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Fundamento
La PCR cuantitativa se realiza en un termociclador con capacidad de hacer incidir sobre cada muestra un haz de luz
de una longitud de onda determinada y de detectar la fluorescencia emitida por el fluorocromo excitado. Este
termociclador es un aparato con capacidad para calentar y enfriar rápidamente las muestras, de modo que se
aprovechen las cualidades fisicoquímicas de los ácidos nucleicos y las enzimáticas de la ADN polimerasa.
El proceso de PCR por lo general consiste en una serie de cambios de temperatura que se repiten en 25 - 40 veces,
llamados ciclos, donde cada uno posee un mínimo de tres etapas: la primero, en torno a los 95 °C, permite la
separación de los ácidos nucleicos de doble cadena; el segundo, a una temperatura en torno a los 50-60 °C, permite
el alineamiento de los cebadores al ADN molde;[5] el tercero, a 68 - 72 °C, facilita la polimerización por parte de la
ADN polimerasa. Debido al pequeño tamaño de los fragmentos amplificados usualmente en este tipo de PCR puede
omitirse el último paso, pues la enzima es capaz de amplificar durante la rampa entre la temperatura de alineamiento
y la de desnaturalización. Además, algunos termocicladores añaden a cada ciclo unos segundos a otra temperatura,
por ejemplo 80 °C, a fin de reducir el ruido por la presencia de dímeros de cebadores cuando se emplea un colorante
inespecífico. Las temperaturas usadas y el tiempo aplicado en cada ciclo dependen de gran variedad de parámetros,
como: la enzima usada para la síntesis de ADN, la concentración de iones divalentes y desoxirribonucleótidos
(dNTPs) en la reacción y la temperatura de unión de los cebadores.[6]
PCR en tiempo real 2
Clasificación
Podemos clasificar las técnicas de PCR cuantitativa según el empleo de fluorocromos no específicos o bien de
sondas moleculares dependientes de la secuencia.
• En las técnicas basadas en fluorocromos inespecíficos se detecta la generación exponencial de ADN de doble
cadena empleando un fluorocromo que se une inespecíficamente a aquél. Un ejemplo de colorante que permite
esta detección es el SYBR Green), que, excitado mediante luz azul (λmax = 488 nm) emite luz verde (λmax = 522
nm).[7] Posee la ventaja de requerir sólo un par de cebadores para efectuar la amplificación, lo que abarata su
coste; sin embargo, sólo es posible amplificar un producto en cada reacción.
• Las técnicas basadas en sondas específicas utilizan al menos un oligonucleótido marcado fluorescentemente.
Típicamente esta sonda está unida a dos fluorocromos e hibrida en la zona intermedia entre el cebador directo
(forward) y el inverso (reverse); esto es, en el amplicón. De este modo, cuando la sonda está intacta, presentan
una transferencia energética de fluorescencia por resonancia (FRET). Dicha FRET no se produce cuando los dos
fluorocromos están distantes debido a la degradación de la sonda mediante la actividad 5'-3' exonucleasa de la
ADN polimerasa, o bien debido a la separación física de los fluorocromos por un cambio en la conformación de la
sonda. Esto permite monitorizar el cambio del patrón de fluorescencia y deducir el nivel de amplificación del gen.
Modelización
A diferencia de la PCR de punto final (PCR convencional), la PCR en tiempo real permite cuantificar el nivel de
producto obtenido en cualquier momento de la amplificación mediante la señal de fluorescencia (en realidad,
mediante su nivel sobre un umbral). Los valores de fluorescencia, expresados como logaritmos a fin de estudiar
fácilmente la fase exponencial de amplificación, que aparece como una línea recta al representar gráficamente el
logaritmo de la fluorescencia frente al número de ciclo; este segmento, denominado segmento cuantificable, permite
valorar la cantidad de ADN inicial.
2. Cada uno de los segmentos cuantificables permite definir una ecuación de la recta de tipo U=ax+b, que permite
modelizar la eficiencia de la amplificación (la pendiente a) y, mediante la ordenada en el origen b, la cantidad de
ADN en el ciclo 0, al menos teóricamente.
3. Si bien, puesto que las medidas experimentales conllevan un error, dicha cuantificación arrastra un error
estocástico. Si las muestras de concentraciones K, L y M fueran amplificadas durante más ciclos, se obtendrían
cinéticas diferentes, si bien bastante próximas (ser representan sus segmentos cuantificables en rojo, rosa y
naranja). Cada una de estas medidas permite establecer una nueva ecuación, representada en puntos del mismo
color. Las ordenadas en el origen (b) diferentes son también medidas. Así, podemos evaluar el error o
incertidumbre de la técnica evaluando las diferencias entre las pendientes b (EK, EL, EM).
