BIOQUÍMICA: CONCEPTOS BÁSICOS

Prof. Evelyn Maurell M

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Mi oficina:
Lunes y jueves
de 9:30 a 12 m
Me concentro fácilmente en mis
estudios
La integración de los conceptos que
estudio se me facilita cada día más
 Bioquímica:
• Competencias a desarrollar:
Conoce la estructura, localización, función
propiedades fisicoquímicas de las macromoléculas
que componen los seres vivos; así como las
funciones metabólicas en las que participan, sus
mecanismos de regulación y aplica los métodos
respectivos para el aislamiento, identificación,
separación y cuantificación de cada una de ellas;
participando así en la investigación básica de
laboratorio.
 10.Regulación e 9.Metabolismo de
integración metabólica nucleótidos

11.Ácidos 8.Mecanismos de
nucleicos acción hormonal

7.Metabolismo de
1.Bioquímica: lípidos
conceptos básicos
6.Metabolismo
2.Aminoácidos y de aminoácidos
proteínas

5.Ciclo del ácido cítrico,

3.Enzimas 4.Metabolismo cadena transportadora
de carbohidratos de electrones
 6. Soluciones amortiguadoras:
1. Breve historia de la definición y su importancia
bioquímica

5. Ecuación de
Contenido
2. Relación de la Henderson-Hasselbach
Unidad I en el análisis bioquímico.
bioquímica
con otras ciencias.
Aplicaciones

4. El agua como disolvente

de la vida: propiedades
3. Diferencias y semejanzas
fisicoquímicas
de la materia viva y
la materia inerte.
BIOQUÍMICA
 Cuanto de
bioquímica se
necesita saber para 2. Se espera que
esta materia? aprenda los procesos
bioquímicos básicos
 1. Se necesita saber de
la estructura de las de la mayoria de las
moleculas organicas funciones celulares,
de mayor importancia tales como glucolisis,
de los pocesos respiración, y síntesis
biologicos. de proteínas.
Importancia de la Bioquímica en las ciencias de
la salud

 Las enfermedades (excepto las traumáticas), tienen un

componente molecular.

 La influencia de la bioquímica se percibe en toda

nuestra vida mediante descubrimientos que
estimulan el crecimiento de todas las ciencias de la
vida.

 La bioquímica es una ciencia médica y biológica

fundamental que ayuda a comprender la biología
celular, la microbiología, la nutrición, la farmacología
y la fisiología molecular.

 Es el caso de la invención de nuevos fármacos,

que se diseñaron como consecuencia de varias
décadas de acumulación de conocimientos en temas
centrales de la bioquímica.
 Técnicas utilizadas en bioquímica

Fraccionamiento subcelular, incluyen multitud de técnicas.

Centrifugación
Cromatografía
Electroforesis
Técnicas radioisotópicas
PCR
Citometría de flujo
Inmunoprecipitación
ELISA
Microscopio electrónico
Cristalografía de rayos X
Resonancia magnética nuclear
Espectrometría de masas
 Bioquímica
período
1900-1940 usa estudia
basada en
Modelos
animales
Química Fisiología
orgánica Función Estructura
usa
de de
estudia
Metabolismo Macromoléculas
Producción
estudia
de energía tales como
Degradación Síntesis
Proteínas
de de
Carbohidratos
Todos los seres vivos tenemos una Lípidos
bioquímica esencialmente igual
Desarrollo histórico de Bioquímica

Desarrollo y
perspectivas

Raíces y
surgimiento
HISTORIA DE LA BIOQUÍMICA. RAÍCES Y SURGIMIENTO
Antigüedad clásica - Edad Media: El concepto
de la vida
Elementos de
Empédocles:

Agua
Aire
Fuego
Tierra
 Historia de la Bioquímica
Antigüedad clásica - Edad Media

Los humores Los

de Galeno Temperamentos

Flema Flemático
Bilis Colérico
Sangre Sanguíneo
Bilis Negra Melancólico

La enfermedad es diskrasia
(discrasia), esto es:
una mezcla inadecuada de los
humores
 Historia de la Bioquímica
El Renacimiento

Paracelso: Van Helmont:

Unión de Medicina y Alquimia la Yatroquímica
 Historia de la Bioquímica, 3:
La Ilustración

- Scheele: los Productos Naturales:

Experimento de Redi ácido úrico, ácido cítrico, ácido málico,
etc.

