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Gomella Neonatología: Tratamiento, procedimientos, problemas durante la guardia, enfermedades y fármacos, 8e

CAPÍTULO 17: Pruebas genéticas y genómicas en el periodo neonatal

INTRODUCCIÓN
Las pruebas genéticas no son un concepto nuevo en la neonatología. La detección de enfermedades metabólicas en el recién nacido (RN) es la
utilización más amplia de pruebas genéticas universales en medicina, y se han utilizado en neonatología desde 1960. Fue entonces que el Dr. Robert
Guthrie desarrolló pruebas sanguíneas para la detección de RN con fenilcetonuria. Se estima que se detectan defectos al nacimiento en 3% a 6% de
nacidos vivos y que las malformaciones congénitas, deformaciones y anomalías cromosómicas son la causa de casi 20% de las defunciones antes del
primer año de vida. Muchas enfermedades genéticas se manifiestan en el periodo neonatal. La comprensión de la tecnología disponible y la capacidad
para manejar todos los pasos para la realización de pruebas genómicas se ha vuelto una herramienta esencial para especialistas no genetistas,
incluidos neonatólogos y pediatras. El estudio de la genética y la genómica se superpone en el análisis de genes específicos en el DNA y la mayor parte
de las enfermedades tienen firmas genéticas complejas. La genómica es un campo relativamente nuevo, que se originó con la conclusión del proyecto
del genoma humano en el año 2003, en el cual se mapearon más de 3 000 000 000 de nucleótidos en 23 cromosomas humanos. Los avances en la
tecnología genómica han tenido un impacto importante en la atención de RN, en especial en aquellos con enfermedades graves. Por tal razón, las
pruebas genómicas se utilizan con mayor frecuencia y como consecuencia, los pediatras deben tener conocimiento sobre la amplia variedad de
herramientas disponibles. La información en este capítulo se aplica a la detección en RN y las anomalías congénitas se revisan en los capítulos 16 y 93.

I. DEFINICIONES
A. Genética vs genómica. Estos términos se utilizan a menudo de forma intercambiable, pero en el sentido estricto no son lo mismo.

1. Genética se refiere al estudio de un gen o de un número limitado de genes y su participación en la herencia.

2. Genómica es un término más amplio que involucra el estudio de secuencias completas de DNA del individuo (genoma). Puede abarcar los casi
20 000 genes que contiene el genoma y su interacción uno con otro y con el ambiente en situaciones de salud y enfermedad.

B. Los exones son partes de la secuencia de DNA que codifican proteínas, mientras que los intrones se consideran regiones no codificantes,
intergénicas que se cree contienen elementos reguladores.

C. El exoma es la totalidad de los exones (secuenciación de la totalidad del exoma [WES, whole­exoma sequencing]).

D. El genoma es la secuenciación completa del DNA, lo que incluye intrones y exones (secuenciación de la totalidad del genoma [WGS, whole­genoma
sequencing]).

E. El neoma es un término acuñado para incluir aproximadamente 1 000 genes asociados con las enfermedades y se presentan a menudo en el
periodo neonatal.

F. Variación de secuencia genética. El American College of Medical Genetics and Genomics (ACMG) ha clasificado las variantes genéticas en una
escala de cinco niveles. En el reporte clínico se incluyen las variantes patógena, probablemente patógena y variante de importancia incierta (VUS,
variant of uncertain significance); probablemente benigna y benigna son variantes que no suelen incluirse. La clasificación de variantes se basa en
los datos disponibles, lo cual explica por qué cambian las categorías con el paso del tiempo, variando entre patógena, probablemente patógena,
benigna y así en lo sucesivo.

1. Variante patógena (antes denominada mutación). Variante en la secuencia genética que se sabe causa un trastorno o problema.

2. Variante probablemente patógena. Variante en el gen que se acompaña de sospecha fuerte de causar un trastorno o problema, pero los
datos de apoyo pueden estar limitados.

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incierta. No satisface los criterios para una variante benigna o patógena. Las pruebas pueden detectar una
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normal en la población general.