4. No obstante, dicha imprecisión en la medida varía para cada muestra (EK es inferior a EL, que es, a su vez, más
pequeña que EM). Una proyección de la ecuación de la derecha sobre el eje de ordenadas o una de sus paralelas
dará lugar a un «error dependiente de la concentración de ADN inicial».
Gráfica de la derecha (B)
1. Las ecuaciones obtenidas según los segmentos cuantificables pueden extrapolarse hacia el eje de abscisas, aunque
se trate de un valor carente de significado bioquímico sino simplemente matemático.
2. Los ángulos que modelizan el error experimental (líneas de puntos rojos, naranjas o rosas) permiten definir las
nuevas incertidumbres EK, EL y EM. Estas incertidumbres son mayores que en la gráfica de la izquierda (gráfica
A), si bien se mantiene su proporcionalidad. Por tanto, sobre la medida ahora generamos un «error independiente
de la concentración de ADN inicial».
3. Es posible proyectar rectas paralelas entre sí, sobre la recta definida sobre una paralela al eje de abscisas de modo
que se corten los segmentos cuantificables por la mitad. Este segmento es denominado «umbral de detección».
4. Los valores en X (número de ciclos) de estas intersecciones son denominados «CT» (o «Ct», del inglés cycle
threshold, cuya traducción es ciclo umbral), aunque también pueden llamarse «CP» (del inglés crossing point, o
punto de cruce). Se trata, pues, de los valores matemáticos definidos sobre el espacio de reales positivos y no de
los enteros positivos (aunque una fracción del ciclo no posea realidad experimental). Estos valores, inversamente
proporcionales a la cantidad de ADN inicial, suelen poseer una incertidumbre sobre la medida mínima, en general
inferior al 5%.
Rectas de calibrado
Como se indicaba en el apartado de cuantificación, emplear el CT, como valor matemático, permite obtener
resultados fiables, pero este hecho puede no ser explotado directamente. A fin de conocer la cantidad de ADN
inicial, es preciso pues realizar nuevas transformaciones matemáticas que requieren conocer la eficiencia de PCR,
que suele determinarse gracias a una recta de calibrado.
PCR en tiempo real 5
• Dicha amortiguación es extremadamente variable de una recta de calibrado a otra, y la corrección que se
modeliza no corresponde probablemente a aquélla que pasa por la muestra cuantificada. El software comercial
lo modeliza para una sola muestra.
• La imprecisión en la cuantificación a estas concentraciones es tan importante que la modelización de la
«amortiguación» puede ser necesaria.
• Esta «amortiguación» corresponde, cuando se dibujan las rectas, a una reducción de la pendiente luego de un
aumento de la eficacia de PCR, así que el incremento de los efectos estocásticos puede reducirse. Nótese
además que esta «amortiguación» se define principalmente según la concentración más baja (N, 0,7 copias en
el ejemplo). O lo que es lo mismo, no podrá realizarse amplificación alguna si no se tiene al menos una
molécula completa del ADN a amplificar. El sesgo producido en la distribución gaussiana del error puede
provocar esta aparición de datos extraños o «amortiguaciones medias».
Luego la recta de calibrado permite una cuantificación para un protocolo experimental dado pero hay que tener en
cuenta que existen multitud de fuentes de error potenciales, como diferencias de composición química del tampón de
reacción, de las muestras (presencia de proteínas, ARN, etc) e incluso del diluyente (el agua, generalmente).
Enfoques
Como se indicaba anteriormente, es posible por tanto cuantificar la expresión génica en términos absolutos como en
relativos (es decir, por comparación con la expresión de otro gen). En el segundo caso, es de vital importancia
seleccionar como gen estándar aquél que cuya expresión realmente no varíe cuando se somete al individuo al
tratamiento experimental cuyo efecto en la transcripción se desea estudiar (por ejemplo, un estrés ambiental,[17]
biótico[18] o tipo de tejido[19] ).
Cuantificación absoluta
Que se basa en las características de la fase exponencial de la curva sigmoide de emisión de fluorescencia.[20]
Responde a la ecuación:
(1)
Cuantificación relativa
Que establece una relación R entre la cantidad de ADN inicial de una muestra respecto de la de un testigo, que se
asume se expresa de forma invariable e independiente del tratamiento. En su detección tenemos que:[4]
y, por tanto
o:
Desde 2002 existe una tendencia a emplear varios genes normalizadores para realizar una cuantificación relativa
fiable; de este modo, se generan factores de normalización que ponderan de algún modo el impacto de cada gen
interno; una aproximación común se basa en el empleo de medias geométricas de estos genes normalizadores.[15]
PCR en tiempo real 7
Otro algoritmo, denominado NormFinder, aprovecha los valores CT para ajustar un modelo matemático de la
expresión génica capaz de evaluar las variaciones presentes dentro y entre los grupos (tipo de órganos, tratamientos
químicos...) definidos por el investigador. De este modo, los genes con una variación inter e intragrupo mínima son
los considerados más estables, poseyendo un valor de estabilidad S mínimo.[21]
También es posible evaluar no ya la estabilidad mediante comparaciones dos a dos, sino analizar el coeficiente de
variación de los niveles de expresión relativos normalizados. Esta aproximación, propia de qBase o qBasePlus[22] ,
requiere de la transformación de los valores CT iniciales en cantidades relativas teniendo en cuenta los valores de
eficiencia de la PCR y empleando como calibrador el gen con menor CT; tras esto, se calcula un factor de
normalización para cada muestra empleando la media geométrica de los valores relativos estmiados para todos los
genes candidatos.
