UNIVERSIDAD PRIVADA SAN JUAN BAUTISTA

FACULTAD DE CIENCIAS DE LA SALUD

ESCUELA PROFESIONAL DE MEDICINA HUMANA
“Dr. Wilfredo Erwin Gardini Tuesta”

ACREDITADA POR SINEACE

RE ACREDITADA INTERNACIONALMENTE POR RIEV

MANEJO DE LAS VARIANTES GENÉTICAS SIN

CLASIFICAR EN UNA CONSULTA DE CONSEJO
GENÉTICO
CURSO : GENÉTICA MÉDICA
DOCENTE : DRA. LILIANA JUDITH GALLEGOS CALDAS
DR. AGURTO RODRIGUEZ CLEVER ALDO
CICLO : VII
AULA : T1
GRUPO : 02
INTEGRANTES: AGUADO ALIAGA, XIOMARA JANAMPA DE LA CRUZ, DARLINE
CASTRO CORTEZ, RAUL MONDRAGÓN CONTRERAS, MASSIEL
DONAYRE TORRES GIAN CARLOS ORE MAYORGA, KIMBERLY YULIANA
GUTIERREZ AGUILAR, CAMILA QUISPE MENDOZA, KHONY HAYLIN
GAVILAN HERNANDEZ EMILY YEREN CHACON, CESAR
HUAMANI CUPE, SOLANGEL
 DESCRIPCIÓN
del caso clínico
Paciente (II-3) diagnosticada a los 43 años de un carcinoma ductal infiltrante de mama
izquierda grado 3, receptor de estrógeno (RE) +, receptor de progesterona (RP) +++ y
HER2 -. Hermana (II-2) diagnosticada a los 49 años de un carcinoma ductal infiltrante de
mama izquierda, pobremente diferenciado, con RE +++, RP +++ y HER2 -, estadio pT1, N3,
M0. Madre (I-8) diagnosticada de cáncer de cérvix a los 60 años. Dos tíos paternos (I-1, I-
4) fallecidos de cáncer de próstata e hígado, respectivamente.

ANTEC. PERSONALES PATOLÓGICOS ANTECEDENTES FAMILIARES DX PRESUNTIVO

Carcinoma ductal infiltrante

Madre: Cáncer de cérvix. Símdrome de cáncer
Enf. adultez
de mama izquierda grado 3 Hermana: Carcinoma de mama y ovario
ductal infiltrante de hereditario (HBOC)
mana izquierda,
pobremente diferenciado DX PRESUNTIVO
Tíos paternos: fallecidos
Test genético BRCA
con cáncer de próstata e
(genes BRCA1 Y BRCA2)
hígado
ÁRBOL GENEALÓGICO DEL CASO CLÍNICO

En nuestro caso clínico, el

test genético BRCA ha
identificado las 30 variantes
genéticas que se muestran en
la figura 1, y nos planteamos
la siguiente pregunta:
¿estamos ante un test BRCA
informativo? Para poder
contestar a esta pregunta
debemos saber si hemos
identificado alguna variante
genética patogénica, y para
ello debemos adentrarnos en
el campo de la clasificación
clínica de variantes genéticas.
 Resumen
Manejo de familias con sospecha de un síndrome de
UTilidad
cáncer de mama y ovario hereditario.
Una variante genética en alguno de los dos genes.
BRCA 1 y BRCA 2 (genes supresores): se asume que
IDENTIFICA
cualquier variante genética que implique inactivación de
TEST GENÉTICO BRCA uno de estos genes es PATOGÉNICA.
PATOGÉNICAS: inmediatamente reconocibles, basándose
exclusivamente en la naturaleza del cambio. Ejemplos:
Sustituciones y pequeñas inserciones / deleciones.
Variantes NO PATOGÉNICAS: Tienen una frecuencia demasiado
genéticas elevada en la población general.
SIGNIFICADO CLÍNICO INCIERTO: Son demasiado raras en
la población general como para excluir un papel
patogénico.

PROBLEMA IMPORTANTE Falta de estandarización en la clasificación clínica de variantes, debido a la

falta de evidencia, guías y/o documentos consenso.
 TEST GENÉTICO
Los síndromes hereditarios de cáncer explican el 5-10% de todos los caso de cáncer
Los síndromes se caracterizan por:
Edad temprana de diagnóstico
Múltiples casos de cáncer en 1 individuo
Antecedentes familiares