4. Variante probablemente benigna. Los estudios sugieren que no hay efecto nocivo de la variante.
benigna y así en lo sucesivo.
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1. Variante patógena (antes denominada mutación). Variante en la secuencia genética que se sabe causa un trastorno o problema.
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2. Variante probablemente patógena. Variante en el gen que se acompaña de sospecha fuerte de causar un trastorno o problema, pero los
datos de apoyo pueden estar limitados.

3. Variante de importancia incierta. No satisface los criterios para una variante benigna o patógena. Las pruebas pueden detectar una
variante que no se ha clasificado con claridad como causante de enfermedad o normal en la población general.

4. Variante probablemente benigna. Los estudios sugieren que no hay efecto nocivo de la variante.

5. Variante benigna (también conocida como polimorfismos). Los datos disponibles muestran que no causan enfermedad y que ocurre a
menudo en la población.

G. Polimorfismo de un solo nucleótido. El polimorfismo de un solo nucleótido (SNP; pronunciado en inglés como “snip”) es una variación
específica en un solo nucleótido en el DNA. Los análisis de micromatriz génica de SNP pueden detectar polimorfismos y regiones de
homocigosidad en el caso de disomía uniparental (UPD) así como consanguinidad parental o ancestros comunes.

H. Autosómico dominante. Se necesita sólo una variante patógena en un alelo (versión específica de un gen en cada copia del cromosoma) para
causar la enfermedad.

I. Autosómico recesivo. Se necesitan dos variantes patógenas, una en cada alelo, para causar la enfermedad.

J. Secuenciación de Sanger. La primera técnica analítica de secuenciación de DNA, que consume tiempo y es costosa. Sin embargo, se considera
el método ideal por su precisión. A menudo se utiliza en la clínica para la prueba confirmatoria de secuenciación de siguiente generación (NGS,
next generation sequencing).

K. Secuenciación de siguiente generación o secuenciación profunda. Describe una tecnología de secuenciación de DNA de alto desempeño
que es un método rápido, económico y preciso y es una prueba estándar en la mayor parte de los laboratorios de genética. Por lo general depende
de una micromatriz génica automatizada. Se utiliza para la realización de pruebas genéticas (pruebas de panel genético y de gen único) y
genómicas (WES y WGS).

II. BENEFICIOS DE LA IDENTIFICACIÓN TEMPRANA DE UN TRASTORNO GENÉTICO O


GENÓMICO SUBYACENTE
A. Mejoría en la atención del paciente.

B. Evita la realización de pruebas adicionales innecesarias.

C. Evita las medidas terapéuticas no beneficiosas.

D. Asesoramiento familiar y planificación reproductiva.

E. Facilita la toma de decisiones con respecto a los cuidados paliativos.

F. Confirma el diagnóstico clínico.

G. Puede proporcionar información relevante para la toma de decisiones médicas.

H. Util en el tratamiento farmacológico específico (farmacogenómica o genotipificación de fármacos) o para la aplicación de modificaciones
terapéuticas.

1. Tratamiento con vitaminas (la identificación de la mutación STXBP1 lleva al diagnóstico de síndrome de Ohtahara, que requiere tratamiento
con ácido folínico).

2. Administración de Ivacaftor para algunos pacientes con fibrosis quística.

3. Identificación de un gen para hiperinsulinismo familiar focal en un RN con hipoglucemia resistente al tratamiento en el cual se ha
planificado la cirugía.

4. Rentabilidad. Las pruebas genéticas pueden ahorrar dinero al evitar el uso de pruebas diagnósticas y tratamientos prolongados y costosos.
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III. LIMITACIONES EN EL USO DE PRUEBAS GENÉTICAS O GENÓMICAS
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A. Resultados positivos no predicen la evolución clínica.


2. Administración de Ivacaftor para algunos pacientes con fibrosis quística. Universidad Central Del Valle Del Cauca
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3. Identificación de un gen para hiperinsulinismo familiar focal en un RN con hipoglucemia resistente al tratamiento en el cual se ha
planificado la cirugía.

