerán oscuras y la orina clara, con presencia
de urobilinógeno. A su vez se verá en la analítica una anemia, o hematíes deformados, apareciendo en la exploración física
un bazo agrandado de tamaño. Tienen lugar procesos de hemolisis, los glóbulos rojos se degradan y se rompen.
- Anemia hepatocelular: puede ser debido a toxinas o infecciones como la hepatitis vírica. Habrá un aumento de bilirrubina
directa e indirecta en sangre. En orina habrá una elevación de bilirrubina y el urobilinógeno estará poco aumentado o incluso
puede estar disminuido. Vemos un aumento de bilirrubina conjugada.
- Anemia colestática: coloración amarilla de la piel y/o mucosas, como consecuencia de una obstrucción de las vías biliares, lo
que dificulta la secreción de bilis al duodeno. Se ve un aumento de la bilirrubina conjugada.
- Anemia neonatal: es la coloración amarillenta de la piel y mucosas relacionadas debido a un exceso de bilirrubina LIBRE en la
sangre del niño. Además, se debe extremar la precaución con él, pues la bilirrubina es tóxica y los niños al nacer todavía no
tienen el SN desarrollado, por lo tanto, tiene efectos sobre el SNC. (los fetos sufren hipoxia al nacer en distintos grados).
*Esta última es bastante común. Cuando los niños nacen a veces se les pone bajo una “lámpara” para eliminar la bilirrubina.
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Bioquímica y biología molecular
Tercer parcial – metabolismo
Cada vez que comemos, ingerimos ADN, el cual se degrada a oligonucleótidos por las endonucleasas, y éstos son degradados a
su vez en nucleósidos monofosfato por la difosfodiesterasas. Estos nucleósidos monofosfato pueden ser utilizados para la
síntesis de nuevos ácidos nucleicos, o bien pueden terminar de degradarse por la nucleotidasa a nucleósidos, perdiendo su grupo
fosfato. También pueden perder la ribosa por una fosforilasa, dejando únicamente las bases. Las purinas darán ácido úrico, y las
pirimidinas β-ureidopropionato o bien pueden ser degradados por la fosforribosil-transferasa, dando lugar a las bases y a una
molécula de PRPP.
DEGRADACIÓN
Los alimentos ricos en proteínas también son ricos en ácidos nucleicos, lo que genera mucho amonio que hay que eliminar. Los
nucleótidos de pirimidina siguen una degradación distinta a la degradación de las purinas.
- Catabolismo de pirimidinas: comienza con la desaminación de la citidina, formando uridina, que formará uracil por la
pérdida de la ribosa 1-fosfato, y la adición de una citosina desaminada, y una desoxiuridina sin la pentosa 1- fosfato. El uracil
se reduce formando el dihidrouracil, que es una lactasa (molécula con una amida intramolecular). Éste, mediante la adición
de una molécula de agua pasa a ácido β-ureidopropiónico y por la adición de otra molécula de agua terminar por dar alanina
y amonio (ciclo de la urea). Se requiere poder reductor en forma de NADPH. MIRARSE EL DIBUJO
*La beta alanina de la izquierda acaba en malonil-CoA. La foto de la derecha es la ampliación del nº1 de la primera foto. Al final
se acaba en succinil CoA, que va al ciclo de Krebs.
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Bioquímica y biología molecular
Tercer parcial – metabolismo
BIOSÍNTESIS
Se puede producir por dos vías. Bien por medio de reciclaje (ruta de salvamiento, recuperación) o por síntesis de novo.
Interconversión de nucleótidos:
*Las bases de pirimidina también se reciclan. Primero se forma el nucleósido y luego el nucleótido, usando ATP.
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Tercer parcial – metabolismo
A. SÍNTESIS DE PIRIMIDINAS
Por deshidrogenación, el deshidroorato se transforma en orato. La aspartato transcarbamilasa es el enzima que regula la síntesis.
La síntesis de barbamil-fosfato a partir de bicarbonato y amonio (de glutamina) está catalizada por la carbamil-fosfato sintetasa.
Una vez sintetizado el anillo, el orato se une a fosforribosil pirofosfato, que es el azúcar, para formar orotidilato, que es una
forma activada del anillo, por acción de la fosforil transferasa.
*El fosforribosil pirofosfato (PRPP) se sintetiza a partir de ribosa 5-fosfato y ATP por la PRPP sintetasa.
El orodilato, por descarboxilación da lugar a uridilato, y a partir de aquí ya se puede sintetizar UDP a partir del cual se van a formar
los demás nucleótidos pirimidínicos.
La CTP se sintetiza por aminiación de UTP, que, como en la síntesis de carbamil fosfato, el
enzima utiliza glutamina. Proceso catalizado por la CTP sintetasa.
B. SÍNTESIS DE PURINAS
A partir de fosforribosil-amina se le añade glicina con gasto de ATP. Después el formiltetrahidrofolato cede un carbono (del grupo
formilo), y la glutamina cede un nitrógeno (grupo amino) por una reducción, también con gasto de ATP. Se gasta otro ATP para
ciclar la molécula y posteriormente entra bicarbonato, que con gasto de ATP se cambia el carbonato de sitio. El aspartato entra,
con gasto de ATP.
Esto se rompe, y sale fumarato, entra el formilTHF, cede otro carbono, y tras una deshidratación y ciclación se forma el inosinato
(IMP).
