Tema-14-Bioquimica-II.

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Andreadelzap

Bioquímica II

2º Grado en Biología

Facultad de Biología
Universidad de Sevilla

Reservados todos los derechos.

No se permite la explotación económica ni la transformación de esta obra. Queda permitida la impresión en su totalidad.
 No se permite la explotación económica ni la transformación de esta obra. Queda permitida la impresión en su totalidad.
Tema 14, Degradación y biosíntesis de proteínas
1. Digestión de proteínas exógenas

Las proteínas también se degradan

completamente a CO2 y H2O, pero presentan un
grupo amino. A partir de esta degradación se
obtiene un nivel de energía variable. En caso de
un animal carnívoro que acaba de comer obtiene
hasta el 90% de su energía de ellas, en los
herbívoros mucha menos, ya que las plantas
regulan mucho estos niveles, pero no los
producen en exceso.
Cuando la dieta es rica en proteínas y los

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aminoácidos exceden a los que necesita el
organismo, y este exceso es catabolizado, ya
que no pueden acumularse ni excretarse.
Durante el recambio normal de proteínas
celulares, los aminoácidos que se originan de
la proteólisis sirven para hacer proteínas
nuevas, pero algunos no se reutilizan, por lo
que sufren degradación oxidativa.
Durante ayuno o diabetes incontrolada, en que los carbohidratos, o no están disponibles, o los
tejidos no pueden utilizarlos, las proteínas celulares se utilizan como fuente de energía.
Las proteínas exógenas se degradan en el tracto
gastrointestinal, lo que ocurre es que son sustrato
de distintas enzimas proteolíticas y se convierten
en Aa y oligopéptidos. Cuando comemos y el
alimento llega al estómago la mucosa gástrica
produce la gastrina, una hormona con doble
efecto: por un lado, hace que las células parietales
segreguen ácido clorhídrico que elimina
patógenos que hayan llegado con el alimento y
además produce una disminución de pH, lo que
provoca la desnaturalización de las proteínas. De
esta manera las proteasas pueden actuar
rompiendo los enlaces peptídicos, y por tanto la
digestión de las proteínas da comienzo en el
estómago.
Además, están las células principales de las
glándulas gástricas, que segregan pepsinógeno,
que es un zimógeno, es decir una enzima que se
convierte en pepsina que es una proteasa activa mediante autocatálisis producida por el bajo pH
del estómago. La pepsina rompe los enlaces peptídicos de las proteínas ingeridas, pero tiene
cierta especificidad y rompe solo en los que participen Aa aromáticos en el lado N terminal
como Phe, Trp, Tyr.
El contenido ácido del estómago pasa al intestino y se secreta otra hormona denominada
secretina que hace que el páncreas libere bicarbonato al intestino para neutralizar ese pH ácido.
Cuando las proteínas entran en el intestino se libera otra hormona llamada coleocistoquinina la
cual provoca la liberación por el páncreas al intestino de proteasas llamadas zimógenos
pancreáticos. Estos son una serie de enzimas proteolíticas sintetizadas en precursor inactivo y

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 que se activan por digestión, como por ejemplo el tripsinógeno o quimotripsinógeno etc.
Cuando pasan al intestino este libera a su vez la enteropeptidasa, una proteasa activa, que
activa el tripsinógeno a tripsina; esta cataliza la conversión de un mayor número de tripsinógeno
a tripsina y la activación de otros zimógenos.
Todas esas proteasas una vez activadas siguen partiendo las proteínas en trozos, pero cada una
de ellas con una especificidad sobre el enlace peptídico que rompe; que en su conjunto permiten
la rotura de todas las proteínas ingeridas a Aa y oligopéptidos.
Los Aa entran en los enterocitos y los oligopéptidos sufren un paso más. En la membrana de la
pared del intestino hay aminopeptidasa que los rompe en Aa libres, tripéptidos y dipéptidos,

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los cuales sufren otra rotura por la peptidasa de manera que todo se convierte en Aa y van a
través de la sangre hasta el hígado.
No todas las proteínas se degradan en el tracto. Los Aa de la dieta tienen distinta utilidad:
• Biosíntesis y reciclaje de proteínas en todos los tejidos.
• Fuente de energía en hígado y músculo esquelético.
• Esqueletos carbonados para la biosíntesis de glucosa en hígado.
• Metabolitos para la biosíntesis de ácidos nucleicos también en hígado.
2. Degradación de proteínas endógenas: el sistema de la ubiquitina

