tema2.

pdf

VirSancho

PROTEÓMICA E INGENIERÍA DE PROTEÍNAS

3º Grado en Biotecnología

Escuela Técnica Superior de Ingeniería Agraria

Universidad de Lleida

Reservados todos los derechos.

No se permite la explotación económica ni la transformación de esta obra. Queda permitida la impresión en su totalidad.
 PEP – TEMA 2 Virginia Sancho Ochoa

TEMA 2 – NIVELES DE ESTRUCTURAS PROTEICAS

No se permite la explotación económica ni la transformación de esta obra. Queda permitida la impresión en su totalidad.
La secuencia primaria determina cómo se estructurará la secundaria. La estructura final se determina
gracias a la secuencia de aa.

− Secundaria: Son alfa y beta, viene determinada

por la secuencia primaria.
− Terciarias: Son más compactas, hay
interacciones entre residuos para estabilizar y
puentes disulfuro.
− Cuaternaria: No la alcanzan todas y pueden
tener subunidades iguales o diferentes.

1. ENLACES EN LAS PROTEÍNAS

Restricción de rotación de péptidos

Reservados todos los derechos.

Los enlaces omega (ω) pueden ser 180º o 0º, y determina si es cis o trans. Un ángulo diedro es aquel que
relaciona un enlace de un C con el de otro C. Es decir, lo “movemos” en
el espacio para ver que ángulo tienen. Aunque no estén con el mismo
vértice (geométricamente hablando), vemos el ángulo. El enlace
peptídico al tener carácter parcial de doble enlace hace que todos los
omegas tengan 180º (en el péptido de abajo). Los cuadrados rosas son
el plano peptídico, quiere decir que el C alfa y el siguiente C están en el
mismo plano. Por tanto, una secuencia de aa es una secuencia de planos
peptídicos unidos por Cα. Para estructurar la secundaria hay que mirar
los phi (ɸ) y psi (Ψ), que son los permiten rotación. Phi entre el N del
residuo y el C alfa. Y psi entre el C y el carbonilo. Queda, phi, psi, omega,
phi, psi, omega…

Lo energéticamente permitido son los valores de energía bajos. Son aquellos que evitan los choque.
Cuando phi y psi son 0 estarán situados de forma que el carbonil del r1 chocará con el H del r3. No es
estable.

Diagrama de Ramachandran

En los diagramas se representa phi y psi. Para cada

residuo tendremos un valor de phi y psi, miraremos
el valor y hallaremos un punto en el diagrama, en
función de cómo está estructurada la proteína. Las
zonas azules son las conformaciones permitidas, las
que dan mayor estabilidad porque son de menor
energía. Las de azul medio son parcialmente
permitidas. Las que están en blanco en principio no
son permitidas, son enérgicamente prohibidas
excepto para la glicina que por su movilidad. Nos
ayuda a saber qué tipo de estructura secundaria tenemos en la proteína.

Protein data bank (pdb), ayuda a ver cosas de las proteínas.

a64b0469ff35958ef4ab887a898bd50bdfbbe91a-2198142
 PEP – TEMA 2 Virginia Sancho Ochoa

Phi (-) y psi (-) = hélix alfa (R)

Phi (-) y psi (+) = lámina beta

2. ESTRUCTURA SECUNDARIA

α-helix R

Los ángulos son (-) (Φ = -57º, ψ = - 47º).

No se permite la explotación económica ni la transformación de esta obra. Queda permitida la impresión en su totalidad.
Por cada giro hay 3’6 residuos. Esta hélice
se puede identificar como alfa o como
hélix 3,613. Tener 3’6 residuos implica que
el r4 está sobre el r1. Están estabilizadas
por pdH del i y el i+4. Para recorrer estos
3’6 residuos se necesita un espacio de 5’4 angstroms. Están
ordenados de forma que no hay repulsión por lo que es como un
macro momento dipolar (imagen amarilla con los polos, las flechas
están del revés). El momento dipolar neto es el que hará que se
organicen tan bien.

Reservados todos los derechos.

Las cadenas laterales están en la parte externa de la hélice, por lo que hay pocas repulsiones. La hélix
alfa interacciona por pdh e interacciones entre residuos.