El folato es el donador de muchos carbonos en la síntesis de nucleótidos, por lo que es muy importante. De esta manera, un
déficit de ácido fólico va a producir anemia, ya que los eritrocitos son unas de las células que más se dividen y se regeneran más
rápidamente (vida media corta), y por ello necesitan muchos nucleótidos, y si no hay ácido fólico, la síntesis de los mismos se ve
comprometida.
El AMP y el GMP se sintetizan a partir del IMP obtenido anteriormente. El AMP se forma añadiendo aspartato con gasto de GTP,
y después se libera fumarato, pero se deja NH2. El GMP se forma primero oxidando el IMP con NAD+ y se le añade un oxígeno del
H2O. Después, la glutamina cede un NH3 con gasto de ATP. Se pierde el oxígeno que había entrado y se cambia el doble enlace de
sitio.
La regeneración del tetrahidrofolato se produce por la hidrofolato reductasa. El tetrahidrofolato proviene del dihidrofolato, que
se reduce gracias a NADPH para la formación del tetrahidrofolato. El dihidrofolato tiene que ser regenerado.
La timidilato sintetasa es el blanco de muchos fármacos anticancesosos, como por ejemplo el fluorouracil. El enzima es
confundido por estos fármacos de modo que forma un enlace covalente, produciento una inhibición irreversible. Este enzima
pretendía sintetizar dihidrofolato, por ello también se inhibe la hidrofolato reductasa, impidiendo que actúe la ATP reductasa. La
aminopterina y el metotrexatolametopterina inhiben la dihidrofolato reductasa. (toda esta parte no tal cual)
La síntesis de las purinas también está regulada por retroalimentación, es decir, los metabolitos de la propia vía inhiben o
estimulan su síntesis. Los enzimas que transforman la ribosa 5-fosfato a PRPP y ésta a fosforribosil-amina se inhiben por IMP,
AMP y GMP. El enzima que transforma el IMP a adenilo-succinato (que luego da AMP) se inhibe por AMP. Y el enzima que
transforma el IMP en xantilato (que luego da GMP) se inhibe por GMP.
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Bioquímica y biología molecular
Tercer parcial – metabolismo
La síntesis de desoxirribunucleótidos la lleva a cabo el enzima ribonucleótido reductasa, enzima que quita el –OH a los
ribonucleótidos. Los desoxirribonucleótidos se sintetizan por reducción de ribonucleótidos utilizando NADPH como reductor. Este
enzima tiene dos subunidades (R1 y R2), cada una formada por un dímero. Cada subunidad R1 contiene un centro activo y dos
lugares alostéricos, uno que regula la actividad global, y otro la especificidad de sustrato.
El centro de la actividad global está regulado por dATP, el cual lo inhibe y por ATP que lo estimula.
El centro de especificidad de sustrato es más complejo, si hay mucho dATP se estimula el paso de CTP a dCTP; y si aumentan los
niveles de dCTP se estimula el paso de UDP a dUDP. Por otro lado, si hay mucho TTP se estimula el paso de GDP a dGDP; y si
aumentan los niveles de dGDP se estimula el paso de ADP a dADP. Por otro lado, los niveles altos de TTP inhiben el paso de UDP
a dUDP y el paso de CTP a dCTP. (esta parte un poco por encima).
Por lo tanto, se produce una regulación buscando el equilibrio entre bases púricas y pirimidínicas, y por otro lado, un equilibrio
entre desoxirribonucleótidos y ribonucleótidos.
En células animales infectadas por virus, es frecuentes que se expresen enzimas codificadas por el virus, para aumentar la síntesis
de precursores de ácidos nucleicos para la síntesis de más virus. En ocasiones, estos enzimas al ser distintos a los de la célula
pueden ser el blanco de acción de fármacos, como el aclicovir o ganciclovir, que se usan para combatir el virus del Herpes. Estos
compuestos se fosforilan por la desoxipiridín quinasa del virus, convirtiéndose en 5’-trifosfato (que se comporta como un
inhibidor en la replicación) que infieren en la replicación del ADN. Como solo las células infectadas expresan el enzima, se logra
la inhibición de la replicación de forma selectiva. Es decir, es un fármaco inhibidor que se convertido en un nucleótido que utilizará
para la síntesis de su material genético.
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Bioquímica y biología molecular
Tercer parcial – metabolismo
Las bacterias tienen un mecanismo similar al de estos fármacos. Su ADN está metilado y con modificaciones específicas. Es decir,
en el momento en el que una bacteria detecta un material genético sin las marcas específicas del suyo, hacen que unas enzimas
de restricción bacterianas rompan el ADN extraño, protegiéndose así frente al virus.
→ Ganciclovir, 5-lododeoxiuridina y acyclovir: son tres análogos, que fosforilan por una quinasa vírica e interfieren en la
replicación del ADN en células infectadas.
→ AZT, ddC y ddl: se utilizan como tratamiento del SIDA; son análogos de nucleótidos de la transcriptasa inversa, los cuales
bloquen el enzima en el proceso de síntesis de ADN a partir de ARN, inhibiendo el proceso de retrotranscripción.