4. Rentabilidad. Las pruebas genéticas pueden ahorrar dinero al evitar el uso de pruebas diagnósticas y tratamientos prolongados y costosos.

III. LIMITACIONES EN EL USO DE PRUEBAS GENÉTICAS O GENÓMICAS


A. Resultados positivos no predicen la evolución clínica.

B. Pueden llevar a un diagnóstico incorrecto.

C. Hallazgos incidentales pueden revelar mutaciones genéticas que predisponen a cáncer o neurodegeneración o bien, podría
encontrarse una variante para la cual no se hubiera realizado la prueba. Las recomendaciones de cómo atender estos “descubrimientos
accidentales es tema de intenso debate.

D. Costos de las pruebas genéticas. Los análisis genómicos pueden tener costos entre 1 000 a 10 000 dólares estadounidenses.

E. Los problemas de privacidad de la información genética pueden tener impacto en los individuos. La Genetic Information Non­
discrimination Act (GINA) de 2008 protege a los estadounidenses de discriminación con base en su información genética tanto para seguros
médicos y empleo.

IV. HALLAZGOS COMUNES QUE HACEN SURGIR LA SOSPECHA DE TRASTORNOS GENÉTICOS


O GENÓMICOS EN UN RN
A. RN en estado crítico con anomalías metabólicas como acidemia láctica grave o hiperamonemia.

B. Anomalías mayores aisladas o múltiples anomalías congénitas (cap. 93) .

C. Características dismórficas.

D. Retraso del crecimiento.

E. Problemas neurológicos, lo que incluye hipotonía y convulsiones.

F. Antecedentes heredofamiliares de trastorno genético conocido.

G. Resultados anormales en pruebas genéticas, de detección o ambas.

V. PASOS EN LA INCORPORACIÓN DE PRUEBAS GENÉTICAS O GENÓMICAS PARA EL


DIAGNÓSTICO
A. Obtener una anamnesis y exploración física detalladas. La exploración física ayuda a definir el fenotipo (descripción de las características
físicas) del RN. Los antecedentes con el fenotipo pueden ayudar a disminuir las posibilidades en el diagnóstico diferencial y guiar pruebas
específicas (p. ej., un RN con características físicas sugestivas de síndrome de Down permite que el médico solicite sólo una prueba genética, un
cariotipo, para el diagnóstico de trisomía 21).

1. Antecedentes heredofamiliares. Se interroga al menos sobre el árbol genealógico de tres generaciones. Se documentan enfermedades
genéticas conocidas, defectos congénitos, problemas del aprendizaje y desarrollo, autismo, abortos, mortinatos, muertes neonatales o en la
infancia, consanguinidad.

2. Antecedentes perinatales. Consumo de fármacos, drogas, alcohol, toxinas, enfermedades maternas crónicas, infecciones maternas
durante el embarazo.

3. Exploración física. Se realiza una exploración física detallada con estrecha atención a anomalías congénitas (mayores y menores). Es
necesario tomar mediciones antropométricas. Véanse en el capítulo 93 ejemplos de los hallazgos en la exploración física en casos de
síndromes cromosómicos, síndromes de secuencias y malformaciones por teratogénesis.

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diagnóstico de enfermedades específicas. La consulta con unneonatal,
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genetista o asesor genético puede ayudar a identificar la prueba más apropiada.
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1. Métodos de las pruebas genómicas
durante el embarazo.
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3. Exploración física. Se realiza una exploración física detallada con estrecha atención a anomalías congénitas (mayores
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necesario tomar mediciones antropométricas. Véanse en el capítulo 93 ejemplos de los hallazgos en la exploración física en casos de
síndromes cromosómicos, síndromes de secuencias y malformaciones por teratogénesis.

B. Pruebas. A menudo es difícil decidir qué prueba solicitar porque no existe con frecuencia una prueba ideal. Algunas pruebas son mejores para el
diagnóstico de enfermedades específicas. La consulta con un genetista o asesor genético puede ayudar a identificar la prueba más apropiada.