Se han descrito más de 100 síndromes hereditarios de cáncer y la mayoría están causados por mutaciones germinales que
causan pérdida de función de genes supresores de tumores. Ejemplos
Síndrome de Li-Fraumeni (OMIM:151623): Causado por mutaciones germinales en el gen TP53
Poliposis Adenomatosa Familiar (OMIM: 175100): Causado por mutaciones en el gen APC
Síndrome de Lynch (OMIM: 114500): Causado por mutaciones en los genes MLH1 y MSH2
Síndrome de Cáncer de Mama y Ovario Hereditario: Causado por mutaciones en los genes supresores de tumor BRCA1 y
BRCA2
 TEST GENÉTICO
ASCO: Recomienda test genético cuando los resultados ayuden en el diagnóstico o
influyan en el manejo médico o quirúrgico del individuo o de sus familiares a riesgo
Un test genético solo tiene 2 resultados:
Informativo
No informativo

TEST INFORMATIVO
Identifica una variante genética capaz de explicar el síndrome presente en la familia. Por
ejemplo, en genes supresores de tumores, una mutación sin sentido o un indel que
introduce un codón de parada prematuro (PTC), se infiere que inactiva el gen supresor
sin necesidad de información adicional.
Cuando se clasifica otro tipo de variantes genéticas, por ejemplo; Variante no sinónima,
como patogénicas se asumen que confieren un riesgo de desarrollar cáncer equivalente.

TEST NO INFORMATIVO
Aquel que no identifica ninguna variante genética capaz de explicar el síndrome observado en la familia. Incluyen
los test que solo identifican variantes no relacionadas con el síndrome, como aquellos cuya asociación con el
síndrome se desconoce, Variantes de significado clínico incierto o variantes sin clasificar (VSC)
 Variantes genéticas sin clasificar y consejo genético
Cambio en la secuencia génica para el que carecemos de datos que
nos permitan con- cluir (o excluir) su relevancia clínica.

Es frecuente que el portador concluya de forma errónea que la

“variante sin clasificar” es con toda probabilidad la causante del
cáncer en la familia asociado a los

test genéticos.

distintas variantes genéticas se asocian con distintos niveles de

evidencia apoyando o descartando su potencial relevancia clínica.

El resultado final es que una misma variante genética pueda

asociarse a clasificaciones clínicas distintas

CLASIFICACIÓN DE VARIANTES GENÉTICAS IDENTIFICADAS TRAS

REALIZAR UN TEST GENÉTICO
Entre el 5 % y el 20 % de los individuos a los que De manera general, las evidencias se pueden
se les realiza un test genético BRCA son clasificar en directas e indirectas.
portadores de una variante sin clasificar. El Las directas son aquellas que miden una
porcentaje puede ser mucho mayor en el caso de asociación entre la variante y la enfermedad. Las
síndromes hereditarios más raros, donde indirectas, por su parte, se basan en el efecto
disponemos de mucha menos información. observado o predicho de la variante sobre
aspectos funcionales del gen en cuestión, que se
asumen como determinantes de la patogénesis.
De este modo, la clasificación clínica de variantes
se convierte en una actividad laboriosa pero
indispensable si se pretende ofrecer un consejo
genético de calidad.
De especial relevancia es la calidad de la
información que cada una de las estrategias
puede aportar y la cuantificación estadística de
esa información.
 EVIDENCIAS DIRECTAS
Análisis de la cosegregación
Es la evidencia más directa y menos ambigua. Para
este análisis se estudian familiares del probando,
tanto afectos como sanos, y se observa si la
variante segrega con la enfermedad o se hereda de
forma independiente. Estas aproximaciones resultan
útiles sobre todo para establecer la no
patogenicidad de una variante. Como resultado se
obtiene una medida estadística de LOD score. Un
LOD score >3 demuestra una evidencia fuerte de
cosegregación. Aunque la cosegregación es un
método robusto, su poder estadístico depende del
número de individuos de una misma familia
analizados.
Desafortunadamente, la mayoría de las familias en
el contexto del consejo genético no poseen el
tamaño suficiente para este tipo de análisis y
además puede ser complejo el obtener muestras de
múltiples individuos afectos. También hay que
considerar la posible existencia de fenocopias en las
familias, un problema especialmente relevante en el
caso de genes que confieren susceptibilidad a
desarrollar cánceres de alta incidencia en la
población general; y aunque se confirme esta
cosegregación, no se puede descartar que la
variante sea únicamente un marcador ligado a una
alteración patogénica no detectada.
 EVIDENCIAS DIRECTAS