→ Alpuriinol y formicina B: son inhibidores de los enzimas implicados en el reciclaje de purinas. Se utilizan terapéuticamente
contra los protozoos parásitos, como el Plasmodium y Lieshmania (células eucariotas), ya que carecen de la capacidad de síntesis
de novo de purinas, y dependen del reciclaje de estas moléculas. De esta manera, aunque afecte a nuestras células, éstas sí tienen
la vía de síntesis de novo, y se afecta totalmente a las células de los parásitos.
* La formicina B Inhibe las enzimas de la vía de reciclaje. El dipiridamol inhibe el transporte de nucleósidos y su uso se combina
con inhibidores de la vía de reciclaje como la formicina. Al alopurinol se convierte en un análogo del ácido inosínico y luego en un
análogo del AMP que se incorpora al RNA interfiriendo en la codificación.
→ Inhibidores de la ADN polimerasa (ara): la ara A es un inhibidor de la polimerasa de virus tipo herpes, y se utiliza para tratar
encefalitis vírica. Se fosforila por las quinasas celulares dando araATP que inhibe la DNA polimerasa codificada por el virus. La ara
C se ha utilizado en tratamientos contra el cáncer. Son análogos de nucleótidos, que, al unirse a la polimerasa, que reconoce al
fármaco como si fuera un nucleótido, la inhibe.
→ Fármacos anticancerosos: bloquean la síntesis de timidilato, y actúan a todos los niveles. Se realiza con un fármaco que se une
al metilentetrahidrofolato (es un análogo estrucutral del dihidrofolato reductasa). Inhiben el paso de dihidrofolato a
metiltetrahidrofolato, haciendo que no haya síntesis de TMP.
*Hay análogos de nucleótidos que son mutagénicos 2-aminopurina (2AP) o 5 bromodesoxiuridina (BrdUrd) La 2AP se incorpora al
DNA en lugar de adenina pero luego se aparea con C en lugar de con t dando lugar a mutaciones de AT a CG BrdUR de forma
parecida se incorpora en lugar de T pero luego se aparea con G dando lugar a mutaciones de AT CG. El 5 Br uracilo actúa de forma
similar A. Esto es solo de interés toxicológico.
El metabolismo de nucleótidos es necesario para emplearlos de precursores de ciertas moléculas como NADH, o para la activación
de otros compuestos.
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Bioquímica y biología molecular
Tercer parcial – metabolismo
Prácticamente todos los procesos de nuestro cuerpo están regulados por hormonas (el
mantenimiento de la PA, el volumen sanguíneo, el hambre, la diferencia sexual, el
desarrollo…). Esta coordinación es llevada a cabo por el sistema neuroendocrino. Las
células individuales de un tejido detectan un cambio en el entorno del organismo (el
cerebro recibe recibe “imputs” o señales, tanto internas o del medio interno, sobre todo
de la sangre que es la que está en contacto con todos los tejidos; como del externo, desde
los sentidos). Todo llega al cerebro por impulsos nerviosos (excepción: reflejos con la
médula, por lo que el SNC no es solo el cerebro, engloba más órganos), lo procesa y
responden. Esto lo hacen segregando un mensajero químico que pasa a otra célula del
mismo tejido o de uno diferente, en donde se une a una molécula receptora y
desencadena un cambio en la segunda célula. NO SOLO LAS GLÁNDULAS SON LAS
ENCARGADAS DE ENVIAR SEÑALES. El cerebro transmite una serie de órdenes a las
glándulas para que los tejidos respondan de una manera coordinada.
En la señalización neuronal, el mensajero químico, el neurotransmisor, puede viajar a través de la hendidura simpática hasta la
siguiente neurona de la red. En la señalización hormonal, los mensajeros, las hormonas, son transportados por la sangre a células
próximas o a órganos y tejidos distantes. Salvo por estas diferencias, los sistemas de señalización química son muy parecidos. Un
ejemplo es que la adrenalina y la noradrenalina actúan como neurotransmisores en algunas sinapsis del cerebro y uniones
neuromusculares del músculo liso, también como hormonas que regulan el metabolismo energético del hígado y el músculo.
Todo esto va a estar regulado por el hipotálamo y la hipófisis, dividida a su vez en anterior y posterior. Las neuronas segregan
“releasing factors”, que hacen diana en la hipófisis anterior y se responde produciendo mensajeros, que irán a tejidos o a glándulas
para segregar otras cosas. En la hipófisis posterior, directamente llegan las señales de neuronas y segregan las hormonas.
El hipotálamo recibe información del SNP, tiene varios núcleos especializados e interaccionan todos juntos. El SNC juega un papel
esencial en la regulación del organismo.
Todas las rutas metabólicas están interconectadas y todas están dirigidas por el sistema neuroendocrino.
Al cerebro le llega información de todo el cuerpo (niveles de glucosa, acidosis, alcalosis, pH…) y esta información es procesada por
el cerebro, que elabora una respuesta que sale en forma de una señal, que será más o menos rápida dependiendo de la rapidez
con que sea necesaria.
EJES NEUROENDOCRINOS
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Bioquímica y biología molecular
Tercer parcial – metabolismo
EJE HIPOTÁLAMO-HIPOFISARIO
En la adenohipófisis se liberan hormonas hipotalámicas transportadas por la sangre produciendo hormonas trópicas o tropinas,
como la hormona del crecimiento, la hormona estimulante de la corteza suprarrenal, la hormona estimulante de la tiroides o
tirotropina, la FSH, la LH…Todas éstas tienen como blanco órganos o glándulas, que a su vez van a segregar a hormonas específicas
que se transportarán por la sangre hasta que lleguen a sus tejidos diana.