1. Métodos de las pruebas genómicas

a. Pruebas diagnósticas dirigidas. Consiste en el uso de pruebas genómicas específicas en un RN con sospecha de una enfermedad no
confirmada, con la esperanza de identificar el diagnóstico genético correcto, lo que asegurará un tratamiento apropiado. Esto también
facilita la asesoría para el riesgo de recurrencia y las pruebas genéticas para familiares. Puede ser de utilidad para RN con sospecha de
enfermedades metabólicas que no son detectables con las pruebas de detección del periodo neonatal (enfermedades mitocondriales,
síndrome de Smith­Lemli­Opitz). Ejemplos de pruebas diagnósticas dirigidas incluyen el panel multigénico para síndrome de Noonan,
hibridación fluorescente in situ (FISH) para el síndrome de Williams, o la secuenciación FBN1 para el síndrome de Marfan.

b. Pruebas genómicas amplias para diagnóstico rápido. Estos métodos suelen utilizarse en RN graves en quienes un estudio clínico y
pruebas genéticas dirigidas no diagnosticaran una enfermedad específica. La evidencia apoya un impacto sobre la atención directa. En un
estudio, se realizó WGS en 23 pacientes en estado crítico, sin diagnóstico, cuyo estudio diagnóstico clínico reveló mutación heterocigota
compuesta en 30% de los casos.

2. Tipos de pruebas genéticas y cuando solicitar una prueba. Las pruebas genéticas se utilizan ampliamente en la unidad de cuidados
intensivos neonatales.

a. Recomendaciones de la American Academy of Pediatrics (AAP) y el American College of Medical Genetics and Genomics
para la realización de pruebas genómicas en niños

i. Deben ofrecerse pruebas genéticas y estudios de detección en el contexto de la asesoría genética y sólo si se realizan en el
mejor interés del niño.

ii. Si se recomiendan pruebas genéticas para el diagnóstico, los padres deben otorgar su autorización después de escuchar los
beneficios y riesgos. Es aceptable realizar pruebas farmacogenómicas con la autorización de los padres.

iii. La American Academy of Pediatrics y el American College of Medical Genetics and Genomics recomiendan la detección
neonatal obligada para todos los niños. Los padres tienen la opción de rechazar la detección después de haber recibido asesoramiento
y capacitación.

iv. La American Academy of Pediatrics y el American College of Medical Genetics and Genomics no apoyan la realización de
pruebas de estado de portador en menores cuando estas pruebas no proporcionen beneficios para la salud del niño.

v. Los padres pueden permitir la realización de pruebas genéticas preventivas para niños asintomáticos que se
encuentran en riesgo de que ocurra la enfermedad durante la infancia. No se recomienda para enfermedades de inicio en la
edad adulta a menos que se recomienden intervenciones en la infancia. Es mejor tener precaución cuando se apliquen estas pruebas a
menores de edad sin la participación de los padres.

vi. Las mismas reglas de pruebas genéticas en familias biológicas deben aplicarse a los niños adoptados. En casos de niños
con riesgo genético conocido, los futuros padres deben estar conscientes y en casos poco comunes, puede considerarse la realización
de pruebas genéticas preventivas para asegurar que la familia desea aceptar el reto.

vii. Se permiten las pruebas de compatibilidad hística en todos los menores de edad.

viii. Los padres o tutores deben informar al niño de los resultados de las pruebas genéticas a una edad apropiada.

ix. La American Academy of Pediatrics y el American College of Medical Genetics and Genomics desalientan el uso de equipos
domésticos para pruebas genéticas en el hogar.

