TEMA 1: IDENTIFICACIÓN DEL MATERIAL HEREDITARIO Y

PROPIEDADES DE LOS ÁCIDOS NUCLEICOS

REPASO BÁSICO ADN Y ARN

ESTRUCTURA DE LOS NUCLEÓTIDOS

- Bases nitrogenadas
o Pirimídicas:
 Un anillo de seis carbonos similar a un benceno pero con 2 átomos de
nitrógeno en las posiciones 1 y 3.
 Fórmula molecular: C4H4N2
 Timina (T):
 Se forman dos grupos ceto en 2 y 4, se une un metil en 5 y se
reompen los doble enlaces del N siendo sustituidos por H.
 EXCLUSIVO DEL ADN
 Fórmula molecular: C5H6N2O2
 Citosina (C):
 Se forma un grupo ceto en 2 y un amino en 4.
 Fórmula molecular: C4H5N3O
 Uracilo (U):
 Igual a Timina pero sin el grupo metilo.
 EXCLUSIVO DEL ARN
 Fórmula molecular: C4H4N2O2

o Púricas:
 Dos anillos fusionados, uno de 6 átomos (piramidina) y otro de 5
(imidazol o anillo ininoácido).
 Fórmula molecular: C5H4N4
 Adenina (A):
 Un H ha sido sustituido por un grupo amino (NH2) en C6
 Fórmula molecular: C5H5N5
 Guanina (G):
 Se forma un grupo ceto en C6, un H se sustituye por un grupo
amino en C2 y se rompe un doble enlace.
 Fórmula molecular: C5H5N5O
 o Se enlaza A(doble enlace por puentes de H: 6-4 1-3)T/U y G(triple enlace por
puentes de H: 6-4 1-3 2-2)C

- Pentosa
o Es un azúcar de 5 átomos de C que puede ser una ribosa (ARN) o
desoxirribosa (ADN)

- NOTA IMPORTANTE: los carbonos de los azúcares se nombran con ´, pero los de las
bases no.

- Ácido fosfórico (H3PO4):

o Puede contener 1, 2 o 3 grupos fosfato (que aportan cargas negativas)por

nucleótido

- En resumen, los nucleótidos están formados por el enlace covalente de un nucleósido

(base y pentosa) con el azúcar
 ENLACES

IDENTIFICACIÓN DE LA NATURALEZA QUÍMICA DEL MATERIAL HEREDITARIO

 AVERY, MACLEOD & MCCARTY

- 1944 demostraron que el ácido desoxirribonucleico (ADN) es el material
hereditario en la bacteria Streptococcus pneumoniae
 HERSHEY & CHASE
- 1952: demostraron que el ADN es el material hereditario en el fago T2
 MIESCHER
- 1869: Aísla de los núcleos de los glóbulos blancos un material rico en fósforo al
que denominó nucleína.
 FRAENKEL-CONRAT & SINGER
- 1957: demostraron que el ácido ribonucleico (ARN) es el material hereditario en
el virus del mosaico del tabaco (TMV)

 HIPÓTESIS DEL TERANUCLEÓTIDO DE LEVENE (1910)

- Descubre de que estaba compuesto el ADN (los 4 nucleótidos) y como
enlazaban.
- “En la molécula de ADN las 4 bases nitrogenadas se dan en iguales
proporciones y forman tetranucleótidos que se repiten de forma monótona a lo
largo de la molécula”
- Postula erróneamente que el ADN no tenía que ver con la herencia ya que era
demasiado repetitivo y monótono.
- Se pensaba que las proteínas eran las relacionadas con la herencia por su
conjugabilidad y versatilidad.
COMPOSICIÓN QUÍMICA DE LOS ÁCIDOS NUCLEICOS

 REGLA DE EQUIVALENCIA DE BASES DE CHARGAFF (1949)

- Realiza un experimento por el que, partiendo de células de diferentes seres vivos,
intentó purificar el ADN. Luego trató este ADN con un ácido suave rompiendo las
cadenas en los nucleótidos
- Consigue descubrir en que porcentaje estaba cada uno de esos nucleótidos (a
pesar que por la teoría de Levene era todo al 25% ya que el ADN era muy
monótono), mediante una técnica de cromatografía en papel.
- Para realizar esta técnica colocó la muestra en el recipiente (mezclado con un
solvente) del que cuelga un papel de filtro. El solvente mezclado con los
nucleótidos arrastra a los nucleótidos, pero no de manera igual ya que dependía de
el "arrastre" de cada.
- Por la técnica de espectrofotometría observó que absorbía cada uno, llegando a la
cuantificación de que a más luz absorbida más cantidad de base. = C/G =
A+T/C+G = 1

PARA UN ADN BICATENARIO

REGLA DE EQUIV. DE BASES DE

CHARGAFF

- Chragaff no supo decir que implicaciones tenía esto pero demostró la variedad del
ADN y la equivalencia de bases.
- A+G=C+T eso es único para cada especie y se aplica también al ARN bicatenario.

