TEMA 1: Introducción a la Bioquímica.

La matriz de la vida: El agua y las

interacciones débiles
Dpto. de Bioquímica y Biología Molecular Dra. Rosario Blanco Portales
 Dra. Rosario Blanco Portales
Introducción a la Bioquímica Tema 1

¿Qué es la Bioquímica?

La Bioquímica pretende describir la estructura, la organización y las funciones

de la materia viva en términos moleculares

● ¿Cuáles son las estructuras químicas de los compuestos de la materia viva?

● ¿De qué forma interactúan estos componentes para dar lugar a estructuras
Medicina, supramoleculares organizadas, células, tejidos y organismos?
Microbiología,
Biofísica, etc
● ¿Cómo extrae energía del entorno la materia viva?

● ¿Cómo se almacena y transmite la información que necesita un organismo

para crecer y reproducirse?

● ¿Qué cambios químicos acompañan la reproducción, el envejecimiento y la

muerte celular y de los organismos?

● ¿Cómo se controlan las reacciones químicas dentro de las células?

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Introducción a la Bioquímica Tema 1

¿Qué es la Bioquímica?
La Bioquímica es una ciencia interdisciplinar

….pero también es una disciplina diferenciada que hace énfasis en:

• Las estructuras y reacciones de las biomoléculas (enzimas y catálisis biológica)
• Las rutas metabólicas y su control
Medicina,
microbiología,etc
• La comprensión de los procesos vitales a través de las leyes de la química

Puede dividirse en cuatro áreas fundamentales:

❶ La Bioquímica estructural de los componentes de la materia viva y la relación de la función biológica con la
estructura química

❷ El metabolismo, la totalidad de las reacciones químicas que se producen en la materia viva

❸ La química de los procesos y las sustancias que almacenan y transmiten la información biológica (Biología
Molecular).

❹ Enzimología: naturaleza, mecanismos y propiedades cinéticas de las enzimas

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Introducción a la Bioquímica Tema 1

¿Qué es la Bioquímica?
La Bioquímica es una ciencia mucho más experimental que teórica
Su espectacular crecimiento a lo largo de los últimos 40 años se debe al desarrollo de muchas metodologías de investigación potentes
Cristalografía de Ultracentrifugación Secuenciación Aislamiento y
rayos X Espectroscopía
clonación de genes
Radioactividad Generación de
organismos Cromatografía Electroforesis
transgénicos
Técnicas ómicas

Aplicaciones
• En Química Clínica:
- Las determinaciones bioquímicas facilitan el diagnóstico de algunas enfermedades y su seguimiento
(Ejm: transaminasas)

• En Farmacología y Toxicología:
- Síntesis de fármacos específicos
- Síntesis de agentes antivíricos

• En Agricultura:
- Generación de herbicidas y pesticidas selectivos que bloqueen enzimas o receptores específicos
- Obtención de plantas modificadas genéticamente para cultivo masivo
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Distribución de la docencia primer cuatrimestre Tema 1

Clases profesora R. Blanco Portales Clases profesora R. Blanco Portales (problemas de enzimología)

Clases profesor JL Caballero

TEMA 1: El agua TEMA 10. Metabolismo del DNA: Replicación

TEMA 2: Estructura y función de los glúcidos TEMA 11. Metabolismo del RNA
TEMA 3: Estructura y función de los lípidos TEMA 12. Regulación de la expresión génica
TEMA 4: Nucleótidos y ácidos nucleicos: estructura y función
TEMA 5: Aminoácidos y estructura de proteínas
TEMA 6: Proteínas: relación estructura-función
 TEMA 1: La matriz de la vida: El agua y
las interacciones débiles

Dpto. de Bioquímica y Biología Molecular Dra. Rosario Blanco Portales

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El agua Tema 1

Su importancia en los procesos biológicos

Todos los organismos de la tierra son dependientes del AGUA

COMPOSICIÓN CELULAR MEDIA (% MASA)

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El agua Tema 1

Su importancia en los procesos biológicos

Todos los organismos de la tierra son dependientes del AGUA

● Es el componente celular más abundante (70-90 %).

● Es el disolvente omnipresente en las células.
● Es la matriz donde se llevan a cabo las reacciones metabólicas y donde se transportan los
nutrientes, gases y desechos.
● Es un disolvente excelente de sustancias polares e iónicas.
● Su capacidad de disociación y su participación en reacciones ácido-base son
fundamentales para las funciones de proteínas y ácidos nucleicos.
● La estructura de las macromoléculas y de las membranas biológicas son el resultado de la
interacción con el agua.
● Debido a su alto punto de ebullición se mantiene preferentemente en estado líquido y
cuando se transforma en hielo, éste tiene menor densidad y flota en el agua líquida.
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El agua Tema 1

Estructura de la molécula
La molécula de agua está formada por 2 átomos de Hidrógeno y 1 de Oxígeno (H20)

El átomo de oxígeno tiene 6e- que se disponen espacialmente en una estructura casi tetraédrica

