Tesis DoctoradoX - Juan R. Guardia Jara

Biblioteca Digital - Dirección de Sistemas de Informática y Comunicación
UNIVERSIDAD NACIONAL DE LA LIBERTAD – TRUJILLO

ESCUELA DE POST - GRADO
DOCTORADO EN CIENCIAS E INGENIERIA
DO
RA
SG
PO
DE
Intitulo:
“USO DEL PROGRAMA DE BIOINFORMÁTICA QUE

CA
TRANSFORMAN LOS INFORMES DEL BANCO DE DATOS POR

HOMOLOGIA PARA LA GENERACION DE UNA ESTRUCTURA
TE
ESPACIAL DE PROTEÍNA”
IO
TESIS
PARA OPTAR EL GRADO DE DOCTOR EN CIENCIAS E INGENIERIA.
BL
Autor:
BI
Mg. Juan Roosvelt Guardia Jara
Asesor:
Dr. Luís Alberto Rodríguez Delfín.
TRUJILLO - PERU
2009
-1-
Esta obra ha sido publicada bajo la licencia Creative Commons Reconocimiento-No Comercial-Compartir bajola misma licencia 2.5 Perú.
Para ver una copia de dicha licencia, visite http://creativecommons.org/licences/by-nc-sa/2.5/pe/
Nº de Registro ……………………..
AGRADECIMIENTO
Al Doctor Torsten Schwede, Director del Instituto Suizo de Bioinformática
“Biozentrum” de la Universidad de Basilea de Suecia, por accederme a la
dirección de Base de datos de Protein Data Bank de los Centros de
DO
Investigación de Biología Molecular de USA y de Europa. Además, de
facilitarme el software del programa de bioinformática Swiss-Model. Este
RA
beneficio me permitió ejecutar y terminar con Proyecto de Tesis Doctoral.
Al Doctor Luis Rodríguez Delfín, por su orientación académica, exigencia y
SG
motivación para la culminación de la tesis doctoral.
PO
Al Doctor Pablo Aguilar, por su sugerencia en la organización y claridad para la
redacción de la tesis.
DE
Al Doctor Sixto Prado Cáceres, quien hizo sugerencia para hacer análisis del
comportamiento y disposición de las macromoléculas con los modelos de la

CA
física molecular como estructura de la tesis.
Al Licenciado Físico Hernán Guardia J. por apoyarme en forma permanente

TE
para la culminación de la tesis.

IO
A mis hijos, mi esposa y mi familia, que gracias al optimismo, la fortaleza y la
dinámica de comprensión que me brindaron, permitió culminar con la ejecución

BL
y redacción de la tesis doctoral.

BI
DEDICATORIA
Dios siempre fue mi guía y me ayudó en los

momentos más difíciles a superar y hacer bien las
DO
cosas. ¡Siempre estaré contigo!
RA
A mis padres, Eliseo y Jeremías, que con sus
vivencias me brindan sabiduría, me orientan y me
SG
impulsan fortaleza e imaginación.
PO
A mis hijos, Wilhem, Fiorella y Juan Carlos. Ellos
siempre optimizan al tiempo y buscan adquirir más
conocimientos de los modelos existentes, por ello,
DE
gracias hijos.
CA
A mis hermanos: Hernán, Celia, Amelia, Abel, Ely,

Ida, Gracias a todos ustedes por estar conmigo.
TE
IO
BL
BI
INDICE
AGRADECIMIENTO ..................................................................................................................2
DEDICATORIA ...........................................................................................................................3
Resumen ........................................................................................................................................9
DO
1. INTRODUCCIÓN ...................................................................................................................11
1.1. Los aminoácidos .......................................................................................................12
1.2. El enlace peptidico....................................................................................................15
RA
1.3. Estructura molecular de las proteínas. ..................................................................17
1.3.1. La estructura primaria ...................................................................................17
SG
1.3.2. La estructura secundaria (2D).........................................................................18
1.3.3. La estructura terciaria o tridimensional (3D).................................................21
1.3.4. Estructura cuaternaria ......................................................................................25
1.3.5.
1.3.5.1.
PO
La proteína G.....................................................................................................26
Fotorreceptores de la retina ....................................................................28
1.3.5.2. Complejo proteico fotorreceptor. ............................................................29
DE
1.3.6. Mecánica molecular..........................................................................................31

1.3.6.1. Interacciones débiles entre las moléculas ............................................31
1.3.6.2. La energía potencial molecular entre dos iones ..................................32
CA
1.3.6.3. La energía potencial de interacción entre dos dipolos de

aminoácidos...................................................................................................................33
1.3.6.4. Fuerzas inducidas por la polarización de los aminoácidos ................34
TE
1.3.6.5. Puente de hidrógeno de los aminoácidos de la proteína....................35

1.3.6.6. Interacciones de Van der Waals.............................................................36
IO
1.4. Técnicas de espectroscopia para el estudio de la estructura de la proteína ..38

1.4.1. Resonancia Magnética Nuclear (RMN) .........................................................38
BL
1.4.2. Cristalografía de rayos X. ................................................................................40

1.4.3. Espectroscopia Raman ....................................................................................42
BI
1.4.4. Espectroscopia de infrarrojo............................................................................43

1.5. Simulación geométrica de la proteínas: modelamiento ......................................45
1.5.1. Método estructural. ...........................................................................................45
1.5.2. Validación del modelo estructural. ................................................................46
1.5.3. Algoritmos para el calculo de las estructuras terciarias..............................48
1.5.4. Método de simulación computacional con campos de fuerzas elásticas.51
1.5.5. Procesos de una simulación con dinámica molecular y Monte Carlo.......53

1.5.5.1. Inicialización del programa de dinámica molecular .............................53
1.5.5.2. Generación de las configuraciones en dinámica molecular ...............54
1.5.5.3. Análisis del comportamiento dinámico molecular en bioinformática.55
1.6. Justificación................................................................................................................56
1.7. Marco filosófico..........................................................................................................58
DO
1.7.1. Ontología de los ácidos nucleídos .................................................................59
1.7.2. Fenómeno lógico de ADN................................................................................59
1.7.3. Concepción epistemológica de la estructura general del ADN..................59
RA
1.8. Problema ....................................................................................................................60
1.9. Hipótesis.....................................................................................................................60
SG
1.10. Objetivos.................................................................................................................61
1.10.1. Objetivo general ............................................................................................61
1.10.2. Objetivos específicos. ..................................................................................61
2. PO
Materiales y métodos .......................................................................................................62
2.1. Muestra de estudio ...................................................................................................62
2.2. Programas bioinformáticos......................................................................................63
DE
2.2.1. Programas bioinformáticos..............................................................................64

2.2.1.1. Swiss – Model............................................................................................64
2.2.1.2. SIB...............................................................................................................64
CA
2.2.1.3. DataBase: Prosite .....................................................................................64

2.2.1.4. ProRule Descriptions................................................................................64
TE
2.2.1.5. PDB structure viewer................................................................................65

2.2.2. Estructura secundaria y terciaria ....................................................................66
2.2.3. Celda unitaria.....................................................................................................67
IO
3. Resultados y discusión ....................................................................................................69

BL
3.1. Estructura primaria de fosducina............................................................................69

3.2. Estructura de la celda unitaria ................................................................................71
3.3. Estructura secundaria ..............................................................................................72
BI
3.3.1. Hélice alfa...........................................................................................................73

3.3.2. Hojas beta ..........................................................................................................75
3.3.3. Giros y lazos de horquillas...............................................................................77
3.3.4. Giros beta...........................................................................................................78
3.3.5. Lazos beta..........................................................................................................78
3.3.6. Estudio de rotación para los ángulos phi y psi .............................................79

3.4. La estructura terciaria de la proteína fosducina...................................................84
3.4.1. Predicción de la estructura terciaria de la proteína fosducina. ..................84
3.4.2. Fuerzas moleculares que estabilicen la estructura tridimensional de la
proteína fosducina. ...........................................................................................................87
3.4.2.1. Puente de disulfuro de proteína fosducina............................................88
DO
3.4.2.2. Interacciones de Van der Waals de proteína fosducina .....................89
3.4.2.3. Puentes de hidrógeno de proteína fosducina.......................................90
3.4.2.4. Interacciones electrostáticas de fosducina. ..........................................92
RA
3.5. Dominios estructurales de la proteína. ..................................................................93
3.6. Formación complejo proteico durante el proceso de la visión...........................93
SG
3.6.1. Proteína transducina ........................................................................................94
3.6.2. Proteína gamma................................................................................................94
3.6.3. Proteína fosducina............................................................................................94
4.
3.7.
PO
Flujo electromagnético en la transmisión de la información visual ..................95
Conclusiones y recomendaciones..................................................................................96
5. Referencias Bibliográficas ...............................................................................................98
DE
6. Anexos..............................................................................................................................104
CA
TE
IO
BL
BI
ABREVIATURA Y SIMBOLOS
ADN: ácido desoxirribonucleico

ARN: ácido ribonucleico
Agonista Es una sustancia que se une a un receptor y provoca una
respuesta en la célula
DO
CBP: condiciones de borde periférico
c: velocidad de la luz
RA
Citoplasma citoplasma es la parte del protoplasma que, en una célula eucariota, se
encuentra entre el núcleo celular y la membrana plasmática
SG
DM: dinámica molecular
E: campo eléctrico
Erot:
F:
energía cinética de rotación
PO
fuerza de interacción (segunda ley de Newtón)
Fasta: es un algoritmo de alineamiento de secuencia de
DE
aminoácidos de proteína
fs: fico segundos (unidad de tiempo f = 10-15)
G: proteína G
CA
GDP: un nucleótido difosfato de guanina (guanosin difosfato)

GTP: un nucleótido trifosfato de guanina (guanosin trifosfato)
TE
GMP: mono fosfato de guanina no cíclico (nucleótido de guanilato)

h: constante de Planck
IO
ICM : Momento de inercia de centro de masa

BL
Iqq: momento de inercia de la ubicación de los átomos.

I(v): intensidad de radiación electromagnética absorbida en
BI
función de frecuencia.
K: grados Kelvin (unidad de temperatura)
k: constante universal de la carga eléctrica
KB: constante de Boltzmann
KD: kilo datón (unidad de masa)
7
L: momento angular de rotación

|Lij| vector de posición relativa espacial de las hojas β
MC: mecánica cuántica
MIR: espectroscopia infrarrojo
m i: masa de molécula i
DO
ARNm: ácido ribonucleico mensajero
nm: 1 nanómetro (10-9 m)
RA
P: momento dipolar eléctrica
PPm: partes por millón
PDB: Protein Data Bank (banco de datos de las proteínas)
SG
pH: potencial de hidrógeno
Rij vector de posición relativa espacial de las hélices de la proteína
R
SIB:
PO
grupo radical variable de los aminoácidos
Instituto Suizo de bioinformática
DE
Tq: torque de una fuerza que actúa sobre una molécula

U: energía potencial eléctrica
Uij: energía potencial de interacción entre las moléculas
CA
χ: polarizabilidad eléctrica de los aminoácidos

Δx: desplazamiento de la partícula
TE
Δr: desplazamiento infinitesimal de la molécula

αβγ: subunidades del complejo proteico de la familia de la proteína G
IO
: frecuencia de radiación electromagnética
µ: dipolo eléctrico de las moléculas

BL
ε: permisividad del medio acuoso (constante dieléctrica)

σ: distancia de máximo acercamiento atómico.
BI
R: constante universal de los gases ideales

|Rij| vector de posición relativa espacial de las hélices
NCBI Centro Nacional de Información Biológica Molecular
RCSB Recursos para estudios Biológicos macromoleculares
8
Resumen
En esta investigación se reporta la predicción del plegamiento globular de la

cadena polipeptídica de los aminoácidos que conforman la estructura terciaria de
la proteína fosducina de la retina de un bovino, activado por la radiación luminosa
DO
durante el proceso de la visión. Se ha utilizado algoritmos del programa de
bioinformática que transforman los informes del banco de datos por homologa
para la generación de una estructura espacial de proteína, con el programa
RA
Swiss-Model y el banco de datos “Protein Data Bank”, accesible vía página Web
como el servidor de ExPasy o el programa DeepView, Pdb-Expectador suizo. En
primer lugar, se modelo por análisis de aminoácidos a la estructura primaria de
SG
fosducina, obteniéndose una estructura secundaria conformada por ocho hélices,
cinco grupos de hojas beta y 16 giros beta. Las hélices α y hojas β fueron
generados
PO
por efecto de polarización de los aminoácidos que rotan a través de
la cadena polipeptídica. Se predijo la formación de la estructura terciaria de la
proteína fosducina como plegamiento globular compacta de las hélices α, hoja
DE
β y de los 16 giros de los aminoácidos, se originó mayor acumulación de los

electrones en el entorno del plegamiento globular, siendo más probable la mayor
acumulación del flujo de información biológica para ser transmitida a otra proteína.
CA
TE
Palabras Clave: aminoácidos, proteína fosducina, plegamiento de proteínas,

IO
estructura terciaria.
BL
BI
9
Abstract
This study reports the prediction of the folding of the globular polypeptide chain
of amino acids that form the tertiary structure of the protein phosducin of the
retina of an animal, activated by light radiation during the process of vision. It
DO
has used the program of bioinformatics algorithms that transform data reports
for approval by the generation of a spatial structure of protein, with the Swiss-
RA
Model and Data "Protein Data Bank", accessible via the Web page as ExPasy
server or program DeepView, Swiss pdb-Prospects. Firstly, a model for analysis
of amino acids to the primary structure of Phosducin, obtaining a secondary
SG
structure composed of eight helices, five sets of beta sheets and beta turns 16.
The α helices and β sheets were generated by the polarization effect of amino
acids that rotate through the polypeptide chain. Predicted the formation of the
PO
tertiary structure of globular protein folding phosducin as compact propellers α,
β sheet and turns of the 16 amino acids, originated a greater accumulation of
electrons around the globular folding was more likely greater accumulation of
DE
the flow of biological information to be transmitted to another protein.

CA
Keywords: amino acids, protein phosducin, folding of proteins, tertiary structure.

TE
IO
BL
BI
10
1. INTRODUCCIÓN
El genoma de las células está formado por ADN constituido por secuencias de
nucleótidos y la transferencia de esta información genética se manifiesta en la
síntesis de proteínas, representada a su vez por secuencia de aminoácidos. Los
avances tecnológicos en el secuenciamiento de ADN han superado la capacidad
DO
de análisis de las estructuras proteicas, generando y almacenando secuencias
primarias de miles de proteínas. Como es conocido la forma tridimensional es
esencial para las funciones que cumpla las proteínas en las células. Frente a
RA
esta limitación, la informática ha generado programas computacionales que
modelan la secuencia de los aminoácidos para predecir la forma biológica con la
SG
cual las proteínas realizan sus funciones en la célula.
Las estructuras tridimensionales de las proteínas evolucionaron para
Villaescusa;
PO
desarrollar esas funciones con eficiencia y bajo un control preciso (Hernández y
2005). En este proceso, la naturaleza ha seleccionado apenas
veinte aminoácidos (aa) para establecer más de cien mil proteínas diferentes en
DE
las células (Vásquez y Contreras. 2003).
Las proteínas están diseñadas para unirse a cualquier molécula biológica,

CA
desde iones simples hasta grandes moléculas complejas como grasas, azúcares,
ácidos nucléicos y otras proteínas (Lodish et. al 1998). Catalizan un
TE
extraordinario rango de reacciones químicas, proporcionan rigidez estructural a la

célula, controlan el flujo de sustancias a través de la membrana de la célula,
regulan las concentraciones de metabólitos (Miale, J. 1985), actúan como
IO
sensores e interruptores, producen movilidad y controlan la función genética.

BL
El avance científico en biología molecular a través de la bioinformática,

se utiliza como tecnología de la información para procesar, almacenar,
BI
organizar, analizar, visualizar y distribuir la información con la finalidad de

responder preguntas complejas en biología molecular (Zepeda, 2003﴿.
Bioinformática es el área de investigación multidisciplinaria, la cual puede
ser ampliamente definida como la interface entre dos ciencias: Biología
Molecular y Computación. La bioinformática con modelos de algoritmos
11
hace análisis aleatoriamente al comportamiento de las proteínas cuando se

enrollan, se doblan formando ángulos diedros en la cadena polipeptídica,
dichos giros y acoplamientos se ejecuta tomando como centro al carbono
alfa (C), estos procesos están basados en la localización profunda de
aminoácidos y la forma significativa en el desarrollo tridimensional de las
proteínas, limitaciones metodológicas en la obtención y análisis
DO
fisicoquímicas de la misma, dificultan la determinación de las estructuras
dinámicas moleculares de un gran número de proteínas (Laskowski, R.,
RA
et.al 2005).
1.1. Los aminoácidos
SG
La unidad estructural de las proteínas son los aminoácidos, denominados
monómeros, que está constituido por un átomo de C al que se unen un grupo
PO
carboxilo (-COOH), un grupo amino (-NH2), un hidrógeno (-H) y una cadena
lateral R, ver figura 1. Esta última determina las propiedades fisicoquímicas de
los aminoácidos, variando en tamaño, forma, carga, hidrofobicidad y reactividad.
DE
CA
TE
Figura 1. Estructura básicas de los

aminoácidos
IO
Dependiendo de la solubilidad en el agua, que a su vez depende de la

BL
polaridad de las cadenas laterales, los aminoácidos se clasifican en

ácidos, básicos o neutros. En la tabla 1 se muestran algunas
BI
características químicas de los veinte aminoácidos (Lázaro, E. et. al,

2003). El ácido aspártico y glutámico tienen grupo carboxílico extra en sus
cadenas laterales (R); la lisina, arginina y histidina tienen grupos amino
básico en la cadena R. A pesar que la cisteína (con grupo tiol) y la tirosina
(con grupo fenol) han sido clasificados como aminoácidos neutros, se
12
comportan como ácidos débiles y se pueden desprotonar en una solución

básica.
En disolución acuosa, los aminoácidos muestran un comportamiento

anfótero, es decir pueden ionizarse, dependiendo del pH, como un ácido
liberando protones y quedando (-COO-), o como base donde los grupos -
DO
NH2 captan protones, quedando como o pueden aparecer como
ácido y base a la vez. En este caso los aminoácidos se ionizan
doblemente, apareciendo una forma dipolar iónica. Teniendo en cuenta
RA
estas cualidades los aminoácidos se han clasificado en aminoácidos
polares (hidrófílicos) y no polares (hidrofóbicos).
SG
Los aminoácidos hidrófílicos se ubican en la superficie externa de
las proteínas al interactuar con el agua, posibilitando la solubilidad de la
PO
molécula. Los aminoácidos hidrofóbicos repelen las moléculas de agua,
agrupándose en el núcleo de las proteínas. En consecuencia, la polaridad
de las cadenas laterales de los aa es una de las fuerzas responsables de
DE
dar forma a la estructura tridimensional final de las proteínas. Los aa

hidrófilos tienen cadenas laterales ionizadas o polares (Lozano, J., 1994).
A pH neutro, arginina y lisina presentan cargas positivas; los ácidos
CA
aspártico y glutámico las tienen negativas y se encuentran como aspartato

y glutamato. Estos cuatro aminoácidos son los principales contribuyentes
de la carga global de una proteína. Un quinto aa, histidina, tiene una
TE
cadena lateral imidazol (débilmente ionizado) con un pK de 6.8, fue el pH

de citoplasma. En consecuencia, pequeñas variaciones de pH celular
IO
modificará la carga lateral de la histidina.