- Lavoisier: Equivalencia entre

respiración y combustión

- Spallanzani: La digestión como

proceso químico
 Historia de la Bioquímica
El siglo XIX: los conceptos de las cuestiones de
ciencia de la vida

- La Teoría celular ( Teodoro y

Matthias Scheiden, Virchow)
- Teoría atómica (Dalton)

- Catálisis (Berzelius)

- Las Fermentaciones:
Liebig, Schwann, Pasteur
Historia de la Bioquímica. Desarrollo y perspectivas
Siglo XX, 1900-1950: la abiogénesis, otra vez

- Büchner y la fermentación acelular

- Harden y los sistemas acelulares

- Enzimología: Northrop, Künitz, Sumner

- Metabolismo: Embden, Meyerhof, Krebs,

Warburg, Lipmann
 Historia de la Bioquímica
El siglo XX, 1950-2000: el siglo de la genética
La Biología Molecular:

- Estructura tridimensional del DNA

- Estructura tridimensional de las

proteínas

- Genómica: estudio no sólo de los genes,

sino sus funciones, relaciones entre sí y
con el medio ambiente

- Proteómica: La proteómica es el estudio y

caracterización de todo el conjunto de
proteínas expresadas de un genoma
(proteoma).
Y EL SIGLO XXI. PERSPECTIVAS

La terapia génica
Y el siglo XXI
2001
La edad del Universo

2003
El Genoma Humano

2008
Descubrimiento de agua en Marte
Siglo XXI
Creación de vida artificial

Descubrimiento de
Reprogramación factores de Herencia
del ARN no genéticos

Genomica de Biologia sintetica

nueva generación

Genoma de Neardental
 Relaciones entre la bioquímica y otras ciencias.

 Química Orgánica, la cual describe las propiedades de

las biomoléculas.

 Biofisica, la cual aplica las técnicas de física para estudiar

las estructuras de las biomoleculas.

 Investigación, la cual incrementa la busqueda para

entender los estados moleculares de las enfermedades en
términos moleculares.

 Nutrición, la cual vislumbra el metabolismo para describir

los requerimientos dietarios para el mantenimiento de la
salud.
 Relaciones entre la bioquímica y otras ciencias.

 Microbiología, la cual ha mostrado que los llamados

organismos unicelulares y virus son departamentos ideales
para la elucidación de muchos de las rutas metabólicas y
mecanismos regulatorios.

 Fisiología, la cual investiga los procesos de la vida desde

los tejidos y niveles de organismos.

 Biología Celular, la cual describe la división bioquímica

del trabajo dentro de la célula.

 Genética, la cual describe los mecanismos que le dan

particular a una célula u organismo la identidad.
 Elementos de la vida

La mayoria de los elementos

biologicamente más abundantes son
solo en la minoria de los
constituyentes de corteza terrestre
(la cual contiene 47% O, 28% Si,
7.9% Al, 4.5% Fe, y 3.5% Ca).

Los mas abundantes, esenciales para todos los organismos:

C, N, O, P, S, H
Los menos abundantes, esenciales para todos los organismos :
Na, Mg, K, Ca, Cl
Elementos trazas, esenciales para todos los organismos:
Mn, Fe, Co, Cu, Zn
Elementos trazas, esenciales para algunos de los organismos:
V, Cr, Mo, B, Al, Ga, Sn, Si, As, Se, I,
Los seis principales elementos de la vida son: C, H, N,
O, P, y S.