Si el cortisol aumenta mucho, a inhibir el ciclo en el primer paso del hipotálamo (arriba del todo del dibujo).
INSULINA
GLUCAGÓN
Aumenta el nivel de AMPc en el hígado y en el tejido adiposo, aumentando así la glucogenolisis y la hidrólisis de triglicéridos, y
disminuyendo la síntesis de glucógeno y la glucolisis.
Fisiológicamente aumenta la liberación de glucosa por el hígado y aumenta el nivel de glucosa en sangre, ya que promueve la
liberación de glucosa en la sangre ya que hay tejidos que dependen de ella. Esta hormona actúa en situaciones de ayuno
prolongado o ejercicio. Quiere sacar glucosa del hígado porque ahí no se utilizaba.
EPINEFRINA – ADRENALINA (la circunstancia de estrés está por encima de la de ayuno o alimentación).
Aumenta el nivel de AMPc en el músculo, promoviendo así la movilización de ácidos grasos (romper triglicéridos) y la
glucogenolisis. Por otro lado, disminuye la síntesis de glucógeno. Es una hormona que actúa en situaciones de estrés o ejercicio.
Fisiológicamente aumenta la glucosa liberada por el hígado, baja la glucosa usada por el músculo y aumenta el nivel de glucosa
en sangre.
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Bioquímica y biología molecular
Tercer parcial – metabolismo
Es importante encontrar inhibidores específicos para poder inhibir una única función específica.
Relajación muscular
Pulmones Hígado
β2 Aumenta la glucogenolisis
Intestino
Disminuye la motilidad
*Habría otro tipo que es el β3.
INTEGRACIÓN METABÓLICA
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Bioquímica y biología molecular
Tercer parcial – metabolismo
El hígado puede almacenar glucógeno, que se degrada durante el ayuno en forma de glucosa, para abastecer a los demás órganos.
Es el encargado de dar un suministro de energía constante principalmente a corazón y cerebro, ya que en ellos no se sintetiza ni
almacena glucosa. Por otro lado, en el hígado únicamente se almacena esta glucosa en forma de glucógeno, nunca de grasa
(aunque la sintetice), de lo contrario se produce una acumulación de grasa en el mismo, dando lugar a esteatosis hepática. El
hígado, junto con los riñones, son los principales órganos gluconeogénicos.
En el músculo rojo o esquelético también se almacena glucógeno, pero no lo comparte, sino que lo utiliza in situ, es decir, no
exporta glucosa (no tiene glucosa 6-fosfatasa), aunque sí lactato y alanina. Puede consumir además ácidos grasos.
El tejido adiposo guarda el exceso calórico del organismo a modo de grasas. Esto ocurre cuando hay un exceso de glucosa. En el
intestino los quilomicrones hacen que las grasas pasen al torrente sanguíneo y de ahí a los tejidos. Por tanto, el tejido adiposo va
a tomar glucosa solo en situaciones de buena alimentación; en situaciones de ayuno, obtiene la energía de su reserva de grasa
(hace lipolisis).
El glicerol fosfato necesario para sintetizar glucosa viene del tejido adiposo, que actúa como una glándula endocrina, pues es capaz
de sintetizar hormonas como la lectina, que regula el comportamiento de ingesta.
HOMEOSTASIS DE LA GLUCOSA
Además de las señales que le llegan al páncreas por parte de la glucosa, también el aparato digestivo manda señales a éste por
medio de unas hormonas llamadas incretinas. Hoy en día, la manera de curar la diabetes de tipo II es a través de estas hormonas.
Las incretinas (GIP: cél. K del duodeno y yeyuno, y CLP-1: cél. L del íleon y colon) van al páncreas y aumentan la secreción de insulina.
Inmediatamente después de una comida rica en calorías, la glucosa, los ácidos grasos y los aminoácidos entran en el hígado. La
insulina liberada en respuesta a la elevada concentración de glucosa en sangre estimula la captación de glucosa por los tejidos.
Parte de la glucosa se exporta al cerebro para cubrir sus necesidades energéticas y parte a los tejidos adiposo y muscular. La
insulina también activa la fosfatasa, promoviendo la conversión del piruvato en acetil-CoA.
En el hígado, el exceso de glucosa se oxida a acetil-CoA, que se usa para sintetizar ácidos grasos para su exportación en forma
de triacilgliceroles en las VLDL a los tejidos adiposo y muscular. Proporcionalmente, hay más glucógeno en hígado que en músculo.
La grasa tiene el doble de kilocalorías que nos hidratos de carbono.
El NADPH para la síntesis de lípidos se obtiene de la oxidación de la glucosa en la ruta de las pentosas fosfato. Los aminoácidos
en exceso se convierten en piruvato y acetil- CoA, que también se usan para la síntesis de lípidos. Las grasas de la dieta se
transportan vía sistema linfático en forma de quilomicrones desde el intestino a los tejidos muscular y adiposo.
Pero en situaciones de ayuno la concentración de glucosa baja, por lo que la situación del páncreas cambia. Se induce un aumento
del glucagón que actúa sobre los tejidos periféricos y en el hígado para que libere glucosa del glucógeno que hay almacenado
(por la glucogenolisis). Cuando la situación de ayuno se prolonga (más de 12h) se empieza a tirar de los lípidos con la lipolisis y las
proteínas.