• Las sondas TaqMan permiten medir la producción de productos de PCR mediante un sistema de sondas marcadas
mediante dos fluorocromos. Su utilidad radica en que poseen un fluoróforo en su extremo 3' y una molécula en el
5' que bloquea su emisión de fluorescencia (denominada en inglés «quencher»); esta sonda marcada hibrida
específicamente en la parte central del producto de PCR a obtener. De este modo, cuando se efectúa la PCR (con
la sonda más el par de cebadores específicos), la sonda hibrida en el amplicón, pero, debido a la cercanía del
fluoróforo al quencher, no se emite fluorescencia; cuando la polimerasa se topa con la sonda la hidroliza mediante
su actividad exonucleasa 5'-3', lo cual provoca la separación del quencher del fluorocromo y, por tanto, la emisión
de fluorescencia. Fluorescencia que está relacionada con la cantidad de amplicón producido.[26]
• Las sondas tipo Molecular Beacons son también olignucleótidos de
cadena simple que, por su estructura, poseen una zona de
apareamiento de bases interna y, que, por tanto, forman una
horquilla. En presencia del amplicón la sonda se abre y se une
preferentemente a aquél, lo que produce la emisión de
fluorescencia. Estructuralmente, poseen la zona complementaria al
amplicón en el giro de la horquilla, la de complementariedad interna
en el cuello y los fluoróforos en sus extremos: el donador en el 5' y
el aceptor en el 3'. Cuando la sonda está cerrada en horquilla, el
Sondas tipo molecular beacons.
fluoróforo del 3' impide la emisión de fluorescencia por parte del
propio del 5', cosa que no sucede al unirse al amplicón.[27]
Aplicaciones tecnológicas
Si bien el uso más ampliamente difundido de la Q-PCR consiste en la evaluación de la expresión génica de genes
concretos de forma relativa (empleando ARNm de la muestra y retrotranscribiéndolo a ADNc, que es medido
mediante la técnica), otras aplicaciones han sido desarrolladas fuera del entorno puramente académico. Las
aplicaciones de impacto en la industria incluyen la cuantificación de carga microbiana en alimentos o en material
vegetal, la detección de OGM (organismos genéticamente modificados) y la cuantificación y genotipado de
patógenos virales en humanos.
Detección de fitopatógenos
La producción de propágulos vegetales o plántulas libres de patógenos es una constante en la industria agronómica
por cuestiones de económicas y de sanidad. Para el caso de Phytophthora ramorum, un hongo que causa muerte
súbita en robles y otras especies, se han desarrollado sistemas basados en sondas Taqman que son capaces de
detectar una cantidad de 10 a 100 fg mezclados en el ADN de la planta hospedadora. La discriminación entre el
ADN del patógeno y de la planta se hace amplificando secuencias ITS, unos espaciadores situados en la zona
codificante de los genes de ARN ribosomal que son característicos para cada taxón.[29] Existen variantes con sondas
scorpion, molecular beacon y LAMP para el mismo patógeno que, además, pueden ser aplicadas en campo.[30]
Detección de OGM
La Q-PCR (precedida de retrotranscripción) se emplea en la detección de OGMs debido a la alta sensibilidad y rango
dinámico de detección de ADN; sus alternativas, como son el análisis del ADN o de las proteínas suelen poseer
menos sensibilidad. Para ello se emplean cebadores específicos que amplifiquen no ya el propio transgén, sino su
promotor, terminador e incluso sus secuencias intermedias, empleadas durante el proceso de ingeniería del vector.
Además, puesto que el proceso de creación de una planta transgénica suele conducir a la inserción de más de una
copia del transgén, es preciso evaluar su cantidad; para ello, se efectúa una cuantificación relativa empleando como
gen control uno, propio de la especie tratada, que se encuentre en copia única.[31] [32]
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Enlaces externos
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• Q-PCR tutorial (http://pathmicro.med.sc.edu/pcr/realtime-home.htm). University of South Carolina (en
inglés)
Fuentes y contribuyentes del artículo 13
Licencia
Creative Commons Attribution-Share Alike 3.0 Unported
http:/ / creativecommons. org/ licenses/ by-sa/ 3. 0/