LA ESTRUCTURA SECUNDARIA DEL ADN

ANÁLISIS DE LA ESTRUCTURA TRIDIMENSIONAL DE ADN POR WATSON Y CRICK (1953)

BASADA EN DIFRACCIÓN DE RAYOS X SOBRE FIBRAS DE ADN

- Se realiza mediante difracción de rayos X sobre fibras de ADN.

- Se considera una DCIÓN. concentrada de
ADN viscosa de la que se extraen mediante
una pipeta Pasteur fibras de ADN.
- Esta fibra de ADN se mantenida en
condiciones de humedad controlada, se
 coloca en la intersección de un haz de rayos X que impacta sobre ella generando
un patrón de rayos difractantes.
- Se recoge una película fotográfica sencilla a los rayos X y se revela la foto para
interpretar. Se proyecta luz sobre esta fotografía obteniendo unas manchas (patrón
de difracción) y su intensidad.
- Esta técnica permite conocer aspectos generales estructurales de la molécula tales
como su diámetro, el número de pares de bases por vuelta o la distancia atómica
entre los nucleótidos que se suceden a lo largo de la molécula de ADN.
- Como limitación tenemos que no permite asignar posiciones concretas a átomos
específicos ya que esta molécula está en disolución y los enlaces pueden rotar y
cambiar. Así pues al interpretar estos patrones podemos tener interpretaciones
alternativas con los mismos datos experimentales. (le dio bastante importancia)

ESTRUCTURA SECUNDARIA DEL ADN. APILAMIENTO DE LAS BASES DE ASTBURY (1938)

- Usando la metedología anetrior se descubre que las bases nitrogenadas se

encuentran perpendiculares a su eje a un modo de apilamiento de monedas.
- Esta estructura se justifica debido a que las bases nitrogenadas son hidrofóbicas
pero no totalmente, ya que tienen cierta solubilidad (conferida a los grupos ceto y
amino). Al ser hidrofóbicas repelen el agua asociándose entre si del mejor modo
termodinámicamente, es decir, cara con cara.
- Esto nos lleva a explicar la estructura de una de las cadenas del ADN. Si hay
apilamiento de las bases, hay cierta rigidez estrirándose la cadena en cierta
medida, y posibilitando las funciones de ADN.
- Si realmente no hubiera apilamiento dificultaríamos el trabajo de las enzimas para
reconocer el ADN. Es decir, el apilamiento de las bases favorece la función general
del ADN.
- Astbury reconoce la separación entre bases 3,4 amstrong o 0,34 nanometros y un
diámetro de 2nm o 20 amstrong (1nm= 10 amstrong).

MODELO HELICOIDAL

- En 1950 Wilkins consiguió unas muestras de ADN super puras (proporcionadas por
otro científico sueco) que se someten a cristalizalización (quitando agua).
- El ADN capaz de formar cristales demuestra que la estructura secundaria es
bastante homogénea.
- Esto le hace pensar que había solo una única estructura de ADN secundario. Aún
así, el podía ver unas formas ligeramente distintas.

- Es Rosalind Franklin como máxima esperta en Rayos X en

1952, quien obtiene esta imagen (FOTO 51). En ella se
observan estructuras luciformes que evidencian que debían
haber una estructura helicoidal secundaria.

- Se determinan más parámetros: se confirma el apilamiento, la distancia

internucleotídica, cada vuelta de hélice 10 bases (3,4 nm cada vuelta), diámetro de
2nm, dada la densidad del ADN tiene que haber más de una cadena.
- Gracias a esta imagen Crick y Watson afirman la existencia de una estructura
secundaria del ADN, un modelo de dos cadenas.
 - Su problema fue que no sabían como estas dos cadenas se asociaban. Colocaban
el azúcar hacia fuera y las bases hacia dentro. Pero, ¿cuál era la regla para que se
mantuvieran unidas?
- En aquel momento se pensaba que las bases nitrogenadas tenían formas
tautoméricas, como consecuencia, las formas TAUTOMÉTICAS (los hidrógenos
migraban de C alterando los grupos amino y ceto) tenían diferentes
emparejamientos de las bases.
- Si realmente esto existía, esto significaría que la información genética no se
conservaría ya que cada vez una base se emparejaría con algo distinto.
- Descubriendo la verdad sobre las formas tautoméricas (que si que existen, generan
mutaciones), se reafirman en las reglas de emparejamiento.