C. Tipos de pruebas genéticas

1. Cariotipo. Identificar y valorar el tamaño, forma y número de cromosomas. Es ideal para detectar aneuploidía, como trisomías y monosomías.
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Detecta grandes deleciones/duplicaciones y translocaciones. Abarca la totalidad del genoma, pero tiene capacidad limitada para detectar
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síndrome de Down, síndrome de Turner, trisomía 18 o trisomía 13) así como síndromes de grandes deleciones (p. ej., síndrome de ojos de gato,
o síndrome de maullido de gato).
ix. La American Academy of Pediatrics y el American College of Medical Genetics and Genomics
Universidad desalientan el uso
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domésticos para pruebas genéticas en el hogar. Access Provided by:

C. Tipos de pruebas genéticas

1. Cariotipo. Identificar y valorar el tamaño, forma y número de cromosomas. Es ideal para detectar aneuploidía, como trisomías y monosomías.
Detecta grandes deleciones/duplicaciones y translocaciones. Abarca la totalidad del genoma, pero tiene capacidad limitada para detectar
deleciones y duplicaciones pequeñas. En la prueba diagnóstica recomendada para lactantes con sospecha de aneuploidía (p. ej.,
síndrome de Down, síndrome de Turner, trisomía 18 o trisomía 13) así como síndromes de grandes deleciones (p. ej., síndrome de ojos de gato,
o síndrome de maullido de gato).

2. Hibridación fluorescente in situ. Pruebas de análisis rápido que proporciona resultados con rapidez y que valora regiones específicas de la
secuencia del DNA en los cromosomas. Puede detectar deleciones grandes y pequeñas; con mayor dificultad detecta duplicaciones. Útil para la
detección de trisomías, microdeleciones y anomalías de cromosomas sexuales con relativa rapidez.

3. Análisis de micromatriz cromosómica/hibridación genómica comparativa. Detecta deleciones grandes y pequeñas (microdeleciones)
o duplicaciones en parte o en la totalidad del cromosoma. No detecta rearreglos cromosómicos equilibrados, expansiones de repeticiones de
tripletes o variaciones de secuencias. Son la prueba de primera línea para múltiples anomalías congénitas e incapacidades del
desarrollo, en especial para pacientes con diagnóstico específico identificable. Es útil para algunas enfermedades como la deleción
22q11.2 (síndromes de DiGeorge/velocardiofacial), síndrome de Williams (microdeleción 7q11.23) y deleción 1p36.

4. Panel multigénico y secuenciación de gen único. La secuenciación involucra la verificación de la secuencia de DNA en busca de
alteraciones o “errores de deletreo”. La secuenciación dirigida es el método preferido en casos de fenotipos reconocibles con elevada
sospecha para un diagnóstico específico. Las ventajas incluyen mejor cobertura del gen o genes estudiados en comparación con WES o WGS y
menor posibilidad de resultados poco claros. Debe solicitarse un análisis de secuencia de gen único en un RN con sospecha de
síndrome de Marfan y solicitar un panel multigénico para RN con sospecha de síndrome de Noonan.

5. Análisis epigenético/metilación. Las anomalías de metilación del DNA pueden ocasionar expresión inapropiada o la desactivación de
algunos genes. Esta prueba se utiliza en trastornos relacionados con anomalías de la metilación (síndromes de Beckwith­Wiedemann,
Prader­Willi y Angelman). Estos trastornos también se asocian con otras anomalías genéticas, pero el análisis de metilación es la prueba
recomendada si existe la sospecha clínica en el RN.

6. Análisis de deleción/duplicación dirigidos. Éstas pruebas se solicitan, por ejemplo, en RN con sospecha de atrofia de los músculos
paravertebrales.

7. Análisis de mutaciones dirigidas. Éstas pruebas se solicitan en RN en quienes se sospecha acondroplasia.

8. Pruebas genéticas mitocondriales. Las mitocondrias son organelos productores de energía en la célula y tienen su propio genoma. Las
enfermedades mitocondriales son en extremo variables y se transmiten por diversos modos de herencia. Las manifestaciones clínicas que en el
periodo neonatal pueden sugerir enfermedad mitocondrial incluyen hipotonía, problemas de la alimentación, necesidad de apoyo
respiratorio, convulsiones, acidemia láctica, hepatopatía, sordera y enfermedades oculares. El diagnóstico clínico puede ser muy difícil por la
superposición con numerosas enfermedades. Las pruebas para enfermedad mitocondrial involucran el análisis no solo del genoma
mitocondrial sino también de genes nucleares específicos.