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Hablamos de proteínas de vida media larga cuando se mantienen años como la de la retina, y
vida media corta que puede ser de 11min en la célula.
El recambio es muy importante en proteínas de vida media corta y proteínas mal sintetizadas,
que pueden agregarse lo cual da lugar a enfermedades, como por ejemplo el Parkinson. De
hecho, las proteínas de enzimas reguladoras del metabolismo solo se producen en la célula
cuando se necesita el metabolismo correspondiente. En animales tenemos los sistemas
lisosomales, llenos de enzimas proteolíticas que degradan un 40% de proteínas.
Nos importa mucho el sistema ubiquitina-proteasoma para impedir que las proteínas
defectuosas o innecesarias se acumulen, o parareciclar Aa. Como la traducción es un proceso
muy costoso la célula debe tener algún tipo de marcaje para impedir la degradación de proteínas
bien formadas; este marcaje se da por la ubiquitina, Ub.
La ubiquitina es una proteína ubicua (se encuentra en todos los organismos eucariotas), muy
pequeña y conservada, que se une a las proteínas endógenas y las marca para su degradación.
Se une con su residuo carboxilo terminal de Gly a una cadena lateral de Lysde la proteína a
degradar, formando un enlace isopeptídico, no peptídico porque participa el extremo C
terminal y el grupo amino terminal de un residuo de Lys.

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El marcaje es muy importante y por tanto participan 3 enzimas
diferentes: la enzima activador de ubiquitina, E1 va a activar

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a la ubiquitina mediante la unión a AMP y se libera PPi, es
decir, la adenila. Una vez activa la misma enzima, E1, cataliza la
transferencia de la ubiquitina y su unión a un residuo de Cys en
la propia enzima.
Se transfiere la ubiquitina desde el residuo de Cys de la E1 a
otro residuo de Cys de la enzima conjugante de ubiquitina, E2
y se forma un enlace dioéster. Finalmente, la ubiquitina-
proteína ligasa, E3 cataliza la transferencia de la ubiquitina de
la E2 a una proteína diana que será marcada para su
degradación.
Una única Ub es una señal muy débil para la degradación, por lo
que se tiene que unir al menos 4 Ub en una única proteína para
que se degrade en el proteasoma (poliubiquitinación). La
segunda Ub se une a la primera Ub, la cual también presenta un
residuo de Lys.
Además, el proceso está muy controlado: el númerode enzimas E1
es muy reducido, sin embargo, el de E2 es bastante mayor,
mientras que la enzima E3 se encuentra en cientos o miles,
porque es la responsable del reconocimiento de la proteína
diana y la ubiquitinación de esta. La E3 reconoce el residuo
amino-terminal de la proteína,siendo Arg y Leu inestabilizadores,
y por tanto más propensos al marcaje; aunque también
reconocecajas de destrucción de ciclina y otras señales
como las PEST (secuencia de Aa que se repiten en proteínas de vida
media corta).
El proceso requiere de ATP.
También es importante que la degradación prematura de proteínas puede producir una
enfermedad. Por ejemplo, el virus del papiloma humano produce la degradación prematura de

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 la proteína p53 porque activa de manera prematura a la E3, y esto hace que se desarrolle el
cáncer del cuello del útero.
El proteasoma

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El proteasoma completo se denomina barril 26S, y se compone de dos partes: la partícula

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central donde tiene lugar la degradación es 20S; y las partículas reguladoras de 19S, que
reconocen las partículas ubiquitinadas, las despliegan y provocan un cambio conformacional
en el proteasoma permitiendo que entren en el barril central, además rompen los enlaces con
la Ub con su actividad isopeptidasa y presentan actividad aminoacil-ATPasa.
El barril está formado por dos anillos exteriores de 7 tipos de subunidades α, y dos anillos
centrales cada uno formado por 7 tipos de subunidades β; 3 de ellas tienen actividad
proteolítica y rompen enlaces peptídicos de las proteínas con distinta especificidad, pero todas
ellas utilizan un residuo N terminal, Thr que actúa como nucleofílico.
Con la actividad aminoacil-ATPasa van a hidrolizar el ATP, y esto es lo que produce el despliegue
de las proteínas y el cambio conformacional en el proteasoma permitiendo la entrada de las
proteínas correspondientes. Una vez dentro del barril actúa la actividad proteasa que las
degrada a fragmentos peptídicos de 7-9 Aa que se degradan completamente para formar los
Aa.
Además, con la actividad isopeptidasa, se rompen los enlaces entre la proteína diana y la Ub,
demanera que esta es reciclada para marcar a nuevas proteínas.
3. Síntesis de proteínas

La traducción, se da en ribosomas y el ARNt actúa como

adaptador. En el ARNt es importante el brazo anticodón
que se une al ARNm y el brazo aceptor que siempre
termina en CCA y es al que se une el Aa, aunque no se
necesita uno por cada Aa, debido a la hipótesis del
tambaleo o balanceo. Esta dice que un anticodón en el
extremo 5’ puede reconocer a más de un codón.
Además, hay una excepción que es el inosina, I, con
hipoxantina que reconoce a codones con bases A, U y C,
por lo que favorece que no se necesitan tantos ARNt
diferentes.