Estudios caso-control

Se basa en la comparación de la frecuencia de la En la práctica, es difícil que un estudio caso-control

variante de interés en una serie de casos y de
controles. Metodológicamente es un método robusto
que ofrece como resultado la medida estadística de
riesgo relativo. Aunque es un método muy útil para
estimar el riesgo conferido por variantes genéticas
comunes, la mayoría de las VSC son
individualmente muy raras y el tamaño muestral
requerido para obtener un resultado significativo es
tan grande que hasta fechas recientes este tipo de
estudios resultaba inabordable.
pueda establecer el papel patogénico de una VSC,
pero es relativamente sencillo que pueda
descartarlo. En concreto, se considera que una VSC
con frecuencia del 1 % o superior en controles es
muy improbable que se trate de una variante
patogénica de penetrancia elevada.
 EVIDENCIAS DIRECTAS

HISTORIA PERSONAL Y FAMILIAR

CO-OCURRENCIA

Variantes aparecen de manera más frecuente en familias

con una mayor incidencia de casos de cáncer
Recientemente se han descrito
patogénicas relacionados con el síndrome. humanos portadores bialélicos de
mutaciones patogénicas en BRCA1 y
BRCA2
únicamente requiere el análisis del genotipo de
Ventaja anormalidades congénitas y
un individuo por familia.
manifestaciones clínicas
características
requiere información detallada de todas las
familias analizadas en una población y no sólo
Desventaja
de aquellas portadoras de la variante sin
ausencia de fenotipos extremos la demostración
clasificar. tÉRMINOS de la presencia de una variante patogénica
PRÁCTICOS proporciona una evidencia muy fuerte en contra
la expresión del RE, RP y HER2 en cáncer de de la patogenicidad de la variante sin clasificar.
mama puede ser útil para clasificar variantes en BRCA1.
Análisis in silico y experimental del efecto de los cambios de aminoácido (variantes missense)
Las variantes missense patogénicas no suelen distribuirse al azar a lo largo del gen, sino que se
concentran en determinadas regiones que codifican para dominios funcionalmente relevantes

TP53 y se concentran en sus respectivos dominios de unión

BRCA2 a DNA

MLH1 se concentran en el domino ATPasa,

EJEMPLO

BRCA1 se localizan en los dominios RING

BRCT localizados respectivamente en los extremos N-

terminal y Cterminal de la proteína.
 Análisis in silico y experimental del efecto de los cambios de aminoácido (variantes missense)
la manera de evaluar in silico la relevancia de los cambios de LA
aminoácido se basa en la evidencia de que las posiciones que se HERRAMIENTA DISPONIBLE PARA
mantienen conservadas en una proteína a lo largo de la evolución son ANALIZAR LA CONSERVACIÓN DE
relevantes para su función y en que la mayoría de cambios de RESIDUOS ES: ALINEAMIENTO MÚLTIPLE
aminoácido patogénicos conocidos se localizan en estas posiciones DE SECUENCIAS PROTEICAS.
conservadas.

UNA VEZ IDENTIFICADOS LOS RESIDUOS CONSERVADOS, SE DEBE EVALUAR EL EFECTO DEL CAMBIO DE AMINOÁCIDO CONCRETO EN
ESA POSICIÓN.

A SERIE DE ALGORITMOS QUE REALIZAN EL

ALINEAMIENTO MÚLTIPLE DE
SECUENCIAS Y ANALIZAN EL EFECTO DE LOS CAMBIOS DE
AMINOÁCIDO

SIFT, PANTHER Y ALIGN-GVGD

 ENSAYOS FUNCIONALES PARA LA CARACTERIZACIÓN DE
variantes missense

Validación de capacidad de discriminación entre variantes Limitaciones:

BRCA1 BRCA1

Detección de pérdidas parciales

Test de activación de la Test de reparación mediada por de función sin claridad de
transcripción recombinación homóloga traducción en niveles de riesgo

Test de actividad E3 Test de amplificación del

ubiquitina ligasa centrosoma Ante resultado negativo,
dificultad de saber si la variante
no afecta la función
 MODELO PROBABILÍSTICO MULTIFACTORIAL

Clasificación de variantes en BRCA1, BRCA2 Resta eficacia

Aplicación del
modelo a cada una
PROBABILIDAD: de las variantes:
Retrasa aplicación
del consejo genético
A PRIORI A POSTERIORI

Probabilidad derivada de Variantes a aplicar:

Análisis de cosegregación
Align-GVG
La co-ocurrencia
Cambios de Cambios en
aminoácido intrones
La historia familiar

Datos anatomopatológicos Cambios Inserciones-

del turno silenciosos deleciones
MODELO PROBABILISTICO VARIANTES CONDIFICULTAD

MULTIFACTORIAL EN SU CLASIFICACIÓN

CAMBIOS SILENCIOSOS
CAMBIOS EN INTRONES.
VARIANTES DE CLASIFICACIÓN
DELECIONES.
DIRECTA

CODÓN DE PARADA
PREMATURA.
Codón de parada prematuro en el último exón,
no implica pérdida de función.
TENER PRECAUCION CON:
Variantes localizadas en posiciones canónicas
de sitios splicing.
MODELO PROBABILISTICO MULTIFACTORIAL

LAS VARIANTES SIN CLASIFICAR, PASAN A

LA BASE SEGÚN SU PROBABILIDAD DE Para cada case se realiza
PATOGENICIDAD. una recomendación en los
EN 5 CATEGORÍAS
puntos improtantes.

