ANÁLISIS DE EXPRESIÓN DIFERENCIAL

Se ha extraído 75 ng de ARN de muestras procedentes de un tratamiento control

y muestras que han recibido un tratamiento experimental. Tras realizar todos los
procedimientos necesarios para llevar a cabo una qPCR los resultados obtenidos
en cuanto los valores de Cq dado por el termociclador se muestran en la siguiente
tabla.
Analizar la expresión del gen de estudio (C3) en las muestras tratadas, con respecto
al control. Utilizar para ello una cuantificación relativa normalizando al gen de
referencia (GADPH) mediante el método que considere teniendo en cuenta la
eficiencia para ambas situaciones.
“*” Se refiere a Cq obtenidos para las distintas diluciones de las moléculas
correspondientes para el gen C 3 y a” para el gen GADPH.

He analizado la expresión del gen C3 utilizando la cuantificación relativa

normalizando al gen de referencia mediante el método Livak o 2 -ΔΔCt. He utilizado
este método pues mediante la cuantificación de la eficacia de amplificación del
gen constitutivo y el gen de estudio he comprobado que tienen prácticamente la
misma eficiencia (108.39 % y 109.47 %, respectivamente).
 1. Evaluar los datos independientes y eliminar aquellas réplicas que
tengan una diferencia >0.2 Ct

Control 1 Control 2 Control 3 Tratamiento 1 Tratamiento 2 Tratamiento 3

GADPH 17.30 16.22 17.00 17.21 16.14 15.00
GADPH 17.36 16.22 17.03 17.21 16.15 15.10
GADPH 17.31 16.89 17.05 17.22 16.10 12.00
C3 15.22 14.43 15.23 13.32 13.39 14.54
C3 15.23 14.45 15.21 13.43 13.33 14.44
C3 17.32 14.40 15.20 13.40 13.32 14.48

2. Hallar la media para cada individuo de cada tratamiento, para cada

gen con los datos seleccionados

Control 1 Control 2 Control 3 Tratamiento 1 Tratamiento 2 Tratamiento 3

GADPH 17.32 16.44 17.03 17.21 16.13 15.05
C3 15.23 14.43 15.21 13.38 13.35 14.49

3. Hallar la media para cada tratamiento, para cada gen con los datos
seleccionados.

PROMEDIO PROMEDIO
CONTROL TRATAMIENTO
GADPH 16.93 16.13
C3 14.96 13.74
 4. Calcular la expresión diferencial del gen C3 en las muestras tratadas
respecto a los controles por el método de cuantificación relativa,
método Livak ó 2 -ΔΔCt

a) ΔCt (control) = 14.96 -16.93 = -1.98

b) ΔCt (tratamiento) = 13.74 -16.13 = -2.39

c) ΔΔCt= (tratamiento-control) = -2.39 - (-1.98) = -0.42

d) 2 -ΔΔCt 2 - (-0.42) = 1.33

La expresión del gen C3 es algo mayor en las muestras del tratamiento

experimental que en las muestras control.