UNIVERSIDAD DEL ATLÁNTICO

PROGRAMA DE QUÍMICA - ASIGNATURA DE BIOQUÍMICA

Trabajo de Final de Curso
Fecha de asignación: 15 de noviembre de 2021
Fecha de entrega máxima: 8 de diciembre

Recursos:
https://www.uniprot.org/
https://www.rcsb.org/
http://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/databases/cgi-bin/pdbsum/GetPage.pl?pdbcode=index.html
https://spdbv.vital-it.ch/ (debe instalar el programa en su PC)
https://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/m-csa/
https://www.brenda-enzymes.org/

DESCRIPCIÓN DE LAS ACTIVIDADES DEL TALLER.

1) Realice una búsqueda en las “bases de datos de proteínas” de la enzima Prostaglandin-

endoperoxide synthase, también denominada Ciclooxigenasa. Investigue en artículos
científicos la estructura del sitio catalítico de las isoenzimas 1 y 2 de Prostaglandin-
endoperoxide synthase. Explique las diferencias reportadas en estas publicaciones.
2) Utilice la base de datos “Mechanism and Catalytic Site Atlas” para investigar el
mecanismo de reacción de la enzima. ¿Cuáles son los aminoácidos catalíticos? Explique
paso a paso y con sus propias palabras el mecanismo de catálisis de la Prostaglandin-
endoperoxide synthase.
3) Utilice la base de datos de enzimas Brenda https://www.brenda-enzymes.org/ para
investigar la nomenclatura EC y los parámetros funcionales (Km, Vmax, Kcat, pH y
temperatura optima, Punto isoeléctrico y Peso Molecular) de las isoenzimas 1 y 2 de la
“prostaglandin-endoperoxide synthase”, en presencia del sustrato natural (ácido
araquídonico) y un AINES.
4) Descargue los archivos “PDB format” de los reportes de la Cicloxigenasa 1 y 2 unidas a
Celecoxib (Código PDB listado abajo). Analice las distancias y ángulos de enlace en el
programa “Swiss Pdv Viewer”.

a. 3KK6
b. 5JW1
c. 3LN1