− Interacción principal: pdH entre -CO y -NH (i -> i+4)

− Interacción cadenas laterales: i con i+3 e i+4, para arriba y para abajo.
• Electrostáticas: atractivas o repulsivas (desestabilizan), depende de la carga
• Hidrofóbicas: Van der Waals, protegen.
− Tamaño: Aa muy grandes (triptófano, tirosina) o muy pequeños (glicina, mucha movilidad),
desestabilizan la hélice. Prolina por su geometría irregular da rigidez.

La amina de la prolina tiene un N donde los demás

tienen un H, y no puede hacer pdH.

Otras conformaciones helicoidales

La hélix 310, es más estirada la alfa, (3 residuos por cada giro y 10

átomos). La hélix pi tienen unos 5 residuos por giro por lo que es como
más gorda y corta.

Me han encerrado aquí ¿alguien puede leer esto?

a64b0469ff35958ef4ab887a898bd50bdfbbe91a-2198142
 PEP – TEMA 2 Virginia Sancho Ochoa

Laminas beta

Phi(ɸ) = (-) (-140°); Psi(Ψ)= (+) (135°).

Formada por hilos beta (trozos de secuencia), entre ellos

forman pdH. Los hilos beta están dispuestos en zigzag, un
residuo arriba y otro abajo. No están dibujadas las cadenas laterales. Entre residuos hay 3’5 angstroms
y la distancia de repetición son 7 angstroms. Hay una separación mucho más grande que en las hélices,
por lo que las láminas pueden tener cadenas laterales muy voluminosas.

No se permite la explotación económica ni la transformación de esta obra. Queda permitida la impresión en su totalidad.
La lamina se estabiliza con pdh entre hilos beta. Los O (ácido) interaccionan con los H(amina) de la otra
cadena y viceversa. Entre las cadenas laterales hay porque están muy separados (en un mismo hilo),
entre distintos hilos quizás (poco común). Los más voluminosos (triptófano, tirosina y fenilalanina) y
ramificados (isoleucina, valina, trionina) estabilizan mucho.

Las láminas beta pueden ser paralelas o antiparalelas:

− Paralelas: Los hilos tienen que crecer en una

orientación. Tiene que hacer un loop, que
puede ser una hélice alfa, quedando
proteínas de láminas y hélice.

Reservados todos los derechos.

− Antiparalelas: Cada hilo tiene una
orientación, se unen por secuencias cortas
de 4r (giros beta).

Las dos son estables, la orientación de los carbonilos

con la amina, en la paralela está desviada, pero en la antiparalela están perfectamente orientados para
los pdH, es más estable.

Los giros beta conectan los hilos beta antiparalelos, son de 4r. Se
estabilizan porque se forma un pdH entre el carbonil del residuo i
y i+3. La distancia entre sus Cα es <7 angstroms, sino no habría
interacción. La glicina y la prolina se suelen combinar para
compensar la rigidez con la movilidad.

− Tipo 1: Giro habitual

− Tipo 2: El plano central está girado, para ello se
necesita r2 prolina y r3 glicina.

3. ESTRUCTURA TERCIARIA

Es el plegamiento de la proteína en el cual los aa están muy lejos en la secuencia, pero muy cerca en el
espacio. Protege los residuos que no pueden estar en contacto con el medio (habitualmente acuoso).
Es compacta, bastante estable y puede ser funcional. Tiene núcleo y una parte
externa que está en contacto con el entorno. El núcleo tiene función de esqueleto
y tiene principalmente residuos hidrofóbicos y apolares. En la parte externa

Me han encerrado aquí ¿alguien puede leer esto?

a64b0469ff35958ef4ab887a898bd50bdfbbe91a-2198142
 PEP – TEMA 2 Virginia Sancho Ochoa

tendremos los residuos que pueden interaccionar con las moléculas del disolvente, hidrofílicas y

No se permite la explotación económica ni la transformación de esta obra. Queda permitida la impresión en su totalidad.
polares.

Las proteínas muy largas tienen dominios estructurales, es una acumulación de estructuras secundarias
dentro de la estructura terciaria. Estructura terciaria con 3 dominios:

Las estructuras secundarias interaccionan por pdh. En la terciaria

tenemos no covalentes y covalentes:

− No covalentes: pdH, interacciones iónicas e interacciones hidrofóbicas

− Covalentes: Puentes disulfuro

Puentes disulfuro

Son reversibles con un agente reductor.

Reservados todos los derechos.