El glucagón actúa como un receptor transmembrana y se produce una reacción en cascada que afecta fundamentalmente al
hígado y al riñón, induciendo la glucogenolisis.
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La situación de ayuno tiene una gran importancia fisiológica. Durante las primeras horas de
ayuno, el cuerpo usa lo último que ha ingerido de glucosa, y una vez ésta se agota, el cuerpo
usa el glucógeno hepático y vías alternativas como la lipolisis. Antes de que se acabe el
glucógeno, el hígado ya comienza con la vía gluconeogénica y a su vez se comienza también la
lipólisis.
Podemos encontrar similitudes entre esta situación de ayuno y la dieta de hidratos de carbono,
que se basa en usar a largo plazo un exceso de cuerpos cetónicos que generan cetogénesis, lo
que puede producir acidosis si no se controla.
En la imagen vemos cómo evoluciona el uso de combustibles durante una situación de ayuno.
ADAPTACIÓN AL EJERCICIO
*ATP y fosfocreatina tienen una función similar. Esta última puede degradarse dando creatina. Esta, finalmente, tras una
deshidratación pasa a creatinina (la producen más las personas que tienen más masa muscular. No se absorbe en riñón).
Las señales que parten del cerebro en situaciones de actividad desencadenan la liberación de adrenalina y noradrenalina por la
médula suprarrenal. Ambas hormonas dilatan las vías respiratorias para facilitar la captación de oxígeno, incrementan la
frecuencia e intensidad cardíacas y aumentan la presión sanguínea, promoviendo en consecuencia el flujo sanguíneo.
La adrenalina actúa principalmente sobre el músculo, tejido adiposo y el hígado. Activa la glucógeno fosforilasa e inactiva la
glucógeno sintasa por fosforilación dependiente de AMPc, estimulando la conversión del glucógeno hepático en glucosa
sanguínea, el combustible para el trabajo muscular anaerobio. Además, estimula la degradación anaeróbica del glucógeno del
músculo por fermentación hasta ácido láctico, estimulando así la formación glucolítica de ATP.
La estimulación de la glucolisis se consigue aumentando la concentración de F2,6-BP. Además, la adrenalina estimula la secreción
de glucagón e inhibe la secreción de insulina, reforzando así su efecto movilizador de combustibles y frenando su almacenamiento.
Por otro lado el cortisol es liberado por la corteza suprarrenal ante una variedad de agentes estresantes como la ansiedad, el
miedo, el dolor, o un bajo nivel de glucosa en sangre. Éste actúa sobre el músculo, el hígado y el tejido adiposo para suministrar
al organismo el combustible necesario para afrontar el estrés. Durante largos periodos de estrés, la liberación continuada de
cortisol pierde su valor adaptativo positivo y empieza a causar daños al músculo y al hueso y a perjudicar las funciones inmunes y
endocrinas.
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Ante un ejercicio corto pero intenso, como levantar pesas se usa principalmente el ATP muscular, la creatina fosfato y la conversión
del glucógeno muscular en lactato. Pero ante un ejercicio prolongado (corredores), como una carrera de fondo se usa la conversión
del glucógeno muscular en CO2, la conversión del glucógeno hepático en CO2 y la conversión de los ácidos grasos del tejido adiposo
en CO2.
Si sube más de la cuenta la concentración de glucosa en sangre las células pierden líquido, se forman otras moléculas con efectos
secundarios y se modifican otras como las proteínas.
Si baja más de la cuenta lo que ocurre es que se compromete la actividad de tejidos importantes (pérdidas de conocimiento) y las
células se hinchan en exceso.
DIABETES
Se debe a la pérdida del control de la glucemia. Hay tres tipos de diabetes, de tipo I, tipo II y diabetes gestacional. Aunque también
hay otros tipos muy poco frecuentes, como son las MODY (Maturity Onset Diabetes of the Young), que son fallos monogénicos,
mutaciones en un gen, como por ejemplo defectos en la glucoquinasa o en factores de transcripción, lepechaunismo (síndrome
de Donohue), que es una mutación en el receptor de la insulina. Otra diabetes rada es la LADE, que aparece en edad más adulta.
DIABETES TIPO I
Por ello los tejidos son incapaces de captar esa glucosa, y el nivel de glucosa en sangre se dispara (no son capaces de retirar la
glucosa de la sangre). Como la glucosa no llega a los tejidos, al hígado le llega la señal de realizar gluconeogénesis para aportar
más glucosa. Es decir, no hay señal de que el organismo ha comido (el hígado piensa que no se ha comido nada, sino que se piensa
que seguimos en ayuno), por lo que hay glucogenolisis continúa habiendo un aporte continuo y excesivo de glucosa a la sangre.
Además, el músculo si no hay aporte de insulina, usa la degradación de ácidos grasos, lo que hace que el hígado también produzca
más cuerpos cetónicos, lo que se conoce como cetosis y se manifiesta por un aumento de concentraciones de cuerpos cetónicos
en sangre (cetonemia) y en orina (cetonuria). Los cuerpos cetónicos son ácidos carboxílicos que se ionizan liberando protones. En
la diabetes no controlada, esta producción de ácidos puede rebosar la capacidad amortiguadora del sistema del bicarbonato de
la sangre y producir una disminución del pH sanguíneo, denominada acidosis, o en combinación con cetosis: cetoacidosis.