BL
Las cadenas laterales de la alamina, valina, leucina, isoleucina, y

metionina son en su totalidad hidratos de carbono, salvo el átomo de
azufre de la metionina, que son todas no polares. Las mismas fuerzas
BI
hacen que los aminoácidos hidrófobas se agrupen en el interior de las

proteínas, lejos del medio acuoso.
Por último, la cisteína, glicina y prolina exhiben funciones

especiales en las proteínas, debido a las propiedades singulares de sus
13
cadenas laterales (Creighton, T. 1990). La cadena lateral de la cisteína

contiene un grupo sulfhídrilo (-SH) que se puede oxidar para formar un
enlace disulfuro (-S-S-) con otra cisteína en la misma cadena polipeptídica.
Tabla 1. Características fisicoquímica de los aminoácidos
AMINOÁCIDOS NO POLARES (Hidrofóbicos)
DO
Código de Código de Carácter de la Forma puente de
Aminoácidos
tres letras una letra cadena lateral hidrógeno
Glicina Gly G Alifática No
Alanina Ala A Alifática No
RA
Valina Val V Alifática No
Leucina Leu L Alifática No
Isoleucina Ile I Alifática No
SG
Metionina Met M Alifática No
Fenilalanina Phe F Aromática No
Heterciclo
tirfosfato
Prolina
Trp
Pro
W
P
PO
AMINOÁCIDOS POLARES (Hidrofílicos)
aromático
Alifático
Acepta
No
Serina Ser S Alifática Acepta y dona

DE
Treonina Thr T Alifática Acepta y dona

Cisteína Cys C Alifática Acepta y dona
Tirosina Tyr Y Alifática Acepta y dona
CA
Asparagina Asn N Alifática Acepta y dona

Glutamina Gln Q Alifatica Acepta y dona
AMINOÁCIDOS ELÉCTRICAMENTE CARGADOS (Negativo e hidrofílico)
TE
Acido aspártico Asn D Alifática Acepta y dona

Ácido glutamico Glu E Alifática Acepta y dona
AMINOÁCIDOS ELÉCTRICAMENTE CARGADOS (Positivo e hidrofílico)
IO
Lisina Lys K alifática Acepta y dona

Arginina Arg R alifática Acepta y dona
BL
Heterocíclico Acepta y dona

Histidina El suyo H
alifático
BI
En ocasiones se encuentran enlaces covalentes cruzados por

enlaces disulfuro en regiones dentro de una cadena proteica o en cadenas
separadas. Si bien los enlaces de dIsulfuro son poco frecuentes en
proteínas intracelulares, se encuentran a menudo plegados de estos
enlaces. El aminoácido de menor tamaño, la glicina, tiene un único átomo
14
de hidrógeno como grupo R, su pequeño tamaño permite su introducción en

espacios más estrechos de la proteína (Christopher, M. y Kevin, A. 2005).
A diferencia de todos los demás aminoácidos frecuentes, la prolina posee
un añillo cíclico creado por la formación de un enlace covalente entre el
grupo R y el grupo amino sobre el carbono alfa. La prolina es muy rígida,
produce curvaturas e interrumpe la estructuras secundarias alfa-hélices y
DO
láminas-beta, produciendo una flexión en la molécula. La prolina y glicina se
encuentran a veces, en puntos de la superficie de la proteína donde la
RA
cadena forma un asa y vuelve sobre la proteína.
1.2. El enlace peptidico
SG
La unión de los aminoácidos en la cadena polipeptídica es tipo
covalente y la reacción de condensación entre el grupo carboxilo de un
PO
aminoácido y el grupo amino del siguiente desprende una molécula de
agua. Este enlace da estabilidad cinética a la cadena polipeptídica. Pauling
y .cols. utilizando difracción de rayos X, determinan que el enlace peptídico
es rígido y plano. Además, encuentran que la distancia de los átomos C-N
DE
del enlace peptídico es menor al de otros enlaces C-N, y proponen un

carácter parcial de doble enlace. Esto porque hay una compensación de
polaridades debido a la resonancia de electrones de los átomos de N, C y O
CA
del enlace peptídico. El plano donde se forma el enlace peptídico esta

formado por seis átomos: 2C, C, N, H, O (Figura 2).
TE
Cuando dos aminoácidos se unen, la molécula se llama dipéptido

IO
(Figura 3); con tres los aminoácidos se denomina tripéptido y así

sucesivamente. Cadenas con menos 10 aminoácidos constituye un péptido,
BL
por encima de este valor estamos frente a un oligopéptido y mayor de 50

aminoácidos la molécula se denomina polipéptido. Como se menciona
anteriormente, la rigidez del enlace peptídico limita la rotación de los planos
BI
entorno al carbono , específicamente de los enlaces C y carbono

carboxílico (C-C) y C con el nitrógeno del grupo amino (C-N). Estos
giros se denominan  (psi) y  (phi) respectivamente (Figura 4).
15
DO
RA
Figura 2. Estructura coplanar de los átomos
que forman en el enlace peptídico (Mark et
al 2008)
SG
El eje central de las proteínas la constituye los grupos amino,
carboxilo y el carbono alfa que se repiten en las proteínas; los radicales
una polaridad, un extremo amino (N terminal) PO

R son perpendiculares al eje central. Esto origina que la molécula tenga
y el otro carboxilo (C
terminal).
DE
CA
TE
IO
BL
BI
16
DO
RA
Figura 4. Generación de los ángulos Psi y
Phi. (Mark et al 2008)
SG
1.3. Estructura molecular de las proteínas.
PO
Las proteínas son biomoléculas formadas básicamente por carbono,
hidrógeno, oxígeno y nitrógeno. Además, pueden contener azufre, fósforo,
hierro, magnesio y cobre entre otros elementos. Pueden considerarse como
DE
polímeros, estos son unidades de aminoácidos, por lo tanto, los

aminoácidos están unidos mediante enlace peptídico (Itz, R. 2008)
La estructura de las proteínas es muy compleja, existe proteínas

CA
constituida por una sola cadena polipeptídica, otras con dos, tres, cuatro o
más cadenas polipeptídicas. En general las proteínas presentan estructura
TE
primaria, secundaria, terciara o cuaternaria.
1.3.1. La estructura primaria

IO
Se refiere a la secuencia lineal de los aminoácidos, resultante de

la expresión del código genético (ARNm) determinado por los genes. La
BL
fuerza estabilizadora de esta estructura es el enlace covalente

(peptídico), que se forma entre el grupo amino (-NH2) de un aminoácido
BI
con el grupo carboxilo (-COOH) del siguiente aminoácido. La unión

peptídica sólo permite formar estructuras lineales; en consecuencia, las
cadenas polipeptídica no presentan ramificaciones (Mount, 2001). La
determinación de la estructura primaria de una proteína es actualmente
una técnica accesible a la mayor parte de los laboratorios de bioquímica.
17
Ella se obtiene a partir del análisis de las secuencias de las proteínas

previamente procesadas, como la técnica de modelamiento por
homología La otra manera de obtener la secuencia de aminoácidos, sin
análisis experimental, es deduciéndola de la secuencia de los ARNm.
Como se sabe que existe un código genético que determina el
aminoácido segundo la clave del codón del ARNm
DO
1.3.2. La estructura secundaria (2D)
Las colisiones e interacciones entre los átomos de carbono,
RA
hidrógeno, nitrógeno y oxígeno de los aminoácidos generan una
disposición bidimensional y repetitiva de la misma conformación,
SG
produciendo que se formen pliegues periódicamente. Estos patrones se
producen por la formación de enlaces de hidrógenos entre los grupos
carboxilos y aminos del esqueleto polipeptídica.
PO
Las principales estructuras secundarias de las proteínas son:
hélice alfa () y lámina plegada beta (), giros y bucles. Una proteína
DE
puede presentar todos los tipos de estructuras secundarias y los

patrones más frecuentes son hélice  y lámina .
CA
La hélice  se forma por rotación de los aminoácidos en sentido

antihoraria, en forma helicoidad. En este tipo de estructura secundaria,
la cadena polipeptídica se pliega adoptando una forma helicoidal con
TE
giros a la derecha (Figura 5). Debido a la rigidez del enlace peptídico y

limitaciones en la rotación de los ángulos psi y phi algunos aminoácidos
IO
no estimula la formación de hélice . Es el caso del grupo R de la

glicina, es tan pequeño que la cadena polipeptídica puede ser
BL
demasiado flexible; la prolina contiene un anillo rígido que impide que

gire el enlace N-C. Además la prolina no tiene grupo N-H para formar
BI
los enlaces de hidrógeno intracadena que son básicos en la estructura

de hélice. Las secuencia de aminoácidos con un número de
aminoácidos cargados (glutamato y aspartato) y grupos R voluminosos
(triptófano) son también incompatible con las estructuras hélice.
18
DO
Figura 5. Hélice α, (a) muestra la representación de la
cadena polipeptídica y los átomos involucrados en la
RA
formación de los puentes de hidrógeno, (b) como
resultado de interacción de los átomos se forma la
cadena helicoidal de la hélice α (Delvin, 2004)
SG
También, Pauling y Corey, propusieron la estructura secundaria
β, conformada por dos o más cadenas polipeptídica que pueden estar
direccionadas en el mismo sentido (cadenas paralelas, figura 6a) o en
PO
direcciones opuestas (antiparalelas, figura 6b) por la polaridad del enlace
peptídico. Los puentes de hidrógeno se forman en los grupos N-H y
carbonilo de las cadenas adyacentes y estabilizan la estructura. Las
DE
láminas β antiparalelas son más estables que las láminas β paralelas

debido a que se forman enlaces de hidrógenos totalmente colineales. En
algunas proteínas se observan láminas β antiparalelas y paralelas
CA
mezcladas (Lodish y matsudiaria 1998).

TE
IO
BL
BI
Figura 6. Estructura de la hoja β. (a) representan lámina paralela. (b) representa

lámina antiparalela. ( c) Plano horizontal de la estructura de lámina β. Las esfera
negra representa los átomos de Carbono; esferas celestes representa a los átomos
de Nitrógeno; las esferas rosadas a los átomos de Oxigeno. Las líneas
perpendiculares a las esferas celestes representan al puente de hidrógeno (Devlin,
2004)
19
Mientras la hélice  es una cadena polipeptídica enrollada, la hoja

plegada está extendida y se dispone a la manera de un acordeón (zig-
zag). Donde los grupos R se proyectan por encima y por debajo de los
planos generados por las cadenas polipeptídica (Devlin. 2004).
Los giros están constituidos por tres o cuatro residuos que una
DO
estructura secundaria compacta, en forma de U, estabilizados mediante
enlaces de hidrógeno entre sus aminoácidos terminales (figura 7). Se
localiza en las superficies de las proteínas y redirigen la cadena
RA
polipeptídica hacia el interior, determinando un cambio en la dirección de
las cadenas polipeptídicas. Son elementos de conexión entre hélices alfa
SG
y/o láminas beta. Se forma un puente de hidrógeno entre un residuo (n)
y el residuo situado tres aminoácidos después (n + 3). La prolina y la
glicina abundan en los giros beta. La ausencia de una gran cadenas
PO
lateral, en el caso de la glicina, y la presencia de un plegamiento,
incluido en la prolina, permiten que el eje central de la cadena
polipeptídica se pliegue y forma una estructura rígida en forma U (Figura
DE
7). Sin los giros las proteínas serian grandes, extendidas y con
agrupaciones laxas.
CA
TE
IO
Figura 7. Estructura secundaria tipo giro y direcciones: (A) antiparalelas, (B)

BL
paralelas, (C) puente de hidrógeno entre los residuos terminales (McMuray,

J. et al 2004)
BI
Una columna polipeptídica también puede contener largas

(c)
curvaturas o asas (coil). A diferencias de los giros, que presentan
escasas estructuras definidas, las asas pueden formar de muchas
formas diferentes no reconocidas.
20
Las combinaciones especiales de estructuras secundarias

constituyen los “motivos” de las proteínas. Definidas con una
topología particular y organizada en una estructura tridimensional
característica, que puede definirse como estructura
suprasecundaria. Existen varios tipos de motivos como el motivo de
resorte enrollado, motivo hélice-asa-hélice, dedo de cinc, entre
DO
otros. El primero se caracteriza por presentar dos, tres o cuatro
hélice  anfipáticas (aminoácido hidrófilos en un extremo y
RA
aminoácidos hidrofóbicos en el lado opuesto). El motivo hélice-asa-
hélice, es típico de proteínas fijadores de Calcio y se caracterizan
por la presencia de ciertos restos hidrófilos en posiciones
SG
invariables del asa. Los átomos de oxígenos de estos restos fijan un
ión calcio mediante enlace de hidrógeno. Otro motivo frecuente,
PO
dedo de cinc, están constituida por dos hélice  y dos hebras β con
orientación antiparalelas, forman un haz digitiforme que se
mantienen unidos mediante un ion cinc. Este motivo es muy común
DE
en proteínas que fijan a ADN o ARN.
1.3.3. La estructura terciaria o tridimensional (3D)

CA
El plegamiento de la cadena polipeptídica con sus estructuras

secundarias: hélice  y hoja, conforman la estructura tridimensional de
las proteínas (Figura 8). Donde se describe la posición de cada uno de
TE
sus átomos en el espacio. La 3D de las grandes proteínas suelen estar

subdivida en diferentes regiones globulares o fibrosas, denominadas
IO
Dominios. Por su estructura, un dominio, es una región compacta

plegada de un polipéptido. Estas regiones se distinguen o están
BL
fisicamentes de otras partes de la proteína, aunque estén conectadas a

través de la cadena polipeptídica. Es el caso, de la hemoglobina, que
BI
tiene un dominio globular y un dominio fibroso.
Un dominio estructural esta constituido por 100-200 aminoácidos

en distintas combinaciones de hélice, láminas , giros y
enrollamientos al azar. A menudo un dominio se caracteriza por
presentar alguna particularidad estructural interesante. Por ejemplo la
21
abundancia de ciertos aminoácidos (dominio rico en prolina, dominio

ácido, dominio rico en glicina), secuencias comunes (conservadas) en
muchas proteínas (SH, o región 3 de homología) o un motivo particular
de estructura secundaria (motivo de dedo de cinc en un dominio en
rosquilla).
DO
En ocasiones, un dominio estructural se define en términos
funcionales, sobre la base de observaciones de que la actividad de la
proteína se localiza en una pequeña región en su longitud. Por ejemplo,
RA
una región o regiones particulares de una proteína pueden ser
responsables de su actividad catalítica (un dominio de cinasa) o de
SG
capacidad de unión (dominio de fijación ADN, dominio de fijación a
membrana).
La definición funcional de un dominio es menos rigurosa que la

PO
definición estructural. Sin embargo, si no se ha determinado la estructura
3D, la identificación de los dominios funcionales pueden proporcionar
información útil. Debido a que la actividad de una proteína suele
DE
depender de una estructural tridimensional adecuada, un dominio

funcional suele constar por lo menos uno, y a menudo varios, dominios
estructurales.
CA
La organización de la estructura terciaria en dominios ilustra aún

más el principio de que moléculas complejas se construyen a partir de
TE
componentes simples. Al igual que los motivos de la estructura

secundaria, los dominios de la estructura terciaria se incorporan como
IO
módulos en diferentes proteínas y codifican así las actividades

funcionales. Las proteínas presentan varios dominios mediante la cual
BL
pueden realizar funciones diversas al mismo tiempo.

BI
La homología de secuencias indican relaciones funcionales y

evolutivas entre las proteínas. Esto fue descubierto en 1960 por Perutz
al analizar las secuencias de aminoácidos de las proteínas mioglobina y
hemoglobina con técnicas radiográficas y cristolográfico. Si bien en ese
momento se desconocía la secuencia de las dos proteínas, Perutz
propuso que la disposición similar de la hélice  de dos proteínas era
22
consecuencia de que ambas poseen secuencias de aminoácidos

similares. El descubrimientos posterior y su comparación entre
mioglobina y hemoglobina reveló que en todo la secuencia de ambas
proteínas se encuentran numerosos restos idénticos o químicamente
semejantes en posiciones idénticas. Las dos proteínas tienen funciones
similares: hemoglobina transporta oxígeno en la sangre y la mioglobina
DO
transporta oxígeno en el músculo.
RA
SG
PO
Figura 8. La estructura espacial con deferentes
estructuras secundarias (McMuray J. et al 2004)
DE
La estructura tridimensional presenta varias características. 1)

Muchas cadenas polipeptídicas, aminoácidos distantes en la
CA
estructura primaria se aproximan. 2) debido al eficaz

empaquetamiento al plegarse la cadena polipeptídica, las proteínas
TE
globulares son compactas (Urdiales,J. 2005). Durante este proceso la

mayoría de las moléculas de agua quedan excluidas del interior de la
proteína permitiendo las interacciones en tre los grupos polares y
IO
apolares. 3) las proteínas globulares grandes (es decir aquellas con

más de 200 residuos) suelen contener varias unidades compactas
BL
denominadas dominios (Trudy, M. y Mckee, J. 2 003). Los dominios

son segmentos estructuralmente independientes que poseen
BI
funciones específicas (unión de un ión o moléculas).
La estructura tridimensional se estabiliza por las interacciones

hidrofóbicas, interacciones electrostáticas, enlaces covalentes, y
puentes de hidrógenos.
23
 Interacciones hidrofóbicas: ocurren cuando los grupos R

hidrófobos se acercan debido a la exclusión del agua del interior
de la proteína.
 Interacciones electrostáticas: las interacciones electrostáticas son
fuertes (como las de cargas opuesta) o débiles (como ion-dipolo,
dipolo-dipolo y Van der Walls).
DO
 Las interacciones fuertes se producen entre los grupos iónicos de
carga opuesta: carboxílicos, carga negativa) con el grupo amino
RA
(carga positiva). Denominados también como puentes salinos,
estos enlaces no covalentes solo son significativos en las
regiones de la proteína donde esta excluido el agua, debida a que
SG
la energía que se requiere para eliminar las moléculas de agua de
los grupos iónicos esta cerca de la superficie. Las interacciones
PO
débiles son significativas en el interior de la proteína plegada y
entre las subunidades o en las interacciones proteínas-ligando
(proteínas que son constantes de varias cadenas polipeptídicas).
DE
Los ligando son moléculas que se unen a lugares específicos en

moléculas mayores, como la proteína, los bolsillos de la unión del
ligando son regiones sin agua de las proteínas.
CA
 Puentes de hidrógeno: se forman un número significativos de

enlaces hidrógenos en el interior de una proteína y sobre su
TE
superficies. Además de formar enlaces de hidrógeno entres ellas,

las cadenas laterales polares de los aminoácidos pueden
IO
interaccionar con el agua o con el esqueleto polipeptídica. De

nuevo, la presencia de agua permite la formación de enlace de
BL
hidrógeno con otras moléculas.

 Enlaces covalentes: las uniones covalente más destacadas en la
BI
proteína tridimensional son los puentes disulfuro, que se

encuentran en muchas proteínas extracelulares. En los ambientes
extracelulares estos enlaces protegen, en parte a la estructura
proteica de los cambios adversos de pH o de concentración
salina (Mercy, D. 1991). Las proteínas intracelulares no contienen
24
enlace disulfuro debido a las elevadas concentraciones

citoplasmáticas de agentes reductores.
La estructura terciaria se realiza de manera que los

aminoácidos apolares se sitúan hacia el interior y los polares hacia
el exterior en medios acuosos. Esto provoca una estabilización por
DO
interacciones hidrofóbicas, de fuerzas de Van der Waals y de
puentes disulfuro (covalentes, entre aminoácidos de cisteína
convenientemente orientados) y mediante enlaces iónicos.
RA
1.3.4. Estructura cuaternaria
SG
Generalmente las proteínas con alto peso molecular están
formadas por varias cadenas polipeptídicas y cada cadena se denomina
una subunidad proteíca. Estas subunidades pueden ser idénticas
PO
(proteínas oligoméricas) o diferentes (heteroméricas). Las subunidades
polipeptídica se ensamblan y se mantienen unidas por interacciones no
covalentes, como el efecto hidrófobo, electrostáticas, enlaces de
DE
hidrógeno y entrecruzamiento covalentes como se muestra en la fig. 9.
Existen varias razones para hallar proteínas con más de una

CA
subunidad: 1) la síntesis de subunidades individuales es más eficaz que

aumentar sustancialmente el tamaño de la molécula. 2) el reemplazo de
segmentos de aminoácidos dañados o gastados es más eficaz en
TE
subunidades independientes que en una supramolécula proteíca. 3) las

interacciones complejas de varias subunidades sirven para regular la
IO
función biológica de una proteína. (Martínez. J 1997).

BL
BI
Figura 9. Proteína hemoglobina, con sus

cuatro unidades polipeptídica (Mark et al
2008
25
1.3.5. La proteína G
La proteínas G esta situada en la parte interna de la membrana

plasmática que se unen alternativamente con los nucleótidos de guanina
(GDP y GTP) y tiene la función de transmitir las señales desde el
DO
exterior hacia el interior, vía receptores de membrana (acoplados a las
proteínas G), hasta adenilato ciclasa (se producen las polarizaciones
RA
en las moléculas), que cataliza la información dentro de la célula de
segundo mensajero AMP cíclico (Mark et.al 2008).
SG
La estructura de la proteína G es muy similar en todas y forman
complejos de unidades polipeptídica. La proteína G aislada de la
PO
membrana celular está formada por una cadena polipeptídica de 30000
a 35000 Daltons (Reina, M. 2003). Sin embargo, la estructura de esta
proteína está compuesto por tres subunidades diferentes: α (37 kDa),
DE
β(39-46 kDa) γ (8 kDa). Las subunidad α posee única disposición de

alta afinidad con GDP o GTP, de manera que la α-GDP se une
fuertemente al grupo de las proteínas βγ dando lugar al complejo
CA
αGDPβγ inactivo, y cuando los estímulos externos del ligando lo

polarizan a las moléculas del receptor, éste los atrae, en forma
instantánea a la proteína G, en ese instante se producen la unión de la
TE
subunidad α con GTP (Dawsen et.al 2005). Esta proteína se encuentra

en forma activa, por lo que αGTP se disocia de βγ, por un breve periodo
IO
de tiempo, y ambos grupos están separadas como αGTP y βγ, durante

ese proceso transmiten la información a segundos mensajeros.
BL
La actividad funcional de las proteínas G implica su disociación y

BI
reasociación en respuesta a señales extracelulares. En estado de

reposo, las proteínas G funcionan como heterodímeros que están unidos
a GDP y no están asociados con receptores extracelulares o con
proteínas efectoras intracelulares (la proteína G se encuentran en estado
de equilibrio estable).
26
Cuando un neurotransmisor (proteína secretada por las células

del sistema nervioso) se une a un receptor, dando lugar a un cambio
conformacional en el receptor, lo que provoca el acoplamiento de la
proteína G al receptor, esto altera la conformación de las subunidades
αβγ y conduce a: (1) al desplazamiento del GDP por el GTP uniéndose
DO
solamente con la subunidad α, (2) a la separación de las subunidades βγ
desde la proteína G, y (3) a la liberación de la unión receptor-proteína G.
RA
durante este proceso la subunidad α esta unida a guanosin trifosfato
(GTP), que biológicamente es activa y que puede regular la actividad
funcional de las proteínas efectoras dentro de la célula.
SG
Cuando el neurotransmisor es liberado del receptor y la
actividad de la Gtpasa que hidroliza al GTP se disocia, nuevamente la
PO
subunidad α vuelve a unirse con guanosin difosfato (GDP), regresando
a su estado de reposo. La acción posterior conduce a la reasociación de
las subunidades α (fosducina) libres con las subunidades βγ. Es decir,
DE
para restaurar el heterodímero original de la proteína G. sin embargo,

las proteínas G provocan la fosforilación por medio de proteínas
quinasas dependientes de AMPc y calcio-dependientes de los
CA
receptores de quinasas tirosina.