El O tiene pares de e- sin compartir

El O atrae más a los e- que el H, es decir, es más electronegativo

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El agua Tema 1

Estructura de la molécula

La molécula de agua es POLAR Carga neta cero

Es un dipolo donde el átomo de O posee carga

negativa (es mas electronegativo) y los átomos de H
presentan carga positiva

La interacción entre dipolos permite la unión de dos

moléculas de agua mediante enlaces de H

Agrupación de moléculas de H2O Aunque el enlace de H es entre el H y el

aceptor, la longitud del enlace se define
como la distancia entre donador y
aceptor
4 Kcal mol-1
Un enlace de H es más estable cuanto
más lineal sea la ordenación del átomo
de H y los dos átomos electronegativos
implicados
0.276 nm

Los enlaces de hidrógeno pueden ser intermoleculares (entre distintas moléculas, idénticas o diferentes) o intramoleculares
(entre grupos de una misma molécula).
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El agua Tema 1

Estructura y propiedades del agua

Una molécula de agua puede participar en hasta cuatro enlaces de H

HIELO

En el hielo, cada molécula de agua forma el máximo de

H2O LIQUIDA
En el agua líquida, cada molécula de agua está unida de media por
enlaces de hidrógeno a un promedio de 3,4 moléculas de agua
Es un mosaico compuesto de agrupamientos oscilante que se
reorganizan continuamente
cuatro puentes de H creando una red cristalina
regular.
Esta red cristalina es más abierta que en el agua líquida
por lo que el hielo es menos denso que el agua y flota en
ella
Al fundirse el hielo se rompen el 15% de los puentes de
hidrógeno
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El agua Tema 1

Estructura y propiedades del agua

Se pueden formar enlaces de H entre otras moléculas diferentes al H2O pero que posean grupos polares

Entre el grupo Entre bases

Entre el grupo Entre péptidos
carbonilo de complementarias
hidroxilo de un y polipéptidos
una cetona y de DNA
alcohol y H2O
H2O
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El agua Tema 1

Estructura y propiedades del agua: El agua como disolvente

Sustancias Hidrofílicas
Se disuelven fácilmente en agua por ser de naturaleza polar o iónica.
Las sustancias polares poseen grupos funcionales que pueden formar
puentes de hidrógeno con el agua (grupos hidroxilo OH, carbonilo CO,
carboxilo –COOH o amino –NH2) y las sustancias iónicas (p.e., sales) se
disuelven al debilitarse las fuerzas electrostáticas y solvatarse los
iones.

Sustancias Hidrofóbicas
No se disuelven en agua por ser de naturaleza apolar
p.e., hidrocarburos. Se juntan entre sí mediante el llamado efecto
hidrófobo.

Sustancias Anfipáticas
Poseen simultáneamente grupos polares y apolares
p.e., fosfolípidos. En disoluciones acuosas tienden a formar micelas o
bicapas.
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El agua Tema 1

Estructura y propiedades del agua: El agua como disolvente

Debido a su polaridad y a su capacidad de formar puentes de H, el agua interacciona rápidamente con

solutos polares

MOLÉCULAS HIDRÓFILAS Cada ión se rodea de moléculas de agua creando una cubierta
denominada esfera de solvatación

Los iones en disolución alteran la estructura del agua líquida

El agua disuelve muchas sales cristalinas hidratando los iones que la componen
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El agua Tema 1

Estructura y propiedades del agua: El agua como disolvente

Las moléculas apolares son insolubles en agua

Efecto hidrofóbico
MOLÉCULAS HIDRÓFOBAS

Al mezclar moléculas apolares y agua se forma una

esfera o red de solvatación entre las moléculas de
agua unidas por puentes de hidrógeno y las moléculas
apolares se excluyen de esta red y se asocian entre sí.

Cuando se disuelven hidrocarburos se forman

estructuras de clatrato (“jaulas” ordenadas de
moléculas de agua que rodean a las moléculas de
hidrocarburos
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El agua Tema 1

Estructura y propiedades del agua: El agua como disolvente

Las moléculas anfipáticas son parcialmente solubles en agua

Disolución de
moléculas
MOLÉCULAS ANFIPÁTICAS anfipáticas en H2O

Asociación de
moléculas
anfipáticas en H2O

Formación de
H2O líquida
micelas

Moléculas de H2O ordenadas alrededor de una

cadena hidrofóbica
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El agua Tema 1

Estructura y propiedades del agua: El agua como disolvente

Las moléculas anfipáticas son parcialmente solubles en agua

Bicapa
MOLÉCULAS ANFIPÁTICAS
Las cabezas polares están en contacto con el H2O mientras que las colas
hidrofóbicas (apolares) se asocian entre ellas formando estructuras

Las membranas biológicas son bicapas lipídicas

Formadas fundamentalmente por fosfolípidos

Monocapa

Vesícula
Micela bicapa

Estructuras que forman las moléculas

anfipáticas en solución acuosa
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El agua
Propiedades físico-químicas del agua: El agua como disolvente

