Centro de Investigación y

Estudios Avanzados del IPN

Unidad Monterrey

Maestría en Ingeniería Física Biomédica

Biología Matemática
Dr. Moisés Santillán Zerón

Proyecto 4
ESTUDIO TEÓRICO DE LA DINÁMICA DE
PRODUCCIÓN DE TRIPTOFANO EN E. coli

Josué Alejandro Alemán Vilis

22 de Febrero de 2019
INTRODUCCIÓN

Operón triptófano

El Triptofano (Trp) es un aminoácido aromático esencial, es decir, no puede ser

sintetizado por el ser humano, pero sí por otros organismos como plantas y
bacterias. En E. coli la biosíntesis de triptófano depende de la expresión del operón
triptófano. Un operón es un conjunto de genes capaces de ejercer una regulación
de su propia expresión por medio de sustratos con los que interactúan las proteínas
codificadas por sus genes.

El Trp es, bioquímicamente hablando, muy costoso de producir, por lo que su ruta
biosintética se encuentra altamente regulada. E. coli tiene tres métodos distintos de
regulación de Trp por retroalimentación negativa: represión, atenuación e
inhibición enzimática. Los primeros dos corresponden a mecanismos de
regulación transcripcional, mientras que el ultimo es un mecanismo postraduccional,
todos ellos dependientes de la concentración intracelular de Trp.

Regulación.

El mecanismo de Represión regula el inicio de la transcripción en respuesta a la

concentración intracelular de triptófano y es mediado por el péptido represor TrpR,
el cual, en su forma activa se une al operador del operón trp e impide la unión de la
RNAp al promotor. Cuando la concentración de Trp intracelular es alta, la afinidad
del represor por el operador es alta tambien.

La atenuación es un mecanismo que permite interrumpir la transcripción de manera

prematura. En el operón trp de E. coli la atenuación está a cargo de la región líder
trpL y depende directamente de la disponibilidad de ARN de transferencia cargado
con triptofano; lo que a su vez depende de la concentración intracelular de
triptófano.

El tercer mecanismo de regulación es la inhibición enzimática, el cual controla la

entrada del precursor corismato a la ruta de biosíntesis de L-triptófano. Cuando el
triptófano abunda en el medio, dos moléculas del aminoácido se unene a la enzima
antranilato sintasa e inhiben su función enzimática. Al inhibir esta reacción, todo el
proceso biosintético se ve interrumpido.

Aunque la represión es suficiente para controlar el sistema, la atenuación de la

transcripción acelera la respuesta de la bacteria a los cambios nutricionales del
medio, mientras que la inhibición enzimática incrementa la estabilidad del operon.

MODELO MATEMÁTICO

Basados en las consideraciones biológicas previas se puede desarrollar un modelo

que trate de explicar la dinámica del operón trp a los cambios en el medio externo.
Este modelo considera tres especies moleculares: a) el ARNm, b) la enzima
(antranilato sintasa) y c) la concentración del triptófano intracelular.

Tomando en cuenta las consideraciones anteriores, las ecuaciones diferenciales

que describen la dinámica del operon trp son:

𝑑[𝑀]
= 𝐾𝑀 [𝑀]([𝑇]) [1 − 𝑃𝑓([𝑇]) ] − (𝛾𝑀 + 𝜇)[𝑀]
𝑑𝑡

Ec. (1)

Donde 𝐾𝑀 [𝑀]([𝑇]) expresa cada cuanto se produce el mensajero en función de la concentración de

triptófano. [1 − 𝑃𝑓([𝑇]) ] nos dice la probabilidad de que la transcripción termine prematuramente,
también en función del Trp. Por último, (𝛾𝑀 + 𝜇)[𝑀] indica el tiempo del vida del mensajero.

𝑑[𝐸]
= 𝐾𝑝[𝑀] − (𝛾𝐸 + 𝜇)[𝐸]
𝑑𝑡

Ec. (2)

Donde 𝐾𝑝[𝑀] expresa la producción de enzima en y (𝛾𝐸 + 𝜇)[𝐸] la degradación de la proteína por
unidad de tiempo.

𝑑[𝑇] [𝑇 ]
= 𝐾𝑇 [𝐸𝐴 ](𝑓[𝑇]) − 𝑉𝑚𝑎𝑥 − 𝜇[𝑇]
𝑑𝑡 [𝑇 ] + 𝐾

Ec. (3)
[𝑇]
Donde 𝐾𝑇 [𝐸𝐴 ](𝑓[𝑇]) expresa la concentración de enzima activa en función de triptófano, 𝑉𝑚𝑎𝑥 [𝑇]+𝐾
es

una función de saturación y 𝜇[𝑇] es el tiempo de vida medio del triptófano.