TE
Esta proteína se asocia con algunos receptores de los

neurotransmisores de los canales iónicos. En la mayoría de los casos, la
IO
subunidad α liberada por la interacción receptor-proteína G,

directamente abre o cierra un canal iónico específico, como en el caso,
BL
de receptores opiáceos (son receptores celulares para

neurotransmisores presentes en el sistema nervioso humano) (Herrera y
BI
Montero, 2005) Algunos de los receptores de los neurotransmisores han

demostrado su asociación con los canales de Ca2+ dependientes del
voltaje generados por diferentes tipos de proteínas G, aunque los
canales son inhibidos por esta interacción.
27
1.3.5.1. Fotorreceptores de la retina
El ojo humano es un órgano muy complejo que nos permite

ver. Para entenderlo, debemos primero entender la biología del ojo.
La pupila es una abertura que permite a la luz pasar al interior del
ojo. La pupila está controlada por el iris. El iris está cubierto por la
cornea (lente). El lente del ojo está colocado tras el iris. El lente
DO
enfoca la luz en la retina, está actúa como una pantalla y aquí se fija
la imagen en forma invertida y es absorbida
RA
SG
PO
Figura 10. Retina del ojo: conos y
bastones (Makelo, 1998)
DE
La estructura de los bastoncillos y conos, son de forma

cilíndrica casi para ambas células (los bastoncillos son tubos
CA
angostos llenos de aproximadamente 2 000 discos apilados que

contienen grandes cantidades de proteínas que absorben a la luz
TE
e inician la respuesta de excitación) están formados como

segmento externo, contienen a los pigmentos que detectan y
absorben la luz, así como toda la maquinaria molecular encargada
IO
de la transmisión de la señal y del inicio del impulso nervioso que

se dirige hacia el cerebro (Figura 10). La parte inferior del cilindro
BL
contiene los organelos y el núcleo, especializados en la

generación de la energía que requiere la célula para su
BI
funcionamiento y renovación de las moléculas necesarias en el

segmento externo (Bubis, 1993). Además, el segmento interno
incluye una terminación sináptica que provee la base para la
comunicación con otras células de la retina. La membrana externa
28
de la célula, por otro lado, sirve para convertir la señal química en

una señal eléctrica.
Embebido en la membrana lipídica de los discos de los

segmentos externos de los bastoncillos se encuentra el pigmento
visual denominado, rodopsina. La rodopsina contiene siete hélices
DO
que atraviesan la bicapa lipídica (Figura 11). Se identifica a la
rodopsina como uno de los miembros de la superfamilia de
receptores tipo serpentina, con la función de transmisión de flujo
RA
de información; están acoplados a proteínas enlazadoras de
nucleótidos de guanina o proteína G.
SG
La función de los fotorreceptores comienza con la
conversión de paquetes de energía electromagnética llamados
PO
fotones o cuántos de luz a una señal eléctrica que es analizada
por el cerebro (Makelo, 1998). Esta conversión es llevada a cabo
por las células fotorreceptores de la retina, que constituyen un
DE
conjunto de células especializadas que se localizan en la retina.
La excitación visual es la responsable de transmitir la señal

CA
luminosa a las otras proteínas en la ruta de señalización visual.

Por ello, se considera a la rodopsina como fotoexcitada o
fotoactivada (Bubis, 1993). El siguiente paso a la excitación visual
TE
es la activación de la proteína transducina por la rodopsina. La

transducina es una proteína periférica de la membrana que
IO
pertenece a la familia de las proteínas G heterotriméricas. Por

efecto de la luz, la rodopsina interacciona fuertemente con la
BL
transducina que está ligada a la GDP. La rodopsina promueve el

intercambio de GDP por GTP sobre la unidad alfa.
BI
1.3.5.2. Complejo proteico fotorreceptor.
La proteína fosducina forma de la proteína G y se encuentra

localizada la parte interna de membrana celular. Esta proteína en su
estado estable (inactivo o desfosforilado) se encuentra acoplado a
29
complejo tridimerico de la proteína G, como subunidades αβγ, y

acoplados a guanisin difosfato (GDP).
DO
RA
SG
Figura 11. Esquema representativo de la membrana neuronal
y integrada con 7 hélices transmembranales de la rodopsina.
PO
Se acopla a proteína G (García et al 2005)
La proteína fosducina inactivo esta unida al receptor rodopsina de

la membrana fotorreceptora. La traducción de los residuos
DE
neurotransmisoras por la excitación de luz electromagnética

produciendo la secreción de las sustancia aguanita, los mismos que
activan a la rodopsina produciendo polarización del complejo trimétrico,
CA
a través de la transducina. Este flujo energético hace que el complejo

trimétrico se polarice y se disocie en fosducina y complejo dimero βγ.
TE
Además de la liberación de la molécula GDP, de la fosducina (Bubis,

1993). Recién la subunidad α se une con la molécula GTP. Esta
enlazamiento energético de GTP da una emergía potencial química a la
IO
fosducina para activar a los segundos mensajeros.

BL
La función de la proteína fosducina ejerce un control sobre las

subunidades βγ y garantiza la activación de la proteína quinasa (es una
BI
enzima que modifica otras proteínas mediante fosforilación y

desfosforilación) que se unen a estos dímeros para transmitir la
información a los segundos mensajeros Adenosín Monofosfato Cíclico
(AMPc) para que llegue a la célula (.Martin, A. 2 003)
30
Este proceso dura un periodo de tiempo necesario para procesar

todo el mecanismo de transferencia de información a los segundos
mensajeros. Luego, después de un ciclo de actividad de la proteína
fosducina se produce la hiperpolarización por los moléculas inhibidos
como la subunidad γ, por lo que, la subunidad α se unen nuevamente
con las subunidades βγ, también con las moléculas GDP y además se
DO
produce la inactivación de los receptores por fosforilación.
1.3.6. Mecánica molecular
RA
La Mecánica molecular es una parte del modelado molecular, ya que
implica el uso de mecánica clásica newtoniana para describir las bases
SG
físicas tras los modelos. Los modelos moleculares describen
normalmente átomos (núcleos y electrones en conjunto) como cargas
PO
puntuales con una masa asociada. Las interacciones entre los átomos
vecinos (aminoácidos) son descritas por interacciones tipo "resortes"
(representando enlaces químicos) y Fuerzas de Van der Waals. El
DE
Potencial de Lennard Jones es mayormente usado para describir las

Fuerzas de Van der Waals.
Las interacciones electrostáticas son calculadas por la Ley de

CA
Coulomb. A los átomos se les asignan coordenadas en el espacio

cartesiano o en coordenadas internas, y también se les pueden asignar
TE
velocidades al realizar simulaciones dinámicas. Las velocidades

atómicas están relacionadas a la temperatura del sistema, una cantidad
IO
macroscópica. La expresión matemática completa se conoce como una

Función potencial Los métodos que minimizan la energía potencial, son
BL
conocidos como técnicas de disminución energética, mientras que los

métodos que crean el comportamiento del sistema con el correr del
tiempo son conocidos como dinámica molecular
BI
1.3.6.1. Interacciones débiles entre las moléculas
Enlace iónico (enlace iónico se define como un suceso,

cuando un átomo pierde o gana electrón de su última capa, por
31
ejemplo en el caso de los aminoácidos son grupos susceptibles a los

cambios de pH, por eso, en el pH de la célula, prácticamente ningún
aminoácido se encuentra de esa forma, sino que se encuentra
ionizado. Los aminoácidos a pH bajo (ácido) se encuentran
mayoritariamente en su forma catiónica (con carga positiva), y a pH
alto (básico) se encuentran en su forma aniónica (con carga
DO
negativa). Sin embargo, existe un pH específico para cada
aminoácido, donde la carga positiva y la carga negativa se
RA
encuentran en equilibrio, y el conjunto de la molécula es
eléctricamente neutro.
SG
Este comportamiento fue descrito por la ley de Coulomb (Hayt
y Buch, 2001). Todas las interacciones son de naturaleza protónica,
entendiendo como enlaces no covalentes en el comportamiento de
PO
los aminoácidos Estas interacciones son intensas a nivel de átomos
de las moléculas, estas garantizan la formación de los sólidos entre
las moléculas, fue difícil lograr la separación entre aniones y
DE
cationes, para el cambio de la estructura lineal de los aminoácidos de

la proteína, podemos observar al comportamiento de dos moléculas
ionizadas como en la Figura. 12
CA
TE
IO
BL
+ -
Figura 12 ionización de la moléculas H3N y COO
de los aminoácidos obedecen a la ley de Coulomb
(Hayt y Buch, 2001)
BI
1.3.6.2. La energía potencial molecular entre dos iones
Las moléculas altamente polares como los aminoácidos de la

proteína se atraen entre el grupo amino y el grupo hidroxilo mediante
32
un tipo especial de interacción dipolo – dipolo denominado enlace de

hidrógeno, en el cual los átomos de oxígeno o nitrógeno de una
molécula son atraídos hacia los átomos de hidrógeno de otras
moléculas. Estas son las fuerzas intermoleculares más potentes y
alcanzan energías hasta de 10 Kcal/mol por unidad de repetición.
Los enlaces de hidrógeno intermoleculares son responsables de las
DO
configuraciones en hélice, que se observan en la estructura
secundaria de la proteína (Raymod y Charles, 1997)
RA
La energía molecular de interacción entre dos iones de los
aminoácidos, está descrito por la relación:
SG
n q q
  (1)
i j
U ion
i, j1
k
d
PO
donde d es la distancia de separación entre los iones, k = 1/4пε, ε es
la constante dieléctrica de permeabilidad del medio acuoso de las
DE
moléculas de los aminoácidos. La sumatoria abarca a todas las

energías potenciales de los átomos ionizadas que corresponden a
los 20 aminoácidos de la cadena polipeptídica de la proteína.
CA
1.3.6.3. La energía potencial de interacción entre dos dipolos de

aminoácidos
TE
La interacción entre dos dipolos de aminoácidos es

inversamente proporcional al cubo de la distancia entre ellos
IO
(Jackson, 1 978)
BL
(2)
BI
donde μ1 es un dipolo eléctrico entre dos cargas de signos opuestos,

r es la distancia entre protones y los electrones polarizados. Es el
caso de las moléculas de los aminoácidos, tiene una carga total
neutra (igual número de protones que de electrones), presenta una
distribución asimétrica de sus electrones, se convierte en una
33
molécula polar, alrededor del oxígeno se concentra una densidad de

carga negativa
1.3.6.4. Fuerzas inducidas por la polarización de los aminoácidos
El dipolo constante de la molécula o grupo de átomos induce

en otra molécula o grupo de átomos con momento bipolar con el que
DO
interacciona. El momento bipolar inducido (Anexo F) por el campo
eléctrico es
RA
 
  E (3)
SG
donde χ es la polarizabilidad, (La polarizabilidad de los átomos se
define como la facilidad que presenta los átomos para la
separación de las cargas eléctricas por efectos del campo
PO
eléctrico. Un átomo o un anión es altamente polarizable si su
distribución electrónica puede distorsionarse fácilmente, como
ocurre cuando el orbital vacío o parcialmente ocupado de menor
DE
energía está próximo al orbital lleno de mayor energía)
De la ecuación (3) se dedujo como un tensor que describe

CA
al comportamiento de los aminoácidos lineales localizados en la

membrana celular, por efectos del campo eléctrico se produce
una polarización del conjunto de átomos de los aminoácidos en el
TE
interior de la célula, los efecto son descrito por el coeficiente χij

de polarizabilidad (tensor) esta dada por la ecuación
IO

  
n m

BL
i
 E j (4)
ij
i1 j1
BI
Consideramos al producto del tensor χij por el vector de campo

eléctrico Ej, Con esta ecuación expresamos para el sistema de
coordenadas para la formulación de algoritmo del lenguaje de
programación en bioinformática.
34
1.3.6.5. Puente de hidrógeno de los aminoácidos de la proteína
El puente de hidrógeno es la fuerza intramolecular que actúa

entre las moléculas de agua, es decir, este funciona como un enlace
débil entre dos moléculas polares. Un enlace de hidrógeno se forma
entre moléculas polares con hidrógeno unido covalentemente a un
átomo pequeño muy electronegativo, como flúor, oxígeno o nitrógeno
DO
( F-H, O-H, N-H ) y carbono.
Un puente de hidrógeno es en realidad una atracción dipolo (δ+)-
RA
dipolo (δ-) entre moléculas que contienen esos tres tipos de uniones
polares. Los enlaces de hidrógeno tienen solamente una tercera
SG
parte de la fuerza de los enlaces covalentes, como se muestra en la
Figura 13, pero tienen importantes efectos sobre las propiedades de
las sustancias en que se presentan, especialmente en cuanto a
PO
puntos de fusión y ebullición en estructura de cristal. Los compuestos
con mayor capacidad para formar puentes de hidrógeno son los más
electronegativos como N, O y F.
DE
CA
TE
IO
BL
BI
El agua es el disolvente biológico por excelencia. En disolución

acuosa los residuos hidrofóbicos de las proteínas se acumulan en el
interior de la estructura, mientras que en la superficie aparecen
diversos grupos con carga eléctrica, en función del pH del medio. En
torno a los grupos cargados, los dipolos del agua se orientan
35
conforme a la carga eléctrica de cada grupo, de tal manera que la

proteína presenta una capa de solvatación formada por el agua de
hidratación, que es el agua retenida por las cargas eléctricas de la
superficie de las proteínas (orientación del dipolo desde hidrogeno
hacia oxígeno), la familia de interacciones entre los dipolos
constituye la hélice de la estructura secundaria como se muestra en
DO
la Figura 5-b. Los aminoácidos polares sin carga también se
disponen en la superficie, donde interaccionan con el agua mediante
RA
puentes de hidrógeno.
1.3.6.6. Interacciones de Van der Waals
SG
Estas interacciones ocurren cuando las moléculas están muy
próximas. Todas las fuerzas de Van der Waals son cohesivas y
PO
varían con respecto a la distancia como 1/r6 (Copyright © 2008). Las
fuerzas de Van der Waals son consideradas como la explicación
molecular para las energías cohesivas (atractivas entre las
DE
moléculas) de los líquidos y son semejantes en magnitud a las

entalpías de vaporización de muchos líquidos, su valor aproximado
de la energía es de -41.84 kJ mol-1. Estas interacciones son
CA
dominantes en reacciones en donde la proximidad es importante y se

clasifican en:
TE
Interacciones dipolo-dipolo: ocurren cuando moléculas con

dipolos permanentes interactúan, los dipolos deben orientarse y son
IO
muy sensibles a la orientación, distancia y temperatura. Los dipolos

permanentes pueden inducir µ en una molécula neutra semejante a
BL
lo que sucede en las interacciones ion-dipolo.
Las interacciones dipolo-dipolo inducido, dependen de la

BI
polarizabilidad de la molécula neutra. Dipolo instantáneo, µ es una

medida dependiente del tiempo, por ello es capaz de inducir una
interacción dipolo inducido-dipolo inducido. A estas fuerzas se les
denominan fuerzas de London o de dispersión, estas fuerzas son
importantes en moléculas con una elevada proximidad y decaen
36
rápidamente a una distancia fuera de la proximidad entre las

moléculas.
La energía potencial de interacción entre dos átomos no

enlazados puede expresarse como la siguiente en función de la
distancia internuclear (Dunning, 1989)
DO
RA
(5)
El primer término del segundo miembro con una asíntota
SG
discreta que decrece en el primer cuadrante de color rojo
representa la energía potencial repulsiva es intensa por
solapamiento de los orbitales atómicos y el segundo término con
PO
un asíntota discreta localizada en el cuarto cuadrante de color
azul representa la energía potencial atractiva, es decir son fuerzas
de dispersión, ambas son de muy corto alcance y la asíntota que
DE
está localizada entre ambas energía con asíntota continua

representa a la energía de Van der Waals (Figura 14). En donde
Aij y Cij son constante para cada molécula. En la figura la función
CA
U(rij) = - Em representa a una mínima energía, a una distancia

internuclear de equilibrio req es una distancia muy corta, aquí
TE
predomina las fuerzas de dispersión (Todos los átomos, aunque

sean apolares, forman pequeños dipolos debido al giro de los
IO
electrones en torno al núcleo) y a distancias más grandes ambas

componentes decaen a cero rápidamente.
BL
BI
Figura 14 Energía potencial

de Van der Waalls 37
A medida que una molécula trata de ocupar el mismo espacio

espacial que la otra, entra en juego otro factor, la repulsión electrónica a
esto se le conoce como potencial de Lennard-Jones:
DO
1.4. Técnicas de espectroscopia para el estudio de la estructura de la
proteína
RA
La estructura desconocida es probable usar dos métodos
experimentales que permiten obtener la estructura de alta resolución de
SG
una macromolécula (es decir, el conocimiento de la posición de todos y
cada uno de los átomos que la forman). Se trata de la Cristalografía de
PO
Rayos X y la resonancia Magnética Nuclear (RMN) (Merritt y Settle,
1992). Aparte de estos dos métodos de alta resolución, en muchos
casos se puede emplear técnicas complementarias que permiten
DE
obtener determinados datos estructurales de baja resolución, como son

Microscopio Electrónica, Dispersión de neutrones, Interferómetro de
Transformación de Fourier, Dicroísmo Circular o espectroscopia de
CA
Infrarrojo y Raman.
Para este campo de espectroscopia se consideran las siguientes

TE
técnicas:
1.4.1. Resonancia Magnética Nuclear (RMN)

IO
La espectroscopia de Resonancia Magnética Nuclear (RMN)

BL
constituye una de las técnicas analíticas más utilizadas en la actualidad

para la elucidación estructural de las moléculas, así como para llevar a
BI
cabo estudios de tipo dinámico, cinético y conformacional. Se trata de

una técnica no destructiva cuyo campo de actuación no sólo se
circunscribe a la Química y Física, sino que encuentra cada vez más
aplicaciones en la Biología y la Medicina.
38
La espectroscopia de RMN permite el análisis molecular

estructural de compuestos que contengan átomos con momento nuclear
magnético de espín (Mcmurry, J. 2005). Fundamentalmente se utiliza
para la determinación de estructuras de compuestos orgánicos y
organometálicos. La RMN estudia el comportamiento de ciertos núcleos
atómicos en presencia de un campo magnético externo. La intensidad,
DO
forma y posición de las señales en el espectro de un núcleo determinado
están íntimamente relacionadas con su estructura molecular, por lo que
RA
un análisis detallado del espectro proporciona una valiosa información
acerca de la estructura del compuesto que lo origina (Manrique, 2006).
Por ello, esta técnica resulta ser de las más eficientes y útiles para el
SG
estudio de la estructura y dinámica de moléculas en disolución.
Ciertos núcleos atómicos, como el hidrogeno (1H), son

PO
intrínsecamente magnéticos. Tanto la rotación de un protón cargado
positivamente, como de otra partícula cargada que gira, genera un
momento magnético. Cuando se aplica un campo magnético externo, el
DE
momento magnético tomara cualquiera de las dos posibles orientaciones

(denominadas  ,  donde α < β). Diferencia de energía entre estos dos
estados es proporcional a la intensidad del campo aplicado
CA
La posición de excitación de cada núcleo se le conoce como

desplazamiento químico, el cual es empleado para identificar cada tipo
TE
de núcleo en una molécula. Las unidades del desplazamiento químico

son en partes por millón (ppm) , el cual se determina con la relación:
IO
BL
(7)
En donde νo es la frecuencia del núcleo a observar experimental y

BI
νref es la frecuencia de referencia del núcleo y νi es la frecuencia del

instrumento de medición (Rio, 2003). El desplazamiento químico de
núcleos como los mencionados anteriormente varía en cientos o miles
de Hz. Por ejemplo consideremos a una molécula sencilla, la alanina,
cuya estructura se muestra en la Figura 15. En ella se observa que
39
existen tres grupos de señales: una con desplazamiento químico en 5.77

ppm, la cual corresponde al protón del ácido y del NH2; la señal en 4.15
ppm corresponde al protón α del CH; y la señal que corresponde al metilo
que se encuentra en 1.55 ppm. Si la molécula es muy pequeña, la
determinación del desplazamiento químico puede ser suficiente para la
determinación estructural de la molécula. A medida que se incrementa el
DO
número de núcleos, la sobreposición de señales aumenta; por ejemplo,
en una proteína de 60 aminoácidos se tiene en promedio 500 núcleos de
RA
1H, de los cuales cada tipo de ellos darían una señal de RMN,
provocando que varias señales se traslapen e impidan una interpretación
rápida de los espectros.
SG
PO
DE
Figura 15 Líneas espectrales de alanina (García y Rivas 2 001)
Espectro de RMN de protón en una dimensión de la alanita

(García y. Rivas 2 001). Las señales de los metilos muestran el
CA
acoplamiento con el protón del metilo, por tanto se observa como un

doblete; el cual, a su vez muestra el acoplamiento con los tres protones
TE
del metilo, observándose un cuarteto. Los protones del COOH y NH 2 se

encuentran en el mismo desplazamiento químico sin acoplamiento
IO
escalar.
1.4.2. Cristalografía de rayos X.