99% de las células estan

compuestas de H, O, N, y C
La mayoría de los elementos de la materia viva tiene relativamente bajo
número atomico; H, O, N y C son los más livianos de los elementos
capaces de formar uno, dos, tres y cuatro enlaces, respectivamente.

Elementos principales
Oligoelementos

Los elementos más livianos forman

los enlaces más fuertes en general.
Grupos funcionales
 ¿Qué es lo que distingue a los organismos
vivos de los objetos inanimados?
 Complejidad
Los organismos vivos extraen, transforman
y usan energía

 Capacidad de autorreplicarse con

precisión y autoensamblaje

 La muerte

 Respiración

 Adaptación
 Aminoácidos

 Nucleótidos

 Carbohidratos

 Lípidos
 Para entender como las biomoleculas hacen vida para la
vida.
 La vida necesita 3 cosas:

1. ENERGÍA
2. MOLÉCULAS SIMPLES
3. MECANISMOS QUÍMICOS

(1) ENERGÍA, la cual debe ser

capaz de:

 Extraer
 Transformar
 Utilizar
 La vida necesita 3 cosas:

(2) MOLÉCULAS SIMPLES, las cuales deben de ser capaz de:

 Convertir
 Polimerizar
 Degradar
 (3) MECANISMOS QUÍMICOS, para:

 Aprovechar la energía
 Conducir secuencialmente las reacciones
 Síntesis y degradación de macromoléculas
 Mantener una dinámica de estado firme
 Autoensamblaje de complejos
 Replicación exacta y eficiente
 Mantener un “orden bioquímico”
 Biomoléculas – Estructura

Anabólica
 Bloques de  Macromoléculas
Construcción  Polisacaridos
 Azúcares simples  Proteína (peptido)
 Aminoácidos  ARN o ADN
 Nucleótidos  Lípidos
 Ácidos grasos
Catabólica
 Hacinamiento macromolecular

[ ] de proteínas, el tipo dominante de

macromoléculas celulares, pueden ser
hasta de 200 a 400 mg/ml.

 “Hacinamiento” “concentración”
porque las macromoléculas de cada clase
suelen estar presentes en cantidades
limitadas.

En los distintos tipos celulares las

estimaciones del volumen ocupado por las
macromoléculas, volumen de exclusión,
varían entre 20 y 40%.
 Hacinamiento macromolecular
Es un factor
importante en:
Velocidades
Transducción
de reacción
de señales
bioquímica

Expresión Plegamiento
génica de proteínas

Estructura
Unión proteína-proteína
cromosómica
La Biosíntesis
requiere de moléculas
simples para
combinar
covalentemente
muchas…..
Energía de las Células

 La vida celular es inherentemente inesteable.

 Constantemente el flujo de la energía evita la tendencia

a la desorganización.

 Las Células obtienen la energía principalmente por la

oxidación de biomoleculas (e-transferidos desde 1
molécula a otra que involucra la perdida de energía)

 Esta energía es capturada por las celulas y usada para

mantener principalmente la organización de la estructura
celular y funciones.
¿Qué compuesto transporta el p en la célula?
Adenosin trifosfato
Forma de almacenamiento de energía química más importante
en las células vivas.

Su hidrólisis es altamente
exergónica

Enlace fosfodiéster

Formas de obtención del ATP:

- Fosforilación a nivel de sustrato

- Fosforilación oxidativa
BIOQUÍMICA: CONCEPTOS BÁSICOS

4. Agua , estructura, disociación,

importancia en el laboratorio.

