Mecanismos moleculares de la replicación del ADN

El papel de las ADN polimerasas y otras enzimas de la

replicación. Cadena líder y rezagada, y fragmentos de Okazaki.

Puntos más importantes:

 La replicación del ADN es semiconservativa. Cada cadena

de la doble hélice funciona como molde para la síntesis de
una nueva cadena complementaria.
 Enzimas llamadas ADN polimerasas producen el ADN
nuevo, estas requieren de un molde y de un cebador
(iniciador), y sintetizan ADN en dirección 5' a 3'.
 Durante la replicación del ADN, una de las cadenas nuevas
(la cadena líder) se produce como un fragmento continuo.
La otra (la cadena rezagada) se hace en pequeños
fragmentos.
 La replicación requiere de otras enzimas además de ADN
polimerasa, como la ADN primasa, la ADN helicasa, la ADN
ligasa y la topoisomerasa.

La idea básica
La replicación del ADN es semiconservativa, lo que significa que
cada cadena de la doble hélice del ADN funciona como molde
para la síntesis de una nueva cadena complementaria.

Este proceso nos lleva de una molécula de inicio a dos moléculas

"hijas", en las que cada nueva doble hélice contiene una cadena
nueva y una vieja.
Esquema del modelo básico de Watson y Crick sobre la
replicación del ADN.

Las células necesitan copiar su ADN muy rápidamente y con muy

pocos errores (o se arriesgan a problemas como el cáncer). Para
ello, utilizan una variedad de enzimas y proteínas que trabajan
en conjunto para asegurar que la replicación del ADN se lleva a
cabo sin incidentes y con precisión.

La ADN polimerasa
Una de las moléculas claves en la replicación del ADN es la
enzima ADN polimerasa. Las ADN polimerasas son responsables
de la síntesis de ADN: añaden nucleótidos uno por uno a la
cadena creciente de ADN, e incorporan solo aquellos que sean
complementarios al molde.

Estas son algunas características clave de las ADN polimerasas:

Siempre necesitan un molde.

Solo pueden agregar nucleótidos al extremo 3' de la cadena de

ADN.

No pueden comenzar una cadena de ADN desde cero, sino que

requieren de una cadena preexistente o segmento corto de
nucleótidos llamado cebador.

Pueden corregir, o revisar su trabajo, eliminando la gran mayoría

de nucleótidos "equivocados" que se agregan accidentalmente a
la cadena.

La adición de nucleótidos requiere energía. Esta energía proviene

de los nucleótidos mismos, que tienen tres fosfatos unidos a
ellos (muy similar a la molécula portadora de energía ATP).
Cuando se rompe el enlace entre los fosfatos, la energía liberada
se utiliza para formar un enlace entre el nucleótido entrante y la
cadena creciente.
El comienzo de la replicación de ADN
¿Cómo saben las ADN polimerasas y otros factores dónde
comenzar la replicación? La replicación siempre comienza en
lugares específicos del ADN, que se llaman orígenes de
replicación y se reconocen por su secuencia.

Proteínas especializadas reconocen el origen, se unen a este sitio

y abren el ADN. Conforme se abre el ADN, se forman dos
estructuras en forma de Y llamadas horquillas de replicación, en
conjunto conforman lo que se llama burbuja de replicación. Las
horquillas de replicación se mueven en direcciones opuestas a
medida que avanza la replicación. Cada extremo de la burbuja es
una horquilla de replicación, un cruce en forma de Y en el que el
ADN de doble cadena se separa en dos. En cada horquilla de
replicación se sintetiza nuevo ADN complementario a cada
cadena. Las dos horquillas se mueven en direcciones opuestas
alrededor de la circunferencia del cromosoma, creando una
burbuja de replicación más y más grande que crece en ambos
extremos.

¿Cómo es que avanza realmente la replicación en las horquillas?

La helicasa es la primera enzima de la replicación que se carga en
el origen de replicación,

El trabajo de la helicasa es permitir el avance de las horquillas de

replicación "desenrollando" el ADN (rompiendo los puentes de
hidrógeno entre los pares de bases nitrogenadas).
Proteínas llamadas proteínas de unión a cadenas sencillas cubren
las cadenas de ADN separadas cerca de la horquilla de
replicación, impidiéndoles volver a unirse en una doble hélice.

Los cebadores y la primasa

Las ADN polimerasas solo pueden agregar nucleótidos en el

extremo 3' de una cadena de ADN existente, ya que utilizan el
grupo -OH libre en el extremo 3' como un "gancho" y añaden un
nucleótido a este grupo en la reacción de polimerización.
Entonces, ¿cómo es que la ADN polimerasa añade el primer
nucleótido en una horquilla de replicación nueva?

Por sí sola, ¡no puede! El problema se soluciona con la ayuda de

una enzima llamada primasa. La primasa hace un cebador de
ARN, un corto segmento de ácido nucleico complementario al
molde, que proporciona un extremo 3' con el que la ADN
polimerasa puede trabajar. Un cebador típico es de cinco a diez
nucleótidos de largo. El cebador ceba la ADN polimerasa, es
decir, le proporciona lo que necesita para funcionar.