VARIANTE COMO TEST PREDICTIVO PARA

INDIVIDUALIZACIÓN DE RIESGO DE CÁNCER
Y EXTENDERSE AL RESTO DE LA FAMILIA.
SE RECOMIENDA ESTUDIOS POSTERIORES
A MIEMBROS ADICIONALES DE LA FAMILIA.
RECOMENDACIONES SOBRE
SUSCEPTIBILIDAD AL CÁNCER EN
INDIVIDUOS PORTADORES.
 Análisis in silico y experimental del splicing
El splicing es un proceso
complejo en el que
intervienen por una parte un
complejo ribo�proteico
conocido como spliceosoma y
por otra parte multitud de
señales presentes en la

secuencia de ARN mensajero

(ARNm).
Nótese que los programas in
silico pueden predecir
adecuada�mente una
alteración de splicing, pero
sólo un análisis experimental
permite determinar

la naturaleza exacta de la
alteración, y por tanto su
probabilidad de que sea
patogénica.
BASES DE DATOS CON CLASIFICACION
CLINICA DE VARIANTES
Test genético:
1. ¿La base de datos contiene una única
clasificación clínica por variante?
2. ¿Dicha clasificación esta respaldada por
un panel de experto?
3. ¿Se aporta la información detallada
sobre la cual se sustenta dicha
clasificación?
BASES DE DATOS CON CLASIFICACION
CLINICA DE VARIANTES
ClinVar
Herramienta online del NCBI
Fuentes de información de variaciones genéticas y la relacion con
enfermedades humanas.
Clasificación clinica (5 categorías): pathogenic, likely-pathogenic,
uncertain significance, likely-bening, bening.
Código de estrellas: 1 estrella (único laboratorio o discrepancia de
varios laboratorios), 2 estrellas (varios laboratorios independientes), 3
estrellas (panel de expertos por ClinVar), 4 estrellas (reconocida e
incorporada en guías de manejo).
BASES DE DATOS CON CLASIFICACION
CLINICA DE VARIANTES
INSIGHT
Otra base de datos.
Clasificación de variantes en los genes reparadores MLH1, MSH2,
MSH6 y PMS2.
BRCAShare
Otra base de datos.
Clasificación de variantes genéticas en BRCA1 y BRCA2.
CONSENSOS BASICOS PARA INFORMAR VARIANTES
EN GENES DE SUSCEPTIBILIDAD AL CANCER
Se recomienda:
Clasificar clínicamente las variantes genéticas de acuerdo al sistema de 5
categorías (IARC).
Clase 1: No relevancia clínica.
Clase 5: Son patogénicas.
Clase 2, 3 y 4: Situaciones intermedias.
No incluir variantes de Clase 1
Considerar Clase 4 y 5 equivalentes en el manejo clínico de las familias.
Considerar Clase 1, 2 y 3 equivalentes en el manejo clínico de las familias.
La Clase 2, 3 y 4 merecen estudios de investigación para asignarles en el
futuro una clasificación clínica definitiva.
 Resolución del caso
Tras realizar el estudio de los genes BRCA1 y BRCA2 por secuenciación
masiva se identificaron en el individuo probando 30 variantes
genéticas (20 en BRCA1 y 10 en BRCA2).
De las 30 variantes, 23 se clasificaron inmediatamente como
no patogénicas (Clase-1)
Frecuencia global descrita en 1000 Genomes para estas 23
variantes osciló entre 0,02 (BRCA2 c.7397T>C) y 0,48 (BRCA2
c.8755-66T>C)

Se identificaron dos variantes missense, BRCA1 c.4039A>G

(p.Arg1347Gly) y BRCA2 c.6100C>T (p.Arg2034Cys) muy
infrecuentes en la población.
Frecuencias globales de 0,0009 y 0,0018 respectivamente
(valores muy por debajo del 0.01 recomendado).

Se identificaron dos variantes intrónicas, BRCA1

c.5467+134C>A y BRCA2 c.9649-95T>G

Se identificó una variante intrónica en sitio consenso de

splicing BRCA1c.302-1G>A (IVS6- 1G>A)

la identificación de la variante BRCA1c.302-1G>A (IVS6-1G>A)

nos permitió concluir que el test genético BRCA realizado en el
probando de nuestro caso clínico es informativo