La primera reacción que experimentan los aminoácidos en su catabolismo consiste
en la separación de su grupo amino. Esto se produce principalmente en el hígado, en donde confluyen los aminoácidos liberados en los distintos tejidos. Cuando el grupo amino se separa del aminoácido se convierte transitoriamente en amonio. Ésta es una especie neurotóxica que solamente el hígado puede transformar eficazmente en urea, sustancia atóxica que se excreta por la orina. La pérdida del grupo a-amino se produce mediante reacciones de transaminación que lo transfieren desde el aminoácido a un 2-oxoácido; así, el aminoácido donante se convierte en su 2-oxoácido, mientras que el 2-oxoácido aceptor se transforma en el correspondiente aminoácido. Se trata de reacciones reversibles catalizadas por aminotransferasas (o comúnmente transaminasas), enzimas cuyo cofactor es el piridoxal-fosfato, un derivado de la vitamina B6. Aunque existen transaminasas específicas para casi todos los aminoácidos, en la mayoría de los casos el aceptor del grupo amino es el 2-oxoglutarato, que se convierte en glutamato. El 2-oxoglutarato es el principal aceptor de los grupos amino que se separan de los aminoácidos. Una vez formado, el glutamato es transferido a la mitocondria. Hay transaminasas tanto en el citosol como en las mitocondrias, pero son más activas en el primero, por lo que la mayoría de las transaminaciones se producen en el citosol. El oxaloacetato, que es un oxoácido intermediario del ciclo del ácido cítrico, recibe el grupo amino del glutamato esencialmente en la mitocondria, convirtiéndose en aspartato; la reacción está catalizada por la aspartato aminotransferasa. Aproximadamente la mitad del glutamato que es transferido a las mitocondrias pierde el grupo amino, transfiriéndolo al oxaloacetato que, como se ha indicado, se convierte en aspartato. La otra parte del glutamato mitocondrial experimenta un proceso diferente. Su grupo amino se separa a través de una reacción conocida como desaminación oxidativa. En ésta, ese grupo amino se desprende directamente como amonio y se regenera 2-oxoglutarato (que puede ser exportado al citosol para participar en nuevas transaminaciones). La glutamato deshidrogenasa (GDH) cataliza este proceso, una enzima de la matriz mitocondrial que en los eucariotas puede utilizar como cofactores NAD+ o NADP+ indistintamente. La GDH es regulada alostéricamente por varios efectores, que adaptan la actividad de esta enzima tanto al contenido energético como a la disponibilidad de aminoácidos por la célula. Así, cuando el contenido energético es elevado, el GTP –que actúa como modulador negativo– inhibe la GDH. Por el contrario, si la energía disminuye, el ADP se encontrará incrementado y éste funciona como activador. La leucina, aminoácido abundante tras una ingesta rica en proteínas, también incrementa la actividad de la GDH, favoreciendo el catabolismo de los muchos aminoácidos proporcionados por este tipo de dieta. La reacción de desaminación oxidativa en el hígado está esencialmente desplazada hacia la liberación de amonio debido a que éste se convierte rápidamente en urea.