Taller 10.

qPCR
Integrantes del grupo:
María Camila Torres 202113187
Fabio Alejandro Torres Ramos 202113194
Santiago Martínez Ariza 202112005
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En grupos de trabajo, respondan:

En el laboratorio de Biología Molecular de la Universidad de los Andes se evaluó mediante la técnica de q-PCR la expresión del gen
PARD3B en diferentes tejidos humanos. La expresión de este gen se ha relacionado con la aparición de diferentes tipos de cáncer. En
este ensayo se utilizó como calibrador el tejido de riñón y la expresión del gen se normalizó utilizando el gen GAPDH como
Housekeeping.

A partir de la siguiente tabla:

Target: PARD3B Housekeeping: GAPDH

Replica Replica Replica Replica Replica Replica
Promedio Promedio ΔCt ΔΔCt 2-ΔΔCt
1 2 3 1 2 3
Calibrador Riñón 34,8 38,3 35,9 36,3 22,6 23,4 21,8 22,6 13,7 0
Test Hígado 23,4 28,5 26,8 26,2 23 22,3 25,7 23,6 2,6 -11,1 2194,99
Test Páncreas 24,01 27,5 25,04 25,5 22,3 20,9 23,4 22,2 3,3 -10,4 1351,17
Test Útero 30,5 35,2 33,8 33,2 23,7 21,8 24,5 23,3 9,9 -3,8 13,92
Test Médula 27,2 29,9 28,5 28,5 21,8 19,9 23,8 21,8 6,7 -7 128
Test Corazón 24,5 31,7 27,7 27,9 25,3 24,7 26,6 25,5 2,4 -11,3 2521.38
a) Busque la función tanto del gen PARD3B como la de GAPDH.

- GAPDH: Esta es una enzima la cual específicamente en eucariotas sirve como un catalizador en la ruta metabólica de la
glicolisis, en la cual ella lo que hace es convertir el gliceraldehido, 3-phosphato pasarlo a D-glicerato 1,3-bisphosphato.
También cumple la función más general en las células de romper la glucosa para así obtener energía. Es una enzima muy
relevante en la metabolización de energía y la producción de ATP y piruvato a través de glicolisis anaeróbica en el citoplasma.
La GAPDH también se presenta en la mitocondria en la cual puede unirse con el canal de aniones dependiente de voltaje
(VDAC), lo que puede promover la liberación de citocromo c (CytC) y factor inductor de apoptosis (AIF), lo que lleva a la
muerte celular apoptótica.
- PARD3B: El gen PARD3B codifica para una proteína, cuya función es regular la polarización de células, establecimiento de
la localización del centrosoma, mantenimiento de polaridad de. Su función es de gran importancia, puesto que si se encuentra
inactivado. También es un gen que se encuentra altamente expresado en la musculatura esquelética, los riñones y los
pulmones, a su vez se expresa en una menor medida en el páncreas, hígado, placenta, corazón y cerebro.

b) Complete los valores faltantes en la tabla y usando el método ΔΔCt, evalúe los niveles de expresión de PARD3B en cada tejido
con respecto al riñón. Tenga en cuenta las siguientes fórmulas.

Se evaluó que los niveles de expresión del gen en cada tejido, con el resultado de 2-ΔΔCt se pudo denotar que el tejido con mayor valor de
este, tenía mayor expresividad por lo cual de mayor a menor grado de expresividad los resultados dieron: corazón, hígado, páncreas,
medula y útero.

c) Realice un gráfico con los resultados obtenidos, graficando en el eje X el tejido y en el eje Y la expresión relativa con respecto
al riñón (2-ΔΔCt)
 d) De acuerdo con los resultados obtenidos, qué puede concluir sobre la expresión del gen PARD3 en cada tejido.

R. Se puede concluir que la expresión del gen PARD3 en las células del caso de estudio, con respecto a las células del calibrador
(riñón), se pudo denotar que tuvieron mayor a menor expresión de la manera a continuación: corazón, hígado, páncreas, medula y
útero, respectivamente. Esto se puede corroborar debido a que primero si se analiza el valor de ΔCt, si este es menor significa que
habrá una mayor expresión ya que necesita menos ciclos, por lo cual entre más valor de ΔCt menor va a ser su expresividad de
PARD3, y siendo acorde esto puesto que el útero es el que mayor valor tiene de ΔCt y por esto es el que menos expresión tiene de las
células tratadas. También si vemos el valor de 2-ΔΔCt ya que este expresa el número de copias expresadas del gen de interés en las
células tratadas con respecto al control, y es por esto que si el tejido tenía mayor expresividad iba a tener mayor valor de 2-ΔΔCt esto es
acorde puesto que el corazón era el que tenía mayor valor y el útero el que tenía menor. Por lo que también se puede analizar que los
valores de ΔCt y 2-ΔΔCt son inversamente proporcionales, con respecto a la expresividad del gen en el tejido.
 Referencias
- Nicholls C, Li H, Liu JP. GAPDH: a common enzyme with uncommon functions. Clin Exp Pharmacol Physiol. 2012 Aug;39(8):674-
9. doi: 10.1111/j.1440-1681.2011.05599.x. PMID: 21895736.
- Tristan, C., Shahani, N., Sedlak, T. W., & Sawa, A. (2011). The diverse functions of GAPDH: views from different subcellular
compartments. Cellular signalling, 23(2), 317–323. https://doi.org/10.1016/j.cellsig.2010.08.003

- Genecards. PARD3B Gene - Par-3 Family Cell Polarity Regulator. https://www.genecards.org/cgi-bin/carddisp.pl?gene=PARD3B

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