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Tercer parcial – metabolismo
Este tipo de diabetes requiere una terapia basada en la administración de insulina y en un cuidadoso control de por vida del
equilibrio entre la ingestión de glucosa y la dosis de insulina, lo que les hace insulinodependientes. La glucosuria es la excreción
de grandes cantidades de glucosa en la orina, y “Diabetes mellitus” significa “excreción excesiva de orina dulce”.
DIABETES TIPO II
DIABETES GESTACIONAL
Es similar a la diabetes tipo II cuando aparece en el embarazo. Casi el 10% de las embarazadas padecen diabetes. Por ello se les
hace un test preventivo (test de tolerancia a la glucosa) Si el índice es muy alto, la embarazada deberá comenzar una dieta, ya
que si el bebé crece demasiado, habrá un parto complicado. Son las únicas personas a las que se les hace este test estando sanas.
Este tipo de diabetes es en parte fisiológica, lo que hace que en un futuro, esta mujer tenga un alto riesgo de padecer NIDDM.
Durante la gestación, de manera fisiológica, se produce una resistencia de los tejidos maternos a la insulina, para promover el
crecimiento fetal.
Sin embargo, en ocasiones este efecto es mayor de lo normal. Esto provocaría que el feto aumentara mucho de tamaño, llegando
a alcanzar los 4 – 5 kilos, lo que hace que el parto tenga complicaciones. La mayoría de las mujeres que han tenido diabetes
gestacional luego recuperan la glucemia normal, pero un 10% presentará diabetes de tipo II en un futuro. Por ellos, a las diabéticas
gestacionales se le dan medidas preventivas para evitar la futura diabetes tipo II. Por lo tanto, suele ser transitoria, pero hay casos
en los que evoluciona a tipo II (normalmente la desarrollan el 50% de las que han tenido diabetes gestacional, porque de alguna
forma se ha mostrado una predisposición a la diabetes).
DETECCIÓN DE LA DIABETES
Desde el punto de vista clínico se utilizan varios métodos para la detección de la diabetes:
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- Test de tolerancia oral a la glucosa (OGTT/GTT): se le conoce también como test de tolerancia a la glucosa. Es uno de los
métodos más sencillos. Te van sacando sangre cada X tiempo y van midiendo cuanto sube o baja la glucosa, hay unos
parámetros normales con lo que se comparan. En diabéticos de tipo II lo que pasa es que la glucosa se mantiene durante más
tiempo en el organismo.
- CLAMP (euglicémico hiperinsulinémico): se suele realizar en animales, pero también en personas. Por un lado se le inyecta
glucosa, y por otro insulina. Pongo una proporción fija de insulina y vemos qué cantidad de glucosa se necesita para mantener
la concentración fija de insulina. Si acepta mucha insulina es que está bien, si acepta poco mal. Además, con animales puedo
meter glucosa radiactiva y ver como se coge la glucosa en cada tejido.
*El problema está en que solo se detecta a los diabéticos de tipo II cuando tienen la glucemia
en sangre muy alta, debido a que ha habido un fracaso pancreático. Esto se debe a que el
paciente es insulinorresistente, pero silencioso, ya que al haber mucha glucosa en sangre, el
páncreas lo compensa con una mayor secreción de insulina por el páncreas. Este estado es
subclínico, ya que no presenta síntomas. Sin embargo, el páncreas no puede sostener este
sobreesfuerzo y se produce el fracaso pancreático, de manera que el diabético tipo II en estado prediabético llega a desarrollar
la diabetes tipo I (normoglucémico pero hiperinsulinémico). El fracaso pancreático puede ser:
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- Incipiente: pese a la mayor secreción de insulina, el organismo no es capaz de mantener la glucemia bajo control.
- Severo: el fracaso pancreático se agudiza. Disminuye la secreción pancreática de insulina y la glucemia aumenta mucho más.
De manera, para evitar la aparición del fracaso pancreático, y por tanto, la diabetes tipo I, se debería medir también el nivel de
insulina, para comprobar que estos niveles son proporcionales a los de glucosa en sangre. Para esto, el test ideal es el homma. Se
debe evitar que se llegue al fracaso pancreático, ya que es irreversible. El caso de no poner remedio a este tipo de diabetes, la
persona se convertirá en un diabético tipo I.
Además, el glucógeno se está degradando en el hígado. Se pone demasiada glucosa en circulación, el organismo funciona como si
estuviéramos en ayunas (además, funciona mucho el ciclo de la urea, hay lipolisis…). Es mas drástico en la de tipo I que en la de
tipo II.
En la diabetes tipo I los síntomas aparecen más bruscamente. Suelen producirse aumentos muy bruscos de la glucemia que
ocasionan trastornos (glucosuria, poliuria, debilidad, cansancio, sensación de hambre…). Aparece generalmente en niños y en
pacientes relativamente jóvenes y se comprueba analizando los niveles de glucemia y de péptido C (derivado de la insulina, y en
este caso sale que no hay).
En la diabetes tipo II la sospecha viene cuando la glucemia en ayunas es mayor a 110-120 mg/dl, y la comprobación se realiza
mediante un test de tolerancia a la glucosa.