BL
Con la técnica de cristalografía de rayos X se ha avanzado en el

conocimiento de la estructura y funciones de las proteínas, esta técnica
BI
ha permitido revelar la posición tridimensional exacta de la mayor parte

de los átomos de una molécula proteica, consideraremos algunos
aspectos básicos de este método. En primer lugar se requiere cristales
de la proteína que nos interese estudiar, puesto que la técnica requiere
la orientación precisa de todas las moléculas. Los cristales se obtienen
40
generalmente añadiendo a la disolución proteica. Sulfato de amonio u

otra sal concentrada, para disminuir su solubilidad. La mioglobina, por
ejemplo, se cristaliza en una disolución en sulfato de amonio. Una
adición lenta de sal favorece la formación de cristales ordenados en vez
de precipitados amorfos. Algunas proteínas se cristalizan con facilidad,
mientras que otras requieren muchos esfuerzos para encontrar las
DO
condiciones correctas de cristalización. Obtener cristales es un arte, los
especialistas invierten tiempo y tienen en él una perseverancia y
RA
paciencia, como también un toque magistral. Actualmente se consigue
cristalizar proteínas cada vez y más complejas. Por ejemplo el virus de
polio, tiene una estructura compleja de 8 500 kD, formada por 240
SG
subunidades proteicas rodeando un núcleo de RNA. Una vez
cristalizado el virus de polio, su estructura ha sido resuelta por el análisis
de difracción de rayos X.
PO
Los tres componentes requeridos en un experimento cristalográfico
por rayos X son: a) la fuente de rayos X, b) un cristal de proteína y c) un
DE
detector. Al acelerar los electrones contra una pieza de cobre, se

produce un haz de rayos X de longitud de onda de 1.54 Å. Un haz
estrecho de rayos X se hace incidir en el cristal proteico. Parte de este
CA
haz atraviesa el cristal sin ningún cambio de dirección. El resto se

dispersa en una serie de direcciones diferentes. Los haces dispersos
(difractados) pueden ser detectados mediante película fotográfica, de
TE
manera que el ennegrecimiento de la emulsión es proporcional a la

intensidad del haz de rayos X dispersado (Vásquez, 2003), o bien
IO
pueden serlo detectados por un detector electrónico de estado sólido.

Los principios básicos de este sistema en los que se apoya esta técnica
BL
son:
BI
a) Los electrones dispersan a los rayos X, la amplitud de la onda

dispersada por el átomo es proporcional a su número de
electrones. Entonces, un átomo de carbono dispersa con una
fuerza de seis veces mayor que un átomo de hidrógeno.
b) Las ondas dispersadas se recombinan. Cada átomo contribuye
a cada haz dispersado. Las ondas dispersadas pueden
41
reforzarse o anularse unas a otras en la película fotográfica o

en el receptor si quedan en fase o fuera de fase, es decir, si se
interfieren mutuamente.
c) La forma de ondas dispersadas se recombinan con la ayuda
del ordenador de los átomos.
El cristal de la proteína se superpone en un capilar y se sitúa en una
DO
orientación precisa con respecto al haz de rayos X y a la película
sensible. Los electrones dispersados por el cristal suministran una
RA
fotografía de rayos X en que existe una disposición regular de manchas
llamadas las reflexiones. La fotografía de rayos X muestra en una
sección bidimensional a través de una disposición tridimensional de
SG
unas 35 000 manchas de éste tipo. Se mide la intensidad de cada una
de las manchas y estas intensidades son los datos básicos de un
análisis cristalográfico por rayos X. el paso siguiente consistirá en
PO
reconstruir la imagen de la proteína a partir de las intensidades
observadas. En el microscopio o microscopio electrónico los rayos
difractados se enfocan mediante lentes para formar directamente la
DE
imagen. Pero no existen lentes para enfocar los rayos X. en su lugar, la

imagen se consigue aplicando una fórmula matemática conocida como
transformada de Fourier. Esta operación asigna a cada mancha una
CA
onda de densidad electrónica, cuya amplitud es proporcional a la raíz

cuadrada de la intensidad observada en la mancha. Cada onda también
TE
tiene una fase, es decir, un ritmo de cresta y de valles en relación a las

otras ondas. La fase de cada onda determina si refuerza o anula las
IO
ondas aportadas por las otras manchas. Estas fases se calculan a partir
de patrones de difracción bien conocidos y producidos por marcadores
BL
de referencia y constituidos por átomos pesados, como el uranio o

mercurio, introducidos en lugares específicos de la proteína
BI
1.4.3. Espectroscopia Raman
Es una técnica fotónica que se basa en el análisis de la pequeña

fracción de luz dispersada por la muestra al incidir sobre ella, el haz de
luz monocromático dispersada presenta unos cambios frecuenciales
42
(bandas Raman) respecto a la luz incidente que son característicos de la

composición molecular del material analizado. Concretamente, la
identificación de un material pictórico utilizando la espectroscopia
Raman se consigue mediante la localización de la posición frecuencial
de las bandas Raman presentes en su espectro. (McCreery 2000), El
conjunto de bandas Raman es característico y particular de cada
DO
material y permite la identificación unívoca del mismo. Así pues, una vez
obtenido el espectro Raman de una muestra y extraída la posición de las
RA
bandas que aparecen, si se comparan con las bandas características de
pigmentos como patrones conocidos, se puede identificar a cuál de ellos
corresponde. En el laboratorio de espectroscopia Raman se han
SG
obtenido y almacenado los espectros Raman de una amplia colección de
pigmentos patrones, por lo que se dispone de una extensa base de
datos para comparar con la información Raman contenida en el espectro
de un material bajo análisis. PO
Estudio de las vibraciones de nanopartículas por espectroscopia
DE
Raman en función de la potencia de excitación y la longitud de onda: Se

trata de detectar al cambio de frecuencia y la amplitud de vibración en
función de la longitud de onda y la potencia de excitación. Se utilizarán
CA
las líneas de un láser de argón criptón para sintonizar alrededor de las

frecuencias del plasmón (Espectroscopia de Plasmón Superficial es una
técnica basada en la interacción de radiación electromagnética con la
TE
interfase entre un metal y un dieléctrico) superficial localizado.

IO
Se espera que estos experimentos aporten información del

acoplamiento del plasmón con las vibraciones de la nanopartícula y la
BL
temperatura alcanzada en distintos medios en los que esta embebida la

nanopartícula. Se utilizará un microscopio acoplado al espectrómetro
BI
Raman para tomar mediciones de micro-Raman y disminuir así el efecto

de la distribución de tamaños en el campo biológico.
1.4.4. Espectroscopia de infrarrojo
Un nuevo tema de interés se está diseminando rápidamente a

través de los ámbitos analíticos y de la manufactura. Las discusiones
43
sobre la aplicación de Espectroscopia de Infrarrojo Cercano (NIR) a

menudo se dan en las agendas de las reuniones de producción,
proyectos, técnica, y aún de miembros directivos. Los ingenieros y
químicos son confrontados con mayor frecuencia con el desafío de
decidir si un instrumento NIR será la solución o no a sus problemas de
control de calidad productivo y otras cuestiones analíticas. ¿Hay
DO
realmente máquinas asombrosas que puedan determinar proteína,
grasa, humedad, fibra, almidón, nicotina, alcohol, azúcar, aminoácidos, o
RA
cualquier otro análisis que se requiera en un producto, desde materias
primas alimenticias a fertilizantes y alimento para animales, en menos de
un minuto, y de tan fácil manejo que aún un operario inexperto puede
SG
manipularlo
La palabra “espectroscopia” deriva de la raíz latina spectrum

PO
(apariencia, imagen) y la palabra griega skopia (significa ver). Esta
definición es más bien descriptiva de la medición espectroscópica en sí
misma; por ejemplo: ver una leve imagen procedente de una muestra
DE
En esencia, la tecnología NIR involucra luz interactuando con un

material, donde una radiación electromagnética ocurre en forma de
CA
ondas (Romero y Ferrer 2006). La longitud de onda es la distancia entre

los dos picos o puntos altos, y se indica con el símbolo λ. La longitud de
onda en el espectro NIR se mide normalmente en nanómetros (nm)
TE
donde 1nm = 10-9 m.

IO
Esa parte del espectro visible al ojo humano se extiende de

alrededor de 400nm á 800nm, mientras que el espectro infrarrojo se
BL
extiende de aproximadamente 2,500nm á 25,000nm. El infrarrojo

cercano es considerado esa parte del espectro situada entre la región
BI
visible y la región infrarroja. El rango de longitudes de onda que el NIR

cubre, está entre 750nm á 2,600nm (Groenewald, 2006). Esta técnica
usa como asignación de bandas de infrarrojo en proteínas. Bandas de
absorción del agua: intercambio isotópico. Estimación de cambios de
estructura secundaria en proteínas: análisis de ruido, Procesamiento de
datos y técnicas de aumento de resolución.
44
1.5. Simulación geométrica de la proteínas: modelamiento
1.5.1. Método estructural.
La simulación geométrica de las proteínas es explorado al

comportamiento espacial (tridimensional) de las macromoléculas a
través de la dinámica molecular, aún se hace análisis de la función de
DO
densidad electrónica, es decir la resolución de una estructura cristalina
(molecular, o no molecular) nos conduce a un modelo inicial, no
definitivo, que se describe por las posiciones relativas de los átomos
RA
que pueden representar mediante puntos o pequeñas esferas:
La interacción de la radiación electromagnética con la materia
SG
(Andrade, C. 2000) corresponde a uno de los aspectos más importantes
de la biología. A través de esa interacción obtenemos informaciones de
PO
la naturaleza microscópica de la materia de la cuál especulamos y
formulamos modelos con los cuales intentamos prever las posibles
tendencias a ser presentadas por sustancias de interés, conocidas o
DE
desconocidas.
CA
TE
IO
BL
BI
Figura 16. Posición de las moléculas en el espacio tridimensional: (a)

átomos representados por pequeñas esferas en el espacio tridimensional,
(b) complejidad de las moléculas en la estructura tridimensional. (c)
representa a la estructura cristalina (Moya, 2003)
45
Es a través de la espectroscopia y del conocimiento microscópico

de la materia, podemos investigar ADN, ARN y las proteínas la
constitución de la macromoléculas, su origen y sus límites
Se tiene el modelo estructural completo, con total manejo de

modelos esteroquímico e incluyendo el empaquetamiento cristalino, es
DO
necesario el uso de medidas experimentales, ya que, en general, se
dispone de un cierto aumento sobre determinación de la información
experimental (espectros de difracción). Por ejemplo, para una estructura
RA
de tamaño mediano, con unos 50 átomos independiente (se establece
como unidad asimétrica, es decir, en la parte que se repite por las
SG
operaciones de simetría). Además, se dispone de aproximadamente 2
500 factores de estructura, esto indica disponer de hasta 50
observaciones por átomo. Este superávit de información experimental
PO
normalmente no llega a estos limites en el caso de estructuras más
complejas, tales como ocurre en el caso de las macromoléculas.
Se considera a los parámetros fundamentales asociados a cada

DE
átomo en una estructura tridimensional son obviamente, las tres

coordenadas (x,y,z) posicionales de cada átomo referidas a los ejes del
sistema de referencia (celdilla elemental)
CA
1.5.2. Validación del modelo estructural.

TE
Existen una serie de mecanismos que ayuden a evaluar la

fiabilidad de un modelo estructural, y en términos cristalográficos se
conocen con el nombre de validación, de tal modo que el modelo
IO
estructural obtenido debe ser continuamente contrastado y validado

BL
mediante criterios estereoquímicas consistentes (Martínez, J 1997)). Es

decir, las distancias interatómicas y ángulos de enlace deben ser
aceptables. No lo sería, por ejemplo, una distancia C--- O de 0.8
BI
angström para un supuesto grupo carbonilo (C = O). y del mismo modo,

los ángulos de enlace, deben de ser consistentes con una geometría
aceptable. Estos criterios son muy restrictivos para los modelos
estructurales de compuestos de hasta mediana complejidad, pero
46
incluso en las estructuras de las moléculas deben de cumplirse unos

mínimos.
Por el carácter geométrico del enlace peptídico (enlace entre los

aminoácidos consecutivos), debe de cumplirse que el ángulo de torsión
en dicho enlace no debe desviarse mucho del valor aceptable para la
DO
conformación estructural que adoptan esos aminoácidos, tal como se
muestra en la denominada distribución de Ramachandran.
El giro en torno al enlace que une el carbono alfa con el siguiente
RA
carbono de la cadena lateral se mide con los ángulos Chi1. Los
sucesivos ángulos de torsión de la cadena lateral se denominan chi2,
SG
chi3,... Hay tres conformaciones alternadas del ángulo Chi1 que se
denominan gauche*, gauche- y trtans. Domina la conformación gauche+ y
después la trans. Los comportamientos de los ángulos chi1 de las
PO
cadenas laterales se deduce de la región Rimachandran .
DE
CA
TE
IO
BL
BI
Figura 17. Visualización del modelo estructural de la región Ramachandran

durante el plegamiento de proteínas de la cadena principal, también se
producen rotaciones de las cadenas laterales formando el ángulo chi más
estables (Mark, et al 2008)
47
En el plegamiento de la cadena polipeptídica se generan choques

estéricos (solapamiento de los radios de Van der Waals) al girar los
rotaremos Φ y ψ impide gran número de conformaciones (Figura 18).
Las conformaciones posibles se representan en el diagrama de
Ramachandran (Confrontaciones prohibidas)
DO
RA
SG
( c)
(a)
(b)
PO
Figura 18. En estas imágenes se observan el comportamiento de los choques de los planos
(d)
1.5.3. Algoritmos
de la cadena para ela)calculo
polipeptídica: de lasde
En la rotación estructuras
los planos elterciarias
choque son de los grupos CO,
b) al girar el rotámetro de los ángulos ф = 180º y ψ = 0 se producen choques de los grupos
DE
NH, c) en estaLa bioinformática

conformación es una
los grupos CO disciplina científica
lejos entre ellos y lejos emergente
de la cadena que
lateralutiliza
R, y
d) se producen los choques entre NH y CO (McMuray et al 2004).
la tecnología de la información para organizar, analizar y distribuir
información con la finalidad de responder preguntas complejas en
CA
biología (Zepeda, 2003 . Es un área de investigación multidisciplinaria,

la cual puede ser ampliamente definida como la interfase entre dos
ciencias: Biología y Computación. En la bioinformática, el acceso, uso y
TE
manejo de varios tipos de programas ha permitido la construcción de

modelos (algoritmos) para el manejo de los datos de las secuencias
IO
biológicas.
BL
Por otro lado, el banco de datos sobre proteínas (Protein Data

Bank, PDB,) es una base de datos en 3D sobre estructura de las
proteínas y ácidos nucleicos. Estos datos (tales como la secuencia de
BI
aminoácidos), generalmente obtenidos por las técnicas de cristalografía

de rayos x o resonancia magnética nuclear, son difundidos por biólogos
y bioquímicos de todo el mundo; son de dominio público y pueden ser
usados libremente. (Entrez, es un sistema que permite acceder a la
base de datos del Centro Nacional para la información de Biotecnología
48
ó Center for Biotechnology Information, NCBI). El NCBI, creado en 1988

como Centro Nacional para la información de la biología molecular, crea
bases de datos públicas, desarrolla herramientas de software para el
análisis de datos del genoma humano y difunde la información
biomédica, todo con la finalidad de lograr una mejor comprensión de los
procesos moleculares que afectan a la salud humana y la enfermedad;
DO
se encuentran disponibles desde 1993.
En el mundo de la informática existen varios sistemas que
RA
permiten gestionar bases de datos, muchos de ellos basados en el
leguaje que tiene fácil acceso a las redes o Internet. En la práctica,
SG
cualquier archivo que contenga información organizada según un
formato específico, puede considerarse como una base de datos
(Prosite, 2004). Por ejemplo: un archivo escrito en formato Fasta (fasta
PO
es un algoritmo o una herramienta desarrollada por Pearson y Lipman
para el alineamiento de secuencias de ácidos nucleicos y aminoácidos
de proteínas).
DE
El programa PROSITE consiste en las entradas de la

documentación que describen los dominios de la proteína, familias y
CA
sitios funcionales, así como patrones y perfiles asociados para

identificarlos. Además, PROSITE es complementado por ProRule, una
colección de reglas basadas en perfiles y patrones. (Abascal, 2005)
TE
Jmol versión 11.4: es un visor Java de código abierto para

IO
estructuras químicas en tres dimensiones con prestaciones para

compuestos químicos, cristales, materiales y biomoléculas. Su función
BL
es la visualización molecular de la proteína (Sayle, 1990).
Para el estudio de las estructuras de los aminoácidos de una

BI
proteína se ha recurrido clásicamente al uso de modelos moleculares

como las bolas y varillas que representan a los enlaces y a los átomos.
Con el uso de los ordenadores del programa de la bioinformática se
obtiene la visualización molecular de las imágenes tridimensionales de
49
las estructuras de las biomoléculas. La visualización molecular por

microordenadores se inicia con el programa Rasmol.
Mediante un ordenador se representa a la imagen tridimensional

de la estructura de una proteína. Es imprescindible conocer cuál es su
estructura tridimensional, es decir cómo están colocados todos o parte
DO
de sus átomos en el espacio. Esto significa conocer cuáles son las
coordenadas espaciales x,y,z de sus átomos, sus posiciones
(Sayle,1990). Conociendo estas coordenadas resulta posible entonces
RA
que un ordenador, por ejemplo, usando un algoritmo matemático, nos
ofrezca una imagen tridimensional de la misma.
SG
Las técnicas más utilizadas para elucidar la conformación
tridimensional de las moléculas son la difracción de rayos X y la
PO
Resonancia Magnética Nuclear (RMN) (Del Rio, 2002).
La técnica de difracción de rayos X requiere que la molécula se

halle perfectamente ordenada en un cristal (Padrón,1999) mientras que
DE
la Resonancia Magnética Nuclear (RMN) permite determinar estructuras

tridimensionales de moléculas en solución. Asimismo, la RMN permite
CA
determinar las posiciones de los átomos de hidrógeno, los cuales por ser
muy pequeños escapan a la longitud de onda de los rayos X y por ello,
las coordenadas obtenidas por difracción de rayos X no contienen las
TE
posiciones de los átomos de hidrógeno.
Los programas de visualización molecular por ordenador

IO
necesitan las coordenadas atómicas para poder representar la molécula.

BL
Las coordenadas están contenidas en archivos de texto que pueden

llegar a ser muy grandes (proteínas con 5000 átomos o más).
BI
Los algoritmos matemáticos están incorporados en los programas

de la bioinformática para poder visualizar a la estructura terciaria de la
proteína como por ejemplo, los programas Jmol y Java (NCBI, 1999)
50
1.5.4. Método de simulación computacional con campos de fuerzas elásticas
Se utiliza un campo de fuerzas, caracterizado por un conjunto de

ecuaciones que define como varía la energía potencial de la molécula
con las posiciones de los átomos que la componen. Este campo de
fuerzas requiere la utilización de parámetros como constantes de
fuerzas, longitudes de enlace (Leach, A. 2001), etc. Los electrones no
DO
son tratados explícitamente en este tipo de métodos. Los efectos
electrónicos se incluyen implícitamente a través de los parámetros. Este
RA
tipo de método es adecuado para estudiar fenómenos no reactivos,
especialmente en sistemas grandes, ya que su costo computacional es
menor que el de los métodos cuánticos. Por ejemplo la aplicación al
SG
estudio de las propiedades estructurales de proteínas.
La dinámica molecular se crea para simular el

PO
desencadenamiento de un sistema poliatómica en dependencia con el
tiempo. La dinámica molecular no es una simulación de la cinética
química, pues su naturaleza no es estadística y macroscópica sino
DE
casuística y molecular.
Todas las formas de dinámica molecular se basan en representar

CA
los sistemas moleculares comportándose de acuerdo con una ley de

movimiento. La más común es la segunda ley de Newton, donde la
fuerza aplicada sobre un sistema es proporcional a su aceleración o
TE
variación de su velocidad con el tiempo. Para un sistema aislado los

movimientos traslacionales de una partícula i dada, están descritos por
IO
la expresión de la segunda ley de Newton (Miriam y Kaiye, 2000).

