FORMATO DE GUÍAS DE LABORATORIO

CODIGO: VERSION: FECHA: PAGINA:

1

UNIVERSIDAD FRANCISCO DE PAULA SANTANDER

FACULTAD DE CIENCIAS BÁSICAS
PROGRAMA DE QUÍMICA INDUSTRIAL
GUÍAS DE PROCESOS MICROBIOLOGICOS INDUSTRIALES

PRÁCTICA 5. BIODEGRADACIÓN.

OBJETIVO GENERAL

Identificar las rutas de conversión de diferentes compuestos orgánicos en particular pesticidas,

empleando la base de datos de biocatálisis / biodegradación de EAWAG.

OBJETIVOS ESPECÍFICOS:

 Reconocer los tipo de enzima que catalizan una determinada reacción de biodegradación y los
cofactores que participan en ella .
 Considerar la importancia de los cálculos teóricos para minimizar la energía del compuesto en
estudio, a través de programas como Chem3D, o Avogadro.
 Conocer las características y la estructura de la enzima por medio de sitios web como
BRENDA y Swiss Model, respectivamente.
 Interpretar la función y los efectos que genera un determinado compuesto orgánico en los seres
humanos a partir de la aplicación del Docking Reverso, empleando el sitio web PharmMapper.
 Evaluar los acoplamientos enzima-sustrato por medio de software como UCSF CHIMERA o
sitios web como SwissDock.

PRE-LABORATORIO

- ¿Qué es la bioconversión?
- ¿Cuál es la importancia de la bioconversión de los POP’s  en la actualidad?.
- ¿Cuál es la aplicación de la biocatálisis en la industria química y farmacéutica?.
- ¿Cómo se clasifican las enzimas según su función y que números se emplean para
diferenciarlas?
- ¿Qué es docking molecular?
- ¿ cual es la diferencia entre docking molecular y el dockin reverso.

INTRODUCCIÓN

La biodegradación se define como la reducción catalizada biológicamente en la complejidad de los

compuestos químicos. De hecho, la biodegradación es el proceso mediante el cual las sustancias
orgánicas se descomponen en compuestos más pequeños por una gran variedad de formas de vida,
que comprenden principalmente bacterias, levaduras y hongos, y posiblemente otros organismos.

Los métodos de biorremediación y biotransformación se esfuerzan por aprovechar la asombrosa

 FORMATO DE GUÍAS DE LABORATORIO

CODIGO: VERSION: FECHA: PAGINA:

2

diversidad catabólica microbiana natural para degradar, transformar o acumular una amplia gama de
compuestos. En las últimas décadas, los compuestos orgánicos altamente tóxicos se han sintetizado y
liberado al medio ambiente para su aplicación directa o indirecta durante un largo período de tiempo.
Combustibles, bifenilos policlorados (PCB), hidrocarburos aromáticos policíclicos (HAP), pesticidas y
colorantes son algunos de estos tipos de compuestos.

EAWAG-BBD es una base de datos que predice reacciones catabólicas microbianas mediante la
búsqueda de subestructura, una base de reglas y el mapeo de átomo a átomo. El sistema es capaz de
reconocer grupos funcionales orgánicos encontrados en un compuesto y predecir transformaciones
basadas en reglas de biotransformación.

Para predecir una vía de biotransformación, el usuario envía un compuesto al sistema. Todas las reglas
de transformación de los paquetes seleccionados se aplican al compuesto. Cuando una regla dada es
aplicable, se usa para predecir uno o varios productos. Por lo tanto, un compuesto puede tener múltiples
productos de este primer paso. Las reglas de biotransformación se aplican nuevamente a cada
producto, y el proceso se repite siempre que los productos se predigan y finalicen cuando se alcanza un
criterio de detención dado, por ejemplo, un número predefinido de niveles de predicción. En EAWAG-
PPS, se introdujeron las probabilidades de regla para evaluar la probabilidad aeróbica de una
transformación. Las reglas se clasificaron según su probabilidad aeróbica en cinco categorías: muy
probable, probable, neutral, improbable y muy improbable.

EAWAG-BBD contiene información en más de 1500 reacciones catabólicas microbianas y

aproximadamente 220 vías de biotransformación. Además, las reacciones están asociadas con más de
900 enzimas y más de 500 microorganismos. Actualmente, EAWAG-BBD tiene aproximadamente 45
000 usuarios únicos por año. La mayoría de los datos en EAWAG-BBD provienen de cultivos puros o
estudios de enriquecimiento. EAWAG-BBD se mantendrá en su estado actual y se alienta a los equipos
de investigación a presentar vías de cultivo puro o estudios de enriquecimiento para su revisión e
inclusión en el paquete 'EAWAG-BBD.

MATERIALES.
MATERIALES PROGRAMAS Y SITIOS WEB
Computadora 'EAWAG-BBD
http://eawag-bbd.ethz.ch/
Chem3D*
Avogadro*
BRENDA
https://www.brenda-enzymes.info/
Swiss Model
https://swissmodel.expasy.org/
PharmMapper
http://www.lilab-ecust.cn/pharmmapper/
UCSF CHIMERA*
AutoDock Vina *
SwissDock
 FORMATO DE GUÍAS DE LABORATORIO

CODIGO: VERSION: FECHA: PAGINA:

3

http://www.swissdock.ch/
* Para el desarrollo de la práctica se tener instalado los softwares con anticipación.