Prof. Evelyn Maurell

 AGUA CORPORAL
50 – 60 % del peso corporal total
 AGUA CORPORAL

30 – 40% pct 20 – 25% pct

(2/3) (1/3)
K+ prot. Na+ vascular
Mg+2 fosfato intersticial
cloruro líquido transcelular
tejido conectivo denso y hueso

INTRACELULAR EXTRACELULAR
COMPARTIMIENTOS
 La homeostasis del fluido corporal
(Balance constante de agua corporal).
La ingesta es influenciada: por la
disponibilidad de líquidos y alimentos, sed,
hambre, y la capacidad de consumir.
Perdemos agua por: respiración,
evaporación y la orina.
El organismo ajusta el volumen de
excreción urinaria para compensar las
variaciones en otros tipos de pérdida de
agua y de las variaciones en la ingesta.

 La hormona aldosterona y la hormona

antidiurética (ADH) ayudan a supervisar el
volumen de sangre y la osmolalidad através
de mecanismos de regulación de la sed,
sodio y balance de agua.
 ESTRUCTURA DEL AGUA
 Estructura

 Características

 Propiedades

 Disociación del Agua

 Enlaces de hidrógeno
 Puente de Hidrógeno
 Un enlace por puente de hidrógeno se efectúa
entre un átomo electronegativo y el átomo de
hidrogeno unido covalentemente a otro átomo
electronegativo.

 Este enlace es mucho mas débil que los enlaces

covalentes
 Enlaces de hidrógeno en el agua
cada molécula de agua puede
establecer 4 puentes de
Hidrógeno con otras moléculas
de agua. Lo que hace una malla
de moléculas ordenadas.
H H
O
H
Enlaces de hidrógeno comunes:
O H----O
O
H H H
O H----N O H O
N H----O H O H
N H----N H
 PUENTES DE HIDRÓGENO DE
IMPORTANCIA BIOLÓGICA
Entre el grupo Entre el grupo Entre grupos Entre bases
hidroxilo de un carbonilo de peptídicos en complementarias
alcohol y el una cetona y el polipéptidos del ADN
agua agua

Timina

Adenina
 CAPA DE SOLVATACIÓN
Disolvente excepcional de iones. En el
campo eléctrico iónico los dipolos del
agua se ordenan de acuerdo con la carga
del ion central para protegerlo de otros
iones de carga de signo contrario
Efecto hidrófobo
Cuando se mezclan moléculas
apolares y agua, se forma una esfera
de solvatación compuesta por
muchas capas de moléculas de agua
ordenadas por enlaces de hidrogeno,
alrededor de las moléculas
hidrófobas
 EL AGUA
 POLARIDAD: es una propiedad de las moléculas que
representa la separación de las cargas eléctricas dentro de
la molécula, según el número y tipo de enlaces que posea.

Polar o apolar

 TENDENCIA A DISOCIARSE
H 2O H+ + OH-
 CONSTANTE DIELÉCTRICA

Def: la constante dieléctrica de cualquier solvente mide la

capacidad que tiene ese determinado solvente de mantener
separadas dos partículas químicas de # cargas eléctricas.
 O
H H Dielectric Constant
O Water 80.4
H3C H Methanol 33.6
O Ethanol 24.3
H5C2 H Ammonia 17.3
Acetic acid 6.15 H
Chloroform 4.81
Cl–C–Cl
O Ethyl ether 4.43
H5C2 C2H5 Benzene 2.28 Cl
Carbon tetrachloride 2.24
Cl
Cl–C–Cl
Cl
Las Moléculas con distribución asimétrica de
electronegatividad tienen una alta polaridad.
 DISOCIACIÓN DEL AGUA
H2O H+ + OH-

 CONSTANTE DE EQUILIBRIO

A + B C + D

Keq = [C] [D]

[A] [B]
 DISOCIACIÓN DEL AGUA
H2O H+ + OH-

1 mol de agua 18 g
X 1000 g
1 (L)
X = 55,56 moles
Keq = [H+] [OH-]
[H2O]
 Producto iónico del agua
H2O H+ + OH-
[H+][OH-]
Kd =
[H2O]