Efecto hidrofóbico

No es una interacción propiamente dicha. Este

efecto hace que la estructura se cierre sobre si
misma dejando los residuos hidrofóbicos en la parte
interna protegidos del medio. En el interior de la
estructura hay residuos polares que intentan
interaccionar entre ellos para estabilizarse.

Interacciones iónicas

Los residuos polares de dentro

de la estructura interaccionan
con interacciones polares, una
carga (+) se junta con una (-). Una interacción muy estable es entre el
aspártico/glutámico con la arginina. Tendremos el O desprotonado con carga (-) y
cerca un carbonil que también reaccionará. Es un pdh y una interacción iónica.

Puentes de hidrógeno

Se establece cuando hay pares de e- no enlazantes de un átomo electronegativo

que comparte con un H. Es entre parejas de e- no enlazantes de O y N con H de
N y O.

Interacciones de Van der Waals

Son de tipo dipolo-dipolo, un enlace polar que interacciona con otro enlace polar.

a64b0469ff35958ef4ab887a898bd50bdfbbe91a-2198142
 PEP – TEMA 2 Virginia Sancho Ochoa

− Interacción dipolo-dipolo fuerte

− Interacción dipolo-dipolo inducido: No se usa
− Fuerzas de dispersión de London: La menos intensa, va
relacionada con el efecto hidrofóbico, se produce en
cadenas laterales hidrofóbicas.

No se permite la explotación económica ni la transformación de esta obra. Queda permitida la impresión en su totalidad.
Interacciones aromáticas

Un anillo aromático está formado por dobles enlaces conyugados.

− Interacciones catión – pi: Tienen los e- deslocalizados a un lado y al otro

del anillo con una carga negativa y los H forman una densidad de carga
(+) en la parte central. Los anillos aromáticos (phe, tyr, trp y hys)
interaccionan con lys y la arg. Se usan para estabilizar hélices alfa (el trp no que ocupa mucho).
El sistema pi está por encima y debajo del anillo, por lo que podría interaccionar con 2 cargas
(+) y (-) a la vez.
− Interacciones a. aromático – a. aromático: Existen diferentes tipos de estabilización.

Reservados todos los derechos.

• Face- to-face: No es factible, es de repulsión, la de
• Edge to Edge: Lo mismo.
• T-shaped: En forma de T. La densidad de carga negativa de la barra de la T interacciona
con el palo de la T con densidad positiva.
• Edge to fase: Lateral con un aromático plano.
• Parallel displaced: Los H del anillo de arriba interaccionan con el sistema pi del de abajo
y viceversa

− Interaccioes a. aromático – sulfuro: Con azufre de la metionina o cisteína. Recuerdan un poco a

un pdH. A azufre le faltan e- y es lo que causa que se establezcan la interacciones ya que es
más pobre en e- que el sistema pi.

Me han encerrado aquí ¿alguien puede leer esto?

a64b0469ff35958ef4ab887a898bd50bdfbbe91a-2198142
 PEP – TEMA 2 Virginia Sancho Ochoa

4. ESTRUCTURAS SUPERSECUNDARIAS Y DOMINIOS ESTRUCTURALES

Los dominios estructurales de una estructura terciaria son estructuras compactas que funcionan
individualmente, no interaccionan los dominios entre sí. La diferencia con los motivos estructurales es
que son estructuras en concreto, se acumulan en una región de la secuencia y dan lugar a dominios
estructurales, pero si los dominios están formados por un único motivo, serán lo mismo.

5. ESTRUCTURA CUATERNARIA

No se permite la explotación económica ni la transformación de esta obra. Queda permitida la impresión en su totalidad.
No todas las proteínas la forman. Es la unión de diferentes secuencias de proteínas, que se estructuran
formando una estructura conjunta. En la estructura integral hay diferentes subunidades dispuestas de
forma simétrica y cada subunidad es un monómero. Los monómeros pueden ser iguales o diferentes
entre ellos.

Sirve para terminar de proteger aquellos residuos hidrofóbicos que quedan en el exterior. El principal
poder de estabilización es la fuerza hidrofóbica. También hay pdH, puentes de disulfuro e interacciones
electrostáticas.

La disposición de las subunidades puede ser lineal (pentágono), de cuadrado o de tetraedro.

Reservados todos los derechos.

Me han encerrado aquí ¿alguien puede leer esto?

a64b0469ff35958ef4ab887a898bd50bdfbbe91a-2198142