Los diabéticos de tipo I se controlan mejor que los de tipo II, ya que los de tipo I aprenden a controlarse los niveles de glucosa, y
se tienen que administrar la insulina en función a dichos niveles. Sin embargo, los de tipo II tienen un mayor descontrol y más
problemas.
- Glucemias.
- Péptido C: si hay presencia de péptido C quiere decir que la persona sintetiza insulina. Se
utiliza como diagnóstico primario para ver si eres diabético de tipo I. En ocasiones también
a los de tipo II, para ver cómo va su actividad pancreática.
- Test de tolerancia a la glucosa: no se usa en la diabetes de tipo I, solo en los de tipo II. Foto
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- Hemoglobina glicosilada (HbA1c): el que los niveles de glucosa sean altos hacen que la hemoglobina varíe. Si la hemoglobina
glicosilada está alta, nos dará un resultado que muestre que la glucemia ha estado también alta. Lo normal es que no pase
del 6% (la Hb está en los eritrocitos y tiene una vida media de 3 meses, así que nos da una idea de cuánto persiste). Se hace
tanto con diabéticos de tipo II como I, para ver si se está tratando bien la enfermedad.
- Los niveles de cuerpos cetónicos suelen aumentar más en la diabetes de tipo I que en la de tipo II.
- Los niveles de ácidos grasos (libres) y triglicéridos (quilomicrones y VLDL).
Como consecuencias y complicaciones de la diabetes nos encontramos tensión arterial, función renal, circulación, pérdida de
visión (es la segunda causa de ceguera, después de los traumas), mala cicatrización y riesgo de infección. Todas ellas son
consecuencias a largo plazo, por lo que los pacientes no son tan conscientes de todos estos riesgos. Los diabéticos de tipo II, al no
estar enfermos desde siempre, se controlan peor, y el 90% de los diabéticos son de tipo II.
Los principales factores de riesgo para la diabetes tipo II son la obesidad, el envejecimiento, los desórdenes alimentarios y los
antecedentes familiares (por ello, hay un gran componente genético).
Relación obesidad – diabetes tipo II: La obesidad predispone a la diabetes, ya que cuando el tejido adiposo aumenta (por
hiperplasia o por hipertrofia), éste comienza a liberar más ácidos grasos, y además de citoquinas proinflamatorias, Llega un
momento en el que hay más lípidos de los que el tejido adiposo es capaz de almacenar, es decir, el tejido adiposo llega a su límite
de expansibilidad, por lo que se comienza a almacenar ectópicamente (corazón, hígado, riñones…) dando lugar a alteraciones
metabólicas. Sin embargo, no todas las personas tienen el mismo límite de expansibilidad del tejido adiposo, lo que hace que haya
personas obesas sanas (mayor extensibilidad), y personas delgadas con mucha grasa ectópica (en lugares en los que no debería,
como corazón, músculo e hígado), y con alteraciones metabólicas. Tanto los ácidos grasos, como las citoquinas proinflamatorias
interfieren en la señal de la insulina sobre los distintos órganos, lo que produce resistencia a la insulina (diabetes tipo II), además
de lipotoxicidad. Un síntoma de las personas que son muy insulinorresistentes es la acantosis (manchas oscuras en los pliegues
de la piel).
Para prevenir la diabetes debemos evitar los excesos principalmente, evitar la ingestión de azucares refinados y de grasas e ingerir
hidratos de carbono de forma moderada. Además, realizar ejercicios moderados con regularidad ayuda a la prevención.
Por otro lado, también existen fármacos* que mejoran el perfil lipídico y metabólico en general, aunque algunos de estos se están
relacionando con el cáncer de vejiga. Uno de estos fármacos son las tiazolidinedionas, que son agonistas de PPARγ, aunque se
están prohibiendo, porque se ha visto relación con el cáncer de vejiga. Lo que hacen es promover la adipogénesis, ganas peso,
pero mejoras el perfil metabólico.
*Sulfonil ureas, metformina (es de las más empleadas. Activa MPK, que mantiene bajo el nivel de glucosa), Análogos GLP-1 (---
glutida; liraglutida) e inhibidores DPP-4 (dipeptidil peptidasa) (---gliptina; sitagliptina), inhibidores del cotransportador Na-glucosa
tipo II (ISLGT2).
Lo que comemos debe estar en relación con lo que gastamos. Está la dimensión de frecuencia (cada cuánto comemos) y
profundidad de comida (la cantidad que se coma en cada comida). Todo esto está regulado por el cerebro, mediante señales que
envía. Tenemos dos dimensiones en la ingesta: la frecuencia en la que hacemos las comidas y la profundidad o cantidad de cada
comida:
Existen señales de saciedad (anorexigénicas) que funcionan a corto plazo, y que tienen que ver con la profundidad de la comida.
Cuando comemos, nuestro estómago se dilata, y hay una serie de señales que llegan al núcleo de tracto solitario. Una de estas
señales es la colecistoquinina (uno de los anorexigénicos más potentes que se conocen), que sirven para regular la profundidad
de la comida, y es bastante rápido.