Kd[H2O] = [H+][OH-] = 10-14

Kw = [H+][OH-] = (55,5 M) (1,8 x 10-16M)=1,0 x 10-14

Kw = [H+][OH-]= [H+]2

[H2] = √ Kw = √ 1 x 10-14 M2
[H+] = [OH-] = 10-7 M
 Equilibrio de Ácidos débiles y Bases

• Ácidos fuertes / bases – se disocian completamente

• Ácidos débiles / bases – se disocia solo parcialmente

• La Actividad Enzimatica es sensible al pH

• Ácidos fuertes /bases juega un rol importante en la

estructura/función de las proteína
Ácidos y Bases (teoría de Bronsted-Lowry)

Ácido: especie química que tiende a

ceder protones

Base: especie química que tiende a

aceptar protones

AH A- + H+

B + H+ BH+
Ácidos y Bases (teoría de Lewis)

Bases: grupos moleculares con pares

electrónicos libres (nucleófilos)

Ácidos: grupos moleculares con afinidad

hacia pares electrónicos libres (electrófilos)
 LA ESCALA DE PH

 El producto iónico del agua, Kw,

constituye la base de escala de pH.

 Es una forma conveniente de designar la

concentración de H+ (y por consiguiente
de OH-)

 pH = log 1 = - log [H+]

[H+]
pH DE ALGUNOS FLUIDOS ACUOSOS
 AMORTIGUACIÓN

• Los amortiguadores son sistemas acuosos que resisten

cambios en el pH cuando se añaden pequeñas cantidades
de un ácido o base fuerte .

• Un sistema tamponado consiste de un ácido débil y

su base conjugada.

• La amortiguación más eficaz se produce en la

región aplanada en una curva de titulación
(es decir, alrededor de la PKA).

• Los tampones son eficaces a valores de pH que están

dentro de + / -1 Unidad de pH del pKa
 AMORTIGUACIÓN

 La regulación del pH es una actividad

universal y esencial de los seres vivos
 Def:
CH3COOH + CH3COO- + Na+

OH- H+

CH3COO- + H2O CH3COOH

[ ] Sal [ ] Ácido
 Ecuación de Henderson-Hasselbach
AH A- + H+

[A-][H+] HA = Ácido débil

Ka = A- = Base conjugada
[AH]

[A-]
logKa = log [H+] + log * Ecuación H-H describe
[AH] la relación entre
[A-] pH, pKa y concentración de
-log [H+] = -logKa + log buffer
[AH]

[base]
pH = pKa + log
[ácido]
 ECUACIÓN DE HENDERSON-
HASSEBALCH
a) [A-] / [HA] = 100:1
pH = pK + log 100 pH = pK + 2

b) [A-] = [HA]
pH = pK + log 1 pH = pK
CURVA DE TITULACIÓN
 ¿Cómo hace el cuerpo para mantener un pH constante?

• El pH de la sangre es de 7,35 – 7,45

– Si los niveles plasmáticos 7.35 (acidemia), resulta una

acidosis
– Si los niveles plasmaticos 7.45 (alcalemia), resulta
alcalosis
 SISTEMAS AMORTIGUADORES DE LA
SANGRE

1. SISTEMA BICARBONATO-ÁCIDO CARBÓNICO

H2CO3 HCOO3- + H+

2. PROTEÍNAS DEL SUERO.

3. SISTEMA BUFFER DE HEMOGLOBINA.
4. SISTEMA AMORTIGUADOR FOSFATO.
(HPO4 / H2PO4)
 Mecanismos de control de pH

El sistema Buffer consiste de un acido débil y su anión

Principales sistemas de amortiguación:

Sistema amortiguador de proteínas

Aminoácidos

Sistema buffer de Hemoglobina

H+ son buferados por la hemoglobina
Sistema buffer Bicarbonato-ácido Carbónico
Amortigua los cambios causados por ácidos orgánicos.
 Mecanismos de control de pH

– El menor sistema de amortiguación

• Fosfato
– Buffer pH en el líquido intracelular.
Sistemas amortiguadores en los fluidos