Estado cuasiestacionario

Un estado estacionario es aquel donde nada en nuestro sistema está cambiando a

medida que avanza el tiempo. Con eso en mente, la suposición de un estado cuasi
estacionario (también llamada suposición de estado pseudo estacionario) se usa
cuando una parte del sistema reacciona mucho más rápidamente que otra. Cuando
esto sucede, la parte del sistema que se equilibra más rápido que la otra, está
básicamente en estado estable con el sistema de movimiento más lento. Luego
podemos simplificar la dependencia del tiempo de la parte de reacción más rápida
del sistema a la parte de equilibrio más lenta del sistema, lo que reduce el número
de variables que necesitamos resolver.

Si analizamos los tiempos de vida de las especies involucradas en la dinámica del

operón trp, nos vamos a dar cuenta que hay una gran diferencia entre ellos.

RNAm ≈ 5.1 min γM ≈ 5.1 min-1

Duplicación ≈ 50min μ ≈ 0.01 min-1

Enzima ≈ 500 min γE ≈ 0 min-1

Con los datos anteriores podemos decir que la función f(T) evoluciona muy lentamente en
comparación con la escala de tiempo de los mensajeros. Por lo que podemos hacer una
aproximación de estado cuasiestacionario, donde 𝑀̇ ≈ 0 la mayor parte del tiempo.

𝐾𝑀 𝑓(𝑇)
Como γM ˃˃ μ >> γE y 𝑀̇ ≈ 0, entonces 𝑀 = , por tanto:
𝛾𝑀+ 𝜇

̇ 𝑀 𝑓(𝑇)
𝐾𝐸 𝐾
𝐸̇ = − (𝛾𝐸 + 𝜇 )𝐸
𝛾𝑀 + 𝜇

Ec. (4)

𝑇
𝑇̇ = 𝐾𝑇 𝐸 𝑔(𝑇) − 𝜇𝑇 − 𝛿
𝑇 + 𝐾𝑇

Ec. (5)

Para obtener el o los punto fijos del sistema de ecuaciones previo, igualamos a cero.

𝐸̇ = 𝑇̇ = 0
Entonces, tenemos que:

𝐾𝐸 𝐾𝑀 𝑇∗
𝑓 (𝑇 ∗ ) = (𝛾𝐸 + 𝜇)𝐸 ∗ 𝐾𝑇 𝐸 ∗ 𝑔(𝑇 ∗ ) = 𝜇𝑇 − 𝛿
𝛾𝑀 + 𝛾 𝑇 ∗ + 𝐾𝑇

Por las consideraciones previas podemos calcular el punto estable de 𝐸 ∗.

𝐾𝐸 𝐾𝑀
𝐸∗ = 𝑓(𝑇 ∗ )
(𝛾𝑀 + 𝛾)(𝛾𝐸 + 𝜇)

Para establecer si el punto es estable o no, obtenemos la matriz de derivadas del sistema
𝐸 ∗ 𝑦 𝑇 ∗ . En este caso podemos reescribir las ecuaciones (4) y (5) agrupando todas las
constantes en un término (A, B, C, D y F). Posteriormente, al momento de calcular la matriz
de derivadas, solo nos enfocaremos a los valores de éstas, es decir si son positivas o
negativas.

̇
𝐸̇ = 𝐴𝑓(𝑇) − 𝐵𝐸

Ec. (6)

𝑇̇ = 𝐶𝐸 𝑔(𝑇) − 𝐷𝑇 − 𝐹ℎ(𝑇)

Ec (7)

De tal forma que la matriz de derivadas con sus respectivas Traza (Τ) y Determinante (Δ)
quedan de la siguiente forma:

𝜕𝑓 𝜕𝑓
𝐽 = (𝜕𝑇 𝜕𝐸 ) = (< 0 <0
)
𝜕𝑔 𝜕𝑔 >0 <0
𝜕𝑇 𝜕𝐸
Τ<0
Δ>0
Con lo anterior queda en evidencia que se trata de un punto fijo estable.
Estudio Computacional

Todos los parámetros usados en estas ecuaciones se obtuvieron del reporte de

Santillan y Zeron, 2004; los cuales, a su vez , se obtuvieron de datos experimentales
reportados en la literatura. El modelo de ecuaciones fue numéricamente resuelto
utilizando un algoritmo de Runge-Kutta de cuarto orden implementado en Julia.
Para comenzar con el análisis haremos un experimento de derepresión, en el cual
un cultivo bacteriano que creció en un medio rico en triptófano es trasladado a un
medio carente de este aminoácido, para este caso [E] = 0 y [T] = 0 (Figura 1).
Posteriormente, bajo las mismas condiciones iniciales de [E] y [T] se estudiará la
dinámica del operón removiendo uno de los tres mecanismos de regulación. La
represión (figura 2), la atenuación (figura 3) y la inhibición (figura 4).

Figura 1. Dinámica con [T]=0 y [E]=0 con Figura 2. Dinámica con [T]=0 y [E]=0 con la
todos los medios de regulación activos. represión inactiva.