BL
(10)
BI
Para el caso de N partículas, donde;
(11)
Siendo t el tiempo, mi la masa y ri vector de posición de una partícula

cualquiera i (Costa J. y López A. 2000).
51
Así, Fi es la fuerza resultante que actúa sobre una partícula dada i, a

partir de un potencial Vi creado por su interacción con todas las demás
partículas del sistema en un instante de tiempo dt.
a) El potencial se puede calcular por pares de partículas y es aditivo

b) No existen fuerzas externas
DO
Entonces:
(12)
RA
donde - = es el vector de posición relativa de la partículas y
SG
la fuerza de interacción que actúa sobre cada partícula es expresado
como:
PO (13)
DE
donde es la energía potencial de interacción entre dos

aminoácidos. Así, el problema se reduce a una ecuación diferencial de
movimiento (Mathiowetz y Goddard, 1994), tal que:
CA
(14)
TE
Correspondiente a cada partícula de masa m i y la posición dada

por el vector ri que interactúa con una energía potencial uij con cada
IO
una de las demás partículas j del sistema que se encuentran a una

BL
distancia. Así, las exigencias para poder realizar una simulación de

dinámica molecular son:
BI
 Se establece que la energía potencial que actúa sobre las partículas
individuales es suficientemente confiable

 Al resolver la ecuación de movimiento de los átomos, determinamos
las posiciones y velocidades de cada una de las moléculas en el
52
tiempo t, que están comprendidos en t + Δt, de tal manera, el

intervalo Δt es finito
1.5.5. Procesos de una simulación con dinámica molecular y Monte Carlo
Una simulación típica, tanto de dinámica Molecular como por

medio de Monte Carlo, implica la elaboración de un programa de
DO
computación cuyos elementos centrales se indican en la figura 19. Este
programa tiene las siguientes características:
RA
1.5.5.1. Inicialización del programa de dinámica molecular
SG
Una vez realizada la elección del modelo, es decir, el
ensamble del sistema y el potencial de interacción, entre otros, se
debe hacer una descripción molecular del sistema en cuestión,
PO
especificando las condiciones iníciales de la variables involucradas,
tales como posiciones de las partículas, temperatura, volumen,
densidad etc.. Dependiendo de las características del sistema a
DE
simular. En el caso de sólidos perfectos es costumbre poner

partículas inicialmente en sus posiciones de equilibrio en la red,
tomando como caja de simulación un múltiplo de la celda unitaria en
CA
cada una de las direcciones x, y, z. si se trata de un sólido con

defectos en la red cristalina, por ejemplo un borde de grano,
TE
entonces las partículas se ponen inicialmente en posiciones que se

suponen cercanas al equilibrio y se ocupa alguna técnica de
minimización (Physies World 1996).
IO
Las velocidades iníciales se especifican generalmente

BL
asignándoles a cada partícula una velocidad escogida al azar de una

distribución de Maxwell-Boltzmann. Estas velocidades iníciales
BI
pueden ser aisladas para obtener la temperatura deseada. El

momentum lineal y angular del sistema se iguala a cero.
Para el caso de sistema de líquidos y amorfos (vidrios) se puede

proceder de forma similar. Calentando gradualmente al sistema,
aparecen las oscilaciones, las velocidades de los átomos, y
53
variando las dimensiones de la caja de simulación, obtenemos la

temperatura y densidad deseada.
La correcta elección de las condiciones de borde es otro

aspecto que debe considerarse en la simulación. Para simular el bulk
es costumbre emplear condiciones de borde periódicas (CBP). En el
DO
caso de superficies libres u otros defectos es necesario considerar
otro tipo de condiciones de borde.
1.5.5.2. Generación de las configuraciones en dinámica molecular
RA
La generalización de la configuración en dinámica molecular
(DM) se obtiene integrando numéricamente las ecuaciones clásicas
SG
de movimiento que gobiernan el sistema, descrito por la ec (14). En
mecánica cuántica (MC) los sistemas se obtienen mediante un
PO
método de carácter estocástico. La evaluación de la energía
potencial (en MC) y las fuerzas (en DM) es la parte más costosa, en
términos de tiempo de computación, en una simulación. De hecho, el
DE
tiempo que se ocupa en integrar las condiciones es casi despreciable

al lado de éste. Para un sistema de N partículas, evaluar en forma
directa la integración de dos cuerpos requiere O(N2) de operaciones,
CA
mientras que para evaluar la parte de tres cuerpos requiere en

principio O(N3) de operaciones. De allí la necesidad de elaborar
técnicas que permitan ahorrar tiempo en esta tarea.
TE
Para moléculas como vecinos próximos, hasta ahora el tiempo

de computación que hemos guardado consiste en la evaluación de la
IO
energía y la fuerza, pero no se crea para N – 1 moléculas, sino para

BL
un número mucho menor. Sin embargo, para saber cual de las

partículas están a distancia mayor del corte, y por tanto, no
contribuyen ni a la energía ni a la fuerza, debemos examinar en cada
BI
paso de computación, por eso, la distancia entre todos los pares de

partículas en este intervalo de tiempo de esta operación es
proporcional a N2.
54
Método de Monte Carlo, es otro método usado para generar

configuraciones independientes en el espacio de fases denominado
“Método de Montecarlo”. Este es un método de carácter
probabilístico o estocástico, que hace uso intensivo de un generador
del número aleatorios para su funcionamiento. Precisamente su
nombre es en honor a la ciudad de Montecarlo, famosa por sus
DO
casinos, ruletas y juegos de azar, entre otras diversiones.
1.5.5.3. Análisis del comportamiento dinámico molecular en
bioinformática.
RA
Se trata de evaluar la posición espacial, la velocidad, y la
cantidad de movimiento de las moléculas (las propiedades físicas)
SG
producidos por efecto de interacciones electromagnéticas con los
aminoácidos (descrito por las ecuaciones de DM). Los efectos
promedios temporales PO
producidos con DM, a estos efectos (datos) se ejecuta tomando
sobre las diferentes configuraciones
generados por las rotaciones y la formación de los ángulos diedros
entre las moléculas. Los valores medios así obtenidas, consideradas
DE
durante un tiempo suficientemente largo, corresponden a los

promedios estadísticos sobre las interacciones de las moléculas con
el comportamiento energético del sistema.
CA
TE
IO
BL
BI
55
DO
RA
SG
PO
DE
Figura 19. Diagrama de flujo de simulación de dinámica molecular que representa a

los elementos centrales de un programa de simulación Computacional, donde x(t)
representa a la posición espacial de la molécula, v es la velocidad, y p(v) representa al
principio de conservación de la cantidad de movimiento, mientras Y(t): representa a la
CA
probabilidad de encontrar a la partícula en una determinada región del espacio (MC)
Para una evaluación del resultado existe una diferencia

TE
fundamental entre DM y MC, es decir, en la forma como generar las

trayectorias del sistema: descrito en DM y se hace por medio de
segunda la ley de Newton, lo cual permite calcular propiedades
IO
dinámicas, en MC se sigue un método probabilístico y por tanto no es

BL
posible un seguimiento a través del tiempo del sistema, excluyendo

así la posibilidad de calcular propiedades dinámicas.
BI
1.6. Justificación
La excitación visual de la retina es la responsable de transmitir la señal

luminosa para la polarización de los aminoácidos de otras proteínas en la
ruta de señalización visual. Las hélices de la rodopsina como fotoexcitada o
fotoactivada forman la orientación de los dipolos en la alteración y liberación
56
de las moléculas de la proteína transducina de Guanosin difosfato (GDP),

durante este proceso la presencia de los dipolos y de los neurotransmisores
activan la excitación de la proteína G y de los canales iónicos y se produce
la interacción atractiva entre los aminoácidos de la estructura de la proteína
fosducina con el guanosín trifosfato (GTP).
DO
Producido la excitación de los aminoácidos de la estructura primaria de
la proteína fosducina, como consecuencia, se originan choques, rotaciones
y vibraciones de los aminoácidos de esta proteína originándose la
RA
estructura secundaria de tipo helicoidal y en forma de láminas beta, durante
el enrollamiento de la cadena polipeptídica adquiere un equilibrio
SG
instantáneo denominado estructura terciaria. En este trance se producen las
inconveniencias y limitaciones porque no existen métodos teóricos
adecuados en la dinámica molecular para determinar la posición espacial
PO
de los aminoácidos excitados y su función apropiada en la transmisión del
flujo de información hacia el ADN del núcleo de la célula neuronal (Urtúbia,
2006). La investigación que se ejecutó con el análisis del procesamiento de
DE
los datos del PDB.
Para predecir la descripción, la comprensión e interpretación de la forma

CA
geométrica del plegamiento global de la cadena polipeptídica que

conforman la estructura terciaria de los aminoácidos de la proteína
fosducina. Además, el interés principal fue la visualización de la
TE
acumulación de los electrones en torno a los aminoácidos (átomos) que se

producen por efectos del enrollamiento de la cadena poli péptica
IO
denominado la estructura terciaria que se mantuvo por la interacción del

puente de hidrógeno. Durante este proceso es más probable que se
BL
produzcan la absorción o emisión del flujo de información (externa) hacia la

proteína G de ADN de la célula neuronal. Este comportamiento de la
BI
proteína fosducina fueron estudiados con el modelado de los algoritmos

(dinámica molecular) del programa de bioinformática de PDBSum y la
visualización espacial de los aminoácidos se hizo a través de los programas
CATH y Jmol (PDBSum, 2000).
57
1.7. Marco filosófico
Cómo reflexión crítica sobre el análisis conceptual de los ácidos

nucleicos. Los ácidos nucleicos son las sustancias fundamentales de los
seres vivos, y se cree que aparecieron hace 4600 millones de años cuando
surgieron en la Tierra las formas de vida más elementales (Vergara, 1997).
DO
Existen dos clases de ácidos nucleicos como: el ácido desoxirribonucleico
(ADN) y el ácido ribonucleico (ARN). Se cree que la molécula de ARN jugó
uno de los papeles más importantes en el origen de la vida en la Tierra. El
RA
descubrimiento de los ribosomas condujo a la teoría del “mundo del ARN”,
en el cual el ARN actuaba al mismo tiempo como almacén de información
genética y como catalizador del su propia replicación.
SG
Esto condujo presumiblemente al surgimiento del ADN contemporáneo
PO
y al mundo de las proteínas, donde al ADN actúa como almacén genético y
donde las proteínas se emplean como catalizadoras en la replicación
(Muellen, 2003). La molécula de ADN tienen un modelo estructura de
DE
doble hélice basado en los estudios de difracción de rayos X y en el

análisis de composición de bases de nitrógeno, carbono e hidrógeno. La
molécula de ADN muestra una orientación antiparalela y un emparejamiento
CA
de bases adenina – timina y guanina - citosina a lo largo de las cadenas

polinucleotídicas. Este modelo de ADN ofrece un sencillo mecanismo para
su replicación.
TE
La segunda categoría importante de ácidos nucleicos por su función

IO
genética es el ARN, que es similar al ADN con las excepciones de que

suelen ser de cadena sencilla, el azúcar ribosa remplaza a la desoxirribosa
BL
y la pirimidina uracilo remplaza a la timina. Las clases de ARN (ribosómico,

transferencia y mensajero) facilitan el flujo de información desde de ADN al
ARN y a las proteínas, que son el producto final de la mayoría de los genes
BI
(Klug y Cummings, 2000)
En la actualidad es posible consultar y estudiar la estructura de una gran

cantidad de proteínas en el servidor del Banco de Datos Cristalográfico de
Proteínas (Protein Data Bank), mediante el uso de programas se podrá
58
recuperar la información sobre la estructura de varias proteínas en

diferentes formatos. Estas imágenes nos ayudaran a entender mejor como
están estructuradas las proteínas. Según el modelo de la hemoglobina las
cuatro regiones de la proteína están representadas por cuatro cadenas
polipeptídicas independientes para construir la hemoglobina natural en su
estado activo.
DO
1.7.1. Ontología de los ácidos nucleídos
RA
Los ácidos nucleicos son moléculas muy complejas que producen
las células vivas y los virus. Mayormente los ácidos nucleicos están
situados en el citoplasma celular. y poseen dos funciones: 1) Transmitir
SG
las características hereditarias de una generación a la siguiente, 2)
Dirigir la síntesis de proteínas específicas (Dominguez, C. 2006). En esta
PO
concepción los ácidos nucleicos son las sustancias fundamentales de los
seres vivos.
1.7.2. Fenómeno lógico de ADN

DE
La hipótesis del origen del código genético que portan estas

moléculas es muy cercana en el tiempo al origen de la vida en la Tierra.
CA
En el campo de la bioquímica han llegado a descifrarlo, por lo tanto,

establecen la forma en que las secuencias de los ácidos nucleicos
dictaminan la secuencia de las proteínas.(Hermes,1990)
TE
1.7.3. Concepción epistemológica de la estructura general del ADN

IO
La investigación pionera que reveló la estructura general del ADN

fue llevada a cabo por los biofísicos británicos Francis Crack, Maurice
BL
Wilkins y Rosalind Franklin, y por el bioquímico estadounidense James

Watsón. Utilizando una cristalografía de difracción de rayos X de la
molécula de ADN obtenida por Wilkins en 1951, Crack y Watson
BI
elaboraron un modelo de la molécula de ADN, que fue completado en

1953. La estructura del ARN fue descrita por el científico español Severo
Ochoa y por el Bioquímico estadounidense Arthur Kornberg, Ambos
sintetizaron ADN a partir de distintas sustancias. Este ADN tenía una
estructura similar a la del ADN natural, pero no era biológicamente
59
activo. Sin embargo, consiguieron sintetizar ADN biológicamente activo

a partir de reactivos muy sencillos. Ciertos tipos de ARN tienen una
función diferente al de ADN, aquí toman como parte de la síntesis de las
proteínas que una célula produce (Raisman y González, 1998-2007)..
1.8. Problema
DO
Predicción con algoritmos del programa de bioinformática que
transforman los informes del banco de datos por homóloga para la
RA
generación de una estructura espacial de proteína.
Cómo se transforman las moléculas de las secuencias de los
SG
aminoácidos de la cadena polipeptídicas para formar una estructura
espacial de la proteína.
PO
Bajo qué condiciones se producen las interacciones entre las
moléculas de los aminoácidos de la cadena polipeptídica para
formar una estructura terciaria
DE
1.9. Hipótesis
CA
 El flujo de la información electromagnética produce la interacción a

las moléculas de los aminoácidos de la cadena polipeptídica,
TE
entonces se producen diferentes desplazamientos, rotaciones y

vibraciones de los átomos y la nueva ubicación espacial de los
IO
aminoácidos se denomina estructura terciaria de la proteína

fosducina y que esta posición espacial desempeñan funciones
BL
biológicos en el sistema nervioso.

BI
 Los datos experimentales del flujo de información en la estructura

tridimensional de la proteína fosducina depositadas en el banco de
datos de las proteínas (PDP) y con el uso de los algoritmos del
programa de bioinformática se procesa por homología a la estructura
primaria para obtener la posición geométrica espacial de la
estructura terciaria de la proteína fosducina y a este nivel se produce
60
el control de emisión y absorción del flujo de información

electromagnética para ser transmitidos a los segundos mensajeros
de las células nerviosas.
 Los efectos de las interacciones débiles de los aminoácidos de las

proteínas producen cambios a través de la cadena polipeptídica
DO
espacial generándose diferentes dominios globulares compactos,
uno de los dominios están formados por las hélices alfa y la otra esta
formada por las hojas beta denominado dominio GTPasa
RA
1.10. Objetivos
SG
1.10.1. Objetivo general
Predecir la estructura tridimensional de la fosducina por
PO
homología usando algoritmo bioinformáticos de programa Swiss –
Model
1.10.2. Objetivos específicos.

DE
 Determinar con el modelamiento por homología la formación de

la estructura secundaria de hélice alfa, hoja beta y los giros de
CA
la cadena polipeptídica.
 Determinar el tipo de celda unitaria de la proteína fosducina con
el modelamiento del programa de bioinformática RCSB.
TE
 Analizar el comportamiento de las fuerzas de interacción (Van

der Waals, dipolos, puentes de hidrógeno y puentes de
IO
disulfuro.
 Analizar con el modelado del programa de bioinformática la
BL
rotación y los giros de los aminoácidos de la cadena

polipeptídica de proteína fosducina.
BI
 Determinamos los dominios y motivos de la fosducina.
61
2. Materiales y métodos
2.1. Muestra de estudio
La muestra esta representada por la proteína fosducina extraídas de

las células de la retina de bobino y su secuencia proteica fue publicada por
Lee y Col (1990). La fosducina forma parte de la población de proteína G
DO
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15
1 Met Glu Lys Ala Lys Ser Gln Ser Leu Glu Glu Asp Phe Glu Gly 15
RA
16 Gln Ala Ser His Thr Gly Pro Lys Gly Val Ile Asn Asp Trp Arg 30
31 Lys Phe Lys Leu Glu Ser Glu Asp Ser Asp Ser Val Ala His Ser 45
SG
46 Lys Lys Glu Ile Leu Arg Gln Met Ser Ser Pro Gln Ser Arg Asp 60
61 Asp Lys Asp Ser Lys Glu Arg Phe Ser Arg Lys Met Ser Val Gln 75
PO
76 Glu Tyr Glu Leu Ile His Lys Asp Lys Glu Asp Glu Asn Cys Leu 90
91 Arg Lys Tyr Arg Arg Gln Cys Met Gln Asp Met His Gln Lys Leu 105
106 Ser Phe Gly Pro Arg Tyr Gly Phe Val Tyr Glu Leu Glu Ser Gly 120
DE
121 Glu Gln Phe Leu Glu Thr Ile Glu Lys Glu Gln Lys Ile Thr Thr 135
136 Ile Val Val His Ile Tyr Glu Asp Gly Ile Lys Gly Cys Asp Ala 150
CA
151 Leu Asn Ser Ser Leu Ile Cys Leu Ala Ala Glu Tyr Pro Met Val 165
166 Lys Phe Cys Lys Ile Lys Ala Ser Asn Thr Gly Ala Gly Asp Arg 180
181 Phe Ser Ser Asp Val Leu Pro Thr Leu Leu Val Tyr Lys Gly Gly 195
TE
196 Glu Leu Leu Ser Asn Phe Ile Ser Val Thr Glu Gln Leu Ala Glu 210
211 Glu Phe Phe Thr Gly Asp Val Glu Ser Phe Leu Asn Glu Tyr Gly 225
IO
226 Leu Leu Pro Glu Lys Glu Met His Val Leu Glu Gln Thr Asn Met 240
BL
241 Glu Glu Asp Met Glu
Esta secuencia de aminoácidos fue usada para el análisis del

BI
modelamiento proteíco mediante algoritmos bioinformáticos.
62
2.2. Programas bioinformáticos
Varios programas y algoritmos fueron usados para obtener la estructura

secundaria y terciara de la proteína fosducina. Estos se encuentran
disponibles en website swissmodel.expasy.org/SWISS-MODEL en el banco
de datos la fosducina forma parte del complejo de proteína G, constituido
DO
por tres subunidades: α,β,γ. La subunidad alfa se conoce con el nombre de
fosducina la subunidad β es la transducina, la tercera subunidad es el
mismo γ. A continuación se presenta un diagrama del procedimiento y los
RA
programas que se han usado para el modelamiento de la fosducina en la
website citada.
SG
PO
DE
CA
TE
IO
BL
BI
Figura 20. Diagrama del flujo de Swiss-Model para el Ingreso a la base de datos de la
secuencia de aminoácidos de la proteína: (A): programa RCSB vinculado con el programa
Fasta, a través de éste nos permitió obtener la secuencia de aminoácidos (muestra de
estudio) presentados con tres subunidades de la proteína G. También se obtuvo a la tabla
7 con los datos de la distancia relativa. (B) Es un programa que vincula al programa Jmol
que nos presenta sus vínculos para describir a las subunidades del complejo de proteína
G,
Una descripción breve de los programas usados se detalla a continuación.
63
2.2.1. Programas bioinformáticos
2.2.1.1. Swiss – Model
Es un servidor central que interconecta los programas del

modelamiento, con sede en la Universidad Basilea de Suecia.
Además contiene el banco de secuencia de aminoácidos de más de
DO
80,000 proteínas (PDB) (Schwede, 1998). El acceso al servidor es
libre y los investigadores envían las secuencias de aminoácidos para
ser almacenadas, estando disponible para cualquier interesado en
RA
investigar una proteína. En la página principal se visualiza el Centro
de suizo Bioinformático (SIB) y el centro del Grupo Experimental de
SG
Investigación de Glaxo (Biozentrum) que mantienen la website. Se
entra al servido de la SIB.
2.2.1.2. SIB
PO
Este servidor también puede ser accesado directamente por la
dirección ,www.isb.sib.ch.. La pagina proporcionada varias ventanas
DE
opcionales como servidores, linker, etc. Se selecciona la opción

services & facilities y nos proporciona la entrada a la base de datos
donde encontramos el programa Prosite
CA
2.2.1.3. DataBase: Prosite

TE
Proporciona el banco de datos de las secuencias de aminoácidos de

las proteínas, específicamente en la opción by prorule-descriptions.
IO
2.2.1.4. ProRule Descriptions.