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 Código genético

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El código genético está degenerado, lo cual quiere decir que un solo Aa se puede sintetizar a
partir de varios codones.
El ribosoma
Los ribosomas son muy abundantes, en E. coli hay una subunidad
pequeña con 1 ARNr 16S y una subunidad grande con 2 ARNr, uno 5S
y otro 23S. El ARNr tiene una función principal para posicionar
correctamente al ARNm en el proceso, y las proteínas participan
también favoreciéndolo.
En la interfase entre las dos subunidades además hay ARNr. El ARNm
se une a la subunidad pequeña y al ARNt, que se encuentra en la
subunidad grande. El ARNr 23S es el responsable de la formación del
enlace peptídico.
En los ribosomas eucariotas hay una subunidad pequeña con 1 ARNr
18S y una subunidad grande con 3 ARNr, uno 5S, otro 5’8S y otro 28S.

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tRNAs, adaptadores en la síntesis de proteínas

Todas las fases consumen energía, y por tanto es un proceso

energéticamente muy costoso, por lo que las proteínas deben ser
degradadas solo cuando sea necesario.
Fase de activación de aminoácidos
Cada Aa se une al ARNt correspondiente. Se necesitan los 20 Aa,
ARNt, ATP y Mg2+, además de las 20 aminoacil-ARNt sintetasas, una
para cada Aa; se clasifican en 2 tipos según su modo de acción.
Las aminoacil-ARNt sintetasas unen los Aa al ARNt correspondiente.
Este proceso es muy importante ya que es fundamental y por tanto
se llaman segundo código genético. Además, presentan capacidad
de corrección de errores hidrolizando el enlace formado en caso de
que sea erróneo.
Las de tipo I son monoméricas, interactúan con el surco mayor de la doble hélice del brazo
aceptor del ARNt.
Las de tipo II son diméricas e interaccionan con el brazo aceptor del ARNt en el surco menor de
la doble hélice.

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 El brazo aceptor es una región de cadena sencilla que acaba en una adenosina, la cual se une
por el grupo hidroxilo del C3’ de la ribosa al grupo carboxilo del Aa formando un enlace
covalente.
En el caso de las de tipo I primero unen el Aa al C2’ pero luego lo transfieren al C3’ mediante
una transesterificación; mientras que las de tipo II lo unen directamente al C3’.
El ATP se hidroliza y el AMP formado se une al Aa para activarlo. Una vez activado entonces se
transfiere al grupo hidroxilo del C2’ o del C3’. Por otra parte, el PPi formado se hidroliza por la
pirofosfatasa, haciendo irreversible el proceso.

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Iniciación
Se necesita ARNm, ARNt cargado con formilmetionina, codón de iniciación AUG, subunidades
del ribosoma.
A la subunidad pequeña se unen factores de iniciación (proteínas que no son parte del
ribosoma) IF-3 y IF-1 que impiden que se una de forma prematura la subunidad grande. Luego
se une el ARNm de manera que el codón AUG está debajo del sitio de unión P; esto se realiza
porque la secuencia Shine-Dalgarno (-10, rica en purinas) interacciona con el extremo 3’ del
ARNr 16S, permitiendo el posicionamiento correcto.

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 Ahora se une el IF-2 al IF-1 y está asociado a GTP. Además, recluta y lleva consigo al primer ARNt
unido a formilmetionina y se une al sitio P, y no al sitio A porque está bloqueado por el IF-1, que
por tanto también tiene un papel de asegurar la unión del ARNt correctamente.
Se produce la hidrólisis de GTP por parte del IF-2 y se forma GDP y Pi, se liberan los 3 IF, se une
la subunidad grande y se forma el complejo de iniciación.