9. Pruebas genómicas. La medicina genómica utiliza la aplicación de los datos de WES y WGS para clasificar el estado de salud y enfermedad
del ser humano.

a. Cuándo recomendar pruebas genómicas. La ACMG recomienda la realización de WES y WGS para las siguientes tres situaciones:

i. Las manifestaciones clínicas del RN sugieren fuertemente una causa genética, pero no son lo suficientemente específicas
para solicitar una prueba dirigida.

ii. Las manifestaciones clínicas del RN son compatibles con una enfermedad que puede ser causada por diferentes genes.

iii. Las manifestaciones clínicas del RN sugieren una enfermedad específica, pero las pruebas dirigidas no tuvieron éxito para
confirmar el diagnóstico.

b. Antes de ordenar la secuenciación del exoma o genoma enteros se recomienda realizar lo siguiente:

i. Valoración formal con un médico genetista/asesor genético para los padres o tutores.
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importancia desconocida, hallazgos secundarios e incidentales.
iii. Las manifestaciones clínicas del RN sugieren una enfermedad específica, pero las pruebas dirigidas
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confirmar el diagnóstico. Access Provided by:

b. Antes de ordenar la secuenciación del exoma o genoma enteros se recomienda realizar lo siguiente:

i. Valoración formal con un médico genetista/asesor genético para los padres o tutores.

ii. Analizar las limitaciones de la prueba, describiendo los posibles resultados y analizando la posibilidad de variantes de
importancia desconocida, hallazgos secundarios e incidentales.

iii. Analizar si los padres tienen la opción de obtener o diferir información sobre los hallazgos secundarios/incidentales.

iv. Comparar las pruebas de los RN con las muestras de los padres, como referencia, para mejorar la probabilidad diagnóstica de
WES y WGS.

c. La secuenciación del genoma completo analiza la mayor parte de las regiones codificadoras de proteínas de los genes,
aunque no todos. Es una prueba útil para fenotipos inespecíficos y cuando todas las demás pruebas son negativas. WES tiene capacidad
limitada para detectar variaciones en el número de copias, deleciones grandes, expansiones de repetición de tripletes, rearreglos
complejos, trastornos epigenéticos (improntas) y variantes intrónicas reguladoras o profundas. Un ejemplo es un RN con encefalopatía
epiléptica que tiene panel de epilepsia negativo. Pues puede utilizarse para pacientes con manifestaciones sugestivas de enfermedades
específicas como trastornos congénitos de la glucosilación. El síndrome de Noonan o el síndrome CHARGE (coloboma, anomalías del
sistema nervioso central, defectos cardiacos, atresia de coanas, restricción del crecimiento, del desarrollo o ambos, anomalías genitales y
anomalías óticas) donde las pruebas dirigidas no proporcionan información.

d. La secuenciación del genoma entero es la prueba más amplia disponible. Analizar la mayor parte de las secuencias del
DNA de un individuo. El análisis de WGS se diseñó para identificar variaciones en nucleótidos aislados, pero también en rearreglos
genómicos grandes. Parece tener el potencial de sustituir las pruebas genéticas actuales, lo que incluye el análisis de micromatriz
cromosómica (CMA), panel multigénico y la WES; sin embargo, aún hay varias limitaciones, similares a las descritas para la secuenciación
del exoma. Se espera que la WGS sea el estudio preferido en la práctica clínica, ya que proporciona casi 100 veces más información que la
WES. A la fecha, no se utiliza clínicamente y sólo se considera su uso cuando pruebas previas, que incluyen análisis de micromatriz y de WES
no proporcionan el diagnóstico. Un ejemplo es un RN con encefalopatía epiléptica con análisis de micromatriz y WES negativas

REFERENCIAS SELECCIONADAS

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