BL
Las proteínas están clasificadas alfabéticamente, encontrando a la

proteína G con dominio Gamma en los códigos PRU00592 o
BI
PS50058, siendo treces proteínas: 1AOR, 1B9X, 1B9Y, 1GG2,

1GOT, etc. La fosducina tiene el código 1AOR (Anexo A).
64
2.2.1.5. PDB structure viewer
El programa muestra las características básicas de la

información en forma detallada de la proteína G de membrana
que está constituida por las subunidades péptidos alfa (G), beta
(G) y gama (G). Se selecciona la opción PDB entry para
DO
levantar la secuencia de aminoácidos de las subunidades G
(ventana PDB code: 1AOR), incluyendo los programas de
modelamiento. A seguir, se selecciona la opción que nos permite
RA
el acceso al programa RCSB y PDBsum (Anexo Tabla B-1).
SG
2.2.1.5.1. Programa RCSB (A)
En este subprograma encontramos varios programas
PO
vinculados como el FASTA que nos permite obtener la secuencia
de aminoácidos de las tres subunidades de la proteína G.. Con
este programa se obtuvo la tabla 4 con los datos de la distancia
DE
relativa de los enlaces entre los átomos C-O, C-C, C-O, etc.
2.2.1.5.2. PDB Sum

CA
En la pagina inicial de este subprograma se observa las

TE
opciones del programa Jmol donde se señala la descripción de

las subunidades del complejo proteína G, con 65, 340 y 188
IO
aminoácidos analizados. También se observa la figura 3D de este

complejo. Aquí es seleccionada la secuencia con 188
BL
aminoácidos que corresponde a la estructura de la proteína

fosducina (Anexo Tabla B-2).
BI
2.2.1.5.2.1. Jmol
Es un programa que permite visualizar la

estructura químicas en tres dimensiones (3D) como el
65
de las proteínas y la figura que se observa al entrar al

programa representa la estructura secundaria de la
fosducina (Anexo Tabla B-3). La estructura como la
hoja plegada, horquilla, giros beta, gama,
interacciones entre hélices y otras se obtiene con
este programa (figuras 23, 26, 27, 30 y 31).
DO
2.2.1.5.2.2. CATH.
RA
Es un programa que clasifica a las proteínas
considerando los dominios estructurales de la proteína.
SG
Agrupa a las proteínas en cuatro niveles jerárquicos:
Clase, Arquitectura, Topología y Homólogos de
superfamilia (Orengo y col. 1997).
PO
La clase (C) está determinada de acuerdo a la
composición y estructura secundaria de embalaje
dentro de la estructura. Arquitectura (A) se caracteriza
DE
por describir la forma general del dominio de la

estructura determinada por las orientaciones de las
estructuras secundarias, pero están relacionadas por
CA
conexión entre las estructuras secundarias; Topología

(T) son estructuras que se agrupan en grupos de
TE
aproximaciones en función de la forma y la

conectividad global de las estructuras secundarias.
IO
Esto se hace usando el algoritmo de comparación de la

estructura y finalmente, los Homólogos de superfamilia
BL
(H) Este nivel agrupa a los dominios de proteínas que

comparten un ancestro común y, por lo tanto, puede ser
BI
descrito como homóloga (Chaput, 2004).
2.2.2. Estructura secundaria y terciaria
Los aminoácidos de la secuencia de fosducina fueron procesados

con el software del programa de PDBSum para obtener las estructuras
secundaria y terciaria. Después de este proceso, se obtuvo la estructura
66
secundaria de la proteína fosducina, con la hélice, hoja β y los ángulos

de giro. Además, se usó una técnica para encontrar el numero de
aminoácidos en una vuelta completa de la estructura helicoidal
(Granados, 2004), definido por la relación Hi = n x h , donde: n= 1, 2,3…
es el número de los aminoácidos por vuelta o paso de hélice (n = 3.6 aa
por vuelta); h es la elevación o distancia entre dos aminoácidos
DO
consecutivos y Hi es la distancia total de la hélice alfa formado por los
aminoácidos.
RA
La visualización (Hernández, 2000) de la imagen espacial de la
estructura terciaria de la proteína fosducina se obtuvo con el programa
SG
Jmol.
2.2.3. Celda unitaria
PO
La estructura 3D de las proteínas se pueden predecir analizando
la forma cristalina de la molécula con difracción de rayos X (PDB. 2004).
La forma cristalina esta definida por unidades repetitivas de aminoácidos
DE
que constituye una red uniforme (cristalina). Donde los átomos y

moléculas tienen una organización de celda unitaria (figura 21a).
Analizando una pequeña porción que contengan el patrón de
CA
ordenamiento podemos predecir el ordenamiento espacial de todas las

moléculas en la proteína que se está investigando (Brownn, F. 1966).
Esta porción toma el nombre de celda unitaria (cuadrado en la figura
TE
21a). La celda unitaria tiene tres ejes de coordenadas (a,b y c) con sus
respectivos ángulos σ, φ, Φ (figura 21b). Con esta nos permite ubicar la
IO
posición 3D de los átomos en la proteína.

BL
La secuencia de aminoácidos de la fosducina fue procesada con

el programa RCSB del Swiss model para obtener la celda unitaria. En el
BI
caso de la fosducina, la celda unitaria es de tipo ortorrómbica (Brownn,

F. (1966) que tiene la características de presentar ejes desiguales (a,b,c)
y ángulos iguales (σ, φ, Φ), figura 21b. La figura 21 c presenta una
representación de la celda.
67
Figura 21. (a) átomos de una red cristalina de fosducina, b) Celda unitaria de
DO
una red cristalina ortorrómbica a ≠ b ≠ c; y los ángulos σ = φ = Φ = 90º (c)
Construcción de la red tridimensional con la celda unitaria ortorrómbica de
estructura de la proteína fosducina (Frederick, B.1966)
Se verifica la ubicación de la posición espacial de la hélice alfa de
RA
la proteína fosducina (fig. 21 c) localizado dentro de celda unidad
descrito por esta definición
SG
R = r cos(θn)ex + r sen(θn)ey + nL ez
Donde ex, ey, y ez son vectores unitarios, indican la orientación

PO
espacial de la hélice alfa entre dos planos consecutivos de cadena
polipeptídica y Rn representa al vector de posición espacial de la hélice
dentro de una celda unidad.
DE
Mientras que r es la distancia del eje central de la hélice a la

posición del nitrógeno donde se genera el puente de hidrógeno.
CA
TE
IO
BL
BI
68
3. Resultados y discusión
3.1. Estructura primaria de fosducina.
Analizamos la estructura primaria de la proteína fosducina, en estado

de equilibrio estable que esta constituida por 245 aminoácidos, la secuencia
de los aminoácidos se encuentra en website (SIB). La Tabla 2 presenta los
DO
resultados del agrupamiento de los aminoácidos por sus características
fisicoquímicas, obteniéndose cuatro categorías: aminoácidos hidrofóbicos
con 9 tipos diferentes y 104 aminoácidos (42%); grupo hidrofílicos con 6
RA
tipos y 61 aminoácidos (25%); grupo básico con 3 tipos y 35 aminoácidos
(14 %); grupo ácido con 2 tipos y 45 aminoácidos (18 %). La Leu, Glu y Trp
SG
con mayor (12.6 %, 12.2 % y 0.04 %) y menor frecuencia en la proteína
fosducina y pertenecen a los grupos hidrofóbicos y ácidos.
PO
Estos indican que la fosducina esta constituidos por aminoácidos
hidrofóbicos y con contenido de aminoácidos del grupo ácidos (18 %). La
Ser y Gln son los aminoácidos más frecuentes en el grupo hidrofílico. La
DE
Lys y el Glu están representados con un 12.24 y 8.16%.
La figura 22 muestra la frecuencia relativa de los 20 aminoácidos,

donde observamos que los cuatro aminoácidos más frecuentes en la
CA
fosducina son Leu, Glu, Ser y Gly con 104 aminoácidos (42 %), cada
aminoácido pertenecen a grupos diferentes. Los aminoácidos menos
TE
representativos son Trp (0.04%), Pro y Cys (2%).
Los aminoácidos hidrofóbicos poseen las características de presentar

IO
a la cadena lateral de los aminoácidos como: Leu, Gly, Val, Ile, Phe, Met,
Pro y Trp. Además, poseen algunas características químicas: su cadena
BL
lateral. El tipo aromático o alifático tiene estructuras cíclicas con

hidrocarburos insaturados. El grupo alifático, pertenecen a los
BI
aminoácidos no aromáticos, como: con cadena hidrocarbonada saturada
69
Tabla 2 Características fisicoquímica de los aminoácidos de la fosducina.
Aminoácidos Código con Código con Frecuencia %

tres letras una letra Absoluta
Alanina Ala A 9 3.60
Glicina Gly G 14 5.70
Grupo hidrofóbico Fenilalanina Phe F 10 4.10
(9 tipos de aa, Isoleucina Ile I 11 4.40
equivale a 42 %) Leucina Leu L 31 12.56
DO
Metionina Met M 9 3.60
Prolina Pro P 5 2.00
Valina Val V 14 5.70
Triptófano Trp W 1 0.04
Grupo hidrofílico Asparragina Asn N 7 2.80
RA
(6 tipos de aa, Cisteína Cys C 5 2.00
equivale a 25 %) Glutamina Gln Q 12 4.80
Serina Ser S 22 8.98
Treonina Thr T 9 3.60
SG
Tirosina Tyr Y 6 2.40
Grupo básico Histidina His H 6 2.40
(3 tipos de aa, Lisina Lys K 20 8.16
equivale a 14 %) Arginina Arg R 9 3.60
Grupo ácido, 2 tipos

de aa, con18 %)
Aspartato
Glutamato
Asp
Glu
PO D
E
15
30
6.10
12.24
DE
Hay que destacar a la prolina como un aminoácido excepcional

de los demás aminoácidos de la cadena lateral, porque está unida al
carbono alfa y al nitrógeno del grupo amino formando un añillo
CA
estructural y cuya función es oponerse al enrollamiento ((plegamiento)

de la cadena polipeptídica y tiende a desactivar la polarización de la
fosducina, regresan a su estado natural inactiva.
TE
La Met y la Cys tienen un átomo de azufre en su estructura

IO
química y ambos aminoácidos generan puentes de disulfuro entre

cadenas adyacentes de la proteína. Esto lleva a que la molécula tiene
BL
una mayor estabilidad de la estructura tridimensional. Además, el grupo

sulfhídrico (-SH) de la cisteína pueden formar enlaces de hidrógeno
BI
débiles con el oxígeno y el nitrógeno, que también favorece la

estabilidad 3D de la fosducina.
La polaridad de los ácidos aspártico y glutámico (formas aminas y

ácidas) llevan a la inestabilidad eléctrica de la proteína, ocasionando
70
rotaciones en la cadena polipeptídica para generar la estructura

secundaria y por ende la terciaria.
Leucina
Ácido glutamico
Serina
Lisina
DO
Acido aspartico
Valina
Glicina
Glutamato
RA
Isoleucina
Fenilalanina
Arginina
Treonina
SG
Metionina
Alanina
Asparagina
histidina
Tirosina
Cisteína
Prolina
Triptófano
PO
0 5 10 15 20 25 30 35
DE
Figura 22.Frecuencia absoluta de los aminoácidos con mayor presencia en toda la cadena
polipeptídica de la estructura primaria de fosducina.(datos de PDB).
CA
Además el comportamiento de Glu y Leu como aminoácidos más

TE
frecuentes en la proteína fosducina, generan mayor estabilización de la

estructura terciaria de la proteína. Por lo tanto, pueden formar enlaces
IO
iónicos con los aminoácidos ácidos.
3.2. Estructura de la celda unitaria

BL
La forma cristalina de la proteína esta conformada por unidades

repetitivas llamada celda unitaria. Si conocemos los ejes reticulares y sus
BI
ángulos facilita determinar la posición espacial de todos los aminoácidos en

la proteína.
Los tamaños de los ejes de coordenadas y sus ángulos de la celda

unitaria fueron determinados con el programa RCSB y las medidas son: a =
71
76.09 Å; b = 87.91 Å, c = 98.74 Å; y los ángulos σ = φ =Φ= 90º. Por lo

tanto, es una celda unitaria ortorrómbica de la red cristalina de fosducina,
como en la figura 23 el aminoácido Leu155 esta dentro de una celda
unitaria ortorrómbica de la proteína fosducina, entonces constituye una base
reticular de la estructura de la hélice alfa (figura 21b) con los valores de “a”,
“b” y “c” citados anteriormente
DO
3.3. Estructura secundaria
El modelamiento de la estructura secundaria fue obtenido usando los
RA
programas PDBsum y Jmol. La primera información por el modelaje fue la
estructura secundaria de la fosducina (figura 23), y está basada en el
SG
análisis de semejanza de 188 aminoácidos de un total de 245, (con 57
aminoácidos sin participar en la estructura). Estos últimos aminoácidos
están en las posiciones del 1al 12, del 37 al 68, y del 231 al 245 en la
cadena polipeptídica (Anexo C). PO
DE
L1 L2
CA
L3 L4 L5
TE
IO
BL
Figura 23. La estructura secundaria de fosducina fue simulada con los algoritmos del
programa PDBSum. Con 188 aminoácidos contrastados: a) en la cadena polipeptídica
BI
hay 8 hélices (enrollados) distribuidos discretamente a lo largo de cadena y simbolizado

con las letras H1, H2, H3,. . ., H8, b) se tiene 5 flechas distribuidas aleatoriamente a lo
largo de cadena y simbolizada con la letra Li,(i = 1,2,3,4,5) esto representa a la hoja
beta de la proteína fosducina, c) grupo de los giros β γ los giros ; d) lazo horquilla
beta esta simbolizado
72
En la figura 23 se observa la evolución de la estructura secundaria

durante el proceso de polarización eléctrica de los aminoácidos. Esto se
obtuvo como resultado del modelamiento por homología y comparación de
secuencias estructurales similares de proteínas conocidas (Hemoglobina,
globina, etc.) y la desconocida (fosducina).
DO
La figura 23 presenta todas las estructuras secundarias de manera
esquematizada del modelamiento de la proteína
RA
3.3.1. Hélice alfa.
Ocho hélices tienen la fosducina denominadas H1, H2, H3, . . ., H8.
SG
Tres de ellas fueron de mayor extensión (H1: representa a 15 aa que
inicia con Gly21 a Glu35; H3: 19 aa que inicia con Glu87 hasta Leu105; y
H5: 14 aa que inicia con Gly148 al Glu161). Las hélices de menor
PO
extensión son H7 (9 aa que inicia con Val204 a Glu207) y H 6 (4 aa que
inicia con Ala172 a Thr 175).
DE
La primera hélice se inicia con el primer aminoácido Gly21, y su

extremo final de la hélice termina Glu35; la secuencia de estructura
polipeptídica tiene 15 aminoácidos (Gly Pro, Lys, Gly, Tyr, Ile, Asn, Asn,
CA
Trp, Arg, Lys, Phe, Lys, Leu, Glu). Además, está hélice posee 3.67
aminoácidos por vuelta. La elevación de la primera y la segunda vuelta
de la hélice es 1.42 nm, La hélice posee 4.0887 vueltas en total y su
TE
longitud total de la hélice fue 21.34 nm. También se observa en la

estructura de la hélice la presencia de prolina que dificulta su rotación.
IO
La letra G de la cuarta columna y octava fila representa a la

BL
hélice más pequeña y está conformada por los aminoácidos Val204 a

Gln207. Está hélice estuvo conformada por 4 aminoácidos consecutivos
BI
y con 3.37 aminoácidos por vuelta y 1.74 Å de elevación por vuelta. La

altura total de la hélice es 6.96 Å que ocupa el último lugar en tamaño
que otras hélices, a este tipo de hélices se conoce con el nombre de
hélice de tipo G.
73
La tabla 3 presentan las características de los ochos de las

hélices que están indicados a través de los parámetros: Nº, simboliza al
número de aminoácidos que conforman cada hélice; Hi, representa al
tamaño de cada hélice, hi es la altura entre la primera y segunda vuelta
de la hélice; Ҝn simboliza al número de aminoácidos por vuelta y
finalmente, Ns representa a la secuencia de aminoácidos de la hélice.
DO
Tabla 3 Representa a la estructura secundaria y terciaria de las hélices de la proteína fosducina
agrupadas en ocho subconjuntos de aminoácidos de la cadena polipeptídica.
RA
N (aa) (aa) Hi Nº Hi hi Ҝn Ns; Aminoácidos (aa)
inicio final (aa) (nm) (nm)
1 Gly 21 Glu 35 H1 15 21.34 1.42 3.67 GPKGYINDWRKFKLE
SG
2 Val 74 Ile 80 H2 7 11.34 1.62 3.56 VQEYELI
3 GLU 87 Leu 105 H3 19 29.28 1.53 3.66 ENCLRKYRRQCMQDMHQKL
4 Gly 120 Glu 128 H4 9 14.01 1.56 3.58 GEQFLETIE
5
6
7
Cys 148
Ala 172
Val 204
Glu
Thr
Gln
161
175
207
H5
H6
G
14
4
4
7.01
6.96
PO
20.71 1.47
1.75
1.74
3.53
3.85
3.37
CDALNSSLICLAAE
ASNT
VTEQ
8 Thr 214 Asn 222 H7 9 14.16 1.51 3.67 TGDVESFLN
DE
Σ 81
La hélice H2 de tercera fila de la tabla 3 esta conformada por 7

CA
aminoácidos, al rotar generan una hélice y están compuestos por los

aminoácidos: valina, glutamina, ácido glutámico, tirosina, la lisina y la
TE
isoleucina. La hélice tiene 3.56 residuos por vuelta, y la altura de

rotación por una vuelta con 1.62 nm y su longitud total de la hélice es
IO
igual a 11.34 nm. La diferencia de separación entre la distancia para

ambas vueltas es Δh = h1 – h2 = (1,62 – 1.42) nm = 0.20 nm. La misma
BL
secuencia descriptiva se cumple para las para las seis hélices restantes.
En la figura 24 se observa a los aminoácidos de hélice 2

BI
identificados con los colores: verde, corresponde al esqueleto estándar

del grupo hidrofóbico; el color azul, pertenece al grupo de hidrófilicos o
polares y el color rojo, simboliza al grupo ácido base. Estos colores
representan a la ubicación espacial de los aminoácidos en la estructura
74
secundaria y están orientadas en la parte externa de la cadena

polipeptídica de la molécula.
DO
RA
Figura 24. Hélice alfa modelado con el
programa Jmol. Se observa en la figura al
plegamiento de la cadena polipeptídica en
SG
forma espiral (hélice), grupo 2 de rotación de
la hélice con 7 aa.
PO
Por efecto de interacciones entre los átomos
rotaciones en la cadena polipeptídica, formándose una hélice alfa y las
se producen
cadenas laterales de los aminoácidos que sobresalen hacia el exterior.

DE
La hélice está estabilizada por los puentes de hidrógeno entre los

extremos de los grupos carboxilo (-COOH) y de los aminos (-NH2).
3.3.2. Hojas beta

CA
Las cinco hojas beta están presentes en la figura 23, simbolizados

con flecha compacta y representados con la letra Li,( i = 1,2,3,4,5). Las
TE
hojas beta se caracterizan por tener la misma dirección. La estructura

fue modelada con el programa PDBSum. La primera hoja plegada beta
IO
comienza en el aminoácido Val114 y termina con el Glu116, formado por

tres aminoácidos. El segundo grupo va desde Thr135 hasta Tyr141
BL
(conformado por 7 aminoácidos). Los grupos 3, 4 y 5 agrupan cada uno

en la formación de las hojas beta a seis aminoácidos. La tabla 4 muestra
BI
estas y otras características de la hoja beta de la fosducina.
Las cadenas laterales de los aminoácidos se sitúan en forma

alternante hacia la derecha y a la izquierda del esqueleto de la cadena
principal (polipeptídica). Los aminoácidos hidrofóbicos por efectos de
interacciones no polares entre las moléculas de aminoácidos se
75
encuentran localizados en el centro de color rojo como nos muestra la

figura 25.
Tabla 4 La hoja beta de la estructura secundaria y terciaria de la proteína fosducina

representada por la letra Li (antiparalelo, paralelo o mezclado) es modelada con el
programa PDBSum. La ubicación de los grupos de 3 a 7 aminoácidos es por intervalos
DO
discretos que participan como hoja beta en 188 aminoácidos
Nº Comienzo extremo Hoja N º resid Borde Secuencia |Lij| (nm)

1 Val114 Glu116 L1 3 SI VYE 1.30
RA
2 Thr135 Tyr141 L2 7 No TIVVHIY 3.90
3 Lys166 Lys171 L3 6 No KFCKIK 3.25
SG
4 Thr188 Lys193 L4 6 No TLLVYK 3.25
5 Glu196 Phe201 L5 6 Si ELLSNF 3.25
PO
Las estructuras de los aminoácidos se orientan en distintas zonas
DE
en la misma cadena polipeptídica y éstos pueden interactuar entre sí; los

grupos hidrofílicos mayormente se encuentran en la superficie de la
molécula. Todos los grupos hidrofílicos se encuentran localizados en la
CA
parte externa del enrollamiento de la cadena polipeptídica y están

involucrados en la formación de puentes de hidrógeno o en
TE
interacciones electrostáticas. En la periferia espacial de la proteína

fosducina se observa alambres enrollados al azar, muy delgadas de
color blanco, este enrollamiento se debe a los puentes de hidrógeno.
IO
BL
BI
Figura 25. Estructura secundaria de

fosducina espacial de la hoja plegada
beta es de color rojo separados hacia la
izquierda y derecha, visualizado con el
programa Jmol y Java. (PDBSum, 2000)
76
3.3.3. Giros y lazos de horquillas
La tabla 5 muestra la ubicación de la única horquilla, con los

aminoácidos Thr 188 con Lys193 y Glu196 con Phe201 y su forma
geométrica esta en la figura 26. Los resultados de los aminoácidos
polarizados revelan implícitamente la formación de enlaces de
DO
hidrógeno, cuando se produce el quiebre de la cadena polipeptídica,
éstos están unidos fuertemente por los lazos horquilla, lo que seguirá la
formación del resto de los enlaces de H y la estabilización final.
RA
Tabla 5 Lazos de horquilla beta de la proteína fosducina.
SG
Grupo 1 de horquilla beta Grupo 2 de familia horquilla
Nº Inicio Final aa Longitud Inicio aa Final aa Longitud

aa (aa) (aa)
1 Thr 188 Lys 193 6 PO Glu 196 Phe 201 6

DE
También se observa en figura 26 la conformación de la horquilla

beta tiene un bajo número de aminoácidos en la estructura plegada.
CA
Según este modelo los péptidos de la secuencia participan en la

estabilidad de los giros. Mientras la estructura de tipo horquilla participan
TE
en la estabilización de las hélices y de las hojas beta. Por lo tanto, las

horquillas beta garantizan la estabilidad de la estructura terciaria.
IO
BL
BI
Figura 26. Tres hebras β antiparalelas, unidas

por horquillas. Simulado con el programa
CATH para la visualización de la estructura
secundaria de proteína fosducina de hebra β
plegada.
77
3.3.4. Giros beta
Usando subprograma Jmol se obtuvo a los giros beta, como se

muestra en la figura 23, con el inicio y la final de la hoja beta se
produjeron los giros con el nombre . Los giros de los aminoácidos de
fosducina están localizados entre las zona comprendidos por los
DO
residuos Thr188 y la Tyr192. En otro grupo de aminoácidos en los
extremos de la hoja beta están acoplados por las interacciones entre
Val191, Leu198 y con Ser199, en ese instante se produjeron los giros
RA
beta β.
El resultado de los giros en la estructura secundaria son cortas de
SG
duración durante el proceso de polarización celular (transmisión de la
señal durante la formación de la imagen) y también ocasionando giro
PO
repentinos de 180o en los aminoácidos de la cadena principal del
polipeptídica.
3.3.5. Lazos beta