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En eucariotas el proceso es mucho más complejo, se necesitan muchos más IF, y primero se une
el primer ARNt, unido a Met y después se une el ARNm, lo que determina su posicionamiento
adecuado es la cofia del extremo 5’ del mismo, de manera que la subunidad pequeña del
ribosoma se une al ARNm y se desplaza sobre él hasta que reconoce la cofia o casquete y
posiciona de manera adecuada el codón AUG en la posición correcta.
Elongación
Se va a unir el segundo ARNt cargado con el Aa que se corresponda con el segundo codón; se
une enel sitio A y a su vez al factor de elongación Tu unido a GTP. Se produce la hidrólisis del
GTP y la acomodación, es decir, el acercamiento del segundo Aa al primero para que se pueda
formar el enlace peptídico. Por tanto, el EF-Tu pasa a estar asociado a GDP, pero como en los
siguientes pasos se necesita unido a GTP actúa otro EF-Ts que separa el GDP del EF-Tu y lo une
a una nueva molécula de GTP permitiendo la unión de un nuevo ARNt.
El factor de elongación además asegura que el proceso tenga una fidelidad.

Ahora se forma el enlace peptídico entre el segundo A que ataca con su grupo amino el grupo
carbonilo del primer Aa. Una parte del ARNr 23S denominado centro peptidil transferasa
cataliza la formación de ese enlace, pero no es una proteína. De esta manera los 2 Aa se
encuentran unidos en el ARNt del sitio A.

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 Una vez unido el dipéptido al sitio A ocurre un desplazamiento, en la que el ARNt del dipéptido
pasa parte de su molécula al sitio P, y lo mismo ocurre con el ARNt del sitio P, que pasa parte de
su molécula al sitio E.

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Ahora actúa la translocasa o EF-G, unido a GTP, que se une al sitio A. Hidroliza el GTP y provoca

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un empuje y por tanto translocación de los dos ARNt, a los sitios E y P. Cuando ocurre eso el EF-
G unido a GDP se libera del ribosoma. Esto constituye la última parte de la elongación.
En total en esta fase se utilizan 2 GTP por cada Aa que se une a la cadena. Esto se produce en
varios ciclos, que por tanto van a consumir grandes cantidades de GTP.

Terminación y liberación del ribosoma

El proceso termina cuando en el ARNm aparece un codón de parada que llega al sitio A. En este
momento el centro peptidil transferasa libera la cadena polipeptídica y se une un factor de
liberación, R-F1 o RF-2 al sitio A, impidiendo la unión de un nuevo ARNt; el EF-G hidroliza GTP y
el RRF (factor de reciclaje de ribosomas)
produce el desensamblaje del ribosoma. Finalmente se une el IF-3 a la subunidad pequeña
haciendo que se libere el ARNt vacío del sitio P.

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 El proceso no tiene por qué terminar ahí porque se pueden producir modificaciones de los

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extremos N terminales y C terminales; se pliegan las proteínas por acción de chaperonas.
Por ejemplo, hay Aa que se fosforilan, carboxilan, metilan, etc.
Como vemos el proceso de la traducción es energéticamente muy costoso, ya que para activar
el Aa se gastan 2ATP; para iniciar el proceso 1GTP por proteína en procariotas y 1ATP+2GTP
en eucariotas; en la elongación 2GTP; y en la terminación 1GTP.
Por tanto, hasta el 90% de toda la energía de la célula se utiliza para la síntesis de proteínas,
y como ya hemos dicho es importante que el proceso esté muy regulado para evitar una pérdida
de esta energía.

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Etapas de la biosíntesis de proteínas
• Modificaciones N-terminales y C-terminales
• Plegamiento dirigido: chaperonas
• Formación de puentes disulfuro inter- o intracatenarios
• Isomerasas de prolina
• Unión covalente de grupos prostéticos
• Modificación proteolítica
• Pérdida de péptidos señal de exportación
• Modificación de residuos de aminoácidos:
o Carboxilación adicional (protrombina)
o Fosforilación (caseína)
o Metilación (calmodulina)
o Unión de oligosacáridos (glucoproteínas)
o Unión de grupos isoprenilo (Ras)
Cada aa requiere 4 NTP ≈ 122 KJ/mol (2 ATP aa-tRNA sintetasas, 2 GTP formación del enlace
peptídico) pero el enlace peptídico -21 KJ/mol. La diferencia se utiliza en la corrección de
errores.
1 glucosa produce ≈ 35 equivalentes de ATP. La síntesis de una proteína de 100 aa requiere ≈
11 moléculas de glucosa.

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 Tamaño medio de las proteínas humanas es de 375 aa que requerirían un gasto medio de 41
moléculas de glucosa. Hasta el 90% de toda la energía de la célula se utiliza para la síntesis de
proteína

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