MODELO FINAL DE WATSON Y CRICK

- Doble hélice dextrógira (ya que si ves la hélice desde
arriba ves el discurrir de los enlaces azúcar-fosfato
similar a las agujas del reloj)
- Dos cadenas complementarias (A-T dos puentes de H,
G-C tres puentes de H), antiparalelas (5’-3’) y con
polaridad opuesta.
- El esqueleto azúcar fosfato ocupa una posición exterior.
- Bases nitrogenadas en el interior perpendiculares al eje
de la molécula.
- Distancia internucleotídica de 0.34nm
- 10 pares por vuelta (3.4nm)
- Cada par de bases imprime una rotación de + 36 grados.
- Diámetro 2nm.
- Surco mayor y surco menor.
- Hay huecos en el surco mayor que facilitan el acoplamiento de moléculas
reguladoras y enzimas.

ESTRUCTURAS SECUNDARIAS ALTERNATIVAS AL ADN-B

- Al principio se acepta que el ADN-B era la forma de la estructura secundaria del ADN. Pero,
como ya sabemos, la técnica (rayos X) de Watson y Crick dejaba ambigüedad sobre la
posición.
- Además del ADN-B (estándar, Watson y Crick) se obtienen estructuras alternativas en
condiciones de humedad relativa más bajas, es decir, en condiciones fisiológicas diferentes a
las “estándar”.
- ADN-A (bajar humedad al 75%), ADN-D, ADN-C, ADN-P...
- Todas se caracterizan porque presentan los rasgos
fundamentales del ADN pero difieren en el diámetro y numero de
pares de bases por vuelta
- El análisis detallado de estas formas llega en los 70s con nuevos
avances:
o Síntesis de oligonucleótidos in vitro para uniformizar el
factor secuencia
o Cristalización para asignar posiciones concretas a
átomos específicos (cristalografía de Rayos X). La
 técnica anterior nos proporciona datos generales del ADN, y esta información local.
Son técnicas complementarias.

ADN-Z
- En el MIT se sintetiza un oligonucleótido solo de CG (6 pares de bases) y se cristaliza.
- Doble hélice antiparalela, complementaria y con polaridad opuesta.
- Sentido levógiro o antihorario.
- Patrón en zigzag de los enlaces azúcar-fosfato porque hay una configuración alternante entre
anti (citosina) y syn (guanina) de los enlaces glicosídicos (azúcar+base) mientras que en
ADN-B es siempre la misma (anti). Se ve en negrita en la imagen.
- La unidad de repetición es un dinucleótido.
- La doble hélice contiene 12 pares por vuelta.
- Cada dímero imprime una rotación de -60º.
- El diámetro es de 1.8nm.
- Solo hay un surco (menor).
- Sin embargo, el sistema tiene poca estabilidad por las menores
distancias entre nucleótidos y se generan repulsiones
electrostáticas.
- Estudios posteriores demuestran que la estructura en Z puede ser
estable en condiciones fisiológicas y que esta estabilidad esta
favorecida por diferentes factores:
o Si se da alternancia de bases púricas y pirimidínicas (G-C)
o Si la citosina tiene una metilación en posición 5.
o Si están asociadas en SUPERHÉLICES NEGATIVAS.
- Posteriormente se consiguen obtener anticuerpos anti ADN-Z y se prueban sobre sistemas
biológicos, demostrando su fuerte poder inmunogénico.

SIGNIFICADO BIOLOGICO DEL ADN-Z:

- El ADN-Z interviene en la expresión génica.
- Estudiando la estructura del protooncogen c-myc, en cuya
región promotora hay alternancia de bases púricas y
pirimidínicas; se descubrió que los anticuerpos anti ADN-Z se
unían a estas zonas, demostrando la existencia de esta
estructura.

- Existe una transición de la estructura normal (ADN-B) a ADN-Z cuando comienza la

transcripción génica, y se revierte otra vez a ADN-B cuando esta termina.

ESTRUCTURA TERCIARIA DEL ADN

- Se refiere al plegamiento de la molécula de ADN en el espacio.

- El ADN no está en una doble hélice alrededor de un eje común, esto es solo esquemático,
es erróneo. En realidad el eje es curvo (da giros en el espacio) formando estructuras
 superpuestas a la estructura secundaria denominadas SUPERHÉLICES, estas son las que
hacen que se plieguen las moléculas del ADN.
- Esto es debido a que cuando se producen giros, se perturba la estructura secundaria, se le
induce energía y se soluciona generando una superhélice.

TIPOS DE SUPERHÉLICES
- Superhelice positiva: Giro en el espacio
del ADN sobre su propio eje en la misma
dirección (sentido horario) que el giro del
propio dúplex
- Superhélice negativa: Giro en el espacio
del ADN sobre su propio eje y en dirección
contraria (sentido antihorario) al giro del
propio dúplex.