DE
En la figura 27 se observa a los lazos beta uniendo a la hoja beta

con la hélice, estos generalmente están localizados en la superficie de
CA
las proteínas fosducina, para su estabilización están formados por los

puentes de hidrógeno entre el hidrógeno con N, O y C de los planos de
los aminoácidos de la cadena polipeptídica. Su función es revertir la
TE
dirección de la cadena polipeptídica, contribuyendo a limitar el tamaño y

mantener una estructura compacta a la proteína.
IO
La figura 27 también muestra la participación de varios tipos de

BL
lazos como alfa, beta y gamma, en la unión de la estructura de hélice y

hoja beta etc. Entre ellos el lazo beta es el más estable y frecuente
BI
Lazos beta de la
proteína
Figura 27. Lazos beta: en la rotación es la

que une a la hélice como a la hoja beta.
78
3.3.6. Estudio de rotación para los ángulos phi y psi
Los ángulos de rotación de los enlaces N – Cα (phi) y C – Cα (psi)

determinan el plegamiento de la cadena polipeptídica. Además, el ángulo que
forma la cadena lateral de los aminoácidos respecto al eje principal secundaria
DO
de la fosducina.
Usando el programa Jmol, la cadena primaria de la fosducina, forma 16
RA
giros beta, los valores de los ángulos phi, psi y chi se observa en la tabla 6.
Estos datos fueron sometidos al diagrama de Ramachandran, que también
SG
como referencia al eje de coordenadas Φ variable independiente y ψ (variable
dependiente).
Se determino la ubicación de los aminoácidos PO

diagrama de Ramachandran como una secuencia de 4 residuos localizados en
agrupados en el
cada zona del cuadrante, la ubicación de los aminoácidos para cada giro se
DE
han caracterizado con los números romanos desde I, II,IV y VIII (tabla 6). Por
ejemplo los giros I ubicados en cuatro posiciones diferentes de la cadena
polipeptídica como Gln131 – Thr134, Thr162-Val165, Ser182 – Val185 y
CA
Ser183 – Leu186 corresponden a tercer cuadrante de Ramachandran.
El resultado del modelado de los aminoácidos, nos permitió observar en

TE
la cadena polipeptídica que los enlaces N-Cα y C-Cα tienen libre rotación.
Estas rotaciones están representadas por los ángulos de torsión phi (Φ) y psi
IO
(ψ), y la rotación entre carboxilo y la amina es la torsión Ω.

BL
En los cálculos de los resultados se estableció que cada número romano

BI
indica el valor del ángulo y su ubicación en la zona: cuando los aminoácidos

por efecto de la interacción se producen los giros de los átomos de la cadena y
se encuentra localizado en el segundo cuadrante del eje de coordenadas de
Ramanchandran. Esta posición corresponde a la hoja beta, luego, otro grupo
de los aminoácidos se encuentra localizado en el tercer cuadrante, estos
79
aminoácidos de fosducina corresponden a la estructura de la hélice alfa. La

ubicación de los aminoácidos en los ejes de las coordenadas de
Ramanchadran, se logra con el acoplamiento de los lazos de horquilla entre
las hélices; entre la hélice y la hoja beta
DO
Tabla 6 Resultado del modelado de los aa con Jmol, se obtuvo los giros beta de los
aminoácidos en la cadena polipeptídica de la proteína fosducina.
Secuencia de (aa) Giro tipo Residuo i + 1 Residuo i + 2 i a i+3 Cα=dis
RA
Nº Giro Phi Psi Chi 1 Phi  Psi  Chi1 
  
SG
1 Ala17 - Thr21 ASHT IV -155.5 15.1 54.9 -126.6 -22.5 -60.0 6. 7
-104.0
2 . Phe68 - Lys71 FSRK VIII -92.5 -34.7 -28.6 144.5 -48.9 6. 5
3 . Ile80 - Asp83 IHKD IV -90.7 PO

17.1 -174.2 -140.0 -25.8 -176.1 5. 6
4 Gln131 - Thr134 QKI T I -60.2 -19.5 -64.8 -84.9 -12.7 54.6 5. 4

DE
5 Glu142 - Ile145 EDGI II -56.1 137.8 -63.7 95.0 -14.9 - 6. 0
6 Ile145 - Lys148 IKGC II -48.0 118.3 -178.6 97.2 -37.7 - 5. 5
7 Tyr162 - Val165 YPMV I -60.8 11.9 -27.7 -84.4 -13.4 58.1 5. 5

CA
8 Ala177 - Arg180 AGDR IV -50.7 -111.6 - -137.4 42.6 -99.5 6. 0
9 Asp179 - Ser182 DRFS VIII -86.6 -39.9 97.5 -92.8 83.3 -62.5 6. 2
TE
1 0 Ser182 -Val185 SSDV I -53.2 -28.5 -44.4 -77.9 -11.0 58.3 5. 4
1 1 Ser183 - Leu186
SDVL I -77.9 -11.0 58.3 -107.9 -30.8 -176.6 5. 0
IO
1 2 Val185 - Thr188 VLPT IV -70.5 143.3 -58.4 -80.4 126.5 -19.6 6. 2
13 Tyr192 - Gly195 YKGG IV -169.8 118.9 -174.5 56.4 44.6 - 6. 3

BL
1 4 Lys193 - Glu196 KGGE I' 56.4 44.6 - 72.6 -10.7 - 5. 3
1 5 Phe201 - Ala204 FI S V IV -93.0 131.6 -65.1 51.8 53.0 -52.8 5. 6

BI
1 6 Ala209 - Phe212
A E E F V I I I -48.4 -41.2 -61.4 128.6 91.0 -61.8 5 . 0
Se obtuvo la posición espacial de los aminoácidos y la formación

de los ángulos con el vector de posición, esto permitió el buen
80
funcionamiento de la estructura terciaria de la proteína fosducina para la

transmisión de la información biológica a otras proteínas.
Con el resultado de la tabla 6, se hizo el análisis del primer giro

conformado por los aminoácidos: Ala17, Ser18, His20 Tre21. Estas
secuencias de residuos que corresponde a categoría IV de la región de
DO
Ramachandran y está localizado entre el segundo y tercer cuadrante (Φ,
ψ). Además, la distancia relativa de separación entre Ala y Thr es 6.7 Å,
como se muestra en la figura 28. Se deduce también que el residuo de
RA
aminoácido i + 1, formado con los ángulos ψ = 15.1º y Φ = -155.5º no
corresponde a la hélice α, sino al grupo de la hélice levógiro. Por otro
SG
lado, se valida en esta estructura la formación del ángulo diedro de
rotación de cadena lateral que conforma un ángulo chi1 χ = 54.9º con
respecto al enlace del carbono α
Otra validación de los

PO resultados que corresponden a los
residuos de aminoácidos i + 2, por la ubicación de los ángulos ψ = -
DE
126.6º, Φ = -22.5º y χ (chi) = -60º corresponden al tercer cuadrante de la

región de Ramachandrán, en consecuencia, este grupo de residuos
corresponde a la hélice alfa.
CA
TE
IO
BL
BI
Figura 28 Resultado de modelado con Jmol estableció la representación de cuatro

tipos de giro β en diagrama de Ramachandran. Grupo VI La distancia relativa entre Ala
y Tre es 6,7 Å, y para grupo I la distancia relativa entre los aminoácidos Glu y Tre es
5.4 Å.
En la tercera columna esta formado por cuatro aminoácidos (i+1)

Phe68, Ser69, Arg70 y Lys71 que corresponden a la ubicación en la
81
zona de Ramachandran VIII se observa en la figura 30 con ángulo de

rotación (Ca – N) phi Φ = – 92.5º, el otro ángulo de torsión entre los
átomos Ca - C en el plano polipeptídica es psi Ψ = - 34.7 y la torsión de
la cadena lateral (radical) que forma el ángulo con la cadena principal
denominado chi 1 cuyo valor es Χ1 = - 28.6º. Estos ángulos de torsión
esta localizado entre el tercer cuadrante y segundo cuadrante. La
DO
distancia promedio entre Ser y Arg es 6.5 Ắ
Para los mismos aminoácidos, pero, cuando se encuentra
RA
ubicado en la posición (i + 2) corresponden a los giros del eje principal
en los planos formados por los átomos N - Ca cuyo ángulo diedro es
SG
phi Φ = -104º, y los átomos Ca – C localizados en los planos del eje
principal que rotan con un ángulo psi Ψ = 144.5º. Además, la torsión de
la cadena lateral (radical) formándose ángulo con la cadena principal
PO
chi1 Χ = - 48.9º, después de la torsión del eje principal la ubicación de
los aminoácidos fenilamina y lisina quedan separados a una distancia
de 6.5 Ắ.
DE
Siguiendo la misma secuencia de análisis sobre la torsión de los

planos de la cadena principal, podemos discutir sobre el
comportamiento de torsión del grupo 16 de la tabla 6, está conformado
CA
por 4 residuos: Ala209, Glu210, Glu211 y Phe212, corresponden a la

ubicación del grupo de Ramachandran VIII de los residuos i + 1. La
TE
torsión de los átomos N – Ca en el eje principal del plano de la cadena

polipeptídica que rota formando un ángulo phi Φ = - 48.4º, mientras el
IO
giro de los átomos Ca – C de la cadena polipeptídica forma un ángulo

de torsión psi Ψ= - 41.2º. Además, por efectos de la polarización
BL
contribuye en la rotación de la cadena lateral de los aminoácidos

(radical) con el eje principal formándose un ángulo de torsión chi 1 Χ = -
BI
61.4º.
En la posición i + 2 los residuos generan torsiones en el plano de

la cadena polipeptídica como: N – Ca con una rotación phi Φ = 128.6º,
mientras en el plano consecutivo formado por C – Ca se produjo una
rotación del eje principal con un ángulo psi Ψ = 91º y la torsión de la
82
cadena lateral con respecto al eje principal se forma el ángulo de

rotación chi 1 Χ = - 61.8º; y la distancia de estiramiento de los
aminoácidos por efecto de la rotación es 5.0 Ắ
En 16 giros en toda la cadena solo se produce un rotor acoplado

a la hélice H6, éstos aminoácidos de la hélice ubicados en el cuarto
DO
cuadrante del diagrama de Ramachandran se denomina levógiro y los
siete hélices están unidos por los giros y los lazos horquilla denominados
dextrógiros (significa gira en el mismo sentido que las agujas del reloj en
RA
contraposición al sentido levógiro) ubicado en el tercer cuadrante y por
tanto, corresponden a las hélices alfa
SG
PO
DE
CA
TE
IO
BL
BI
83
3.4. La estructura terciaria de la proteína fosducina.
3.4.1. Predicción de la estructura terciaria de la proteína fosducina.
La estructura terciaria de la proteína fosducina viene a ser la

ubicación de la cadena polipeptídica de los aminoácidos excitados en el
espacio tridimensional. Esto permite conservar la disposición de los
DO
dominios de la proteína en el espacio tridimensional. La figura 29 nos
muestra la disposición espacial de la proteína fosducina obtenidos con
los programas CATH (a) y Jmol (b)
RA
SG
L1 L2, L4, L5 L3 H3
H2
G
H4
H6
PO
H5
DE
H1 H7
(a) (b)
Figura 29 Estructura terciaria de la proteína están representada

CA
por ocho grupos de hélices (Hi; i = 1, 2, . . . 7) y con cinco grupos

de hoja β (Li, i = 1, 2,. . . 5) de la proteína fosducina, (a) Este
resultado geométrico espacial de la proteína fosducina fue
simulado con el programa CATH (b) la figura geométrica espacial
de la proteína más compacta fue visualizado con el programa Jmol
TE
En la figura 29 (a),(b) se observa la posición espacial

IO
compacta de estructura terciaria de la proteína fosducina

conformada por ocho hélices y cinco grupos de hoja beta y éstos
BL
se mantienen acoplados a través de 16 giros beta y 3 gamma. En

esta posición la hélice H3 (tabla 3 en la página 74) viene a ser la
BI
parte central del enrollamiento polipeptídica que posee la misma

característica en ambas figuras. Además, posee la presencia de
cisteína en los aminoácidos de la hélice H3, durante la polarización
los aminoácidos de la cadena polipeptídica se activan las
cisteínas para mantener unidos en forma compacta a la cadena
84
polipeptídica espacial. Ambas figuras comparten similares

características. Resaltando en agrupamiento principal conformado
por los hélices H2, H4, H5, H6, G y las hoja plegadas L1 L2, L3 L4,
L5 y un agrupamiento menor conformada por H1, H7, y H3. Esta
última hélice sirve como nexo entre ambos agrupamientos,
principal y secundario.
DO
Queda claro que la mayor compactación de las proteínas
visto con los programas CATH y Jmol no altera la disposición
RA
básica: dos agrupamientos, principal y secundario. Prediciendo
que estas estructuras tridimensionales de la fosducina
SG
representan la forma repetida con la cual la fosducina interacciona
con la transducina y la ,proteína gamma durante la activación
complejo de la proteína G
PO
Las hojas beta rotan en torno a la hélice H3 conformando
una estructura de tipo globular, además la posición de la hojas
DE
beta son de tipo antiparalelas garantizando la estabilidad espacial

de la proteína. Debemos resaltar que la figura 29 se ha obtenido
usándolos 188 aminoácidos con 1784 átomos
CA
En la figura 30 podemos predecir al vector de posición

relativa de los ocho grupos de hélice, cinco hojas beta y 16 giros
TE
representados como Rij indica la posición espacial de las

estructuras y aminoácidos (expresado en distancia con unidad de
IO
nanómetro). Los valores de Rij para las ocho hélices están en la

columna 6 de la tabla 3.
BL
El vector de posición relativa espacial para los tres hélices

se calculó por la siguiente relación: Іr2 – r1І = ІR12І = 29.28 nm de
BI
longitud generados por efectos de las interacciones entre los

aminoácidos: Glu, Asn, Cys, Leu, Arg, Arg, Lys, Try, Arg, Gln,
Cys, Met, Gln, Asn, Met, His, Gln, Lys, Leu (19 aminoácidos). Otro
modulo de vector de posición relativa espacial con ІR13І = 21.34
nm de longitud que corresponde a la hélice con 15 aminoácidos,
85
mientras que la posición relativa espacial con ІR14І = 20.71 nm

que pertenece a 14 aminoácidos, así sucesivamente. Las
distancias relativas de otras hélices se exponen en la tabla 3.
DO
El vector de posición relativa espacial de cinco grupos de hoja
beta se observa en la figura 30. El vector de posición relativa
 
espacial está expresada por esta definición r r  L = 1.3
RA
1 9 19
nm de longitud, la hoja beta es conformada por los aminoácidos

Val, Try y Glu. Siguiente vector de posición relativa espacial es
SG
con 3.9 nm de longitud que corresponde a 7 aminoácidos de hoja
beta y la tercera hoja beta antiparalela con vector de posición
relativa espacial de 3.25 nm de longitud que corresponde a 6
PO
aminoácidos y de otras dos hojas restantes se muestra en la
tabla 4.
DE
z
CA
TE
|L19|
IO
BL
0
BI
Figura 30. Posición espacial de las hélices y hojas beta está descrito
`por:
 es el vector de posición del extremo final de la hélice H3 , r2 es
r i
el vector de posición inicial de la hélice y |r1 – r2| = |R12| es el modulo
del vector de posición relativa de la hélice H3, así sucesivamente.
Mientras que |r1 – r9| = |L19| representa al modulo del vector de posición
relativa de la hoja beta, visualizado con programa CATH
86
La posición espacial de la horquilla beta es descrito por el

vector de posición relativa espacial con 3.25 nm de longitud
conformado por 6 aminoácidos, su función de esta horquilla es
mantener unida a hoja beta con hélice durante el enrollamiento
globular compacta de la estructura terciaria de fosducina (Lee et
al, 1990).
DO
La ubicación espacial de los giros beta es descrito por el
vector de posición relativa espacial con 1.95 nm de longitud,
RA
conformado por 4 aminoácidos responsable de los giros de las
hélices y las hojas beta para el enrollamiento total de la cadena
SG
polipeptídica de los aminoácidos de la proteína fosducina como se
muestra la tabla 6.
PO
La estructura terciaria de la proteína fosducina viene a ser
la estabilización final por la disposición de estructura secundaria
de la cadena polipeptídica al enrollarse en forma compacta sobre
DE
si misma por efectos de la polarización de los grupos carboxilos y

de los grupos aminos (Graft,et al,1991). Esta estabilización
obedece a la acción dinámica de compensación de los
CA
aminoácidos de los enlaces de los radicales.
La formación globulares se originan por la combinan de

TE
estructuras secundarias de las proteínas por distintos tipos de

hélices α, hoja plegada β, los giros y los enrollamientos al azar.
IO
Cuando estas combinaciones espaciales de las estructuras llegan

ser estables y compactas en ciertas regiones del espacio se
BL
denominan dominios estructurales.(Sprang, R.S. 1997)
3.4.2. Fuerzas moleculares que estabilicen la estructura tridimensional

BI
de la proteína fosducina.
En la figura 30, La estructura terciaria (tridimensional) de la

proteína fosducina está estabilizada por: 1) puente de disulfuro
87
2) fuerzas de Van der Waals, 3) puente de hidrógeno, 4)

interacciones electrostáticas o puentes salinos.
En la figura 30 se observa la estructura de la proteína

fosducina su estado de equilibrio generados por puente de
hidrógeno (H-O y N-H) de ocho grupos de hélices (α), cinco hojas
DO
beta (β) y 16 giros que constituyen la combinación geométrica
espacial de fosducina modelado con el programa Jmol y su
energía cinética (energía libre de Gibbs y entropía) de rotación de
RA
las moléculas de fosducina por efectos de la polarización
electrostática (Xu, J. et al, 1995).
SG
3.4.2.1.
PO
Puente de disulfuro de proteína fosducina
Los vectores de posición relativa R12, R14 y R19 tienen entre

sus aminoácidos Cys, que ocasionan una interacción iónica y
DE
lleva a la formación del enlace disulfuro (-SH) de tipo covalente.