Figura 3. Dinámica con [T]=0 y [E]=0 con la Figura 4. Dinámica con [T]=0 y [E]=0 con la
atenuación inactiva. inhibición enzimática inactiva
El comportamiento de la concentración del triptófano y de la Enzima a través del
tiempo varía de acuerdo con la actividad de los mecanismos de regulación del
sistema. Comparando los efectos de cada uno de los mecanismos, se observa que
al inhibir la atenuación las concentraciones de [T] y [E] llegan a un maximo.

El siguiente experimento consiste en observar las variaciones de la concentración

de enzima y triptófano, teniendo como condiciones iniciales la concentración de
triptófano constante [T]=0 y variando la concentración enzimática. En este
experimento la concentración de enzima por corrida es de A) 0.01, B) 0.5, C) 1.0,
D) 2.5, E) 5.0, todas las concentraciones en micro molar.

Figura 5. Dinámica Enzimática con [T]=0 y Figura 6. Dinámica del Triptófano con [T]=0 y
[E]= A)0.01μM, B)0.5μM, C)1.0μM, D)2.5μM, [E]= A)0.01μM, B)0.5μM, C)1.0μM, D)2.5μM,
E)5.0μM E)5.0μM

Con este experimento constatamos que a concentración enzimática y del triptófano

llega a un punto estable al pasar el tiempo. Por otro lado conforme se aumenta la
concentración de la enzima al inicio del sistema la concentración del triptófano crece
muy rápidamente hasta un maximo, para después decaer también de manera
precipitada y llegar a un punto estacionario.

Conociendo cual es el comportamiento del triptófano variando las concentraciones

de la enzima, el siguiente paso es estudiar los cambios en la concentración del
triptófano manteniendo la concentración inicial de la enzima constante. En este
experimento se aumenta paulatinamente la concentración de trp A)0.1, B)1.0, C) 10,
D) 100, E) 200, mientras que la de la Enzima comienza siempre en 10 micromolar.
 Figura 7. Dinámica del Triptófano con [E]=10 y [T]=
A)0.1μM, B)1.0μM, C)10μM, D)100μM, E)200μM

Para este caso se observa que los cambios en la concentración del triptófano
comienzan creciendo controladamente siempre y cuando el triptófano no supere la
concentración de la enzima en las condiciones iniciales. Si esto pasa, entonces la
se dispara la producción del triptófano. Lo que resulta contraintuitivo pues a medida
que la concentración del trp aumenta la enzima se ve inhibida, pero hay que tomar
en cuenta que la producción de enzima también se esta llevando a cabo. Tomado
lo anterior en cuenta, el siguiente paso es estudiar qué es lo que pasa con la
concentración de triptófano cuando alguno de los mecanismos de represión se
inhibe. En la Figura 8, se esquematiza a dinámica del triptofano cuando se inhibe a
la represión, en la figura 9 cuando la atenuación no está presente, en la figura 10
cuando la inhibición enzimática no participa y por ultimo en la figura 11 cuando
ningún mecanismo de inhibición está actuando.

Figura 8. Dinámica del Triptófano con [E]=10 y Figura 9. Dinámica del Triptófano con [E]=10 y
[T]= A)0.1μM, B)1.0μM, C)10μM, D)100μM, [T]= A)0.1μM, B)1.0μM, C)10μM, D)100μM,
E)200μM con inhibición de la represión. E)200μM con inhibición de la atenuación.
 Figura 10. Dinámica del Triptófano con [E]=10 y Figura 11. Dinámica del Triptófano con [E]=10 y
[T]= A)0.1μM, B)1.0μM, C)10μM, D)100μM, [T]= A)0.1μM, B)1.0μM, C)10μM, D)100μM,
E)200μM sin inhibición enzimática. E)200μM sin ninguno de los mecanismos de
regulación.

Como se logra apreciar si se inhiben la represión o la atenuación el comportamiento

de la concentración del triptófano es muy similar, a excepción del punto estable. Por
otro lado, cuando se elimina la inhibición enzimática se logra apreciar un aumento
considerable en la concentración del aminoácido en un periodo corto de tiempo, al
igual que si se inhiben los tres mecanismos juntos, con la excepción que el punto
estable en este último caso está en una concentración de trp más elevada.

CONCLUSIONES.

El modelo matemático de este proyecto toma en consideración los tres mecanismos

de regulación del operón trp, los tres de ellos por retroalimentación negativa. Se
estudiaron los efectos de cada uno de los mecanismos por separado y se observó
que la atenuación es el mecanismo que limita el aumento desmedido de la
concentración de trp cuando las condiciones iniciales son [E] = 0 y [T] = 0. Por otro
lado cuando se mantiene la concentración inicial de enzima estable y se varían las
concentraciones de [T] la inhibición enzimática juega un papel fundamental en la
regulación de la concentración del triptófano, pues cuando está no está presente los
niveles del aminoácido se disparan y crecen muy rápidamente.