CARACTERIZACIÓN DE LA TOPOLOGÍA DEL ADN

- Número de enlace o linking number (L): Número de veces que una cadena de un duplex
cruza la otra.
- Número de vueltas o twisting number (T): Número de pares de bases totales entre el número de
pares de bases por vuelta. Está ligado a la estructura secundaria del ADN. Puede ser -
(levógira) o + (dextrógira).
- Número de retorcimientos o writhing number (W): Número de giros que da el eje del dúplex en
el espacio. Está ligado a la estructura terciaria del ADN. Puede ser + (superhélice positiva) o –
(superhélice negativa).
- Si w=0 no existe superhélice.

- En una molécula de ADN de doble cadena circular y covalentemente cerrada (sin incisiones ni
roturas) el número de enlace L=0, es CONSTANTE. Que sea constante no implica que no haya
variaciones, solo que se compensan.
- ISÓMEROS TOPOLÓGICOS: son dos moléculas de ADN idénticas salvo por su número de
enlace. Para que haya isómeros topológicos se necesita que haya una ruptura en una o varias
cadenas del dúplex, es decir, que uno de los extremos libres roten y que vuelvan a unirse
covalentemente.

CLASIFICACIÓN DE LAS ENZIMAS ADN TOPOISOMERASA

- La formación de superhélices se lleva a cabo por enzimas especializadas llamadas
ADN topoisomerasas. Son capaces de cambiar el número de enlace.
- En función de su mecanismo de actuación se clasifican en tipo 1 y 2:
- TIPO I: producen un único corte en una de las cadenas del dúplex. Los extremos libres de
la cadena rota pueden girar y las enzimas sellan covalentemente los extremos cambiando
por tanto el número de enlace ΔL en ±1
o En E coli son las topoisomerasas I (elimina sh. -) y III.
- TIPO II: son aquellas que producen 2 cortes una en cada cadena. Los extremos libres de
la cadena rota pueden girar y las enzimas sellan covalentemente los extremos cambiando
por tanto el número de enlace ΔL en ± 2
 o En E. coli son las topoisomerasas II (ADN girasa que genera superhelices -)
y IV.

DENSIDAD SUPERHELICOIDAL (DSH)

- Este parámetro cuantifica ese nivel de superhélices presentes en todos los seres vivos
(fenómeno omnipotente).
- La DSH es el número de superhélices por vuelta de doble hélice (10pb en ADN-B)
- El valor medio de la DSH in VIVO es de -0.05, es decir que priman las superhélices negativas y
existe una cada 200 pares de bases (es un valor promedio, puede haber variaciones).

IMPORTANCIA FUNCIONAL DE LA ESTRUCTURA TERCIARIA

- Estabilizar el ADN-Z
- El ADN no es una estructura fija. Varía puesto que se produce la desnaturalización del
ADN, es decir, la rotura de los puentes de H (la cual es muy importante en la función del ADN).
Las superhélices negativas ayudan a estas desnaturalizaciones locales.
- La estructura terciaria del ADN y la farmacología clínica
- Inhibidores de topoisomerasas como antibióticos (quinolonas) ó agentes quimioterapéuticos
(ectopósidos)

¿CÓMO SABER EXPERMINETALMENTE SI EL ADN O EL ARN ES DE DOBLE O SIMPLE

CADENA?
- MEDIDA ABSORBANCIA: se mide la absorbancia antes y después de tratarlo con calor, si
la cadena original era de doble hélice, esta aumentaría al romper los PDH. Si fuese sencilla la
absorbancia no aumentaría. Si quisiésemos saber si son nucleótidos sueltos se le sometería a
la hebra sencilla a un proceso de hidrólisis, de modo que la absorbancia aumentaría aún más.
- TEMPERATURA DE FUSIÓN: lo de doble hélice tendría una temperatura de fusión para
desnaturalizar las hebras, el simple no.
- DESNATURALIZACIÓN: si usamos una enzima específica que rompa un tipo de hélice.
- GRADIENTE DE ClCs: si después de aplicar calor para desnaturalizarlo, en el caso del
doble se observaría una banda antes, y dos después. Si es sencillo solo una.

DENSIDAD
La densidad aumenta, si lo hace el contenido de G+C, y por lo tanto la temperatura de fusión o Tm
(temperatura para desnaturalizar el ADN), pues al haber triples enlaces, hay que aplicar una
mayor fuerza para romperlos y desnaturalizarlos, de modo que más calor necesario.

VELOCIDAD DE REANTURALIZACIÓN
Esta depende del nº de veces que esté repetida una secuencia. A más veces, más probable que
se encuentren, se emparejen y se formen.

Tm
Puede ser que aunque la cadena sea de una sola hebra halla Tm ya que hay veces que se
produce una complementariedad interna en, por ejemplo, moléculas circulares. ESTAS SON LAS
SECUENCIAS PALINDRÓMICAS.