Principales consecuencias biológicas

● El agua es líquida a casi todas las temperaturas ambientales. El medio acuoso celular raramente se congela.
● El agua es un modulador de la temperatura climática y permite la regulación térmica de los seres vivos (sudor)
● Es el disolvente ideal de sales y sustancias polares (debido a su carácter dipolar)
● El hielo flota en el agua y sólo se congela la superficie de los ríos y mares
● El agua presenta una alta capilaridad
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El agua Tema 1

Propiedades físico-químicas del agua: El agua como disolvente

El agua tiene la capacidad de disociarse en sus iones y formar disoluciones ácidas y básicas

El H2O tiene tendencia a ionizarse y puede actuar como un ácido muy débil o como una base muy débil

Keq [H+] [OH-]

H2O H + + OH- Keq =
[H2O] 25ºC

Teniendo en cuenta que: 1L de H2O = 1000 g y Pm = 18 gmol-1 [H2O]= 55,6 M

La constante de disociación del H2O (Keq ) = 1,8 x 10-16 M

Keq [H2O] = [H+] [OH-] (1,8 x 10-16).(55,6) = [H+] [OH-] La disociación del H2O produce [H+] = [OH-].
Entonces:
1,0 x 10-14 = [H+] [OH-]
[H+] = [OH-] Disolución neutra
Producto iónico del H2O = Kw = [H+] [OH-] = 1,0 x 10-14 M2
[H+] > [OH-] Disolución ácida
En el equilibrio: [H+] = [OH-] = 10-7 [H+] < [OH-] Disolución básica
M = moles por litro
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El agua Tema 1

Soluciones ácidas y básicas: Concepto de pH

La concentración de protones en una disolución acuosa se mide en la

escala de pH

Para no tener que trabajar con potencias negativas de 10, la

concentración de H+ se expresa como pH:

[H+] = [OH-] = 1 x 10-7 pH = - log [H+]

Disoluciones neutras: [H+ ] = [OH-] = 10-7 pH = pOH = 7

Disoluciones ácidas: [H+] > 10-7 y [OH-]< 10-7 pH < 7 y pOH > 7
Disoluciones básicas: [H+] < 10-7 y [OH-]> 10-7 pH > 7 y pOH < 7

La mayoría de las reacciones biológicas se producen entre pH 6,5 y pH 8.0

(margen de pH fisiológico)

Escala de pH:
Sören Sörensen (1909)
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El agua Tema 1

Soluciones ácidas y básicas: Concepto de pKa

Muchos ácidos y bases no se disocian totalmente en H2O porque son ácidos y bases débiles Base conjugada

Ka
Ácido fuerte: en disolución acuosa se disocia totalmente AH A- + H+
Ka
Ácido débil: en disolución acuosa se disocia parcialmente AH A- + H+

Ka = Constante ácida [A-] [H+] Ácidos fuertes Ka elevada pKa = - log Ka

de disociación Ka =
[AH] Ácidos débiles Ka baja

[A-] [H+] [AH] [AH]

Ka = [H+] = Ka log [H+] = log Ka + log
[AH] [A-] [A-]

[AH] [AH]
El pKa de un ácido es el pH al cual está pH = pKa + log - log [H+] = - log Ka + log
disociado al 50%. [A-] [A-]
Ácidos fuertes: pKa bajo y Ka elevada
Ácidos débiles: pKa elevado y Ka baja Ecuación de Henderson-Hasselbalch

Si [AH] = [A ] ; pH = pKa
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El agua Tema 1

Soluciones ácidas y básicas: Curvas de titulación

La relación entre el pH de una disolución y el pKa de un ácido débil permite que el pKa se pueda determinar fácilmente
mediante titulación

Teniendo en cuenta que: CH3COOH CH3COO- + H+ El pKa de un ácido es el pH al cual está

Ácido débil Base conjugada disociado al 50%.

Curva de titulación
A una disolución de un ácido débil, se le añaden
alícuotas de una base fuerte de concentración
conocida y se le mide el pH detrás de cada adición.

El punto medio de la meseta de la curva corresponde

pH al punto en el que la mitad del ácido débil se ha
transformado en la mitad de su base conjugada.

[AH]
AH A- + H+ pH = pKa + log
[A-]
[AH] = [A-]

Si CH3COOH = CH3COO- entonces pH = pKa

Las disoluciones tampón amortiguan los cambios de pH y su eficacia es máxima cuando pH = pKa
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El agua Tema 1

Soluciones ácidas y básicas: Curvas de titulación

Algunos ácidos de importancia biológica tienen varios grupos ionizables El pKa de un ácido es el pH al cual está
disociado al 50%.
Curva de titulación del ácido fosfórico

pKa3 = 12,67
El ácido fosfórico puede liberar tres
protones por lo que presenta tres
valores de pKa

pKa2 = 7,21

pKa1 = 2,12
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El agua Tema 1

Soluciones ácidas y básicas: Curvas de titulación.