La Cys está localizadas en las hélices H3 (Cys89 y Cys97) y en
H5 (Cys148). La quinta Cys168 esta en la hoja beta, esta
CA
distribución se observa en la secuencia de aminoácidos de la

figura 23. Los residuos que forman al puente disulfuro, pueden
estar separados por muchos aminoácidos en la secuencia de la
TE
cadena polipeptídica como se muestra en la pagina 57

IO
El plegamiento de la cadena polipeptídica, llevan a la

aproximación de los residuos de cisteína para la formación de
BL
enlace disulfuro. La alineación de equilibrio de los enlaces de los

residuos en el espacio están denotado por el vector de posición
BI
tridimensional, esto constituye la descripción geométrica de la

estabilización de la estructura tridimensional de la proteína
fosducina.
88
3.4.2.2. Interacciones de Van der Waals de proteína fosducina
Las interacciones de Van der Waals fueron calculados sobre

los aminoácidos trionina, valina y isoleucina, en 28 posiciones de la
estructura tridimensional de la fosducina. La tabla 7 muestra los
ángulos de la interacción de Van der Waals se forma entre la cadena
DO
principal y los extremo radical de los aminoácidos,
Las energías potenciales de atracción modelan la rotación de
RA
los aminoácidos por N – Cα – Cβ en torno al plano formado por la
cadena principal N – Cα y la cadena lateral (R) de los aminoácidos
Ile,Thr y Val. Esta atracción forma un ángulo de rotación cuyos
SG
valores están en la tabla 7. Por ejemplo la Thr20 forma un ángulo de
110º, en otra posición espacial de la cadena polipeptídica el
aminoácido Val217 forma
(Humrich J, et al, 2005)
PO ángulo de 111.6º con el eje principal
DE
Tabla 7 Valores de N – Cα – Cβ (ITV) que forman ángulos entre la

cadena principal y con la radical a lo largo de la cadena polipeptídica
CA
Modelado con el programa RCSB
Nº Residuo Ángulo Nº Residuo ángulo

TE
1 Thr 20 110.0 15 Ile 140 112.2

2 Val 25 111.1 16 Ile 145 111.6
3 Ile 26 111.4 17 Ile 156 111.7
IO
4 Val 74 111.5 18 Val 165 111.4

5 Ile 80 112.0 19 Ile 170 111.1
6 Val 114 111.6 20 Thr 175 111.7
BL
7 Thr 126 111.9 21 Val 185 110.7

8 Ile 127 112.4 22 Thr 188 111.4
9 Ile 133 110.5 23 Val 191 111.7
BI
10 Thr 134 110.7 24 Ile 202 110.9

11 Thr 135 111.1 25 Val 204 111.4
12 Ile 136 111.2 26 Thr 205 110.9
13 Val 137 111.7 27 Thr 214 110.2
14 Val 138 111.6 28 Val 217 111.6
89
Conociendo el ángulo que forma la treonina en la posición

20 es posible calcular la energía de interacción entre la cadena
principal N – Cα y la cadena lateral (R), cuyo estado esta
determinado por la ecuación =− (*), donde C6 es una
constante eléctrica interatómica, cuyo valor experimental de esta

constante es 1228.8 Kcal Å6/mol y el signo negativo representa a
DO
la interacción interatómica de atracción entre Cα – Cβ (ITV) en la
parte radical.
RA
Tabla 8 representa a los residuos de Thr 20, la distancia de la cadena
principal entre los átomos de los aminoácidos de la radical, modelado con el
SG
programa RCSB
Enlace entre los átomos
ri (Å)
Nº
1
2
3
Tipo de enlace
C–N
C–O
Ca – C
rP (Å)
1.33
1.23
1.52
PO
1.329
1.231
1.525
σ = ± (Å)
0.014
0.020
0.021
E (r) (Kcal/mol)
222.01
353.13
99.64
4 Ca – CB (ITV) 1.54 1.540 0.027 92.57
5 N – Ca 1.45 1.458 0.019 132.27
DE
rP es el valor de la distancia promedio estimado entre los

átomos y ri es la distancia promedio de las mediciones realizados
CA
a los residuos de Ile, Thr, y Val. y σ es la desviación cuadrática

media en el ajuste a las mediciones. Para determinar a la energía
TE
de atracción de Van der Waals, reemplazamos a los valores de la

distancia promedio de la tabla 8, en la ecuación (*) de la energía
IO
de equilibrio para treonina en la posición 20, para la interacción

atractiva entre los átomos Ca – CB (ITV) es 132.22 Kcal/mol.
BL
Existe 28 planos donde se observa las fuerzas de Van der

Waals, visto en la tabla 7
BI
3.4.2.3. Puentes de hidrógeno de proteína fosducina.
Los puentes de hidrógeno se forman principalmente en las

hélices alfa y la hoja plegada beta cuando están girando en la
estructura tridimensional. En la figura 21(c) podemos observar
90
como se construye el ángulo de atracción en los átomos de

hidrógeno, oxígeno y nitrógeno. En la tabla 10 se muestra los
resultados de los ángulos de las 8 hélices donde se forman
puentes de hidrógeno. En los 81 aminoácidos que participan de la
estructura tridimensional (Leu, Gly, Pro, Lys, Val, Ile, Asn, Asp,
Trp, Arg y Phe) distintos distribuidos en 81 posiciones.
DO
Para los aminoácidos de fosducina polarizados en su
estructura interna el hidrógeno interactúan con nitrógeno
RA
carbono y con la densidad electrónica (Jones, T, A. et al 1991) a
esta interacción débil se denomina puentes de hidrógeno, estos
SG
puentes estabilizan a la estructura terciaria de la proteína
fosducina
PO
Tabla 10. 81 aminoácidos conforman phi hélice de la proteína fosducina,
éstos a su vez forman ángulos con la cadena principal modelado con el
programa RCSB
DE
Residuo ángulo Residuo ángulo Residuo ángulo Residuo ángulo

Gly21 60.7 Glu87 -47.8 Gln122 -58.6 Ala172 -56.7
Pro22 -50.9 Asn88 -59.2 Phe123 -66.7 Ser173 -63.0
CA
Lys23 -61.1 Cys89 -62.1 Leu124 -58.8 Asn174 -97.5

Gly24 -62.9 Leu90 -61.8 Glu125 -64.3 Thr175 -70.4
Val25 -61.9 Arg91 -58.9 Thr126 -70.7 Val204 -48.6
Ile26 -56.6 Lys92 -56.2 Ile127 -77.5 Thr205 -58.9
TE
Asn27 -64.0 Tyr93 -64.5 Glu128 -91.5 Glu206 -65.2

Asp28 -61.3 Arg94 52.0 Cys148 -53.9 Gln207 -110.6
Trp29 -60.1 Arg95 -63.8 Asp149 -70.3 Thr214 -47.4
IO
Arg30 -59.7 Gln96 -60.5 Ala150 -59.4 Gly215 -46.6

Lys31 -59.3 Cys97 -58.8 Leu151 -61.2 Asp216 -68.3
BL
-Phe32 -62.7 Met98 -63.4 Asn152 -56.2 Val217 -63.9

Lys33 -75.4 Gln99 -68.7 Ser153 -65.2 Glu218 -57.3
Leu34 -124.5 Asp100 -61.2 Ser154 -59.5 Ser219 -57.8
BI
Glu35 -95.3 Met101 -64.9 Leu155 -59.1 Phe220 -55.6

Val74 -57.9 Hist102 -54.7 Ile156 -54.4 Leu221 -64.3
Gln75 -60.1 Gln103 -71.5 Cys157 -77.3 Asn222 -67.9
Glu76 -61.9 Lys104 -74.7 Leu158 -60.8
Tyr78 -57.2 Leu105 -94.2 Ala159 -65.2
Leu79 -59.8 Gly120 -57.4 Ala160 -72.7
Ile80 -61.2 Glu121 -65.6 Glu161 -72.4
91
3.4.2.4. Interacciones electrostáticas de fosducina.
Las fuerzas electrostáticas atractivas actúan en la

estabilización de la estructura terciaria, principalmente actúan en los
aminoácidos de la cadena lateral por efecto de polarización (Anexo
E), estos están localizados en diferentes posiciones de la cadena
DO
polipeptídica: Gly15, Gly108, Gly112, Gly144, Gly147, Gly176,
Gly178, Gly194, Gly195 y Gly225. Las interacciones electrostáticas
RA
son producidas por las cargas eléctricas formadas en el plano de la
cadena polipeptídica de fosducina entre los grupos aminos con carga
positiva y los carboxilos con carga negativa (Matsuda, T. et al 1994).
SG
PO
DE
CA
TE
IO
BL
BI
92
3.5. Dominios estructurales de la proteína.
De la figura 29 a y b, dos dominios globulares son determinados por

modelamiento de la estructura primaria de la fosducina: uno de los dominios
esta formado principalmente por hélices alfa, de allí que toma el nombre de
dominio helicoidal. El segundo es caracterizado por una hoja beta amplio,
DO
denominado dominio GTPasa;
Una característica distribuida de la proteína G, es el dominio helicoidal,
RA
donde una larga hélice alfa central esta circundados por otros cinco hélices
más pequeñas, este agrupamiento de aminoácidos comparados la
cualidades de las hidrofóbicas, con fuerzas de Van der Waals que se
SG
forman entre las cadenas laterales hidrocarbonadas .
El dominio helicoidal tiene la característica de acoplarse a la molécula

PO
GTP, durante la polarización del complejo trimétrico derivamos en dominio
GTPasa (Granados, C. 2004). En comparación con otras proteínas G, el
dominio GTPasa de la fosducina es conservado en todo la superfamilia de
DE
la proteína G.
Ambos dominios están unidos por dos bucles cortos.

CA
3.6. Formación complejo proteico durante el proceso de la visión

TE
La proteínas G heterotrimericas Gαβγ están compuestas por tres

subunidades distintas: (proteína alfa se denomina fosducina, proteína beta
denominado transducina y la proteína gamma). Este complejo proteico se
IO
encuentra localizado cerca a los receptores de la membrana neuronal

(Humrich J, et al, 2005). En reposo estas proteínas (Gαβγ) se encuentran
BL
acoplados a receptores y también unidas a la molécula de GDP(guanosin

difosfato)
BI
Cuando el neurotransmisor (agonista) se une a los receptores acoplando a

la proteína (Meldrum,B. 2000), induce la polarización del complejo proteína
G, produciendo la separación de la fosducina y su posterior unión con el
GTP. Este cambio energético y biológico induce el flujo químico y como tal
93
informativa de las señales visuales en la retina. La proteína G solo

permanecerá en estado activo por un breve periodo pasándose luego a la
forma inactiva (Boume,H:R. 1997).
DO
3.6.1. Proteína transducina
La subunidad beta denominado proteína transducina esta compuesta

de 340 aminoácidos y peso molecular equivale 35 kD. Las proteínas
RA
transducina y gamma están intrínsecamente asociadas formando un
dímero estable que no se disocia. La proteína fosducina está unida a
SG
transducina, formando el complejo G inactivo (Lee-R.H, et al 1990). El
acoplamiento ocurre por milésimas de segundos cuando hay estimulo
visual externa que transmiten al centro membrana óptico (Pérez, et al
2005) PO
3.6.2. Proteína gamma
DE
La subunidad gamma denominado proteína G-gamma conformada

por 65 aminoácidos con un peso molecular de 7 - 9 kD, cuando esta
polarizada la proteína G éste está fuertemente unida a la proteína
CA
transducina llegando a disociarse de la proteína fosducina y de la

molécula guanosin difosfato (GDP) (Watson, J. 1994)
TE
IO
3.6.3. Proteína fosducina.

BL
Como se puede apreciar en la figura 29, la proteína fosducina esta

formada por dos dominios globulares unidos entre si. Gira la molécula
interactivamente allí se aprecia el interfaz entre ambos dominios
BI
helicoidales y hojas beta. Las hélices alfa empaquetan la hoja beta por
ambos lados (Loew, et al,1998) se debe a la presencia de las cadenas
laterales de los hidrófobos. Generándose la extensa red interna de
contactos de Van der Walls
94
3.7. Flujo electromagnético en la transmisión de la información visual
Cuando los fotones de la luz ingresan por efecto de refracción por la cornea
incidiendo hacia la retina, se produce la absorción por los conos y los bastones,
transformándola de inmediato en pulso eléctrico, éstos a su vez activan a la
presinápsis abriéndose la vesícula para la liberación de los neurotransmisores,
DO
estos son transmitidos hacia la postsinápsis, produciéndose una polarización
química (eléctrica) en la membrana celular y de inmediato son activados la
proteínas G heterotriméricas fosducina (Gα) hasta formarse la estructura
RA
terciaria con GTP hasta transmitir la información biológica a otra proteína y los
dímeros βγ se disocian, después de un proceso de pequeña duración del
SG
tiempo se produce la despolarización volviendo a su estado de equilibrio (se
unen las proteínas transducina, gamma, la fosducina y GDP).
PO
Durante su movimiento, la proteína fosducina (polarizada) está acoplada
con el guanosin trifosfato (GTP). Guanosin trifosfato suministra energía hasta
que se cumpla con la función biológica de transmitir la información de la
DE
estructura terciaria de la proteína a otras proteínas (Willardson BM y Howelett

AC., 2007). Este proceso está garantizado por la participación de diversos
ligandos o neurotransmisores (Anexo D)
CA
La función que desempeña en la disposición espacial (dominios

estructurales) la proteína fosducina es más probable mayor concentración del
TE
flujo de información en ese dominio (región) proveniente de la rodopsina, de

esa manera, la proteína fosducina desempeñe su función de control. Además,
posee una disposición precisa y única en el espacio tridimensional, y surge a
IO
medida que se sintetice al flujo de información para emisión o absorción en la

BL
proteína fosducina.
La proteína G acoplado a las moléculas receptoras están relacionadas con

BI
el proceso de señalización durante la fotoexcitación de las células

fotorreceptoras retinianas. La fosducina esta dentro del complejo trimétrico
(subunidad β), fosducina (subunidad α) y subunidad gamma γ, su polarización
energética debe captar este complejo para activar a los segundos mensajeros
neuronales (GMPc).
95
4. Conclusiones y recomendaciones
1) La estructura cristalina de los aminoácidos de la estructura primaria de

la proteína fosducina corresponde a la celda unidad (un aminoácido) de
un sistema ortorrómbico simple, con valores a = 76.09 Å, b = 87.91 Å;
c = 98.74 Å y los ángulos de la celda unidad es σ = φ = θ = 90º.
DO
2) La estructura secundaria de la fosducina están formadas por ocho
grupos de hélices diferentes, con cinco grupos de hoja beta, horquilla
beta y 16 giros beta. Éstos están estabilizados por el puente de
RA
hidrógeno y puente de desulfuro para alcanzar la estructura terciara de
la proteína.
SG
3) Por efecto de interacciones entre los átomos de los aminoácidos se
producen rotaciones en la cadena polipeptídica formándose una
PO
estructura alfa hélice y las cadenas laterales de los aminoácidos que
sobresalen hacia afuera se comunican a través de los canales iónicos de
la membrana celular con las siete hélices de la rodopsina.
DE
4) Se predijo un plegamiento globular de las hélices y hoja beta de la

estructura terciaria de la proteína con mayor acumulación de los
electrones en el entorno del plegamiento globular, siendo allí más
CA
probable la mayor acumulación del flujo de información de modo que al

final del proceso se transmiten al flujo de información biológica a
TE
proteínas vecinas.
5) Los aminoácidos hidrofóbicos y hidrofílicos que forman parte del enlace

IO
polipeptídica están involucrados en la formación de puentes de

hidrógeno o interacciones electrostáticas. La interacción de Van der
BL
Waals garantizan la estabilidad momentánea de la estructura terciaria

de la fosducina.
BI
96
RECOMENDACIONES
Las aplicaciones del uso de los programas de bioinformática en el campo

de medicina, en el sector agrario para el análisis de la genética, en el campo de
la agroindustria y en el medio ambiente.
DO
Con el modelo de simulación dinámica molecular se predijo, el
plegamiento globular de las hélices y la hoja beta de la estructura terciaria de
RA
la proteína fosducina. Sin embargo, es necesario hacer un análisis riguroso
del comportamiento de la estructura terciaria de la proteína fosducina, para
seguir con esta investigación es necesario emplear método de la teoría de
SG
aproximación de la mecánica cuántica.
El comportamiento de la estructura secundaria de la proteína fosducina,

PO
obedece a las características de absorción y emisión de los fotones por los
aminoácidos de la foto receptores de la retina de los bastones de la familia de
la proteína G. Estos deben ser descritos y analizados con modelo matemático
DE
de ecuación de Schrödinger.
Propuesta a los investigadores inter disciplinarios en el campo de

CA
biología Molecular y espectroscopia.
Para la culminación de la tesis doctoral, recibimos apoyo del Instituto de

TE
Investigación de Bioinformática de la Universidad de Basilea de Suecia, nos

proporcionó el acceso al banco de datos de los aminoácidos del centro de
IO
investigación de Protein Data Bank de Europa (PDBe). Además, el Instituto

nos proporciono un paquete completo de software, para terminar con el
BL
estudio de la tesis. Se tuvo acceso permanente al centro de computo del

Instituto de investigación, se modeló a través del programa de bioinformática
BI
Swiss-Model. Por estas razones, hay la necesidad de hacer propuesta: a)

Hacer un Convenio Institucional con el Instituto de Bioinformática de la
Universidad de Basilea de Suecia. (b) formar investigadores interdisciplinaria
en Biología Molecular y Espectroscopia c) Sensibilizar a las autoridades del
gobierno, Empresas privadas agroindustriales, docente y estudiantes para
organizar un Centro de Investigación en Biología Molecular y Espectroscopia.
97
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TE
IO
BL
BI
103
6. Anexos
Anexo A.
Cuadro A-1, El programa de PDB code: 1AOR, muestra una descripción

general de la proteína G con subunidad gamma y la presentación espacial de
las estructuras de transducina, gamma y Fosducina.
DO
RA
SG
PO
DE
CA
TE
IO
BL
BI
104
ANEXO B
Tabla B-1 contiene diferentes programas para el análisis de coordenadas y la
visualización de la imagen de la estructura terciaria. Se eligió al Programa PDBSum,
para el estudio detallado de la estructura secundaria de la proteína
DO
RA
SG
PO
DE
Tabla. B-2 Programa de PDB Sum se uso para determinar las coordenadas
de la estructura secundaria de la proteína fosducina
CA
TE
IO
BL
BI
105
Tabla B-3 Representa al programa de PDB Sum que contiene a tres

macromoléculas, para estudio de investigación se elige a la cadena
polipeptídica de la proteína P con 188 aminoácidos que representa a la
proteína fosducina.
DO
RA
SG
PO
ANEXO C
DE
La figura que corresponde a la interacción de la luz (radiación

electromagnética) con los aminoácidos de la proteína fosducina (estructura
CA
secundaria)(PDB)
TE
IO
BL
BI
106
ANEXO D
La figura que representa a la estructura de la proteína de un neurotransmisor

(ligando) que sirven para activar a la membrana celular de la neurona de los
canales iónicos de la proteína G
DO
RA
SG
Ligando Farnesyl con C15H26. La estructura de la cadena polipeptídica del ligando está
formada por 315 aminoácidos (PDBSum )
Anexo E
PO
Modelo de algoritmos de las interacciones entre las moléculas descritos con el
modelo de mecánica molecular y combinados con dinámica molecular eléctrica
DE
CA
TE
IO
BL
BI
Figura Se visualizan a las principales interacciones moleculares no covalentes para el

mantenimiento de la estructura de las proteínas (tridimensional), estas interacciones establecen
el nivel de organización en la emisión y absorción del flujo de información de una proteína a
otra.(Urdiales ,J. 2005)
107
DO
RA
SG
PO
DE
CA
TE
IO
BL
BI
108
DO
RA
SG
PO
DE
CA
TE
IO
BL
BI
109
DO
RA
SG
PO
DE
CA
TE
IO
BL
BI
110
Sección 6
DO
RA
SG
PO
DE
CA
TE
IO
BL
BI
111

Tesis DoctoradoX - Juan R. Guardia Jara

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Biblioteca Digital - Dirección de Sistemas de Informática y Comunicación

UNIVERSIDAD NACIONAL DE LA LIBERTAD – TRUJILLO

DOCTORADO EN CIENCIAS E INGENIERIA

“USO DEL PROGRAMA DE BIOINFORMÁTICA QUE

TRANSFORMAN LOS INFORMES DEL BANCO DE DATOS POR

Mg. Juan Roosvelt Guardia Jara

Dr. Luís Alberto Rodríguez Delfín.

Al Doctor Torsten Schwede, Director del Instituto Suizo de Bioinformática

“Biozentrum” de la Universidad de Basilea de Suecia, por accederme a la

dirección de Base de datos de Protein Data Bank de los Centros de

facilitarme el software del programa de bioinformática Swiss-Model. Este

Al Doctor Luis Rodríguez Delfín, por su orientación académica, exigencia y

comportamiento y disposición de las macromoléculas con los modelos de la

física molecular como estructura de la tesis.

Al Licenciado Físico Hernán Guardia J. por apoyarme en forma permanente

para la culminación de la tesis.

A mis hijos, mi esposa y mi familia, que gracias al optimismo, la fortaleza y la

dinámica de comprensión que me brindaron, permitió culminar con la ejecución

y redacción de la tesis doctoral.

Dios siempre fue mi guía y me ayudó en los

A mis hermanos: Hernán, Celia, Amelia, Abel, Ely,

1.3.6. Mecánica molecular..........................................................................................31

1.3.6.3. La energía potencial de interacción entre dos dipolos de

1.3.6.5. Puente de hidrógeno de los aminoácidos de la proteína....................35

1.4. Técnicas de espectroscopia para el estudio de la estructura de la proteína ..38

1.4.2. Cristalografía de rayos X. ................................................................................40

1.4.4. Espectroscopia de infrarrojo............................................................................43

1.5.5. Procesos de una simulación con dinámica molecular y Monte Carlo.......53

2.2.1. Programas bioinformáticos..............................................................................64

2.2.1.3. DataBase: Prosite .....................................................................................64

2.2.1.5. PDB structure viewer................................................................................65

3. Resultados y discusión ....................................................................................................69

3.1. Estructura primaria de fosducina............................................................................69

3.3.1. Hélice alfa...........................................................................................................73

3.3.6. Estudio de rotación para los ángulos phi y psi .............................................79

ADN: ácido desoxirribonucleico

encuentra entre el núcleo celular y la membrana plasmática

GDP: un nucleótido difosfato de guanina (guanosin difosfato)

GMP: mono fosfato de guanina no cíclico (nucleótido de guanilato)

ICM : Momento de inercia de centro de masa

Iqq: momento de inercia de la ubicación de los átomos.

L: momento angular de rotación

Tq: torque de una fuerza que actúa sobre una molécula

χ: polarizabilidad eléctrica de los aminoácidos

Δr: desplazamiento infinitesimal de la molécula

: frecuencia de radiación electromagnética

µ: dipolo eléctrico de las moléculas

ε: permisividad del medio acuoso (constante dieléctrica)

R: constante universal de los gases ideales

En esta investigación se reporta la predicción del plegamiento globular de la

β y de los 16 giros de los aminoácidos, se originó mayor acumulación de los

Palabras Clave: aminoácidos, proteína fosducina, plegamiento de proteínas,

the flow of biological information to be transmitted to another protein.

Keywords: amino acids, protein phosducin, folding of proteins, tertiary structure.

Las estructuras tridimensionales de las proteínas evolucionaron para

las células (Vásquez y Contreras. 2003).

Las proteínas están diseñadas para unirse a cualquier molécula biológica,

extraordinario rango de reacciones químicas, proporcionan rigidez estructural a la

sensores e interruptores, producen movilidad y controlan la función genética.

El avance científico en biología molecular a través de la bioinformática,

organizar, analizar, visualizar y distribuir la información con la finalidad de

hace análisis aleatoriamente al comportamiento de las proteínas cuando se