PROCEDIMIENTO

1. Predicción de la ruta de biodegradación.

En la página web de EAWAG:

- Ubicarse en el “Sistema de predicción de vías”, y seleccionar en la parte inferior la opción de
“Todo” para las biotransformaciones.
- Dibujar el compuesto que se desea conocer las vías de degradación o insertar el código
SMILES.
- Continuar.
- Esperar los resultados.
- Identificar, diferenciar y elegir la ruta con mayor probabilidad de degradación por acción
microbiana aeróbica.
- Observar la reducción de cada compuesto y consultar las enzimas intervienen en cada
reacción.

2. Adquirir información sobre enzimas que intervienen en las rutas de degradación.

Al entrar en la página de cada reacción, se observa sobre la línea de reactivo a producto, por ejemplo,
un código como el siguiente :1.1.1.90, este es propio de cada enzima, por ello para obtener
información específica, se debe copiar este código en la pagina web de “BRENDA the comprehensive
enzyme information system”, o ingresar en el hipervínculo del código. BRENDA proporciona
información sobre interacciones enzima-ligando, estructura enzimática, parámetros funcionales,
aplicaciones, entre otras características que son primordiales para comprender la participación de ésta
en la reacción de degradación de un determinado compuesto.

3. Obtener modelo estructural de la enzima.

- En la página de BRENDA, seleccionar el ítem de “Estructura enzimática”,y copiar la secuencia de

aminoácidos que aparece en el listado con el nombre de “secuencia de AA”.

- Ingresar en la página web “Swiss Model”, ir a “empezar a moldear” y pegar la secuencia de

aminoácidos.

- Esperar los resultados de las plantillas y del modelo, construido según las especificaciones.

- Descargar en formato pdb el modelo de la enzima y la plantilla con mayor GMQE.

 FORMATO DE GUÍAS DE LABORATORIO

CODIGO: VERSION: FECHA: PAGINA:

4

4. Preparación de la enzima y el ligando(compuesto en estudio) para el acoplamiento molecular

“docking”.

- Abrir ambos documentos (modelo y plantilla) en UCSF CHIMERA, y superponerlos para

observar el ligando, cofactores, solvente, iones, entre otras sustancias que tiene la plantilla y no
el modelo, y que pueden ser indispensables o no, para evaluar la afinidad del compuesto en
estudio, con la enzima que interviene en la ruta de degradación por medio del docking molecular.

- Para realizar el docking molecular, se debe preparar el receptor por medio de la herramienta de
“dock prep” de UCSF CHIMERA, que está en la clasificación de edición de estructura. Para
mayor información sobre este acción ingresar al siguiente link:
http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/ContributedSoftware/dockprep/dockprep.html

- El ligando también se debe preparar, para ello se emplea Chem3D, se dibuja el compuesto que
se está estudiando su degradación, y se debe minimizar su estructura aplicando el campo de
fuerza MMFF94 y guardar en formato .mol2. Para efectuar esta actividad, ingresar al siguiente
hipervínculo: https://www.youtube.com/watch?v=RJDCOtUE_N0

5. Docking molecular
Métodos:
1. Realizar el doking molecular en UCSF CHIMERA por medio de AutoDock Vina. Los pasos a
seguir se encuentran en la página web : http://www.free-bit.org/course/2014-SriLanka/pdf/034-
chimera_vina.pdf. Los resultados se obtienen de inmediato.
2. Emplear la página web “Swiss Dock”, insertar el ligando en formato .mol2 y el receptor( enzima)
en formato pdb, dar nombre al trabajo, colocar el correo, y enviar. Los resultados del
acoplamiento llegan al correo entre 5 h o 2 días según el tamaño de la enzima.

6. Docking Reverso

Entrar a la página web de “PharmMapper”, ubicarse en “enviar trabajo”, y subir el compuesto en

formato .mol2, escribir un correo y esperar resultados de enzimas.

Al iniciar el estudio del compuesto que se desea degradar hasta su mínima reducción o hasta obtener un
compuesto de interés, se debe consultar los efectos que este genera, de modo tal, que al obtener los
resultados de las enzimas a las cuales mejor se acopla, es posible comprender y relacionar su función y
las enfermedades que pueda ocasionar en los seres humanos y en cualquier ser vivo.
 FORMATO DE GUÍAS DE LABORATORIO

CODIGO: VERSION: FECHA: PAGINA:

5

INFORME

1) Elegir un compuesto químico que se emplee en cualquier industria y genere efectos nocivos para
los seres humanos, se deja de libre elección, aunque se podría hacer énfasis en pesticidas,
siendo tema de discusión en la actualidad.
2) Mostrar la rutas de degradación del compuesto elegido, y consultar las características y
aplicaciones del compuesto final al que se reduce.
3) Recopilar la información de las enzimas que intervienen en las vías de degradación.
4) Realizar un análisis de los resultados del acoplamiento receptor-ligando.
5) Evaluar los acoplamientos del compuesto en estudio, con las enzimas obtenidas en el docking
Reverso por medio de Swiss Dock, ordenar por valor de ΔG y realizar un análisis de los mismos.

BIBLIOGRAFÍA

- Wicker, J.; Lorsbach, T.; Gütlein, M.; Schmid, E.; Latino, D.; Kramer, S.; Fenner, K. EnviPath - The
Environmental Contaminant Biotransformation Pathway Resource. Nucleic Acids Research 2016,
44 (D1), D502–D508. https://doi.org/10.1093/nar/gkv1229.
- Tahri, N.; Bahafid, W.; Sayel, H.; el Ghachtouli, N. Biodegradation: Involved Microorganisms and
Genetically Engineered Microorganisms. In Biodegradation - Life of Science; InTech, 2013.
https://doi.org/10.5772/56194.