También hay señales anorexigénicas (lipostáticas) que actúan a largo plazo, como la leptina y la insulina, que son factores de
adiposidad, y son proporcionales a la cantidad de tejido adiposo (más la leptina que la insulina)
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Tercer parcial – metabolismo
La leptina es una hormona que secreta el tejido adiposo, y que hace blanco en el hipotálamo, aumentando el gasto calórico y
reprimir la ingesta (hormona de la saciedad), regulando así tanto la ingesta como el metabolismo. Cuando se descubrió la leptina
se pensó que sería una manera para reducir la obesidad, pero al analizar a personas obesas, se descubrió que en estas personas
hay mucha más concentración de leptina que las personas delgadas, pero los obsesos han desarrollado resistencia a la leptina.
*Son muy pocas las personas con el gen de la leptina mutado.
La insulina también hace blanco en el hipotálamo, concretamente sobre el arcuato o arqueado, y también funciona a largo plazo.
El arcuato no tiene barrera hematoencefálica, de manera que se hallan conectadas regiones periféricas con zonas centrales. De
este modo, la insulina también va a controlar la adiposidad (es una señal directa.
En el hipotálamo, tanto la leptina como la insulina, promueven el aumento del consumo energético y van a disminuir la ingesta.
Si aumenta mucho el tejido adiposo, aumenta la leptina e insulina que le dicen al cuerpo que no tengo que comer más, tengo
que gastarlo. La leptina es mucho más potente.
La leptina e insulina, regulan todos los ejes del hipotálamo, cuando ayunamos el tejido adiposo disminuye, la leptina también,
esta bajada de la leptina es la causante de la amenorrea en mujeres.
También regula positivamente el eje de las tiroides, ya que la leptina promueve gasto calórico y las tiroides el catabolismo.
También se inhibe la oxidación de los ácidos grasos, lo que genera acumulación de los niveles de triglicéridos en sangre y en el
hígado (esteatosis hepática).
El aumento de NADH también provoca un aumento del cociente lactato/piruvato, lo que disminuye la excreción de ácido úrico y
agrava la gota. * El equilibrio piruvato-lactato se inclina hacia lactato, lo que provoca acidosis.
El etanol también se puede metabolizar a través del sistema microsómico de oxidación del etanol (MEOS) utilizando el sistema
del citocromo 450. Esta vía genera acetaldehído y acetato a la par que gasta NADPH y se generan radicales libres, lo que agrava
el estrés oxidativo debido al gasto de NADPH. Además, compite con el metabolismo de ciertos fármacos (el alcohol potencia a
los barbitúricos, ya que al inhibir su eliminación y detoxificación hace que tenga mayor efecto) que requieren el citocromo 450.
Alargan su vida media, porque se compromete su detoxificación. Se elimina menos, dura más, es letal.
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Tercer parcial – metabolismo
La metabolización del acetil-CoA está bloqueada por el exceso de NADH que inhibe al isocitrato deshidrogenasa y al -
cetoglutarato deshidrogenasa. La acumulación de acetato (y de acetil CoA) promueve la síntesis de cuerpos cetónicos, lo que a
su vez agrava la acidosis (también aumenta el lactato).
Por otro lado, como no se elimina el acetato, se acumula acetaldehído (muy reactivo y toxico) que produce daño hepático. La
progresión en el hígado sería esteatosis (acumulación de grasa en el hígado), alteración de células y función hepática, inflamación,
fibrosis y cirrosis. Primero se acumula grasa, provocando la inflamación de las células, que conlleva a fibrosis, cirrosis y si esto
continua, cáncer hepático.
El etanol interfiere también en el metabolismo de las vitaminas. Se inhibe la transformación de retinol o ác. retinoico en retinal,
se interfiere con la formación de retinoico al inducir el sistema MEOS. Indirectamente, el alcoholismo produce desnutrición, lo
que puede llevar a un déficit de vitamina B1 (síndrome de Wernike-Korsakoff) y vitamina C (escorbuto). También inhibe el
proteosoma, aumentando el número de proteínas en las células, las cuales deberían degradarse. Esto provoca hepatomegalia y
apoptosis celular.
El que daña las neuronas y los tejidos es el acetaldehído, ya que modifica las proteínas, estropeándolas. Aumentaban los niveles
de amonio y fallo renal – afectación del sistema nervioso.
No todos los alelos que codifican para la aldehído deshidrogenasa y alcohol deshidrogenasa son iguales. Es decir, no todas las
personas tienen el enzima con la misma actividad enzimática, siendo ésta en algunas personas mayor y en otras personas es
menor. Así, hay gente que tolera mejor el alcohol, y otros que peor. Existe un fármaco que inhibe estos enzimas, y se utiliza en
personas alcohólicas, para hacer que el tomar alcohol les siente muy mal y así dejen de beber. Sin embargo, provoca un aumento
del acúmulo de acetaldehído, lo que es muy tóxico.
En el momento del destete, hay un descenso de la prolactina y cesa la función anabólica del tejido mamario, mientras que en
otros tejidos vuelve a comenzar, sobre todo en el adiposo. Es decir, los tejidos que eran catabólicos (tej. Adiposo estaba en lipólisis)
pasan a ser anabólicos para recuperar lo perdido. El hígado y tejido adiposo ya son capaces de sintetizar grasa por lo que es más
difícil bajar peso en este momento, por lo que en este periodo la capacidad de acumular y crear ácidos grasos aumenta más que
antes del embarazo. El neonato, por su parte, está en gluconeogénesis casi continua, empleando las proteínas de la leche. Toma
pocos hidratos de carbono, los justos para no entrar en cetogénesis. Se le van introduciendo los H. de carbono poco a poco.
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