Una vez que el cebador de ARN está en su sitio, la ADN

polimerasa lo "extiende", añadiendo nucleótidos uno a uno para
hacer una cadena nueva de ADN complementaria a la cadena
molde.

Cadena líder y cadena rezagada

El ADN polimerasa que se encarga de la mayor parte de la
síntesis es la ADN polimerasa III. Hay dos moléculas de ADN
polimerasa III en una horquilla de replicación, cada una de las
cuales trabaja duro en una de las dos nuevas cadenas de ADN.

Las ADN polimerasas solo pueden hacer ADN en dirección 5' a 3',
esto plantea un problema durante la replicación. Una doble
hélice de ADN siempre es antiparalela; en otras palabras, una
cadena corre en dirección 5' a 3', mientras que la otra corre de 3'
a 5'. Esto hace necesario que las dos cadenas nuevas, que
también son antiparalelas a sus moldes, se produzcan de formas
ligeramente diferentes.

Una cadena nueva, que corre de 5' a 3' hacia la horquilla de

replicación, es fácil. Esta cadena se produce continuamente
porque la ADN polimerasa se mueve en la misma dirección que la
horquilla de replicación. Esta cadena sintetizada continuamente
se llama cadena líder.

La otra cadena nueva, que corre de 5' a 3' y se aleja de la

horquilla, es más difícil. Esta cadena se produce en fragmentos
porque, conforme avanza la horquilla, la ADN polimerasa (que se
aleja de la horquilla) debe separarse y volver a unirse al ADN
recién expuesto. Esta cadena más difícil, que se produce en
fragmentos, se llama cadena rezagada.

Los pequeños fragmentos se llaman fragmentos de Okazaki, en

honor al científico japonés que los descubrió. La cadena líder
puede extenderse a partir de un solo cebador, mientras que la
cadena rezagada necesita un cebador nuevo para cada uno de
los fragmentos cortos de Okazaki.

El equipo de mantenimiento y limpieza

Además de las principales proteínas mencionadas
anteriormente, se necesitan algunas otras proteínas y enzimas
para mantener la replicación del ADN funcionando sin
problemas. Una es una proteína llamada pinza deslizante, que
mantiene a las moléculas de ADN polimerasa III en su lugar al
sintetizar ADN. La pinza deslizante es una proteína en forma de
anillo e impide que la ADN polimerasa de la cadena rezagada se
vaya flotando cuando vuelve a comenzar en un nuevo fragmento
Okazaki.

La topoisomerasa también juega un papel importante de

mantenimiento durante la replicación del ADN. Esta enzima
impide que la doble hélice de ADN que está por delante de la
horquilla de replicación se enrolle demasiado cuando se abre el
ADN. Actúa haciendo mellas temporales en la hélice para liberar
la tensión, las cuales vuelve a sellar para evitar daños
permanentes.

Por último, se debe hacer un poco de trabajo de limpieza si

queremos que el ADN no contenga ARN ni brechas. La ADN
polimerasa I, la otra polimerasa que participa en la replicación,
elimina los cebadores de ARN y los sustituye por ADN. La enzima
ADN ligasa sella las brechas que permanecen después de
reemplazar los cebadores.

Resumen de la replicación del ADN en E. coli

Veamos el panorama para conocer cómo las enzimas y proteínas

que participan en la replicación trabajan juntas para sintetizar
ADN nuevo.

La ilustración muestra la horquilla de replicación. La helicasa

desenrolla la hélice y las proteínas de unión a cadenas sencillas
impiden que se vuelva a formar. La topoisomerasa impide que el
ADN se enrolle demasiado por delante de la horquilla de
replicación. La ADN primasa forma un cebador de ARN y la ADN
polimerasa extiende la cadena de ADN a partir del cebador de
ARN. La síntesis de ADN solo ocurre en dirección 5' a 3'. En la
cadena líder, la síntesis de ADN ocurre continuamente. En la
cadena rezagada, la síntesis de ADN reinicia muchas veces
conforme se desenrolla la hélice, lo que produce muchos
fragmentos pequeños llamados "fragmentos de Okazaki". La
ADN ligasa une los fragmentos de Okazaki en una sola molécula
de ADN.

La helicasa abre el ADN en la horquilla de replicación.

Las proteínas de unión a cadenas sencillas cubren el ADN

alrededor de la horquilla de replicación para evitar que el ADN se
vuelva a enrollar.
La topoisomerasa trabaja por delante de la horquilla de
replicación para evitar el superenrollamiento.

La primasa sintetiza cebadores de ARN complementarios a la

cadena de ADN.

La ADN polimerasa III extiende los cebadores, agregando sobre el

extremo 3', para hacer la mayor parte del ADN nuevo.

Los cebadores de ARN se eliminan y la ADN polimerasa I los

sustituyen por ADN.

La ADN ligasa sella las brechas entre fragmentos de ADN.